lowQualScore : 22222222222 11111 222 111111111111111 1111 1111111111
lowQualScore : 3 2222 11 8888 1 77 0 99999999999 222222 3 11111 1 777777 33 11 0 333 0 8888888 333333 22 0 0 66 333333 444444444444444 11 1 777777777 22 1 55555 0000 1 55 33 333333 2 6 1111111111 2 666 22 55 2
lowQualScore : . .... .. .... . .. . ........... ...... . ..... . ...... .. .. . ... . ....... ...... .. . . .. ...... ............... .. . ......... .. . ..... .... . .. .. ...... . . .......... . ... .. .. .
lowQualScore : 1 3333 55 4444 1 66 8 55555555555 555555 1 22222 9 888888 11 44 9 222 9 0000000 444444 66 6 9 99 666666 555555555555555 33 9 000000000 55 1 11111 2222 1 66 00 777777 6 2 8888888888 0 111 88 77 1
consensus : ATGGACAATCCGGCC----CCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG---TA-N--N-A------ATCCGGCCCCTGGAC---GAAAC------G-TCCT-TG-GA-NAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-NTTTGG--TAT------T-TCTAATNAAA------AAAGTAAN--ATACT--GAAN-AGTTAT-TAT
Reference ( gi|53015 ) : ATGGACAATCCGGCC----CCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG-C-TA-A--C-A------ATCCGGCCCCTAGAC---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTAATTAAA------AAAGTAAT--ATACT--GAAT-AGTTAT-TAT
gi|53013 : ATGGACAATCCGGCC----CCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG-C-TA-C--C-A------ATCCGGCCCCTAGAC---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTAATTAAA------AAAGTAAT--ATACT--GAAT-AGTTAT-TAT
gi|53016 : ATGGTCAATCCGGCC----CCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG-C-TA-C--C-A------ATCCGGCCCCTAGAC---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTAATTAAA------AAAGTAAT--ATACT--GAAT-AGTTAT-TAT
gi|53020 : ATGGACAATCCGGCC----GCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG-C-TA-C--C-A------ATCCGGCCCCTAGAC---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCC-------A------TTGAG--CATAGTCACTCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A---TT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTAGTTAAA------AAGGTAAT--ATACT--GAAT-AGTTAT-TAT
gi|53019 : ATTGACAATCCAGCC----CCA--CG---CA-AATCTGGCCCCG-C-TA-C--C-A------ATCCGGCCCCTAGAT---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCA-------A------TTTAG--CATGTTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTAATTAAA------AAAGTAAT--ATACT--AAAT-AGTTAT-
gi|53018 : ATGGACAGTCCGGCC----CCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG-C-TA-C--C-A------ATCCGGCTCCTAGAC---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-AA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTAGTTAAA------AAAGTAAT--A
gi|53023 : ATGGACAATACGGCC----TCA--CA---CA-AATCCGGCCCTG-C-TA-C--C-A------ATCCGACCCCTAGAC---AAAAT------G-TCCT-TG-GT-TAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--TATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AG----CA--T-TCATTT-TTTTGG--TAT------T-TCTAGTTAAT------AGGGTAAT--ATACT--GAAA-AGTTAT-TATgtttttat
gi|53017 : ATGGACTATCCGGCT----CCA--CG---TA-AATCCGGCCC-A-C-TA-C--C-A------ATTCGGCCCCTGGAT---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TTAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGACCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TT---TA----AAT--TTT-AT----CA--T-TTA-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTGAT--AA------AAAATAAA--ATACT--GAAT-AGTTAT-TAT
gi|53028 : ATGGACAATCCGGCC----CCA--CG---CA-AATCCGGCCCCG-C-TA-C--C-A------ATCTGGCCCCTGGAC---AAAAC------G-TCCT-TG-TT-TAAT-CCCGCCAC-------A------TTTAA--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---CG----AA
gi|53021 : ATGGAATATCCGGCC----CTA--TT---CA-AATTCT-CCCCG-C-TA-C--T-T------ATCCGGCCCTTGGAT---AAAAC------A-TCCT-TG-GA-ATAT-CCGACCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCAA-CCCA-C-AT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--TAT-AT----CA--T-TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCTAATGAAA------AAA-TAAA--ATATT--GAA--AGTTAT-TA
gi|53025 : ATGGAATATCCGGCC----CCA--TG---TA-AATCCGGTCCCG-T-TA-C--T-A------ATCCTGCCCCTCGAT---GAAAC------G-TTCT-TG-GA-ATAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGGCTCCA-C-AT------T-------A-------A--TTT-TA---GA----AAT--AAT-AG----CA----TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCTAATGAAATATTGGAAAGT------TATT--AGATAAGTTAT-TAT
gi|53024 : ATGGAATATCCGGCC----CTA--TG---TA-AATCCTGCCCCG-T-TA-T--T-A------ATCCGGCCCCTGGAT---GAAAC------G-TTCT-TG-GA-ATAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTTGGCCCCA-A-AT------T-------A-------A--TTT-TA---AA----AAT--CAT-AT----CA--A-TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCTAATGAA-----------------ATATT--GAAA-AGTTAT-TA
gi|53027 : ATGGAATATCCGGCC----CCA--TG---TA-AATCCTGCCCCG-T-TA-T--T-A------ATCCGGCCCCTGGAT---GAAAC------G-TTCT-TG-GA-ATAT-CCGGCCCC-------A-------TTAT--CATGGAAAATCTGGCCCCA-A-AT------T-------A-------A--TTT-TA---AA----AAT--AAT-AT----CA--A-TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCTAATGAA-----------------ATATT--GGAA-AGTTAT-TAgatattt
gi|53026 : ATGGAATAGCCGGCA----CCA--TG---TA-AATCCTGCCCCC-T-TA-T--T-A------ATCCAGCCCATGAAT---GAAAC------G-TTCT-TG-GA-ATAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGGAAATCCGGTCCCA-C-AT------T-------T-------A--TTT-TA---AA----AAT--AAT-AT----CA--T-TTA-TT-ATTTAG--TAT------T-TCTAATGAAA------gatattt
gi|53032 : ATGGAATATCCGGCC----CCA--TG---TA-AATCCAGCCCCG-T-TA-A--T-A------ATCCGGCCCCTGGAT---GAAAC------G-TCCT-TG-AA-AAAT-CCGGCCCC-------AC-----TTTA-------------------------------------------------A--TTT-TA----A----AAT--AAT-AA----CA--T-TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCTAA---------------TAAT--ATATT--GGAA-AGTTAtattggaaagtta
gi|53031 : ATGGAATATCCGGCC----TCA--TG---TA-AATCCAGCCCTG---TA-A--TTA------ATCCGGCCCCTGGAT---GAAAC------G-TCCT-TG-GA-AAAT-CCGGCCCC-------A-------------CA---------------------T------T-------A-------A--TTT-TA---AA----AAT--AAT-AT----CA--T-TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCCAA-TAAA------A
gi|53014 : ATGGACAATCCGGCC----CCG--CTT--CA-AA-ACGGCCTTG----G-A--G-A------ATCCGGCCCCTGGAC---AA-------------------------T-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGTCCCA-C-TT------T-------TTATTTCTG--TTT-TA---TAT---AGC--AAT-AT----CAG-TGTTA-TT-TATT-A--TAT------T-----ATT---------------AC--ATACA--TAAC-AATTAT-TATtattggaaattta
gi|53022 : ATGGG-AATCCGGCC----CCA--CT---CT-AAAACGGCCATG----G-G--G-A------ATCCGACCCCCAGAT---TATCCA-----G-CCCC-TG-GA-GAAT-TCGGCCCC-------A------TTT
gi|53036 : TGGACAATCCGGCC----CCA--CT---CA-AAAACGGCCATG----G-A--G-A------ATCCGGCCCCTGGAG---AATCC------G-GCCTCTG-GA-CAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGG-CCCA-C-TT------TTTATTTCT-------A--TTT-TA---TATAGCAA---TATCAG----TG--T-TAA-TT-ATT--A--TAT------T-TTTA
gi|53043 : TGGATAATCCGGCC----CCT--CT---CA-AAAACAGCCATG----G-A--A-A------ATCAGGTCCCTGGAC---AATCC------GGCCCC-TG-GA-GAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CTTT------T-------T-------A--TTT-CG---TA----AAcatacataacaattattat
gi|53033 : TGGACAATCCGGCC----CCA--CT---CC-AAAACGGCCATG----G-A--G-A------ATCCGGCCCCTGGAC---AA-------------------------T-CCGGCCAC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------TTATTTCTG--TTT-TA---TAT---AGC--AAT-AT----CAG-TGTTA-TT-TATT-A--TAT------T-----ATT---------------AC--ATACA--TAAC-AATTAT-TAT
gi|53035 : TGGACAATCCGGCC----CCA--CT---CC-AAAACGGCCATG----G-A--G-A------ATCCGGCCCCTGGAC---AA-------------------------T-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCAGGCCCCA-C-TT------TTTATTTCT-------A--TTT-TA--------------TAT-AG----CA--att
gi|53039 : TGGATAATATGGCC----CCA--CT---CC-AAAACGACCATG----G-A--C-A------ATCCGGCCCCTGGA-------------------------G---AGT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCTGTCCCTA-C-TT------T-------T-------T--ATT-TA---TA----TTTTATAT-AG----CA------A----TATTAG--TAT------TGT----TTATA------ATATTAATACATACC--TAAC-AATTAT-TATatatcagtgttaattgttatattattacatacataacaattattat
gi|53040 : TGGAAAATCCGGCC----CCA--TT---CC-AAAACGCCCTTG----G-A--G-A------ACCCGGCCCCAAGAT---TATCC------GGCCCC-TG-GA-GAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGCCCCA-C-------------------------A--TTT-T------------T--TAT-AG----CA--TATTA-
gi|53034 : TGGATAATCCGGCC----CCA--CT---CC-AAAACGGCCATG----G-A--G-A------ATCCGGCCACTGGA-------------------------G---AAT-CCGGCCGC-------A------TTTAG--CATAGTCAATCCGACCCCA-C-TT------TTTAATTCT-------A--TTT-TA---TATAGCAA---TAT-AAGTGTTA--T-TTA-TTATATTGA--TAgggttatttatcat
gi|53038 : TGGAAAATCCGGTT----TCA--TT---CC-AAAACGACTATG----G-A--G-A------ATCCGGCCCCAAGAT---TATCC------GGCCCC-TG-GA-GAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CATTG-----T-------T-------ATTTTT-TA---TA----GGA--TAT-AGGT--TA--T-TTA-T
gi|53037 : TGGAAAATCCGGCC----CCA--TT---CC-AAAACG--CCCA-T-GG-A--G-A------ACCCGGCCCCAAGAT---TATCCA-----G-CCCC-TG-GA-TAAT-CAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCGTCCAGCCCCA-C-------------------------A--TTT--------------T--TAT-AG----CA--TATTA-catt
gi|53044 : TGGATAATCCGGCA----CCA--CTT--CA-AA-AGGGCCATG----G-A--G-A------ATCCGGCCCA-AGAT---TATCG------G-CCCC-TG-GA-GAAT-CCGGCCCT-------A------TTTAG--CAT-GTCCATCCGGTCACA-CTTT------T-------T-------A--TTT-T----TA----CTT--TAT-TG----CA------A-TA-CCATGG--TAT------T-Tgggttatttatcat
gi|53056 : TGGACAATCCGGCC----CC---TG---AAGAATCCGGCCCCATT-TA-G--C-ATGGTCTGTCCGGTCCCatcataaa
gi|53041 : ccTGGATAATCCGGCC----CCA--CT---CA-AAGATGGCCA-----TAGA--G-A------ATCCGGAC-----AC---AAGATTATGTGG-CCCC-TG-GA-GGAT-TTGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGT----------CCA-C-CT------T-------T-------T--TTT-CT---TG----TTT--TAT-AG----CA------A-TA-TTAGGGT-TAT------T-T---ATCAAA------AAacatttttaattttttatagcaatataagggttatttatcat
gi|53046 : AATCTGGTG----CCA--TGACATA-AATTCGGCCCTT-T-TA-C--T-A------GCCCGGACCCTGGAT---GAAAC------A-TCTT-TG-G---AATATCGACCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCAGCCCCA-C-AT------T-------A-------A--TTT-TA---AA----AAT--AAT-AC----CA--T-TTA-TT-ATTTTG--TAT------T-TCTAATGAAA------taaga
gi|53049 : AATCTGGCC----CCAATCC---CA-AA--CGGCCATG----G-A--A-A------ATCCGGCCCCTGGA-------------------------G---AAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGACCCA-C-GT------T-------T-------T--TTT-CT---T-------T--TAT-AG----AA--TATTA--------GGGTTAT------T-TATCAT--AA------AAAAT-AC--ATACA--TAAT-AATTATGTATtattggaaagtta
gi|53042 : gcaaAATCCGGTC----CAA--TT---CC-AAAACGGCCATG----G-A--G-A------ATCCGGCCCC--------AAAATTATCCGG-CCCC-TG-GA-GAAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T-------C--TTT-T
gi|53050 : tgtaaAATCCGGCCAACTCCA--------A-AA--CGGCCATG----G-A--G-A------ACCCGGCCCCTAAA-------------------------G---AAT-CCGGCCCC-------G------ATTAG--CATGGTCCATCTGGTCCCA-C-TT------T-------T-------G--TTT-TA---T
gi|53045 : AAACCGGCC----ACA--AGT--CA-AA-CCGGCCAC-----A-AGTC-A------ATCCGGCCC----AA---AAAAA------G-TC----------AAT-CCGGCCAC-------ACTTTTTTTTAT--TTTGGTCAAACCGGCCACA-T-TTTTCCCCT-------T-------A--TTT-CT---TT----TAT--TAT--------A--T-TTA-CT-AT---A--TATTCCACGT-TCAAATTAAA------GAAATAtgtaatattaggattatttatcat
gi|53052 : AATCCGGCC----CCA--CT---CT-AAAACGGCCATG----G-G--G-A------ATCCGACCCCCAGAT---TATCCA-----G-CCCC-TG-GA-GAAT-TCGGCCCC-------A------TTT
gi|53047 : ATCCGGCC----CCA--CT---CA-AATCCGGCACCA-T-TA-C--C-A------ATCCGGTCCCTGGAT---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TTAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTTAATCC-GCCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-AA---TC----AGT--TAT-AT----AATTT-TTT-TT-TTTTGG--TAT------T-TCTTATGAAA------AAA-TAAA--ATACT--GAAT-GGTTAT-tttatttctatttttatagcaacgttagtgttatttattat
gi|53048 : ATCCAGCC----ACA--TG---TA-AATCTGGCCTCA-T-TA-C--T-T------ATCCGGCCCCTGGAT---GAAAT------A-TCTT-TGTGA-TAA--CCAGC
gi|53029 : ATCCGGTCCCA-TGTA-A-----------ATCCGACCCCTGGAT---GAAAC------A-TCCT-TG-GA-ATAT-CAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGG-CCCA-C-AT------T-------A-------A--TTT-TA---AA----AAT--GAT-AT----CA--T-TTA-TT-ATTTGG--TAT------T-TCTAATGAAA------
gi|53030 : atggaatATCCGGCCCCA---TA-T--A-A------ATCCGGCTCCTGGAT---GAAAC------G-TCCT-TG-GA-ATAT-CCGGTTCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTCGGGCCCA-C-AT------C-------A-------A--TTT-TG---AA----AAT--AAT-AT----CA--T-TTA-TT-ATTTGG--TAA------T-TCTAATGAAA------tattggaaagtta
gi|53056 : atggaat-A--C-A------ATCCGGCCCCTGAA-------------------------G---AAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCTGTCCGGTCCCA-CATT------T-------TTA-----A--TTT-T------------T--TAT-AG----CA--tattagaaagtta
gi|53051 : cctgg-A------ATCCGTCCCCTGGAT---GAAAC------G-TCCT-TG-GA-ATAT-CCGGCCCCTGGATCCA------TTTAA--CATGGAAAATCCGGCCCCA-C-AT------T-------A-------A--TTT-TG---AA----AAT--AAT-AT----CA--T-TTA-TC-ATTTGG--TCA------T-TCTAATGAAA------atataagggttatttatcat
gi|53053 : cagccctatgta-A------ATCCGGCCCC---ACTCCAAAAC------C-GCCA-TG-GA-GAA--CCTGCCCC-------A------TTTGG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CATT------T-------T-------A--TTTCTATTTTA---------TAT-AG----CA------A----TATTAG--TGT------TATCT-ATTATA------TTAAT-AC--ATACA--TAAC-AATTAT-tattggaaagtta
gi|53052 : -A------ATCCGGCCCC---ACTCTAAAAC------G-GCCA-TG-GG-GAAT-CCGACCCCCAGATT-A------TCCAGCCCCTGGAGAATTCGGCCCCATT-TT------T-------T-------A--TTTCTA---T-----TTT--TAT-AG----CA--ttat
gi|53022 : -A------ATCCGGCCCC---ACTCTAAAAC------G-GCCA-TG-GG-GAAT-CCGACCCCCAGATT-A------TCCAGCCCCTGGAGAATTCGGCCCCA-T-TT------acgttagtgttatttattat
gi|53054 : atggg------ATCCGGCCCTTGGAT---AAAAC------G-TCCT-TG-GT-TTAT-CCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGCTTATCCGACCCCA-C-TT------T-------T-------A--TTT-TA---TA----AAT--GAT-AT----CA--T-TTA-----TTTGG--TAT------T-TCTAATGAAA------AAA-TAAA--ACACT--GAAT-AGTTAT-TAT
gi|53055 : ------ATCCGACCCCTGGAT---GAAAC------A-TCCT-TG-GAATAAT-CGGGCCC--------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGGTCCCA-C-AT------T-------T-------A--TTC-TA---TA----AAT--TAA-AT----CA--T-TTA-TT-AGTTGG--TAT------T-TCTAATGAAA------AAA-CAAA--ATATC--AAAA-AATTAT-TAT
gi|53058 : AT-CCAGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CATT------T-------T-------A--TTT-T----TA----TTTG-TAT-AG----CA------A----TATTAG--TGT------T-TTTTATCATA------A---TAAT--ACATTCATAAC-AGTTAT-TAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|53057 ): GTCTCTAGATAATCCAGCTCCATTTTACATGGTTAATCTAGACCTACTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 11111111111 333333333
lowQualScore : 3 33 88888 4 11 7777777 33333 11 11 77 4 0 0 333 5555555 222222 11 0 88 333333 9999999 11 4444 1 9999999999 444 2 3333 00000000000 444 1 1 33 333333 1 1 1 777777777 22 2 1
lowQualScore : . .. ..... . .. ....... ..... .. .. .. . . . ... ....... ...... .. . .. ...... ....... .. .... . .......... ... . .... ........... ... . . .. ...... . . . ......... .. . .
lowQualScore : 0 11 77777 0 44 4444444 44444 22 44 22 4 9 9 888 4444444 666666 33 9 22 666666 1111111 33 0000 9 4444444444 111 0 5555 44444444444 666 4 0 11 444444 2 2 8 222222222 00 4 8
consensus : ATGGACAATCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCG-T-ACN-AATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNAAAAAA-TAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
Reference ( family-489 ) : ATGGACAATCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCG-T-ANN-AATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTNT-TTGG--TAT------T-TCTAATNAAAAAAGTAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
gi|53013 : ATGGACAATCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCGCT-ACC-AATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTAAAAAAGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53014 : ATGGACAATCCGGCCCCG--CTT---CAAA-ACGGCC--TTG-G-A-G-AATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGTCCCA-CTTT------T-------T--ATTTCTGT-T--TTA----------TAT-AG----CA---A-TATCAGTG---TTAT-TTAT--TAT------------ATTA------TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53015 : ATGGACAATCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCGCT-AAC-AATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTAAAAAAGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53016 : ATGGTCAATCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCGCT-ACC-AATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTAAAAAAGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53017 : ATGGACTATCCGGCTCCA--C-G---TAAATCCGGCC--CAC-T-ACC-AATTCGGCCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGACCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--TTA----AAT---TTT-AT----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTGATAAAAAA--TAAAATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53018 : ATGGACAGTCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCGCT-ACC-AATCCGGCTCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-A--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTAAAAAAGTAATA
gi|53019 : ATTGACAATCCAGCCCCA--C-G---CAAATCTGGCC--CCGCT-ACC-AATCCGGCCCCTAGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCA-------A------TTTAG--CATGTTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTAAAAAAGTAATATACT--AAATAGTTAT-gtttttat
gi|53020 : ATGGACAATCCGGCCGCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCGCT-ACC-AATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTGAG--CATAGTCACTCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--A-T----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTAAAAAGGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53021 : ATGGAATATCCGGCCCTA--T-T---CAAATTCT-CC--CCGCT-ACT-TATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCCGACCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCAA-CCCA-C-AT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGAAAAAA-TAAAATATT--GAA-AGTTAT-TA
gi|53022 : ATGGG-AATCCGGCCCCA--C-T---CTAAAACGGCC--ATG---GGG-AATCCGACCCCCAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAG-AATTCGGCCCC-------A------TTT
gi|53023 : ATGGACAATACGGCCTCA--C-A---CAAATCCGGCC--CTGCT-ACC-AATCCGACCCCTAGAC---AA--A-AT--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--TATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----CAT--TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTAATAGGGTAATATACT--GAAAAGTTAT-TAT
gi|53024 : ATGGAATATCCGGCCCTA--T-G---TAAATCCTGCC--CCG-TTATT-AATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTTGGCCCCA-A-AT------T-------A--ATT----T-T--AAA----AAT---CAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGAA---------ATATT--GAAAAGTTAT-TA
gi|53025 : ATGGAATATCCGGCCCCA--T-G---TAAATCCGGTC--CCG-TTACT-AATCCTGCCCCTCGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGGCTCCA-C-AT------T-------A--ATT----T-T--AGA----AAT---AAT-AG----CA-----T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGAA---------ATATT--GGAAAGTTAT-TAgatattt
gi|53026 : ATGGAATAGCCGGCACCA--T-G---TAAATCCTGCC--CCC-TTATT-AATCCAGCCCATGAAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGGAAATCCGGTCCCA-C-AT------T-------T--ATT----T-T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTAG--TAT------T-TCTAATGAA---------ATATT--GGAAAGTTAgataagttattat
gi|53027 : ATGGAATATCCGGCCCCA--T-G---TAAATCCTGCC--CCGTT-ATT-AATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A-------TTAT--CATGGAAAATCTGGCCCCA-A-AT------T-------A--ATT----T-T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGAA---------ATATT--GGAAAGTTAT-TA
gi|53028 : ATGGACAATCCGGCCCCA--C-G---CAAATCCGGCC--CCGCT-ACC-AATCTGGCCCCTGGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-TTT-AATCCCGCCAC-------A------TTTAA--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ACG----AAgatattt
gi|53029 : ATCCGGTC--CCA-T-GTA-AATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGG-CCCA-C-AT------T-------A--ATT----T-T--AAA----AAT---GAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGAA---------ATATT--GGAAAGTTA
gi|53030 : atggaatATCCGGCC--CCA-T-ATA-AATCCGGCTCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGTTCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTCGGGCCCA-C-AT------C-------A--ATT----T-T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAA------T-TCTAATGAAA
gi|53031 : atggaatATGGAATATCCGGCCTCA--T-G---TAAATCCAGCC--CTG-T-AATTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-AATCCGGCCCC-------A-------------CA---------------------T------T-------A--ATT----T-T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCCAATAAAAtattagaaagtta
gi|53032 : ATGGAATATCCGGCCCCA--T-G---TAAATCCAGCC--CCG-TTAAT-AATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-AAA----------------------------------------AATCCGGCCCCA-C-TT------T-------A--ATT----T-T--A-A----AAT---AAT-AA----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAA---------TAATATATT--GGAAAGTTAtattggaaattta
gi|53033 : TGGACAATCCGGCCCCA--C-T---CCAAAACGGCC--ATG-G-A-G-AATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCAC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CTTT------T-------T--ATTTCTGT-T--TTA----------TAT-AG----CA---A-TATCAGTG---TTAT-TTAT--TAT------------ATTA------TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53034 : AATCCGGCC--CCA-C-TCC-AAAACGG-CCATGGA----GA--A-TCCGG-CCAC-TG-GAG-AATCCGGCCGC-------A------TTTAG--CATAGTCAATCCGACCCCA-C-TT------TTTAATTCT--ATT----T-T--ATATAGCAA----TAT-AAGTGTTA---T-T-----TA---TTATATTGA--TAatt
gi|53035 : tggatTGGACAATCCGGCCCCA--C-T---CCAAAACGGCC--ATG-G-A-G-AATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCAGGCCCCA-C-TT------TTTATTTCT--ATT----T-T--ATATAGCAA----TATCAG----TG---T-T-----AA---TTGT-T--A--TAT------T-----ATT---------ACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53036 : TGGACAATCCGGCCCCA--C-T---CAAAAACGGCC--ATG-G-A-G-AATCCGGCCCCTGGA----GA--ATCC--G-GCCTCTG-GAC-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGG-CCCA-C-TT------TTTATTTCT--ATT----T-T--ATATAGCAA----TATCAG----TG---T-T-----AA---TTAT-T--A--TAT------T-TTT-------------ACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53037 : TGGAAAATCCGGCCCCA--T-T---CCAAAACG--C--CCA-TGGAG-AACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAT-AATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCGTCCAGCCCCA-C--------------------ATT----T-------------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53038 : TGGAAAATCCGGTTTCA--T-T---CCAAAACGACT--ATG-G-AG--AATCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CATTG-----T-------T--ATT----T-TTTATA----GGA---TAT-AGGT--TA---T-T-----TA---TCAT-Tatcat
gi|53039 : TGGATAATATGGCCCCA--C-T---CCAAAACGACC--ATG-G-AC--AATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AGTCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCTGTCCCTA-C-TT------T-------T--TAT----T-T--ATA----TTTTA-TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TAT------T-GTTTATAATATTAAT-ACATACC--TAACAATTAT-TAT
gi|53040 : TGGAAAATCCGGCCCCATTC-----CAAAAC--GCC--CTT-G-GAG-AACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCG-G-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGCCCCA-C--------------------ATT----T-T-----------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53041 : TGGATAATCCGGCCCCA--C-T---CAAAGATGGCC----A-T-AGAGAATCCGGACACAAGAT---TA--T-GT--GGCCCC-TG-GAG-GATTTGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTC----------CA-C-CT------T-------T--TTT----T-C--TTG----TTT---TAT-AG----CA------------A----TAT-TAGGGTTAT------T-T---ATCAAAAA--TAAGAatcat
gi|53042 : AATCCGGTCCAA--T-T---CCAAAACGGCC--ATG-G-AG--AATCCGGCCCCAAAAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-C-TT------T-------T--CTT----T-T--
gi|53043 : tgtaaTGGATAATCCGGCCCCT--C-T---CAAAAACAGCC--ATG-G-A-A-AATCAGGTCCCTGGAC----A--A-TCCGG-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CTTT------T-------T--ATT----T-C--GTA----AA
gi|53044 : TGGATAATCCGGCACCA--C-TT--CAAA-AGGGCC--ATG-G-AG--AATCCGGCCC----AA---GATTA-TC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCT-------A------TTTAG--CAT-GTCCATCCGGTCACA-CTTT------T-------T--ATT----T-T---TA----CTT---TAT-TG----CA------------A---TACC-ATGG--TAT------T-TATCATAAA
gi|53045 : AAACCGGCCACA--A-GT--CAAA-CCGGCC--ACA-A-GTC-AATCCGGCCC----AA---AA--A-AA--G-TC----------AATCCGGCCAC-------ACTTTTTTTTAT--TTTGGTCAAACCGGCCACA-T-TTTTCCCCT-------T--ATT----T-C--TTT----TAT---TAT--------A---T-T-----TA---CTAT----A--TATTCCACGT-TCAAATTAAAGAAATA
gi|53046 : AATCTGGTGCCA--T-GACATAAATTCGGCC--CTT-TTACT-AGCCCGGACCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCTT-TG-GAA-TATC-GACCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCAGCCCCA-C-AT------T-------A--ATT----T-T--AAA----AAT---AAT-AC----CA---T-T-----TA---TTAT-TTTG--TAT------T-TCTAATGAA---------ATATT--GGAAAGTTA
gi|53047 : ATCCGGCCCCA--C-T---CAAATCCGGCA--CCA-TTACC-AATCCGGTCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTTAATCC-GCCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-A--ATC----AGT---TAT-AT----AATT-T-T-----TT---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTTATGAAAAAA-TAAAATACT--GAATGGTTAT-
gi|53048 : ATCCAGCCACA--T-G---TAAATCTGGCC--TCA-TTACT-TATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AT--A-TCTT-TGTGAT-AA-CCAGC
gi|53049 : AATCTGGCCCCAATC-C---CAAA--CGGCC--ATG-G-AA--AATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGACCCA-C-GT------T-------T--TTT----T-C--TT-------T---TAT-AG----AA-----------TA---TTA----GGGTTAT------T-TATCATAAAAAA--T-ACATACA--TAATAATTATGTAT
gi|53050 : gcaaAATCCGGCCAACTC-C-AAA-A---CGGCCA-TGGA----GA--A-CCCGG-CCCC-TA-AAG-AATCCGGCCCC-------G------ATTAG--CATGGTCCATCTGGTCCCA-C-TT------T-------T--GTT----T-T----------AT---TGT-AA----TA---T-TAG---GA---TTAT-TT
gi|53051 : CAGCC--CTA-T-GTA-AATCCGTCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGCCCCTGGATCCA------TTTAA--CATGGAAAATCCGGCCCCA-C-AT------T-------A--ATT----T-T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TCAT-TTGG--TCA------T-TCTAATGAA---------ATATT--GGAAAGTTAatcat
gi|53052 : AATCCGGCCCCA--C-T---CTAAAACGGCC--ATG---GGG-AATCCGACCCCCAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAG-AATTCGGCCCC-------A------TTT
gi|53052 : -AATCCGGCCCC---ACTCTAA--A-AC--G-GCCA-TG-GGG-AATCCGACCCCCAGATT-A------TCCAGCCCCTGGAGAATTCGGCCCCATT-TT------T-------T--ATT----TCT--AT-----TTT---TAT-AG----CAACGT-TAG---TG---TTAT-TTAT--TAT------tttatttctatttttatagcaacgttagtgttatttattat
gi|53053 : -AATCCGGCCCC---ACTCCAA--A-AC--C-GCCA-TG-GAG-AA-CCTGCCCC-------A------TTTGG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CATT------T-------T--ATT----TCT--AT-------TTTATAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------TATCT-ATTATATTAAT-ACATACA--TAACAATTAT-
gi|53054 : ATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGCTTATCCGACCCCA-C-TT------T-------T--ATT----T-T--ATA----AAT---GAT-AT----CA---T-T-----TA------T-TTGG--TAT------T-TCTAATGAAAAAA-TAAAACACT--GAATAGTTAT-TATttat
gi|53055 : ATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAATAATCGGGCCC--------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGGTCCCA-C-AT------T-------T--ATT----C-T--ATA----AAT---TAA-AT----CA---T-T-----TA---TTAG-TTGG--TAT------T-TCTAATGAAAAAA-CAAAATATC--AAAAAATTAT-TAT
gi|53056 : CCTGGAC---AA--T-CC--GGCCCC-TG-AAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCTGTCCGGTCCCA-CATT------T-------TTAATT----T-T-----------T---TAT-AG----CA---
gi|53058 : -GAT-CATCCAGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CATT------T-------T--ATT----T-T---TA----TTTG--TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------T-TTTTATCATAA---TAATACATTCATAACAGTTAT-TATatataagggttatttatcat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53057 ): GTCTCTAGATAATCCAGCTCCATTTTACATGGTTAATCTAGACCTACTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 222222222222
lowQualScore : 3 11 7777 33 0 6666666 33333 11 11 66 4 0 0 444 5555555 222222 11 0 666 333333 9999999 1 111 88888888888888888888 1 66666 88888888888 444 1 33 333333 1 1 4 1 777777777777 22 2 1
lowQualScore : . .. .... .. . ....... ..... .. .. .. . . . ... ....... ...... .. . ... ...... ....... . ... .................... . ..... ........... ... . .. ...... . . . . ............ .. . .
lowQualScore : 0 66 8888 77 2 2222222 33333 22 11 55 5 9 9 000 6666666 666666 33 9 777 666666 1111111 9 666 77777777777777777777 0 00000 66666666666 555 0 11 444444 2 2 2 2 222222222222 00 4 8
consensus : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
Reference ( family-489 ) : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
gi|53013 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53014 : ATGGACAATCCGGCCCCG--CTT--CAAA-ACGGCCTTG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGTCCCA-C--TT------T-------TTA---TTTCTGTT--TTA----------TAT-AG----CA---A-T------A---TCAG-T-GT--TAT------T-T---ATTA-T-A-TT-A-TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53015 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-ACAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53016 : ATGGTCAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53017 : ATGGACTATCCGGCTCCA--CG---TAAATCCGGCCCAC-T-A-CCAATTCGGCCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGACCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--TTA----AAT---TTT-AT----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTGAT-A-A-A-AA-A-TAAAATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53018 : ATGGACAGTCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCTCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----A--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-A-A-AA-AGTAATA
gi|53019 : ATTGACAATCCAGCCCCA--CG---CAAATCTGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCA-------A------TTTAG--CATGTTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--AAATAGTTAT-gtttttat
gi|53020 : ATGGACAATCCGGCCGCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTGAG--CATAGTCACTCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A----TT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-A-A-AAGG-TAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53021 : ATGGAATATCCGGCCCTA--TT---CAAATTCT-CCCCGCT-A-CTTATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCCGACCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCAA-CCCA-C--AT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-TAAAATATT--GAA-AGTTAT-TA
gi|53022 : ATGGG-AATCCGGCCCCA--CT---CTAAAACGGCCATG---G-GGAATCCGACCCCCAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAG-AATTCGGCCCC-------A------TTT
gi|53023 : ATGGACAATACGGCCTCA--CA---CAAATCCGGCCCTGCT-A-CCAATCCGACCCCTAGAC---AA--A-AT--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--TATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----CAT--TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-ATA-GG-G-TAATATACT--GAAAAGTTAT-TAT
gi|53024 : ATGGAATATCCGGCCCTA--TG---TAAATCCTGCCCCG-TTA-TTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTTGGCCCCA-A--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---CAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GAAAAGTTAT-TA
gi|53025 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCGGTCCCG-TTA-CTAATCCTGCCCCTCGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGGCTCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AGA----AAT---AAT-AG----CA-----T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAT-TAgatattt
gi|53026 : ATGGAATAGCCGGCACCA--TG---TAAATCCTGCCCCC-TTA-TTAATCCAGCCCATGAAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGGAAATCCGGTCCCA-C--AT------T-------T-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTAG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAgataagttattat
gi|53027 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCTGCCCCGTT-A-TTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A-------TTAT--CATGGAAAATCTGGCCCCA-A--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAT-TA
gi|53028 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCTGGCCCCTGGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-TTT-AATCCCGCCAC-------A------TTTAA--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ACG----AAgatattt
gi|53029 : ATCCGGTCCCA-T-G-TAAATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGG-CCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---GAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTA
gi|53030 : atggaatATCCGGCCCCA-T-A-TAAATCCGGCTCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGTTCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTCGGGCCCA-C--AT------C-------A-A---TTT----T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAA------T-TCTAATGA-A------------ATATT--AGAAAGTTA
gi|53031 : atggaatATGGAATATCCGGCCTCA--TG---TAAATCCAGCCCTG-T-AATTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-AATCCGGCCCC-------A-------------CA----------------------T------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCCAATAA-A-A-
gi|53032 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCAGCCCCG-TTA-ATAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-AAA----------------------------------------AATCCGGCCCCA-C--TT------T-------A-A---TTT----T--A-A----AAT---AAT-AA----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCT-----------A-A-TAATATATT--GGAAAGTTAtattggaaattta
gi|53033 : TGGACAATCCGGCCCCA--CT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCAC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------TTA---TTTCTGTT--TTA----------TAT-AG----CA---A-T------A---TCAG-T-GT--TAT------T-T---ATTA-T-A-TT-A-TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53034 : AATCCGGCCCCA-C-T-CCAAAACGG-CCATGGA----GA--A-TCCGG-CCAC-TG-GAG-AATCCGGCCGC-------A------TTTAG--CATAGTCAATCCGACCCCA-C--TT------TTTAATTCT-A---TTT----T--ATATAGCAA----TAT-AAGTGTTA---T-T-----TA---TTATATTGA--TAatt
gi|53035 : tggatTGGACAATCCGGCCCCA--CT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCAGGCCCCA-C--TT------TTTATTTCT-A---TTT----T--A------------TAT-AG----CA---A-TATCAGTG---TTAA-TTGT--TAT------------ATT---------A-TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53036 : TGGACAATCCGGCCCCA--CT---CAAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGA----GA--ATCC--G-GCCTCTG-GAC-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGG-CCCA-C--TT------TTTATTTCT-A---TTT----T--ATATAGCAA----TATCAG----TG---T-T-----AA---TTAT-T--A--TAT------T-TTT-----------------ACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53037 : TGGAAAATCCGGCCCCA--TT---CCAAAACGCCCATG-G-A--GAACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAT-AATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCGTCCAGCCCCA-C--------------------A---TTT----------------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53038 : TGGAAAATCCGGTTTCA--TT---CCAAAACGACTATG-G-A--GAATCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CA-TTG-----T-------T-A---TTT----TTTATA----GGA---TAT-AGGT--TA---T-T-----TA---TCAT-Tatcat
gi|53039 : TGGATAATATGGCCCCA--CT---CCAAAACGACCATG-G-A-C-AATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AGTCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCTGTCCCTA-C--TT------T-------T-T---ATT----T--ATA----TTTTA-TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TAT------T-GTTTATAATA-T-TA-A-T-ACATACC--TAACAATTAT-TAT
gi|53040 : TGGAAAATCCGGCCCCA--TT---CCAAAACGCCCTTG-G-A--GAACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCG-G-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGCCCCA-C--------------------A---TTT----T-----------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53041 : TGGATAATCCGGCCCCA--CT---CAAAGATGGCCATA-G-A--GAATCCGGACACAAGAT---TA--T-GT--GGCCCC-TG-GAG-GATTTGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTC----------CA-C--CT------T-------T-T---TTT----C--TTG----TTT---TAT-AG----CA------------A----TAT-TAGGGTTAT------T-T---ATC--A-A-AA-A-TAAGAatcat
gi|53042 : AATCCGGTCCAA--TT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCAAAAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-C---TTT----T--
gi|53043 : tgtaaTGGATAATCCGGCCCCT--CT---CAAAAACAGCCATG-G-A--AAATCAGGTCCCTGGAC----A--A-TCCGG-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CT-TT------T-------T-A---TTT----C--GTA----AA
gi|53044 : TGGATAATCCGGCACCA--CTT--CAAA-AGGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCC----AA---GATTA-TC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCT-------A------TTTAG--CAT-GTCCATCCGGTCACA-CT-TT------T-------T-A---TTT----T---TA----CTT---TAT-TG----CA-----A-----TA---CCA---TGG--TAT------T-TATCATAA-A-
gi|53045 : AAACCGGCCACA--AGT--CAAA-CCGGCCACA-A-G-TCAATCCGGCCC----AA---AA--A-AA--G-TC----------AATCCGGCCAC-------ACTTTTTTTTAT--TTTGGTCAAACCGGCCACA-T--TTTTCCCCT-------T-A---TTT----C--TTT----TAT---TAT--------A---T-T-----TA---CTAT----A--TATTCCACGT-TCAAATTA-A-AGAA-A-TA
gi|53046 : AATCTGGTGCCA--TGACATAAATTCGGCCCTT-TTA-CTAGCCCGGACCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCTT-TG-GAA-TATC-GACCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCAGCCCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AC----CA---T-T-----TA---TTAT-TTTG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTA
gi|53047 : ATCCGGCCCCA--CT---CAAATCCGGCACCA-TTA-CCAATCCGGTCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTTAATCC-GCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----A--ATC----AGT---TAT-AT----AATT-T-T-----TT---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTTATGA-A-A-AA-A-TAAAATACT--GAATGGTTAT-
gi|53048 : ATCCAGCCACA--TG---TAAATCTGGCCTCA-TTA-CTTATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AT--A-TCTT-TGTGAT-AA-CCAGC
gi|53049 : AATCTGGCCCCAATCC---CAAA--CGGCCATG-G-A--AAATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGACCCA-C--GT------T-------T-T---TTT----C--TT-------T---TAT-AG----AA---T--------A---TTA----GGGTTAT------T-TATCAT-A-A-A-AA-A-T-ACATACA--TAATAATTATGTAT
gi|53050 : gcaaAATCCGGCCAAC-T-C-CAAA-ACGGCCA-TGGA----GA--A-CCCGG-CCCC-TA-AAG-AATCCGGCCCC-------G------ATTAG--CATGGTCCATCTGGTCCCA-C--TT------T-------T-G---TTT----T----------AT---TGT-AA----TA---T-TAG---GA---TTAT-TT
gi|53051 : CAGCCCTA-T-G-TAAATCCGTCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGCCCCTGGATCCA------TTTAA--CATGGAAAATCCGGCCCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TCAT-TTGG--TCA------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAatcat
gi|53052 : AATCCGGCCCC---ACTCTAA--A-AC--G-GCCA-TG-GGG-AATCCGACCCCCAGATT-A------TCCAGCCCCTGGAGAATTCGGCCCCATT--TT------T-------T-A---TTTC---T--AT-----TTT---TAT-AG----CAACGT-TAG---TG---TTAT-TTAT--TAT------
gi|53053 : AATCCGGCCCC---ACTCCAA--A-AC--C-GCCA-TG-GAG-AA-CCTGCCCC-------A------TTTGG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CA-TT------T-------T-A---TTTC---T--AT-------TTTATAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------TATCTATTAT-A-T-TA-A-T-ACATACA--TAACAATTAT-
gi|53054 : ATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGCTTATCCGACCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---GAT-AT----CA---T------------TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-TAAAACACT--GAATAGTTAT-TATttat
gi|53055 : ATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAATAATCGGGCCC--------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGGTCCCA-C--AT------T-------T-A---TTC----T--ATA----AAT---TAA-AT----CA---T-T-----TA---TTAG-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-CAAAATATC--AAAAAATTAT-TAT
gi|53056 : CCTGGAC---AA--T-CC--GGCCCC-TG-AAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCTGTCCGGTCCCA-CATTT------T-------T-AATTTTT----T--ATAGC--AA----TAT-AAGGGTTA---T-T-----TA---TCAT-
gi|53058 : -GAT-CATCCAGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CA-TT------T-------T-A---TTT----T---TA----TTTG--TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------T-TTTTATC----A-TA-A-TAATACATTCATAACAGTTAT-TAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53057 ): GTCTCTAGATAATCCAGCTCCATTTTACATGGTTAATCTAGACCTACTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 222222222222
lowQualScore : 3 11 7777 33 0 6666666 33333 11 11 66 4 0 0 444 5555555 222222 11 0 666 333333 9999999 1 111 88888888888888888888 1 66666 88888888888 444 1 33 333333 1 1 4 1 777777777777 22 2 1
lowQualScore : . .. .... .. . ....... ..... .. .. .. . . . ... ....... ...... .. . ... ...... ....... . ... .................... . ..... ........... ... . .. ...... . . . . ............ .. . .
lowQualScore : 0 66 8888 77 2 2222222 33333 22 11 55 5 9 9 000 6666666 666666 33 9 777 666666 1111111 9 666 77777777777777777777 0 00000 66666666666 555 0 11 444444 2 2 2 2 222222222222 00 4 8
consensus : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
Reference ( family-489 ) : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
gi|53013 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53014 : ATGGACAATCCGGCCCCG--CTT--CAAA-ACGGCCTTG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGTCCCA-C--TT------T-------TTA---TTTCTGTT--TTA----------TAT-AG----CA---A-T------A---TCAG-T-GT--TAT------T-T---ATTA-T-A-TT-A-TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53015 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-ACAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53016 : ATGGTCAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53017 : ATGGACTATCCGGCTCCA--CG---TAAATCCGGCCCAC-T-A-CCAATTCGGCCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGACCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--TTA----AAT---TTT-AT----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTGAT-A-A-A-AA-A-TAAAATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53018 : ATGGACAGTCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCTCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----A--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-A-A-AA-AGTAATA
gi|53019 : ATTGACAATCCAGCCCCA--CG---CAAATCTGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCA-------A------TTTAG--CATGTTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACT--AAATAGTTAT-gtttttat
gi|53020 : ATGGACAATCCGGCCGCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTGAG--CATAGTCACTCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A----TT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-A-A-AAGG-TAATATACT--GAATAGTTAT-TAT
gi|53021 : ATGGAATATCCGGCCCTA--TT---CAAATTCT-CCCCGCT-A-CTTATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCCGACCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCAA-CCCA-C--AT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-TAAAATATT--GAA-AGTTAT-TA
gi|53022 : ATGGG-AATCCGGCCCCA--CT---CTAAAACGGCCATG---G-GGAATCCGACCCCCAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAG-AATTCGGCCCC-------A------TTT
gi|53023 : ATGGACAATACGGCCTCA--CA---CAAATCCGGCCCTGCT-A-CCAATCCGACCCCTAGAC---AA--A-AT--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--TATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----CAT--TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-ATA-GG-G-TAATATACT--GAAAAGTTAT-TAT
gi|53024 : ATGGAATATCCGGCCCTA--TG---TAAATCCTGCCCCG-TTA-TTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTTGGCCCCA-A--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---CAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GAAAAGTTAT-TA
gi|53025 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCGGTCCCG-TTA-CTAATCCTGCCCCTCGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGGCTCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AGA----AAT---AAT-AG----CA-----T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAT-TAgatattt
gi|53026 : ATGGAATAGCCGGCACCA--TG---TAAATCCTGCCCCC-TTA-TTAATCCAGCCCATGAAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGGAAATCCGGTCCCA-C--AT------T-------T-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTAG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAgataagttattat
gi|53027 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCTGCCCCGTT-A-TTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A-------TTAT--CATGGAAAATCTGGCCCCA-A--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAT-TA
gi|53028 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCTGGCCCCTGGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-TTT-AATCCCGCCAC-------A------TTTAA--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ACG----AAgatattt
gi|53029 : ATCCGGTCCCA-T-G-TAAATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGG-CCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---GAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTA
gi|53030 : atggaatATCCGGCCCCA-T-A-TAAATCCGGCTCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGTTCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTCGGGCCCA-C--AT------C-------A-A---TTT----T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAA------T-TCTAATGA-A------------ATATT--AGAAAGTTA
gi|53031 : atggaatATGGAATATCCGGCCTCA--TG---TAAATCCAGCCCTG-T-AATTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-AATCCGGCCCC-------A-------------CA----------------------T------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCCAATAA-A-A-
gi|53032 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCAGCCCCG-TTA-ATAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-AAA----------------------------------------AATCCGGCCCCA-C--TT------T-------A-A---TTT----T--A-A----AAT---AAT-AA----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCT-----------A-A-TAATATATT--GGAAAGTTAtattggaaattta
gi|53033 : TGGACAATCCGGCCCCA--CT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCAC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------TTA---TTTCTGTT--TTA----------TAT-AG----CA---A-T------A---TCAG-T-GT--TAT------T-T---ATTA-T-A-TT-A-TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53034 : AATCCGGCCCCA-C-T-CCAAAACGG-CCATGGA----GA--A-TCCGG-CCAC-TG-GAG-AATCCGGCCGC-------A------TTTAG--CATAGTCAATCCGACCCCA-C--TT------TTTAATTCT-A---TTT----T--ATATAGCAA----TAT-AAGTGTTA---T-T-----TA---TTATATTGA--TAatt
gi|53035 : tggatTGGACAATCCGGCCCCA--CT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCAGGCCCCA-C--TT------TTTATTTCT-A---TTT----T--A------------TAT-AG----CA---A-TATCAGTG---TTAA-TTGT--TAT------------ATT---------A-TTACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53036 : TGGACAATCCGGCCCCA--CT---CAAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGA----GA--ATCC--G-GCCTCTG-GAC-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGG-CCCA-C--TT------TTTATTTCT-A---TTT----T--ATATAGCAA----TATCAG----TG---T-T-----AA---TTAT-T--A--TAT------T-TTT-----------------ACATACA--TAACAATTAT-TAT
gi|53037 : TGGAAAATCCGGCCCCA--TT---CCAAAACGCCCATG-G-A--GAACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAT-AATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCGTCCAGCCCCA-C--------------------A---TTT----------------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53038 : TGGAAAATCCGGTTTCA--TT---CCAAAACGACTATG-G-A--GAATCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CA-TTG-----T-------T-A---TTT----TTTATA----GGA---TAT-AGGT--TA---T-T-----TA---TCAT-Tatcat
gi|53039 : TGGATAATATGGCCCCA--CT---CCAAAACGACCATG-G-A-C-AATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AGTCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCTGTCCCTA-C--TT------T-------T-T---ATT----T--ATA----TTTTA-TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TAT------T-GTTTATAATA-T-TA-A-T-ACATACC--TAACAATTAT-TAT
gi|53040 : TGGAAAATCCGGCCCCA--TT---CCAAAACGCCCTTG-G-A--GAACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCG-G-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGCCCCA-C--------------------A---TTT----T-----------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53041 : TGGATAATCCGGCCCCA--CT---CAAAGATGGCCATA-G-A--GAATCCGGACACAAGAT---TA--T-GT--GGCCCC-TG-GAG-GATTTGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTC----------CA-C--CT------T-------T-T---TTT----C--TTG----TTT---TAT-AG----CA------------A----TAT-TAGGGTTAT------T-T---ATC--A-A-AA-A-TAAGAatcat
gi|53042 : AATCCGGTCCAA--TT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCAAAAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-C---TTT----T--
gi|53043 : tgtaaTGGATAATCCGGCCCCT--CT---CAAAAACAGCCATG-G-A--AAATCAGGTCCCTGGAC----A--A-TCCGG-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CT-TT------T-------T-A---TTT----C--GTA----AA
gi|53044 : TGGATAATCCGGCACCA--CTT--CAAA-AGGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCC----AA---GATTA-TC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCT-------A------TTTAG--CAT-GTCCATCCGGTCACA-CT-TT------T-------T-A---TTT----T---TA----CTT---TAT-TG----CA-----A-----TA---CCA---TGG--TAT------T-TATCATAA-A-
gi|53045 : AAACCGGCCACA--AGT--CAAA-CCGGCCACA-A-G-TCAATCCGGCCC----AA---AA--A-AA--G-TC----------AATCCGGCCAC-------ACTTTTTTTTAT--TTTGGTCAAACCGGCCACA-T--TTTTCCCCT-------T-A---TTT----C--TTT----TAT---TAT--------A---T-T-----TA---CTAT----A--TATTCCACGT-TCAAATTA-A-AGAA-A-TA
gi|53046 : AATCTGGTGCCA--TGACATAAATTCGGCCCTT-TTA-CTAGCCCGGACCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCTT-TG-GAA-TATC-GACCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCAGCCCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AC----CA---T-T-----TA---TTAT-TTTG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTA
gi|53047 : ATCCGGCCCCA--CT---CAAATCCGGCACCA-TTA-CCAATCCGGTCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTTAATCC-GCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----A--ATC----AGT---TAT-AT----AATT-T-T-----TT---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTTATGA-A-A-AA-A-TAAAATACT--GAATGGTTAT-
gi|53048 : ATCCAGCCACA--TG---TAAATCTGGCCTCA-TTA-CTTATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AT--A-TCTT-TGTGAT-AA-CCAGC
gi|53049 : AATCTGGCCCCAATCC---CAAA--CGGCCATG-G-A--AAATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGACCCA-C--GT------T-------T-T---TTT----C--TT-------T---TAT-AG----AA---T--------A---TTA----GGGTTAT------T-TATCAT-A-A-A-AA-A-T-ACATACA--TAATAATTATGTAT
gi|53050 : gcaaAATCCGGCCAAC-T-C-CAAA-ACGGCCA-TGGA----GA--A-CCCGG-CCCC-TA-AAG-AATCCGGCCCC-------G------ATTAG--CATGGTCCATCTGGTCCCA-C--TT------T-------T-G---TTT----T----------AT---TGT-AA----TA---T-TAG---GA---TTAT-TT
gi|53051 : CAGCCCTA-T-G-TAAATCCGTCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGCCCCTGGATCCA------TTTAA--CATGGAAAATCCGGCCCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TCAT-TTGG--TCA------T-TCTAATGA-A------------ATATT--GGAAAGTTAatcat
gi|53052 : AATCCGGCCCC---ACTCTAA--A-AC--G-GCCA-TG-GGG-AATCCGACCCCCAGATT-A------TCCAGCCCCTGGAGAATTCGGCCCCATT--TT------T-------T-A---TTTC---T--AT-----TTT---TAT-AG----CAACGT-TAG---TG---TTAT-TTAT--TAT------
gi|53053 : AATCCGGCCCC---ACTCCAA--A-AC--C-GCCA-TG-GAG-AA-CCTGCCCC-------A------TTTGG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CA-TT------T-------T-A---TTTC---T--AT-------TTTATAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------TATCTATTAT-A-T-TA-A-T-ACATACA--TAACAATTAT-
gi|53054 : ATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGCTTATCCGACCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---GAT-AT----CA---T------------TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-TAAAACACT--GAATAGTTAT-TATttat
gi|53055 : ATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAATAATCGGGCCC--------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGGTCCCA-C--AT------T-------T-A---TTC----T--ATA----AAT---TAA-AT----CA---T-T-----TA---TTAG-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-CAAAATATC--AAAAAATTAT-TAT
gi|53056 : CCTGGAC---AA--T-CC--GGCCCC-TG-AAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCTGTCCGGTCCCA-CATTT------T-------T-AATTTTT----T--ATAGC--AA----TAT-AAGGGTTA---T-T-----TA---TCAT-
gi|53058 : -GAT-CATCCAGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CA-TT------T-------T-A---TTT----T---TA----TTTG--TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------T-TTTTATC----A-TA-A-TAATACATTCATAACAGTTAT-TAT
blockSeqs : C AT GACA TC CTAAC CTCTA TT TC CG G AAT TGGATCC CTTTTT CC ATT TTCCCC TTAATTC T ATT TATATAGCAA C AGTGT ATATCAG GGG A GT TCCACG A A T T AAAAGTAAT CA C G
blockSeqs : C . TT TC CTACC CTCCA . A CG G TT CAGATT . . AT G TTATTTC T . TATATAGCAA . AGGGT ACGTTAG GGG . GT . . A T . AAAAGTAAT . T .
blockSeqs : C . TT TC CTACC CA . A CG G TT . . . TT . TTATTTC . . TTTATAGGA . GGT TTTT T . . . . G T . AAAAGTAAT . T .
blockSeqs : C . GT TC CTACC CA . A A G TT . . . TT . . . . TATATTTTA . G TTAG . . . . . A T . AAAAGTAAT . T .
blockSeqs : C . G TC CTACC TA . A A G TT . . . AT . . . . CTGTTTTA . G TAT . . . . . A T . AAAGGTAAT . T .
blockSeqs : C . G TC CTACT CA . A G . TT . . . AT . . . . CTGTTTTA . G TAT . . . . . A T . TAGGGTAAT . T .
blockSeqs : C . G TT CTACC TA . A . . TT . . . T . . . . CTATTTTA . T AT . . . . . A G . ATTATTAC . A .
blockSeqs : A . G AA TTATT CA . A . . AA . . . T . . . . TATAGCAA . G TT . . . . . A T . AAAATAAA . A .
blockSeqs : C . G TC TTACT TA . C . . AG . . . T . . . . TATAAAT . G TT . . . . . A G . AAAATAAA . A .
blockSeqs : A . G TC TTATT TT . A . . TT . . . T . . . . TATAAAT . G TT . . . . . A G . ATTATTAC . A .
blockSeqs : A . T TC TTATT CA . A . . AA . . . T . . . . TTTAAAT . T TT . . . . . A G . AAAATAAG . A .
blockSeqs : A . T TC CTACC TG . A . . AA . . . T . . . . AATAAAT . G TT . . . . . A G . AAAATAAA . A .
blockSeqs : A . A TC TAATT TG . A . . AA . . . T . . . . TATAAAT . T TT . . . . . A G . AAAATAAA . A .
blockSeqs : C . G TC TTAAT TG . A . . AA . . . A . . . . TATAAAT . G TT . . . . . A G . AAAACAAA . A .
blockSeqs : A . G TC TTACT TG . A . . TT . . . T . . . . TATAAAT . T TT . . . . . A A . ATAATAAT . C .
blockSeqs : A . G TC TTACC CA . A . . AA . . . A . . . . TATAAAT . T AT . . . . . T T . TTAATAC . C .
blockSeqs : C . G TC TTACT TG . A . . AA . . . A . . . . TAAAAAT . T TT . . . . . C T . AAAATAC . C .
blockSeqs : C . G TC TACC TG . A . . AA . . . A . . . . TAGAAAT . T AT . . . . . A A . TTAATAC . C .
blockSeqs : C . G AA TGTA TG . A . . AA . . . A . . . . TAAAAAT . T TT . . . . . A C . AATAAT . A .
blockSeqs : A . G TC TATA TG . T . . AG . . . T . . . . TAAAAAT . A TT . . . . . T A . ATTAC . T .
blockSeqs : A . T AA CTCC TT . C . . AC . . . A . . . . TAAAAAT . G TT . . . . . C T . AC . T .
blockSeqs : T . T AA AGTC TT . C . . AT . . . A . . . . TGAAAAT . G TT . . . . . A G . . . A
blockSeqs : A . T AA TCCA TT . C . . AG . . . T . . . . TAAAAAT . G AT . . . . . A G . . . C
blockSeqs : T . T AA TGTA TT . G . . AG . . . T . . . . CTTGTTT . G TT . . . . . A G . . . T
blockSeqs : T . T AA GAG TT . C . . AG . . . T . . . . CTTTTAT . G TT . . . . . A A . . . A
blockSeqs : T . T AA GGG AG . T . . AG . . . T . . . . TAAAAAT . G TT . . . . . T G . . . C
blockSeqs : . . T GA GAG AA . T . . AG . . . T . . . . AATCAGT . G TT . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . T AA GAG TG . A . . AG . . . T . . . . TGAAAAT . G TT . . . . . . C . .
blockSeqs : . T AA GAG TA . A . . AA . . . C . . . . CTATTTT . C TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . T TT GAG TG . A . . TT . . . T . . . . TATAAAT . T TT . . . . . . . .
blockSeqs : . T TC GAG TG . A . . AT . . . T . . . . TATAAAT . G TT . . . . . . . .
blockSeqs : . G TC GAC TA . C . . AG . . . A . . . . TTATTTG . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . C TC GAG TG . A . . AA . . . T . . . . TAAAAT . T A . . . .
blockSeqs : A GAG CA . A . . GG . . . G . . . . TTACTT . G A . . .
blockSeqs : A GAG C . A . . AG . . . T . . . . CTTT . G T . .
blockSeqs : C GAA C . A . . TT . . . A . . . . TAT . T A . .
blockSeqs : . GAG G . A . . AG . . . T . . . . TA . T T . .
blockSeqs : GAA C . C . . AT . . . T . . . . TT . G A . .
blockSeqs : G . . . . G . . . A . . . . T . . . . .
blockSeqs : C . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AAAATAAC****
originalCons : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAANATACT--GAANAGTTAT-TAT
finalCons : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-AAAAATAAC----ATACT--GAANAGTTAT-TAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53057 ): GTCTCTAGATAATCCAGCTCCATTTTACATGGTTAATCTAGACCTACTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111 222222222222
lowQualScore : 3 11 7777 33 0 6666666 33333 11 11 66 4 0 0 444 5555555 222222 11 0 666 333333 9999999 1 111 88888888888888888888 1 66666 88888888888 444 1 33 333333 1 1 4 2 999999999999 2 1
lowQualScore : . .. .... .. . ....... ..... .. .. .. . . . ... ....... ...... .. . ... ...... ....... . ... .................... . ..... ........... ... . .. ...... . . . . ............ . .
lowQualScore : 0 66 8888 77 2 2222222 33333 22 11 55 5 9 9 000 6666666 666666 33 9 777 666666 1111111 9 666 77777777777777777777 0 00000 66666666666 555 0 11 444444 2 2 2 4 666666666666 4 8
consensus : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAACATACTGAANAGTTAT-TAT
Reference ( family-489 ) : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCG-T-A-CNAATCCGGCCCCTGGAC---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAN-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATNA-A-A-AA-A-TAACATACTGAANAGTTAT-TAT
gi|53013 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACTGAATAGTTAT-TAT
gi|53014 : ATGGACAATCCGGCCCCG--CTT--CAAA-ACGGCCTTG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGTCCCA-C--TT------T-------TTA---TTTCTGTT--TTA----------TAT-AG----CA---A-T------A---TCAG-T-GT--TAT------T-T---ATTA-T-A-TT-A-TTACATACATAACAATTAT-TAT
gi|53015 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-ACAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACTGAATAGTTAT-TAT
gi|53016 : ATGGTCAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACTGAATAGTTAT-TAT
gi|53017 : ATGGACTATCCGGCTCCA--CG---TAAATCCGGCCCAC-T-A-CCAATTCGGCCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGACCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--TTA----AAT---TTT-AT----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTGAT-A-A-A-AA-A-TAAAATACTGAATAGTTAT-TAT
gi|53018 : ATGGACAGTCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCTCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----A--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-A-A-AA-AGTAATA
gi|53019 : ATTGACAATCCAGCCCCA--CG---CAAATCTGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCA-------A------TTTAG--CATGTTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAATTA-A-A-AA-AGTAATATACTAAATAGTTAT-gtttttat
gi|53020 : ATGGACAATCCGGCCGCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCCGGCCCCTAGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTGAG--CATAGTCACTCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A----TT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----TA---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-A-A-AAGG-TAATATACTGAATAGTTAT-TAT
gi|53021 : ATGGAATATCCGGCCCTA--TT---CAAATTCT-CCCCGCT-A-CTTATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCCGACCCC-------A------TTTAG--CATGGTAAATCCAA-CCCA-C--AT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-TAAAATATTGAA-AGTTAT-TA
gi|53022 : ATGGG-AATCCGGCCCCA--CT---CTAAAACGGCCATG---G-GGAATCCGACCCCCAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAG-AATTCGGCCCC-------A------TTT
gi|53023 : ATGGACAATACGGCCTCA--CA---CAAATCCGGCCCTGCT-A-CCAATCCGACCCCTAGAC---AA--A-AT--G-TCCT-TG-GTT-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--TATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---TAT-AG----CA---T-T-----CAT--TTTT-TTGG--TAT------T-TCTAGTTA-ATA-GG-G-TAATATACTGAAAAGTTAT-TAT
gi|53024 : ATGGAATATCCGGCCCTA--TG---TAAATCCTGCCCCG-TTA-TTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTTGGCCCCA-A--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---CAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATTGAAAAGTTAT-TA
gi|53025 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCGGTCCCG-TTA-CTAATCCTGCCCCTCGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGGCTCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AGA----AAT---AAT-AG----CA-----T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATTGGAAAGTTAT-TAgatattt
gi|53026 : ATGGAATAGCCGGCACCA--TG---TAAATCCTGCCCCC-TTA-TTAATCCAGCCCATGAAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGGAAATCCGGTCCCA-C--AT------T-------T-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTAG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATTGGAAAGTTAgataagttattat
gi|53027 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCTGCCCCGTT-A-TTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TTCT-TG-GAA-TATCCGGCCCC-------A-------TTAT--CATGGAAAATCTGGCCCCA-A--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---A-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATTGGAAAGTTAT-TA
gi|53028 : ATGGACAATCCGGCCCCA--CG---CAAATCCGGCCCCGCT-A-CCAATCTGGCCCCTGGAC---AA--A-AC--G-TCCT-TG-TTT-AATCCCGCCAC-------A------TTTAA--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ACG----AAgatattt
gi|53029 : ATCCGGTCCCA-T-G-TAAATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAA-TATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCGG-CCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---GAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATTGGAAAGTTA
gi|53030 : atggaatATCCGGCCCCA-T-A-TAAATCCGGCTCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGTTCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATTCGGGCCCA-C--AT------C-------A-A---TTT----T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAA------T-TCTAATGA-A------------ATATTAGAAAGTTA
gi|53031 : atggaatATGGAATATCCGGCCTCA--TG---TAAATCCAGCCCTG-T-AATTAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-AATCCGGCCCC-------A-------------CA----------------------T------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCCAATAA-A-A-
gi|53032 : ATGGAATATCCGGCCCCA--TG---TAAATCCAGCCCCG-TTA-ATAATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-AAA----------------------------------------AATCCGGCCCCA-C--TT------T-------A-A---TTT----T--A-A----AAT---AAT-AA----CA---T-T-----TA---TTAT-TTGG--TAT------T-TCT-----------A-A-TAATATATTGGAAAGTTAtattggaaattta
gi|53033 : TGGACAATCCGGCCCCA--CT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCAC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-C--TT------T-------TTA---TTTCTGTT--TTA----------TAT-AG----CA---A-T------A---TCAG-T-GT--TAT------T-T---ATTA-T-A-TT-A-TTACATACATAACAATTAT-TAT
gi|53034 : AATCCGGCCCCA-C-T-CCAAAACGG-CCATGGA----GA--A-TCCGG-CCAC-TG-GAG-AATCCGGCCGC-------A------TTTAG--CATAGTCAATCCGACCCCA-C--TT------TTTAATTCT-A---TTT----T--ATATAGCAA----TAT-AAGTGTTA---T-T-----TA---TTATATTGA--TAatt
gi|53035 : tggatTGGACAATCCGGCCCCA--CT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGAC---------------------------AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCAGGCCCCA-C--TT------TTTATTTCT-A---TTT----T--A------------TAT-AG----CA---A-TATCAGTG---TTAA-TTGT--TAT------------ATT---------A-TTACATACATAACAATTAT-TAT
gi|53036 : TGGACAATCCGGCCCCA--CT---CAAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCTGGA----GA--ATCC--G-GCCTCTG-GAC-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGG-CCCA-C--TT------TTTATTTCT-A---TTT----T--ATATAGCAA----TATCAG----TG---T-T-----AA---TTAT-T--A--TAT------T-TTT-----------------ACATACATAACAATTAT-TAT
gi|53037 : TGGAAAATCCGGCCCCA--TT---CCAAAACGCCCATG-G-A--GAACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCA-G-CCCC-TG-GAT-AATCAGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCGTCCAGCCCCA-C--------------------A---TTT----------------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53038 : TGGAAAATCCGGTTTCA--TT---CCAAAACGACTATG-G-A--GAATCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CA-TTG-----T-------T-A---TTT----TTTATA----GGA---TAT-AGGT--TA---T-T-----TA---TCAT-Tatcat
gi|53039 : TGGATAATATGGCCCCA--CT---CCAAAACGACCATG-G-A-C-AATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AGTCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCTGTCCCTA-C--TT------T-------T-T---ATT----T--ATA----TTTTA-TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TAT------T-GTTTATAATA-T-TA-A-T-ACATACCTAACAATTAT-TAT
gi|53040 : TGGAAAATCCGGCCCCA--TT---CCAAAACGCCCTTG-G-A--GAACCCGGCCCCAAGAT---TA--T-CCG-G-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGCCCCA-C--------------------A---TTT----T-----------T---TAT-AG----CA---TAT-----TAGGGTTAT-TT
gi|53041 : TGGATAATCCGGCCCCA--CT---CAAAGATGGCCATA-G-A--GAATCCGGACACAAGAT---TA--T-GT--GGCCCC-TG-GAG-GATTTGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTC----------CA-C--CT------T-------T-T---TTT----C--TTG----TTT---TAT-AG----CA------------A----TAT-TAGGGTTAT------T-T---ATC--A-A-AA-A-TAAatcat
gi|53042 : AATCCGGTCCAA--TT---CCAAAACGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCCCAAAAT---TA--T-CC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-C--TT------T-------T-C---TTT----T--ga
gi|53043 : tgtaaTGGATAATCCGGCCCCT--CT---CAAAAACAGCCATG-G-A--AAATCAGGTCCCTGGAC----A--A-TCCGG-CCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CT-TT------T-------T-A---TTT----C--GTA----AA
gi|53044 : TGGATAATCCGGCACCA--CTT--CAAA-AGGGCCATG-G-A--GAATCCGGCCC----AA---GATTA-TC--GGCCCC-TG-GAG-AATCCGGCCCT-------A------TTTAG--CAT-GTCCATCCGGTCACA-CT-TT------T-------T-A---TTT----T---TA----CTT---TAT-TG----CA-----A-----TA---CCA---TGG--TAT------T-TATCATAA-A-
gi|53045 : AAACCGGCCACA--AGT--CAAA-CCGGCCACA-A-G-TCAATCCGGCCC----AA---AA--A-AA--G-TC----------AATCCGGCCAC-------ACTTTTTTTTAT--TTTGGTCAAACCGGCCACA-T--TTTTCCCCT-------T-A---TTT----C--TTT----TAT---TAT--------A---T-T-----TA---CTAT----A--TATTCCACGT-TCAAATTA-A-AGAA-A-TA
gi|53046 : AATCTGGTGCCA--TGACATAAATTCGGCCCTT-TTA-CTAGCCCGGACCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCTT-TG-GAA-TATC-GACCCC-------A------TTTAG--CATGGAAAATCCAGCCCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--AAA----AAT---AAT-AC----CA---T-T-----TA---TTAT-TTTG--TAT------T-TCTAATGA-A------------ATATTGGAAAGTTA
gi|53047 : ATCCGGCCCCA--CT---CAAATCCGGCACCA-TTA-CCAATCCGGTCCCTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTTAATCC-GCCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----A--ATC----AGT---TAT-AT----AATT-T-T-----TT---TTTT-TTGG--TAT------T-TCTTATGA-A-A-AA-A-TAAAATACTGAATGGTTAT-
gi|53048 : ATCCAGCCACA--TG---TAAATCTGGCCTCA-TTA-CTTATCCGGCCCCTGGAT---GA--A-AT--A-TCTT-TGTGAT-AA-CCAGC
gi|53049 : AATCTGGCCCCAATCC---CAAA--CGGCCATG-G-A--AAATCCGGCCCCTGGA--------------------------G-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCAGACCCA-C--GT------T-------T-T---TTT----C--TT-------T---TAT-AG----AA---T--------A---TTA----GGGTTAT------T-TATCAT-A-A-A-AA-A-T-ACATACATAATAATTATGTAT
gi|53050 : gcaaAATCCGGCCAAC-T-C-CAAA-ACGGCCA-TGGA----GA--A-CCCGG-CCCC-TA-AAG-AATCCGGCCCC-------G------ATTAG--CATGGTCCATCTGGTCCCA-C--TT------T-------T-G---TTT----T----------AT---TGT-AA----TA---T-TAG---GA---TTAT-TT
gi|53051 : CAGCCCTA-T-G-TAAATCCGTCCCCTGGAT---GA--A-AC--G-TCCT-TG-GAA-TATCCGGCCCCTGGATCCA------TTTAA--CATGGAAAATCCGGCCCCA-C--AT------T-------A-A---TTT----T--GAA----AAT---AAT-AT----CA---T-T-----TA---TCAT-TTGG--TCA------T-TCTAATGA-A------------ATATTGGAAAGTTAatcat
gi|53052 : AATCCGGCCCC---ACTCTAA--A-AC--G-GCCA-TG-GGG-AATCCGACCCCCAGATT-A------TCCAGCCCCTGGAGAATTCGGCCCCATT--TT------T-------T-A---TTTC---T--AT-----TTT---TAT-AG----CAACGT-TAG---TG---TTAT-TTAT--TAT------
gi|53053 : AATCCGGCCCC---ACTCCAA--A-AC--C-GCCA-TG-GAG-AA-CCTGCCCC-------A------TTTGG--CATGGTCAATCCGGCCCCA-CA-TT------T-------T-A---TTTC---T--AT-------TTTATAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------TATCTATTAT-A-T-TA-A-T-ACATACATAACAATTAT-
gi|53054 : ATCCGGCCCTTGGAT---AA--A-AC--G-TCCT-TG-GTT-TATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGCTTATCCGACCCCA-C--TT------T-------T-A---TTT----T--ATA----AAT---GAT-AT----CA---T------------TTAT-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-TAAAACACTGAATAGTTAT-TATttat
gi|53055 : ATCCGACCCCTGGAT---GA--A-AC--A-TCCT-TG-GAATAATCGGGCCC--------A------TTTAG--CATGGTAAATCCGGTCCCA-C--AT------T-------T-A---TTC----T--ATA----AAT---TAA-AT----CA---T-T-----TA---TTAG-TTGG--TAT------T-TCTAATGA-A-A-AA-A-CAAAATATCAAAAAATTAT-TAT
gi|53056 : CCTGGAC---AA--T-CC--GGCCCC-TG-AAG-AATCCGGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCTGTCCGGTCCCA-CATTT------T-------T-AATTTTT----T--ATAGC--AA----TAT-AAGGGTTA---T-T-----TA---TCAT-
gi|53058 : -GAT-CATCCAGCCCC-------A------TTTAG--CATGGTCCATCCGGCCCCA-CA-TT------T-------T-A---TTT----T---TA----TTTG--TAT-AG----CA-----A-----TA---TTA-----G--TGT------T-TTTTATCATA-A-TA-A-T-ACATTCATAACAGTTAT-TAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|53057 ): GTCTCTAGATAATCCAGCTCCATTTTACATGGTTAATCTAGACCTACTTTTTTAT