lowQualScore : 111
lowQualScore : 111 4444 555555555 000 111
lowQualScore : ... .... ......... ... ...
lowQualScore : 333 3333 555555555 333 333
consensus : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------GGAGCATATCGACCTAATGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Reference ( gi|17157 ) : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------GAAGCATATCGACCTAATGCC-A-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17159 : ATTATAGAA---CAA---CTGCTATC-------GAAGTATATCGACCTATTGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17158 : ATTATAGAA---CAA---CAGTTATC-------GGAGCATATTAACCTAATGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17163 : ATTATAGAA---CAA---CTGTCATC-------GAAGTATATCGACCTAGTGCC-T-TATTTTACA---TAATATATTGAT
gi|17164 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------GAAGTATATCGATCTAATGCC-T-TATTTTACA---TAATATATTGGT
gi|17178 : ATTATAGAG---CAA---CTGTTAAC-------GGAGCATATCGACCTAATGTC-G-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17179 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------GGAGCATATCGACGTAATGCC-G-CAATTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17177 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATT-------TGAGCATATCGACCTAATGCC-G-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17161 : ATTATATAA---CAA---CTGTTAAC-------GGAGGATATCGACCTAATGCC-C-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17160 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTCTC-------GGAGCATATCGACCTAATGCT-G-CATTCTATA---TAATATATTGATGT
gi|17181 : ATCATAGAA---AAA---CTGTTATC-------GGAGCATATCGACCTAATGCA-G-CTTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17168 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATA-------AGAACATATCGACCGAATGCA-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17162 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAAC-------AGAGTATATCGACCTAATGGT---TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17165 : ATTAGAGAA---CAG---CAGTTATT-------GGAGCATATCGACCAAATGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGGTGTT
gi|17180 : ATTAAAGAA---CAA---GTGTTATT-------GGAACATATCGACCTAAGGCC-G-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17169 : ATTATAGAA---CAA---ATGTTATC-------AGAACATATCGACCGAATACC-T-TATTTTACA---TAATATATCGATGTT
gi|17182 : ATTATAGAA---CAA---CTATTAAC-------GGAGCATATCGACGTAATGCC-GCTA-TTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17170 : ATTATAGAG---CAA---TTGTTATC-------GGAACTTATCGACCTAATGCC-G-TATTTTACA---AAATATAATGATGTT
gi|17183 : ATTATAAAA---CAA---ATGTTATC-------GGAGCATATCGACCTGATGCT-G-TACTTTCCA---TAATATGTTGATGT
gi|17184 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAAT-------GGAGCTTATCGATCTAATACT-G-CATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17167 : ATTATAGAA---CAA---CTGATAAC-------GGAGCATATCGACCTAATGAG-G-CATTTTACA---TAATATATTCATGTT
gi|17185 : ATTATAGAC---CAA---CTGTAATC-------GGAGTATATCGACGTAATATC-G-TATTTTACA---TTATATATTGATGTT
gi|17166 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------TGATCTTATCAACGTAATGCC-G-TATTTTACA---TACTATATTAATGTT
gi|17187 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAAC-------GGTGCTTATCGACTTAATGCC-G-CATTTTAAA---TAATATATTGTTGTT
gi|17186 : ATTATTGAA---CAT---CTGTTATT-------GGAGCCTATCGACTGAATGCC-G-CATTTTACA---TAATATATTGATG
gi|17171 : ATTATATAA---CAA---TTGTTATC-------AGAACGTATCGACCTAATGCC-G-TATATAACA---TAATATATTGATTTT
gi|17188 : ATTAAAGAA---CAA---CTTTTAAC-------GGAGCATATCGACGTAATGCC-G-CAATTTACA---TAATAGATTGATGTT
gi|17190 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAAC-------GTAGATTATCGACCTCATGCT-G-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17189 : ATTTTAGAA---CAA---CTGTTATC-------AAAGCATATATACCTAATGCT-G-TATTTTACA---TAATA
gi|17172 : ATTATAGAAGAACAAAAACTGTTATC-------AGATCATATCGACTTTATGCC-G-TATTTTACA---AAATATATTGGTG
gi|17174 : ATCATAGAA---CAA---ATGTTATC-------TGAACATATCGACCTTATGCC-ATTTTTTTGCA---TAATATACATATGTT
gi|17191 : ATTATAGAA---CAA---GTGTAATC-------AGAATATATCGACCTAATGCC-C-TTTTTTACA---TA
gi|17173 : ATTATAGAT---CAA----TAATATC-------AGAACATATTGATATAATGAC-G-TATTTTACA---TAATATATTGACG
gi|17176 : ATTATTGAA---CAA---TGGTTATC-------AGAAAAAGTCCACCTAATGCC-A-TGCTTTAAA---CAATATATTGAT
gi|17175 : ATTAAAGAA---CAA---CTGTTATC-------AGAACATATCGACC---------------TACA---TTATATATTGATGCT
gi|17193 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------GGAACATATCGACTGAATGCC-G-CACTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17192 : TTATACAA---TAA---AGGTTATC-------GGAGCATATCGACCTAATGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17195 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------AAAACATATCGACCTAATGCC-C-TAGTTTACG---TAATTTAATGATGT
gi|17194 : TTATAGAA---CAA---CTGTTACC-------AGAATATATCGACCTATTGCC-C-TATTTTACA---TAATATTTTGATG
gi|17200 : TCATAGAA---TAA---CTGTTATC-------AAAACATATCGTTCTAATGCC-C-TAGTTTACG---TAATATAATGATGT
gi|17196 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATC-------AGAATATATCGACCTAATGCC-G-TATTTT-CA---TA
gi|17199 : TTATAGAA---CAG---CTGTTATCAGTATCAGAA-TATATCGACCTTATGCC-C-TATTTTACA---CAGCATATTGATGT
gi|17198 : TTATAGAA---CAA---------TC-------AGAACTTATCGACCTAATGCCGA-T-TTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17197 : TCATAGAA---CAA---------TC-------AGAACATATCGACCTAAAGCC-G-TATTTTACT---TAATATATTGATGT
gi|17202 : TCATAGAA---CAA---------TC-------AGAACATATCGGCCTAATGCC-C-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17201 : TCATAGAA---CAA---------TC-------AGAACATATCGACGTAATGCC-G-TATTTTACT---TAATATATTGATAT
gi|17204 : TTATGGAA---CAA---------TC-------AGATTATATCGATCTAATGCC-A-TATTTTACA---CAGCATATTGGTGTT
gi|17203 : TTATAGAA---CAA---------TC-------AGAACTTATCAACATTATGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATAT
gi|17205 : TTATGGAA---C---------TATC-------AGAACATATTGACCTATTGCA-C-TACTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17207 : ATAAAA---CAG---CTGTTATC-------AGAATATATCTACCTTATGCC-C-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17206 : ATAGAA---CAA---------TC-------AGAACATATCGACCTTATGTC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17208 : ATAGAA---CAA---------TC-------AGAACATATGAACCCAATGCC-G-TATCTTACA---TAATATATTGATG
gi|17209 : GAA---CAA---CTGTTATC-------AAAGCATATCGACCTAATGCC-G-TATTTTACATATTAATATATTGATG
gi|17210 : ATC-------AAAACATATCGACGTAATGCC-T-TATTTTATA---TAATGTACTGATGT
gi|17211 : ATC-------AGAACATATCGTCATAATGCC-C-TTTTTTACG---TAATATATTGATGT
gi|17212 : CTAATGCC-G-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Alignments
lowQualScore : 111 4444 222222 2 111
lowQualScore : ... .... ...... . ...
lowQualScore : 333 0000 111111 1 333
consensus : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Reference ( family-427 ) : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17157 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGA------AGCATATCGACCTAATGCCA-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17158 : ATTATAGAA---CAA---CAGTTATCGG------AGCATATTAACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17159 : ATTATAGAA---CAA---CTGCTATCGA------AGTATATCGACCTATTGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17160 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTCTCGG------AGCATATCGACCTAATGCTG-CATTCTATA---TAATATATTGATGT
gi|17161 : ATTATATAA---CAA---CTGTTAACGG------AGGATATCGACCTAATGCCC-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17162 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACAG------AGTATATCGACCTAATG--GTTATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17163 : ATTATAGAA---CAA---CTGTCATCGA------AGTATATCGACCTAGTGCCT-TATTTTACA---TAATATATTGAT
gi|17164 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGA------AGTATATCGATCTAATGCCT-TATTTTACA---TAATATATTGGT
gi|17165 : ATTAGAGAA---CAG---CAGTTATTGG------AGCATATCGACCAAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGGTGTT
gi|17166 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCTG------ATCTTATCAACGTAATGCCG-TATTTTACA---TACTATATTAATGTT
gi|17167 : ATTATAGAA---CAA---CTGATAACGG------AGCATATCGACCTAATGAGG-CATTTTACA---TAATATATTCATGTT
gi|17168 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATAAG------AACATATCGACCGAATGCAG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17169 : ATTATAGAA---CAA---ATGTTATCAG------AACATATCGACCGAATACCT-TATTTTACA---TAATATATCGATGTT
gi|17170 : ATTATAGAG---CAA---TTGTTATCGG------AACTTATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---AAATATAATGATGTT
gi|17171 : ATTATATAA---CAA---TTGTTATCAG------AACGTATCGACCTAATGCCG-TATATAACA---TAATATATTGATTTT
gi|17172 : ATTATAGAAGAACAAAAACTGTTATCAG------ATCATATCGACTTTATGCCG-TATTTTACA---AAATATATTGGTG
gi|17173 : ATTATAGAT---CAA----TAATATCAG------AACATATTGATATAATGACG-TATTTTACA---TAATATATTGACG
gi|17174 : ATCATAGAA---CAA---ATGTTATCTG------AACATATCGACCTTATGCCATTTTTTTGCA---TAATATACATATGTT
gi|17175 : ATTAAAGAA---CAA---CTGTTATCAG------AACATATCGACC--------------TACA---TTATATATTGATGCT
gi|17176 : ATTATTGAA---CAA---TGGTTATCAG------AAAAAGTCCACCTAATGCCA-TGCTTTAAA---CAATATATTGAT
gi|17177 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATTTG------AGCATATCGACCTAATGCCG-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17178 : ATTATAGAG---CAA---CTGTTAACGG------AGCATATCGACCTAATGTCG-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17179 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACGTAATGCCG-CAATTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17180 : ATTAAAGAA---CAA---GTGTTATTGG------AACATATCGACCTAAGGCCG-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17181 : ATCATAGAA---AAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCAG-CTTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17182 : ATTATAGAA---CAA---CTATTAACGG------AGCATATCGACGTAATGCCGCTA-TTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17183 : ATTATAAAA---CAA---ATGTTATCGG------AGCATATCGACCTGATGCTG-TACTTTCCA---TAATATGTTGATGT
gi|17184 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAATGG------AGCTTATCGATCTAATACTG-CATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17185 : ATTATAGAC---CAA---CTGTAATCGG------AGTATATCGACGTAATATCG-TATTTTACA---TTATATATTGATGTT
gi|17186 : ATTATTGAA---CAT---CTGTTATTGG------AGCCTATCGACTGAATGCCG-CATTTTACA---TAATATATTGATG
gi|17187 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACGG------TGCTTATCGACTTAATGCCG-CATTTTAAA---TAATATATTGTTGTT
gi|17188 : ATTAAAGAA---CAA---CTTTTAACGG------AGCATATCGACGTAATGCCG-CAATTTACA---TAATAGATTGATGTT
gi|17189 : ATTTTAGAA---CAA---CTGTTATCAA------AGCATATATACCTAATGCTG-TATTTTACA---TAATA
gi|17190 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACGT------AGATTATCGACCTCATGCTG-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17191 : ATTATAGAA---CAA---GTGTAATCAG------AATATATCGACCTAATGCCC-TTTTTTACA---TA
gi|17192 : TTATACAA---TAA---AGGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17193 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AACATATCGACTGAATGCCG-CACTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17194 : TTATAGAA---CAA---CTGTTACCAG------AATATATCGACCTATTGCCC-TATTTTACA---TAATATTTTGATG
gi|17195 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCAA------AACATATCGACCTAATGCCC-TAGTTTACG---TAATTTAATGATGT
gi|17196 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCAG------AATATATCGACCTAATGCCG-TATTTT-CA---TA
gi|17197 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACCTAAAGCCG-TATTTTACT---TAATATATTGATGT
gi|17198 : TTATAGAA---CAA---------TCAG------AACTTATCGACCTAATGCCG-ATTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17199 : TTATAGAA---CAG---CTGTTATCAGTATCAGAATATATCGACCTTATGCCC-TATTTTACA---CAGCATATTGATGT
gi|17200 : TCATAGAA---TAA---CTGTTATCAA------AACATATCGTTCTAATGCCC-TAGTTTACG---TAATATAATGATGT
gi|17201 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACGTAATGCCG-TATTTTACT---TAATATATTGATAT
gi|17202 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGGCCTAATGCCC-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17203 : TTATAGAA---CAA---------TCAG------AACTTATCAACATTATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATAT
gi|17204 : TTATGGAA---CAA---------TCAG------ATTATATCGATCTAATGCCA-TATTTTACA---CAGCATATTGGTGTT
gi|17205 : TTATGGAA---C---------TATCAG------AACATATTGACCTATTGCAC-TACTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17206 : ATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACCTTATGTCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17207 : ATAAAA---CAG---CTGTTATCAG------AATATATCTACCTTATGCCC-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17208 : ATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATGAACCCAATGCCG-TATCTTACA---TAATATATTGATG
gi|17209 : GAA---CAA---CTGTTATCAA------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACATATTAATATATTGATG
gi|17210 : ATCAA------AACATATCGACGTAATGCCT-TATTTTATA---TAATGTACTGATGT
gi|17211 : ATCAG------AACATATCGTCATAATGCCC-TTTTTTACG---TAATATATTGATGT
gi|17212 : CTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Alignments
lowQualScore : 111 4444 222222 2 111
lowQualScore : ... .... ...... . ...
lowQualScore : 333 0000 111111 1 333
consensus : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Reference ( family-427 ) : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17157 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGA------AGCATATCGACCTAATGCCA-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17158 : ATTATAGAA---CAA---CAGTTATCGG------AGCATATTAACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17159 : ATTATAGAA---CAA---CTGCTATCGA------AGTATATCGACCTATTGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17160 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTCTCGG------AGCATATCGACCTAATGCTG-CATTCTATA---TAATATATTGATGT
gi|17161 : ATTATATAA---CAA---CTGTTAACGG------AGGATATCGACCTAATGCCC-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17162 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACAG------AGTATATCGACCTAATG--GTTATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17163 : ATTATAGAA---CAA---CTGTCATCGA------AGTATATCGACCTAGTGCCT-TATTTTACA---TAATATATTGAT
gi|17164 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGA------AGTATATCGATCTAATGCCT-TATTTTACA---TAATATATTGGT
gi|17165 : ATTAGAGAA---CAG---CAGTTATTGG------AGCATATCGACCAAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGGTGTT
gi|17166 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCTG------ATCTTATCAACGTAATGCCG-TATTTTACA---TACTATATTAATGTT
gi|17167 : ATTATAGAA---CAA---CTGATAACGG------AGCATATCGACCTAATGAGG-CATTTTACA---TAATATATTCATGTT
gi|17168 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATAAG------AACATATCGACCGAATGCAG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17169 : ATTATAGAA---CAA---ATGTTATCAG------AACATATCGACCGAATACCT-TATTTTACA---TAATATATCGATGTT
gi|17170 : ATTATAGAG---CAA---TTGTTATCGG------AACTTATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---AAATATAATGATGTT
gi|17171 : ATTATATAA---CAA---TTGTTATCAG------AACGTATCGACCTAATGCCG-TATATAACA---TAATATATTGATTTT
gi|17172 : ATTATAGAAGAACAAAAACTGTTATCAG------ATCATATCGACTTTATGCCG-TATTTTACA---AAATATATTGGTG
gi|17173 : ATTATAGAT---CAA----TAATATCAG------AACATATTGATATAATGACG-TATTTTACA---TAATATATTGACG
gi|17174 : ATCATAGAA---CAA---ATGTTATCTG------AACATATCGACCTTATGCCATTTTTTTGCA---TAATATACATATGTT
gi|17175 : ATTAAAGAA---CAA---CTGTTATCAG------AACATATCGACC--------------TACA---TTATATATTGATGCT
gi|17176 : ATTATTGAA---CAA---TGGTTATCAG------AAAAAGTCCACCTAATGCCA-TGCTTTAAA---CAATATATTGAT
gi|17177 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATTTG------AGCATATCGACCTAATGCCG-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17178 : ATTATAGAG---CAA---CTGTTAACGG------AGCATATCGACCTAATGTCG-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17179 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACGTAATGCCG-CAATTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17180 : ATTAAAGAA---CAA---GTGTTATTGG------AACATATCGACCTAAGGCCG-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17181 : ATCATAGAA---AAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCAG-CTTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17182 : ATTATAGAA---CAA---CTATTAACGG------AGCATATCGACGTAATGCCGCTA-TTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17183 : ATTATAAAA---CAA---ATGTTATCGG------AGCATATCGACCTGATGCTG-TACTTTCCA---TAATATGTTGATGT
gi|17184 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAATGG------AGCTTATCGATCTAATACTG-CATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17185 : ATTATAGAC---CAA---CTGTAATCGG------AGTATATCGACGTAATATCG-TATTTTACA---TTATATATTGATGTT
gi|17186 : ATTATTGAA---CAT---CTGTTATTGG------AGCCTATCGACTGAATGCCG-CATTTTACA---TAATATATTGATG
gi|17187 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACGG------TGCTTATCGACTTAATGCCG-CATTTTAAA---TAATATATTGTTGTT
gi|17188 : ATTAAAGAA---CAA---CTTTTAACGG------AGCATATCGACGTAATGCCG-CAATTTACA---TAATAGATTGATGTT
gi|17189 : ATTTTAGAA---CAA---CTGTTATCAA------AGCATATATACCTAATGCTG-TATTTTACA---TAATA
gi|17190 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACGT------AGATTATCGACCTCATGCTG-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17191 : ATTATAGAA---CAA---GTGTAATCAG------AATATATCGACCTAATGCCC-TTTTTTACA---TA
gi|17192 : TTATACAA---TAA---AGGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17193 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AACATATCGACTGAATGCCG-CACTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17194 : TTATAGAA---CAA---CTGTTACCAG------AATATATCGACCTATTGCCC-TATTTTACA---TAATATTTTGATG
gi|17195 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCAA------AACATATCGACCTAATGCCC-TAGTTTACG---TAATTTAATGATGT
gi|17196 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCAG------AATATATCGACCTAATGCCG-TATTTT-CA---TA
gi|17197 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACCTAAAGCCG-TATTTTACT---TAATATATTGATGT
gi|17198 : TTATAGAA---CAA---------TCAG------AACTTATCGACCTAATGCCG-ATTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17199 : TTATAGAA---CAG---CTGTTATCAGTATCAGAATATATCGACCTTATGCCC-TATTTTACA---CAGCATATTGATGT
gi|17200 : TCATAGAA---TAA---CTGTTATCAA------AACATATCGTTCTAATGCCC-TAGTTTACG---TAATATAATGATGT
gi|17201 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACGTAATGCCG-TATTTTACT---TAATATATTGATAT
gi|17202 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGGCCTAATGCCC-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17203 : TTATAGAA---CAA---------TCAG------AACTTATCAACATTATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATAT
gi|17204 : TTATGGAA---CAA---------TCAG------ATTATATCGATCTAATGCCA-TATTTTACA---CAGCATATTGGTGTT
gi|17205 : TTATGGAA---C---------TATCAG------AACATATTGACCTATTGCAC-TACTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17206 : ATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACCTTATGTCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17207 : ATAAAA---CAG---CTGTTATCAG------AATATATCTACCTTATGCCC-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17208 : ATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATGAACCCAATGCCG-TATCTTACA---TAATATATTGATG
gi|17209 : GAA---CAA---CTGTTATCAA------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACATATTAATATATTGATG
gi|17210 : ATCAA------AACATATCGACGTAATGCCT-TATTTTATA---TAATGTACTGATGT
gi|17211 : ATCAG------AACATATCGTCATAATGCCC-TTTTTTACG---TAATATATTGATGT
gi|17212 : CTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
blockSeqs : GAA AAAC TATCAG T TAT
blockSeqs : . C . T .
blockSeqs : . C . C .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . A . . .
blockSeqs : . T . . .
blockSeqs : . T . . .
blockSeqs : . A . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . T . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . G . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . A . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . G . . .
blockSeqs : . A . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . C . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
finalCons : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Alignments
lowQualScore : 111 4444 222222 2 111
lowQualScore : ... .... ...... . ...
lowQualScore : 333 0000 111111 1 333
consensus : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
Reference ( family-427 ) : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17157 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGA------AGCATATCGACCTAATGCCA-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17158 : ATTATAGAA---CAA---CAGTTATCGG------AGCATATTAACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17159 : ATTATAGAA---CAA---CTGCTATCGA------AGTATATCGACCTATTGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17160 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTCTCGG------AGCATATCGACCTAATGCTG-CATTCTATA---TAATATATTGATGT
gi|17161 : ATTATATAA---CAA---CTGTTAACGG------AGGATATCGACCTAATGCCC-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17162 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACAG------AGTATATCGACCTAATG--GTTATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17163 : ATTATAGAA---CAA---CTGTCATCGA------AGTATATCGACCTAGTGCCT-TATTTTACA---TAATATATTGAT
gi|17164 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGA------AGTATATCGATCTAATGCCT-TATTTTACA---TAATATATTGGT
gi|17165 : ATTAGAGAA---CAG---CAGTTATTGG------AGCATATCGACCAAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGGTGTT
gi|17166 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCTG------ATCTTATCAACGTAATGCCG-TATTTTACA---TACTATATTAATGTT
gi|17167 : ATTATAGAA---CAA---CTGATAACGG------AGCATATCGACCTAATGAGG-CATTTTACA---TAATATATTCATGTT
gi|17168 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATAAG------AACATATCGACCGAATGCAG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17169 : ATTATAGAA---CAA---ATGTTATCAG------AACATATCGACCGAATACCT-TATTTTACA---TAATATATCGATGTT
gi|17170 : ATTATAGAG---CAA---TTGTTATCGG------AACTTATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---AAATATAATGATGTT
gi|17171 : ATTATATAA---CAA---TTGTTATCAG------AACGTATCGACCTAATGCCG-TATATAACA---TAATATATTGATTTT
gi|17172 : ATTATAGAAGAACAAAAACTGTTATCAG------ATCATATCGACTTTATGCCG-TATTTTACA---AAATATATTGGTG
gi|17173 : ATTATAGAT---CAA----TAATATCAG------AACATATTGATATAATGACG-TATTTTACA---TAATATATTGACG
gi|17174 : ATCATAGAA---CAA---ATGTTATCTG------AACATATCGACCTTATGCCATTTTTTTGCA---TAATATACATATGTT
gi|17175 : ATTAAAGAA---CAA---CTGTTATCAG------AACATATCGACC--------------TACA---TTATATATTGATGCT
gi|17176 : ATTATTGAA---CAA---TGGTTATCAG------AAAAAGTCCACCTAATGCCA-TGCTTTAAA---CAATATATTGAT
gi|17177 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATTTG------AGCATATCGACCTAATGCCG-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17178 : ATTATAGAG---CAA---CTGTTAACGG------AGCATATCGACCTAATGTCG-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17179 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACGTAATGCCG-CAATTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17180 : ATTAAAGAA---CAA---GTGTTATTGG------AACATATCGACCTAAGGCCG-CATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17181 : ATCATAGAA---AAA---CTGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCAG-CTTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17182 : ATTATAGAA---CAA---CTATTAACGG------AGCATATCGACGTAATGCCGCTA-TTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17183 : ATTATAAAA---CAA---ATGTTATCGG------AGCATATCGACCTGATGCTG-TACTTTCCA---TAATATGTTGATGT
gi|17184 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAATGG------AGCTTATCGATCTAATACTG-CATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17185 : ATTATAGAC---CAA---CTGTAATCGG------AGTATATCGACGTAATATCG-TATTTTACA---TTATATATTGATGTT
gi|17186 : ATTATTGAA---CAT---CTGTTATTGG------AGCCTATCGACTGAATGCCG-CATTTTACA---TAATATATTGATG
gi|17187 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACGG------TGCTTATCGACTTAATGCCG-CATTTTAAA---TAATATATTGTTGTT
gi|17188 : ATTAAAGAA---CAA---CTTTTAACGG------AGCATATCGACGTAATGCCG-CAATTTACA---TAATAGATTGATGTT
gi|17189 : ATTTTAGAA---CAA---CTGTTATCAA------AGCATATATACCTAATGCTG-TATTTTACA---TAATA
gi|17190 : ATTATAGAA---CAA---CTGTTAACGT------AGATTATCGACCTCATGCTG-CATTTAACA---TAATATATTGATGTT
gi|17191 : ATTATAGAA---CAA---GTGTAATCAG------AATATATCGACCTAATGCCC-TTTTTTACA---TA
gi|17192 : TTATACAA---TAA---AGGTTATCGG------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17193 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCGG------AACATATCGACTGAATGCCG-CACTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17194 : TTATAGAA---CAA---CTGTTACCAG------AATATATCGACCTATTGCCC-TATTTTACA---TAATATTTTGATG
gi|17195 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCAA------AACATATCGACCTAATGCCC-TAGTTTACG---TAATTTAATGATGT
gi|17196 : TTATAGAA---CAA---CTGTTATCAG------AATATATCGACCTAATGCCG-TATTTT-CA---TA
gi|17197 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACCTAAAGCCG-TATTTTACT---TAATATATTGATGT
gi|17198 : TTATAGAA---CAA---------TCAG------AACTTATCGACCTAATGCCG-ATTTTTACA---TAATATATTGATGTT
gi|17199 : TTATAGAA---CAG---CTGTTATCAGTATCAGAATATATCGACCTTATGCCC-TATTTTACA---CAGCATATTGATGT
gi|17200 : TCATAGAA---TAA---CTGTTATCAA------AACATATCGTTCTAATGCCC-TAGTTTACG---TAATATAATGATGT
gi|17201 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACGTAATGCCG-TATTTTACT---TAATATATTGATAT
gi|17202 : TCATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGGCCTAATGCCC-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17203 : TTATAGAA---CAA---------TCAG------AACTTATCAACATTATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATAT
gi|17204 : TTATGGAA---CAA---------TCAG------ATTATATCGATCTAATGCCA-TATTTTACA---CAGCATATTGGTGTT
gi|17205 : TTATGGAA---C---------TATCAG------AACATATTGACCTATTGCAC-TACTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17206 : ATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATCGACCTTATGTCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGT
gi|17207 : ATAAAA---CAG---CTGTTATCAG------AATATATCTACCTTATGCCC-TATTTTACA---CAACATATTGATGT
gi|17208 : ATAGAA---CAA---------TCAG------AACATATGAACCCAATGCCG-TATCTTACA---TAATATATTGATG
gi|17209 : GAA---CAA---CTGTTATCAA------AGCATATCGACCTAATGCCG-TATTTTACATATTAATATATTGATG
gi|17210 : ATCAA------AACATATCGACGTAATGCCT-TATTTTATA---TAATGTACTGATGT
gi|17211 : ATCAG------AACATATCGTCATAATGCCC-TTTTTTACG---TAATATATTGATGT
gi|17212 : CTAATGCCG-TATTTTACA---TAATATATTGATGTT