lowQualScore : 1111 1 1111 1111111111111 111111 111111111111 11111
lowQualScore : 4 3 7777 7777 1 2 3 1 2 1 7 555 2222 7 5 5555 0 8888888888888 3 000000 1 000000000000 111 1 2 44 3 444 66666 44 99 3
lowQualScore : . . .... .... . . . . . . . ... .... . . .... . ............. . ...... . ............ ... . . .. . ... ..... .. .. .
lowQualScore : 4 3 1111 9999 0 2 6 0 4 0 3 222 6666 0 0 8888 8 2222222222222 0 333333 0 888888888888 888 0 0 44 0 111 44444 11 22 0
consensus : GGAAGC-AGATT-CACACAAGC-TTCTA-A--AGC-TTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
Reference ( gi|87823 ) : GGAAGC-AGATT-TACACAAGT-TTCTA-A--AGC-TTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----CTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87826 : GGAAGC-AGATT-AACACACGC-TTCTA-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87821 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--AGC-TTTTTT-C-TGTTTCC-ATTCCGCATA---ATT-C--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----ATA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87819 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--A-C-TTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ACT-T--GA-TAAA--CGTATG---AC-A---C--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87817 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--TG--TTTTTTTC-TGTATCA-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---G--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TA-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87829 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCG-TTTCCACATA---ATT-C--AT-TAAA--CATACG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTTAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TAA--T--GTGAATAAAACATTGTTTAAACTAAa
gi|87825 : GGAAGC-AGATT-TACATGAGC-TTCTA-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TAA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAATTAAa
gi|87809 : GGAAGA-AAATT-TACACAAGT-TTCTA-A--AGC-TTGTTT-C-TGTATCT-TTTACACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---T--TAT-G-AT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTa
gi|87827 : tGAAAGC-AGATT-TACACTAGC-TTCTA-A--AGC-TTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T-----------AT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87824 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---A---------------CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAAT--AATATTGTTTAAACTAAa
gi|87816 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--AGC-TTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCATATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T-----------AT-TGTTAAATGT---A--TG-T--TA---A-A-TA-T-G---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87811 : GGGAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTA-A--AGG-TTTTTT-C-TGTATCA-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--T-TATG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87822 : tGGAAGC-AGATT-TACAAAAGC-TTCTA-A--AAC--GTGTTCC-TGTATCCTTTTCCACATA---ATT-T--GT-TTAA--CGTATG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TATAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAtaa
gi|87833 : GGAAGC-AGATT-TACACAAGC-TTCTT-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTTTG---AC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--G--GTGAATAAAAT
gi|87828 : GGAAGG-AGATT-CACATAAGC-TTCAA-A--AGC-TTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAGA--TGAATG---AC-T---T--TATTG-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TT-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87832 : GGAAGC-AGATT-CACACAAGC-TTC-A-A--CAT-CTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GA-CAGA--TATATG---AC-T---T--TAT-TTCT-T-CAT-TGTTTAATGT---A--TG-C--TC---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87818 : GGAAGC-AGATT-CACACAAGC-TTCAA-A--AGC-TTTTTT-C-TGTATCC-ATTCCACATA---ATG-T--AT-TAGA--TGTATG---AC-T---G--TATTA-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TT-C--TA---A-A-TT-T-A---TGTAC----TTA--T--ATGAATAAAATA-TATTTAAACTAA
gi|87820 : GGAAGC-AGATT-CACACAAGC-TTCAA-A--AGC-TTTTTT-C-AGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAAA--TGTAT----------------T-G-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TG-C--TA---A-A-TA-T-A---CG--------TA--T--GTGAATAAAATATTGTTTGAACTAAa
gi|87831 : GGAAGC-AAATT-CACACAAGC-TTCAA-A--AG--TTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCAAATA---ATG-T--GT-TAGA------TG---AC-T---T--TTT-G-CT-T-ACT-TGTTAAATGT---A--TT-C--TA---A-A-TG-C-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATAAAATACTGTTTAAAGTAAa
gi|87807 : GGAAGCTAGATT-TATACAAG----CTA-ATTAGC-TTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TAT-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TG-TAATA---A-ACTA-T-A---TATAG----TTC--T---TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87806 : tGGAAGCTAGATT-TATACAAG----CTA-ATTAGC-TTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TAT-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TG-TAATA---A-ACTA-T-A---TATAG----TTC--T---TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87801 : tGGAGAC-AGATT-CACAAAAG----CTGTA--AGC-TTTCTT-C-TGAATCC-TTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTT-AA-T---TAATAT-GACT-T-T----GTGAAATTT------------TC---A-A-TG-T-AAT-TGTATA---CTA--TTTGTGAATAAAATAT-GTTTAAACTGAa
gi|87805 : tgGGGAGCTAGATT-CATACAAG----CTA-ATTAGC-TTTTT--C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTTTG---TCAT---T--TAT-G-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TG----TA---ATA-TACT-A---TGTACAGTTCT-------TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87800 : tGGAGAC-AGATT-CACAAAAG----CTGTA--AGC-TTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TAT-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A---------------A-T--T-G---TATAC-----TA--TTTGTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87799 : tgGGAGAC-AGATT-CACAAAAG----CTGTA--AGC-TTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TAT-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A---------------A-T--T-G---TATAC-----TA--TTTGTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87803 : tgGGAGAC-AGATT-TACAAAAG----CTGTA--AGC-TTTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----G--TATA--CACATG------T---TAATAT-G-TG-A-TAT-TTTCAAA-GT-----------------A-A-T--T-G---TATA-----CTATTT--GTGAACAAAATA-TGTTGAAACTAAa
gi|87815 : tgGGAGAC-AGATT-CACAAAAG----CTGTA--AGC-TTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TAATC--TGT-G-AT----AT-TTTTAA-TGT---A---------------A-T--T-G---TATAC-----TA--TTTGTGAATAATATAT-GTTTAAACTAAa
gi|87812 : GGGAGCTAGATT-CATACAAG----CTA-ATTAGC-TTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGA-----------AT-T---G--TTT-G----T-TAT-TATGAAATGC---AAATG-T--TATGTA-A-TA-T-ACTATGTAAAG--CTC--T---TGAATTAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87808 : tGGAAAC-AGATT-C-TATAAAT-GTC-A-C--AGA-CTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A--T---T--AAT-G----T-TAT-T------TGT---A--T-----TA---A-A--A-TGA---TGTAC----ATT--T--TTTAATAAAATACTGTTTAAACTA
gi|87814 : tgGGAAAC-AGATTCTAAAAAAGT-C---A-T--AGA-CTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA--------TG---A------T--TGT-G-AT-T-AAT--GTTATATGC---A--T-----TA---A-A--A-TGA---TGTACA---TTT--T--TTTAATAAAATACTGCTTAAACTAA
gi|87804 : gGGAGAC-AGATT---CACAAATACTGTA-T--A----CTTTTTCATGAATCC-TTTC---ATA---CTT----GTATATA--CATGTGTTAAC-T---A--TAT-A--T-T-TAC-TG----ATAT------TT-C--AA---A-A-TA-T---------------T---T--GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87802 : tgGGAGAC-AGATT-CAAAAAAG----CTGTA--AGC-T-TTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATTGT--AT-T-----CACATG---AC-TGTGT--TAA-G----T-AATATGTGATATTTTCAA--TG-----G---A-A-T--T-G---TTTA-----CTATTT--GTGAATAAAA-AATGTTTAAACTAA
gi|87810 : tgGGAAAC-AGATTCTAAAAAAGT-C---A-C--AGA-CTTACTTC-TACATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA--------------------T--TGT-G-AT-T-AAT--GTTATATGT---A--T-----TA---A-A--A-TGA---TGTAC----ATT--T--TTTAGTAGAATACTGTTTAAACTA
gi|87836 : tgGAAAC-AGATTCTAAAAAAGT-CATTG-A------CTTACTTC-TGTATCC-CTTTCA-ATA-------C--GT----A--CTTTTG----------T--TATTG-CGAT-TAA-TGTTATATGT---A--T-----TA---A-A--A-T-AA--TGTAC----ATT--T--TTGAATAAAATACTGTTTAAACTAA
gi|87834 : GAGAC-AGATT-CACAAAAG----CTGTA--AGC-TTTCTT-C-TGAACCC-TTTC---ATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TAT-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A---------------A-T--T-G---TATAC-----TA--TTTGTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87840 : C-AGATT-TACACGAGC-TTCTA-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TAT-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--CG-C--TA---A-A-TA-T-A---TGTAC----TTA--T--GTGAATACAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87839 : C-AGATA-CATATAAGC-TATTA-T--AGC-TTTTTTC---GAATCC-TTTTCACCTG-------------TAAA--------------T---T--AAT-G--T-G-TAT--ATAGAATGT---A-----C--TA-------T--T-A---TGTAT----AT---T--GTGAATAAAATAGTGTTTAAACTAAa
gi|87843 : CACAAGC-TGTTA-----GC-TTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TAT-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A---------------A-T--T-G---TATAC-----TA--TTTGTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87844 : AAGC-TTTTA-A--AGC-TTTT-TTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TAC-G-TT-T-GAT-TGTTTAATGT---A--TG-C--------------T-A---TGTAC----TTA--T--GTAAATAAAATATTATTTAAACTAA
gi|87838 : aAAGC-TATTA-A--AGC-TTTCTTT--TGGATCA-TTTTCA--------------GT-TG----TGTATA---AT-T----------G-GT-A-TAT-TG---AATGT---A--GGAC--CA---C------C-A---TGT-------TAATT--GTGAATAAAATATTGTTTAAACTa
gi|87830 : acagaaacataa-A--AGCGCTTCCTCC-TGGATCC-TTTCAACAT-----------GT-CTAG--TGTTTG---AA---------AT-G-TT-TATAT-TG--AAATGT---T--TG----TA---C-A-AA-C-A---TGTAT-----TA--TT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAtaaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|87841 ): GATTCACAAAAGCTATAAGTTTTGTTCTGAATTGGTCTCTTAATTGTATTATGTAACCCATGTGTTAATTAATATGTGATCTTTATTAACACATGTGATTGTATACAATTCGTGAATAAGATATTTTT
Unaligned ( gi|87835 ): GAGACAGACTTACAAAACATGTAAGCTTTCTCCTGAATACCTCAAAAAATATTAACTAACATATGTGCTATTTTCAATGTAAATGTATACCATTGGTCTGTTTGTGAATAACATATACTTAAACAAA
Unaligned ( gi|87842 ): TTATAAAATTTGTTAGCTTTCTTCCAAATCCATTTCATAATTGTATACGCATACCACGTGTTAATTATATTTTCTAATGTAAGTGTATATCATTTATGAATAAA
Unaligned ( gi|87837 ): GACAGATTAAAAAAAAACTATAAGCTTTCTCCTTGAATCCTTTTCATTATTGTATACGCAATGCGCTTATTAAT
Unaligned ( gi|87845 ): TGTGTTAACTAATACATGATATTTTCAATGTAATTGTATATTATTGGTGAATAATATGTGTTTATTCTAA
Unaligned ( gi|87813 ): GGGAGTCTGGTTTACAAAAGTGGTAAGCCCTTCTGGATACCTTTCATATAATATAACATGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 1111111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 3 0 4444 55 0 7 1 1 1 3 555 2222 6 4 5555 0 7777777777777 2 2 000000 1 11111111111 111 1 2 33 3 111 111 22 7 4 2 3
lowQualScore : . . . .... .. . . . . . . ... .... . . .... . ............. . . ...... . ........... ... . . .. . ... ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 1 3333 44 6 4 0 0 0 8 111 0000 8 7 1111 3 4444444444444 0 0 222222 0 00000000000 777 0 0 55 9 777 777 33 8 0 0 3
consensus : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
Reference ( family-484 ) : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87799 : GGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87800 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87801 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-TTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTT-AA-T---TAATA-T-GACT-----T-TGTGAAATTTTCAA--TG---TA---A-T-TG-T-A-----TA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTGA
gi|87802 : tgGGAGAC-AGATTC-AAAAAAGCT-GT--A--AGCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATTGT--AT-T-----CACATG---AC-TGTGT--TA-A-G----T-AATATGTGATATTTTCAA--TG----G---A-A-T--T-G---TTTA---C--TATTT-GTGAATAAAAAAT-GTTTAAACTAAa
gi|87803 : tgGGAGAC-AGATTT-ACAAAAGCT-GT--A--AGCTTTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----G--TATA--CACATG------T---TAATA-T-G-TG-A-TAT-TTTCAAA-GT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAACAAAATA-TGTTGAAACTAA
gi|87804 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAATACTGTATA-------CTTTTTCATGAATCC-TTTC---ATA---CTT----GTATATA--CATGTGTTAAC-T---A--TA-T-A--T-T-TAC-TG----ATAT------TTC--AA---A-A-TA-T-----------------T-T-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87805 : tgGGGAGCTAGATTC-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTT--C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTTTG---TCAT---T--TA-T-G-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TG---TA---ATA-TACT-A---TGTA---CAGT-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAA
gi|87806 : tGGAAGCTAGATTT-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TA-T-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TGTAATA---A-ACTA-T-A---TATA---G--T-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87807 : tGGAAGCTAGATTT-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TA-T-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TGTAATA---A-ACTA-T-A---TATA---G--T-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87808 : tGGAAAC-AGATTC--TATAAATG-TC-AC--AGACTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A--T---T--AA-T-G----T-TAT-T------TGT---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---C--A-TTT-TTTAATAAAATACTGTTTAAACTAa
gi|87809 : tgGGAAGA-AAATTT-ACACAAGTT-TCTAA--AGCTTGTTT-C-TGTATCT-TTTACACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---T--TA-T-G-AT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87810 : tGGAAAC-AGATTCTAAAAAAG---TC-AC--AGACTTACTTC-TACATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A-------------------T-TAA-TGTTATATGT---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---C--A-TTT-TTTAGTAGAATACTGTTTAAACTA
gi|87811 : tgGGGAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGGTTTTTT-C-TGTATCA-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--T-TATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87812 : tGGGAGCTAGATTC-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGA-----------AT-T---G--TT-T-G----T-TAT-TATGAAATGC---AAATGT--TATGTA-A-TA-T-ACTATGTAAAGC--T-C-T--TGAATTAAATATTGTTTAAACCAAtaa
gi|87814 : tGGAAAC-AGATTCTAAAAAAG---TC-AT--AGACTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA--------TG---A------T--TG-T-G-AT-T-AAT--GTTATATGC---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---CA-T-TTT-TTTAATAAAATACTGCTTAAACTAA
gi|87815 : gGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCT-GT--A--AGCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TAATC--TG-T-G-AT----AT-TTTTAA-TGT---A--------------A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAATATAT-GTTTAAACTAAa
gi|87816 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCATATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T------------AT-TGTTAAATGT---A--TGT--TA---A-A-TA-T-G---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87817 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--TG-TTTTTTTC-TGTATCA-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---G--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TAC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87818 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-ATTCCACATA---ATG-T--AT-TAGA--TGTATG---AC-T---G--TA-TTA-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TT-T-A---TGTA---C--T-TAT-ATGAATAAAATA-TATTTAAACTAAa
gi|87819 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--A-CTTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ACT-T--GA-TAAA--CGTATG---AC-A---C--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87820 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AGC-TTTTTTC-AGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAAA--TGTAT-----------------T-G-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---CG----------TAT-GTGAATAAAATATTGTTTGAACTAA
gi|87821 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTTTCC-ATTCCGCATA---ATT-C--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--A-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87822 : GGAAGC-AGATTT-ACAAAAGCT-TCTAA--AAC-GTGTTCC-TGTATCCTTTTCCACATA---ATT-T--GT-TTAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TATA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87823 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGTT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--C-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87824 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---A----------------CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAAT--AATATTGTTTAAACTAA
gi|87825 : GGAAGC-AGATTT-ACATGAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-AAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAATTAAa
gi|87826 : GGAAGC-AGATTA-ACACACGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87827 : GAAAGC-AGATTT-ACACTAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T------------AT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87828 : GGAAGG-AGATTC-ACATAAGCT-TCAAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAGA--TGAATG---AC-T---T--TA-TTG-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87829 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCG-TTTCCACATA---ATT-C--AT-TAAA--CATACG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTTAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-AAT-GTGAATAAAACATTGTTTAAACTAAa
gi|87830 : GGAGAC-AGAT-C-ATATAAGC----------GCTTCCTC-C-TGGATCC-TTTCAACAT-----------GT-CTAG--TGTTTG---AA---------A-T-G-TT-TATAT-TG--AAATGT---T--TG---TA---C-A-AA-C-A---TGTA------T-TATTGTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87831 : GGAAGC-AAATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AG-TTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCAAATA---ATG-T--GT-TAGA------TG---AC-T---T--TT-T-G-CT-T-ACT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TG-C-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATACTGTTTAAAGTAA
gi|87832 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TC-AA--CATCTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GA-CAGA--TATATG---AC-T---T--TATT-T-CT-T-CAT-TGTTTAATGT---A--TGC--TC---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87833 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTTA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTTTG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAG-GTGAATAAAAT
gi|87834 : GAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAACCC-TTT---CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87836 : GAAAC-AGATTCTAAAAAAGTC-ATTGA-----CTTACTTC-TGTATCC-CTTTCA-ATA-------C--GT----A--CTTTTG----------T--TATT-G-CGAT-TAA-TGTTATATGT---A--T----TA---A-A--A-TAA---TGTA---C--A-TTT-TTGAATAAAATACTGTTTAAACTAAa
gi|87838 : C-AGAAAC-ATAAAAGCT-ATTAA--AGCTTTCTTT--TGGATCA-TTTTCA--------------GT-TG----TGTATA---AT-T-----------G-GT-A-TAT-TG---AATGT---A--GGA--CC---A-C-CA-T-G---T-TA---A--T-T---GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87839 : aC-AGATAC-ATATAAGCT-ATTAT--AGCTTTTTTC---GAATCC-TTTTCACCTG-------------TAAA--------------T---T--AA-T-G--T-G-TAT--ATAGAATGT---A----C--TA-------T--T-A---TGTA--------TATTGTGAATAAAATAGTGTTTAAACTAAtaaa
gi|87840 : C-AGATTT-ACACGAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--CGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATACAATATTGTTTAAACTAA
gi|87843 : CACAAGCT-GTTA----GCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A--------------A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87844 : AAGCT-TTTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-C-G-TT-T-GAT-TGTTTAATGT---A--TGC--------------T-A---TGTA---C--T-TAT-GTAAATAAAATATTATTTAAACTAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|87841 ): GATTCACAAAAGCTATAAGTTTTGTTCTGAATTGGTCTCTTAATTGTATTATGTAACCCATGTGTTAATTAATATGTGATCTTTATTAACACATGTGATTGTATACAATTCGTGAATAAGATATTTTT
Unaligned ( gi|87835 ): GAGACAGACTTACAAAACATGTAAGCTTTCTCCTGAATACCTCAAAAAATATTAACTAACATATGTGCTATTTTCAATGTAAATGTATACCATTGGTCTGTTTGTGAATAACATATACTTAAACAAA
Unaligned ( gi|87842 ): TTATAAAATTTGTTAGCTTTCTTCCAAATCCATTTCATAATTGTATACGCATACCACGTGTTAATTATATTTTCTAATGTAAGTGTATATCATTTATGAATAAA
Unaligned ( gi|87837 ): GACAGATTAAAAAAAAACTATAAGCTTTCTCCTTGAATCCTTTTCATTATTGTATACGCAATGCGCTTATTAAT
Unaligned ( gi|87845 ): TGTGTTAACTAATACATGATATTTTCAATGTAATTGTATATTATTGGTGAATAATATGTGTTTATTCTAA
Unaligned ( gi|87813 ): GGGAGTCTGGTTTACAAAAGTGGTAAGCCCTTCTGGATACCTTTCATATAATATAACATGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 1111111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 3 0 4444 55 0 7 1 1 1 3 555 2222 6 4 5555 0 7777777777777 2 2 000000 1 11111111111 111 1 2 33 3 111 111 22 7 4 2 3
lowQualScore : . . . .... .. . . . . . . ... .... . . .... . ............. . . ...... . ........... ... . . .. . ... ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 1 3333 44 6 4 0 0 0 8 111 0000 8 7 1111 3 4444444444444 0 0 222222 0 00000000000 777 0 0 55 9 777 777 33 8 0 0 3
consensus : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
Reference ( family-484 ) : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87799 : GGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87800 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87801 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-TTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTT-AA-T---TAATA-T-GACT-----T-TGTGAAATTTTCAA--TG---TA---A-T-TG-T-A-----TA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTGA
gi|87802 : tgGGAGAC-AGATTC-AAAAAAGCT-GT--A--AGCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATTGT--AT-T-----CACATG---AC-TGTGT--TA-A-G----T-AATATGTGATATTTTCAA--TG----G---A-A-T--T-G---TTTA---C--TATTT-GTGAATAAAAAAT-GTTTAAACTAAa
gi|87803 : tgGGAGAC-AGATTT-ACAAAAGCT-GT--A--AGCTTTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----G--TATA--CACATG------T---TAATA-T-G-TG-A-TAT-TTTCAAA-GT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAACAAAATA-TGTTGAAACTAA
gi|87804 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAATACTGTATA-------CTTTTTCATGAATCC-TTTC---ATA---CTT----GTATATA--CATGTGTTAAC-T---A--TA-T-A--T-T-TAC-TG----ATAT------TTC--AA---A-A-TA-T-----------------T-T-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87805 : tgGGGAGCTAGATTC-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTT--C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTTTG---TCAT---T--TA-T-G-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TG---TA---ATA-TACT-A---TGTA---CAGT-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAA
gi|87806 : tGGAAGCTAGATTT-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TA-T-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TGTAATA---A-ACTA-T-A---TATA---G--T-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87807 : tGGAAGCTAGATTT-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TA-T-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TGTAATA---A-ACTA-T-A---TATA---G--T-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87808 : tGGAAAC-AGATTC--TATAAATG-TC-AC--AGACTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A--T---T--AA-T-G----T-TAT-T------TGT---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---C--A-TTT-TTTAATAAAATACTGTTTAAACTAa
gi|87809 : tgGGAAGA-AAATTT-ACACAAGTT-TCTAA--AGCTTGTTT-C-TGTATCT-TTTACACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---T--TA-T-G-AT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87810 : tGGAAAC-AGATTCTAAAAAAG---TC-AC--AGACTTACTTC-TACATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A-------------------T-TAA-TGTTATATGT---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---C--A-TTT-TTTAGTAGAATACTGTTTAAACTA
gi|87811 : tgGGGAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGGTTTTTT-C-TGTATCA-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--T-TATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87812 : tGGGAGCTAGATTC-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGA-----------AT-T---G--TT-T-G----T-TAT-TATGAAATGC---AAATGT--TATGTA-A-TA-T-ACTATGTAAAGC--T-C-T--TGAATTAAATATTGTTTAAACCAAtaa
gi|87814 : tGGAAAC-AGATTCTAAAAAAG---TC-AT--AGACTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA--------TG---A------T--TG-T-G-AT-T-AAT--GTTATATGC---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---CA-T-TTT-TTTAATAAAATACTGCTTAAACTAA
gi|87815 : gGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCT-GT--A--AGCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TAATC--TG-T-G-AT----AT-TTTTAA-TGT---A--------------A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAATATAT-GTTTAAACTAAa
gi|87816 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCATATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T------------AT-TGTTAAATGT---A--TGT--TA---A-A-TA-T-G---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87817 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--TG-TTTTTTTC-TGTATCA-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---G--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TAC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87818 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-ATTCCACATA---ATG-T--AT-TAGA--TGTATG---AC-T---G--TA-TTA-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TT-T-A---TGTA---C--T-TAT-ATGAATAAAATA-TATTTAAACTAAa
gi|87819 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--A-CTTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ACT-T--GA-TAAA--CGTATG---AC-A---C--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87820 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AGC-TTTTTTC-AGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAAA--TGTAT-----------------T-G-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---CG----------TAT-GTGAATAAAATATTGTTTGAACTAA
gi|87821 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTTTCC-ATTCCGCATA---ATT-C--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--A-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87822 : GGAAGC-AGATTT-ACAAAAGCT-TCTAA--AAC-GTGTTCC-TGTATCCTTTTCCACATA---ATT-T--GT-TTAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TATA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87823 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGTT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--C-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87824 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---A----------------CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAAT--AATATTGTTTAAACTAA
gi|87825 : GGAAGC-AGATTT-ACATGAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-AAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAATTAAa
gi|87826 : GGAAGC-AGATTA-ACACACGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87827 : GAAAGC-AGATTT-ACACTAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T------------AT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87828 : GGAAGG-AGATTC-ACATAAGCT-TCAAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAGA--TGAATG---AC-T---T--TA-TTG-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87829 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCG-TTTCCACATA---ATT-C--AT-TAAA--CATACG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTTAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-AAT-GTGAATAAAACATTGTTTAAACTAAa
gi|87830 : GGAGAC-AGAT-C-ATATAAGC----------GCTTCCTC-C-TGGATCC-TTTCAACAT-----------GT-CTAG--TGTTTG---AA---------A-T-G-TT-TATAT-TG--AAATGT---T--TG---TA---C-A-AA-C-A---TGTA------T-TATTGTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87831 : GGAAGC-AAATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AG-TTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCAAATA---ATG-T--GT-TAGA------TG---AC-T---T--TT-T-G-CT-T-ACT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TG-C-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATACTGTTTAAAGTAA
gi|87832 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TC-AA--CATCTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GA-CAGA--TATATG---AC-T---T--TATT-T-CT-T-CAT-TGTTTAATGT---A--TGC--TC---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87833 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTTA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTTTG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAG-GTGAATAAAAT
gi|87834 : GAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAACCC-TTT---CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87836 : GAAAC-AGATTCTAAAAAAGTC-ATTGA-----CTTACTTC-TGTATCC-CTTTCA-ATA-------C--GT----A--CTTTTG----------T--TATT-G-CGAT-TAA-TGTTATATGT---A--T----TA---A-A--A-TAA---TGTA---C--A-TTT-TTGAATAAAATACTGTTTAAACTAAa
gi|87838 : C-AGAAAC-ATAAAAGCT-ATTAA--AGCTTTCTTT--TGGATCA-TTTTCA--------------GT-TG----TGTATA---AT-T-----------G-GT-A-TAT-TG---AATGT---A--GGA--CC---A-C-CA-T-G---T-TA---A--T-T---GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87839 : aC-AGATAC-ATATAAGCT-ATTAT--AGCTTTTTTC---GAATCC-TTTTCACCTG-------------TAAA--------------T---T--AA-T-G--T-G-TAT--ATAGAATGT---A----C--TA-------T--T-A---TGTA--------TATTGTGAATAAAATAGTGTTTAAACTAAtaaa
gi|87840 : C-AGATTT-ACACGAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--CGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATACAATATTGTTTAAACTAA
gi|87843 : CACAAGCT-GTTA----GCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A--------------A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87844 : AAGCT-TTTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-C-G-TT-T-GAT-TGTTTAATGT---A--TGC--------------T-A---TGTA---C--T-TAT-GTAAATAAAATATTATTTAAACTAA
blockSeqs : T T GTAT TT T A C TGT CTT A C ATTG TTAACTAATC T T TTTA TATGTAA TGT C AC G CTA AAG AG A T T T
blockSeqs : T T TCT TT T A C TGT CTT A C ATTG TTAACTAA T T CGAT TATGTAA . C G G . . A A T T T
blockSeqs : T T TCT TT T A C TGT CTT A T ATTG TTAATTAA . . TGA TCAATG . . A G . . . A T . T
blockSeqs : T . TCT TT T A C . GT A T CA TTAACTAA . . ACT TCAATG . . A A . . . A T . T
blockSeqs : . . TCT . T A C . C A G CA TTAACTAA . . TGA AAATGT . . A . . . . A C . C
blockSeqs : . . TCA . T A T . C A G CA ACTGTGT . . ATT TATG . . A . . . . A C . T
blockSeqs : . . TCT . T A C . C . G CA TTAACTA . . CTT ATGC . . A . . . . A C . C
blockSeqs : . . TCA . T A C . C . A CA TCATT . . ATT ATGC . . A . . . . . T . T
blockSeqs : . . TCT . T C C . T . A CA TCATT . . CTT ATGT . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCT . T T C . C . G CA TCATT . . CTT ATAC . . A . . . . . T . C
blockSeqs : . . TCT . C C C . C . C CG TTAA . . CTT ATTC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCT . T T C . C . A CA ACTT . . CTT ATGC . . A . . . . . T . T
blockSeqs : . . TCT . T A C . T . A TG ACTT . . CTT ATGC . . A . . . . . T . T
blockSeqs : . . TCT . T C C . T . G CG ATTG . . CTT ATGC . . T . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCT . T A C . T . A TG ACTT . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCA . T T C . C . A TG ACTG . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCT . T T C . T . A CG ACTG . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCA . C T C . C . A CG ACAC . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCT . . T C . C . A CG ACTT . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . ATT . . T C . T . A CG ACTT . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . ATT . . T A . T . A TG ACTT . . CTT ATTC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . ATT . . T C . C . A CG CCTT . . CTT ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TCT . . T C . T . A TG ACTT . . CTT ATTC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . GTT . . T C . C . G CA ACTT . . TGA ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TTT . . T C . T . A TG ACTT . . GTA ATGC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . GT . . T C . T . A TA ACTT . . CTT AGGA . . A . . . . . A . C
blockSeqs : . . GT . . T C . T . G TG ACTT . . TGA ACGC . . G . . . . . A . T
blockSeqs : . . GT . . T . . C . G CA ACTT . . TTT ATGC . . A . . . . . A . C
blockSeqs : . . GT . . T . . T . A CT ACTT . . TT TTC . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TC . . G . . T . C TG CCTT . . AT TTG . . A . . . . . A . G
blockSeqs : . . TC . . T . . . . A CG ACTT . . TG AT . . A . . . . . A . T
blockSeqs : . . TC . . T . . . . A CA ATT . . T AT . . A . . . . . T . T
blockSeqs : . . GT . . T . . . . C CG ATT . . A AT . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . TC . . A . . . . A T AT . . A AT . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . GT . . T . . . . . T AA . . A AC . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . T TT . . T A . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . A . . T A . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TCT* C*** ACTT********* ATGC******* A*
originalCons : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
finalCons : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCTTCT-AA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATTC---GT-TAAA--CGTATGACTT---------TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGTATGC-------TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|87841 ): GATTCACAAAAGCTATAAGTTTTGTTCTGAATTGGTCTCTTAATTGTATTATGTAACCCATGTGTTAATTAATATGTGATCTTTATTAACACATGTGATTGTATACAATTCGTGAATAAGATATTTTT
Unaligned ( gi|87835 ): GAGACAGACTTACAAAACATGTAAGCTTTCTCCTGAATACCTCAAAAAATATTAACTAACATATGTGCTATTTTCAATGTAAATGTATACCATTGGTCTGTTTGTGAATAACATATACTTAAACAAA
Unaligned ( gi|87842 ): TTATAAAATTTGTTAGCTTTCTTCCAAATCCATTTCATAATTGTATACGCATACCACGTGTTAATTATATTTTCTAATGTAAGTGTATATCATTTATGAATAAA
Unaligned ( gi|87837 ): GACAGATTAAAAAAAAACTATAAGCTTTCTCCTTGAATCCTTTTCATTATTGTATACGCAATGCGCTTATTAAT
Unaligned ( gi|87845 ): TGTGTTAACTAATACATGATATTTTCAATGTAATTGTATATTATTGGTGAATAATATGTGTTTATTCTAA
Unaligned ( gi|87813 ): GGGAGTCTGGTTTACAAAAGTGGTAAGCCCTTCTGGATACCTTTCATATAATATAACATGT
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 1111111111111 111111 11111111111
lowQualScore : 4 3 0 4444 55 0 7 1 1 1 3 555 2222 6 4 5555 0 7777777777777 2 2 000000 1 11111111111 111 1 2 33 3 111 111 22 7 4 2 3
lowQualScore : . . . .... .. . . . . . . ... .... . . .... . ............. . . ...... . ........... ... . . .. . ... ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 1 3333 44 6 4 0 0 0 8 111 0000 8 7 1111 3 4444444444444 0 0 222222 0 00000000000 777 0 0 55 9 777 777 33 8 0 0 3
consensus : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
Reference ( family-484 ) : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGNATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87799 : GGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87800 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87801 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAATCC-TTTT--CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTT-AA-T---TAATA-T-GACT-----T-TGTGAAATTTTCAA--TG---TA---A-T-TG-T-A-----TA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTGA
gi|87802 : tgGGAGAC-AGATTC-AAAAAAGCT-GT--A--AGCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATTGT--AT-T-----CACATG---AC-TGTGT--TA-A-G----T-AATATGTGATATTTTCAA--TG----G---A-A-T--T-G---TTTA---C--TATTT-GTGAATAAAAAAT-GTTTAAACTAAa
gi|87803 : tgGGAGAC-AGATTT-ACAAAAGCT-GT--A--AGCTTTTCTTC-TGAATCC-CTTT--CATA---ATT----G--TATA--CACATG------T---TAATA-T-G-TG-A-TAT-TTTCAAA-GT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAACAAAATA-TGTTGAAACTAA
gi|87804 : tgGGAGAC-AGATTC-ACAAATACTGTATA-------CTTTTTCATGAATCC-TTTC---ATA---CTT----GTATATA--CATGTGTTAAC-T---A--TA-T-A--T-T-TAC-TG----ATAT------TTC--AA---A-A-TA-T-----------------T-T-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87805 : tgGGGAGCTAGATTC-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTT--C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTTTG---TCAT---T--TA-T-G-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TG---TA---ATA-TACT-A---TGTA---CAGT-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAA
gi|87806 : tGGAAGCTAGATTT-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TA-T-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TGTAATA---A-ACTA-T-A---TATA---G--T-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87807 : tGGAAGCTAGATTT-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGAATTGTCTG---TCAT---T--TA-T-A-A-----AT-TGC-AAATGTT--A--TGTAATA---A-ACTA-T-A---TATA---G--T-TCT--TGAATAAAATATTGTTTAAACCAAa
gi|87808 : tGGAAAC-AGATTC--TATAAATG-TC-AC--AGACTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A--T---T--AA-T-G----T-TAT-T------TGT---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---C--A-TTT-TTTAATAAAATACTGTTTAAACTAa
gi|87809 : tgGGAAGA-AAATTT-ACACAAGTT-TCTAA--AGCTTGTTT-C-TGTATCT-TTTACACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---T--TA-T-G-AT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87810 : tGGAAAC-AGATTCTAAAAAAG---TC-AC--AGACTTACTTC-TACATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA-----TTGTG---A-------------------T-TAA-TGTTATATGT---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---C--A-TTT-TTTAGTAGAATACTGTTTAAACTA
gi|87811 : tgGGGAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGGTTTTTT-C-TGTATCA-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--T-TATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87812 : tGGGAGCTAGATTC-ATACAAGCT----AATTAGCTTTTTT-C-TAAATCC-C--------A---ATT-C---T-TAGA-----------AT-T---G--TT-T-G----T-TAT-TATGAAATGC---AAATGT--TATGTA-A-TA-T-ACTATGTAAAGC--T-C-T--TGAATTAAATATTGTTTAAACCAAtaa
gi|87814 : tGGAAAC-AGATTCTAAAAAAG---TC-AT--AGACTTACTTC-TGCATCC-CTTTCA-ATATGTACT-CTTGT-TA--------TG---A------T--TG-T-G-AT-T-AAT--GTTATATGC---A--T----TA---A-A--A-TGA---TGTA---CA-T-TTT-TTTAATAAAATACTGCTTAAACTAA
gi|87815 : gGGAGAC-AGATTC-ACAAAAGCT-GT--A--AGCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TAATC--TG-T-G-AT----AT-TTTTAA-TGT---A--------------A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAATATAT-GTTTAAACTAAa
gi|87816 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCATATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T------------AT-TGTTAAATGT---A--TGT--TA---A-A-TA-T-G---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87817 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--TG-TTTTTTTC-TGTATCA-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CATATG---AC-T---G--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TAC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87818 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-ATTCCACATA---ATG-T--AT-TAGA--TGTATG---AC-T---G--TA-TTA-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TT-T-A---TGTA---C--T-TAT-ATGAATAAAATA-TATTTAAACTAAa
gi|87819 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--A-CTTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ACT-T--GA-TAAA--CGTATG---AC-A---C--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87820 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AGC-TTTTTTC-AGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAAA--TGTAT-----------------T-G-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---CG----------TAT-GTGAATAAAATATTGTTTGAACTAA
gi|87821 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTTTCC-ATTCCGCATA---ATT-C--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--A-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87822 : GGAAGC-AGATTT-ACAAAAGCT-TCTAA--AAC-GTGTTCC-TGTATCCTTTTCCACATA---ATT-T--GT-TTAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TATA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87823 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGTT-TCTAA--AGCTTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--C-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAA
gi|87824 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---A----------------CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAAT--AATATTGTTTAAACTAA
gi|87825 : GGAAGC-AGATTT-ACATGAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-AAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAATTAAa
gi|87826 : GGAAGC-AGATTA-ACACACGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTATG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87827 : GAAAGC-AGATTT-ACACTAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-C--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--T------------AT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87828 : GGAAGG-AGATTC-ACATAAGCT-TCAAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GT-TAGA--TGAATG---AC-T---T--TA-TTG-CT-T-CAT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87829 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCG-TTTCCACATA---ATT-C--AT-TAAA--CATACG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTTAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-AAT-GTGAATAAAACATTGTTTAAACTAAa
gi|87830 : GGAGAC-AGAT-C-ATATAAGC----------GCTTCCTC-C-TGGATCC-TTTCAACAT-----------GT-CTAG--TGTTTG---AA---------A-T-G-TT-TATAT-TG--AAATGT---T--TG---TA---C-A-AA-C-A---TGTA------T-TATTGTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87831 : GGAAGC-AAATTC-ACACAAGCT-TCAAA--AG-TTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCAAATA---ATG-T--GT-TAGA------TG---AC-T---T--TT-T-G-CT-T-ACT-TGTTAAATGT---A--TTC--TA---A-A-TG-C-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATACTGTTTAAAGTAA
gi|87832 : GGAAGC-AGATTC-ACACAAGCT-TC-AA--CATCTTTTTTC-TGTATCC-TTTCCACATA---ATG-T--GA-CAGA--TATATG---AC-T---T--TATT-T-CT-T-CAT-TGTTTAATGT---A--TGC--TC---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATAAAATATTGTTTAAACTAAa
gi|87833 : GGAAGC-AGATTT-ACACAAGCT-TCTTA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--TGTTTG---AC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--TGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAG-GTGAATAAAAT
gi|87834 : GAGAC-AGATTC-ACAAAAGCTGT---A--AGC-TTTCTTC-TGAACCC-TTT---CATA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-TA--A--TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT----------------A-A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAA
gi|87836 : GAAAC-AGATTCTAAAAAAGTC-ATTGA-----CTTACTTC-TGTATCC-CTTTCA-ATA-------C--GT----A--CTTTTG----------T--TATT-G-CGAT-TAA-TGTTATATGT---A--T----TA---A-A--A-TAA---TGTA---C--A-TTT-TTGAATAAAATACTGTTTAAACTAAa
gi|87838 : C-AGAAAC-ATAAAAGCT-ATTAA--AGCTTTCTTT--TGGATCA-TTTTCA--------------GT-TG----TGTATA---AT-T-----------G-GT-A-TAT-TG---AATGT---A--GGA--CC---A-C-CA-T-G---T-TA---A--T-T---GTGAATAAAATATTGTTTAAACT
gi|87839 : aC-AGATAC-ATATAAGCT-ATTAT--AGCTTTTTTC---GAATCC-TTTTCACCTG-------------TAAA--------------T---T--AA-T-G--T-G-TAT--ATAGAATGT---A----C--TA-------T--T-A---TGTA--------TATTGTGAATAAAATAGTGTTTAAACTAAtaaa
gi|87840 : C-AGATTT-ACACGAGCT-TCTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATT---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---CC-T---T--TA-T-G-CT-T-TAT-TGTTAAATGT---A--CGC--TA---A-A-TA-T-A---TGTA---C--T-TAT-GTGAATACAATATTGTTTAAACTAA
gi|87843 : CACAAGCT-GTTA----GCTTTCTT-C-TGAATCC-CTTTCA--TA---ATT----GTATACA--CATGTGTTAAC-T---AA-TA-T-G-TG-A-TAT-T-TTCAATGT---A--------------A-T--T-G---TATA---C--TATTT-GTGAATAAAATA-TGTTTAAACTAAa
gi|87844 : AAGCT-TTTAA--AGCTTTTTT-C-TGTATCC-TTTCCACATA---ATT-T--GT-TAAA--CGTATG---AC-T---T--TA-C-G-TT-T-GAT-TGTTTAATGT---A--TGC--------------T-A---TGTA---C--T-TAT-GTAAATAAAATATTATTTAAACTAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|87841 ): GATTCACAAAAGCTATAAGTTTTGTTCTGAATTGGTCTCTTAATTGTATTATGTAACCCATGTGTTAATTAATATGTGATCTTTATTAACACATGTGATTGTATACAATTCGTGAATAAGATATTTTT
Unaligned ( gi|87835 ): GAGACAGACTTACAAAACATGTAAGCTTTCTCCTGAATACCTCAAAAAATATTAACTAACATATGTGCTATTTTCAATGTAAATGTATACCATTGGTCTGTTTGTGAATAACATATACTTAAACAAA
Unaligned ( gi|87842 ): TTATAAAATTTGTTAGCTTTCTTCCAAATCCATTTCATAATTGTATACGCATACCACGTGTTAATTATATTTTCTAATGTAAGTGTATATCATTTATGAATAAA
Unaligned ( gi|87837 ): GACAGATTAAAAAAAAACTATAAGCTTTCTCCTTGAATCCTTTTCATTATTGTATACGCAATGCGCTTATTAAT
Unaligned ( gi|87845 ): TGTGTTAACTAATACATGATATTTTCAATGTAATTGTATATTATTGGTGAATAATATGTGTTTATTCTAA
Unaligned ( gi|87813 ): GGGAGTCTGGTTTACAAAAGTGGTAAGCCCTTCTGGATACCTTTCATATAATATAACATGT