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Reference ( gi|17279 )        :        CAAAT-CA--A--A-AGA-AAT--C-TGGCAT-AA-------T---TGT------A-ATATT----TAG-T-A---T-ACAT-TGTG-A--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|17261                      :       ttttAAT-TAA--ATA-A-A-AAA---C-TGTCATAA-------T---TGT------A-ATGGT----TAG---C--ATAACT-TGTGG--CC----AT-C----CGTCT------CA---TA-TCTGG
gi|17262                      :      ttttAAAT-CAA--T-A-A-A-AAA-------GTAAAA-------T---TGT------T-ATATC----TAG---T--ATAAAT-TTTGA--CT----AC-C----TGGAT------CA---TG-TCTG
gi|17263                      :      tttgAAAT-CATT-A-A-A-A-AAA---C-TGGCATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAT---T--ATACAT-TGTTA--AT----AT-C----GGAAT------TA---TG-TCTGGT
gi|17264                      :     tttaCAAAT-AAA--T-G-A-C-AAT---T-AGGTATAA-------T---TGT------A-ATAGT----ATG---C--ATATAT-TATTA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17265                      :      tttCAAAT-CAA--T-A-A-A-AAA---T-TG-TATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATAAAT-TTTGA--CT----AT-C----
gi|17266                      :              tttA--A-A-A-A-AA------TGGTATGA-------T---TGT------A-ATATT----AAG---C--ATAGAT-TGTTG--CT----AT-C----CGGAT------CA---TA-TTTTGT
gi|17267                      : tttcaatatAATT-CAAT-A-ACA-A-AAA---C-TGGTGTAA-------T---AGT------A-ATATT----TAG---C--AAAAGT-TGCGA--CT----AT-T----AAGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17268                      :       ttttAAT-TAA--A-T-A-A-AAT---AATGGCATAG-------A---TGT------A-AAATT----TAG---C--ACAAAT-GGTGG--CT----AT-TTGGATGGAT------AA---TG-TCTGGT
gi|17269                      :     ttttCAAAT-AAAT-A-A-A-A-AAA---C-TGCTATAT-------T---TGT------A-AACTT----TAA---C--ATAAAT-TGTAA--CA----AT-C----TGCTA------CA---TA-TCTAGT
gi|17270                      :        tttAATGCAA--T-A-A-A-AA------TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAA--TGCGA--CT----AT-T----TGAAT------C
gi|17271                      :     tttcCAAAT-CAA--T-A-A-T-AAA---T-AGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAGC-TGTGA---T----AT-CCTG-TGGA
gi|17272                      :           ttt-CAC--A-A-T-A-AAA---C-GGGTATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--A-----ATAC----TGGAA------CG---TG-TTTGGT
gi|17273                      :   tttcaaCAAAT-CAA--T-G-A-A-AA----C-TGGCATAT-------T---TAT------A-ATATC----TAG---T--ATAAATCTGAAA--AT----AT-C----TGG
gi|17274                      :       tttAATT-CAA--T-A-A-A-TAA---C-TGGTATAA-------T---TGA------A-GTATT----CAG---C--ATACAT-TGTGA--AC----AT-C----TCGATGAAATACA---TG-TCT
gi|17275                      :     ttttCAAAT-CAG--T-T-T-A-AAA---C-TGGTATAA-------T---TGT------A-GAATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----AT-C----AAGAT------CA---TG-CCTGGT
gi|17276                      :                tt--A-A-T-A-ACA---C-TGGTAAAG-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAGT-TGCGG--CC----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17277                      :         tttaattcA--A-A-A-A-AAA---C-TGGTATAG-------T---TGT------A-ATAGT----TAG---C--AT-ATT-TTTGG--CTGGAAAT-C----TAGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17278                      :     ttcaatAAT--AA--A-A-A-A-AAA---C-TGATATAA-------G---TGT------A-ATATT----TAT---C--ATTAAA-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------TA---TA-TCTGGT
gi|17279                      :      tccCAAAT-CAA--A-A-G-A-AAT---C-TGGCATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17280                      :                AA--A-A-A-A-AAT---C-TGGTATAA-------T---TGT------C-ATCTT----TAG---C--ATAAAT-TGCGA--CC----AT-C----TGGAT------TA---TA-GCTTGT
gi|17281                      :               tAA--A-T-A-A-AAA---T-TGGCATAG-------T---TGTCACAGCA-ATATT----TAC---T--ATGAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGTT------CATATTA-TCTGGT
gi|17282                      :                AA--T-A-A-A-TAC---C-TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TA-GCTGGT
gi|17283                      :                AA--T-A-A-A-AAT---A-TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17284                      :                AA--T-A-A-A-AAT---A-TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17285                      :                AA--T-A-A-A-TAA---C-TGTTATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAA-TGTGA--CT----AT-T----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17286                      :                         -A-AAA---C-TTGTATAA-------T---TGT------A-ATATC----AAG---C--ATAGAT-TGTTG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TTTGGT
gi|17287                      :            aatatA--A-A-A-C-AA------TGGTATAG-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATACAT-TGTGA--CT----TT-C----TTGAT------AA---TA-TCTGGT
gi|17288                      :               aat--A-A-A-A-AGA---C-TGGTATAA-------T---TGT------ATGTATT----TTG---C--AT-TAT-TGTGG--CT----AT-C----TGAAT------CA---TA-TCAGGT
gi|17289                      :                          aacAA---C-TGATATAA-------T---TGT------C-ATTTT----TAA---C--ATAA---TGTGAAGCT----AT-C----TGTAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17290                      :          aatagatA--A-A-A-T-AAG---C--GGTAGAA-------T---TGT------A-ATGTT----AAG---C--ACAAAT-TGTGA--CG----AC-C----TGGAT------CA---TACCCTGGT
gi|17291                      :             aatAA--T-A-A-A-TAA---C-AGGTATAA-------T---TGT------A-ATATG----TTG---C--ATACAT-TTTGA--CT----GT-C----TTGAT------AA---TA-TCTGAT
gi|17292                      :                  --A-A-G-A-TAA---T-TGGTATAA-------T---TGT------A-AAATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-T----TAGAT------AA---TG-TCGGGT
gi|17293                      :                   at-A-A-C-AAA---C-TGGTATAA-------T------------A-GTATC----TAG---C--ATAAAT-TATGA--CT----AT-C----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17294                      :                    t-A-A-A-TAA---C-CGGTATTA-------T---AGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAG-TGTGA--CT----AG-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17295                      :                    t-A-A-A-AAA---C-CGGTATTG-------T---TGT------A-ATATA----TAGTAAC--ATACAT-TGTGA--AT----GT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17296                      :                     -A-A-A-AAA---C-TGTTATCA-------G---TAT------G-ATATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----ATCC----TGGAT------CA---
gi|17297                      :                         -A-AAA---C-TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAGC--C--AT-ATT-TGTGA--TT----AT-T----TGGAT------CA---TA-TACGGT





Alignments
lowQualScore                  :               1   222  22 0 222 222 444         2222222 111   222222 0     1111   222 11      0     11  1111  1 6666     222222  111  0      
lowQualScore                  :               .   ...  .. . ... ... ...         ....... ...   ...... .     ....   ... ..      .     ..  ....  . ....     ......  ...  .      
lowQualScore                  :               4   111  66 8 999 999 777         5555555 333   222222 8     6666   111 11      8     11  6666  5 2222     333333  555  9      
consensus                     :          CAAAT-CAAT--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
Reference ( family-454 )      :          CAAAT-CAAN--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17246                      :          CAAAT-CAAT--AA--A-A---A---G---CTGGAATGA-------T---TTT------A-ATATT----TAA---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGGT------CA---TA-TCTGGT
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gi|17255                      :       tttCAAAT-CATT--AA--A-A---A---A---C--GT-CAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TTGAT------CA---TG-GTTAGT
gi|17256                      :       tttCAAAT-CAAT--AA--A-A---A---AACACTGGTATAAGTCATTAT---TGT------A-ATGTT----TA----CTTATAAAT-TGGGA--CT----AT-C----TGAAT------CA---TG-TCTGGT
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gi|17263                      :       tttgAAAT-CATT--AA--A-A---A---AA--CTGGCATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAT---T--ATACAT-TGTTA--AT----AT-C----GGAAT------TA---TG-TCTGGT
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gi|17272                      :               tttAC--AAT-A-A---A---A---CGGGTATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--A-----ATAC----TGGAA------CG---TG-TTTGGT
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gi|17274                      :        tttAATT-CAAT--AA--A-T---A---A---CTGGTATAA-------T---TGA------A-GTATT----CAG---C--ATACAT-TGTGA--AC----AT-C----TCGATGAAATACA---TG-TCT
gi|17275                      :      ttttCAAAT-CAGT--TT--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-GAATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----AT-C----AAGAT------CA---TG-CCTGGT
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gi|17278                      :      ttcaatAAT--AAA--AA--A-A---A---A---CTGATATAA-------G---TGT------A-ATATT----TAT---C--ATTAAA-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------TA---TA-TCTGGT
gi|17279                      :       tccCAAAT-CAAA--AG--A-A---A---T---CTGGCATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17280                      :                 AAA--AA--A-A---A---T---CTGGTATAA-------T---TGT------C-ATCTT----TAG---C--ATAAAT-TGCGA--CC----AT-C----TGGAT------TA---TA-GCTTGT
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gi|17284                      :                 AAT--AA--A-A---A---T---ATGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17285                      :                 AAT--AA--A-T---A---A---CTGTTATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAA-TGTGA--CT----AT-T----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
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Alignments
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lowQualScore                  :               .   . ..  .. . ... ... ...         ....... ...   ...... .     ....   ... ..      .     ..  ....  . ....     ......  ...  .      
lowQualScore                  :               3   8 11  88 8 999 111 555         5555555 333   222222 8     6666   111 11      8     11  6666  5 2222     333333  555  9      
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Reference ( family-454 )      :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
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Alignments
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lowQualScore                  :               3   8 11  88 8 999 111 555         5555555 333   222222 8     6666   111 11      8     11  6666  5 2222     333333  555  9      
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Reference ( family-454 )      :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17246                      :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---G---CTGGAATGA-------T---TTT------A-ATATT----TAA---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17247                      :       tttCAAAT-CGA-T--AAT-A-A---A---A---CTAGTATAA-------T---TGC------C-ATGTT----TAG---T--ATAAAT-TGCGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17248                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---AAA-CTGGCATAA-------TAATTGT------A-GCATT----GAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAG------CA---TG-TCTGGT
gi|17249                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-T---A---A---CTGTTAAAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-T----TTGAT------CA---TG-TCCGGT
gi|17250                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---C---A---CTTGTACAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--TTAAAT-TGTAG--CT----AT-T----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17251                      :       tttCAAAT-TAA-T--AA--A-A---A---AG--CTGGTTTAA-------T---TGT------A-ATATTAATATAG---T--ATAAAT-TGTCA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TATAGT
gi|17252                      :       tttCAAAA-TAA-T--AA--A-ACAAA---A---CTAACATAA-------A---TGT------A-ATATT----TAA---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TAGAT------CA---TT-TCTG
gi|17253                      :           tttT-CAA-TTAAA--A-A---ACTTA---CTGGCATTA-------C---TGT------A-ATATT----TAG---A--ATGAAT-TGCGG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17254                      :        ttCAAAT-CAA-C--AA--ACA---A---A---CTTGCATAA-------C---TGC------A-ATATT----TAG---T--ATGACT-TGTGT--CA----AT-C----TGGAA------CA---TG-TCTGGT
gi|17255                      :       tttCAAAT-CAT-T--AA--A-A---A---A---C--GT-CAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TTGAT------CA---TG-GTTAGT
gi|17256                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---AACACTGGTATAAGTCATTAT---TGT------A-ATGTT----TA----CTTATAAAT-TGGGA--CT----AT-C----TGAAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17257                      :        tttAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A------GTAAAA-------T---TGT------T-ATATC----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AC-C----TGGAT------CA---TG-TCTG
gi|17258                      :       tttgAAAT-TAAAT--AA--A-A---T---A---CTGTCATAG-------T---TGT------A-AAATT----TAG---C--ATAAAT-GGTGG--CT----AT-TAAAATGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17259                      :       ttttAATT-CAA-T--AA--A-T---A---A---TTGGTATAA-------T---TGT------A-AAATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--TT----AT-T----TAAAT------AA---TG-TCTGG
gi|17260                      :             ttttAA-T--AA--A-A---T---A---CTGGCATAG-------T---TGT------A-AAATT----TAG---C--ACAAAT-GGTGG--CT----AT-TTGGATGGAT------AA---TG-TCTGGT
gi|17261                      :        ttttaattaAA-T--AA--A-A---A---A---CTGTCATAA-------T---TGT------A-ATGGT----TAG---C--ATAACT-TGTGG--CC----AT-C----CGTCT------CA---TA-TCTGG
gi|17262                      :  ttttaattaAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A------GTAAAA-------T---TGT------T-ATATC----TAG---T--ATAAAT-TTTGA--CT----AC-C----TGGAT------CA---TG-TCTG
gi|17263                      :       tttgAAAT-CAT-T--AA--A-A---A---AA--CTGGCATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAT---T--ATACAT-TGTTA--AT----AT-C----GGAAT------TA---TG-TCTGGT
gi|17264                      :      tttaCAAAT-AAA-T--GA--C-A---A---T---TAGGTATAA-------T---TGT------A-ATAGT----ATG---C--ATATAT-TATTA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17265                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---TTG-TATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATAAAT-TTTGA--CT----AT-C----
gi|17266                      :               tttA-T--AA--A-A---A---A---ATGGTATGA-------T---TGT------A-ATATT----AAG---C--ATAGAT-TGTTG--CT----AT-C----CGGAT------CA---TA-TTTTGT
gi|17267                      :    tttcaatAATT-CAA-T--AACAA-A---A---A---CTGGTGTAA-------T---AGT------A-ATATT----TAG---C--AAAAGT-TGCGA--CT----AT-T----AAGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17268                      :             ttttAA-T--AA--A-A---T---A---ATGGCATAG-------A---TGT------A-AAATT----TAG---C--ACAAAT-GGTGG--CT----AT-TTGGATGGAT------AA---TG-TCTGGT
gi|17269                      : ttttaattaCAAAT-AAA-T--AA--A-A---A---AA--CTGCTATAT-------T---TGT------A-AACTT----TAA---C--ATAAAT-TGTAA--CA----AT-C----TGCTA------CA---TA-TCTAGT
gi|17270                      :         tttAATGCAA-T--AA--A-A---A--------TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAA--TGCGA--CT----AT-T----TGAAT------C
gi|17271                      :      tttcCAAAT-CAA-T--AA--T-A---A---A---TAGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAGC-TGTGA---T----AT-CCTG-TGGA
gi|17272                      :            ttt-CAA-T--AA--A-A-----------CGGGTATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--A-----ATAC----TGGAA------CG---TG-TTTGGT
gi|17273                      :  tttcaacaCAAAT-CAA-T--GA--A-A---A-------CTGGCATAT-------T---TAT------A-ATATC----TAG---T--ATAAATCTGAAA--AT----AT-C----TGG
gi|17274                      :        tttAATT-CAA-T--AA--A-T---A---A---CTGGTATAA-------T---TGA------A-GTATT----CAG---C--ATACAT-TGTGA--AC----AT-C----TCGATGAAATACA---TG-TCT
gi|17275                      :      ttttCAAAT-CAG-T--TT--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-GAATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----AT-C----AAGAT------CA---TG-CCTGGT
gi|17276                      :         ttAATT-CAA-T--AA--C-A-----------CTGGTAAAG-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAGT-TGCGG--CC----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17277                      :           tttT-CAA-T--AA--A-AAA-A---A---CTGGTATAG-------T---TGT------A-ATAGT----TAG---C--AT-ATT-TTTGG--CTGGAAAT-C----TAGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17278                      :           tAAT-AAA----AA--A-A---A---A---CTGATATAA-------G---TGT------A-ATATT----TAT---C--ATTAAA-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------TA---TA-TCTGGT
gi|17279                      :       tccCAAAT-CAA-A--AG--A-A---A---T---CTGGCATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17280                      :                     --AA--A-A---A---AT--CTGGTATAA-------T---TGT------C-ATCTT----TAG---C--ATAAAT-TGCGA--CC----AT-C----TGGAT------TA---TA-GCTTGT
gi|17281                      :              taaAA-T--AA--A-A---A-------TTGGCATAG-------T---TGTCACAGCA-ATATT----TAC---T--ATGAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGTT------CATATTA-TCTGGT
gi|17282                      :                aAA-T--AA--A-T---A---C---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TA-GCTGGT
gi|17283                      :                 AA-T--AA--A-A---A---T---ATGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17284                      :                 AA-T--AA--A-A---A---T---ATGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17285                      :                 AA-T--AA--A-T---A---A---CTGTTATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAA-TGTGA--CT----AT-T----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17286                      :                 AA-T--AT--A-A---A---A---CTTGTATAA-------T---TGT------A-ATATC----AAG---C--ATAGAT-TGTTG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TTTGGT
gi|17287                      :                 AA-T--AA--A-A---C---A---ATGGTATAG-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATACAT-TGTGA--CT----TT-C----TTGAT------AA---TA-TCTGGT
gi|17288                      :                 AA-C--AA--A-A---AG--A---CTGGTATAA-------T---TGT------ATGTATT----TTG---C--AT-TAT-TGTGG--CT----AT-C----TGAAT------CA---TA-TCAGGT
gi|17289                      :                 AA-T--AG--A-T---A---A---CTGATATAA-------T---TGT------C-ATTTT----TAA---C--ATAA---TGTGAAGCT----AT-C----TGTAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17290                      :                 AA-T--AA--A-AT--A---A---GCGGTAGAA-------T---TGT------A-ATGTT----AAG---C--ACAAAT-TGTGA--CG----AC-C----TGGAT------CA---TACCCTGGT
gi|17291                      :                 AA-T--AA--A-T---A---A---CAGGTATAA-------T---TGT------A-ATATG----TTG---C--ATACAT-TTTGA--CT----GT-C----TTGAT------AA---TA-TCTGAT
gi|17292                      :                  A-T--AA--G-AT--A---A---TTGGTATAA-------T---TGT------A-AAATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-T----TAGAT------AA---TG-TCGGGT
gi|17293                      :                   -T--AA--C-A---A---A---CTGGTATAA-------T------------A-GTATC----TAG---C--ATAAAT-TATGA--CT----AT-C----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17294                      :                   -T--AA--A-T---A---A---CCGGTATTA-------T---AGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAG-TGTGA--CT----AG-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17295                      :                     --AA--A-A---A---A---CCGGTATTG-------T---TGT------A-ATATA----TAGTAAC--ATACAT-TGTGA--AT----GT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17296                      :                     --AA--A-A---A---A---CTGTTATCA-------G---TAT------G-ATATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----ATCC----TGGAT------CA---
gi|17297                      :                         --A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAGC--C--AT-ATT-TGTGA--TT----AT-T----TGGAT------CA---TA-TACGGT


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blockSeqs                     :               .     .   T    AA  G   AA          .       .     .            .      C   .             .   .     C TGGA     .       .  
blockSeqs                     :               .     .   .    T   .   G           .       .     .            .      .   .             .   .     . TGGA     .       .  
blockSeqs                     :               .     .   .    T   .   A           .       .     .            .      .   .             .   .     . CTG      .       .  
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blockSeqs                     :               .     .   .    .   .   T           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
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blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
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blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
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blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .       .  
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blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .        .          
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .                   
blockSeqs                     :                     .   .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .                   
blockSeqs                     :                         .    .   .   .           .       .     .            .      .   .             .   .     . .                   


blockSeqCons                  :          
originalCons                  :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
finalCons                     :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT





Alignments
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lowQualScore                  :               .   . ..  .. . ... ... ...         ....... ...   ...... .     ....   ... ..      .     ..  ....  . ....     ......  ...  .      
lowQualScore                  :               3   8 11  88 8 999 111 555         5555555 333   222222 8     6666   111 11      8     11  6666  5 2222     333333  555  9      
consensus                     :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
Reference ( family-454 )      :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17246                      :          CAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---G---CTGGAATGA-------T---TTT------A-ATATT----TAA---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17247                      :       tttCAAAT-CGA-T--AAT-A-A---A---A---CTAGTATAA-------T---TGC------C-ATGTT----TAG---T--ATAAAT-TGCGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17248                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---AAA-CTGGCATAA-------TAATTGT------A-GCATT----GAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAG------CA---TG-TCTGGT
gi|17249                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-T---A---A---CTGTTAAAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-T----TTGAT------CA---TG-TCCGGT
gi|17250                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---C---A---CTTGTACAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--TTAAAT-TGTAG--CT----AT-T----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17251                      :       tttCAAAT-TAA-T--AA--A-A---A---AG--CTGGTTTAA-------T---TGT------A-ATATTAATATAG---T--ATAAAT-TGTCA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TATAGT
gi|17252                      :       tttCAAAA-TAA-T--AA--A-ACAAA---A---CTAACATAA-------A---TGT------A-ATATT----TAA---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TAGAT------CA---TT-TCTG
gi|17253                      :           tttT-CAA-TTAAA--A-A---ACTTA---CTGGCATTA-------C---TGT------A-ATATT----TAG---A--ATGAAT-TGCGG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17254                      :        ttCAAAT-CAA-C--AA--ACA---A---A---CTTGCATAA-------C---TGC------A-ATATT----TAG---T--ATGACT-TGTGT--CA----AT-C----TGGAA------CA---TG-TCTGGT
gi|17255                      :       tttCAAAT-CAT-T--AA--A-A---A---A---C--GT-CAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-C----TTGAT------CA---TG-GTTAGT
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gi|17257                      :        tttAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A------GTAAAA-------T---TGT------T-ATATC----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AC-C----TGGAT------CA---TG-TCTG
gi|17258                      :       tttgAAAT-TAAAT--AA--A-A---T---A---CTGTCATAG-------T---TGT------A-AAATT----TAG---C--ATAAAT-GGTGG--CT----AT-TAAAATGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17259                      :       ttttAATT-CAA-T--AA--A-T---A---A---TTGGTATAA-------T---TGT------A-AAATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--TT----AT-T----TAAAT------AA---TG-TCTGG
gi|17260                      :             ttttAA-T--AA--A-A---T---A---CTGGCATAG-------T---TGT------A-AAATT----TAG---C--ACAAAT-GGTGG--CT----AT-TTGGATGGAT------AA---TG-TCTGGT
gi|17261                      :        ttttaattaAA-T--AA--A-A---A---A---CTGTCATAA-------T---TGT------A-ATGGT----TAG---C--ATAACT-TGTGG--CC----AT-C----CGTCT------CA---TA-TCTGG
gi|17262                      :  ttttaattaAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A------GTAAAA-------T---TGT------T-ATATC----TAG---T--ATAAAT-TTTGA--CT----AC-C----TGGAT------CA---TG-TCTG
gi|17263                      :       tttgAAAT-CAT-T--AA--A-A---A---AA--CTGGCATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAT---T--ATACAT-TGTTA--AT----AT-C----GGAAT------TA---TG-TCTGGT
gi|17264                      :      tttaCAAAT-AAA-T--GA--C-A---A---T---TAGGTATAA-------T---TGT------A-ATAGT----ATG---C--ATATAT-TATTA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17265                      :       tttCAAAT-CAA-T--AA--A-A---A---A---TTG-TATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATAAAT-TTTGA--CT----AT-C----
gi|17266                      :               tttA-T--AA--A-A---A---A---ATGGTATGA-------T---TGT------A-ATATT----AAG---C--ATAGAT-TGTTG--CT----AT-C----CGGAT------CA---TA-TTTTGT
gi|17267                      :    tttcaatAATT-CAA-T--AACAA-A---A---A---CTGGTGTAA-------T---AGT------A-ATATT----TAG---C--AAAAGT-TGCGA--CT----AT-T----AAGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17268                      :             ttttAA-T--AA--A-A---T---A---ATGGCATAG-------A---TGT------A-AAATT----TAG---C--ACAAAT-GGTGG--CT----AT-TTGGATGGAT------AA---TG-TCTGGT
gi|17269                      : ttttaattaCAAAT-AAA-T--AA--A-A---A---AA--CTGCTATAT-------T---TGT------A-AACTT----TAA---C--ATAAAT-TGTAA--CA----AT-C----TGCTA------CA---TA-TCTAGT
gi|17270                      :         tttAATGCAA-T--AA--A-A---A--------TGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAA--TGCGA--CT----AT-T----TGAAT------C
gi|17271                      :      tttcCAAAT-CAA-T--AA--T-A---A---A---TAGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAGC-TGTGA---T----AT-CCTG-TGGA
gi|17272                      :            ttt-CAA-T--AA--A-A-----------CGGGTATAA-------T---TGT------A-GTATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--A-----ATAC----TGGAA------CG---TG-TTTGGT
gi|17273                      :  tttcaacaCAAAT-CAA-T--GA--A-A---A-------CTGGCATAT-------T---TAT------A-ATATC----TAG---T--ATAAATCTGAAA--AT----AT-C----TGG
gi|17274                      :        tttAATT-CAA-T--AA--A-T---A---A---CTGGTATAA-------T---TGA------A-GTATT----CAG---C--ATACAT-TGTGA--AC----AT-C----TCGATGAAATACA---TG-TCT
gi|17275                      :      ttttCAAAT-CAG-T--TT--A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-GAATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----AT-C----AAGAT------CA---TG-CCTGGT
gi|17276                      :         ttAATT-CAA-T--AA--C-A-----------CTGGTAAAG-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAGT-TGCGG--CC----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17277                      :           tttT-CAA-T--AA--A-AAA-A---A---CTGGTATAG-------T---TGT------A-ATAGT----TAG---C--AT-ATT-TTTGG--CTGGAAAT-C----TAGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17278                      :           tAAT-AAA----AA--A-A---A---A---CTGATATAA-------G---TGT------A-ATATT----TAT---C--ATTAAA-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------TA---TA-TCTGGT
gi|17279                      :       tccCAAAT-CAA-A--AG--A-A---A---T---CTGGCATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATACAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGAT------CA---TG-TCTGGT
gi|17280                      :                     --AA--A-A---A---AT--CTGGTATAA-------T---TGT------C-ATCTT----TAG---C--ATAAAT-TGCGA--CC----AT-C----TGGAT------TA---TA-GCTTGT
gi|17281                      :              taaAA-T--AA--A-A---A-------TTGGCATAG-------T---TGTCACAGCA-ATATT----TAC---T--ATGAAT-TGTGA--CT----AT-C----TGGTT------CATATTA-TCTGGT
gi|17282                      :                aAA-T--AA--A-T---A---C---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TA-GCTGGT
gi|17283                      :                 AA-T--AA--A-A---A---T---ATGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17284                      :                 AA-T--AA--A-A---A---T---ATGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATGACT-TGAGA--TT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17285                      :                 AA-T--AA--A-T---A---A---CTGTTATAA-------C---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAA-TGTGA--CT----AT-T----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17286                      :                 AA-T--AT--A-A---A---A---CTTGTATAA-------T---TGT------A-ATATC----AAG---C--ATAGAT-TGTTG--CT----AT-C----TGGAT------CA---TA-TTTGGT
gi|17287                      :                 AA-T--AA--A-A---C---A---ATGGTATAG-------T---TGT------A-ATATT----TAG---C--ATACAT-TGTGA--CT----TT-C----TTGAT------AA---TA-TCTGGT
gi|17288                      :                 AA-C--AA--A-A---AG--A---CTGGTATAA-------T---TGT------ATGTATT----TTG---C--AT-TAT-TGTGG--CT----AT-C----TGAAT------CA---TA-TCAGGT
gi|17289                      :                 AA-T--AG--A-T---A---A---CTGATATAA-------T---TGT------C-ATTTT----TAA---C--ATAA---TGTGAAGCT----AT-C----TGTAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17290                      :                 AA-T--AA--A-AT--A---A---GCGGTAGAA-------T---TGT------A-ATGTT----AAG---C--ACAAAT-TGTGA--CG----AC-C----TGGAT------CA---TACCCTGGT
gi|17291                      :                 AA-T--AA--A-T---A---A---CAGGTATAA-------T---TGT------A-ATATG----TTG---C--ATACAT-TTTGA--CT----GT-C----TTGAT------AA---TA-TCTGAT
gi|17292                      :                  A-T--AA--G-AT--A---A---TTGGTATAA-------T---TGT------A-AAATT----TAG---T--ATAAAT-TGTGA--CT----AT-T----TAGAT------AA---TG-TCGGGT
gi|17293                      :                   -T--AA--C-A---A---A---CTGGTATAA-------T------------A-GTATC----TAG---C--ATAAAT-TATGA--CT----AT-C----TTGGT------CA---TA-TCTGGT
gi|17294                      :                   -T--AA--A-T---A---A---CCGGTATTA-------T---AGT------A-ATATT----TAG---C--ATAAAG-TGTGA--CT----AG-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17295                      :                     --AA--A-A---A---A---CCGGTATTG-------T---TGT------A-ATATA----TAGTAAC--ATACAT-TGTGA--AT----GT-C----TGGAT------CA---TA-TCTGGT
gi|17296                      :                     --AA--A-A---A---A---CTGTTATCA-------G---TAT------G-ATATT----TAG---T--TTAAAT-TGTGA--CT----ATCC----TGGAT------CA---
gi|17297                      :                         --A-A---A---A---CTGGTATAA-------T---TGT------A-ATATT----TAGC--C--AT-ATT-TGTGA--TT----AT-T----TGGAT------CA---TA-TACGGT