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lowQualScore                  :    . . .. . .. ..       . .......   .   ... ....... .... ... ....    ..........   ... .  . ...   .........    ...   .....   . .  .  .   .     
lowQualScore                  :    0 0 33 0 99 33       6 1111111   8   444 5555555 2222 444 7777    2222222222   999 5  1 333   888888888    333   22222   8 6  8  7   9     
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Reference ( gi|81755 )        : AAA-A-A--A-C--A--TGATTTT-TT------AAT-TGG---G-------A----A---G----CCAC-A-------GAAT--GT-CGCC---CTC---------TGTT---TAA---CGAGG-T-AA-AA-AAG-CCCTG
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gi|81759                      : AAA-A-A--A-C--A--TGATTTT-AG------AAT-TGG---A-------A----A---G----CCAC-C-------AAAT--TT-CGAC---CTC---------TGTT---AAA---TAAGG-T-AA-AA-AAG-CCCTG
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gi|81798                      :                   GACTTT-TT------AAT-TGG---T-------A----G---G----TAGC-A--------AAT--TT-CAGC---CTC---------TGTC---TAA---TAAAT-T-AA-AA-AAA-ATCTG
gi|81801                      :                    ATTTG-TG------AAT-TAG---G-------A----A---T----TAAC-A-------TAAT--TT-TGGC---CTC---------TGTT---TAA---TAAGG-T-AA-AA-
gi|81803                      :                     TTTT-TT------AAT-TGG---G-------A----A---G----CCAC-C-------AAAT--GT-TGGC---CTC---------TGTT---TAA---TTAAG-T-TA-AA-AAG-
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Alignments
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lowQualScore                  :    . . .. . .. ..       . .......         . ................. .    . .     ....  .........      .... ...     . .  .  .   .     
lowQualScore                  :    0 9 33 9 88 33       5 8888888         8 99999999999999999 4    5 8     6666  888888888      6666 333     8 6  8  6   9     
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Reference ( family-445 )      : AAA-A-A--A-C--A--TGATTTT-TT------AATTGGGAA-G-------C--C-----GCCGAATNT-CGGCC----TC---------TGTTTA----A---TAAGG-T-AA-AA-AAG-CCCTG
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gi|81795                      :   A-A-A--A-CCCA--TGATTTT-TT------AATTGGGAA-G-------C--C-----ACTGAATTT-CAGCC----TC---------TGTTAA----A---TATGG-T-AA-AA-AAG-CCCT
gi|81796                      :      -A--A-C--A--TGATTTT-TT------AATCGTCAATG-------T--A-----GCCGAA-GT-CGGCC----GC---------TGTTTA----A---TAAAA-T-AA-AA-
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gi|81802                      :                     TTTT-TC------AATTTGGAA-G-------T--G-----GCCGAATAT-CGGCC----TT---------TGTTAT----A---TAAGG-A-TG-AA-AAG-CCCTG
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Alignments
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lowQualScore                  :    . . .. . .. ..       . .......         . ................. .    . .     ....  .........      .... ...     . .  .  .   .     
lowQualScore                  :    0 9 33 9 88 33       5 8888888         8 99999999999999999 4    5 8     6666  888888888      6666 333     8 6  8  6   9     
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gi|81801                      :                    ATTTG-TG------AATTAGGAA-T-------T--A-----ACATAATTT-TGGCC----TC---------TGTTTA----A---TAAGG-T-AA-AA-
gi|81802                      :                     TTTT-TC------AATTTGGAA-G-------T--G-----GCCGAATAT-CGGCC----TT---------TGTTAT----A---TAAGG-A-TG-AA-AAG-CCCTG
gi|81803                      :                     TTTT-TT------AATTGGGAA-G-------C--C-----ACCAAATGT-TGGCC----TC---------TGTTTA----A---TTAAG-T-TA-AA-AAG-
gi|81804                      :                      TTT-TA------AATTGGGAA-G-------T--A-----GC-AAATCT-CAGCC----TC---------TGTTTG----A---TAAGG-T--A-AA-ATG-CCCTG
gi|81805                      :                         -TT------ACTTGGGAA-G-------A--A-----GTCCAATAT-CGGCC----TC---------TGTTTA----A---TAAGG-T-AA-AA-AAG-CTC
gi|81806                      :                         -TT------AATTGGGAA-G-------T--T-----GCTGTATTT-TGACC----TC---------TGTTTT----A---TAAAG-T-AA-AA-AAT-CC
gi|81807                      :                                                        -----GCTGAATTT-CGACC----TC---------TGTTTA----A---TAAAG-T-AT-AA-AAA-TCCTG


blockSeqs                     :    T T TG   TC AG       T TTACCTC           TGTCAAGCCG        C    A       TTGT  TGTGTAATA      ATTT TAT       A     C
blockSeqs                     :    T T .    CC .        T TTGCCTC           TACATGTAG         C    T       .     T              .    .         A     T
blockSeqs                     :    . . .    CC .        . G                 CTTCC             T    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . G                 TAG               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 CCA               C    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . G                 CCA               T    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               T    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               A    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               A    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TCA               C    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 AGA               T    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 ACA               C    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               T    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               C    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . A                 TAG               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . A                 TCA               C    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 TAG               T    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 TAG               A    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               T    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . G                 TAG               A    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 TCA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               A    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . G                 AAG               C    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               C    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 TAG               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               T    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 CCA               T    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . G                 TCA               T    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAA               T    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CAC               T    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 TAG               T    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . G                 TAG               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . C                 TAG               T    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :    . . .    .  .        . T                 CCA               C    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :      . .    .  .        . T                 ACA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :        .    .  .        . T                 TAA               A    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . T                 TGG               C    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . G                 CCA               C    T       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . C                 TAG               C    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . T                 AAG               T    G       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . A                 TTG               T    C       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . T                 CC                .    A       .     .              .    .         .     .
blockSeqs                     :                         . T                 CC                .    T       .     .              .    .         .      
blockSeqs                     :                         . .                 .                 .    T       .     .              .    .         .      
blockSeqs                     :                         . .                 .                 .    .       .     .              .    .                
blockSeqs                     :                                                               .    .       .     .              .    .                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAA-A-A--A-C--A--TGATTTT-TT------AATTGGGAA-G-------C--C-----GCCGAATNT-CGGCC----TC---------TGTTTA----A---TAAGG-T-AA-AA-AAG-CCCTG
finalCons                     : AAA-A-A--A-C--A--TGATTTT-TT------AATTGGGAA-G-------C--C-----GCCGAATNT-CGGCC----TC---------TGTTTA----A---TAAGG-T-AA-AA-AAG-CCCTG





Alignments
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lowQualScore                  :    2 1 11 0 33 11       1 4444444         0 11111111111111111 1    2 0     1111  333333333      1111 111     0 1  0  1   0     
lowQualScore                  :    . . .. . .. ..       . .......         . ................. .    . .     ....  .........      .... ...     . .  .  .   .     
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consensus                     : AAA-A-A--A-C--A--TGATTTT-TT------AATTGGGAA-G-------C--C-----GCCGAATNT-CGGCC----TC---------TGTTTA----A---TAAGG-T-AA-AA-AAG-CCCTG
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