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consensus                     :                                TGATTATT--GTG---AG-ATGC-GCGTCACGAGATGATA-GTTG-T---AAGATAATANTTG-TTG-TGAGAT-GCGCGTCA-CGAGATGATAGTTGTAAGATAATACTTGTT---TGAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
Reference ( gi|34906 )        :                                TGATTATT--GTT---AA-ATGC-ATGTTATGAGATGATA-GTTG-T---GAGATAATAATTA-TTA-TGAGAT-GCGTGTTC-TGAGATGATAGTGGTGAGATAATAATTGTT--TTAAGATGCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34928                      :                                TGATTATT--GTT---AA-ATGC-ATGTTATGAGATGATA-GTTG-T---GAGATAATAATTA-TTA-TGAGAT-GCGTGTTC-TGAGATGATAG
gi|34920                      :       aaatgagatgatagttgtgagacaaTGATTATT--GTG---AA-ATGC-GTGTTATGAGATGACA-GTTG-T---GAGATAATAATTG-TTC-TGAGAT-GCGTGTTA-TGAGATGATAG
gi|34922                      :              atgatagttgtgagacaaTGATTATT--GTT---AG-ATGC-GTGTTATGAGATGATA-GTTG-T---AAGATAATGATTA-TTG-TGATAT-GCGTGTTA-TGAGATGATAG
gi|34909                      :              atgatagttgtgagacaaTGAATATT--GTG---AG-ATGC-ATGTTATGAGATGATA-GTTA-T---GAGACAATGATTA-TTG-TGAGAT-GCGTGTTA-TGAGAAGATA
gi|34921                      :              attatagttgtgagataaTAATTGTT---TT---AAGATGC-GTGTTATGAGATGATA-GTTG-T---GAGATAATGATTA-TTG-TGAAAT-GTGTGTTA-CGAGA
gi|34923                      :              atgatagtggtgagataaTGATTATT--GTG---AA-ATGT-GTGTTACGAGATGCTA-GCTG-T---GAGATAATAACCA-TTG-TGAGAT-GCGTGTTA-TGAAA
gi|34940                      :              atgatagttgtgagataaTAATTATT--GTA---AG-GTGC-GTGTTATAAGATTATA-GTTG-T---GAGATAATGAATA-TTG-TGAGAT-GCATGTTA-TGAGATGATAG
gi|34945                      :                       gtgagataaTGATTATT--GTG---AG-ATGC-GTGTTATGAGAAGATA-TTTG-T---GAGATAACAATTA-TTG-CGAGAT-GCGTGTTA-TGCGATGATAG
gi|34942                      :                        tgagacaaTAATAATT--GTTCTGAG-ATGC-GTGTTATGAGATGATA-GTTG-T---GAGATGACA---G-TTG-TGAGAT-
gi|34904                      :                          gtgagaTGGTTAAT---TT---AA-ATAC---GCTATAA-----TA-A--G-T---GAAATAATAGTTA-T----GAGATTGCGTGTTG-CGAGATGAGAGTTGTTAGATAATAA---TT--TTGAGATGCGTGTTAGGAGAAGACAG
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gi|34902                      : tcgcacctatttccagtctaaagacattgtcTGGTTAAT---TT---AA-ATAC-AT----T---ATAATA-A--G-T---GAGATAATAGTTG-T----GAGATTGCGTGTTG-CAAGATGAGAGTTGTTAGATAATAA---TT--TTGAGATGTGTGTCAGGAGGAGACAGaaacaggtccgtcc
gi|34901                      : tcgcacctatttgctgtctgaagacattgtcTGGTTAAT---TT---AA-ATAC-AT----T---ATAATA-A--G-T---GAGATAATAGTTG-T----GAGATTGCGTGTTG-CAAGATGAGAGTTGTTAGATAATAA---TT--TTGAGATGTGTGTCAGGAGGAGACAGgtccgtcc
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gi|34922                      :                                                                  ATGATA-GTTG-T---GAGACAATGATTA-TTG-TTAGAT-GCGTGTTA-TGAGATGATAGTTGTAAGATAATGATTATT--GTGATATGCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34909                      :                                                                  ATTATA-GTTG-T---GAGATAATGAATA-TTG-TGAGAT-GCATGTTA-TGAGATGATAGTTATGAGACAATGATTATT--GTGAGATGCGTGTTATGAGAAGATA
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gi|34923                      :                                                                  ATGATA-GTTG-T---GAGATAATGATTA-TTG-TGAAAT-GTGTGTTA-CGAGATGCTAGCTGTGAGATAATAACCATT--GTGAGATGCGTGTTATGAAA
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gi|34924                      :                                                                  ATAATA-GTTG-T---AAGATAGTGCTTG-T----GAGAG-GCGTGTCA-CGAGATGATAGTTGTAATATAATACTTGT
gi|34924                      :                                                                  ATAATA-GTTG-T---AAGATAGTGCTTG-T----GAGAG-GCGTGTCA-CGAGATGATAGTTGTAATATAATACTTG-----TGAGATGCGTATCACGAGgagatgcgtatcacgag
gi|34913                      :                                                                  ATGATA-GTTG-T---AAGATAATACTTG-T----GAGAT-GTGCGTCA-AGAACTGATAGTTGTAAGATAATACTTG-----TGAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34912                      :                                                                  ATAATA-GCTG-T---AAGATAATACTTG-T----GAGAT-GTGCGTCA-CGAGAGGATAGTTGTAAGATAATACTTG-----TGAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34919                      :                                                                  ATGATA-GTTG-T---AAGATAATCAT---TTAGTGAGAT-GCATG-TC-AAGGATGATAGTTGTAAGATAATA---CTT--TTGAGATGTGT
gi|34911                      :                                                                  ATAATA-GTTG-T---AAGATAATACTTG-T----GAGAT-GTGCGGCA-AGAGATGATAGTTATAAGATAATA---CTT--TTGAGATGTGCGTCAAGAGATGATA
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gi|34917                      :                                                                  ATAATA-CTTG-T---AAGATAATACTTG-T----GAGAT-GTGCGTCA-AGAGATGATATTTGTAAGATAATACTTG-----TAAGATGCGGGCCACGAGA
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gi|34927                      :                                                                     ATA-ATTG-T---AAGATAATA--T--TTG-TGAGAT-GCATGTCA-CGAGATAATAGTTGTAAGATAATACTTG-----TGAGATGTGCGGCAAGAGATGATAG
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gi|34941                      :                                                                           aG-T---GAGATAACAATTA-TTG-CGAGAT-GCGTGTTA-TGCGATGATAGTTGTGAGACAATGATTATT--GTTAGATGCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34940                      :                                                                            G-T---GAGATAATAATTA-TTG-TAAGGT-GCGTGTTA-TAAGATTATAGTTGTGAGATAATGAATATT--GTGAGATGCATGTTATGAGATGATAG
gi|34939                      :                                                                            G-T---GAGATAATAACCA-TTG-TGAGAT-GCGTGTTA-TGAAATAATAGTTGTGAGATAATGATTATTGGTT--GATGCGTGTAATGAGATGATAG
gi|34942                      :                                                                            G-T---GAGATAATAATTG-TTC-TGAGAT-GCGTGTTA-TGAGATGATAGTTGTGAGATGACAGTTGT
gi|34931                      :                                                                            G-T---AAGATAATACTTG-T----GAGAT-GTGCGTCA-AGAGATGATAGTTGTAAGATAATACTTG-----TGAGATGTGCGTCAAGAGATGATAGgagat
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gi|34938                      :                                                                            G-T---AAGATAATACTTG-T----AAGAT-GCGGGCCA-CGAGATAATACTTGTAAGATAATACTTG-----TGAGATGTGCGTCACGAGA
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gi|34946                      :                                                                               ---GAGATGA-AA--A-TTG-TGAGAT-TCGTGTTA-GGAGATGATATTTTTGAGATGAGATTTG-----TGAGATGCTTGTAAGGGGATGACAG
gi|34947                      :                                                                                         TAATAC-TTG-TGAGAT-GCATGTCA-CGGGTGGATAATTGTAAGATAATATTTG-----TGAGATGCATGTCACGAGA
gi|34942                      :                                                                                                                                 GTGAGATAATAATTGTT--CTGAGATGCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34943                      :                                                                                                                                 GTAAGATAATGCTTGT-----AAGATGCGTGTCAAGAGGTGATAGttgtgagatgacagttgtgagat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34905 ): TCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTTAAATTAAAACCGTTATAGTAAAGGACAATTGTTTGCGAATTTG






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lowQualScore                  :                                                             2       0  0 8         3    9          5    555     5   3    6                      9    9 6666  9       6    0    6     
consensus                     :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAATACTTGTT-TGAGAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGCGCGTCANGAGATGATAG
Reference ( family-479 )      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGCGTCACGAGATGATA-GTTG-TAAGATAATANTTGTTGTGAGAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G-TT-TG-AGATGCGCGTCANGAGATGATAG
gi|34901                      :                                                                              ATAATA-A--G-TGAGATAATA---GTTGTGAGATTGCGTGTTGCAAGATGAGAGTTGTTAGATAAT-AAT----TT-TG-AGATGTGTGTCAGGAGGAGACAG
gi|34902                      :                            tcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggttaatttaaatacattATAATA-A--G-TGAGATAATA---GTTGTGAGATTGCGTGTTGCAAGATGAGAGTTGTTAGATAAT-AAT----TT-TG-AGATGTGTGTCAGGAGGAGACAGgtccgtcc
gi|34903                      :                            tcgcacctatttgctgtctgaagacattgtctggttaatttaaatacattATAACA-AGTG-T--GATAATA---GTTGTGAGATTGCGTGTTGCGAGATGAGAGTTGTTAGATAAT-AAT----TT-TG-AGATGCGTGTCAGGAGAgtccgtcc
gi|34904                      :                            tcgcacctatttccagtctaaagacattgtctggttaatttaaatacattATAATA-A--G-TGAAATAATA---GTTATGAGATTGCGTGTTGCGAGATGAGAGTTGTTAGATAAT-AAT----TT-TG-AGATGCGTGTTAGGAGAAGACAGaaacaggtccgtcc
gi|34906                      : tcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggttaatttaaatacgctTGATTATTGTTAAATGCATGTTATGAGATGATA-GTTG-TGAGATAATAATTATTATGAGAT-GCGTGTTCTGAGATGATAGTGGTGAGATAAT-AATT-GTTT-TA-AGATGCGTGTTATGAGATGATAGgtccgtcc
gi|34907                      :                                                                                 ATA-GTTA-TAATATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGTGCGTCAAGAGAGGATAG
gi|34908                      :                                                                                aATA-GTTA-TAATATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGTGCGTCAAGAGAGGATAG
gi|34909                      :                                                                             aATTATA-GTTG-TGAGATAATGAATATTGTGAGAT-GCATGTTATGAGATGATAGTTATGAGACAAT-GATT-A-TTGTG-AGATGCGTGTTATGAGAAGATA
gi|34910                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGCATGTCACGAGAGGATAG
gi|34911                      :                                                                              ATAATA-GTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGGCAAGAGATGATAGTTATAAGATAAT-ACT----TT-TG-AGATGTGCGTCAAGAGATGATA
gi|34912                      :                                                                              ATAATA-GCTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34913                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCAAGAACTGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34914                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GCGTGTCACGAGATAATAGTTATAATATAAT-ACTT-G----TG-AGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34915                      :                                                                              ATAATA-CTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCACGAGATAATACTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AGATGTGCGTCAAGAGATGATA
gi|34916                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GCATGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TG-AAATGCGTTTCATAAGATGATAG
gi|34917                      :                                                                              ATAATA-CTTG-TAAGATAATACTTGT---GAGAT-GTGCGTCAAGAGATGATATTTGTAAGATAAT-ACTT-G----TA-AGATGCGGGCCACGAGA
gi|34918                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TTAGATAATACTTGT---GAGAA-GTGT-TCCCGAAATGATAGTTGTAAGATAATCATTTAG----TG-AGATGCATGTCAAG-GATGATAG
gi|34919                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATCATT-TAGTGAGAT-GCATGTCAAG-GATGATAGTTGTAAGATAAT-ACT----TT-TG-AGATGTG
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gi|34921                      :                                                                              ATGATA-GTGG-TGAGATAATAATTGTTTTAAGAT-GCGTGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAAT-GATT-A-TTGTG-AAATGTGTGTTACGAGA
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gi|34946                      :                                                                                                tgagacaaTTGTGAGAT-TCGTGTTAGGAGATGATATTTTTGAGATGAG-ATTT-G----TG-AGATGCTTGTAAGGGGATGACAG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34905 ): TCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTTAAATTAAAACCGTTATAGTAAAGGACAATTGTTTGCGAATTTG






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consensus                     :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT-ACTT-GT----G-AGAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---TGAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
Reference ( family-479 )      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT-ACTT-GTT-T-G-AGAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---TGAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
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gi|34906                      : tcgcacctattgtctgtttgaagacattgtctggttaatttaaatacgctTGATTATTGTTAAATGCATGTTATGAGATGATA-GTTG-TGAGATAAT-AATT-ATTAT-G-AGAT-GCGTGTTCTGAGATGATAGTGGTGAGATAAT--A---A--TT-GTTTTAAGATGCGTGTTATGAGATGATAGgtccgtcc
gi|34907                      :                                                                                 ATA-GTTA-TAATATAAT-ACTT-GT----G-AGAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---TGAGATGTGCGTCAAGAGAGGATAG
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gi|34909                      :                                                   TGAATATTGTGAGATGCATGTTATGAGATGATA-GTTA-TGAGACAAT-GATT-ATTGT-G-AGAT-GCGTGTTATGAGAAGATAttatgagacaatgattattgtgagatgcgtgttatgagaagata
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gi|34912                      :                                                                              ATAATA-GCTG-TAAGATAAT-ACTT-GT----G-AGAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---TGAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34913                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT-ACTT-GT----G-AGAT-GTGCGTCAAGAACTGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---TGAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34914                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT-ACTT-GT----G-AGAT-GCGTGTCACGAGATAATAGTTATAATATAAT--A---C--TT-G---TGAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
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gi|34918                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TTAGATAAT-ACTT-G---T-G-AGAA-GTGT-TCCCGAAATGATAGTTGTAAGATAATC-A---T--TTAG---TGAGATGCATGTCAAG-GATGATAG
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gi|34921                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTGG-TGAGATAAT-AATT-GTT-TTA-AGAT-GCGTGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAATG-A---TTATT-G---TGAAATGTGTGTTACGAGA
gi|34922                      :                                                   TGATTATTGTTAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT-GATT-ATTGT-G-ATAT-GCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34923                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTTG-TGAGATAAT-GATT-ATTGT-G-AAAT-GTGTGTTACGAGATGCTAGCTGTGAGATAATA-A---CCATT-G---TGAGATGCGTGTTATGAAA
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gi|34925                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TGAAATAAT-ACTT-GT----G-AGAT-ACGATTTATGAGATAATAGTTGTAAGATAGT--G---C--TT-G---TGAGAGGCGTGTCACGAGATGATAG
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gi|34946                      :                                                tgagacaaATTGTGAGATTCGTGTTAGGAGATGATA-TTTT-TGAGATGAG-ATTT-G---T-G-AGAT-GCTTGTAAGGGGATGACAG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34905 ): TCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTTAAATTAAAACCGTTATAGTAAAGGACAATTGTTTGCGAATTTG






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consensus                     :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
Reference ( family-479 )      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
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gi|34912                      :                                                                              ATAATA-GCTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
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gi|34914                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCACGAGATAATAGTTATAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34915                      :                                                                              ATAATA-CTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCACGAGATAATACTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATA
gi|34916                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAAATGCGTTTCATAAGATGATAG
gi|34917                      :                                                                              ATAATA-CTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATATTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---AAGATGCGGGCCACGAGA
gi|34918                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TTAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAA-GTGT-TCCCGAAATGATAGTTGTAAGATAATC-A---T--TTAG---T---GAGATGCATGTCAAG-GATGATAG
gi|34919                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATC-A---T--T--TAG---T---GA--GAT-GCATGTCAAG-GATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-T---T---GAGATGTG
gi|34920                      :                                                   TGATTATTGTGAAATGCGTGTTATGAGATGACA-GTTG-TGAGATAAT--A---A--T--T-GTTCT---GA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAGt
gi|34921                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTGG-TGAGATAAT--A---A--T--T-G---TTTTAA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAATG-A---TTATT-G---T---GAAATGTGTGTTACGAGA
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gi|34923                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTTG-TGAGATAATG-A---T--TATT-G---T---GA--AAT-GTGTGTTACGAGATGCTAGCTGTGAGATAATA-A---CCATT-G---T---GAGATGCGTGTTATGAAA
gi|34924                      :                                                                              ATAATA-GTTG-TAAGATAGT--G---C--T--T-G---T---GA--GAG-GCGTGTCACGAGATGATAGTTGTAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTATCACGAG
gi|34925                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TGAAATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-ACGATTTATGAGATAATAGTTGTAAGATAGT--G---C--TT-G---T---GAGAGGCGTGTCACGAGATGATAG
gi|34926                      :                                                                               TGATAAGTTGATAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---GA--GAG-GCGTGTCACAAGATGATAGTTGTGAAATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATACGATTTATGAGA
gi|34927                      :                                                                                 ATA-ATTG-TAAGATAAT--A---T--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGAGATAATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGGCAAGAGATGATAG
gi|34928                      :                                                                         ATGAGATGATA-GTTG-TGAGACAATG-A---T--TATT-G---T---TA--AAT-GCATGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAAT--AATTA--TT-A---T---GAGATGCGTGTTCTGAGATGATAG
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gi|34930                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTGTCACGAGA
gi|34931                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34932                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCACGAGATAATAGTTATAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34933                      :                                                                                        G-TAAGATAAC--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGA
gi|34934                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--AAT-GCGTTTCATAAGATGATAGTTGTTAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGT-TCCCGAAACGATAG
gi|34935                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGGGCCACGAGATAATAGCTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34936                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGA
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gi|34945                      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGAAGATA-TTTG-TGAGATAAC--AATTA--T--T-G---C---GA--GAT-GCGTGTTATGCGATGATAG
gi|34946                      :                                                tgagacaaATTGTGAGATTCGTGTTAGGAGATGATA-TTTT-TGAGATGAG--A---T--T--T-G---T---GA--GAT-GCTTGTAAGGGGATGACAG
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Unaligned ( gi|34905 ): TCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTTAAATTAAAACCGTTATAGTAAAGGACAATTGTTTGCGAATTTG






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lowQualScore                  :                                                                                    2    9         44 111111 44 9 444 555  22   5   2    5                      55 888 88  0 888 888        2    0    0     
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Reference ( family-479 )      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
gi|34901                      :                                                                              ATAATA-A--G-TGAGATAAT--A---G--T--T-G---T---GA--GATTGCGTGTTGCAAGATGAGAGTTGTTAGATAAT--A---A--TT-T---T---GAGATGTGTGTCAGGAGGAGACAG
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gi|34909                      :                                                                                                                                            aATTATAGTTGTGAGATAATGAA---TA-TT-G---T---GAGATGCATGTTATGAGATGATAG
gi|34909                      :                                                   TGAATATTGTGAGATGCATGTTATGAGATGATA-GTTA-TGAGACAATG-A---TTAT--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTTATGAGAAGATAttatgagacaatgattattgtgagatgcgtgttatgagaagata
gi|34910                      :                                                            attatagttgtgagataaATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCATGTCACGAGAGGATAG
gi|34911                      :                                                                              ATAATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGGCAAGAGATGATAGTTATAAGATAAT--A---C--TT-T---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATA
gi|34912                      :                                                                              ATAATA-GCTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34913                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAACTGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34914                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCACGAGATAATAGTTATAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34915                      :                                                                              ATAATA-CTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCACGAGATAATACTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATA
gi|34916                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAAATGCGTTTCATAAGATGATAG
gi|34917                      :                                                                              ATAATA-CTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATATTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---AAGATGCGGGCCACGAGA
gi|34918                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TTAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAA-GTGT-TCCCGAAATGATAGTTGTAAGATAATC-A---T--TTAG---T---GAGATGCATGTCAAG-GATGATAG
gi|34919                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAATC-A---T--T--TAG---T---GA--GAT-GCATGTCAAG-GATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-T---T---GAGATGTG
gi|34920                      :                                                   TGATTATTGTGAAATGCGTGTTATGAGATGACA-GTTG-TGAGATAAT--A---A--T--T-GTTCT---GA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAGt
gi|34921                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTGG-TGAGATAAT--A---A--T--T-G---TTTTAA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAATG-A---TTATT-G---T---GAAATGTGTGTTACGAGA
gi|34922                      :                                                   TGATTATTGTTAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAATG-A---TTAT--T-G---T---GA--TAT-GCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34923                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTTG-TGAGATAATG-A---T--TATT-G---T---GA--AAT-GTGTGTTACGAGATGCTAGCTGTGAGATAATA-A---CCATT-G---T---GAGATGCGTGTTATGAAA
gi|34924                      :                                                                              ATAATA-GTTG-TAAGATAGT--G---C--T--T-G---T---GA--GAG-GCGTGTCACGAGATGATAGTTGTAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTATCACGAG
gi|34925                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TGAAATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-ACGATTTATGAGATAATAGTTGTAAGATAGT--G---C--TT-G---T---GAGAGGCGTGTCACGAGATGATAG
gi|34926                      :                                                                               TGATAAGTTGATAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---GA--GAG-GCGTGTCACAAGATGATAGTTGTGAAATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATACGATTTATGAGA
gi|34927                      :                                                                                 ATA-ATTG-TAAGATAAT--A---T--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGAGATAATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGGCAAGAGATGATAG
gi|34928                      :                                                                         ATGAGATGATA-GTTG-TGAGACAATG-A---T--TATT-G---T---TA--AAT-GCATGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAAT--AATTA--TT-A---T---GAGATGCGTGTTCTGAGATGATAG
gi|34929                      :                                                                                      aaG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAACTGATAGTTGTAAGATAAC--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTGTCAAGAGATGATAG
gi|34930                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTGTCACGAGA
gi|34931                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34932                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCACGAGATAATAGTTATAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34933                      :                                                                                        G-TAAGATAAC--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGA
gi|34934                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--AAT-GCGTTTCATAAGATGATAGTTGTTAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGT-TCCCGAAACGATAG
gi|34935                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGGGCCACGAGATAATAGCTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
gi|34936                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGA
gi|34937                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGAGGATAGTTGTAAGATATT--A---C--TT-G---T---GAGATGTTCGTCAAGAGAGGATAG
gi|34938                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGGGCCACGAGATAATACTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGA
gi|34939                      :                                                        ATTGTGAGATGCGTGTTATGAAATAATA-GTTG-TGAGATAAT--G---A--T--T-AT--T---GGTTGAT-GCGTGTAATGAGATGATAG
gi|34940                      :                                     gtgagataataaccTAATTATTGTAAGGTGCGTGTTATAAGATTATA-GTTG-TGAGATAATGAA---TA-T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTTATGAGATGATAG
gi|34941                      :                                            gtgagataaATTATTGCGAGATGCGTGTTATGCGATGATA-GTTG-TGAGACAATG-A---TTAT--T-G---T---TA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34942                      :                                                                                                                                           gtgagataacaGTGAGATAAT--A---A--TT-G---TTCTGAGATGCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34942                      :                                                   TAATTGTTCTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TGAGATGAC--A---G--T--T-G---T---GA--GAT-ttgtgagatgacagttgtgagat
gi|34943                      :                                                                               gtgagataaG-TAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGTGTCAAGAGGTGATAGTGGTAAGGTAAT--A---C--TT-C---T---GAGATGCGTGTCA
gi|34944                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCCAGTCACGAACTGATAGTTGTAAGATAAT--G---C--TT-G---T---AAGATGCGTGTCAAGAGGTGATAGg
gi|34945                      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGAAGATA-TTTG-TGAGATAAC--AATTA--T--T-G---C---GA--GAT-GCGTGTTATGCGATGATAG
gi|34946                      :                                                tgagacaaATTGTGAGATTCGTGTTAGGAGATGATA-TTTT-TGAGATGAG--A---T--T--T-G---T---GA--GAT-GCTTGTAAGGGGATGACAG
gi|34947                      :                                                                                      gagatgaaaTAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGGGTGGATAATTGTAAGATAAT--A---T--TT-G---T---GAGATGCATGTCACGAGA


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blockSeqs                     :                                                                                    .              G  TA     .    .   .    .    .   C    C                      .  .   .   . .   .               A    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              G  G      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .               T    G
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  G      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               C    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  G      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               A    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   C    C                      .  .   .   . .   .               A    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               A    G
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               C    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   C    C                      .  .   .   . .   .               A    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               T    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               C    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               A    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    A                      .  .   .   . .   .               C    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .               T    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .               C    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .               C    G
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  T      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               T    C
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  A      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               A    G
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  A      .    .   .    .    .   A    T                      .  .   .   . .   .               T    G
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  T      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               A    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               C    T
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .               A     
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               C     
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  T      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               A     
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  T      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               C     
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    C                      .  .   .   . .   .               C     
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    A                      .  .   .   . .   .               A     
blockSeqs                     :                                                                                    .              .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .               A     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   G    C                      .  .   .   . .   .               C     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               T     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   C    A                      .  .   .   . .   .               A     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   G    C                      .  .   .   . .   .               C     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .                     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   T    T                      .  .   .   . .   .                     
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   T    T                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                   .  A      .    .   .    .    .   T    A                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                   .  G      .    .   .    .    .   A    C                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   T    T                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                   .  C      .    .   .    .    .   T    G                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                   .  T      .    .   .    .    .   T    C                                                             
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Unaligned ( gi|34905 ): TCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTTAAATTAAAACCGTTATAGTAAAGGACAATTGTTTGCGAATTTG






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Reference ( family-479 )      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGCGTCACGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGCGTCANGAGATGATAG
gi|34901                      :                                                                              ATAATA-A--G-TGAGATAAT--A---G--T--T-G---T---GA--GATTGCGTGTTGCAAGATGAGAGTTGTTAGATAAT--A---A--TT-T---T---GAGATGTGTGTCAGGAGGAGACAG
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gi|34909                      :                                                   TGAATATTGTGAGATGCATGTTATGAGATGATA-GTTA-TGAGACAATG-A---TTAT--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTTATGAGAAGATAttatgagacaatgattattgtgagatgcgtgttatgagaagata
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gi|34912                      :                                                                              ATAATA-GCTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
gi|34913                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAACTGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGAGATGATAG
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gi|34916                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGAGAGGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAAATGCGTTTCATAAGATGATAG
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gi|34918                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TTAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAA-GTGT-TCCCGAAATGATAGTTGTAAGATAATC-A---T--TTAG---T---GAGATGCATGTCAAG-GATGATAG
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gi|34921                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTGG-TGAGATAAT--A---A--T--T-G---TTTTAA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAGTTGTGAGATAATG-A---TTATT-G---T---GAAATGTGTGTTACGAGA
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gi|34923                      :                                                            atgatagttgtgagacaaATGATA-GTTG-TGAGATAATG-A---T--TATT-G---T---GA--AAT-GTGTGTTACGAGATGCTAGCTGTGAGATAATA-A---CCATT-G---T---GAGATGCGTGTTATGAAA
gi|34924                      :                                                                              ATAATA-GTTG-TAAGATAGT--G---C--T--T-G---T---GA--GAG-GCGTGTCACGAGATGATAGTTGTAATATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTATCACGAG
gi|34925                      :                                                                              ATGATA-GTTG-TGAAATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-ACGATTTATGAGATAATAGTTGTAAGATAGT--G---C--TT-G---T---GAGAGGCGTGTCACGAGATGATAG
gi|34926                      :                                                                               TGATAAGTTGATAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---GA--GAG-GCGTGTCACAAGATGATAGTTGTGAAATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATACGATTTATGAGA
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gi|34930                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGCGTGTCACGAGA
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gi|34933                      :                                                                                        G-TAAGATAAC--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCGTGTCAAGAGATGATAGTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCAAGA
gi|34934                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--AAT-GCGTTTCATAAGATGATAGTTGTTAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGT-TCCCGAAACGATAG
gi|34935                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGGGCCACGAGATAATAGCTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGAGGATAG
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gi|34937                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GTGCGTCAAGAGAGGATAGTTGTAAGATATT--A---C--TT-G---T---GAGATGTTCGTCAAGAGAGGATAG
gi|34938                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--A---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGGGCCACGAGATAATACTTGTAAGATAAT--A---C--TT-G---T---GAGATGTGCGTCACGAGA
gi|34939                      :                                                        ATTGTGAGATGCGTGTTATGAAATAATA-GTTG-TGAGATAAT--G---A--T--T-AT--T---GGTTGAT-GCGTGTAATGAGATGATAG
gi|34940                      :                                     gtgagataataaccTAATTATTGTAAGGTGCGTGTTATAAGATTATA-GTTG-TGAGATAATGAA---TA-T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTTATGAGATGATAG
gi|34941                      :                                            gtgagataaATTATTGCGAGATGCGTGTTATGCGATGATA-GTTG-TGAGACAATG-A---TTAT--T-G---T---TA--GAT-GCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34942                      :                                                                                                                                           gtgagataacaGTGAGATAAT--A---A--TT-G---TTCTGAGATGCGTGTTATGAGATGATAG
gi|34942                      :                                                   TAATTGTTCTGAGATGCGTGTTATGAGATGATA-GTTG-TGAGATGAC--A---G--T--T-G---T---GA--GAT-ttgtgagatgacagttgtgagat
gi|34943                      :                                                                               gtgagataaG-TAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---AA--GAT-GCGTGTCAAGAGGTGATAGTGGTAAGGTAAT--A---C--TT-C---T---GAGATGCGTGTCA
gi|34944                      :                                                                                        G-TAAGATAAT--G---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCCAGTCACGAACTGATAGTTGTAAGATAAT--G---C--TT-G---T---AAGATGCGTGTCAAGAGGTGATAGg
gi|34945                      :                                                   TGATTATTGTGAGATGCGTGTTATGAGAAGATA-TTTG-TGAGATAAC--AATTA--T--T-G---C---GA--GAT-GCGTGTTATGCGATGATAG
gi|34946                      :                                                tgagacaaATTGTGAGATTCGTGTTAGGAGATGATA-TTTT-TGAGATGAG--A---T--T--T-G---T---GA--GAT-GCTTGTAAGGGGATGACAG
gi|34947                      :                                                                                      gagatgaaaTAAT--A---C--T--T-G---T---GA--GAT-GCATGTCACGGGTGGATAATTGTAAGATAAT--A---T--TT-G---T---GAGATGCATGTCACGAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34905 ): TCGCATCTATTTCCTGTTGGAAGACGGTGTCTGGTTTAAATTAAAACCGTTATAGTAAAGGACAATTGTTTGCGAATTTG