lowQualScore : 22222222222222222 111111111111111111
lowQualScore : 4 44 5555 0 1 222 1 7777777777 1 2222 222222 11 555555 1111 0 111 11 99999999999999999 0 111111111111111111 222222 1 1 1 2222 11
lowQualScore : . .. .... . . ... . .......... . .... ...... .. ...... .... . ... .. ................. . .................. ...... . . . .... ..
lowQualScore : 2 33 4444 9 1 999 0 2222222222 0 1111 888888 22 888888 9999 9 666 22 11111111111111111 9 888888888888888888 777777 0 0 0 1111 55
consensus : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----G---G-GG-CATTT----C------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------N-N----AAAA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Reference ( gi|89645 ) : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---G-GG-CATTT----C------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------T-G----AAAA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89647 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---G-GG-CATTT----T------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------T-G----AAAA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCATT
gi|89649 : AAAA-A--C----ACTTTTAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---G-GG-CATTT----C------CAGGAAATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------G-C----AAAA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCTGGACG-TTGTGGCGTAA----ATGCAGC--TACGACACTG
gi|89650 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---G-CG-TATTT----C------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------A-C----AAAA-AT----------A------T------GCAC-AA-GCTCGAGCT-TTGTGGTGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89652 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---T-GG-CATTT----C------CAGATGATATA--G------T----GAATA---AAT--T--T-------T-C----AAAA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCA-TTGTGACGTAA----AGGCAGC--TACGCAACTG
gi|89651 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---G-GGGTATTT----T------CAGGAAATATA--A------T----G-ATG---CGT--A--C-------G-C----AAAA-AC----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTATAACGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89653 : AAAA-A--G----GCTTTCAGGATGCACTTCC-TG---CATTCT-G----A---G-GG-CATTT----C------CAGGAAATATA--A------T----G-ATG---CAT--T----------T-GC---AAAC-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCAAGAGG-TTGTGGTGTTA----AGGAAGC--TACACCACTG
gi|89654 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CATTCT-G----G---GAGG-TATTT----T------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CGT--T----------T-GC---AAAA-AT----------T------T------ATGC-AA-GCCCGGTCA-TTATAGCGTAA----AGGC
gi|89655 : AAAA-A--A----A--TTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---T-GA-CATTT----C------CAGGAGAT-----A------T----G-ATG---CAT--T--C-------T----------------------------------------C-AA-GCCTAGGCG-TTGTTATGTAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89656 : AAAATA--T----ATTTTTAAGATGGAATTCC-TG---GATTC--G----G---G-GA-CATTT----C------CACGAGATATA--A------T----G-TTA---CAT--T--CG------T-A----AAAA-AT----------A------T------G--A-AA-GCCTGAGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGC--TATGTCACTG
gi|89657 : AAAA-A--GTTTGATTTATAAGATGCATTTTC-GG---CGTTCT-G-------------CATTT----C------CATGCAATATA--A------C----G-ATG---CAT--T--C-------G-C----AAGA-AT----------A------T------ATGC-AA-GCCCGTACA-TCGTGGCGTAA----ACACAGC--TTCGCCACTG
gi|89660 : AAAA-ATTG----ACTGTAAGGATGTAATTTC-TG---CATTCT-C----G---G-GG-CATTT----C------CAGCAAATATA--AAGATGATCAAAG-ATG---TAT--TGACA------T-G----GAAA--------------------T------GTGC-AA-GCCCCAGTAATTGTGGCATAA----AGACAGC--TACACTACTG
gi|89659 : AAAA-AT-G----ATTTTAAGGACAAATTATC-TG---TGTTCG-G----G---A-GA-CATTT----C-------AGCAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------A-C----AAGA-AA----------A------T------GTG-------CCAGGCG-TGTTGGCGTGA----AAGAAGC--TTCGCCACTG
gi|89648 : AAGA-A--G----ATTTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTGG----A---A-GG-CATTC----C------CGAGAGATTTA--G------C----A-AT----CAT--T--C-------G-C----AAGA-AT----------A------T------ATGCAAA-GCCCTTGCG-TTGTGGCGTA
gi|89646 : AAAA-A--G----AATTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCT-G----G---A-TG-CATTC----C------CGAGAGATTTA--A------C----A-A-A---CAT--T--C-------G-C----AAGA-AT----------A------T------ATGC-AAAGCCCTAGCG-TTGTGGCGTA
gi|89658 : AAAATA--G----ATTTTTATGATGCATTTTC-TG---CGTTTT-T----G---G-GG-CATTT----C------CAGGAGATATAGTA------T----A-ACGTTACAT--TGGC---------A----AAAG-AA----------A------C------GTGC-AA-G-CAGGTCG-TCGTGACGTAA----A
gi|89661 : AAA-A--G----ATTTTTAAAA-ATATTTCC-TG---CATTAA-G----G---G-GG-CATTT----C------CTGGAGATATA--A------T----T-ATA---CAG--T--C-------A-T----AAAA-AT----------AAAAAAAT------TTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89662 : AAA-A--GTG--ATTTTTAGTATGCATTTCC-TG---CGTTCT-GTTGGACTTG-GA-C-TTT----T------CAGCAGATATA--A------T----G-A------ATCCT--C-------C-GCCTTAAA--------------A------T------GTGC-AA-GCCCTGGCG-ATGTGGCATAA----AGGCAGC--TAGGCTACTG
gi|89663 : AA-T--G----ACTAGCAATATGCATTTTA-TA---CATTTT-G----A---A-TG-CACTT----C------CAAGCAATGTA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------G-C----AATA-AT----------A------T------GTAC-AA-TCCGGGGCG-TTGTGACTTAA----AGGAAGC--TACGTCATTG
gi|89664 : A-A--G----ATTATTAGTATGAATTTGC-TA---TGTTC--------------------------------CAAGAGACATA--A------T----G-ATG---CAT--TACC-------T-A----GAAA-------------A------T------GTGC-AA-GCTTGGGCA-TTGTGGCATAGTTTTAGGAAGC--TACGCCA
gi|89666 : --G----ATTTTTAGGATGCATTTCC-TG---TGTTAT-G----G---G-GG-CTATT----C------TAGCAAATATA---------T----G-ATG---CAT--T--C-------T-C----AAGA-AT------------------------GTGC-AA-GCCCTGGTG-TTGTGGCGTAA----CGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89665 : --G----ACTTTAAGGATGGATTACC-TG---TGTTCT-A----C---G-GA-CATTT----C------TAGAAAATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------A-C----AAAA-A-----------A------T------GTGC-AA-GGCTAGGCA-TTGTGGCATTA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89667 : --G----ATTTTTAGAAAGGATTTCC-TG---CGTTCT-G----G---G-GG-CAATT----C------CTGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--CGCG----T-G----AAAA-A
gi|89668 : ----ATTTTTAGGATGCACTTCC-TG---CGTTTT-G----T---T-GG-CATTT----T------TGTGAGATATA--A------T----G-ATA---AAT--T--C-------TCG----AGAA-A-----------A------T------GTGC-AA-GCCCGAGCA-TTTTAGCATAA----AGGCAGC--TATGCCACTGaa
gi|89669 : ----ATTTTTATAATGCATTTTC-TG---CATTAT-G----G---T-GG-CATTT----T------CAGGTGTAATA--A------T----G-ATG---CAT--T--CG------T-G-----GGA-AT----------A------T------GTGC-AA-ACTTGGGCG-TCGTGATGTAA----AGACAGC--TAAGCAACT
gi|89670 : ----ACTTTTA-----CATTTCC-TG---CATTCT-G----G---G-GG-CATTT----C------CATGAGATATA--A------T----G-ATG---TA--------------T-A----AAAA-GTCAA-------A------T------A----AA-TCCCTGGAG-CTGTGGCGTAA----AAGCAGC--TTCACCATTG
gi|89671 : ----ATTTTTAGGATGCTTTTCC-T---------T-G--------G-GG-CATTT----C------CACGAGGTGAG--A------T----G-TTG---CAT--T--CA------T-GT---AAAA-AC----------A------A------AAAC-TA-CCCCAGGTA-GTGTGACGTAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89672 : TTGCAGGATGCATTTCC-TG---CCTTCT-T----G---G-GG-CATTT----CTATTTGCGAGAAAAATA--AAAAA--T----A-A-G---TAT--CA-T-------T-A----AAAA-ATGAAACAAAAAA------T------GTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TAC
gi|89673 : TTTTAGGATGCATTATA-TG---TGGTCT-T----G---G-GG-TATTG----C------AA--------A--A------T----G-ATG---CAT--T--TGCAAAAAC-G----AAAA-AT----------AAA----T------GTGC-AA-TCCCGGATG-TTGTGGCGCAA----AGACAGA--TACGCCACCG
gi|89674 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---TGTTCT-G----A---T-GA-CATTT----C------CAGGAGATAT---------------G-ATG---CAT--T--C-------T-C----AAAA-AA----------A------T------ATGC-AA-ACCCGGGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGT--TACACCGCTG
gi|89675 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCT-G----A---T-GA-CATTT----C------CAGAAGATAT---------------G-ATG---CAT--T--C-------T-C----AAAA-AA----------A------T------ATGC-AA-GCTCGGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89676 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCT-G----A---T-GA-CATTT----C------CAGGAGAT-T----------T----G-ATG---CAT--T--C-------T-C----AAAA-AA----------A------T------ATGC-AA-GCTCAGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCTGCTG
gi|89677 : TTCAGAATGCATTTCC-TG---CGTTCT-G----A---T-GA-CATTT----C------CAGGAGAT-----A------T----G-ATG---CAT--T--C-------T-C----AAAA-AA----------A------T------ATGC-AA-ACCTGGGCA-TTGTTGTGTAA----A
gi|89678 : TTCTGGGGGCATTTCC-AGGCACATTCT-G----G---G-GG-CATTT----C------CAGGCGATATA--A------T----G-TTT---CAT--T--TG------T-G----AGAA-A-----------A------T------GTGC-AA-G-CCAAGCA-TTGTAGTGTGA----AGGCAGT--TATGCCACTG
gi|89679 : TTAGGATACGTTTGT-TA---TGTTCT-G-----------G-TTTTTTTTTC------CAGCAAATATA--A------T----G-ATA---CAT--T--C-------G-T----AAGA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGAGTTA----AGGCAGC--TACGTCACTG
gi|89680 : TCTGGATGCATTACC-TG---CGTATT-G----A---G-GA-CATTT----C------AAGGACA-AAA--A------A----G-GTA---GAT--C-----------------ACAA-AA----------A------T------GTGC-AC-GCCTGGTCG-TTGAGGCGAAA----AGACAGT--TACGCCACTG
gi|89681 : ATGC-TTTCCATG---CATTCT-G----A---G-TG-CATTT----C------CA--ATATATA--A------T----G-AGG---CAT--T--CG------C-A----AGAA-AT----------A------T------GTGC-AA-G-TTGAGTG-TTGTGGCATAA----ATACAGC--TATGCCACTG
gi|89682 : ATGCATTTCA-TG---TGTTCT-G----G---G-TG-CATTT----C------CAGGAGATATA--A------C----A-ATA---CA
gi|89683 : TGCAGTTCC-TGT--CGT-CT-A----G---T-GG-TATTT----C------CAGGAGATATA--A------C----A-ATG---CAT--T--TG------C-G----AAAA-A
gi|89684 : -G----G---G-GG-CTTTT----C------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------G-C----AAGA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCATC--TACGCCACTGat
gi|89685 : -G----G---G-GG-CTTTT----C------GAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------G-C----AAGA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TACG-CACTG
gi|89686 : -CATTT----T------CAGGAGATATA--A------T----G-ATG---CAT--TGGC-------G-A----GAAA-AT----------A------
gi|89687 : GAGATATA--GAG----T----G-ATG---CAA---------------G----AAAA-AA----------AAGAG--TAAAAAAGTGA-AA-ACCCGGGCG-TTGTGGTGTAA----ATGCAGC--TACACCACTGaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaaaaagataggtgcaagccaagacgttgtggcgtaaaggtagctataccact
gi|89688 : ACA--A------T----G-ATG---CAT--T--C-------A-C----AAGA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCTGGGTG-CTGTGGCAGGA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89689 : A--A------G----G-ATA---TAT--T--C-------G-C----AAGA-AT-----------------T------GTGC-AC-GCCCGGGCG-TTGCGGTATAA----AGGCAGCTGTACGCCACTG
gi|89686 : T--T--T-------T-A----AAAAGAT----------A------G------GTGC-AA-GCCAAGACG-TTGTGGCGTAA----AGGTAGC--TATACCACT
gi|89690 : cattttcaggagatataatgatgcattggcgagaaaataaaaagctagtataaccaagtatcttcaatt----AAAC-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTTA----AGGCAGC--CACGCCACTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 4 44 5555 0 1 222 444444444 111 0 2222 22222 11 333333 1111 0 111 111 33 5555555 2222 0 22222222222 333333 222222 0 0 0 2222 11
lowQualScore : . .. .... . . ... ......... ... . .... ..... .. ...... .... . ... ... .. ....... .... . ........... ...... ...... . . . .... ..
lowQualScore : 0 11 2222 5 0 888 777777777 777 9 0000 33333 22 888888 9999 9 666 666 33 9999999 7777 9 44444444444 555555 777777 9 9 9 1111 44
consensus : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---GC--AA----AA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Reference ( family-490 ) : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---NN--AA----AA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89645 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---TG--AA----AA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89646 : AAAA-A--G----AATTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--G-A----TGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--A------C----A-A-A---CAT---T--C---GC--AA----GA-AT----------A------T------ATGC-AAAGCCCTAGCG-TTGTGGCGTA
gi|89647 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---TG--AA----AA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCATT
gi|89648 : AAGA-A--G----ATTTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--GAA----GGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--G------C----A-AT----CAT---T--C---GC--AA----GA-AT----------A------T------ATGCAAA-GCCCTTGCG-TTGTGGCGTA
gi|89649 : AAAA-A--C----ACTTTTAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---GC--AA----AA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCTGGACG-TTGTGGCGTAA----ATGCAGC--TACGACACTG
gi|89650 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----CGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---AC--AA----AA-AT----------A------T------GCAC-AA-GCTCGAGCT-TTGTGGTGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89651 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CGTTCTGA-G-G----GGTATTTTCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGT---A--C---GC--AA----AA-AC----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTATAACGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89652 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GGCATTTCCA---G-ATGA----TA-----TA--G------T----GAATA---AAT---T--T---TC--AA----AA-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCA-TTGTGACGTAA----AGGCAGC--TACGCAACTG
gi|89653 : AAAA-A--G----GCTTTCAGGATGCACTTCC-TG---CATTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--T---GC--AA----AC-AT----------A------T------GTGC-AA-GCCAAGAGG-TTGTGGTGTTA----AGGAAGC--TACACCACTG
gi|89654 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CATTCTG--G-GA---GGTATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGT---T--T---GC--AA----AA-AT----------T------T------ATGC-AA-GCCCGGTCA-TTATAGCGTAA----AGGC
gi|89655 : AAAA-A--A----A--TTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CAT---T--C---T-----------------------------------------C-AA-GCCTAGGCG-TTGTTATGTAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89656 : AAAATA--T----ATTTTTAAGATGGAATTCC-TG---GATTC-G--G-G----GACATTTCCA---C-GAGA----TA-----TA--A------T----G-TTA---CAT---T--C---GT--AA----AA-A-----------A------T------ATGA-AA-GCCTGAGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGC--TATGTCACTG
gi|89657 : AAAA-A--GTTTGATTTATAAGATGCATTTTC-GG---CGTTCTG-----------CATTTCCA---T-GCAA----TA-----TA--A------C----G-ATG---CAT---T--C---GC--AA----GA-AT----------A------T------ATGC-AA-GCCCGTACA-TCGTGGCGTAA----ACACAGC--TTCGCCACTG
gi|89658 : AAAATA--G----ATTTTTATGATGCATTTTC-TG---CGTTTTT--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TAGTA------T----A-ACGTTACAT---T--G---GC--AA----AAGAA----------A------C------GTGC-AA-G-CAGGTCG-TCGTGACGTAA----A
gi|89659 : AAAA-AT-G----ATTTTAAGGACAAATTATC-TG---TGTTCGG--G-A----GACATTTC-A---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---AC--AA----GA-AA----------A------T------GTG-------CCAGGCG-TGTTGGCGTGA----AAGAAGC--TTCGCCACTG
gi|89660 : AAAA-ATTG----ACTGTAAGGATGTAATTTC-TG---CATTCTC--G-G----GGCATTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--AAGATGATCAAAG-ATG---TAT---T--G---AC--AT----GG-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCCAGTAATTGTGGCATAA----AGACAGC--TACACTACTG
gi|89661 : AAA-A--G----ATTTTTAAAA-ATATTTCC-TG---CATTAAG--G-G----GGCATTTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----T-ATA---CAG---T--C---AT--AA----AA-AT----------AAAAAAAT------TTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89662 : AAA-A--GTG--ATTTTTAGTATGCATTTCC-TG---CGTTCTGTTG-GACTTGGACTTTTCA---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-AAT---CCTCCGC--C---TT--AA----A--------------A------T------GTGC-AA-GCCCTGGCG-ATGTGGCATAA----AGGCAGC--TAGGCTACTG
gi|89663 : AA-T--G----ACTAGCAATATGCATTTTA-TA---CATTTTG--A-A----TGCACTTCCA---A-GCAA----TG-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---GC--AA----TA-AT----------A------T------GTAC-AA-TCCGGGGCG-TTGTGACTTAA----AGGAAGC--TACGTCATTG
gi|89664 : A-A--G----ATTATTAGTATGAATTTGC-TA---TGTTC-------------------CA---A-GAGA----CA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---TA-C---CT--AG----AA-A-----------A------T------GTGC-AA-GCTTGGGCA-TTGTGGCATAGTTTTAGGAAGC--TACGCCA
gi|89665 : --G----ACTTTAAGGATGGATTACC-TG---TGTTCTA--C-G----GACATTTCTA---G-AAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---AC--AA----AA-A-----------A------T------GTGC-AA-GGCTAGGCA-TTGTGGCATTA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89666 : --G----ATTTTTAGGATGCATTTCC-TG---TGTTATG--G-G----GGCTATTCTA---G-CAAA----TA-----TA---------T----G-ATG---CAT---T--C---TC--AA----GA-AT------------------------GTGC-AA-GCCCTGGTG-TTGTGGCGTAA----CGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89667 : --G----ATTTTTAGAAAGGATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCAATTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--CGCGTG--AA----AA-A
gi|89668 : ----ATTTTTAGGATGCACTTCC-TG---CGTTTTG--T-T----GGCATTTTTG---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATA---AAT---T--C---TC--GA----GA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGAGCA-TTTTAGCATAA----AGGCAGC--TATGCCACTGaa
gi|89669 : ----ATTTTTATAATGCATTTTC-TG---CATTATG--G-T----GGCATTTTCA---G-GTGT----AA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---GT--GG----GA-AT----------A------T------GTGC-AA-ACTTGGGCG-TCGTGATGTAA----AGACAGC--TAAGCAACT
gi|89670 : ----ACTTTTA-----CATTTCC-TG---CATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---TAT----------AA--AAAGTCAA-AT----------A------------------AA-TCCCTGGAG-CTGTGGCGTAA----AAGCAGC--TTCACCATTG
gi|89671 : ----ATTTTTAGGATGCTTTTCC-T---------TG--G-G----G-CATTTCCA---C-GAGG----TG-----AG--A------T----G-TTG---CAT---T--C---ATGTAA----AA-AC----------A------A------AAAC-TA-CCCCAGGTA-GTGTGACGTAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89672 : TTGCAGGATGCATTTCC-TG---CCTTCTT--G-G----GGCATTTCTATTTGCGAGAAAAATAAAAAATA--A------G----T-AT----CAT---T-------A--AA----AA-ATGAAACAAAAAA------T------GTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TAC
gi|89673 : TTTTAGGATGCATTATA-TG---TGGTCTT--G-G----GGTATTGCAA---------------------A--A------T----G-ATG---CAT---T--T---GC--AA----AA-ACGAAAAATAA-A------T------GTGC-AA-TCCCGGATG-TTGTGGCGCAA----AGACAGA--TACGCCACCG
gi|89674 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---TGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----TA-----T---------------G-ATG---CAT---T--C---TC--AA----AA-AA----------A------T------ATGC-AA-ACCCGGGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGT--TACACCGCTG
gi|89675 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-AAGA----TA-----T---------------G-ATG---CAT---T--C---TC--AA----AA-AA----------A------T------ATGC-AA-GCTCGGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89676 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T------T----------T----G-ATG---CAT---T--C---TC--AA----AA-AA----------A------T------ATGC-AA-GCTCAGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCTGCTG
gi|89677 : TTCAGAATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CAT---T--C---TC--AA----AA-AA----------A------T------ATGC-AA-ACCTGGGCA-TTGTTGTGTAA----A
gi|89678 : TTCTGGGGGCATTTCC-AGGCACATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GCGA----TA-----TA--A------T----G-TTT---CAT---T--T---GT--GA----GA-AA----------A------T------GTGC-AA-G-CCAAGCA-TTGTAGTGTGA----AGGCAGT--TATGCCACTG
gi|89679 : TTAGGATACGTTTGT-TA---TGTTCTG--GTT----TTTTTTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--A------T----G-ATA---CAT---T--C---GT--AA----GA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGAGTTA----AGGCAGC--TACGTCACTG
gi|89680 : TCTGGATGCATTACC-TG---CGTATTG--A-G----GACATTTCAA---G-GACA----AA-----AA--A-----------G-GTA---GAT------C---AC--AA----AA-AT------------------------GTGC-AC-GCCTGGTCG-TTGAGGCGAAA----AGACAGT--TACGCCACTG
gi|89681 : ATGC-TTTCCATG---CATTCTG--A-G----TGCATTTCCA------ATA----TA-----TA--A------T----G-AGG---CAT---T--C---GC--AAG---AA-AT----------A------T------GTGC-AA-G-TTGAGTG-TTGTGGCATAA----ATACAGC--TATGCCACTG
gi|89682 : ATGCATTTCA-TG---TGTTCTG--G-G----TGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATA---CA
gi|89683 : TGCAGTTCC-TGT--CGT-CTA--G-T----GGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATG---CAT---TTGC---GA--AA----AA-AT----------
gi|89684 : G--G-G----GGCTTTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---GC--AA----GA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCATC--TACGCCACTG
gi|89685 : G--G-G----GGCTTTTCGA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---GC--AA----GA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TACG-CACTG
gi|89686 : CATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CAT---TGGC---GA--GA----AA-AT----------A------
gi|89686 : T---T--T---AA--AA----AG-AT----------A------G------GTGC-AA-GCCAAGACG-TTGTGGCGTAA----AGGTAGC--TATACCACTaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaaaaagataggtgcaagccaagacgttgtggcgtaaaggtagctataccact
gi|89687 : cattttcaggagatataatgatgcattggcgagaaaataaaaagctagtataaccaagtatcttcaattt-GAGA----TA-----TA--GAG----T----G-ATG---CAA---G--A---AA--AA----AA-AG----------AG-----TAAAAAAGTGA-AA-ACCCGGGCG-TTGTGGTGTAA----ATGCAGC--TACACCACTG
gi|89688 : A-----CA--A------T----G-ATG---CAT---T--C---AC--AA----GA-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCTGGGTG-CTGTGGCAGGA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89689 : A--A------G----G-ATA---TAT---T--C---GC--AA----GA-AT-----------------T------GTGC-AC-GCCCGGGCG-TTGCGGTATAA----AGGCAGCTGTACGCCACTG
gi|89690 : --AA----AC-AA----------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTTA----AGGCAGC--CACGCCACTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 4 44 5555 0 1 222 444444444 111 0 2222 22222 11 333333 1111 0 111 444444 222222 333 0 0 11111111111111111 222222 0 0 22222 0 2222 11
lowQualScore : . .. .... . . ... ......... ... . .... ..... .. ...... .... . ... ...... ...... ... . . ................. ...... . . ..... . .... ..
lowQualScore : 0 11 2222 5 0 888 777777777 777 9 0000 33333 22 888888 9999 9 666 888888 888888 000 9 9 44444444444444444 666666 9 9 33333 9 1111 44
consensus : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-AA-AN---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Reference ( family-490 ) : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-AA-AT---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89645 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--T---G---AA-AA-AT---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89646 : AAAA-A--G----AATTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--G-A----TGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--A------C----A-A-A---CATT------C--G---C---AA-GA-AT---------A------T------ATGC-AAAG-----CCCTAGCG-TTGTGGCGTA
gi|89647 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--T---G---AA-AA-AT---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCATT
gi|89648 : AAGA-A--G----ATTTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--GAA----GGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--G------C----A-AT----CATT------C--G---C---AA-GA-AT---------A------T------ATGCAAA-G-----CCCTTGCG-TTGTGGCGTA
gi|89649 : AAAA-A--C----ACTTTTAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-AA-AT---------A------T------GTGC-AA-G-----CCTGGACG-TTGTGGCGTAA----ATGCAGC--TACGACACTG
gi|89650 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----CGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--A---C---AA-AA-AT---------A------T------GCAC-AA-G-----CTCGAGCT-TTGTGGTGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89651 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CGTTCTGA-G-G----GGTATTTTCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTA------C--G---C---AA-AA-AC---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTATAACGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89652 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GGCATTTCCA---G-ATGA----TA-----TA--G------T----GAATA---AATT------T--T---C---AA-AA-AT---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCA-TTGTGACGTAA----AGGCAGC--TACGCAACTG
gi|89653 : AAAA-A--G----GCTTTCAGGATGCACTTCC-TG---CATTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------T--G---C---AA-AC-AT---------A------T------GTGC-AA-G-----CCAAGAGG-TTGTGGTGTTA----AGGAAGC--TACACCACTG
gi|89654 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CATTCTG--G-GA---GGTATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTT------T--G---C---AA-AA-AT---------T------T------ATGC-AA-G-----CCCGGTCA-TTATAGCGTAA----AGGC
gi|89655 : AAAA-A--A----A--TTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C-----------------T--------------------------C-AA-G-----CCTAGGCG-TTGTTATGTAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89656 : AAAATA--T----ATTTTTAAGATGGAATTCC-TG---GATTC-G--G-G----GACATTTCCA---C-GAGA----TA-----TA--A------T----G-TTA---CATT------C--G---T---AA-AA-A----------A------T------ATGA-AA-G-----CCTGAGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGC--TATGTCACTG
gi|89657 : AAAA-A--GTTTGATTTATAAGATGCATTTTC-GG---CGTTCTG-----------CATTTCCA---T-GCAA----TA-----TA--A------C----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-GA-AT---------A------T------ATGC-AA-G-----CCCGTACA-TCGTGGCGTAA----ACACAGC--TTCGCCACTG
gi|89658 : AAAATA--G----ATTTTTATGATGCATTTTC-TG---CGTTTTT--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TAGTA------T----A-ACGTTACATT------G--G---C---AA-AAGAA---------A------C------GTGC-AA-G------CAGGTCG-TCGTGACGTAA----A
gi|89659 : AAAA-AT-G----ATTTTAAGGACAAATTATC-TG---TGTTCGG--G-A----GACATTTC-A---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--A---C---AA-GA-AA---------A------T------GTG------------CCAGGCG-TGTTGGCGTGA----AAGAAGC--TTCGCCACTG
gi|89660 : AAAA-ATTG----ACTGTAAGGATGTAATTTC-TG---CATTCTC--G-G----GGCATTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--AAGATGATCAAAG-ATG---TATT------G--A---C---AT-GG-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCCAGTAATTGTGGCATAA----AGACAGC--TACACTACTG
gi|89661 : AAA-A--G----ATTTTTAAAA-ATATTTCC-TG---CATTAAG--G-G----GGCATTTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----T-ATA---CAGT------C--A---T---AA-AA-AT---------AAAAAAAT------TTGC-AA-G-----CCCGGGTG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89662 : AAA-A--GTG--ATTTTTAGTATGCATTTCC-TG---CGTTCTGTTG-GACTTGGACTTTTCA---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-AAT---CCTC------C--G---CCTTAA-A-------------A------T------GTGC-AA-G-----CCCTGGCG-ATGTGGCATAA----AGGCAGC--TAGGCTACTG
gi|89663 : AA-T--G----ACTAGCAATATGCATTTTA-TA---CATTTTG--A-A----TGCACTTCCA---A-GCAA----TG-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-TA-AT---------A------T------GTAC-AA-T-----CCGGGGCG-TTGTGACTTAA----AGGAAGC--TACGTCATTG
gi|89664 : A-A--G----ATTATTAGTATGAATTTGC-TA---TGTTC-------------------CA---A-GAGA----CA-----TA--A------T----G-ATG---CATTA-----C--C---T---AG-AA-A----------A------T------GTGC-AA-G-----CTTGGGCA-TTGTGGCATAGTTTTAGGAAGC--TACGCCA
gi|89665 : --G----ACTTTAAGGATGGATTACC-TG---TGTTCTA--C-G----GACATTTCTA---G-AAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--A---C---AA-AA-A----------A------T------GTGC-AA-G-----GCTAGGCA-TTGTGGCATTA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89666 : --G----ATTTTTAGGATGCATTTCC-TG---TGTTATG--G-G----GGCTATTCTA---G-CAAA----TA-----TA---------T----G-ATG---CATT------C--T---C---AA-GA-AT-----------------------GTGC-AA-G-----CCCTGGTG-TTGTGGCGTAA----CGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89667 : --G----ATTTTTAGAAAGGATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCAATTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---CGTGAA-AA-A
gi|89668 : ----ATTTTTAGGATGCACTTCC-TG---CGTTTTG--T-T----GGCATTTTTG---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATA---AATT------C--T---C---GA-GA-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGAGCA-TTTTAGCATAA----AGGCAGC--TATGCCACTGaa
gi|89669 : ----ATTTTTATAATGCATTTTC-TG---CATTATG--G-T----GGCATTTTCA---G-GTGT----AA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---T---GG-GA-AT---------A------T------GTGC-AA-A-----CTTGGGCG-TCGTGATGTAA----AGACAGC--TAAGCAACT
gi|89670 : ----ACTTTTA-----CATTTCC-TG---CATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---TAT------------------AA-AA-A------------------------GT-C-AA-ATAAATCCCTGGAG-CTGTGGCGTAA----AAGCAGC--TTCACCATTG
gi|89671 : ----ATTTTTAGGATGCTTTTCC-T---------TG--G-G----G-CATTTCCA---C-GAGG----TG-----AG--A------T----G-TTG---CATT------CATG---T---AA-AA-AC---------A------A------AAAC-TA-C-----CCCAGGTA-GTGTGACGTAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89672 : TTGCAGGATGCATTTCC-TG---CCTTCTT--G-G----GGCATTTCTATTTGCGAGAAAAATAAAAAATA--A------G----T-AT----CATTAAAAAAT--GAAAC---AA-AA-A----------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGTG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TAC
gi|89673 : TTTTAGGATGCATTATA-TG---TGGTCTT--G-G----GGTATTGCAA---------------------A--A------T----G-ATG---CATT------T--G---C---AA-AA-ACGAAAAATAAA------T------GTGC-AA-T-----CCCGGATG-TTGTGGCGCAA----AGACAGA--TACGCCACCG
gi|89674 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---TGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--T---C---AA-AA-AA---------A------T------ATGC-AA-A-----CCCGGGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGT--TACACCGCTG
gi|89675 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-AAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--T---C---AA-AA-AA---------A------T------ATGC-AA-G-----CTCGGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89676 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T------T----------T----G-ATG---CATT------C--T---C---AA-AA-AA---------A------T------ATGC-AA-G-----CTCAGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCTGCTG
gi|89677 : TTCAGAATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C--T---C---AA-AA-AA---------A------T------ATGC-AA-A-----CCTGGGCA-TTGTTGTGTAA----A
gi|89678 : TTCTGGGGGCATTTCC-AGGCACATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GCGA----TA-----TA--A------T----G-TTT---CATT------T--G---T---GA-GA-AA---------A------T------GTGC-AA-G------CCAAGCA-TTGTAGTGTGA----AGGCAGT--TATGCCACTG
gi|89679 : TTAGGATACGTTTGT-TA---TGTTCTG--GTT----TTTTTTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--A------T----G-ATA---CATT------C--G---T---AA-GA-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTGGAGTTA----AGGCAGC--TACGTCACTG
gi|89680 : TCTGGATGCATTACC-TG---CGTATTG--A-G----GACATTTCAA---G-GACA----AA-----AA--A-----------G-GTA---GAT-------C--A---C---AA-AA-AT-----------------------GTGC-AC-G-----CCTGGTCG-TTGAGGCGAAA----AGACAGT--TACGCCACTG
gi|89681 : ATGC-TTTCCATG---CATTCTG--A-G----TGCATTTCCA------ATA----TA-----TA--A------T----G-AGG---CATT------C--G---C---AAGAA-AT---------A------T------GTGC-AA-G------TTGAGTG-TTGTGGCATAA----ATACAGC--TATGCCACTG
gi|89682 : ATGCATTTCA-TG---TGTTCTG--G-G----TGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATA---CA
gi|89683 : TGCAGTTCC-TGT--CGT-CTA--G-T----GGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATG---CATT------T--G---C---GA-AA-AA---------A------T------
gi|89684 : G--G-G----GGCTTTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-GA-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCATC--TACGCCACTG
gi|89685 : G--G-G----GGCTTTTCGA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--G---C---AA-GA-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TACG-CACTG
gi|89686 : CATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATTGG----C--G---A---GA-AA-AT---------A------
gi|89686 : ---AA-AG-AT---------A------G------GTGC-AA-G-----CCAAGACG-TTGTGGCGTAA----AGGTAGC--TATACCACTaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaaaaagataggtgcaagccaagacgttgtggcgtaaaggtagctataccact
gi|89687 : cattttcaggagatataatgatgcattggcgagaaaataaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaa-GAGA----TA-----TA--GAG----T----G-ATG---CA--------A--G---A---AA-AA-AA---------AGAG---TAAAAAAGTGA-AA-A-----CCCGGGCG-TTGTGGTGTAA----ATGCAGC--TACACCACTG
gi|89688 : A-----CA--A------T----G-ATG---CATT------C--A---C---AA-GA-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCTGGGTG-CTGTGGCAGGA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89689 : A--A------G----G-ATA---TATT------C--G---C---AA-GA-AT----------------T------GTGC-AC-G-----CCCGGGCG-TTGCGGTATAA----AGGCAGCTGTACGCCACTG
gi|89690 : ---AA-AC-AA---------A------T------GTGC-AA-G-----CCCGGGCG-TTGTGGCGTTA----AGGCAGC--CACGCCACTG
Alignments
lowQualScore : 4 44 5555 0 1 222 444444444 111 0 2222 22222 11 333333 1111 0 111 222222 111 111 22 2222 7777777777 444444 333333 0 0 0 2222 11
lowQualScore : . .. .... . . ... ......... ... . .... ..... .. ...... .... . ... ...... ... ... .. .... .......... ...... ...... . . . .... ..
lowQualScore : 0 11 2222 5 0 888 777777777 777 9 0000 33333 22 888888 9999 9 666 666666 444 555 11 7777 3333333333 000000 888888 9 9 9 1111 44
consensus : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Reference ( family-490 ) : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89645 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--TG---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89646 : AAAA-A--G----AATTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--G-A----TGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--A------C----A-A-A---CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGC-AAAGCCCTAGCG-TTGTGGCGTA
gi|89647 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--TG---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCATT
gi|89648 : AAGA-A--G----ATTTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--GAA----GGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--G------C----A-AT----CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGCAAA-GCCCTTGCG-TTGTGGCGTA
gi|89649 : AAAA-A--C----ACTTTTAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCTGGACG-TTGTGGCGTAA----ATGCAGC--TACGACACTG
gi|89650 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----CGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--AA----AT---------A------T------GCAC-AA-GCTCGAGCT-TTGTGGTGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89651 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CGTTCTGA-G-G----GGTATTTTCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTA------C--GC---AA--AA----AC---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTATAACGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89652 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GGCATTTCCA---G-ATGA----TA-----TA--G------T----GAATA---AATT------T--TC---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCA-TTGTGACGTAA----AGGCAGC--TACGCAACTG
gi|89653 : AAAA-A--G----GCTTTCAGGATGCACTTCC-TG---CATTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------T--GC---AA--AC----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCAAGAGG-TTGTGGTGTTA----AGGAAGC--TACACCACTG
gi|89654 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CATTCTG--G-GA---GGTATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTT------T--GC---AA--AA----AT---------T------T------ATGC-AA-GCCCGGTCA-TTATAGCGTAA----AGGC
gi|89655 : AAAA-A--A----A--TTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C-----------------------------------T---------C-AA-GCCTAGGCG-TTGTTATGTAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89656 : AAAATA--T----ATTTTTAAGATGGAATTCC-TG---GATTC-G--G-G----GACATTTCCA---C-GAGA----TA-----TA--A------T----G-TTA---CATT------C--GT---AA--AA----A----------A------T------ATGA-AA-GCCTGAGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGC--TATGTCACTG
gi|89657 : AAAA-A--GTTTGATTTATAAGATGCATTTTC-GG---CGTTCTG-----------CATTTCCA---T-GCAA----TA-----TA--A------C----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGC-AA-GCCCGTACA-TCGTGGCGTAA----ACACAGC--TTCGCCACTG
gi|89658 : AAAATA--G----ATTTTTATGATGCATTTTC-TG---CGTTTTT--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TAGTA------T----A-ACGTTACATT------G--GC---AA--AAG---AA---------A------C------GTGC-AA-G-CAGGTCG-TCGTGACGTAA----A
gi|89659 : AAAA-AT-G----ATTTTAAGGACAAATTATC-TG---TGTTCGG--G-A----GACATTTC-A---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--GA----AA---------A------T------GTG-------CCAGGCG-TGTTGGCGTGA----AAGAAGC--TTCGCCACTG
gi|89660 : AAAA-ATTG----ACTGTAAGGATGTAATTTC-TG---CATTCTC--G-G----GGCATTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--AAGATGATCAAAG-ATG---TATT------G--AC---AT--GG----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCCAGTAATTGTGGCATAA----AGACAGC--TACACTACTG
gi|89661 : AAA-A--G----ATTTTTAAAA-ATATTTCC-TG---CATTAAG--G-G----GGCATTTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----T-ATA---CAGT------C--AT---AA--AA----AT---------AAAAAAAT------TTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89662 : AAA-A--GTG--ATTTTTAGTATGCATTTCC-TG---CGTTCTGTTG-GACTTGGACTTTTCA---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-AAT---CCTC------C--GC---CT--TA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCTGGCG-ATGTGGCATAA----AGGCAGC--TAGGCTACTG
gi|89663 : AA-T--G----ACTAGCAATATGCATTTTA-TA---CATTTTG--A-A----TGCACTTCCA---A-GCAA----TG-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--TA----AT---------A------T------GTAC-AA-TCCGGGGCG-TTGTGACTTAA----AGGAAGC--TACGTCATTG
gi|89664 : A-A--G----ATTATTAGTATGAATTTGC-TA---TGTTC-------------------CA---A-GAGA----CA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------A--CC---TA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCTTGGGCA-TTGTGGCATAGTTTTAGGAAGC--TACGCCA
gi|89665 : --G----ACTTTAAGGATGGATTACC-TG---TGTTCTA--C-G----GACATTTCTA---G-AAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--AA----A----------A------T------GTGC-AA-GGCTAGGCA-TTGTGGCATTA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89666 : --G----ATTTTTAGGATGCATTTCC-TG---TGTTATG--G-G----GGCTATTCTA---G-CAAA----TA-----TA---------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--GA----A-----------------T------GTGC-AA-GCCCTGGTG-TTGTGGCGTAA----CGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89667 : --G----ATTTTTAGAAAGGATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCAATTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GCGTGAA--AA----AA---------A------
gi|89668 : ----ATTTTTAGGATGCACTTCC-TG---CGTTTTG--T-T----GGCATTTTTG---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATA---AATT------C--TC---GA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGAGCA-TTTTAGCATAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89669 : ----ATTTTTATAATGCATTTTC-TG---CATTATG--G-T----GGCATTTTCA---G-GTGT----AA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GT---GG--GA----AT---------A------T------GTGC-AA-ACTTGGGCG-TCGTGATGTAA----AGACAGC--TAAGCAACT
gi|89670 : ----ACTTTTA-----CATTTCC-TG---CATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---TAT---------------AA--AAAGTCAA---------A------T------A----AA-TCCCTGGAG-CTGTGGCGTAA----AAGCAGC--TTCACCATTG
gi|89671 : ----ATTTTTAGGATGCTTTTCC-T---------TG--G-G----G-CATTTCCA---C-GAGG----TG-----AG--A------T----G-TTG---CATT------CATGT---AA--AA----AC---------A------A------AAAC-TA-CCCCAGGTA-GTGTGACGTAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89672 : TTGCAGGATGCATTTCC-TG---CCTTCTT--G-G----GGCATTTCTATTTGCGAGAAAAATAAAAAATA--A------G----T-AT----CATTAAAAAAT--GA---AACAAA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TAC
gi|89673 : TTTTAGGATGCATTATA-TG---TGGTCTT--G-G----GGTATTGCAA---------------------A--A------T----G-ATG---CATT------T--GC---AA--AA----ACGAAAAATAAA------T------GTGC-AA-TCCCGGATG-TTGTGGCGCAA----AGACAGA--TACGCCACCG
gi|89674 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---TGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-ACCCGGGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGT--TACACCGCTG
gi|89675 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-AAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-GCTCGGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89676 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T------T----------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-GCTCAGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCTGCTG
gi|89677 : TTCAGAATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-ACCTGGGCA-TTGTTGTGTAA----A
gi|89678 : TTCTGGGGGCATTTCC-AGGCACATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GCGA----TA-----TA--A------T----G-TTT---CATT------T--GT---GA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-G-CCAAGCA-TTGTAGTGTGA----AGGCAGT--TATGCCACTG
gi|89679 : TTAGGATACGTTTGT-TA---TGTTCTG--GTT----TTTTTTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--A------T----G-ATA---CATT------C--GT---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGAGTTA----AGGCAGC--TACGTCACTG
gi|89680 : TCTGGATGCATTACC-TG---CGTATTG--A-G----GACATTTCAA---G-GACA----AA-----AA--A-----------G-GTA---GAT-----------C---AC--AA----AA---------A------T------GTGC-AC-GCCTGGTCG-TTGAGGCGAAA----AGACAGT--TACGCCACTG
gi|89681 : ATGC-TTTCCATG---CATTCTG--A-G----TGCATTTCCA------ATA----TA-----TA--A------T----G-AGG---CATT------C--GC---AAG-AA----AT---------A------T------GTGC-AA-G-TTGAGTG-TTGTGGCATAA----ATACAGC--TATGCCACTG
gi|89682 : ATGCATTTCA-TG---TGTTCTG--G-G----TGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATA---CA
gi|89683 : TGCAGTTCC-TGT--CGT-CTA--G-T----GGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATG---CATT------T--GC---GA--AA----AA---------A------T------
gi|89684 : G--G-G----GGCTTTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCATC--TACGCCACTG
gi|89685 : G--G-G----GGCTTTTCGA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TACG-CACTG
gi|89686 : CATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------G--GC---GA--GA----AA---------A------T------
gi|89686 : ---AA--AA----AG---------A------TAG----GTGC-AA-GCCAAGACG-TTGTGGCGTAA----AGGTAGC--TATACCACTaaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaaaaagataggtgcaagccaagacgttgtggcgtaaaggtagctataccact
gi|89687 : cattttcaggagatataatgatgcattggcgagaaaataaaaagctagtataaccaagtatcttcaatttttt-GAGA----TA-----TA--GAG----T----G-ATG---CA--------A--GA---AA--AA----AA---------AGAG---TAAAAAAGTGA-AA-ACCCGGGCG-TTGTGGTGTAA----ATGCAGC--TACACCACTG
gi|89688 : A-----CA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCTGGGTG-CTGTGGCAGGA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89689 : A--A------G----G-ATA---TATT------C--GC---AA--GA----AT----------------T------GTGC-AC-GCCCGGGCG-TTGCGGTATAA----AGGCAGCTGTACGCCACTG
gi|89690 : ---AA--AC----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTTA----AGGCAGC--CACGCCACTG
Alignments
lowQualScore : 4 44 5555 0 1 222 444444444 111 0 2222 22222 11 333333 1111 0 111 222222 111 111 22 2222 7777777777 444444 333333 0 0 0 2222 11
lowQualScore : . .. .... . . ... ......... ... . .... ..... .. ...... .... . ... ...... ... ... .. .... .......... ...... ...... . . . .... ..
lowQualScore : 0 11 2222 5 0 888 777777777 777 9 0000 33333 22 888888 9999 9 666 666666 444 555 11 7777 3333333333 000000 888888 9 9 9 1111 44
consensus : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Reference ( family-490 ) : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89645 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--TG---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89646 : AAAA-A--G----AATTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--G-A----TGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--A------C----A-A-A---CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGC-AAAGCCCTAGCG-TTGTGGCGTA
gi|89647 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--TG---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCATT
gi|89648 : AAGA-A--G----ATTTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--GAA----GGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--G------C----A-AT----CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGCAAA-GCCCTTGCG-TTGTGGCGTA
gi|89649 : AAAA-A--C----ACTTTTAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCTGGACG-TTGTGGCGTAA----ATGCAGC--TACGACACTG
gi|89650 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----CGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--AA----AT---------A------T------GCAC-AA-GCTCGAGCT-TTGTGGTGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89651 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CGTTCTGA-G-G----GGTATTTTCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTA------C--GC---AA--AA----AC---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTATAACGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89652 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GGCATTTCCA---G-ATGA----TA-----TA--G------T----GAATA---AATT------T--TC---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCA-TTGTGACGTAA----AGGCAGC--TACGCAACTG
gi|89653 : AAAA-A--G----GCTTTCAGGATGCACTTCC-TG---CATTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------T--GC---AA--AC----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCAAGAGG-TTGTGGTGTTA----AGGAAGC--TACACCACTG
gi|89654 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CATTCTG--G-GA---GGTATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTT------T--GC---AA--AA----AT---------T------T------ATGC-AA-GCCCGGTCA-TTATAGCGTAA----AGGC
gi|89655 : AAAA-A--A----A--TTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C-----------------------------------T---------C-AA-GCCTAGGCG-TTGTTATGTAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89656 : AAAATA--T----ATTTTTAAGATGGAATTCC-TG---GATTC-G--G-G----GACATTTCCA---C-GAGA----TA-----TA--A------T----G-TTA---CATT------C--GT---AA--AA----A----------A------T------ATGA-AA-GCCTGAGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGC--TATGTCACTG
gi|89657 : AAAA-A--GTTTGATTTATAAGATGCATTTTC-GG---CGTTCTG-----------CATTTCCA---T-GCAA----TA-----TA--A------C----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGC-AA-GCCCGTACA-TCGTGGCGTAA----ACACAGC--TTCGCCACTG
gi|89658 : AAAATA--G----ATTTTTATGATGCATTTTC-TG---CGTTTTT--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TAGTA------T----A-ACGTTACATT------G--GC---AA--AAG---AA---------A------C------GTGC-AA-G-CAGGTCG-TCGTGACGTAA----A
gi|89659 : AAAA-AT-G----ATTTTAAGGACAAATTATC-TG---TGTTCGG--G-A----GACATTTC-A---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--GA----AA---------A------T------GTG-------CCAGGCG-TGTTGGCGTGA----AAGAAGC--TTCGCCACTG
gi|89660 : AAAA-ATTG----ACTGTAAGGATGTAATTTC-TG---CATTCTC--G-G----GGCATTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--AAGATGATCAAAG-ATG---TATT------G--AC---AT--GG----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCCAGTAATTGTGGCATAA----AGACAGC--TACACTACTG
gi|89661 : AAA-A--G----ATTTTTAAAA-ATATTTCC-TG---CATTAAG--G-G----GGCATTTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----T-ATA---CAGT------C--AT---AA--AA----AT---------AAAAAAAT------TTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89662 : AAA-A--GTG--ATTTTTAGTATGCATTTCC-TG---CGTTCTGTTG-GACTTGGACTTTTCA---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-AAT---CCTC------C--GC---CT--TA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCTGGCG-ATGTGGCATAA----AGGCAGC--TAGGCTACTG
gi|89663 : AA-T--G----ACTAGCAATATGCATTTTA-TA---CATTTTG--A-A----TGCACTTCCA---A-GCAA----TG-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--TA----AT---------A------T------GTAC-AA-TCCGGGGCG-TTGTGACTTAA----AGGAAGC--TACGTCATTG
gi|89664 : A-A--G----ATTATTAGTATGAATTTGC-TA---TGTTC-------------------CA---A-GAGA----CA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------A--CC---TA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCTTGGGCA-TTGTGGCATAGTTTTAGGAAGC--TACGCCA
gi|89665 : --G----ACTTTAAGGATGGATTACC-TG---TGTTCTA--C-G----GACATTTCTA---G-AAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--AA----A----------A------T------GTGC-AA-GGCTAGGCA-TTGTGGCATTA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89666 : --G----ATTTTTAGGATGCATTTCC-TG---TGTTATG--G-G----GGCTATTCTA---G-CAAA----TA-----TA---------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--GA----A-----------------T------GTGC-AA-GCCCTGGTG-TTGTGGCGTAA----CGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89667 : --G----ATTTTTAGAAAGGATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCAATTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GCGTGAA--AA----AA---------A------
gi|89668 : ----ATTTTTAGGATGCACTTCC-TG---CGTTTTG--T-T----GGCATTTTTG---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATA---AATT------C--TC---GA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGAGCA-TTTTAGCATAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89669 : ----ATTTTTATAATGCATTTTC-TG---CATTATG--G-T----GGCATTTTCA---G-GTGT----AA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GT---GG--GA----AT---------A------T------GTGC-AA-ACTTGGGCG-TCGTGATGTAA----AGACAGC--TAAGCAACT
gi|89670 : ----ACTTTTA-----CATTTCC-TG---CATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---TAT---------------AA--AAAGTCAA---------A------T------A----AA-TCCCTGGAG-CTGTGGCGTAA----AAGCAGC--TTCACCATTG
gi|89671 : ----ATTTTTAGGATGCTTTTCC-T---------TG--G-G----G-CATTTCCA---C-GAGG----TG-----AG--A------T----G-TTG---CATT------CATGT---AA--AA----AC---------A------A------AAAC-TA-CCCCAGGTA-GTGTGACGTAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89672 : TTGCAGGATGCATTTCC-TG---CCTTCTT--G-G----GGCATTTCTATTTGCGAGAAAAATAAAAAATA--A------G----T-AT----CATTAAAAAAT--GA---AACAAA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TAC
gi|89673 : TTTTAGGATGCATTATA-TG---TGGTCTT--G-G----GGTATTGCAA---------------------A--A------T----G-ATG---CATT------T--GC---AA--AA----ACGAAAAATAAA------T------GTGC-AA-TCCCGGATG-TTGTGGCGCAA----AGACAGA--TACGCCACCG
gi|89674 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---TGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-ACCCGGGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGT--TACACCGCTG
gi|89675 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-AAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-GCTCGGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89676 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T------T----------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-GCTCAGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCTGCTG
gi|89677 : TTCAGAATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-ACCTGGGCA-TTGTTGTGTAA----A
gi|89678 : TTCTGGGGGCATTTCC-AGGCACATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GCGA----TA-----TA--A------T----G-TTT---CATT------T--GT---GA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-G-CCAAGCA-TTGTAGTGTGA----AGGCAGT--TATGCCACTG
gi|89679 : TTAGGATACGTTTGT-TA---TGTTCTG--GTT----TTTTTTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--A------T----G-ATA---CATT------C--GT---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGAGTTA----AGGCAGC--TACGTCACTG
gi|89680 : TCTGGATGCATTACC-TG---CGTATTG--A-G----GACATTTCAA---G-GACA----AA-----AA--A-----------G-GTA---GAT-----------C---AC--AA----AA---------A------T------GTGC-AC-GCCTGGTCG-TTGAGGCGAAA----AGACAGT--TACGCCACTG
gi|89681 : ATGC-TTTCCATG---CATTCTG--A-G----TGCATTTCCA------ATA----TA-----TA--A------T----G-AGG---CATT------C--GC---AAG-AA----AT---------A------T------GTGC-AA-G-TTGAGTG-TTGTGGCATAA----ATACAGC--TATGCCACTG
gi|89682 : ATGCATTTCA-TG---TGTTCTG--G-G----TGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATA---CA
gi|89683 : TGCAGTTCC-TGT--CGT-CTA--G-T----GGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATG---CATT------T--GC---GA--AA----AA---------A------T------
gi|89684 : G--G-G----GGCTTTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCATC--TACGCCACTG
gi|89685 : G--G-G----GGCTTTTCGA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TACG-CACTG
gi|89686 : CATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------G--GC---GA--GA----AA---------A------T------
gi|89686 : ---AA--AA----AG---------A------TAG----GTGC-AA-GCCAAGACG-TTGTGGCGTAA----AGGTAGC--TATACCACTaaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaaaaagataggtgcaagccaagacgttgtggcgtaaaggtagctataccact
gi|89687 : cattttcaggagatataatgatgcattggcgagaaaataaaaagctagtataaccaagtatcttcaatttttt-GAGA----TA-----TA--GAG----T----G-ATG---CA--------A--GA---AA--AA----AA---------AGAG---TAAAAAAGTGA-AA-ACCCGGGCG-TTGTGGTGTAA----ATGCAGC--TACACCACTG
gi|89688 : A-----CA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCTGGGTG-CTGTGGCAGGA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89689 : A--A------G----G-ATA---TATT------C--GC---AA--GA----AT----------------T------GTGC-AC-GCCCGGGCG-TTGCGGTATAA----AGGCAGCTGTACGCCACTG
gi|89690 : ---AA--AC----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTTA----AGGCAGC--CACGCCACTG
blockSeqs : T TT TTTG A GCA TTGGACTT TTT AAAA AAAAA GT AGATGA CAAA TTA AAAAAA ATG GTG CA AGTC CGAAAAATAA AAAAAA AAAAAA TTTT TG
blockSeqs : T T TG . T GAA . . . . AG . . . G . G G T GAG AG . .
blockSeqs : . . . . . AGG . . . . . . . . T . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . GGA . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . GTT . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . GA . . . . . . . . A . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AG . . . . . . . . G . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . AG . . . . . . . . T . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AG . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AT . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AG . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AT . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . . . . A . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . GA . . . . . . . . A . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . . . . A . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . CG . . . . . . . . C . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . GG . . . . . . . . A . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . GG . . . . . . . . T . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . GT . . . . . . . . T . . . C . . . .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . . . . T . . . A . . . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . T . . . A . . . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . T . . . A . . . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . T . . . A . . . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . . . . G . . . T . . . .
blockSeqs : . . AG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . AG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . GT . . . . . . . . G . . . A . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . . . . G . . . G . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . . . . G . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
finalCons : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Alignments
lowQualScore : 4 44 5555 0 1 222 444444444 111 0 2222 22222 11 333333 1111 0 111 222222 111 111 22 2222 7777777777 444444 333333 0 0 0 2222 11
lowQualScore : . .. .... . . ... ......... ... . .... ..... .. ...... .... . ... ...... ... ... .. .... .......... ...... ...... . . . .... ..
lowQualScore : 0 11 2222 5 0 888 777777777 777 9 0000 33333 22 888888 9999 9 666 666666 444 555 11 7777 3333333333 000000 888888 9 9 9 1111 44
consensus : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
Reference ( family-490 ) : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AN---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89645 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--TG---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89646 : AAAA-A--G----AATTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--G-A----TGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--A------C----A-A-A---CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGC-AAAGCCCTAGCG-TTGTGGCGTA
gi|89647 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--TG---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACGCCATT
gi|89648 : AAGA-A--G----ATTTTTTGTATGCATTTCC-CG---CTTTCTG--GAA----GGCATTCCCG---A-GAGA----TT-----TA--G------C----A-AT----CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGCAAA-GCCCTTGCG-TTGTGGCGTA
gi|89649 : AAAA-A--C----ACTTTTAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCTGGACG-TTGTGGCGTAA----ATGCAGC--TACGACACTG
gi|89650 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-G----CGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--AA----AT---------A------T------GCAC-AA-GCTCGAGCT-TTGTGGTGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89651 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CGTTCTGA-G-G----GGTATTTTCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTA------C--GC---AA--AA----AC---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTATAACGTAA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89652 : AAAA-A--G----ACTTTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GGCATTTCCA---G-ATGA----TA-----TA--G------T----GAATA---AATT------T--TC---AA--AA----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCA-TTGTGACGTAA----AGGCAGC--TACGCAACTG
gi|89653 : AAAA-A--G----GCTTTCAGGATGCACTTCC-TG---CATTCTG--A-G----GGCATTTCCA---G-GAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------T--GC---AA--AC----AT---------A------T------GTGC-AA-GCCAAGAGG-TTGTGGTGTTA----AGGAAGC--TACACCACTG
gi|89654 : AAAA-A--G----ACTTTCAGATTGCATTTCC-TG---CATTCTG--G-GA---GGTATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CGTT------T--GC---AA--AA----AT---------T------T------ATGC-AA-GCCCGGTCA-TTATAGCGTAA----AGGC
gi|89655 : AAAA-A--A----A--TTCAGGATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C-----------------------------------T---------C-AA-GCCTAGGCG-TTGTTATGTAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89656 : AAAATA--T----ATTTTTAAGATGGAATTCC-TG---GATTC-G--G-G----GACATTTCCA---C-GAGA----TA-----TA--A------T----G-TTA---CATT------C--GT---AA--AA----A----------A------T------ATGA-AA-GCCTGAGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGC--TATGTCACTG
gi|89657 : AAAA-A--GTTTGATTTATAAGATGCATTTTC-GG---CGTTCTG-----------CATTTCCA---T-GCAA----TA-----TA--A------C----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AT---------A------T------ATGC-AA-GCCCGTACA-TCGTGGCGTAA----ACACAGC--TTCGCCACTG
gi|89658 : AAAATA--G----ATTTTTATGATGCATTTTC-TG---CGTTTTT--G-G----GGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TAGTA------T----A-ACGTTACATT------G--GC---AA--AAG---AA---------A------C------GTGC-AA-G-CAGGTCG-TCGTGACGTAA----A
gi|89659 : AAAA-AT-G----ATTTTAAGGACAAATTATC-TG---TGTTCGG--G-A----GACATTTC-A---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--GA----AA---------A------T------GTG-------CCAGGCG-TGTTGGCGTGA----AAGAAGC--TTCGCCACTG
gi|89660 : AAAA-ATTG----ACTGTAAGGATGTAATTTC-TG---CATTCTC--G-G----GGCATTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--AAGATGATCAAAG-ATG---TATT------G--AC---AT--GG----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCCAGTAATTGTGGCATAA----AGACAGC--TACACTACTG
gi|89661 : AAA-A--G----ATTTTTAAAA-ATATTTCC-TG---CATTAAG--G-G----GGCATTTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----T-ATA---CAGT------C--AT---AA--AA----AT---------AAAAAAAT------TTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTGGCGTAA----AGGCAGC--TACACCACTG
gi|89662 : AAA-A--GTG--ATTTTTAGTATGCATTTCC-TG---CGTTCTGTTG-GACTTGGACTTTTCA---G-CAGA----TA-----TA--A------T----G-AAT---CCTC------C--GC---CT--TA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCTGGCG-ATGTGGCATAA----AGGCAGC--TAGGCTACTG
gi|89663 : AA-T--G----ACTAGCAATATGCATTTTA-TA---CATTTTG--A-A----TGCACTTCCA---A-GCAA----TG-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--TA----AT---------A------T------GTAC-AA-TCCGGGGCG-TTGTGACTTAA----AGGAAGC--TACGTCATTG
gi|89664 : A-A--G----ATTATTAGTATGAATTTGC-TA---TGTTC-------------------CA---A-GAGA----CA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------A--CC---TA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCTTGGGCA-TTGTGGCATAGTTTTAGGAAGC--TACGCCA
gi|89665 : --G----ACTTTAAGGATGGATTACC-TG---TGTTCTA--C-G----GACATTTCTA---G-AAAA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--AA----A----------A------T------GTGC-AA-GGCTAGGCA-TTGTGGCATTA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89666 : --G----ATTTTTAGGATGCATTTCC-TG---TGTTATG--G-G----GGCTATTCTA---G-CAAA----TA-----TA---------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--GA----A-----------------T------GTGC-AA-GCCCTGGTG-TTGTGGCGTAA----CGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89667 : --G----ATTTTTAGAAAGGATTTCC-TG---CGTTCTG--G-G----GGCAATTCCT---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GCGTGAA--AA----AA---------A------
gi|89668 : ----ATTTTTAGGATGCACTTCC-TG---CGTTTTG--T-T----GGCATTTTTG---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATA---AATT------C--TC---GA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGAGCA-TTTTAGCATAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89669 : ----ATTTTTATAATGCATTTTC-TG---CATTATG--G-T----GGCATTTTCA---G-GTGT----AA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GT---GG--GA----AT---------A------T------GTGC-AA-ACTTGGGCG-TCGTGATGTAA----AGACAGC--TAAGCAACT
gi|89670 : ----ACTTTTA-----CATTTCC-TG---CATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---T-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---TAT---------------AA--AAAGTCAA---------A------T------A----AA-TCCCTGGAG-CTGTGGCGTAA----AAGCAGC--TTCACCATTG
gi|89671 : ----ATTTTTAGGATGCTTTTCC-T---------TG--G-G----G-CATTTCCA---C-GAGG----TG-----AG--A------T----G-TTG---CATT------CATGT---AA--AA----AC---------A------A------AAAC-TA-CCCCAGGTA-GTGTGACGTAA----AGGCAGC--TATGCCACTG
gi|89672 : TTGCAGGATGCATTTCC-TG---CCTTCTT--G-G----GGCATTTCTATTTGCGAGAAAAATAAAAAATA--A------G----T-AT----CATTAAAAAAT--GA---AACAAA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGTG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TAC
gi|89673 : TTTTAGGATGCATTATA-TG---TGGTCTT--G-G----GGTATTGCAA---------------------A--A------T----G-ATG---CATT------T--GC---AA--AA----ACGAAAAATAAA------T------GTGC-AA-TCCCGGATG-TTGTGGCGCAA----AGACAGA--TACGCCACCG
gi|89674 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---TGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-ACCCGGGCG-TTGTTGCGTAA----AGGCAGT--TACACCGCTG
gi|89675 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-AAGA----TA-----T---------------G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-GCTCGGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCCGCTG
gi|89676 : TTCAGGATGCATTTCC-TG---CATTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T------T----------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-GCTCAGGCA-TTGTTGCATAA----AGGCAGC--TACGCTGCTG
gi|89677 : TTCAGAATGCATTTCC-TG---CGTTCTG--A-T----GACATTTCCA---G-GAGA----T----------A------T----G-ATG---CATT------C--TC---AA--AA----AA---------A------T------ATGC-AA-ACCTGGGCA-TTGTTGTGTAA----A
gi|89678 : TTCTGGGGGCATTTCC-AGGCACATTCTG--G-G----GGCATTTCCA---G-GCGA----TA-----TA--A------T----G-TTT---CATT------T--GT---GA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-G-CCAAGCA-TTGTAGTGTGA----AGGCAGT--TATGCCACTG
gi|89679 : TTAGGATACGTTTGT-TA---TGTTCTG--GTT----TTTTTTTCCA---G-CAAA----TA-----TA--A------T----G-ATA---CATT------C--GT---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGAGTTA----AGGCAGC--TACGTCACTG
gi|89680 : TCTGGATGCATTACC-TG---CGTATTG--A-G----GACATTTCAA---G-GACA----AA-----AA--A-----------G-GTA---GAT-----------C---AC--AA----AA---------A------T------GTGC-AC-GCCTGGTCG-TTGAGGCGAAA----AGACAGT--TACGCCACTG
gi|89681 : ATGC-TTTCCATG---CATTCTG--A-G----TGCATTTCCA------ATA----TA-----TA--A------T----G-AGG---CATT------C--GC---AAG-AA----AT---------A------T------GTGC-AA-G-TTGAGTG-TTGTGGCATAA----ATACAGC--TATGCCACTG
gi|89682 : ATGCATTTCA-TG---TGTTCTG--G-G----TGCATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATA---CA
gi|89683 : TGCAGTTCC-TGT--CGT-CTA--G-T----GGTATTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------C----A-ATG---CATT------T--GC---GA--AA----AA---------A------T------
gi|89684 : G--G-G----GGCTTTTCCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCATC--TACGCCACTG
gi|89685 : G--G-G----GGCTTTTCGA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------C--GC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTAGCGTAA----AGGCAGC--TACG-CACTG
gi|89686 : CATTTTCA---G-GAGA----TA-----TA--A------T----G-ATG---CATT------G--GC---GA--GA----AA---------A------T------
gi|89686 : ---AA--AA----AG---------A------TAG----GTGC-AA-GCCAAGACG-TTGTGGCGTAA----AGGTAGC--TATACCACTaaaaagctagtataaccaagtatcttcaattttttaaaaagataggtgcaagccaagacgttgtggcgtaaaggtagctataccact
gi|89687 : cattttcaggagatataatgatgcattggcgagaaaataaaaagctagtataaccaagtatcttcaatttttt-GAGA----TA-----TA--GAG----T----G-ATG---CA--------A--GA---AA--AA----AA---------AGAG---TAAAAAAGTGA-AA-ACCCGGGCG-TTGTGGTGTAA----ATGCAGC--TACACCACTG
gi|89688 : A-----CA--A------T----G-ATG---CATT------C--AC---AA--GA----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCTGGGTG-CTGTGGCAGGA----AGGCAGC--TACGCCACTG
gi|89689 : A--A------G----G-ATA---TATT------C--GC---AA--GA----AT----------------T------GTGC-AC-GCCCGGGCG-TTGCGGTATAA----AGGCAGCTGTACGCCACTG
gi|89690 : ---AA--AC----AA---------A------T------GTGC-AA-GCCCGGGCG-TTGTGGCGTTA----AGGCAGC--CACGCCACTG