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gi|63881                      :              TTAATGTTTGTAGC------ACA------AA-------G-CGTTGAGGTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGCGTCA-GTTTTTTAGGGTT-----TTCT
gi|63882                      :                 AAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGTTCTTAGAT-G-TTT-T----ACAAATAGGGCCA-GTTTGT---GGTT-----CTTTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63883                      :                 AAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATATGGTCA-GTATGA---AGTC-----CTCTC-TCAAATTTTGTTTAAAA
gi|63884                      :                 AAGTTTATAGT------ACA------AG-------G-CGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATA
gi|63885                      :                      TGTAGT------ACA------AG-------G-CATTGAGCTTAGAT-G-TTT-T----ACGATTAGGATTA-GTTTTT---GCGC-----TTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63886                      :                         AGT------ACA------AG-------G-CCTTGAACTTAGAT-A-TAT-A----A-AAACAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCGGA-TTTATTCAAAA
gi|63887                      :                         AGT------GTA------AG-------G-CCTGAAGCTTTGAT-G-TTT-T----TCATATAGTGTCA-ACTCGT---CCTT-----TTCTC-TCAGG-CTTGTTCAAA
gi|63888                      :                          GT------ACA------AA-------G-TCTTGAGCTTAGAT-G-GTT-T----ATAAAAAGGGACA-GTTTGT---GGTA-----TTTTCTTCAAA--TTGTTCAAAA
gi|63889                      :                          GT------GCA------AG-------G-CCTGGAGCTTTGAT-A-TTT-T----ACATGCAGTATCA-CCTACT---GATT-----TTATC-TCAGA-TTTGTTCAA
gi|63890                      :                                                        TTGAGCTTAGAT-G-TTT-A----GCAAACAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63891                      :                                                        TTGATCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CACTC-TCAAA-TTTGTCCGAA
gi|63892                      :                                                              TTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGATCA-GCTTGT---GATC-----CTCTC-TCTAA-TTTGTTCA
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Alignments
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lowQualScore                  :                            888888   888888  5555555 0              9 9   111111             0      888    66666     1     1           
consensus                     :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
Reference ( family-495 )      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
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gi|63892                      :                                                              TTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGATCA-GCTTGT---GATC-----CTCTC-TCTAA-TTTGTTCA
gi|63893                      :                                                                                 CAAATAGGGTAA-TTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTTAAAA


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blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    G                         .      .         .     .
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blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    G                         .      .         .     .
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blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    T                         .      .         .     .
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    G                         .      .         .     .
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    G                         .      .         .     .
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    T                         .      .         .     .
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    A                         .      .         .     .
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    T                         .      .         .      
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    T                         .      .                
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    T                                                 
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    A                                                 
blockSeqs                     :                            .        .       .       .                    G                                                 
blockSeqs                     :                                                                          G                                                 
blockSeqs                     :                                                                          .                                                 


blockSeqCons                  :              
originalCons                  :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
finalCons                     :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA





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lowQualScore                  :                            ......   ......  ....... .              . .   ......             .      ...    .....     .     .           
lowQualScore                  :                            888888   888888  5555555 0              9 9   111111             0      888    66666     1     1           
consensus                     :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
Reference ( family-495 )      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63849                      :              TTAAAGTTTGTAGC------ACA------AA-------G-CCTTGATCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63850                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGATCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-ATAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63851                      :              TTTAAGTTTGTAGT------ACG------AG-------G-TGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAATTAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63852                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------GG-------G-CCTTGATCTTAGAT-A-TTT-G----ACAAACAGGGTAA-GTTTGT---AGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63853                      :              TTAAAGTTTGAATT------ACA------AG-------G-CCTTCAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTCT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
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gi|63857                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CATTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---TGTC-----CTCTT-TCCAA-TATGTTCAAAA
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gi|63862                      :              TTAAAGTTTGTA---------CA------AG-------G-CCTTGAACTTAAAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC----AA-TTTTTTTGAAA
gi|63863                      :              TTAAAGTTTGTAGTGCAAGTACA------AG-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-T----ACTAATGGGGACA-GTTTGC---AGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTG
gi|63864                      :                         AGT------ACA------AG-------G-CCTT-AGCTTAGAT-T-TTA-T----ACAAACAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CCCTG-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63865                      : tttagtaggttaaTTTAAGTTTGTAGT------ACA------AGTACAAG-G-CTTTGAGCTGAGCTTG-TTT-GTTTTATAAAAAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-------CTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63866                      :                  AGCTGGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAGCTAAGAT-T-TTT------ACAAATAGGATCA-ATTTGT---GGTC-------CTC-TCAAA-ATTGTTCAA
gi|63867                      :          ttttTTAAAGTTTGTAGT------ACA------AGCAAAAAGA-CCTTAAGCTTAGAT-G-TTT-T----ACAAGTAAGGTAA-GTTTGT---GGTCAGTTTGTCTC-TCAGA-TTTGTTCAAAA
gi|63868                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CGATGAGCTTAGAT-GTTTT-G----ACAAATAGGGTCATGTTT
gi|63869                      :              TTAAAGATTGTAGT------ACA------TA-------G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-T----ACAAATAGGG------TTGG---GGCC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTAAGAA
gi|63870                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AGTACAAT-G-CCTTGAGCTTAGAT-G-TTT-T----ACAAATATGGTCC-TTTCGT---TGAC-----CTCTC-TTAAA---TATTTAAAA
gi|63871                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACATGTTTAAG-------A-CCTTGAGATTAGAT-G-TTT-T----ATAAAT----TC-------T---GGTC-----CTTTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63872                      :              TTGAAGTTTGCAGT------ACA------AG-------G-CATTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTT
gi|63873                      :              TTTAAGTTTGAGGT------ACA------AG-------G-CGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GCTT
gi|63874                      :              TTAAAGTGTGTAGT------ACA------AG-------G----------TA-------TT-G----ACAAATAGGTTCC-GTTTGT---GGTC-------CTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63875                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-TGTTGAGCTTTTAT-G-TTT-G----TCAAATAAGGTCA-GTTTTT-----TC-----CTTTT-TC
gi|63876                      :              TTAAAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CATTGACCTTAGAT-G-TTT-
gi|63877                      :              TTAAAGTTCGTAGT------TTA------AG-------G-CGTTAAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAAT--TGTCA-GTTT
gi|63878                      :              TTAAATTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGAACTTCGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTAA-ATTTGT---GGTC-----CACTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63879                      :                 AAATTTGTAGT------ACA------AA-------G-ACTTGATCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GATC-----CTCTC-TAAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63880                      :            tcTTAACGTTTATAGT------ACA------AG-------G-CGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGT
gi|63881                      :              TTAATGTTTGTAGC------ACA------AA-------G-CGTTGAGGTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGCGTCA-GTTTTTTAGGGTT-----TTCT
gi|63882                      :                 AAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CCTTGTTCTTAGAT-G-TTT-T----ACAAATAGGGCCA-GTTTGT---GGTT-----CTTTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63883                      :                 AAGTTTGTAGT------ACA------AG-------G-CGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATATGGTCA-GTATGA---AGTC-----CTCTC-TCAAATTTTGTTTAAAA
gi|63884                      :                 AAGTTTATAGT------ACA------AG-------G-CGTTGAGCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATA
gi|63885                      :                      TGTAGT------ACA------AG-------G-CATTGAGCTTAGAT-G-TTT-T----ACGATTAGGATTA-GTTTTT---GCGC-----TTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63886                      :                         AGT------ACA------AG-------G-CCTTGAACTTAGAT-A-TAT-A----A-AAACAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCGGA-TTTATTCAAAA
gi|63887                      :                         AGT------GTA------AG-------G-CCTGAAGCTTTGAT-G-TTT-T----TCATATAGTGTCA-ACTCGT---CCTT-----TTCTC-TCAGG-CTTGTTCAAA
gi|63888                      :                          GT------ACA------AA-------G-TCTTGAGCTTAGAT-G-GTT-T----ATAAAAAGGGACA-GTTTGT---GGTA-----TTTTCTTCAAA--TTGTTCAAAA
gi|63889                      :                          GT------GCA------AG-------G-CCTGGAGCTTTGAT-A-TTT-T----ACATGCAGTATCA-CCTACT---GATT-----TTATC-TCAGA-TTTGTTCAA
gi|63890                      :                                                        TTGAGCTTAGAT-G-TTT-A----GCAAACAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTCAAAA
gi|63891                      :                                                        TTGATCTTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGGTCA-GTTTGT---GGTC-----CACTC-TCAAA-TTTGTCCGAA
gi|63892                      :                                                              TTAGAT-G-TTT-G----ACAAATAGGATCA-GCTTGT---GATC-----CTCTC-TCTAA-TTTGTTCA
gi|63893                      :                                                                                 CAAATAGGGTAA-TTTTGT---GGTC-----CTCTC-TCAAA-TTTGTTTAAAA