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Reference ( gi|103343 )       : CGTATATTGAAA--GAA---CC-TGTGCTG--TGT--AATTTTCCC-ACTGTCTT--------TAA--A--A-A-TAATGCTAATTTTCCCA-AAGTCA----T-G-GGCCCC-G-AC-CCCATC-C-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCCCTG
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Alignments
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lowQualScore                  :   .          ..   ...  .        .  ....    ..   .  . . .      ..................  .. .. . .   . ...   .   ...      .      ..... .      . .  .    .   .          .   ........          
lowQualScore                  :   4          66   000  1        1  2222    44   0  1 1 1      777777777777777777  44 44 1 1   4 777   0   333      0      11111 0      0 0  0    0   0          2   88888888          
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Reference ( family-505 )      :  CGTATATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TAACG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----GG-GGCCCC-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCGAGC--------AAGAGCCCTG
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gi|103357                     :  CATATATTAAAG--GAA---CC-TGCGATAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------C---------AA--A--GTA-TAATG---CAA-ATT---TTTCCA-AAGTCG----GG-GACTGT-G-AC-CCAA-T--------------AGC--------AAGAGCCCTG
gi|103358                     :  CGTATATAGAAG--GAG---CA-TTTGCTTG-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTCCTT--------T---------AA--G--A-A-AAGCG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTTA----GG-GGCCTC-G-AT-CCCA-TGC-CCAGAAATGCGA-C--------AAAA
gi|103359                     :  CATATATTGAAG--AAA---CC-TATGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-T-TAAAG---ATA-ATT---TTCC
gi|103360                     :  CATATATTGAAG--AAA---CC-TATGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-T-TAAAG---ATA-ATT---TTCC
gi|103361                     :  CATATATTGAAG--GCC---AC-TGGGACAT-GT----AATT--TTC-CC-A------CCT------------------------------AGCG---CTA-ATT---TCCCCA-AAGTCA----GG-TGCCCC-ATCC-CCCT-TTT-CCAAAAGTACAAGC--------
gi|103362                     :  CGTATATTGAAG--GAA---AC-TCTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-
gi|103363                     :      TATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----TATT--TCC-CCCA-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TAACG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGCCGT---GG-GGGCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103364                     :   attTATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-CCCA-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TACTG---CTT-ATT---TTCCCA-AAGCCG----GG-GGCCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCAAGC--------AACATCCCTG
gi|103365                     : attTATATTAAAG--GAA---CC-TGCGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-T-TTTCTG--------T---------AA--A--A-A-TAAAG---CTA-ATT---TTCCC--AAGTCA----AG-GGCACC-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103366                     :    TATATTGAAG--GAA---CA-TGTGCTAT-GT----AATA--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-CAACA---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----GG-GTCCCT-G-AA-CCCA-TTC-CC-AAAGTGCGAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103367                     :    TATACTGAAG--GAA---CC-TTTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-T-TTACTT--------T---------AA--A--A-AATAAAG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----GT-GGCCCC-G-AC-CCCA-TTC-CC-AAAGTGCGAAC--------AATGGCCCTG
gi|103368                     :    TATATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-AC-A-AATTT----------------------A--A--A-A-TAACG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTC------G-GGCCCC-A-GT-CCCA-TTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103369                     :    TATATTGACG--GAA---CC-CTTGCTAA-TT----AATA--T-C-CC-A-A-TTTCTT--------C---------AA--A--A-A-TAATG---CTA-CTT---TTCCCA-AAGTCA----TG-GGCCCC-G-AC-CCCA-TTC-CCAGAAGTGTGAGC--------AAAAGCCCTG
gi|103370                     :    TATGTTGAAG--GAC---CT-TGGGTCAG-GT----AATT--TTT-CC-ACA-TTTCTTA-------A---------AA--A--A-A-TAAAG---C-A-ATT---C--------------------GTTTC-A-AT-CTCA-TTG-CCATATATGTAAGC--------AAGAGTACTG
gi|103371                     :    TATACTAAAA--GGA---CCATGGATCAT-GT----AATT--TTT-CC-A-A-TTTCTT--------G---------AA--A--A-A-TAAC----------T---TTCCCA-AAGTCA----AG-GGCTTC-A-AT-GTCA-TTG-ACAAAAGTGCAACC--------AAGAGCCTTG
gi|103372                     :    TATACTGAAG--GGA---AC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------CTAATTTTTCAA--A--A-G-TCACGGGACCAGACTGCATTCCCA-AAATCA----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAA
gi|103373                     :    TGTATTAAAG--CAT---CA-GGAGTCAT-GT----TATT--TTC-CA-A-A-TTTCGT--------T---------AA--A--A-A-TAATG---TTT-ATT---ATCCCA-AAGCCA----GG-GGCCTC-G-A--CCCA-TCC-CTAAAGATGCAAGCTGTAATATAAGAGCCCTG
gi|103374                     :    TATACTGAAG--GGA---AC-TGTGCGAT-GT----AATT--TTC-CA-A-A-TTTCTT--------CTAATTTTTCAA--A--A-G-TCACGGGACCAGACTGCATTCCCA-AAATCA----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAA
gi|103375                     :    TATATTGAAT--GA----------GGTAC-GTCTCGAATT--TTTTCC-T-A-TTTTT--------------------A--A--A-A-TAACA---C------------CCG-AAGTCA----AG-GCCCCT-G-AC-CTCG-TTT-GCAAAAGTGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103376                     :      TATTGAAG--GAA---CC-TATGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TATTG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCC----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCATAAGTGCCAGC--------AAGAGCCTTG
gi|103377                     :           AAA--GAA---CC-TTGGTCATTGA----AATT--TTC-TC-A-G-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TTATG---CTA-ATT---TTCCCA-A------------------------------TC-CTAAAATTGCAAGC--------AAGA
gi|103378                     :                               AT-GT----AATTATTTA-CTGA-A-TTTGTT--------TC--------AATTA--A-A-TAATG---CTA-ATT---TGCCCG-AAGTCC----AG-GGCACT-G-AC-CAAA-TTCGCCAAAA-TGCAGTC--------AAGA
gi|103379                     :                                   T----AATT--TTC-CT-T-A-TTCCTT--------T---------AA--A--A-A-TAAAG---ATA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----CT-GGCCCC-G-AC-CCTA-ATC-CCAAACGTGCGA-C--------AAGGGCCCTG
gi|103380                     :                                   T----AATT--TTC-CT-T-A-TTCCTT--------T---------AA--A--A-A-TAAAG---ATA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----CT-GGCCCC-G-AC-CCTA-ATC-CCAAACGTGCGA-C--------AAGGGCCCTG
gi|103381                     :                                    ----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCAA--------T---------CA--A--A-A-TGGCA---CTA-ATT---TTTCAA-GAATCA----AG-GGACCCAG-AC-CCCA-TTC-CCAAAAATGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103382                     :                                                                                                     TA-ATT---CTCCCA-AATTCA----GG-GGACCC-A-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCAAGC--------AACAGCCCTG
gi|103383                     :                                                                                                      A-ATT---TTCCCA-AAGTCA----TG-GGCCCC-A-AA-CCCA-TTT-CCAAAAATGCAAGC--------AAAAGCTTTG
gi|103384                     :                                                                                                       -ATT---TCCCCA-AAGTGAAAGGAG-GGCCCT-G-AA-CCCA-TTT-CCTAAAGTG-AAAT--------GAGGGCCCTG
gi|103385                     :                                                                                                           ---TTCCCA-AATTCA----GA-GGCCCT-G-AC-CCCATTTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCACTG
gi|103386                     :                                                                                                           ---TTCCCA-AATTCA----GA-GGCTCT-G-AC-CCCATTTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCACTG





Alignments
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lowQualScore                  :   0          11   222  1        1  2222    11   1  3 1 1      222222222222222222  11 11 1 1   0 333   2   333      1      33333 1      1 1  1    2   1          0   33333333          
lowQualScore                  :   .          ..   ...  .        .  ....    ..   .  . . .      ..................  .. .. . .   . ...   .   ...      .      ..... .      . .  .    .   .          .   ........          
lowQualScore                  :   4          66   000  1        1  2222    44   0  1 1 1      777777777777777777  44 44 1 1   4 777   0   333      0      11111 0      0 0  0    0   0          2   88888888          
consensus                     :  CGTATATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TAACG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----GG-GGCCCC-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCGAGC--------AAGAGCCCTG
Reference ( family-505 )      :  CGTATATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TAACG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----GG-GGCCCC-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCGAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103343                     :  CGTATATTGAAA--GAA---CC-TGTGCTGT-GT----AATT--TTC-CC-A-C-TGTCTT--------T---------AA--A--A-A-TAATG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----TG-GGCCCC-G-AC-CCCA-TCC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103344                     :  CATATATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----TATT--TTC-CC-A-A-TATCTT--------G---------AA--A--A-A-TAAAG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTGA----GG-GGCCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAAATTTTGAGC--------AAGAGCCGTG
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gi|103368                     :    TATATTGAAG--GAA---CC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-AC-A-AATTT----------------------A--A--A-A-TAACG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTC------G-GGCCCC-A-GT-CCCA-TTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103369                     :    TATATTGACG--GAA---CC-CTTGCTAA-TT----AATA--T-C-CC-A-A-TTTCTT--------C---------AA--A--A-A-TAATG---CTA-CTT---TTCCCA-AAGTCA----TG-GGCCCC-G-AC-CCCA-TTC-CCAGAAGTGTGAGC--------AAAAGCCCTG
gi|103370                     :    TATGTTGAAG--GAC---CT-TGGGTCAG-GT----AATT--TTT-CC-ACA-TTTCTTA-------A---------AA--A--A-A-TAAAG---C-A-ATT---C--------------------GTTTC-A-AT-CTCA-TTG-CCATATATGTAAGC--------AAGAGTACTG
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gi|103372                     :    TATACTGAAG--GGA---AC-TGTGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------CTAATTTTTCAA--A--A-G-TCACGGGACCAGACTGCATTCCCA-AAATCA----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAA
gi|103373                     :    TGTATTAAAG--CAT---CA-GGAGTCAT-GT----TATT--TTC-CA-A-A-TTTCGT--------T---------AA--A--A-A-TAATG---TTT-ATT---ATCCCA-AAGCCA----GG-GGCCTC-G-A--CCCA-TCC-CTAAAGATGCAAGCTGTAATATAAGAGCCCTG
gi|103374                     :    TATACTGAAG--GGA---AC-TGTGCGAT-GT----AATT--TTC-CA-A-A-TTTCTT--------CTAATTTTTCAA--A--A-G-TCACGGGACCAGACTGCATTCCCA-AAATCA----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAA
gi|103375                     :    TATATTGAAT--GA----------GGTAC-GTCTCGAATT--TTTTCC-T-A-TTTTT--------------------A--A--A-A-TAACA---C------------CCG-AAGTCA----AG-GCCCCT-G-AC-CTCG-TTT-GCAAAAGTGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103376                     :      TATTGAAG--GAA---CC-TATGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TATTG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCC----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCATAAGTGCCAGC--------AAGAGCCTTG
gi|103377                     :           AAA--GAA---CC-TTGGTCATTGA----AATT--TTC-TC-A-G-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TTATG---CTA-ATT---TTCCCA-A------------------------------TC-CTAAAATTGCAAGC--------AAGA
gi|103378                     :                               AT-GT----AATTATTTA-CTGA-A-TTTGTT--------TC--------AATTA--A-A-TAATG---CTA-ATT---TGCCCG-AAGTCC----AG-GGCACT-G-AC-CAAA-TTCGCCAAAA-TGCAGTC--------AAGA
gi|103379                     :                                   T----AATT--TTC-CT-T-A-TTCCTT--------T---------AA--A--A-A-TAAAG---ATA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----CT-GGCCCC-G-AC-CCTA-ATC-CCAAACGTGCGA-C--------AAGGGCCCTG
gi|103380                     :                                   T----AATT--TTC-CT-T-A-TTCCTT--------T---------AA--A--A-A-TAAAG---ATA-ATT---TTCCCA-AAGTCA----CT-GGCCCC-G-AC-CCTA-ATC-CCAAACGTGCGA-C--------AAGGGCCCTG
gi|103381                     :                                    ----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCAA--------T---------CA--A--A-A-TGGCA---CTA-ATT---TTTCAA-GAATCA----AG-GGACCCAG-AC-CCCA-TTC-CCAAAAATGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103382                     :                                                                                                     TA-ATT---CTCCCA-AATTCA----GG-GGACCC-A-AC-CCCA-TTC-CCAAAAGTGCAAGC--------AACAGCCCTG
gi|103383                     :                                                                                                      A-ATT---TTCCCA-AAGTCA----TG-GGCCCC-A-AA-CCCA-TTT-CCAAAAATGCAAGC--------AAAAGCTTTG
gi|103384                     :                                                                                                       -ATT---TCCCCA-AAGTGAAAGGAG-GGCCCT-G-AA-CCCA-TTT-CCTAAAGTG-AAAT--------GAGGGCCCTG
gi|103385                     :                                                                                                           ---TTCCCA-AATTCA----GA-GGCCCT-G-AC-CCCATTTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCACTG
gi|103386                     :                                                                                                           ---TTCCCA-AATTCA----GA-GGCTCT-G-AC-CCCATTTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCACTG


blockSeqs                     :              AG   TAA  A        T  CTCG    AT   T  C C A      CTAATTTTTC          TT TA T A     GGA   G   GCA             AAGGA                  T                  TGTAATAT
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  C . .      CTAATTTTTC          .  .  . .     GGA   G   GCA             TG                     T                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  G . .      ATATCTTAT           .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      AA                  .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      TC                  .  .  . .     .     .   .               C                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      G                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               A                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      A                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               T                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      C                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               A                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               T                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               A                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      C                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      G                   .  .  . .     .     .   .               A                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               A                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               C                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               C                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               A                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      T                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
blockSeqs                     :              .    .    .        .  .       .    .  . . .      .                   .  .  . .     .     .   .               T                      .                  .       
blockSeqs                     :                                 .  .       .    .  . . .      .                   .  .  . .     .     .   .               G                      .                  .       
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gi|103374                     :    TATACTGAAG--GGA---AC-TGTGCGAT-GT----AATT--TTC-CA-A-A-TTTCTT--------CTAATTTTTCAA--A--A-G-TCACGGGACCAGACTGCATTCCCA-AAATCA----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCAAA
gi|103375                     :    TATATTGAAT--GA----------GGTAC-GTCTCGAATT--TTTTCC-T-A-TTTTT--------------------A--A--A-A-TAACA---C------------CCG-AAGTCA----AG-GCCCCT-G-AC-CTCG-TTT-GCAAAAGTGCAAGC--------AAGAGCCCTG
gi|103376                     :      TATTGAAG--GAA---CC-TATGCTAT-GT----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TATTG---CTA-ATT---TTCCCA-AAGTCC----GG-GACCCT-G-AC-CCCA-TTC-CCATAAGTGCCAGC--------AAGAGCCTTG
gi|103377                     :           AAA--GAA---CC-TTGGTCATTGA----AATT--TTC-TC-A-G-TTTCTT--------T---------AA--A--A-A-TTATG---CTA-ATT---TTCCCA-A------------------------------TC-CTAAAATTGCAAGC--------AAGA
gi|103378                     :                               AT-GT----AATTATTTA-CTGA-A-TTTGTT--------TC--------AATTA--A-A-TAATG---CTA-ATT---TGCCCG-AAGTCC----AG-GGCACT-G-AC-CAAA-TTCGCCAAAA-TGCAGTC--------AAGA
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gi|103381                     :                                    ----AATT--TTC-CC-A-A-TTTCAA--------T---------CA--A--A-A-TGGCA---CTA-ATT---TTTCAA-GAATCA----AG-GGACCCAG-AC-CCCA-TTC-CCAAAAATGCAAGC--------AAGAGCCCTG
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gi|103384                     :                                                                                                       -ATT---TCCCCA-AAGTGAAAGGAG-GGCCCT-G-AA-CCCA-TTT-CCTAAAGTG-AAAT--------GAGGGCCCTG
gi|103385                     :                                                                                                           ---TTCCCA-AATTCA----GA-GGCCCT-G-AC-CCCATTTC-CCAAAAGTGTGAGC--------AAGAGCACTG
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