lowQualScore : 111 111 11111111
lowQualScore : 777 0 2 3333 0 1 33333 0 1 0 111 77777 11 33 11 66 99999999 11 111 333 0 0 2 0 11 0
lowQualScore : ... . . .... . . ..... . . . ... ..... .. .. .. .. ........ .. ... ... . . . . .. .
lowQualScore : 333 5 2 5555 7 3 77777 8 5 6 111 88888 77 22 66 33 22222222 11 333 555 7 7 2 7 00 7
consensus : TTTTAATTTGAGTCTAGGATAGTACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCG--AATGNT---AGAA--ATA-G--TG--AAAATTAGGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
Reference ( gi|44183 ) : TTTTAATTTGAGTCTAGGACAGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCG--CATGAT---AGAA--ATA-G--TG--AAAATTAGGT--------CA--AAC---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGGAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44184 : TTTTAATTTGAGTCTAGGACAGTACTTT----AATATGATATAGGACATT-----TTGG-TCCGCC--AATGAT---AGAA--ATA-G--TG--AACATTTGGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44190 : TTTTAATTTGAGTCTAGGACAGTACTTT----AATATGATATACGACTTT-----TTGG-TCCGCG--AATGAT---AGAA--ATA-G--TG--AAAATTTGAT--------CA--AAC---GT--TT-TAA-TATAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44185 : TTTTA-TTTGAGTCTAGGACAGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCC--AATGTT---AGAA--AAT-G--TG--AAAATTTGGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44186 : TTTTAATTTGAGTCAAGGATAGTACTTT----AATATGATGTACGACTTT-----TTTG-TCGACG--AATGGT---AGAA--ATA-G--TG---AAATTAGGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGT--GTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44191 : TTTTAATTTGAGTCTAGGACAGTCCATT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGT-TCCATG--AATAGT---AGAA--ATG-G--TG--AAAATTAGGT--------AC--AAT---AT--TA-TAA-TGTAAGTC-TATAAAAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44189 : TTTTAATATAAGTGTAGGATAGTACTTT----GATATGATGCAGGACGTT-----TTGG-ACCATG--AATGGT---AGAA--ATA-G--TG--AACATTTTGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAGTGGTGG-TA-CTGACC
gi|44179 : TTTTA---TGTATCTAGGTTGATACTTG----AATGTTAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACG--AATGTTTTTAGAA---------TG--GGTTTTAAGCA-------CA--AAC---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44177 : TTTTA---TGTATCTAGGTTGATATTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TT-----------CATGA----ACAA--AT--G--TTTTAAAAATAGGTTTTAAGCGCA--AAC---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44176 : TTTTA---TGTATTTAGGTTGATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TT-----------CATGA----ACAA--AT--G--TTTTAAAAATAGGTTTTAAGCACA--AAC---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44178 : TTTTA---TGTATCAAGGTTGATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TT-----------CATGA----ACAA--AT--G--TTTTAAAAATAGGTTTTAAGCACA--AAC---GC--TA-TAA-TATAAGTC-TAT-GTGAAATG--TAATTGTGG-TAGCTGATC
gi|44187 : TTTTAGTCCAGGATAGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACG--AATGGT---AGAA--ATA-G--TG--AAAATTACGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAACGGTGG-TAGATGACC
gi|44197 : TCTAAGACAGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACG--AATGAT---AGAC--ATA-G--TG--AAAATTAGGC--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATAGTGG-TAGCTGACC
gi|44194 : TCTAGAATAGTACTTT----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCG--AATGTT---AGAA--ATA-G--TG--AACATTATGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTT-TAT-GGAAAACG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44195 : TCTAGGATAGCACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----T-GG-ACTGCG--AATGAT---AGAA--ATG-G--TG--AAAATTAAGC--------CA--AAC---GT--TA-TAC-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-CAGCTGACC
gi|44196 : TCTAGGATAGTACTTTCATTAATATGATGTAGGACATT-----TTGG-TTCGCG--AATGGT---AGA---------------------GGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAATG--CAATGGTGG-TAGGTGACC
gi|44198 : TTTAGGATAGTACTTT----TACATGATTAAGGACATT-----TCAG-TCGGCA--TATGTT---AGGA--ATA-A--AG--AAAATTTGGC--------CA--AAC---GT--CA-TAA-TGTAAGTC-TAT-AGAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGAC
gi|44200 : TCTAGGATAGTACTTT----AATACGATGAAGGACCTT-----TTGC-CCCACA--AATGTT---AGAA--ATA-G--TG--AAAATAAAGT--------CG--AAC---G---TA-CAT-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACAGTCTATGGTGG-TAGCTGA
gi|44199 : TCTAGAATAGTACTTT----AATATGATATATGACTTT-----T--------CA--CTT-------------TA-G--TG--AAAAT-AGGT--------CA--AGC---TT--TA-TAA-TATAAGTC-TAT-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44193 : TCTAGGTTGATACTTG----AATACAATGAAGGTCGTT-----TT-----------CATGAA---CGAA--AGT-T--TT--AAAAGTAGATTCTATGCACA--AAG---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGGAAATG--TAATGGTGG-TACCTGGCC
gi|44201 : ttatgttTAGGATAGTACTTT----TATATGATGTAGGATTTT-----TTGG-TTCGCG--AATGTTA--AAAA--ATA-G--TG--AAAAGTAAAT--------GA--AAC----CTTTA-TCA-TGTAAATC-TAT-GGAAAACG--CAATGATGG-CAGCTGACC
gi|44202 : AGGATAGTACTTT----AATAAAATGTAGGATTTTATTTTTTGG-TCCGCG--AACGTT---AGAA--ACA-G--TG--ATCATAAGGT--------CG--AAC---GT--TA-TAA-TGCACGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44203 : GTACTTT----GATATGATTTAGGACTTT-----TTGGGTCCACG--AATGTT---AAAA--ATA-G--TG--AGAAAAGGAT--------CA--AAC---AT--TA-TAA-CGTAAGTC-TAT-GGAAAATG--CAGTGGTGG-TAATTGACC
gi|44204 : tgTACTTA----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCG--AATGTT---AGAA--ATA-G--TA--AAAATTAGTT--------CA--GAC---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44205 : TACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TGCACC--AATGTT---AGAA--AAT-G--TG--AAAATTTGGT--------CA--AAT---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44206 : TAGGACGTT-----TTGA-TCCGCG--AATGGT---AGAA--ACA-T--CG--AAAATTTTGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGATTG-TAGCTGACC
gi|44211 : gACTTT-----TTGG-TCCGCGATTATAAT---GTAAGTATA-T--TG--AAAACGAAGT--------
gi|44207 : taaaattaataagttttaaactcaTT-----TTGG-TCAACG--GATTGT---AGAA--ATA-G--TG--AAAATTAGGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TTTAAGTC-GAT-GGGAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGGCCggtggtggctgacc
gi|44209 : cgCG--AATGTT---AAAA--ATA-G--TG--AAAATAAGGT--------CA--AAC---GG--TC-TAA-TGTAAGTC-TTT-GGAAAACG--CCATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44181 : --CATGA----ACAA--AT--G--TTTTAAAAGTAGGT--------TA--TAA---GC---A-CAAATGTAAGTC-TAT-ATGAAATG--TAACGATGG-TTACTGACC
gi|44210 : ttttatgtatcaaggctgatacctgaatccaaggtatgtctttttT---AGAA--ATA-G--TG--AACATAAGGT--------CA--AAG---GT--TA-TAA-TGCAAGTA--AT-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44180 : tT---AAAA--ATA-GGTT-------TTAAGTA-------CA--AAC---GC--TA-TAA-TGTAAGTC-TGT-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44208 : ttttatgtatctaggttgaataaatgaatgcaaggtaagtcattttcatgaacgattgtttA--ATAAG--TG--AAAATTAGGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGGTTAGCTAACC
gi|44212 : g--TA--AAAATTAGGT--------CA--AACAACGA--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAGAACT--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44192 : --TG--AAAAATAGGTTATGAGCACA--AAT---GC--TA-TAA-CGTAAGTC-TAT-GAGAAATG--TAATGGCGG-TAACTGACC
gi|44213 : ttatgtatataggttgctacttgaatgaaaggtaggtcgttttaatgaacgaatgttt--AAAATTAGGT--------CA--AAC---AT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44226 : TTAAGT--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGCAAGTA-TAC--TGAAATG--CAATGGTGG-GATCTGACC
gi|44217 : TTAGGG--------CATAAAT---GC--TA-CAA-TG-AAGCCCTAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44227 : gtt--------CA--AAC---GC--TA-TAA-TGCAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44228 : a--------CA--AAC---GT--TA-TAA-TGTAAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44229 : --------CA--AAC----C--TAATAA-TGTTAGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44230 : --------CA--AAA---GT--TA-TAA-TGTAAATC-TAT-TGAAAACG--CAATGATGG-TAGTTTACC
gi|44182 : --------CA--AAC---GC--TA-TAA-TATAAATC-AAT-GGAAAAAG--TAAT
gi|44216 : ttttatgtatctgggttaggtgatttccatgaacgaatgttttagaagtcggtcataagcaA--AAT---GT--TA-CAA-TGTAGACC-TAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44214 : gttttggacatA--AAT---GT--TA-CAA-TG-AAGTCCTAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-TG--TGAC
gi|44215 : aatagtggtttgagacatA--AAT---GC--TA-CAA-TGGAGCCC-TAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44225 : tatgttttgattatA--AAT---GT--TA-CAA-TGGAATCC-TAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44221 : ttttggacatA--AAT---GT--TA-CAA-TGGAGCTC-TAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44220 : gttttggacatA--AAT---GT--TA-CAA-TGGAACCC-TAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44219 : gttttggacatA--AAT---GT--TA-CAA-TGGAGCTC-TAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44222 : gttttggacatA--AAT---GT--TA-CAA-TG-AAGCCCTAT-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44218 : gttttggacatA--AAT---GT--TA-CAA-TAGAGCCC-TAT-GGGAAATG--TAATGGTGG-T
gi|44223 : gttttagacatA--AAT---GT--TA-CAA-TGGAGACC-TAT-GGGAAATG--TTATAGTGG-TA
gi|44224 : gttttgaacatA--AAT---GT--TA-AAA-TG-GAGTC-TAT-AGGAAATG--TAATAATGG-T
gi|44231 : gttttgaacat---GT--TA-TAA-CGTAGGTC-TAT-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44211 : --TA-TAA-TGTAAGTA-TAT-TGAAAACG--AAGTGGTGG-TGGCTGACC
gi|44232 : taaaattaataagttttaaactcaactttttggtccgcgat-TAA-TGTATGTC-TAC-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAACTGACC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|44188 ): TTTTTATCGATGCTGATACTTGAATGCATGGTACGTTGTTTTCATGAACGAATGTTTTAAAAGTAGGTTATA
Alignments
lowQualScore : 222 111
lowQualScore : 111 2 1 3333 1 33333 1 1 111 1 1 66 11 99999999 11 0 111 0 0 0 0 11 0
lowQualScore : ... . . .... . ..... . . ... . . .. .. ........ .. . ... . . . . .. .
lowQualScore : 888 1 5 0000 6 22222 3 0 777 1 1 11 44 22222222 22 9 555 9 8 8 8 11 9
consensus : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATGTT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
Reference ( family-419 ) : TTTTAATTTGAGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATGNT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44176 : TTTTA---TGTATTTAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATGTTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44177 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATATTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATGTTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCG-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44178 : TTTTA---TGTATCAAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATGTTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATATAAGT-CTA-T-GTGAAATG--TAATTGTGG-TAGCTGATC
gi|44179 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATACTTG----AATGTTAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACGAATGTTTTTAGAA--------TGGGTTTT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44180 : TTTTA---TGTATCTAGGTTGAATAAATG----AATGCAAGGTAAGTCATT-----TTCA-TGAACGATTGTTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGTA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTG-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44181 : TTTTA---TGTATCAAGGCT-GATACCTG----AATCCAAGGTATGTCTTT-----TTCA-TGAACAAATGTT---------------TTAAAAGT--AGGT--------T--ATA-A---GCACA-AATGTAAGT-CTA-T-ATGAAATG--TAACGATGG-TTACTGACC
gi|44182 : CGAATGTTTT-AGAAGTCG-G--TCATAAGC--A-----------C--AAA-C---GC-TATAATATAAAT-CAA-T-GGAAAAAG--TAAT
gi|44183 : ttttatgtatctgggttaggtgatttccatgaaTTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGCATGAT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44184 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACATT-----TTGG-TCCGCCAATGAT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44185 : TTTTA-TTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCCAATGTT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44186 : TTTTAATTTGAGTCAAGGAT-AGTACTTT----AATATGATGTACGACTTT-----TTTG-TCGACGAATGGT---AGAAAT-A-G--TG-AAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGT--GT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44187 : TTTTAGTCCAGGAT-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATGGT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--ACGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAACGGTGG-TAGATGACC
gi|44189 : TTTTAATATAAGTGTAGGAT-AGTACTTT----GATATGATGCAGGACGTT-----TTGG-ACCATGAATGGT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAGTGGTGG-TA-CTGACC
gi|44190 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATACGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATGAT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--TGAT--------C--AAA-C---GT-TTTAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44191 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTCCATT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGT-TCCATGAATAGT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AGGT--------A--CAA-T---AT-TATAATGTAAGT-CTA-TAAAAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44192 : TAGGTT-GCTACTTG----AATGAAAGGTAGGTCGTT-----TTAA-TGAACGAATGTT--------T------TGAAAAAT--AGGTTATGAGCAC--AAA-T---GC-TATAACGTAAGT-CTA-T-GAGAAATG--TAATGGCGG-TAACTGACC
gi|44193 : ttatgtataTCTAGGTT-GATACTTG----AATACAATGAAGGTCGTT-----TTCA-TGAACGAAAGTT---TTAAA--A-G--T--AGATTCTATGCA-------C--AAA-G---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TACCTGGCC
gi|44194 : ttatgttTCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATGTT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--ATGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-TTA-T-GGAAAACG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44195 : TCTAGGAT-AGCACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----T-GG-ACTGCGAATGAT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AAGC--------C--AAA-C---GT-TATACTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-CAGCTGACC
gi|44196 : TCTAGGAT-AGTACTTTCATTAATATGATGTAGGACATT-----TTGG-TTCGCGAATGGT---AGA--------------------GGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAATGGTGG-TAGGTGACC
gi|44197 : TCTAAGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATGAT---AGACAT-A-G--TGAAAATT--AGGC--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATAGTGG-TAGCTGACC
gi|44198 : TTTAGGAT-AGTACTTT----TACATGATTAAGGACATT-----TCAG-TCGGCATATGTT---AGGAAT-A-A--AGAAAATT--TGGC--------C--AAA-C---GT-CATAATGTAAGT-CTA-T-AGAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGAC
gi|44199 : TCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATATGACTTT-----T------CAC-----TT--------T-A-G--TGAAAAT---AGGT--------C--AAG-C---TT-TATAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44200 : TCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGAAGGACCTT-----TTGC-CCCACAAATGTT---AGAAAT-A-G--TGAAAATA--AAGT--------C--GAA-C---G--TACATTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACAGTCTATGGTGG-TAGCTGA
gi|44201 : TAGGAT-AGTACTTT----TATATGATGTAGGATTTT-----TTGG-TTCGCGAATGTTA--AAAAAT-A-G--TGAAAAGT--AAAT--------G--AAACC---TT-TATCATGTAAAT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATGG-CAGCTGACC
gi|44202 : AGGAT-AGTACTTT----AATAAAATGTAGGATTTTATTTTTTGG-TCCGCGAACGTT---AGAAAC-A-G--TGATCATA--AGGT--------C--GAA-C---GT-TATAATGCACGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44203 : T-GGTACTTT----GATATGATTTAGGACTTT-----TTGGGTCCACGAATGTT---AAAAAT-A-G--TGAGAAAA--GGAT--------C--AAA-C---AT-TATAACGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAGTGGTGG-TAATTGACC
gi|44204 : TACTTA----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATGTT---AGAAAT-A-G--TAAAAATT--AGTT--------C--AGA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44205 : TACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TGCACCAATGTT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-T---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44206 : GTAGGACGTT-----TTGA-TCCGCGAATGGT---AGAAAC-A-T--CGAAAATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATTG-TAGCTGACC
gi|44207 : TT-----TTGG-TCAACGGATTGT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATTTAAGT-CGA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGGCC
gi|44208 : cgAAT-AAG--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGGTTAGCTAACC
gi|44209 : gCGAATGTT---AAAAAT-A-G--TGAAAATA--AGGT--------C--AAA-C---GG-TCTAATGTAAGT-CTT-T-GGAAAACG--CCATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44210 : T---AGAAAT-A-G--TGAACATA--AGGT--------C--AAA-G---GT-TATAATGCAAGT-A-A-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44211 : tACTTT-----TTGG-TCCGCGA
gi|44211 : taaaattaataagttttaaactcaT-TATAATGTAAGT-ATA-T-TGAAAACG--AAGTGGTGG-TGGCTGACCttataatgtaagtatattgaaaacgaagtggtggtggctgacc
gi|44212 : taaaattaataagttttaaactcaactttttggtccgcga--TAAAAATT--AGGT--------C--AAA-CAACGA-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAGAACT--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44213 : AAAATT--AGGT--------C--AAA-C---AT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44214 : AAT-A-G--TG--GTTT--GAGA--------CATAAA-T---GT-TACAATG-AAGTCCTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-TG--TGAC
gi|44218 : --AAA-T---GT-TACAATAGAGCC-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-T
gi|44219 : gttttagacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44221 : gttttggacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44226 : gttttggacatTT--AAGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGCAAGT-ATACT-G--AAATG--CAATGGTGG-GATCTGACC
gi|44227 : --------C--AAA-C---GC-TATAATGCAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44228 : a--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44229 : --------C--AAA-C---CT-AATAATGTTAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44230 : --------C--AAA-A---GT-TATAATGTAAAT-CTA-T-TGAAAACG--CAATGATGG-TAGTTTACC
gi|44231 : ---GT-TATAACGTAGGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44232 : TAATGTATGT-CTA-C-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAACTGACC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44188 ): TTTTTATCGATGCTGATACTTGAATGCATGGTACGTTGTTTTCATGAACGAATGTTTTAAAAGTAGGTTATA
Unaligned ( gi|44216 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGTAGACCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44217 ): GTTTTAGGGCATAAATGCTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44220 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGGAACCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44222 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44215 ): TATGTTTTGATTATAAATGCTACAATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44223 ): GTTTTGAACATAAATGTTACAATGGAGACCTATGGGAAATGTTATAGTGGTA
Unaligned ( gi|44225 ): TTTTGGACATAAATGTTACAATGGAATCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44224 ): GTTTTGAACATAAATGTTAAAATGGAGTCTATAGGAAATGTAATAATGGT
Alignments
lowQualScore : 222 111
lowQualScore : 111 1 1 3333 2 1 33333 1 111 000 1 1 66 11 99999999 11 0 111 0 0 0 0 11 0
lowQualScore : ... . . .... . . ..... . ... ... . . .. .. ........ .. . ... . . . . .. .
lowQualScore : 888 0 5 0000 6 6 22222 3 777 000 1 1 11 44 22222222 22 9 555 9 8 8 8 11 9
consensus : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
Reference ( family-419 ) : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44176 : TTTTA---TGTATTTAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44177 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATATTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCG-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44178 : TTTTA---TGTATCAAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATATAAGT-CTA-T-GTGAAATG--TAATTGTGG-TAGCTGATC
gi|44179 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATACTTG----AATGTTAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACGAATG--TTTTTAGAA--------TGGGTTTT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44180 : TTTTA---TGTATCTAGGTTGAATAAATG----AATGCAAGGTAAGTCATT-----TTCA-TGAACGATTG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGTA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTG-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44181 : TTTTA---TGTATCAAGGCT-GATACCTG----AATCCAAGGTATGTCTTT-----TTCA-TGAACAAATG--TT---------------TTAAAAGT--AGGT--------T--ATA-A---GCACA-AATGTAAGT-CTA-T-ATGAAATG--TAACGATGG-TTACTGACC
gi|44182 : CGAATGTTTT---AGAAGTCG-G--TCATAAGC--A-----------C--AAA-C---GC-TATAATATAAAT-CAA-T-GGAAAAAG--TAAT
gi|44183 : ttttatgtatctgggttaggtgatttccatgaaTTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGCATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44184 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACATT-----TTGG-TCCGCCAATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44185 : TTTTA-TTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCCAATG--TT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44186 : TTTTAATTTGAGTCAAGGAT-AGTACTTT----AATATGATGTACGACTTT-----TTTG-TCGACGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TG-AAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGT--GT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44187 : TTTTAGTCCAGGAT-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--ACGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAACGGTGG-TAGATGACC
gi|44189 : TTTTAATATAAGTGTAGGAT-AGTACTTT----GATATGATGCAGGACGTT-----TTGG-ACCATGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAGTGGTGG-TA-CTGACC
gi|44190 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATACGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--TGAT--------C--AAA-C---GT-TTTAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44191 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTCCATT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGT-TCCATGAATA--GT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AGGT--------A--CAA-T---AT-TATAATGTAAGT-CTA-TAAAAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44192 : TGTATATAGGTT-GCTACTTG----AATGAAAGGTAGGTCGTT-----TTAA-TGAACGAATG--TT--------T------TGAAAAAT--AGGTTATGAGCAC--AAA-T---GC-TATAACGTAAGT-CTA-T-GAGAAATG--TAATGGCGG-TAACTGACC
gi|44193 : ttaTGTTTCTAGGTT-GATACTTG----AATACAATGAAGGTCGTT-----TTCA-TGAACGAAAG--TT---TTAAA--A-G--T--AGATTCTATGCA-------C--AAA-G---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TACCTGGCC
gi|44194 : ttaTCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--ATGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-TTA-T-GGAAAACG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44195 : TCTAGGAT-AGCACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----T-GG-ACTGCGAATG--AT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AAGC--------C--AAA-C---GT-TATACTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-CAGCTGACC
gi|44196 : TCTAGGAT-AGTACTTTCATTAATATGATGTAGGACATT-----TTGG-TTCGCGAATG--GT---AGA--------------------GGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAATGGTGG-TAGGTGACC
gi|44197 : TCTAAGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATG--AT---AGACAT-A-G--TGAAAATT--AGGC--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATAGTGG-TAGCTGACC
gi|44198 : TTTAGGAT-AGTACTTT----TACATGATTAAGGACATT-----TCAG-TCGGCATATG--TT---AGGAAT-A-A--AGAAAATT--TGGC--------C--AAA-C---GT-CATAATGTAAGT-CTA-T-AGAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGAC
gi|44199 : TCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATATGACTTT-----T------CAC-------TT--------T-A-G--TGAAAAT---AGGT--------C--AAG-C---TT-TATAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44200 : TCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGAAGGACCTT-----TTGC-CCCACAAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATA--AAGT--------C--GAA-C---G--TACATTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACAGTCTATGGTGG-TAGCTGA
gi|44201 : TAGGAT-AGTACTTT----TATATGATGTAGGATTTT-----TTGG-TTCGCGAATG--TTA--AAAAAT-A-G--TGAAAAGT--AAAT--------G--AAACC---TT-TATCATGTAAAT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATGG-CAGCTGACC
gi|44202 : AGGAT-AGTACTTT----AATAAAATGTAGGATTTTATTTTTTGG-TCCGCGAACG--TT---AGAAAC-A-G--TGATCATA--AGGT--------C--GAA-C---GT-TATAATGCACGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44203 : T-GGTACTTT----GATATGATTTAGGACTTT-----TTGGGTCCACGAATG--TT---AAAAAT-A-G--TGAGAAAA--GGAT--------C--AAA-C---AT-TATAACGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAGTGGTGG-TAATTGACC
gi|44204 : TACTTA----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TAAAAATT--AGTT--------C--AGA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44205 : TACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TGCACCAATG--TT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-T---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44206 : GTAGGACGTT-----TTGA-TCCGCGAATG--GT---AGAAAC-A-T--CGAAAATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATTG-TAGCTGACC
gi|44207 : TT-----TTGG-TCAACGGATT--GT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATTTAAGT-CGA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGGCC
gi|44208 : cgAAT-AAG--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGGTTAGCTAACC
gi|44209 : gCGAATG--TT---AAAAAT-A-G--TGAAAATA--AGGT--------C--AAA-C---GG-TCTAATGTAAGT-CTT-T-GGAAAACG--CCATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44210 : --TT---AGAAAT-A-G--TGAACATA--AGGT--------C--AAA-G---GT-TATAATGCAAGT-A-A-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44211 : ACTTT-----TTGG-TCCGCGA
gi|44211 : taaaattaataagttttaaactcaT-TATAATGTAAGT-ATA-T-TGAAAACG--AAGTGGTGG-TGGCTGACCttataatgtaagtatattgaaaacgaagtggtggtggctgacc
gi|44212 : taaaattaataagttttaaactcaactttttggtccgcga--TAAAAATT--AGGT--------C--AAA-CAACGA-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAGAACT--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44213 : AAAATT--AGGT--------C--AAA-C---AT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44214 : AAT-A-G--TG--GTTT--GAGA--------CATAAA-T---GT-TACAATG-AAGTCCTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-TG--TGAC
gi|44218 : --AAA-T---GT-TACAATAGAGCC-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-T
gi|44219 : gttttagacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44221 : gttttggacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44226 : gttttggacatTT--AAGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGCAAGT-ATACT-G--AAATG--CAATGGTGG-GATCTGACC
gi|44227 : --------C--AAA-C---GC-TATAATGCAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44228 : a--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44229 : --------C--AAA-C---CT-AATAATGTTAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44230 : --------C--AAA-A---GT-TATAATGTAAAT-CTA-T-TGAAAACG--CAATGATGG-TAGTTTACC
gi|44231 : ---GT-TATAACGTAGGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44232 : TAATGTATGT-CTA-C-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAACTGACC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44188 ): TTTTTATCGATGCTGATACTTGAATGCATGGTACGTTGTTTTCATGAACGAATGTTTTAAAAGTAGGTTATA
Unaligned ( gi|44216 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGTAGACCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44217 ): GTTTTAGGGCATAAATGCTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44220 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGGAACCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44222 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44215 ): TATGTTTTGATTATAAATGCTACAATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44223 ): GTTTTGAACATAAATGTTACAATGGAGACCTATGGGAAATGTTATAGTGGTA
Unaligned ( gi|44225 ): TTTTGGACATAAATGTTACAATGGAATCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44224 ): GTTTTGAACATAAATGTTAAAATGGAGTCTATAGGAAATGTAATAATGGT
Alignments
lowQualScore : 222 111
lowQualScore : 111 1 1 3333 2 1 33333 1 111 000 1 1 66 11 99999999 11 0 111 0 0 0 0 11 0
lowQualScore : ... . . .... . . ..... . ... ... . . .. .. ........ .. . ... . . . . .. .
lowQualScore : 888 0 5 0000 6 6 22222 3 777 000 1 1 11 44 22222222 22 9 555 9 8 8 8 11 9
consensus : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
Reference ( family-419 ) : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44176 : TTTTA---TGTATTTAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44177 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATATTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCG-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44178 : TTTTA---TGTATCAAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATATAAGT-CTA-T-GTGAAATG--TAATTGTGG-TAGCTGATC
gi|44179 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATACTTG----AATGTTAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACGAATG--TTTTTAGAA--------TGGGTTTT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44180 : TTTTA---TGTATCTAGGTTGAATAAATG----AATGCAAGGTAAGTCATT-----TTCA-TGAACGATTG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGTA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTG-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44181 : TTTTA---TGTATCAAGGCT-GATACCTG----AATCCAAGGTATGTCTTT-----TTCA-TGAACAAATG--TT---------------TTAAAAGT--AGGT--------T--ATA-A---GCACA-AATGTAAGT-CTA-T-ATGAAATG--TAACGATGG-TTACTGACC
gi|44182 : CGAATGTTTT---AGAAGTCG-G--TCATAAGC--A-----------C--AAA-C---GC-TATAATATAAAT-CAA-T-GGAAAAAG--TAAT
gi|44183 : ttttatgtatctgggttaggtgatttccatgaaTTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGCATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44184 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACATT-----TTGG-TCCGCCAATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44185 : TTTTA-TTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCCAATG--TT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44186 : TTTTAATTTGAGTCAAGGAT-AGTACTTT----AATATGATGTACGACTTT-----TTTG-TCGACGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TG-AAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGT--GT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44187 : TTTTAGTCCAGGAT-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--ACGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAACGGTGG-TAGATGACC
gi|44189 : TTTTAATATAAGTGTAGGAT-AGTACTTT----GATATGATGCAGGACGTT-----TTGG-ACCATGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAGTGGTGG-TA-CTGACC
gi|44190 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATACGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--TGAT--------C--AAA-C---GT-TTTAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44191 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTCCATT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGT-TCCATGAATA--GT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AGGT--------A--CAA-T---AT-TATAATGTAAGT-CTA-TAAAAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44192 : TGTATATAGGTT-GCTACTTG----AATGAAAGGTAGGTCGTT-----TTAA-TGAACGAATG--TT--------T------TGAAAAAT--AGGTTATGAGCAC--AAA-T---GC-TATAACGTAAGT-CTA-T-GAGAAATG--TAATGGCGG-TAACTGACC
gi|44193 : ttaTGTTTCTAGGTT-GATACTTG----AATACAATGAAGGTCGTT-----TTCA-TGAACGAAAG--TT---TTAAA--A-G--T--AGATTCTATGCA-------C--AAA-G---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TACCTGGCC
gi|44194 : ttaTCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--ATGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-TTA-T-GGAAAACG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44195 : TCTAGGAT-AGCACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----T-GG-ACTGCGAATG--AT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AAGC--------C--AAA-C---GT-TATACTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-CAGCTGACC
gi|44196 : TCTAGGAT-AGTACTTTCATTAATATGATGTAGGACATT-----TTGG-TTCGCGAATG--GT---AGA--------------------GGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAATGGTGG-TAGGTGACC
gi|44197 : TCTAAGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATG--AT---AGACAT-A-G--TGAAAATT--AGGC--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATAGTGG-TAGCTGACC
gi|44198 : TTTAGGAT-AGTACTTT----TACATGATTAAGGACATT-----TCAG-TCGGCATATG--TT---AGGAAT-A-A--AGAAAATT--TGGC--------C--AAA-C---GT-CATAATGTAAGT-CTA-T-AGAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGAC
gi|44199 : TCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATATGACTTT-----T------CAC-------TT--------T-A-G--TGAAAAT---AGGT--------C--AAG-C---TT-TATAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44200 : TCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGAAGGACCTT-----TTGC-CCCACAAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATA--AAGT--------C--GAA-C---G--TACATTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACAGTCTATGGTGG-TAGCTGA
gi|44201 : TAGGAT-AGTACTTT----TATATGATGTAGGATTTT-----TTGG-TTCGCGAATG--TTA--AAAAAT-A-G--TGAAAAGT--AAAT--------G--AAACC---TT-TATCATGTAAAT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATGG-CAGCTGACC
gi|44202 : AGGAT-AGTACTTT----AATAAAATGTAGGATTTTATTTTTTGG-TCCGCGAACG--TT---AGAAAC-A-G--TGATCATA--AGGT--------C--GAA-C---GT-TATAATGCACGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44203 : T-GGTACTTT----GATATGATTTAGGACTTT-----TTGGGTCCACGAATG--TT---AAAAAT-A-G--TGAGAAAA--GGAT--------C--AAA-C---AT-TATAACGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAGTGGTGG-TAATTGACC
gi|44204 : TACTTA----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TAAAAATT--AGTT--------C--AGA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44205 : TACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TGCACCAATG--TT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-T---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44206 : GTAGGACGTT-----TTGA-TCCGCGAATG--GT---AGAAAC-A-T--CGAAAATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATTG-TAGCTGACC
gi|44207 : TT-----TTGG-TCAACGGATT--GT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATTTAAGT-CGA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGGCC
gi|44208 : cgAAT-AAG--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGGTTAGCTAACC
gi|44209 : gCGAATG--TT---AAAAAT-A-G--TGAAAATA--AGGT--------C--AAA-C---GG-TCTAATGTAAGT-CTT-T-GGAAAACG--CCATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44210 : --TT---AGAAAT-A-G--TGAACATA--AGGT--------C--AAA-G---GT-TATAATGCAAGT-A-A-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44211 : ACTTT-----TTGG-TCCGCGA
gi|44211 : taaaattaataagttttaaactcaT-TATAATGTAAGT-ATA-T-TGAAAACG--AAGTGGTGG-TGGCTGACCttataatgtaagtatattgaaaacgaagtggtggtggctgacc
gi|44212 : taaaattaataagttttaaactcaactttttggtccgcga--TAAAAATT--AGGT--------C--AAA-CAACGA-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAGAACT--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44213 : AAAATT--AGGT--------C--AAA-C---AT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44214 : AAT-A-G--TG--GTTT--GAGA--------CATAAA-T---GT-TACAATG-AAGTCCTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-TG--TGAC
gi|44218 : --AAA-T---GT-TACAATAGAGCC-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-T
gi|44219 : gttttagacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44221 : gttttggacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44226 : gttttggacatTT--AAGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGCAAGT-ATACT-G--AAATG--CAATGGTGG-GATCTGACC
gi|44227 : --------C--AAA-C---GC-TATAATGCAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44228 : a--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44229 : --------C--AAA-C---CT-AATAATGTTAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44230 : --------C--AAA-A---GT-TATAATGTAAAT-CTA-T-TGAAAACG--CAATGATGG-TAGTTTACC
gi|44231 : ---GT-TATAACGTAGGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44232 : TAATGTATGT-CTA-C-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAACTGACC
blockSeqs : ATT T G CATT C A ATTTT G TTT TTT C A GT CT TATGAGCA AT AAC GT
blockSeqs : ATT T . . C A . . T TT . . GT . G . . .
blockSeqs : ATT T . . T A . . T TT . . GT . A . . .
blockSeqs : ATA T . . C A . . T TT . . . . A . . .
blockSeqs : ATT T . . C T . . T A . . . . A . . .
blockSeqs : ATT A . . T T . . T . . . . . A . . .
blockSeqs : TT A . . T A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . T T . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . T T . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . T G . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . T T . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . T T . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . A G . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . C G . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C C . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . T T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ATT *** ** ********
originalCons : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
finalCons : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44188 ): TTTTTATCGATGCTGATACTTGAATGCATGGTACGTTGTTTTCATGAACGAATGTTTTAAAAGTAGGTTATA
Unaligned ( gi|44216 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGTAGACCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44217 ): GTTTTAGGGCATAAATGCTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44220 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGGAACCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44222 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44215 ): TATGTTTTGATTATAAATGCTACAATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44223 ): GTTTTGAACATAAATGTTACAATGGAGACCTATGGGAAATGTTATAGTGGTA
Unaligned ( gi|44225 ): TTTTGGACATAAATGTTACAATGGAATCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44224 ): GTTTTGAACATAAATGTTAAAATGGAGTCTATAGGAAATGTAATAATGGT
Alignments
lowQualScore : 222 111
lowQualScore : 111 1 1 3333 2 1 33333 1 111 000 1 1 66 11 99999999 11 0 111 0 0 0 0 11 0
lowQualScore : ... . . .... . . ..... . ... ... . . .. .. ........ .. . ... . . . . .. .
lowQualScore : 888 0 5 0000 6 6 22222 3 777 000 1 1 11 44 22222222 22 9 555 9 8 8 8 11 9
consensus : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
Reference ( family-419 ) : TTTTAATTTGNGTCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGTAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44176 : TTTTA---TGTATTTAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44177 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATATTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCG-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44178 : TTTTA---TGTATCAAGGTT-GATACTTG----AATGCAAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACAAATG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATATAAGT-CTA-T-GTGAAATG--TAATTGTGG-TAGCTGATC
gi|44179 : TTTTA---TGTATCTAGGTT-GATACTTG----AATGTTAGGTAGGTCATT-----TTCA-TGAACGAATG--TTTTTAGAA--------TGGGTTTT--AAGCA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44180 : TTTTA---TGTATCTAGGTTGAATAAATG----AATGCAAGGTAAGTCATT-----TTCA-TGAACGATTG--TTTT-AAAAAT-A-GGTT-----TT--AAGTA-------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTG-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44181 : TTTTA---TGTATCAAGGCT-GATACCTG----AATCCAAGGTATGTCTTT-----TTCA-TGAACAAATG--TT---------------TTAAAAGT--AGGT--------T--ATA-A---GCACA-AATGTAAGT-CTA-T-ATGAAATG--TAACGATGG-TTACTGACC
gi|44182 : CGAATGTTTT---AGAAGTCG-G--TCATAAGC--A-----------C--AAA-C---GC-TATAATATAAAT-CAA-T-GGAAAAAG--TAAT
gi|44183 : ttttatgtatctgggttaggtgatttccatgaaTTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCGCATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44184 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACATT-----TTGG-TCCGCCAATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44185 : TTTTA-TTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCGCCAATG--TT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44186 : TTTTAATTTGAGTCAAGGAT-AGTACTTT----AATATGATGTACGACTTT-----TTTG-TCGACGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TG-AAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGT--GT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44187 : TTTTAGTCCAGGAT-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--ACGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAACGGTGG-TAGATGACC
gi|44189 : TTTTAATATAAGTGTAGGAT-AGTACTTT----GATATGATGCAGGACGTT-----TTGG-ACCATGAATG--GT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAGTGGTGG-TA-CTGACC
gi|44190 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTACTTT----AATATGATATACGACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--AT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--TGAT--------C--AAA-C---GT-TTTAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44191 : TTTTAATTTGAGTCTAGGAC-AGTCCATT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGT-TCCATGAATA--GT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AGGT--------A--CAA-T---AT-TATAATGTAAGT-CTA-TAAAAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44192 : TGTATATAGGTT-GCTACTTG----AATGAAAGGTAGGTCGTT-----TTAA-TGAACGAATG--TT--------T------TGAAAAAT--AGGTTATGAGCAC--AAA-T---GC-TATAACGTAAGT-CTA-T-GAGAAATG--TAATGGCGG-TAACTGACC
gi|44193 : ttaTGTTTCTAGGTT-GATACTTG----AATACAATGAAGGTCGTT-----TTCA-TGAACGAAAG--TT---TTAAA--A-G--T--AGATTCTATGCA-------C--AAA-G---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-TACCTGGCC
gi|44194 : ttaTCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAACATT--ATGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-TTA-T-GGAAAACG--TAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44195 : TCTAGGAT-AGCACTTT----AATATGATGTAGGACTTT-----T-GG-ACTGCGAATG--AT---AGAAAT-G-G--TGAAAATT--AAGC--------C--AAA-C---GT-TATACTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-CAGCTGACC
gi|44196 : TCTAGGAT-AGTACTTTCATTAATATGATGTAGGACATT-----TTGG-TTCGCGAATG--GT---AGA--------------------GGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAATGGTGG-TAGGTGACC
gi|44197 : TCTAAGAC-AGTACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TCCACGAATG--AT---AGACAT-A-G--TGAAAATT--AGGC--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATAGTGG-TAGCTGACC
gi|44198 : TTTAGGAT-AGTACTTT----TACATGATTAAGGACATT-----TCAG-TCGGCATATG--TT---AGGAAT-A-A--AGAAAATT--TGGC--------C--AAA-C---GT-CATAATGTAAGT-CTA-T-AGAAAATG--CAATGGTGG-TAGCTGAC
gi|44199 : TCTAGAAT-AGTACTTT----AATATGATATATGACTTT-----T------CAC-------TT--------T-A-G--TGAAAAT---AGGT--------C--AAG-C---TT-TATAATATAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44200 : TCTAGGAT-AGTACTTT----AATACGATGAAGGACCTT-----TTGC-CCCACAAATG--TT---AGAAAT-A-G--TGAAAATA--AAGT--------C--GAA-C---G--TACATTGTAAGT-CTA-T-GGAAAACAGTCTATGGTGG-TAGCTGA
gi|44201 : TAGGAT-AGTACTTT----TATATGATGTAGGATTTT-----TTGG-TTCGCGAATG--TTA--AAAAAT-A-G--TGAAAAGT--AAAT--------G--AAACC---TT-TATCATGTAAAT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATGG-CAGCTGACC
gi|44202 : AGGAT-AGTACTTT----AATAAAATGTAGGATTTTATTTTTTGG-TCCGCGAACG--TT---AGAAAC-A-G--TGATCATA--AGGT--------C--GAA-C---GT-TATAATGCACGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44203 : T-GGTACTTT----GATATGATTTAGGACTTT-----TTGGGTCCACGAATG--TT---AAAAAT-A-G--TGAGAAAA--GGAT--------C--AAA-C---AT-TATAACGTAAGT-CTA-T-GGAAAATG--CAGTGGTGG-TAATTGACC
gi|44204 : TACTTA----AATATGATATAGAACTTT-----TTGG-TCCGCGAATG--TT---AGAAAT-A-G--TAAAAATT--AGTT--------C--AGA-C---GC-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACA--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44205 : TACTTT----AATATGATATAGGACTTT-----TTGG-TGCACCAATG--TT---AGAAAA-T-G--TGAAAATT--TGGT--------C--AAA-T---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44206 : GTAGGACGTT-----TTGA-TCCGCGAATG--GT---AGAAAC-A-T--CGAAAATT--TTGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGATTG-TAGCTGACC
gi|44207 : TT-----TTGG-TCAACGGATT--GT---AGAAAT-A-G--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATTTAAGT-CGA-T-GGGAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGGCC
gi|44208 : cgAAT-AAG--TGAAAATT--AGGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGGTTAGCTAACC
gi|44209 : gCGAATG--TT---AAAAAT-A-G--TGAAAATA--AGGT--------C--AAA-C---GG-TCTAATGTAAGT-CTT-T-GGAAAACG--CCATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44210 : --TT---AGAAAT-A-G--TGAACATA--AGGT--------C--AAA-G---GT-TATAATGCAAGT-A-A-T-GAAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44211 : ACTTT-----TTGG-TCCGCGA
gi|44211 : taaaattaataagttttaaactcaT-TATAATGTAAGT-ATA-T-TGAAAACG--AAGTGGTGG-TGGCTGACCttataatgtaagtatattgaaaacgaagtggtggtggctgacc
gi|44212 : taaaattaataagttttaaactcaactttttggtccgcga--TAAAAATT--AGGT--------C--AAA-CAACGA-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAGAACT--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44213 : AAAATT--AGGT--------C--AAA-C---AT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TGGCTGACC
gi|44214 : AAT-A-G--TG--GTTT--GAGA--------CATAAA-T---GT-TACAATG-AAGTCCTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-TG--TGAC
gi|44218 : --AAA-T---GT-TACAATAGAGCC-CTA-T-GGGAAATG--TAATGGTGG-T
gi|44219 : gttttagacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44221 : gttttggacat--AAA-T---GT-TACAATGGAGCT-CTA-T-GGGAAATG--TAATAGTGG-T
gi|44226 : gttttggacatTT--AAGT--------C--AAA-C---GT-TATAATGCAAGT-ATACT-G--AAATG--CAATGGTGG-GATCTGACC
gi|44227 : --------C--AAA-C---GC-TATAATGCAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44228 : a--------C--AAA-C---GT-TATAATGTAAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44229 : --------C--AAA-C---CT-AATAATGTTAGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44230 : --------C--AAA-A---GT-TATAATGTAAAT-CTA-T-TGAAAACG--CAATGATGG-TAGTTTACC
gi|44231 : ---GT-TATAACGTAGGT-CTA-T-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAGCTGACC
gi|44232 : TAATGTATGT-CTA-C-GGAAAACG--CAATGGTGG-TAACTGACC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|44188 ): TTTTTATCGATGCTGATACTTGAATGCATGGTACGTTGTTTTCATGAACGAATGTTTTAAAAGTAGGTTATA
Unaligned ( gi|44216 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGTAGACCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44217 ): GTTTTAGGGCATAAATGCTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44220 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGGAACCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44222 ): GTTTTGGACATAAATGTTACAATGAAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44215 ): TATGTTTTGATTATAAATGCTACAATGGAGCCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44223 ): GTTTTGAACATAAATGTTACAATGGAGACCTATGGGAAATGTTATAGTGGTA
Unaligned ( gi|44225 ): TTTTGGACATAAATGTTACAATGGAATCCTATGGGAAATGTAATAGTGGT
Unaligned ( gi|44224 ): GTTTTGAACATAAATGTTAAAATGGAGTCTATAGGAAATGTAATAATGGT