lowQualScore : 2 1 7 22222 0 33333333 22222 0 1111 0 0 1 0 8 0 0 111
lowQualScore : . . . ..... . ........ ..... . .... . . . . . . . ...
lowQualScore : 6 2 8 11111 9 22222222 22222 9 9999 6 9 7 9 0 9 9 666
consensus : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTNG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
Reference ( gi|38752 ) : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTTG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38753 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTTG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTT
gi|38744 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCACTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGCCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38757 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TATCGCTTG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-GCGG----TTGGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38745 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTAA-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38751 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ATGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTAA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38754 : tTGTTTGCGTCCATA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-ATGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38747 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTGG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ATGG----TCGGACCGAATATTTTTTTACGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38755 : actgTGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATA-TACCGCTAC-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCGGTGTTACTTGTTT
gi|38761 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGATTA-TTGTTTACGTCA-TTAAAATATTTTA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTCT
gi|38760 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTTG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACAG----TCGGATCAAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGAGCAGTTTTACTTGTTT
gi|38756 : TGTTTGCATCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTAG-----CCA-AA--------ACTGG-----G-ACGG----TCTGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38764 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTTG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----CAGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTAAATTGTTT
gi|38759 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGTTA-TACCACTTG-----CAA-AA--------GCTGG-----G-ATGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CTTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38748 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCCAG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTGGTTT
gi|38765 : actgTGTTTGTGTCTGTA-TTTTCTTTGATA-TACCGCTAA-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38749 : TGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATA-TACCGCTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----A-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGC-T-A-A-AA---CATCCAGTGTTACTTGTTT
gi|38750 : actgTGTTTGCGTCAGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTAA-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ATGG----TCAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTACTGCGTTACTTGTTT
gi|38762 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTCCTTTGATA-TATCGCTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TT-AAATATTTGA-C---A-AA---CGTGCAGT-TTACTTGTTT
gi|38763 : TGTTTTCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCACTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ATGG----TCAGACCGAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTGACATGTTT
gi|38746 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA-TACCAATGG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ATGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAA----ACTTGTTT
gi|38766 : actgTGTTTGTGTCTGTA-ATTT-TTTGATA-TATGGCTAG-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACTGAATA-TTGTTTTTGTCT-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38733 : TGTTTGCTT--GTA-TTTTTTTTTTTA-AA----TGG-----CCA-AAACAGCTTCGCTGG-----T-ACCG----TCAGATTGAAAA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTT
gi|38758 : gtaatttctttgatataccgttagccataaggtgttaattTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA--------------------A--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38741 : tgttTGCGT---TA-AATTGTTTGCTAATGACGTTTATTTTTCCA-AA--------G-TGGTCAAAG-ATGGCGCTTCGGGCCGAAAA-TTGCTTGCGACT-TTAAAATGTTTAA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTT
gi|38730 : tgcttgccttaaGTA-ATTTCTTTGATA-TACCGCTTG-----CC
gi|38728 : GTA-ATTTCTTTAATA-TACCGCTAG-----CCA-gcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagaggtcaaagctgggactttcggaccgaaaattacttgcgtcattaaaatatttaaaagaaacgcgcagtattacttgttt
gi|38731 : GTA-ATTTCTTTGATA-TTCTGCTTG-----CCtaatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagtggtcaaagctgtgacttttagaccgaaaattgcttgcgtcattaaaatatttaataaaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38727 : GTA-ATTTCTTTGATA-TTCTGCTTG-----CCgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgtggtcaaagcttggactttcggaccggaaattgcttgcatcattaaaatatttaattaaaaagtgcagtattacttgttt
gi|38729 : GTA-ATTCCTTTGATA-TACTGCTGG-----CCA-gtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagtggtcaaagctgggactttcagaccaaaaattgcttgcatcattaaaatatttcataaaaatgcgcagtattacttgttt
gi|38734 : GTA-ATTTTTTTGATA-CACCGTTTG-----CCtaatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagtggtcaaagctgggacttccggaccgaaaattgcttccgttattaaaatatttaataattatgcgcagtataacttgttt
gi|38736 : GTA-ATTTCTTTGATA-TATCATTAG-----CCATAA--------Ggcaatgtattaactgtttttttcccaagtagtcaaagctgggacttgcggactgaaaattgcttgcgtcaataaaaaacgcacagtattacttgttt
gi|38740 : TTTGATA-TACCGCTTG-----CCgtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagaggccaaagttggccaaagtgactgaaaactgtttgcatcaataaaaaatttgtatactgtgtggtgtacttgttt
gi|38770 : G-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtctttcccaagtggtcaatgctgggaccttcggaccgaaaattgaatgcgttatcaaaatatttaataaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38771 : G-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38768 : G-----CCA-AA--------GCTGG-----G-ACAG----TTGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTTTTT
gi|38769 : taG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCAAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38730 : G-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACTT----TCGGACCGAAAA-TTACTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-A-AGA-AA---CGCGCAGTATTACTTGTTT
gi|38728 : gtaatttctttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagagG-----TCA-AA--------GCTGT-----G-ACTT----TTAGACCGAAAA-TTGCTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-TAA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38740 : gtaatttctttaatataccgctagccataatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagtgG-----TCA-AT--------GCTGG-----G-ACCT----TCGGACCGAAAA-TTGAATGCGTTA-TCAAAATATTTAA-T-A-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38731 : tttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtctttcccaagtgG-----TCA-AA--------GCTTG-----G-ACTT----TCGGACCGGAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTAATT-A-A-AA---AGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38727 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgtgG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACTT----TCAGACCAAAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTCA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTT
gi|38743 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagtgG-----TCA-AA--------GCTGA-----G-ACT-----TCGGACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTAAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38729 : tgttaaattgtttgctcgtgacgtttaaagtgG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACTT----CCGGACCGAAAA-TTGCTTCCGTTA-TTAAAATATTTAA-T-A-ATTA---TGCGCAGTATAACTTGTTT
gi|38739 : gtaattcctttgatatactgctggccataatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagtgG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACTT----TCGTACTGAAAC-TTGCATACATCA-TTTAAATATTCAA-TGA-A-AA---CGTGCAG---TACTTGTTT
gi|38734 : tttctttgatatactgctagccgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaattgG-----TCA-AA--------GCTGG-----G-ACTT----GCGGACTGAAAA-TTGCTTGCGTCA-ATAA------------A-A-AA---CGCACAGTATTACTTGTTTgttt
gi|38742 : gtaatttttttgatacaccgtttgccgcaatgtattaactgtttttttcccaagtaG-----TCA-AA--------GCTGA-----G-ACT-----TCGAACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTTAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGCACAGTAATACTTGTTT
gi|38736 : gccgtaatgtgttaaattgtttgctcgtgacgtttattttttcaaagtgG-----CCA-AA--------GTTGG-----CCAAAG----T--GACTGAAAA-CTGTTTGCATCA-ATAAAAAATTTG--T-A-T-AC---TGTGTGGTG-TACTTGTTT
gi|38772 : gtaatttctttgatatatcattagccataaggtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagagCG-AA--------GCTTG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38773 : CA-AA--------GCTGG-----G-ACGG----TCGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-T-A-AA---CATGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38738 : CA-AA--------GCAGA-----G-ACTT----TCGAACTTAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38732 : ttgctttgtaagtgctagccgtaatgtgttatttgcttgtgtcatgttttttttcaagtgatA-AA--------GCTGG-----G-ACTT----TTGGGCCCAAAA-TTGAT-GTTTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---TGTGCAGTATT
gi|38737 : gtaatttcttttatataccactaaccgttatgtgttaacttgttagctcgtgttttttctcatttggtt-AA--------GCTGG-----G-ACTT----TCGGATAAAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTACAGTATTACTTGTTT
gi|38735 : agtttctttgagatactgctagctgtaatgtgttaacttgtttgcttgtgtcgtgtttttttcaagtggtcA--------GCTGG-----G-ACCA----TCAGACCAAAAT-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATGTG
gi|38774 : gtaatttctttgatagcgttagccatatgatgttaacttgtttatgtgtattcttgttatttttttcaaatggccaaagcagattCGGACCGAATA-TTGTTATCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGCTTtacaagtataatatgca
gi|38767 : GCATCT-TAAAAATAATTAA-T-A-A-AAAAACGTGCAGTATTACTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 33333333 0 0 0 0 1 0 7 0 0 111
lowQualScore : . . . ........ . . . . . . . . . ...
lowQualScore : 4 3 6 00000000 9 9 4 9 7 9 8 9 9 555
consensus : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
Reference ( family-476 ) : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38727 : GTA-ATTTCTTTGATATTCTGCTTGCC
gi|38727 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CAGACCAAAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTCA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTTgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagtggtcaaagctgggactttcagaccaaaaattgcttgcatcattaaaatatttcataaaaatgcgcagtattacttgttt
gi|38728 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagGTA-ATTTCTTTAATATACCGCTAGCCA-
gi|38728 : TGGTCA-AA--------GCTGTG-ACTTT-TAGACCGAAAA-TTGCTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-TAA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTTtaatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagtggtcaaagctgtgacttttagaccgaaaattgcttgcgtcattaaaatatttaataaaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38729 : gtaatttctttaatataccgctagccataatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagGTA-ATTCCTTTGATATACTGCTGGCCA-
gi|38729 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTC-CGGACCGAAAA-TTGCTTCCGTTA-TTAAAATATTTAA-T-A-ATTA---TGCGCAGTATAACTTGTTTtaatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagtggtcaaagctgggacttccggaccgaaaattgcttccgttattaaaatatttaataattatgcgcagtataacttgttt
gi|38730 : gtaattcctttgatatactgctggccataatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCC
gi|38730 : GTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CGGACCGAAAA-TTACTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-A-AGA-AA---CGCGCAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagaggtcaaagctgggactttcggaccgaaaattacttgcgtcattaaaatatttaaaagaaacgcgcagtattacttgttt
gi|38731 : gtaatttctttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagagGTA-ATTTCTTTGATATTCTGCTTGCC
gi|38731 : TGGTCA-AA--------GCTTGG-ACTTT-CGGACCGGAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTAATT-A-A-AA---AGTGCAGTATTACTTGTTTgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgtggtcaaagcttggactttcggaccggaaattgcttgcatcattaaaatatttaattaaaaagtgcagtattacttgttt
gi|38732 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgTGGTTA-AA--------GCTGGG-ACTTT-TGGGCCCAAAA-TTGAT-GTTTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---TGTGCAGTATT
gi|38733 : gtaatttcttttatataccactaaccgttatgtgttaacttgttagctcgtgttttttctcattGTA-ATTTCTTTGATATACCGTTAGCCATAA--------GGTG
gi|38733 : TGTTTGCTT--GTA-TTTTTTTTTTTAAA----TGGCCA-AAACAGCTTCGCTGGT-ACCGT-CAGATTGAAAA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTttaatttgtttgcttgtatttttttttttaaatggccaaaacagcttcgctggtaccgtcagattgaaaattgtttgcgtcattaaaatattt
gi|38734 : gtaatttctttgatataccgttagccataaggtgttaattGTA-ATTTTTTTGATACACCGTTTGCC
gi|38734 : TAGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTG-CGGACTGAAAA-TTGCTTGCGTCA-ATAA------------A-A-AA---CGCACAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaactgtttttttcccaagtagtcaaagctgggacttgcggactgaaaattgcttgcgtcaataaaaaacgcacagtattacttgttt
gi|38735 : gtaatttttttgatacaccgtttgccgcaatgtattaactgtttttttcccaagA--------GCTGGG-ACCAT-CAGACCAAAAT-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATGTG
gi|38736 : gtaatttctttgatagcgttagccatatgatgttaacttgtttatgtgtattcttgttatttttttcaaatggccaaagcagattGTA-ATTTCTTTGATATATCATTAGCCATAA--------Gtacaagtataatatgca
gi|38736 : GCCA-AA--------GTTGGCCAAAGT---GACTGAAAA-CTGTTTGCATCA-ATAAAAAATTTG--T-A-T-AC---TGTGTGGTG-TACTTGTTTgtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagaggccaaagttggccaaagtgactgaaaactgtttgcatcaataaaaaatttgtatactgtgtggtgtacttgttt
gi|38737 : gtaatttctttgatatatcattagccataaggtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagagTGCTTGTGTC-GTG-TTTTTTTCAA------G-TGGTCA-A---------GCTGGG-ACTTT-CGGATAAAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTACAGTATTACTTGTTT
gi|38738 : agtttctttgagatactgctagctgtaatgtgttaacttgttCA-AA--------GCAGAG-ACTTT-CGAACTTAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38739 : ttgctttgtaagtgctagccgtaatgtgttatttgcttgtgtcatgttttttttcaagtgatTTTCTTTGATATACTGCTAGCC
gi|38739 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CGTACTGAAAC-TTGCATACATCA-TTTAAATATTCAA-TGA-A-AA---CGTGCAG---TACTTGTTTgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaattggtcaaagctgggactttcgtactgaaacttgcatacatcatttaaatattcaatgaaaacgtgcagtacttgtttgttt
gi|38740 : tttctttgatatactgctagccgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaatTTTGATATACCGCTTGCCgttt
gi|38740 : TGGTCA-AT--------GCTGGG-ACCTT-CGGACCGAAAA-TTGAATGCGTTA-TCAAAATATTTAA-T-A-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtctttcccaagtggtcaatgctgggaccttcggaccgaaaattgaatgcgttatcaaaatatttaataaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38741 : tttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtctttcccaagTGGTCA-AA--------GATGG---CGCTTCGGGCCGAAAA-TTGCTTGCGACT-TTAAAATGTTTAA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTT
gi|38742 : tgcttgccttaatgcgttaaattgtttgctaatgacgtttatttttccaaagTGGTCA-AA--------GCTGAG-ACT-T-CGAACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTTAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGCACAGTAATACTTGTTT
gi|38743 : gccgtaatgtgttaaattgtttgctcgtgacgtttattttttcaaagTGGTCA-AA--------GCTGAG-ACT-T-CGGACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTAAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38744 : tgttaaattgtttgctcgtgacgtttaaagTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCACTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGCCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38745 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38746 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCAATGGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAA----ACTTGTTT
gi|38747 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTGGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATATTTTTTTACGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38748 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCCAGTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTGGTTT
gi|38749 : actgTGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGA-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGC-T-A-A-AA---CATCCAGTGTTACTTGTTT
gi|38750 : actgTGTTTGCGTCAGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTACTGCGTTACTTGTTT
gi|38751 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTAA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38752 : tTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38753 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTT
gi|38754 : TGTTTGCGTCCATA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-ATGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38755 : TGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATATACCGCTACCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCGGTGTTACTTGTTT
gi|38756 : TGTTTGCATCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------ACTGGG-ACGGT-CTGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38757 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATATCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-GCGGT-TGGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38758 : TTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA--------------A--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38759 : tgttTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGTTATACCACTTGCAA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CTTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38760 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACAGT-CGGATCAAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGAGCAGTTTTACTTGTTT
gi|38761 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGATTA-TTGTTTACGTCA-TTAAAATATTTTA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTCT
gi|38762 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTCCTTTGATATATCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TT-AAATATTTGA-C---A-AA---CGTGCAGT-TTACTTGTTT
gi|38763 : TGTTTTCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCACTAGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTGACATGTTT
gi|38764 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGC-AGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTAAATTGTTT
gi|38765 : TGTTTGTGTCTGTA-TTTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38766 : TGTTTGTGTCTGTA-ATTT-TTTGATATATGGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACTGAATA-TTGTTTTTGTCT-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38767 : GCATCT-TAAAAATAATTAA-T-A-A-AAAAACGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38768 : aattgtaaagctgatggctttccaacaagaacaTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACAGT-TGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTTTTT
gi|38769 : GTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCAAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38770 : GCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38771 : GCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38772 : CG-AA--------GCTTGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38773 : CA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-T-A-AA---CATGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38774 : -CGGACCGAATA-TTGTTATCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGCTT
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 33333333 0 0 0 0 1 0 7 0 0 111
lowQualScore : . . . ........ . . . . . . . . . ...
lowQualScore : 4 3 6 00000000 9 9 4 9 7 9 8 9 9 555
consensus : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
Reference ( family-476 ) : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38727 : GTA-ATTTCTTTGATATTCTGCTTGCC
gi|38727 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CAGACCAAAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTCA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTTgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagtggtcaaagctgggactttcagaccaaaaattgcttgcatcattaaaatatttcataaaaatgcgcagtattacttgttt
gi|38728 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagGTA-ATTTCTTTAATATACCGCTAGCCA-
gi|38728 : TGGTCA-AA--------GCTGTG-ACTTT-TAGACCGAAAA-TTGCTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-TAA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTTtaatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagtggtcaaagctgtgacttttagaccgaaaattgcttgcgtcattaaaatatttaataaaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38729 : gtaatttctttaatataccgctagccataatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagGTA-ATTCCTTTGATATACTGCTGGCCA-
gi|38729 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTC-CGGACCGAAAA-TTGCTTCCGTTA-TTAAAATATTTAA-T-A-ATTA---TGCGCAGTATAACTTGTTTtaatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagtggtcaaagctgggacttccggaccgaaaattgcttccgttattaaaatatttaataattatgcgcagtataacttgttt
gi|38730 : gtaattcctttgatatactgctggccataatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCC
gi|38730 : GTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CGGACCGAAAA-TTACTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-A-AGA-AA---CGCGCAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagaggtcaaagctgggactttcggaccgaaaattacttgcgtcattaaaatatttaaaagaaacgcgcagtattacttgttt
gi|38731 : gtaatttctttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagagGTA-ATTTCTTTGATATTCTGCTTGCC
gi|38731 : TGGTCA-AA--------GCTTGG-ACTTT-CGGACCGGAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTAATT-A-A-AA---AGTGCAGTATTACTTGTTTgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgtggtcaaagcttggactttcggaccggaaattgcttgcatcattaaaatatttaattaaaaagtgcagtattacttgttt
gi|38732 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgTGGTTA-AA--------GCTGGG-ACTTT-TGGGCCCAAAA-TTGAT-GTTTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---TGTGCAGTATT
gi|38733 : gtaatttcttttatataccactaaccgttatgtgttaacttgttagctcgtgttttttctcattGTA-ATTTCTTTGATATACCGTTAGCCATAA--------GGTG
gi|38733 : TGTTTGCTT--GTA-TTTTTTTTTTTAAA----TGGCCA-AAACAGCTTCGCTGGT-ACCGT-CAGATTGAAAA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTttaatttgtttgcttgtatttttttttttaaatggccaaaacagcttcgctggtaccgtcagattgaaaattgtttgcgtcattaaaatattt
gi|38734 : gtaatttctttgatataccgttagccataaggtgttaattGTA-ATTTTTTTGATACACCGTTTGCC
gi|38734 : TAGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTG-CGGACTGAAAA-TTGCTTGCGTCA-ATAA------------A-A-AA---CGCACAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaactgtttttttcccaagtagtcaaagctgggacttgcggactgaaaattgcttgcgtcaataaaaaacgcacagtattacttgttt
gi|38735 : gtaatttttttgatacaccgtttgccgcaatgtattaactgtttttttcccaagA--------GCTGGG-ACCAT-CAGACCAAAAT-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATGTG
gi|38736 : gtaatttctttgatagcgttagccatatgatgttaacttgtttatgtgtattcttgttatttttttcaaatggccaaagcagattGTA-ATTTCTTTGATATATCATTAGCCATAA--------Gtacaagtataatatgca
gi|38736 : GCCA-AA--------GTTGGCCAAAGT---GACTGAAAA-CTGTTTGCATCA-ATAAAAAATTTG--T-A-T-AC---TGTGTGGTG-TACTTGTTTgtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagaggccaaagttggccaaagtgactgaaaactgtttgcatcaataaaaaatttgtatactgtgtggtgtacttgttt
gi|38737 : gtaatttctttgatatatcattagccataaggtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagagTGCTTGTGTC-GTG-TTTTTTTCAA------G-TGGTCA-A---------GCTGGG-ACTTT-CGGATAAAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTACAGTATTACTTGTTT
gi|38738 : agtttctttgagatactgctagctgtaatgtgttaacttgttCA-AA--------GCAGAG-ACTTT-CGAACTTAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38739 : ttgctttgtaagtgctagccgtaatgtgttatttgcttgtgtcatgttttttttcaagtgatTTTCTTTGATATACTGCTAGCC
gi|38739 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CGTACTGAAAC-TTGCATACATCA-TTTAAATATTCAA-TGA-A-AA---CGTGCAG---TACTTGTTTgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaattggtcaaagctgggactttcgtactgaaacttgcatacatcatttaaatattcaatgaaaacgtgcagtacttgtttgttt
gi|38740 : tttctttgatatactgctagccgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaatTTTGATATACCGCTTGCCgttt
gi|38740 : TGGTCA-AT--------GCTGGG-ACCTT-CGGACCGAAAA-TTGAATGCGTTA-TCAAAATATTTAA-T-A-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtctttcccaagtggtcaatgctgggaccttcggaccgaaaattgaatgcgttatcaaaatatttaataaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38741 : tttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtctttcccaagTGGTCA-AA--------GATGG---CGCTTCGGGCCGAAAA-TTGCTTGCGACT-TTAAAATGTTTAA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTT
gi|38742 : tgcttgccttaatgcgttaaattgtttgctaatgacgtttatttttccaaagTGGTCA-AA--------GCTGAG-ACT-T-CGAACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTTAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGCACAGTAATACTTGTTT
gi|38743 : gccgtaatgtgttaaattgtttgctcgtgacgtttattttttcaaagTGGTCA-AA--------GCTGAG-ACT-T-CGGACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTAAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38744 : tgttaaattgtttgctcgtgacgtttaaagTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCACTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGCCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38745 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38746 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCAATGGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAA----ACTTGTTT
gi|38747 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTGGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATATTTTTTTACGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38748 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCCAGTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTGGTTT
gi|38749 : actgTGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGA-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGC-T-A-A-AA---CATCCAGTGTTACTTGTTT
gi|38750 : actgTGTTTGCGTCAGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTACTGCGTTACTTGTTT
gi|38751 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTAA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38752 : tTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38753 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTT
gi|38754 : TGTTTGCGTCCATA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-ATGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38755 : TGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATATACCGCTACCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCGGTGTTACTTGTTT
gi|38756 : TGTTTGCATCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------ACTGGG-ACGGT-CTGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38757 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATATCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-GCGGT-TGGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38758 : TTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA--------------A--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38759 : tgttTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGTTATACCACTTGCAA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CTTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38760 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACAGT-CGGATCAAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGAGCAGTTTTACTTGTTT
gi|38761 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGATTA-TTGTTTACGTCA-TTAAAATATTTTA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTCT
gi|38762 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTCCTTTGATATATCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TT-AAATATTTGA-C---A-AA---CGTGCAGT-TTACTTGTTT
gi|38763 : TGTTTTCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCACTAGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTGACATGTTT
gi|38764 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGC-AGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTAAATTGTTT
gi|38765 : TGTTTGTGTCTGTA-TTTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38766 : TGTTTGTGTCTGTA-ATTT-TTTGATATATGGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACTGAATA-TTGTTTTTGTCT-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38767 : GCATCT-TAAAAATAATTAA-T-A-A-AAAAACGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38768 : aattgtaaagctgatggctttccaacaagaacaTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACAGT-TGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTTTTT
gi|38769 : GTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCAAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38770 : GCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38771 : GCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38772 : CG-AA--------GCTTGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38773 : CA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-T-A-AA---CATGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38774 : -CGGACCGAATA-TTGTTATCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGCTT
blockSeqs : T G T ACAGCTTC T A AAA
blockSeqs : T A T . T G .
blockSeqs : . G . . . G .
blockSeqs : . G . . . G .
blockSeqs : . G . . . G .
blockSeqs : . T . . . A .
blockSeqs : . T . . . A .
blockSeqs : . G . . . A .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . T . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . T . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqs : . T . . . . .
blockSeqs : . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
finalCons : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 33333333 0 0 0 0 1 0 7 0 0 111
lowQualScore : . . . ........ . . . . . . . . . ...
lowQualScore : 4 3 6 00000000 9 9 4 9 7 9 8 9 9 555
consensus : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
Reference ( family-476 ) : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTNGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38727 : GTA-ATTTCTTTGATATTCTGCTTGCC
gi|38727 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CAGACCAAAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTCA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTTgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagtggtcaaagctgggactttcagaccaaaaattgcttgcatcattaaaatatttcataaaaatgcgcagtattacttgttt
gi|38728 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgttaacttgtttgctcgtgttgttttttttttcaagGTA-ATTTCTTTAATATACCGCTAGCCA-
gi|38728 : TGGTCA-AA--------GCTGTG-ACTTT-TAGACCGAAAA-TTGCTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-TAA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTTtaatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagtggtcaaagctgtgacttttagaccgaaaattgcttgcgtcattaaaatatttaataaaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38729 : gtaatttctttaatataccgctagccataatgtgttaacttgtttacttgttttgtttgtttttttcaagGTA-ATTCCTTTGATATACTGCTGGCCA-
gi|38729 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTC-CGGACCGAAAA-TTGCTTCCGTTA-TTAAAATATTTAA-T-A-ATTA---TGCGCAGTATAACTTGTTTtaatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagtggtcaaagctgggacttccggaccgaaaattgcttccgttattaaaatatttaataattatgcgcagtataacttgttt
gi|38730 : gtaattcctttgatatactgctggccataatgtgttaacttgtttgcttgtgtgtctttttttcaagGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCC
gi|38730 : GTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CGGACCGAAAA-TTACTTGCGTCA-TTAAAATATTTAA-A-AGA-AA---CGCGCAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagaggtcaaagctgggactttcggaccgaaaattacttgcgtcattaaaatatttaaaagaaacgcgcagtattacttgttt
gi|38731 : gtaatttctttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtttgctctgtcgtgtttttttccaagagGTA-ATTTCTTTGATATTCTGCTTGCC
gi|38731 : TGGTCA-AA--------GCTTGG-ACTTT-CGGACCGGAAA-TTGCTTGCATCA-TTAAAATATTTAATT-A-A-AA---AGTGCAGTATTACTTGTTTgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgtggtcaaagcttggactttcggaccggaaattgcttgcatcattaaaatatttaattaaaaagtgcagtattacttgttt
gi|38732 : gtaatttctttgatattctgcttgccgtaatgtgtgaacttgtatgttcgtgacgTGGTTA-AA--------GCTGGG-ACTTT-TGGGCCCAAAA-TTGAT-GTTTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---TGTGCAGTATT
gi|38733 : gtaatttcttttatataccactaaccgttatgtgttaacttgttagctcgtgttttttctcattGTA-ATTTCTTTGATATACCGTTAGCCATAA--------GGTG
gi|38733 : TGTTTGCTT--GTA-TTTTTTTTTTTAAA----TGGCCA-AAACAGCTTCGCTGGT-ACCGT-CAGATTGAAAA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTttaatttgtttgcttgtatttttttttttaaatggccaaaacagcttcgctggtaccgtcagattgaaaattgtttgcgtcattaaaatattt
gi|38734 : gtaatttctttgatataccgttagccataaggtgttaattGTA-ATTTTTTTGATACACCGTTTGCC
gi|38734 : TAGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTG-CGGACTGAAAA-TTGCTTGCGTCA-ATAA------------A-A-AA---CGCACAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaactgtttttttcccaagtagtcaaagctgggacttgcggactgaaaattgcttgcgtcaataaaaaacgcacagtattacttgttt
gi|38735 : gtaatttttttgatacaccgtttgccgcaatgtattaactgtttttttcccaagA--------GCTGGG-ACCAT-CAGACCAAAAT-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATGTG
gi|38736 : gtaatttctttgatagcgttagccatatgatgttaacttgtttatgtgtattcttgttatttttttcaaatggccaaagcagattGTA-ATTTCTTTGATATATCATTAGCCATAA--------Gtacaagtataatatgca
gi|38736 : GCCA-AA--------GTTGGCCAAAGT---GACTGAAAA-CTGTTTGCATCA-ATAAAAAATTTG--T-A-T-AC---TGTGTGGTG-TACTTGTTTgtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagaggccaaagttggccaaagtgactgaaaactgtttgcatcaataaaaaatttgtatactgtgtggtgtacttgttt
gi|38737 : gtaatttctttgatatatcattagccataaggtattaacttatttgcttgtgtaggttgctttttcaagagTGCTTGTGTC-GTG-TTTTTTTCAA------G-TGGTCA-A---------GCTGGG-ACTTT-CGGATAAAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTACAGTATTACTTGTTT
gi|38738 : agtttctttgagatactgctagctgtaatgtgttaacttgttCA-AA--------GCAGAG-ACTTT-CGAACTTAAAA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-TGA-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38739 : ttgctttgtaagtgctagccgtaatgtgttatttgcttgtgtcatgttttttttcaagtgatTTTCTTTGATATACTGCTAGCC
gi|38739 : TGGTCA-AA--------GCTGGG-ACTTT-CGTACTGAAAC-TTGCATACATCA-TTTAAATATTCAA-TGA-A-AA---CGTGCAG---TACTTGTTTgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaattggtcaaagctgggactttcgtactgaaacttgcatacatcatttaaatattcaatgaaaacgtgcagtacttgtttgttt
gi|38740 : tttctttgatatactgctagccgtaatgtgttaacttgttgtttttttcaatTTTGATATACCGCTTGCCgttt
gi|38740 : TGGTCA-AT--------GCTGGG-ACCTT-CGGACCGAAAA-TTGAATGCGTTA-TCAAAATATTTAA-T-A-A-AA---CGTGCAGTATTACTTGTTTgcaatgtattaacttgtctttcccaagtggtcaatgctgggaccttcggaccgaaaattgaatgcgttatcaaaatatttaataaaacgtgcagtattacttgttt
gi|38741 : tttgatataccgcttgccgcaatgtattaacttgtctttcccaagTGGTCA-AA--------GATGG---CGCTTCGGGCCGAAAA-TTGCTTGCGACT-TTAAAATGTTTAA-TAA-A-AA---TGCGCAGTATTACTTGTTT
gi|38742 : tgcttgccttaatgcgttaaattgtttgctaatgacgtttatttttccaaagTGGTCA-AA--------GCTGAG-ACT-T-CGAACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTTAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGCACAGTAATACTTGTTT
gi|38743 : gccgtaatgtgttaaattgtttgctcgtgacgtttattttttcaaagTGGTCA-AA--------GCTGAG-ACT-T-CGGACCAAAAA-TGGCTTGCGTCT-TTAAAATATTTTA-TAA-A-AA---TGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38744 : tgttaaattgtttgctcgtgacgtttaaagTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCACTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGCCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38745 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38746 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCAATGGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAA----ACTTGTTT
gi|38747 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTGGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATATTTTTTTACGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38748 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCCAGTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTGGTTT
gi|38749 : actgTGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGA-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGC-T-A-A-AA---CATCCAGTGTTACTTGTTT
gi|38750 : actgTGTTTGCGTCAGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTACTGCGTTACTTGTTT
gi|38751 : actgTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTAA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38752 : tTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38753 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTT
gi|38754 : TGTTTGCGTCCATA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-ATGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38755 : TGTTTGCGTTCGTATATTTCTTTGATATACCGCTACCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCGGTGTTACTTGTTT
gi|38756 : TGTTTGCATCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------ACTGGG-ACGGT-CTGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38757 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATATCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-GCGGT-TGGACCGAATA-TTGTTTGTGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38758 : TTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATA--------------A--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38759 : tgttTGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGTTATACCACTTGCAA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CTTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38760 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACAGT-CGGATCAAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGAGCAGTTTTACTTGTTT
gi|38761 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGATTA-TTGTTTACGTCA-TTAAAATATTTTA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTCT
gi|38762 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTCCTTTGATATATCGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TT-AAATATTTGA-C---A-AA---CGTGCAGT-TTACTTGTTT
gi|38763 : TGTTTTCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCACTAGCCA-AA--------GCTGGG-ATGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTTA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTGACATGTTT
gi|38764 : TGTTTGCGTCCGTA-ATTTCTTTGATATACCGCTTGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGC-AGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCATTTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTAAATTGTTT
gi|38765 : TGTTTGTGTCTGTA-TTTTCTTTGATATACCGCTAACCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CAGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38766 : TGTTTGTGTCTGTA-ATTT-TTTGATATATGGCTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACTGAATA-TTGTTTTTGTCT-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38767 : GCATCT-TAAAAATAATTAA-T-A-A-AAAAACGTGCAGTATTACTTGTTT
gi|38768 : aattgtaaagctgatggctttccaacaagaacaTAGCCA-AA--------GCTGGG-ACAGT-TGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTTTTT
gi|38769 : GTCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCAAATA-TTGTTTGCGTCA-TTCAAATATTTGA-T-A-A-AA---TGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38770 : GCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38771 : GCCA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CATGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38772 : CG-AA--------GCTTGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTGTTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGTTT
gi|38773 : CA-AA--------GCTGGG-ACGGT-CGGACCGAATA-TTATTTGCGTCA-TTAAAATATTTGA-T-T-A-AA---CATGCAGCGTTACTTGTTT
gi|38774 : -CGGACCGAATA-TTGTTATCATCA-TTAAAATATTTGA-T-A-A-AA---CGTGCAGTGTTACTTGCTT