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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Alignments
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blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   A             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   A             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             C          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             A          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             A          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             A          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             A          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             C          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   C             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   G             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   A             T          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             C          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             A          . 
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             G            
blockSeqs                     :                                    .                     .   T             .            
blockSeqs                     :                                    .                     .                              
blockSeqs                     :                                    .                                                    
blockSeqs                     :                                    .                                                    
blockSeqs                     :                                    .                                                    
blockSeqs                     :                                    .                                                    
blockSeqs                     :                                    .                                                    
blockSeqs                     :                                    .                                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GAGTTGCGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCC-----------GGTTCG-A-TTCC--C-GGTGGG
finalCons                     : GAGTTGCGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCC-----------GGTTCG-A-TTCC--C-GGTGGG





Alignments
lowQualScore                  :                 0   0  0           11   0              0 11  444444444444  1   0 0    11 0      
lowQualScore                  :                 .   .  .           ..   .              . ..  ............  .   . .    .. .      
lowQualScore                  :                 7   7  7           00   7              8 11  444444444444  0   8 8    22 9      
consensus                     : GAGTTGCGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCC-----------GGTTCG-A-TTCC--C-GGTGGG
Reference ( family-431 )      : GAGTTGCGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCC-----------GGTTCG-A-TTCC--C-GGTGGG
gi|95453                      : GAGTTGCGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCATG--CTC-CAAGACCAAGAGGC-T--CTA-----------GGTTCA-A-TTCC--A-GGTGGG
gi|95454                      : GAGTTGCGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCATG--CTC-CATGACCCAGAGGC-T--CTA-----------GGTTCA-A-TTCC--C-GGTGGG
gi|95455                      : GAATTGTGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTT-CAAGACCTAGAGCT-C--CCC-----------GGTTCG-A-TTCC--T-GGTGGG
gi|95456                      : GAGTTGTGGTGGTCAA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCAAGAGGT-T--CCT-----------GATTCA-A-TTCC--T-GCTGGG
gi|95457                      : GAGTTGTGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCTAGAGGC-CTGCCCTCAAACCTCTGGGTTCG-A-TTCC--T-GGTGGG
gi|95458                      : GAGTTGTGGTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATATTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--ATC-----------AGTTCA-C-CACC--T-GGTGGG
gi|95459                      : GAGTTATGGGGTTCTA-ATG-GT-TAGCATGCTTG--CTT-CAAGACCAAGAGGT-C--CCC-----------GATTCA-A-TTCC--C-AGT
gi|95460                      : GAGTTGCGGTGCTTTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCGGAGGT----ACT-----------GGATCG-A-TTCT--C-GGAGGG
gi|95461                      : GAGCCGTGGTTGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTT--CTC-CAAGACCTAGACGT-C--CCA-----------GGATCG-A-TTTC--T-GGCGGG
gi|95462                      : GAGTAGCGGTGCTTTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCGGAGGT-T--ATA-----------GA-TCG-A-TTCT--C-GGAGGG
gi|95463                      : GAGCTGCGGTGGTCCA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-AAAGTCCCAGAGGT-C--CCC-----------TGATCG-A-TTAC--C-G
gi|95464                      : GATTCGTGGTGATCTG-GAG-GT-TAGCACGCTTG--CTC-CAAGACCAAGAGGT-C--CCT-----------GGATCG-A-TTAC--T-GGTGG
gi|95465                      : GAGTTG--G-GGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTGTGCTC-CATGACCCAGAGGT-A--CCA-----------GATTTA-A-TTCC--C-AATG
gi|95466                      : GAGTAGCGTTGGTCTA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTT-CTAGACCATGAGGT-C--CCC-----------GTTTTG-A-TTCC--
gi|95467                      : GAGTTGCAGTCTTCTA-GTG-GT-TAACATGCTTG--CTC-CAAGTCCTAGAGGT-C--CCC-----------AAATTG-A-TTCC--C-GG
gi|95468                      : GAGTCATGGTGGTCAA-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTT-TAAAACCTAGAGGT-C--CCT-----------GGATTG-A-TCCC--T-GGTAG
gi|95469                      : GAGTTGCAGTTGTGTA-GTG-GA-TAGCATGCATG--CTC-CAATACCAAGAGGT-C--CCA-----------GCT--G-A-TTCC--T-GG
gi|95470                      : GAGTTCTGGTGGACTG-GTG-GT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACTGAGAG
gi|95471                      : GAGTTATGCTAGTCTA-GTT-GT-TAGTATGCTTG--CTG-CAATACCCAGAGGT-T--TCT-----------GGTTTG-A-TTCC--T-GGTG
gi|95472                      : GAGTTGTGGTGGTCTG-GTA-GT-TGAAATGCTTA--CTC-CAAGATTCAAAGGT----CCG-----------GGTTCA-A-T
gi|95473                      : GAATTATGGTGGTCCA-GTG--T-TAGCATGCTTG--CTA-AAAGAACCAGCGGT-C--CCC-----------TGTTCA-A-TTCT--T-GGTG
gi|95474                      : GAGTTACGGTGGTCTA-GTG-GT-TGCCATGCTCG--CTC-CAAAGCTCGGAGA--C--ACC-----------GGATCG-A-TTCC--CTGGTGGG
gi|95475                      : GAGTTTCAGTGGTAT---TG-GT-TAGCATGTTTG--CTC-CAAGAACCAGAGGT-T--CCC-----------GGTTAA-A-TTGC--C-AGCAGG
gi|95476                      : GAGTTGC-----TTTA-TTG-GT-TAGCAAGCTTG--CTC-CAAGACCCGGAAGT----TCT-----------GGATCG-A-TTCC--C-AGAGGG
gi|95477                      : GAGTTGCCTTTGTCTG-GTG-GT-TAGCATACTTC--CTC-CAAGACCAAGAGGT-
gi|95478                      : GAGTTGCTGTGGT-TA--------TAGCATGTTTG--ACC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCC-----------AGTTTG-A-TTTC--C-GTTGGG
gi|95479                      : GAGTTGCGGTGGTCTA-TTA-GT-AAGCATGCTTG--CTT-CAATACACAGAGGT-
gi|95480                      : GAGGTGCAGTAGTCTA-GTG-GT-TAGCATACTTG--CTC-CAAGAact
gi|95481                      : GAGATCCAGTGGTCTA-GAG-GT-TTGCATGCTTG--CTC-GAATACCCAAAGGT-C--CCC-----------AGATAG-A-TTTC--C-AGTGGG
gi|95482                      : GAGTTGCAGTAGTCTC-TTG-GT-AAACATGCTTG--TAT-CAAAGCCTAAAGGT-C--CCA-----------GGTTCG-C-TTCC--C-ACTAGG
gi|95483                      : GAGCCGCGGTGGCCCA-GTG-GT-TAGCGTGTTCG--CTC-TTTGATTGGAAGGT-C--GCA-----------AGTTCGAA-TTCC--
gi|95484                      : GAGTTCCAATGTTTTA-ATG-TT-TAGCATGCTTG--CTA-CAAGACCAAAATGT-C--CCC-----------GGTTAG-AGTTCC--
gi|95485                      : GAGTTGCGTTGGTCTA-GTA-GT-TGACATGCTAA--CGT-CAAGACCCAGAGGT-
gi|95486                      :  AGTTACGGTGGTTAA-GTG-GT--AGCATGCTTG--CTC-AAAAACCCATATAC-C--CAC-----------GGCTCG-A-TTCT--C-GGAGG
gi|95487                      :  AATTGTGGTGGTCTA-GCG-GT-TATTATTATTG--CTC-CAAGACCCAGCGGT-C--CTC-----------GGATCG-A-TTCC--C-GGTGGG
gi|95488                      :  AGTTGTGGTGGTCTA-GTG-AT-TAGCATACTTG--CCC-CTGGACCTACAGAT-----CC-----------AGTTCG-A-TTCC--T-GGTGG
gi|95489                      :  AGCTGCGGTGGCCAT-GTT-GT-TAGCATGCTTG--CAC-CAAGGTACAGAGGT-C--CCC-----------GGTTCG-A-TTTC--C-G
gi|95490                      :  AGTTGCTGCTATCTA-GCG-GT-TAGAATACTTG--CTC-CAA---------GT-C--CCT-----------GGTTCA-A-TTCC--C-AGTGG
gi|95491                      :  AATTGCGGTGATCTG-GTG-GA-TAGCATGCTTT--GTC-CAACAACCAGAGGT-C--CCC-----------AGTGTG-A-TTCC--T-G
gi|95492                      :  AGTTGCAGTGGTGTA-GTG-TT-TGATATGCTTA--CTC-CAAGACCCAGA-AT-C--TCT-----------GGTATG-A-TACC--C-GATGGG
gi|95493                      :   GTTG-GGTGATCTA-GTG-AT-TGGCATGGGTG--CTC-CAAGACCCAGACGT-C--CC
gi|95494                      :    TTGCTGTTGTCTA-GTG-GT-AAGCATACTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--TCC-----------GGTTCG-A-TTCC--T-GGTGGtagg
gi|95495                      :    TTGTGGTGGTCTA-GTG-GT-TTGTATGCTTG--CTT-CAAGACCAAGAGGT-C--CCC-----------GTATCG-A-TTCC--A-AGTGGG
gi|95496                      :     TGTGGTAGTCTA-GTT-GA-TAGCATGATTG--CTC-CACAACCGAGAGGT-T--CCC------------GTTGG-A-TTTC--C-G
gi|95497                      :        GGTGGTCAC-GTG-CT-TAGCATGCTTG--CTC-CAAGACCCGGATGT-C--TCC-----------TGATCG-A-TTCC--C-GGTGGG
gi|95498                      :        GGTGATCTA-GTG-GA-TAGCATG-TTG--CCC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCT-----------AGATCG-A-TTC
gi|95499                      :         GTGGTCTA-GTG-GT-TGGCATGCTTG--TTC-TTAGACCCAGATGT-C--CTT-----------GGTTCG-A-TTCC--C-GGTAGG
gi|95500                      :         GTGCTTTATGTG-GT-TAGGATGCTTG--CTG-CAAGACCCAGATGTCC--CCC-----------GGCTC--A-TTCC--T-GATGGG
gi|95501                      :         GTGGTCTA-GTG-GTAGAGCAT-CTGC--CTCGCATG--CGGGAGGT-C--GTG-----------GGTTCA-A-TTCC--C-GG
gi|95502                      :          TGGTTTA-GTG-GT-TAAAGCGTCCG--CCC-CGAAAGCGGGAGGT-C--AAA-----------GGTTCG-A-ATCC--C-GGTGG
gi|95503                      :           GATTTA-TTGAGT-TACCGTACTTG--CTC-CAAGGCCCAGAGGT-C--CCT-----------GCTT-G-A-TTCC--C-GGTGGG
gi|95504                      :             TCTA-GTG-GT-TAGCAGGTTTG--CTT-CATGACTCAGAGAT-C--CCT-----------GGCTCG-A-TTCC--T-GGTGGG
gi|95505                      :              CTA-ATG-GT-TAGCATGTTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-----CT-----------GGACCG-A-TTCC--C-GGTG
gi|95506                      :               TA-GTG-GT-TAGCATTCTTG--CTT-CAAGACCCAGAAGT-
gi|95507                      :                        -TAG-ATTCTTG--CTC-CAAGACCCAGAGGT-C--CCT-----------GGGTCG-A-TTCCCAC-GGTGGGacagattactacagtacccggt