lowQualScore                  :                        111111                                         1111111       222222                                                                                  22222222                 
lowQualScore                  :       777 1 4  1  1 2  888888  5  0      22 8  111 11   33            2222222  5 22 777777  11      0 1 222222       0 44444444444   0      222222    8888888  6666 11  333 77777777  33             
lowQualScore                  :       ... . .  .  . .  ......  .  .      .. .  ... ..   ..            .......  . .. ......  ..      . . ......       . ...........   .      ......    .......  .... ..  ... ........  ..             
lowQualScore                  :       999 5 7  3  2 5  666666  7  8      88 5  888 33   99            1111111  2 99 888888  99      8 4 333333       9 00000000000   9      666666    2222222  1111 33  444 33333333  99             
consensus                     : TTAAAGG--C-CCAA-CA-T-TT-----TCTGCCGGGGCAG--AGAG---T--TAT--GTAGGAGTGGCT----N--AT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACA----G--TG---T---TA-N-AA--AAATACACCATTA
Reference ( gi|100022 )       : TTAAAGA--C-CTAA-CA-T-TT-----ACTACCGGGGCAG--ACAG---T--TAT--GTAGGAGTGGCT----T--AT-G--T--A---AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACA----G--TG---T---TA-A-AA--AAATACACCATTA
gi|100024                     : TTAAAGG--C-CCAA-CA-T-TT-----TCTGCTGGGGCAG--GCAG---T--TGT--GTAGGAGTGGCT----G--AT-G--TA-A---AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-C-----------TGT-TGGTTT------TGGA------ACA----G--TG---T---TC-T-AA--ATATACACCATTA
gi|100028                     : TTAAAGA--CGCCAA-CA-T-TT-----TATGCTGTGGTAG--ACAG---CGCTAT--GTAGGAGTGGCT----A--AT-G--TT-A---AA--CAGCTA-TTT------TCTTTAC-T-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACA----G--TG---G---TA-T-AA--AAATACACCATTA
gi|100021                     : TTAAAGG--G-CCAA-AA-C-TT-----TCTGCCAAGGCAG--AGAA---T--TAT--GTAGGAGTGGAT----A--AT-A--T--A---A---CAGCTG-TTT------TCTTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ATA----G--TG---T---TA-T-AT--AAATATACCATTA
gi|100029                     : TTAAAGG--C-CCAA-TA-C-TT-----TCTGCCGGGGCAG--ATAA---T--TAC--GTAGGAGTGGTT----T--AT-G-------------GAGTTG-ATT------TCATTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACA----G--TG---T---T--C-TA--AAATACACCGTTAat
gi|100031                     : TTAAAGG--C-CTAA-CA-CATT-----A-TGCCAGGGTGG--AGAA---T--TAT--GTAGGAGTGGCT----T--AT-GTAT--A---AA--TAGCTG-TAT------TCCTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------CGTT------ACA----G--TG---TCC-T-----A--AAATATACCAT
gi|100026                     : TTAAACA--C-C-AA-AA-TCTT-----TCTGCTGGGGCAG--AGAG---T--TAT--GTAGGAGTGGCT----A--AT-G--TT-C---AA--CAGCTG-TTA------TCTTTAT-C-----------TAT-CAGTTA------CGGT------ACA----G--TG---T---TC-T-AA--AACTACTCCATT
gi|100033                     : TTAAAGG--C-CCAA-C----------------CAGGGCAG--AC-----T--TAT--GTAGGAGTGGCT----T--AT-G--A--AC--AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT--------A----G--TG---T---TC-T-AA--CAATA
gi|100030                     : TTAAAGG--C-CCAA-AA-C-TT-----TCTGCCAGGGTAG--AGGG---T--GAT--GTAGGAGTAGCT----A--AT-G--T--A---CACGCAGCTG-TAT------TATTTAC-C-----------TGT-CAGTTATACCTGTAGT------ATA----G--TG---TGC-TA-A-AA--
gi|100034                     : TTAAACG--C-CTGA-CA-T-GT-----TTTGTTGAAGCAG--AGGG---T--TAT--GTAGGAGTGGCC----A--GT-G--T--AC--AA--CAACTG--GT------TATTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACA----T--GG---A---TC-T-GA--AAATAGACCATTA
gi|100035                     : TTAAAGG--C-CCAA-AA-G-TT-----TCTGCCAGGGTAA--AGAG---T--AAT--GTAGGTGTGGCT----T--AT-G--TACA---AA--CATCTG-TAT------TCTTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------
gi|100038                     : TTAAAGG--C-CCAA-CA-T-TT-----TCCGCCAGAGTAG--ACAG---T--GAC--GTAAAAATGGCT----A--AT-GT-T--A---AA--CAGATGTTTT------TCTTTAC-C-----------TGC-AAGTTA------CGGT------
gi|100025                     : TTAAAGC--C-CCAG-AA-C-TT-----TCTGCCCCAGCAG--CAAG---A--AATT-GTAGGAGTGG-T----T--ATTG--T--AT--AA--CAGCTG-TTT------TCTGTAC-C-----------TGT-CAAATA------GGTT------TCA----A--TG---T---GC-T-AA--AAATACACCATTAtctaaaatcacacaacta
gi|100032                     : TTAAAGG--C-CCAA-AA-C-TT-----TCTGC-GAAGCAG--AGTA---T--TTT--GTAGGAGTGGCC----A--AT-G--T--AC--AA--CAGATG-T----------TTTAC-T-----------TAT---ATTA------TGTT------ACA----G--TG---T---T----TT--AAATATACCATTAat
gi|100037                     : TTAAAGG--T-CCAA-TA-C-TT-----TTTGCCGGGGCAG--TGAT---T--TAT--GTAGTAGTGGCT----A--AT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TTT------
gi|100047                     : TTAAAG---C-CCAA-CA-T-TT-----TCTGGCAGGGCAG--ACAG---T--GAT--GTAGGA-T----------------------------CAGCTG-TTT------TCTATAC-C-----------GGT-C---CA------TGG---------A----G--CG---T---T
gi|100043                     : TTATAGG--T-CAAA-CA-T-TT-----TCTACGGAGGCAG--AGAG---T--TGT--GTAGGAGTGGCT----A--AT-G--C--AT--AG--CCGC-G-TTT------tt
gi|100040                     : TTAAAGG--C-CCAA-AG-C-TT-----CCTGCCCCGGTAG--AAAA---A--TAT--GCAGAAGTTGCT----T--AT-C--T--GG--AA--CAGCTG-T--------------------------------CAGTAA------TGGT------ACA----G--TG---TGC-TA-A-AA--
gi|100041                     : TTAAAGG--T-CCAA-AG-C-TT-----TCTGCCAGGGTAG--AGAG---T--TAT--GCAGGTGTAGCT----A--AT-G--A--AT--AA--GGGCTG-TCT------ACTTTAA-C-----------Tttagacc
gi|100046                     : TTAAA-A--C-TCAA-CA-T-TC-----CCTGCCCTGGTAGGGATAA---T---AT--GTAGAAGTGGCTAT--C--AT-A--T--A---A---CAACTA-TTC------T----GC-C-----------AAT-CAGTTA------TACTT-----GCAAT--G--TG---T---TA-A-AA--
gi|100044                     : TTAAAGATGC-AAAA-CA-T-T-------CTGTCTGGGCAGCAACAA---A--T-T--GTAGGA-TAGGG----T--ATTG--T--AT--AA--CAGCTG--------------TAC-A-----------TGT-TAGTTA------GGTT------TCAAT--G--TG---C---TA-A-AA--tata
gi|100048                     :  TAAAGG--C-CTAA-CA-T-TT-----TCTGCCGGGGCAG--ACAG---T--TAT--GAAGGCGTGGCT----A--AT-G--C--AC--AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-C-----------TGT-CCGTTA------TTGT------ACA----A--TG---T---TC-T-AA--ATATACACTATTActacatgtttaat
gi|100049                     :  TAAAGC--C-TTTA-CA-C-TT-----TCTGCCTGGGCAG--GGAG---A--AATT-GTAAGAG-AGTT----T--ATTG--T--AT--AA--CAGA-----------------GCAC-----------TGC-CAGTTA------GGTT------TCA----A--TG---T---GC-T-AA--AAATAAACCATTAat
gi|100050                     :   AAAGG--C-CCAA-AA-C-TT-----TCTGCCAGGGTAG--AGAG---T--AAT--GTAGGAGTTGCT----T--AT-C--T--ACA-AA--CAGCTG-TAT------TCTTTAC-C-----------TGT-CCGTTA------TGGT------ATAAT--G--TG---C---TA-A-AA--at
gi|100051                     :   AAAGG--C-CCAAACC-T-TT------CTGCCAGGGTAG--AAAG---T--AAC--GTAGGAGTAGCT----A--AT-G--TAAA---AA--CAGTTG-TAT------TCATTAC-C-----------TGT-CTGTTA------TGGT------ACA-------TT---T---TA-CTAA--AAATAGAC
gi|100052                     :        --C-CCAA-AA-T-CT-----CCTGCCAGGGTAG--AGAG---T--AAT--GTAGGAGTGGCT----A--AT-G--T--ACA-AA--CAGCTA-TAT------TCTTTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TAGT------ACA----A--TG---T---GC-T-AA--AAATAGACCAT
gi|100054                     :           -CTAA-CAAT-TTCTGCCACTACCGGG--AG--AAAT---T--T-----TAGGAATGG-T----T--ACAG--G--AT--AA--CAGTTG-TAT------TATGTAC-C-----------TTT-TAGTTA------GGTT------TCA----G--TG---T---GT-T-AA--GAATTCTCCATTA
gi|100055                     :           -CTAA-AA-T-TT-----TCTTACTGGGCAG--TGAG---T--AATT-GTAGTAGTGGAT----A--TT-G--C--AT--AA--CAGCTG-TGT------TCTATAat
gi|100023                     :              AA-CG-T-T-------CTGCCGCGGCAG--AGGG---T--TAT--ATGGGAGTGGCA----A--AT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-T-----------TGT-CAGTTA------TGGTTCAGTGACG----G--TG---TTC-TA-A-AAATAAATACACCATTA
gi|100027                     :  ttaaatgtcgaaAA-CG-T-T-------CTGCCGCGGCAG--AGGG---T--TAT--ATAGGGGTGGCA----A--AT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TTT------TCTTTAC-T-----------TGT-CAGTTG------TGGTTCAGTGACG----G--TG---TAC-TA-A-AAATAAATACACCATTA
gi|100036                     :  ttaaatgtcgaaAA-CC-T-TC-----A-TGCCGGGGTAG--AGTG---T--AAT--GTGGGAGTGGCT----T--AT-T--TACA---AA--CAGCTG-TAT------TTTCTAC-C-----------TGT-CCATTG------TGGT-------CA----GTATG---C---TA-A-AA--
gi|100057                     :  ttaatggccgaaAA-C--T-TT------CTGCCCCGGCAG--GAAG---T--TATCAGTTGGAGTGGCA----A--AT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TAT------TCCCTAC-C-----------TAT-TAGTTA------TGGC------ACA----T--TG---TGA-TA-A-CAT-AAA---ACCATTAtagtccat
gi|100060                     :                 aA-T-TT-----CCTGCCAGGGCAG--AAAG---C--TAT--GTAGGGATGGCG----A--AT-G--T--AC--AA--CAGATG-TTT------TCTTTAC-CGCTTTAATACCTAT-AGGTTA------TGGC------CCA----G--TG---TGC-T-----A--AAATACACCATTA
gi|100062                     :                                 CCGGGGCAG--ACAG---T--CAT--GTAGGTGTGGCT----T--AT-GA-T--A---AA--CAGTTG-TTT------TCTTTAC-T-----------TGT-CAGTTA------AAGT------ACA----G--TG---C---T----------ATACACCATT
gi|100063                     :                            ttcctCCGGGGCAG--AGAG---T--TAT--GTAGGCGTGGCT----A--AT-G--T--AC--AA--CATGTG-TTT------TCTTTTT-A-----------TGC-CAGTTT------TGGT------ACA----G--TG---T---TC-T-AA--AAATATTCCATTA
gi|100065                     :                                    gGGCAG--AGAG---T--TAT--GTAGGAGTGGCTTTAAT--AT-G--T--AC--AA--CAGTTG-TTT--------TTTAC-C-----------TGT-CTGTTA-------GGT------ACT----C--TG---T---TC-T-AA--AAATACA-CATTA
gi|100039                     :                                     GGCAA--AAAG---T--TAT--GAAGGAGATGCT----A--CT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TAT------TCTTTCT-C-----------TGTACAGT
gi|100064                     :           ttaaaaggccaaaacccttcctgcatcGCAG--AGAGAAAT--TGT--ATA--AGTAG-T----T--ATCG--T--GTCCAA--CAACTG-TTT------TCTGTAC-C-----------TGT-CAGTTA------GGTT------TCA----G--TG---T---GA-T-CA--TTATACACCACTAgtgctgaaattagaccatgataat
gi|100056                     :                                    caGCAA--GCAA---T--T----GTAGGAGCCG-T----T--ATTG--T--TT--GG--CAGCTG-TTT------TCTGTAT-C-----------TGT-CAGTa
gi|100067                     :                    aacactttctttcccgacaCAG--ATAA---T--TAT--G---GAGTGGAT----A--AT-G--T--GT--AA--CAGCTG-TTT------TCTTTCG-T-----------TAT-CAGTTA------AGGT------ACA----G--TGATCT---T-----A--AAATACACCATTAgctagaatacaccgattaa
gi|100066                     :                                               G---T--TAT--GTCAGTGTGGCT----A--GT-G--T--AC--AA--AAACTG-TTT------TCTTTAC-A-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACT----G--TT---TTTCTA-A-AA--ACATACA
gi|100069                     :                                          cagagagttc--TAT--GTAGAAGTGGCT----A--AT-G--T--A---AAA-CAGCTG-GTT------TTT---C-C-----------TGT-CAGTAA------TGTT------ACA----G--TG---T---TT-T-AA--AAATACACCATTAatt
gi|100070                     :                                                    --TAT--GTAGGCGTGGCT----TTTAT-A--T--AC--AA--TAGCTG-TTT------TATTTAC-C-----------TGT-CAGTT-------TGG
gi|100053                     :                                                        T--GTAGAAGTGTTT----T---T-G--T--TT--AA--CAGCTT-CTTAACATGTCTTAAC-A-----------TGT-CAGTTA------AGAT-------CA----G--TG---TGC-TA-A-AA-----TACACCATTA
gi|100042                     :                          ccagagcattcgatcccggcagcaagaaatT--GTAAGATTGACGACA-T--AT-G--T--A----------TTA-TTT------TCTTTAC--------------AT-CAGTTA------TAAT------ACA----G--TGTGCT---T-----C--AAATAGACTATTAat
gi|100071                     :               ttaaaggcccacaactttctgccccaaccccgtgaaagaaat--GTAGGAGTGGCT----A--TT-G--T--AC--AA--CAGCTG-TAT------TCTCTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGGT------ACAGACTG--TG---C---T----AA--AATTAGACCATTA
gi|100072                     :                                                                            --AT-G--T--ACA-AA--CGGATG-TAT------ACTCTAC-C-----------TGT-CAGTCA------TGGT------ACA----G--TG---TGC-TG-A-AA--AA
gi|100061                     :                                                                                    a--A---AA--CAGCTG-TTT------TCTGTAC-C-----------TGT-CAGTTA------GGGT------TCA----G--TG---T---gaca
gi|100073                     :                                                               attttctgccgtggtattggttattgaaaA--CATTTG-TTT------TCTTAAC-G-----------TGT-CAGTTG------TGGT------ACA----G--TG---T---TATA-AA--AAATACACCATTAgctatagtatatcattagt
gi|100059                     :                                                                                       tgtcct--CAG-TG-TTT------TCTGTAC-C-----------TGT-CAGTTA------TGTT-------CA----A--TG---T---
gi|100058                     :                                             aaactttctctgcccctgtagagagatattgcagtgcaagttgtcatgcatAGCTG-TTT------TCTATAC-C-----------TGT-CAGTTA------GATT------TCA----G--TG--------A-G-CT--AAATACACCATTAactgaaggtata
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|100045 ): TTAAAGGTGCAATACTTTCTGCCCGGGCAGCAAGAAGTTGACTTGGTAGTAATTGTATAAAAATTGTTTTTTGTACAGGTCTGTTAGTTAGGTTTTAGTGTGCTAGAAATA
Unaligned ( gi|100068 ): AGACTTTCGTAGGAGTGGTTAACGTACAGAAACTGTTTATGTACTTTACTGTATATATCACTTACGTTTTAGGTTCTAAATGTATAACATTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                    1111111                 
lowQualScore                  :                  1    44 22    1    444444    222222  55 11 0  111 11 2222 0 33    111        77777777 0  0 0 55 0 0      0 1 222222 111      2222 55555555555         222222  0  7777777  22 22   7777777 444             
lowQualScore                  :                  .    .. ..    .    ......    ......  .. .. .  ... .. .... . ..    ...        ........ .  . . .. . .      . . ...... ...      .... ...........         ......  .  .......  .. ..   ....... ...             
lowQualScore                  :                  2    22 11    0    999999    444444  77 11 8  555 11 5555 8 44    444        00000000 8  8 8 55 8 8      8 3 999999 444      5555 88888888888         444444  9  0000000  44 11   8888888 222             
consensus                     :          TTAAAGGC-CCAA-NAC-TTTC-TGCCG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--G--TGT--TC-TAA---AAATACACCATTA
Reference ( family-444 )      :          TTAAAGGC-CCAA-CAT-TTTC-TGCCG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----N---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--G--TGT--TA-NAA---AAATACACCATTA
gi|100021                     :          TTAAAGGG-CCAA-AAC-TTTC-TGCCA-----AGGC------AG--A--G-AA---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGAT----A---A-TA-T-A----A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ATA--G--TGT--TA-TAT---AAATATACCATTA
gi|100022                     :          TTAAAGAC-CTAA-CAT-TTAC-TACCG-----GGGC------AG--A--C-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----T---A-TG-T-A--A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--G--TGT--TA-AAA---AAATACACCATTAat
gi|100023                     :          TTAAATGT-CGAA-AAC-GTTC-TGCCG-----CGGC------AG--A--G-GG---T--T----A-T--ATGG---GAGTGGCA----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GTTCAGTGACG--G--TGTTCTA-AAAAT-AAATACACCATTA
gi|100024                     :          TTAAAGGC-CCAA-CAT-TTTC-TGCTG-----GGGC------AG--G--C-AG---T--T----G-T--GTAG---GAGTGGCT----G---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTTGGTTT------TG-GA------ACA--G--TGT--TC-TAA---ATATACACCATTA
gi|100025                     :          TTAAAGCC-CCAG-AAC-TTTC-TGCCC-----CAGC------AGCAA--G-AA---A--T------T--GTAG---GAGTGGTT----A---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAAATA------GG-TT------TCA--A--TGT--GC-TAA---AAATACACCATTA
gi|100026                     :                  -CCAA-AATCTTTC-TGCTG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----A---A-TG-T-TC-A-A-CAGCTG-TTA------T---CTTTAT----C-----------TATCAGTTA------CG-GT------ACA--G--TGT--TC-TAA---AACTACTCCATTat
gi|100027                     :   ttaaacaTTAAATGT-CGAA-AAC-GTTC-TGCCG-----CGGC------AG--A--G-GG---T--T----A-T--ATAG---GGGTGGCA----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTG------TG-GTTCAGTGACG--G--TGTACTA-AAAAT-AAATACACCATTA
gi|100028                     :          TTAAAGACGCCAA-CAT-TTTA-TGCTG-----TGGT------AG--ACAG-CG---C--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----A---A-TG-T-TA-A-A-CAGCTA-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--G--TGG--TA-TAA---AAATACACCATTA
gi|100029                     :          TTAAAGGC-CCAA-TAC-TTTC-TGCCG-----GGGC------AG--A--T-AA---T--T----A-C--GTAG---GAGTGGTT----T---A-TG----------GAGTTG-ATT------T---CATTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--G--TGT--TC-T-A---AAATACACCGTTA
gi|100030                     :          TTAAAGGC-CCAA-AAC-TTTC-TGCCA-----GGGT------AG--A--G-GG---T--G----A-T--GTAG---GAGTAGCT----A---A-TG-T-AC-ACG-CAGCTG-TAT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTATACCTGTA-GT------ATA--G--TGTGCTA-AAA---
gi|100031                     :          TTAAAGGC-CTAA-CAC-ATTA-TGCCA-----GGGT------GG--A--G-AA---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----T---A-TG-T-ATAA-A-TAGCTG-TAT------T---CCTTAC----C-----------TGTCAGTTA------CG-TT------ACA--G--TGT--CC-T-A---AAATATACCAT
gi|100032                     :          TTAAAGGC-CCAA-AAC-TTTC-TGC-G-----AAGC------AG--A--G-TA---T--T----T-T--GTAG---GAGTGGCC----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-T-------------TTTAC----T-----------TAT--ATTA------TG-TT------ACA--G--TGT--TT-T-----AAATATACCATTA
gi|100033                     :          TTAAAGGC-CCAA-C-----------CA-----GGGC------AG--A--C------T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCT----T---A-TG-A-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT--------A--G--TGT--TC-TAA---CAATA
gi|100034                     :          TTAAACGC-CTGA-CAT-GTTT-TGTTG-----AAGC------AG--A--G-GG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCC----A---G-TG-T-AC-A-A-CAACTG--GT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--T--GGA--TC-TGA---AAATAGACCATTA
gi|100035                     :          TTAAAGGC-CCAA-AAG-TTTC-TGCCA-----GGGT------AA--A--G-AG---T--A----A-T--GTAG---GTGTGGCT----T---A-TG-T-ACAA-A-CATCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------
gi|100036                     :          TTAATGGC-CGAA-AAC-CTTCATGCCG-----GGGT------AG--A--G-TG---T--A----A-T--GTGG---GAGTGGCT----T---A-TT-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---TTCTAC----C-----------TGTCCATTG------TG-GT-------CA--G--TAT--GC-TAA---AAATAGTCCAT
gi|100037                     :          TTAAAGGT-CCAA-TAC-TTTT-TGCCG-----GGGC------AG--T--G-AT---T--T----A-T--GTAG---TAGTGGCT----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------
gi|100038                     :          TTAAAGGC-CCAA-CAT-TTTC-CGCCA-----GAGT------AG--A--C-AG---T--G----A-C--GTAA---AAATGGCT----A---A-TG-T-TA-A-A-CAGATGTTTT------T---CTTTAC----C-----------TGCAAGTTA------CG-GT------
gi|100039                     :            AAAGGC-CAAAACCC-TTCC-TGCAT-----CGGC------AA--A--A-AG---T--T----A-T--GAAG---GAGATGCT----A---C-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTCT----C-----------T-----------------GT------ACA--G--TGT--GC-TGA---AATTAGACCATtctaaaatcacacaacta
gi|100040                     :       ttaTTAAAGGC-CCAA-AGC-TTCC-TGCCC-----CGGT------AG--A--A-AA---A--T----A-T--GCAG---AAGTTGCT----T---A-TC-T-GG-A-A-CAG---------------------------C-----------TGTCAGTAA------TG-GT------ACA--G--TGT--GC-TAA---AATTAGACCgataat
gi|100041                     :          TTAAAGGT-CCAA-AGC-TTTC-TGCCA-----GGGT------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GCAG---GTGTAGCT----A---A-TG-A-AT-A-A-GGGCTG-TCT------A---CTTTAA----C-----------T
gi|100042                     :          TTAAAGGC-CCAC-AAC-TTTC-TGCCC-----CAACCCCGTGAA--A--G-AA---A--T------T--GTAA---GATTGACG----ACATA-TG-T-AT---------TA-TTT------T---CTTTAC-----------------ATCAGTTA------TA-AT------ACA--G--TGT--GC-TTC---AAATAGACTATTA
gi|100043                     :          TTATAGGT-CAAA-CAT-TTTC-TACGG-----AGGC------AG--A--G-AG---T--T----G-T--GTAG---GAGTGGCT----A---A-TG-C-AT-A-G-CCGC-G-TTT------
gi|100044                     :          TTAAAGAT-GCAA-AAC-ATTC-TGTCT-----GGGC------AGCAA--C-AA---A--T------T--GTAG---GATAGGGT----A---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-----------------TAC----A-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TCA--A--TGT--GC-TAA---AACTACA
gi|100045                     :          TTAAAGGT-GCAA-TAC-TTTC-TGCCC-----GGGC------AGCAA--GAAG---T--TG---A-C--TTGG---TAGTAAT-----------TG-T-AT-A-A-AAATTG-TTT------T---TTGTACAGGTC-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TTA--G--TGT--GC-TAG---AAATAtgtttaat
gi|100046                     :          TTAAAA-C-TCAA-CAT-TCCC-TGCCC-----TGGT------AG--G--G-A----TAAT----A-T--GTAG---AAGTGGCT----A---T-CA-T-AT-A-A-CAACTA-T-------------TCTGC----C-----------AATCAGTTA------TACTT------GCAATG--TGT--TA-AAA---
gi|100047                     :          TTAAAG-C-CCAA-CAT-TTTC-TGGCA-----GGGC------AG--A--C-AG---T--G----A-T--GTAG---GA-T--------------------------CAGCTG-TTT------T---CTATAC----C-----------GGTC---CA------TG-G---------A--G--CGT--Ttata
gi|100048                     :           TAAAGGC-CTAA-CAT-TTTC-TGCCG-----GGGC------AG--A--C-AG---T--T----A-T--GAAG---GCGTGGCT----A---A-TG-C-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TT-GT------ACA--A--TGT--TC-TAA---ATATACACTATTAtt
gi|100049                     :           TAAAGCC-TTTA-CAC-TTTC-TGCCT-----GGGC------AG--G--G-AG---A--A----ATT--GTAA---GAG-AGTT----T---ATTG-T-AT-A-A-CAGA--------------------GCA---C-----------TGCCAGTTA------GG-TT------TCA--A--TGT--GC-TAA---AAATAAACCATTAat
gi|100050                     :            AAAGGC-CCAA-AAC-TTTC-TGCCA-----GGGT------AG--A--G-AG---T--A----A-T--GTAG---GAGTTGCT----T---A-TC-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TG-GT------ATAATG--TGC--TA-AAA---at
gi|100051                     :            AAAGGC-CCAA-ACC-TTTC-TGCCA-----GGGT------AG--A--A-AG---T--A----A-C--GTAG---GAGTAGCT----A---A-TG-TAAA-A-A-CAGTTG-TAT------T---CATTAC----C-----------TGTCTGTTA------TG-GT------ACA-----TTT--TACTAA---AAATAGAC
gi|100052                     :                 C-CCAA-AAT-CTCC-TGCCA-----GGGT------AG--A--G-AG---T--A----A-T--GTAG---GAGTGGCT----A---A-TG-T-ACAA-A-CAGCTA-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TA-GT------ACA--A--TGT--GC-TAA---AAATAGACCAT
gi|100053                     :                                            GGC------AGCAA--G-AA---A--T------T--GTAG---AAGTGTTT----T-----TG-T-TT-A-A-CAGCTT-CTTAACATGT---CTTAAC----A-----------TGTCAGTTA------AG-AT-------CA--G--TGT---G-CTA---AAATACACCATTA
gi|100054                     : ccagagcattcgatccc-CTAA-CAA-TTTC-TGCCACTACCGGG-------AG--A--A-AT---T--T----------TAG---GAATGGTT----A---C-AG-G-AT-A-A-CAGTTG-TAT------T---ATGTAC----C-----------TTTTAGTTA------GG-TT------TCA--G--TGT--GT-TAA---GAATTCTCCATTAat
gi|100055                     :                  -CTAA-AAT-TTTC-TTACT-----GGGC------AG--T--G-AG---T--A----A-TT-GTAG---TAGTGGAT----A---T-TG-C-AT-A-A-CAGCTG-TGT------T---CTATAat
gi|100056                     :                     AA-CAC-TTTC-TTTCC-----CGAC------AG--C--A-AG---C--A----A-TT-GTAG---GAGCCGTT----A---T-TG-T-TT-G-G-CAGCTG-TTT------T---CTGTAT----C-----------TGTCAGT
gi|100057                     :                         AC-TTTC-TGCCC-----CGGC------AG--G--A-AG---T--T----A-TCAGTTG---GAGTGGCA----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CCCTAC----C-----------TATTAGTTA------TG-GC------ACA--T--TGT--GA-TAACATAAA---ACCATTAgctagaatacaccgattaa
gi|100058                     :                       aaAC-TTTC-TGTCA-----CGGC------AGCAA--G-AA---A--T------T--GTAG---GAG------------------------------CTG-TTT------T---CTATAC----C-----------TGTCAGTTA------GA-TT------TCA--G--TG----A-GCT---AAATACACCATTA
gi|100059                     :                   aaAA-CTT-TCTC-TGCCC-----CTGT------AG--A--G-AG---A--T----A-TT-GCAGTGCAAGTTG-T----C---A-TG----C-A-T-CAG-TG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-TT-------CA--A--TGT--at
gi|100060                     :                        aAT-TTCC-TGCCA-----GGGC------AG--A--A-AG---C--T----A-T--GTAG---GGATGGCG----A---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-TTT------T---CTTTAC----CGCTTTAATACCTATAGGTTA------TG-GC------CCA--G--TG---TG-CTA---AAATACACCATTAactgaaggtata
gi|100061                     :                         AT-TTTC-TGCCG-----TGGT------AT--T--G--G---T--T----A-T------------TG-------A---A------AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-GT------TCA--G--TGTGCTA-T------AGTATATCATTA
gi|100062                     :                             TTC-CTCCG-----GGGC------AG--A--C-AG---T--C----A-T--GTAG---GTGTGGCT----T---A-TGAT-A--A-A-CAGTTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------AA-GT------ACA--G--TGC--T----------ATACACCATTgt
gi|100063                     :                                  GCCG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GCGTGGCT----A---A-TG-T-AC-A-A-CATGTG-TTT------T---CTTTTT----A-----------TGCCAGTTT------TG-GT------ACA--G--TGT--TC-TAA---AAATATTCCATTA
gi|100064                     :                                             GC------AG--A--G-AGAAAT--T----G-T--ATA-----AGTAGTT----ATC-G-TG-T-CC-A-A-CAACTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-TT------TCA--G--TGT--GA-TCA---TTATACACCACTA
gi|100065                     :                                          caGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCTTTAAT---A-TG-T-AC-A-A-CAGTTG-TTT-----------TTTAC----C-----------TGTCTGTTA-------G-GT------ACT--C--TGT--TC-TAA---AAATACA-CATTAa
gi|100066                     :                                              C------AG--A--G-AG---T--TCGTTA-T--GTCA---GTGTGGCT----A---G-TG-T-AC-A-A-AAACTG-TTT------T---CTTTAC----A-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACT--GT-TTT--TC-TAA---AAACATACAATT
gi|100067                     :                                              C------AG--A--T-AA---T--T----A-T--G------GAGTGGAT----A---A-TG-T-GT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTCG----T-----------TATCAGTTA------AG-GT------ACA--G--TGA--TC-TTA---AAATACACCATTA
gi|100068                     :                                                       --A--G-AC---T--T----T-C--GTAG---GAGTGGTT----A---A-CG-T-AC-A-G-AAACTG-TTTA-----TGTACTTTAC----TGTATA------TATCACTTA------CG-TT------TTA--G---GT--TC-TAA---ATGTATAACATTA
gi|100069                     :                                                                    --T----A-T--GTAG---AAGTGGCT----A---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-GTT------T---TT---C----C-----------TGTCAGTAA------TG-TT------ACA--G--TGT--TT-TAA---AAATACACCATTA
gi|100070                     :                                                                    --T----A-T--GTAG---GCGTGGCT----TTT-A-TA-T-AC-A-A-TAGCTG-TTT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTT-------TG-G
gi|100071                     :                                                                              --GTAG---GAGTGGCT----A---T-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTCTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACA--GACTGT--GC-TAA---AATTAGACCATTA
gi|100072                     :                                                                                                    ---A-TG-T-AC-A-AACGGATG-TAT------A---CTCTAC----C-----------TGTCAGTCA------TG-GT------ACA--G--TGTGCT--GAA---AAAGACA
gi|100073                     :                                                                                                       a-TG-T-CC-T-A-CATTTG-TTT------T---CTTAAC----G-----------TGTCAGTTG------TG-GT------ACA--G--TGT--TATAAA---AAATACACCATTA





Alignments
lowQualScore                  :                  1    2  11    1 11   444444    222222  55 11 0  111 11 2222 0 33    111       11  444 0  0 0 55 0 1      0 1 222222 111      2222 55555555555         222222  0  7777777   22   4  22 5555  0           
lowQualScore                  :                  .    .  ..    . ..   ......    ......  .. .. .  ... .. .... . ..    ...       ..  ... .  . . .. . .      . . ...... ...      .... ...........         ......  .  .......   ..   .  .. ....  .           
lowQualScore                  :                  2    0  44    0 33   999999    444444  77 11 8  555 11 5555 8 44    444       11  555 8  8 8 44 8 5      8 3 999999 444      5555 88888888888         444444  9  2222222   11   0  55 3333  9           
consensus                     :          TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC-T--GCCG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
Reference ( family-444 )      :          TTAAAGGC-CCAANAC--TTTC-T--GCCG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100021                     :          TTAAAGGG-CCAAAAC--TTTC-T--GCCA-----AGGC------AG--A--G-AA---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGA--TA---A-TA-T-A----A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ATAG--TGTTAT-AT----AA-ATATACCATTA
gi|100022                     :          TTAAAGAC-CTAACAT--TTAC-T--ACCG-----GGGC------AG--A--C-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-A--A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTAA-AA----AA-ATACACCATTAat
gi|100023                     :          TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC-T--GCCG-----CGGC------AG--A--G-GG---T--T----A-T--ATGG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GTTCAGTGACGG--TGTTCT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100024                     :          TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC-T--GCTG-----GGGC------AG--G--C-AG---T--T----G-T--GTAG---GAGTGGC--TG---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTTGGTTT------TG-GA------ACAG--TGTTCT-AA----AT-ATACACCATTA
gi|100025                     :          TTAAAGCC-CCAGAAC--TTTC-T--GCCC-----CAGC------AGCAA--G-AA---A--T------T--GTAG---GAGTGGT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAAATA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100026                     :          TTAAACAC-CAAAATC--TTTC-T--GCTG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TC-A-A-CAGCTG-TTA------T---CTTTAT----C-----------TATCAGTTA------CG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-CTACTCCATTat
gi|100027                     :          TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC-T--GCCG-----CGGC------AG--A--G-GG---T--T----A-T--ATAG---GGGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTG------TG-GTTCAGTGACGG--TGTACT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100028                     :          TTAAAGACGCCAACAT--TTTA-T--GCTG-----TGGT------AG--ACAG-CG---C--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGCTA-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGGTAT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100029                     :          TTAAAGGC-CCAATAC--TTTC-T--GCCG-----GGGC------AG--A--T-AA---T--T----A-C--GTAG---GAGTGGT--TT---A-TG----------GAGTTG-ATT------T---CATTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTCT--A----AA-ATACACCGTTA
gi|100030                     :          TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC-T--GCCA-----GGGT------AG--A--G-GG---T--G----A-T--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-T-AC-ACG-CAGCTG-TAT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTATACCTGTA-GT------ATAG--TGTGCT-AA----AA-
gi|100031                     :          TTAAAGGC-CTAACAC--ATTA-T--GCCA-----GGGT------GG--A--G-AA---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-ATAA-A-TAGCTG-TAT------T---CCTTAC----C-----------TGTCAGTTA------CG-TT------ACAG--TGTCCT--A----AA-ATATACCAT
gi|100032                     :          TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC-T--GC-G-----AAGC------AG--A--G-TA---T--T----T-T--GTAG---GAGTGGC--CA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-T-------------TTTAC----T-----------TAT--ATTA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-------AA-ATATACCATTA
gi|100033                     :          TTAAAGGC-CCAA--------------CCA-----GGGC------AG--A--C------T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-A-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT--------AG--TGTTCT-AA----CA-ATA
gi|100034                     :          TTAAACGC-CTGACAT--GTTT-T--GTTG-----AAGC------AG--A--G-GG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGC--CA---G-TG-T-AC-A-A-CAACTG--GT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAT--GGATCT-GA----AA-ATAGACCATTA
gi|100035                     :          TTAAAGGC-CCAAAAG--TTTC-T--GCCA-----GGGT------AA--A--G-AG---T--A----A-T--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TG-T-ACAA-A-CATCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------
gi|100036                     :          TTAATGGC-CGAAAAC--CTTCAT--GCCG-----GGGT------AG--A--G-TG---T--A----A-T--GTGG---GAGTGGC--TT---A-TT-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---TTCTAC----C-----------TGTCCATTG------TG-GT-------CAG--TATGCT-AA----AA-ATAGTCCAT
gi|100037                     :          TTAAAGGT-CCAATAC--TTTT-T--GCCG-----GGGC------AG--T--G-AT---T--T----A-T--GTAG---TAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------
gi|100038                     :          TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC-C--GCCA-----GAGT------AG--A--C-AG---T--G----A-C--GTAA---AAATGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGATGTTTT------T---CTTTAC----C-----------TGCAAGTTA------CG----------------GTTCT-AA----AA-TCACACAACTA
gi|100039                     :          TTAAAAGG-CCAAAACCCTTCC-T--GCAT-----CGGC------AA--A--A-AG---T--T----A-T--GAAG---GAGATGC--TA---C-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTCT----C-----------T-----------------GT------ACAG--TGTGCT-GA----AA-TTAGACCAT
gi|100040                     :          TTAAAGGC-CCAAAGC--TTCC-T--GCCC-----CGGT------AG--A--A-AA---A--T----A-T--GCAG---AAGTTGC--TT---A-TC-T-GG-A-A-CAG---------------------------C-----------TGTCAGTAA------TG-GT------ACAG--TGTGCT-AA----AA-TTAGACCgataat
gi|100041                     :          TTAAAGGT-CCAAAGC--TTTC-T--GCCA-----GGGT------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GCAG---GTGTAGC--TA---A-TG-A-AT-A-A-GGGCTG-TCT------A---CTTTAA----C-----------T
gi|100042                     :          TTAAAGGC-CCACAAC--TTTC-T--GCCC-----CAACCCCGTGAA--A--G-AA---A--T------T--GTAA---GATTGAC--GACATA-TG-T-A---------TTA-TTT------T---CTTTAC-----------------ATCAGTTA------TA-AT------ACAG--TGTGCT-TC----AA-ATAGACTATTA
gi|100043                     :          TTATAGGT-CAAACAT--TTTC-T--ACGG-----AGGC------AG--A--G-AG---T--T----G-T--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-C-AT-A-G-CCGC-G-TTT------
gi|100044                     :          TTAAAGAT-GCAAAAC--ATTC-T--GTCT-----GGGC------AGCAA--C-AA---A--T------T--GTAG---GATAGGG--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-----------------TAC----A-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-CTACA
gi|100045                     :          TTAAAGGT-GCAATAC--TTTC-T--GCCC-----GGGC------AGCAA--GAAG---T--TG---A-C--TTGG---TAG------TA---ATTG-T-AT-A-A-AAATTG-TTT------T---TTGTACAGGTC-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TTAG--TGTGCT-AG----AA-ATAtgtttaat
gi|100046                     :          TTAAAA-C-TCAACAT--TCCC-T--GCCC-----TGGT------AG--G--G-A----TAAT----A-T--GTAG---AAGTGGC--TA---T-CA-T-AT-A-A-CAACTA-T-------------TCTGC----C-----------AATCAGTTA------TACTT------GCAA--TGTGTT-AA----AATATA
gi|100047                     :          TTAAAG-C-CCAACAT--TTTC-T--GGCA-----GGGC------AG--A--C-AG---T--G----A-T--GTAG---GA-T------------------------CAGCTG-TTT------T---CTATAC----C-----------GGTC---CA------TG-G---------AG--CGTTTT-
gi|100048                     :           TAAAGGC-CTAACAT--TTTC-T--GCCG-----GGGC------AG--A--C-AG---T--T----A-T--GAAG---GCGTGGC--TA---A-TG-C-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TT-GT------ACAA--TGTTCT-AA----AT-ATACACTATTA
gi|100049                     :           TAAAGCC-TTTACAC--TTTC-T--GCCT-----GGGC------AG--G--G-AG---A--A----ATT--GTAA---GAGAGTT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGA--------------------GCA---C-----------TGCCAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATAAACCATTAat
gi|100050                     :            AAAGGC-CCAAAAC--TTTC-T--GCCA-----GGGT------AG--A--G-AG---T--A----A-T--GTAG---GAGTTGC--TT---A-TC-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TG-GT------ATAA--TGTGCT-AA----AA-Aat
gi|100051                     :            AAAGGC-CCAAACC--TTTC-T--GCCA-----GGGT------AG--A--A-AG---T--A----A-C--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-TAAA-A-A-CAGTTG-TAT------T---CATTAC----C-----------TGTCTGTTA------TG-GT------ACAT--TTTACT-AA----AA-ATAGAC
gi|100052                     :                 C-CCAAAAT--CTCC-T--GCCA-----GGGT------AG--A--G-AG---T--A----A-T--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-AACAGCTA-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TA-GT------ACAA--TGTGCT-AA----AA-ATAGACCAT
gi|100053                     :                                              GGC------AGCAA--G-AA---A--T------T--GTAG---AAGTGTT--TT-----TG-T-TT-A-A-CAGCTT-CTTAACATGT---CTTAAC----A-----------TGTCAGTTA------AG-AT-------CAG--TGTGCT-AA----AA--TACACCATTA
gi|100054                     : ccagagcattcgatccc-CTAACAA--TTTC-T--GCCACTACCGGG-------AG--A--A-AT---T--T----------TAG---GAATGGT--TA---C-AG-G-AT-A-A-CAGTTG-TAT------T---ATGTAC----C-----------TTTTAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGTT-AA----GA-ATTCTCCATTAat
gi|100055                     :                  -CTAAAAT--TTTC-T--TACT-----GGGC------AG--T--G-AG---T--A----A-TT-GTAG---TAGTGGA--TA---T-TG-C-AT-A-A-CAGCTG-TGT------T---CTATAat
gi|100056                     :                     AACAC--TTTC-T--TTCC-----CGAC------AG--C--A-AG---C--A----A-TT-GTAG---GAGCCGT--TA---T-TG-T-TT-G-G-CAGCTG-TTT------T---CTGTAT----C-----------TGTCAGT
gi|100057                     :                      AAAC--TTTC-T--GCCC-----CGGC------AG--G--A-AG---T--T----A-TCAGTTG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CCCTAC----C-----------TATTAGTTA------TG-GC------ACAT--TGTGAT-AACAT-AA-A---ACCATTAgctagaatacaccgattaa
gi|100058                     :                      AAAC--TTTC-T--GTCA-----CGGC------AGCAA--G-AA---A--T------T--GTAG---GAG----------------------------CTG-TTT------T---CTATAC----C-----------TGTCAGTTA------GA-TT------TCAG--TGAGCT-------AA-ATACACCATTA
gi|100059                     :                      AAAC--TTTC-TCTGCCC-----CTGT------AG--A--G-AG---A--T----A-TT-GCAGTGCAAGTTG---TC---A-TG----C-A-T-CAG-TG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-TT-------CAA--TGTACT-GA----AG-GTATAat
gi|100060                     :                        AT--TTCC-T--GCCA-----GGGC------AG--A--A-AG---C--T----A-T--GTAG---GGATGGC--GA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-TTT------T---CTTTAC----CGCTTTAATACCTATAGGTTA------TG-GC------CCAG--TGTGCT--A----AA-ATACACCATTA
gi|100061                     :                        AT--TTTC-T--GCCG-----TGGT------AT--T--G--G---T--T----A-T------------TG-----A---A------AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-GT------TCAG--TGTGCT--A----TA-GTATATCATTA
gi|100062                     :                             TTC-C--TCCG-----GGGC------AG--A--C-AG---T--C----A-T--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TGAT-A--A-A-CAGTTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------AA-GT------ACAG--TGCT------------ATACACCATTgt
gi|100063                     :                                  --GCCG-----GGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GCGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CATGTG-TTT------T---CTTTTT----A-----------TGCCAGTTT------TG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-ATATTCCATTA
gi|100064                     :                                               GC------AG--A--G-AGAAAT--T----G-T--ATA-----AGTAGT--TATC-G-TG-T-CC-A-A-CAACTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGAT-CA----TT-ATACACCACTA
gi|100065                     :                                            caGGC------AG--A--G-AG---T--T----A-T--GTAG---GAGTGGCTTTAAT-A-TG-T-AC-A-A-CAGTTG-TTT-----------TTTAC----C-----------TGTCTGTTA-------G-GT------ACTC--TGTTCT-AA----AA-ATACA-CATTAa
gi|100066                     :                                                C------AG--A--G-AG---T--TCGTTA-T--GTCA---GTGTGGC--TA---G-TG-T-AC-A-A-AAACTG-TTT------T---CTTTAC----A-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACTGT-TTTTCT-AA----AA-ACATACAATT
gi|100067                     :                                                C------AG--A--T-AA---T--T----A-T--G------GAGTGGA--TA---A-TG-T-GT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTCG----T-----------TATCAGTTA------AG-GT------ACAG--TGATCT-TA----AA-ATACACCATTA
gi|100068                     :                                                         --A--G-AC---T--T----T-C--GTAG---GAGTGGT--TA---A-CG-T-AC-A-G-AAACTG-TTTA-----TGTACTTTAC----TGTATA------TATCACTTA------CG-TT------TTAG---GTTCT-AA----AT-GTATAACATTA
gi|100069                     :                                                                      --T----A-T--GTAG---AAGTGGC--TA---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-GTT------T---TT---C----C-----------TGTCAGTAA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100070                     :                                                                      --T----A-T--GTAG---GCGTGGC--TTTT-A-TA-T-AC-A-A-TAGCTG-TTT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTT-------TG-G
gi|100071                     :                                                                                --GTAG---GAGTGGC--TA---T-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTCTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAGACTGTGCT-AA----AA-TTAGACCATTA
gi|100072                     :                                                                                                   A---A-TG-T-AC-A-AACGGATG-TAT------A---CTCTAC----C-----------TGTCAGTCA------TG-GT------ACAG--TGTGCTGAA----AA-AGACA
gi|100073                     :                                                                                                        -TG-T-CC-T-A-CATTTG-TTT------T---CTTAAC----G-----------TGTCAGTTG------TG-GT------ACAG--TGTTATAAA----AA-ATACACCATTA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    1  11    22 11   1 0   222222  44 11 0  111 11 2222  44    111       11  444 0  0 0 55 0 1      0 1 222222 111      2222 55555555555         222222  0  7777777   22   1  33 5555  0           
lowQualScore                  :                 .    .  ..    .. ..   . .   ......  .. .. .  ... .. ....  ..    ...       ..  ... .  . . .. . .      . . ...... ...      .... ...........         ......  .  .......   ..   .  .. ....  .           
lowQualScore                  :                 2    9  44    33 33   8 9   444444  66 11 8  555 11 5555  22    444       11  555 8  8 8 44 8 5      8 8 999999 444      5555 88888888888         444444  9  1111111   11   3  11 3333  9           
consensus                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
Reference ( family-444 )      :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100021                     :         TTAAAGGG-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAA-GGC------AG--A--G-AA---T--T----AT--GTAG---GAGTGGA--TA---A-TA-T-A----A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ATAG--TGTTAT-AT----AA-ATATACCATTA
gi|100022                     :         TTAAAGAC-CTAACAT--TTAC--T--ACCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-A--A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTAA-AA----AA-ATACACCATTAat
gi|100023                     :         TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC--T--GCCGC-GGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--ATGG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GTTCAGTGACGG--TGTTCT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100024                     :         TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC--T--GCTGG-GGC------AG--G--C-AG---T--T----GT--GTAG---GAGTGGC--TG---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTTGGTTT------TG-GA------ACAG--TGTTCT-AA----AT-ATACACCATTA
gi|100025                     :         TTAAAGCC-CCAGAAC--TTTC--T--GCCCC-AGC------AGCAA--G-AA---A--T-----T--GTAG---GAGTGGT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAAATA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100026                     :         TTAAACAC-CAAAATC--TTTC--T--GCTGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TC-A-A-CAGCTG-TTA------T---CTTTAT----C-----------TATCAGTTA------CG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-CTACTCCATTat
gi|100027                     :         TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC--T--GCCGC-GGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--ATAG---GGGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTG------TG-GTTCAGTGACGG--TGTACT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100028                     :         TTAAAGACGCCAACAT--TTTA--T--GCTGT-GGT------AG--ACAG-CG---C--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGCTA-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGGTAT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100029                     :         TTAAAGGC-CCAATAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--T-AA---T--T----AC--GTAG---GAGTGGT--TT---A-TG----------GAGTTG-ATT------T---CATTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTCT--A----AA-ATACACCGTTA
gi|100030                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-GG---T--G----AT--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-T-AC-ACG-CAGCTG-TAT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTATACCTGTA-GT------ATAG--TGTGCT-AA----AA-
gi|100031                     :         TTAAAGGC-CTAACAC--ATTA--T--GCCAG-GGT------GG--A--G-AA---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-ATAA-A-TAGCTG-TAT------T---CCTTAC----C-----------TGTCAGTTA------CG-TT------ACAG--TGTCCT--A----AA-ATATACCAT
gi|100032                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GC-GA-AGC------AG--A--G-TA---T--T----TT--GTAG---GAGTGGC--CA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-T-------------TTTAC----T-----------TAT--ATTA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-------AA-ATATACCATTA
gi|100033                     :         TTAAAGGC-CCAA---------------CCAG-GGC------AG--A--C------T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-A-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT--------AG--TGTTCT-AA----CA-ATA
gi|100034                     :         TTAAACGC-CTGACAT--GTTT--T--GTTGA-AGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--CA---G-TG-T-AC-A-A-CAACTG--GT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAT--GGATCT-GA----AA-ATAGACCATTA
gi|100035                     :         TTAAAGGC-CCAAAAG--TTTC--T--GCCAG-GGT------AA--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TG-T-ACAA-A-CATCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------
gi|100036                     :         TTAATGGC-CGAAAAC--CTTCA-T--GCCGG-GGT------AG--A--G-TG---T--A----AT--GTGG---GAGTGGC--TT---A-TT-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---TTCTAC----C-----------TGTCCATTG------TG-GT-------CAG--TATGCT-AA----AA-ATAGTCCAT
gi|100037                     :         TTAAAGGT-CCAATAC--TTTT--T--GCCGG-GGC------AG--T--G-AT---T--T----AT--GTAG---TAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------
gi|100038                     :         TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC--C--GCCAG-AGT------AG--A--C-AG---T--G----AC--GTAA---AAATGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGATGTTTT------T---CTTTAC----C-----------TGCAAGTTA------CG----------------GTTCT-AA----AA-TCACACAACTA
gi|100039                     :         TTAAAAGG-CCAAAACCCTTCC--T--GCATC-GGC------AA--A--A-AG---T--T----AT--GAAG---GAGATGC--TA---C-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTCT----C-----------T-----------------GT------ACAG--TGTGCT-GA----AA-TTAGACCAT
gi|100040                     :         TTAAAGGC-CCAAAGC--TTCC--T--GCCCC-GGT------AG--A--A-AA---A--T----AT--GCAG---AAGTTGC--TT---A-TC-T-GG-A-A-CAG---------------------------C-----------TGTCAGTAA------TG-GT------ACAG--TGTGCT-AA----AA-TTAGACCgataat
gi|100041                     :         TTAAAGGT-CCAAAGC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--T----AT--GCAG---GTGTAGC--TA---A-TG-A-AT-A-A-GGGCTG-TCT------A---CTTTAA----C-----------T
gi|100042                     :         TTAAAGGC-CCACAAC--TTTC--T--GCCCC-AACCCCGTGAA--A--G-AA---A--T-----T--GTAA---GATTGAC--GACATA-TG-T-A---------TTA-TTT------T---CTTTAC-----------------ATCAGTTA------TA-AT------ACAG--TGTGCT-TC----AA-ATAGACTATTA
gi|100043                     :         TTATAGGT-CAAACAT--TTTC--T--ACGGA-GGC------AG--A--G-AG---T--T----GT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-C-AT-A-G-CCGC-G-TTT------
gi|100044                     :         TTAAAGAT-GCAAAAC--ATTC--T--GTCTG-GGC------AGCAA--C-AA---A--T-----T--GTAG---GATAGGG--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-T----------------AC----A-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-CTACA
gi|100045                     :         TTAAAGGT-GCAATAC--TTTC--T--GCCCG-GGC------AGCAA--GAAG---T--TG---AC--TTGG---TAG------TA---ATTG-T-AT-A-A-AAATTG-TTT------T---TTGTACAGGTC-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TTAG--TGTGCT-AG----AA-ATAtgtttaat
gi|100046                     :         TTAAAA-C-TCAACAT--TCCC--T--GCCCT-GGT------AG--G--G-A----TAAT----AT--GTAG---AAGTGGC--TA---T-CA-T-AT-A-A-CAACTA-T-------------TCTGC----C-----------AATCAGTTA------TACTT------GCAA--TGTGTT-AA----AATATA
gi|100047                     :         TTAAAG-C-CCAACAT--TTTC--T--GGCAG-GGC------AG--A--C-AG---T--G----AT--GTAG---GA-T------------------------CAGCTG-TTT------T---CTATAC----C-----------GGTC
gi|100048                     :          TAAAGGC-CTAACAT--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--T----AT--GAAG---GCGTGGC--TA---A-TG-C-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TT-GT------ACAA--TGTTCT-AA----AT-ATACACTATTAcatggagcgtttt
gi|100049                     :          TAAAGCC-TTTACAC--TTTC--T--GCCTG-GGC------AG--G--G-AG---A--A----ATT-GTAA---GAGAGTT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGA--------------------GCA---C-----------TGCCAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATAAACCATTAat
gi|100050                     :           AAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GAGTTGC--TT---A-TC-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TG-GT------ATAA--TGTGCT-AA----AA-Aat
gi|100051                     :           AAAGGC-CCAAACC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--A-AG---T--A----AC--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-TAAA-A-A-CAGTTG-TAT------T---CATTAC----C-----------TGTCTGTTA------TG-GT------ACAT--TTTACT-AA----AA-ATAGAC
gi|100052                     :                C-CCAAAAT--CTCC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-AACAGCTA-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TA-GT------ACAA--TGTGCT-AA----AA-ATAGACCAT
gi|100053                     :                 -CCAGAGC--ATTCGAT--CCCGGCAGC------AA--G--A-AA---T--T--------GTAG---AAGTGTT--TT-----TG-T-TT-A-A-CAGCTT-CTTAACATGT---CTTAAC----A-----------TGTCAGTTA------AG-AT-------CAG--TGTGCT-AA----AA--TACACCATTA
gi|100054                     :                              C--T--ACCGG-G--------AG--A--A-AT---T--T---------TAG---GAATGGT--TA---C-AG-G-AT-A-A-CAGTTG-TAT------T---ATGTAC----C-----------TTTTAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGTT-AA----GA-ATTCTCCATTAat
gi|100055                     : ctaacaatttctgcca-CTAAAAT--TTTC--T--TACTG-GGC------AG--T--G-AG---T--A----ATT-GTAG---TAGTGGA--TA---T-TG-C-AT-A-A-CAGCTG-TGT------T---CTATAat
gi|100056                     :                    AACAC--TTTC--T--TTCCC-GAC------AG--C--A-AG---C--A----ATT-GTAG---GAGCCGT--TA---T-TG-T-TT-G-G-CAGCTG-TTT------T---CTGTAT----C-----------TGTCAGT
gi|100057                     :                     AAAC--TTTC--T--GCCCC-GGC------AG--G--A-AG---T--T----ATCAGTTG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CCCTAC----C-----------TATTAGTTA------TG-GC------ACAT--TGTGAT-AACAT-AA-A---ACCATTAgctagaatacaccgattaa
gi|100058                     :                     AAAC--TTTC--T--GTCAC-GGC------AGCAA--G-AA---A--T-----T--GTAG---GAG----------------------------CTG-TTT------T---CTATAC----C-----------TGTCAGTTA------GA-TT------TCAG--TGAGCT-------AA-ATACACCATTA
gi|100059                     :                     AAAC--TTTC--TCTGCCCC-TGT------AG--A--G-AG---A--T----ATT-GCAGTGCAAGTTG---TC---A-TG----C-A-T-CAG-TG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-TT-------CAA--TGTACT-GA----AG-GTATAat
gi|100060                     :                       AT--TTCC--T--GCCAG-GGC------AG--A--A-AG---C--T----AT--GTAG---GGATGGC--GA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-TTT------T---CTTTAC----CGCTTTAATACCTATAGGTTA------TG-GC------CCAG--TGTGCT--A----AA-ATACACCATTA
gi|100061                     :                       AT--TTTC--T--GCCGT-GGT------AT--T--G--G---T--T----AT------------TG-----A---A------AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-GT------TCAG--TGTGCT--A----TA-GTATATCATTA
gi|100062                     :                            TTC--C--TCCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--C----AT--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TGAT-A--A-A-CAGTTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------AA-GT------ACAG--TG--CT----------ATACACCATTgt
gi|100063                     :                                  --GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GCGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CATGTG-TTT------T---CTTTTT----A-----------TGCCAGTTT------TG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-ATATTCCATTA
gi|100064                     :                                           GC------AG--A--G-AGAAAT--T----GT--ATA-----AGTAGT--TATC-G-TG-T-CC-A-A-CAACTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGAT-CA----TT-ATACACCACTA
gi|100065                     :                                       ca-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGCTTTAAT-A-TG-T-AC-A-A-CAGTTG-TTT-----------TTTAC----C-----------TGTCTGTTA-------G-GT------ACTC--TGTTCT-AA----AA-ATACA-CATTAa
gi|100066                     :                                            C------AG--A--G-AG---T--TCGTTAT--GTCA---GTGTGGC--TA---G-TG-T-AC-A-A-AAACTG-TTT------T---CTTTAC----A-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACTGT-TTTTCT-AA----AA-ACATACAATT
gi|100067                     :                                            C------AG--A--T-AA---T--T----AT--G------GAGTGGA--TA---A-TG-T-GT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTCG----T-----------TATCAGTTA------AG-GT------ACAG--TGATCT-TA----AA-ATACACCATTA
gi|100068                     :                                                     --A--G-AC---T--T----TC--GTAG---GAGTGGT--TA---A-CG-T-AC-A-G-AAACTG-TTTA-----TGTACTTTAC----TGTATA------TATCACTTA------CG-TT------TTAG---GTTCT-AA----AT-GTATAACATTA
gi|100069                     :                                                                  --T----AT--GTAG---AAGTGGC--TA---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-GTT------T---TT---C----C-----------TGTCAGTAA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100070                     :                                                                  --T----AT--GTAG---GCGTGGC--TTTT-A-TA-T-AC-A-A-TAGCTG-TTT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTT-------TG-G
gi|100071                     :                                                                           --GTAG---GAGTGGC--TA---T-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTCTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAGACTGTGCT-AA----AA-TTAGACCATTA
gi|100072                     :                                                                                              A---A-TG-T-AC-A-AACGGATG-TAT------A---CTCTAC----C-----------TGTCAGTCA------TG-GT------ACAG--TGTGCTGAA----AA-AGACA
gi|100073                     :                                                                                                   -TG-T-CC-T-A-CATTTG-TTT------T---CTTAAC----G-----------TGTCAGTTG------TG-GT------ACAG--TGTTATAAA----AA-ATACACCATTA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    1  11    22 11   1 0   222222  44 11 0  111 11 2222  44    111       11  444 0  0 0 55 0 1      0 1 222222 111      2222 55555555555         222222  0  7777777   22   1  33 5555  0           
lowQualScore                  :                 .    .  ..    .. ..   . .   ......  .. .. .  ... .. ....  ..    ...       ..  ... .  . . .. . .      . . ...... ...      .... ...........         ......  .  .......   ..   .  .. ....  .           
lowQualScore                  :                 2    9  44    33 33   8 9   444444  66 11 8  555 11 5555  22    444       11  555 8  8 8 44 8 5      8 8 999999 444      5555 88888888888         444444  9  1111111   11   3  11 3333  9           
consensus                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
Reference ( family-444 )      :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100021                     :         TTAAAGGG-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAA-GGC------AG--A--G-AA---T--T----AT--GTAG---GAGTGGA--TA---A-TA-T-A----A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ATAG--TGTTAT-AT----AA-ATATACCATTA
gi|100022                     :         TTAAAGAC-CTAACAT--TTAC--T--ACCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-A--A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTAA-AA----AA-ATACACCATTAat
gi|100023                     :         TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC--T--GCCGC-GGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--ATGG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GTTCAGTGACGG--TGTTCT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100024                     :         TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC--T--GCTGG-GGC------AG--G--C-AG---T--T----GT--GTAG---GAGTGGC--TG---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTTGGTTT------TG-GA------ACAG--TGTTCT-AA----AT-ATACACCATTA
gi|100025                     :         TTAAAGCC-CCAGAAC--TTTC--T--GCCCC-AGC------AGCAA--G-AA---A--T-----T--GTAG---GAGTGGT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAAATA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100026                     :         TTAAACAC-CAAAATC--TTTC--T--GCTGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TC-A-A-CAGCTG-TTA------T---CTTTAT----C-----------TATCAGTTA------CG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-CTACTCCATTat
gi|100027                     :         TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC--T--GCCGC-GGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--ATAG---GGGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTG------TG-GTTCAGTGACGG--TGTACT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100028                     :         TTAAAGACGCCAACAT--TTTA--T--GCTGT-GGT------AG--ACAG-CG---C--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGCTA-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGGTAT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100029                     :         TTAAAGGC-CCAATAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--T-AA---T--T----AC--GTAG---GAGTGGT--TT---A-TG----------GAGTTG-ATT------T---CATTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTCT--A----AA-ATACACCGTTA
gi|100030                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-GG---T--G----AT--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-T-AC-ACG-CAGCTG-TAT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTATACCTGTA-GT------ATAG--TGTGCT-AA----AA-
gi|100031                     :         TTAAAGGC-CTAACAC--ATTA--T--GCCAG-GGT------GG--A--G-AA---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-ATAA-A-TAGCTG-TAT------T---CCTTAC----C-----------TGTCAGTTA------CG-TT------ACAG--TGTCCT--A----AA-ATATACCAT
gi|100032                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GC-GA-AGC------AG--A--G-TA---T--T----TT--GTAG---GAGTGGC--CA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-T-------------TTTAC----T-----------TAT--ATTA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-------AA-ATATACCATTA
gi|100033                     :         TTAAAGGC-CCAA---------------CCAG-GGC------AG--A--C------T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-A-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT--------AG--TGTTCT-AA----CA-ATA
gi|100034                     :         TTAAACGC-CTGACAT--GTTT--T--GTTGA-AGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--CA---G-TG-T-AC-A-A-CAACTG--GT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAT--GGATCT-GA----AA-ATAGACCATTA
gi|100035                     :         TTAAAGGC-CCAAAAG--TTTC--T--GCCAG-GGT------AA--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TG-T-ACAA-A-CATCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------
gi|100036                     :         TTAATGGC-CGAAAAC--CTTCA-T--GCCGG-GGT------AG--A--G-TG---T--A----AT--GTGG---GAGTGGC--TT---A-TT-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---TTCTAC----C-----------TGTCCATTG------TG-GT-------CAG--TATGCT-AA----AA-ATAGTCCAT
gi|100037                     :         TTAAAGGT-CCAATAC--TTTT--T--GCCGG-GGC------AG--T--G-AT---T--T----AT--GTAG---TAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------
gi|100038                     :         TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC--C--GCCAG-AGT------AG--A--C-AG---T--G----AC--GTAA---AAATGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGATGTTTT------T---CTTTAC----C-----------TGCAAGTTA------CG----------------GTTCT-AA----AA-TCACACAACTA
gi|100039                     :         TTAAAAGG-CCAAAACCCTTCC--T--GCATC-GGC------AA--A--A-AG---T--T----AT--GAAG---GAGATGC--TA---C-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTCT----C-----------T-----------------GT------ACAG--TGTGCT-GA----AA-TTAGACCAT
gi|100040                     :         TTAAAGGC-CCAAAGC--TTCC--T--GCCCC-GGT------AG--A--A-AA---A--T----AT--GCAG---AAGTTGC--TT---A-TC-T-GG-A-A-CAG---------------------------C-----------TGTCAGTAA------TG-GT------ACAG--TGTGCT-AA----AA-TTAGACCgataat
gi|100041                     :         TTAAAGGT-CCAAAGC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--T----AT--GCAG---GTGTAGC--TA---A-TG-A-AT-A-A-GGGCTG-TCT------A---CTTTAA----C-----------T
gi|100042                     :         TTAAAGGC-CCACAAC--TTTC--T--GCCCC-AACCCCGTGAA--A--G-AA---A--T-----T--GTAA---GATTGAC--GACATA-TG-T-A---------TTA-TTT------T---CTTTAC-----------------ATCAGTTA------TA-AT------ACAG--TGTGCT-TC----AA-ATAGACTATTA
gi|100043                     :         TTATAGGT-CAAACAT--TTTC--T--ACGGA-GGC------AG--A--G-AG---T--T----GT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-C-AT-A-G-CCGC-G-TTT------
gi|100044                     :         TTAAAGAT-GCAAAAC--ATTC--T--GTCTG-GGC------AGCAA--C-AA---A--T-----T--GTAG---GATAGGG--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-T----------------AC----A-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-CTACA
gi|100045                     :         TTAAAGGT-GCAATAC--TTTC--T--GCCCG-GGC------AGCAA--GAAG---T--TG---AC--TTGG---TAG------TA---ATTG-T-AT-A-A-AAATTG-TTT------T---TTGTACAGGTC-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TTAG--TGTGCT-AG----AA-ATAtgtttaat
gi|100046                     :         TTAAAA-C-TCAACAT--TCCC--T--GCCCT-GGT------AG--G--G-A----TAAT----AT--GTAG---AAGTGGC--TA---T-CA-T-AT-A-A-CAACTA-T-------------TCTGC----C-----------AATCAGTTA------TACTT------GCAA--TGTGTT-AA----AATATA
gi|100047                     :         TTAAAG-C-CCAACAT--TTTC--T--GGCAG-GGC------AG--A--C-AG---T--G----AT--GTAG---GA-T------------------------CAGCTG-TTT------T---CTATAC----C-----------GGTC
gi|100048                     :          TAAAGGC-CTAACAT--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--T----AT--GAAG---GCGTGGC--TA---A-TG-C-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TT-GT------ACAA--TGTTCT-AA----AT-ATACACTATTAcatggagcgtttt
gi|100049                     :          TAAAGCC-TTTACAC--TTTC--T--GCCTG-GGC------AG--G--G-AG---A--A----ATT-GTAA---GAGAGTT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGA--------------------GCA---C-----------TGCCAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATAAACCATTAat
gi|100050                     :           AAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GAGTTGC--TT---A-TC-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TG-GT------ATAA--TGTGCT-AA----AA-Aat
gi|100051                     :           AAAGGC-CCAAACC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--A-AG---T--A----AC--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-TAAA-A-A-CAGTTG-TAT------T---CATTAC----C-----------TGTCTGTTA------TG-GT------ACAT--TTTACT-AA----AA-ATAGAC
gi|100052                     :                C-CCAAAAT--CTCC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-AACAGCTA-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TA-GT------ACAA--TGTGCT-AA----AA-ATAGACCAT
gi|100053                     :                 -CCAGAGC--ATTCGAT--CCCGGCAGC------AA--G--A-AA---T--T--------GTAG---AAGTGTT--TT-----TG-T-TT-A-A-CAGCTT-CTTAACATGT---CTTAAC----A-----------TGTCAGTTA------AG-AT-------CAG--TGTGCT-AA----AA--TACACCATTA
gi|100054                     :                              C--T--ACCGG-G--------AG--A--A-AT---T--T---------TAG---GAATGGT--TA---C-AG-G-AT-A-A-CAGTTG-TAT------T---ATGTAC----C-----------TTTTAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGTT-AA----GA-ATTCTCCATTAat
gi|100055                     : ctaacaatttctgcca-CTAAAAT--TTTC--T--TACTG-GGC------AG--T--G-AG---T--A----ATT-GTAG---TAGTGGA--TA---T-TG-C-AT-A-A-CAGCTG-TGT------T---CTATAat
gi|100056                     :                    AACAC--TTTC--T--TTCCC-GAC------AG--C--A-AG---C--A----ATT-GTAG---GAGCCGT--TA---T-TG-T-TT-G-G-CAGCTG-TTT------T---CTGTAT----C-----------TGTCAGT
gi|100057                     :                     AAAC--TTTC--T--GCCCC-GGC------AG--G--A-AG---T--T----ATCAGTTG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CCCTAC----C-----------TATTAGTTA------TG-GC------ACAT--TGTGAT-AACAT-AA-A---ACCATTAgctagaatacaccgattaa
gi|100058                     :                     AAAC--TTTC--T--GTCAC-GGC------AGCAA--G-AA---A--T-----T--GTAG---GAG----------------------------CTG-TTT------T---CTATAC----C-----------TGTCAGTTA------GA-TT------TCAG--TGAGCT-------AA-ATACACCATTA
gi|100059                     :                     AAAC--TTTC--TCTGCCCC-TGT------AG--A--G-AG---A--T----ATT-GCAGTGCAAGTTG---TC---A-TG----C-A-T-CAG-TG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-TT-------CAA--TGTACT-GA----AG-GTATAat
gi|100060                     :                       AT--TTCC--T--GCCAG-GGC------AG--A--A-AG---C--T----AT--GTAG---GGATGGC--GA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-TTT------T---CTTTAC----CGCTTTAATACCTATAGGTTA------TG-GC------CCAG--TGTGCT--A----AA-ATACACCATTA
gi|100061                     :                       AT--TTTC--T--GCCGT-GGT------AT--T--G--G---T--T----AT------------TG-----A---A------AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-GT------TCAG--TGTGCT--A----TA-GTATATCATTA
gi|100062                     :                            TTC--C--TCCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--C----AT--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TGAT-A--A-A-CAGTTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------AA-GT------ACAG--TG--CT----------ATACACCATTgt
gi|100063                     :                                  --GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GCGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CATGTG-TTT------T---CTTTTT----A-----------TGCCAGTTT------TG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-ATATTCCATTA
gi|100064                     :                                           GC------AG--A--G-AGAAAT--T----GT--ATA-----AGTAGT--TATC-G-TG-T-CC-A-A-CAACTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGAT-CA----TT-ATACACCACTA
gi|100065                     :                                       ca-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGCTTTAAT-A-TG-T-AC-A-A-CAGTTG-TTT-----------TTTAC----C-----------TGTCTGTTA-------G-GT------ACTC--TGTTCT-AA----AA-ATACA-CATTAa
gi|100066                     :                                            C------AG--A--G-AG---T--TCGTTAT--GTCA---GTGTGGC--TA---G-TG-T-AC-A-A-AAACTG-TTT------T---CTTTAC----A-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACTGT-TTTTCT-AA----AA-ACATACAATT
gi|100067                     :                                            C------AG--A--T-AA---T--T----AT--G------GAGTGGA--TA---A-TG-T-GT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTCG----T-----------TATCAGTTA------AG-GT------ACAG--TGATCT-TA----AA-ATACACCATTA
gi|100068                     :                                                     --A--G-AC---T--T----TC--GTAG---GAGTGGT--TA---A-CG-T-AC-A-G-AAACTG-TTTA-----TGTACTTTAC----TGTATA------TATCACTTA------CG-TT------TTAG---GTTCT-AA----AT-GTATAACATTA
gi|100069                     :                                                                  --T----AT--GTAG---AAGTGGC--TA---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-GTT------T---TT---C----C-----------TGTCAGTAA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100070                     :                                                                  --T----AT--GTAG---GCGTGGC--TTTT-A-TA-T-AC-A-A-TAGCTG-TTT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTT-------TG-G
gi|100071                     :                                                                           --GTAG---GAGTGGC--TA---T-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTCTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAGACTGTGCT-AA----AA-TTAGACCATTA
gi|100072                     :                                                                                              A---A-TG-T-AC-A-AACGGATG-TAT------A---CTCTAC----C-----------TGTCAGTCA------TG-GT------ACAG--TGTGCTGAA----AA-AGACA
gi|100073                     :                                                                                                   -TG-T-CC-T-A-CATTTG-TTT------T---CTTAAC----G-----------TGTCAGTTG------TG-GT------ACAG--TGTTATAAA----AA-ATACACCATTA


blockSeqs                     :                 G    C  CC    GA CT   G     CCCGTG  CA CA    AAA AA CGTT  CA    TGC       TT  CAT        TA   A        T AACATG GTA      AGGT GCTTTAATACC         TACCTG     TCAGTGA   AC   T  GA AAAT
blockSeqs                     :                 .    A  .     A  .    G     .       CA .     .   .  G     T     .         .   TC         CA   A        T A      .        A    GTATA               .          TCAGTGA   T    T  AA AAAT
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    G     .       CA .     .   .  .     T     .         .   AT         CA   .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  CAT 
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    C     .       CA .     .   .  .     T     .         .   TT         CA   .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     T     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          T         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          A    .        T .      .        .    .                   .          A         .    A  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                 .    T  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          A    .        A .      .        .    .                   .          A         .    C  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        G .      .        .    .                   .          A         .    T  G  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    T  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  G  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          A    .        T .      .        .    .                   .          T         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .          T         .    G  T  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    T     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          G    .        C .      .        .    .                   .          G         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          T         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                 .    T  .     .  .    T     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .          T         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        A .      .        .    .                   .          A         .    A  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          A    .        A .      .        .    .                   .          T         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          C         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    T     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        A .      .        .    .                   .          T         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        G .      .        .    .                   .          A         .    G  G  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        A .      .        .    .                   .          T         .    A  C  .   
blockSeqs                     :                 .    A  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                 .    C  .     .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                      A  .     .  .    T     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  T  .   
blockSeqs                     :                      A  .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          A    .        T .      .        .    .                   .          T         .    G  A  .   
blockSeqs                     :                      A  .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                      .  .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  A  .   
blockSeqs                     :                         .     .  .    C     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  .  .   
blockSeqs                     :                         .     .  .    A     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          A         .    T  .  .   
blockSeqs                     :                               .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          T    .        T .      .        .    .                   .          .         .    T  .  .   
blockSeqs                     :                               .  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          .         .    G  .  .   
blockSeqs                     :                                  .    G     .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          A    .        T .      .        .    .                   .          .         .    G  .  .   
blockSeqs                     :                                             .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          .         .    T  .  .   
blockSeqs                     :                                             .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        T .      .        .    .                   .          .         .    .  .  .   
blockSeqs                     :                                             .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .                                   
blockSeqs                     :                                             .       .  .     .   .  .     .     .         .   .          C    .        A .      .        .    .                   .                                   
blockSeqs                     :                                                     .  .     .   .  .     .     .         .   .          .    .        T .      .        .    .                                                       
blockSeqs                     :                                                                  .  .     .     .         .   .          .    .        . .      .        .    .                                                       
blockSeqs                     :                                                                  .  .     .     .         .   .          .    .        . .      .        .    .                                                       
blockSeqs                     :                                                                           .     .         .   .          .    .        . .      .                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                               .          .    .        . .                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                          .    .        . .                                                                            


blockSeqCons                  :                                                                                                          C*
originalCons                  :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
finalCons                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    1  11    22 11   1 0   222222  44 11 0  111 11 2222  44    111       11  444 0  0 0 55 0 1      0 1 222222 111      2222 55555555555         222222  0  7777777   22   1  33 5555  0           
lowQualScore                  :                 .    .  ..    .. ..   . .   ......  .. .. .  ... .. ....  ..    ...       ..  ... .  . . .. . .      . . ...... ...      .... ...........         ......  .  .......   ..   .  .. ....  .           
lowQualScore                  :                 2    9  44    33 33   8 9   444444  66 11 8  555 11 5555  22    444       11  555 8  8 8 44 8 5      8 8 999999 444      5555 88888888888         444444  9  1111111   11   3  11 3333  9           
consensus                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
Reference ( family-444 )      :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTNCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100021                     :         TTAAAGGG-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAA-GGC------AG--A--G-AA---T--T----AT--GTAG---GAGTGGA--TA---A-TA-T-A----A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ATAG--TGTTAT-AT----AA-ATATACCATTA
gi|100022                     :         TTAAAGAC-CTAACAT--TTAC--T--ACCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-A--A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTAA-AA----AA-ATACACCATTAat
gi|100023                     :         TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC--T--GCCGC-GGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--ATGG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GTTCAGTGACGG--TGTTCT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100024                     :         TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC--T--GCTGG-GGC------AG--G--C-AG---T--T----GT--GTAG---GAGTGGC--TG---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTTGGTTT------TG-GA------ACAG--TGTTCT-AA----AT-ATACACCATTA
gi|100025                     :         TTAAAGCC-CCAGAAC--TTTC--T--GCCCC-AGC------AGCAA--G-AA---A--T-----T--GTAG---GAGTGGT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAAATA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100026                     :         TTAAACAC-CAAAATC--TTTC--T--GCTGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TC-A-A-CAGCTG-TTA------T---CTTTAT----C-----------TATCAGTTA------CG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-CTACTCCATTat
gi|100027                     :         TTAAATGT-CGAAAAC--GTTC--T--GCCGC-GGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--ATAG---GGGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTG------TG-GTTCAGTGACGG--TGTACT-AAAAATAA-ATACACCATTA
gi|100028                     :         TTAAAGACGCCAACAT--TTTA--T--GCTGT-GGT------AG--ACAG-CG---C--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGCTA-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGGTAT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100029                     :         TTAAAGGC-CCAATAC--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--T-AA---T--T----AC--GTAG---GAGTGGT--TT---A-TG----------GAGTTG-ATT------T---CATTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAG--TGTTCT--A----AA-ATACACCGTTA
gi|100030                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-GG---T--G----AT--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-T-AC-ACG-CAGCTG-TAT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTATACCTGTA-GT------ATAG--TGTGCT-AA----AA-
gi|100031                     :         TTAAAGGC-CTAACAC--ATTA--T--GCCAG-GGT------GG--A--G-AA---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-T-ATAA-A-TAGCTG-TAT------T---CCTTAC----C-----------TGTCAGTTA------CG-TT------ACAG--TGTCCT--A----AA-ATATACCAT
gi|100032                     :         TTAAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GC-GA-AGC------AG--A--G-TA---T--T----TT--GTAG---GAGTGGC--CA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-T-------------TTTAC----T-----------TAT--ATTA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-------AA-ATATACCATTA
gi|100033                     :         TTAAAGGC-CCAA---------------CCAG-GGC------AG--A--C------T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--TT---A-TG-A-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT--------AG--TGTTCT-AA----CA-ATA
gi|100034                     :         TTAAACGC-CTGACAT--GTTT--T--GTTGA-AGC------AG--A--G-GG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGC--CA---G-TG-T-AC-A-A-CAACTG--GT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAT--GGATCT-GA----AA-ATAGACCATTA
gi|100035                     :         TTAAAGGC-CCAAAAG--TTTC--T--GCCAG-GGT------AA--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TG-T-ACAA-A-CATCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------
gi|100036                     :         TTAATGGC-CGAAAAC--CTTCA-T--GCCGG-GGT------AG--A--G-TG---T--A----AT--GTGG---GAGTGGC--TT---A-TT-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---TTCTAC----C-----------TGTCCATTG------TG-GT-------CAG--TATGCT-AA----AA-ATAGTCCAT
gi|100037                     :         TTAAAGGT-CCAATAC--TTTT--T--GCCGG-GGC------AG--T--G-AT---T--T----AT--GTAG---TAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TTT------
gi|100038                     :         TTAAAGGC-CCAACAT--TTTC--C--GCCAG-AGT------AG--A--C-AG---T--G----AC--GTAA---AAATGGC--TA---A-TG-T-TA-A-A-CAGATGTTTT------T---CTTTAC----C-----------TGCAAGTTA------CG----------------GTTCT-AA----AA-TCACACAACTA
gi|100039                     :         TTAAAAGG-CCAAAACCCTTCC--T--GCATC-GGC------AA--A--A-AG---T--T----AT--GAAG---GAGATGC--TA---C-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTCT----C-----------T-----------------GT------ACAG--TGTGCT-GA----AA-TTAGACCAT
gi|100040                     :         TTAAAGGC-CCAAAGC--TTCC--T--GCCCC-GGT------AG--A--A-AA---A--T----AT--GCAG---AAGTTGC--TT---A-TC-T-GG-A-A-CAG---------------------------C-----------TGTCAGTAA------TG-GT------ACAG--TGTGCT-AA----AA-TTAGACCgataat
gi|100041                     :         TTAAAGGT-CCAAAGC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--T----AT--GCAG---GTGTAGC--TA---A-TG-A-AT-A-A-GGGCTG-TCT------A---CTTTAA----C-----------T
gi|100042                     :         TTAAAGGC-CCACAAC--TTTC--T--GCCCC-AACCCCGTGAA--A--G-AA---A--T-----T--GTAA---GATTGAC--GACATA-TG-T-A---------TTA-TTT------T---CTTTAC-----------------ATCAGTTA------TA-AT------ACAG--TGTGCT-TC----AA-ATAGACTATTA
gi|100043                     :         TTATAGGT-CAAACAT--TTTC--T--ACGGA-GGC------AG--A--G-AG---T--T----GT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-C-AT-A-G-CCGC-G-TTT------
gi|100044                     :         TTAAAGAT-GCAAAAC--ATTC--T--GTCTG-GGC------AGCAA--C-AA---A--T-----T--GTAG---GATAGGG--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGCTG-T----------------AC----A-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-CTACA
gi|100045                     :         TTAAAGGT-GCAATAC--TTTC--T--GCCCG-GGC------AGCAA--GAAG---T--TG---AC--TTGG---TAG------TA---ATTG-T-AT-A-A-AAATTG-TTT------T---TTGTACAGGTC-----------TGTTAGTTA------GG-TT------TTAG--TGTGCT-AG----AA-ATAtgtttaat
gi|100046                     :         TTAAAA-C-TCAACAT--TCCC--T--GCCCT-GGT------AG--G--G-A----TAAT----AT--GTAG---AAGTGGC--TA---T-CA-T-AT-A-A-CAACTA-T-------------TCTGC----C-----------AATCAGTTA------TACTT------GCAA--TGTGTT-AA----AATATA
gi|100047                     :         TTAAAG-C-CCAACAT--TTTC--T--GGCAG-GGC------AG--A--C-AG---T--G----AT--GTAG---GA-T------------------------CAGCTG-TTT------T---CTATAC----C-----------GGTC
gi|100048                     :          TAAAGGC-CTAACAT--TTTC--T--GCCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--T----AT--GAAG---GCGTGGC--TA---A-TG-C-AC-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TT-GT------ACAA--TGTTCT-AA----AT-ATACACTATTAcatggagcgtttt
gi|100049                     :          TAAAGCC-TTTACAC--TTTC--T--GCCTG-GGC------AG--G--G-AG---A--A----ATT-GTAA---GAGAGTT--TA---T-TG-T-AT-A-A-CAGA--------------------GCA---C-----------TGCCAGTTA------GG-TT------TCAA--TGTGCT-AA----AA-ATAAACCATTAat
gi|100050                     :           AAAGGC-CCAAAAC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GAGTTGC--TT---A-TC-T-ACAA-A-CAGCTG-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCCGTTA------TG-GT------ATAA--TGTGCT-AA----AA-Aat
gi|100051                     :           AAAGGC-CCAAACC--TTTC--T--GCCAG-GGT------AG--A--A-AG---T--A----AC--GTAG---GAGTAGC--TA---A-TG-TAAA-A-A-CAGTTG-TAT------T---CATTAC----C-----------TGTCTGTTA------TG-GT------ACAT--TTTACT-AA----AA-ATAGAC
gi|100052                     :                C-CCAAAAT--CTCC--T--GCCAG-GGT------AG--A--G-AG---T--A----AT--GTAG---GAGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-AACAGCTA-TAT------T---CTTTAC----C-----------TGTCAGTTA------TA-GT------ACAA--TGTGCT-AA----AA-ATAGACCAT
gi|100053                     :                 -CCAGAGC--ATTCGAT--CCCGGCAGC------AA--G--A-AA---T--T--------GTAG---AAGTGTT--TT-----TG-T-TT-A-A-CAGCTT-CTTAACATGT---CTTAAC----A-----------TGTCAGTTA------AG-AT-------CAG--TGTGCT-AA----AA--TACACCATTA
gi|100054                     :                              C--T--ACCGG-G--------AG--A--A-AT---T--T---------TAG---GAATGGT--TA---C-AG-G-AT-A-A-CAGTTG-TAT------T---ATGTAC----C-----------TTTTAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGTT-AA----GA-ATTCTCCATTAat
gi|100055                     : ctaacaatttctgcca-CTAAAAT--TTTC--T--TACTG-GGC------AG--T--G-AG---T--A----ATT-GTAG---TAGTGGA--TA---T-TG-C-AT-A-A-CAGCTG-TGT------T---CTATAat
gi|100056                     :                    AACAC--TTTC--T--TTCCC-GAC------AG--C--A-AG---C--A----ATT-GTAG---GAGCCGT--TA---T-TG-T-TT-G-G-CAGCTG-TTT------T---CTGTAT----C-----------TGTCAGT
gi|100057                     :                     AAAC--TTTC--T--GCCCC-GGC------AG--G--A-AG---T--T----ATCAGTTG---GAGTGGC--AA---A-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CCCTAC----C-----------TATTAGTTA------TG-GC------ACAT--TGTGAT-AACAT-AA-A---ACCATTAgctagaatacaccgattaa
gi|100058                     :                     AAAC--TTTC--T--GTCAC-GGC------AGCAA--G-AA---A--T-----T--GTAG---GAG----------------------------CTG-TTT------T---CTATAC----C-----------TGTCAGTTA------GA-TT------TCAG--TGAGCT-------AA-ATACACCATTA
gi|100059                     :                     AAAC--TTTC--TCTGCCCC-TGT------AG--A--G-AG---A--T----ATT-GCAGTGCAAGTTG---TC---A-TG----C-A-T-CAG-TG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-TT-------CAA--TGTACT-GA----AG-GTATAat
gi|100060                     :                       AT--TTCC--T--GCCAG-GGC------AG--A--A-AG---C--T----AT--GTAG---GGATGGC--GA---A-TG-T-AC-A-A-CAGATG-TTT------T---CTTTAC----CGCTTTAATACCTATAGGTTA------TG-GC------CCAG--TGTGCT--A----AA-ATACACCATTA
gi|100061                     :                       AT--TTTC--T--GCCGT-GGT------AT--T--G--G---T--T----AT------------TG-----A---A------AA-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-GT------TCAG--TGTGCT--A----TA-GTATATCATTA
gi|100062                     :                            TTC--C--TCCGG-GGC------AG--A--C-AG---T--C----AT--GTAG---GTGTGGC--TT---A-TGAT-A--A-A-CAGTTG-TTT------T---CTTTAC----T-----------TGTCAGTTA------AA-GT------ACAG--TG--CT----------ATACACCATTgt
gi|100063                     :                                  --GCCGG-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GCGTGGC--TA---A-TG-T-AC-A-A-CATGTG-TTT------T---CTTTTT----A-----------TGCCAGTTT------TG-GT------ACAG--TGTTCT-AA----AA-ATATTCCATTA
gi|100064                     :                                           GC------AG--A--G-AGAAAT--T----GT--ATA-----AGTAGT--TATC-G-TG-T-CC-A-A-CAACTG-TTT------T---CTGTAC----C-----------TGTCAGTTA------GG-TT------TCAG--TGTGAT-CA----TT-ATACACCACTA
gi|100065                     :                                       ca-GGC------AG--A--G-AG---T--T----AT--GTAG---GAGTGGCTTTAAT-A-TG-T-AC-A-A-CAGTTG-TTT-----------TTTAC----C-----------TGTCTGTTA-------G-GT------ACTC--TGTTCT-AA----AA-ATACA-CATTAa
gi|100066                     :                                            C------AG--A--G-AG---T--TCGTTAT--GTCA---GTGTGGC--TA---G-TG-T-AC-A-A-AAACTG-TTT------T---CTTTAC----A-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACTGT-TTTTCT-AA----AA-ACATACAATT
gi|100067                     :                                            C------AG--A--T-AA---T--T----AT--G------GAGTGGA--TA---A-TG-T-GT-A-A-CAGCTG-TTT------T---CTTTCG----T-----------TATCAGTTA------AG-GT------ACAG--TGATCT-TA----AA-ATACACCATTA
gi|100068                     :                                                     --A--G-AC---T--T----TC--GTAG---GAGTGGT--TA---A-CG-T-AC-A-G-AAACTG-TTTA-----TGTACTTTAC----TGTATA------TATCACTTA------CG-TT------TTAG---GTTCT-AA----AT-GTATAACATTA
gi|100069                     :                                                                  --T----AT--GTAG---AAGTGGC--TA---A-TG-T-AA-A-A-CAGCTG-GTT------T---TT---C----C-----------TGTCAGTAA------TG-TT------ACAG--TGTTTT-AA----AA-ATACACCATTA
gi|100070                     :                                                                  --T----AT--GTAG---GCGTGGC--TTTT-A-TA-T-AC-A-A-TAGCTG-TTT------T---ATTTAC----C-----------TGTCAGTT-------TG-G
gi|100071                     :                                                                           --GTAG---GAGTGGC--TA---T-TG-T-AC-A-A-CAGCTG-TAT------T---CTCTAC----C-----------TGTCAGTTA------TG-GT------ACAGACTGTGCT-AA----AA-TTAGACCATTA
gi|100072                     :                                                                                              A---A-TG-T-AC-A-AACGGATG-TAT------A---CTCTAC----C-----------TGTCAGTCA------TG-GT------ACAG--TGTGCTGAA----AA-AGACA
gi|100073                     :                                                                                                   -TG-T-CC-T-A-CATTTG-TTT------T---CTTAAC----G-----------TGTCAGTTG------TG-GT------ACAG--TGTTATAAA----AA-ATACACCATTA