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consensus                     : CAGNG-CTTTTTTT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
Reference ( gi|19526 )        : CAGTG-TTTTTTTT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19527                      : CAGTG-TTTTTTTT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19523                      : CAGTG-TTTTTTTT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------TGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19528                      : CAGTGGTTTTTTTT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19524                      : CAGTG-TTTTTTTT--CGAC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------TGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19530                      : CAGTG-TTTTTTTT--CGGC-CAGT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------AAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19529                      : CAGTG-TTTTTTTT--CGGC-AATT-T-TT-ATAGCT-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATATTT-T-TT-TCC
gi|19532                      : CAGTG-TTCTTTT---CGAC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATA------AGATCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19538                      : CAGTG-TTTTTTTTTTCAGC-CATT-T-TT-ATAGCC-AT--AATT------GGGTTA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------AAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19536                      : CAGTG-CTTTTTT---CAGC-CATT-T-GT-ATTGCC-GT--TACT------TGGTCA--T-ATTCCTAA-TGGCAAA------TAGAATCTTT-T-TT-TCC
gi|19501                      : CAGGG-CTCCTGTT--TGCC-CATT-T-TT-GGGGCC-AT--TATT------CTGCCC--C-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19507                      : CAGGG-CTTTCTTT--TGCC-TATT-T-TT-GGGGCC-GT--TATT------CTGCCC--C-ATTCCAAA-TGGCAAA------TAGCATCTTC-T-TT-TCC
gi|19506                      : CAGGG-CTTTCTTT--TGCC-TATT-T-TT-GGGGCC-GT--TATT------CTGCCC--C-ATTCCAAA-TGGCAAA------TAGCATCTTC-T-TT-TCC
gi|19505                      : CAGGG-CTCTCATT--TGCC-CATT-T-TT-G-ACCC-AT--TATT------CTGCCC--C-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19503                      : CAGGG-CTCTTGTT--TGCC-CATT-T-TT-GGGGCT-GT--TATT------CTGCCC--C-ATTCTCAA-TGGTAAA------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19508                      : CAGGG-CTCTTGTT--TGCC-CATC-T-TT-GGGGCT-GT--TATT------CTGTCC--C-ATTCCCAG-TGGCAAA------CTGTGTCTTT-T-TT-TCC
gi|19513                      : CAGGG-CTCTTGTT--TGCC-CATT-T-TT-GGCGCT-GT--TATT------CAGTCC--C-ATTCCTAA-TGGCAAA------TTGTATTTTT-T-TC-CCC
gi|19509                      : CAGGG-CTCTCATT--TGTC-TATA-T-TT-GGAGCC-AT--TATT------CTGCCC--C-ATTCCCAA-TGACAAA------TAGTATCTTT-T-CT-TCC
gi|19517                      : CAGGG-CTCTTGTT--TGCC-CATT-T-TT-G-GGCC-AT--TATTCTGCCAGTGGCA--A-ATTCCCAA-TGGCAAA------TTGTGTCTTT-T-TT-CCC
gi|19514                      : CAGGG-CTCTTGTT--TGCC-CATT-T-------GCC-GT--TACT------CTGCCC--C-ACTCCCAA-TGACAAA------TAATATCTTT-T-TT-T
gi|19539                      :  AGTG-CTTTTTCT----GC-CCTT-TCTT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCATA------TAGTATCTCT-T-TT-TCC
gi|19541                      :     G-CTCTTGTT--TGAC-CACT-T-TT-TTGGCC-GT--TATT------CTGCCC--A-ATTTCCAA-TGGCATA------TATTATATTT-T-TT-TC
gi|19543                      :   ggG-TCTTTTTT----GC-CATTAT-TT-GGAGCT-GT--TAGT------CTGTCC--C-ATTACTAA-TGGCAAA------TAGTACCTTTGT-TC-TC
gi|19546                      :     gggTTTCTTT--TGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-AT--CATT------GGGTCA--T-ATTTCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19542                      :        TTTTTTT--CCGC-CATT-T-TT-ATAGCT-GT--TCTT------TGGTCA--T-ATTCCTAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-CC
gi|19545                      :     gggTTATTTT--CAA---ATT-T-TT-G--GCC-AT--TATT------CTGCCC--C-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAATATCTCT-C-TT-TCC
gi|19544                      :    ggctcTTTTTT--TGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-CT--TAT-----------------ATTTTAAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TTC
gi|19540                      :      gggTCTCTT--TGCC-CATT-T-TTTGTTGCT-GT--TGTT------CTGCCC--CCATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-C-TT-TCC
gi|19549                      :      gggcTTTGC--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-AT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19518                      :          TTGTT--TGTC-CACT-G-TT-GGGGTC-GT--TATT------CTGCCA--C-ATTCCCAA-TGGCATA------TAGTGTATTT-T-TT-TCC
gi|19515                      :   caaggccgTTTT--C--C-CATT-T-TT-GGGGCC-AT--TTTT------CTGCCC--A-AATCCCAA-TGGC-AA------TAGTATCCTT-TATT-TCC
gi|19547                      :  cagggctctcaTT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19551                      :             TT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TATTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19553                      :             TT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCTA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19552                      :             TT--CGGC-CTTT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19548                      :             TT--TGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTTTCTTT-T-TT-TCC
gi|19555                      :             TT--CGGC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------AGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGT-TCTTT-T-TT-CCC
gi|19554                      :             TT--CGGC-CATA-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCT--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TGGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19556                      :             TT--CGGT-CATT-T-TT-ATAGCCCGT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCCTT-T-TT-CCC
gi|19557                      :             TT--TGGC-TATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCACAA-TGGCAAATACCCGTAGTATCTTT-T-TT-TTC
gi|19510                      :             TT--TGCC-CAAT-T-TC-GGGGCC-GT--TATT------TGGCCA--C-ATGCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
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gi|19504                      :  caaagctctcaTT--TGCC-CATT-T-TT-GGGGCC-GT--TATT------CTGCCC--C-ATTTCCAG-TGACAAA------TAGTAGTTTT-T-TT-TCC
gi|19550                      :       cagggccctcgGGC-CATT-T-TT-ATAGTC-GT--TATT------TGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19559                      :               tctGGC-CACT-T-TT-ATAGCT-GT--TATT------GGATCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTTTCTTT-T-TT-TTC
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gi|19560                      :                 cagC-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19561                      :                    C-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATCCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19563                      :                    C-CATT-T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GGGTAA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
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gi|19565                      :                    C-CATT-T-TT-ATAGCC-AT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATATTT-T-TT-CCC
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gi|19571                      :       cagggctctcgtgtgcaTT-T-TT-ATAGCT-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCTCAA-TGGCAAA------TAGTATATTT-T-TT-TC
gi|19558                      :                          -T-TT-ATAGCC-GT--TATT------GAGTTA--T-ATTCCCAA-TGGCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-T
gi|19572                      :                             ttgccaaCC-GT--TATT------GGGTCA--T-ATTCCCAA-TGCCAAA------TAGTATCTTT-T-TT-T
gi|19522                      :                                        T--TATT------CTGCCC--C-GTTCCAAA-TGGCAAG------TAGTATATTT-T-TT-TC
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gi|19516                      :                         cagggctctcgtttttttggggactttattctgctcc-ATTCCCAA-TGGCAAA------ATGTATCTTT-T-TT-TCC
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19520 ): CAAGGCTCTCATTTGCCTATTTTTGGGGCCTTTATTCTGCCCCATTCCCAGTTGTAAAAAGGAGAATTTTTTTTCCC
Unaligned ( gi|19531 ): CAGGGCTTTTATTTGTCCTTATTGTGGGGTTGGGCTGTTATTCTGCCCCATTCTCAATAGCAAATTTATGATATATTTGTTTCC
Unaligned ( gi|19533 ): CAGGGCTCTCGTTTACTGTTCTTTGGTGCCATTATTTGGCCCCATTCCCAAGTTTAAATATGGCAGTATGATATCT
Unaligned ( gi|19534 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCAATTTTGGGGCCGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATACTATGTTTTTTTCC
Unaligned ( gi|19535 ): CAGGGCTCTCGTTTGCTGGTATTATGTGCTGTATTTTACCTCATTCCCGATGGCTAAAAGTCTCCTTTTATTC
Unaligned ( gi|19537 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGGGGCTGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATAATATGTTTTTTTCC
Unaligned ( gi|19525 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGCTGCCGAATATCTGCCCCATTCCCCTCCTTAAATAATATGTTTTTTCCC






Alignments
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consensus                     :  CAGGG-CTCT--TNTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
Reference ( family-383 )      :  CAGNG-CTTT--TTTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19501                      :  CAGGG-CTCC--TGTT--TGCCCATT-T-TT-GG-------GG--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19502                      :  CAGGG-CCCT--CGTT--TGCCCATT-T-TT-GG-------GG--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCAG-TGACAA----A------TAGTAGCTTT-T-TT-TCC
gi|19503                      :  CAGGG-CTCT--TGTT--TGCCCATT-T-TT-GG-------GG--CT-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCTCAA-TGGTAA----A------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19504                      :  CAGGG-CCCT--CGTT--TGCCCATT-T-TT-GG-------GG--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTTCCAG-TGACAA----A------TAGTAGTTTT-T-TT-TCC
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gi|19515                      :  CAGGG-CTCTCATTTT--C--CCATT-T-TT-GG-------GG--CC-A---T--TTTT------CTGCCCA-AATCCCAA-TGGC-A----A------TAGTATCCTT-TATT-TCC
gi|19516                      :  CAGAG-CTCT--AGTT--TGCATATA-T-TT-GG-------GA--CC-G---A--TATT------CTGCTCC-ATTCCCAA-TGGCAA----A------ATGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19517                      :  CAGGG-CTCT--TGTT--TGCCCATT-T-TT-G--------GG--CC-A---T--TATTCTGCCAGTGGCAA-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TTGTGTCTTT-T-TT-CCC
gi|19518                      :  CAAGG-CCGT--TGTT--TGTCCACT-G-TT-GG-------GG--TC-G---T--TATT------CTGCCAC-ATTCCCAA-TGGCAT----A------TAGTGTATTT-T-TT-TCC
gi|19519                      :  CAGGG-CTCT--CGTG--TGCACGTT-T-TT-GG-------GG--CC-G---TAACATT------GTGCCCC-ATTCCCAA-TGACAA----ATACTG-TAGTATTTTT-T-TTATCC
gi|19520                      :  CAAGG-CTCT--CATT--TGCCTATT-T-TT-GG-------GG--CC-T---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCAG-TTGTAA----AAAG---GAGAATTTTT-T-TT-CCC
gi|19521                      :  CAGGG-CTCA--TGTT--TGCCCATT-T-TT-GG-------GT--CC-G---T------------------T-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTAACTTT-T-TT-TCC
gi|19522                      :  CGGGG-CTCT--TGTT--TGGC-ACT-T-TA-AT-------GGGGTT-GGGTT--TATT------CTGCCCC-GTTCCAAA-TGGCAA----G------TAGTATATTT-T-TT-TC
gi|19523                      :  CAGTG-TTTT--TTTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19524                      :  CAGTG-TTTT--TTTT--CGACCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19526                      :  CAGTG-TTTT--TTTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19527                      :  CAGTG-TTTT--TTTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19528                      :  CAGTGGTTTT--TTTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19529                      :  CAGTG-TTTT--TTTT--CGGCAATT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATATTT-T-TT-TCC
gi|19530                      :  CAGTG-TTTT--TTTT--CGGCCAGT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------AAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19531                      :  CAGGG-CTTT--TATT--TGTCC-TT-A-TT-GTGGGGTTGGG--CT-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCTCAA-TAGCAAATTTA------TGATATATTT-G-TT-TCC
gi|19532                      :  CAGTG--TTC--TTTT--CGACCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATA------AGATCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19536                      :  CAGTG-CTTT--TTT---CAGCCATT-T-GT-AT-------TG--CC-G---T--TACT------TGGTCAT-ATTCCTAA-TGGCAA----A------TAGAATCTTT-T-TT-TCC
gi|19538                      :  CAGTG-TTTT--TTTTTTCAGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--AATT------GGGTTAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------AAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19539                      :   AGTG-CTTT--TTCT----GCCCTT-TCTT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAT----A------TAGTATCTCT-T-TT-TCC
gi|19540                      :    GGG-CTCT--CTTT---GCCCATT-T-TTTGT-------TG--CT-G---T--TGTT------CTGCCCCCATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-C-TT-TCC
gi|19541                      :    GGG-CTCT--TGTT--TGACCACT-T-TT-TT-------GG--CC-G---T--TATT------CTGCCCA-ATTTCCAA-TGGCAT----A------TATTATATTT-T-TT-TC
gi|19542                      :         TTT--TTTT--CCGCCATT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TCTT------TGGTCAT-ATTCCTAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CC
gi|19543                      : gggGGG-TCTT--TTTT----GCCATTAT-TT-GG-------AG--CT-G---T--TAGT------CTGTCCC-ATTACTAA-TGGCAA----A------TAGTACCTTTGT-TC-TC
gi|19544                      :         gTT--TTTT--TGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-C---T--TAT---------------ATTTTAAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TTC
gi|19545                      :    ggg-CTTA--TTTT--CAA--ATT-T-TT-G---------G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAATATCTCT-C-TT-TCC
gi|19546                      :     ggctTTT--CTTT--TGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--CATT------GGGTCAT-ATTTCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19547                      :                TT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19548                      :                TT--TGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTTTCTTT-T-TT-TCC
gi|19549                      :           T--TTGC--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19550                      :                     GGCCATT-T-TT-AT-------AG--TC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19551                      :             tctTT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TATTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19552                      :                TT--CGGCCTTT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19553                      :                TT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCTA-TGGCAA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19554                      :                TT--CGGCCATA-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCTT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TGGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19555                      :                TT--CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------AGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGT-TCTTT-T-TT-CCC
gi|19556                      :                TT--CGGTCATT-T-TT-AT-------AG--CCCG---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCAA-TGGCAA----A------TAGTATCCTT-T-TT-CCC
gi|19557                      :                TT--TGGCTATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCACAA-TGGCAA----ATACCCGTAGTATCTTT-T-TT-TTC
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gi|19571                      :                          TT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCTCAA-TGGCAA----A------TAGTATATTT-T-TT-TC
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19533 ): CAGGGCTCTCGTTTACTGTTCTTTGGTGCCATTATTTGGCCCCATTCCCAAGTTTAAATATGGCAGTATGATATCT
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Unaligned ( gi|19537 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGGGGCTGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATAATATGTTTTTTTCC
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Reference ( family-383 )      :   CAG-GGCTCT--TNTTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
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gi|19515                      :   CAG-GGCTCTCATTTTC--CCATT-T-TT-GG-------GG--CC-A---T--TTTT------CTGCCCA-AATCCCA---------A-TGGC------A----A------TAGTATCCTT-TATT-TCC
gi|19516                      :   CAG-AGCTCT--AGTTTGCATATA-T-TT-GG-------GA--CC-G---A--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------ATGTATCTTT-T-TT-TCC
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gi|19520                      :   CAA-GGCTCT--CATTTGCCTATT-T-TT-GG-------GG--CC-T---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TTGT-----AA----AAAG---GAGAATTTTT-T-TT-CCC
gi|19521                      :   CAG-GGCTCA--TGTTTGCCCATT-T-TT-GG-------GT--CC-G---T------------------T-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTAACTTT-T-TT-TCC
gi|19522                      :   CGG-GGCTCT--TGTTTGGC-ACT-T-TA-AT-------GGGGTT-GGGTT--TATT------CTGCCCC-GTTCCAA---------A-TGGC-----AA----G------TAGTATATTT-T-TT-TC
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gi|19526                      :   CAG-TGTTTT--TTTTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19527                      :   CAG-TGTTTT--TTTTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19528                      :   CAGTGGTTTT--TTTTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19529                      :   CAG-TGTTTT--TTTTCGGCAATT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATATTT-T-TT-TCC
gi|19530                      :   CAG-TGTTTT--TTTTCGGCCAGT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------AAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19531                      :   CAG-GGCTTT--TATTTGTCC-TT-A-TT-GTGGGGTTGGG--CT-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCTCA---------A-TAGC-----AAATTTA------TGATATATTT-G-TT-TCC
gi|19532                      :   CAG-TGTTCT--T-TTCGACCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATA------AGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAATATCTTT-T-TT-TCC
gi|19533                      :   CAG-GGCTCT--CGTTT-ACTGTTCT-TT-GG-------TG--CC-A---T--TATT------TGGCCCC-ATTCCCAAGTTTAAATA-TGGC-----AGT---A------TGATATCT
gi|19534                      :   CAG-GGCACT--CGTTTGGCCAAT-T-TT-GG-------GG--CC-G---AA-TATC------GGCCC-C-ATTCCC---------------CTCCTAAA----A------TACTATGTTT-T-TT-TCC
gi|19536                      :   CAG-TGCT-T--TTTTCAGCCATT-T-GT-AT-------TG--CC-G---T--TACT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA----A------TAGAATCTTT-T-TT-TCC
gi|19538                      :          TTT--TTTTCAGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--AATT------GGGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------AAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19539                      :   cagtgtttCT--TTTTCTGCCCTT-TCTT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT----A------TAGTATCTCT-T-TT-TCC
gi|19540                      : agtgG-GGCTCT--CTTT-GCCCATT-T-TTTGT-------TG--CT-G---T--TGTT------CTGCCCCCATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-C-TT-TCC
gi|19541                      :     G-GGCTCT--TGTTTGACCACT-T-TT-TT-------GG--CC-G---T--TATT------CTGCCCA-ATTTCCA---------A-TGGC-----AT----A------TATTATATTT-T-TT-TC
gi|19542                      :      -GGGTTT--TTTTCCGCCATT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TCTT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CC
gi|19543                      :     G-GGGTCT--TTTTTG-CCATTAT-TT-GG-------AG--CT-G---T--TAGT------CTGTCCC-ATTACTA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTACCTTTGT-TC-TC
gi|19544                      :            T--TTTTTGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-C---T--TAT---------------ATTTTAA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TTC
gi|19545                      :  gggt-GGCTCT--TATTT--TCAAA-T-TT-TT-------GG--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAATATCTCT-C-TT-TCC
gi|19546                      :          TTT--CTTTTGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--CATT------GGGTCAT-ATTTCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19547                      :                 TTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19548                      :                 TTTGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTTTCTTT-T-TT-TCC
gi|19549                      :                   CGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19550                      :               tttgcGGCCATT-T-TT-AT-------AG--TC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19551                      :              tctTTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TATTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19552                      :                 TTCGGCCTTT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19553                      :                 TTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCT---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19554                      :                 TTCGGCCATA-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCTT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TGGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19555                      :                 TTCGGCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------AGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGT-TCTTT-T-TT-CCC
gi|19556                      :                 TTCGGTCATT-T-TT-AT-------AG--CCCG---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCCTT-T-TT-CCC
gi|19557                      :                 TTTGGCTATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCACA---------A-TGGC-----AA----ATACCCGTAGTATCTTT-T-TT-TTC
gi|19558                      :                           -T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GAGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-T
gi|19559                      :             ttgccaaGGCCACT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TATT------GGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTTTCTTT-T-TT-TTC
gi|19560                      :                     tCCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19561                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATCCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19562                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GTGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAATATCTTA-T-TT-TCC
gi|19563                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTAAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19564                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-ACC
gi|19565                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATATTT-T-TT-CCC
gi|19566                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGACAT-ATTCCCA---------A-TGGT-----AA----A------T-GTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19567                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT-----------------CCCA---------A-TGGC-----AA----A------CAGTATCTTT-T-TT-TC
gi|19568                      :                      CCATT-T-T--AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-AATCCCA---------A-TTGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-CCC
gi|19569                      :                      CCATT-T-TT-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------ACTGGC-----AA----A------TAG----TTT-T-TT-TCC
gi|19570                      :                       CATT-T-TA-AT-------AG--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCG---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-TCC
gi|19571                      :                         TT-T-TT-AT-------AG--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCTCA---------A-TGGC-----AA----A------TAGTATATTT-T-TT-TC
gi|19572                      :                                            --CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGCC-----AA----A------TAGTATCTTT-T-TT-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19535 ): CAGGGCTCTCGTTTGCTGGTATTATGTGCTGTATTTTACCTCATTCCCGATGGCTAAAAGTCTCCTTTTATTC
Unaligned ( gi|19537 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGGGGCTGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATAATATGTTTTTTTCC
Unaligned ( gi|19525 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGCTGCCGAATATCTGCCCCATTCCCCTCCTTAAATAATATGTTTTTTCCC






Alignments
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lowQualScore                  :                .      ..  . .     . .  .   . ..  . ... ..    ........   . .       ......... .    .....  . ......          . . . .   
lowQualScore                  :                0      55  6 5     2 6  6   6 88  6 000 44    11111111   5 6       333333333 6    44444  6 111111          6 6 6 6   
consensus                     :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
Reference ( family-383 )      :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
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gi|19502                      :             CAG-GGCCCTCGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TGAC-----AA-A------TAGTAGCTTT-T-T-T-TCC
gi|19503                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CT-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCTCA---------A-TGGT-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19504                      :             CAG-GGCCCTCGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTTCCA---------G-TGAC-----AA-A------TAGTAGTTTT-T-T-T-TCC
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gi|19508                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATC-T-TT-GGG-G--CT-G---T--TATT------CTGTCCC-ATTCCCA---------G-TGGC-----AA-A------CTGTGTCTTT-T-T-T-TCC
gi|19509                      :             CAG-GGCTCTCATTTGTCTATA-T-TT-GGA-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGAC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-C-T-TCC
gi|19510                      :             CAG-GACTCTCATTTGCCCAAT-T-TC-GGG-G--CC-G---T--TATT------TGGCCAC-ATGCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19511                      :             CAG-GGCTCTCGTT------TT-T-TT-GGG-G--AC-T---T--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
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gi|19513                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-GGC-G--CT-G---T--TATT------CAGTCCC-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TTGTATTTTT-T-T-C-CCC
gi|19514                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T--------G--CC-G---T--TACT------CTGCCCC-ACTCCCA---------A-TGAC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-T
gi|19515                      :             CAG-GGCTCTCATTTTCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-A---T--TTTT------CTGCCCA-AATCCCA---------A-TGGC------A-A------TAGTATCCTT-TAT-T-TCC
gi|19516                      :             CAG-AGCTCTAGTTTGCATATA-T-TT-GGG-A--CC-G---A--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------ATGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19517                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-G-G-G--CC-A---T--TATTCTGCCAGTGGCAA-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TTGTGTCTTT-T-T-T-CCC
gi|19518                      :             CAA-GGCCGTTGTTTGTCCACT-G-TT-GGG-G--TC-G---T--TATT------CTGCCAC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT-A------TAGTGTATTT-T-T-T-TCC
gi|19519                      :             CAG-GGCTCTCGTGTGCACGTT-T-TT-GGG-G--CC-G---TAACATT------GTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGAC-----AA-ATACTG-TAGTATTTTT-T-T-TATCC
gi|19520                      :             CAA-GGCTCTCATTTGCCTATT-T-TT-GGG-G--CC-T---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TTGT-----AA-AAAG---GAGAATTTTT-T-T-T-CCC
gi|19521                      :             CAG-GGCTCATGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-T--CC-G---T------------------T-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTAACTTT-T-T-T-TCC
gi|19522                      :             CGG-GGCTCTTGTTTGGC-ACT-T-TA-ATG-GGGTT-GGGTT--TATT------CTGCCCC-GTTCCAA---------A-TGGC-----AA-G------TAGTATATTT-T-T-T-TC
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gi|19524                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGACCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
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gi|19527                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19528                      :             CAGTGGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19529                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCAATT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-TCC
gi|19530                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCAGT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------AAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19532                      :             CAG-TGTTCTT-TTCGACCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATA------AGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19533                      :             CAG-GGCTCTCGTTT-ACTGTTCT-TT-GGT-G--CC-A---T--TATT------TGGCCCC-ATTCCCAAGTTTAAATA-TGGC-----AGTA------TGATATCT
gi|19534                      :             CAG-GGCACTCGTTTGGCCAAT-T-TT-GGG-G--CC-G---AA-TATC------GGCCC-C-ATTCCC---------------CTCCTAAA-A------TACTATGTTT-T-T-T-TCC
gi|19535                      :             CAG-GGCTCTCGTTT-GCTGGT-A-TT-ATGTG--CT-G------TATT------TTACCTC-ATTCCCG---------A-TGGC-----TA-A------AAGTCTCCTT-T-TAT-TC
gi|19536                      :             CAG-TGCTTTT-TTCAGCCATT-T-GT-ATT-G--CC-G---T--TACT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGAATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19538                      :                         TTCAGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--AATT------GGGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------AAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19539                      : cagtgttttttttAG-TGCTTT--TTCTGCCCTT-TCTT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT-A------TAGTATCTCT-T-T-T-TCC
gi|19540                      :               G-GGCTCTC-TTTGCCCATT-T-TTTGTT-G--CT-G---T--TGTT------CTGCCCCCATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-C-T-T-TCC
gi|19541                      :               G-GGCTCTTGTTTGACCACT-T-TT-TTG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCA-ATTTCCA---------A-TGGC-----AT-A------TATTATATTT-T-T-T-TC
gi|19542                      :               G-GGTTTTT-TTCCGCCATT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TCTT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CC
gi|19543                      :               G-GGGTCTTTTTTG-CCATTAT-TT-GGA-G--CT-G---T--TAGT------CTGTCCC-ATTACTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTACCTTTGT-T-C-TC
gi|19544                      :               G-GGTTTT--TTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-C---T--TAT---------------ATTTTAA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TTC
gi|19545                      :                -GGCTCTTATTT--TCAAA-T-TT-TTG-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTCT-C-T-T-TCC
gi|19546                      :                    TTTCTTTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--CATT------GGGTCAT-ATTTCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19547                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19548                      :                         TTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTTTCTTT-T-T-T-TCC
gi|19549                      :                           CGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19550                      :                       tttgcGGCCATT-T-TT-ATA-G--TC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19551                      :                      tctTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TATTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19552                      :                         TTCGGCCTTT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19553                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCT---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19554                      :                         TTCGGCCATA-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCTT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TGGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19555                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------AGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGT-TCTTT-T-T-T-CCC
gi|19556                      :                         TTCGGTCATT-T-TT-ATA-G--CCCG---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCCTT-T-T-T-CCC
gi|19557                      :                         TTTGGCTATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCACA---------A-TGGC-----AA-ATACCCGTAGTATCTTT-T-T-T-TTC
gi|19558                      :                                   -T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GAGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-T
gi|19559                      :                     ttgccaaGGCCACT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTTTCTTT-T-T-T-TTC
gi|19560                      :                             tCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19561                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATCCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19562                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GTGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTA-T-T-T-TCC
gi|19563                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTAAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19564                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-ACC
gi|19565                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-CCC
gi|19566                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGACAT-ATTCCCA---------A-TGGT-----AA-A------T-GTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19567                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT-----------------CCCA---------A-TGGC-----AA-A------CAGTATCTTT-T-T-T-TC
gi|19568                      :                              CCATT-T-T--ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-AATCCCA---------A-TTGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19569                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------ACTGGC-----AA-A------TAG----TTT-T-T-T-TCC
gi|19570                      :                               CATT-T-TA-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCG---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19571                      :                                 TT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCTCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-TC
gi|19572                      :                                              --CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGCC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19531 ): CAGGGCTTTTATTTGTCCTTATTGTGGGGTTGGGCTGTTATTCTGCCCCATTCTCAATAGCAAATTTATGATATATTTGTTTCC
Unaligned ( gi|19537 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGGGGCTGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATAATATGTTTTTTTCC
Unaligned ( gi|19525 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGCTGCCGAATATCTGCCCCATTCCCCTCCTTAAATAATATGTTTTTTCCC






Alignments
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lowQualScore                  :                .      ..  . .     . .  .   . ..  . ... ..    ........   . .       ......... .    .....  . ......          . . . .   
lowQualScore                  :                0      55  6 5     2 6  6   6 88  6 000 44    11111111   5 6       333333333 6    44444  6 111111          6 6 6 6   
consensus                     :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
Reference ( family-383 )      :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19501                      :             CAG-GGCTCCTGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19502                      :             CAG-GGCCCTCGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TGAC-----AA-A------TAGTAGCTTT-T-T-T-TCC
gi|19503                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CT-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCTCA---------A-TGGT-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19504                      :             CAG-GGCCCTCGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTTCCA---------G-TGAC-----AA-A------TAGTAGTTTT-T-T-T-TCC
gi|19505                      :             CAG-GGCTCTCATTTGCCCATT-T-TT-G-A-C--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
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gi|19507                      :             CAG-GGCTTTCTTTTGCCTATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCAA---------A-TGGC-----AA-A------TAGCATCTTC-T-T-T-TCC
gi|19508                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATC-T-TT-GGG-G--CT-G---T--TATT------CTGTCCC-ATTCCCA---------G-TGGC-----AA-A------CTGTGTCTTT-T-T-T-TCC
gi|19509                      :             CAG-GGCTCTCATTTGTCTATA-T-TT-GGA-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGAC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-C-T-TCC
gi|19510                      :             CAG-GACTCTCATTTGCCCAAT-T-TC-GGG-G--CC-G---T--TATT------TGGCCAC-ATGCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19511                      :             CAG-GGCTCTCGTT------TT-T-TT-GGG-G--AC-T---T--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19512                      :             CAA-AGCTCTCATTTGCCCATT-T-TT--TG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TATTATCTTT-T-T-G-TCC
gi|19513                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-GGC-G--CT-G---T--TATT------CAGTCCC-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TTGTATTTTT-T-T-C-CCC
gi|19514                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T--------G--CC-G---T--TACT------CTGCCCC-ACTCCCA---------A-TGAC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-T
gi|19515                      :             CAG-GGCTCTCATTTTCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-A---T--TTTT------CTGCCCA-AATCCCA---------A-TGGC------A-A------TAGTATCCTT-TAT-T-TCC
gi|19516                      :             CAG-AGCTCTAGTTTGCATATA-T-TT-GGG-A--CC-G---A--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------ATGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19517                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-G-G-G--CC-A---T--TATTCTGCCAGTGGCAA-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TTGTGTCTTT-T-T-T-CCC
gi|19518                      :             CAA-GGCCGTTGTTTGTCCACT-G-TT-GGG-G--TC-G---T--TATT------CTGCCAC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT-A------TAGTGTATTT-T-T-T-TCC
gi|19519                      :             CAG-GGCTCTCGTGTGCACGTT-T-TT-GGG-G--CC-G---TAACATT------GTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGAC-----AA-ATACTG-TAGTATTTTT-T-T-TATCC
gi|19520                      :             CAA-GGCTCTCATTTGCCTATT-T-TT-GGG-G--CC-T---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TTGT-----AA-AAAG---GAGAATTTTT-T-T-T-CCC
gi|19521                      :             CAG-GGCTCATGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-T--CC-G---T------------------T-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTAACTTT-T-T-T-TCC
gi|19522                      :             CGG-GGCTCTTGTTTGGC-ACT-T-TA-ATG-GGGTT-GGGTT--TATT------CTGCCCC-GTTCCAA---------A-TGGC-----AA-G------TAGTATATTT-T-T-T-TC
gi|19523                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19524                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGACCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19526                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19527                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19528                      :             CAGTGGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19529                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCAATT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-TCC
gi|19530                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCAGT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------AAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19532                      :             CAG-TGTTCTT-TTCGACCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATA------AGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19533                      :             CAG-GGCTCTCGTTT-ACTGTTCT-TT-GGT-G--CC-A---T--TATT------TGGCCCC-ATTCCCAAGTTTAAATA-TGGC-----AGTA------TGATATCT
gi|19534                      :             CAG-GGCACTCGTTTGGCCAAT-T-TT-GGG-G--CC-G---AA-TATC------GGCCC-C-ATTCCC---------------CTCCTAAA-A------TACTATGTTT-T-T-T-TCC
gi|19535                      :             CAG-GGCTCTCGTTT-GCTGGT-A-TT-ATGTG--CT-G------TATT------TTACCTC-ATTCCCG---------A-TGGC-----TA-A------AAGTCTCCTT-T-TAT-TC
gi|19536                      :             CAG-TGCTTTT-TTCAGCCATT-T-GT-ATT-G--CC-G---T--TACT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGAATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19538                      :                         TTCAGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--AATT------GGGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------AAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19539                      : cagtgttttttttAG-TGCTTT--TTCTGCCCTT-TCTT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT-A------TAGTATCTCT-T-T-T-TCC
gi|19540                      :               G-GGCTCTC-TTTGCCCATT-T-TTTGTT-G--CT-G---T--TGTT------CTGCCCCCATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-C-T-T-TCC
gi|19541                      :               G-GGCTCTTGTTTGACCACT-T-TT-TTG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCA-ATTTCCA---------A-TGGC-----AT-A------TATTATATTT-T-T-T-TC
gi|19542                      :               G-GGTTTTT-TTCCGCCATT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TCTT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CC
gi|19543                      :               G-GGGTCTTTTTTG-CCATTAT-TT-GGA-G--CT-G---T--TAGT------CTGTCCC-ATTACTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTACCTTTGT-T-C-TC
gi|19544                      :               G-GGTTTT--TTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-C---T--TAT---------------ATTTTAA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TTC
gi|19545                      :                -GGCTCTTATTT--TCAAA-T-TT-TTG-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTCT-C-T-T-TCC
gi|19546                      :                    TTTCTTTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--CATT------GGGTCAT-ATTTCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19547                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19548                      :                         TTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTTTCTTT-T-T-T-TCC
gi|19549                      :                           CGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19550                      :                       tttgcGGCCATT-T-TT-ATA-G--TC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19551                      :                      tctTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TATTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19552                      :                         TTCGGCCTTT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19553                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCT---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19554                      :                         TTCGGCCATA-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCTT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TGGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19555                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------AGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGT-TCTTT-T-T-T-CCC
gi|19556                      :                         TTCGGTCATT-T-TT-ATA-G--CCCG---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCCTT-T-T-T-CCC
gi|19557                      :                         TTTGGCTATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCACA---------A-TGGC-----AA-ATACCCGTAGTATCTTT-T-T-T-TTC
gi|19558                      :                                   -T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GAGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-T
gi|19559                      :                     ttgccaaGGCCACT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTTTCTTT-T-T-T-TTC
gi|19560                      :                             tCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19561                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATCCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19562                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GTGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTA-T-T-T-TCC
gi|19563                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTAAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19564                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-ACC
gi|19565                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-CCC
gi|19566                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGACAT-ATTCCCA---------A-TGGT-----AA-A------T-GTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19567                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT-----------------CCCA---------A-TGGC-----AA-A------CAGTATCTTT-T-T-T-TC
gi|19568                      :                              CCATT-T-T--ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-AATCCCA---------A-TTGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19569                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------ACTGGC-----AA-A------TAG----TTT-T-T-T-TCC
gi|19570                      :                               CATT-T-TA-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCG---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19571                      :                                 TT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCTCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-TC
gi|19572                      :                                              --CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGCC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-T


blockSeqs                     :                       CG    C     C                GGT AA    CTGCCAGT   C         AGTTTAAAT      TCCTA    TACCCG
blockSeqs                     :                       TG    C     A                .   A     CT         C         .              .        TACTG 
blockSeqs                     :                       CG    C     .                .   .     CT         C         .              .        AAG   
blockSeqs                     :                       CA    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CT    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CT    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CA    T     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CA    C     .                .   .     CT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CG    C     .                .   .     TG         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CA    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    C     .                .   .     CA         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CA    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       AG    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    T     .                .   .     CT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    C     .                .   .     CT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CG    C     .                .   .     GT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CA    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    G     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    G     .                .   .     TG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    A     .                .   .     TG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    A     .                .   .     AG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CG    A     .                .   .     TG         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CG    G     .                .   .     GG         T         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CG    G     .                .   .     TT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TG    G     .                .   .     TG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TT    G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       TA    G     .                .   .     GG         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       CT    C     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       T     A     .                .   .     CT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       T     G     .                .   .     TG         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       C     G     .                .   .     CT         C         .              .        .     
blockSeqs                     :                       T     G     .                .   .     CT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       .     G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                       .     G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     TG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         T         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     AG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             G     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             .     .                .   .     GA         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             .     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                             .     .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GT         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         A         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     GG         .         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     .          .         .              .        .     
blockSeqs                     :                                   .                .   .     .          .         .              .        .     
blockSeqs                     :                                                    .   .     .          .         .              .        .     


blockSeqCons                  :             
originalCons                  :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
finalCons                     :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19531 ): CAGGGCTTTTATTTGTCCTTATTGTGGGGTTGGGCTGTTATTCTGCCCCATTCTCAATAGCAAATTTATGATATATTTGTTTCC
Unaligned ( gi|19537 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGGGGCTGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATAATATGTTTTTTTCC
Unaligned ( gi|19525 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGCTGCCGAATATCTGCCCCATTCCCCTCCTTAAATAATATGTTTTTTCCC






Alignments
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lowQualScore                  :                .      ..  . .     . .  .   . ..  . ... ..    ........   . .       ......... .    .....  . ......          . . . .   
lowQualScore                  :                0      55  6 5     2 6  6   6 88  6 000 44    11111111   5 6       333333333 6    44444  6 111111          6 6 6 6   
consensus                     :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
Reference ( family-383 )      :             CAG-GGCTCTCGTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19501                      :             CAG-GGCTCCTGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19502                      :             CAG-GGCCCTCGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TGAC-----AA-A------TAGTAGCTTT-T-T-T-TCC
gi|19503                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CT-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCTCA---------A-TGGT-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19504                      :             CAG-GGCCCTCGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTTCCA---------G-TGAC-----AA-A------TAGTAGTTTT-T-T-T-TCC
gi|19505                      :             CAG-GGCTCTCATTTGCCCATT-T-TT-G-A-C--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19506                      :             CAG-GGCTTTCTTTTGCCTATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCAA---------A-TGGC-----AA-A------TAGCATCTTC-T-T-T-TCC
gi|19507                      :             CAG-GGCTTTCTTTTGCCTATT-T-TT-GGG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCAA---------A-TGGC-----AA-A------TAGCATCTTC-T-T-T-TCC
gi|19508                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATC-T-TT-GGG-G--CT-G---T--TATT------CTGTCCC-ATTCCCA---------G-TGGC-----AA-A------CTGTGTCTTT-T-T-T-TCC
gi|19509                      :             CAG-GGCTCTCATTTGTCTATA-T-TT-GGA-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGAC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-C-T-TCC
gi|19510                      :             CAG-GACTCTCATTTGCCCAAT-T-TC-GGG-G--CC-G---T--TATT------TGGCCAC-ATGCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19511                      :             CAG-GGCTCTCGTT------TT-T-TT-GGG-G--AC-T---T--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19512                      :             CAA-AGCTCTCATTTGCCCATT-T-TT--TG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TATTATCTTT-T-T-G-TCC
gi|19513                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-GGC-G--CT-G---T--TATT------CAGTCCC-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TTGTATTTTT-T-T-C-CCC
gi|19514                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T--------G--CC-G---T--TACT------CTGCCCC-ACTCCCA---------A-TGAC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-T
gi|19515                      :             CAG-GGCTCTCATTTTCCCATT-T-TT-GGG-G--CC-A---T--TTTT------CTGCCCA-AATCCCA---------A-TGGC------A-A------TAGTATCCTT-TAT-T-TCC
gi|19516                      :             CAG-AGCTCTAGTTTGCATATA-T-TT-GGG-A--CC-G---A--TATT------CTGCTCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------ATGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19517                      :             CAG-GGCTCTTGTTTGCCCATT-T-TT-G-G-G--CC-A---T--TATTCTGCCAGTGGCAA-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TTGTGTCTTT-T-T-T-CCC
gi|19518                      :             CAA-GGCCGTTGTTTGTCCACT-G-TT-GGG-G--TC-G---T--TATT------CTGCCAC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT-A------TAGTGTATTT-T-T-T-TCC
gi|19519                      :             CAG-GGCTCTCGTGTGCACGTT-T-TT-GGG-G--CC-G---TAACATT------GTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGAC-----AA-ATACTG-TAGTATTTTT-T-T-TATCC
gi|19520                      :             CAA-GGCTCTCATTTGCCTATT-T-TT-GGG-G--CC-T---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------G-TTGT-----AA-AAAG---GAGAATTTTT-T-T-T-CCC
gi|19521                      :             CAG-GGCTCATGTTTGCCCATT-T-TT-GGG-T--CC-G---T------------------T-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTAACTTT-T-T-T-TCC
gi|19522                      :             CGG-GGCTCTTGTTTGGC-ACT-T-TA-ATG-GGGTT-GGGTT--TATT------CTGCCCC-GTTCCAA---------A-TGGC-----AA-G------TAGTATATTT-T-T-T-TC
gi|19523                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19524                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGACCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19526                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19527                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19528                      :             CAGTGGTTTTTTTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19529                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCAATT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-TCC
gi|19530                      :             CAG-TGTTTTTTTTCGGCCAGT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------AAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19532                      :             CAG-TGTTCTT-TTCGACCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATA------AGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19533                      :             CAG-GGCTCTCGTTT-ACTGTTCT-TT-GGT-G--CC-A---T--TATT------TGGCCCC-ATTCCCAAGTTTAAATA-TGGC-----AGTA------TGATATCT
gi|19534                      :             CAG-GGCACTCGTTTGGCCAAT-T-TT-GGG-G--CC-G---AA-TATC------GGCCC-C-ATTCCC---------------CTCCTAAA-A------TACTATGTTT-T-T-T-TCC
gi|19535                      :             CAG-GGCTCTCGTTT-GCTGGT-A-TT-ATGTG--CT-G------TATT------TTACCTC-ATTCCCG---------A-TGGC-----TA-A------AAGTCTCCTT-T-TAT-TC
gi|19536                      :             CAG-TGCTTTT-TTCAGCCATT-T-GT-ATT-G--CC-G---T--TACT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGAATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19538                      :                         TTCAGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--AATT------GGGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------AAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19539                      : cagtgttttttttAG-TGCTTT--TTCTGCCCTT-TCTT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AT-A------TAGTATCTCT-T-T-T-TCC
gi|19540                      :               G-GGCTCTC-TTTGCCCATT-T-TTTGTT-G--CT-G---T--TGTT------CTGCCCCCATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-C-T-T-TCC
gi|19541                      :               G-GGCTCTTGTTTGACCACT-T-TT-TTG-G--CC-G---T--TATT------CTGCCCA-ATTTCCA---------A-TGGC-----AT-A------TATTATATTT-T-T-T-TC
gi|19542                      :               G-GGTTTTT-TTCCGCCATT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TCTT------TGGTCAT-ATTCCTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CC
gi|19543                      :               G-GGGTCTTTTTTG-CCATTAT-TT-GGA-G--CT-G---T--TAGT------CTGTCCC-ATTACTA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTACCTTTGT-T-C-TC
gi|19544                      :               G-GGTTTT--TTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-C---T--TAT---------------ATTTTAA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TTC
gi|19545                      :                -GGCTCTTATTT--TCAAA-T-TT-TTG-G--CC-A---T--TATT------CTGCCCC-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTCT-C-T-T-TCC
gi|19546                      :                    TTTCTTTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--CATT------GGGTCAT-ATTTCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19547                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19548                      :                         TTTGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTTTCTTT-T-T-T-TCC
gi|19549                      :                           CGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19550                      :                       tttgcGGCCATT-T-TT-ATA-G--TC-G---T--TATT------TGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19551                      :                      tctTTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TATTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19552                      :                         TTCGGCCTTT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19553                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCT---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19554                      :                         TTCGGCCATA-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCTT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TGGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19555                      :                         TTCGGCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------AGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGT-TCTTT-T-T-T-CCC
gi|19556                      :                         TTCGGTCATT-T-TT-ATA-G--CCCG---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCCTT-T-T-T-CCC
gi|19557                      :                         TTTGGCTATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCACA---------A-TGGC-----AA-ATACCCGTAGTATCTTT-T-T-T-TTC
gi|19558                      :                                   -T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GAGTTAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-T
gi|19559                      :                     ttgccaaGGCCACT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGATCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTTTCTTT-T-T-T-TTC
gi|19560                      :                             tCCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19561                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATCCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19562                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GTGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAATATCTTA-T-T-T-TCC
gi|19563                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTAAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19564                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-ACC
gi|19565                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-A---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-CCC
gi|19566                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGACAT-ATTCCCA---------A-TGGT-----AA-A------T-GTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19567                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT-----------------CCCA---------A-TGGC-----AA-A------CAGTATCTTT-T-T-T-TC
gi|19568                      :                              CCATT-T-T--ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-AATCCCA---------A-TTGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-CCC
gi|19569                      :                              CCATT-T-TT-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------ACTGGC-----AA-A------TAG----TTT-T-T-T-TCC
gi|19570                      :                               CATT-T-TA-ATA-G--CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCG---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-TCC
gi|19571                      :                                 TT-T-TT-ATA-G--CT-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCTCA---------A-TGGC-----AA-A------TAGTATATTT-T-T-T-TC
gi|19572                      :                                              --CC-G---T--TATT------GGGTCAT-ATTCCCA---------A-TGCC-----AA-A------TAGTATCTTT-T-T-T-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19531 ): CAGGGCTTTTATTTGTCCTTATTGTGGGGTTGGGCTGTTATTCTGCCCCATTCTCAATAGCAAATTTATGATATATTTGTTTCC
Unaligned ( gi|19537 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGGGGCTGAATATCGGCCCCATTCCCCTCCTAAAATAATATGTTTTTTTCC
Unaligned ( gi|19525 ): CAGGGCACTCGTTTGGCCGATTTTGCTGCCGAATATCTGCCCCATTCCCCTCCTTAAATAATATGTTTTTTCCC