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Alignments
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Alignments
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lowQualScore                  :     ...   ...  .. .. .. ... . .  ......  .... ....   .     .   .      .  ...........  ..       ..          ...  .    .     ... ...       
lowQualScore                  :     333   333  88 00 77 000 7 7  000000  5555 5555   1     7   6      9  00000000000  99       99          222  7    7     333 000       
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gi|25835                      :    A---AAA---TA--T--T--A---A---TA------AT----T----GAT-AATTG-GAATTGGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACTTT---GG-CACC-AAAAT---T---GTTAAAT
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gi|25843                      :                                                    AT-AACTG-GAAATAGACAACA-----------AT--TTCATTA------T-CTTT---GG-TACC-AAAAT---T---ATTAAAT
gi|25844                      :                                                          TG-GAAATAGTCAACA-----------TT--TCTATCA--G-TTTAATTT---GG-TACC-AAAAT---T---GTTAAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :     ...   ...  .. .. .. ... . .  ......  .... ....   .     .   .      .  ...........  ..       ..          ...  .    .     ... ...       
lowQualScore                  :     333   333  88 00 77 000 7 7  000000  5555 5555   1     7   6      9  00000000000  99       99          222  7    7     333 000       
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gi|25830                      :  GAA---ATA---TA--T--T--A---A-A-TA------AC----T----GAT-AATTA-AAAGTGGTCAATT-----------TT--TTTATCA--GGTTTACTTC---GG-TACC-AAAAC---T---ATCAAAT
gi|25831                      :  GAA---AAA---TA--T--T--G---A-A-TA------AT----G----GAT-ATTTG-GAAATAATTGACA-----------GT--TTTATCA--GCTTTACTTC----T-TACC-AAAAT---G---AT
gi|25832                      :   AA---AAA---TA--T--T--A---A-A-TA------AT----T----GAT-AATTG-GAATTAGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACGAT---GG-TACT-AAAAT---T---ATTTAAT
gi|25833                      :   AA---AAA---GA--T--T--A---A-A-TA------AT----T----TAT-AATTA-GAGTTAGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACTTT---GG-TACC-AAAAT---T---GTT
gi|25834                      :   AA---AAA---TA--A--T--A---G-A-TA------AT----T----GAT-AGTTG-GAAATAGTCAACATTTTTTATAT-TT--TTTATCA--GTTTTAATTT---AG-TACC-AAACT---T---GTTAAAT
gi|25835                      :    A---AAA---TA--T--T--A---A---TA------AT----T----GAT-AATTG-GAATTGGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACTTT---GG-CACC-AAAAT---T---GTTAAAT
gi|25836                      :    A---AAA---TT--T--T--A---ACA-TA------TT----TCGGTGGT-AATTG-GAATTGGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACCTT---GG-TACC-AAAGT---T---ATT
gi|25837                      :    A---AAA---TA--T--C--A---A-A-TA------AT----A----GAT-AATTT-GAAATAGTTGACATTTTTCATATTTT--TTTATCA--GCTTTAATAT---AG-CACC-AAACC---T---ATTAAAT
gi|25838                      :         AA---TA--T--T--A---A-A-CA------AT----T----GAT-ATTTG-GAAATAGTCATCA------------T--TGTATCA--GTTTTACTTT---GG-TATC-AAAAT---T---ATTCAA
gi|25839                      :         AA---TAATT--T--A---A-A-TA------AT----T----GAT-AATTG-GAAAT-TTTATCA-----------GT--TTTATCA--GCTTAACTTT---GG-TACC-AAAAT---G---ATT
gi|25840                      :                      --A---A-A-TT------AT----T----AAC-AATTG-GAAATAGTAAAAA-----------AA--TATATCA--GTTTTCCTTT---GG-TACC-AACAT---T---ATTCAAT
gi|25841                      :                               -TA------AT----T----GAT-AATTG-GAAGTAGTCAACA------------T--TTTATCG--GCTTTACTTT---TG-TAAC-AAACT---T---ATTAAAT
gi|25842                      :                                  ------AT----T----GAT-GTTAA-GAATTTGTCAACA-----------TT--TTTATCA--GCTTTATTTT---GG-TACC-AAAAT---T---ATTAAAT
gi|25843                      :                                                    AT-AACTG-GAAATAGACAACA-----------AT--TTCATTA------T-CTTT---GG-TACC-AAAAT---T---ATTAAAT
gi|25844                      :                                                          TG-GAAATAGTCAACA-----------TT--TCTATCA--G-TTTAATTT---GG-TACC-AAAAT---T---GTTAAAT
gi|25845                      :                                                           G-AAAATAGTAAAAA-----------TT--TTCGTCA--GCTTTACTTT---GG-TATCAAAAAG---T---ATTAAAT
gi|25846                      :                                                            -GAAATA-TTAACA-----------TA--TT-ATCA--GCTTTACTTT---GG-CACC-AAAAT---T---GTTAAAT


blockSeqs                     :     TGT   ACA  AT AA TT T        GATCTA  AGGC CGGT   T         A      A  TTTTTCATATT                       CAC             AAA AAA
blockSeqs                     :     .     .    A  .  G  .        .       .    .      T         T      T  TTTTTTATAT                        .               .   A  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      G         T      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      G  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      C  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         C      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         G      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      T  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         T      A  .                                 .               .   .  
blockSeqs                     :     .     .    .  .  .  .        .       .    .      .         A      T  .                                 .               .   .  
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Alignments
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lowQualScore                  :     ...   ...  .. .. .. ... . .  ......  .... ....   .     .   .      .  ...........  ..       ..          ...  .    .     ... ...       
lowQualScore                  :     333   333  88 00 77 000 7 7  000000  5555 5555   1     7   6      9  00000000000  99       99          222  7    7     333 000       
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Reference ( family-413 )      : AGAA---AAA---TA--T--T--A---A-A-TA------AT----T----GAT-AATTG-GAAATAGTCANCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACTTT---GG-TACC-AAAAT---T---ATTAAAT
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gi|25822                      : AGAT---AAA---TA--T--T--C---A-A-TA------AT----T----GAT-AATTG-GAAATAGTTTACA-----------TT--TTTATCAATGTTTTA
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gi|25830                      :  GAA---ATA---TA--T--T--A---A-A-TA------AC----T----GAT-AATTA-AAAGTGGTCAATT-----------TT--TTTATCA--GGTTTACTTC---GG-TACC-AAAAC---T---ATCAAAT
gi|25831                      :  GAA---AAA---TA--T--T--G---A-A-TA------AT----G----GAT-ATTTG-GAAATAATTGACA-----------GT--TTTATCA--GCTTTACTTC----T-TACC-AAAAT---G---AT
gi|25832                      :   AA---AAA---TA--T--T--A---A-A-TA------AT----T----GAT-AATTG-GAATTAGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACGAT---GG-TACT-AAAAT---T---ATTTAAT
gi|25833                      :   AA---AAA---GA--T--T--A---A-A-TA------AT----T----TAT-AATTA-GAGTTAGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACTTT---GG-TACC-AAAAT---T---GTT
gi|25834                      :   AA---AAA---TA--A--T--A---G-A-TA------AT----T----GAT-AGTTG-GAAATAGTCAACATTTTTTATAT-TT--TTTATCA--GTTTTAATTT---AG-TACC-AAACT---T---GTTAAAT
gi|25835                      :    A---AAA---TA--T--T--A---A---TA------AT----T----GAT-AATTG-GAATTGGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACTTT---GG-CACC-AAAAT---T---GTTAAAT
gi|25836                      :    A---AAA---TT--T--T--A---ACA-TA------TT----TCGGTGGT-AATTG-GAATTGGTCATCA-----------TT--TTTATCA--GCTTTACCTT---GG-TACC-AAAGT---T---ATT
gi|25837                      :    A---AAA---TA--T--C--A---A-A-TA------AT----A----GAT-AATTT-GAAATAGTTGACATTTTTCATATTTT--TTTATCA--GCTTTAATAT---AG-CACC-AAACC---T---ATTAAAT
gi|25838                      :         AA---TA--T--T--A---A-A-CA------AT----T----GAT-ATTTG-GAAATAGTCATCA------------T--TGTATCA--GTTTTACTTT---GG-TATC-AAAAT---T---ATTCAA
gi|25839                      :         AA---TAATT--T--A---A-A-TA------AT----T----GAT-AATTG-GAAAT-TTTATCA-----------GT--TTTATCA--GCTTAACTTT---GG-TACC-AAAAT---G---ATT
gi|25840                      :                      --A---A-A-TT------AT----T----AAC-AATTG-GAAATAGTAAAAA-----------AA--TATATCA--GTTTTCCTTT---GG-TACC-AACAT---T---ATTCAAT
gi|25841                      :                               -TA------AT----T----GAT-AATTG-GAAGTAGTCAACA------------T--TTTATCG--GCTTTACTTT---TG-TAAC-AAACT---T---ATTAAAT
gi|25842                      :                                  ------AT----T----GAT-GTTAA-GAATTTGTCAACA-----------TT--TTTATCA--GCTTTATTTT---GG-TACC-AAAAT---T---ATTAAAT
gi|25843                      :                                                    AT-AACTG-GAAATAGACAACA-----------AT--TTCATTA------T-CTTT---GG-TACC-AAAAT---T---ATTAAAT
gi|25844                      :                                                          TG-GAAATAGTCAACA-----------TT--TCTATCA--G-TTTAATTT---GG-TACC-AAAAT---T---GTTAAAT
gi|25845                      :                                                           G-AAAATAGTAAAAA-----------TT--TTCGTCA--GCTTTACTTT---GG-TATCAAAAAG---T---ATTAAAT
gi|25846                      :                                                            -GAAATA-TTAACA-----------TA--TT-ATCA--GCTTTACTTT---GG-CACC-AAAAT---T---GTTAAAT