lowQualScore : 11 11111 1 11
lowQualScore : 44 7 66 1 1 1 11 2 1 1 11 5 11 111 2222 1 3333333 44444 333 4 111 1 22 1 0 2222 2222 222222 22 3333 1 1 2 22222 1 11 1 0
lowQualScore : .. . .. . . . .. . . . .. . .. ... .... . ....... ..... ... . ... . .. . . .... .... ...... .. .... . . . ..... . .. . .
lowQualScore : 11 8 88 1 1 1 44 6 0 0 33 4 33 777 1111 0 3333333 11111 111 1 888 0 33 0 2 1111 2222 999999 55 3333 1 1 3 99999 1 66 2 6
consensus : GGGTTG-ATATAAACG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AACGA-ATT-TTG--AACATTCACGNC--TG---ATTGC----GC-G-------AAAA-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--A-ATTTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATTCAT-----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
Reference ( gi|142157 ) : GGGTTT-ATATAAACA-CGGGTTT-AA-AAA-C--AACGA-ATT-TTG--AACATTCACGGC--TG---ATTGC----GC-A-------AAAA-A-A-C---TCTTGTACAAG---TTC-TTG--A-ATTTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATTCAT-----TTCACT-ATGAT-ATGACCGAATAAA
gi|142132 : GGGCTG-ATATAAACA-CGGGATT-AA-AAA-C--AATGA-ATT-TTG--AACATTCACGGC--TA---ATTGC----GC-G-------AAAA-A-G-C---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--A-ATTTCA----C----A------T--AT----GTCAA-AACTCGATTAAT-----TTCAAT-AAAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142130 : cgGGGTTA-ATATAAACG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AATGA-ATT-TTC--AACATTCACAGC--TG---ATTAC----GCGA-------AAAA-A-G-C---TCTGGTACAAG---CTC-TTT--A-ATTTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTAGTAAT-----TTCACT-AAAAT-ATAATCAAATAAA
gi|142133 : cgGGGTTG-ATTTACACG-CGGGTTC-AA-AAA-C--AACGA-ATT-TTA--AA-ATTCACGGC--TG---ATTGC----GC-G-------AAAT-A-G-C---TCC-GTACATG---TTC-TTG--G-ACTTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATTCAT-----TTCAAT-ATAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142134 : cgGAGTTG-ATATAAATG-CGGGTTT-TA-AAA-C--AACGA-AGT-TTG--AACATTGAAGGC--TG---ATTGT----GC-A-------AAAA-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--A-ATATCA----C----A------T--A------TT-A-AACTATATTAAT-----TTCACT-AAAAT-ATCACTGAATAAA
gi|142137 : cgGGGCTG-ATATAATCG-CGGATTT-AA-AAC-C--AACGG-ATT-TTG--AAAATTAACGAC--TG---ATCGT----GT-G-------ATCA-A-G-C---TCTGGTTTAAG---TTC-TTG--A-ATTTCA----C----A------T--AT----GTA-A-AACTTTATTAAT-----TTCACT-AAAAT-ATGACTAAATAAA
gi|142158 : cgGGATTG-ATATAAACG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AATGA-ATT-TTG--AATATTCACCGC--TG---ATTGC----GC-G-------AACC-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTC-T-------TTTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTGCTATT-----TTCACT-GAAAT-TTGA---AATAA
gi|142135 : GGGTTG-AT-TAAAAAGCTGGTTT-AA-AAA-CATAAC---ATT-TTG--AATATTCACGCT--CG---AGTAC----GC-A-------AAAA-T-G-C---TTTGGTACAAG---TTC-TTG--A-ATTTTA----C--------------AT----GTT-A-AACTTTACTCAT-----TTCACT-ACAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142136 : cgGGGTTT-AAATAAATG-TGGTTTA-AA-AAA-C--AATGA-ATT-TTG--AACATTCACCTT--TA---ATTGC----GC-G-------AAAA-T-G-T---TCTGGAACAAG---TTC-TTT--A-ATTTCA----T----A------T--AT----GTT-A-AACCATATTTAT-----TTCACT-AAAGT-ATGATCAAATGAA
gi|142139 : caGAGTTG-ATGTAAAC---GGGTTT-AA-AAA-C--AACAA-ATTGTTT--ATCATTCACGGC--TG---ATTGC----AC-G-------AAAA-G-G-C---TCTGGTACAAG---CTC-TTG--A-ATTTCA----C----A------T--AT----CTT-A-----------AT-----TTCACT-AAAAT-ATGGCCGAA
gi|142138 : cgGGGTTG-GTTTAAACG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AACAC-ATT-TTG--AACGTTCAAGCC--CG---ATTGC----GC-A-------AAAA-C-G-C---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--A-AATGTG----C----A------T--AT----AAT-G-AACTTTATTCAT-----ATTACT-ACAAT-ATGA
gi|142131 : cgGGGTTG-TTTTAAATG-CGGGTTT-AT-AAA-C--AATAA-ATT-TTG--AACGTTCACGTC--TG---ATTGC----AT-A-------AAAA-C-G-C---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--G-AATTTA----C----A------A--AT----ATT-A-AACTTCATTAAT-----TTTACT-TTAAT-ATGATAGAA
gi|142142 : cgGGGTTG-ATATAAACG-CGGGTTT-AA-AAC-C--AACTT-ATA-TTT--AACATTCACGAC--TG---ATTGG----GT-G-------AAAA-A-G-C---AAT--TACAAG---TTC-TTG--A-ATGCCA----C----A------A--AT----GTT-G-AAC----TTCAT-----TTCACT-GTAATAACAATCGAATGAA
gi|142140 : cgGGGTTG-AT-TAAACG-CGTGTTT-AA-AAAAC--AATAT-ATT-TTG--AACATTCACGCC--TG---ATTGC----GC-A-------AAAA-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTT-TTGT-A-ATTT-A----T----A------T--AT----GTT-A-AA
gi|142141 : cgGGATTG-ATATAAAAG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AACAA-ATT-TTC--AATATTCACGAC--TG---ACTGC----GC-G-------AAAA-A-G-C---CCTGGTATAAA---TTG-TTG--A-ATTTCA----C----A------
gi|142144 : cgGGATTG-ATATAAATG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AACGA-ATT-TTG--AACATTCACGGG--TG---ATTACTCTGGT-AATCTGGTAAAA-A-G-C---TTTGGTAAAAG---TTCGTTATTA-ATTTCA----CTAAAA------T--ATG---GTT-A-Aaagtacttacataagtccttgattttacatatgtcaaattttataattttcacgaaaatatgatcgaataaa
gi|142147 : cgGGGTTTGAT-TAAA-A-TGG-TTT-AA-AAA-C--AA--A-A--------AATGTTCACGCT--TG---ATTGT----GC-A-------CGAA-T-G-C---TTTGGTATAAG---TTC-TTC--A-ATTTTA----C----A------T--AT----G---------TTATTCAT-----TTCACT-ACA---ATGACTGAATAAA
gi|142155 : cgGGGTTA-ATTTAAACG-CGGGCTT-AA-AA--C--AACAA-ATT-TTG--AACATTTATGAT--TG---ATTGC----AC-A-------AAAA------------TG-A--------TC--TG--ATATTTGA----G----G------T--AT----GTT-A-AACTTCATTCAT-----TATACT-A
gi|142154 : gGAGTTG-GTATAAACG-CAGGTTT-TA-AAA-C--AACAC-ATT-GTG--AACATTCACAAC--TG---ATTGC----GC-A-------AAAA--------------TAC------TTC-TT--------------------------------------T-A-AACTTTATTAAT-----TCCACT-AAAAT-ATGAC
gi|142160 : gGGGTTG-ATAAAAACG-CAGGTTT-AA-AAA-C--AACGA-----TTA--AAATTTCACGCT--TG---ATTGC----GC-A-------AAA
gi|142151 : GGGTTG-ATTAAAACG-CGGGTGT-AA-AAA-T--AACAA-ATT-TTG--AACATCAAC-GC--TT---ATTG-----G-----------------------TCTGGTACAAGGTCTTC-TCG--A-AGTTC
gi|142152 : cgGAGTTT-A---AAGCA----GTTT-ACTAAA-C--AACAA-CTT-TTG--AACATTATCGGC--TG---ATTGC----GC-A-------AAAA-
gi|142153 : cggagttGGGTTA-ATTAAAACG-CAGGTTT-AA-AAA-C--AAC----TT-TTG--AACATTCACGCT--TG---Agctc
gi|142150 : cgGGGTCG-AT-TAAAAAGTGGGTAT-TT-AAA-C--AACAC-ATT-TTG--AACATCCACACT--TG---ATTGC----
gi|142145 : cgGGGTTG-ATTAAAACG-TGGATTT-AA-AAA-C--AATAC-ATT-TAA--AACATT
gi|142146 : cgGGTTG-ATATAAACG-CGAGTTT-TA-AA--C--AAATA-ATA-TTT--AACATTCACGAC--TG---ATTGG----GT-G-------AAAA-A-G-C---TGTGGTACAAA---TTT-TTG--A-ATGCCA----C----A------T--ACTTAAGTT-G-AAC----TTCTT-----TTCATT-ATAAT-
gi|142148 : cgcGGTTG-ATTTAAACG-CGGGTTTTAA-AAA-C--AACAA-TTT-TTC--AACATTTAT-GCTTTG---ATTGC----GC-A-------AAAACA-ATC---TCTGGGACAAG---TTT-TTG--A-ATTTTA----
gi|142156 : cgaGGTTG-ATTTTAACG-CGGGTTT-CC-AAC-C--AACGA-ATA-TTG--AACATTCACGCC--TATATATTGC----
gi|142161 : gaGTTG-ATATAAACG-CGAGTTT-AA-TAA-C--AACGA-ATT-TTG--AACATT-ACGGC--TG---CTTAC----GC-G-------AAAA-A-AGC---TCTGGTACAA--------TTG--A-ATGTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATTAAT-----TTCACT-AAAAT-ATGATCAAATA
gi|142159 : TAAATA-CTGGTTT-TA-AAA-C--AATGA-ATT-TTA--AATATTCTTGCA--TG---ATTGT----GC-A-------AAAACA-A-C---TCTGGTGCAAG---TTC-TTG--A-ATTTCA----C----ATACATGT--AT----GTT-G-AACTT-----AT-----TTTACT-ATAAT-ATGACTAAA-AAA
gi|142143 : gagttgagtTAAACG-CGGGTTT-AA-AAA-C--AA-GATATA-TTG--AATGATCACGCC--CG---ATTGC----GC-A-------AAAA-C-G-C---GCCATTAAAAG---TTT-TTG--A-AATTTG----C----A------T--AT----ATT-G-AACTTTATTCATATTACTTCACT-ATGAT-
gi|142162 : cggggatggttGTTT-AA-ACT-A--AACAA-ATT-TTG--AACGTTCACGCT--TG---ATTGT----GC-A-------AAAA-T-G-C---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--A-ATTT-A----C----A------T--A-----ATT-A-AACTTTATTCAT-----TTCGCT-ACAAT-ATGACTGAATAAAgaaaaaa
gi|142164 : GTAT-AT-AAA-C--AACGA-ATT-TTG--AAAAAGCATGGC--TT---ATTGC----GT-G-------AAAA-A-AGC---TTTGGTACGAG---TTC-TTG--A-ACTTCA----C----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATCAAT-----TTCCCTAAAAAA-ATAACCGAATAGA
gi|142163 : GTCT-TA-AAA-C--AACAT-ATA-TCG--TACGTTCACGCC--CG---ATTGC----GC-A-------AAAA-C-G-C---ACTGAAATATG---TTC-TTG--A-AACTTG----C----A------T--AT----ATT-G-AACTTTATTCAT-----ATGATT-ACAAT-ATGATAGAAAAAA
gi|142165 : TTT-GA-AGA-T--GCCAA-ATT-TTTTTAACATTCACGGC--TG---ATTGC----GC-A-------AAAA-A-A-AAAATCTGGTACAAG---TTC-TTG--A-ATTTCA----C----A------C--AT----GTT-A-AACTTTATTCAT-----TTCACT-ATAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142166 : T-AT-AAA-C--AACAC-ATT-TTG--AACATTCACGCC--TG---ATTGA----AC-A-------AAAA-ATG-C---GTTCGTACAAG---TTC-TTG--A-AATTTA----C----A------T--AT----ATT-A-AACTTCATTCAT-----TTTACT-ATGAT-ATGATAGAA
gi|142167 : -AAA-C--AACAA-ACT-TTA--AACATTCACACT--TG---ATTGC----GC-A-------AAAA-T-A-G---TCTGGTACCAG---CTG-T------ATTTTATTTGC----A------TGAAA----GTT-ATAATCTTAT
gi|142168 : A-C--AGCAA-ATG-TTG--AACATTCACGCT--TA---ATTAC----TA-A-------AAAT-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTT-TTG--A-
gi|142169 : --AACAA-ATT-TTG--AACATTCACGCT--TG---ATTGT----GC-A-------AAAA-T-A-G---TCTGGTACATT---TTC-TTG--A-ATTTTA----C----T------T--AT----GTT-A-AACTTTATTCAG-----TTAGCA-ACAAT-ATGACTTAATAAA
gi|142170 : -ATT-TTT--AACATTCACGCC--TG---ATTGC----GG-G-------AAAA-T-G-C---TGTCGTACAAG---TTC-TTG--A-ATTTCA----C----A------T--AT----GTA-A-AACTTTATTCAT-----TTTACA-ACAAT-ATGACTGA
gi|142171 : -ATT-TTG--AACATTCACGCT--TG---ATTGC----AC-A-------ATGA-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTT-GTG---------A----T----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATTCAT-----TTTACT-ACAAT-
gi|142172 : TG--AATATTTATGCC--TG---ATTCC----GC-A-------AAAA-C-G-C---TCTGGTACAGG---TTC-TTG--A-ATTTCA----T----A------T--AT----GTT-A-AACTTCTTTCAT-----TTTACT-ATAAT-
gi|142173 : ACATTTACGTT--TG---ATCGC----GC-A-------AAAA-T-G-G---TCTGGTAAAAG---TTC-TTG--A-ATTCTA----C----A------TT-AT----GTT-A-AACTTTATTCAT-----TTCACT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142174 : TCACGGC--TG---ATTGC----GC-G-------AAAA-------------------------C-TGG-----TTTTA----C----A------T--AT----TTT-A-AACTTTATTTAT-----TTTACT-GAAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142149 : AAA-A-G-C---TCTGGTACAAG---TTA-TTG--A-ATTTCA----T----A------T--AG----GTT-A-AACAATATAAAT-----TTCGCT-AAACT-ATGACCGTATAAA
gi|142175 : cgggatcgatataaatgcggttttaaaaattactcgAAA-A-A-CGA-TCTGGTACAAG---TTC-------------A----C----A------T--AT----GTT-A-AATATTATTACT-----TTGACT-ACAAT-ATG
gi|142176 : ttgctg-C---TCTGGTACAGG---ATT-TTG--A-ATCTTA----C----A------T--AT----GTT-A-ACCTTCGTTAAT-----TTTACT-
gi|142177 : --A-ATTTCA----A----A------T--AT----GTT-A-AACTTTATTAAT-----TTTACT-AAATT-ATGACCAAATAAA
gi|142141 : A----C----A------T--AT----GTC-A-AATTTTATAATT-----TTCACG-AAAAT-ATGATCGAATAAA
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 5 1 1 1 11 2 1 1 11 22 111 555555555555 11 000 111 111 1 22 2222 2222 444444 22 3333 111 1 1 3333333 555555555555 1 2222 1 1 1 0
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. ... ............ .. ... ... ... . .. .... .... ...... .. .... ... . . ....... ............ . .... . . . .
lowQualScore : 2 2 1 1 0 44 3 0 0 33 88 666 777777777777 33 777 777 777 0 33 1111 2222 777777 44 2222 888 0 0 3333333 555555555555 8 4444 1 0 2 8
consensus : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
Reference ( family-473 ) : GGGTTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142130 : GGGTTAA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTC--AACATTCACA-GCTG---ATTACGC-G----------AAA--AAA-GC---TCTGGTACAAG---CTC-TTT--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------GTAAT----TTCACT-AAAAT-ATAATCAAATAAA
gi|142131 : cgGGGTTGT-TTTAAATGCGGG-TTTAT-AAA-CA--ATAA-ATT-TTG--AACGTTCACG-TCTG---ATTGCAT-A----------AAA--A-C-GC---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--GAATTTA----C----A------A--AT----AT---T-A-A-------ACTTCA------------TTAAT----TTTACT-TTAAT-ATGATAGAA
gi|142132 : cgGGGCTGA-TATAAACACGGG-ATTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GCTA---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---CAA-A-------ACTCGA------------TTAAT----TTCAAT-AAAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142133 : cgGGGTTGA-TTTACACGCGGG-TTCAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTA--AA-ATTCACG-GCTG---ATTGCGC-G----------AAA--T-A-GC---TCCG-TACATG---TTC-TTG--GACTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCAAT-ATAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142134 : cgGAGTTGA-TATAAATGCGGG-TTTTA-AAA-CA--ACGA-AGT-TTG--AACATTGAAG-GCTG---ATTGTGC-A----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATATCA----C----A------T--A------T---T-A-A-------ACTATA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATCACTGAATAAA
gi|142135 : cgGGGTTGA-TTAAAAAGCTGG-TTTAA-AAA-CATAAC---ATT-TTG--AATATTCACG-CTCG---AGTACGC-A----------AAA--A-T-GC---TTTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTTA----C--------------AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------CTCAT----TTCACT-ACAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142136 : cgGGGTTTA-AATAAATGTGGT-TTAAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AACATTCACC-TTTA---ATTGCGC-G----------AAA--A-T-GT---TCTGGAACAAG---TTC-TTT--AATTTCA----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACCATA------------TTTAT----TTCACT-AAAGT-ATGATCAAATGAA
gi|142137 : caGGGCTGA-TATAATCGCGGA-TTTAA-AAC-CA--ACGG-ATT-TTG--AAAATTAACG-ACTG---ATCGTGT-G----------ATC--A-A-GC---TCTGGTTTAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---A-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATGACTAAATAAA
gi|142138 : cgGGGTTGG-TTTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACGTTCAAG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAA--A-C-GC---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--AAATGTG----C----A------T--AT----AA---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATTACT-ACAAT-ATGA
gi|142139 : cgGAGTTGA-TGTAAACG--GG-TTTAA-AAA-CA--ACAA-ATTGTTT--ATCATTCACG-GCTG---ATTGCAC-G----------AAA--A-G-GC---TCTGGTACAAG---CTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----CT---T-A------------------------------AT----TTCACT-AAAAT-ATGGCCGAA
gi|142140 : cgGGGTTGA-T-TAAACGCGTG-TTTAA-AAAACA--ATAT-ATT-TTG--AACATTCACG-CCTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTT-TTGT-AATTT-A----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------A
gi|142141 : cgGGATTGA-TATAAAAGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACAA-ATT-TTC--AATATTCACG-ACTG---ACTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---CCTGGTATAAA---TTG-TTG--AATTTCA----C----AAAG---T--AC----TTACAT-A-AGTCCTTGATTTTACATATGTCAAATTTTATAATTTTCACG-AAAAT-ATGATCGAATAAA
gi|142142 : cgGGGTTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAC-CA--ACTT-ATA-TTT--AACATTCACG-ACTG---ATTGGGT-G----------AAA--A-A-GC---AAT--TACAAG---TTC-TTG--AATGCCA----C----A------A--AT----GT---T-G-A-------AC----------------TTCAT----TTCACT-GTAATAACAATCGAATGAA
gi|142143 : cgGGGATGG-TTTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--A-GATATA-TTG--AATGATCACG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAA--A-C-GC---GCCATTAAAAG---TTT-TTG--AAATTTG----C----A------T--AT----AT---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATTACT-TCACT-ATGATAGAAAAAA
gi|142144 : cgGGATTGA-TATAAATGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GGTG---ATTACTCTGGTAATCTGGTAAA--A-A-GC---TTTGGTAAAAG---TTCGTTATTAATTTCA----CTAAAA------T--ATG---GT---T-A-A-------
gi|142145 : cgGGGTTGA-TTAAAACGTGGA-TTTAA-AAA-CA--ATAC-ATT-TAA--AACATT
gi|142146 : cgGGTTGA-TATAAACGCGAG-TTTTA-AA--CA--AATA-ATA-TTT--AACATTCACG-ACTG---ATTGGGT-G----------AAA--A-A-GC---TGTGGTACAAA---TTT-TTG--AATGCCA----C----A------T--ACTTAAGT---T-G-A-------AC----------------TTCTT----TTCATT-ATAAT-
gi|142147 : cgcGGTTTGA-TTAAAATG---G-TTTAA-AAA-CA--A--A-A--------AATGTTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------CGA--A-T-GC---TTTGGTATAAG---TTC-TTC--AATTTTA----C----A------T--AT----G-------------------TTA------------TTCAT----TTCACT-ACA---ATGACTGAATAAA
gi|142148 : cggGGTTGA-TTTAAACGCGGGTTTTAA-AAA-CA--ACAA-TTT-TTC--AACATTTATGCTTTG---ATTGCGC-A----------AAAACA-A-TC---TCTGGGACAAG---TTT-TTG--AATTTTA----
gi|142149 : cgaGGATCGA-TATAAATGCGGT-TTTAA-AAA-
gi|142149 : cg---ATTACTC-G----------AAA--A---GC---TCTGGTACAAG---TTA-TTG--AATTTCA----T----A------T--AG----GT---T-A-A-------ACAATA------------TAAAT----TTCGCT-AAACT-ATGACCGTATAAAttactcgaaaagctctggtacaagttattgaatttcatataggttaaacaatataaatttcgctaaactatgaccgtataaa
gi|142150 : cgggatcgatataaatgcggttttaaaaGGGTCGA-TTAAAAAGTGGG-TATTT-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACATCCACA-CTTG---ATTGC
gi|142151 : cgGGGTTGA-TTAAAACGCGGG-TGTAA-AAA-TA--ACAA-ATT-TTG--AACATCAACG--CTT---ATTG------------------------G----TCTGGTACAAGGTCTTC-TCG--AAGTTC
gi|142152 : cgGAGTTGAGTTTAAA-GCAG--TTTACTAAA-CA--ACAA-CTT-TTG--AACATTATCG-GCTG---ATTGCGC------------AAA--A-A-GC---TC
gi|142153 : cgGGGTTAA-TTAAAACGCAGG-TTTAA-AAA-CA--AC----TT-TTG--AACATTCACG-CTTG---A
gi|142154 : cgGAGTTGG-TATAAACGCAGG-TTTTA-AAA-CA--ACAC-ATT-GTG--AACATTCACA-ACTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-------------TAC------TTC-T-------------------------------------T---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TCCACT-AAAAT-ATGAC
gi|142155 : gGGGTTAA-TTTAAACGCGGG-CTTAA-AA--CA--ACAA-ATT-TTG--AACATTTATG-ATTG---ATTGCAC-A----------AAA--A-T-GA---TCTGAT------------------ATTTGA----G----G------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTCA------------TTCAT----TATACT-A
gi|142156 : gGGTTGA-TTTTAACGCGGG-TTTCC-AAC-CA--ACGA-ATA-TTG--AACATTCACG-CCTATATATTGC
gi|142157 : gaGGGTTTA-TATAAACACGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GCTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-A-AC---TCTTGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ATGAT-ATGACCGAATAAA
gi|142158 : GGATTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AATATTCACC-GCTG---ATTGCGC-G----------AAC--C-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-T------TTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTG------------CTATT----TTCACT-GAAAT-TTGA---AATAA
gi|142159 : GAGTTGA-GTTAAATACTGG-TTTTA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTA--AATATTCTTG-CATG---ATTGTGC-A----------AAA--ACA-AC---TCTGGTGCAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----ATACATGT--AT----GT---T-G-A-------ACTT-----------------AT----TTTACT-ATAAT-ATGACTAAA-AAA
gi|142160 : GGGTTGA-TAAAAACGCAGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-----TTA--AAATTTCACG-CTTG---ATTGCGC-A----------AAA--
gi|142161 : GTTGA-TATAAACGCGAG-TTTAA-TAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATT-ACG-GCTG---CTTACGC-G----------AAA--A-AAGC---TCTGGTACAA--------TTG--AATGTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATGATCAAATA
gi|142162 : G-TTTAA-ACT-AA--ACAA-ATT-TTG--AACGTTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------AAA--A-T-GC---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--AATTT-A----C----A------T--A-----AT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCGCT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142163 : G-TCTTA-AAA-CA--ACAT-ATA-TCG--TACGTTCACG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAA--A-C-GC---ACTGAAATATG---TTC-TTG--AAACTTG----C----A------T--AT----AT---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATGATT-ACAAT-ATGATAGAAAAAA
gi|142164 : G-TATAT-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AAAAAGCATG-GCTT---ATTGCGT-G----------AAA--A-AAGC---TTTGGTACGAG---TTC-TTG--AACTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TCAAT----TTCCCTAAAAAA-ATAACCGAATAGA
gi|142165 : -TTTGA-AGA-TG--CCAA-ATT-TTTTTAACATTCACG-GCTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-A-AAAAATCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------C--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ATAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142166 : TAT-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACATTCACG-CCTG---ATTGAAC-A----------AAA--A-ATGC---GTTCGTACAAG---TTC-TTG--AAATTTA----C----A------T--AT----AT---T-A-A-------ACTTCA------------TTCAT----TTTACT-ATGAT-ATGATAGAA
gi|142167 : -AAA-CA--ACAA-ACT-TTA--AACATTCACA-CTTG---ATTGCGC-A----------AAA--ATA-G----TCTGGTACCAG---CTG-T-----ATTTTATTTGC----A------TGAAA----GT---T-ATA-------ATCTTA------------T
gi|142168 : A-CA--GCAA-ATG-TTG--AACATTCACG-CTTA---ATTACTA-A----------AAA--T-A-GC---TCTGGTACAAG---TTT-TTG--A
gi|142169 : A--ACAA-ATT-TTG--AACATTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------AAA--ATA-G----TCTGGTACATT---TTC-TTG--AATTTTA----C----T------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAG----TTAGCA-ACAAT-ATGACTTAATAAA
gi|142170 : -ATT-TTT--AACATTCACG-CCTG---ATTGCGG-G----------AAA--A-T-GC---TGTCGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---A-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTTACA-ACAAT-ATGACTGA
gi|142171 : -ATT-TTG--AACATTCACG-CTTG---ATTGCAC-A----------ATG--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTT-GTG--------A----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTTACT-ACAAT-
gi|142172 : TG--AATATTTATG-CCTG---ATTCCGC-A----------AAA--A-C-GC---TCTGGTACAGG---TTC-TTG--AATTTCA----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTCT------------TTCAT----TTTACT-ATAAT-
gi|142173 : ACATTTACG-TTTG---ATCGCGC-A----------AAA--A-T-GG---TCTGGTAAAAG---TTC-TTG--AATTCTA----C----A------TT-AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142174 : TCACG-GCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A---------CTGGT--------------------TTTA----C----A------T--AT----TT---T-A-A-------ACTTTA------------TTTAT----TTTACT-GAAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142175 : TTGC-T-G----------AAA--A-ACGA---TCTGGTACAAG---TTC------------A----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ATATTA------------TTACT----TTGACT-ACAAT-ATG
gi|142176 : C---TCTGGTACAGG---ATT-TTG--AATCTTA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------CCTTCG------------TTAAT----TTTACT-
gi|142177 : --AATTTCA----A----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTTACT-AAATT-ATGACCAAATAAA
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 2 1 1 1 11 2 1 1 11 22 111 555555555555 11 000 111 111 1 22 2222 2222 444444 22 3333 111 1 1 3333333 555555555555 1 2222 1 1 1 0
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. ... ............ .. ... ... ... . .. .... .... ...... .. .... ... . . ....... ............ . .... . . . .
lowQualScore : 3 3 1 1 1 44 3 0 0 33 88 666 777777777777 33 777 777 777 0 33 1111 2222 777777 44 2222 888 0 0 3333333 555555555555 8 4444 1 0 2 8
consensus : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
Reference ( family-473 ) : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142130 : GGGTTAA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTC--AACATTCACA-GCTG---ATTACGC-G----------AAA--AAA-GC---TCTGGTACAAG---CTC-TTT--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------GTAAT----TTCACT-AAAAT-ATAATCAAATAAA
gi|142131 : cgGGGTTGT-TTTAAATGCGGG-TTTAT-AAA-CA--ATAA-ATT-TTG--AACGTTCACG-TCTG---ATTGCAT-A----------AAA--A-C-GC---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--GAATTTA----C----A------A--AT----AT---T-A-A-------ACTTCA------------TTAAT----TTTACT-TTAAT-ATGATAGAA
gi|142132 : cgGGGCTGA-TATAAACACGGG-ATTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GCTA---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---CAA-A-------ACTCGA------------TTAAT----TTCAAT-AAAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142133 : cgGGGTTGA-TTTACACGCGGG-TTCAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTA--AA-ATTCACG-GCTG---ATTGCGC-G----------AAA--T-A-GC---TCCG-TACATG---TTC-TTG--GACTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCAAT-ATAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142134 : cgGAGTTGA-TATAAATGCGGG-TTTTA-AAA-CA--ACGA-AGT-TTG--AACATTGAAG-GCTG---ATTGTGC-A----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATATCA----C----A------T--A------T---T-A-A-------ACTATA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATCACTGAATAAA
gi|142135 : cgGGGTTGA-TTAAAAAGCTGG-TTTAA-AAA-CATAAC---ATT-TTG--AATATTCACG-CTCG---AGTACGC-A----------AAA--A-T-GC---TTTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTTA----C--------------AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------CTCAT----TTCACT-ACAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142136 : cgGGGTTTA-AATAAATGTGGT-TTAAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AACATTCACC-TTTA---ATTGCGC-G----------AAA--A-T-GT---TCTGGAACAAG---TTC-TTT--AATTTCA----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACCATA------------TTTAT----TTCACT-AAAGT-ATGATCAAATGAA
gi|142137 : caGGGCTGA-TATAATCGCGGA-TTTAA-AAC-CA--ACGG-ATT-TTG--AAAATTAACG-ACTG---ATCGTGT-G----------ATC--A-A-GC---TCTGGTTTAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---A-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATGACTAAATAAA
gi|142138 : cgGGGTTGG-TTTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACGTTCAAG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAA--A-C-GC---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--AAATGTG----C----A------T--AT----AA---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATTACT-ACAAT-ATGA
gi|142139 : cgGAGTTGA-TGTAAACG--GG-TTTAA-AAA-CA--ACAA-ATTGTTT--ATCATTCACG-GCTG---ATTGCAC-G----------AAA--A-G-GC---TCTGGTACAAG---CTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----CT---T-A------------------------------AT----TTCACT-AAAAT-ATGGCCGAA
gi|142140 : cgGGGTTGA-T-TAAACGCGTG-TTTAA-AAAACA--ATAT-ATT-TTG--AACATTCACG-CCTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTT-TTGT-AATTT-A----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------A
gi|142141 : cgGGATTGA-TATAAAAGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACAA-ATT-TTC--AATATTCACG-ACTG---ACTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---CCTGGTATAAA---TTG-TTG--AATTTCA----C----AAAG---T--AC----TTACAT-A-AGTCCTTGATTTTACATATGTCAAATTTTATAATTTTCACG-AAAAT-ATGATCGAATAAA
gi|142142 : cgGGGTTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAC-CA--ACTT-ATA-TTT--AACATTCACG-ACTG---ATTGGGT-G----------AAA--A-A-GC---AAT--TACAAG---TTC-TTG--AATGCCA----C----A------A--AT----GT---T-G-A-------AC----------------TTCAT----TTCACT-GTAATAACAATCGAATGAA
gi|142143 : cgGGGATGG-TTTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--A-GATATA-TTG--AATGATCACG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAA--A-C-GC---GCCATTAAAAG---TTT-TTG--AAATTTG----C----A------T--AT----AT---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATTACT-TCACT-ATGATAGAAAAAA
gi|142144 : cgGGATTGA-TATAAATGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GGTG---ATTACTCTGGTAATCTGGTAAA--A-A-GC---TTTGGTAAAAG---TTCGTTATTAATTTCA----CTAAAA------T--ATG---GT---T-A-A-------
gi|142145 : cgGGGTTGA-TTAAAACGTGGA-TTTAA-AAA-CA--ATAC-ATT-TAA--AACATT
gi|142146 : cgGGTTGA-TATAAACGCGAG-TTTTA-AA--CA--AATA-ATA-TTT--AACATTCACG-ACTG---ATTGGGT-G----------AAA--A-A-GC---TGTGGTACAAA---TTT-TTG--AATGCCA----C----A------T--ACTTAAGT---T-G-A-------AC----------------TTCTT----TTCATT-ATAAT-
gi|142147 : cgcGGTTTGA-TTAAAATG---G-TTTAA-AAA-CA--A--A-A--------AATGTTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------CGA--A-T-GC---TTTGGTATAAG---TTC-TTC--AATTTTA----C----A------T--AT----G-------------------TTA------------TTCAT----TTCACT-ACA---ATGACTGAATAAA
gi|142148 : cggGGTTGA-TTTAAACGCGGGTTTTAA-AAA-CA--ACAA-TTT-TTC--AACATTTATGCTTTG---ATTGCGC-A----------AAAACA-A-TC---TCTGGGACAAG---TTT-TTG--AATTTTA----
gi|142149 : cga---ATTACTC-G----------AAA--A---GC---TCTGGTACAAG---TTA-TTG--AATTTCA----T----A------T--AG----GT---T-A-A-------ACAATA------------TAAAT----TTCGCT-AAACT-ATGACCGTATAAA
gi|142150 : cgggatcgatataaatgcggttttaaaaGGGTCGA-TTAAAAAGTGGG-TATTT-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACATCCACA-CTTG---ATTGC
gi|142151 : cgGGGTTGA-TTAAAACGCGGG-TGTAA-AAA-TA--ACAA-ATT-TTG--AACATCAACG--CTT---ATTG------------------------G----TCTGGTACAAGGTCTTC-TCG--AAGTTC
gi|142152 : cgGAGTTGAGTTTAAA-GCAG--TTTACTAAA-CA--ACAA-CTT-TTG--AACATTATCG-GCTG---ATTGCGC------------AAA--A-A-GC---TC
gi|142153 : cgGGGTTAA-TTAAAACGCAGG-TTTAA-AAA-CA--AC----TT-TTG--AACATTCACG-CTTG---A
gi|142154 : cgGAGTTGG-TATAAACGCAGG-TTTTA-AAA-CA--ACAC-ATT-GTG--AACATTCACA-ACTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-------------TAC------TTC-T-------------------------------------T---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TCCACT-AAAAT-ATGAC
gi|142155 : gGGGTTAA-TTTAAACGCGGG-CTTAA-AA--CA--ACAA-ATT-TTG--AACATTTATG-ATTG---ATTGCAC-A----------AAA--A-T-GA---TCTGAT------------------ATTTGA----G----G------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTCA------------TTCAT----TATACT-A
gi|142156 : gGGTTGA-TTTTAACGCGGG-TTTCC-AAC-CA--ACGA-ATA-TTG--AACATTCACG-CCTATATATTGC
gi|142157 : gaGGGTTTA-TATAAACACGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GCTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-A-AC---TCTTGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ATGAT-ATGACCGAATAAA
gi|142158 : GGATTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AATATTCACC-GCTG---ATTGCGC-G----------AAC--C-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-T------TTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTG------------CTATT----TTCACT-GAAAT-TTGA---AATAA
gi|142159 : GAGTTGA-GTTAAATACTGG-TTTTA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTA--AATATTCTTG-CATG---ATTGTGC-A----------AAA--ACA-AC---TCTGGTGCAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----ATACATGT--AT----GT---T-G-A-------ACTT-----------------AT----TTTACT-ATAAT-ATGACTAAA-AAA
gi|142160 : GGGTTGA-TAAAAACGCAGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-----TTA--AAATTTCACG-CTTG---ATTGCGC-A----------AAA--
gi|142161 : GTTGA-TATAAACGCGAG-TTTAA-TAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATT-ACG-GCTG---CTTACGC-G----------AAA--A-AAGC---TCTGGTACAA--------TTG--AATGTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATGATCAAATA
gi|142162 : G-TTTAA-ACT-AA--ACAA-ATT-TTG--AACGTTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------AAA--A-T-GC---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--AATTT-A----C----A------T--A-----AT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCGCT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142163 : G-TCTTA-AAA-CA--ACAT-ATA-TCG--TACGTTCACG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAA--A-C-GC---ACTGAAATATG---TTC-TTG--AAACTTG----C----A------T--AT----AT---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATGATT-ACAAT-ATGATAGAAAAAA
gi|142164 : G-TATAT-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AAAAAGCATG-GCTT---ATTGCGT-G----------AAA--A-AAGC---TTTGGTACGAG---TTC-TTG--AACTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TCAAT----TTCCCTAAAAAA-ATAACCGAATAGA
gi|142165 : -TTTGA-AGA-TG--CCAA-ATT-TTTTTAACATTCACG-GCTG---ATTGCGC-A----------AAA--A-A-AAAAATCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------C--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ATAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142166 : TAT-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACATTCACG-CCTG---ATTGAAC-A----------AAA--A-ATGC---GTTCGTACAAG---TTC-TTG--AAATTTA----C----A------T--AT----AT---T-A-A-------ACTTCA------------TTCAT----TTTACT-ATGAT-ATGATAGAA
gi|142167 : -AAA-CA--ACAA-ACT-TTA--AACATTCACA-CTTG---ATTGCGC-A----------AAA--ATA-G----TCTGGTACCAG---CTG-T-----ATTTTATTTGC----A------TGAAA----GT---T-ATA-------ATCTTA------------T
gi|142168 : A-CA--GCAA-ATG-TTG--AACATTCACG-CTTA---ATTACTA-A----------AAA--T-A-GC---TCTGGTACAAG---TTT-TTG--A
gi|142169 : A--ACAA-ATT-TTG--AACATTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------AAA--ATA-G----TCTGGTACATT---TTC-TTG--AATTTTA----C----T------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAG----TTAGCA-ACAAT-ATGACTTAATAAA
gi|142170 : -ATT-TTT--AACATTCACG-CCTG---ATTGCGG-G----------AAA--A-T-GC---TGTCGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---A-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTTACA-ACAAT-ATGACTGA
gi|142171 : -ATT-TTG--AACATTCACG-CTTG---ATTGCAC-A----------ATG--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTT-GTG--------A----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTTACT-ACAAT-
gi|142172 : TG--AATATTTATG-CCTG---ATTCCGC-A----------AAA--A-C-GC---TCTGGTACAGG---TTC-TTG--AATTTCA----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTCT------------TTCAT----TTTACT-ATAAT-
gi|142173 : ACATTTACG-TTTG---ATCGCGC-A----------AAA--A-T-GG---TCTGGTAAAAG---TTC-TTG--AATTCTA----C----A------TT-AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142174 : TCACG-GCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A---------CTGGT--------------------TTTA----C----A------T--AT----TT---T-A-A-------ACTTTA------------TTTAT----TTTACT-GAAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142175 : TTGC-T-G----------AAA--A-ACGA---TCTGGTACAAG---TTC------------A----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ATATTA------------TTACT----TTGACT-ACAAT-ATG
gi|142176 : C---TCTGGTACAGG---ATT-TTG--AATCTTA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------CCTTCG------------TTAAT----TTTACT-
gi|142177 : --AATTTCA----A----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTTACT-AAATT-ATGACCAAATAAA
blockSeqs : G T T T A TA A TT CT TAT TGGTAATCTGGT AC CA AAA GTC TT TTTG TAAA TACATG GA TTAA ACA A T GTCCTTG CATATGTCAAAT A AATT A T A
blockSeqs : . A . . . . G . T . A . AA . . T . . AAG T G . . . . . A . . A .
blockSeqs : . T . . . . G . G . G . AA . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . A . . . . G . G . G . AT . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . T . . . . G . G . A . TA . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . A . . . . G . C . A . TA . . . . . . . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : . A . . . . A . T . G . AC . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . T . . . . A . A . G . C . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . G . . . . A . C . A . A . . . . . . . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : . A . . . . A . G . G . A . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . A . . . . T . C . A . A . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . T . . . . G . A . G . T . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . A . . . . G . A . G . T . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . T . . . . A . C . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . C .
blockSeqs : . A . . . . T . G . G . C . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . T . . . . A . A . A . G . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . T . . . . A . C . A . A . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . T . . . . A . C . G . A . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . T . . . . A . G . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . T .
blockSeqs : . T . . . . A . C . A . C . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . T . . . . A . A . A . A . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . A . . . . G . A . G . A . . . . . . . . . . . . . A . . C .
blockSeqs : . T . . . . G . C . A . T . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . T . . . . G . G . A . A . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . A . . . . G . G . G . A . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . A . . . . G . C . A . T . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . T . . . . G . C . A . A . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . A . . . . A . G . G . A . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . A . . . . A . C . A . T . . . . . . . . . . . . . C . . T .
blockSeqs : . . . . . . G . C . A . C . . . . . . . . . . . . . T . . C .
blockSeqs : . . . . A . G . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . . . . A . G . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . C .
blockSeqs : . . . . A . C . A . T . . . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . . . . A . C . G . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . C . A . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . A . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . G . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : N**
originalCons : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAA--A-A-GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
finalCons : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAA--AN--GC---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
Alignments
lowQualScore : 1 2 1 1 1 11 2 1 1 11 22 111 666666666666 999 11 111 111 1 22 2222 2222 555555 11 3333 111 1 1 3333333 555555555555 1 2222 1 1 1 0
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. ... ............ ... .. ... ... . .. .... .... ...... .. .... ... . . ....... ............ . .... . . . .
lowQualScore : 3 3 1 1 1 44 3 0 0 33 88 666 000000000000 111 33 777 777 0 33 1111 2222 888888 44 2222 888 0 0 3333333 555555555555 8 4444 1 0 2 8
consensus : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAAA-N-G--C---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
Reference ( family-473 ) : GGGTTGA-TNTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-NCTG---ATTGCGC-G----------AAAA-N-G--C---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ANAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142130 : GGGTTAA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTC--AACATTCACA-GCTG---ATTACGC-G----------AAAA-AAG--C---TCTGGTACAAG---CTC-TTT--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------GTAAT----TTCACT-AAAAT-ATAATCAAATAAA
gi|142131 : cgGGGTTGT-TTTAAATGCGGG-TTTAT-AAA-CA--ATAA-ATT-TTG--AACGTTCACG-TCTG---ATTGCAT-A----------AAAA-C-G--C---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--GAATTTA----C----A------A--AT----AT---T-A-A-------ACTTCA------------TTAAT----TTTACT-TTAAT-ATGATAGAA
gi|142132 : cgGGGCTGA-TATAAACACGGG-ATTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GCTA---ATTGCGC-G----------AAAA-A-G--C---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---CAA-A-------ACTCGA------------TTAAT----TTCAAT-AAAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142133 : cgGGGTTGA-TTTACACGCGGG-TTCAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTA--AA-ATTCACG-GCTG---ATTGCGC-G----------AAAT-A-G--C---TCCG-TACATG---TTC-TTG--GACTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCAAT-ATAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142134 : cgGAGTTGA-TATAAATGCGGG-TTTTA-AAA-CA--ACGA-AGT-TTG--AACATTGAAG-GCTG---ATTGTGC-A----------AAAA-A-G--C---TCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATATCA----C----A------T--A------T---T-A-A-------ACTATA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATCACTGAATAAA
gi|142135 : cgGGGTTGA-TTAAAAAGCTGG-TTTAA-AAA-CATAAC---ATT-TTG--AATATTCACG-CTCG---AGTACGC-A----------AAAA-T-G--C---TTTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTTA----C--------------AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------CTCAT----TTCACT-ACAAT-ATGATTGAATAAA
gi|142136 : cgGGGTTTA-AATAAATGTGGT-TTAAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AACATTCACC-TTTA---ATTGCGC-G----------AAAA-T-G--T---TCTGGAACAAG---TTC-TTT--AATTTCA----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACCATA------------TTTAT----TTCACT-AAAGT-ATGATCAAATGAA
gi|142137 : caGGGCTGA-TATAATCGCGGA-TTTAA-AAC-CA--ACGG-ATT-TTG--AAAATTAACG-ACTG---ATCGTGT-G----------ATCA-A-G--C---TCTGGTTTAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---A-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATGACTAAATAAA
gi|142138 : cgGGGTTGG-TTTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACGTTCAAG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAAA-C-G--C---GCTGGTACAAG---TTC-TTG--AAATGTG----C----A------T--AT----AA---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATTACT-ACAAT-ATGA
gi|142139 : cgGAGTTGA-TGTAAACG--GG-TTTAA-AAA-CA--ACAA-ATTGTTT--ATCATTCACG-GCTG---ATTGCAC-G----------AAAA-G-G--C---TCTGGTACAAG---CTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----CT---T-A------------------------------AT----TTCACT-AAAAT-ATGGCCGAA
gi|142140 : cgGGGTTGA-T-TAAACGCGTG-TTTAA-AAAACA--ATAT-ATT-TTG--AACATTCACG-CCTG---ATTGCGC-A----------AAAA-A-G--C---TCTGGTACAAG---TTT-TTGT-AATTT-A----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------A
gi|142141 : cgGGATTGA-TATAAAAGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACAA-ATT-TTC--AATATTCACG-ACTG---ACTGCGC-G----------AAAA-A-G--C---CCTGGTATAAA---TTG-TTG--AATTTCA----C----AAAG---T--AC----TTACAT-A-AGTCCTTGATTTTACATATGTCAAATTTTATAATTTTCACG-AAAAT-ATGATCGAATAAA
gi|142142 : cgGGGTTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAC-CA--ACTT-ATA-TTT--AACATTCACG-ACTG---ATTGGGT-G----------AAAA-A-G--C---AAT--TACAAG---TTC-TTG--AATGCCA----C----A------A--AT----GT---T-G-A-------AC----------------TTCAT----TTCACT-GTAATAACAATCGAATGAA
gi|142143 : cgGGGATGG-TTTAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--A-GATATA-TTG--AATGATCACG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAAA-C-G--C---GCCATTAAAAG---TTT-TTG--AAATTTG----C----A------T--AT----AT---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATTACT-TCACT-ATGATAGAAAAAA
gi|142144 : cgGGATTGA-TATAAATGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GGTG---ATTACTCTGGTAATCTGGTAAAA-A-G--C---TTTGGTAAAAG---TTCGTTATTAATTTCA----CTAAAA------T--ATG---GT---T-A-A-------
gi|142145 : cgGGGTTGA-TTAAAACGTGGA-TTTAA-AAA-CA--ATAC-ATT-TAA--AACATT
gi|142146 : cgGGTTGA-TATAAACGCGAG-TTTTA-AA--CA--AATA-ATA-TTT--AACATTCACG-ACTG---ATTGGGT-G----------AAAA-A-G--C---TGTGGTACAAA---TTT-TTG--AATGCCA----C----A------T--ACTTAAGT---T-G-A-------AC----------------TTCTT----TTCATT-ATAAT-
gi|142147 : cgcGGTTTGA-TTAAAATG---G-TTTAA-AAA-CA--A--A-A--------AATGTTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------CGAA-T-G--C---TTTGGTATAAG---TTC-TTC--AATTTTA----C----A------T--AT----G-------------------TTA------------TTCAT----TTCACT-ACA---ATGACTGAATAAA
gi|142148 : cggGGTTGA-TTTAAACGCGGGTTTTAA-AAA-CA--ACAA-TTT-TTC--AACATTTATGCTTTG---ATTGCGC-A----------AAAA-C-AATC---TCTGGGACAAG---TTT-TTG--AATTTTA----
gi|142149 : cga---ATTACTC-G----------AAAA---G--C---TCTGGTACAAG---TTA-TTG--AATTTCA----T----A------T--AG----GT---T-A-A-------ACAATA------------TAAAT----TTCGCT-AAACT-ATGACCGTATAAA
gi|142150 : cgggatcgatataaatgcggttttaaaaGGGTCGA-TTAAAAAGTGGG-TATTT-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACATCCACA-CTTG---ATTGC
gi|142151 : cgGGGTTGA-TTAAAACGCGGG-TGTAA-AAA-TA--ACAA-ATT-TTG--AACATCAACG--CTT---ATTG----------------------G------TCTGGTACAAGGTCTTC-TCG--AAGTTC
gi|142152 : cgGAGTTGAGTTTAAA-GCAG--TTTACTAAA-CA--ACAA-CTT-TTG--AACATTATCG-GCTG---ATTGCGC------------AAAA-A-G--C---TC
gi|142153 : cgGGGTTAA-TTAAAACGCAGG-TTTAA-AAA-CA--AC----TT-TTG--AACATTCACG-CTTG---A
gi|142154 : cgGAGTTGG-TATAAACGCAGG-TTTTA-AAA-CA--ACAC-ATT-GTG--AACATTCACA-ACTG---ATTGCGC-A----------AAAA---------------TAC------TTC-T-------------------------------------T---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TCCACT-AAAAT-ATGAC
gi|142155 : gGGGTTAA-TTTAAACGCGGG-CTTAA-AA--CA--ACAA-ATT-TTG--AACATTTATG-ATTG---ATTGCAC-A----------AAAA-T-G--A---TCTGAT------------------ATTTGA----G----G------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTCA------------TTCAT----TATACT-A
gi|142156 : gGGTTGA-TTTTAACGCGGG-TTTCC-AAC-CA--ACGA-ATA-TTG--AACATTCACG-CCTATATATTGC
gi|142157 : gaGGGTTTA-TATAAACACGGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATTCACG-GCTG---ATTGCGC-A----------AAAA-A-A--C---TCTTGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ATGAT-ATGACCGAATAAA
gi|142158 : GGATTGA-TATAAACGCGGG-TTTAA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTG--AATATTCACC-GCTG---ATTGCGC-G----------AACC-A-G--C---TCTGGTACAAG---TTC-T------TTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTG------------CTATT----TTCACT-GAAAT-TTGA---AATAA
gi|142159 : GAGTTGA-GTTAAATACTGG-TTTTA-AAA-CA--ATGA-ATT-TTA--AATATTCTTG-CATG---ATTGTGC-A----------AAAACA-A--C---TCTGGTGCAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----ATACATGT--AT----GT---T-G-A-------ACTT-----------------AT----TTTACT-ATAAT-ATGACTAAA-AAA
gi|142160 : GGGTTGA-TAAAAACGCAGG-TTTAA-AAA-CA--ACGA-----TTA--AAATTTCACG-CTTG---ATTGCGC-A----------AAA
gi|142161 : GTTGA-TATAAACGCGAG-TTTAA-TAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AACATT-ACG-GCTG---CTTACGC-G----------AAAA-AAG--C---TCTGGTACAA--------TTG--AATGTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTCACT-AAAAT-ATGATCAAATA
gi|142162 : G-TTTAA-ACT-AA--ACAA-ATT-TTG--AACGTTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------AAAA-T-G--C---TCTTGTACAAG---TTC-TTT--AATTT-A----C----A------T--A-----AT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCGCT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142163 : G-TCTTA-AAA-CA--ACAT-ATA-TCG--TACGTTCACG-CCCG---ATTGCGC-A----------AAAA-C-G--C---ACTGAAATATG---TTC-TTG--AAACTTG----C----A------T--AT----AT---T-G-A-------ACTTTA------------TTCAT----ATGATT-ACAAT-ATGATAGAAAAAA
gi|142164 : G-TATAT-AAA-CA--ACGA-ATT-TTG--AAAAAGCATG-GCTT---ATTGCGT-G----------AAAA-AAG--C---TTTGGTACGAG---TTC-TTG--AACTTCA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TCAAT----TTCCCTAAAAAA-ATAACCGAATAGA
gi|142165 : -TTTGA-AGA-TG--CCAA-ATT-TTTTTAACATTCACG-GCTG---ATTGCGC-A----------AAAA-A-A--AAAATCTGGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------C--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ATAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142166 : TAT-AAA-CA--ACAC-ATT-TTG--AACATTCACG-CCTG---ATTGAAC-A----------AAAA-ATG--C---GTTCGTACAAG---TTC-TTG--AAATTTA----C----A------T--AT----AT---T-A-A-------ACTTCA------------TTCAT----TTTACT-ATGAT-ATGATAGAA
gi|142167 : -AAA-CA--ACAA-ACT-TTA--AACATTCACA-CTTG---ATTGCGC-A----------AAAA-T-A--G---TCTGGTACCAG---CTG-T-----ATTTTATTTGC----A------TGAAA----GT---T-ATA-------ATCTTA------------T
gi|142168 : A-CA--GCAA-ATG-TTG--AACATTCACG-CTTA---ATTACTA-A----------AAAT-A-G--C---TCTGGTACAAG---TTT-TTG--A
gi|142169 : A--ACAA-ATT-TTG--AACATTCACG-CTTG---ATTGTGC-A----------AAAA-T-A--G---TCTGGTACATT---TTC-TTG--AATTTTA----C----T------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAG----TTAGCA-ACAAT-ATGACTTAATAAA
gi|142170 : -ATT-TTT--AACATTCACG-CCTG---ATTGCGG-G----------AAAA-T-G--C---TGTCGTACAAG---TTC-TTG--AATTTCA----C----A------T--AT----GT---A-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTTACA-ACAAT-ATGACTGA
gi|142171 : -ATT-TTG--AACATTCACG-CTTG---ATTGCAC-A----------ATGA-A-G--C---TCTGGTACAAG---TTT-GTG--------A----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTTACT-ACAAT-
gi|142172 : TG--AATATTTATG-CCTG---ATTCCGC-A----------AAAA-C-G--C---TCTGGTACAGG---TTC-TTG--AATTTCA----T----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTCT------------TTCAT----TTTACT-ATAAT-
gi|142173 : ACATTTACG-TTTG---ATCGCGC-A----------AAAA-T-G--G---TCTGGTAAAAG---TTC-TTG--AATTCTA----C----AT-----T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTCAT----TTCACT-ACAAT-ATGACTGAATAAA
gi|142174 : TCACG-GCTG---ATTGCGC-G----------AAAA-----------CTGGT--------------------TTTA----C----A------T--AT----TT---T-A-A-------ACTTTA------------TTTAT----TTTACT-GAAAT-ATGACCGAATAAA
gi|142175 : TTGCTG-A----------AAAA-C-G--A---TCTGGTACAAG---TTC------------A----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------ATATTA------------TTACT----TTGACT-ACAAT-ATG
gi|142176 : --C---TCTGGTACAGG---ATT-TTG--AATCTTA----C----A------T--AT----GT---T-A-A-------CCTTCG------------TTAAT----TTTACT-
gi|142177 : --AATTTCA----A----A------T--AT----GT---T-A-A-------ACTTTA------------TTAAT----TTTACT-AAATT-ATGACCAAATAAA