lowQualScore : 111 11 1 1 1111111
lowQualScore : 22222 555 0 1 1 6 22 1 222 11 0 5 44 1111 1 888888 111 0 0 1111 0 111 11 1 11 222222 3 5 99999 6 11 11 11 4 6 0000000 1
lowQualScore : ..... ... . . . . .. . ... .. . . .. .... . ...... ... . . .... . ... .. . .. ...... . . ..... . .. .. .. . . ....... .
lowQualScore : 00000 333 8 6 6 5 55 5 666 00 8 3 11 6666 5 444444 333 8 8 6666 8 444 11 6 11 444444 0 2 33333 7 44 44 55 4 1 3333333 2
consensus : TACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTTAAGAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAC--TGAGACTTG-AATTTTT-----TATGCAT-TTTTTT
Reference ( gi|44274 ) : TACACT-----CAGGGA--AT-TTG-AAAA-CGTACCACTT--A-CA---TA--CA-GAT-CAT----TT-TA-A----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTTACGAGTGTCATCTC-C---GTCTTCTACTATCA--A--AATTTCATGAC--TGAGACTTG-ATTTTTT-----TGTGCAT-TTTTTT
gi|44254 : TACACT-----CAGGAA--CT-TTG-TAAA-CGCACCACTT--A-CA---TA--CAAGGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-CA-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--G-AACGTCT--ATATGC------GTTATGAGTACCATTTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTCCATGAC--TGAGACTTG-ACTTTTT-----GATGCAT-TTTT
gi|44246 : aTACACT-----CAGGGT--GT-TTG-AAAA-CATACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---GA-AA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATAAAT------GCTAT-AGCG-AATCTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTTCACGAC--TGACACTTG-AGTTTTT-----GGTGCAT-TTTTTT
gi|44276 : aaTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCAGCATTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---TA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAC--G-AAAGTTC--ATATAC------GTTAAGATTGCCATCTC-T---GTTTTATATTATCA--A--AATTTCATGAT--TGAGACTTG-TATTTTG-----TATGCATATTTTTT
gi|44257 : TACACT-----CGGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-GCACTTGCAG---AA-AA-T----GCCATC-C---GATGTCAAA--G-AAAGTTT--TTGTAT------GTTGAAAGTGCCATCTC-C---GTCTTTTGCTGTCA--A--AATTTCATAAA--CGAGACTTG-AATTTTT-----TATGCCT-TTTTT
gi|44258 : aTACACT-----CAGGGA--CA-TTG-AAAA-TGATCCACTT--A-CA---TA--CA-TAT-AAT----TT-TA-A----TGCAG---AA-AA-C----ATCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATTGAT------GTTTAGAGTTACATCTC-T---GTCTTTTACTGTCA--A--AATTTCATGAC--GGAGACTTG-AATTTTT-----TATGCAT-TTTTTT
gi|44243 : aTACAAT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCACCGCTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T---------C-T---GATTTCAAA--G-ATAGTTT--ATATAC------GTTAAGAGTGTCATTTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTGCATGAC--TGAGACTT--CTTCTTT-----TG
gi|44247 : aaTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CACATCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-TAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-A---TATTTCAAA--G-AAATGTG--ATATAC------GCAATGAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCT--A--AATTTCGTGAC--TGAAACTTG-AATATTT-----TATGCAT-TCCTTca
gi|44245 : agTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTT--A-CA---TA--CA-AGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------CTTAAGAATGCCATCTT-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AA
gi|44260 : aaTAAACT-----TAGGGA--CT-TTG-AAAA-CACACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-C----TGCAG---AA-AA-T----G---TC-T---GATGTGAAA--G-AAAGTTT--ATATAT------GTTAGGAATGCCATCTT------TCTTCTACTGTCA--A--AATTTTATGAC--TAAGACTTG-AAGTTTT-----GATGCAT-TTTTTT
gi|44244 : aTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAAACGCATCACTTT-A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-AA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTAAAGAGTGCCATATC-T---GTCAGCAAATGCCG--A--ACTTTCAGGAC--TAAGACTTG-A-TTTTT-----TATGCAT-
gi|44281 : aaTGCACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAA--TGCACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-TAT----TC-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTATAAA--G-AAAGTTG--ATATAT------TTTAAGAGTGTCATCGC-C---GTCTT-GACTGTCA--A--AATTTCATGAC--TGA
gi|44279 : TACAGT-----CAAAGA--CT-TTG-AAAA-TGCACCGCTG--A-CA---CA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G--AATTTT--ATATAT------GTTAAGAGTGCCATCTC-T---GTTATATACTGTCA--A--AATTTAATGAC--AGAGACTTG-ACATTTT-----GATGGAT-TTTT
gi|44261 : TACACT-----CATATA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTA--A-CA---TA--CA-TATACATGTAATTGTA-T----TGTAG---AA-AA-T----GGTTTG-C---GATTTTAAA--G-AAAAATT--ATATAC------ATTAAGAGTGCCATTTC-G---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAA--TGAGACTTG-A-TTTTT-----TATGCAT-TTTTTT
gi|44277 : aTACTCT-----C-GGAA--ACATTG-AAAA-TGCACCACTT--T-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-AA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAGTTTTAATATAC------CTTAAGAGTGCCATATCTT---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAC--CTAGACTTGAATTGTTT-----T
gi|44248 : TACACT-----CAGGGA--CT-TAG-AAAAACGCATCACTTT-A-CA---TT--CA-GGT-AAT----TT-AA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------ATAAAGAGTGCCATCTC-T---GCCAGCAAATGCCA--A--ATTTTCAGGAC--TAAGACTTG-A--TTTT-----TATGCAT-
gi|44278 : aaTACACT-----CGGGGA--CT-TCG-AAAA-CGCACCACTT--A-CA---TA--CG-G-T-AAT----TT-TA-G----TGGAG---AA-AA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAGTTG--ATATAC------CTAAAGAGTGCGATATA-T---GTCTTCTAATGTCA--A--ATTTTCATGAC--TTAGTCTTG-AATTTCC-----CATACAT-TTATTTatattccattttttt
gi|44256 : TACACT-----CAGGGG--CT-TTG-AAAG-CGCCCCACTT--A-CA---TA--CA-GAT-AAT----TT-TG-G----TGTAG---GA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTGT--ATATAA------AAAATGAGTGTCATGTC-T---GGTTTCTACT-TCATGATTAATTTCATGAC--TAAAATTCG-AATTGTT-----TAGGCAT-ATTTTT
gi|44259 : aTACACT-----CCGGGA--CT-TTG-AAAA-TGAACCACTTTAA-AA---TA--CC-GGT-AAT----TT-TA-G----GGCAG---AA-AA-C----GTGATT-T---GATTTCAAA--G-AAGATTT--AAATAC------GTTAAGAGTGCCATCTC-T---ATCTTCTACTTTCA--C--AGTTTCATGAC--TAAGACATG-AAATTTT-----GATGCAG-TTTTTT
gi|44280 : aTACACT-----CAGGTA--CT-TGG-AAAA-CGCATCGCTT--A-CA---TA--CA-GAT-AAT----TT-TA-G----TGCTT---AA-A--T----GTC--------GATTTCAAA--G-AAAGTTT--TTAGAC------GCTAAGAGTGTCATATC-T---GGCTTCTTCTGTCA--A--CATTTCATGAT--TGAGACATG-AATATTT-----GATGCAT-TTTTTT
gi|44249 : TACACT-----CAGGGA--CT-TT-----A-C--ACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-C----TGCAG---AA-AA-T----GACATC-C---GAGTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTTAAGAATGCCGTTTG-T---GTTTTCTGC-----------ATTC--TGAC--TGAGACTTG-AATTTTT-----GATACAT-TTTTTT
gi|44263 : agTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CACACCACTT--C-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TTCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---AATTTCACA--G-AAAGTTT--ATATAT------GTTAAGAGTGCCATCTC-
gi|44283 : aTACATT-----GAGGGA--CT-TTG-AAAA-C-----------------------A-GGT-AAT----TT-TA-A----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AATGTGT--ATATAC------GTCAAGAGTGCCATCTC-T------------TGACA--A--AATTCCATGAC--TGAGACTTA-AATTATT-----TATGCAT-TTTTTT
gi|44275 : TACACA-----CAGGGT--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTG--A-CA---TG--CA-GGT-AAT----TT-TTTG----TGCAT---AA-AA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTTAAGAGTG-----------------------TCA--A--AATTTAATGAC--TGAGACTTG-AAAATTT-----GATGCAT-TTCTT
gi|44265 : TACACT-----CAGTAA--CT-TTG-AAAA-CGCACTACTT--A-CA---TA--CA-GGT--AT----TT-TA-G----TGCTT---GA-AA-T----GTCATT-C---GATTTCAGA--T-AATGTTT--ATATAC------GTTAAAAGTGCCATTCC-T---G------------------GATTTCATGAC--TGAGACTTG-AATTGTT-----T-TCCAT-TTTT
gi|44266 : aTACACT-----CAGTGA--CT-TTG-AAAA-CACACCA------------------------AT----GT-TA-G----TGCAG---AA-AA-TAAATGTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------CTTAAGAATGCCATCTC-T---G-GTTCTACTGTCA--C--AATTTCATGACGACGATAC----ATTTTTT-----T-TCTAT-TTTT
gi|44285 : aTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-C---TCACT--------------CA-G-----------C-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAACTTA--ATATAC------GTCAAGAGTGTTATCTC-T---GTCTTCTACT
gi|44268 : TACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-ATCACCTCTT--A-CA---TA--CA-AGT-CAA----TT-TG-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATT-C---GATTTCAAT--A-GAAGTAT--ATATAC------GTTACAAGTGCCAggca
gi|44264 : aTACACT-----CGGGAG--CT-TTG-AAA--TGCACCACTT--A-CA---TG--CA-GGT-AAT----TC-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAT------GTCA
gi|44250 : aTACACT-----CAGGGA--CC-CTG-GAAA-CACATCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-GA-G----TGCAT---GA-AA-T----GTCATC-C---GATTGCAAA--G-AAAGTTA--ATATAC------GTTCAGAGTTCTATCT
gi|44284 : aaTACACTACCATCAGGGA--CT-ATG-AAAA-CACACCACTT--A-CA---TA--CA-AGT-ACT----TA-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTC--ATAAAC------GTTAg
gi|44252 : TACACT-----CAGCGA--CT-TTACAAAA-CACACCAATT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATACAA------ACCAAGAGTGaaa
gi|44251 : agTACACT-----CAGCGA--CT-TTACAAAA-CACACCAATT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATACAA------ACCAAGAGTG
gi|44269 : agTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTT--G-CA---TA--CA-GGT-ACT----TT-TA-A----TGCAG---AA-AC-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--
gi|44267 : aTACACT-----CGGGGA--CT-TTG-AACA-CGCACCACTT--A-CA---TATACA-AGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GATTTCAAATTGCAAAACTC--ACAGAC------GTCA
gi|44270 : aTACACT-----CAGTGACGA----G-AAAA-C--ACCACTT--A-CA---TG--CA-GGT-AAT----TT-AA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATG-T---GATTTCATA--G-GAAGTTT--ATATAC------GTataaagagtgc
gi|44282 : aTACACT-----TAGGAA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTT--C-TA---TA--CA-GGT-AAA----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCAT
gi|44271 : TACAGT-----TAGGGAC-AT-TT--AAAA-CGCACCACTT--A-CA---TA--CA-GAT-ACT----CT-TA-G----TGAAG---AA-CA-T----GTCATC-
gi|44286 : aTACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CTCACCACTT--A-CA---TA--CA-GAT-ACT----TT-TA-
gi|44255 : TACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-TGCACCACTT--A-AA---Tg
gi|44262 : aTACACT-----CAGGGA--CT-TTA-AAAG-CGCACCAATC--A-TA---TA--CA-AGT-AAT----AT-TA-ttctaagaaagtttatatatgttaaaaaatttcatgactgaaacttgaattttttatgcatttttt
gi|44272 : aTACACT-----CAGGGA--CA-TTA-AACA-TGCACCACAT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----CTGTG-------GCAG---AA-CA-T----g
gi|44273 : aTACACC-----CAGGGA--CT-TTA-AAAA-CACAATCCTT--A-CA---TA--CA-G
gi|44253 : aACACT-----CAGGGA--CT-TTG-ATAG-CGCACCACTT--A-CA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TG-A----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTTAAGAGTGACATCTC-C---GTCTTCTACTACC---A--AATTTCATGAC--CGAAACTTG-A-TTTTT-----TATGTAT-TTTTTTtgta
gi|44287 : acACACA-----CAGATA--CT-TTG-AAAA-CTTACCACTT--A-CA---TA--CA-TGT-TAT----TT-AA-A----TGCTG---GA-AA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAGTTA--ATTTAC------GTTAATAATATAATCTC-T---ATCTTCTACTGTCA--A--AATGTCATGAA--TGAGACTTG-ATATTTT-----ATTTCAA-TTTTT
gi|44288 : ACACT-----CAGGGA--CT-TTG-AAAA-CGCACCACTT--C-TA---TA--CA-GGT-CAA----TT-CA-G----TGCA----AA-AA-T----GACATC-
gi|44289 : CACT-----AAGGGG--CT-TTG-AAAA-TGCACCACTT--A-CA---TA--CC-TGT-AAT----TT-TA-G----TGTA----AA-AA-T----GTCGTC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTG--ATATAC------GTTAAGAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCA--A--AATTTGATGTC--AGAGACTTG-ACATTTG-----TATGCAT-TTTTT
gi|44290 : CACT-----CAGGGA--CT-TTT-AAAA-AGCACCAC-------------------------------------------AG---AA-AA-T----GTCATC-C---TATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATAAAC------ATTAGGAGTGCCATCT------GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAC--TGAGACTTGAATTTTTG-----TATGCAT-TTTTCT
gi|44292 : T-----CAGTGA--CT-TTT-AACG-CGCACCGCTT--A-CA---TA--CC-GGT-TAT----TA-AA-G----TGCAG---AA-AA-T----ATCTTC-A---GATTTCAGA--G-AAAGTTT--ATATTC------GTTAAGAGTGTCATCTC-T---TTCTTCTATTGTCA--A--AAAATAATAAC--TGAGACTTGCATTTTTTGTTAATGT-TAT-TTTTTT
gi|44291 : T-----CAGGGA--CT-TTA-AAAA-CTCACCAAAA--A-CA---TA--CA-AGT-AAT----TT-AT-T----TGCAA---AA-AA-T------CATC-T---GATTTCAAA----AAAGGTT--ATATAC------GTTAAGAATGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AGTTTCAGGAC--TGAGACT---A---TTT-----CATGCAT-TTGTTT
gi|44294 : T-TTG-AAAA-CGCACCACTT--A-TA---TA--TA-GGT-AAT----TT-TA-A----TGCCG---AC-AA-A----GTGATC-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTAAAAAGTGCTGTTTC-T---GTTTTCTACTGTCA--A--AATGTAATGAC--TGAGAGTTG-AATATTT-----GATGCAT-TATTTTctccattttt
gi|44293 : T-TTG-AAGA-CACACCACAT--A-CA---TA--AA-GGT-AAG----TT-AA-G----TACAA---AA-AAAT----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AGAGTTT--ATATAC------ATTTAGAGTGCTAGCTC-T---GTCTTCCACTGT
gi|44295 : acACCACTA--A-TA---TA--CA-GGT-AAT----TT-TA-G----TGCAG---AA-AA-T----GTCATC-C---GAGTTCACA--G-
gi|44297 : CTACTT--AACAGGTTA--TA-GAC-AAA----TT-TA-A----TGCAG----A-AA-T----GTTATC-C---GATTTCATA--GAAAAACTT--ATATAC------GTTAAGAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATGTCATAAC--TGAGACTTG-A--TTTT-----AATGCAT-TTTTT
gi|44296 : CTACTT--AACAGGTTA--TA-GAC-AAA----TT-TA-G----TGCAG---AA-A--T----ATTATC-C---GATTTCATA--G-GAAACTT--ATATAC------GTTAAGAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATATCATAAC--TGAGACTTG-A--TTTT-----AATGCAT-TTTTT
gi|44298 : -TA-AC---TGCAGCACAATAA-T----TTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAGTTT--ATATAC------GTTAAGAGTGCCATATC-T---GTCTTATACTGCCA--A--AATTTCATGAT--TAAAATTTGAATTATTT-----TATGCAT-TTCTCT
gi|44299 : g----TGTAA---AA-CA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-ACAGTTT--ATATAC------GCTAAGAGTGTCACCTC-T---GTCTTCTACTGTTC--A--AATTTCACGAA--TAAGA-----A-TTTTT-----TATGCAT-TTTTTT
gi|44255 : G---AA-AA-T----G-CACCACTTAAATTTCTAA--G-AAAGTTT--ATATA---------------TGTTA-------------------A--A--A--AATTTCATGAC--TGAAACTTG-AATTTTT-----TATGCAT-TTTTT
gi|44300 : atacactcagggactttTTAAA--G-AAAGTTT--ATATACATGAACGTTACGAGTGGCATCTC-T---GTCTTCTTCTGTCA--A--TATTTCTCGAC--TAAGACTTG-AAGTTTT-----GATTCAT-ATTTT
gi|44301 : GAGTGCCATCTC-TTTTGTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAA--TGAGATTTG-AATTTTT-----TATGCAT-TTTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222 1 1 1111 22 1 222 22 0 0 0 1111 0 0 1111 0 111 11 0 0 11 222222 1111 1111 1 111 11 11 333 1 333333 1 1
lowQualScore : ..... . . .... .. . ... .. . . . .... . . .... . ... .. . . .. ...... .... .... . ... .. .. ... . ...... . .
lowQualScore : 00000 6 6 5555 55 5 555 00 7 7 7 5555 7 7 6666 8 444 11 8 8 11 333333 7777 8888 0 777 44 44 000 1 111111 1 1
consensus : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
Reference ( family-417 ) : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44243 : TACAAT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCGCT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T---------C-T---GATTTCAAA--G-ATAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGTCATTTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTGCATGACTGAGACTT------CT-TCT-T----TTG-CA
gi|44244 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAAACGCATCACT----TT-A-CA---TA--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTA----AA----GAGTGCCATATC-T---GTCAGCAAATGCCG--A--ACTTTCAGGACTAAGACTTG----ATT-TTT-T----ATG-CAT-
gi|44245 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-A-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------CTT----AA----GAATGCCATCTT-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AA
gi|44246 : aaTACACT-----CAGGGTGTTTG-AAAA-CATACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGGAAA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATAAAT------GCT-----A----TAGCG-AATCTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTTCACGACTGACACTTGA---GTT-TTT-G----GTG-CAT-TTTTTT
gi|44247 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CACATCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTTATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-A---TATTTCAAA--G-AAAT-GTG--ATATAC------GCA----AT----GAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCT--A--AATTTCGTGACTGAAACTTGA---ATA-TTT-T----ATG-CAT-TCCTT
gi|44248 : agTACACT-----CAGGGACTTAG-AAAAACGCATCACT----TT-A-CA---TT--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------ATA----AA----GAGTGCCATCTC-T---GCCAGCAAATGCCA--A--ATTTTCAGGACTAAGACTTGA-----T-TTT-T----ATG-CAT-
gi|44249 : aaTACACT-----CAGGGACTTTA--------CACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-C----T-GCAGAAAA-T----GACATC-C---GAGTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAATGCCGTTTG-T---GTTTTCTGC-----------ATTC--TGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-G----ATA-CAT-TTTTTTatattccattttttt
gi|44250 : agTACACT-----CAGGGACCCTG-GAAA-CACATCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTGA-G----T-GCATGAAA-T----GTCATC-C---GATTGCAAA--G-AAAG-TTA--ATATAC------GTT----CA----GAGTTCTATCT
gi|44251 : aaTACACT-----CAGCGACTTTACAAAA-CACACCAAT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATACAA------ACC----AA----GAGTGg
gi|44252 : agTACACT-----CAGCGACTTTACAAAA-CACACCAAT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATACAA------ACC----AA----GAGTG
gi|44253 : agACACT-----CAGGGACTTTG-ATAG-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTG-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGACATCTC-C---GTCTTCTACTACC---A--AATTTCATGACCGAAACTTG----ATT-TTT-T----ATG-TAT-TTTTTT
gi|44254 : acTACACT-----CAGGAACTTTG-TAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CAAG-GTAATTTTA-G----T-GCAGAACA-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--G-AACG-TCT--ATATGC------GTT----AT----GAGTACCATTTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTCCATGACTGAGACTTGA---CTT-TTT-G----ATG-CAT-TTTT
gi|44255 : a----T--A-CA---CT--CA-G-GGACTTT-------------GAAAA-T----G-CACCACTTAAATTTCTAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AA----------------------------------A--A--AATTTCATGACTGAAACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTT
gi|44256 : aTACACT-----CAGGGGCTTTG-AAAG-CGCCCCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATAATTTTG-G----T-GTAGGAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TGT--ATATA--------------AAAAATGAGTGTCATGTC-T---GGTTTCTACT-TCATGATTAATTTCATGACTAAAATTCGA---ATT-GTT-T----AGG-CAT-ATTTTT
gi|44257 : aTACACT-----CGGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-GCACTT-GCAGAAAA-T----GCCATC-C---GATGTCAAA--G-AAAG-TTT--TTGTAT------GTT----GA----AAGTGCCATCTC-C---GTCTTTTGCTGTCA--A--AATTTCATAAACGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CCT-TTTTT
gi|44258 : aTACACT-----CAGGGACATTG-AAAA-TGATCCACT----T--A-CA---TA--CA-T-ATAATTTTA-A----T-GCAGAAAA-C----ATCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATTGAT------GTT----TA----GAGTTACATCTC-T---GTCTTTTACTGTCA--A--AATTTCATGACGGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44259 : aTACACT-----CCGGGACTTTG-AAAA-TGAACCACT----TTAA-AA---TA--CC-G-GTAATTTTA-G----G-GCAGAAAA-C----GTGATT-T---GATTTCAAA--G-AAGA-TTT--AAATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---ATCTTCTACTTTCA--C--AGTTTCATGACTAAGACATGA---AAT-TTT-G----ATG-CAG-TTTTTT
gi|44260 : aTAAACT-----TAGGGACTTTG-AAAA-CACACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-C----T-GCAGAAAA-T----G---TC-T---GATGTGAAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AG----GAATGCCATCTT------TCTTCTACTGTCA--A--AATTTTATGACTAAGACTTGA---AGT-TTT-G----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44261 : aTACACT-----CATATACTTTG-AAAA-CGCACCACTAACAT--A-CA---TATACA-T-GTAATTGTA-T----T-GTAGAAAA-T----GGTTTG-C---GATTTTAAA--G-AAAA-ATT--ATATAC------ATT----AA----GAGTGCCATTTC-G---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAATGAGACTTG----ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44262 : aTACACT-----CAGGGACTTTA-AAAG-CGCACCAAT----C--A-TA---TA--CA-A-GTAATATTA-G----
gi|44263 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CACACCACT----T--C-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-TCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCACA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-
gi|44264 : aTACACT-----CGGGAGCTTTG-AAA--TGCACCACT----T--A-CA---TG--CA-G-GTAATTCTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTC----A
gi|44265 : aTACACT-----CAGTAACTTTG-AAAA-CGCACTACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTA-TTTTA-G----T-GCTTGAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAGA--T-AATG-TTT--ATATAC------GTT----AA----AAGTGCCATTCC-T---G------------------GATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-GTT-T-----TC-CAT-TTTT
gi|44266 : aTACACT-----CAGTGACTTTG-AAAA-CACACCA----------------------------ATGTTA-G----T-GCAGAAAA-TAAATGTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------CTT----AA----GAATGCCATCTC-T---G-GTTCTACTGTCA--C--AATTTCATGAC---GAC--GATACATT-TTT-T----TTC-TAT-TTTT
gi|44267 : aTACACT-----CGGGGACTTTG-AACA-CGCACCACT----T--A-CA---TATACA-A-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAATTGCAAAA-CTC--ACAGAC------GTCAATAAA----GAGTGC
gi|44268 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-ATCACCTCT----T--A-CA---TA--CA-A-GTCAATTTG-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAAT--A-GAAG-TAT--ATATAC------GTT----AC----AAGTGCCA
gi|44269 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--G-CA---TA--CA-G-GTACTTTTA-A----T-GCAGAAAC-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--
gi|44270 : aTACACT-----CAGTGAC---G-AGAA-AACACCACT----T--A-CA---TG--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATG-T---GATTTCATA--G-GAAG-TTT--ATATAC------GT
gi|44271 : aTACAGT-----TAGGGACATTT-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATACTCTTA-G----T-GAAGAACA-T----GTCATC-
gi|44272 : aTACACT-----CAGGGACATTA-AACA-TGCACCACA----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATCT---G----TGGCAGAACA-T----
gi|44273 : aTACACC-----CAGGGACTTTA-AAAA-CACAATCCT----T--A-CA---TA--CA-GTGTA
gi|44274 : aTACACT-----CAGGGAATTTG-AAAA-CGTACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATCATTTTA-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AC----GAGTGTCATCTC-C---GTCTTCTACTATCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---TTT-TTT-T----GTG-CAT-TTTTTT
gi|44275 : TACACA-----CAGGGTCTTTG-AAAA-CGCACCACT----G--A-CA---TG--CA-G-GTAATTTTTTG----T-GCATAAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAG-----------------------TGTCA--A--AATTTAATGACTGAGACTTGA---AAA-TTT-G----ATG-CAT-TTCTT
gi|44276 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCAGCATT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGTAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAC--G-AAAG-TTC--ATATAC------GTT----AA----GATTGCCATCTC-T---GTTTTATATTATCA--A--AATTTCATGATTGAGACTTGT---ATT-TTG-T----ATG-CATATTTTTT
gi|44277 : TACTCT-----CGGAAACATTG-AAAA-TGCACCACT----T--T-CA---TA--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAG-TTTTAATATAC------CTT----AA----GAGTGCCATATCTT---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACCTAGACTTGA---ATT-GTT-T----
gi|44278 : TACACT-----CGGGGACTTCG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--C--G-GTAATTTTA-G----T-GGAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTG--ATATAC------CTA----AA----GAGTGCGATATA-T---GTCTTCTAATGTCA--A--ATTTTCATGACTTAGTCTTGA---ATT-TCC-C----ATA-CAT-TTATTTt
gi|44279 : TACAGT-----CAAAGACTTTG-AAAA-TGCACCGCT----G--A-CA---CA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G--AAT-TTT--ATATAT------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTTATATACTGTCA--A--AATTTAATGACAGAGACTTGA---CAT-TTT-G----ATG-GAT-TTTT
gi|44280 : TACACT-----CAGGTACTTGG-AAAA-CGCATCGCT----T--A-CA---TA--CA-G-ATAATTTTA-G----T-GCTTAAA--T----GTC--------GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--TTAGAC------GCT----AA----GAGTGTCATATC-T---GGCTTCTTCTGTCA--A--CATTTCATGATTGAGACATGA---ATA-TTT-G----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44281 : TGCACT-----CAGGGACTTTG-AAA--TGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTTATTCTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTATAAA--G-AAAG-TTG--ATATAT------TTT----AA----GAGTGTCATCGC-C---GTCTT-GACTGTCA--A--AATTTCATGACTGA
gi|44282 : TACACT-----TAGGAACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--C-TA---TA--CA-G-GTAAATTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCAT
gi|44283 : TACATT-----GAGGGACTTTG-AAAA-C---------------------------A-G-GTAATTTTA-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AATG-TGT--ATATAC------GTC----AA----GAGTGCCATCTC-T------------TGACA--A--AATTCCATGACTGAGACTTAA---ATT-ATT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44284 : TACACTACCATCAGGGACTATG-AAAA-CACACCACT----T--A-CA---TA--CA-A-GTACTTATA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTC--ATAAAC------GTT----AA----AA
gi|44285 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-C---TCACT------------------CA-G-------CTA-G----T-GCAGAAAA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAC-TTA--ATATAC------GTC----AA----GAGTGTTATCTC-T---GTCTTCTACTGGCA--
gi|44286 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CTCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATACTTTTA-G----
gi|44287 : ACACA-----CAGATACTTTG-AAAA-CTTACCACT----T--A-CA---TA--CA-T-GTTATTTAA-A----T-GCTGGAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTA--ATTTAC------GTT----AA----TAATATAATCTC-T---ATCTTCTACTGTCA--A--AATGTCATGAATGAGACTTGAT--ATT-TTA-T----TTC-AAT-TTTT
gi|44288 : ACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--C-TA---TA--CA-G-GTCAATTCA-G----T-GCA-AAAA-T----GACATC-
gi|44289 : CACT-----AAGGGGCTTTG-AAAA-TGCACCACT----T--A-CA---TA--CC-T-GTAATTTTA-G----T-GTA-AAAA-T----GTCGTC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTG--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCA--A--AATTTGATGTCAGAGACTTGA---CAT-TTG-T----ATG-CAT-TTTTT
gi|44290 : CACT-----CAGGGACTTTT-AAAA-AGCACCAC-------------------------------------------AGAAAA-T----GTCATC-C---TATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATAAAC------ATT----AG----GAGTGCCA--TC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTTGT----ATG-CAT-TTTTCT
gi|44291 : T-----CAGGGACTTTA-AAAA-CTCACCAAA----A--A-CA---TA--CA-A-GTAATTTAT-T----T-GCAAAAAA-T------CATC-T---GATTTCAAA----AAAG-GTT--ATATAC------GTT----AA----GAATGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AGTTTCAGGACTGAGACT--A-------TTT-C----ATG-CAT-TTGTTT
gi|44292 : T-----CAGTGACTTTT-AACG-CGCACCGCT----T--A-CA---TA--CC-G-GTTATTAAA-G----T-GCAGAAAA-T----ATCTTC-A---GATTTCAGA--G-AAAG-TTT--ATATTC------GTT----AA----GAGTGTCATCTC-T---TTCTTCTATTGTCA--A--AAAATAATAACTGAGACTTGC---ATT-TTT-TGTTAATGTTAT-TTTTTTctccattttt
gi|44293 : ACTTTG-AAGA-CACACCACA----T--A-CA---TA--AA-G-GTAAGTTAA-G----T-ACAAAAAAAT----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AGAG-TTT--ATATAC------ATT----TA----GAGTGCTAGCTC-T---GTCTTCCACTGT
gi|44294 : TTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-TA---TA--TA-G-GTAATTTTA-A----T-GCCGACAA-A----GTGATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTA----AA----AAGTGCTGTTTC-T---GTTTTCTACTGTCA--A--AATGTAATGACTGAGAGTTGA---ATA-TTT-G----ATG-CAT-TATTTT
gi|44295 : ACCACT----A--A-TA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GAGTTCACA--G-
gi|44296 : CTACT----T--AACAGGTTA--TA-G-ACAAATTTA-G----T-GCAGAAA--T----ATTATC-C---GATTTCATA--G-GAAA-CTT--ATATAC------GTT----AA----GAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATATCATAACTGAGACTTGA-----T-TTT-A----ATG-CAT-TTTTT
gi|44297 : CTACT----T--AACAGGTTA--TA-G-ACAAATTTA-A----T-GCAGAAA--T----GTTATC-C---GATTTCATA--G-AAAAACTT--ATATAC------GTT----AA----GAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATGTCATAACTGAGACTTGA-----T-TTT-A----ATG-CAT-TTTTT
gi|44298 : -GTAACTGCA-G----C-ACA-ATAA-T----TTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATATC-T---GTCTTATACTGCCA--A--AATTTCATGATTAAAATTTGA---ATTATTT-T----ATG-CAT-TTCTCT
gi|44299 : ----T-GTAAAACA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-ACAG-TTT--ATATAC------GCT----AA----GAGTGTCACCTC-T---GTCTTCTACTGTTC--A--AATTTCACGAATAA-----GA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44300 : TTAAA--G-AAAG-TTT--ATATACATGAACGTT----AC----GAGTGGCATCTC-T---GTCTTCTTCTGTCA--A--TATTTCTCGACTAAGACTTGA---AGT-TTT-G----ATT-CAT-ATTTT
gi|44301 : ----AA----GAGTGCCATCTC-TTTTGTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAATGAGATTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222 1 1 1111 22 1 222 22 0 0 0 1111 0 0 1111 0 111 11 0 0 11 222222 1111 1111 1 111 11 11 333 1 333333 1 1
lowQualScore : ..... . . .... .. . ... .. . . . .... . . .... . ... .. . . .. ...... .... .... . ... .. .. ... . ...... . .
lowQualScore : 00000 6 6 5555 55 5 555 00 7 7 7 5555 7 7 6666 8 444 11 8 8 11 333333 7777 8888 0 777 44 44 000 1 111111 1 1
consensus : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
Reference ( family-417 ) : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44243 : TACAAT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCGCT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T---------C-T---GATTTCAAA--G-ATAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGTCATTTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTGCATGACTGAGACTT------CT-TCT-T----TTG-CA
gi|44244 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAAACGCATCACT----TT-A-CA---TA--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTA----AA----GAGTGCCATATC-T---GTCAGCAAATGCCG--A--ACTTTCAGGACTAAGACTTG----ATT-TTT-T----ATG-CAT-
gi|44245 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-A-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------CTT----AA----GAATGCCATCTT-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AA
gi|44246 : aaTACACT-----CAGGGTGTTTG-AAAA-CATACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGGAAA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATAAAT------GCT-----A----TAGCG-AATCTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTTCACGACTGACACTTGA---GTT-TTT-G----GTG-CAT-TTTTTT
gi|44247 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CACATCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTTATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-A---TATTTCAAA--G-AAAT-GTG--ATATAC------GCA----AT----GAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCT--A--AATTTCGTGACTGAAACTTGA---ATA-TTT-T----ATG-CAT-TCCTT
gi|44248 : agTACACT-----CAGGGACTTAG-AAAAACGCATCACT----TT-A-CA---TT--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------ATA----AA----GAGTGCCATCTC-T---GCCAGCAAATGCCA--A--ATTTTCAGGACTAAGACTTGA-----T-TTT-T----ATG-CAT-
gi|44249 : aaTACACT-----CAGGGACTTTA--------CACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-C----T-GCAGAAAA-T----GACATC-C---GAGTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAATGCCGTTTG-T---GTTTTCTGC-----------ATTC--TGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-G----ATA-CAT-TTTTTTatattccattttttt
gi|44250 : agTACACT-----CAGGGACCCTG-GAAA-CACATCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTGA-G----T-GCATGAAA-T----GTCATC-C---GATTGCAAA--G-AAAG-TTA--ATATAC------GTT----CA----GAGTTCTATCT
gi|44251 : aaTACACT-----CAGCGACTTTACAAAA-CACACCAAT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATACAA------ACC----AA----GAGTGg
gi|44252 : agTACACT-----CAGCGACTTTACAAAA-CACACCAAT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATACAA------ACC----AA----GAGTG
gi|44253 : agACACT-----CAGGGACTTTG-ATAG-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTG-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGACATCTC-C---GTCTTCTACTACC---A--AATTTCATGACCGAAACTTG----ATT-TTT-T----ATG-TAT-TTTTTT
gi|44254 : acTACACT-----CAGGAACTTTG-TAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CAAG-GTAATTTTA-G----T-GCAGAACA-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--G-AACG-TCT--ATATGC------GTT----AT----GAGTACCATTTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTCCATGACTGAGACTTGA---CTT-TTT-G----ATG-CAT-TTTT
gi|44255 : a----T--A-CA---CT--CA-G-GGACTTT-------------GAAAA-T----G-CACCACTTAAATTTCTAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AA----------------------------------A--A--AATTTCATGACTGAAACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTT
gi|44256 : aTACACT-----CAGGGGCTTTG-AAAG-CGCCCCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATAATTTTG-G----T-GTAGGAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TGT--ATATA--------------AAAAATGAGTGTCATGTC-T---GGTTTCTACT-TCATGATTAATTTCATGACTAAAATTCGA---ATT-GTT-T----AGG-CAT-ATTTTT
gi|44257 : aTACACT-----CGGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-GCACTT-GCAGAAAA-T----GCCATC-C---GATGTCAAA--G-AAAG-TTT--TTGTAT------GTT----GA----AAGTGCCATCTC-C---GTCTTTTGCTGTCA--A--AATTTCATAAACGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CCT-TTTTT
gi|44258 : aTACACT-----CAGGGACATTG-AAAA-TGATCCACT----T--A-CA---TA--CA-T-ATAATTTTA-A----T-GCAGAAAA-C----ATCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATTGAT------GTT----TA----GAGTTACATCTC-T---GTCTTTTACTGTCA--A--AATTTCATGACGGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44259 : aTACACT-----CCGGGACTTTG-AAAA-TGAACCACT----TTAA-AA---TA--CC-G-GTAATTTTA-G----G-GCAGAAAA-C----GTGATT-T---GATTTCAAA--G-AAGA-TTT--AAATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---ATCTTCTACTTTCA--C--AGTTTCATGACTAAGACATGA---AAT-TTT-G----ATG-CAG-TTTTTT
gi|44260 : aTAAACT-----TAGGGACTTTG-AAAA-CACACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-C----T-GCAGAAAA-T----G---TC-T---GATGTGAAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AG----GAATGCCATCTT------TCTTCTACTGTCA--A--AATTTTATGACTAAGACTTGA---AGT-TTT-G----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44261 : aTACACT-----CATATACTTTG-AAAA-CGCACCACTAACAT--A-CA---TATACA-T-GTAATTGTA-T----T-GTAGAAAA-T----GGTTTG-C---GATTTTAAA--G-AAAA-ATT--ATATAC------ATT----AA----GAGTGCCATTTC-G---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAATGAGACTTG----ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44262 : aTACACT-----CAGGGACTTTA-AAAG-CGCACCAAT----C--A-TA---TA--CA-A-GTAATATTA-G----
gi|44263 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CACACCACT----T--C-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-TCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCACA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-
gi|44264 : aTACACT-----CGGGAGCTTTG-AAA--TGCACCACT----T--A-CA---TG--CA-G-GTAATTCTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTC----A
gi|44265 : aTACACT-----CAGTAACTTTG-AAAA-CGCACTACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTA-TTTTA-G----T-GCTTGAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAGA--T-AATG-TTT--ATATAC------GTT----AA----AAGTGCCATTCC-T---G------------------GATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-GTT-T-----TC-CAT-TTTT
gi|44266 : aTACACT-----CAGTGACTTTG-AAAA-CACACCA----------------------------ATGTTA-G----T-GCAGAAAA-TAAATGTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------CTT----AA----GAATGCCATCTC-T---G-GTTCTACTGTCA--C--AATTTCATGAC---GAC--GATACATT-TTT-T----TTC-TAT-TTTT
gi|44267 : aTACACT-----CGGGGACTTTG-AACA-CGCACCACT----T--A-CA---TATACA-A-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAATTGCAAAA-CTC--ACAGAC------GTCAATAAA----GAGTGC
gi|44268 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-ATCACCTCT----T--A-CA---TA--CA-A-GTCAATTTG-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAAT--A-GAAG-TAT--ATATAC------GTT----AC----AAGTGCCA
gi|44269 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--G-CA---TA--CA-G-GTACTTTTA-A----T-GCAGAAAC-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--
gi|44270 : aTACACT-----CAGTGAC---G-AGAA-AACACCACT----T--A-CA---TG--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATG-T---GATTTCATA--G-GAAG-TTT--ATATAC------GT
gi|44271 : aTACAGT-----TAGGGACATTT-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATACTCTTA-G----T-GAAGAACA-T----GTCATC-
gi|44272 : aTACACT-----CAGGGACATTA-AACA-TGCACCACA----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATCT---G----TGGCAGAACA-T----
gi|44273 : aTACACC-----CAGGGACTTTA-AAAA-CACAATCCT----T--A-CA---TA--CA-GTGTA
gi|44274 : aTACACT-----CAGGGAATTTG-AAAA-CGTACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATCATTTTA-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AC----GAGTGTCATCTC-C---GTCTTCTACTATCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---TTT-TTT-T----GTG-CAT-TTTTTT
gi|44275 : TACACA-----CAGGGTCTTTG-AAAA-CGCACCACT----G--A-CA---TG--CA-G-GTAATTTTTTG----T-GCATAAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAG-----------------------TGTCA--A--AATTTAATGACTGAGACTTGA---AAA-TTT-G----ATG-CAT-TTCTT
gi|44276 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCAGCATT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGTAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAC--G-AAAG-TTC--ATATAC------GTT----AA----GATTGCCATCTC-T---GTTTTATATTATCA--A--AATTTCATGATTGAGACTTGT---ATT-TTG-T----ATG-CATATTTTTT
gi|44277 : TACTCT-----CGGAAACATTG-AAAA-TGCACCACT----T--T-CA---TA--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAG-TTTTAATATAC------CTT----AA----GAGTGCCATATCTT---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACCTAGACTTGA---ATT-GTT-T----
gi|44278 : TACACT-----CGGGGACTTCG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--C--G-GTAATTTTA-G----T-GGAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTG--ATATAC------CTA----AA----GAGTGCGATATA-T---GTCTTCTAATGTCA--A--ATTTTCATGACTTAGTCTTGA---ATT-TCC-C----ATA-CAT-TTATTTt
gi|44279 : TACAGT-----CAAAGACTTTG-AAAA-TGCACCGCT----G--A-CA---CA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G--AAT-TTT--ATATAT------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTTATATACTGTCA--A--AATTTAATGACAGAGACTTGA---CAT-TTT-G----ATG-GAT-TTTT
gi|44280 : TACACT-----CAGGTACTTGG-AAAA-CGCATCGCT----T--A-CA---TA--CA-G-ATAATTTTA-G----T-GCTTAAA--T----GTC--------GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--TTAGAC------GCT----AA----GAGTGTCATATC-T---GGCTTCTTCTGTCA--A--CATTTCATGATTGAGACATGA---ATA-TTT-G----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44281 : TGCACT-----CAGGGACTTTG-AAA--TGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTTATTCTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTATAAA--G-AAAG-TTG--ATATAT------TTT----AA----GAGTGTCATCGC-C---GTCTT-GACTGTCA--A--AATTTCATGACTGA
gi|44282 : TACACT-----TAGGAACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--C-TA---TA--CA-G-GTAAATTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCAT
gi|44283 : TACATT-----GAGGGACTTTG-AAAA-C---------------------------A-G-GTAATTTTA-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AATG-TGT--ATATAC------GTC----AA----GAGTGCCATCTC-T------------TGACA--A--AATTCCATGACTGAGACTTAA---ATT-ATT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44284 : TACACTACCATCAGGGACTATG-AAAA-CACACCACT----T--A-CA---TA--CA-A-GTACTTATA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTC--ATAAAC------GTT----AA----AA
gi|44285 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-C---TCACT------------------CA-G-------CTA-G----T-GCAGAAAA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAC-TTA--ATATAC------GTC----AA----GAGTGTTATCTC-T---GTCTTCTACTGGCA--
gi|44286 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CTCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATACTTTTA-G----
gi|44287 : ACACA-----CAGATACTTTG-AAAA-CTTACCACT----T--A-CA---TA--CA-T-GTTATTTAA-A----T-GCTGGAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTA--ATTTAC------GTT----AA----TAATATAATCTC-T---ATCTTCTACTGTCA--A--AATGTCATGAATGAGACTTGAT--ATT-TTA-T----TTC-AAT-TTTT
gi|44288 : ACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--C-TA---TA--CA-G-GTCAATTCA-G----T-GCA-AAAA-T----GACATC-
gi|44289 : CACT-----AAGGGGCTTTG-AAAA-TGCACCACT----T--A-CA---TA--CC-T-GTAATTTTA-G----T-GTA-AAAA-T----GTCGTC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTG--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCA--A--AATTTGATGTCAGAGACTTGA---CAT-TTG-T----ATG-CAT-TTTTT
gi|44290 : CACT-----CAGGGACTTTT-AAAA-AGCACCAC-------------------------------------------AGAAAA-T----GTCATC-C---TATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATAAAC------ATT----AG----GAGTGCCA--TC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTTGT----ATG-CAT-TTTTCT
gi|44291 : T-----CAGGGACTTTA-AAAA-CTCACCAAA----A--A-CA---TA--CA-A-GTAATTTAT-T----T-GCAAAAAA-T------CATC-T---GATTTCAAA----AAAG-GTT--ATATAC------GTT----AA----GAATGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AGTTTCAGGACTGAGACT--A-------TTT-C----ATG-CAT-TTGTTT
gi|44292 : T-----CAGTGACTTTT-AACG-CGCACCGCT----T--A-CA---TA--CC-G-GTTATTAAA-G----T-GCAGAAAA-T----ATCTTC-A---GATTTCAGA--G-AAAG-TTT--ATATTC------GTT----AA----GAGTGTCATCTC-T---TTCTTCTATTGTCA--A--AAAATAATAACTGAGACTTGC---ATT-TTT-TGTTAATGTTAT-TTTTTTctccattttt
gi|44293 : ACTTTG-AAGA-CACACCACA----T--A-CA---TA--AA-G-GTAAGTTAA-G----T-ACAAAAAAAT----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AGAG-TTT--ATATAC------ATT----TA----GAGTGCTAGCTC-T---GTCTTCCACTGT
gi|44294 : TTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-TA---TA--TA-G-GTAATTTTA-A----T-GCCGACAA-A----GTGATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTA----AA----AAGTGCTGTTTC-T---GTTTTCTACTGTCA--A--AATGTAATGACTGAGAGTTGA---ATA-TTT-G----ATG-CAT-TATTTT
gi|44295 : ACCACT----A--A-TA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GAGTTCACA--G-
gi|44296 : CTACT----T--AACAGGTTA--TA-G-ACAAATTTA-G----T-GCAGAAA--T----ATTATC-C---GATTTCATA--G-GAAA-CTT--ATATAC------GTT----AA----GAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATATCATAACTGAGACTTGA-----T-TTT-A----ATG-CAT-TTTTT
gi|44297 : CTACT----T--AACAGGTTA--TA-G-ACAAATTTA-A----T-GCAGAAA--T----GTTATC-C---GATTTCATA--G-AAAAACTT--ATATAC------GTT----AA----GAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATGTCATAACTGAGACTTGA-----T-TTT-A----ATG-CAT-TTTTT
gi|44298 : -GTAACTGCA-G----C-ACA-ATAA-T----TTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATATC-T---GTCTTATACTGCCA--A--AATTTCATGATTAAAATTTGA---ATTATTT-T----ATG-CAT-TTCTCT
gi|44299 : ----T-GTAAAACA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-ACAG-TTT--ATATAC------GCT----AA----GAGTGTCACCTC-T---GTCTTCTACTGTTC--A--AATTTCACGAATAA-----GA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44300 : TTAAA--G-AAAG-TTT--ATATACATGAACGTT----AC----GAGTGGCATCTC-T---GTCTTCTTCTGTCA--A--TATTTCTCGACTAAGACTTGA---AGT-TTT-G----ATT-CAT-ATTTT
gi|44301 : ----AA----GAGTGCCATCTC-TTTTGTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAATGAGATTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
blockSeqs : ACCAT C A AACA TA A GGT TA CACT AAAT TTA TT TA ATGAAC AATA AAAT TTT TG TT TAC A TGTTA T A
blockSeqs : . C A . T A GGT TA . . . . . . . . . . . T . GT . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
finalCons : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
Alignments
lowQualScore : 22222 1 1 1111 22 1 222 22 0 0 0 1111 0 0 1111 0 111 11 0 0 11 222222 1111 1111 1 111 11 11 333 1 333333 1 1
lowQualScore : ..... . . .... .. . ... .. . . . .... . . .... . ... .. . . .. ...... .... .... . ... .. .. ... . ...... . .
lowQualScore : 00000 6 6 5555 55 5 555 00 7 7 7 5555 7 7 6666 8 444 11 8 8 11 333333 7777 8888 0 777 44 44 000 1 111111 1 1
consensus : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
Reference ( family-417 ) : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44243 : TACAAT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCGCT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T---------C-T---GATTTCAAA--G-ATAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGTCATTTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTGCATGACTGAGACTT------CT-TCT-T----TTG-CA
gi|44244 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAAACGCATCACT----TT-A-CA---TA--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTA----AA----GAGTGCCATATC-T---GTCAGCAAATGCCG--A--ACTTTCAGGACTAAGACTTG----ATT-TTT-T----ATG-CAT-
gi|44245 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-A-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------CTT----AA----GAATGCCATCTT-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AA
gi|44246 : aaTACACT-----CAGGGTGTTTG-AAAA-CATACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGGAAA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATAAAT------GCT-----A----TAGCG-AATCTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTTCACGACTGACACTTGA---GTT-TTT-G----GTG-CAT-TTTTTT
gi|44247 : aaTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CACATCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTTATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-A---TATTTCAAA--G-AAAT-GTG--ATATAC------GCA----AT----GAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCT--A--AATTTCGTGACTGAAACTTGA---ATA-TTT-T----ATG-CAT-TCCTT
gi|44248 : agTACACT-----CAGGGACTTAG-AAAAACGCATCACT----TT-A-CA---TT--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------ATA----AA----GAGTGCCATCTC-T---GCCAGCAAATGCCA--A--ATTTTCAGGACTAAGACTTGA-----T-TTT-T----ATG-CAT-
gi|44249 : aaTACACT-----CAGGGACTTTA--------CACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-C----T-GCAGAAAA-T----GACATC-C---GAGTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAATGCCGTTTG-T---GTTTTCTGC-----------ATTC--TGACTGAGACTTGA---ATT-TTT-G----ATA-CAT-TTTTTTatattccattttttt
gi|44250 : agTACACT-----CAGGGACCCTG-GAAA-CACATCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTGA-G----T-GCATGAAA-T----GTCATC-C---GATTGCAAA--G-AAAG-TTA--ATATAC------GTT----CA----GAGTTCTATCT
gi|44251 : aaTACACT-----CAGCGACTTTACAAAA-CACACCAAT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATACAA------ACC----AA----GAGTGg
gi|44252 : agTACACT-----CAGCGACTTTACAAAA-CACACCAAT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTTGTC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATACAA------ACC----AA----GAGTG
gi|44253 : agACACT-----CAGGGACTTTG-ATAG-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTG-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGACATCTC-C---GTCTTCTACTACC---A--AATTTCATGACCGAAACTTG----ATT-TTT-T----ATG-TAT-TTTTTT
gi|44254 : acTACACT-----CAGGAACTTTG-TAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CAAG-GTAATTTTA-G----T-GCAGAACA-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--G-AACG-TCT--ATATGC------GTT----AT----GAGTACCATTTC-T---GTCTTCTATTGTCA--A--AATTCCATGACTGAGACTTGA---CTT-TTT-G----ATG-CAT-TTTT
gi|44255 : a----T--A-CA---CT--CA-G-GGACTTT-------------GAAAA-T----G-CACCACTTAAATTTCTAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AA----------------------------------A--A--AATTTCATGACTGAAACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTT
gi|44256 : aTACACT-----CAGGGGCTTTG-AAAG-CGCCCCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATAATTTTG-G----T-GTAGGAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TGT--ATATA--------------AAAAATGAGTGTCATGTC-T---GGTTTCTACT-TCATGATTAATTTCATGACTAAAATTCGA---ATT-GTT-T----AGG-CAT-ATTTTT
gi|44257 : aTACACT-----CGGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-GCACTT-GCAGAAAA-T----GCCATC-C---GATGTCAAA--G-AAAG-TTT--TTGTAT------GTT----GA----AAGTGCCATCTC-C---GTCTTTTGCTGTCA--A--AATTTCATAAACGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CCT-TTTTT
gi|44258 : aTACACT-----CAGGGACATTG-AAAA-TGATCCACT----T--A-CA---TA--CA-T-ATAATTTTA-A----T-GCAGAAAA-C----ATCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATTGAT------GTT----TA----GAGTTACATCTC-T---GTCTTTTACTGTCA--A--AATTTCATGACGGAGACTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44259 : aTACACT-----CCGGGACTTTG-AAAA-TGAACCACT----TTAA-AA---TA--CC-G-GTAATTTTA-G----G-GCAGAAAA-C----GTGATT-T---GATTTCAAA--G-AAGA-TTT--AAATAC------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---ATCTTCTACTTTCA--C--AGTTTCATGACTAAGACATGA---AAT-TTT-G----ATG-CAG-TTTTTT
gi|44260 : aTAAACT-----TAGGGACTTTG-AAAA-CACACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-C----T-GCAGAAAA-T----G---TC-T---GATGTGAAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AG----GAATGCCATCTT------TCTTCTACTGTCA--A--AATTTTATGACTAAGACTTGA---AGT-TTT-G----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44261 : aTACACT-----CATATACTTTG-AAAA-CGCACCACTAACAT--A-CA---TATACA-T-GTAATTGTA-T----T-GTAGAAAA-T----GGTTTG-C---GATTTTAAA--G-AAAA-ATT--ATATAC------ATT----AA----GAGTGCCATTTC-G---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAATGAGACTTG----ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44262 : aTACACT-----CAGGGACTTTA-AAAG-CGCACCAAT----C--A-TA---TA--CA-A-GTAATATTA-G----
gi|44263 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CACACCACT----T--C-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-TCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCACA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-
gi|44264 : aTACACT-----CGGGAGCTTTG-AAA--TGCACCACT----T--A-CA---TG--CA-G-GTAATTCTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAT------GTC----A
gi|44265 : aTACACT-----CAGTAACTTTG-AAAA-CGCACTACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTA-TTTTA-G----T-GCTTGAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAGA--T-AATG-TTT--ATATAC------GTT----AA----AAGTGCCATTCC-T---G------------------GATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-GTT-T-----TC-CAT-TTTT
gi|44266 : aTACACT-----CAGTGACTTTG-AAAA-CACACCA----------------------------ATGTTA-G----T-GCAGAAAA-TAAATGTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------CTT----AA----GAATGCCATCTC-T---G-GTTCTACTGTCA--C--AATTTCATGAC---GAC--GATACATT-TTT-T----TTC-TAT-TTTT
gi|44267 : aTACACT-----CGGGGACTTTG-AACA-CGCACCACT----T--A-CA---TATACA-A-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAATTGCAAAA-CTC--ACAGAC------GTCAATAAA----GAGTGC
gi|44268 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-ATCACCTCT----T--A-CA---TA--CA-A-GTCAATTTG-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAAT--A-GAAG-TAT--ATATAC------GTT----AC----AAGTGCCA
gi|44269 : aTACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--G-CA---TA--CA-G-GTACTTTTA-A----T-GCAGAAAC-T----GTTATC-C---GATTTCAAA--
gi|44270 : aTACACT-----CAGTGAC---G-AGAA-AACACCACT----T--A-CA---TG--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATG-T---GATTTCATA--G-GAAG-TTT--ATATAC------GT
gi|44271 : aTACAGT-----TAGGGACATTT-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATACTCTTA-G----T-GAAGAACA-T----GTCATC-
gi|44272 : aTACACT-----CAGGGACATTA-AACA-TGCACCACA----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATCT---G----TGGCAGAACA-T----
gi|44273 : aTACACC-----CAGGGACTTTA-AAAA-CACAATCCT----T--A-CA---TA--CA-GTGTA
gi|44274 : aTACACT-----CAGGGAATTTG-AAAA-CGTACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATCATTTTA-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AC----GAGTGTCATCTC-C---GTCTTCTACTATCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---TTT-TTT-T----GTG-CAT-TTTTTT
gi|44275 : TACACA-----CAGGGTCTTTG-AAAA-CGCACCACT----G--A-CA---TG--CA-G-GTAATTTTTTG----T-GCATAAAA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAG-----------------------TGTCA--A--AATTTAATGACTGAGACTTGA---AAA-TTT-G----ATG-CAT-TTCTT
gi|44276 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCAGCATT----T--A-CA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGTAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAC--G-AAAG-TTC--ATATAC------GTT----AA----GATTGCCATCTC-T---GTTTTATATTATCA--A--AATTTCATGATTGAGACTTGT---ATT-TTG-T----ATG-CATATTTTTT
gi|44277 : TACTCT-----CGGAAACATTG-AAAA-TGCACCACT----T--T-CA---TA--CA-G-GTAATTTAA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---AATTTCAAA--G-AAAG-TTTTAATATAC------CTT----AA----GAGTGCCATATCTT---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACCTAGACTTGA---ATT-GTT-T----
gi|44278 : TACACT-----CGGGGACTTCG-AAAA-CGCACCACT----T--A-CA---TA--C--G-GTAATTTTA-G----T-GGAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTG--ATATAC------CTA----AA----GAGTGCGATATA-T---GTCTTCTAATGTCA--A--ATTTTCATGACTTAGTCTTGA---ATT-TCC-C----ATA-CAT-TTATTTt
gi|44279 : TACAGT-----CAAAGACTTTG-AAAA-TGCACCGCT----G--A-CA---CA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G--AAT-TTT--ATATAT------GTT----AA----GAGTGCCATCTC-T---GTTATATACTGTCA--A--AATTTAATGACAGAGACTTGA---CAT-TTT-G----ATG-GAT-TTTT
gi|44280 : TACACT-----CAGGTACTTGG-AAAA-CGCATCGCT----T--A-CA---TA--CA-G-ATAATTTTA-G----T-GCTTAAA--T----GTC--------GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--TTAGAC------GCT----AA----GAGTGTCATATC-T---GGCTTCTTCTGTCA--A--CATTTCATGATTGAGACATGA---ATA-TTT-G----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44281 : TGCACT-----CAGGGACTTTG-AAA--TGCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-GTTATTCTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTATAAA--G-AAAG-TTG--ATATAT------TTT----AA----GAGTGTCATCGC-C---GTCTT-GACTGTCA--A--AATTTCATGACTGA
gi|44282 : TACACT-----TAGGAACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--C-TA---TA--CA-G-GTAAATTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCAT
gi|44283 : TACATT-----GAGGGACTTTG-AAAA-C---------------------------A-G-GTAATTTTA-A----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AATG-TGT--ATATAC------GTC----AA----GAGTGCCATCTC-T------------TGACA--A--AATTCCATGACTGAGACTTAA---ATT-ATT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44284 : TACACTACCATCAGGGACTATG-AAAA-CACACCACT----T--A-CA---TA--CA-A-GTACTTATA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTC--ATAAAC------GTT----AA----AA
gi|44285 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-C---TCACT------------------CA-G-------CTA-G----T-GCAGAAAA-T----ATCATC-C---GATTTCAAA--G-AAAC-TTA--ATATAC------GTC----AA----GAGTGTTATCTC-T---GTCTTCTACTGGCA--
gi|44286 : TACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CTCACCACT----T--A-CA---TA--CA-G-ATACTTTTA-G----
gi|44287 : ACACA-----CAGATACTTTG-AAAA-CTTACCACT----T--A-CA---TA--CA-T-GTTATTTAA-A----T-GCTGGAAA-T----GTCATC-T---GATTTCAAA--G-AAAG-TTA--ATTTAC------GTT----AA----TAATATAATCTC-T---ATCTTCTACTGTCA--A--AATGTCATGAATGAGACTTGAT--ATT-TTA-T----TTC-AAT-TTTT
gi|44288 : ACACT-----CAGGGACTTTG-AAAA-CGCACCACT----T--C-TA---TA--CA-G-GTCAATTCA-G----T-GCA-AAAA-T----GACATC-
gi|44289 : CACT-----AAGGGGCTTTG-AAAA-TGCACCACT----T--A-CA---TA--CC-T-GTAATTTTA-G----T-GTA-AAAA-T----GTCGTC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTG--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCGTCTC-T---GCCTTCTACTGTCA--A--AATTTGATGTCAGAGACTTGA---CAT-TTG-T----ATG-CAT-TTTTT
gi|44290 : CACT-----CAGGGACTTTT-AAAA-AGCACCAC-------------------------------------------AGAAAA-T----GTCATC-C---TATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATAAAC------ATT----AG----GAGTGCCA--TC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGACTGAGACTTGA---ATT-TTTGT----ATG-CAT-TTTTCT
gi|44291 : T-----CAGGGACTTTA-AAAA-CTCACCAAA----A--A-CA---TA--CA-A-GTAATTTAT-T----T-GCAAAAAA-T------CATC-T---GATTTCAAA----AAAG-GTT--ATATAC------GTT----AA----GAATGCCATCTC-T---GTCTTCTACTGTCA--A--AGTTTCAGGACTGAGACT--A-------TTT-C----ATG-CAT-TTGTTT
gi|44292 : T-----CAGTGACTTTT-AACG-CGCACCGCT----T--A-CA---TA--CC-G-GTTATTAAA-G----T-GCAGAAAA-T----ATCTTC-A---GATTTCAGA--G-AAAG-TTT--ATATTC------GTT----AA----GAGTGTCATCTC-T---TTCTTCTATTGTCA--A--AAAATAATAACTGAGACTTGC---ATT-TTT-TGTTAATGTTAT-TTTTTTctccattttt
gi|44293 : ACTTTG-AAGA-CACACCACA----T--A-CA---TA--AA-G-GTAAGTTAA-G----T-ACAAAAAAAT----GTCATC-C---GATTTCAAA--G-AGAG-TTT--ATATAC------ATT----TA----GAGTGCTAGCTC-T---GTCTTCCACTGT
gi|44294 : TTTG-AAAA-CGCACCACT----T--A-TA---TA--TA-G-GTAATTTTA-A----T-GCCGACAA-A----GTGATC-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTA----AA----AAGTGCTGTTTC-T---GTTTTCTACTGTCA--A--AATGTAATGACTGAGAGTTGA---ATA-TTT-G----ATG-CAT-TATTTT
gi|44295 : ACCACT----A--A-TA---TA--CA-G-GTAATTTTA-G----T-GCAGAAAA-T----GTCATC-C---GAGTTCACA--G-
gi|44296 : CTACT----T--AACAGGTTA--TA-G-ACAAATTTA-G----T-GCAGAAA--T----ATTATC-C---GATTTCATA--G-GAAA-CTT--ATATAC------GTT----AA----GAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATATCATAACTGAGACTTGA-----T-TTT-A----ATG-CAT-TTTTT
gi|44297 : CTACT----T--AACAGGTTA--TA-G-ACAAATTTA-A----T-GCAGAAA--T----GTTATC-C---GATTTCATA--G-AAAAACTT--ATATAC------GTT----AA----GAGAGCCATCTC-T---GTCTTCTACAGTCA--A--AATGTCATAACTGAGACTTGA-----T-TTT-A----ATG-CAT-TTTTT
gi|44298 : -GTAACTGCA-G----C-ACA-ATAA-T----TTCATT-C---GATTTCAAA--G-AAAG-TTT--ATATAC------GTT----AA----GAGTGCCATATC-T---GTCTTATACTGCCA--A--AATTTCATGATTAAAATTTGA---ATTATTT-T----ATG-CAT-TTCTCT
gi|44299 : ----T-GTAAAACA-T----GTCATT-C---GATTTCAAA--G-ACAG-TTT--ATATAC------GCT----AA----GAGTGTCACCTC-T---GTCTTCTACTGTTC--A--AATTTCACGAATAA-----GA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT
gi|44300 : TTAAA--G-AAAG-TTT--ATATACATGAACGTT----AC----GAGTGGCATCTC-T---GTCTTCTTCTGTCA--A--TATTTCTCGACTAAGACTTGA---AGT-TTT-G----ATT-CAT-ATTTT
gi|44301 : ----AA----GAGTGCCATCTC-TTTTGTCTTCTACTGTCA--A--AATTTCATGAATGAGATTTGA---ATT-TTT-T----ATG-CAT-TTTTTT