lowQualScore : 11 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 1111111111111111111 333333333 11111111
lowQualScore : 44 4 3333 1 6666666666666 555 111 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 55 0 2 0 3333333333 0 0 222222 333333 99999999999999999 999 22 0 444444444 99999 111 0 00 5 111 111 1111 2222222222222222222 222222 777777777 777777777 1 1 33 11 44444444 1
lowQualScore : .. . .... . ............. ... ... . ........................................................................... .. .. . . . .......... . . ...... ...... ................. ... .. . ......... ..... ... . .. . ... ... .... ................... ...... ......... ......... . . .. .. ........ .
lowQualScore : 00 9 0000 0 7777777777777 444 777 9 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 77 9 3 1 7777777777 9 9 555555 777777 99999999999999999 666 44 9 666666666 44444 555 5 22 9 666 666 9999 4444444444444444444 666666 444444444 888888888 1 1 33 55 88888888 1
consensus : ATAT-CTGATTCTTACGACGTGCTGAA----AAT-AC----GC-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------C----------N-CA-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAT---TTCCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-TT--AAATA------C-ATGGTTATT
Reference ( gi|34382 ) : ATAG-CTGATTCTTACAACATGCTGAA----AAT-AC----GT-----TGCACT--G---GT-AAA------C--T-------C----------T-CA-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------C-A-AT------TG------TAG---C------------TGT---T--TG-ATTTTG---------TTAT----CAT---TTCCATCCTTATGGGCTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-TT--AAATA------C-ATGGTTATT
gi|34387 : ATAT-CTGATTGTGACGACGTGCTGAA----AAC-AT----GT-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------C-A-AT------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTTTG---------TTAT----TTT---TTCCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--ACATT------C-ATGATTATT
gi|34386 : ATAT-CTGATTCTGACGACGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---T------------TGT---C--TA-ATTTTG---------TTAT----T-T---TTCCATTGTTATGGATTCTGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--ACATT------C-ATGGTTATT
gi|34393 : ATAT-CTGATTCTGACGATGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---AT-AAA------C--T---------------------------------------------TTT-T--------------------T-TTCTGT-AGTATCGAATAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTCTG---------TTAT----TAT---TTCCGTTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GC--AAATA------C-ATCGTTATT
gi|34388 : ATAT-CTGATTCTTACGACGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAATAGA----------C-C-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TGTTTTTTT---------TTAT----T-T---TTCCATTGTTATGGATTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--GCATT------C-ATGGTTATT
gi|34394 : ATAT-CTGATTCTGGCGACGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACT--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTATGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---T------------TGT---T--TA-ATTTTGCAACAATGGTTAT----GATATTTTCCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--AAATA------C-ATCGCTATT
gi|34397 : ATAT-CTGATTCTGACGAGGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----GACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C-------------------------TT-T----------------TATAT-TTCTGT-TGTACCAAGTAAAACTTA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTTTA---------TTAT----------TTCCTTTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--AAATA------T-ATTGTTATT
gi|34391 : ATAT-CTGATTCTGACGGCGTGCTTAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---GT-TAA------C------------------------A-------T--T----------CTTT--------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------C-C-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-GTTTTG---------TTAT----TAT---TTTCATTGTTATTGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------C------A---------AT---------A-ATT-GT-GT--AAATA------C-ATCGTTATT
gi|34395 : ATAT-CTGATTCATACGTTGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----AACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T--A-------T--T---------------------------------TATAT-TTCTGT-TGTGTCGAATTAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGG---T--TA-ATTTTG---------TTAT----TAT---TTTCATTGTTACTGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ACT-GA-GT--AAATA------C-ATCGTTATT
gi|34392 : ATAT-CTGATTCTGACAACGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACC--T---GT-AAA------C--T-------A----------T-C-----------------------TTC-------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTT---------------------T---TTTCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TA---------A----------------A---------AT---------A-ATT-GA-GG--ACATT------T-ATGGTTATT
gi|34376 : ATAGTCTAAATCTTACAACAAGCGGTA----AAT-AC----GC-----CACACC--G---GT-GAG------A--T-------C----------G-CA-------A--G----------GTTTT-T--T-T--AGAA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------C-A-AT------TA------TA-----------------TATTA-T--TG-ATTTTG---------TTGT----TAT---TTTCATTGTTAAAGATTCCGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-ATT-GA-TT--AAAAC------C-ATGGTTATT
gi|34384 : -CTGATTCTTGCAACGTGCTGAA----AAT-AC----GC-----CACGCC--G---AT-AAA------T--T-------CGCCTTGTTTTT-CAA------TCGT----------GTTTT-T--A-A--AGAA-A--ATATAT-TGCTGT-TATATTAAGTAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGC---T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAT---TTCCGTTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------
gi|34381 : atatgt-CTGAATCTTAAAACGTGCTGAA---------C----GC-----CGCACC--G---GT-TAA------G--C-------CACA-------C-CA-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AGAA-TGTATATAT-ATCCTT-TGTACTGAGCAATATAAG----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TTC---T--TG-GTTTTG---------TTAT----TAT---TTTCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTGT------A---------AC---------A-ATT-GA-TT--AAA-A------C-ATGGTTATT
gi|34401 : atatgt-CTGATTCTTACAAAGTGCTTAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---AT-AAA------C--A-------C----------A-CA-------T--T----------TTTTT-C--A-A--TGAA-A--ATATAT-TTCCGC-TCTATCGAGTAAAATAAA----------CGA-AT------TG-----------------------------------------TG---------TTAG----TAT---TTCCATTGCTATGGGTTTAGC---AT---T----TC---------A---------T------A---------AC---------A-ATT-GA-TT--TAATATAATAGT-ATGGTTATT
gi|34399 : gt-CTGATTCTTACAACGTGCAGCA----AAT-AT----TC-----CACACT--G---GT-AAA------A--T-------C----------C-CA-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AGAA-A--ATAT---------------CGAGCAAAATAAA----------C-A-AT------TA------TA-----------------TGTTA-T--TG-ACTTTG---------TTGT----TAT---TTCCATTGTTATGGATTCAGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GTT-GATTT--TAAT-------C-ATAGTTATT
gi|34403 : gt-CTGATTCTGACGAAGTGCTGAA----AAA-AT----GT-----TGCACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTCTAT-TGTCTCAAGTAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-A--TTG---------TTAT------T---TACCATTGTTATGGGTTCAGT---AT---A----TT---------A---------T------C---------AT---------A-ATT-GA-GT--ACATT------C-AT
gi|34404 : t-CTGATTCTTGCAAAGTGCTGAA----AAT-AC----GC-----CACACC--A---GT-TAA------C--TTGC----C----------T-TG-------T--TTTTCAATCGTGTTTT-T--T-A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------C-A-AT------TG------TAG---C------------TGC---T--TG-ATTTTG---------TTAT----atcataattgagtacattcatggttatt
gi|34389 : -CTGATTCTTGCAGCGTGCTGAA----AAT-AT----GC-----CACACT--G---GT-AAA------C--T-------C----------A-CC-------T--T----------GTTTT--------------A--TTTTAT-TTTT-C-TGTATCAAGTAAAAC-------------------------TG------TAG---C------------TGC---T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAT---TTCGATTGCTATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------
gi|34383 : atatgt-CTGATCCTTAGAATGTGCTGAAC---AAC-AC--------------ACT--G---GT-AAA------CACC-------C----------T-TAAACCGCTT--T----------GTTTT-T--A-A--AGAC-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAGAAGAAAAAA----------C-A-AC------T--------AG---C------------TTC---T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAT---TTGCATTGTTATGGGCTCAGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTCT------A---------AC---------A-ATT-AG-TT--AAAAA------C-ATAGTTTTTtaa
gi|34375 : atatgt-CTAAATCTTACAACGTGCGGTA----AAT-AC----GC-----CACACC--T---GT-GAA------A--T-------C----------G-CC-------A--T----------GTTTT-T--A-T--A-AA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------C-A-AT------TA------TA-----------------TGTTA-T--TG-ATTTTG---------TTTT----TAT---TTTCATTGTTATAGATTCAGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-ATT-GA-TT--AAAAC------C-ATGGTTATT
gi|34400 : attgt-CTGATTCTTACAGCGTGCAGCC----AAT-AT----GC-----CACACC--C---GT-AAA------AAAT-------C----------C-CA-------A--T----------GTATT-T--A-A--AGAA-G--ATATAT-GTCCTT-TGAATCGAGCAAAACAAAAGGCACAAAAC-A-AT------TA------TA-----------------TGTTA-T--TG-ACTTTG---------TTAT----TAT---TTCTAATGTTATGGATTCAGC---AT---A----AC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GTT-GATTT--ATAT-------T-ATAGTTATT
gi|34380 : gt-CTAATTCTTACAACGTGCGGTA----AAT-AC----GC-----CACATC--G---GT-AGA-------------------------------A-------T--C----------G--------------GAATG--ATA-AT-GTC-GTCTGTATCGAGCAAAATAAA----------A-A-A--------A------TAG---A------------TGT---TGTTG-ATTTTG---------TTAT----GAT---CTTTATTGTTATGGATTCAGC---AT---A----TC---------ATTAACTTTTT------A---------AG---------A-ATG-TA-TT--TAAGA------C-ATGGTTAT
gi|34406 : attgt-CTGATTCTTACTATGTGCTGAA----AAT-AC-----------TCCACTCCA---AC-AAA------A----------C----------C-CA-------TA-T----------G-----T--AGA--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------C-A-AT------TA------TAT---CTTCT--------TAT---T--T---TTTTG---------TTAA----TAT---TTTCATTTATATTGGTTCAGT---AT---A----TT---------T---------T------A---------A
gi|34407 : -CTGATTCTTACTATGTGCTGAA----AAT-AC-----------TCCACTCCA---AC-AAA------A----------C----------C-CA-------TA-T----------G-----T--AGA--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------C-A-AT------TA------TAT---CTTCT--------TGT---T--T---TTTTG---------TTAA----TTT---TTTCATTTGTATTGGTTCAGT---AT---A----actgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34390 : -CTGATTCTTGCAACGTGCTGAA----AAT-AC----GT-----CACACC--A---GT-AAA------C--T-------C----------A-CC-------T--T----------GATTT-T--A-A--AGatttaaactgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34398 : atatgt-CTGATTCTTGCAACGTGCTAAA----AGT-AC----GC-----CACACC--A---GT-AAA------T--T-------C----------A-CA-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AG
gi|34402 : atatgt-CTGATTCTTATAAGGTGCTGAA---------C----GC-----CACACC--G---GT-AAAACCATAC--TGATTAAAC----------TGCT-------T--T----------GTTTTTT--A-A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGGTTCAAGGAAAAAAAA----------
gi|34405 : gt-CTGATTCTTACTACGTGCTGAA----AAT-AC----TC-----CATGCC--GAAAAA-AAA------C--A-------C------------CA----------T----------GCCT-------A--AGCA-A--AT---T-TCCT-T-TGTTTCAAACAAAATAAA----------C-C-ATTACCGGTA------TAT---C------------TTC---T--TA-TTTTTG---------TTAT----TAT---ATTCAaa
gi|34396 : TGATTCTTATAACGTGCTGAATGCCAA--ACCG--GTAAAACTACACT--G---ATTAAA------C----------C----------G-CT-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AGAC-A--ATATAT-TTATTT-TCCATAAAGTAAAATAAA----------C-ACAT------TG------CAGCTTC------------TGTA--T--TG--TTTTA---------TTATTGTCTAT---TGTCATTTTCATGGGTTCCGC---AT---A---------------A---------T-----------------C---------A-GCT-GA-TT--AAAAA------C-ATGGTTATTgtgatat
gi|34408 : atatgtaATCCTGACGACGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------C-A-TC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTTTA---------TTAT----TAT---TTTCATTGTTATGGGCTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--AAATA------C-ATGGTTATT
gi|34413 : TCTGATGATGTGCTGAA----AAT-AT----GT-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-CC-------T--T----------------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTTTG---------TTTT----TAT---ATCCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--AAATA------C-ATAGTTATT
gi|34414 : TCTGACGACGTGCTGAA----AAA-AT----GT-----CACACC--G---GT-AAA------C--T-------A----------T-C--------------------------T-T----------------TATAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAA----------------A-AC------TG------TAT---C------------TGT---T--TA-ATTTTG---------TCAT----TTT---TTCCAGTGTTATGGGTTCAGC---GT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--GCATT------C-ATGGTTATT
gi|34410 : TCTTATAGCATTCTTAA----AAT-AC----TC-----CACACC--T---TT-AAA------A--C-------C----------G-GT-------T--T----------GTTTT-T--A-A--AATA-A--ATATAT-GGCCTT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------C-A-AC------TA------TAG---C------------TTC---T--TG-ACATTG---------TTAT----TAT---TTTCATTTTCATGGGTCCACCATAAT---A----TC---------A---------TCTTTGAA---------AC---------A-TTT-GA-TT--AAAGA------A-ATGGTTATT
gi|34409 : TCTTACTACGTGCTGAA----AAT-AC----AC-----CACATC--G---AT-AAAA-----C-----------------------CA-------C--T----------GTG------A-AGAAGAA-A--ATATAC-TT-TGT-T---TCAAGCAAAATAAT----------C-A-AT------TA------TA-----------------TAT---TATTG-TTTTTG---------TTAT----TAT---TTTCAATGATATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------ACACTTTGTGAC---------A-ATT-GA-TT--AAAAC------C-ATGGTCATT
gi|34411 : TCTTATAACGTGCTGAA----CACCACAAAGGTAAAACCAAACC--G---AT-AAA------A--C-------C----------G-CT-------T--T----------GATTT-T--T-A--AGGA-A--ATATAT-ATC-AT-TTTATCAAGCAAAATAAA----------C-A-AT------TGTC----TAG----------------TG----C--TG-ATTTTG---------TT-------AT---TTCCATTGTTATGGGTAAAGC---AT---A----GC---------A---------T------A---------AT---------CTGTT-GC-TT--AAAAT------C-ATGTTTATT
gi|34412 : TCTTACTACGTGCTGAA----AAT-AT----AC-----CACAAT--G---ATAAAA------C-----------------------CA-------C--T----------G-----C--G-A--AGAAGA--AAATA--TCCT-T-TATTTCAAGCAAAATAAC----------C-A-AT------AA------TAT---C------------TTC---T--TT-TTTTCG---------TTAT----TAC---GTTTAATGATGTGGGTTTGGC---AT---A----GC---------A---------T------ACTTTTTATGAC---------A-ATT-GA-TT--AAAAC------C-ATGGTCATT
gi|34378 : CTTACAACATGCGGTA----AAT-AC----GC-----CACACC--G---AA-GAA------A--T-------CG---------C-CA---------------------GGTTT-C--A-T--AGAA-A--ATATAT-GCCCTC-TCTATCGAGCGAAATAAA----------C-A-AT------TA------TAT---T------------TTA---T--TG-ATTTTT---------TTGT----TAT---TTTCATTGTTATAGATTCAGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-ATT-GA-TT--AAAAC------C-ATGGTTATT
gi|34377 : atagtctaaaaTTACAACGTGCGGTA----AAT-AC----GA-----CACACC--G---GT-GAA------A--T-------C----------G-CA-------A--G----------GTTTT-T--A-T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGATGGAAATAAA----------C-A-AT------TA------TAA---A------------TTA---T--TG-ATTTTG---------TTGT----TAT---TTTCATTGTTATAGATTCAGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTAGAAGA-AGT-GA-TT--AAA-A------CTATGGTTATT
gi|34415 : attgtctaaacaTTATAGCGTGCGGAA----AAT-AC----AC-----CACTCC--G---AC-AAA------A--T-------T----------G-CT-------A--T----------GTTTT-TTAA-A--AGAA-A--GTATAT-
gi|34379 : CAACGTGCGGTA----AAT-AC----GC-----CACACC--G---TT-GAA------A--T-------C----------G-CC-------T--G----------GTTTT-T--A-T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------C-A-AT------CA------TA-----------------TGTTA-T--TG-ATTTTG---------TTGT----TAT---TTTTATTCTTATAGATTCAGC---AT---A----TCTCAATCTTTG---------T------A---------AG---------A-ATT-GATTT--AAAC-------C-ATGGTTATTcacaacaacacaataaatctaaattttattactttgcagtgttttctatcatattatatataacatgaatatcaatattt
gi|34416 : atattctaaatctatACGTGCAGAA----AAT-AT----GG-----CACACC--G---GT-AAA------A--T-------C----------G-CA-------A--T----------GTTTT-T--A-A--AGAA-A--ATATTT-GTCCTT-TTAATCGAGCAAAATGAA----------C-A-AT------TA------TA-----------------TATTA-T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAT---TTTCATTGCTATGGATTCAGT---AT---A----TC---------AT--------T------A---------GTATA------A-ATC-GA-TT--AAATAT-----C-ATGGTTATT
gi|34418 : A----AAT-AC----AC-----CACACC--G---AC-AAA-------------------------------A-------T--T----------GCTTT-T--A-A--AGAA-A--ATAT----TC-GT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------T-A-AT------TA------TAT---CTTACTAATTACATGTATAT--TG-CTTTTACT-------TTGT----CAT---TGCAATAAATA------CAGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-ATTAGT-TT--AAAC-------C-ATGGTTATT
gi|34385 : T-----CGCACT--G---ATTAAA------CAGC-------T----------T-TG-------T--T-----------TTTT-T--ACA--AAAA-A--GTATAT-GTCCTT-TGTATTGAACAAAATAAA----------C-A-AT------TG------TAG---C------------TTC---T--TG-ATTTTA---------TTAT----TAT---TTACATTGATATGTG-TCATC---AT---AATATTT---------G---------T------A---------AC---------A-GTT-GA-TTAAAAAAA------C-ATGGTTATT
gi|34417 : atatgtctcattcttgtgaagtgcttaacaccacatcggtaaaaTTTT-T--A-A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAACGAAATAAG----------T-A-AT------TG------TAG---C------------TTC---T--TG-AGTTTG---------TTAT----TAA---TTTCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------T---------AT---------C-ACT-G
gi|34419 : cggtaaaaccacaccaattaaaccac-T--A-A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TAC---T--TG-ATTTGG---------TTAT----TAT---TTCCGTTGATATGGGTTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-TT--CAATT------C-ATGGTTATTtaa
gi|34421 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------A-A-AT------TG------TGG---C------------TTC---T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAC---TTTTATAGTTATGAGTTCAGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------A
gi|34420 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------A-A-AT------TG------TGG---C------------TTA---T--TG-ATTTTG---------TTAT----TAC---TTTTATAGTTATGAGTTCAGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------Acctttataacagtt
gi|34422 : TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTTTG---------TTAT----TGT---TTCCATTGTTATGGGTTCATC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------cctttataacagtt
gi|34424 : -TGTATCGAATAAAATTAA----------C-A-AC------TG------TAG---C------------TGT---T--TA-ATTGTG---------TTAC----TAC---TTCCATTGTTATGGGTTCAGC---AT---G----TT---------G---------T------A---------AT---------A-ATT-GA-GT--TAATA------C-ATCGTTATT
gi|34423 : -TGTAACTAGCAAAATAAA----------C-T-AT------TAGATCTATAG---C------------TTC---T--TG-GTTTTG---------TTGC----TAT---TTTAATTGTTATGGGCTTAGT---ATGACA----TCTTT------G---------T------A---------AC---------A-ATT-TA-TT--AAAAC------C-AAGCTTATT
gi|34425 : TAAA----------C-A-AG------TT------AAG---T------------TTC---T--TG-ATTTTG---------TTAA----TAT---TTTCATTGTTATGGGTCCGGT---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAAAA-GCT-GA-TT--AAAAA------C-ATGGTTATT
gi|34426 : tattgaatg-ATTTTG---------T-AT----CAT---AT---TTGGTATGAATTCAGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-GTT-GA-TT--AAA-A------C-ATGGTAATT
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 333333333 11111111
lowQualScore : 1 1 2 0 0 333333333 22222 111 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 66 0 4444444444 22 2222222 111 11 555555555 777777777 444 0 333333333 0 2222 222 0 111 111 1111 1111111111111111111 222222 888888888 666666666 1 1 1 22 11 11 22222222 1
lowQualScore : . . . . . ......... ..... ... . ....................................................................................... .. .. . .......... .. ....... ... .. ......... ......... ... . ......... . .... ... . ... ... .... ................... ...... ......... ......... . . . .. .. .. ........ .
lowQualScore : 5 3 0 9 9 666666666 33333 666 9 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 33 8 4444444444 00 9999999 555 11 999999999 333333333 999 8 333333333 8 9999 999 9 555 555 8888 4444444444444444444 555555 000000000 000000000 0 0 0 33 44 44 99999999 1
consensus : ATG-T-CTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AAA------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
Reference ( family-455 ) : ATA-T-CTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AAA------C--T--------CNC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34375 : TG-T-CTAAATCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCT---GT-GAA------A--T--------CGC-----------C---A--TG----------------TTTTT--A-----------T--A-AA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ATTTTG---------TT-TT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34376 : atATAGT-CTAAATCTTACAACAAGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-GAG------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--T-----------T--AGAA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TT-GT----TATTT--TCATTGTTAAAGATTC-CGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34377 : TTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------AC-----ACACCG---GT-GAA------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGATGGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AA---A----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TT-GT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTAGAAGA-AG-T-GA-TT--A--AA-A------CTATGGTTATT
gi|34378 : attgtctaaacaCTTACAACATGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---AA-GAA------A--T--------CGCC----------A-------G----------------GTTTC--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GCCCTC-TCTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---T----T-----TA--T---TG-ATTTTT---------TT-GT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34379 : atagtctaaaaATA-TTCTAAATCTATCAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---TT-GAA------A--T--------CGC-----------C---T--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TCA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ATTTTG---------TT-GT----TATTT--TTATTCTTATAGATTC-AGC---AT---A----TCTCAATCTTTG---------T------A---------AG---------A-AT-T-GATTT--A--AAC-------C-ATGGTTATT
gi|34380 : TG-T-CTAATTCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACATCG---GT-AGA------A--T--------CGG-----------A---A--TG----------------------------------------------ATA-AT-GTC-GTCTGTATCGAGCAAAATAAA----------AA--A--------A---T--AG---A----T-----GTTGT---TG-ATTTTG---------TT-AT----GATCT--TTATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TC---------ATTAACTTTTT------A---------AG---------A-AT-G-TA-TT--T--AAGA------C-ATGGTTAT
gi|34381 : atATG-T-CTGAATCTTAAAACGTGCTGAA------CG---------CC-----GCACCG---GT-TAA------G--C--------CAC-----------ACCAT--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-TGTATATAT-ATCCTT-TGTACTGAGCAATATAAG----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TT-AT----TATTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTGT------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTTATT
gi|34382 : atATA-G-CTGATTCTTACAACATGCTGAA-AAT-ACG---------TT-----GCACTG---GT-AAA------C--T--------CTC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----CATTT--CCATCCTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34383 : ATG-T-CTGATCCTTAGAATGTGCTGAACAAC-ACA---------CTGGTAAACACCC---TT-AAA------C-----------CGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAGAAGAAAAAA----------CA--A------CT-------AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--GCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTCT------A---------AC---------A-AT-T-AG-TT--A--AAAA------C-ATAGTTTTT
gi|34384 : atATG-T-CTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACGCCG---AT-AAA------T--T--------CGCCTTGTTTTTCAA---TCGTG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TGCTGT-TATATTAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------
gi|34385 : atATG-T-CTCATTCTTGTGAAGTGCTTAA------CA---------CC-----ACATCG---GT-AAA------A--T--------CGC-----------A---C--TGATTAAACAGCTTTGTTTTTTT--AC----------A--AAAA-A--GTATAT-GTCCTT-TGTATTGAACAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTA---------TT-AT----TATTT--ACATTGATATGTG-TC-ATC---AT---AATATTT---------G---------T------A---------AC---------A-GT-T-GA-TTAAA--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34386 : atATA-T-CTGATTCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--C---TA-ATTTTG---------TT-AT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-TGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34387 : ATA-T-CTGATTGTGACGACGTGCTGAA-AAC-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TT-AT----TTTTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGATTATT
gi|34388 : ATA-T-CTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAATAGA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-TTTTTT---------TTTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34389 : ATG-T-CTGATTCTTGCAGCGTGCTGAA-AAT-ATG---------CC-----ACACTG---GT-AAA------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------TTTT-----------------------A--TTTTAT-TTTT-C-TGTATCAAGTAAAA-------------------------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--CGATTGCTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------
gi|34390 : atATG-T-CTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------TC-----ACACCA---GT-AAA------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------ATTTT--A-----------A--AGtaa
gi|34391 : atATA-T-CTGATTCTGACGGCGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-TAA------C-------------------------A---T--TC----------------TTT-----------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-GTTTTG---------TT-AT----TATTT--TCATTGTTATTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------C------A---------AT---------A-AT-T-GT-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34392 : ATA-T-CTGATTCTGACAACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCT---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTC--------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTT----------------------TTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TA---------A----------------A---------AT---------A-AT-T-GA-GG--A--CATT------T-ATGGTTATT
gi|34393 : ATA-T-CTGATTCTGACGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AAA------C--T------------------------------------------------TTTT------------------------------T-TTCTGT-AGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTCTG---------TT-AT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GC--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34394 : ATA-T-CTGATTCTGGCGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACTG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTATGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--T---TA-ATTTTGCAACAATGGTT-ATGA--TATTTT-CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGCTATT
gi|34395 : ATA-T-CTGATTCATACGTTGTGCTGAA-AAT-ATG---------TA-----ACACCG---GT-AAA------C--T---------AT-----------A---T--T------------------------------------------------TATAT-TTCTGT-TGTGTCGAATTAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GG--T---TA-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--TCATTGTTACTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AC-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34396 : ATG-T-ATGATTCTTATAACGTGCTGAA------TG---------CC-----AAACCG---GT-AAAACTACAC--TGATTAAACCGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATAT-TTATTT-TCCATAAAGTAAAATAAA----------CAC-A------TTG---C--AGCTTC----T-----GTA-T---TG--TTTTA---------TT-ATTGTCTATTG--TCATTTTCATGGGTTC-CGC---AT---A---------------A---------T-----------------C---------A-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34397 : atATA-T-CTGATTCTGACGAGGTGCTGAA-AAT-ATG---------TG-----ACACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--------------------------TATAT-TTCTGT-TGTACCAAGTAAAACTTA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTT-------------AT----TATTT--CCTTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------T-ATTGTTATT
gi|34398 : ATG-T-CTGATTCTTGCAACGTGCTAAA-AGT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-AAA------T--T--------CAC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AG
gi|34399 : at-T-CTGATTCTTACAACGTGCAGCA-AAT-ATT---------CC-----ACACTG---GT-AAA------A--T--------CCC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT---------------CGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ACTTTG---------TT-GT----TATTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GATTT--T--AAT-------C-ATAGTTATT
gi|34400 : g-T-CTGATTCTTACAGCGTGCAGCC-AAT-ATG---------CC-----ACACCC---GT-AAA------AAAT--------CCC-----------A---A--TG----------------TATTT--A-----------A--AGAA-G--ATATAT-GTCCTT-TGAATCGAGCAAAACAAAAGGCACAAAACA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ACTTTG---------TT-AT----TATTT--CTAATGTTATGGATTC-AGC---AT---A----AC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GA-TT-----TATAT-----T-ATAGTTATT
gi|34401 : g-T-CTGATTCTTACAAAGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AAA------C--A--------CAC-----------A---T--TT----------------TTTTC--A-----------A--TGAA-A--ATATAT-TTCCGC-TCTATCGAGTAAAATAAA----------CG--A------------------------------------------ATTGTG---------TT-AG----TATTT--CCATTGCTATGGGTTT-AGC---AT---T----TC---------A---------T------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--T--AATATAATAGT-ATGGTTATT
gi|34402 : g-T-CTGATTCTTATAAGGTGCTGA------ACG---------CC-----ACACCG---GT-AAA------A--C--------CAT-----------A---C--TGATTAAACTGCTTTGT-TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGGTTCAAGGAAAAAAAA----------
gi|34403 : g-T-CTGATTCTGACGAAGTGCTGAA-AAA-ATG---------TT-----GCACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTCTAT-TGTCTCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-A--TTG---------TT-AT------TTA--CCATTGTTATGGGTTC-AGT---AT---A----TT---------A---------T------C---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATaa
gi|34404 : -CTGATTCTTGCAAAGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-TAA------C--T--------TGC-----------C---T--TG----------------TTTTTCAATCGTGTTTTTTA--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----atcataattgagtacattcatggttatt
gi|34405 : -CTGATTCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ATGCCGAAAAA-AAA------C--A--------C-C-----------A------TG----------------CCT----------------A--AGCA-A--AT---T-TCCT-T-TGTTTCAAACAAAATAAAC---------CATTA------CCGGTAT--AT---C----T-----TC--T---TA-TTTTTG---------TT-AT----TATAT--TCAGTGATAT
gi|34406 : -CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AAA------A-----------CCC-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----AT--T---T---TTTTG---------TT-AA----TATTT--TCATTTATATTGGTTC-AGT---AT---A----TT---------T---------T------A---------A
gi|34407 : -CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AAA------A-----------CCC-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----GT--T---T---TTTTG---------TT-AA----TTTTT--TCATTTGTATTGGTTC-AGT---AT---A----actgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34408 : ATCCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--T------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTA---------TT-AT----TATTT--TCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATGGTTATTatttaaactgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34409 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACA---------CC-----ACATCG---AT-AAA------A--C--------CAC------------------TG----------------TG-----A-----------AGAAGAA-A--ATATAC-TT-TGT-T---TCAAGCAAAATAAT----------CA--A------TTA---T--A---------T-----AT--TAT-TG-TTTTTG---------TT-AT----TATTT--TCAATGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------ACACTTTGTGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34410 : TCTTATAGCATTCTTAA-AAT-ACT---------CC-----ACACCT---TT-AAA------A--C--------CGG-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AATA-A--ATATAT-GGCCTT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------CA--A------CTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ACATTG---------TT-AT----TATTT--TCATTTTCATGGGTCC-ACCATAAT---A----TC---------A---------TCTTTGAA---------AC---------A-TT-T-GA-TT--A--AAGA------A-ATGGTTATT
gi|34411 : TCTTATAACGTGCTGAA-CACCACAAAGGTAAAACC-----AAACCG---AT-AAA------A--C--------CGC-----------T---T--TG----------------ATTTT--T-----------A--AGGA-A--ATATAT-ATC-AT-TTTATCAAGCAAAATAAA----------CA--A------TTG---TCTAG--------T-----GC--T----G-ATTTTG---------TT-AT-------TT--CCATTGTTATGGGTAA-AGC---AT---A----GC---------A---------T------A---------AT---------CTGT-T-GC-TT--A--AAAT------C-ATGTTTATT
gi|34412 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ATA---------CC-----ACAATG---AT-AAA------A--C--------CAC------------------TG--------------------C--G-----------A--AGAAGA--AAATA--TCCT-T-TATTTCAAGCAAAATAAC----------CA--A------TAA---T--AT---C----T-----TC--T---TT-TTTTCG---------TT-AT----TACGT--TTAATGATGTGGGTTT-GGC---AT---A----GC---------A---------T------ACTTTTTATGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34413 : TCTGATGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AAA------C--T--------ATC-----------C---T--T-------------------------------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TT-TT----TATAT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATAGTTATT
gi|34414 : TCTGACGACGTGCTGAA-AAA-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AAA------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAA---------------A--A------CTG---T--AT---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TC-AT----TTTTT--CCAGTGTTATGGGTTC-AGC---GT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34415 : TTATAGCGTGCGGAA-AAT-ACA---------CC-----ACTCCG---AC-AAA------A--T--------TGC-----------T---A--TG----------------TTTTTTAA-----------A--AGAA-A--GTATAT-CAC-------AAC-AACACAATAAA----------------------TC---T--A------------------------A-ATTTTA---------TT-AC------TTT--GCAGTGTT-----TTCTATC---AT---A----TT---------A---------T------AT--------AT---------A-ACAT-GA-AT--ATCAATA------
gi|34416 : ACGTGCAGAA-AAT-ATG---------GC-----ACACCG---GT-AAA------A--T--------CGC-----------A---A--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATTT-GTCCTT-TTAATCGAGCAAAATGAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TT-AT----TATTT--TCATTGCTATGGATTC-AGT---AT---A----TC---------AT--------T------A---------GTATA------A-AT-C-GA-TT--A--AATAT-----C-ATGGTTATTttt
gi|34417 : ---------CC-----ACACCA---ATTAAA------C-----------CAC------------------------------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAACGAAATAAG----------TA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-AGTTTG---------TT-AT----TAATT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------T---------AT---------C-AC-T-G
gi|34418 : cggtaaaaA-AAT-ACA---------CC-----ACACCG---AC-AAA--------------------------------A---T--TG----------------CTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT----TC-GT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------TA--A------TTA---T--AT---C----TTACTAAT--TACATGTATATTG---------CT-TT----TACTTTGTCATTGCAATAAATAC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-AT-TAGT-TT--A--AAC-------C-ATGGTTATTtaa
gi|34419 : T--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----AC--T---TG-ATTTGG---------TT-AT----TATTT--CCGTTGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--C--AATT------C-ATGGTTATT
gi|34420 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------A
gi|34421 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TT-AT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------Acctttataacagtt
gi|34422 : TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TT-AT----TGTTT--CCATTGTTATGGGTTC-ATC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------cctttataacagtt
gi|34423 : -TGTAACTAGCAAAATAAA----------CT--ATTAGATCTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TT-GC----TATTT--TAATTGTTATGGGCTT-AGT---ATGACA----TCTTT------G---------T------A---------AC---------A-AT-T-TA-TT--A--AAAC------C-AAGCTTATT
gi|34424 : -TGTATCGAATAAAATTAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTGTG---------TT-AC----TACTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---G----TT---------G---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--T--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34425 : TAAA----------CA--A------GTT---A--AG---T----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TT-AA----TATTT--TCATTGTTATGGGTCC-GGT---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAAAA-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34426 : tattgaatg-ATTTTG---------T--AT----CATAT-----TTGGTATGAATTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-GT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTAATT
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 333333333 11111111
lowQualScore : 2 0 0 333333333 22222 111 1 222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 66 0 4444444444 22 2222222 111 11 555555555 777777777 444 1 333333333 2222 222 0 111 111 1111 1111111111111111111 222222 888888888 666666666 1 1 1 22 11 11 22222222 1
lowQualScore : . . . ......... ..... ... . ...... ....................................................................................... .. .. . .......... .. ....... ... .. ......... ......... ... . ......... .... ... . ... ... .... ................... ...... ......... ......... . . . .. .. .. ........ .
lowQualScore : 0 9 9 666666666 33333 666 8 666666 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 33 8 4444444444 00 9999999 555 11 999999999 333333333 999 6 333333333 9999 999 9 555 555 8888 4444444444444444444 555555 000000000 000000000 0 0 0 33 44 44 99999999 1
consensus : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
Reference ( family-455 ) : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34375 : TGTCTAAATCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCT---GT-GA------A------A--T--------CGC-----------C---A--TG----------------TTTTT--A-----------T--A-AA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ATTTTG---------TTTT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34376 : atGTCTAAATCTTACAACAAGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-GA------G------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--T-----------T--AGAA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TCATTGTTAAAGATTC-CGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34377 : ataTGTCTAAACATTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------AC-----ACACCG---GT-GA------A------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGATGGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AA---A----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTAGAAGA-AG-T-GA-TT--A--AA-A------CTATGGTTATT
gi|34378 : atGTCTAAAACTTACAACATGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---AA-GA------A------A--T--------CGCC----------A-------G----------------GTTTC--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GCCCTC-TCTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---T----T-----TA--T---TG-ATTTTT---------TTGT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34379 : ataTCTAAATCTATCAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---TT-GA------A------A--T--------CGC-----------C---T--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TCA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TTATTCTTATAGATTC-AGC---AT---A----TCTCAATCTTTG---------T------A---------AG---------A-AT-T-GATTT--A--AAC-------C-ATGGTTATT
gi|34380 : atatTGTCTAATTCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACATCG---GT-AG------A------A--T--------CGG-----------A---A--TG----------------------------------------------ATA-AT-GTC-GTCTGTATCGAGCAAAATAAA----------AA--A--------A---T--AG---A----T-----GTTGT---TG-ATTTTG---------TTAT----GATCT--TTATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TC---------ATTAACTTTTT------A---------AG---------A-AT-G-TA-TT--T--AAGA------C-ATGGTTAT
gi|34381 : atATGTCTGAATCTTAAAACGTGCTGAA------CG---------CC-----GCACCG---GT-TA------A------G--C--------CAC-----------ACCAT--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-TGTATATAT-ATCCTT-TGTACTGAGCAATATAAG----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTGT------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTTATT
gi|34382 : atCTGATTCTTACAACATGCTGAA-AAT-ACG---------TT-----GCACTG---GT-AA------A------C--T--------CTC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----CATTT--CCATCCTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34383 : atagATGTCTGATCCTTAGAATGTGCTGAACAAC-ACA---------CTGGTAAACACCC---TT-AA------A------C-----------CGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAGAAGAAAAAA----------CA--A------CT-------AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--GCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTCT------A---------AC---------A-AT-T-AG-TT--A--AAAA------C-ATAGTTTTT
gi|34384 : atATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACGCCG---AT-AA------A------T--T--------CGCCTTGTTTTTCAA---TCGTG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TGCTGT-TATATTAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------
gi|34385 : atATGTCTCATTCTTGTGAAGTGCTTAA------CA---------CC-----ACATCG---GT-AA------A------A--T--------CGC-----------A---C--TGATTAAACAGCTTTGTTTTTTT--AC----------A--AAAA-A--GTATAT-GTCCTT-TGTATTGAACAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTA---------TTAT----TATTT--ACATTGATATGTG-TC-ATC---AT---AATATTT---------G---------T------A---------AC---------A-GT-T-GA-TTAAA--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34386 : atATATCTGATTCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--C---TA-ATTTTG---------TTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-TGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34387 : ATATCTGATTGTGACGACGTGCTGAA-AAC-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TTTTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGATTATT
gi|34388 : ATATCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAATAGA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TGTTTTTTT---------TTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34389 : ATGTCTGATTCTTGCAGCGTGCTGAA-AAT-ATG---------CC-----ACACTG---GT-AA------A------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------TTTT-----------------------A--TTTTAT-TTTT-C-TGTATCAAGTAAAA-------------------------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CGATTGCTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------
gi|34390 : atATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------TC-----ACACCA---GT-AA------A------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------ATTTT--A-----------A--AGtaa
gi|34391 : atATATCTGATTCTGACGGCGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-TA------A------C-------------------------A---T--TC----------------TTT-----------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-GTTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------C------A---------AT---------A-AT-T-GT-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34392 : ATATCTGATTCTGACAACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCT---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTC--------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTT---------------------TTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TA---------A----------------A---------AT---------A-AT-T-GA-GG--A--CATT------T-ATGGTTATT
gi|34393 : ATATCTGATTCTGACGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AA------A------C--T------------------------------------------------TTTT------------------------------T-TTCTGT-AGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTCTG---------TTAT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GC--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34394 : ATATCTGATTCTGGCGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACTG---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTATGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--T---TA-ATTTTGCAACAATGGTTATGA--TATTTT-CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGCTATT
gi|34395 : ATATCTGATTCATACGTTGTGCTGAA-AAT-ATG---------TA-----ACACCG---GT-AA------A------C--T---------AT-----------A---T--T------------------------------------------------TATAT-TTCTGT-TGTGTCGAATTAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GG--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTACTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AC-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34396 : ATGTATGATTCTTATAACGTGCTGAA------TG---------CC-----AAACCG---GT-AA------AACTACAC--TGATTAAACCGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATAT-TTATTT-TCCATAAAGTAAAATAAA----------CAC-A------TTG---C--AGCTTC----T-----GTA-T---TG--TTTTA---------TTATTGTCTATTG--TCATTTTCATGGGTTC-CGC---AT---A---------------A---------T-----------------C---------A-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34397 : atATATCTGATTCTGACGAGGTGCTGAA-AAT-ATG---------TG-----ACACCG---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTT--------------------------TATAT-TTCTGT-TGTACCAAGTAAAACTTA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTT------------AT----TATTT--CCTTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------T-ATTGTTATT
gi|34398 : ATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTAAA-AGT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-AA------A------T--T--------CAC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AG
gi|34399 : atGTCTGATTCTTACAACGTGCAGCA-AAT-ATT---------CC-----ACACTG---GT-AA------A------A--T--------CCC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT---------------CGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ACTTTG---------TTGT----TATTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GATTT--T--AAT-------C-ATAGTTATT
gi|34400 : GTCTGATTCTTACAGCGTGCAGCC-AAT-ATG---------CC-----ACACCC---GT-AA------A------AAAT--------CCC-----------A---A--TG----------------TATTT--A-----------A--AGAA-G--ATATAT-GTCCTT-TGAATCGAGCAAAACAAAAGGCACAAAACA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ACTTTG---------TTAT----TATTT--CTAATGTTATGGATTC-AGC---AT---A----AC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GA-TT-----TATAT-----T-ATAGTTATT
gi|34401 : GTCTGATTCTTACAAAGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AA------A------C--A--------CAC-----------A---T--TT----------------TTTTC--A-----------A--TGAA-A--ATATAT-TTCCGC-TCTATCGAGTAAAATAAA----------CG--A------------------------------------------ATTGTG---------TTAG----TATTT--CCATTGCTATGGGTTT-AGC---AT---T----TC---------A---------T------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--T--AATATAATAGT-ATGGTTATT
gi|34402 : GTCTGATTCTTATAAGGTGCTGA------ACG---------CC-----ACACCG---GT-AAAACCATA------C--TGATTAAACTGC-----------T---T--TGT---------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGGTTCAAGGAAAAAAAA----------
gi|34403 : TCTGATTCTGACGAAGTGCTGAA-AAA-ATG---------TT-----GCACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTAT-TGTCTCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-A--TTG---------TTAT------TTA--CCATTGTTATGGGTTC-AGT---AT---A----TT---------A---------T------C---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATaa
gi|34404 : CTGATTCTTGCAAAGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-TA------A------C--T--------TGC-----------C---T--TG----------------TTTTTCAATCGTGTTTTTTA--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----atcataattgagtacattcatggttatt
gi|34405 : CTGATTCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ATGCCGAAAAA-AA------A------C--A--------C-C-----------A------TG----------------CCT----------------A--AGCA-A--AT---T-TCCT-T-TGTTTCAAACAAAATAAAC---------CATTA------CCGGTAT--AT---C----T-----TC--T---TA-TTTTTG---------TTAT----TATAT--TCAGTGATAT
gi|34406 : CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AA------A------A--C--------C-C-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----AT--T---T---TTTTG---------TTAA----TATTT--TCATTTATATTGGTTC-AGT---AT---A----TT---------T---------T------A---------A
gi|34407 : CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AA------A------A--C--------C-C-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----GT--T---T---TTTTG---------TTAA----TTTTT--TCATTTGTATTGGTTC-AGT---AT---A----actgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34408 : ATCCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--T------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTA---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATGGTTATTatttaaactgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34409 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACA---------CC-----ACATCG---AT-AA------A------A--C--------CAC------------------TG----------------TG-----A-----------AGAAGAA-A--ATATAC-TT-TGT-T---TCAAGCAAAATAAT----------CA--A------TTA---T--A---------T-----AT--TAT-TG-TTTTTG---------TTAT----TATTT--TCAATGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------ACACTTTGTGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34410 : TCTTATAGCATTCTTAA-AAT-ACT---------CC-----ACACCT---TT-AA------A------A--C--------CGG-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AATA-A--ATATAT-GGCCTT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------CA--A------CTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ACATTG---------TTAT----TATTT--TCATTTTCATGGGTCC-ACCATAAT---A----TC---------A---------TCTTTGAA---------AC---------A-TT-T-GA-TT--A--AAGA------A-ATGGTTATT
gi|34411 : TCTTATAACGTGCTGAA-CACCACAAAGGTAAAACC-----AAACCG---AT-AA------A------A--C--------CGC-----------T---T--TG----------------ATTTT--T-----------A--AGGA-A--ATATAT-ATC-AT-TTTATCAAGCAAAATAAA----------CA--A------TTG---TCTAG--------T-----GC--T----G-ATTTTG---------TTAT-------TT--CCATTGTTATGGGTAA-AGC---AT---A----GC---------A---------T------A---------AT---------CTGT-T-GC-TT--A--AAAT------C-ATGTTTATT
gi|34412 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ATA---------CC-----ACAATG---ATAAA------A------C-------------C-----------A---C--TG--------------------C--G-----------A--AGAAGA--AAATA--TCCT-T-TATTTCAAGCAAAATAAC----------CA--A------TAA---T--AT---C----T-----TC--T---TT-TTTTCG---------TTAT----TACGT--TTAATGATGTGGGTTT-GGC---AT---A----GC---------A---------T------ACTTTTTATGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34413 : TCTGATGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T----------------------A---T--CC----------------TT------------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTTT----TATAT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATAGTTATT
gi|34414 : TCTGACGACGTGCTGAA-AAA-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAA---------------A--A------CTG---T--AT---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TCAT----TTTTT--CCAGTGTTATGGGTTC-AGC---GT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34415 : TTATAGCGTGCGGAA-AAT-ACA---------CC-----ACTCCG---AC-AA------A------A--T--------TGC-----------T---A--TG----------------TTTTTTAA-----------A--AGAA-A--GTATAT-CAC-------AAC-AACACAATAAA----------------------TC---T--A------------------------A-ATTTTA---------TTAC------TTT--GCAGTGTT-----TTCTATC---AT---A----TT---------A---------T------AT--------AT---------A-ACAT-GA-AT--ATCAATA------
gi|34416 : ACGTGCAGAA-AAT-ATG---------GC-----ACACCG---GT-AA------A------A--T--------CGC-----------A---A--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATTT-GTCCTT-TTAATCGAGCAAAATGAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGCTATGGATTC-AGT---AT---A----TC---------AT--------T------A---------GTATA------A-AT-C-GA-TT--A--AATAT-----C-ATGGTTATTttt
gi|34417 : ---------CC-----ACACCA---ATTAA------A------C-----------CAC------------------------------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAACGAAATAAG----------TA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-AGTTTG---------TTAT----TAATT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------T---------AT---------C-AC-T-G
gi|34418 : cggtaaaaA-AAT-ACA---------CC-----ACACCG---AC-AA------A--------------------------------A---T--TG----------------CTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT----TC-GT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------TA--A------TTA---T--AT---C----TTACTAAT--TACATGTATATTG---------CTTT----TACTTTGTCATTGCAATAAATAC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-AT-TAGT-TT--A--AAC-------C-ATGGTTATTtaa
gi|34419 : T--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----AC--T---TG-ATTTGG---------TTAT----TATTT--CCGTTGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--C--AATT------C-ATGGTTATT
gi|34420 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------A
gi|34421 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------Acctttataacagtt
gi|34422 : TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TGTTT--CCATTGTTATGGGTTC-ATC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------cctttataacagtt
gi|34423 : -TGTAACTAGCAAAATAAA----------CT--ATTAGATCTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TTGC----TATTT--TAATTGTTATGGGCTT-AGT---ATGACA----TCTTT------G---------T------A---------AC---------A-AT-T-TA-TT--A--AAAC------C-AAGCTTATT
gi|34424 : -TGTATCGAATAAAATTAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTGTG---------TTAC----TACTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---G----TT---------G---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--T--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34425 : TAAA----------CA--A------GTT---A--AG---T----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAA----TATTT--TCATTGTTATGGGTCC-GGT---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAAAA-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34426 : tattgaatg-ATTTTG---------T-AT----CATAT-----TTGGTATGAATTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-GT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTAATT
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 333333333 11111111
lowQualScore : 2 0 0 333333333 22222 111 1 222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 66 0 4444444444 22 2222222 111 11 555555555 777777777 444 1 333333333 2222 222 0 111 111 1111 1111111111111111111 222222 888888888 666666666 1 1 1 22 11 11 22222222 1
lowQualScore : . . . ......... ..... ... . ...... ....................................................................................... .. .. . .......... .. ....... ... .. ......... ......... ... . ......... .... ... . ... ... .... ................... ...... ......... ......... . . . .. .. .. ........ .
lowQualScore : 0 9 9 666666666 33333 666 8 666666 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 33 8 4444444444 00 9999999 555 11 999999999 333333333 999 6 333333333 9999 999 9 555 555 8888 4444444444444444444 555555 000000000 000000000 0 0 0 33 44 44 99999999 1
consensus : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
Reference ( family-455 ) : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34375 : TGTCTAAATCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCT---GT-GA------A------A--T--------CGC-----------C---A--TG----------------TTTTT--A-----------T--A-AA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ATTTTG---------TTTT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34376 : atGTCTAAATCTTACAACAAGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-GA------G------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--T-----------T--AGAA-A--ATATATGTTCT-C-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TCATTGTTAAAGATTC-CGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34377 : ataTGTCTAAACATTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------AC-----ACACCG---GT-GA------A------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGATGGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AA---A----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTAGAAGA-AG-T-GA-TT--A--AA-A------CTATGGTTATT
gi|34378 : atGTCTAAAACTTACAACATGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---AA-GA------A------A--T--------CGCC----------A-------G----------------GTTTC--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GCCCTC-TCTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---T----T-----TA--T---TG-ATTTTT---------TTGT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34379 : ataTCTAAATCTATCAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---TT-GA------A------A--T--------CGC-----------C---T--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATAT-GTCCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TCA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TTATTCTTATAGATTC-AGC---AT---A----TCTCAATCTTTG---------T------A---------AG---------A-AT-T-GATTT--A--AAC-------C-ATGGTTATT
gi|34380 : atatTGTCTAATTCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACATCG---GT-AG------A------A--T--------CGG-----------A---A--TG----------------------------------------------ATA-AT-GTC-GTCTGTATCGAGCAAAATAAA----------AA--A--------A---T--AG---A----T-----GTTGT---TG-ATTTTG---------TTAT----GATCT--TTATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TC---------ATTAACTTTTT------A---------AG---------A-AT-G-TA-TT--T--AAGA------C-ATGGTTAT
gi|34381 : atATGTCTGAATCTTAAAACGTGCTGAA------CG---------CC-----GCACCG---GT-TA------A------G--C--------CAC-----------ACCAT--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-TGTATATAT-ATCCTT-TGTACTGAGCAATATAAG----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTGT------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTTATT
gi|34382 : atCTGATTCTTACAACATGCTGAA-AAT-ACG---------TT-----GCACTG---GT-AA------A------C--T--------CTC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----CATTT--CCATCCTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34383 : atagATGTCTGATCCTTAGAATGTGCTGAACAAC-ACA---------CTGGTAAACACCC---TT-AA------A------C-----------CGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAGAAGAAAAAA----------CA--A------CT-------AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--GCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTCT------A---------AC---------A-AT-T-AG-TT--A--AAAA------C-ATAGTTTTT
gi|34384 : atATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACGCCG---AT-AA------A------T--T--------CGCCTTGTTTTTCAA---TCGTG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TGCTGT-TATATTAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------
gi|34385 : atATGTCTCATTCTTGTGAAGTGCTTAA------CA---------CC-----ACATCG---GT-AA------A------A--T--------CGC-----------A---C--TGATTAAACAGCTTTGTTTTTTT--AC----------A--AAAA-A--GTATAT-GTCCTT-TGTATTGAACAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTA---------TTAT----TATTT--ACATTGATATGTG-TC-ATC---AT---AATATTT---------G---------T------A---------AC---------A-GT-T-GA-TTAAA--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34386 : atATATCTGATTCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--C---TA-ATTTTG---------TTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-TGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34387 : ATATCTGATTGTGACGACGTGCTGAA-AAC-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TTTTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGATTATT
gi|34388 : ATATCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAATAGA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TGTTTTTTT---------TTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34389 : ATGTCTGATTCTTGCAGCGTGCTGAA-AAT-ATG---------CC-----ACACTG---GT-AA------A------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------TTTT-----------------------A--TTTTAT-TTTT-C-TGTATCAAGTAAAA-------------------------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CGATTGCTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------
gi|34390 : atATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------TC-----ACACCA---GT-AA------A------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------ATTTT--A-----------A--AGtaa
gi|34391 : atATATCTGATTCTGACGGCGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-TA------A------C-------------------------A---T--TC----------------TTT-----------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-GTTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------C------A---------AT---------A-AT-T-GT-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34392 : ATATCTGATTCTGACAACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCT---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTC--------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTT---------------------TTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TA---------A----------------A---------AT---------A-AT-T-GA-GG--A--CATT------T-ATGGTTATT
gi|34393 : ATATCTGATTCTGACGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AA------A------C--T------------------------------------------------TTTT------------------------------T-TTCTGT-AGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTCTG---------TTAT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GC--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34394 : ATATCTGATTCTGGCGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACTG---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TAT-TTATGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--T---TA-ATTTTGCAACAATGGTTATGA--TATTTT-CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGCTATT
gi|34395 : ATATCTGATTCATACGTTGTGCTGAA-AAT-ATG---------TA-----ACACCG---GT-AA------A------C--T---------AT-----------A---T--T------------------------------------------------TATAT-TTCTGT-TGTGTCGAATTAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GG--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTACTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AC-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34396 : ATGTATGATTCTTATAACGTGCTGAA------TG---------CC-----AAACCG---GT-AA------AACTACAC--TGATTAAACCGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATAT-TTATTT-TCCATAAAGTAAAATAAA----------CAC-A------TTG---C--AGCTTC----T-----GTA-T---TG--TTTTA---------TTATTGTCTATTG--TCATTTTCATGGGTTC-CGC---AT---A---------------A---------T-----------------C---------A-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34397 : atATATCTGATTCTGACGAGGTGCTGAA-AAT-ATG---------TG-----ACACCG---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTT--------------------------TATAT-TTCTGT-TGTACCAAGTAAAACTTA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTT------------AT----TATTT--CCTTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------T-ATTGTTATT
gi|34398 : ATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTAAA-AGT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-AA------A------T--T--------CAC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AG
gi|34399 : atGTCTGATTCTTACAACGTGCAGCA-AAT-ATT---------CC-----ACACTG---GT-AA------A------A--T--------CCC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT---------------CGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ACTTTG---------TTGT----TATTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GATTT--T--AAT-------C-ATAGTTATT
gi|34400 : GTCTGATTCTTACAGCGTGCAGCC-AAT-ATG---------CC-----ACACCC---GT-AA------A------AAAT--------CCC-----------A---A--TG----------------TATTT--A-----------A--AGAA-G--ATATAT-GTCCTT-TGAATCGAGCAAAACAAAAGGCACAAAACA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ACTTTG---------TTAT----TATTT--CTAATGTTATGGATTC-AGC---AT---A----AC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GA-TT-----TATAT-----T-ATAGTTATT
gi|34401 : GTCTGATTCTTACAAAGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AA------A------C--A--------CAC-----------A---T--TT----------------TTTTC--A-----------A--TGAA-A--ATATAT-TTCCGC-TCTATCGAGTAAAATAAA----------CG--A------------------------------------------ATTGTG---------TTAG----TATTT--CCATTGCTATGGGTTT-AGC---AT---T----TC---------A---------T------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--T--AATATAATAGT-ATGGTTATT
gi|34402 : GTCTGATTCTTATAAGGTGCTGA------ACG---------CC-----ACACCG---GT-AAAACCATA------C--TGATTAAACTGC-----------T---T--TGT---------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGGTTCAAGGAAAAAAAA----------
gi|34403 : TCTGATTCTGACGAAGTGCTGAA-AAA-ATG---------TT-----GCACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTAT-TGTCTCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-A--TTG---------TTAT------TTA--CCATTGTTATGGGTTC-AGT---AT---A----TT---------A---------T------C---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATaa
gi|34404 : CTGATTCTTGCAAAGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-TA------A------C--T--------TGC-----------C---T--TG----------------TTTTTCAATCGTGTTTTTTA--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----atcataattgagtacattcatggttatt
gi|34405 : CTGATTCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ATGCCGAAAAA-AA------A------C--A--------C-C-----------A------TG----------------CCT----------------A--AGCA-A--AT---T-TCCT-T-TGTTTCAAACAAAATAAAC---------CATTA------CCGGTAT--AT---C----T-----TC--T---TA-TTTTTG---------TTAT----TATAT--TCAGTGATAT
gi|34406 : CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AA------A------A--C--------C-C-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----AT--T---T---TTTTG---------TTAA----TATTT--TCATTTATATTGGTTC-AGT---AT---A----TT---------T---------T------A---------A
gi|34407 : CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AA------A------A--C--------C-C-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATATCC-TT-TGT-T---TCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----GT--T---T---TTTTG---------TTAA----TTTTT--TCATTTGTATTGGTTC-AGT---AT---A----actgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34408 : ATCCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--T------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTA---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATGGTTATTatttaaactgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34409 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACA---------CC-----ACATCG---AT-AA------A------A--C--------CAC------------------TG----------------TG-----A-----------AGAAGAA-A--ATATAC-TT-TGT-T---TCAAGCAAAATAAT----------CA--A------TTA---T--A---------T-----AT--TAT-TG-TTTTTG---------TTAT----TATTT--TCAATGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------ACACTTTGTGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34410 : TCTTATAGCATTCTTAA-AAT-ACT---------CC-----ACACCT---TT-AA------A------A--C--------CGG-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AATA-A--ATATAT-GGCCTT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------CA--A------CTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ACATTG---------TTAT----TATTT--TCATTTTCATGGGTCC-ACCATAAT---A----TC---------A---------TCTTTGAA---------AC---------A-TT-T-GA-TT--A--AAGA------A-ATGGTTATT
gi|34411 : TCTTATAACGTGCTGAA-CACCACAAAGGTAAAACC-----AAACCG---AT-AA------A------A--C--------CGC-----------T---T--TG----------------ATTTT--T-----------A--AGGA-A--ATATAT-ATC-AT-TTTATCAAGCAAAATAAA----------CA--A------TTG---TCTAG--------T-----GC--T----G-ATTTTG---------TTAT-------TT--CCATTGTTATGGGTAA-AGC---AT---A----GC---------A---------T------A---------AT---------CTGT-T-GC-TT--A--AAAT------C-ATGTTTATT
gi|34412 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ATA---------CC-----ACAATG---ATAAA------A------C-------------C-----------A---C--TG--------------------C--G-----------A--AGAAGA--AAATA--TCCT-T-TATTTCAAGCAAAATAAC----------CA--A------TAA---T--AT---C----T-----TC--T---TT-TTTTCG---------TTAT----TACGT--TTAATGATGTGGGTTT-GGC---AT---A----GC---------A---------T------ACTTTTTATGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34413 : TCTGATGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T----------------------A---T--CC----------------TT------------------------------ATAT-TTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTTT----TATAT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATAGTTATT
gi|34414 : TCTGACGACGTGCTGAA-AAA-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATAT-TTCTAT-TGTATCGAGTAAAA---------------A--A------CTG---T--AT---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TCAT----TTTTT--CCAGTGTTATGGGTTC-AGC---GT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34415 : TTATAGCGTGCGGAA-AAT-ACA---------CC-----ACTCCG---AC-AA------A------A--T--------TGC-----------T---A--TG----------------TTTTTTAA-----------A--AGAA-A--GTATAT-CAC-------AAC-AACACAATAAA----------------------TC---T--A------------------------A-ATTTTA---------TTAC------TTT--GCAGTGTT-----TTCTATC---AT---A----TT---------A---------T------AT--------AT---------A-ACAT-GA-AT--ATCAATA------
gi|34416 : ACGTGCAGAA-AAT-ATG---------GC-----ACACCG---GT-AA------A------A--T--------CGC-----------A---A--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATTT-GTCCTT-TTAATCGAGCAAAATGAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGCTATGGATTC-AGT---AT---A----TC---------AT--------T------A---------GTATA------A-AT-C-GA-TT--A--AATAT-----C-ATGGTTATTttt
gi|34417 : ---------CC-----ACACCA---ATTAA------A------C-----------CAC------------------------------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-GTCCTT-TGTATCGAACGAAATAAG----------TA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-AGTTTG---------TTAT----TAATT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------T---------AT---------C-AC-T-G
gi|34418 : cggtaaaaA-AAT-ACA---------CC-----ACACCG---AC-AA------A--------------------------------A---T--TG----------------CTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT----TC-GT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------TA--A------TTA---T--AT---C----TTACTAAT--TACATGTATATTG---------CTTT----TACTTTGTCATTGCAATAAATAC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-AT-TAGT-TT--A--AAC-------C-ATGGTTATTtaa
gi|34419 : T--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----AC--T---TG-ATTTGG---------TTAT----TATTT--CCGTTGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--C--AATT------C-ATGGTTATT
gi|34420 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------A
gi|34421 : --AGAA-A--ATATAT-GTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------Acctttataacagtt
gi|34422 : TATAT-TTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TGTTT--CCATTGTTATGGGTTC-ATC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------cctttataacagtt
gi|34423 : -TGTAACTAGCAAAATAAA----------CT--ATTAGATCTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TTGC----TATTT--TAATTGTTATGGGCTT-AGT---ATGACA----TCTTT------G---------T------A---------AC---------A-AT-T-TA-TT--A--AAAC------C-AAGCTTATT
gi|34424 : -TGTATCGAATAAAATTAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTGTG---------TTAC----TACTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---G----TT---------G---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--T--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34425 : TAAA----------CA--A------GTT---A--AG---T----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAA----TATTT--TCATTGTTATGGGTCC-GGT---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAAAA-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34426 : tattgaatg-ATTTTG---------T-AT----CATAT-----TTGGTATGAATTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-GT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTAATT
blockSeqs : A AAGGTAAAA GGTAA AAA A AACCAT ATCGCACTGATTAAACAGCTTTGTTTTTTTACAAAAAA GT CT AGGCACAAAA TT TTAGATC GTA CT TCTTCT TACTAAT ACA T CAACAATGG TGTC TGT ATA GAC ATAT TCAATCTTTG CTTTGA CACTTTGTG CTTTGTAAG T A A TT AA TC TATAATAG T
blockSeqs : A . . . T . ACTACACTGATTAAACCGCTTTGTTTTTAAAGACA G CT C C T . . TCTTCT ATTA AT T . GA TC . . . ATTAACTTTT . CTTTTTATG CTTTAGAAG . . . TT . . TAT .
blockSeqs : A . . . . . TTCGCCTTGTTTTTCAATCGTGTTTTTAAAGAAA G CT . . T . . GCTTC GTTA AT . . . T . . . ATTATCTTTG . T CTTTGTAAG . . . T . . TAT .
blockSeqs : A . . . . . CTTGCCTTGTTTTTCAATCGTGTTTTTTAAGAAA G CT . . T . . AA GTTG . . . . T . . . ATTATCTTTC . . CTTAGTAAA . . . T . . AC .
blockSeqs : A . . . . . CTGATTAAACTGCTTTGTTTTTTAAAGAAA G TG . . T . . TT GTTA . . . . T . . . TTTG . . CTTAGTAAA . . . T . . AC .
blockSeqs : A . . . . . GCCACACCATTGTTTTTAAAGAATGT A CT . . C . . GA ATTA . . . . T . . . AT . . CTTTGTAAC . . . T . . GA .
blockSeqs : A . . . . . AAATCCCAATGTATTTAAAGAAG T TG . . T . . GC GTA . . . . T . . . T . . CTTTGTAAA . . . T . . TA .
blockSeqs : A . . . . . ATTGCTATGTTTTTTAAAAGAAA G CT . . C . . GC TA . . . . T . . . T . . CTTTGTAAC . . . T . . AA .
blockSeqs : A . . . . . ATCGCAAGGTTTTTTTAGAAA T TG . . C . . GC TA . . . . C . . . T . . ATA . . . T . . AA .
blockSeqs : G . . . . . ATCGCAAGGTTTTTATAGAAA G TG . . T . . GC TC . . . . G . . . A . . . . . . T . . TT .
blockSeqs : G . . . . . ATCGCCTGGTTTTTATAGAAA T TA . . C . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . G . . TT .
blockSeqs : G . . . . . CTCTCATTGTTTTTAAAGAAA T TG . . T . . GT TC . . . . A . . . G . . . . . . G . . TT .
blockSeqs : G . . . . . ATCCCATTGTTTTTAAAGAAA T TG . . C . . GC GC . . . . C . . . A . . . . . . G . . TA .
blockSeqs : A . . . . . CACACATTTTTTTCAATGAAA T TG . . C . . GC TC . . . . C . . . A . . . . . . G . . TT .
blockSeqs : A . . . . . ACCGGTTTGTTTTTAAAATAA T TG . . C . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . G . . TA .
blockSeqs : G . . . . . ACCGCTTTGATTTTTAAGGAA T TG . . C . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . G . . TA .
blockSeqs : A . . . . . ATCGCAATGTTTTTAAAGAAA T TT . . C . . GC GT . . . . T . . . A . . . . . . G . . TA .
blockSeqs : G . . . . . ATCGCCAGGTTTCATAGAAA T TG . . C . . GC GC . . . . T . . . A . . . . . . G . . AA .
blockSeqs : G . . . . . CCGCTTTGTTTTTAAAGACA T CT . . C . . GT GT . . . . C . . . A . . . . . . T . . TA .
blockSeqs : G . . . . . ACCCATATGTAGAAGAAA T CG . . T . . GC GT . . . . T . . . A . . . . . . G . . TT .
blockSeqs : A . . . . . ACCCATATGTAGAAGAAA T CT . . C . . GC GT . . . . T . . . A . . . . . . T . . TA .
blockSeqs : G . . . . . ACCACTGTGAAGAAGAAA G TA . . T . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . T . . AC .
blockSeqs : A . . . . . CACCATGCCTAAGCAA T TG . . T . . GC GG . . . . C . . . A . . . . . . G . . GA .
blockSeqs : A . . . . . CCACTTTTTAAAGAAA G TG . . C . . TC GT . . . . C . . . A . . . . . . G . . AT .
blockSeqs : A . . . . . ATTGCTTTTAAAGAAA T TG . . T . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . T . . AC .
blockSeqs : A . . . . . CCACTGCGAAGAAGA T TG . . C . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . T . . TA .
blockSeqs : A . . . . . CTCACCTTGTTTTA T TG . . T . . TC GC . . . . T . . . A . . . . . . T . . TT .
blockSeqs : G . . . . . ATCGGAATG T CT . . T . . GC TC . . . . T . . . T . . . . . . T . . TA .
blockSeqs : A . . . . . CTATCTTTA T TG . . C . . TC AT . . . . T . . . A . . . . . . G . . TT .
blockSeqs : T . . . . . CATTCTTT T TA . . T . . GC GT . . . . T . . . A . . . . . . G . . AC .
blockSeqs : T . . . . . CTATCTTC T CT . . C . . TC GT . . . . T . . . A . . . . . . A . . TA .
blockSeqs : T . . . . . CTATCTTT G CT . . T . . GC AT . . . . T . . . A . . . . . . T . . AA .
blockSeqs : G . . . . . CTATCCTT A TG . . T . . GC TC . . . . C . . . A . . . . . . T . . A .
blockSeqs : T . . . . . CTATCTT T GT . . C . . GC GC . . . . T . . . A . . . . . . T . . C .
blockSeqs : A . . . . . CTATCTT T GT . . C . . GC TC . . . . C . . . A . . . . . . T . . A .
blockSeqs : A . . . . . CTATCTT T TG . . T . . GC GT . . . . C . . . A . . . . . . G . . T .
blockSeqs : T . . . . . CTATATT C T . . T . . GC GT . . . . G . . . A . . . . . . T . . C .
blockSeqs : G . . . . . CTATCTT G G . . T . . GT TC . . . . T . . . A . . . . . . T . . A
blockSeqs : G . . . . . CTATCTT G T . . C . . G AC . . . . T . . . A . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . CTATCTT T T . . T . . . TA . . . . C . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . CTTTTT G A . . T . . . TC . . . . T . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . G T . . C . . . GT . . . . T . . . A . .
blockSeqs : . . . . . T G . . C . . . TC . . . . C . . . G . .
blockSeqs : . . . . G . . . GT . . . . T . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . TC . . . . C . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : T* CG GC******* *** *********
originalCons : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATAT-TTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
finalCons : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATT-TCCGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AGC-------T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 333333333 11111111
lowQualScore : 2 0 0 333333333 22222 111 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 111 2 66 0 4444444444 22 2222222 111 11 555555555 777777777 444 1 333333333 2222 222 0 111 111 1111 1111111111111111111 222222 888888888 666666666 1 1 1 22 11 11 22222222 1
lowQualScore : . . . ......... ..... ... . ...... ............................................................................... .. ... . .. . .......... .. ....... ... .. ......... ......... ... . ......... .... ... . ... ... .... ................... ...... ......... ......... . . . .. .. .. ........ .
lowQualScore : 0 9 9 666666666 33333 666 8 666666 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 555 9 33 8 4444444444 00 9999999 555 11 999999999 333333333 999 6 333333333 9999 999 9 555 555 8888 4444444444444444444 555555 000000000 000000000 0 0 0 33 44 44 99999999 1
consensus : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATTTCCGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
Reference ( family-455 ) : ATGTCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T--------CGC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATTTCCGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34375 : TGTCTAAATCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCT---GT-GA------A------A--T--------CGC-----------C---A--TG----------------TTTTT--A-----------T--A-AA-A--ATATATGTTCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ATTTTG---------TTTT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34376 : atGTCTAAATCTTACAACAAGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---GT-GA------G------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--T-----------T--AGAA-A--ATATATGTTCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TCATTGTTAAAGATTC-CGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34377 : ataTGTCTAAACATTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------AC-----ACACCG---GT-GA------A------A--T--------CGC-----------A---A--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATATGTCCTC-TGTATCGATGGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AA---A----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTAGAAGA-AG-T-GA-TT--A--AA-A------CTATGGTTATT
gi|34378 : atGTCTAAAACTTACAACATGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---AA-GA------A------A--T--------CGCC----------A-------G----------------GTTTC--A-----------T--AGAA-A--ATATATGCCCTC-TCTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---T----T-----TA--T---TG-ATTTTT---------TTGT----TATTT--TCATTGTTATAGATTC-AGC---AT---A----TC---------T---------T------A---------ATCTTTGTAAGA-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTTATT
gi|34379 : ataTCTAAATCTATCAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACACCG---TT-GA------A------A--T--------CGC-----------C---T--GG----------------TTTTT--A-----------T--AGAA-A--ATATATGTCCTC-TGTATCGAGCGAAATAAA----------CA--A------TCA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ATTTTG---------TTGT----TATTT--TTATTCTTATAGATTC-AGC---AT---A----TCTCAATCTTTG---------T------A---------AG---------A-AT-T-GATTT--A--AAC-------C-ATGGTTATT
gi|34380 : atatTGTCTAATTCTTACAACGTGCGGTA-AAT-ACG---------CC-----ACATCG---GT-AG------A------A--T--------CG--------------------G-----------------------A-----------A--TGAT-A--ATGT-----CGTCTGTATCGAGCAAAATAAA----------AA--A--------A---T--AG---A----T-----GTTGT---TG-ATTTTG---------TTAT----GATCT--TTATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TC---------ATTAACTTTTT------A---------AG---------A-AT-G-TA-TT--T--AAGA------C-ATGGTTAT
gi|34381 : atATGTCTGAATCTTAAAACGTGCTGAA------CG---------CC-----GCACCG---GT-TA------A------G--C--------CAC-----------ACCAT--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-TGTATATATATCCTT-TGTACTGAGCAATATAAG----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTGT------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTTATT
gi|34382 : atCTGATTCTTACAACATGCTGAA-AAT-ACG---------TT-----GCACTG---GT-AA------A------C--T--------CTC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATTTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TG-ATTTTG---------TTAT----CATTT--CCATCCTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--A--AATA------C-ATGGTTATT
gi|34383 : atagATGTCTGATCCTTAGAATGTGCTGAACAAC-ACA---------CTGGTAAACACCC---TT-AA------A------C-----------CGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATATGTCCTT-TGTATCGAGAAGAAAAAA----------CA--A------CT-------AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--GCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TC---------ATTATCTTTCT------A---------AC---------A-AT-T-AG-TT--A--AAAA------C-ATAGTTTTT
gi|34384 : atATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACGCCG---AT-AA------A------T--T--------CGCCTTGTTTTTCAA---TCGTG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATTGCTGT-TATATTAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------
gi|34385 : atATGTCTCATTCTTGTGAAGTGCTTAA------CA---------CC-----ACATCG---GT-AA------A------A--T--------CGC-----------A---C--TGATTAAACAGCTTTGTTTTTTT--AC----------A--AAAA-A--GTATATGTCCTT-TGTATTGAACAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTA---------TTAT----TATTT--ACATTGATATGTG-TC-ATC---AT---AATATTT---------G---------T------A---------AC---------A-GT-T-GA-TTAAA--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34386 : atATATCTGATTCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATATTTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--C---TA-ATTTTG---------TTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-TGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34387 : ATATCTGATTGTGACGACGTGCTGAA-AAC-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATATTTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TTTTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATGATTATT
gi|34388 : ATATCTGATTCTTACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATATTTCTAT-TGTATCGAGTAAAATAGA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TGTTTTTTT---------TTAT----T-TTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34389 : ATGTCTGATTCTTGCAGCGTGCTGAA-AAT-ATG---------CC-----ACACTG---GT-AA------A------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------TTTT-----------------------A--TTTTATTTTT-C-TGTATCAAGTAAAA-------------------------CTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--CGATTGCTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------
gi|34390 : atATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTGAA-AAT-ACG---------TC-----ACACCA---GT-AA------A------C--T--------CAC-----------C---T--TG----------------ATTTT--A-----------A--AGtaa
gi|34391 : atATATCTGATTCTGACGGCGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-TA------A------C-------------------------A---T--TC----------------TTT-----------------------------ATATTTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CC--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-GTTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------C------A---------AT---------A-AT-T-GT-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34392 : ATATCTGATTCTGACAACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCT---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTC--------------------------TATATTTCTGT-TGTATCGAGCAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTT---------------------TTT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TA---------A----------------A---------AT---------A-AT-T-GA-GG--A--CATT------T-ATGGTTATT
gi|34393 : ATATCTGATTCTGACGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AA------A------C--T------------------------------------------------TTTT------------------------------TTTCTGT-AGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTCTG---------TTAT----TATTT--CCGTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GC--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34394 : ATATCTGATTCTGGCGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACTG---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTT--A-------------------------TATTTATGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---T----T-----GT--T---TA-ATTTTGCAACAATGGTTATGA--TATTTT-CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGCTATT
gi|34395 : ATATCTGATTCATACGTTGTGCTGAA-AAT-ATG---------TA-----ACACCG---GT-AA------A------C--T---------AT-----------A---T--T------------------------------------------------TATATTTCTGT-TGTGTCGAATTAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GG--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGTTACTGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AC-T-GA-GT--A--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34396 : ATGTATGATTCTTATAACGTGCTGAA------TG---------CC-----AAACCG---GT-AA------AACTACAC--TGATTAAACCGC-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAC-A--ATATATTTATTT-TCCATAAAGTAAAATAAA----------CAC-A------TTG---C--AGCTTC----T-----GTA-T---TG--TTTTA---------TTATTGTCTATTG--TCATTTTCATGGGTTC-CGC---AT---A---------------A---------T-----------------C---------A-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34397 : atATATCTGATTCTGACGAGGTGCTGAA-AAT-ATG---------TG-----ACACCG---GT-AA------A------C--T------------------------------A----------------TCTTT--------------------------TATATTTCTGT-TGTACCAAGTAAAACTTA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTT------------AT----TATTT--CCTTTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------T-ATTGTTATT
gi|34398 : ATGTCTGATTCTTGCAACGTGCTAAA-AGT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-AA------A------T--T--------CAC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AG
gi|34399 : atGTCTGATTCTTACAACGTGCAGCA-AAT-ATT---------CC-----ACACTG---GT-AA------A------A--T--------CCC-----------A---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT--------------CGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----GTTAT---TG-ACTTTG---------TTGT----TATTT--CCATTGTTATGGATTC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GATTT--T--AAT-------C-ATAGTTATT
gi|34400 : GTCTGATTCTTACAGCGTGCAGCC-AAT-ATG---------CC-----ACACCC---GT-AA------A------AAAT--------CCC-----------A---A--TG----------------TATTT--A-----------A--AGAA-G--ATATATGTCCTT-TGAATCGAGCAAAACAAAAGGCACAAAACA--A------TTA---T--A---------T-----GT--TAT-TG-ACTTTG---------TTAT----TATTT--CTAATGTTATGGATTC-AGC---AT---A----AC---------A---------T------A---------ATCTTAGTAAAA-GT-T-GA-TT-----TATAT-----T-ATAGTTATT
gi|34401 : GTCTGATTCTTACAAAGTGCTTAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---AT-AA------A------C--A--------CAC-----------A---T--TT----------------TTTTC--A-----------A--TGAA-A--ATATATTTCCGC-TCTATCGAGTAAAATAAA----------CG--A------------------------------------------ATTGTG---------TTAG----TATTT--CCATTGCTATGGGTTT-AGC---AT---T----TC---------A---------T------A---------AC---------A-AT-T-GA-TT--T--AATATAATAGT-ATGGTTATT
gi|34402 : GTCTGATTCTTATAAGGTGCTGA------ACG---------CC-----ACACCG---GT-AAAACCATA------C--TGATTAAACTGC-----------T---T--TGT---------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATGTCCTT-TGGTTCAAGGAAAAAAAA----------
gi|34403 : TCTGATTCTGACGAAGTGCTGAA-AAA-ATG---------TT-----GCACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATATTTCTAT-TGTCTCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-A--TTG---------TTAT------TTA--CCATTGTTATGGGTTC-AGT---AT---A----TT---------A---------T------C---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--CATT------C-ATaa
gi|34404 : CTGATTCTTGCAAAGTGCTGAA-AAT-ACG---------CC-----ACACCA---GT-TA------A------C--T--------TGC-----------C---T--TG----------------TTTTTCAATCGTGTTTTTTA--AGAA-A--ATATATTTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------TTG---T--AG---C----T-----GC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----atcataattgagtacattcatggttatt
gi|34405 : CTGATTCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ATGCCGAAAAA-AA------A------C--A--------C-C-----------A------TG----------------CCT----------------A--AGCA-A------ATTTCCTT-TGTTTCAAACAAAATAAAC---------CATTA------CCGGTAT--AT---C----T-----TC--T---TA-TTTTTG---------TTAT----TATAT--TCAGTGATAT
gi|34406 : CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AA------A------A--C--------C-C-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATA----TCCTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----AT--T---T---TTTTG---------TTAA----TATTT--TCATTTATATTGGTTC-AGT---AT---A----TT---------T---------T------A---------A
gi|34407 : CTGATTCTTACTATGTGCTGAA-AAT-ACT---------CC-----ACTCCA---AC-AA------A------A--C--------C-C-----------A---TA-TG--------------------T--AG----------A--AGAA-A--ATA----TCCTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------CA--A------TTA---T--AT---CTTCTT-----GT--T---T---TTTTG---------TTAA----TTTTT--TCATTTGTATTGGTTC-AGT---AT---A----actgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34408 : ATCCTGACGACGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATATTTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--T------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTA---------TTAT----TATTT--TCATTGTTATGGGCTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATGGTTATTatttaaactgcctgtcaatttgtcaaaaaca
gi|34409 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ACA---------CC-----ACATCG---AT-AA------A------A--C--------CAC------------------TG----------------TG-----A-----------AGAAGAA-A--ATATACTT-----TGTTTCAAGCAAAATAAT----------CA--A------TTA---T--A---------T-----AT--TAT-TG-TTTTTG---------TTAT----TATTT--TCAATGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------ACACTTTGTGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34410 : TCTTATAGCATTCTTAA-AAT-ACT---------CC-----ACACCT---TT-AA------A------A--C--------CGG-----------T---T--TG----------------TTTTT--A-----------A--AATA-A--ATATATGGCCTT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------CA--A------CTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-ACATTG---------TTAT----TATTT--TCATTTTCATGGGTCC-ACCATAAT---A----TC---------A---------TCTTTGAA---------AC---------A-TT-T-GA-TT--A--AAGA------A-ATGGTTATT
gi|34411 : TCTTATAACGTGCTGAA-CACCACAAAGGTAAAACC-----AAACCG---AT-AA------A------A--C--------CGC-----------T---T--TG----------------ATTTT--T-----------A--AGGA-A--ATATATATC-AT-TTTATCAAGCAAAATAAA----------CA--A------TTG---TCTAG--------T-----GC--T----G-ATTTTG---------TTAT-------TT--CCATTGTTATGGGTAA-AGC---AT---A----GC---------A---------T------A---------AT---------CTGT-T-GC-TT--A--AAAT------C-ATGTTTATT
gi|34412 : TCTTACTACGTGCTGAA-AAT-ATA---------CC-----ACAATG---ATAAA------A------C-------------C-----------A---C--TG--------------------C--G-----------A--AGAAGA--AAATA--TCCTT-TATTTCAAGCAAAATAAC----------CA--A------TAA---T--AT---C----T-----TC--T---TT-TTTTCG---------TTAT----TACGT--TTAATGATGTGGGTTT-GGC---AT---A----GC---------A---------T------ACTTTTTATGAC---------A-AT-T-GA-TT--A--AAAC------C-ATGGTCATT
gi|34413 : TCTGATGATGTGCTGAA-AAT-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--T----------------------A---T--CC----------------TT------------------------------ATATTTCTGT-TGTATCGAATAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTTT----TATAT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--A--AATA------C-ATAGTTATT
gi|34414 : TCTGACGACGTGCTGAA-AAA-ATG---------TC-----ACACCG---GT-AA------A------C--------------------------------TA----------------TCTT---------------------------TATATTTCTAT-TGTATCGAGTAAAA---------------A--A------CTG---T--AT---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TCAT----TTTTT--CCAGTGTTATGGGTTC-AGC---GT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--G--CATT------C-ATGGTTATT
gi|34415 : TTATAGCGTGCGGAA-AAT-ACA---------CC-----ACTCCG---AC-AA------A------A--T--------TGC-----------T---A--TG----------------TTTTTTAA-----------A--AGAA-A--GTATATCAC-------AAC-AACACAATAAA----------------------TC---T--A------------------------A-ATTTTA---------TTAC------TTT--GCAGTGTT-----TTCTATC---AT---A----TT---------A---------T------AT--------AT---------A-ACAT-GA-AT--ATCAATA------
gi|34416 : ACGTGCAGAA-AAT-ATG---------GC-----ACACCG---GT-AA------A------A--T--------CGC-----------A---A--TG----------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATTTGTCCTT-TTAATCGAGCAAAATGAA----------CA--A------TTA---T--A---------T-----ATTAT---TG-ATTTTG---------TTAT----TATTT--TCATTGCTATGGATTC-AGT---AT---A----TC---------AT--------T------A---------GTATA------A-AT-C-GA-TT--A--AATAT-----C-ATGGTTATTttt
gi|34417 : ---------CC-----ACACCA---ATTAA------A------C-----------CAC------------------------------------TTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATATATGTCCTT-TGTATCGAACGAAATAAG----------TA--A------TTG---T--AG---C----T-----TC--T---TG-AGTTTG---------TTAT----TAATT--TCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------T---------AT---------C-AC-T-G
gi|34418 : cggtaaaaA-AAT-ACA---------CC-----ACACCG---AC-AA------A--------------------------------A---T--TG----------------CTTTT--A-----------A--AGAA-A--ATAT----TCGT-TGTATCGAGCAAAATTAA----------TA--A------TTA---T--AT---C----TTACTAAT--TACATGTATATTG---------CTTT----TACTTTGTCATTGCAATAAATAC-AGC---AT---A----CC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-AT-TAGT-TT--A--AAC-------C-ATGGTTATTtaa
gi|34419 : T--A-----------A--AGAA-A--ATATATTTCTGT-TGTATCAAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----AC--T---TG-ATTTGG---------TTAT----TATTT--CCGTTGATATGGGTTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-TT--C--AATT------C-ATGGTTATT
gi|34420 : --AGAA-A--ATATATGTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TA--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------A
gi|34421 : --AGAA-A--ATATATGTCGTT-TGTTTCGAGCAAAATAAA----------AA--A------TTG---T--GG---C----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAT----TACTT--TTATAGTTATGAGTTC-AGT---AT---A----GC---------A---------T------A---------Acctttataacagtt
gi|34422 : TATATTTCTGT-TGTATCGAGTAAAATAAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTTTG---------TTAT----TGTTT--CCATTGTTATGGGTTC-ATC---AT---A----TT---------A---------T------A---------AT---------cctttataacagtt
gi|34423 : -TGTAACTAGCAAAATAAA----------CT--ATTAGATCTA---T--AG---C----T-----TC--T---TG-GTTTTG---------TTGC----TATTT--TAATTGTTATGGGCTT-AGT---ATGACA----TCTTT------G---------T------A---------AC---------A-AT-T-TA-TT--A--AAAC------C-AAGCTTATT
gi|34424 : -TGTATCGAATAAAATTAA----------CA--A------CTG---T--AG---C----T-----GT--T---TA-ATTGTG---------TTAC----TACTT--CCATTGTTATGGGTTC-AGC---AT---G----TT---------G---------T------A---------AT---------A-AT-T-GA-GT--T--AATA------C-ATCGTTATT
gi|34425 : TAAA----------CA--A------GTT---A--AG---T----T-----TC--T---TG-ATTTTG---------TTAA----TATTT--TCATTGTTATGGGTCC-GGT---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAAAA-GC-T-GA-TT--A--AAAA------C-ATGGTTATT
gi|34426 : tattgaatg-ATTTTG---------T-AT----CATAT-----TTGGTATGAATTC-AGC---AT---A----TC---------A---------T------A---------ATCTTTGTAACA-GT-T-GA-TT--A--AA-A------C-ATGGTAATT