lowQualScore : 1
lowQualScore : 7 5 6 44444444 1 44444 1 111 111 333 111 8 11 111 11 222222 0 33333333 22
lowQualScore : . . . ........ . ..... . ... ... ... ... . .. ... .. ...... . ........ ..
lowQualScore : 0 0 2 00000000 1 33333 1 888 777 444 777 7 33 666 33 777777 1 55555555 33
consensus : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---ANTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACG--------CCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
Reference ( gi|61852 ) : TAATTGTGCATTAACTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACG--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61858 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---AATTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAAAATTGCTTTTAACTGATTTATA--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATCTAT
gi|61853 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAT---ACTGGA---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTAAATTGATTTACG--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61855 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACTGAG---ATGATAA---CA---ACTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATTACTTTTAATTGATTTACA--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCACATTAAT
gi|61860 : TATTTGTGCATCAAGTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---AGTGAA---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTT-ATTGATTTAGG--------CTGACAAACA--ATGGTGTGTCATATTTAT
gi|61861 : TATTTGTGCATCATTTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACAGAT---ATGATAA---CA---ACTTA--C---TATTGTTA--TAA------ATAACATTGCTTTTAATTGATTTACG--------CCAACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61856 : TATTTGTGCATCAGTTATA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ATTGAC---ATGACAA---CA---ACTTT--T---TATTGTTA--TAA------ACAACGTCACTTTTAATTAATTTACA--------CCGACAAACA--GTGGTCTGTCATATTTAT
gi|61859 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TAAT-AATTCAT---AGTGGC---ATGATAA---CA---ACTTT--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTAC---------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTT
gi|61862 : TATTTGTACATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATATAA---ATTGAC---ATGATTA---CA---ACTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGTTTTACG--------CTGACAAACA--ATGGTTTGTCA
gi|61864 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGACAA---CA---A---C--T---TATTGCTA--TAA------ACGACATCGTTTCTAACTAATTTACG--------TTGACAAA-A--ACGGTCTGTTATATTT
gi|61863 : TATTTATGCATCAATTACA--------CCATAA---TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATAATAA---CA---GGTTC--A---TATTGTTA--TAA------ACAACATCATTTTCAATTGATTTATG--------CCGCCAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
gi|61868 : TATTTGTGCATCAATGACA--------TC-T-----TGAT-TATTCAG---ACCGAC---ATGATAA---AA---AGTTA--T---AACTGTCA--TAA------ACAACATTGCTTTCAATTAATTTACG--------CTTACAAACA--ATGATCTGTCATATTTAT
gi|61865 : TATTTGTGCATCAATAACA--------CC-A-----TGAT-AAATCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TATTGTTATTTAA------ACAACATCAC-TTTAATTGATTTACA---------TGACAAACA--ATGGTCTAT-ATATATAT
gi|61867 : TATTTGTGCATCAATGACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACGGAC---ATGATAA---CA---GCTTT--T---TATTGTTG--TCA------ACAAGATTGATTTTAATTGGTTTACA--------CCAACAAACG--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61872 : TATTTGTGCAATAATTACA--------CC-T-----TGGT-AATT---------GAA---ATGATAA---CA---AGTTC--T---AATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTAAATGATG--------CCGTCAAACA--ATGGTCTGTTATATTTAT
gi|61870 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATT--------CC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61869 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATT--------CC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61857 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGAAAA---TA---GCATC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTGATTTA-------------A----------GGTCTGTCATATTCAT
gi|61873 : TATTTGTCCATCAATAACG--------CA-T-----TTAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTC--T---TA----------A------ACAACACCGCTTTTTATTGATTTACG--------CCAACAAACA--ACTATCTATCATATTTGT
gi|61874 : TATTTGTGCATCAATTACA--------AC-T-----AGCT-AATTCAG---GATGAC---GTAA--A---C------TGC--T---TATGGCTA--TAC------ACAACATCATTTTTAATTGATTTGCG--------CCAACAAACA--ATGCTGTGTCTTGTTCAT
gi|61875 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CT-T-----TGAT-AATTCAG---AATGAC---ATGACAA---CC---ACTTC--T---TATTGTTA--T-A------ACAA-----CTTTTAACTGAATTAC
gi|61876 : TATTTGAGCATCAATTACA--------CA-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATG-------C------TTC--T---AATTG-----------------------------ATT----TATG--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTAAT
gi|61854 : TTGTGCATCAGTTACA--------CC-A-----TCAT-AATTCAG---GCTGAA---ATGATAA---CA---ATTTC--T---TATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTTAATTGATTTACG--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTA
gi|61878 : tgtTTGTGCCTCAATAACA--------CC-T-----AATT-AATCCAG---AATGAC---ATGATTA---TATTTAGTTC--T---G---GTTA--TAC------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTACA--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCTTTTTTAT
gi|61879 : atTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----AATT-AATCGAG---ACTAAC---ATGATGC---TA---A--TCATT---TATGGTTA--TAC------ACAATACTGATTTTAATTGATTAACG--------CTGACAAACA--ATGGT
gi|61881 : atTTGTGCGCCAATTA-A--------TC-C-----TAA---ATTAAGGAGATGGTC---ATGATAA---TA---TCTAC--T---TATGGTTT--TAC------ATGGCATCACTTTTAATTGATTTACA--------TTGTCAAATA--ATGGTCTGCCTTGTTT
gi|61882 : tTTGTGTGTCAGTAACA--------TC-T-----AAGT-AATACAG---ACTGAC---ATAGTAA---TA------TC--TACAGATGTTTA--CAA------TTAGCATCACGCGTCATTAATTTACA--------CAGACAAACA--ATTCTCTGCCCAGTTTAT
gi|61880 : TTGTGCACCATTTACA--------CG-TACCAGTAATTAATCAAG---ACTGAC---ATGATGA---TA---ACTTC--T---T---------TAG------G-------GCCTTTAACTAATATGTG--------CTG--AAACAAGATGATCTGGCTTGTTTAT
gi|61866 : atTGTGCATCAATTACAAATGTAGTCC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATA----CA---TGTTC--T---TACTGTTA--TAA------ATAACATCACATTTAATTGATTTATG--------CTGACAAACA--GTGGTTTGTCATATTTAT
gi|61871 : tataTGTGCATCAATTACA--------CC-G-----TGAT-CATTCAG---ACTGAC---ATGATAG---CA---A---C--T---TATTGTTA--TAA------GTAACGATGCTTTTTATTGATTAA----------TTGACAAACA--ATAGTCTGTCATATTTAT
gi|61883 : tataTGTGCCTCAATTACA--------CA-C-----AATT-AATCCCG---ACAGAC---ATAACGA---TA---ACTTC--T---TATGGGTA--TAC------ACAATATATCTTTTAATTGATTTACG--------CCGACAAACA--ATTGTCTGTCTTGTTTAT
gi|61884 : TGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTA--T---TATTGCTA--TAA------ACAACACCAATTTTAATTGATATACG--------CTGACAAACA--ATGATCTGTCATATTTGT
gi|61885 : GCTTCAATTACA--------CG-T-----CAAT-AATGCTG---ACTGACTTGATGATAA---CA---A---C--T---TATT---A--TAC------ATAGCGTCACTTTTAATTGATTGACA--------CCAACAAACA--AAGGACTGTCTTGTTTAT
gi|61886 : CATAAATTACA--------TC-T-----AATT-AATCCAG---ACTGAC---ATAATGG---TA---ACTAC--T---TGTGGTAA--TAGTATCTTAAAACATCACTTTTAATTGACTGAAA--------CTGAC-AACG--ATGGTCTGCTTTGTTTAT
gi|61887 : TCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AACTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTG--T---TATTTTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACT--------CTGACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61889 : ATTACA--------TC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGA------------GTTC--T---TACTGTTG--TTA------ATATTATCACTTTTAATTGATTTAAG--------CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATGTAT
gi|61888 : ATTACA--------CC-A-----AAAT-GGTATAA---ACTGAC---ATAATAATATCA---ATTTC--------TGGTTA--TAC------ATAATATCATATTTAATTGTTTTGTG--------CCAACAATCAT-CTGCTCTGT
gi|61890 : tccT-AATTTAG---TCTGAC---ATGGTGA---TA---ACTAC--C---CATGGTTA--TGC------ACAATAATGCTTTTAAATGATTTACC--------CCGACAAACA--GTGGTGTGT--TGTTTAT
gi|61891 : cctaag-AATTCAG---ACTGAC---ATTACTA---CA---ACTTT--T---TATTATTA--TTA------ACAACATCATTTTTAATTGAATTACG--------CCAACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61892 : ttaaATTTAT---GCTGAC---ATGACAAAATCA---A---C--T---TATTGTTA--TAC------CCAGCATCACTTTTAATTGATTTATGAGATTTATGTGACGAGCA--ATCCTCAGCTGTATTT
gi|61893 : GAA---ACGGTGA---CA---GGTTC--T---AATTGTTG--TAA------ACAACATCACTTTTAACTGAATTATG--------TCGACAAACA--ATGGTCTGACATATTTAT
gi|61877 : AC---ATGAAAA---CA---ACTTC--T---TATTGTTG--TAA------ACAACATCGA-TTTAATTGATTTAAT--------TTTACAAACA--ATG
gi|61894 : tatttgtgcatcaattTTC--T---TATTGCTA--TAA------ACAACATATCTTTTAATTGATTTGTG--------CCGGCAAACA--ATGGTCTGTC--ATTTAT
gi|61895 : ac---TATCGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTATA--------CTGACAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
Alignments
lowQualScore : 33333333 1 44444 1 111 111 333 111 4 11 222222 0 22
lowQualScore : ........ . ..... . ... ... ... ... . .. ...... . ..
lowQualScore : 88888888 1 11111 0 777 777 333 666 6 22 666666 3 33
consensus : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---ACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
Reference ( family-498 ) : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---ANTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61852 : TAATTGTGCATTAACTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---AGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61853 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAT---ACTGGA---ATGATAA---CA---AGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTAAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61854 : TGTTTGTGCATCAGTTACA--------CC-A-----TCAT-AATTCAG---GCTGAA---ATGATAA---CA---ATTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTA
gi|61855 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACTGAG---ATGATAA---CA---ACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATTACTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCACATTAAT
gi|61856 : TATTTGTGCATCAGTTATA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ATTGAC---ATGACAA---CA---ACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACGTCACTTTTAATTAATTTACACCGACAAACA--GTGGTCTGTCATATTTAT
gi|61857 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGAAAA---TA---GCATCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTGATTTA-----A----------GGTCTGTCATATTCAT
gi|61858 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---AATTCTTATTGTTA--TAA------ACAAAATTGCTTTTAACTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATCTAT
gi|61859 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TAAT-AATTCAT---AGTGGC---ATGATAA---CA---ACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTAC-CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTT
gi|61860 : TATTTGTGCATCAAGTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---AGTGAA---ATGATAA---CA---AGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTT-ATTGATTTAGGCTGACAAACA--ATGGTGTGTCATATTTAT
gi|61861 : TATTTGTGCATCATTTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACAGAT---ATGATAA---CA---ACTTACTATTGTTA--TAA------ATAACATTGCTTTTAATTGATTTACGCCAACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61862 : TATTTGTACATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATATAA---ATTGAC---ATGATTA---CA---ACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGTTTTACGCTGACAAACA--ATGGTTTGTCA
gi|61863 : TATTTATGCATCAATTACA--------CCATAA---TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATAATAA---CA---GGTTCATATTGTTA--TAA------ACAACATCATTTTCAATTGATTTATGCCGCCAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
gi|61864 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGACAA---CA---A---CTTATTGCTA--TAA------ACGACATCGTTTCTAACTAATTTACGTTGACAAA-A--ACGGTCTGTTATATTT
gi|61865 : TATTTGTGCATCAATAACA--------CC-A-----TGAT-AAATCAG---ACTGAC---ATGATAA---CA---AGTTCTTATTGTTATTTAA------ACAACATCAC-TTTAATTGATTTACA-TGACAAACA--ATGGTCTAT-ATATATAT
gi|61866 : TATATGTGCATCAATTACAAATGTAGTCC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATA----CA---TGTTCTTACTGTTA--TAA------ATAACATCACATTTAATTGATTTATGCTGACAAACA--GTGGTTTGTCATATTTAT
gi|61867 : TATTTGTGCATCAATGACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACGGAC---ATGATAA---CA---GCTTTTTATTGTTG--TCA------ACAAGATTGATTTTAATTGGTTTACACCAACAAACG--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61868 : TATTTGTGCATCAATGACA--------TC-T-----TGAT-TATTCAG---ACCGAC---ATGATAA---AA---AGTTATAACTGTCA--TAA------ACAACATTGCTTTCAATTAATTTACGCTTACAAACA--ATGATCTGTCATATTTAT
gi|61869 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61870 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61871 : TATATGTGCATCAATTACA--------CC-G-----TGAT-CATTCAG---ACTGAC---ATGATAG---CA---A---CTTATTGTTA--TAA------GTAACGATGCTTTTTATTGATTAA--TTGACAAACA--ATAGTCTGTCATATTTAT
gi|61872 : TATTTGTGCAATAATTACA--------CC-T-----TGGT-AATT---------GAA---ATGATAA---CA---AGTTCTAATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTAAATGATGCCGTCAAACA--ATGGTCTGTTATATTTAT
gi|61873 : TATTTGTCCATCAATAACG--------CA-T-----TTAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTCTTA----------A------ACAACACCGCTTTTTATTGATTTACGCCAACAAACA--ACTATCTATCATATTTGT
gi|61874 : TATTTGTGCATCAATTACA--------AC-T-----AGCT-AATTCAG---GATGAC---GTAA-----------ACTGCTTATGGCTA--TAC------ACAACATCATTTTTAATTGATTTGCGCCAACAAACA--ATGCTGTGTCTTGTTCAT
gi|61875 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CT-T-----TGAT-AATTCAG---AATGAC---ATGACAA---CC---ACTTCTTATTGTTA--T-A------ACAA-----CTTTTAACTGAATTAC
gi|61876 : TATTTGAGCATCAATTACA--------CA-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATG-------------CTTCTAATTG---------------------------------ATTTATGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTAAT
gi|61877 : TATTTGTGCATCAATTACA------------------------------------------TGAAAA---CA---ACTTCTTATTGTTG--TAA------ACAACATCGA-TTTAATTGATTTAATTTTACAAACA--ATG
gi|61878 : ATTTGTGCCTCAATAACA--------CC-T-----AATT-AATCCAG---AATGAC---ATGATTA---TATTTAGTTCTG---GTTA--TAC------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCTTTTTTAT
gi|61879 : ATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----AATT-AATCGAG---ACTAAC---ATGATGC---TA---ATCATTTATGGTTA--TAC------ACAATACTGATTTTAATTGATTAACGCTGACAAACA--ATGGT
gi|61880 : ATTTGTGCACCATTTACA--------CG-TACCAGTAATTAATCAAG---ACTGAC---ATGATGA---TA---ACTTCTT---------TAG------G-------GCCTTTAACTAATATGTGCTG--AAACAAGATGATCTGGCTTGTTTAT
gi|61881 : TTTGTGCGCCAATTA-A--------TC-C-----TAA---ATTAAGGAGATGGTC---ATGATAA---TA---TCTACTTATGGTTT--TAC------ATGGCATCACTTTTAATTGATTTACATTGTCAAATA--ATGGTCTGCCTTGTTT
gi|61882 : TTGTGTGTCAGTAACA--------TC-T-----AAGT-AATACAG---ACTGAC---ATAGTAA---TA---TCTACAGATGTTTA--CAA------TTAGCATCACGCGTCATTAATTTACACAGACAAACA--ATTCTCTGCCCAGTTTAT
gi|61883 : TGTGCCTCAATTACA--------CA-C-----AATT-AATCCCG---ACAGAC---ATAACGA---TA---ACTTCTTATGGGTA--TAC------ACAATATATCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATTGTCTGTCTTGTTTAT
gi|61884 : TGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTATTATTGCTA--TAA------ACAACACCAATTTTAATTGATATACGCTGACAAACA--ATGATCTGTCATATTTGT
gi|61885 : GCTTCAATTACA--------CG-T-----CAAT-AATGCTG---ACTGACTTGATGATAA---CA---A---CTTATT---A--TAC------ATAGCGTCACTTTTAATTGATTGACACCAACAAACA--AAGGACTGTCTTGTTTAT
gi|61886 : CATAAATTACA--------TC-T-----AATT-AATCCAG---ACTGAC---ATAATGG---TA---ACTACTTGTGGTAA--TAGTATCTTAAAACATCACTTTTAATTGACTGAAACTGAC-AACG--ATGGTCTGCTTTGTTTAT
gi|61887 : TCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AACTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CA---AGTTGTTATTTTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACTCTGACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61888 : TCCATTACA--------CC-A-----AAAT-GGTATAA---ACTGAC---ATAATAATATCA---ATTTC---TGGTTA--TAC------ATAATATCATATTTAATTGTTTTGTGCCAACAATCAT-CTGCTCTGT
gi|61889 : ATTACA--------TC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGA------------GTTCTTACTGTTG--TTA------ATATTATCACTTTTAATTGATTTAAGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATGTAT
gi|61890 : T-AATTTAG---TCTGAC---ATGGTGA---TA---ACTACCCATGGTTA--TGC------ACAATAATGCTTTTAAATGATTTACCCCGACAAACA--GTGGTGTGT--TGTTTAT
gi|61891 : cctaag-AATTCAG---ACTGAC---ATTACTA---CA---ACTTTTTATTATTA--TTA------ACAACATCATTTTTAATTGAATTACGCCAACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61892 : ttaaATTTAT---GCTGAC---ATGACAAAATCA---A---CTTATTGTTA--TAC------CCAGCATCACTTTTAATTGATTTATG
gi|61893 : GAA---ACGGTGA---CA---GGTTCTAATTGTTG--TAA------ACAACATCACTTTTAACTGAATTATGTCGACAAACA--ATGGTCTGACATATTTATagatttatgtgacgagcaatcctcagctgtattt
gi|61894 : ---ACTTCTTATTGCTA--TAA------ACAACATATCTTTTAATTGATTTGTGCCGGCAAACA--ATGGTCTGTC--ATTTAT
gi|61895 : TATCGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
Alignments
lowQualScore : 33333333 1 44444 1 111 111 333 3 11 222222 0 22
lowQualScore : ........ . ..... . ... ... ... . .. ...... . ..
lowQualScore : 88888888 1 11111 0 777 777 333 1 22 666666 3 33
consensus : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
Reference ( family-498 ) : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61852 : TAATTGTGCATTAACTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61853 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAT---ACTGGA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTAAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61854 : TGTTTGTGCATCAGTTACA--------CC-A-----TCAT-AATTCAG---GCTGAA---ATGATAA---CAATTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTA
gi|61855 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACTGAG---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATTACTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCACATTAAT
gi|61856 : TATTTGTGCATCAGTTATA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ATTGAC---ATGACAA---CAACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACGTCACTTTTAATTAATTTACACCGACAAACA--GTGGTCTGTCATATTTAT
gi|61857 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGAAAA---TAGCATCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTGATTTA-----A----------GGTCTGTCATATTCAT
gi|61858 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAATTCTTATTGTTA--TAA------ACAAAATTGCTTTTAACTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATCTAT
gi|61859 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TAAT-AATTCAT---AGTGGC---ATGATAA---CAACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTAC-CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTT
gi|61860 : TATTTGTGCATCAAGTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---AGTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTT-ATTGATTTAGGCTGACAAACA--ATGGTGTGTCATATTTAT
gi|61861 : TATTTGTGCATCATTTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACAGAT---ATGATAA---CAACTTACTATTGTTA--TAA------ATAACATTGCTTTTAATTGATTTACGCCAACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61862 : TATTTGTACATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATATAA---ATTGAC---ATGATTA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGTTTTACGCTGACAAACA--ATGGTTTGTCA
gi|61863 : TATTTATGCATCAATTACA--------CCATAA---TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATAATAA---CAGGTTCATATTGTTA--TAA------ACAACATCATTTTCAATTGATTTATGCCGCCAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
gi|61864 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGACAA---CAA---CTTATTGCTA--TAA------ACGACATCGTTTCTAACTAATTTACGTTGACAAA-A--ACGGTCTGTTATATTT
gi|61865 : TATTTGTGCATCAATAACA--------CC-A-----TGAT-AAATCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTATTTAA------ACAACATCAC-TTTAATTGATTTACA-TGACAAACA--ATGGTCTAT-ATATATAT
gi|61866 : TATATGTGCATCAATTACAAATGTAGTCC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATA----CATGTTCTTACTGTTA--TAA------ATAACATCACATTTAATTGATTTATGCTGACAAACA--GTGGTTTGTCATATTTAT
gi|61867 : TATTTGTGCATCAATGACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACGGAC---ATGATAA---CAGCTTTTTATTGTTG--TCA------ACAAGATTGATTTTAATTGGTTTACACCAACAAACG--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61868 : TATTTGTGCATCAATGACA--------TC-T-----TGAT-TATTCAG---ACCGAC---ATGATAA---AAAGTTATAACTGTCA--TAA------ACAACATTGCTTTCAATTAATTTACGCTTACAAACA--ATGATCTGTCATATTTAT
gi|61869 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61870 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61871 : TATATGTGCATCAATTACA--------CC-G-----TGAT-CATTCAG---ACTGAC---ATGATAG---CAA---CTTATTGTTA--TAA------GTAACGATGCTTTTTATTGATTAA--TTGACAAACA--ATAGTCTGTCATATTTAT
gi|61872 : TATTTGTGCAATAATTACA--------CC-T-----TGGT-AATT---------GAA---ATGATAA---CAAGTTCTAATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTAAATGATGCCGTCAAACA--ATGGTCTGTTATATTTAT
gi|61873 : TATTTGTCCATCAATAACG--------CA-T-----TTAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTA----------A------ACAACACCGCTTTTTATTGATTTACGCCAACAAACA--ACTATCTATCATATTTGT
gi|61874 : TATTTGTGCATCAATTACA--------AC-T-----AGCT-AATTCAG---GATGAC---GTAA--------ACTGCTTATGGCTA--TAC------ACAACATCATTTTTAATTGATTTGCGCCAACAAACA--ATGCTGTGTCTTGTTCAT
gi|61875 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CT-T-----TGAT-AATTCAG---AATGAC---ATGACAA---CCACTTCTTATTGTTA--T-A------ACAA-----CTTTTAACTGAATTAC
gi|61876 : TATTTGAGCATCAATTACA--------CA-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATG----------CTTCTAATT---------------------------------GATTTATGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTAAT
gi|61877 : TATTTGTGCATCAATTACA------------------------------------------TGAAAA---CAACTTCTTATTGTTG--TAA------ACAACATCGA-TTTAATTGATTTAATTTTACAAACA--ATG
gi|61878 : ATTTGTGCCTCAATAACA--------CC-T-----AATT-AATCCAG---AATGAC---ATGATTA---TATTTAGTTCTGGTTA--TAC------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCTTTTTTAT
gi|61879 : ATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----AATT-AATCGAG---ACTAAC---ATGATGC---TAATCATTTATGGTTA--TAC------ACAATACTGATTTTAATTGATTAACGCTGACAAACA--ATGGT
gi|61880 : ATTTGTGCACCATTTACA--------CG-TACCAGTAATTAATCAAG---ACTGAC---ATGATGA---TAACTTCTT---------TAG------G-------GCCTTTAACTAATATGTGCTG--AAACAAGATGATCTGGCTTGTTTAT
gi|61881 : TTTGTGCGCCAATTA-A--------TC-C-----TAA---ATTAAGGAGATGGTC---ATGATAA---TATCTACTTATGGTTT--TAC------ATGGCATCACTTTTAATTGATTTACATTGTCAAATA--ATGGTCTGCCTTGTTT
gi|61882 : TTGTGTGTCAGTAACA--------TC-T-----AAGT-AATACAG---ACTGAC---ATAGTAA---TATCTACAGATGTTTA--CAA------TTAGCATCACGCGTCATTAATTTACACAGACAAACA--ATTCTCTGCCCAGTTTAT
gi|61883 : TGTGCCTCAATTACA--------CA-C-----AATT-AATCCCG---ACAGAC---ATAACGA---TAACTTCTTATGGGTA--TAC------ACAATATATCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATTGTCTGTCTTGTTTAT
gi|61884 : TGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTATTATTGCTA--TAA------ACAACACCAATTTTAATTGATATACGCTGACAAACA--ATGATCTGTCATATTTGT
gi|61885 : GCTTCAATTACA--------CG-T-----CAAT-AATGCTG---ACTGACTTGATGATAA---CAACTT------ATTA--TAC------ATAGCGTCACTTTTAATTGATTGACACCAACAAACA--AAGGACTGTCTTGTTTAT
gi|61886 : CATAAATTACA--------TC-T-----AATT-AATCCAG---ACTGAC---ATAATGG---TAACTACTTGTGGTAA--TAGTATCTTAAAACATCACTTTTAATTGACTGAAACTGAC-AACG--ATGGTCTGCTTTGTTTAT
gi|61887 : TCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AACTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTGTTATTTTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACTCTGACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61888 : TCCATTACA--------CC-A-----AAAT-GGTATAA---ACTGAC---ATAATAATATCAATTTC---TGGTTA--TAC------ATAATATCATATTTAATTGTTTTGTGCCAACAATCAT-CTGCTCTGT
gi|61889 : ATTACA--------TC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGAG---------TTCTTACTGTTG--TTA------ATATTATCACTTTTAATTGATTTAAGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATGTAT
gi|61890 : T-AATTTAG---TCTGAC---ATGGTGA---TAACTACCCATGGTTA--TGC------ACAATAATGCTTTTAAATGATTTACCCCGACAAACA--GTGGTGTGT--TGTTTAT
gi|61891 : cctaag-AATTCAG---ACTGAC---ATTACTA---CAACTTTTTATTATTA--TTA------ACAACATCATTTTTAATTGAATTACGCCAACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61892 : ttaaATTTAT---GCTGAC---ATGACAAAATCAACTT---ATTGTTA--TAC------CCAGCATCACTTTTAATTGATTTATG
gi|61893 : GAA---ACGGTGA---CAGGTTCTAATTGTTG--TAA------ACAACATCACTTTTAACTGAATTATGTCGACAAACA--ATGGTCTGACATATTTATagatttatgtgacgagcaatcctcagctgtattt
gi|61894 : ACTTCTTATTGCTA--TAA------ACAACATATCTTTTAATTGATTTGTGCCGGCAAACA--ATGGTCTGTC--ATTTAT
gi|61895 : TATCGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
Alignments
lowQualScore : 33333333 1 44444 1 111 111 333 3 11 222222 0 22
lowQualScore : ........ . ..... . ... ... ... . .. ...... . ..
lowQualScore : 88888888 1 11111 0 777 777 333 1 22 666666 3 33
consensus : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
Reference ( family-498 ) : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61852 : TAATTGTGCATTAACTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61853 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAT---ACTGGA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTAAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61854 : TGTTTGTGCATCAGTTACA--------CC-A-----TCAT-AATTCAG---GCTGAA---ATGATAA---CAATTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTA
gi|61855 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACTGAG---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATTACTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCACATTAAT
gi|61856 : TATTTGTGCATCAGTTATA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ATTGAC---ATGACAA---CAACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACGTCACTTTTAATTAATTTACACCGACAAACA--GTGGTCTGTCATATTTAT
gi|61857 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGAAAA---TAGCATCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTGATTTA-----A----------GGTCTGTCATATTCAT
gi|61858 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAATTCTTATTGTTA--TAA------ACAAAATTGCTTTTAACTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATCTAT
gi|61859 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TAAT-AATTCAT---AGTGGC---ATGATAA---CAACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTAC-CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTT
gi|61860 : TATTTGTGCATCAAGTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---AGTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTT-ATTGATTTAGGCTGACAAACA--ATGGTGTGTCATATTTAT
gi|61861 : TATTTGTGCATCATTTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACAGAT---ATGATAA---CAACTTACTATTGTTA--TAA------ATAACATTGCTTTTAATTGATTTACGCCAACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61862 : TATTTGTACATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATATAA---ATTGAC---ATGATTA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGTTTTACGCTGACAAACA--ATGGTTTGTCA
gi|61863 : TATTTATGCATCAATTACA--------CCATAA---TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATAATAA---CAGGTTCATATTGTTA--TAA------ACAACATCATTTTCAATTGATTTATGCCGCCAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
gi|61864 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGACAA---CAA---CTTATTGCTA--TAA------ACGACATCGTTTCTAACTAATTTACGTTGACAAA-A--ACGGTCTGTTATATTT
gi|61865 : TATTTGTGCATCAATAACA--------CC-A-----TGAT-AAATCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTATTTAA------ACAACATCAC-TTTAATTGATTTACA-TGACAAACA--ATGGTCTAT-ATATATAT
gi|61866 : TATATGTGCATCAATTACAAATGTAGTCC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATA----CATGTTCTTACTGTTA--TAA------ATAACATCACATTTAATTGATTTATGCTGACAAACA--GTGGTTTGTCATATTTAT
gi|61867 : TATTTGTGCATCAATGACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACGGAC---ATGATAA---CAGCTTTTTATTGTTG--TCA------ACAAGATTGATTTTAATTGGTTTACACCAACAAACG--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61868 : TATTTGTGCATCAATGACA--------TC-T-----TGAT-TATTCAG---ACCGAC---ATGATAA---AAAGTTATAACTGTCA--TAA------ACAACATTGCTTTCAATTAATTTACGCTTACAAACA--ATGATCTGTCATATTTAT
gi|61869 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61870 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61871 : TATATGTGCATCAATTACA--------CC-G-----TGAT-CATTCAG---ACTGAC---ATGATAG---CAA---CTTATTGTTA--TAA------GTAACGATGCTTTTTATTGATTAA--TTGACAAACA--ATAGTCTGTCATATTTAT
gi|61872 : TATTTGTGCAATAATTACA--------CC-T-----TGGT-AATT---------GAA---ATGATAA---CAAGTTCTAATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTAAATGATGCCGTCAAACA--ATGGTCTGTTATATTTAT
gi|61873 : TATTTGTCCATCAATAACG--------CA-T-----TTAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTA----------A------ACAACACCGCTTTTTATTGATTTACGCCAACAAACA--ACTATCTATCATATTTGT
gi|61874 : TATTTGTGCATCAATTACA--------AC-T-----AGCT-AATTCAG---GATGAC---GTAA--------ACTGCTTATGGCTA--TAC------ACAACATCATTTTTAATTGATTTGCGCCAACAAACA--ATGCTGTGTCTTGTTCAT
gi|61875 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CT-T-----TGAT-AATTCAG---AATGAC---ATGACAA---CCACTTCTTATTGTTA--T-A------ACAA-----CTTTTAACTGAATTAC
gi|61876 : TATTTGAGCATCAATTACA--------CA-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATG----------CTTCTAATT---------------------------------GATTTATGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTAAT
gi|61877 : TATTTGTGCATCAATTACA------------------------------------------TGAAAA---CAACTTCTTATTGTTG--TAA------ACAACATCGA-TTTAATTGATTTAATTTTACAAACA--ATG
gi|61878 : ATTTGTGCCTCAATAACA--------CC-T-----AATT-AATCCAG---AATGAC---ATGATTA---TATTTAGTTCTGGTTA--TAC------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCTTTTTTAT
gi|61879 : ATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----AATT-AATCGAG---ACTAAC---ATGATGC---TAATCATTTATGGTTA--TAC------ACAATACTGATTTTAATTGATTAACGCTGACAAACA--ATGGT
gi|61880 : ATTTGTGCACCATTTACA--------CG-TACCAGTAATTAATCAAG---ACTGAC---ATGATGA---TAACTTCTT---------TAG------G-------GCCTTTAACTAATATGTGCTG--AAACAAGATGATCTGGCTTGTTTAT
gi|61881 : TTTGTGCGCCAATTA-A--------TC-C-----TAA---ATTAAGGAGATGGTC---ATGATAA---TATCTACTTATGGTTT--TAC------ATGGCATCACTTTTAATTGATTTACATTGTCAAATA--ATGGTCTGCCTTGTTT
gi|61882 : TTGTGTGTCAGTAACA--------TC-T-----AAGT-AATACAG---ACTGAC---ATAGTAA---TATCTACAGATGTTTA--CAA------TTAGCATCACGCGTCATTAATTTACACAGACAAACA--ATTCTCTGCCCAGTTTAT
gi|61883 : TGTGCCTCAATTACA--------CA-C-----AATT-AATCCCG---ACAGAC---ATAACGA---TAACTTCTTATGGGTA--TAC------ACAATATATCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATTGTCTGTCTTGTTTAT
gi|61884 : TGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTATTATTGCTA--TAA------ACAACACCAATTTTAATTGATATACGCTGACAAACA--ATGATCTGTCATATTTGT
gi|61885 : GCTTCAATTACA--------CG-T-----CAAT-AATGCTG---ACTGACTTGATGATAA---CAACTT------ATTA--TAC------ATAGCGTCACTTTTAATTGATTGACACCAACAAACA--AAGGACTGTCTTGTTTAT
gi|61886 : CATAAATTACA--------TC-T-----AATT-AATCCAG---ACTGAC---ATAATGG---TAACTACTTGTGGTAA--TAGTATCTTAAAACATCACTTTTAATTGACTGAAACTGAC-AACG--ATGGTCTGCTTTGTTTAT
gi|61887 : TCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AACTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTGTTATTTTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACTCTGACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61888 : TCCATTACA--------CC-A-----AAAT-GGTATAA---ACTGAC---ATAATAATATCAATTTC---TGGTTA--TAC------ATAATATCATATTTAATTGTTTTGTGCCAACAATCAT-CTGCTCTGT
gi|61889 : ATTACA--------TC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGAG---------TTCTTACTGTTG--TTA------ATATTATCACTTTTAATTGATTTAAGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATGTAT
gi|61890 : T-AATTTAG---TCTGAC---ATGGTGA---TAACTACCCATGGTTA--TGC------ACAATAATGCTTTTAAATGATTTACCCCGACAAACA--GTGGTGTGT--TGTTTAT
gi|61891 : cctaag-AATTCAG---ACTGAC---ATTACTA---CAACTTTTTATTATTA--TTA------ACAACATCATTTTTAATTGAATTACGCCAACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61892 : ttaaATTTAT---GCTGAC---ATGACAAAATCAACTT---ATTGTTA--TAC------CCAGCATCACTTTTAATTGATTTATG
gi|61893 : GAA---ACGGTGA---CAGGTTCTAATTGTTG--TAA------ACAACATCACTTTTAACTGAATTATGTCGACAAACA--ATGGTCTGACATATTTATagatttatgtgacgagcaatcctcagctgtattt
gi|61894 : ACTTCTTATTGCTA--TAA------ACAACATATCTTTTAATTGATTTGTGCCGGCAAACA--ATGGTCTGTC--ATTTAT
gi|61895 : TATCGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
blockSeqs : AATGTAGT A ACCAG T GAG TTG TAT G TT TATCTT AG
blockSeqs : . . AA . . . AAT T . . T
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
finalCons : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
Alignments
lowQualScore : 33333333 1 44444 1 111 111 333 3 11 222222 0 22
lowQualScore : ........ . ..... . ... ... ... . .. ...... . ..
lowQualScore : 88888888 1 11111 0 777 777 333 1 22 666666 3 33
consensus : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
Reference ( family-498 ) : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61852 : TAATTGTGCATTAACTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61853 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAT---ACTGGA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTAAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61854 : TGTTTGTGCATCAGTTACA--------CC-A-----TCAT-AATTCAG---GCTGAA---ATGATAA---CAATTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTTAATTGATTTACGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTA
gi|61855 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACTGAG---ATGATAA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATTACTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCACATTAAT
gi|61856 : TATTTGTGCATCAGTTATA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ATTGAC---ATGACAA---CAACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACGTCACTTTTAATTAATTTACACCGACAAACA--GTGGTCTGTCATATTTAT
gi|61857 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGAAAA---TAGCATCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTGATTTA-----A----------GGTCTGTCATATTCAT
gi|61858 : TATTTGTGCATTAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAATTCTTATTGTTA--TAA------ACAAAATTGCTTTTAACTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATCTAT
gi|61859 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TAAT-AATTCAT---AGTGGC---ATGATAA---CAACTTTTTATTGTTA--TAA------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTAC-CTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTT
gi|61860 : TATTTGTGCATCAAGTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---AGTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCACTTTT-ATTGATTTAGGCTGACAAACA--ATGGTGTGTCATATTTAT
gi|61861 : TATTTGTGCATCATTTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACAGAT---ATGATAA---CAACTTACTATTGTTA--TAA------ATAACATTGCTTTTAATTGATTTACGCCAACAAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61862 : TATTTGTACATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATATAA---ATTGAC---ATGATTA---CAACTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGTTTTACGCTGACAAACA--ATGGTTTGTCA
gi|61863 : TATTTATGCATCAATTACA--------CCATAA---TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATAATAA---CAGGTTCATATTGTTA--TAA------ACAACATCATTTTCAATTGATTTATGCCGCCAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT
gi|61864 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATGACAA---CAA---CTTATTGCTA--TAA------ACGACATCGTTTCTAACTAATTTACGTTGACAAA-A--ACGGTCTGTTATATTT
gi|61865 : TATTTGTGCATCAATAACA--------CC-A-----TGAT-AAATCAG---ACTGAC---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTATTTAA------ACAACATCAC-TTTAATTGATTTACA-TGACAAACA--ATGGTCTAT-ATATATAT
gi|61866 : TATATGTGCATCAATTACAAATGTAGTCC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATA----CATGTTCTTACTGTTA--TAA------ATAACATCACATTTAATTGATTTATGCTGACAAACA--GTGGTTTGTCATATTTAT
gi|61867 : TATTTGTGCATCAATGACA--------CC-T-----TGAT-ATTTCAG---ACGGAC---ATGATAA---CAGCTTTTTATTGTTG--TCA------ACAAGATTGATTTTAATTGGTTTACACCAACAAACG--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61868 : TATTTGTGCATCAATGACA--------TC-T-----TGAT-TATTCAG---ACCGAC---ATGATAA---AAAGTTATAACTGTCA--TAA------ACAACATTGCTTTCAATTAATTTACGCTTACAAACA--ATGATCTGTCATATTTAT
gi|61869 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61870 : TATTTGTGAATCAATTACA--------TC-T-----TAAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTATTGTTA--TAA------ACAACTTCACTTTTCATTGATTTATTCC----AACA--ATTGTCTATCAAATTTAT
gi|61871 : TATATGTGCATCAATTACA--------CC-G-----TGAT-CATTCAG---ACTGAC---ATGATAG---CAA---CTTATTGTTA--TAA------GTAACGATGCTTTTTATTGATTAA--TTGACAAACA--ATAGTCTGTCATATTTAT
gi|61872 : TATTTGTGCAATAATTACA--------CC-T-----TGGT-AATT---------GAA---ATGATAA---CAAGTTCTAATTGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAGTTAAATGATGCCGTCAAACA--ATGGTCTGTTATATTTAT
gi|61873 : TATTTGTCCATCAATAACG--------CA-T-----TTAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTCTTA----------A------ACAACACCGCTTTTTATTGATTTACGCCAACAAACA--ACTATCTATCATATTTGT
gi|61874 : TATTTGTGCATCAATTACA--------AC-T-----AGCT-AATTCAG---GATGAC---GTAA--------ACTGCTTATGGCTA--TAC------ACAACATCATTTTTAATTGATTTGCGCCAACAAACA--ATGCTGTGTCTTGTTCAT
gi|61875 : TATTTGTGCATCAATTACA--------CT-T-----TGAT-AATTCAG---AATGAC---ATGACAA---CCACTTCTTATTGTTA--T-A------ACAA-----CTTTTAACTGAATTAC
gi|61876 : TATTTGAGCATCAATTACA--------CA-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAC---ATG----------CTTCTAATT---------------------------------GATTTATGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATTAAT
gi|61877 : TATTTGTGCATCAATTACA------------------------------------------TGAAAA---CAACTTCTTATTGTTG--TAA------ACAACATCGA-TTTAATTGATTTAATTTTACAAACA--ATG
gi|61878 : ATTTGTGCCTCAATAACA--------CC-T-----AATT-AATCCAG---AATGAC---ATGATTA---TATTTAGTTCTGGTTA--TAC------ACAACATGGCTTTTAATTGATTTACACTGACAAACA--ATGGTCTGTCTTTTTTAT
gi|61879 : ATTTGTGCATCAATTACA--------CC-T-----AATT-AATCGAG---ACTAAC---ATGATGC---TAATCATTTATGGTTA--TAC------ACAATACTGATTTTAATTGATTAACGCTGACAAACA--ATGGT
gi|61880 : ATTTGTGCACCATTTACA--------CG-TACCAGTAATTAATCAAG---ACTGAC---ATGATGA---TAACTTCTT---------TAG------G-------GCCTTTAACTAATATGTGCTG--AAACAAGATGATCTGGCTTGTTTAT
gi|61881 : TTTGTGCGCCAATTA-A--------TC-C-----TAA---ATTAAGGAGATGGTC---ATGATAA---TATCTACTTATGGTTT--TAC------ATGGCATCACTTTTAATTGATTTACATTGTCAAATA--ATGGTCTGCCTTGTTT
gi|61882 : TTGTGTGTCAGTAACA--------TC-T-----AAGT-AATACAG---ACTGAC---ATAGTAA---TATCTACAGATGTTTA--CAA------TTAGCATCACGCGTCATTAATTTACACAGACAAACA--ATTCTCTGCCCAGTTTAT
gi|61883 : TGTGCCTCAATTACA--------CA-C-----AATT-AATCCCG---ACAGAC---ATAACGA---TAACTTCTTATGGGTA--TAC------ACAATATATCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACA--ATTGTCTGTCTTGTTTAT
gi|61884 : TGCATCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTATTATTGCTA--TAA------ACAACACCAATTTTAATTGATATACGCTGACAAACA--ATGATCTGTCATATTTGT
gi|61885 : GCTTCAATTACA--------CG-T-----CAAT-AATGCTG---ACTGACTTGATGATAA---CAACTT------ATTA--TAC------ATAGCGTCACTTTTAATTGATTGACACCAACAAACA--AAGGACTGTCTTGTTTAT
gi|61886 : CATAAATTACA--------TC-T-----AATT-AATCCAG---ACTGAC---ATAATGG---TAACTACTTGTGGTAA--TAGTATCTTAAAACATCACTTTTAATTGACTGAAACTGAC-AACG--ATGGTCTGCTTTGTTTAT
gi|61887 : TCAATTACA--------CC-T-----TGAT-AACTCAG---ACTGAA---ATGATAA---CAAGTTGTTATTTTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTACTCTGACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61888 : TCCATTACA--------CC-A-----AAAT-GGTATAA---ACTGAC---ATAATAATATCAATTTC---TGGTTA--TAC------ATAATATCATATTTAATTGTTTTGTGCCAACAATCAT-CTGCTCTGT
gi|61889 : ATTACA--------TC-T-----TGAT-AATTCAG---ACTGAA---ATGAG---------TTCTTACTGTTG--TTA------ATATTATCACTTTTAATTGATTTAAGCTGACAAACA--ATGGTCTGTCATATGTAT
gi|61890 : T-AATTTAG---TCTGAC---ATGGTGA---TAACTACCCATGGTTA--TGC------ACAATAATGCTTTTAAATGATTTACCCCGACAAACA--GTGGTGTGT--TGTTTAT
gi|61891 : cctaag-AATTCAG---ACTGAC---ATTACTA---CAACTTTTTATTATTA--TTA------ACAACATCATTTTTAATTGAATTACGCCAACTAACA--ATGGTCTGTCATATTTAT
gi|61892 : ttaaATTTAT---GCTGAC---ATGACAAAATCAACTT---ATTGTTA--TAC------CCAGCATCACTTTTAATTGATTTATG
gi|61893 : GAA---ACGGTGA---CAGGTTCTAATTGTTG--TAA------ACAACATCACTTTTAACTGAATTATGTCGACAAACA--ATGGTCTGACATATTTATagatttatgtgacgagcaatcctcagctgtattt
gi|61894 : ACTTCTTATTGCTA--TAA------ACAACATATCTTTTAATTGATTTGTGCCGGCAAACA--ATGGTCTGTC--ATTTAT
gi|61895 : TATCGTTA--TAA------ACAACATCGCTTTTAATTGATTTATACTGACAAACA--ATGGTCTATCATATTTAT