lowQualScore : 111111111111 2222
lowQualScore : 1 666666 1 0 0 0 0 222 333333 0 11 111111 2222 111111 1 0 00 777777777777 111111 0 666 3333 11 0000
lowQualScore : . ...... . . . . . ... ...... . .. ...... .... ...... . . .. ............ ...... . ... .... .. ....
lowQualScore : 1 333333 5 8 8 8 8 999 777777 7 55 999999 8888 888888 3 6 99 666666666666 999999 7 111 1111 11 2222
consensus : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-GGA-GCG--AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGA--TTGACTTGA---N--A-C-T-T------T-GC--ATACATG----ATCAAC--ATC--AAGTGTA
Reference ( gi|109567 ) : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-GGA-GCA--AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGA--TTGACTTGA---T--A-C-G-T------T-GT--ATACATG----ATCAAC--AAT--AAGTGTA
gi|109569 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-AGA-GCA--AA------C-C-AC------TTC----CACAG-------TGT-CAG-GCAA--TTTACTTGA---T--A-C-T-C------T-AT--ATACATT----ATCAAC--ATC--AAGTGT
gi|109574 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-GGA-GCA--AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAGAATGA---TGACTTAA---T----C-A----------------ACATG----ATCAAC--ATC--AAGTGTA
gi|109571 : ATTG-CAAT------TG-T-TG-T-AGA-GCA--AA------C-T-TC------TTC----CAGAGT------TTT-CAG-GCAA--TCAACTTGA---T--T-C-T-T------T-GC--ATACATG----ATCACC--ATC--AAGT
gi|109568 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-GAA-GTG--AA------C-T-TC------TTT----CATAGT------TTC-CAG-GCGA--TTGACTTAA---A--A-C-T-A------T-GT--ATACATG----ATCAAC--
gi|109573 : ATTG-CAAT------TA-T-TG-T-AGA-GCT--TA------C-T-TC------TTC----TACAGT------GTT-CAG-GTTA--CTGACTTGA---T--A-C-T-T------T-GC--ATACATG----ATCAAC--ATC--AAGTGttcaagt
gi|109570 : ATCG-CAAT------TC-T-TG-T-AGG-GTG--AA------C-T-CC------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCGA--TTAACTTGA---A--G-C-T-T------T-GC--ATACATG----ATCTAC--ATC--AAGTGCA
gi|109578 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-AGATGAA--AG------C-T--T------TTC----CACAGT------TTT-CAG-CAGA--TTAACTTGA---A--A-C-T-T------T-AC--ATACATG----ATTAAC--ATC--AAGTGTA
gi|109577 : ACTG-CAAT------CC-T-TG-T-GGA-GTG----------C-T-TC------TTC----CACAAT------TTT-CAT-GCAA--TTAACTTGA---T--A-C-T-T------T-GC--ATACCTA----ATCAAC--ATC--AAATGTA
gi|109580 : ATTG-CAAT------TC-T-TA-T-TTA-GTA--AA------C-T-TC------TTC----AACAAT------TTT-TAG-GCAA--TTTACTTGA---A--A-C-T-T------A-GT--ATTCATA----ATCAAC--ATT--AAGTGTA
gi|109582 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-GGA-GAG--AA------C-T-AC------ATC----CACAGC------TTT-CAT-GGGA--TTGATTTGG---A--A-CTT-T------T-GC--GTACATA----ATCAAC--A
gi|109576 : ATTG-CAATG-----TC-T-TG-T-GGA-GCACGAA------C-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GTGA--ATGACTTGG------A-A-G-T------T-TTTCATACATT----ATCAAT--ATC--AAGTGCAtcgaat
gi|109583 : ATTC-TAAT------TC-T-TG-T-AGA-GTG--AA------C-T-AC------TTA----CACAGT------TT---AG-GCAATTTTG-CTTGA---T--A-C---T------T-GTACATACATA----ATCAAT--ATC--AAGTGTA
gi|109581 : ATTG-CAAT------TGAT-TG---GTA-CCA--AA------C-T-AA------TTC----CACAGT------TTT-T-G-GTGA--TTGACTTGA---T----C-T-T------T-GC--ATACATG----ATAAAC--ATC--AAGT
gi|109579 : ATTG-AAAT------TC-T-TT-T-GGA-GTG--AA------C-T-AC------TTC----TACAGT------TTT-TAG-GCAA--TCGACTCAA---T--A-C-T-T------T-CC--ATACGT
gi|109585 : ATTG-CAAT------TC-T-CGTT-GAA-TTA--AA------T-T--C------TTT----CACAGT------TTT-TAG-GTAA--TTGACTTAA---A--A-C-A-T------T-GC--ATACCTT----ATCAAC--Acaagtgta
gi|109584 : ATTG-CAGT------TT-T-TT-T-AAA-GAG--AA------T-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGA--ATGAATTAA---C--A-T-T-T------T-GTAGATACTTT----AGCGAC--ATC--AGGTGCAtca
gi|109575 : ATTG-CAATAACTTTTC-T-TG-A-AGA-G-G--AA------C-C-AC------TTG----CATAGT------TTTACAG-GTGA--TTGATTT-----T--T-T-G-T------TTGC--ATACATG----ATCAAC--ATC--AAATGCA
gi|109587 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-TG--GCA------------T-AC------TTT----AATAAT------TTT-TAT-GCGA--TTAGCTT-A---T--A-CCA-T------T-GT--ATAC-T-----ATCAAC--ATC--AAATGTA
gi|109586 : ACTG-CACT------TC-T-TT-T-GGA-GCA--AA------C-T-A-------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCAA--ATTATTTGA---T--A-T-T-T------T-GC--ATA
gi|109589 : ACTG-TAAT------TG-T-TG-T-AGA-GCA--AA------C-C-TC------TAT----CACAGT------TTT-C------A--TTGACTTAA---T--A-C-T-T------T-GT--AAACATtgcatatattacgtacatcatgtgta
gi|109590 : ATTG-CAAT------TC-T-TC-T-GGT-GTG--AA------C-T-GT------TTT----TACAGT------TAT-TAG-GCAA--TTGACTCGA---ttcagttagcatcaa
gi|109588 : ACTA-CAAT------TC-T-TG-G-GAA-GTT--AA--------T-AT------CCC----TACACT------TTT-CAA-GAGA--TTGACTCGA---T--A-A-T-T------T-AC--TTACGTC----ATGAAC--AAT--AAG
gi|109572 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-GGA-AGG--A-----------AC------TTC----TACAG-------TTT-GAA-ACGA--TTG------------A-T-G-T------T-GC--ATACCTT----ATTAAC--TTG--AAGTGT
gi|109591 : ATTG-CAAT------TC-T-TG-T-G---GCATCAA------C-A-AC------TGT----GACAGT------TTA-AAG-GGGA--TTGAC-TAA---A--A-C-C-T------T-G---GT---------ATCAGC--ATG--AAGTGTA
gi|109593 : TTG-CAAA------TC-T-TG-T-GAA-ACA--AA------C-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGA--TAAACTTGA---A--A-C-A-T------T-GC--ATACATA----ATCAAC--ATT--AAG
gi|109592 : TTGTCAA--------C-T-TG-T-GGA-GCA--AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GCGA--CTGTCTTGA---G--A-C-T-T------T-GT--ATACATT----AGCAAC--ATC--AAATGTA
gi|109594 : TTG-CATT------TC-CCTG-T-GGA-GCC--AA------C-A-TT------TTC----CACACG------TTT-CAG-GCGA--TTAAATTGT---T--A-A-T-T------T-GC--ATACATG----ATCAAC--AATC-AAGTGTA
gi|109595 : TTG-CAAT------TC-T-TG-T-GGA-GCA--AA------C-C-AC------TTC----CTCA-T------TTT-CAT-ACAT--TTGACTCAA-------------------T-GT--GTACATG----GTCTAC--ATC--AAG
gi|109596 : TTG-CAATCAATTTTC-T-TT-T-GGA-GCG--AA------C-T-AC------TTC----CACAAT------ATT-CAG-GCTA--TTGACGTGA---A--A-C-T-T------G-GT--ATA-ATG----AACA
gi|109598 : TG-CAA--------C-T-TT-T-GGA-GTG--AA------T-T-AC------C-C----CTCAGT------TTT-GAG-GTGA--TTGACTCCA---A--A-C---T------T-GC--ATATATG----ATCAAcc
gi|109597 : TG-CAAA------TT-T-TG-T-GAT-GCT--AA------C-TTAA------TTC----CA-A----------C-CAG-GCGA--TCGACTTTA---C--A-C-T-T------T-AC--ATAGATT----ATCAAC--ATC--GAATGT
gi|109601 : G-CAA--------C-T-TG-T-CGA-GAG--AA------C-T-TC------TTC----CACATT------TTT-CAG-TCAA--TTGACT-GA---A--A-C-TCT------T-GC--ATATATG----ATCAAC--ATT--AAGTGTA
gi|109599 : G-CAA--------C-C-TG-TTGGG-GTG--AA------A-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-TAG-GAGA--TTGA--TAA---T--------T------T-GC--ATACATA----ATCAAC--ATC--AAGTGT
gi|109600 : G-CAA--------C-T-TG-T-GAA-GCA--AA------C-T-AC------TTC----CA--------------------GA--TTGAGTAGA---A--A-C-T-T------T-GC--ATACATG----ATCAAC--A
gi|109602 : G-CAA--------C-T-TG-T-GGA-GTG--AA------C-T-CC------TTC----CATTG-------TTT-CAG-GTGA---TGACtcaaat
gi|109603 : -CAGT------CCGT-TT-T-GGA-GAA--AAATAGAGT-T-AC------TTT----AATAGT------TTT-CAT-GCAA--TTGATTTGA---A--A-C-T-T------T-GT--ATACATT----ATTAAC--ATC--AAGTGTAatttattttgacattat
gi|109604 : -CAAT------TC----G-T-GGA-GCA--AA------C-T-TC------TTC----CACAGT------TTT-AGA-GCGG--CCGACTT----------T-G--------T-GT--AAATGTG----CTCGAC--A
gi|109606 : AT------TC-T-TG-T-GGA-ACA--AAATACA-CAT-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GGGA--TTGACTTCA---T--A-C-T-T------T-G--------TG----ATCAACTTAATTAAAGTATAtgcggtgta
gi|109605 : AT------TC-T-TG-T-GAA-GTG--AA------C-T-TC------TTC----CATAGT------TTA-CAG-GTGA--TTAAATTGA---A--A-C-T-T------T-GC--CTACAT
gi|109607 : T------TC-T-TG-T-GGA-GCG--AA------C-G-TC------TAC----CACTGT------TT--CAG-TCGA--TTGATTTGA---A--A-C-G-T------T-GC--ATACATG----AGCAAT--GTC--AAGTGTAtgt
gi|109608 : T------TC-T-TG-T-GGA-GCA--AA------C-T-GC------CTTTTGACACAGT------TTT-CAA-TCAA--TTGAT---A---T--A-T---T------T-GC--ATACATG----ATCAAT--A
gi|109609 : T------TC-T-TG-T-GGA-GCG--AA------C-G-AC------TTC----CATAGT------TTT--AT-GTCA--TTGACTTGAATTT--C-C-T-T------T-AA--ATACATG----CTCAAC--Atca
gi|109610 : ------TC-T-TA-C-GGA-GCG--AA------T-T-AC------TTC----CATAGC------TCT-CAG-GCGA--TTGACTTGA---A--A-C-T-T------T-GT--ATACATG----ATCAAC--ATT--AAGTGTAt
gi|109612 : C-T-TG-T-GGA-GCA--AA------C-T-CT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGA--TTAATTTGA---A--A-C-T-T------T-GC--ATACATT----ATCAAC--ATC--AAGAGT
gi|109614 : C-T-TG-T-GGA-GCA--CA------T-T-TC------TTA----CACAGT------TTT-CAA-GCAA--TTGACTTGA---A--A-C-T-T------T-AT--ATACATG----ATCAA---AATC-AATTGTA
gi|109616 : C-T-TG-T-GGT-GCG--AA------C-A-AC------TTC----CACAGA------TTT-CAG-GTGA--TTGACT---------------T------T-GC--ATACATG----ATGAAC--A
gi|109617 : C-T-TG-T-GGA-GCG--AA------C-T-TC------TTC----TACAGT------TTC-CAG-GCAA--TTTGCTCTA---A--A-C-T-T------T-GA--ATATATG----ATCAAtcagatgca
gi|109615 : C-T-TG-T-GGA-GCG--AG------G---AA------TGT----CACAGC------TT--CAG-GTGA--TTGGCTGGA---A--A-C-T-T------T-AC--ATACATT----GTCAAC--ATC--AAGTGTAtgtagatgtgta
gi|109611 : C-T-TG-T-AGA-GCA--AA------T-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-ACAA---TGAC
gi|109618 : C-T-TG-T-GGA-GC-------------T-AC------TTT----GCGAGT------TTT-CAG-GTGA--ATGACTTA----------------------------ACATG----ATCAAC--ATC--AAGTGTAcaacatcaagtgta
gi|109613 : C-T-TG-T-GGA-GTG--AA------C-T-ACAACATGTAC----CGCTGTGTTTTTTTT-CAT--TGA--TTGACTTGC---A--G-C-T-T------T-GT--ATATATG----ATCAAC---AT--AAG
gi|109619 : C-T-TG-C-AGA-GCG----------C-C-AT------TTTTATTCACAGT------TTT-TAA-GTGA--TTAACTTGA---A--A-C---T-------------TACATG----GTCTGC--ATC--AAGTGTAgagta
gi|109620 : -T-TG-T-GGA-CCG--AA------C-T-GT------TTC----CGAAGT------TTTTCAG-GTGA--TTTACTTGA---A--A-C-T-T------T-GG--ATACATG----GTCAAC--ATT--AATTGTA
gi|109621 : --AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CA----------GACTTGA---T--A-T-T-T------T-GC--ACACATGATTAATTAAC--ATC--AAGTGTA
gi|109622 : --AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CA----------GACTTGA---T--A-T-T-T------T-GC--ACACATGAATAATTAAC--ATC--AAATGTA
gi|109623 : --AA------C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GTGA--CAGACTTAA---T--
gi|109624 : A------C-T-TC------TTT----TACAGT------TTA-CAT-GCTA--TTTAATTGA---A--A-T-T-T------G-GT--ATACATC----ATCAAC--ATC--AAGTG
gi|109625 : ------C-T-AC------TTG----CACAGT------GTT-CAG-GCAA--TTGACTTGA---A--A-C-T-T------T-GC--A
gi|109626 : -T-AC------TTC----GATAGT------TTT-CAT-GCGG--GTAGCTT-A---T--ACC-A-T------T-AT--ATAC-T-----ATCAAC--ATC--AAATGT
gi|109627 : TC----AACAGT------TTT-CGG-GAAA--TTGACTTGA---T--A-C-A-T------T-GC--GTAAATG----ATCAAC--A
gi|109629 : CAGT------TTT-CAG-GCGA--TTGATTTGA---A--A-C-T-T------T-GC--CTACATG----ATCAAC--ATG--AAGTGTAtcaattg
gi|109628 : CAGT------TTT-CAG-GCAA--TTGACGTGG---T--A-C-T-TCACATAC-AT--GTACATG----ATCAAC--ATC--GAGTGTA
gi|109630 : T------TTT-CAG-GTGA--TTGACTTGA---GAAA-C-T-T------T-TC--ATACATA----ATC-AT--AATC-AAGTGTA
Alignments
lowQualScore : 1 666666 0 0 0 0 11 11111 0 00 111111 2222 111111 1 0 00 0 0 4444 00 0 1 0 00 111111 00 55555555 111 111 0 0
lowQualScore : . ...... . . . . .. ..... . .. ...... .... ...... . . .. . . .... .. . . . .. ...... .. ........ ... ... . .
lowQualScore : 1 333333 8 8 8 8 00 77777 7 99 999999 8888 888888 2 6 99 6 6 3333 99 6 9 6 99 999999 99 00000000 222 999 7 7
consensus : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
Reference ( family-405 ) : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109567 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---TA--C-G-T-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---AAT-AA-GTGTA
gi|109568 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GAA-GT--GAA-----C-T-TC------TTT----CATAGT------TTC-CAG-GCGATT--GAC-TT-AA---AA--C-T-A-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---TTC-AA-GT
gi|109569 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-C-AC------TTC----CACAGT------GT--CAG-GCAATT--TAC-TT-GA---TA--C-T-C-TAT--A------TA--CAT---T----ATCA---AC---ATC-AA-GTGT
gi|109570 : ATCG-CAAT------TC-T-TGT-AGG-GT--GAA-----C-T-CC------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCGATT--AAC-TT-GA---AG--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCT---AC---ATC-AA-GTGCA
gi|109571 : ATTG-CAAT------TG-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-T-TC------TTC----CAGAGT------TTT-CAG-GCAATC--AAC-TT-GA---TT--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---CC---ATC-AA-GT
gi|109572 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-AG--GA----------AC------TTC----TACAG-------TTT-GAA-ACGATT--GA---T-G------------T-TGC--A------TA--CCT---T----ATTA---AC---TTG-AA-GTGT
gi|109573 : ATTG-CAAT------TA-T-TGT-AGA-GC--TTA-----C-T-TC------TTC----TACAGT------GTT-CAG-GTTACT--GAC-TT-GA---TA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTG
gi|109574 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAGAATGA-T--GAC-TT-AA---T-----------C--A-------A--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109575 : ATTG-CAATAACTTTTC-T-TGA-AGA-G---GAA-----C-C-AC------TTG----CATAGT------TTTACAG-GTGATT--GAT-TT-TT---TG----T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-ATGCA
gi|109576 : ATTG-CAATG-----TC-T-TGT-GGA-GCACGAA-----C-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GTGAAT--GAC-TTGGA---AG--T-T-T-TTC--A------TA--CAT---T----ATCA---AT---ATC-AA-GTGCA
gi|109577 : ACTG-CAAT------CC-T-TGT-GGA-GT--G-------C-T-TC------TTC----CACAAT------TTT-CAT-GCAATT--AAC-TT-GA---TA--C-T-T-TGC--A------TA--CCT---A----ATCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109578 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-AGATGA--AAG-----C-T--T------TTC----CACAGT------TTT-CAG-CAGATT--AAC-TT-GA---AA--C-T-T-TAC--A------TA--CAT---G----ATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109579 : ATTG-AAAT------TC-T-TTT-GGA-GT--GAA-----C-T-AC------TTC----TACAGT------TTT-TAG-GCAATC--GAC-TC-AA---TA--C-T-T-TCC--A------T---------------------AC---GTC-AA-GTGTA
gi|109580 : ATTG-CAAT------TC-T-TAT-TTA-GT--AAA-----C-T-TC------TTC----AACAAT------TTT-TAG-GCAATT--TAC-TT-GA---AA--C-T-T-AGT--A------TT--CAT---A----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109581 : ATTG-CAAT------TGAT-TG--GTA-CC--AAA-----C-T-AA------TTC----CACAGT------TTT-T-G-GTGATT--GAC-TT-GA---T---C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATAA---AC---ATC-AA-GT
gi|109582 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GA--GAA-----C-T-AC------ATC----CACAGC------TTT-CAT-GGGATT--GAT-TT-GG---AA--CTT-T-TGC--G------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATC-GA-AT
gi|109583 : ATTC-TAAT------TC-T-TGT-AGA-GT--GAA-----C-T-AC------TTA----CACAGT------TT---AG-GCAATTTTG-C-TT-GA---TA--C-T-TGTAC--A------TA--CAT---A----ATCA---AT---ATC-AA-GTGTA
gi|109584 : ATTG-CAGT------TT-T-TTT-AAA-GA--GAA-----T-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGAAT--GAA-TT-AA---CA--T-T-T-TGTAGA------TA--CTT---T----AGCG---AC---ATC-AG-GTGCA
gi|109585 : ATTG-CAAT------TC-T-CGT-TGA-AT--TAA-----A-T-TC------TTT----CACAGT------TTT-TAG-GTAATT--GAC-TT-AA---AA--C-A-T-TGC--A------TA--CCT---T----ATCA---AC---ATC-A
gi|109586 : ACTG-CACT------TC-T-TTT-GGA-GC--AAA-----C-T-A-------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCAAAT--TAT-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------TATGCAT---AT---ATTACGTAC---ATC-AT-GTGTA
gi|109587 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-TG--GC--A---------T-AC------TTT----AATAAT------TTT-TAT-GCGATT--AGC-TT--A---TA--C-CAT-TGT--A------TA--C-T--------ATCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109588 : ACTA-CAAT------TC-T-TGG-GAA-GT--TAA-------T-AT------CCC----TACACT------TTT-CAA-GAGATT--GAC-TC-GA---TA--A-T-T-TAC--T------TA--CGT---C----ATGA---AC---AAT-AA-G
gi|109589 : ACTG-TAAT------TG-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-C-TC------TAT----CACAGT------TTT-C------ATT--GAC-TT-AA---TA--C-T-T-TGT--A------AA--CATTTCA----GTTA---GC---ATC-AA-
gi|109590 : ATTG-CAAT------TC-T-TCT-GGT-GT--GAA-----C-T-GT------TTT----TACAGT------TAT-TAG-GCAATT--GAC-TC-GA---
gi|109591 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGC-AT--CAA-----C-A-AC------TGT----GACAGT------TTA-AAG-GGGATT--GAC--T-AA---AA--C-C-T-TG---G------T--------------ATCA---GC---ATG-AA-GTGTA
gi|109592 : TTGTCAA--------C-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GCGACT--GTC-TT-GA---GA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---T----AGCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109593 : TTG-CAAA------TC-T-TGT-GAA-AC--AAA-----C-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATA--AAC-TT-GA---AA--C-A-T-TGC--A------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATT-AA-G
gi|109594 : TTG-CATT------TC-CCTGT-GGA-GC--CAA-----C-A-TT------TTC----CACACG------TTT-CAG-GCGATT--AAA-TT-GT---TA--A-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---ACA--ATC-AA-GTGTA
gi|109595 : TTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-C-AC------TTC----CTCA-T------TTT-CAT-ACATTT--GAC-TC-AA-------------TGT--G------TA--CAT---G----GTCT---AC---ATC-AA-G
gi|109596 : TTG-CAATCAATTTTC-T-TTT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAAT------ATT-CAG-GCTATT--GAC-GT-GA---AA--C-T-T-GGT--A------TA---AT---G----AACA---
gi|109597 : TG-CAAA------TT-T-TGT-GAT-GC--TAA-----C-TTAA------TTC----CA-A----------C-CAG-GCGATC--GAC-TT-TA---CA--C-T-T-TAC--A------TA--GAT---T----ATCA---AC---ATC-GA-ATGTcc
gi|109598 : TG-CAA--------C-T-TTT-GGA-GT--GAA-----T-T-AC------C-C----CTCAGT------TTT-GAG-GTGATT--GAC-TC-CA---AA--C---T-TGC--A------TA--TAT---G----ATCA---A
gi|109599 : G-CAA--------C-C-TGTTGGG-GT--GAA-----A-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-TAG-GAGATT--GA----------TA--A-T-T-TGC--A------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATC-AA-GTGT
gi|109600 : G-CAA--------C-T-TGT-GAA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CA--------------------GATT--GAG-TA-GA---AA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-AT
gi|109601 : G-CAA--------C-T-TGT-CGA-GA--GAA-----C-T-TC------TTC----CACATT------TTT-CAG-TCAATT--GAC-T--GA---AA--C-TCT-TGC--A------TA--TAT---G----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109602 : G-CAA--------C-T-TGT-GGA-GT--GAA-----C-T-CC------TTC----CATTG-------TTT-CAG-GTGA-T--GACATT------TA--T-T-T-TG-----------A--CAT---T----AT
gi|109603 : --GAG-----T-T-AC------TTT----AATAGT------TTT-CAT-GCAATT--GAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---T----ATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109604 : cagtccgttttggagaaaaata-CAAT------TC----GT-GGA-GC--AAA-----C-T-TC------TTC----CACAGT------TTT-AGA-GCGGCC--GAC-TT------------T-G-TGT--A------AA--TGT---G----CTCG---AC---ATG-CG-GTGTA
gi|109605 : AT------TC-T-TGT-GAA-GT--GAA-----C-T-TC------TTC----CATAGT------TTA-CAG-GTGATT--AAA-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--C------TA--CAT---
gi|109606 : AT------TC-T-TGT-GGA-AC--AAAATACACAT-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GGGATT--GAC-TT-CA---TA--C-T-T-TG----------------T---G----ATCA---ACTTAATTAAA-GTATAtgt
gi|109607 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-G-TC------TAC----CACTGT------TT--CAG-TCGATT--GAT-TT-GA---AA--C-G-T-TGC--A------TA--CAT---G----AGCA---AT---GTC-AA-GTGTA
gi|109608 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-GC------CTTTTGACACAGT------TTT-CAA-TCAATT--GAT-----A---TA----T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AT---ATC-A
gi|109609 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-G-AC------TTC----CATAGT------TTT--AT-GTCATT--GAC-TT-GAATTTC--C-T-T-TAA--A------TA--CAT---G----CTCA---AC---AT
gi|109610 : ------TC-T-TAC-GGA-GC--GAA-----T-T-AC------TTC----CATAGC------TCT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109611 : C-T-TGT-AGA-GC--AAA-----T-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-ACA--------------------------------------------AT---G----ACCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109612 : C-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-CT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--AAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---T----ATCA---AC---ATC-AA-GAGT
gi|109613 : C-T-TGT-GGA-GT--GAA-----C-T-ACAACATGTAC----CGCTGTGTTTTTTTT-CAT--TGATT--GAC-TT-GC---AG--C-T-T-TGT--A------TA--TAT---G----ATCA---AC---ATA-AG-GAGTA
gi|109614 : C-T-TGT-GGA-GC--ACA-----T-T-TC------TTA----CACAGT------TTT-CAA-GCAATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TAT--A------TA--CAT---G----ATCA---AA---ATC-AA-TTGTA
gi|109615 : C-T-TGT-GGA-GC--GAG-----G---AA------TGT----CACAGC------TT--CAG-GTGATT--GGC-TG-GA---AA--C-T-T-TAC--A------TA--CAT---T----GTCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109616 : C-T-TGT-GGT-GC--GAA-----C-A-AC------TTC----CACAGA------TTT-CAG-GTGATT--G------------A--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATGA---AC---ATC-AG-ATGCA
gi|109617 : C-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-TC------TTC----TACAGT------TTC-CAG-GCAATT--TGC-TC-TA---AA--C-T-T-TGA--A------TA--TAT---G----ATCA---AT---GTA-GATGTGTA
gi|109618 : C-T-TGT-GGA-GC------------T-AC------TTT----GCGAGT------TTT-CAG-GTGAAT--GAC-TT-AA-----------------------------CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109619 : C-T-TGC-AGA-GC--G-------C-C-AT------TTTTATTCACAGT------TTT-TAA-GTGATT--AAC-TT-GA---AA--C-T---------------TA--CAT---G----GTCT---GC---ATC-AA-GTGTA
gi|109620 : -T-TGT-GGA-CC--GAA-----C-T-GT------TTC----CGAAGT------TTTTCAG-GTGATT--TAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGG--A------TA--CAT---G----GTCA---AC---ATT-AA-TTGTA
gi|109621 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CAG----------AC-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------CA--CAT---GATTAATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109622 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CA----------GAC-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------CA--CAT---GAATAATTA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109623 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GTGACA--GAC-TT-AA---
gi|109624 : A-----C-T-TC------TTT----TACAGT------TTA-CAT-GCTATT--TAA-TT-GA---AA--T-T-T-GGT--A------TA--CAT---C----ATCA---AC---ATC-AA-GTGt
gi|109625 : -----C-T-AC------TTG----CACAGT------GTT-CAG-GCAATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--A------
gi|109626 : -T-AC------TTC----GATAGT------TTT-CAT-GCGGGT--AGC-TT--A---TA--C-CAT-TAT--A------TA--C-T--------ATCA---AC---ATC-AA-ATGT
gi|109627 : TC----AACAGT------TTT-CGG-GAAATT--GAC-TT-GA---TA--C-A-T-TGC--G------TA--AAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-TTG
gi|109628 : CAGT------TTT-CAG-GCAATT--GAC-GT-GG---TA--C-T-T-CAC--ATACATGTA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-GA-GTGTA
gi|109629 : CAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--C------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATG-AA-GTGTA
gi|109630 : T------TTT-CAG-GTGATT--GAC-TT-GA---GAAAC-T-T-TTC--A------TA--CAT---A----ATCA---TA---ATC-AA-GTGTA
Alignments
lowQualScore : 1 666666 0 0 0 0 11 11111 0 00 111111 2222 111111 1 0 00 0 0 4444 00 0 1 0 00 111111 00 55555555 111 111 0 0
lowQualScore : . ...... . . . . .. ..... . .. ...... .... ...... . . .. . . .... .. . . . .. ...... .. ........ ... ... . .
lowQualScore : 1 333333 8 8 8 8 00 77777 7 99 999999 8888 888888 2 6 99 6 6 3333 99 6 9 6 99 999999 99 00000000 222 999 7 7
consensus : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
Reference ( family-405 ) : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109567 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---TA--C-G-T-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---AAT-AA-GTGTA
gi|109568 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GAA-GT--GAA-----C-T-TC------TTT----CATAGT------TTC-CAG-GCGATT--GAC-TT-AA---AA--C-T-A-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---TTC-AA-GT
gi|109569 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-C-AC------TTC----CACAGT------GT--CAG-GCAATT--TAC-TT-GA---TA--C-T-C-TAT--A------TA--CAT---T----ATCA---AC---ATC-AA-GTGT
gi|109570 : ATCG-CAAT------TC-T-TGT-AGG-GT--GAA-----C-T-CC------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCGATT--AAC-TT-GA---AG--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCT---AC---ATC-AA-GTGCA
gi|109571 : ATTG-CAAT------TG-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-T-TC------TTC----CAGAGT------TTT-CAG-GCAATC--AAC-TT-GA---TT--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---CC---ATC-AA-GT
gi|109572 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-AG--GA----------AC------TTC----TACAG-------TTT-GAA-ACGATT--GA---T-G------------T-TGC--A------TA--CCT---T----ATTA---AC---TTG-AA-GTGT
gi|109573 : ATTG-CAAT------TA-T-TGT-AGA-GC--TTA-----C-T-TC------TTC----TACAGT------GTT-CAG-GTTACT--GAC-TT-GA---TA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTG
gi|109574 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAGAATGA-T--GAC-TT-AA---T-----------C--A-------A--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109575 : ATTG-CAATAACTTTTC-T-TGA-AGA-G---GAA-----C-C-AC------TTG----CATAGT------TTTACAG-GTGATT--GAT-TT-TT---TG----T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-ATGCA
gi|109576 : ATTG-CAATG-----TC-T-TGT-GGA-GCACGAA-----C-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GTGAAT--GAC-TTGGA---AG--T-T-T-TTC--A------TA--CAT---T----ATCA---AT---ATC-AA-GTGCA
gi|109577 : ACTG-CAAT------CC-T-TGT-GGA-GT--G-------C-T-TC------TTC----CACAAT------TTT-CAT-GCAATT--AAC-TT-GA---TA--C-T-T-TGC--A------TA--CCT---A----ATCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109578 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-AGATGA--AAG-----C-T--T------TTC----CACAGT------TTT-CAG-CAGATT--AAC-TT-GA---AA--C-T-T-TAC--A------TA--CAT---G----ATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109579 : ATTG-AAAT------TC-T-TTT-GGA-GT--GAA-----C-T-AC------TTC----TACAGT------TTT-TAG-GCAATC--GAC-TC-AA---TA--C-T-T-TCC--A------T---------------------AC---GTC-AA-GTGTA
gi|109580 : ATTG-CAAT------TC-T-TAT-TTA-GT--AAA-----C-T-TC------TTC----AACAAT------TTT-TAG-GCAATT--TAC-TT-GA---AA--C-T-T-AGT--A------TT--CAT---A----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109581 : ATTG-CAAT------TGAT-TG--GTA-CC--AAA-----C-T-AA------TTC----CACAGT------TTT-T-G-GTGATT--GAC-TT-GA---T---C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATAA---AC---ATC-AA-GT
gi|109582 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GA--GAA-----C-T-AC------ATC----CACAGC------TTT-CAT-GGGATT--GAT-TT-GG---AA--CTT-T-TGC--G------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATC-GA-AT
gi|109583 : ATTC-TAAT------TC-T-TGT-AGA-GT--GAA-----C-T-AC------TTA----CACAGT------TT---AG-GCAATTTTG-C-TT-GA---TA--C-T-TGTAC--A------TA--CAT---A----ATCA---AT---ATC-AA-GTGTA
gi|109584 : ATTG-CAGT------TT-T-TTT-AAA-GA--GAA-----T-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGAAT--GAA-TT-AA---CA--T-T-T-TGTAGA------TA--CTT---T----AGCG---AC---ATC-AG-GTGCA
gi|109585 : ATTG-CAAT------TC-T-CGT-TGA-AT--TAA-----A-T-TC------TTT----CACAGT------TTT-TAG-GTAATT--GAC-TT-AA---AA--C-A-T-TGC--A------TA--CCT---T----ATCA---AC---ATC-A
gi|109586 : ACTG-CACT------TC-T-TTT-GGA-GC--AAA-----C-T-A-------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCAAAT--TAT-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------TATGCAT---AT---ATTACGTAC---ATC-AT-GTGTA
gi|109587 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-TG--GC--A---------T-AC------TTT----AATAAT------TTT-TAT-GCGATT--AGC-TT--A---TA--C-CAT-TGT--A------TA--C-T--------ATCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109588 : ACTA-CAAT------TC-T-TGG-GAA-GT--TAA-------T-AT------CCC----TACACT------TTT-CAA-GAGATT--GAC-TC-GA---TA--A-T-T-TAC--T------TA--CGT---C----ATGA---AC---AAT-AA-G
gi|109589 : ACTG-TAAT------TG-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-C-TC------TAT----CACAGT------TTT-C------ATT--GAC-TT-AA---TA--C-T-T-TGT--A------AA--CATTTCA----GTTA---GC---ATC-AA-
gi|109590 : ATTG-CAAT------TC-T-TCT-GGT-GT--GAA-----C-T-GT------TTT----TACAGT------TAT-TAG-GCAATT--GAC-TC-GA---
gi|109591 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGC-AT--CAA-----C-A-AC------TGT----GACAGT------TTA-AAG-GGGATT--GAC--T-AA---AA--C-C-T-TG---G------T--------------ATCA---GC---ATG-AA-GTGTA
gi|109592 : TTGTCAA--------C-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GCGACT--GTC-TT-GA---GA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---T----AGCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109593 : TTG-CAAA------TC-T-TGT-GAA-AC--AAA-----C-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATA--AAC-TT-GA---AA--C-A-T-TGC--A------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATT-AA-G
gi|109594 : TTG-CATT------TC-CCTGT-GGA-GC--CAA-----C-A-TT------TTC----CACACG------TTT-CAG-GCGATT--AAA-TT-GT---TA--A-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---ACA--ATC-AA-GTGTA
gi|109595 : TTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-C-AC------TTC----CTCA-T------TTT-CAT-ACATTT--GAC-TC-AA-------------TGT--G------TA--CAT---G----GTCT---AC---ATC-AA-G
gi|109596 : TTG-CAATCAATTTTC-T-TTT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAAT------ATT-CAG-GCTATT--GAC-GT-GA---AA--C-T-T-GGT--A------TA---AT---G----AACA---
gi|109597 : TG-CAAA------TT-T-TGT-GAT-GC--TAA-----C-TTAA------TTC----CA-A----------C-CAG-GCGATC--GAC-TT-TA---CA--C-T-T-TAC--A------TA--GAT---T----ATCA---AC---ATC-GA-ATGTcc
gi|109598 : TG-CAA--------C-T-TTT-GGA-GT--GAA-----T-T-AC------C-C----CTCAGT------TTT-GAG-GTGATT--GAC-TC-CA---AA--C---T-TGC--A------TA--TAT---G----ATCA---A
gi|109599 : G-CAA--------C-C-TGTTGGG-GT--GAA-----A-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-TAG-GAGATT--GA----------TA--A-T-T-TGC--A------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATC-AA-GTGT
gi|109600 : G-CAA--------C-T-TGT-GAA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CA--------------------GATT--GAG-TA-GA---AA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-AT
gi|109601 : G-CAA--------C-T-TGT-CGA-GA--GAA-----C-T-TC------TTC----CACATT------TTT-CAG-TCAATT--GAC-T--GA---AA--C-TCT-TGC--A------TA--TAT---G----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109602 : G-CAA--------C-T-TGT-GGA-GT--GAA-----C-T-CC------TTC----CATTG-------TTT-CAG-GTGA-T--GACATT------TA--T-T-T-TG-----------A--CAT---T----AT
gi|109603 : --GAG-----T-T-AC------TTT----AATAGT------TTT-CAT-GCAATT--GAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---T----ATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109604 : cagtccgttttggagaaaaata-CAAT------TC----GT-GGA-GC--AAA-----C-T-TC------TTC----CACAGT------TTT-AGA-GCGGCC--GAC-TT------------T-G-TGT--A------AA--TGT---G----CTCG---AC---ATG-CG-GTGTA
gi|109605 : AT------TC-T-TGT-GAA-GT--GAA-----C-T-TC------TTC----CATAGT------TTA-CAG-GTGATT--AAA-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--C------TA--CAT---
gi|109606 : AT------TC-T-TGT-GGA-AC--AAAATACACAT-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GGGATT--GAC-TT-CA---TA--C-T-T-TG----------------T---G----ATCA---ACTTAATTAAA-GTATAtgt
gi|109607 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-G-TC------TAC----CACTGT------TT--CAG-TCGATT--GAT-TT-GA---AA--C-G-T-TGC--A------TA--CAT---G----AGCA---AT---GTC-AA-GTGTA
gi|109608 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-GC------CTTTTGACACAGT------TTT-CAA-TCAATT--GAT-----A---TA----T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AT---ATC-A
gi|109609 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-G-AC------TTC----CATAGT------TTT--AT-GTCATT--GAC-TT-GAATTTC--C-T-T-TAA--A------TA--CAT---G----CTCA---AC---AT
gi|109610 : ------TC-T-TAC-GGA-GC--GAA-----T-T-AC------TTC----CATAGC------TCT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109611 : C-T-TGT-AGA-GC--AAA-----T-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-ACA--------------------------------------------AT---G----ACCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109612 : C-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-CT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--AAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---T----ATCA---AC---ATC-AA-GAGT
gi|109613 : C-T-TGT-GGA-GT--GAA-----C-T-ACAACATGTAC----CGCTGTGTTTTTTTT-CAT--TGATT--GAC-TT-GC---AG--C-T-T-TGT--A------TA--TAT---G----ATCA---AC---ATA-AG-GAGTA
gi|109614 : C-T-TGT-GGA-GC--ACA-----T-T-TC------TTA----CACAGT------TTT-CAA-GCAATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TAT--A------TA--CAT---G----ATCA---AA---ATC-AA-TTGTA
gi|109615 : C-T-TGT-GGA-GC--GAG-----G---AA------TGT----CACAGC------TT--CAG-GTGATT--GGC-TG-GA---AA--C-T-T-TAC--A------TA--CAT---T----GTCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109616 : C-T-TGT-GGT-GC--GAA-----C-A-AC------TTC----CACAGA------TTT-CAG-GTGATT--G------------A--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATGA---AC---ATC-AG-ATGCA
gi|109617 : C-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-TC------TTC----TACAGT------TTC-CAG-GCAATT--TGC-TC-TA---AA--C-T-T-TGA--A------TA--TAT---G----ATCA---AT---GTA-GATGTGTA
gi|109618 : C-T-TGT-GGA-GC------------T-AC------TTT----GCGAGT------TTT-CAG-GTGAAT--GAC-TT-AA-----------------------------CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109619 : C-T-TGC-AGA-GC--G-------C-C-AT------TTTTATTCACAGT------TTT-TAA-GTGATT--AAC-TT-GA---AA--C-T---------------TA--CAT---G----GTCT---GC---ATC-AA-GTGTA
gi|109620 : -T-TGT-GGA-CC--GAA-----C-T-GT------TTC----CGAAGT------TTTTCAG-GTGATT--TAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGG--A------TA--CAT---G----GTCA---AC---ATT-AA-TTGTA
gi|109621 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CAG----------AC-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------CA--CAT---GATTAATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109622 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CA----------GAC-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------CA--CAT---GAATAATTA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109623 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GTGACA--GAC-TT-AA---
gi|109624 : A-----C-T-TC------TTT----TACAGT------TTA-CAT-GCTATT--TAA-TT-GA---AA--T-T-T-GGT--A------TA--CAT---C----ATCA---AC---ATC-AA-GTGt
gi|109625 : -----C-T-AC------TTG----CACAGT------GTT-CAG-GCAATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--A------
gi|109626 : -T-AC------TTC----GATAGT------TTT-CAT-GCGGGT--AGC-TT--A---TA--C-CAT-TAT--A------TA--C-T--------ATCA---AC---ATC-AA-ATGT
gi|109627 : TC----AACAGT------TTT-CGG-GAAATT--GAC-TT-GA---TA--C-A-T-TGC--G------TA--AAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-TTG
gi|109628 : CAGT------TTT-CAG-GCAATT--GAC-GT-GG---TA--C-T-T-CAC--ATACATGTA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-GA-GTGTA
gi|109629 : CAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--C------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATG-AA-GTGTA
gi|109630 : T------TTT-CAG-GTGATT--GAC-TT-GA---GAAAC-T-T-TTC--A------TA--CAT---A----ATCA---TA---ATC-AA-GTGTA
blockSeqs : T AACTTT AC ATACA AACATG TTGA GTTTTT A ATTT A TACATG GATTA CGT TTA
blockSeqs : . CAATTT . . . TATT . T A C . GAATA . A
blockSeqs : . G . . . . . . T A . TTCA . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . AT . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . . G . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
finalCons : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
Alignments
lowQualScore : 1 666666 0 0 0 0 11 11111 0 00 111111 2222 111111 1 0 00 0 0 4444 00 0 1 0 00 111111 00 55555555 111 111 0 0
lowQualScore : . ...... . . . . .. ..... . .. ...... .... ...... . . .. . . .... .. . . . .. ...... .. ........ ... ... . .
lowQualScore : 1 333333 8 8 8 8 00 77777 7 99 999999 8888 888888 2 6 99 6 6 3333 99 6 9 6 99 999999 99 00000000 222 999 7 7
consensus : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
Reference ( family-405 ) : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---NA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109567 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---TA--C-G-T-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---AAT-AA-GTGTA
gi|109568 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GAA-GT--GAA-----C-T-TC------TTT----CATAGT------TTC-CAG-GCGATT--GAC-TT-AA---AA--C-T-A-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---TTC-AA-GT
gi|109569 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-C-AC------TTC----CACAGT------GT--CAG-GCAATT--TAC-TT-GA---TA--C-T-C-TAT--A------TA--CAT---T----ATCA---AC---ATC-AA-GTGT
gi|109570 : ATCG-CAAT------TC-T-TGT-AGG-GT--GAA-----C-T-CC------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCGATT--AAC-TT-GA---AG--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCT---AC---ATC-AA-GTGCA
gi|109571 : ATTG-CAAT------TG-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-T-TC------TTC----CAGAGT------TTT-CAG-GCAATC--AAC-TT-GA---TT--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---CC---ATC-AA-GT
gi|109572 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-AG--GA----------AC------TTC----TACAG-------TTT-GAA-ACGATT--GA---T-G------------T-TGC--A------TA--CCT---T----ATTA---AC---TTG-AA-GTGT
gi|109573 : ATTG-CAAT------TA-T-TGT-AGA-GC--TTA-----C-T-TC------TTC----TACAGT------GTT-CAG-GTTACT--GAC-TT-GA---TA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTG
gi|109574 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAGAATGA-T--GAC-TT-AA---T-----------C--A-------A--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109575 : ATTG-CAATAACTTTTC-T-TGA-AGA-G---GAA-----C-C-AC------TTG----CATAGT------TTTACAG-GTGATT--GAT-TT-TT---TG----T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-ATGCA
gi|109576 : ATTG-CAATG-----TC-T-TGT-GGA-GCACGAA-----C-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GTGAAT--GAC-TTGGA---AG--T-T-T-TTC--A------TA--CAT---T----ATCA---AT---ATC-AA-GTGCA
gi|109577 : ACTG-CAAT------CC-T-TGT-GGA-GT--G-------C-T-TC------TTC----CACAAT------TTT-CAT-GCAATT--AAC-TT-GA---TA--C-T-T-TGC--A------TA--CCT---A----ATCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109578 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-AGATGA--AAG-----C-T--T------TTC----CACAGT------TTT-CAG-CAGATT--AAC-TT-GA---AA--C-T-T-TAC--A------TA--CAT---G----ATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109579 : ATTG-AAAT------TC-T-TTT-GGA-GT--GAA-----C-T-AC------TTC----TACAGT------TTT-TAG-GCAATC--GAC-TC-AA---TA--C-T-T-TCC--A------T---------------------AC---GTC-AA-GTGTA
gi|109580 : ATTG-CAAT------TC-T-TAT-TTA-GT--AAA-----C-T-TC------TTC----AACAAT------TTT-TAG-GCAATT--TAC-TT-GA---AA--C-T-T-AGT--A------TT--CAT---A----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109581 : ATTG-CAAT------TGAT-TG--GTA-CC--AAA-----C-T-AA------TTC----CACAGT------TTT-T-G-GTGATT--GAC-TT-GA---T---C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATAA---AC---ATC-AA-GT
gi|109582 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GA--GAA-----C-T-AC------ATC----CACAGC------TTT-CAT-GGGATT--GAT-TT-GG---AA--CTT-T-TGC--G------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATC-GA-AT
gi|109583 : ATTC-TAAT------TC-T-TGT-AGA-GT--GAA-----C-T-AC------TTA----CACAGT------TT---AG-GCAATTTTG-C-TT-GA---TA--C-T-TGTAC--A------TA--CAT---A----ATCA---AT---ATC-AA-GTGTA
gi|109584 : ATTG-CAGT------TT-T-TTT-AAA-GA--GAA-----T-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGAAT--GAA-TT-AA---CA--T-T-T-TGTAGA------TA--CTT---T----AGCG---AC---ATC-AG-GTGCA
gi|109585 : ATTG-CAAT------TC-T-CGT-TGA-AT--TAA-----A-T-TC------TTT----CACAGT------TTT-TAG-GTAATT--GAC-TT-AA---AA--C-A-T-TGC--A------TA--CCT---T----ATCA---AC---ATC-A
gi|109586 : ACTG-CACT------TC-T-TTT-GGA-GC--AAA-----C-T-A-------TTC----CA--GT------TTT-CAG-GCAAAT--TAT-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------TATGCAT---AT---ATTACGTAC---ATC-AT-GTGTA
gi|109587 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-TG--GC--A---------T-AC------TTT----AATAAT------TTT-TAT-GCGATT--AGC-TT--A---TA--C-CAT-TGT--A------TA--C-T--------ATCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109588 : ACTA-CAAT------TC-T-TGG-GAA-GT--TAA-------T-AT------CCC----TACACT------TTT-CAA-GAGATT--GAC-TC-GA---TA--A-T-T-TAC--T------TA--CGT---C----ATGA---AC---AAT-AA-G
gi|109589 : ACTG-TAAT------TG-T-TGT-AGA-GC--AAA-----C-C-TC------TAT----CACAGT------TTT-C------ATT--GAC-TT-AA---TA--C-T-T-TGT--A------AA--CATTTCA----GTTA---GC---ATC-AA-
gi|109590 : ATTG-CAAT------TC-T-TCT-GGT-GT--GAA-----C-T-GT------TTT----TACAGT------TAT-TAG-GCAATT--GAC-TC-GA---
gi|109591 : ATTG-CAAT------TC-T-TGT-GGC-AT--CAA-----C-A-AC------TGT----GACAGT------TTA-AAG-GGGATT--GAC--T-AA---AA--C-C-T-TG---G------T--------------ATCA---GC---ATG-AA-GTGTA
gi|109592 : TTGTCAA--------C-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAA-GCGACT--GTC-TT-GA---GA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---T----AGCA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109593 : TTG-CAAA------TC-T-TGT-GAA-AC--AAA-----C-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATA--AAC-TT-GA---AA--C-A-T-TGC--A------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATT-AA-G
gi|109594 : TTG-CATT------TC-CCTGT-GGA-GC--CAA-----C-A-TT------TTC----CACACG------TTT-CAG-GCGATT--AAA-TT-GT---TA--A-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---ACA--ATC-AA-GTGTA
gi|109595 : TTG-CAAT------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-C-AC------TTC----CTCA-T------TTT-CAT-ACATTT--GAC-TC-AA-------------TGT--G------TA--CAT---G----GTCT---AC---ATC-AA-G
gi|109596 : TTG-CAATCAATTTTC-T-TTT-GGA-GC--GAA-----C-T-AC------TTC----CACAAT------ATT-CAG-GCTATT--GAC-GT-GA---AA--C-T-T-GGT--A------TA---AT---G----AACA---
gi|109597 : TG-CAAA------TT-T-TGT-GAT-GC--TAA-----C-TTAA------TTC----CA-A----------C-CAG-GCGATC--GAC-TT-TA---CA--C-T-T-TAC--A------TA--GAT---T----ATCA---AC---ATC-GA-ATGTcc
gi|109598 : TG-CAA--------C-T-TTT-GGA-GT--GAA-----T-T-AC------C-C----CTCAGT------TTT-GAG-GTGATT--GAC-TC-CA---AA--C---T-TGC--A------TA--TAT---G----ATCA---A
gi|109599 : G-CAA--------C-C-TGTTGGG-GT--GAA-----A-A-AC------TTC----CACAGT------TTT-TAG-GAGATT--GA----------TA--A-T-T-TGC--A------TA--CAT---A----ATCA---AC---ATC-AA-GTGT
gi|109600 : G-CAA--------C-T-TGT-GAA-GC--AAA-----C-T-AC------TTC----CA--------------------GATT--GAG-TA-GA---AA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-AT
gi|109601 : G-CAA--------C-T-TGT-CGA-GA--GAA-----C-T-TC------TTC----CACATT------TTT-CAG-TCAATT--GAC-T--GA---AA--C-TCT-TGC--A------TA--TAT---G----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109602 : G-CAA--------C-T-TGT-GGA-GT--GAA-----C-T-CC------TTC----CATTG-------TTT-CAG-GTGA-T--GACATT------TA--T-T-T-TG-----------A--CAT---T----AT
gi|109603 : --GAG-----T-T-AC------TTT----AATAGT------TTT-CAT-GCAATT--GAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---T----ATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109604 : cagtccgttttggagaaaaata-CAAT------TC----GT-GGA-GC--AAA-----C-T-TC------TTC----CACAGT------TTT-AGA-GCGGCC--GAC-TT------------T-G-TGT--A------AA--TGT---G----CTCG---AC---ATG-CG-GTGTA
gi|109605 : AT------TC-T-TGT-GAA-GT--GAA-----C-T-TC------TTC----CATAGT------TTA-CAG-GTGATT--AAA-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--C------TA--CAT---
gi|109606 : AT------TC-T-TGT-GGA-AC--AAAATACACAT-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GGGATT--GAC-TT-CA---TA--C-T-T-TG----------------T---G----ATCA---ACTTAATTAAA-GTATAtgt
gi|109607 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-G-TC------TAC----CACTGT------TT--CAG-TCGATT--GAT-TT-GA---AA--C-G-T-TGC--A------TA--CAT---G----AGCA---AT---GTC-AA-GTGTA
gi|109608 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-GC------CTTTTGACACAGT------TTT-CAA-TCAATT--GAT-----A---TA----T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATCA---AT---ATC-A
gi|109609 : T------TC-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-G-AC------TTC----CATAGT------TTT--AT-GTCATT--GAC-TT-GAATTTC--C-T-T-TAA--A------TA--CAT---G----CTCA---AC---AT
gi|109610 : ------TC-T-TAC-GGA-GC--GAA-----T-T-AC------TTC----CATAGC------TCT-CAG-GCGATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGT--A------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATT-AA-GTGTA
gi|109611 : C-T-TGT-AGA-GC--AAA-----T-T-AT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-ACA--------------------------------------------AT---G----ACCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109612 : C-T-TGT-GGA-GC--AAA-----C-T-CT------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GCGATT--AAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---T----ATCA---AC---ATC-AA-GAGT
gi|109613 : C-T-TGT-GGA-GT--GAA-----C-T-ACAACATGTAC----CGCTGTGTTTTTTTT-CAT--TGATT--GAC-TT-GC---AG--C-T-T-TGT--A------TA--TAT---G----ATCA---AC---ATA-AG-GAGTA
gi|109614 : C-T-TGT-GGA-GC--ACA-----T-T-TC------TTA----CACAGT------TTT-CAA-GCAATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TAT--A------TA--CAT---G----ATCA---AA---ATC-AA-TTGTA
gi|109615 : C-T-TGT-GGA-GC--GAG-----G---AA------TGT----CACAGC------TT--CAG-GTGATT--GGC-TG-GA---AA--C-T-T-TAC--A------TA--CAT---T----GTCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109616 : C-T-TGT-GGT-GC--GAA-----C-A-AC------TTC----CACAGA------TTT-CAG-GTGATT--G------------A--C-T-T-TGC--A------TA--CAT---G----ATGA---AC---ATC-AG-ATGCA
gi|109617 : C-T-TGT-GGA-GC--GAA-----C-T-TC------TTC----TACAGT------TTC-CAG-GCAATT--TGC-TC-TA---AA--C-T-T-TGA--A------TA--TAT---G----ATCA---AT---GTA-GATGTGTA
gi|109618 : C-T-TGT-GGA-GC------------T-AC------TTT----GCGAGT------TTT-CAG-GTGAAT--GAC-TT-AA-----------------------------CAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109619 : C-T-TGC-AGA-GC--G-------C-C-AT------TTTTATTCACAGT------TTT-TAA-GTGATT--AAC-TT-GA---AA--C-T---------------TA--CAT---G----GTCT---GC---ATC-AA-GTGTA
gi|109620 : -T-TGT-GGA-CC--GAA-----C-T-GT------TTC----CGAAGT------TTTTCAG-GTGATT--TAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGG--A------TA--CAT---G----GTCA---AC---ATT-AA-TTGTA
gi|109621 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CAG----------AC-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------CA--CAT---GATTAATTA---AC---ATC-AA-GTGTA
gi|109622 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TGT-CA----------GAC-TT-GA---TA--T-T-T-TGC--A------CA--CAT---GAATAATTA---AC---ATC-AA-ATGTA
gi|109623 : AA-----C-T-AC------TTC----CACAGT------TTT-CAG-GTGACA--GAC-TT-AA---
gi|109624 : A-----C-T-TC------TTT----TACAGT------TTA-CAT-GCTATT--TAA-TT-GA---AA--T-T-T-GGT--A------TA--CAT---C----ATCA---AC---ATC-AA-GTGt
gi|109625 : -----C-T-AC------TTG----CACAGT------GTT-CAG-GCAATT--GAC-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--A------
gi|109626 : -T-AC------TTC----GATAGT------TTT-CAT-GCGGGT--AGC-TT--A---TA--C-CAT-TAT--A------TA--C-T--------ATCA---AC---ATC-AA-ATGT
gi|109627 : TC----AACAGT------TTT-CGG-GAAATT--GAC-TT-GA---TA--C-A-T-TGC--G------TA--AAT---G----ATCA---AC---ATC-AA-TTG
gi|109628 : CAGT------TTT-CAG-GCAATT--GAC-GT-GG---TA--C-T-T-CAC--ATACATGTA--CAT---G----ATCA---AC---ATC-GA-GTGTA
gi|109629 : CAGT------TTT-CAG-GCGATT--GAT-TT-GA---AA--C-T-T-TGC--C------TA--CAT---G----ATCA---AC---ATG-AA-GTGTA
gi|109630 : T------TTT-CAG-GTGATT--GAC-TT-GA---GAAAC-T-T-TTC--A------TA--CAT---A----ATCA---TA---ATC-AA-GTGTA