lowQualScore                  :                                                                          1111111111           11111111111           1111              111111111                                                       11                             
lowQualScore                  :            333  1    1111 11 1  11  2 22 6 11    5555555555 11  33333333 0000000000  2  22222 22222222222  1 1 4444 0000 1 2222  111  000000000 1 33 66 0      11  0   444444444444 222222            22  0        5   11            
lowQualScore                  :            ...  .    .... .. .  ..  . .. . ..    .......... ..  ........ ..........  .  ..... ...........  . . .... .... . ....  ...  ......... . .. .. .      ..  .   ............ ......            ..  .        .   ..            
lowQualScore                  :            444  5    8888 77 2  66  2 55 3 44    5555555555 44  33333333 7777777777  9  44444 77777777777  0 0 3333 0000 0 0000  666  999999999 9 55 44 9      33  9   888888888888 777777            00  7        6   33            
consensus                     : ATTTATGTATT-A-AT-TAAC--G-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAC------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
Reference ( gi|111025 )       : ATTTATGTATT-A-AT-TAAC--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111027                     : ATTTATGTATT-A-AT-TAAC--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATCTAT--TCTGTTCTGTTC
gi|111026                     : ATTTATGTATT-A-AT-TAAC--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TAACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111028                     : ATTTATGTATT-A-AT-TAAC--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----G----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111029                     : ATTTATGTATT-A-AT-TAAC--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TA-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111030                     : ATTTTTTTTTT-A-AT-TTAC--G-C--T-AT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T--------------G-T----A-A--A-T----AT---AC---T-----A-T--T--A-TGACG---TGCTAT------------T------TATGT------CTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTTTGTTC
gi|111031                     : ATATATGTATA-T-AT---AT--A-A----AT--GT-T--C-T--A-GT-------------AT---A----TG---------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A------------T---G------------------A-TGATGA--TG-TAC------------T------TATGTGCAAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111032                     :  TTTATGTATT-T-AT-TAAC--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--AG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTAAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111033                     :  TTTTTGTATT----T-GAAT--A-A--TTAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AC---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----T-A--A------AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGCACAAGTCTGAAATGAAATATCTGT--TCTGTTC
gi|111034                     :   TTATGTATT-A-AT-TAAC--G-A--T-AT--AT-T--A-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--A-T----CT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATTTAT--TCTGTTCTGTT
gi|111035                     :   TTATGTATT-T-AT-TAAC--G-A--T-AT--AG-A--T-C--ACGT----------G--AT---A----A----------TA-TG-----T---G-------GT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---C-----A-T--T--A-TGAAGA--TG-TAG------------C------TATGTACAAGTATGAACT-AGATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111036                     :    TATTTATT-GCAT-TAAC--G-A--T-AT--AG-T--T-T--ACCA----------T--AT---A----T----------TA-TGACCAATGG-A-------TT-G-A----A-G--A-T----A----GT---TCTTT-G-T--T--A-CGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGCCTGAAATAAAATATACGT--TCTGCTCTGCTC
gi|111038                     :     ATTTATT-A-AT-TAAT--A-A--T-AT--AT-T--T-T--ATGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAATCTGGA--AAAATAACTGT--TCTGTTC
gi|111037                     :     ATGTACT-T-AT-TTGC--G-A--T-AT--AG-T--C-T--ACGT----------G--AT---T----T----------TA-TG-----A---G-------TT-T-T----A-G--A-T----AT---GT---A-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAC------------T------TATGTACTAGTCTGAAATAAAATACCTGTTCTCTGTTCTGTTC
gi|111039                     :     ATGCACT-T-AT-TAAC--G-A--T-A---AT-C--T------------------G--AT---G----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TGGCGA--TG-TAT------------T------TATATACAAGTCGGAAATAAAATATCTGT--TCTATTCTGCTC
gi|111040                     :     ATGTGTC-A-AT-TAATGAA-A--T-AT--ATATA-T-T--ATGT----------G--GT---T----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----G-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------TTGTATCTATGTACAAGTATGAAATAAAATAAATGT--CATGTTCTGT
gi|111041                     :     ATTTATT-T-AT-TAAC--A-A--T-GT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----T-A--T-T----AT---GT---T-------T--A--A-TGATGA--TA-TGT------------T------TATGTACAAGTCTGAAAAAAAATA--TGT--TCTGTTCCGT
gi|111042                     :     ATGTATT-A-AT-TAAT--C-C--T-AT--AC-T--T-T--AAAT----------G--AC---C----T----------TG-TG-----T--------------------------------------GT---C-----A-T--T--A-TGACGA--TG-GGT------------C------TATATACTAATCTAAAATAAAATGCATGT--TTTATTCTGTT
gi|111043                     :       GTATTTA-AC-TAAT--A-A--T-AT--AT-TGCT-T--ATGTTTAAGAGGTTGTCAT---AATGTT----------TA-TA-----TTG-A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GTA--T-----A-TAGT--A-TGATGA--TG-TAC------------T------T-TGTACAAATCCTAA-TAAAACATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111044                     :        TGTT-A-AG-TGAC--T-A--T-AT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGA--TG-TAC------------T------T-TGTACAAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111045                     :        TGTT-A-AG-TGAC--T-A--T-AT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-G--T--A-TGATGA--TG-TAC------------T------T-TGTACAAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111046                     :        TGTT-A-AG-TAAC--T-A--T-AT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-T-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGA--TG-TAC------------T------T-TGTACAAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTGTGTTC
gi|111047                     :           T-A-AG-TGAC--T-A--T-AT--GT-T--T---------------------AT---A----T----------CG------------A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GT---T-----A-TAGT--A-TGATGA--TG-TAC------------T------T-TGTACAAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111048                     :            -A-AT-TGA---A-A--T-ATCTAT-T--T-T--ACGT----------G--ATTAAA----T----------TG-TA-----T---T-------TT-G-T----T-T--A-T----TTTTTGT---T-------T--T--A-TGATTA--TA-TAC------------T-------ATGTATAAATC--AAATAAAATGTATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111049                     :            -A-ATGTAAT--ATA--T-AT--AT-T--TAT--ATAT----------A--A----A----T----------GT-TC-----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---A-----C-TG-T--A-TGATGA--TG-TAC------------A------TATGTGCAAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111050                     :              -AT-TTAC--G-A--T-AT--AG-T--T-T--ACAT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------CT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TTACAA--TG-TAT------------T------TATGCACACGTCTGAAATGAAAAATCTTT--TCTGTTCTGTTC
gi|111051                     :                 -TAAC--A-A--T--C--AC-G--T-G--ACAT----------G--AT---C----T----------CAATA-----T---A-------TTTG-TT---A-AC-A-C----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACTA--TG-TAC------------T-------ATGTGTAAGTC--AAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111052                     :                    AC--A-AATT-AT--AT-T--C-T--ACGT----------G--AT---A----C----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--AAT----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTATAAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111053                     :                      --A-A--T-AT--AA---------ATGT----------T--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-C--T--A-TGACGA--TA-TATCTAATAATTTTAT------TATGTACATGTCTGAATCAAAATATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111054                     :                      --A-A--T-AT--AT-T--T----ATAT-------------AT---A----T----------AAATG-----TTCTA-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGA--TG-TAC------------T------TATGTGCAAATT---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111055                     :                      --A-A--T-AT--AT-A--TAT--ATAT-------------AT---A----T----------AAATG-----TTTTA-------TT-A-T----A-G--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGA--TG-CAC------------T------TATGTGCAAATC---AATAAAATACATGT--TCTGTCCTGTTC
gi|111056                     :                         -A--T-AT--AA-T--T-GGAATGT----------G--AT---A----TA---------TA-TT-----T---A-------TG-G-T----CTATTA-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111057                     :                         -A--T-AT--AT-A--TAT--ATAT-------------AT---A----TA---------TA-TA-----T---AAATG---TT-C-T----A-GT-A-T----AT---GTATGT-----A-T--TGTA-TGATGA--TG-TAC------------T------TATGTGCAAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111058                     :                           --T-AT--AG-T--T-T--ACCT----------G--CT---A----T----------TA-TA-----T---T-------TT-G-T----G-A--A-T----GT---GT---T-----A-C--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAAT---AAATAA
gi|111059                     :                                T--ATGT--T-T--ATAT----------G--G----A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGG-----TG-TAC------------T------T-TGTACAAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111061                     :                                    T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTGAA--TA-TA-----T-----------TT-G-TTA--A-A--A-A----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACGA--TG-TAC------------T-------ATGTATAAGTC--AAATAAAATATAGGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111060                     :                                    T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----T----------GA-TC-----T---AAATATATTT-G-TTAACA-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGA--TG-TAC------------T-------ATGTATAAGTC--AAATAAAATAAATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111062                     :                                    T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTAAATATA-TG-----T---G-------TT-AAC----A-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGA--TG--AT------------C------TATGTATAAGCC--AAATAAAATATATGT--TCTGGTCTGTTCtgttc
gi|111063                     :                                       --T-T--ACGT----------G--AT--------T----------TA--A-----C---A-------TT-G-T----A-A--G-T----TT---GT---TTGTATA-C--T--A-TGATGA--TG-TAC------------T-------ATATACAAGTCTG-AATAAAG-ATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111064                     :                                               CGTA---------G--GC---A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-G----ATA--A-TCCTCGT---AT---T-----G-T--A--A-CGCCGA--TG-TAT------------T------TATATA-AAATCTGAACTAAAATATCTGT--TCTGGTCTGTT
gi|111065                     :                                                             --AT---AG---T----------TG-TG-----T---T-------TT-G-T----A------------T---GT---TGT---A-T--A--A-TGATGAGCTG-TAT--------------------ATGCTTAAGTC-GAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111066                     :                                                                T---A----T----------TA-TG-----T---ACA-----TT-G-T----A------T----TT---GT---T----------T--ACTGATGA--TG-TAC------------T------T-TGAACAAATC-GAAATAAA-TATTTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111067                     :                                                                                         -----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGA--TG-TAC------------T------TATGTGCAAATC---AATAAAGTATGTGT--TCTGTTCTGATC
gi|111068                     :                                                                                                                                 T---GT---T-----A-T--T--A-TGACGA--TG-TAT------------T------TATGTACAAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                             1111111111           11111111111                                                                                             11                             
lowQualScore                  :                44 1  1    4 2222   11  1 11 6 11    5555555555 11  33333333 0000000000  1  22222 00000000000  0 0 4444 9999 0 2222  111  999999999 1 33 66 0        0   444444444444 333333       11     11  1        1   11            
lowQualScore                  :                .. .  .    . ....   ..  . .. . ..    .......... ..  ........ ..........  .  ..... ...........  . . .... .... . ....  ...  ......... . .. .. .        .   ............ ......       ..     ..  .        .   ..            
lowQualScore                  :                00 6  6    4 7777   77  1 55 7 44    5555555555 44  33333333 7777777777  0  33333 00000000000  9 9 2222 6666 9 0000  666  222222222 8 44 22 9        9   777777777777 555555       22     22  6        5   33            
consensus                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
Reference ( family-500 )      :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111025                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111026                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TAACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111027                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTAT--TCTGTTCTGTTC
gi|111028                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----G----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111029                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TA-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111030                     :     ATTTTTTTTTT--A-AT-TTACGC----TAT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T--------------G-T----A-A--A-T----AT---AC---T-----A-T--T--A-TGACG-TGCTAT------------T------TATGT--------CTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTTTGTTC
gi|111031                     :     ATATATGTATA--T-ATATAA--------AT--GT-T--C-T--A-GT-------------AT---A----TG---------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A------------T---G------------------A-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111032                     :      TTTATGTATT--T-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGAAG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTAAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111033                     :      TTTTTGTATTTGA-AT--AAT------TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AC---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----T-A--A------AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGCAC--AAGTCTGAAATGAAATATCTGT--TCTGTTC
gi|111034                     :       TTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--A-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--A-T----CT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATTTAT--TCTGTTCTGTT
gi|111035                     :       TTATGTATT--T-AT-TAACGA----TAT--AG-A--T-C--ACGT----------G--AT---A----A----------TA-TG-----T---G-------GT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---C-----A-T--T--A-TGAAGATG-TAG------------C------TATGTAC--AAGTATGAACT-AGATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111036                     :        TATTTATT--GCAT-TAACGA----TAT--AG-T--T-T--ACCA----------T--AT---A----T----------TA-TGACCAATGG-A-------TT-G-A----A-G--A-T----A----GT---TCTTT-G-T--T--A-CGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGCCTGAAATAAAATATACGT--TCTGCTCTGCTC
gi|111037                     :         ATGTACT--T-AT-TTGCGA----TAT--AG-T--C-T--ACGT----------G--AT---T----T----------TA-TG-----A---G-------TT-T-T----A-G--A-T----AT---GT---A-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--TAGTCTGAAATAAAATACCTGTTCTCTGTTCTGTTC
gi|111038                     :         ATTTATT--A-AT-TAATAA----TAT--AT-T--T-T--ATGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAATCTGGA--AAAATAACTGT--TCTGTTC
gi|111039                     :         ATGCACT--T-AT-TAACGA----TA---AT-C--T------------------G--AT---G----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TGGCGATG-TAT------------T------TATATAC--AAGTCGGAAATAAAATATCTGT--TCTATTCTGCTC
gi|111040                     :         ATGTGTC--A-AT-TAATGAAATATAT--AT-A--T-T--ATGT----------G--GT---T----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----G-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------TTGTATCTATGTAC--AAGTATGAAATAAAATAAATGT--CATGTTCTGT
gi|111041                     :         ATTTATT--T-AT-TAACAA----TGT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----T-A--T-T----AT---GT---T-------T--A--A-TGATGATA-TGT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAA-AAAA-ATATGT--TCTGTTCCGT
gi|111042                     :         ATGTATT--A-AT-TAATCC----TAT--AC-T--T-T--AAAT----------G--AC---C----T----------TG-TG----------------------------------------T---GT---C-----A-T--T--A-TGACGATG-GGT------------C------TATATAC--TAATCTAAAATAAAATGCATGT--TTTATTCTGTT
gi|111043                     :           GTATTT-A-AC-TAATAA----TAT--AT-TGCT-T--ATGTTTAAGAGGTTGTCAT---AATGTT----------TA-TA-----TTG-A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GTA--T-----A-TAGT--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAACATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111044                     :            TGTT--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111045                     :            TGTT--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-G--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111046                     :            TGTT--A-AG-TAACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-T-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTGTGTTC
gi|111047                     :               T--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--T---------------------AT---A----T----------CG------------A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GT---T-----A-TAGT--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111048                     :                --A-AT-TGA-AA----TATCTAT-T--T-T--ACGT----------G--ATTAAA----T----------TG-TA-----T---T-------TT-G-T----T-T--A-T----TTTTTGT---T-------T--T--A-TGATTATA-TAC------------T-------ATGTAT--AAATC--AAATAAAATGTATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111049                     :                            A----TAT--AT-T--TAT--ATAT----------A--A----A----T----------GT-TC-----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---A-----C-TG-T--A-TGATGATG-TAC------------A------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111050                     :         aatgtaatat-AT-TTACGA----TAT--AG-T--T-T--ACAT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------CT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TTACAATG-TAT------------T------TATGCAC--ACGTCTGAAATGAAAAATCTTT--TCTGTTCTGTTC
gi|111051                     :                                               --ACAT----------G--AT---C----T----------CAATA-----T---A-------TTTG-TT---A-AC-A-C----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACTATG-TAC------------T-------ATGTGT--AAGTC--AAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111052                     :                taacaatcacgtg----TAT--AT-T--C-T--ACGT----------G--AT---A----C----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--AAT----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAT--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111053                     :                                         acaaat--ATGT----------T--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-C--T--A-TGACGATA-TATCTAATAATTTTAT------TATGTAC--ATGTCTGAATCAAAATATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111054                     :                     aatataaA----TAT--AT-T--TAT--ATAT-------------AT---A----A-----------A-TG-----TTCTA-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATT---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111055                     :                                                                                           a-----T---A-------TT-A-T----A-G--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-CAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATACATGT--TCTGTCCTGTTC
gi|111056                     : aatatatatatatatatataaatgtttA----TAT--AA-T--T-GGAATGT----------G--AT---A----TA---------TA-TT-----T---A-------TG-G-T----CTATTA-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111057                     :                            A----TAT--AT-A--TAT--ATAT-------------AT---A----TA---------TA-TA-----T---AAATG---TT-C-T----A-GT-A-T----AT---GTATGT-----A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111058                     :                             ----TAT--AG-T--T-T--ACCT----------G--CT---A----T----------TA-TA-----T---T-------TT-G-T----G-A--A-T----GT---GT---T-----A-C--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAAT---AAATAA
gi|111059                     :                                   T--ATGT--T-T--ATAT----------G--G----A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGG---TG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111060                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----T----------GA-TC-----T---AAATATATTT-G-TTAACA-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T-------ATGTAT--AAGTC--AAATAAAATAAATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111061                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTGAA--TA-TA-----T-----------TT-G-TTA--A-A--A-A----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACGATG-TAC------------T-------ATGTAT--AAGTC--AAATAAAATATAGGT--TCTGTTCTGTTCtgttc
gi|111062                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTAAATATA-TG-----T---G-------TT-AAC----A-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGATG--AT------------C------TATGTAT--AAGCC--AAATAAAATATATGT--TCTGGTCTGTTC
gi|111063                     :                                          --T-T--ACGT----------G--AT--------T----------TA--A-----C---A-------TT-G-T----A-A--G-T----TT---GT---TTGTATA-C--T--A-TGATGATG-TAC------------T-------ATATAC--AAGTCTGAA-TAAAG-ATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111064                     :                                                  CGTA---------G--GC---A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-G----ATA--A-TCCTCGT---AT---T-----G-T--A--A-CGCCGATG-TAT------------T------TATATA---AAATCTGAACTAAAATATCTGT--TCTGGTCTGTT
gi|111065                     :                                                                --AT---AG---T----------TG-TG-----T---T-------TT-G-T----A------------T---GT---T-----G-T-----A-TAATGATG-AGC------------TG-----TATATGCTTAAGTC-GAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111066                     :                                                                   T---A----T----------TA-TG-----T---ACA-----TT-G-T----A------T----TT---GT---T----------T--ACTGATGATG-TAC------------T------T-TGAAC--AAATC-GAAATAAA-TATTTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111067                     :                                                                                            -----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAGTATGTGT--TCTGTTCTGATC
gi|111068                     :                                                                                                                                    T---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                             1111111111           11111111111                                                                                             11                             
lowQualScore                  :                44 1  1    4 2222   11  1 11 6 11    5555555555 11  33333333 0000000000  1  22222 00000000000  0 0 4444 9999 0 2222  111  999999999 1 33 66 0        0   444444444444 333333       11     11  1        1   11            
lowQualScore                  :                .. .  .    . ....   ..  . .. . ..    .......... ..  ........ ..........  .  ..... ...........  . . .... .... . ....  ...  ......... . .. .. .        .   ............ ......       ..     ..  .        .   ..            
lowQualScore                  :                00 6  6    4 7777   77  1 55 7 44    5555555555 44  33333333 7777777777  0  33333 00000000000  9 9 2222 6666 9 0000  666  222222222 8 44 22 9        9   777777777777 555555       22     22  6        5   33            
consensus                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
Reference ( family-500 )      :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111025                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111026                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TAACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111027                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTAT--TCTGTTCTGTTC
gi|111028                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----G----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111029                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TA-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111030                     :     ATTTTTTTTTT--A-AT-TTACGC----TAT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T--------------G-T----A-A--A-T----AT---AC---T-----A-T--T--A-TGACG-TGCTAT------------T------TATGT--------CTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTTTGTTC
gi|111031                     :     ATATATGTATA--T-ATATAA--------AT--GT-T--C-T--A-GT-------------AT---A----TG---------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A------------T---G------------------A-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111032                     :      TTTATGTATT--T-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGAAG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTAAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111033                     :      TTTTTGTATTTGA-AT--AAT------TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AC---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----T-A--A------AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGCAC--AAGTCTGAAATGAAATATCTGT--TCTGTTC
gi|111034                     :       TTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--A-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--A-T----CT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATTTAT--TCTGTTCTGTT
gi|111035                     :       TTATGTATT--T-AT-TAACGA----TAT--AG-A--T-C--ACGT----------G--AT---A----A----------TA-TG-----T---G-------GT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---C-----A-T--T--A-TGAAGATG-TAG------------C------TATGTAC--AAGTATGAACT-AGATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111036                     :        TATTTATT--GCAT-TAACGA----TAT--AG-T--T-T--ACCA----------T--AT---A----T----------TA-TGACCAATGG-A-------TT-G-A----A-G--A-T----A----GT---TCTTT-G-T--T--A-CGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGCCTGAAATAAAATATACGT--TCTGCTCTGCTC
gi|111037                     :         ATGTACT--T-AT-TTGCGA----TAT--AG-T--C-T--ACGT----------G--AT---T----T----------TA-TG-----A---G-------TT-T-T----A-G--A-T----AT---GT---A-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--TAGTCTGAAATAAAATACCTGTTCTCTGTTCTGTTC
gi|111038                     :         ATTTATT--A-AT-TAATAA----TAT--AT-T--T-T--ATGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAATCTGGA--AAAATAACTGT--TCTGTTC
gi|111039                     :         ATGCACT--T-AT-TAACGA----TA---AT-C--T------------------G--AT---G----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TGGCGATG-TAT------------T------TATATAC--AAGTCGGAAATAAAATATCTGT--TCTATTCTGCTC
gi|111040                     :         ATGTGTC--A-AT-TAATGAAATATAT--AT-A--T-T--ATGT----------G--GT---T----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----G-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------TTGTATCTATGTAC--AAGTATGAAATAAAATAAATGT--CATGTTCTGT
gi|111041                     :         ATTTATT--T-AT-TAACAA----TGT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----T-A--T-T----AT---GT---T-------T--A--A-TGATGATA-TGT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAA-AAAA-ATATGT--TCTGTTCCGT
gi|111042                     :         ATGTATT--A-AT-TAATCC----TAT--AC-T--T-T--AAAT----------G--AC---C----T----------TG-TG----------------------------------------T---GT---C-----A-T--T--A-TGACGATG-GGT------------C------TATATAC--TAATCTAAAATAAAATGCATGT--TTTATTCTGTT
gi|111043                     :           GTATTT-A-AC-TAATAA----TAT--AT-TGCT-T--ATGTTTAAGAGGTTGTCAT---AATGTT----------TA-TA-----TTG-A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GTA--T-----A-TAGT--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAACATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111044                     :            TGTT--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111045                     :            TGTT--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-G--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111046                     :            TGTT--A-AG-TAACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-T-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTGTGTTC
gi|111047                     :               T--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--T---------------------AT---A----T----------CG------------A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GT---T-----A-TAGT--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111048                     :                --A-AT-TGA-AA----TATCTAT-T--T-T--ACGT----------G--ATTAAA----T----------TG-TA-----T---T-------TT-G-T----T-T--A-T----TTTTTGT---T-------T--T--A-TGATTATA-TAC------------T-------ATGTAT--AAATC--AAATAAAATGTATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111049                     :                            A----TAT--AT-T--TAT--ATAT----------A--A----A----T----------GT-TC-----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---A-----C-TG-T--A-TGATGATG-TAC------------A------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111050                     :         aatgtaatat-AT-TTACGA----TAT--AG-T--T-T--ACAT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------CT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TTACAATG-TAT------------T------TATGCAC--ACGTCTGAAATGAAAAATCTTT--TCTGTTCTGTTC
gi|111051                     :                                               --ACAT----------G--AT---C----T----------CAATA-----T---A-------TTTG-TT---A-AC-A-C----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACTATG-TAC------------T-------ATGTGT--AAGTC--AAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111052                     :                taacaatcacgtg----TAT--AT-T--C-T--ACGT----------G--AT---A----C----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--AAT----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAT--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111053                     :                                         acaaat--ATGT----------T--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-C--T--A-TGACGATA-TATCTAATAATTTTAT------TATGTAC--ATGTCTGAATCAAAATATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111054                     :                     aatataaA----TAT--AT-T--TAT--ATAT-------------AT---A----A-----------A-TG-----TTCTA-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATT---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111055                     :                                                                                           a-----T---A-------TT-A-T----A-G--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-CAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATACATGT--TCTGTCCTGTTC
gi|111056                     : aatatatatatatatatataaatgtttA----TAT--AA-T--T-GGAATGT----------G--AT---A----TA---------TA-TT-----T---A-------TG-G-T----CTATTA-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111057                     :                            A----TAT--AT-A--TAT--ATAT-------------AT---A----TA---------TA-TA-----T---AAATG---TT-C-T----A-GT-A-T----AT---GTATGT-----A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111058                     :                             ----TAT--AG-T--T-T--ACCT----------G--CT---A----T----------TA-TA-----T---T-------TT-G-T----G-A--A-T----GT---GT---T-----A-C--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAAT---AAATAA
gi|111059                     :                                   T--ATGT--T-T--ATAT----------G--G----A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGG---TG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111060                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----T----------GA-TC-----T---AAATATATTT-G-TTAACA-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T-------ATGTAT--AAGTC--AAATAAAATAAATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111061                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTGAA--TA-TA-----T-----------TT-G-TTA--A-A--A-A----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACGATG-TAC------------T-------ATGTAT--AAGTC--AAATAAAATATAGGT--TCTGTTCTGTTCtgttc
gi|111062                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTAAATATA-TG-----T---G-------TT-AAC----A-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGATG--AT------------C------TATGTAT--AAGCC--AAATAAAATATATGT--TCTGGTCTGTTC
gi|111063                     :                                          --T-T--ACGT----------G--AT--------T----------TA--A-----C---A-------TT-G-T----A-A--G-T----TT---GT---TTGTATA-C--T--A-TGATGATG-TAC------------T-------ATATAC--AAGTCTGAA-TAAAG-ATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111064                     :                                                  CGTA---------G--GC---A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-G----ATA--A-TCCTCGT---AT---T-----G-T--A--A-CGCCGATG-TAT------------T------TATATA---AAATCTGAACTAAAATATCTGT--TCTGGTCTGTT
gi|111065                     :                                                                --AT---AG---T----------TG-TG-----T---T-------TT-G-T----A------------T---GT---T-----G-T-----A-TAATGATG-AGC------------TG-----TATATGCTTAAGTC-GAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111066                     :                                                                   T---A----T----------TA-TG-----T---ACA-----TT-G-T----A------T----TT---GT---T----------T--ACTGATGATG-TAC------------T------T-TGAAC--AAATC-GAAATAAA-TATTTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111067                     :                                                                                            -----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAGTATGTGT--TCTGTTCTGATC
gi|111068                     :                                                                                                                                    T---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC


blockSeqs                     :                TG C  A    A AATA   CT  G GC A GA    TTAAGAGGTT TC  AATGT    GATCTAAATA     ACCAA AAATATAT         TAAC TATT   CCTC  TTT  TTGTAT    G AG GT              CTAATAATTTTA TGTATC       TT     TG  A        C   TC
blockSeqs                     :                T  .  .    A .      .   . .  A .     A          .   TAAA     GATCTGAA       .     AAATG            TA   AC     .     .    TCTTT     G AG GT              .            G            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  A .     .          .   AG       G              .     TCTA             T    GT     .     .    ATGT      . G  GT              .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  A .     .          .   A        A              .     GGA              .    TA     .     .    AT        . .  GT              .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  A .     .          .   A        A              .     TGA              .    A      .     .    AT        . .  GT              .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  A .     .          .   A        .              .     ACA              .    A      .     .    AT        . .  .               .            .            .      TA  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        T   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  C        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      GG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    G      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    C .      .   . .  . .     .          .   T        .              .     G                .    G      .     .    C         . .  .               .            .            .      TG  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    A      .     .    A         . .  .               .            .            .      TA  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    T .      .   . .  . .     .          .   G        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      CT  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    T .      .   . .  . .     .          .   T        .              .     G                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      CT  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    T .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      CT  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    T .      .   . .  . .     .          .   C        .              .     G                .    T      .     .    T         . .  .               .            .            .      CT  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    A .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    T      .     .    C         . .  .               .            .            .      CT  A        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    G .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    T      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  T        A   . 
blockSeqs                     :                .  .  .    . .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    T      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        A   . 
blockSeqs                     :                   .  .    . .      .   . .  . .     .          .   C        .              .     A                .    A      .     .    A         . .  .               .            .            .      TG  A        A   . 
blockSeqs                     :                             .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     T                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      CT  A        C   . 
blockSeqs                     :                             .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        A   . 
blockSeqs                     :                             .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    T      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        C   . 
blockSeqs                     :                             .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    G      .     .    T         . .  .               .            .            .      TG  A        A   . 
blockSeqs                     :                             .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      G   A        A   . 
blockSeqs                     :                             .      .   . .  . .     .          .   A        .              .     G                .    A      .     .    A         . .  .               .            .            .      G   A        A   . 
blockSeqs                     :                                    .   . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    A         . .  .               .            .            .      .   C        A   . 
blockSeqs                     :                                        . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      .   A        A   . 
blockSeqs                     :                                        . .  . .     .          .   A        .              .     T                .    A      .     .    T         . .  .               .            .            .      .   A        A   . 
blockSeqs                     :                                        . .  . .     .          .   A        .              .     A                .    T      .     .    T         . .  .               .            .            .      .   A        A   . 
blockSeqs                     :                                          .  . .     .          .   A        .              .     G                .    .      .     .    T         . .  .               .            .            .      .   A        A   . 
blockSeqs                     :                                               .     .          .   A        .              .     A                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        A   . 
blockSeqs                     :                                               .     .          .   .        .              .     A                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        A   . 
blockSeqs                     :                                                     .          .   .        .              .     T                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        C   . 
blockSeqs                     :                                                                .   .        .              .     A                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        A   . 
blockSeqs                     :                                                                    .        .              .     .                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        T   . 
blockSeqs                     :                                                                                            .     .                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        G   . 
blockSeqs                     :                                                                                            .     .                .    .      .     .    .         . .  .               .            .            .      .   .        C   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .    .         . .  .               .            .            .      .   .              


blockSeqCons                  :     
originalCons                  :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
finalCons                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                             1111111111           11111111111                                                                                             11                             
lowQualScore                  :                44 1  1    4 2222   11  1 11 6 11    5555555555 11  33333333 0000000000  1  22222 00000000000  0 0 4444 9999 0 2222  111  999999999 1 33 66 0        0   444444444444 333333       11     11  1        1   11            
lowQualScore                  :                .. .  .    . ....   ..  . .. . ..    .......... ..  ........ ..........  .  ..... ...........  . . .... .... . ....  ...  ......... . .. .. .        .   ............ ......       ..     ..  .        .   ..            
lowQualScore                  :                00 6  6    4 7777   77  1 55 7 44    5555555555 44  33333333 7777777777  0  33333 00000000000  9 9 2222 6666 9 0000  666  222222222 8 44 22 9        9   777777777777 555555       22     22  6        5   33            
consensus                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
Reference ( family-500 )      :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111025                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111026                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TAACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111027                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTAT--TCTGTTCTGTTC
gi|111028                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----G----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111029                     :     ATTTATGTATT--A-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TA-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111030                     :     ATTTTTTTTTT--A-AT-TTACGC----TAT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T--------------G-T----A-A--A-T----AT---AC---T-----A-T--T--A-TGACG-TGCTAT------------T------TATGT--------CTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTTTGTTC
gi|111031                     :     ATATATGTATA--T-ATATAA--------AT--GT-T--C-T--A-GT-------------AT---A----TG---------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A------------T---G------------------A-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111032                     :      TTTATGTATT--T-AT-TAACAA----TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGAAG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTAAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111033                     :      TTTTTGTATTTGA-AT--AAT------TAT--AT-T--T-T--ACGT----------G--AC---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----T-A--A------AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGCAC--AAGTCTGAAATGAAATATCTGT--TCTGTTC
gi|111034                     :       TTATGTATT--A-AT-TAACGA----TAT--AT-T--A-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--A-T----CT---GT---T-----A-T--A--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATTTAT--TCTGTTCTGTT
gi|111035                     :       TTATGTATT--T-AT-TAACGA----TAT--AG-A--T-C--ACGT----------G--AT---A----A----------TA-TG-----T---G-------GT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---C-----A-T--T--A-TGAAGATG-TAG------------C------TATGTAC--AAGTATGAACT-AGATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111036                     :        TATTTATT--GCAT-TAACGA----TAT--AG-T--T-T--ACCA----------T--AT---A----T----------TA-TGACCAATGG-A-------TT-G-A----A-G--A-T----A----GT---TCTTT-G-T--T--A-CGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGCCTGAAATAAAATATACGT--TCTGCTCTGCTC
gi|111037                     :         ATGTACT--T-AT-TTGCGA----TAT--AG-T--C-T--ACGT----------G--AT---T----T----------TA-TG-----A---G-------TT-T-T----A-G--A-T----AT---GT---A-----A-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T------TATGTAC--TAGTCTGAAATAAAATACCTGTTCTCTGTTCTGTTC
gi|111038                     :         ATTTATT--A-AT-TAATAA----TAT--AT-T--T-T--ATGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----T---A-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAATCTGGA--AAAATAACTGT--TCTGTTC
gi|111039                     :         ATGCACT--T-AT-TAACGA----TA---AT-C--T------------------G--AT---G----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TGGCGATG-TAT------------T------TATATAC--AAGTCGGAAATAAAATATCTGT--TCTATTCTGCTC
gi|111040                     :         ATGTGTC--A-AT-TAATGAAATATAT--AT-A--T-T--ATGT----------G--GT---T----T----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----G-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------TTGTATCTATGTAC--AAGTATGAAATAAAATAAATGT--CATGTTCTGT
gi|111041                     :         ATTTATT--T-AT-TAACAA----TGT--AG-T--T-T--ACGT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-T----T-A--T-T----AT---GT---T-------T--A--A-TGATGATA-TGT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAA-AAAA-ATATGT--TCTGTTCCGT
gi|111042                     :         ATGTATT--A-AT-TAATCC----TAT--AC-T--T-T--AAAT----------G--AC---C----T----------TG-TG----------------------------------------T---GT---C-----A-T--T--A-TGACGATG-GGT------------C------TATATAC--TAATCTAAAATAAAATGCATGT--TTTATTCTGTT
gi|111043                     :           GTATTT-A-AC-TAATAA----TAT--AT-TGCT-T--ATGTTTAAGAGGTTGTCAT---AATGTT----------TA-TA-----TTG-A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GTA--T-----A-TAGT--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAACATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111044                     :            TGTT--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111045                     :            TGTT--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT--------------A-G--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111046                     :            TGTT--A-AG-TAACTA----TAT--GT-T--TAT--AT-T----------G--AT-------------------TG-TA-----T---A-------TT-T-T----A------T----AT--------------A-T--T--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTGTGTTC
gi|111047                     :               T--A-AG-TGACTA----TAT--GT-T--T---------------------AT---A----T----------CG------------A-------TT-G-T----A-T--A-T-----T---GT---T-----A-TAGT--A-TGATGATG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111048                     :                --A-AT-TGA-AA----TATCTAT-T--T-T--ACGT----------G--ATTAAA----T----------TG-TA-----T---T-------TT-G-T----T-T--A-T----TTTTTGT---T-------T--T--A-TGATTATA-TAC------------T-------ATGTAT--AAATC--AAATAAAATGTATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111049                     :                            A----TAT--AT-T--TAT--ATAT----------A--A----A----T----------GT-TC-----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---A-----C-TG-T--A-TGATGATG-TAC------------A------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111050                     :         aatgtaatat-AT-TTACGA----TAT--AG-T--T-T--ACAT----------G--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------CT-G-T----A-A--A-T----AT---GT---T-----A-T--C--A-TTACAATG-TAT------------T------TATGCAC--ACGTCTGAAATGAAAAATCTTT--TCTGTTCTGTTC
gi|111051                     :                                               --ACAT----------G--AT---C----T----------CAATA-----T---A-------TTTG-TT---A-AC-A-C----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACTATG-TAC------------T-------ATGTGT--AAGTC--AAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111052                     :                taacaatcacgtg----TAT--AT-T--C-T--ACGT----------G--AT---A----C----------TA-TG-----T---G-------TT-G-T----A-A--AAT----AT---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAT--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111053                     :                                         acaaat--ATGT----------T--AT---A----T----------TA-TG-----A---G-------TT-G-C----A-A--A-T----AT---AT---T-----A-C--T--A-TGACGATA-TATCTAATAATTTTAT------TATGTAC--ATGTCTGAATCAAAATATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111054                     :                     aatataaA----TAT--AT-T--TAT--ATAT-------------AT---A----A-----------A-TG-----TTCTA-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATT---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111055                     :                                                                                           a-----T---A-------TT-A-T----A-G--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-CAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATACATGT--TCTGTCCTGTTC
gi|111056                     : aatatatatatatatatataaatgtttA----TAT--AA-T--T-GGAATGT----------G--AT---A----TA---------TA-TT-----T---A-------TG-G-T----CTATTA-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGT
gi|111057                     :                            A----TAT--AT-A--TAT--ATAT-------------AT---A----TA---------TA-TA-----T---AAATG---TT-C-T----A-GT-A-T----AT---GTATGT-----A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111058                     :                             ----TAT--AG-T--T-T--ACCT----------G--CT---A----T----------TA-TA-----T---T-------TT-G-T----G-A--A-T----GT---GT---T-----A-C--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAAT---AAATAA
gi|111059                     :                                   T--ATGT--T-T--ATAT----------G--G----A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-T----A------T----AT---AT---T-----A-T--T--A-TGG---TG-TAC------------T------T-TGTAC--AAATCCTAA-TAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111060                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----T----------GA-TC-----T---AAATATATTT-G-TTAACA-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGATG-TAC------------T-------ATGTAT--AAGTC--AAATAAAATAAATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111061                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTGAA--TA-TA-----T-----------TT-G-TTA--A-A--A-A----AT---GTA--T-----AGT--T--A-TGACGATG-TAC------------T-------ATGTAT--AAGTC--AAATAAAATATAGGT--TCTGTTCTGTTCtgttc
gi|111062                     :                                       T-T--C-C--ACGT----------G--AC---A----TGATCTAAATATA-TG-----T---G-------TT-AAC----A-A--A-T----GT---AT---A-----G-T--T--A-TGACGATG--AT------------C------TATGTAT--AAGCC--AAATAAAATATATGT--TCTGGTCTGTTC
gi|111063                     :                                          --T-T--ACGT----------G--AT--------T----------TA--A-----C---A-------TT-G-T----A-A--G-T----TT---GT---TTGTATA-C--T--A-TGATGATG-TAC------------T-------ATATAC--AAGTCTGAA-TAAAG-ATATGT--TCTGTTCTGTT
gi|111064                     :                                                  CGTA---------G--GC---A----T----------TG-TA-----T---A-------TT-G-G----ATA--A-TCCTCGT---AT---T-----G-T--A--A-CGCCGATG-TAT------------T------TATATA---AAATCTGAACTAAAATATCTGT--TCTGGTCTGTT
gi|111065                     :                                                                --AT---AG---T----------TG-TG-----T---T-------TT-G-T----A------------T---GT---T-----G-T-----A-TAATGATG-AGC------------TG-----TATATGCTTAAGTC-GAAATAAAATATATGT--TCTGTTCTGTTC
gi|111066                     :                                                                   T---A----T----------TA-TG-----T---ACA-----TT-G-T----A------T----TT---GT---T----------T--ACTGATGATG-TAC------------T------T-TGAAC--AAATC-GAAATAAA-TATTTGT--TCTGTTCTGTT
gi|111067                     :                                                                                            -----T---A-------TT-A-T----A-T--G-T----AT---GT---------A-T--TGTA-TGATGATG-TAC------------T------TATGTGC--AAATC---AATAAAGTATGTGT--TCTGTTCTGATC
gi|111068                     :                                                                                                                                    T---GT---T-----A-T--T--A-TGACGATG-TAT------------T------TATGTAC--AAGTCTGAAATAAAATATCTGT--TCTGTTCTGTTC