lowQualScore : 111 2222 1
lowQualScore : 1 0 666 1 000 11 0 111 1111 2222 0 1 9
lowQualScore : . . ... . ... .. . ... .... .... . . .
lowQualScore : 0 9 888 7 444 11 8 444 7777 0000 9 0 9
consensus : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGATG--AAC----TCAT-GATGGA-TTTTTTT
Reference ( gi|94478 ) : CCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAGAGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGATA--AAC----TCAT-GATGGA-TTTATTT
gi|94449 : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CGGAGGATGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGATG--AAC----TCCT-GATGGT-TTT
gi|94448 : tCCCTG-CATGTAA-TTCTG--ACCACA-AGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGATA--AAT----TAAT-GATGGA-TTTTTTTttct
gi|94451 : tCTCTG-CATGAAG-TTCTG--ACA-TCGAGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGATC--AAC----TCAT-GATGGA-TTT-TTT
gi|94454 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CCTCGGGTGACA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGAT----AC----TCAT-GATGGA-TT
gi|94453 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CAG---GTGAGA--T-TTTCCTATCCCAC---AAGGATG--AAC----TCCT-GATGGA-TTctt
gi|94480 : tCCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTGGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGCT----AT----TCAT-GATGGA-TTgtttt
gi|94456 : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAAAGGGTGAGG--T-TCTTCTATCCTAC---AAGGAT----------CCAT-GTTGGA-TTctt
gi|94466 : tCCCTG-CATGTAATTTTTT--ATC-CAGAGGGTGCTA----TTTTCTATCCCAC---ATAGAT----AC----TCAT-GACGGA-TTctt
gi|94481 : tCCCTG-CA----A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-TTGTCTGTTCCAC---ATGGATT--AAC----TGAT-GATGGA-TTT-TTT
gi|94455 : CCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAAAGGGTGAGA--T-ATTTCTATCCTA---------------------CAT-GATGGA-TTTTTTT
gi|94464 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-GCTCGGGTGAGA--T-ATTTCTATCCCAC---ACGGAT----AC----TCAT-AATGGA-T
gi|94457 : tCCCTG-CATACA--TTTTG--AAC-CACAGAGTGAGA--T-TTTCCTATTCCAC---ATGGTTG--AAC----TGAT-GATGGA-TTT-TTTgttt
gi|94482 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CAGATGGTGAGA--T-TTTTCTATCTCTC---ATGGTTG--AGT----TCATAGAT
gi|94465 : CCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACT-CCTCGGGTGAGA--T-ATTTTTATCCAAC---ATGGAT----AC----TCAT-GATGGA-TTatctttct
gi|94461 : tCCCTT-CATGTTA-CTTTG--ATG-CAGAAGATGAGA--T-TGTTCTATCCCAC---ATAAATG--AAC----TCAT-GGCGGA-TTT-TTTctt
gi|94463 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACG-CTTTCGGTGAGT--T-ATTTCTATCCCAC---ATGAATG--AAT----TCAT-GACGGA-TTTTTTT
gi|94459 : tCCATG-TATGTAA-TTTTG--GCC-TAAAGGGTTACA--T-TTTTCTATCCCAT---ATGGATG--AA-------GT-GGTGGA-TTTTTTT
gi|94470 : tcCCCTG-CATGTAA-TTTCA--ACC-CCTCAGGTGAGA--T-ATTTCTATCC--C---ATGAAC----AC----TTAT-GATGGA-TT
gi|94467 : tCCCTA-CATATAA-TTT-G--ACC-CCTCGGGTGAGA--C-TTTTCTATCCCAC---ATGAATATGAATGAGATCCT-GATGGA-TTTTTTTctt
gi|94468 : tCTCTA-CATGTAC-TTTTTTTCCC-CAGAGGGTGAGA--T-ATTTCTATCCCAC---ATGGATA--CA------TGT-GATGTA-TT
gi|94458 : tCTCTG-CATGTAA-GTTTT--ACC-TAAAAGGTGAGA--T-CTTTTTATCACAC---AAGAAT----TC----TCAT-GATGGA-gtt
gi|94479 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-CCTCTGGTGGAA--T-ATTTCTATCCCAC---ACGGAT----AT----GCAT-GATAGA-TT
gi|94450 : CCCTG-CACGTAA-TTTCA--ACC-CCTCATGTGAAA--T-TTTTCCATCCCAC---ATTAAT----AC----TCTT-GACGGA-TTctt
gi|94473 : tCCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CAGAGATTGA-A--T-GTTACTATCCTAC---ATGAATT--AAC----TGAT-GGTGA---TTGTTTctt
gi|94471 : tCCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAGAGGCTCAGA--A-TTTTCTATCACAT---GTGGAT
gi|94476 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTGAAC--G-TTTTCTACCCCAA---AGGGAC----AC----TCAT-GGTGTA-TT
gi|94460 : tCCCAA-CATGTAA-TTTTG--ACC-AATCGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATctt
gi|94452 : tCCCTG-CGTGTAC-TGTTT--ACC-ACTAGGGTGAGA--G-TTGTCTGTCCCAA---ATGGATT--G------TCAT-GATGGA-TT
gi|94462 : tCCCTG-GATGTAA-CTTTG--ACC-CAGTGGGTGAGA--T-TTTTCTctt
gi|94477 : tCCATG-CATGCAA-ATTTG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-TTTTCTATCCTGTGTGATGGAT
gi|94447 : tCCTG-CTTGTAA-TTTTG--ATC-CAGAAGGTGAGA--T-TTTTCTATCCCAC---ATGGATG--AAC----TCAT-GATGTA-TTTTTTT
gi|94483 : ttCCTG-CATGTGA-TTTTG--ACC-AAGAGGTTGAGA--TTTTTTCTATCCCAC---ATGAACG--AAA----ACAT-GATGGA-GTTTTTT
gi|94469 : CCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTAACA--T-ATTTCTATCCCAC---ATGGAT----AT----TCAT-TATGGA-TT
gi|94474 : ttCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACC-TCTGGGGTGAGA--T-TTTTCTATCTCAC---AAGAATA--ctt
gi|94472 : ttCTG-CATGTAC-TTTTG--ACA-TTGAGATTGGAA--T-TTGTCTATCCTTC---TTGGATG--AAC----TCAT-GATGGA-TTT
gi|94475 : tccaCTG-CATGTAA-GTTTG--ACCTCCTCGGGTGAAA--T-ATTTCTACCCCAC---ATGGAT----AT----TTAT-GATGAA-TTttct
gi|94484 : tcgCTGTCATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCG--TAAGA--T-TTTTCTATCTAAC---AAGGATG--AGG----TCAT-G-TGGA-ATTTTTTctt
gi|94486 : TG-CATATAA-TTTCG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-ATTTCTATCCCAT---GCAGAT----AC----CCAT-GATGGA-TT
gi|94485 : TG-TATGTAA-TTTTG--ACC-GTGAGGGTGAAT--T-TTTTCTATCCTAT---ATctt
gi|94487 : G-CATGTTA-TTTTG--ATC-CCTCGGGTGAGA--T-ATTTCTATCCCAC---ACGGAT----AC----TCAT-GATGGA-TT
gi|94488 : G-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTTAGGTAAGA--T-TTCTATATCCTAC---ACAG-----AAC----TTGT-GAGGGA-TTctt
gi|94489 : ATGAAA-TTCTA--ACC-CAGAGGGTGAGATGT-TTTTTTATCCCAC---ATGGATctt
gi|94490 : TGCAA-TTTAG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-TTGTCTATTCCAC---ATGAATG--AAC----TGAT-GATGGA-TTT
gi|94493 : A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTGAGA----TATTCTATCGCAT---ATAGATG--AAC----T-AT-GATGGCTTTTATTTt
gi|94494 : A-TTCTG--ACC-C-TCGTGTGAGA--T-TCTTCAATCCCAT---ATGGATA--AAT----TCAA-TATGGA--TTATTT
gi|94492 : --ACC-CAGAGGGTGAGA--T-TTTTCTATTTTAC---AAGAAT----TC----TCAT-GATGGA-TTTtt
gi|94495 : agtcttgtc-CAGAGGGTGAGA--T-ATTTCTATCCCAC---ATGGATG--AAC----TCAT-GATGGA-TTTTTTTct
gi|94496 : GGGTGAGA--T-ATTTCTATCCTAC---ACGGAT----AC----TCAT-GGTGGA-TT
gi|94497 : GA--T-TTTTCTATCCCAC---ATAGATG--AAC----TCAC-GATGGA-TTT-TTTctt
gi|94491 : TTTCTATTACAC---ATGGACA--AAC----TCAT-GATGGA-TTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 0 22 0 444 11 0 22222 0 111 11 0 66 1111 0 0 1
lowQualScore : . . .. . ... .. . ..... . ... .. . .. .... . . .
lowQualScore : 0 8 33 8 888 11 8 00000 8 444 11 8 77 9999 9 9 0
consensus : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
Reference ( family-457 ) : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94447 : CCTG-CTTGTAA-TTTTG--ATC-CAGAAGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGTATT-TT-TTT
gi|94448 : ttCCCTG-CATGTAA-TTCTG--ACC-ACAAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TAAAT----TAAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94449 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CGGAGGATGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCCT-GATGGTTT-TT-TCT
gi|94450 : tCCCTG-CACGTAA-TTTCA--ACC-CCTCATGTGAAA--T-T-----TT-TCCATCCCAC---ATTA--A-T--AC----TCTT-GACGGATT-CT-T
gi|94451 : tCTCTG-CATGAAG-TTCTG--ACA-TCGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TCAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94452 : tCCCTG-CGTGTAC-TGTTT--ACC-ACTAGGGTGAGA--G-T-----TG-TCTGTCCCAA---ATGG--ATTG-------TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94453 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CA---GGTGAGA--T-T-----TT-CCTATCCCAC---AAGG--A-TGAAC----TCCT-GATGGATT-GT-TTT
gi|94454 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CCTCGGGTGACA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94455 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAAAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCTA----------------------CAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94456 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAAAGGGTGAGG--T-T-----CT-TCTATCCTAC---AAGG--A-T--------CCAT-GTTGGATT-CT-T
gi|94457 : tCCCTG-CATACA--TTTTG--AAC-CACAGAGTGAGA--T-T-----TT-CCTATTCCAC---ATGG--T-TGAAC----TGAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94458 : tCTCTG-CATGTAA-GTTTT--ACC-TAAAAGGTGAGA--T-C-----TT-TTTATCACAC---AAGA--A-TT--C----TCAT-GATGGA
gi|94459 : tCCATG-TATGTAA-TTTTG--GCC-TAAAGGGTTACA--T-T-----TT-TCTATCCCAT---ATGG--A-TGAA-------GT-GGTGGATT-TT-TTT
gi|94460 : tcCCCAA-CATGTAA-TTTTG--ACC-AATCGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---AT
gi|94461 : tCCCTT-CATGTTA-CTTTG--ATG-CAGAAGATGAGA--T-T-----GT-TCTATCCCAC---ATAA--A-TGAAC----TCAT-GGCGGATT-TT-TT
gi|94462 : tCCCTG-GATGTAA-CTTTG--ACC-CAGTGGGTGAGA--T-T-----TT-TCT
gi|94463 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACG-CTTTCGGTGAGT--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGA--A-TGAAT----TCAT-GACGGATT-TT-TTT
gi|94464 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-GCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-AATGGATG-TT-T
gi|94465 : tCCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACT-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TTTATCCAAC---ATGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94466 : tCCCTG-CATGTAATTTTTT--ATC-CAGAGGGTGCTA----T-----TT-TCTATCCCAC---ATAG--A-T--AC----TCAT-GACGGATT-
gi|94467 : tCCCTA-CATATAA-TTT-G--ACC-CCTCGGGTGAGA--C-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGAATA-TGAATGAGATCCT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94468 : tCTCTA-CATGTAC-TTTTTTTCCC-CAGAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AC----ATGT-GATGTATT-GT-T
gi|94469 : tCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTAACA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AT----TCAT-TATGGATT-CT-T
gi|94470 : ttCCCTG-CATGTAA-TTTCA--ACC-CCTCAGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCC--C---ATGA--A-C--AC----TTAT-GATGGATT-CT-T
gi|94471 : tCCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAGAGGCTCAGA--A-T-----TT-TCTATCACAT---GTGG--A-T
gi|94472 : tCTG-CATGTAC-TTTTG--ACA-TTGAGATTGGAA--T-T-----TG-TCTATCCTTC---TTGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TCT
gi|94473 : tccaCCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CAGAGATTGA-A--T-G-----TT-ACTATCCTAC---ATGA--A-TTAAC----TGAT-GGT-GATT-GT-TT
gi|94474 : tCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACC-TCTGGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCTCAC---AAGA--A-T
gi|94475 : ttCTG-CATGTAA-GTTTG--ACCTCCTCGGGTGAAA--T-A-----TT-TCTACCCCAC---ATGG--A-T--AT----TTAT-GATGAATT-CT-Ta
gi|94476 : tcgCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTGAAC--G-T-----TT-TCTACCCCAA---AGGG--A-C--AC----TCAT-GGTGTATT-CT-T
gi|94477 : tCCATG-CATGCAA-ATTTG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCTGTGTGATGG--A-T
gi|94478 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TAAAC----TCAT-GATGGATT-TA-TTT
gi|94479 : CCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-CCTCTGGTGGAA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AT----GCAT-GATAGATT-CT-T
gi|94480 : CCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTGGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--C-T--AT----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94481 : CCCTG-CA----A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-T-----TG-TCTGTTCCAC---ATGG--A-TTAAC----TGAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94482 : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CAGATGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCTCTC---ATGG--T-TGAGT----TCATAGAT--ATC-TT-TCT
gi|94483 : CCTG-CATGTGA-TTTTG--ACC-AAGAGGTTGAGA--T-T-----TTTTCTATCCCAC---ATGA--A-CGAAA----ACAT-GATGGAGT-TT-TTT
gi|94484 : CTGTCATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCG--TAAGA--T-T-----TT-TCTATCTAAC---AAGG--A-TGAGG----TCAT-G-TGGAAT-TT-TTT
gi|94485 : TG-TATGTAA-TTTTG--ACC-GTGAGGGTGAAT--T-T-----TT-TCTATCCTAT---AT
gi|94486 : TG-CATATAA-TTTCG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAT---GCAG--A-T--AC----CCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94487 : G-CATGTTA-TTTTG--ATC-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94488 : G-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTTAGGTAAGA--T-T-----TC-TATATCCTAC---ACA------GAAC----TTGT-GAGGGATT-CT-T
gi|94489 : ATGAAA-TTCTA--ACC-CAGAGGGTGAGATGT-T-----TT-TTTATCCCAC---ATGG--A-T
gi|94490 : TGCAA-TTTAG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-T-----TG-TCTATTCCAC---ATGA--A-TGAAC----TGAT-GATGGATT-TT-
gi|94491 : TGTTA-TTTTT--CCC-TGCAGGACAAGG--TATGGACATT-TCTATTACAC---ATGG--A-CAAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94492 : AG-TCTTGTCACC-CAGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATTTTAC---AAGA--A-TT--C----TCAT-GATGGATT-TC-T
gi|94493 : A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTGAGA--T-A-----TT--CTATCGCAT---ATAG--A-TGAAC----T-AT-GATGGCTT-TTATTT
gi|94494 : A-TTCTG--ACC-CTC-GTGTGAGA--T-T-----CT-TCAATCCCAT---ATGG--A-TAAAT----TCAA-TATGGATTATT-TTT
gi|94495 : -CAGAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94496 : GGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCTAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-GGTGGATT-CT-T
gi|94497 : GA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATAG--A-TGAAC----TCAC-GATGGATT-TT-TT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 0 22 0 444 11 0 22222 0 111 11 0 66 1111 0 0 1
lowQualScore : . . .. . ... .. . ..... . ... .. . .. .... . . .
lowQualScore : 0 8 33 8 888 11 8 00000 8 444 11 8 77 9999 9 9 0
consensus : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
Reference ( family-457 ) : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94447 : CCTG-CTTGTAA-TTTTG--ATC-CAGAAGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGTATT-TT-TTT
gi|94448 : ttCCCTG-CATGTAA-TTCTG--ACC-ACAAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TAAAT----TAAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94449 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CGGAGGATGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCCT-GATGGTTT-TT-TCT
gi|94450 : tCCCTG-CACGTAA-TTTCA--ACC-CCTCATGTGAAA--T-T-----TT-TCCATCCCAC---ATTA--A-T--AC----TCTT-GACGGATT-CT-T
gi|94451 : tCTCTG-CATGAAG-TTCTG--ACA-TCGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TCAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94452 : tCCCTG-CGTGTAC-TGTTT--ACC-ACTAGGGTGAGA--G-T-----TG-TCTGTCCCAA---ATGG--ATTG-------TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94453 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CA---GGTGAGA--T-T-----TT-CCTATCCCAC---AAGG--A-TGAAC----TCCT-GATGGATT-GT-TTT
gi|94454 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CCTCGGGTGACA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94455 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAAAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCTA----------------------CAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94456 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAAAGGGTGAGG--T-T-----CT-TCTATCCTAC---AAGG--A-T--------CCAT-GTTGGATT-CT-T
gi|94457 : tCCCTG-CATACA--TTTTG--AAC-CACAGAGTGAGA--T-T-----TT-CCTATTCCAC---ATGG--T-TGAAC----TGAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94458 : tCTCTG-CATGTAA-GTTTT--ACC-TAAAAGGTGAGA--T-C-----TT-TTTATCACAC---AAGA--A-TT--C----TCAT-GATGGA
gi|94459 : tCCATG-TATGTAA-TTTTG--GCC-TAAAGGGTTACA--T-T-----TT-TCTATCCCAT---ATGG--A-TGAA-------GT-GGTGGATT-TT-TTT
gi|94460 : tcCCCAA-CATGTAA-TTTTG--ACC-AATCGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---AT
gi|94461 : tCCCTT-CATGTTA-CTTTG--ATG-CAGAAGATGAGA--T-T-----GT-TCTATCCCAC---ATAA--A-TGAAC----TCAT-GGCGGATT-TT-TT
gi|94462 : tCCCTG-GATGTAA-CTTTG--ACC-CAGTGGGTGAGA--T-T-----TT-TCT
gi|94463 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACG-CTTTCGGTGAGT--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGA--A-TGAAT----TCAT-GACGGATT-TT-TTT
gi|94464 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-GCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-AATGGATG-TT-T
gi|94465 : tCCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACT-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TTTATCCAAC---ATGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94466 : tCCCTG-CATGTAATTTTTT--ATC-CAGAGGGTGCTA----T-----TT-TCTATCCCAC---ATAG--A-T--AC----TCAT-GACGGATT-
gi|94467 : tCCCTA-CATATAA-TTT-G--ACC-CCTCGGGTGAGA--C-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGAATA-TGAATGAGATCCT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94468 : tCTCTA-CATGTAC-TTTTTTTCCC-CAGAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AC----ATGT-GATGTATT-GT-T
gi|94469 : tCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTAACA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AT----TCAT-TATGGATT-CT-T
gi|94470 : ttCCCTG-CATGTAA-TTTCA--ACC-CCTCAGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCC--C---ATGA--A-C--AC----TTAT-GATGGATT-CT-T
gi|94471 : tCCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAGAGGCTCAGA--A-T-----TT-TCTATCACAT---GTGG--A-T
gi|94472 : tCTG-CATGTAC-TTTTG--ACA-TTGAGATTGGAA--T-T-----TG-TCTATCCTTC---TTGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TCT
gi|94473 : tccaCCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CAGAGATTGA-A--T-G-----TT-ACTATCCTAC---ATGA--A-TTAAC----TGAT-GGT-GATT-GT-TT
gi|94474 : tCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACC-TCTGGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCTCAC---AAGA--A-T
gi|94475 : ttCTG-CATGTAA-GTTTG--ACCTCCTCGGGTGAAA--T-A-----TT-TCTACCCCAC---ATGG--A-T--AT----TTAT-GATGAATT-CT-Ta
gi|94476 : tcgCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTGAAC--G-T-----TT-TCTACCCCAA---AGGG--A-C--AC----TCAT-GGTGTATT-CT-T
gi|94477 : tCCATG-CATGCAA-ATTTG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCTGTGTGATGG--A-T
gi|94478 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TAAAC----TCAT-GATGGATT-TA-TTT
gi|94479 : CCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-CCTCTGGTGGAA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AT----GCAT-GATAGATT-CT-T
gi|94480 : CCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTGGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--C-T--AT----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94481 : CCCTG-CA----A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-T-----TG-TCTGTTCCAC---ATGG--A-TTAAC----TGAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94482 : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CAGATGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCTCTC---ATGG--T-TGAGT----TCATAGAT--ATC-TT-TCT
gi|94483 : CCTG-CATGTGA-TTTTG--ACC-AAGAGGTTGAGA--T-T-----TTTTCTATCCCAC---ATGA--A-CGAAA----ACAT-GATGGAGT-TT-TTT
gi|94484 : CTGTCATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCG--TAAGA--T-T-----TT-TCTATCTAAC---AAGG--A-TGAGG----TCAT-G-TGGAAT-TT-TTT
gi|94485 : TG-TATGTAA-TTTTG--ACC-GTGAGGGTGAAT--T-T-----TT-TCTATCCTAT---AT
gi|94486 : TG-CATATAA-TTTCG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAT---GCAG--A-T--AC----CCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94487 : G-CATGTTA-TTTTG--ATC-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94488 : G-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTTAGGTAAGA--T-T-----TC-TATATCCTAC---ACA------GAAC----TTGT-GAGGGATT-CT-T
gi|94489 : ATGAAA-TTCTA--ACC-CAGAGGGTGAGATGT-T-----TT-TTTATCCCAC---ATGG--A-T
gi|94490 : TGCAA-TTTAG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-T-----TG-TCTATTCCAC---ATGA--A-TGAAC----TGAT-GATGGATT-TT-
gi|94491 : TGTTA-TTTTT--CCC-TGCAGGACAAGG--TATGGACATT-TCTATTACAC---ATGG--A-CAAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94492 : AG-TCTTGTCACC-CAGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATTTTAC---AAGA--A-TT--C----TCAT-GATGGATT-TC-T
gi|94493 : A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTGAGA--T-A-----TT--CTATCGCAT---ATAG--A-TGAAC----T-AT-GATGGCTT-TTATTT
gi|94494 : A-TTCTG--ACC-CTC-GTGTGAGA--T-T-----CT-TCAATCCCAT---ATGG--A-TAAAT----TCAA-TATGGATTATT-TTT
gi|94495 : -CAGAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94496 : GGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCTAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-GGTGGATT-CT-T
gi|94497 : GA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATAG--A-TGAAC----TCAC-GATGGATT-TT-TT
blockSeqs : TT CAA TG GGACA GTG AT AA GAGA
blockSeqs : TC GGA . . . . GA .
blockSeqs : . CTC . . . . CA .
blockSeqs : . CGA . . . . GA .
blockSeqs : . CTA . . . . GA .
blockSeqs : . CTC . . . . GA .
blockSeqs : . AAA . . . . GA .
blockSeqs : . AAA . . . . GA .
blockSeqs : . ACA . . . . GA .
blockSeqs : . AAA . . . . GA .
blockSeqs : . AAA . . . . TA .
blockSeqs : . ATC . . . . AA .
blockSeqs : . AGA . . . . TA .
blockSeqs : . AGT . . . . GA .
blockSeqs : . TTT . . . . GA .
blockSeqs : . CTC . . . . GA .
blockSeqs : . CTC . . . . GA .
blockSeqs : . AGA . . . . GA .
blockSeqs : . CTC . . . . AA .
blockSeqs : . AGA . . . . GA .
blockSeqs : . CTC . . . . AA .
blockSeqs : . CTC . . . . GA .
blockSeqs : . AGA . . . . GA .
blockSeqs : . TGA . . . . G .
blockSeqs : . AGA . . . . T .
blockSeqs : . CTG . . . . T .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . . . .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . CTG . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . . . .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . TGA . . . . . .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . CTC . . . . . .
blockSeqs : . CTT . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . . . .
blockSeqs : . GCA . . . . . .
blockSeqs : . AGA . . . .
blockSeqs : . AGA . . . .
blockSeqs : . AGA . . . .
blockSeqs : . TC . . . .
blockSeqs : A . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
finalCons : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 0 22 0 444 11 0 22222 0 111 11 0 66 1111 0 0 1
lowQualScore : . . .. . ... .. . ..... . ... .. . .. .... . . .
lowQualScore : 0 8 33 8 888 11 8 00000 8 444 11 8 77 9999 9 9 0
consensus : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
Reference ( family-457 ) : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CNNAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94447 : CCTG-CTTGTAA-TTTTG--ATC-CAGAAGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGTATT-TT-TTT
gi|94448 : ttCCCTG-CATGTAA-TTCTG--ACC-ACAAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TAAAT----TAAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94449 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CGGAGGATGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCCT-GATGGTTT-TT-TCT
gi|94450 : tCCCTG-CACGTAA-TTTCA--ACC-CCTCATGTGAAA--T-T-----TT-TCCATCCCAC---ATTA--A-T--AC----TCTT-GACGGATT-CT-T
gi|94451 : tCTCTG-CATGAAG-TTCTG--ACA-TCGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TCAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94452 : tCCCTG-CGTGTAC-TGTTT--ACC-ACTAGGGTGAGA--G-T-----TG-TCTGTCCCAA---ATGG--ATTG-------TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94453 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CA---GGTGAGA--T-T-----TT-CCTATCCCAC---AAGG--A-TGAAC----TCCT-GATGGATT-GT-TTT
gi|94454 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACT-CCTCGGGTGACA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94455 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAAAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCTA----------------------CAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94456 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAAAGGGTGAGG--T-T-----CT-TCTATCCTAC---AAGG--A-T--------CCAT-GTTGGATT-CT-T
gi|94457 : tCCCTG-CATACA--TTTTG--AAC-CACAGAGTGAGA--T-T-----TT-CCTATTCCAC---ATGG--T-TGAAC----TGAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94458 : tCTCTG-CATGTAA-GTTTT--ACC-TAAAAGGTGAGA--T-C-----TT-TTTATCACAC---AAGA--A-TT--C----TCAT-GATGGA
gi|94459 : tCCATG-TATGTAA-TTTTG--GCC-TAAAGGGTTACA--T-T-----TT-TCTATCCCAT---ATGG--A-TGAA-------GT-GGTGGATT-TT-TTT
gi|94460 : tcCCCAA-CATGTAA-TTTTG--ACC-AATCGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---AT
gi|94461 : tCCCTT-CATGTTA-CTTTG--ATG-CAGAAGATGAGA--T-T-----GT-TCTATCCCAC---ATAA--A-TGAAC----TCAT-GGCGGATT-TT-TT
gi|94462 : tCCCTG-GATGTAA-CTTTG--ACC-CAGTGGGTGAGA--T-T-----TT-TCT
gi|94463 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACG-CTTTCGGTGAGT--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGA--A-TGAAT----TCAT-GACGGATT-TT-TTT
gi|94464 : tCCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-GCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-AATGGATG-TT-T
gi|94465 : tCCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACT-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TTTATCCAAC---ATGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94466 : tCCCTG-CATGTAATTTTTT--ATC-CAGAGGGTGCTA----T-----TT-TCTATCCCAC---ATAG--A-T--AC----TCAT-GACGGATT-
gi|94467 : tCCCTA-CATATAA-TTT-G--ACC-CCTCGGGTGAGA--C-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGAATA-TGAATGAGATCCT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94468 : tCTCTA-CATGTAC-TTTTTTTCCC-CAGAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AC----ATGT-GATGTATT-GT-T
gi|94469 : tCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTAACA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-T--AT----TCAT-TATGGATT-CT-T
gi|94470 : ttCCCTG-CATGTAA-TTTCA--ACC-CCTCAGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCC--C---ATGA--A-C--AC----TTAT-GATGGATT-CT-T
gi|94471 : tCCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CAGAGGCTCAGA--A-T-----TT-TCTATCACAT---GTGG--A-T
gi|94472 : tCTG-CATGTAC-TTTTG--ACA-TTGAGATTGGAA--T-T-----TG-TCTATCCTTC---TTGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TCT
gi|94473 : tccaCCCTG-CATGTTA-TTTTG--ACC-CAGAGATTGA-A--T-G-----TT-ACTATCCTAC---ATGA--A-TTAAC----TGAT-GGT-GATT-GT-TT
gi|94474 : tCCTG-CATGTAA-GTTTG--ACC-TCTGGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCTCAC---AAGA--A-T
gi|94475 : ttCTG-CATGTAA-GTTTG--ACCTCCTCGGGTGAAA--T-A-----TT-TCTACCCCAC---ATGG--A-T--AT----TTAT-GATGAATT-CT-Ta
gi|94476 : tcgCCCTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCGGGTGAAC--G-T-----TT-TCTACCCCAA---AGGG--A-C--AC----TCAT-GGTGTATT-CT-T
gi|94477 : tCCATG-CATGCAA-ATTTG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCTGTGTGATGG--A-T
gi|94478 : tCCCTG-CATGTAA-TTTTA--ACC-CAGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TAAAC----TCAT-GATGGATT-TA-TTT
gi|94479 : CCCTG-CATGTAA-TTTCG--ACC-CCTCTGGTGGAA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AT----GCAT-GATAGATT-CT-T
gi|94480 : CCTTG-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTGGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--C-T--AT----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94481 : CCCTG-CA----A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-T-----TG-TCTGTTCCAC---ATGG--A-TTAAC----TGAT-GATGGATT-TT-TT
gi|94482 : CCCTG-CATGTAA-TTTTG--ATC-CAGATGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATCTCTC---ATGG--T-TGAGT----TCATAGAT--ATC-TT-TCT
gi|94483 : CCTG-CATGTGA-TTTTG--ACC-AAGAGGTTGAGA--T-T-----TTTTCTATCCCAC---ATGA--A-CGAAA----ACAT-GATGGAGT-TT-TTT
gi|94484 : CTGTCATGTAA-TTTTG--ACC-CCTCG--TAAGA--T-T-----TT-TCTATCTAAC---AAGG--A-TGAGG----TCAT-G-TGGAAT-TT-TTT
gi|94485 : TG-TATGTAA-TTTTG--ACC-GTGAGGGTGAAT--T-T-----TT-TCTATCCTAT---AT
gi|94486 : TG-CATATAA-TTTCG--ACC-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAT---GCAG--A-T--AC----CCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94487 : G-CATGTTA-TTTTG--ATC-CCTCGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-GATGGATT-CT-T
gi|94488 : G-CATGTAA-TTTTG--ACC-CCTTAGGTAAGA--T-T-----TC-TATATCCTAC---ACA------GAAC----TTGT-GAGGGATT-CT-T
gi|94489 : ATGAAA-TTCTA--ACC-CAGAGGGTGAGATGT-T-----TT-TTTATCCCAC---ATGG--A-T
gi|94490 : TGCAA-TTTAG--ACC-AAGAGGGTAAGA--T-T-----TG-TCTATTCCAC---ATGA--A-TGAAC----TGAT-GATGGATT-TT-
gi|94491 : TGTTA-TTTTT--CCC-TGCAGGACAAGG--TATGGACATT-TCTATTACAC---ATGG--A-CAAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94492 : AG-TCTTGTCACC-CAGAGGGTGAGA--T-T-----TT-TCTATTTTAC---AAGA--A-TT--C----TCAT-GATGGATT-TC-T
gi|94493 : A-TTTTG--ACC-AAGAGGGTGAGA--T-A-----TT--CTATCGCAT---ATAG--A-TGAAC----T-AT-GATGGCTT-TTATTT
gi|94494 : A-TTCTG--ACC-CTC-GTGTGAGA--T-T-----CT-TCAATCCCAT---ATGG--A-TAAAT----TCAA-TATGGATTATT-TTT
gi|94495 : -CAGAGGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCCAC---ATGG--A-TGAAC----TCAT-GATGGATT-TT-TTT
gi|94496 : GGGTGAGA--T-A-----TT-TCTATCCTAC---ACGG--A-T--AC----TCAT-GGTGGATT-CT-T
gi|94497 : GA--T-T-----TT-TCTATCCCAC---ATAG--A-TGAAC----TCAC-GATGGATT-TT-TT