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consensus                     :           TTTAT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---A-A----G----T--GT--AGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
Reference ( gi|77344 )        :           TTTAT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---A------G----T--GT--AGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTATGCCACCG
gi|77342                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAAA---G----T--GT--AGGCACATGGCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCAACT
gi|77366                      :           TTTAT-T-T-TTTTGATCT----CTC-----AG----A----A---A---AAA----G----T--GT--AGGCATGTGCCTACAGTGCC-T-GTAGGA-AGCTACACCACT
gi|77378                      :         ttTTTAC-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---AGT-A------G----T--GT--AGGCACGTGCCTACAGCGGC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77384                      :         ttTTTAT-T-T-TTTCGATGT----CTT-----AG----A----A---A---AAA----G----T--GT--AGGCACGTGCCTACAATGCA-T-ATAGGA-AGCTACGCCAC
gi|77347                      :          tTTTAA-T-T-TTTCGATTC----CTC-----AG----A----A---A---A------AAA--T--GT--AGGCACGGGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCA
gi|77349                      :          tTTTAT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAAAT--G----T--GT--AGACACGTGCCTATAGTGCC-T-GTAGGA-AGCAACGTCACTtt
gi|77346                      :           TTTAT-C-T-TT-CGATTT----CTC-----AGGAA-A----A---A---A------G----T--GT--AGGCATGTGCCTAAAGTGCC-T-ACAGGA-AACTACGCCACT
gi|77360                      :          tTTTAT-T-T-TTTCGATTA----CTC-----AG----A----AGG-A---A------G----T--GT--AGGTACGTGCCTTCAGTGCC-T-ACAGGC-AGCTATGC
gi|77367                      :           TTTAT-T-G-TTTGGATTT----CTC-----AA----A----A---A---ATA----G----T--GT--AGACACTTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77345                      :         ttTTTAT-T-T-TTTCGATTT----TTTCGAGAAA----A----A---A---A------G----T--GT--AGACACGTGCCTACGGTACC-T-GTAGGA-AGCTACGCCGCT
gi|77359                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAA----G----T--GT--AGGCATGTGCCTACAGTGCC-T-ATA
gi|77351                      :           TTT-T-T-T-TTTCGATTT----CTT-----AG----A----A---A---AAA----G----T--GT--AGACACGTACCTATAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACG
gi|77365                      :           TTCAT-T-T-TTTC----T----CTG-----AA----A----A---A---A------AA---T--GT--AGGCACATGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACT
gi|77361                      : tttttggcatTTTAT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---A------G----T--GT--AGG-ACAAGCCTACAGTGCCAA-ATA-GA-AGCTACGCC
gi|77354                      :           TTTAA-T-T-TTATGATTT----CTC-----AG----A----A---AGA-A------G----T--GG--AGACACGTGCCTACAGTACC-T-GTAGGA-AGCTACGCCcctg
gi|77362                      :         ttTTTAT-T-T-TTTCAATTT----CTT-----AG----A----A---A---A------G----T--AT--AGGAACGTGCCTACAATGCC-A-ATAGAA-AGCtctg
gi|77355                      :      tttttTTTAC-A-T-TTTCAATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAA----G----T--GT--CGACACGTGCCTACAGTGCT-A-ATAGGA-AGCTAAGCCagcgc
gi|77374                      :         ttTTTATAT-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAA----G----G--GT--AGGTACGTGACTACAGTGCG-T-ACGGGA-AGCTACGTCcctg
gi|77350                      :         ttTTT-T-T-T-TATCAGTTT----CTC-----AG----A----A---A---AAA----G----T--GT--AGGCAAATGCCTAAAATGCC-T-ATAAGA-AGCTACGCCACTtctg
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gi|77352                      :  tttttcattTTTAT-T-T-TTTCAATTT----CTCTG---AA----A----A---A---A------G----T--GT--AGGCACATG-TTACAGTGTC-T-CTAGGA-AGCTA
gi|77353                      :           TTT-T-T-T-TTACAATTT----CTC-----AG----A----A---A---A------GAAAAT--GT--AGACATATGCCTACAGTGCC-T-ATAAGA-AGCTAcatccctg
gi|77357                      :           TTTAT-T-G-TTTTGATTT----CTCCG---GG----A----A---A---AAAAC--G----T--GT--GGGCACGTGCCTACAGTGCC-A-ATAGGA-AGTAACGCCcccaactg
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gi|77343                      :           TTTGT-T-T-TCTT--TTT----CTC-----AA----A----ATAAA---A------G----T--GT--AGACGCGTGCCTACAGTGCC-TAATAGGA-AGCTACGGCAtcctg
gi|77364                      :          tTTTAT-T-TATTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAA----G----T--AT--AGGCACGTGCCT----T-------TAGGA-AGCTACGC
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gi|77370                      :        tttTTTTT-T-T-TTTCAAATT----CTT-----AG----A----A---A---AAAA---G----T--GT--AGACACGTGCCTACTGGGTT-T-AAAGGcctg
gi|77382                      :       ttttTTTTT-T-T-TTTTG---T----CTG-----TG----A----A---A---A------A----T--GTGGAGGTCCAGGCCTGTAGTGCC-T-ATGTGC-AGCTATGCC
gi|77386                      :          tTTTAT-T-T-TTTC----------TT-----AA----A----A---A---A------A----TATGC--AGGTCCGGGCCTGAAGTGCC-T-ACATGT-AGCTAAGCC
gi|77371                      :          ttTTAC-T-T-TTTCGATTA----TTCTAA--AA----A----A---A---A------G----T--GT--AGGCACTTGCCTACAGGGCC-T-ATAGGA-AACTACACC
gi|77369                      :        tttcTTAT-TAT-TTTTGATTT----CTC-----AG----AGAAAA---A---A------A----T--GA--AGGCACGTGCCTA-AGTGCC-T-ACAGAA-AGCTACGCCcctg
gi|77363                      :            TTGT-T-T-TTTC-ATTT----TTCGG---AG----A----A---A---G------G----T--GT--AGGCCCGGGCCTACACGGCC-T--TAAGACAGTTACGCCACT
gi|77368                      :              AT-T-T-TT---ATTT----CTC-----AA----A----A---A---AAAG---G----T--GT--AGACACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGG
gi|77377                      :       tttttggcT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAAAA--G----T--GA--AGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-GTATCA-AGCTATACCACT
gi|77380                      :               T-T-T-TTTCGATTC----CTC-----AG----A----A---A---A------A----TT-GT--AGGCACGTGCCCACAGTATA-T-ATAGGA-CGCTACACCACT
gi|77372                      :               T-T-T-TTTCGATTT----CAC-----AG----A----A---A---AAAA---G----T--GT--AGGCATGTGCCT--AGTGCC-T-ATAAGA-AGCTACG
gi|77379                      :              tT-T-T-TTACCATTTTATTCTC-----AG----A----A---A---A------AAT--T--GT--AGGCACATGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACG
gi|77373                      :               T-T-T-TTTCAATTT----TTC-----AG----A----A---A---AAAA---G----T--GT--AGGAACGTGCCTTAGGTGCC-T-ATATGA-GGCTATGCAACT
gi|77356                      :              tT-T-T-TTTCGATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAAAA--G----T--GT--AGACACGTGCCTACA-TACT-T-ATAGTA-GACTACGC
gi|77381                      :            tctT-T-T-TTTCGATTT----TTC-----AGTAAAA----A---A---A------G----T--GT--AGGCACGTGCCTA--------T-AT--GA-ATCTACGCCACT
gi|77375                      :               T-T-T-TTTC-ATTT----TTCGG---AG----A----A---A---A------G----T--GT--AGGCCCTGGCCTACACGGCC-T--TAAAAGAGTTACGCCACT
gi|77383                      :               t-T-T-TTTCAATTT----CTC-----AG----A----A---A---AAAAAA-G----T--GT--AGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGTCACT
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gi|77387                      :                  -T-TTTCGATTT----CTC-----AGGGAAA----A---A---A------G----T--GT--AGGCACGTGCCTAC-----------AGGA-AGCTACGCCAC
gi|77388                      :                    -TTTCGATTT----CTT-----AG----A----A---ACAAA------G----T--GA--AGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACT
gi|77389                      :                           TTT----CTC-----AG----G----A---A---AAAAAATG----T--GT--AGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGTA-AGCTACGC
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gi|77396                      :                             T----CTT-----AG----A----A---ATA-A------G----T--GT--AGGCACGTGCATAC-----------AGGA-AGCTACGCCACT
gi|77397                      :                                            ----A----A---A---A------G----T--GT--AGGCACGTGCCCACAGTGCC-T-ATAGGT-AGCTACACCA
gi|77392                      :                                           a----A----A---A---AT-----G----T--GT--AGATACATGCCTACAGCGCA-T-ATAGGA-AGTCACGCCttg
gi|77398                      :                                tttatataaaac----A----A---A---A------G----T--GT--AGGCACGTGCCTATAGT-----------A-AGCTACGCCACTcctg
gi|77399                      :                                                      ---A---A------T----T--GT--ATGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ACATAA-AGCTACGCCA
gi|77358                      :                                                          ---A------A----T--GT--AGACACGTGCCTACAttg
gi|77400                      :                          tttttcattttcattttttcgattttcagaaaatag------G----T--GT--AGGCATGTGCCTACAGTGCC-A-GTAGGA-AGCTATGCCgcctatatgaatatacggcactg
gi|77366                      :                                                                     ----T--GT--AGGCACATGCCTACAgttg
gi|77378                      :                                       tttttatttttttgatctctcagaaaaaag----T--GT--AGGCACGTGCCTACACTACT-T-gtgcctgtaggaagctacaccactg
gi|77384                      :                                             tttttactttttcgatttctcaga----T--GT--AGGCACGTGCCTACAgcggctataggaagctacgcc
gi|77383                      :                                        ttttattttttcgatgtcttagaaaaaag----T--GT--AGGCACGTGCCTACAatgcatataggaagctacgccac
gi|77359                      :                                           tttttcaatttctcagaaaaaaaaag----T--GT--AGGCACATGCCTACAgtgcctataggaagctacgtcactg
gi|77365                      :                                         tttattttttcgatttctcagaaaaaag----T--GT--AGGCATGTGCCTACAgtgcctata
gi|77380                      :                                    tttttggcatttcattttttctctgaaaaaaaa----T--GT--GGGCACGTGCCTACAATgtgcctataggaagctacgccactg
gi|77379                      :                                                ttttttcgattcctcagaaaa----T--GT--AGGCATGTGCCTACAATgtatatataggacgctacaccactg
gi|77357                      :                                           tttttaccattttattctcagaaaaa----T--GT--AGGCACGTGCCCACAgtgcctataggaagctacg
gi|77389                      :                                   tttttattgttttgatttctccgggaaaaaaacg----T--GT--AGGCACGTGCCTACAgtgccaataggaagtaacgcctct
gi|77390                      :                                                  tttctcaggaaaaaaaatg----T--GT--AGGCACGTACCTACAgtgcctatagtaagctacgc
gi|77387                      :                                                    tttctcaggaaaaaaag----T--GT--AGGCACGTGCCTACAgtgcctatagttagctatgctcctg
gi|77348                      :                                             ttttcgatttctcagggaaaaaag----T--GT--AGGCACGTGTCTACAggaagctacgccac
gi|77356                      :                                       tttttttttcgatttttcttagaaaaaagg----T--GT--AGGCACGTGTCTACAgtgcctctaggtagcaacgctcctg
gi|77368                      :                                        tctttttttcgatttctcagaaaaaaaag----T--GT--AGGCACGTGTCTACAtacttatagtagactacgc
gi|77397                      :                                      tttttggcatttttatttctcaaaaaaaagg----T--GT--GGGCACGTGCCTACAgtgcctatagg
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Reference ( family-416 )      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
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gi|77345                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----TTTCGAGAA---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGACACGTGCCTACGGTACC-T-GTAGGA-AGCTACGCCGCTG
gi|77346                      :           TTTAT-C-T-TT-CGATT--T----CTC----AGGA-A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCATGTGCCTAAAGTGCC-T-ACAGGA-AACTACGCCACTG
gi|77347                      :          tTTTAA-T-T-TTTCGATT--C----CTC----AG---A---A--A--A----A-----AA--T-GTAGGCACGGGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCATT
gi|77348                      :          tTTT-T-T-T-TTTCGATT--T----TTCTT--AG---A---A--A--A----AAG---G---T-GTAGACACGTGCCTACAGTGCC-T-CTAGGT-AGCAACGCTCCTG
gi|77349                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AAAT--G---T-GTAGACACGTGCCTATAGTGCC-T-GTAGGA-AGCAACGTCACTG
gi|77350                      :           TTT-T-T-T-TATCAGTT--T----CTC----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCAAATGCCTAAAATGCC-T-ATAAGA-AGCTACGCCACTG
gi|77351                      :           TTT-T-T-T-TTTCGATT--T----CTT----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGACACGTACCTATAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACG
gi|77352                      :           TTTAT-T-T-TTTCAATT--T----CTC----TGA--A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACATG-TTACAGTGTC-T-CTAGGA-AGCTACATCCCTG
gi|77353                      :           TTT-T-T-T-TTACAATT--T----CTC----AG---A---A--A--AGAA-A-----A---T-GTAGACATATGCCTACAGTGCC-T-ATAAGA-AGCTACCCAACTG
gi|77354                      :           TTTAA-T-T-TTATGATT--T----CTC----AG---A---A--AG-A----A-----G---T-GGAGACACGTGCCTACAGTACC-T-GTAGGA-AGCTACGCCTCTG
gi|77355                      :         ttTTTAC-A-T-TTTCAATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AA----G---T-GTCGACACGTGCCTACAGTGCT-A-ATAGGA-AGCTAAGCCCCTG
gi|77356                      :             ttT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--AAAA-A-----G---T-GTAGACACGTGCCTACA-TACT-T-ATAGTA-GACTACGC
gi|77357                      :        tctTTTAT-T-G-TTTTGATT--T----CTCCG--GG---A---A--A--A----AAAC--G---T-GTGGGCACGTGCCTACAGTGCC-A-ATAGGA-AGTAACGCCTCT
gi|77358                      :         ttTTCAT-T-T-TTTCGATT--T-----TC----AG---A---A--A--AT---A-----G---T-GTAGGCACGTGTCTACATTGCC-T-ATATGA-ATATACGGCACTG
gi|77359                      :  tttttcattTTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCATGTGCCTACAGTGCC-T-ATA
gi|77360                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--A----CTC----AG---A---A--GG-A----A-----G---T-GTAGGTACGTGCCTTCAGTGCC-T-ACAGGC-AGCTATGC
gi|77361                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG-------A--A--A----A-----G---T-GTAGG-ACAAGCCTACAGTGCCAA-ATA-GA-AGCTACGCCCCTG
gi|77362                      :           TTTAT-T-T-TTTCAATT--T----CTT----AG---A---A--A--A----------G---T-ATAGGAACGTGCCTACAATGCC-A-ATAGAA-AGCAGCGC
gi|77363                      :       tttttTTGT-T-T-TTTC-ATT--T----TTC----GG---A---G--A--A----A-----GG--T-GTAGGCCCGGGCCTACACGGCC-T--TAAGACAGTTACGCCACTG
gi|77364                      :           TTTAT-T-TATTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AA----G---T-ATAGGCACGTGCCT----T-------TAGGA-AGCTACGCTCCTG
gi|77365                      :         ttTTCAT-T-T-TTTC------T----CTG----AA---A---A--A--A----A-----A---T-GTAGGCACATGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
gi|77366                      : tttttggcatTTTAT-T-T-TTTTGATC--T----CTC----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCATGTGCCTACAGTGCC-T-GTAGGA-AGCTACACCACTG
gi|77367                      :         ttTTTAT-T-G-TTTGGATT--T----CTC----AA---A---A--A--AT---A-----G---T-GTAGACACTTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77368                      :            ttAT-T-T-TT---ATT--T----CTC----AA---A---A--A--A----AAG---G---T-GTAGACACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGG
gi|77369                      :    tttttggcTTAT-TAT-TTTTGATT--T----CTC----AG---AGAAA--A--A----A-----A---T-GAAGGCACGTGCCTA-AGTGCC-T-ACAGAA-AGCTACGCC
gi|77370                      :           TTTTT-T-T-TTTCAAAT--T----CTT----AG---A---A--A--AAA--A-----G---T-GTAGACACGTGCCTACTGGGTT-T-AAAGG
gi|77371                      :        ttttTTAC-T-T-TTTCGATTATT----CTA----AA---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACTTGCCTACAGGGCC-T-ATAGGA-AACTACACCCCTG
gi|77372                      :           tttcT-T-T-TTTCGATT--T----CAC----AGAA-A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCATGTGCCT--AGTGCC-T-ATAAGA-AGCTACG
gi|77373                      :              tT-T-T-TTTCAATT--T----TTC----AG---A---A--A--AAA--A-----G---T-GTAGGAACGTGCCTTAGGTGCC-T-ATATGA-GGCTATGCAACTG
gi|77374                      :          tTTTATAT-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AA----G---G-GTAGGTACGTGACTACAGTGCG-T-ACGGGA-AGCTACGTCTCTG
gi|77375                      :             ttT-T-T-TTTC-ATT--T----TTC----GG---AG--A--A--A----A-----G---T-GTAGGCCCTGGCCTACACGGCC-T--TAAAAGAGTTACGCCACTG
gi|77376                      :          tTTTAT-T-T-TTTCAATT--T----CTC----AA---A---A--A--G----A-----A-----GTATGCATGTGCCTGC---------ATAGGA-AGCTGCGTCCCTG
gi|77377                      :            tttT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AAAA--G---T-GAAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-GTATCA-AGCTATACCACTG
gi|77378                      :           TTTAC-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--GT---A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGCGGC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77379                      :             ttT-T-T-TTACCATT--TTATTCTC----AG---A---A--A--A----A-----A---TTGTAGGCACATGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACG
gi|77380                      :               T-T-T-TTTCGATT--C----CTC----AG---A---A--A--A----A-----T---T-GTAGGCACGTGCCCACAGTATA-T-ATAGGA-CGCTACACCACTG
gi|77381                      :               T-T-T-TTTCGATT--T----TTC----AGTAAA---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTA--------T-AT--GA-ATCTACGCCACTG
gi|77382                      :           TTTTT-T-T-TTTTG-----T----CTG----TG---A---A--A--A----AT----G---T-GGAGGTCCAGGCCTGTAGTGCC-T-ATGTGC-AGCTATGCC
gi|77383                      :               t-T-T-TTTCAATT--T----CTC----AG---A---A--A--AAAAAA-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGTCACTG
gi|77384                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATG--T----CTT----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAATGCA-T-ATAGGA-AGCTACGCCAC
gi|77385                      :                 t-T-TTTTATTT--T----TTC----A----A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGCACCTACAGTGCA-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
gi|77386                      :           TTTAT-T-T-TTTC------------TT----AA---A---A--A--A----AT----A---T-GCAGGTCCGGGCCTGAAGTGCC-T-ACATGT-AGCTAAGCC
gi|77387                      :                tt-T-TTTCGATT--T----CTC----AGGGAA---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTAC-----------AGGA-AGCTACGCCAC
gi|77388                      :                    -TTTCGATT--T----CTT----AG---A---A--ACAA----A-----G---T-GAAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
gi|77389                      :                           TT--T----CTC----AG---G---A--A--A----AAAAATG---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGTA-AGCTACGC
gi|77390                      :                           TT--T----CTC----AGGAAA---A--A--A----A-----G---T-GTAGGTACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGTT-AGCTATGCTCCTG
gi|77391                      :                           TT--T----CTC----AG---A---A--A--AC---A-----G---T-GTAAGCACGTGACTACGTTGCC-A-ATAGGA-AGCTACGCCCCTG
gi|77392                      :                                             ---A---A--A--A----T-----G---T-GTAGATACATGCCTACAGCGCA-T-ATAGGA-AGTCACGCCCCTG
gi|77393                      :               tttatataaaacTT--T----CCT----AA---A---A--A--C----AT----G---T-ATAGGCACGTGCCAACCGTGCT-T-ATATGA-AGCTACGCCCCTG
gi|77394                      :                           TT--T----CTC----AG---AT--A--A--A----A-----ACCCT-GTAGGCACCTGCCTATAGTCTC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77395                      :                             --T----CTC----AG---A---A--A--A----AA----G---C-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-GTTGTA-AGCTAAGC
gi|77396                      :                             --T----CTT----AG---A---A--AT-A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCATACAG-----------GA-AGCTACGCCACTG
gi|77397                      :                                             ---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCCACAGTGCC-T-ATAGGT-AGCTACACCATTG
gi|77398                      :                                                 ---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTATAGT-----------A-AGCTACGCCACTG
gi|77399                      :                                                        --A----A-----T---T-GTATGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ACATAA-AGCTACGCCATTG
gi|77400                      :                                                                -----G---T-GTAGGCATGTGCCTACAGTGCC-A-GTAGGA-AGCTATGCCGTTG
gi|77401                      :                                                                             AGACACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACACCACTG


blockSeqs                     :                             AT TATT   CGAG  TAA GAA    CA AAAAAT     CCC                                 C
blockSeqs                     :                             .  .      TT    GGA G      G  AAAAA      A                                   G
blockSeqs                     :                             .  .      CG    GAA T      G  AAAT       G                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     GA  .      T  GAAA       .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     AA  .      .  AAAA       .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     A   .      .  AAAC       .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AAAA       .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AAG        .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AAG        .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AAA        .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AAA        .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  TA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  TA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  TA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AT         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AT         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  CA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AT         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  AA         .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  T          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                             .  .      .     .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                                             .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                                             .   .      .  A          .                                   .
blockSeqs                     :                                                 .      .  .          .                                   .
blockSeqs                     :                                                        .  .          .                                    
blockSeqs                     :                                                                      .                                    


blockSeqCons                  :                                                           A*********
originalCons                  :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
finalCons                     :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--AA---------G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG





Alignments
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lowQualScore                  :                0 0 0        11 1111   3333  666 222 11 33 7777777777 222 0                      0 0      1             
lowQualScore                  :                . . .        .. ....   ....  ... ... .. .. .......... ... .                      . .      .             
lowQualScore                  :                9 9 9        00 6666   6666  444 666 00 00 9999999999 555 7                      7 7      4             
consensus                     :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
Reference ( family-416 )      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
gi|77342                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--AAA--A-----G---T-GTAGGCACATGGCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCAACTG
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gi|77346                      :           TTTAT-C-T-TT-CGATT--T----CTC----AGGA-A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCATGTGCCTAAAGTGCC-T-ACAGGA-AACTACGCCACTG
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gi|77349                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AAAT--G---T-GTAGACACGTGCCTATAGTGCC-T-GTAGGA-AGCAACGTCACTG
gi|77350                      :           TTT-T-T-T-TATCAGTT--T----CTC----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCAAATGCCTAAAATGCC-T-ATAAGA-AGCTACGCCACTG
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gi|77356                      :             ttT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--AAAA-A-----G---T-GTAGACACGTGCCTACA-TACT-T-ATAGTA-GACTACGC
gi|77357                      :        tctTTTAT-T-G-TTTTGATT--T----CTCCG--GG---A---A--A--A----AAAC--G---T-GTGGGCACGTGCCTACAGTGCC-A-ATAGGA-AGTAACGCCTCT
gi|77358                      :         ttTTCAT-T-T-TTTCGATT--T-----TC----AG---A---A--A--AT---A-----G---T-GTAGGCACGTGTCTACATTGCC-T-ATATGA-ATATACGGCACTG
gi|77359                      :  tttttcattTTTAT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCATGTGCCTACAGTGCC-T-ATA
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gi|77362                      :           TTTAT-T-T-TTTCAATT--T----CTT----AG---A---A--A--A----------G---T-ATAGGAACGTGCCTACAATGCC-A-ATAGAA-AGCAGCGC
gi|77363                      :       tttttTTGT-T-T-TTTC-ATT--T----TTC----GG---A---G--A--A----A-----GG--T-GTAGGCCCGGGCCTACACGGCC-T--TAAGACAGTTACGCCACTG
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gi|77366                      : tttttggcatTTTAT-T-T-TTTTGATC--T----CTC----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCATGTGCCTACAGTGCC-T-GTAGGA-AGCTACACCACTG
gi|77367                      :         ttTTTAT-T-G-TTTGGATT--T----CTC----AA---A---A--A--AT---A-----G---T-GTAGACACTTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77368                      :            ttAT-T-T-TT---ATT--T----CTC----AA---A---A--A--A----AAG---G---T-GTAGACACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGG
gi|77369                      :    tttttggcTTAT-TAT-TTTTGATT--T----CTC----AG---AGAAA--A--A----A-----A---T-GAAGGCACGTGCCTA-AGTGCC-T-ACAGAA-AGCTACGCC
gi|77370                      :           TTTTT-T-T-TTTCAAAT--T----CTT----AG---A---A--A--AAA--A-----G---T-GTAGACACGTGCCTACTGGGTT-T-AAAGG
gi|77371                      :        ttttTTAC-T-T-TTTCGATTATT----CTA----AA---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACTTGCCTACAGGGCC-T-ATAGGA-AACTACACCCCTG
gi|77372                      :           tttcT-T-T-TTTCGATT--T----CAC----AGAA-A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCATGTGCCT--AGTGCC-T-ATAAGA-AGCTACG
gi|77373                      :              tT-T-T-TTTCAATT--T----TTC----AG---A---A--A--AAA--A-----G---T-GTAGGAACGTGCCTTAGGTGCC-T-ATATGA-GGCTATGCAACTG
gi|77374                      :          tTTTATAT-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AA----G---G-GTAGGTACGTGACTACAGTGCG-T-ACGGGA-AGCTACGTCTCTG
gi|77375                      :             ttT-T-T-TTTC-ATT--T----TTC----GG---AG--A--A--A----A-----G---T-GTAGGCCCTGGCCTACACGGCC-T--TAAAAGAGTTACGCCACTG
gi|77376                      :          tTTTAT-T-T-TTTCAATT--T----CTC----AA---A---A--A--G----A-----A-----GTATGCATGTGCCTGC---------ATAGGA-AGCTGCGTCCCTG
gi|77377                      :            tttT-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--A----AAAA--G---T-GAAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-GTATCA-AGCTATACCACTG
gi|77378                      :           TTTAC-T-T-TTTCGATT--T----CTC----AG---A---A--A--GT---A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGCGGC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77379                      :             ttT-T-T-TTACCATT--TTATTCTC----AG---A---A--A--A----A-----A---TTGTAGGCACATGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACG
gi|77380                      :               T-T-T-TTTCGATT--C----CTC----AG---A---A--A--A----A-----T---T-GTAGGCACGTGCCCACAGTATA-T-ATAGGA-CGCTACACCACTG
gi|77381                      :               T-T-T-TTTCGATT--T----TTC----AGTAAA---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTA--------T-AT--GA-ATCTACGCCACTG
gi|77382                      :           TTTTT-T-T-TTTTG-----T----CTG----TG---A---A--A--A----AT----G---T-GGAGGTCCAGGCCTGTAGTGCC-T-ATGTGC-AGCTATGCC
gi|77383                      :               t-T-T-TTTCAATT--T----CTC----AG---A---A--A--AAAAAA-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGTCACTG
gi|77384                      :           TTTAT-T-T-TTTCGATG--T----CTT----AG---A---A--A--AA---A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTACAATGCA-T-ATAGGA-AGCTACGCCAC
gi|77385                      :                 t-T-TTTTATTT--T----TTC----A----A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGCACCTACAGTGCA-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
gi|77386                      :           TTTAT-T-T-TTTC------------TT----AA---A---A--A--A----AT----A---T-GCAGGTCCGGGCCTGAAGTGCC-T-ACATGT-AGCTAAGCC
gi|77387                      :                tt-T-TTTCGATT--T----CTC----AGGGAA---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCTAC-----------AGGA-AGCTACGCCAC
gi|77388                      :                    -TTTCGATT--T----CTT----AG---A---A--ACAA----A-----G---T-GAAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACGCCACTG
gi|77389                      :                           TT--T----CTC----AG---G---A--A--A----AAAAATG---T-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGTA-AGCTACGC
gi|77390                      :                           TT--T----CTC----AGGAAA---A--A--A----A-----G---T-GTAGGTACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGTT-AGCTATGCTCCTG
gi|77391                      :                           TT--T----CTC----AG---A---A--A--AC---A-----G---T-GTAAGCACGTGACTACGTTGCC-A-ATAGGA-AGCTACGCCCCTG
gi|77392                      :                                             ---A---A--A--A----T-----G---T-GTAGATACATGCCTACAGCGCA-T-ATAGGA-AGTCACGCCCCTG
gi|77393                      :               tttatataaaacTT--T----CCT----AA---A---A--A--C----AT----G---T-ATAGGCACGTGCCAACCGTGCT-T-ATATGA-AGCTACGCCCCTG
gi|77394                      :                           TT--T----CTC----AG---AT--A--A--A----A-----ACCCT-GTAGGCACCTGCCTATAGTCTC-T-ATAGGA-AGCTACGCC
gi|77395                      :                             --T----CTC----AG---A---A--A--A----AA----G---C-GTAGGCACGTGCCTACAGTGCC-T-GTTGTA-AGCTAAGC
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gi|77397                      :                                             ---A---A--A--A----A-----G---T-GTAGGCACGTGCCCACAGTGCC-T-ATAGGT-AGCTACACCATTG
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gi|77399                      :                                                        --A----A-----T---T-GTATGCACGTGCCTACAGTGCC-T-ACATAA-AGCTACGCCATTG
gi|77400                      :                                                                -----G---T-GTAGGCATGTGCCTACAGTGCC-A-GTAGGA-AGCTATGCCGTTG
gi|77401                      :                                                                             AGACACGTGCCTACAGTGCC-T-ATAGGA-AGCTACACCACTG