lowQualScore                  :                          1                                          
lowQualScore                  :        1 8               4    4           3      111        1       
lowQualScore                  :        . .               .    .           .      ...        .       
lowQualScore                  :        6 5               4    2           7      666        7       
consensus                     : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
Reference ( gi|29291 )        : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29293                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATAAAGTTAAGATGCT
gi|29299                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTTAACTGCTa
gi|29297                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29303                      : TAAAGTTACGATACTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGTTa
gi|29294                      : TGAGGATAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCAACAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29300                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCAGGATGATTTTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29290                      : TGAGGTTAATATGCTACTTCAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29309                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGGCTTGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATGAGGTAAAGATGCat
gi|29301                      : TGAGGTTTAGATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGATTGGTCAGCAA---GTGAGGCTTAGATGCT
gi|29296                      : TGAGGATAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCTACAA---GCGAGGTTAAGATGCT
gi|29292                      : TGAAGTTTATATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAAGTTCAGATGCTa
gi|29304                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGACGGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29310                      : TAAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGa
gi|29307                      : TGAGGTTGAGATGCTACCTCTGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTACAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29295                      : TGAGGTTTATATGTTACCTCAAGATGATTCGTGACTGAGTAGTCAACAA---GTGAAGTTCAGATGCT
gi|29288                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29311                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAA-AGACAGCAA---GTGAGGTTAATATGCTat
gi|29321                      : TGAGGTTAATATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTACGTGGTCAGAAA---GTGATATTCAGATGCTa
gi|29314                      : TGAGGTTTAGATACGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGCAA---GTGAGGATAAGATGCTat
gi|29298                      : TGAGGTTTATATGCTACCTCAGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTAAAA---GTGAAGTTAAGATGCT
gi|29289                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTAAGTGGTCAGCAA---GTGATGTTAAGATGCTa
gi|29306                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTGAGGATGAGTCTTGAATGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGATACat
gi|29322                      : TGAGGTTAAGATGCCCCCTCAGAATGATTCATGACTGAATGATCGGCAA---GTGAGTTTTAGATGCT
gi|29305                      : TGAGGTTCAGATGCTACCTCAGGATGAATCTTGAATGAGTGCTCGACAA---GTGAGGTTGAGATGCTa
gi|29320                      : TGAGGTTTAGACGCGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGAAA---GTGAGGATAAGATGCTa
gi|29323                      : TGATATTCAGATGCTATATCAGGATAATTTATGACTGAGTAGTCAGGAA---GTGAGGTTAAGATGCa
gi|29315                      : TGAGGCTTAGATGCTTCCTAAGGATGCTTATTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAAGTTAAGATGCT
gi|29308                      : TGAGGTGCATATGTAACCTCAGGATGGTTCATGACTGAGCGATCGGCAA---GTGAGGTTCAGATGCTa
gi|29312                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCATGATGATTCTTCAATGAGTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTAGATGTTa
gi|29319                      : TGAGGTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTAAATGGTCAGCAATTCGTGAa
gi|29302                      : TGAGGTTTATATGCTATCTCAGGGTGATTAATGACTTAGCGGTAAGCAA---GTAAGATTTAGATGCT
gi|29318                      : TGAGGTAAAGATGCAACCTCATGATGATTCTTTAATAAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGACGCa
gi|29316                      : TGAAGTTCAGATGCTACCACAGGGT-ATTAATGACAGAGTGGTAAGAAA---GTAAGATTAAGATGCT
gi|29317                      : TAAGATTAAGATGCTATTTTGGGATGTTTCATGACTGAGTGGTCGTCAA---GTAA--TTAAGATGTTat
gi|29313                      : TGAGGTTTACATACTACCTCAGGATGAGTCTTAAATTAGAAGTCGGCAA---TTGAGGTTTAGATGCT
gi|29324                      :  GAGTTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTGAGTTGTCAGTAA---GTGAGGTTTAGATGCTa
gi|29326                      :  GAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGAAAACAT---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29325                      :  GAGGTTAATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTATATGTTa
gi|29327                      :  GAGGTTTATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGCCAA---GTGAAGTTTATATGTTa
gi|29328                      :     GTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29329                      :           ATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29330                      :         atATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTAGTCGGAAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29331                      :           atGCTGCCTCAGGATAATTTGTAACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa





Alignments
lowQualScore                  :        1                      3             1    111        1       
lowQualScore                  :        .                      .             .    ...        .       
lowQualScore                  :        3                      9             5    666        4       
consensus                     : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
Reference ( family-497 )      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29288                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29289                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTAAGTGGTCAGCAA---GTGATGTTAAGATGCTat
gi|29290                      : TGAGGTTAATATGCTACTTCAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTat
gi|29291                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTat
gi|29292                      : TGAAGTTTATATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAAGTTCAGATGCT
gi|29293                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATAAAGTTAAGATGCTa
gi|29294                      : TGAGGATAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCAACAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29295                      : TGAGGTTTATATGTTACCTCAAGATGATTCGTGACTGAGTAGTCAACAA---GTGAAGTTCAGATGCTa
gi|29296                      : TGAGGATAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCTACAA---GCGAGGTTAAGATGCTa
gi|29297                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29298                      : TGAGGTTTATATGCTACCTCAGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTAAAA---GTGAAGTTAAGATGCTa
gi|29299                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTTAACTGCTa
gi|29300                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCAGGATGATTTTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29301                      : TGAGGTTTAGATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGATTGGTCAGCAA---GTGAGGCTTAGATGCTa
gi|29302                      : TGAGGTTTATATGCTATCTCAGGGTGATTAATGACTTAGCGGTAAGCAA---GTAAGATTTAGATGCT
gi|29303                      : TAAAGTTACGATACTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGTTa
gi|29304                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGACGGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29305                      : TGAGGTTCAGATGCTACCTCAGGATGAATCTTGAATGAGTGCTCGACAA---GTGAGGTTGAGATGCTa
gi|29306                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTGAGGATGAGTCTTGAATGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGATACa
gi|29307                      : TGAGGTTGAGATGCTACCTCTGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTACAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29308                      : TGAGGTGCATATGTAACCTCAGGATGGTTCATGACTGAGCGATCGGCAA---GTGAGGTTCAGATGCT
gi|29309                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGGCTTGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATGAGGTAAAGATGCa
gi|29310                      : TAAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATG
gi|29311                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAA-AGACAGCAA---GTGAGGTTAATATGCT
gi|29312                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCATGATGATTCTTCAATGAGTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTAGATGTTa
gi|29313                      : TGAGGTTTACATACTACCTCAGGATGAGTCTTAAATTAGAAGTCGGCAA---TTGAGGTTTAGATGCTa
gi|29314                      : TGAGGTTTAGATACGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGCAA---GTGAGGATAAGATGCTa
gi|29315                      : TGAGGCTTAGATGCTTCCTAAGGATGCTTATTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAAGTTAAGATGCT
gi|29316                      : TGAAGTTCAGATGCTACCACAGGGT-ATTAATGACAGAGTGGTAAGAAA---GTAAGATTAAGATGCTa
gi|29317                      : TAAGATTAAGATGCTATTTTGGGATGTTTCATGACTGAGTGGTCGTCAA---GTAA--TTAAGATGTTat
gi|29318                      : TGAGGTAAAGATGCAACCTCATGATGATTCTTTAATAAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGACGC
gi|29319                      : TGAGGTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTAAATGGTCAGCAATTCGTGA
gi|29320                      : TGAGGTTTAGACGCGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGAAA---GTGAGGATAAGATGCT
gi|29321                      : TGAGGTTAATATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTACGTGGTCAGAAA---GTGATATTCAGATGCTa
gi|29322                      : TGAGGTTAAGATGCCCCCTCAGAATGATTCATGACTGAATGATCGGCAA---GTGAGTTTTAGATGCTat
gi|29323                      : TGATATTCAGATGCTATATCAGGATAATTTATGACTGAGTAGTCAGGAA---GTGAGGTTAAGATGCa
gi|29324                      :  GAGTTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTGAGTTGTCAGTAA---GTGAGGTTTAGATGCT
gi|29325                      :  GAGGTTAATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTATATGTTa
gi|29326                      :  GAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGAAAACAT---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29327                      :  GAGGTTTATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGCCAA---GTGAAGTTTATATGTTa
gi|29328                      :     GTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29329                      :           ATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29330                      :         atATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTAGTCGGAAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29331                      :           atGCTGCCTCAGGATAATTTGTAACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa





Alignments
lowQualScore                  :        1                      3             1    111        1       
lowQualScore                  :        .                      .             .    ...        .       
lowQualScore                  :        3                      9             5    666        4       
consensus                     : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
Reference ( family-497 )      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29288                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29289                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTAAGTGGTCAGCAA---GTGATGTTAAGATGCTat
gi|29290                      : TGAGGTTAATATGCTACTTCAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTat
gi|29291                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTat
gi|29292                      : TGAAGTTTATATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAAGTTCAGATGCT
gi|29293                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATAAAGTTAAGATGCTa
gi|29294                      : TGAGGATAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCAACAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29295                      : TGAGGTTTATATGTTACCTCAAGATGATTCGTGACTGAGTAGTCAACAA---GTGAAGTTCAGATGCTa
gi|29296                      : TGAGGATAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCTACAA---GCGAGGTTAAGATGCTa
gi|29297                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29298                      : TGAGGTTTATATGCTACCTCAGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTAAAA---GTGAAGTTAAGATGCTa
gi|29299                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTTAACTGCTa
gi|29300                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCAGGATGATTTTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29301                      : TGAGGTTTAGATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGATTGGTCAGCAA---GTGAGGCTTAGATGCTa
gi|29302                      : TGAGGTTTATATGCTATCTCAGGGTGATTAATGACTTAGCGGTAAGCAA---GTAAGATTTAGATGCT
gi|29303                      : TAAAGTTACGATACTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGTTa
gi|29304                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGACGGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29305                      : TGAGGTTCAGATGCTACCTCAGGATGAATCTTGAATGAGTGCTCGACAA---GTGAGGTTGAGATGCTa
gi|29306                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTGAGGATGAGTCTTGAATGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGATACa
gi|29307                      : TGAGGTTGAGATGCTACCTCTGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTACAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29308                      : TGAGGTGCATATGTAACCTCAGGATGGTTCATGACTGAGCGATCGGCAA---GTGAGGTTCAGATGCT
gi|29309                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGGCTTGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATGAGGTAAAGATGCa
gi|29310                      : TAAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATG
gi|29311                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAA-AGACAGCAA---GTGAGGTTAATATGCT
gi|29312                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCATGATGATTCTTCAATGAGTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTAGATGTTa
gi|29313                      : TGAGGTTTACATACTACCTCAGGATGAGTCTTAAATTAGAAGTCGGCAA---TTGAGGTTTAGATGCTa
gi|29314                      : TGAGGTTTAGATACGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGCAA---GTGAGGATAAGATGCTa
gi|29315                      : TGAGGCTTAGATGCTTCCTAAGGATGCTTATTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAAGTTAAGATGCT
gi|29316                      : TGAAGTTCAGATGCTACCACAGGGT-ATTAATGACAGAGTGGTAAGAAA---GTAAGATTAAGATGCTa
gi|29317                      : TAAGATTAAGATGCTATTTTGGGATGTTTCATGACTGAGTGGTCGTCAA---GTAA--TTAAGATGTTat
gi|29318                      : TGAGGTAAAGATGCAACCTCATGATGATTCTTTAATAAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGACGC
gi|29319                      : TGAGGTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTAAATGGTCAGCAATTCGTGA
gi|29320                      : TGAGGTTTAGACGCGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGAAA---GTGAGGATAAGATGCT
gi|29321                      : TGAGGTTAATATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTACGTGGTCAGAAA---GTGATATTCAGATGCTa
gi|29322                      : TGAGGTTAAGATGCCCCCTCAGAATGATTCATGACTGAATGATCGGCAA---GTGAGTTTTAGATGCTat
gi|29323                      : TGATATTCAGATGCTATATCAGGATAATTTATGACTGAGTAGTCAGGAA---GTGAGGTTAAGATGCa
gi|29324                      :  GAGTTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTGAGTTGTCAGTAA---GTGAGGTTTAGATGCT
gi|29325                      :  GAGGTTAATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTATATGTTa
gi|29326                      :  GAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGAAAACAT---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29327                      :  GAGGTTTATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGCCAA---GTGAAGTTTATATGTTa
gi|29328                      :     GTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29329                      :           ATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29330                      :         atATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTAGTCGGAAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29331                      :           atGCTGCCTCAGGATAATTTGTAACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa


blockSeqs                     :        A                      T             A    TTC        A
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      G             A    .          A
blockSeqs                     :        T                      G             A    .          C
blockSeqs                     :        A                      G             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        T                      G             A    .          C
blockSeqs                     :        A                      T             T    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        T                      G             T    .          A
blockSeqs                     :        A                      G             A    .          T
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        T                      G             A    .          T
blockSeqs                     :        T                      A             A    .          T
blockSeqs                     :        A                      G             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             G    .          A
blockSeqs                     :        C                      T             G    .          G
blockSeqs                     :        A                      T             G    .          T
blockSeqs                     :        G                      G             T    .          A
blockSeqs                     :        C                      A             G    .          C
blockSeqs                     :        A                      G             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             G    .          T
blockSeqs                     :        T                      T             G    .          T
blockSeqs                     :        T                      G             A    .          A
blockSeqs                     :        T                      T             G    .          A
blockSeqs                     :        C                      A             A    .          A
blockSeqs                     :        A                      A             G    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             G    .          T
blockSeqs                     :        T                      T             A    .          A
blockSeqs                     :        T                      G             A    .          C
blockSeqs                     :        A                      A             A    .          T
blockSeqs                     :        A                      A             G    .          A
blockSeqs                     :        C                      A             A    .          T
blockSeqs                     :        T                      A             A    .          T
blockSeqs                     :        A                      G             G    .          A
blockSeqs                     :        A                      T             A    .          T
blockSeqs                     :        T                      G             G    .          A
blockSeqs                     :        A                      G             A    .          T
blockSeqs                     :                               A             G    .          T
blockSeqs                     :                               A             G    .          A
blockSeqs                     :                               G             A    .           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
finalCons                     : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT





Alignments
lowQualScore                  :        1                      3             1    111        1       
lowQualScore                  :        .                      .             .    ...        .       
lowQualScore                  :        3                      9             5    666        4       
consensus                     : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
Reference ( family-497 )      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29288                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29289                      : TGAGGTTAATATGCTACTATAGGATGATTCTTGAGTAAGTGGTCAGCAA---GTGATGTTAAGATGCTat
gi|29290                      : TGAGGTTAATATGCTACTTCAGGATGATTCTTGAGTTAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTat
gi|29291                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTat
gi|29292                      : TGAAGTTTATATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAAGTTCAGATGCT
gi|29293                      : TGAGGTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATAAAGTTAAGATGCTa
gi|29294                      : TGAGGATAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCAACAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29295                      : TGAGGTTTATATGTTACCTCAAGATGATTCGTGACTGAGTAGTCAACAA---GTGAAGTTCAGATGCTa
gi|29296                      : TGAGGATAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGTGGTCTACAA---GCGAGGTTAAGATGCTa
gi|29297                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29298                      : TGAGGTTTATATGCTACCTCAGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTAAAA---GTGAAGTTAAGATGCTa
gi|29299                      : TGAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTTAACTGCTa
gi|29300                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCAGGATGATTTTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATGCTa
gi|29301                      : TGAGGTTTAGATGTTACCTCAGGATGATTCGTGACTGATTGGTCAGCAA---GTGAGGCTTAGATGCTa
gi|29302                      : TGAGGTTTATATGCTATCTCAGGGTGATTAATGACTTAGCGGTAAGCAA---GTAAGATTTAGATGCT
gi|29303                      : TAAAGTTACGATACTACCTCAGGATGACTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGTTa
gi|29304                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGACGGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29305                      : TGAGGTTCAGATGCTACCTCAGGATGAATCTTGAATGAGTGCTCGACAA---GTGAGGTTGAGATGCTa
gi|29306                      : TGAGGTTAAGATGCTACCTGAGGATGAGTCTTGAATGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGATACa
gi|29307                      : TGAGGTTGAGATGCTACCTCTGGATGATGTGTGACTGAGTGGTCTACAA---GTGAGGTTAAGATGCT
gi|29308                      : TGAGGTGCATATGTAACCTCAGGATGGTTCATGACTGAGCGATCGGCAA---GTGAGGTTCAGATGCT
gi|29309                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGGCTTGTGACTGAGTGGCCAGCAA---ATGAGGTAAAGATGCa
gi|29310                      : TAAAGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGACTGGCCAACAA---GTGAGGTTAAAATG
gi|29311                      : TGAGGTTAAGATGCTTCCTCAGGATGATTCTTGACTGAA-AGACAGCAA---GTGAGGTTAATATGCT
gi|29312                      : TGAGGTTAAGATGTTACCTCATGATGATTCTTCAATGAGTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTAGATGTTa
gi|29313                      : TGAGGTTTACATACTACCTCAGGATGAGTCTTAAATTAGAAGTCGGCAA---TTGAGGTTTAGATGCTa
gi|29314                      : TGAGGTTTAGATACGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGCAA---GTGAGGATAAGATGCTa
gi|29315                      : TGAGGCTTAGATGCTTCCTAAGGATGCTTATTGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAAGTTAAGATGCT
gi|29316                      : TGAAGTTCAGATGCTACCACAGGGT-ATTAATGACAGAGTGGTAAGAAA---GTAAGATTAAGATGCTa
gi|29317                      : TAAGATTAAGATGCTATTTTGGGATGTTTCATGACTGAGTGGTCGTCAA---GTAA--TTAAGATGTTat
gi|29318                      : TGAGGTAAAGATGCAACCTCATGATGATTCTTTAATAAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTAGACGC
gi|29319                      : TGAGGTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTAAATGGTCAGCAATTCGTGA
gi|29320                      : TGAGGTTTAGACGCGACCTCAGGATGATTCGTGACTGAATTTTCAGAAA---GTGAGGATAAGATGCT
gi|29321                      : TGAGGTTAATATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTACGTGGTCAGAAA---GTGATATTCAGATGCTa
gi|29322                      : TGAGGTTAAGATGCCCCCTCAGAATGATTCATGACTGAATGATCGGCAA---GTGAGTTTTAGATGCTat
gi|29323                      : TGATATTCAGATGCTATATCAGGATAATTTATGACTGAGTAGTCAGGAA---GTGAGGTTAAGATGCa
gi|29324                      :  GAGTTTTAGATGCTACCTCAGGATGATTCATGACTGAGTTGTCAGTAA---GTGAGGTTTAGATGCT
gi|29325                      :  GAGGTTAATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGGCAA---ATGAGGTTTATATGTTa
gi|29326                      :  GAGGTTAAGATGCTACCTCAGGATGATTCTTGACTGAGAAGAAAACAT---GTGAGGTTAATATGCTa
gi|29327                      :  GAGGTTTATATGCTATATCAGGATGATTCGTGACTGACTAGTCGCCAA---GTGAAGTTTATATGTTa
gi|29328                      :     GTTAAAATGCTACCTCAGGATCATTCGTGACTGAGTGGCCAGCAA---GTGAGGTTAAGATGCTa
gi|29329                      :           ATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTGGTCGGCAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29330                      :         atATGCTACCTCAGGTTGATTCATGACTGAGTAGTCGGAAA---GTGAGGTTTACATACTa
gi|29331                      :           atGCTGCCTCAGGATAATTTGTAACTGAGTGGTCAGCAA---GTGAGGTTAATATGCTa