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Reference ( gi|19127 )        : TATTGT-CCGTAAGGTTTTA----CC------------TGG--TTC--TC-ATTAAT-CTTCGT--CA-A-TATATCCGG--GCGTTTA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19170 ): TATCTGTAAGGGTTGACCTGGCACTCACTTATATTCGCCAATATGTTCGGCTGCTTTT
Unaligned ( gi|19174 ): GTTTGTACCTGACACTCAATAATCTCCACCAATATCTCCGGGTGTTTA






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Reference ( family-451 )      : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA
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gi|19176                      :                 TT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CATCAC--CA-A-TATGTTCAG--GCGTT
gi|19177                      :                 TT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TTAT-CTTCAA--CA-A-TATGTTCAA--GTGTTTA
gi|19178                      :                   -TA----CC------------TGGAAAAATCAGCTA-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTGCAG--GCGTTTA
gi|19179                      :                                                   -CTC-AT----TAAT-CTTCGG--CA-A-TATGTTCGG--GGGTTTA





Alignments
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consensus                     : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA
Reference ( family-451 )      : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA
gi|19127                      : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TT-CTC-AT----TAAT-CTTCGT--CA-A-TATATCCGG--GCGTTTA
gi|19128                      : TATTGT-CCTTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TA-CTC-AT----TAAT-CTTGGC--CA-A-TATGTTCTG--GTGTTTA
gi|19129                      : TATTGT-CAGTAAGGTTT-AA----CC------------TGA------CA-CTC-GT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TTTGTTCGG--GCGTTTA
gi|19130                      : TACTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TA-CTC-AT----TTAT-CTTCAC--CA-G-TATGTTTAG--GCGTTTA
gi|19131                      : TATTGT-CTGCAAGGTTT-TA----CC------------TGC------TA-CTC-AT----TAAG-CTTGGC--CA-A-TATGTTCGG--GCATTT
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gi|19134                      : TATTGT-CCGTTAAGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TTAT-CTTCGC--CA-AGTATGTTCTG--GCCTTT
gi|19135                      : TATTGT-CTGTAATGGTT-TA----CC------------TGG------CA-TTC-ATTCATTAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGT--GCATTTA
gi|19136                      : TAGTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGA------CA-CTC-GG----TAAT-CTTCGC--CA----ATGTTCGG--GTGTGTA
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gi|19151                      : TATTG----GTAATGTTT-TA----TCAACAAAGACAACTGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTTGC--CA-A-TATACTCGA--GCGTTTA
gi|19152                      : TATTGT-CTGTAAACTTA-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AG----AAAT-ATTCAC--CA-A-TGTGCCCAG--GTGTTTA
gi|19153                      : TATTGT-TTGTAAGTATT-TA----CC------------TTC------CA-CTC-GT----TAAC-TTTCGT--CA-A-TATGTTTGG--GAGTT
gi|19154                      : TATTGT-CCGTAAGGTGT-TA----AT------------CGG------CA-TTT-TT----CAAT-CTTCGCGGCG-ATTACGTTCGG--GCTTTTA
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gi|19157                      : TATTGTGCCGTAAGTTTT-TATATACC------------TGT------CA-CTC-AT----TAAT-CTCCAC--AC-A-CATGTTTTG--GCATATA
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gi|19161                      :  ACTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TTG------CA-CTC-AT----TAGT-TTTCGC--CA-A-TAAATTCGG--GGGTTTA
gi|19162                      :  ATTGT-GCGTAAGTATT-TA----CT------------TGG------TA-CTC-GT----TATT-CTTCGT--CA-A-TATGTT-GG--GCGTTTA
gi|19163                      :  ATTGT-CCATAAGTATT-TA----CC------------TGG------CA-CTG-GT----AAAT-CTTCAC--CG-A-TATGTTCAGATGCGTTTA
gi|19164                      :  ATTGT-CCGTCATGGTT-TA----CC------------TTA------CA-CTC-AT----TAGC-CTTCCC--AA-A-TATATTGGG--GC
gi|19165                      :   TCGC-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-TTA-AT----TAAT-CCCCGC--CA-A-TATGTTCGG--
gi|19166                      :   TTGC-ACGTAAG-TTT-TA----AC------------TGA------CA-CTC-AT----TAAT-ATTCAC--TA-A-TATGTTCGG--
gi|19167                      :    TGT-GCGTAAGGTTT-CA----CC------------TGG------CA-ATC-AG----TAAT-TTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCATTTA
gi|19168                      :    TGT-GCGTAAGTATT-TA----CC------------TTG------TA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATATTCGG--GTATTTA
gi|19169                      :    TAT-CCGTAAGTGTT-TA----CA------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--AC-A-TATATTCGG--ACGTTTA
gi|19170                      :    TAT-CTGTAAGGGTT-GA----CC------------TGG------CA-CTC-AC----TTAT-ATTCGC--CA-A-TATGTTCGGCTGCTTTT
gi|19171                      :    TGT-GCGTATGGTTT-TA----CC------------TGA------CA-CTG-AT----TAAT-ATTCGT--AA-A-TATGTTCGC--GGGTT
gi|19172                      :          GTAAGATTT-TA----GC------------TGC------CA-CTC-AG----TAAT-ATTCGC--AA-A-TGTTTCCGG--GCGTTTA
gi|19173                      :             AGTTTT-TA----TC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTTGC--CA-G-TCTGTAAGG--AGGTTTA
gi|19174                      :               GTTTGTA----CC------------TGA------CA-CTC-AA----TAAT-CTCCAC--CA-A-TATCTCCGG--GTGTTTA
gi|19175                      :                TTT-TA----CC------------CGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-AATGTTCGG--ACGTTTA
gi|19176                      :                 TT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CATCAC--CA-A-TATGTTCAG--GCGTT
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blockSeqs                     :                      .     .              .              .              .     .         . 
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blockSeqs                     :                      .     .              .              .              .     .         . 
blockSeqs                     :                      .     .              .              .              .     .         . 
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blockSeqs                     :                      .     .              .              .              .     .           
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA
finalCons                     : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA





Alignments
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lowQualScore                  :       .           .  ....  ............   ......  .   .  ....    .      ..  . .         ..       
lowQualScore                  :       9           8  4444  999999999999   222222  8   8  6666    8      11  8 6         22       
consensus                     : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA
Reference ( family-451 )      : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTTTA
gi|19127                      : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TT-CTC-AT----TAAT-CTTCGT--CA-A-TATATCCGG--GCGTTTA
gi|19128                      : TATTGT-CCTTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TA-CTC-AT----TAAT-CTTGGC--CA-A-TATGTTCTG--GTGTTTA
gi|19129                      : TATTGT-CAGTAAGGTTT-AA----CC------------TGA------CA-CTC-GT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TTTGTTCGG--GCGTTTA
gi|19130                      : TACTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TA-CTC-AT----TTAT-CTTCAC--CA-G-TATGTTTAG--GCGTTTA
gi|19131                      : TATTGT-CTGCAAGGTTT-TA----CC------------TGC------TA-CTC-AT----TAAG-CTTGGC--CA-A-TATGTTCGG--GCATTT
gi|19132                      : TATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CA------------TGG------CG-CTC-AT----TATG-TTTCAC--CA-A-TATATTCGG--GCGTTT
gi|19133                      : TATTGT-CCGTTAAGTTT-TA----CC------------TAG------CA-CCC-AT----TTAT-CTTCGC--CA-A-TAGGATCGG--GCGTTTA
gi|19134                      : TATTGT-CCGTTAAGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TTAT-CTTCGC--CA-AGTATGTTCTG--GCCTTT
gi|19135                      : TATTGT-CTGTAATGGTT-TA----CC------------TGG------CA-TTC-ATTCATTAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGT--GCATTTA
gi|19136                      : TAGTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGA------CA-CTC-GG----TAAT-CTTCGC--CA----ATGTTCGG--GTGTGTA
gi|19137                      : TAATGT-CCGTAAGGATT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TTAT-CTTCGC--CA-A-TATGTT
gi|19138                      : TACTGT-GCGAAAGTTTT-TA----CC------------TGA------CA-CTC-AA----AAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTT
gi|19139                      : TACTGT-GCGAAAGTTTT-TA----CC------------TGA------CA-CTC-AA----AAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCGTT
gi|19140                      : TATTGT-ACGTACGGTTT-TA----CA------------TGG------CG-CGT-AT----TAAT-CTTCGC--CA-G-TATGTTCGA--ACGTTTA
gi|19141                      : TATTGT-CCACAAGGATT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAATCCTCCCC--CA-A-TATGTTCAG--GCCTT
gi|19142                      : TATTGT-CCGTAAAGTTT-AA----CC------------TGT------CT-TTC-AA----TGAT-CTTCGC--CA-A-TGTGTTCGG--GCGTT
gi|19143                      : TAGTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-GT----TAAT-C
gi|19144                      : TATTGT-CTTGAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CT-CTC-AT----TAAT-CTTCGA--CA-G-TTTGTTCGG--GTGTTT
gi|19145                      : TATTGT-ATTTAAGTATT-TA----CC------------TGG------CA-CTT-GT----TAAT-CTTCAC--CA-G-TATGTTTGA--GCCTT
gi|19146                      : TACTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-ATCAAT----TAG--ATTCGT--CA-A-TATGTCCAA--GTGTTTA
gi|19147                      : TATTGT-CCGTCAG-TTT-TA----CC------------TGT------CA-CTC-AT----TAAT-CAATGC--CG-A-TGTGTTCAG--ACGTTTA
gi|19148                      : TATTGT-ACGCAAGTTTT-TA----CC------------TGG------CC-CTC-AT----TTAT-ATTCAC--CA-A-TATATTCAG--GCATT
gi|19149                      : TATTTT-CCGTTAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----T-AT-TTTAGC--TGTA-TTTGTTTGG--GCGTTTA
gi|19150                      : TATTGT-GTGTTAGTTTA-TA----CT------------TGG------CA-CTA-TT----TATT-CTTCGC--CA-A-TATATTCGG--GCGTTTA
gi|19151                      : TATTG----GTAATGTTT-TA----TCAACAAAGACAACTGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTTGC--CA-A-TATACTCGA--GCGTTTA
gi|19152                      : TATTGT-CTGTAAACTTA-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AG----AAAT-ATTCAC--CA-A-TGTGCCCAG--GTGTTTA
gi|19153                      : TATTGT-TTGTAAGTATT-TA----CC------------TTC------CA-CTC-GT----TAAC-TTTCGT--CA-A-TATGTTTGG--GAGTT
gi|19154                      : TATTGT-CCGTAAGGTGT-TA----AT------------CGG------CA-TTT-TT----CAAT-CTTCGCGGCG-ATTACGTTCGG--GCTTTTA
gi|19155                      : TATTTT-TCATAAGGTTC-TA----CC------------TGG------CA-CGC-AC----T-AT-CATCGA--TA-G-TATGTTCTG--GAGTTTA
gi|19156                      : TATTGT-GCGTAAACATT-TA----C--------------------------TC-AT----TATT-CTTCGC--CA-A-TATGTTTTG--GCGTTTA
gi|19157                      : TATTGTGCCGTAAGTTTT-TATATACC------------TGT------CA-CTC-AT----TAAT-CTCCAC--AC-A-CATGTTTTG--GCATATA
gi|19158                      : TATTGT-CAGTAA-ATAT-CAG---CA------------TGG------CA-CTT-AT----TGAT-CTGCGG--CA-A-TGTGTCCGG--GTGTTTA
gi|19159                      : TATTGT-CCACAAGGTTT-AA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAC-CCT
gi|19160                      :  ATTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------TA-TTC---------AT-CTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--TCGTTTA
gi|19161                      :  ACTGT-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TTG------CA-CTC-AT----TAGT-TTTCGC--CA-A-TAAATTCGG--GGGTTTA
gi|19162                      :  ATTGT-GCGTAAGTATT-TA----CT------------TGG------TA-CTC-GT----TATT-CTTCGT--CA-A-TATGTT-GG--GCGTTTA
gi|19163                      :  ATTGT-CCATAAGTATT-TA----CC------------TGG------CA-CTG-GT----AAAT-CTTCAC--CG-A-TATGTTCAGATGCGTTTA
gi|19164                      :  ATTGT-CCGTCATGGTT-TA----CC------------TTA------CA-CTC-AT----TAGC-CTTCCC--AA-A-TATATTGGG--GC
gi|19165                      :   TCGC-CCGTAAGGTTT-TA----CC------------TGG------CA-TTA-AT----TAAT-CCCCGC--CA-A-TATGTTCGG--
gi|19166                      :   TTGC-ACGTAAG-TTT-TA----AC------------TGA------CA-CTC-AT----TAAT-ATTCAC--TA-A-TATGTTCGG--
gi|19167                      :    TGT-GCGTAAGGTTT-CA----CC------------TGG------CA-ATC-AG----TAAT-TTTCGC--CA-A-TATGTTCGG--GCATTTA
gi|19168                      :    TGT-GCGTAAGTATT-TA----CC------------TTG------TA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATATTCGG--GTATTTA
gi|19169                      :    TAT-CCGTAAGTGTT-TA----CA------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--AC-A-TATATTCGG--ACGTTTA
gi|19170                      :    TAT-CTGTAAGGGTT-GA----CC------------TGG------CA-CTC-AC----TTAT-ATTCGC--CA-A-TATGTTCGGCTGCTTTT
gi|19171                      :    TGT-GCGTATGGTTT-TA----CC------------TGA------CA-CTG-AT----TAAT-ATTCGT--AA-A-TATGTTCGC--GGGTT
gi|19172                      :          GTAAGATTT-TA----GC------------TGC------CA-CTC-AG----TAAT-ATTCGC--AA-A-TGTTTCCGG--GCGTTTA
gi|19173                      :             AGTTTT-TA----TC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTTGC--CA-G-TCTGTAAGG--AGGTTTA
gi|19174                      :               GTTTGTA----CC------------TGA------CA-CTC-AA----TAAT-CTCCAC--CA-A-TATCTCCGG--GTGTTTA
gi|19175                      :                TTT-TA----CC------------CGG------CA-CTC-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-AATGTTCGG--ACGTTTA
gi|19176                      :                 TT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TAAT-CATCAC--CA-A-TATGTTCAG--GCGTT
gi|19177                      :                 TT-TA----CC------------TGG------CA-CTC-AT----TTAT-CTTCAA--CA-A-TATGTTCAA--GTGTTTA
gi|19178                      :                   -TA----CC------------TGGAAAAATCAGCTA-AT----TAAT-CTTCGC--CA-A-TATGTGCAG--GCGTTTA
gi|19179                      :                                                   -CTC-AT----TAAT-CTTCGG--CA-A-TATGTTCGG--GGGTTTA