lowQualScore : 1 1 11 111111111
lowQualScore : 0 88 111111 6 0 0 5 0 111 00 0 3 0 0 111 111111 111 11 111 1 0 33 0 2 55 0 0 44 11 111 0 0 0 2222222 1111 2 555555555 11 5 0
lowQualScore : . .. ...... . . . . . ... .. . . . . ... ...... ... .. ... . . .. . . .. . . .. .. ... . . . ....... .... . ......... .. . .
lowQualScore : 7 55 999999 0 7 6 5 6 111 99 6 5 6 6 111 888888 111 55 777 3 6 22 6 5 11 6 6 11 66 222 7 7 7 2222222 5555 1 333333333 00 8 8
consensus : AATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GTCTAGC
Reference ( gi|60491 ) : AATT-TATTT-AGTTA------TGAAACAG-TG-AATTGAAG-GTT---A--ATA-TTCA-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-C--A------T--ACGGCA-GTCTAGC
gi|60490 : AATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--AAA-TCAA-TGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-ATCA-TAA-G--AAA--TA---TACGT-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------A--ACGACA-GACTAGC
gi|60468 : AATT-CATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GAA-T---A------TC---CAGC--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-AAA-GAAAAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-T--T------T--ACGACA-GTCTAGCt
gi|60495 : taAATA-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGGGCC---CC-T-T--A-AA-A-CA-TAA-T--AAA--TA---TACAC-C-T-AA-------ACGC----A-C--C------T--ATGACG-GCCTAACt
gi|60497 : AATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-CG-AATTCAAT-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGG--T---CC-C-T--A-AA-A-CA-C---G--AAT--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------A--ATGACA-TTCTAGC
gi|60492 : AATT-TATTT-GGTCA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GAA-T---A------AC---GAG---C---AC-C-T--A-AA-AACA-TAA-G--AAA--TA---TACGT-C-T-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGAAG-GCCTAGCt
gi|60489 : AATT-TATTT-GGTTA------TAAAGCAG-TG-AATTCACT-GTT---G--ATA-TCAA-AGA-T---A------AC---CAGG--T---CC-A-T--A-AACA-CG-TAA-GA-AAA--TG---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GTCTAGt
gi|60471 : aAATT-TATTT-GGTTA------TCCAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ACA-TTAA-GAA-T---A------TC---CAGA--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-AAA-GA-AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-T--C------T--ACGACA-GT
gi|60494 : taAATT-TGTTTTGGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GAA-T---A------TC---CAGC--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-AAA-GA-AAA--TA---TATG--C-A-AA-------ACGC----A-T--C------T--ATGACA-GTCTAGC
gi|60504 : AATG-TATTT-GGTTA------TGTAACTG-TC-AATTTGAG-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---T------AA---GAGC--C---CC-A-T--A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-T-AA-------ACGC----A-C--A------T--ACGACG-GACTAGCt
gi|60498 : AATA-TATTT-GATAA------TAAAACAG-TA-AACTCAAG-GTT---A--ATATTTTA-GGA-T---A------AC---CAGA--C---TC-C-TA-A-AA-A-CA-TAA-G--CAAT-TA---TACGC-C-A-AA-------ATGC----A-T--C------T--ACGACA-ATCTAGC
gi|60496 : AATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-CTAA-GGA-TGTCA------AT---C-----C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-AAA-GA-AAA--TA---TACGT-C-A-AA-------ACGC----ATC--A---------ACGACA-GTCTAt
gi|60499 : AATT-TATTT-TGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAA--GT------------------A-T---A------AC---CAAG--C---TC-C-TAAA-AA-A-CA-TAA-A--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGT----A-C--C------T--ACGACA-GTCTAGC
gi|60501 : AATA-TATTT-GGTTA------TAAAGCAG-TG-AATTCAAT-GTT---A--ATA-TTAG-GGA-T---A------AC---CAGA--C---CT-C-T--A-AATA-CA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-T-AA-------ACAT----A-C--t
gi|60500 : AATT-T-TTT-GGTTA------TAAGACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-TGA-T---A------AA---CAGG--C---CCTT-T--A-AA-A-C--------------------ACAC-C-A-AA-------ACAC----A-C--C------T--ACGACA-GCCTAGCc
gi|60502 : AATT-TATTT-TGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---T--GTA-TTAA-TGA-T---A------AA---CAGG--T---CC-C-T------------TAA----------A---TACAC-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GCCTt
gi|60503 : AATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAA-TG-AAATCAAT-GTT---AATATA-TTAA-GGA-T---A------AA---CAGG--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-T-------AA--TA---TTCAC-C-A-AA-------ATGC----A-C--AG-----T--ATAG
gi|60505 : AACT-TATAT-GGTTA------TAAAACCA-TG-AACTCAGT-GTT---A--ATA-TTAA-GAA-T---A------AC---CAGG--T---AC-C-TA-A-AA-A-TA-TAA-G--AAA--TA---AAGGC-C-T-AA-------ATGC----A-C--C------T--ACG
gi|60493 : AATT-TATTT-GATTA------TAAAACAG-TG-ATTTCAAG-GTT---T--ATA-TAAA-GGA-T---A------TA---AAGT--C---GT-C-T--A-AA-A-CA-TAA-G--ACA--TA---TACGT-C-A-AT-------ACGC----A-
gi|60506 : AGTT-AATTT-GGTTA------TAGAATAG-TG-AATTCAAG-GCT---A--ATA-TTAA-GTA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-TAA-G--t
gi|60508 : AATT-TATTT-AGTTA------TAAAACGG-GA-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-TGA-T---A------AC---AAGG--G---CC-C-TA-A-AA-A-CA-AAT-G--AAA--T
gi|60507 : AATT-TATAT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAT-GTT---A--ATA-TTAA-TGA-T---A------AT---CAGG--C---GC-C-T--A-AA-A-
gi|60509 : AATT-CTTTT-TGTTA------TAAAACAG-TG-A---------------------TTCA-GGA-T---A------AC---CAGGA-C---CC-G-T--A-AA-ATCA-TAA-A--AAA--AA---TACTC-C---TT-------ACGC----A-C--A------T--TCGGCG-GCCTAGacaca
gi|60474 : ATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATG-TTAA-GCA-T---A------AC---CAGG--C---TC-T-TC-A-AA-A-TA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACCC----A-C--A------T--AAGACA-GACTAGC
gi|60510 : tacATT-T-TTT-GGTTA------TAAAACAG-TA-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TCAA-AGA-T---A------GC---CAGG--C---CC-C-T--ATAA-A-CA-TAA-G--AGG--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GCCTA
gi|60473 : ATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCTAG-GTT---A--ATA-TTAT-GGA-T---A------GCAGCCAGG--C---CCTC-C--A-AA-A-CA-TAA-G--CAA--TA---TATGC-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GTTTAGCtct
gi|60470 : tacATT-TATAT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TAAA-TGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-ATCA-TTA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------AGGC----A-T--C------T--ACAACA-GTTTAGCt
gi|60472 : tacATT-TATAT-GGTTA------TAAAACAG-TA-AATTTATG-GTT---G--ATA-TTAA-TG--T---G------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TACGT-C-A-AA-------ACGC----A-T--C------T--ACAATA-GTCTAGCt
gi|60469 : tacATT-TATAT-GGATA------TAAAACAG-TA-AATTCATG-GTT---A--ATA-TTAT-TGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TATGC-C-A-AA-------ACGC----A-T--C------T--ACAACA-GTCTAGCt
gi|60475 : tacATT-TATTC-GGTTAGGCCTATAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------GC---CAGA--C---CT-A-T--A-AA-A--A-TAA-G--AAA--TA---TACGT-C-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--GCGATC-GTCTAGCt
gi|60511 : tacATT-TATTA-AGTTA------TAAAACAG-TG-AACTCAAG-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGG--G---TC-T-T--A-AA-A--A-TAA-G--AAA--TG---TATGT-C-A-AA-------ACACATCTA-C--ACACC--T--ACGACA-GTCTAGt
gi|60477 : ATT-TATTT-GGTTA------TGAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---C--ATA-TTTA-GGA-T---A------AT---CAGG--C---CA-C-T--A-AA-A--A-TAA-A--TAA--TA---TACGT-C-A-AA-------ACAC----A-T--C------T--ACtt
gi|60512 : tacATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAT-TG-ACTTTAAT-GTT---A--ATA-TTCA-GGA-T---A------AT---CAGG--G---TC-C-T--A-AA-A--A-TAA-G--AAA--TA---TATGT-C-A-AA-------ACAC----A-CCTACACACCT--ACGATA-GTTTAGC
gi|60478 : ATTGTATAT-AGTTA--------AAATAC-TG-AATTCAAG-GTT---A--GCA-GTAG-GGA-C---T------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-AGCA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------GCGC----A-C--C------T--ACGATA-GTCTAGCt
gi|60513 : tacACT-TATTT-TGTTT------AAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--ATA-CTTA---------A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-A--A-TAA-G--AAAAGTAAATTATGT-C-A-AA-------ACAC----A-C--C------T--ACGACA-GTCTAGCt
gi|60482 : ATT-TATTC--GTTA------TAAAACAG-TG-AATT---------------TA----A-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CA-C-T--A-AA-A-AA-TAA-G--AAA--TA---TACGT-C-A-AA-------ACAC----A-C--T------T--GCGACA-GCCTAGt
gi|60481 : tacATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-T-------AAG-GTT---A--ATA-TTAA-AGAAT---A------GC----AGG--C---CC-C-TT-A-AA-A-CA-TAA-G--AAC--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----A-G--C------T--ATG--A-GTCTGGC
gi|60480 : taacATC-TATTT--GTTA------TAAAACAG-TG-AATGCATG-GTT---A--ATA-ATAA-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CA-C-T--A-AT-G--A-TAA-G--AAT--TA---TACGT-C-A-AA-------ACAC----A-T--C------T--GCGATA-GTCTAt
gi|60476 : taacATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TC-AATTCAAA-CTT---A--ATA-TTAA-GAA-T---A------AC---CAGG--T---CG-C-T--A-AAGA-AA-GAA-G--AAA--TA---CACTT-C-A-AA-------CTAC----A-C--A------TCGACGACT-GTCTAGC
gi|60479 : tacATT-TATTT-GGTTA------TAAAATAAATG-TAGTCAAT-GTA---A--ATA-TTAA-GGA-A---A------AC---CAGA--C---CA-C-T--A-AA-AACA-TAA------A--TA---TACGT-C-A-AA-------ATGT----A-C--C------T--ACAACA-GTCCAGCt
gi|60484 : tagATT-TATTT-GGTTA------TCAAACAG-TG-AATATAAG-GTT---A--ATA-TTAA-AGA-C---A------AC---CAGG--T---CC-A-T-----A-A-CAGTAA----AAA--TA---AACGT-C-ATGACACACCTACAC----A-C--C------T--ACGACA-GACTAGCt
gi|60483 : tacATC-TTTTT-GGTTA------TAAAACAA-TG-AATTTAAT-GTT---A--ATA-TTAA-AGA-T---A------AC---CAGG--CGGGCC-C-T--A-AA-A--A--------------A---TACGT-C-A-AA-------ACAC----A-C--C------T---TAGAATGTCTAGCt
gi|60485 : tacATT-GAATT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GCT---T--ATA-TTAA-TGA-T---T------AC---AACG--CT--CT-T-T--A-AA-A-CA-T--------A--TA---CACGC-C-G-AA-------ATGC----ATC--A---------ACGTTA-GTCTAGCt
gi|60487 : taacATT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTTGAG-GTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGG--t
gi|60486 : tacATT-TATTT--GTTA------TAAAACAG-TG-AATACAAT-GTT---A--ATA-TTAA-GAA-A---A------AC---CAGG--C---TC-A-T--A-AA-A--A-TAA-G--AAA--
gi|60488 : tatATG-TATTT-GGTTT------TAAAACTG-TATAATC-AAT-GTT---A--ATA-ATAA-CGA-T---A------AC---CAGG--C---CG-C-G--A-AA-A-AA--AA-G--AAA--acagacctgcaacagtctaact
gi|60515 : tacTT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--AAA-TTAT-GAA-T---A------TC---CAGC--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-AAA-GA-AAA--TA---TACAC-C-A-AA-------ACGC----A-T--C------T--ACGAAA-GACCAGaacagtaaaacccctctaatataatgtatatcaaacacacctacgacagtcaagct
gi|60516 : TT-TACTT-GGTTA------TAATATAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--A-A-CTAATGGA-T---A------AC---CAAG--C---CC-T-T--A-AA-A-CA-TAA-G----------------------AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GTCTAGCtt
gi|60517 : TT-TATTT-TGTTA------TAAAACAG-TG-AATACCAG-GTT---A--GTT-TTAA-AGA-T---A------GC---AAGG--C---CC-C-T--------------------AA--CA---TACGC-C-A-AA-------ATGC----A-C--C------T--ATGACA-GCCTAGCt
gi|60518 : TT-TTTTT-TGTTA------TAATACAG-TG-GACTCAGT-GTT---T--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGG--A---AC-C-TAAA-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TT---CACAC-C-T-AA-------ACGT----A-C--C------T--ACAACG-GCATAGCt
gi|60519 : TT-TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAT-GCT---A--ATA-AAAA-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-ATCA-TAA-t
gi|60520 : T-TATCT-CCTT-------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--TTA-TTAG-GGG-T---A------AC---CAAG--C---CC-C-T--A-AATA-CA-TAA-G--ACA--TA---TACGC-C-A-AA-------ATGC----A-C--C------T--ACGACA-GCCAAGC
gi|60521 : T-TATTT-ATTTA------TAAAACAG-AG-AATTCAAT-GTT---A--ATA-TTTA-GAA-T---A------GC---CAGG--C---CC-T-TA-A-AA-A-CA-TAA-C--ACA--TA---TACGC-CAA-AA-------ACGC----A-T--C------T--ATGCCC-GTCTAACt
gi|60523 : -TGTTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-AATTCAAG-GTT---A--AGA-TTAA-AGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA-TGA-G--AAA--TA---TATGT-A-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACTACA-GTCTAGCt
gi|60524 : -TATTT-AGTTA------TAAAAAAG-TA-AATTAAAG-GTT---A--ATA-TTGA-GGA-T---A------A----CAGG--C---CC-C-TA-A-AA-A-CA--AA-G--AAA--TA---TATA--C-A-AA-------ATGC----A-C--C------T--ACGACA-GTCTAGCt
gi|60525 : -TATTT-GGTTA------TAAAACAG-TG-ATTTCAAG-GTT---A--ATA-TTAC-GGA-T---A------AC---CAGA--T---TC-------------CA-TTA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ATGC----A-C--C------T--ACGACA-GTCAAGCt
gi|60526 : -TATTT-GGTTA------TAAAACAG-GG-AATTCAATTGTT---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CAGA--T---AC-C-T--A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---AACAC-C-T-AA-------GCGC----A-C--T------T--ACGACG-GCCTAACt
gi|60527 : T-GGTTA------TGAAACAG-TG-AGTTCAAG-GTT---A--ATA-TTAC-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-T--A-AA-A-TA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-C-A-GA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GTGTAGCt
gi|60522 : GTTA------T--AATAG-TG-AATTCAAG-GTC---A--ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CATG--C---CC-T-T--A-AA-A--A-TAA-G--AAA--TA---TACGTAA-A-AA-------AAAC----A-C--C------T--GCGACA--TATAGCt
gi|60528 : ttataagGTTA------TAAAACAA-TG-AATTTAAG-GTA---A--CTA-TTAA-GGA-A---A------AC---AAAG--C---CC-C-T--A-AA-A-t
gi|60514 : TTA------TGAAA--G-TA-AAC--AAA-CTTTAAA--ATA-TCAA-GGA-T---A------AC---CAGG--C---CC-C-TG-A-AA-A-CA-TCATG--AAA--TA---TACCT-C-A-AA-------ACAT----A-C--C------T--ACGATG-GTCTAGC
gi|60529 : atttttcgcaAG-TG-AATTACAA-G--------ATA-TTAA-GGA-T---A------AC---CTGG--C---TC-CAG--A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TACGC-A-A-AA-------ACTC----A-T--T------T--ACGACA-GTGTAGCt
gi|60530 : -AATTTAAG-GTT---A--ATA-TTAG-GGA-T---ACATGTAAC---CAGG--C---CT-C-TC-A-AA-A-CA-TAA-G--AAA--TA---TA-GT-C-A-AA-------ACGC----A-C--A------T--ACGACA-GTCTTGCt
gi|60531 : AAG-GTT---A--ATA-TTTA-GGA-T---A------GC---CAGG--C---GC-C-T--T-AA-A-CA-TGA-G--AAT--TA---TACCC-C-A-AA-------AGGC----A-C--A------A--ATGACA-GTCTAGCt
gi|60532 : GA--C---CC-C-T--T-AA-A-AA-TAA-T--ATA--TA---TATGT-C-A-AA-------ACAC----A-C--C------T--ACAACA-GTCTAGCt
gi|60533 : atattgaattgat-TGA-G--AAA--TA---TACGA-T-A-AA-------ACGC----A-C--C------T--ACGACA-GTTTAGt
gi|60534 : --AAA--TA---TACGC-C-A-AA-------ACGC----ATC--A---------ACGGCA-GTCTAGCtt
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 0 0 0 111111 0 0 0 111 00 1 0 00 222222 222 11 111 1 0 5555555555 0 2 555 1 0 44 333333333333 11 111 0 0 0 77777777
lowQualScore : . . . ...... . . . ... .. . . .. ...... ... .. ... . . .......... . . ... . . .. ............ .. ... . . . ........
lowQualScore : 7 7 7 999999 6 6 6 111 88 2 6 88 444444 222 55 777 2 6 5555555555 6 5 111 3 6 00 333333333333 55 111 7 7 7 88888888
consensus : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
Reference ( family-395 ) : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
gi|60468 : AATT-CATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GAAA------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATTTACGACAGTCTAGC
gi|60469 : taATT-TATAT-G-GATA------TAAAACAG-TAAATT-CATG-GTT---A--ATA-TTAT-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TATGC-C-A-AA--------ACGCATCTACAACAGTCTAGCt
gi|60470 : tacATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TAAA-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TTA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------AGGCATCTACAACAGTTTAGCt
gi|60471 : tacAATT-TATTT-G-GTTA------TCCAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ACA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGA--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATCTACGACAGTt
gi|60472 : taATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TAAATT-TATG-GTT---G--ATA-TTAA-T--G-------T---GACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCATCTACAATAGTCTAGC
gi|60473 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CTAG-GTT---A--ATA-TTAT-G--GA------TAGCAGCCAGG--C---CCTC-C----------A-AA-A--CA-TAA-G--C------------AA--TA---TATGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTTTAGCt
gi|60474 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATG-TTAA-G--CA------T---AACCAGG--C---TC-T-TC---------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACCCACATAAGACAGACTAGCt
gi|60475 : tacATT-TATTC-G-GTTAGGCCTATAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AGCCAGA--C---CT-A-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCACCTGCGATCGTCTAGC
gi|60476 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TCAATT-CAAA-CTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACCAGG--T---CG-C-T----------A-AAGA--AA-GAA-G--A------------AA--TA---CACTT-C-A-AACT------ACACATCGACGACTGTCTAGCt
gi|60477 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TGAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---C--ATA-TTTA-G--GA------T---AATCAGG--C---CA-C-T----------A-AA-A---A-TAA-A--T------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACATCTACt
gi|60478 : tacATTGTATAT-A-GTTA--------AAATAC-TGAATT-CAAG-GTT---A--GCA-GTAG-G--GA------C---TACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AG-CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------GCGCACCTACGATAGTCTAGC
gi|60479 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAATAAATGTAGT-CAAT-GTA---A--ATA-TTAA-G--GA------A---AACCAGA--C---CA-C-T----------A-AA-AA-CA-TAA------------------A--TA---TACGT-C-A-AA--------ATGTACCTACAACAGTCCAGCt
gi|60480 : tagATC-TATTT-G--TTA------TAAAACAG-TGAATG-CATG-GTT---A--ATA-ATAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CA-C-T----------A-AT-G---A-TAA-G--A------------AT--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACATCTGCGATAGTCTAt
gi|60481 : taacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-T-------AAG-GTT---A--ATA-TTAA-A--GAA-----T---AGC-AGG--C---CC-C-TT---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AC--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCAGCTATG--AGTCTGGC
gi|60482 : taacATT-TATTC-G--TTA------TAAAACAG-TGAATT--------------------TAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CA-C-T----------A-AA-A--AA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACACTTGCGACAGCCTAGt
gi|60483 : tacATC-TTTTT-G-GTTA------TAAAACAA-TGAATT-TAAT-GTT---A--ATA-TTAA-A--GA------T---AACCAGG--CGGGCC-C-T----------A-AA-A---A--------------------------A---TACGT-C-A-AA--------ACACACCTTAGAATGTCTAGC
gi|60484 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TCAAACAG-TGAATA-TAAG-GTT---A--ATA-TTAA-A--GA------C---AACCAGG--T---CC-A-T-------------A-A--CAGTAA----A------------AA--TA---AACGT-C-ATGACACACCT-ACACACCTACGACAGACTAGCt
gi|60485 : tacATT-GAATT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GCT---T--ATA-TTAA-T--GA------T---TACAACG--CT--CT-T-T----------A-AA-A--CA-T--------------------A--TA---CACGC-C-G-AA--------ATGCATCAACGTTAGTCTAGCt
gi|60486 : taacATT-TATTT-G--TTA------TAAAACAG-TGAATA-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------A---AACCAGG--C---TC-A-T----------A-AA-A---A-TAA-G--------------------------------A-AA--------ACAGACCTGCAACAGTCTAACt
gi|60487 : tatATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-TGAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--t
gi|60488 : tacATG-TATTT-G-GTTT------TAAAACTG-TATAAT-CAAT-GTT---A--ATA-ATAA-C--GA------T---AACCAGG--C---CG-C-GAAAAAAAAGAA-AA-A--CAGTAA-A--ACCCCTCTAATATAA--TG---TATAT-C---AA--------ACACACCTACGACAGTCAAGC
gi|60489 : tacAATT-TATTT-G-GTTA------TAAAGCAG-TGAATT-CACT-GTT---G--ATA-TCAA-A--GA------T---AACCAGG--T---CC-A-T----------A-AACA--CG-TAA-GA-A------------AA--TG---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGt
gi|60490 : aAATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AAA-TCAA-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCACCAACGACAGACTAGC
gi|60491 : AATT-TATTT-A-GTTA------TGAAACAG-TGAATT-GAAG-GTT---A--ATA-TTCA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACATACGGCAGTCTAGCt
gi|60492 : AATT-TATTT-G-GTCA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACGA-G--C---AC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-T-AA--------ACGCACCTACGAAGGCCTAGC
gi|60493 : AATT-TATTT-G-ATTA------TAAAACAG-TGATTT-CAAG-GTT---T--ATA-TAAA-G--GA------T---ATAAAGT--C---GT-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------CA--TA---TACGT-C-A-AT--------ACGCAt
gi|60494 : AATT-TGTTTTG-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TATG--C-A-AA--------ACGCATCTATGACAGTCTAGCt
gi|60495 : AATA-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGGGCC---CC-T-T----------A-AA-A--CA-TAA-T--A------------AA--TA---TACAC-C-T-AA--------ACGCACCTATGACGGCCTAACt
gi|60496 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-CTAA-G--GA------TGTCAATC-----C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCATCAACGACAGTCTA
gi|60497 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-CGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--T---CC-C-T----------A-AA-A--CA-C---G--A------------AT--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCAATGACATTCTAGC
gi|60498 : AATA-TATTT-G-ATAA------TAAAACAG-TAAACT-CAAG-GTT---A--ATATTTTA-G--GA------T---AACCAGA--C---TC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--C------------AAT-TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCATCTACGACAATCTAGCt
gi|60499 : AATT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG---------------TA-------------T---AACCAAG--C---TC-C-T----------A-AA-AAACA-TAA-A--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGTACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60500 : AATT-T-TTT-G-GTTA------TAAGACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AAACAGG--C---CCTT-T----------A-AA-A--C--------------------------------ACAC-C-A-AA--------ACACACCTACGACAGCCTAGCt
gi|60501 : AATA-TATTT-G-GTTA------TAAAGCAG-TGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAG-G--GA------T---AACCAGA--C---CT-C-T----------A-AATA--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-T-AA--------ACATACCt
gi|60502 : AATT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---T--GTA-TTAA-T--GA------T---AAACAGG--T---CC-C-T---------------------TAA----------------------A---TACAC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGCCT
gi|60503 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAA-TGAAAT-CAAT-GTT---AATATA-TTAA-G--GA------T---AAACAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-T-------------------AA--TA---TTCAC-C-A-AA--------ATGCAC
gi|60504 : AATG-TATTT-G-GTTA------TGTAACTG-TCAATT-TGAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---TAAGAGC--C---CC-A-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-T-AA--------ACGCACATACGACGGACTAGCagtatagc
gi|60505 : AACT-TATAT-G-GTTA------TAAAACCA-TGAACT-CAGT-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACCAGG--T---AC-C-TA---------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---AAGGC-C-T-AA--------ATGCACCTACG
gi|60506 : AGTT-AATTT-G-GTTA------TAGAATAG-TGAATT-CAAG-GCT---A--ATA-TTAA-G--TA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--
gi|60507 : AATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AATCAGG--C---GC-C-T----------A-AA-A--
gi|60508 : AATT-TATTT-A-GTTA------TAAAACGG-GAAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AACAAGG--G---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAT-G--A------------AA--Tacaca
gi|60509 : AATT-CTTTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGA-TT-CA---------------------G--GA------T---AACCAGGA-C---CC-G-T----------A-AA-AT-CA-TAA-A--A------------AA--AA---TACTC-C---TT--------ACGCACATTCGGCGGCCTAG
gi|60510 : ATT-T-TTT-G-GTTA------TAAAACAG-TAAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TCAA-A--GA------T---AGCCAGG--C---CC-C-T----------ATAA-A--CA-TAA-G--A------------GG--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGCCTA
gi|60511 : ATT-TATTA-A-GTTA------TAAAACAG-TGAACT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--G---TC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TG---TATGT-C-A-AAACACATCTACACACCTACGACAGTCTAGtct
gi|60512 : ATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAT-TGACTT-TAAT-GTT---A--ATA-TTCA-G--GA------T---AATCAGG--G---TC-C-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TATGT-C-A-AAACACACCTACACACCTACGATAGTTTAGCtt
gi|60513 : ACT-TATTT-T-GTTT------AAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATACTTA-----------------AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AAAGTAAATTATGT-C-A-AA--------ACACACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60514 : ATT-T-TTC-GCATTA------TGAAA--G-TAAA---CAAA-CTTTAAA--ATA-TCAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TG---------A-AA-A--CA-TCATG--A------------AA--TA---TACCT-C-A-AA--------ACATACCTACGATGGTCTAGCt
gi|60515 : TT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AAA-TTAT-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACAC-C-A-AA--------ACGCATCTACGAAAGACCAGt
gi|60516 : TT-TACTT-G-GTTA------TAATATAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--A-A-CTAATG--GA------T---AACCAAG--C---CC-T-T----------A-AA-A--CA-TAA-G----------------------------------AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGCtt
gi|60517 : TT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATA-CCAG-GTT---A--GTT-TTAA-A--GA------T---AGCAAGG--C---CC-C-T-----------------------------------------AA--CA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTATGACAGCCTAGCt
gi|60518 : TT-TTTTT-T-GTTA------TAATACAG-TGGACT-CAGT-GTT---T--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--A---AC-C-TAA--------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TT---CACAC-C-T-AA--------ACGTACCTACAACGGCATAGCt
gi|60519 : TT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAT-GCT---A--ATA-AAAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TAA-t
gi|60520 : T-TATCT-C-CTT-------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--TTA-TTAG-G--GG------T---AACCAAG--C---CC-C-T----------A-AATA--CA-TAA-G--A------------CA--TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGCCAAGC
gi|60521 : T-TATTT-A-TTTA------TAAAACAG-AGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTTA-G--AA------T---AGCCAGG--C---CC-T-TA---------A-AA-A--CA-TAA-C--A------------CA--TA---TACGC-CAA-AA--------ACGCATCTATGCCCGTCTAACt
gi|60522 : T-TATAA-G-GTTA------TAA--TAG-TGAATT-CAAG-GTC---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCATG--C---CC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TACGTAA-A-AA--------AAACACCTGCGACA-TATAGCt
gi|60523 : -TGTTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AGA-TTAA-A--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TGA-G--A------------AA--TA---TATGT-A-A-AA--------ACGCACCTACTACAGTCTAGCt
gi|60524 : -TATTT-A-GTTA------TAAAAAAG-TAAATT-AAAG-GTT---A--ATA-TTGA-G--GA------T---AA-CAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA--AA-G--A------------AA--TA---TATA--C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60525 : -TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGATTT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAC-G--GA------T---AACCAGA--T---TC----------------------CA-TTA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGTCAAGCt
gi|60526 : -TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-GGAATT-CAATTGTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGA--T---AC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---AACAC-C-T-AA--------GCGCACTTACGACGGCCTAACt
gi|60527 : T-G-GTTA------TGAAACAG-TGAGTT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAC-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-GA--------ACGCACCTACGACAGTGTAGCt
gi|60528 : -GTTA------TAAAACAA-TGAATT-TAAG-GTA---A--CTA-TTAA-G--GA------A---AACAAAG--C---CC-C-T----------A-AA-A--t
gi|60529 : AG-TGAATTACAAG----------ATA-TTAA-G--GA------T---AACCTGG--C---TC-CAG----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-A-A-AA--------ACTCATTTACGACAGTGTAGC
gi|60530 : AATT-TAAG-GTT---A--ATA-TTAG-G--GATACATGT---AACCAGG--C---CT-C-TC---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TA-GT-C-A-AA--------ACGCACATACGACAGTCTTGCt
gi|60531 : AAG-GTT---A--ATA-TTTA-G--GA------T---AGCCAGG--C---GC-C-T----------T-AA-A--CA-TGA-G--A------------AT--TA---TACCC-C-A-AA--------AGGCACAAATGACAGTCTAGCt
gi|60532 : --ATA-TTGA-ATTGA------T---GACC---------CC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-T--A------------TA--TA---TATGT-C-A-AA--------ACACACCTACAACAGTCTAGCt
gi|60533 : -TGA-G--A------------AA--TA---TACGA-T-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTTTAGt
gi|60534 : --A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATCAACGGCAGTCTAGCtt
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 0 0 0 111111 0 0 0 111 00 1 0 00 222222 222 11 111 1 0 5555555555 0 2 555 1 0 44 333333333333 11 111 0 0 0 77777777
lowQualScore : . . . ...... . . . ... .. . . .. ...... ... .. ... . . .......... . . ... . . .. ............ .. ... . . . ........
lowQualScore : 7 7 7 999999 6 6 6 111 88 2 6 88 444444 222 55 777 2 6 5555555555 6 5 111 3 6 00 333333333333 55 111 7 7 7 88888888
consensus : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
Reference ( family-395 ) : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
gi|60468 : AATT-CATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GAAA------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATTTACGACAGTCTAGC
gi|60469 : taATT-TATAT-G-GATA------TAAAACAG-TAAATT-CATG-GTT---A--ATA-TTAT-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TATGC-C-A-AA--------ACGCATCTACAACAGTCTAGCt
gi|60470 : tacATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TAAA-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TTA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------AGGCATCTACAACAGTTTAGCt
gi|60471 : tacAATT-TATTT-G-GTTA------TCCAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ACA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGA--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATCTACGACAGTt
gi|60472 : taATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TAAATT-TATG-GTT---G--ATA-TTAA-T--G-------T---GACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCATCTACAATAGTCTAGC
gi|60473 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CTAG-GTT---A--ATA-TTAT-G--GA------TAGCAGCCAGG--C---CCTC-C----------A-AA-A--CA-TAA-G--C------------AA--TA---TATGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTTTAGCt
gi|60474 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATG-TTAA-G--CA------T---AACCAGG--C---TC-T-TC---------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACCCACATAAGACAGACTAGCt
gi|60475 : tacATT-TATTC-G-GTTAGGCCTATAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AGCCAGA--C---CT-A-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCACCTGCGATCGTCTAGC
gi|60476 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TCAATT-CAAA-CTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACCAGG--T---CG-C-T----------A-AAGA--AA-GAA-G--A------------AA--TA---CACTT-C-A-AACT------ACACATCGACGACTGTCTAGCt
gi|60477 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TGAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---C--ATA-TTTA-G--GA------T---AATCAGG--C---CA-C-T----------A-AA-A---A-TAA-A--T------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACATCTACt
gi|60478 : tacATTGTATAT-A-GTTA--------AAATAC-TGAATT-CAAG-GTT---A--GCA-GTAG-G--GA------C---TACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AG-CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------GCGCACCTACGATAGTCTAGC
gi|60479 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAATAAATGTAGT-CAAT-GTA---A--ATA-TTAA-G--GA------A---AACCAGA--C---CA-C-T----------A-AA-AA-CA-TAA------------------A--TA---TACGT-C-A-AA--------ATGTACCTACAACAGTCCAGCt
gi|60480 : tagATC-TATTT-G--TTA------TAAAACAG-TGAATG-CATG-GTT---A--ATA-ATAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CA-C-T----------A-AT-G---A-TAA-G--A------------AT--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACATCTGCGATAGTCTAt
gi|60481 : taacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-T-------AAG-GTT---A--ATA-TTAA-A--GAA-----T---AGC-AGG--C---CC-C-TT---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AC--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCAGCTATG--AGTCTGGC
gi|60482 : taacATT-TATTC-G--TTA------TAAAACAG-TGAATT--------------------TAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CA-C-T----------A-AA-A--AA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACACTTGCGACAGCCTAGt
gi|60483 : tacATC-TTTTT-G-GTTA------TAAAACAA-TGAATT-TAAT-GTT---A--ATA-TTAA-A--GA------T---AACCAGG--CGGGCC-C-T----------A-AA-A---A--------------------------A---TACGT-C-A-AA--------ACACACCTTAGAATGTCTAGC
gi|60484 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TCAAACAG-TGAATA-TAAG-GTT---A--ATA-TTAA-A--GA------C---AACCAGG--T---CC-A-T-------------A-A--CAGTAA----A------------AA--TA---AACGT-C-ATGACACACCT-ACACACCTACGACAGACTAGCt
gi|60485 : tacATT-GAATT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GCT---T--ATA-TTAA-T--GA------T---TACAACG--CT--CT-T-T----------A-AA-A--CA-T--------------------A--TA---CACGC-C-G-AA--------ATGCATCAACGTTAGTCTAGCt
gi|60486 : taacATT-TATTT-G--TTA------TAAAACAG-TGAATA-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------A---AACCAGG--C---TC-A-T----------A-AA-A---A-TAA-G--------------------------------A-AA--------ACAGACCTGCAACAGTCTAACt
gi|60487 : tatATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-TGAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--t
gi|60488 : tacATG-TATTT-G-GTTT------TAAAACTG-TATAAT-CAAT-GTT---A--ATA-ATAA-C--GA------T---AACCAGG--C---CG-C-GAAAAAAAAGAA-AA-A--CAGTAA-A--ACCCCTCTAATATAA--TG---TATAT-C---AA--------ACACACCTACGACAGTCAAGC
gi|60489 : tacAATT-TATTT-G-GTTA------TAAAGCAG-TGAATT-CACT-GTT---G--ATA-TCAA-A--GA------T---AACCAGG--T---CC-A-T----------A-AACA--CG-TAA-GA-A------------AA--TG---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGt
gi|60490 : aAATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AAA-TCAA-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCACCAACGACAGACTAGC
gi|60491 : AATT-TATTT-A-GTTA------TGAAACAG-TGAATT-GAAG-GTT---A--ATA-TTCA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACATACGGCAGTCTAGCt
gi|60492 : AATT-TATTT-G-GTCA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACGA-G--C---AC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-T-AA--------ACGCACCTACGAAGGCCTAGC
gi|60493 : AATT-TATTT-G-ATTA------TAAAACAG-TGATTT-CAAG-GTT---T--ATA-TAAA-G--GA------T---ATAAAGT--C---GT-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------CA--TA---TACGT-C-A-AT--------ACGCAt
gi|60494 : AATT-TGTTTTG-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TATG--C-A-AA--------ACGCATCTATGACAGTCTAGCt
gi|60495 : AATA-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGGGCC---CC-T-T----------A-AA-A--CA-TAA-T--A------------AA--TA---TACAC-C-T-AA--------ACGCACCTATGACGGCCTAACt
gi|60496 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-CTAA-G--GA------TGTCAATC-----C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCATCAACGACAGTCTA
gi|60497 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-CGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--T---CC-C-T----------A-AA-A--CA-C---G--A------------AT--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCAATGACATTCTAGC
gi|60498 : AATA-TATTT-G-ATAA------TAAAACAG-TAAACT-CAAG-GTT---A--ATATTTTA-G--GA------T---AACCAGA--C---TC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--C------------AAT-TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCATCTACGACAATCTAGCt
gi|60499 : AATT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG---------------TA-------------T---AACCAAG--C---TC-C-T----------A-AA-AAACA-TAA-A--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGTACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60500 : AATT-T-TTT-G-GTTA------TAAGACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AAACAGG--C---CCTT-T----------A-AA-A--C--------------------------------ACAC-C-A-AA--------ACACACCTACGACAGCCTAGCt
gi|60501 : AATA-TATTT-G-GTTA------TAAAGCAG-TGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAG-G--GA------T---AACCAGA--C---CT-C-T----------A-AATA--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-T-AA--------ACATACCt
gi|60502 : AATT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---T--GTA-TTAA-T--GA------T---AAACAGG--T---CC-C-T---------------------TAA----------------------A---TACAC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGCCT
gi|60503 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAA-TGAAAT-CAAT-GTT---AATATA-TTAA-G--GA------T---AAACAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-T-------------------AA--TA---TTCAC-C-A-AA--------ATGCAC
gi|60504 : AATG-TATTT-G-GTTA------TGTAACTG-TCAATT-TGAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---TAAGAGC--C---CC-A-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-T-AA--------ACGCACATACGACGGACTAGCagtatagc
gi|60505 : AACT-TATAT-G-GTTA------TAAAACCA-TGAACT-CAGT-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACCAGG--T---AC-C-TA---------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---AAGGC-C-T-AA--------ATGCACCTACG
gi|60506 : AGTT-AATTT-G-GTTA------TAGAATAG-TGAATT-CAAG-GCT---A--ATA-TTAA-G--TA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--
gi|60507 : AATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AATCAGG--C---GC-C-T----------A-AA-A--
gi|60508 : AATT-TATTT-A-GTTA------TAAAACGG-GAAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AACAAGG--G---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAT-G--A------------AA--Tacaca
gi|60509 : AATT-CTTTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGA-TT-CA---------------------G--GA------T---AACCAGGA-C---CC-G-T----------A-AA-AT-CA-TAA-A--A------------AA--AA---TACTC-C---TT--------ACGCACATTCGGCGGCCTAG
gi|60510 : ATT-T-TTT-G-GTTA------TAAAACAG-TAAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TCAA-A--GA------T---AGCCAGG--C---CC-C-T----------ATAA-A--CA-TAA-G--A------------GG--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGCCTA
gi|60511 : ATT-TATTA-A-GTTA------TAAAACAG-TGAACT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--G---TC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TG---TATGT-C-A-AAACACATCTACACACCTACGACAGTCTAGtct
gi|60512 : ATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAT-TGACTT-TAAT-GTT---A--ATA-TTCA-G--GA------T---AATCAGG--G---TC-C-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TATGT-C-A-AAACACACCTACACACCTACGATAGTTTAGCtt
gi|60513 : ACT-TATTT-T-GTTT------AAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATACTTA-----------------AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AAAGTAAATTATGT-C-A-AA--------ACACACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60514 : ATT-T-TTC-GCATTA------TGAAA--G-TAAA---CAAA-CTTTAAA--ATA-TCAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TG---------A-AA-A--CA-TCATG--A------------AA--TA---TACCT-C-A-AA--------ACATACCTACGATGGTCTAGCt
gi|60515 : TT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AAA-TTAT-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACAC-C-A-AA--------ACGCATCTACGAAAGACCAGt
gi|60516 : TT-TACTT-G-GTTA------TAATATAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--A-A-CTAATG--GA------T---AACCAAG--C---CC-T-T----------A-AA-A--CA-TAA-G----------------------------------AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGCtt
gi|60517 : TT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATA-CCAG-GTT---A--GTT-TTAA-A--GA------T---AGCAAGG--C---CC-C-T-----------------------------------------AA--CA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTATGACAGCCTAGCt
gi|60518 : TT-TTTTT-T-GTTA------TAATACAG-TGGACT-CAGT-GTT---T--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--A---AC-C-TAA--------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TT---CACAC-C-T-AA--------ACGTACCTACAACGGCATAGCt
gi|60519 : TT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAT-GCT---A--ATA-AAAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TAA-t
gi|60520 : T-TATCT-C-CTT-------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--TTA-TTAG-G--GG------T---AACCAAG--C---CC-C-T----------A-AATA--CA-TAA-G--A------------CA--TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGCCAAGC
gi|60521 : T-TATTT-A-TTTA------TAAAACAG-AGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTTA-G--AA------T---AGCCAGG--C---CC-T-TA---------A-AA-A--CA-TAA-C--A------------CA--TA---TACGC-CAA-AA--------ACGCATCTATGCCCGTCTAACt
gi|60522 : T-TATAA-G-GTTA------TAA--TAG-TGAATT-CAAG-GTC---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCATG--C---CC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TACGTAA-A-AA--------AAACACCTGCGACA-TATAGCt
gi|60523 : -TGTTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AGA-TTAA-A--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TGA-G--A------------AA--TA---TATGT-A-A-AA--------ACGCACCTACTACAGTCTAGCt
gi|60524 : -TATTT-A-GTTA------TAAAAAAG-TAAATT-AAAG-GTT---A--ATA-TTGA-G--GA------T---AA-CAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA--AA-G--A------------AA--TA---TATA--C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60525 : -TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGATTT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAC-G--GA------T---AACCAGA--T---TC----------------------CA-TTA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGTCAAGCt
gi|60526 : -TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-GGAATT-CAATTGTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGA--T---AC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---AACAC-C-T-AA--------GCGCACTTACGACGGCCTAACt
gi|60527 : T-G-GTTA------TGAAACAG-TGAGTT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAC-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-GA--------ACGCACCTACGACAGTGTAGCt
gi|60528 : -GTTA------TAAAACAA-TGAATT-TAAG-GTA---A--CTA-TTAA-G--GA------A---AACAAAG--C---CC-C-T----------A-AA-A--t
gi|60529 : AG-TGAATTACAAG----------ATA-TTAA-G--GA------T---AACCTGG--C---TC-CAG----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-A-A-AA--------ACTCATTTACGACAGTGTAGC
gi|60530 : AATT-TAAG-GTT---A--ATA-TTAG-G--GATACATGT---AACCAGG--C---CT-C-TC---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TA-GT-C-A-AA--------ACGCACATACGACAGTCTTGCt
gi|60531 : AAG-GTT---A--ATA-TTTA-G--GA------T---AGCCAGG--C---GC-C-T----------T-AA-A--CA-TGA-G--A------------AT--TA---TACCC-C-A-AA--------AGGCACAAATGACAGTCTAGCt
gi|60532 : --ATA-TTGA-ATTGA------T---GACC---------CC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-T--A------------TA--TA---TATGT-C-A-AA--------ACACACCTACAACAGTCTAGCt
gi|60533 : -TGA-G--A------------AA--TA---TACGA-T-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTTTAGt
gi|60534 : --A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATCAACGGCAGTCTAGCtt
blockSeqs : GGCCTA TAA T TACATG AGC GC GGG T AAAAAAAAGA G AAC G A CCCCTCTAATAT AG AAT ACACATCT
blockSeqs : . . C A GTC A T T AA C TC G A . T . ACACACCT
blockSeqs : . . . . . . . . A T GC . A . . . CACACCT
blockSeqs : . . . . . . . . A T AC . A . . . CT
blockSeqs : . . . . . . . . C . TC . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . TC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . TC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ********** **
originalCons : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
finalCons : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 0 0 0 111111 0 0 0 111 00 1 0 00 222222 222 11 111 1 0 5555555555 0 2 555 1 0 44 333333333333 11 111 0 0 0 77777777
lowQualScore : . . . ...... . . . ... .. . . .. ...... ... .. ... . . .......... . . ... . . .. ............ .. ... . . . ........
lowQualScore : 7 7 7 999999 6 6 6 111 88 2 6 88 444444 222 55 777 2 6 5555555555 6 5 111 3 6 00 333333333333 55 111 7 7 7 88888888
consensus : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
Reference ( family-395 ) : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGC
gi|60468 : AATT-CATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GAAA------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATTTACGACAGTCTAGC
gi|60469 : taATT-TATAT-G-GATA------TAAAACAG-TAAATT-CATG-GTT---A--ATA-TTAT-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TATGC-C-A-AA--------ACGCATCTACAACAGTCTAGCt
gi|60470 : tacATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TAAA-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TTA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------AGGCATCTACAACAGTTTAGCt
gi|60471 : tacAATT-TATTT-G-GTTA------TCCAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ACA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGA--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATCTACGACAGTt
gi|60472 : taATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TAAATT-TATG-GTT---G--ATA-TTAA-T--G-------T---GACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCATCTACAATAGTCTAGC
gi|60473 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CTAG-GTT---A--ATA-TTAT-G--GA------TAGCAGCCAGG--C---CCTC-C----------A-AA-A--CA-TAA-G--C------------AA--TA---TATGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTTTAGCt
gi|60474 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATG-TTAA-G--CA------T---AACCAGG--C---TC-T-TC---------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACCCACATAAGACAGACTAGCt
gi|60475 : tacATT-TATTC-G-GTTAGGCCTATAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AGCCAGA--C---CT-A-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCACCTGCGATCGTCTAGC
gi|60476 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TCAATT-CAAA-CTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACCAGG--T---CG-C-T----------A-AAGA--AA-GAA-G--A------------AA--TA---CACTT-C-A-AACT------ACACATCGACGACTGTCTAGCt
gi|60477 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TGAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---C--ATA-TTTA-G--GA------T---AATCAGG--C---CA-C-T----------A-AA-A---A-TAA-A--T------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACATCTACt
gi|60478 : tacATTGTATAT-A-GTTA--------AAATAC-TGAATT-CAAG-GTT---A--GCA-GTAG-G--GA------C---TACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AG-CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------GCGCACCTACGATAGTCTAGC
gi|60479 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAATAAATGTAGT-CAAT-GTA---A--ATA-TTAA-G--GA------A---AACCAGA--C---CA-C-T----------A-AA-AA-CA-TAA------------------A--TA---TACGT-C-A-AA--------ATGTACCTACAACAGTCCAGCt
gi|60480 : tagATC-TATTT-G--TTA------TAAAACAG-TGAATG-CATG-GTT---A--ATA-ATAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CA-C-T----------A-AT-G---A-TAA-G--A------------AT--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACATCTGCGATAGTCTAt
gi|60481 : taacATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-T-------AAG-GTT---A--ATA-TTAA-A--GAA-----T---AGC-AGG--C---CC-C-TT---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AC--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCAGCTATG--AGTCTGGC
gi|60482 : taacATT-TATTC-G--TTA------TAAAACAG-TGAATT--------------------TAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CA-C-T----------A-AA-A--AA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACACACTTGCGACAGCCTAGt
gi|60483 : tacATC-TTTTT-G-GTTA------TAAAACAA-TGAATT-TAAT-GTT---A--ATA-TTAA-A--GA------T---AACCAGG--CGGGCC-C-T----------A-AA-A---A--------------------------A---TACGT-C-A-AA--------ACACACCTTAGAATGTCTAGC
gi|60484 : tacATT-TATTT-G-GTTA------TCAAACAG-TGAATA-TAAG-GTT---A--ATA-TTAA-A--GA------C---AACCAGG--T---CC-A-T-------------A-A--CAGTAA----A------------AA--TA---AACGT-C-ATGACACACCT-ACACACCTACGACAGACTAGCt
gi|60485 : tacATT-GAATT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GCT---T--ATA-TTAA-T--GA------T---TACAACG--CT--CT-T-T----------A-AA-A--CA-T--------------------A--TA---CACGC-C-G-AA--------ATGCATCAACGTTAGTCTAGCt
gi|60486 : taacATT-TATTT-G--TTA------TAAAACAG-TGAATA-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------A---AACCAGG--C---TC-A-T----------A-AA-A---A-TAA-G--------------------------------A-AA--------ACAGACCTGCAACAGTCTAACt
gi|60487 : tatATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-TGAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--t
gi|60488 : tacATG-TATTT-G-GTTT------TAAAACTG-TATAAT-CAAT-GTT---A--ATA-ATAA-C--GA------T---AACCAGG--C---CG-C-GAAAAAAAAGAA-AA-A--CAGTAA-A--ACCCCTCTAATATAA--TG---TATAT-C---AA--------ACACACCTACGACAGTCAAGC
gi|60489 : tacAATT-TATTT-G-GTTA------TAAAGCAG-TGAATT-CACT-GTT---G--ATA-TCAA-A--GA------T---AACCAGG--T---CC-A-T----------A-AACA--CG-TAA-GA-A------------AA--TG---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGt
gi|60490 : aAATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AAA-TCAA-T--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCACCAACGACAGACTAGC
gi|60491 : AATT-TATTT-A-GTTA------TGAAACAG-TGAATT-GAAG-GTT---A--ATA-TTCA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACATACGGCAGTCTAGCt
gi|60492 : AATT-TATTT-G-GTCA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACGA-G--C---AC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGT-C-T-AA--------ACGCACCTACGAAGGCCTAGC
gi|60493 : AATT-TATTT-G-ATTA------TAAAACAG-TGATTT-CAAG-GTT---T--ATA-TAAA-G--GA------T---ATAAAGT--C---GT-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------CA--TA---TACGT-C-A-AT--------ACGCAt
gi|60494 : AATT-TGTTTTG-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TATG--C-A-AA--------ACGCATCTATGACAGTCTAGCt
gi|60495 : AATA-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGGGCC---CC-T-T----------A-AA-A--CA-TAA-T--A------------AA--TA---TACAC-C-T-AA--------ACGCACCTATGACGGCCTAACt
gi|60496 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-CTAA-G--GA------TGTCAATC-----C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACGT-C-A-AA--------ACGCATCAACGACAGTCTA
gi|60497 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-CGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--T---CC-C-T----------A-AA-A--CA-C---G--A------------AT--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCAATGACATTCTAGC
gi|60498 : AATA-TATTT-G-ATAA------TAAAACAG-TAAACT-CAAG-GTT---A--ATATTTTA-G--GA------T---AACCAGA--C---TC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--C------------AAT-TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCATCTACGACAATCTAGCt
gi|60499 : AATT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG---------------TA-------------T---AACCAAG--C---TC-C-T----------A-AA-AAACA-TAA-A--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGTACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60500 : AATT-T-TTT-G-GTTA------TAAGACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AAACAGG--C---CCTT-T----------A-AA-A--C--------------------------------ACAC-C-A-AA--------ACACACCTACGACAGCCTAGCt
gi|60501 : AATA-TATTT-G-GTTA------TAAAGCAG-TGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAG-G--GA------T---AACCAGA--C---CT-C-T----------A-AATA--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-T-AA--------ACATACCt
gi|60502 : AATT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---T--GTA-TTAA-T--GA------T---AAACAGG--T---CC-C-T---------------------TAA----------------------A---TACAC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGCCT
gi|60503 : AATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAA-TGAAAT-CAAT-GTT---AATATA-TTAA-G--GA------T---AAACAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-T-------------------AA--TA---TTCAC-C-A-AA--------ATGCAC
gi|60504 : AATG-TATTT-G-GTTA------TGTAACTG-TCAATT-TGAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---TAAGAGC--C---CC-A-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-T-AA--------ACGCACATACGACGGACTAGCagtatagc
gi|60505 : AACT-TATAT-G-GTTA------TAAAACCA-TGAACT-CAGT-GTT---A--ATA-TTAA-G--AA------T---AACCAGG--T---AC-C-TA---------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---AAGGC-C-T-AA--------ATGCACCTACG
gi|60506 : AGTT-AATTT-G-GTTA------TAGAATAG-TGAATT-CAAG-GCT---A--ATA-TTAA-G--TA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TAA-G--
gi|60507 : AATT-TATAT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AATCAGG--C---GC-C-T----------A-AA-A--
gi|60508 : AATT-TATTT-A-GTTA------TAAAACGG-GAAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-T--GA------T---AACAAGG--G---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAT-G--A------------AA--Tacaca
gi|60509 : AATT-CTTTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGA-TT-CA---------------------G--GA------T---AACCAGGA-C---CC-G-T----------A-AA-AT-CA-TAA-A--A------------AA--AA---TACTC-C---TT--------ACGCACATTCGGCGGCCTAG
gi|60510 : ATT-T-TTT-G-GTTA------TAAAACAG-TAAATT-CAAG-GTT---A--ATA-TCAA-A--GA------T---AGCCAGG--C---CC-C-T----------ATAA-A--CA-TAA-G--A------------GG--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCACCTACGACAGCCTA
gi|60511 : ATT-TATTA-A-GTTA------TAAAACAG-TGAACT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--G---TC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TG---TATGT-C-A-AAACACATCTACACACCTACGACAGTCTAGtct
gi|60512 : ATT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAT-TGACTT-TAAT-GTT---A--ATA-TTCA-G--GA------T---AATCAGG--G---TC-C-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TATGT-C-A-AAACACACCTACACACCTACGATAGTTTAGCtt
gi|60513 : ACT-TATTT-T-GTTT------AAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--ATACTTA-----------------AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AAAGTAAATTATGT-C-A-AA--------ACACACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60514 : ATT-T-TTC-GCATTA------TGAAA--G-TAAA---CAAA-CTTTAAA--ATA-TCAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TG---------A-AA-A--CA-TCATG--A------------AA--TA---TACCT-C-A-AA--------ACATACCTACGATGGTCTAGCt
gi|60515 : TT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AAA-TTAT-G--AA------T---ATCCAGC--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-AAA-GA-A------------AA--TA---TACAC-C-A-AA--------ACGCATCTACGAAAGACCAGt
gi|60516 : TT-TACTT-G-GTTA------TAATATAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--A-A-CTAATG--GA------T---AACCAAG--C---CC-T-T----------A-AA-A--CA-TAA-G----------------------------------AA--------ACGCACCTACGACAGTCTAGCtt
gi|60517 : TT-TATTT-T-GTTA------TAAAACAG-TGAATA-CCAG-GTT---A--GTT-TTAA-A--GA------T---AGCAAGG--C---CC-C-T-----------------------------------------AA--CA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTATGACAGCCTAGCt
gi|60518 : TT-TTTTT-T-GTTA------TAATACAG-TGGACT-CAGT-GTT---T--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGG--A---AC-C-TAA--------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TT---CACAC-C-T-AA--------ACGTACCTACAACGGCATAGCt
gi|60519 : TT-TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAT-GCT---A--ATA-AAAA-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-AT-CA-TAA-t
gi|60520 : T-TATCT-C-CTT-------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--TTA-TTAG-G--GG------T---AACCAAG--C---CC-C-T----------A-AATA--CA-TAA-G--A------------CA--TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGCCAAGC
gi|60521 : T-TATTT-A-TTTA------TAAAACAG-AGAATT-CAAT-GTT---A--ATA-TTTA-G--AA------T---AGCCAGG--C---CC-T-TA---------A-AA-A--CA-TAA-C--A------------CA--TA---TACGC-CAA-AA--------ACGCATCTATGCCCGTCTAACt
gi|60522 : T-TATAA-G-GTTA------TAA--TAG-TGAATT-CAAG-GTC---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCATG--C---CC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-G--A------------AA--TA---TACGTAA-A-AA--------AAACACCTGCGACA-TATAGCt
gi|60523 : -TGTTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGAATT-CAAG-GTT---A--AGA-TTAA-A--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA-TGA-G--A------------AA--TA---TATGT-A-A-AA--------ACGCACCTACTACAGTCTAGCt
gi|60524 : -TATTT-A-GTTA------TAAAAAAG-TAAATT-AAAG-GTT---A--ATA-TTGA-G--GA------T---AA-CAGG--C---CC-C-TA---------A-AA-A--CA--AA-G--A------------AA--TA---TATA--C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGTCTAGCt
gi|60525 : -TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-TGATTT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAC-G--GA------T---AACCAGA--T---TC----------------------CA-TTA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ATGCACCTACGACAGTCAAGCt
gi|60526 : -TATTT-G-GTTA------TAAAACAG-GGAATT-CAATTGTT---A--ATA-TTAA-G--GA------T---AACCAGA--T---AC-C-T----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---AACAC-C-T-AA--------GCGCACTTACGACGGCCTAACt
gi|60527 : T-G-GTTA------TGAAACAG-TGAGTT-CAAG-GTT---A--ATA-TTAC-G--GA------T---AACCAGG--C---CC-C-T----------A-AA-A--TA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-C-A-GA--------ACGCACCTACGACAGTGTAGCt
gi|60528 : -GTTA------TAAAACAA-TGAATT-TAAG-GTA---A--CTA-TTAA-G--GA------A---AACAAAG--C---CC-C-T----------A-AA-A--t
gi|60529 : AG-TGAATTACAAG----------ATA-TTAA-G--GA------T---AACCTGG--C---TC-CAG----------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TACGC-A-A-AA--------ACTCATTTACGACAGTGTAGC
gi|60530 : AATT-TAAG-GTT---A--ATA-TTAG-G--GATACATGT---AACCAGG--C---CT-C-TC---------A-AA-A--CA-TAA-G--A------------AA--TA---TA-GT-C-A-AA--------ACGCACATACGACAGTCTTGCt
gi|60531 : AAG-GTT---A--ATA-TTTA-G--GA------T---AGCCAGG--C---GC-C-T----------T-AA-A--CA-TGA-G--A------------AT--TA---TACCC-C-A-AA--------AGGCACAAATGACAGTCTAGCt
gi|60532 : --ATA-TTGA-ATTGA------T---GACC---------CC-T-T----------A-AA-A---A-TAA-T--A------------TA--TA---TATGT-C-A-AA--------ACACACCTACAACAGTCTAGCt
gi|60533 : -TGA-G--A------------AA--TA---TACGA-T-A-AA--------ACGCACCTACGACAGTTTAGt
gi|60534 : --A------------AA--TA---TACGC-C-A-AA--------ACGCATCAACGGCAGTCTAGCtt