lowQualScore : 222222222222222222222 333333333
lowQualScore : 4 5 666 3 33 222 888888888888888888888 1 4444 88888888 777777777 0 111 66 1 1 1 111 1 111 1 0 2 22222
lowQualScore : . . ... . .. ... ..................... . .... ........ ......... . ... .. . . . ... . ... . . . .....
lowQualScore : 5 3 666 7 33 111 444444444444444444444 2 4444 55555555 888888888 8 999 66 1 1 1 999 7 999 1 3 6 88888
consensus : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTG--A---T-N-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAG-T---CGAAA---TAA-AGTATA-----TGTTCTGT
Reference ( gi|41373 ) : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTG--A---T-T-------CT---TTA----G-TAT-T--T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTCTGT
gi|41377 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CAAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41379 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41378 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41382 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTGTGT
gi|41375 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTATA-----TGTTTTGT
gi|41385 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--C---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41374 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41387 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---CAT-A-CGCTT-AAA-T---TGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41386 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATACTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----CGTTTTGT
gi|41380 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTAAA-----TGTTTTGT
gi|41388 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTG--A---TAT-------CT---TT-----G-TAT-T--T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---TGAAA---TAA-AGTAAA-----TGTTTTGT
gi|41384 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGAAG---TAT-A-CGCTTAAAA-T---CGAAA---TAA-AGTACA-----TGTTTTGT
gi|41390 : TTTCGTTTGATTCA-G---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CAAAA---TAA-AGTACA-----TGTATTGT
gi|41383 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTAAA-----TGTATTGTatgttct
gi|41389 : TTTTGTTTGATTCA-C---AAATGCATTG--A---C-T-------TT---TTT----G-TTT-T--T--------A---------GAACTG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CCAAT---TGA-AATATA-----TGTTCTGTatgttct
gi|41381 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTG--A---T-T-------TTGT-TTT----G-TTT-T--T--------G---------GAGCTG---TGT-A-TGCTT-AAA-T---CCAGT---TGA-AATATA-----TGCTCTGT
gi|41376 : TTTTGTTT---TCG-C---GCATGTATTG--A---T-TGTTTTTTTT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------AAGCTT---CAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTATA-----TGTTCTGT
gi|41372 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCATTG--A---T-T-------TTATTTTT----G-TAT-T--TTAAATGATGAT-------GAACTG---CAT-A-TGCTT-AAG-T---CGAAA---TAA-AATATA-----TGATCTGT
gi|41368 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTC--A---T-T-------AA---TT-----G-TAT-T--TTGTATGATGAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAG-T---CGAAA---TAA-AATATA-----TGTTTTGTtct
gi|41370 : TTTTGTGTATTTTA-T---GCATGCGTTG--A---T-TAATTGTGCT---TT-----G-TGTGT--T--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAA-T---TG-AA---TAA-AATATA-----TGTTCTGT
gi|41369 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCAT-CGTTG--A---T-TAATTGTACT---TT-----G-TAT-GA-T--------GAT-------GAGCTG---TAT-AATGCTT-AAG-T---TGAAA---TGA-AATATA-----TGTTCTGTtct
gi|41371 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTG--A---T-TAA-----TT---GTATGTTG-TAT-TA-T--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-ATG-T---C-AAA---T-----TACA-----TGTTCTGTtct
gi|41393 : GTTTATTTCAAC---GTATGTATTG--A---T-T-------TT---GTAT---A-TAT-A--T--------GTATGACGATAAGCTG---TA--A-TTCTT-AAG-T---TTAA----TAA-AATATA-----TGTTCTGTtct
gi|41401 : TTCA-C---GCATGCTTTG--A---T-A-------TT---TTT----G-TAT-T--T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAA-T---CGAAA---TAA-AGTAAA-----TGTATTGTtct
gi|41394 : atTTCAAC---GTATGTATTG--A---T-T-------TT---GCA------TAT-A--T--------GTATGACGATGATCTG---T-T-A-TGCTT-AAG-T---T-AAA---TAA-AATATA-----TGTTCTGTatgttct
gi|41397 : tatTTCAAC---GTATGTATTG--A---T-T-------TT---GCA----AATAT-GCAT--------GACGAT----GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAG-T---TTAA----TAA-AATATA-----TGTTCTGTtct
gi|41398 : tacTTCAAC---ATATGTATTG--A---T-T-------TT---GCATAT-A-TGT-T--T--------GACGAT----GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAG-T---TT-AA---TAA-AATATA-----TTTTCTGTtc
gi|41404 : tatTCA-CATTGCATGTATTGGAA---A-T-------AT---TT-----G-TAT-A--T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTT-AAA-T---CTAAA---TAA-ttt
gi|41402 : TCA-CAGTGCATGCATTG--AAAAT-G-------AT---TGA----A-TAT-------------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAG-T---CGAAAAGATAA-AATCTC-----TGTTCTGTtaaaatgtctactctgttct
gi|41403 : TCA-CATTGCATGCATTGAAA---A-T-------GT---TT-----G-TAT-A--T--------GAGAT-----GAGCTA---CG--A-TGCTC-AAG-T---CTAAA---AAA-AATAAAATTTCTGTTCTGTtct
gi|41395 : ---GTATGTATTG--G---T-T-------CT---TTA------TAT-A--T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAG-TTACCGGCA---TAA-AATATA-----TGTTCTGTtct
gi|41396 : tatttcaaa---GTATGCATTG--A---T-T-------TT---GTA------TAT-A--T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAG-T---TT-AA---TAAGATTATG-----TGTTCTGTtct
gi|41406 : tatttcaagCATGCATAA--A---A-T-------GT---TT-----G-TAT-A--T--------G---------GCGATGAGCTATGA-TGCTC-AAG-T---CTAAA---TAA-AATTTC-----TGTTCTGTtct
gi|41400 : AC-T--T--------T---------GAGTTG---TA--A-TGCTT-CAG-T---TTAA----TAA-AATATA-----TGTTCTGTt
gi|41407 : tatttcaacgtatgtagtaattttgcaaatataatgattg---------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAG-T---CGAAA---TAA-AATATA-----TGTTCTGTtct
gi|41411 : ttgtatgttgtataatgat---------GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAG-T---TTAA----TAA-AATATA-----TGTTCTGTtct
gi|41399 : gtatgacgat---------GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAAGT---TTAAA---TAA-A----------TGTTCTGTtct
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|41405 ): GCGTGCATTAAAGAAAATGTTTGTATATGACGATGAGCTATGATGCTCAAGTCTTAATAAAATATCTGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41408 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41409 ): TGTATTGTATGATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41391 ): TGTGTGTTTCCACGTGACATGATCTAAATATATTTGTTAACAAATGTATAGTTATGACGATGTACTATGTATAAGTCAAATAAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41410 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATTAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41392 ): TATGTTTTTCAGTGCATGACTTGTTTATTTGTTTTGATATGTTGATGATTAGCTGTAATGTATGCTAAAGTCAAATAAAAATATCTGTATCTGTATCT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 333333333
lowQualScore : 1 5 444 1 000000000000000000 333 1 555 44444444 777777777 0 111 55 1 1 111 333333 111 1
lowQualScore : . . ... . .................. ... . ... ........ ......... . ... .. . . ... ...... ... .
lowQualScore : 5 3 444 0 333333333333333333 111 1 888 00000000 777777777 8 999 33 1 1 999 555555 999 1
consensus : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
Reference ( family-508 ) : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT--N-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41368 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTCAT--TAATTG--TAT-----T---T-TGTAT-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTTTGT
gi|41369 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCAT-CGTTGAT--TAA-----T-TGTAC-T---T-TGTAT-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-AATGCTT-AAGT---T-----GAA---ATGA-AATATATGTTCTGT
gi|41370 : TTTTGTGTATTTTA-T---GCATGCGTTGAT--TAA-----T-TGTGC-T---T-TGTGTGT-T--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAAT---T-----G-A---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41371 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTGATTAA-------T-TG----TATGT-TGTAT-TAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-ATGT---C------AA---AT-----TACATGTTCTGTtct
gi|41372 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCATTGAT--T-------T-TATT--T---T-TGTAT-T-TTAAATGATGAT-------GAACTG---CAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGATCTGTtct
gi|41373 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT--T-------C-T-----T---T-AGTAT-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTCTGTtct
gi|41374 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41375 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTTTGT
gi|41376 : TTTTGTTT---TCG-C---GCATGTATTGAT--TGTTTTTTT-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------AAGCTT---CAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41377 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41378 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41379 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41380 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41381 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT--T-------T-TGT---T---T-TGTTT-T-T--------G---------GAGCTG---TGT-A-TGCTT-AAAT---C-----CAG---TTGA-AATATATGCTCTGT
gi|41382 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTGTGT
gi|41383 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGT
gi|41384 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGAAG---TAT-A-CGCTTAAAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGTatgttct
gi|41385 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGCT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41386 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATACTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACACGTTTTGT
gi|41387 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---CAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41388 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-C-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41389 : TTTTGTTTGATTCA-C---AAATGCATTGAC--T-------T-T-----T---T-TGTTT-T-T--------A---------GAACTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----CAA---TTGA-AATATATGTTCTGT
gi|41390 : TTTCGTTTGATTCA-G---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTATTGT
gi|41393 : GTTTATTTCAAC---GTATGTATTGAT--T-------T-T-----G---TATATAT-A-T--------GTATGACGATAAGCTG---TA--A-TTCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTatgttct
gi|41394 : TATTTCAAC---GTATGTATTGAT--T-------T-TGCA--T---A-TATGT-A-T--------GACGAT----GATCTG---T-T-A-TGCTT-AAGT---T------AA---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41395 : ---GTATGTATTGGT----------T-C-----T---T-TATAT-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGTTACC-----GGC---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41396 : tatttcaaa---GTATGCATTGAT----------T-T-----T---G-TATAT-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----T-A---ATAAGATTATGTGTTCTGTtct
gi|41397 : tatttcaagTACTTCAAC---GTATGTATTGAT--T-------T-TGCAAAT---A-TGCAT------------GACGAT----GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41398 : TATTTCAAC---ATATGTATTGAT--T-------T-TGCA--T---A-TATGT-T-T--------GACGAT----GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----T-A---ATAA-AATATATTTTCTGTtc
gi|41400 : ---T-TG-AC-T-T--------T---------GAGTTG---TA--A-TGCTT-CAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTttt
gi|41401 : tatttcaacgtatgtagtaattttgcaaatataatgaTTCA-C---GCATGCTTTGAT--A-------T-T-----T---T-TGTAT-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGTtct
gi|41402 : atTCA-CAGTGCATGCATTGAA--A-------A-T-----GA--T-TGAAT-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----GAAAAGATAA-AATCTCTGTTCTGTatgttct
gi|41403 : TCA-CATTGCATGCATTGAA--AA------T-G-----T---T-TGTAT-A-T--------GAGAT-----GAGCTA---CG--A-TGCTC-AAGT---CTAAAAAAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41405 : -----T---T-TGTAT-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----TTA---ATAA-AATATCTGTTCTGTtct
gi|41406 : gcgtgcattaaagaaaatgCATGCATAAA---A-------T-G-----T---T-TGTAT-A-T--------G---------GCGATGAGCTATGA-TGCTC-AAGT---C-----TAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41407 : ---T-TGTAT-AAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTCTGTt
gi|41411 : ttgtatg---------GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41399 ): TATTGCAACGTAGGTATTAATTTTGCATATATGTATGACGATGAGCTGTAATGCTTAAAGTTTAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41404 ): TCACATTGCATGTATTGGAAATATTTGTATATGACGATGAGCTATGATGCTTAAATCTAAATAATAAAATGTCTACTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41408 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41409 ): TGTATTGTATGATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41391 ): TGTGTGTTTCCACGTGACATGATCTAAATATATTTGTTAACAAATGTATAGTTATGACGATGTACTATGTATAAGTCAAATAAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41410 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATTAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41392 ): TATGTTTTTCAGTGCATGACTTGTTTATTTGTTTTGATATGTTGATGATTAGCTGTAATGTATGCTAAAGTCAAATAAAAATATCTGTATCTGTATCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111 333333333
lowQualScore : 1 4 444 1 777777777777 0000 333 1 11 555 44444444 999999999 1 111 44 1 1 111 333333 111 1
lowQualScore : . . ... . ............ .... ... . .. ... ........ ......... . ... .. . . ... ...... ... .
lowQualScore : 5 1 444 0 444444444444 6666 111 1 66 555 11111111 333333333 1 999 44 1 1 999 111111 999 1
consensus : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
Reference ( family-508 ) : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41368 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTCATTA--A-------TTGTATT---T-TGTA--T-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTTTGT
gi|41369 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCAT-CGTTGATTA--A-------TTGTACT---T-TGTA--T-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-AATGCTT-AAGT---T-----GAA---ATGA-AATATATGTTCTGT
gi|41370 : TTTTGTGTATTTTA-T---GCATGCGTTGATTA--A-------TTGTGCT---T-TGTG--TGT-T--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAAT---T-----G-A---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41371 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTGATTA--A-------TTG---TATGT-TGTA--T-TAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-ATGT---C------AA---AT-----TACATGTTCTGTtct
gi|41372 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCATTGATTTT-A-------TT----T---T-TGTA--T-T-TTAAATGATGAT-------GAACTG---CAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGATCTGTtct
gi|41373 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT----T-------CT----T---T-AGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTCTGTtct
gi|41374 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41375 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTTTGT
gi|41376 : TTTTGTTT---TCG-C---GCATGTATTGAT----TGTTTTTTTT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------AAGCTT---CAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41377 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41378 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41379 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41380 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41381 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT----T-------TTGT--T---T-TGTT--T-T-T--------G---------GAGCTG---TGT-A-TGCTT-AAAT---C-----CAG---TTGA-AATATATGCTCTGT
gi|41382 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTGTGT
gi|41383 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGT
gi|41384 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGAAG---TAT-A-CGCTTAAAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGTatgttct
gi|41385 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGCT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41386 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATACTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACACGTTTTGT
gi|41387 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---CAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41388 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TC----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41389 : TTTTGTTTGATTCA-C---AAATGCATTGAC----T-------TT----T---T-TGTT--T-T-T--------A---------GAACTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----CAA---TTGA-AATATATGTTCTGT
gi|41390 : TTTCGTTTGATTCA-G---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTATTGT
gi|41393 : GTTTATTTCAAC---GTATGTATTGAT----T-------TT----G---TATATA--T-A-T--------GTATGACGATAAGCTG---TA--A-TTCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTatgttct
gi|41394 : TATTTCAAC---GTATGTATTGAT------------TT----T---G-CATA--T-A-T--------GTATGACGATGATCTG---T-T-A-TGCTT-AAGT---T------AA---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41395 : ---GTATGTATTGGT------------TC----T---T-TATA--T-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGTTACC-----GGC---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41396 : tatttcaaa---GTATGCATTGAT------------TT----T---G-TATA--T-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----T-A---ATAAGATTATGTGTTCTGTtct
gi|41397 : tatttcaagTACTTCAAC---GTATGTATTGAT------------------T---T-TGCAAAT-A-T--------GCATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41400 : ---T-TG-A--C-T-T--------T---------GAGTTG---TA--A-TGCTT-CAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtc
gi|41401 : tatttcaacgtatgtagtaattttgcaaatataatgaTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGTtct
gi|41402 : atTCA-CAGTGCATGCATTGAA----A-------AT----GA--T-TGAA--T-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----GAAAAGATAA-AATCTCTGTTCTGTatgttct
gi|41403 : TCA-CATTGCATGCATTGAA----AA------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------GAGAT-----GAGCTA---CG--A-TGCTC-AAGT---CTAAAAAAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41405 : ---GCGTGCATTAAAGAAAA-------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----TTA---ATAA-AATATCTGTTCTGTtct
gi|41406 : CATGCATAAA-----A-------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------G---------GCGATGAGCTATGA-TGCTC-AAGT---C-----TAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41407 : ---T-TGTA--T-AAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTCTGTt
gi|41411 : ttgtatg---------GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41398 ): TATTTCAACATATGTATTGATTTTGCATATATGTTTGACGATGAGCTGTAATGCTTAAGTTTAATAAAATATATTTTCTGTTTT
Unaligned ( gi|41399 ): TATTGCAACGTAGGTATTAATTTTGCATATATGTATGACGATGAGCTGTAATGCTTAAAGTTTAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41404 ): TCACATTGCATGTATTGGAAATATTTGTATATGACGATGAGCTATGATGCTTAAATCTAAATAATAAAATGTCTACTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41408 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41409 ): TGTATTGTATGATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41391 ): TGTGTGTTTCCACGTGACATGATCTAAATATATTTGTTAACAAATGTATAGTTATGACGATGTACTATGTATAAGTCAAATAAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41410 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATTAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41392 ): TATGTTTTTCAGTGCATGACTTGTTTATTTGTTTTGATATGTTGATGATTAGCTGTAATGTATGCTAAAGTCAAATAAAAATATCTGTATCTGTATCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111 333333333
lowQualScore : 1 4 444 1 777777777777 0000 333 1 11 555 44444444 999999999 1 111 44 1 1 111 333333 111 1
lowQualScore : . . ... . ............ .... ... . .. ... ........ ......... . ... .. . . ... ...... ... .
lowQualScore : 5 1 444 0 444444444444 6666 111 1 66 555 11111111 333333333 1 999 44 1 1 999 111111 999 1
consensus : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
Reference ( family-508 ) : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41368 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTCATTA--A-------TTGTATT---T-TGTA--T-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTTTGT
gi|41369 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCAT-CGTTGATTA--A-------TTGTACT---T-TGTA--T-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-AATGCTT-AAGT---T-----GAA---ATGA-AATATATGTTCTGT
gi|41370 : TTTTGTGTATTTTA-T---GCATGCGTTGATTA--A-------TTGTGCT---T-TGTG--TGT-T--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAAT---T-----G-A---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41371 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTGATTA--A-------TTG---TATGT-TGTA--T-TAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-ATGT---C------AA---AT-----TACATGTTCTGTtct
gi|41372 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCATTGATTTT-A-------TT----T---T-TGTA--T-T-TTAAATGATGAT-------GAACTG---CAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGATCTGTtct
gi|41373 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT----T-------CT----T---T-AGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTCTGTtct
gi|41374 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41375 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTTTGT
gi|41376 : TTTTGTTT---TCG-C---GCATGTATTGAT----TGTTTTTTTT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------AAGCTT---CAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41377 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41378 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41379 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41380 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41381 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT----T-------TTGT--T---T-TGTT--T-T-T--------G---------GAGCTG---TGT-A-TGCTT-AAAT---C-----CAG---TTGA-AATATATGCTCTGT
gi|41382 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTGTGT
gi|41383 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGT
gi|41384 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGAAG---TAT-A-CGCTTAAAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGTatgttct
gi|41385 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGCT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41386 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATACTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACACGTTTTGT
gi|41387 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---CAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41388 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TC----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41389 : TTTTGTTTGATTCA-C---AAATGCATTGAC----T-------TT----T---T-TGTT--T-T-T--------A---------GAACTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----CAA---TTGA-AATATATGTTCTGT
gi|41390 : TTTCGTTTGATTCA-G---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTATTGT
gi|41393 : GTTTATTTCAAC---GTATGTATTGAT----T-------TT----G---TATATA--T-A-T--------GTATGACGATAAGCTG---TA--A-TTCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTatgttct
gi|41394 : TATTTCAAC---GTATGTATTGAT------------TT----T---G-CATA--T-A-T--------GTATGACGATGATCTG---T-T-A-TGCTT-AAGT---T------AA---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41395 : ---GTATGTATTGGT------------TC----T---T-TATA--T-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGTTACC-----GGC---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41396 : tatttcaaa---GTATGCATTGAT------------TT----T---G-TATA--T-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----T-A---ATAAGATTATGTGTTCTGTtct
gi|41397 : tatttcaagTACTTCAAC---GTATGTATTGAT------------------T---T-TGCAAAT-A-T--------GCATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41400 : ---T-TG-A--C-T-T--------T---------GAGTTG---TA--A-TGCTT-CAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtc
gi|41401 : tatttcaacgtatgtagtaattttgcaaatataatgaTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGTtct
gi|41402 : atTCA-CAGTGCATGCATTGAA----A-------AT----GA--T-TGAA--T-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----GAAAAGATAA-AATCTCTGTTCTGTatgttct
gi|41403 : TCA-CATTGCATGCATTGAA----AA------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------GAGAT-----GAGCTA---CG--A-TGCTC-AAGT---CTAAAAAAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41405 : ---GCGTGCATTAAAGAAAA-------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----TTA---ATAA-AATATCTGTTCTGTtct
gi|41406 : CATGCATAAA-----A-------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------G---------GCGATGAGCTATGA-TGCTC-AAGT---C-----TAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41407 : ---T-TGTA--T-AAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTCTGTt
gi|41411 : ttgtatg---------GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
blockSeqs : T A AGT G TGTTTTTT GTAC ATG A AA GA TAAATGAT TATGACGAT T AGC TG A A TAC TAAAAA AAG G
blockSeqs : T A ATT G GAAAA GTGC A . . GT . TATGACGAT T . T . . . G . .
blockSeqs : T A . A TTTA GT . . . TA . TATGACGAT T . T . . . G . .
blockSeqs : T . . A TAA G . . . AA . TATGACGAT T . T . . . G . .
blockSeqs : A . . A TAA . . . . T . CATGACGAT T . T . . . G . .
blockSeqs : T . . T TAA . . . . T . ACGAT A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T AA . . . . T . ACGAT A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . A T . . . . T . AGAT T . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . AT T . T . . . A . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . AT A . T . . . G . .
blockSeqs : T . . T A . . . . T . AT A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . AT A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . A A . . . . T . AT T . T . . . C . .
blockSeqs : T . . T A . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : T . . T T . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : T . . T A . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . T A . . . . T . . A . T . . . G . .
blockSeqs : A . . A A . . . . T . . T . T . . . C . .
blockSeqs : T . . T A . . . . T . . A . T . . . A . .
blockSeqs : T . . A T . . . . T . . T . T . . . T . .
blockSeqs : C . . A A . . . . A . . T . T . . . G . .
blockSeqs : . . . A T . . . . A . . T . T . . . T . .
blockSeqs : . . A A . . . . A . . T . T . . . T . .
blockSeqs : . . A A . . . . A . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . T A . . . . A . . T . . . . . G . .
blockSeqs : . A . . . . . T . . A . . . . . G . .
blockSeqs : . A . . . . . T . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . A . . T . . . . . T . .
blockSeqs : A . . . . . A . . T . . . . . G . .
blockSeqs : . . . A . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . . A . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . .
blockSeqCons : A*********** **** T** *********
originalCons : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
finalCons : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGATA-----------TT----T---T-TGTA--TT--T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41398 ): TATTTCAACATATGTATTGATTTTGCATATATGTTTGACGATGAGCTGTAATGCTTAAGTTTAATAAAATATATTTTCTGTTTT
Unaligned ( gi|41399 ): TATTGCAACGTAGGTATTAATTTTGCATATATGTATGACGATGAGCTGTAATGCTTAAAGTTTAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41404 ): TCACATTGCATGTATTGGAAATATTTGTATATGACGATGAGCTATGATGCTTAAATCTAAATAATAAAATGTCTACTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41408 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41409 ): TGTATTGTATGATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41391 ): TGTGTGTTTCCACGTGACATGATCTAAATATATTTGTTAACAAATGTATAGTTATGACGATGTACTATGTATAAGTCAAATAAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41410 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATTAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41392 ): TATGTTTTTCAGTGCATGACTTGTTTATTTGTTTTGATATGTTGATGATTAGCTGTAATGTATGCTAAAGTCAAATAAAAATATCTGTATCTGTATCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 1111 333333333
lowQualScore : 1 4 444 1 777777777777 0000 333 1 11 555 44444444 999999999 1 111 44 1 1 111 333333 111 1
lowQualScore : . . ... . ............ .... ... . .. ... ........ ......... . ... .. . . ... ...... ... .
lowQualScore : 5 1 444 0 444444444444 6666 111 1 66 555 11111111 333333333 1 999 44 1 1 999 111111 999 1
consensus : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
Reference ( family-508 ) : TTTTGTTTGNTTCA-C---GCATGCNTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41368 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTCATTA--A-------TTGTATT---T-TGTA--T-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTTTGT
gi|41369 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCAT-CGTTGATTA--A-------TTGTACT---T-TGTA--T-GAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-AATGCTT-AAGT---T-----GAA---ATGA-AATATATGTTCTGT
gi|41370 : TTTTGTGTATTTTA-T---GCATGCGTTGATTA--A-------TTGTGCT---T-TGTG--TGT-T--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAAT---T-----G-A---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41371 : TTTTGTGTATTTCA-C---GCATGCATTGATTA--A-------TTG---TATGT-TGTA--T-TAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-ATGT---C------AA---AT-----TACATGTTCTGTtct
gi|41372 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCATTGATTTT-A-------TT----T---T-TGTA--T-T-TTAAATGATGAT-------GAACTG---CAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGATCTGTtct
gi|41373 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT----T-------CT----T---T-AGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTCTGTtct
gi|41374 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41375 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTTTGT
gi|41376 : TTTTGTTT---TCG-C---GCATGTATTGAT----TGTTTTTTTT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------AAGCTT---CAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTATATGTTCTGT
gi|41377 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41378 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41379 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41380 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41381 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCATTGAT----T-------TTGT--T---T-TGTT--T-T-T--------G---------GAGCTG---TGT-A-TGCTT-AAAT---C-----CAG---TTGA-AATATATGCTCTGT
gi|41382 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTGTGT
gi|41383 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGT
gi|41384 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGAAG---TAT-A-CGCTTAAAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGTatgttct
gi|41385 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGCT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41386 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATACTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTACACGTTTTGT
gi|41387 : TTTTGTTTGATTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---CAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTACATGTTTTGT
gi|41388 : TTTTGTTTGTTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TC----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---T-----GAA---ATAA-AGTAAATGTTTTGT
gi|41389 : TTTTGTTTGATTCA-C---AAATGCATTGAC----T-------TT----T---T-TGTT--T-T-T--------A---------GAACTG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----CAA---TTGA-AATATATGTTCTGT
gi|41390 : TTTCGTTTGATTCA-G---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAGCAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----AAA---ATAA-AGTACATGTATTGT
gi|41393 : GTTTATTTCAAC---GTATGTATTGAT----T-------TT----G---TATATA--T-A-T--------GTATGACGATAAGCTG---TA--A-TTCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTatgttct
gi|41394 : TATTTCAAC---GTATGTATTGAT------------TT----T---G-CATA--T-A-T--------GTATGACGATGATCTG---T-T-A-TGCTT-AAGT---T------AA---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41395 : ---GTATGTATTGGT------------TC----T---T-TATA--T-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGTTACC-----GGC---ATAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41396 : tatttcaaa---GTATGCATTGAT------------TT----T---G-TATA--T-A-T--------GTATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----T-A---ATAAGATTATGTGTTCTGTtct
gi|41397 : tatttcaagTACTTCAAC---GTATGTATTGAT------------------T---T-TGCAAAT-A-T--------GCATGACGATGAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
gi|41400 : ---T-TG-A--C-T-T--------T---------GAGTTG---TA--A-TGCTT-CAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtc
gi|41401 : tatttcaacgtatgtagtaattttgcaaatataatgaTTCA-C---GCATGCTTTGAT----A-------TT----T---T-TGTA--T-T-T--------G---------GAACAG---TAT-A-CGCTT-AAAT---C-----GAA---ATAA-AGTAAATGTATTGTtct
gi|41402 : atTCA-CAGTGCATGCATTGAA----A-------AT----GA--T-TGAA--T-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----GAAAAGATAA-AATCTCTGTTCTGTatgttct
gi|41403 : TCA-CATTGCATGCATTGAA----AA------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------GAGAT-----GAGCTA---CG--A-TGCTC-AAGT---CTAAAAAAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41405 : ---GCGTGCATTAAAGAAAA-------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------GACGAT----GAGCTA---TG--A-TGCTC-AAGT---C-----TTA---ATAA-AATATCTGTTCTGTtct
gi|41406 : CATGCATAAA-----A-------TG----T---T-TGTA--T-A-T--------G---------GCGATGAGCTATGA-TGCTC-AAGT---C-----TAA---ATAA-AATTTCTGTTCTGTtct
gi|41407 : ---T-TGTA--T-AAT--------GAT-------GAGCTG---TAT-A-TGCTT-AAGT---C-----GAA---ATAA-AATATATGTTCTGTt
gi|41411 : ttgtatg---------GAGCTG---TA--A-TGCTT-AAGT---T-----TAA----TAA-AATATATGTTCTGTtct
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41398 ): TATTTCAACATATGTATTGATTTTGCATATATGTTTGACGATGAGCTGTAATGCTTAAGTTTAATAAAATATATTTTCTGTTTT
Unaligned ( gi|41399 ): TATTGCAACGTAGGTATTAATTTTGCATATATGTATGACGATGAGCTGTAATGCTTAAAGTTTAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41404 ): TCACATTGCATGTATTGGAAATATTTGTATATGACGATGAGCTATGATGCTTAAATCTAAATAATAAAATGTCTACTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41408 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41409 ): TGTATTGTATGATGATGATGTACTTATGTGCAAATCAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41391 ): TGTGTGTTTCCACGTGACATGATCTAAATATATTTGTTAACAAATGTATAGTTATGACGATGTACTATGTATAAGTCAAATAAAATAAATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41410 ): TGTATTGTATGATGATGTACTTATGTGCAAATTAATAAAATATATGTTCTGTTCT
Unaligned ( gi|41392 ): TATGTTTTTCAGTGCATGACTTGTTTATTTGTTTTGATATGTTGATGATTAGCTGTAATGTATGCTAAAGTCAAATAAAAATATCTGTATCTGTATCT