lowQualScore : 1 0 00 0 0 22 4444 0 0 44 0 222 0 0 0 3 11111 0 0 5
lowQualScore : . . .. . . .. .... . . .. . ... . . . . ..... . . .
lowQualScore : 3 6 99 6 6 99 1111 6 6 88 6 000 6 6 6 2 55555 6 6 9
consensus : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
Reference ( gi|77156 ) : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-A--T-T-ATTCCAT-GGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TTCAAA
gi|77157 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--C-A--T-T-ATTCCAG-GTGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
gi|77155 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GGGT-C---TAA-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TTTAA
gi|77158 : TACT-AAAT-GAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAA-----AATAACGA-G-TTTAGA
gi|77134 : TAAT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-AGTCCAT-AGGT-C---AGG-G-CTAATTCAGA-TATCAACAAT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
gi|77159 : aacTACTTAAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GGGT-T---GTG-T-CTAATTCAAA-TATCGACTAT-----AATAGTGA-G-TTTAAA
gi|77135 : TACT-GAAT-AAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAG-GGTT-C---AGG-T-CTAATTCATA-TATCTGCGAT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
gi|77133 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--G-T-ATTCCAC-AGGT-T---AGA-T-CTAAGTCAAA-TATCGGCGAC-----AATAGCGA-G-TTT
gi|77136 : aacTACT-GAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAG-AGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCACCGAT-----AATTGAGA-G-TTTAAA
gi|77152 : aacTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATATCAC-GGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TTTAAA
gi|77151 : acTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATATCAC-GGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TTTAAA
gi|77153 : acTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAG-GGAT-C---AGG-T-CTACTTCAAA-TATCGGTAATTAAAAAAAAACGA-G-TTTAAA
gi|77160 : acTGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T-G--T-T-ACTCAAT-GGGT-C---AGG-T-TTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AATAGCAA-G-TTTAAA
gi|77140 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-A--C-T-ATTCCAC-AAGT-C---TGG-T-CTAATTCAAC-TGTCAGTGAT-----AAAAGCGA-G-TTTAAA
gi|77138 : aatTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GCGT-C---AAG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----AAAAATGC-G-TT
gi|77154 : aacTACT-AAAT-CAG--T-T-A--C-G--T-T-ATCCCAA-GGAT-C---ATG-T-CTAGTCGAAA-TATCGGCGAT-----AATACCGA-G-TTTAAAataaa
gi|77166 : atTACT-AAAT-CAT--A-T-A--C-A--T-A-ATTCCAC-GGAT-T---AGG-T-CTAATTCAAA-TATAGACGAT-----ACAAGCGA-G-TT
gi|77139 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAA-CAGT-A---AGG-T-TTAATTCAAA-TATCGGCAAC-----AATGAAGA-A-TTTttaa
gi|77167 : aacTACT-AAAT-CAT--A-A-A--C-A--T-T-ATTTCAC-AGAT-C---AAG-TATTAATTCAAA-TATCGGTGAT-----AATAGCGA-G-T
gi|77163 : TACT-AAAT-CATAATGT-A--C-G--T-T-ATTCCAA-GGAT-C---AGG-T-CTGATTCAAA-TATCAGCGAT-----AGTATCGA-T-TTTAA
gi|77161 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T-G--C-T-ACTCAAC-GGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TGTTAGAGAT-----AATAGCAA-G-TTTAAA
gi|77137 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTGCAC-GGGT-A---AGA-T-CTTATTTAAA-TTTCCGCAAC-----AATAGCAA-G-TT
gi|77162 : aacTGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T-G--T-G-ACTCAAC-GGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAA-G-TTTAAAttaa
gi|77141 : TACT-AAAT-CAC--T-T-G-----------ATTCCAC-AGGT-A---AGG-T-CTGATTCTAA-TATCGGCGAT-----ACTAGCGA-G-TTTAAA
gi|77168 : aacTGCT-GAAT-CAA--T-T-A--C-A--T-T-ATTCCAC-GGAT-A---AGG-T-TCAATTTAAA-T-TCGGCGAT-----AATAAAGA-G-TTTAAA
gi|77169 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T-G--T-TTATACTAT-GGGT-G---AGG-T-TTACTTTAAA-TATCAGCCCT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
gi|77172 : TATT-AAAT-CAT--T-T-A--C-T--T-T-ATTCCAT-GGGT-C---AGG-T-CT---------TGTTG---AT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
gi|77142 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-A-AGTCCAC-GGGT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TGTCGATGGA-----AATCGCCA-G-TTC
gi|77165 : aacTGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T-G--T-G-ACTCAAC-GGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAC-G-TTTAAA
gi|77143 : TAC--AAAT--AT--T-T-A--T-G--T-A-ATTCCAT-GAGT-C---TGG-T-ATAATGTGAA-TATCGGCAAT-----AATAGTGA-G-TTTAAA
gi|77173 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T---ATTC-ATAGGGT-C---AGG-T-CTATTGCAGA-TATCCGTAAT-----ATGAGCGA-G-TT
gi|77144 : TACG-AAAT-AAT--T-T-A--C-A--T-T-ATTCCAT-GGGT-T---AG-------ATTCAAA-TGTGAGCAGT-----GACAGCAA-G-TTGAAAttaaa
gi|77170 : aacTACT-TAAC-CAT--T-G-G--T-A--T-T-ATTCCAC-GCGT-C---AGA-T-CTGATCCAAA--ATCGGAGAT-----AACAGCGA-GTTTCAA
gi|77164 : TACT-AAAC-TAC--T-T-A--C-G--T-T-ATTTCGC-GGGT-A---AAAAT-CTAGTTCGAC-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-T-TTTAA
gi|77174 : TGCT-AAAT-CAT--T-G-A--T-A--C-T-ATTCCAC-TGGT-C---AAG-T-CTAATGCATA-TATCGGCGA
gi|77175 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-AA-T-AGGT-T-ATTGCAT-TAGT-C---AGG-T-CTAATTTAAA-TATTGAAGAT-----AAAAATGG-G-TTGAAA
gi|77145 : TACT-TAAT-C------T-G--C-G--TGT-AT-CCAG-GGGT-CTGCAGG-T-CTAGTTCAAA-TATTGGTGAT-----AATAGCAA-G-TT
gi|77146 : aacTACA-AAAT-TAT--T-T-A--C-G--T-T-TATCCAC-GGTT-C---AGG-T-CTAATT-----TAT----GAT-----AATAGCGA-G-TTTAAAtga
gi|77171 : aatTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATCTCAC-GGAT-C---TAA-T-CTAATTGCAT-TATCAGCGAT-----GAAAGCTA-G-ATTAAA
gi|77148 : TACT-ATAT-TAT--T-T-A--C-G--T-T-TTTCCGA-CCAT-C---AGG-T-CTAATTCAAATTAT-AGTGAT-----AATATCGT-G-TTTAAA
gi|77149 : aacTACT-TAAT-CAT--T-T-A--C-A--T-T-ATTCCAC-AGGT-C---TGC-T-CTATTTTAAA-TA
gi|77176 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--T-G--T-T-ATTCCAT-GGGT-T---AG
gi|77147 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C-A--T-T-ATCCCAC-GGGT-C---a
gi|77177 : aacACTGAAATATAT--T-T-A--A-A--T-T-ATTCCAT-GGTT-C---AGG-T-CTAACTCAAA-TATCCGCGAT-----AATAGTGA-G-TTTAA
gi|77178 : ATT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTTTAA-GGGT-----AGG-T-CTTAGTAAAA-TATTGGCCAT-----AATAGTGA-G-TTTAA
gi|77179 : ACT-AAAG-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCTAC-AGGC-G---ATA-T-CTTATTCAAA-TGTCAGCGCT-----AATA
gi|77183 : CT-AAAC-CAT--T-G-A--C-G--T-T-ATTCATT-GGGA-C---GGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AACAGCGA-G-TTTGAA
gi|77182 : CC-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GGTT-C---TGG-T-CAAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AAAAGCGATG-TTT
gi|77184 : CT-AAAT-CAC--A-T-A--C-G--T-T-ATTCCAT-GGGT-C---AGG-C-CTAATTAAAA-TATCGGGAAT-----AATAGAGA-T-TT
gi|77185 : CT-AAAC-CAT--T-T-GG-C-G--T-T-ACTCCAT-GGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AACATCGA-G-TTGAAAa
gi|77181 : CT-CAGC-CAT--T-G-A--C-G--T-T-GTTCCA--GGGT-C---AGG-T-CTAATTTGAA-TATCAGCGAT-----AACAGCGA-G-TTT
gi|77188 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC-A--A-T-ATTCCAT-GGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TTTAAA
gi|77187 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC-A--A-T-ATTCCAT-GGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TTTAAA
gi|77186 : CT-AAAT-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCAAC-GGGT-T---AGG-T-GTAATTGAAA-TGTTTACGAC-----AATAGCGA-A-TTTAAA
gi|77189 : CT-AAAC-CAA--T-G-A--C-G--T-T-ACTCCGC-GGAC-C---TGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----
gi|77191 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T-G--T-T-ATTTCAA-TGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TTTAA
gi|77190 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T-G--T-T-ATTTCAA-TGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TTTAA
gi|77192 : T-AAAT-CTT--T-A-A--C-G--T-T-ATTACAC-GGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCTGCGAT-----AGCGGTAA-G-TTC
gi|77193 : T-GAAC-CAT--T-G-A--G-G--T-T-ATTCTAC-TGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGACGAC-----AGTAACGC-A-TTTAAA
gi|77194 : T-AAAT-CAA--T-T-A--TGA--T-T--TTCTAA-GGAT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TATCAGTGAT-----AATATTGA-G-T
gi|77195 : -AAAT-CAT--T-T-A--C-G--C-T-ATTCCAT-GGGT-C---AGA-T-CTAATTTAGA-TATCGGCAAA-----AATAGAGA-G-TTTataa
gi|77196 : -AACT-CAT--T-T-A--C-A--T-T-ATTCCTT-GGGT-T---ATG-T-CTTGTTCAAA-TATTGGTAAT-----AATAGGGA-G-TTTAAA
gi|77197 : -AAAA-CAT--T-T-A--C-G--C-T-ATTCCAT-GGGG-C---AGG-G-TCAATTAAAA-TA--GGCAAT-----AAAAGGGA-G-TTTAAA
gi|77198 : AAC-CAG--T-TGA--C-G--T-T-ATTCCAT-GTTT-T---AGA-T-CTCACCAAAA-TGTCGGCGTT-----AATAGCGA-A-TTAAAA
gi|77199 : T-CAT--T-T-A--C-G--T-T-ATTCCAC-GAGT-C---AGG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----GACAGTGA-G-TTTGAA
gi|77200 : -A--C-G--T-T-ATTCCTC-AGGT-C---AGA-T-CTAATTAAAA-TATAGGCGAT-----AATA
gi|77201 : --T-T-ATTCCAT-GGGTTC---AGG-T-CTAATTCAAG-TATCATTGAT-----AAGAGCGA-G-TTGAAA
gi|77202 : g--T-T-ATTCCAC-TGGT-C---TGG-T-CTAATT-AAA-GACAGG--GT-----AATAGCGA-G-TTTAAA
gi|77203 : gTTCCAC-GGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TATTGGCGAT-----AAAACCGA-G-TTTAA
gi|77150 : CAG-GGGT-CTGCAGA-T-CTAGTTCAAA-TATTGGCAAT-----AATAGTG
gi|77204 : aattactaaacctgtgtgtatg-GGGC-A---AGG-T-CTAATACAAA-TATCGGCAAT-----AATAACGA-G-TTTAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|77180 ): ACTAAACCATTGACGTTATTACACGTGTCATGGCTTATCTAGATACAGGCCACAATGGCAAATTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1 0 00 0 0 22 111 1 0 0 0 0 111 0 0 0 11111 0 0 0
lowQualScore : . . .. . . .. ... . . . . . ... . . . ..... . . .
lowQualScore : 2 6 88 6 6 22 000 1 6 6 1 6 999 6 6 6 55555 6 6 6
consensus : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
Reference ( family-382 ) : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77133 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GG-T-ATTCC-ACAGGT-T---AGA-T-CTAAGTCAAA-TATCGGCGAC-----AATAGCGA-G-TT-TA
gi|77134 : aacTAAT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-AGTCC-ATAGGT-C---AGG-G-CTAATTCAGA-TATCAACAAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77135 : aacTACT-GAAT-AAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGGGTT-C---AGG-T-CTAATTCATA-TATCTGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77136 : aacTACT-GAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGAGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCACCGAT-----AATTGAGA-G-TT-TAAA
gi|77137 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTGC-ACGGGT-A---AGA-T-CTTATTTAAA-TTTCCGCAAC-----AATAGCAA-G-TT-TTAA
gi|77138 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGCGT-C---AAG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----AAAAATGC-G-TTATAAA
gi|77139 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AACAGT-A---AGG-T-TTAATTCAAA-TATCGGCAAC-----AATGAAGA-A-TT-TA
gi|77140 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AC-T-ATTCC-ACAAGT-C---TGG-T-CTAATTCAAC-TGTCAGTGAT-----AAAAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77141 : aatTACT-AAAT-CAC--T-T-G-----------ATTCC-ACAGGT-A---AGG-T-CTGATTCTAA-TATCGGCGAT-----ACTAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77142 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-A-AGTCC-ACGGGT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TGTCGATGGA-----AATCGCCA-G-TT-CA
gi|77143 : aacTAC--AAAT--AT--T-T-A--T---GT-A-ATTCC-ATGAGT-C---TGG-T-ATAATGTGAA-TATCGGCAAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77144 : aacTACG-AAAT-AAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ATGGGT-T---AG-------ATTCAAA-TGTGAGCAGT-----GACAGCAA-G-TT-GAAA
gi|77145 : aacTACT-TAAT-C------T-G--C---GTGT-AT-CC-AGGGGT-CTGCAGG-T-CTAGTTCAAA-TATTGGTGAT-----AATAGCAA-G-TT-TGA
gi|77146 : aacTACA-AAAT-TAT--T-T-A--C---GT-T-TATCC-ACGGTT-C---AGG-T-CTAATT-----TAT----GAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77147 : aatTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATCCC-ACGGGT-C---
gi|77148 : aacTACT-ATAT-TAT--T-T-A--C---GT-T-TTTCCGACCA-T-C---AGG-T-CTAATTCAAATTAT-AGTGAT-----AATATCGT-G-TT-TAAA
gi|77149 : aacTACT-TAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ACAGGT-C---TGC-T-CTATTTTAAA-TA
gi|77150 : aacTACT-AAAC-C------T-G--T---GTGT-ATGC--AGGGGT-CTGCAGA-T-CTAGTTCAAA-TATTGGCAAT-----AATAGTG
gi|77151 : aatTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATATC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TT-TAAA
gi|77152 : acTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATATC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TT-TAAA
gi|77153 : acTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGGGAT-C---AGG-T-CTACTTCAAA-TATCGGTAATTAAAAAAAAACGA-G-TT-TAAA
gi|77154 : acTACT-AAAT-CAG--T-T-A--C---GT-T-ATCCC-AAGGAT-C---ATG-T-CTAGTCGAAA-TATCGGCGAT-----AATACCGA-G-TT-TAAA
gi|77155 : atTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---TAA-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TT-TAA
gi|77156 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TT-CAAA
gi|77157 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-AGGTGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77158 : TACT-AAAT-GAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAA-----AATAACGA-G-TT-TAGA
gi|77159 : TACTTAAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-T---GTG-T-CTAATTCAAA-TATCGACTAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77160 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-T-ACTCA-ATGGGT-C---AGG-T-TTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AATAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77161 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GC-T-ACTCA-ACGGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TGTTAGAGAT-----AATAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77162 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-G-ACTCA-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77163 : TACT-AAAT-CATAATGT-A--C---GT-T-ATTCC-AAGGAT-C---AGG-T-CTGATTCAAA-TATCAGCGAT-----AGTATCGA-T-TT-TAA
gi|77164 : TACT-AAAC-TAC--T-T-A--C---GT-T-ATTTC-GCGGGT-A---AAAAT-CTAGTTCGAC-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-T-TT-TAA
gi|77165 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-G-ACTCA-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAC-G-TT-TAAA
gi|77166 : TACT-AAAT-CAT--A-T-A--C---AT-A-ATTCC-ACGGAT-T---AGG-T-CTAATTCAAA-TATAGACGAT-----ACAAGCGA-G-TT-TTAA
gi|77167 : TACT-AAAT-CAT--A-A-A--C---AT-T-ATTTC-ACAGAT-C---AAG-TATTAATTCAAA-TATCGGTGAT-----AATAGCGA-G-T
gi|77168 : TGCT-GAAT-CAA--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ACGGAT-A---AGG-T-TCAATTTAAA-T-TCGGCGAT-----AATAAAGA-G-TT-TAAA
gi|77169 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-TTATACT-ATGGGT-G---AGG-T-TTACTTTAAA-TATCAGCCCT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77170 : TACT-TAAC-CAT--T-G-G--T---AT-T-ATTCC-ACGCGT-C---AGA-T-CTGATCCAAA--ATCGGAGAT-----AACAGCGA-G-TT-TCAA
gi|77171 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATCTC-ACGGAT-C---TAA-T-CTAATTGCAT-TATCAGCGAT-----GAAAGCTA-G-AT-TAAA
gi|77172 : TATT-AAAT-CAT--T-T-A--C---TT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-T-CTTGTT------------GAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77173 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT---ATTCA-TAGGGT-C---AGG-T-CTATTGCAGA-TATCCGTAAT-----ATGAGCGA-GTTT-TAAA
gi|77174 : TGCT-AAAT-CAT--T-G-A--T---AC-T-ATTCC-ACTGGT-C---AAG-T-CTAATGCATA-TATCGGCGA
gi|77175 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--ATAGGT-T-ATTGC-ATTAGT-C---AGG-T-CTAATTTAAA-TATTGAAGAT-----AAAAATGG-G-TT-GAAA
gi|77176 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-T-ATTCC-ATGGGT-T---AG
gi|77177 : ACTGAAATATAT--T-T-A--A---AT-T-ATTCC-ATGGTT-C---AGG-T-CTAACTCAAA-TATCCGCGAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAa
gi|77178 : ATT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTTT-AAGGGT-----AGG-T-CTTAGTAAAA-TATTGGCCAT-----AATAGTGA-G-TT-TAA
gi|77179 : ACT-AAAG-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCT-ACAGGC-G---ATA-T-CTTATTCAAA-TGTCAGCGCT-----AATA
gi|77180 : ACT-AAAC-CAT--T-G-A--C---GT-T-ATTAC-ACGTGT-C---ATG-G-CTTATCTAGA-TACAGGCCAC-----AATGGCAA-A-TT-TAAA
gi|77181 : CT-CAGC-CAT--T-G-A--C---GT-T-GTTCC-A-GGGT-C---AGG-T-CTAATTTGAA-TATCAGCGAT-----AACAGCGA-G-TT-TA
gi|77182 : CC-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGTT-C---TGG-T-CAAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AAAAGCGATG-TT-TA
gi|77183 : CT-AAAC-CAT--T-G-A--C---GT-T-ATTCA-TTGGGA-C---GGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AACAGCGA-G-TT-TGAA
gi|77184 : CT-AAAT-CAC--A-T-A--C---GT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-C-CTAATTAAAA-TATCGGGAAT-----AATAGAGA---TT-TA
gi|77185 : CT-AAAC-CAT--T-T-GG-C---GT-T-ACTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AACATCGA-G-TT-GAAA
gi|77186 : CT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCA-ACGGGT-T---AGG-T-GTAATTGAAA-TGTTTACGAC-----AATAGCGA-A-TT-TAAA
gi|77187 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC---AA-T-ATTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77188 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC---AA-T-ATTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77189 : CT-AAAC-CAA--T-G-A--C---GT-T-ACTCC-GCGGAC-C---TGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----
gi|77190 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T---GT-T-ATTTC-AATGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TT-TAA
gi|77191 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T---GT-T-ATTTC-AATGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TT-TAA
gi|77192 : T-AAAT-CTT--T-A-A--C---GT-T-ATTAC-ACGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCTGCGAT-----AGCGGTAA-G-TT-CA
gi|77193 : T-GAAC-CAT--T-G-A--G---GT-T-ATTCT-ACTGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGACGAC-----AGTAACGC-A-TT-TAAA
gi|77194 : T-AAAT-CAA--T-T-A--T---GA-T-TTTCT-AAGGAT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TATCAGTGAT-----AATATTGA-G-TA-TAA
gi|77195 : -AAAT-CAT--T-T-A--C---GC-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGA-T-CTAATTTAGA-TATCGGCAAA-----AATAGAGA-G-TT-TA
gi|77196 : -AACT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-TTGGGT-T---ATG-T-CTTGTTCAAA-TATTGGTAAT-----AATAGGGA-G-TT-TAAA
gi|77197 : -AAAA-CAT--T-T-A--C---GC-T-ATTCC-ATGGGG-C---AGG-G-TCAATTAAAA-TA--GGCAAT-----AAAAGGGA-G-TT-TAAA
gi|77198 : AAC-CAG--T-TGA--C---GT-T-ATTCC-ATGTTT-T---AGA-T-CTCACCAAAA-TGTCGGCGTT-----AATAGCGA-A-TT-AAAA
gi|77199 : T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGAGT-C---AGG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----GACAGTGA-G-TT-TGAA
gi|77200 : -A--C---GT-T-ATTCC-TCAGGT-C---AGA-T-CTAATTAAAA-TATAGGCGAT-----AATA
gi|77201 : ---GT-T-ATTCC-ATGGGTTC---AGG-T-CTAATTCAAG-TATCATTGAT-----AAGAGCGA-G-TT-GAAA
gi|77202 : ---GT-T-ATTCC-ACTGGT-C---TGG-T-CTAATT-AAA-GA-CAG-GGT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77203 : TTCC-ACGGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TATTGGCGAT-----AAAACCGA-G-TT-TAA
gi|77204 : GGGC-A---AGG-T-CTAATACAAA-TATCGGCAAT-----AATAACGA-G-TT-TAAA
Alignments
lowQualScore : 1 0 00 0 0 22 111 1 0 0 0 0 111 0 0 0 11111 0 0 0
lowQualScore : . . .. . . .. ... . . . . . ... . . . ..... . . .
lowQualScore : 2 6 88 6 6 22 000 1 6 6 1 6 999 6 6 6 55555 6 6 6
consensus : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
Reference ( family-382 ) : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77133 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GG-T-ATTCC-ACAGGT-T---AGA-T-CTAAGTCAAA-TATCGGCGAC-----AATAGCGA-G-TT-TA
gi|77134 : aacTAAT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-AGTCC-ATAGGT-C---AGG-G-CTAATTCAGA-TATCAACAAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77135 : aacTACT-GAAT-AAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGGGTT-C---AGG-T-CTAATTCATA-TATCTGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77136 : aacTACT-GAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGAGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCACCGAT-----AATTGAGA-G-TT-TAAA
gi|77137 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTGC-ACGGGT-A---AGA-T-CTTATTTAAA-TTTCCGCAAC-----AATAGCAA-G-TT-TTAA
gi|77138 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGCGT-C---AAG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----AAAAATGC-G-TTATAAA
gi|77139 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AACAGT-A---AGG-T-TTAATTCAAA-TATCGGCAAC-----AATGAAGA-A-TT-TA
gi|77140 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AC-T-ATTCC-ACAAGT-C---TGG-T-CTAATTCAAC-TGTCAGTGAT-----AAAAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77141 : aatTACT-AAAT-CAC--T-T-G-----------ATTCC-ACAGGT-A---AGG-T-CTGATTCTAA-TATCGGCGAT-----ACTAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77142 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-A-AGTCC-ACGGGT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TGTCGATGGA-----AATCGCCA-G-TT-CA
gi|77143 : aacTAC--AAAT--AT--T-T-A--T---GT-A-ATTCC-ATGAGT-C---TGG-T-ATAATGTGAA-TATCGGCAAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77144 : aacTACG-AAAT-AAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ATGGGT-T---AG-------ATTCAAA-TGTGAGCAGT-----GACAGCAA-G-TT-GAAA
gi|77145 : aacTACT-TAAT-C------T-G--C---GTGT-AT-CC-AGGGGT-CTGCAGG-T-CTAGTTCAAA-TATTGGTGAT-----AATAGCAA-G-TT-TGA
gi|77146 : aacTACA-AAAT-TAT--T-T-A--C---GT-T-TATCC-ACGGTT-C---AGG-T-CTAATT-----TAT----GAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77147 : aatTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATCCC-ACGGGT-C---
gi|77148 : aacTACT-ATAT-TAT--T-T-A--C---GT-T-TTTCCGACCA-T-C---AGG-T-CTAATTCAAATTAT-AGTGAT-----AATATCGT-G-TT-TAAA
gi|77149 : aacTACT-TAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ACAGGT-C---TGC-T-CTATTTTAAA-TA
gi|77150 : aacTACT-AAAC-C------T-G--T---GTGT-ATGC--AGGGGT-CTGCAGA-T-CTAGTTCAAA-TATTGGCAAT-----AATAGTG
gi|77151 : aatTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATATC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TT-TAAA
gi|77152 : acTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATATC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TT-TAAA
gi|77153 : acTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGGGAT-C---AGG-T-CTACTTCAAA-TATCGGTAATTAAAAAAAAACGA-G-TT-TAAA
gi|77154 : acTACT-AAAT-CAG--T-T-A--C---GT-T-ATCCC-AAGGAT-C---ATG-T-CTAGTCGAAA-TATCGGCGAT-----AATACCGA-G-TT-TAAA
gi|77155 : atTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---TAA-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TT-TAA
gi|77156 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TT-CAAA
gi|77157 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-AGGTGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77158 : TACT-AAAT-GAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAA-----AATAACGA-G-TT-TAGA
gi|77159 : TACTTAAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-T---GTG-T-CTAATTCAAA-TATCGACTAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77160 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-T-ACTCA-ATGGGT-C---AGG-T-TTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AATAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77161 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GC-T-ACTCA-ACGGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TGTTAGAGAT-----AATAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77162 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-G-ACTCA-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77163 : TACT-AAAT-CATAATGT-A--C---GT-T-ATTCC-AAGGAT-C---AGG-T-CTGATTCAAA-TATCAGCGAT-----AGTATCGA-T-TT-TAA
gi|77164 : TACT-AAAC-TAC--T-T-A--C---GT-T-ATTTC-GCGGGT-A---AAAAT-CTAGTTCGAC-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-T-TT-TAA
gi|77165 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-G-ACTCA-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAC-G-TT-TAAA
gi|77166 : TACT-AAAT-CAT--A-T-A--C---AT-A-ATTCC-ACGGAT-T---AGG-T-CTAATTCAAA-TATAGACGAT-----ACAAGCGA-G-TT-TTAA
gi|77167 : TACT-AAAT-CAT--A-A-A--C---AT-T-ATTTC-ACAGAT-C---AAG-TATTAATTCAAA-TATCGGTGAT-----AATAGCGA-G-T
gi|77168 : TGCT-GAAT-CAA--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ACGGAT-A---AGG-T-TCAATTTAAA-T-TCGGCGAT-----AATAAAGA-G-TT-TAAA
gi|77169 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-TTATACT-ATGGGT-G---AGG-T-TTACTTTAAA-TATCAGCCCT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77170 : TACT-TAAC-CAT--T-G-G--T---AT-T-ATTCC-ACGCGT-C---AGA-T-CTGATCCAAA--ATCGGAGAT-----AACAGCGA-G-TT-TCAA
gi|77171 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATCTC-ACGGAT-C---TAA-T-CTAATTGCAT-TATCAGCGAT-----GAAAGCTA-G-AT-TAAA
gi|77172 : TATT-AAAT-CAT--T-T-A--C---TT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-T-CTTGTT------------GAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77173 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT---ATTCA-TAGGGT-C---AGG-T-CTATTGCAGA-TATCCGTAAT-----ATGAGCGA-GTTT-TAAA
gi|77174 : TGCT-AAAT-CAT--T-G-A--T---AC-T-ATTCC-ACTGGT-C---AAG-T-CTAATGCATA-TATCGGCGA
gi|77175 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--ATAGGT-T-ATTGC-ATTAGT-C---AGG-T-CTAATTTAAA-TATTGAAGAT-----AAAAATGG-G-TT-GAAA
gi|77176 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-T-ATTCC-ATGGGT-T---AG
gi|77177 : ACTGAAATATAT--T-T-A--A---AT-T-ATTCC-ATGGTT-C---AGG-T-CTAACTCAAA-TATCCGCGAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAa
gi|77178 : ATT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTTT-AAGGGT-----AGG-T-CTTAGTAAAA-TATTGGCCAT-----AATAGTGA-G-TT-TAA
gi|77179 : ACT-AAAG-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCT-ACAGGC-G---ATA-T-CTTATTCAAA-TGTCAGCGCT-----AATA
gi|77180 : ACT-AAAC-CAT--T-G-A--C---GT-T-ATTAC-ACGTGT-C---ATG-G-CTTATCTAGA-TACAGGCCAC-----AATGGCAA-A-TT-TAAA
gi|77181 : CT-CAGC-CAT--T-G-A--C---GT-T-GTTCC-A-GGGT-C---AGG-T-CTAATTTGAA-TATCAGCGAT-----AACAGCGA-G-TT-TA
gi|77182 : CC-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGTT-C---TGG-T-CAAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AAAAGCGATG-TT-TA
gi|77183 : CT-AAAC-CAT--T-G-A--C---GT-T-ATTCA-TTGGGA-C---GGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AACAGCGA-G-TT-TGAA
gi|77184 : CT-AAAT-CAC--A-T-A--C---GT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-C-CTAATTAAAA-TATCGGGAAT-----AATAGAGA---TT-TA
gi|77185 : CT-AAAC-CAT--T-T-GG-C---GT-T-ACTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AACATCGA-G-TT-GAAA
gi|77186 : CT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCA-ACGGGT-T---AGG-T-GTAATTGAAA-TGTTTACGAC-----AATAGCGA-A-TT-TAAA
gi|77187 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC---AA-T-ATTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77188 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC---AA-T-ATTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77189 : CT-AAAC-CAA--T-G-A--C---GT-T-ACTCC-GCGGAC-C---TGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----
gi|77190 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T---GT-T-ATTTC-AATGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TT-TAA
gi|77191 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T---GT-T-ATTTC-AATGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TT-TAA
gi|77192 : T-AAAT-CTT--T-A-A--C---GT-T-ATTAC-ACGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCTGCGAT-----AGCGGTAA-G-TT-CA
gi|77193 : T-GAAC-CAT--T-G-A--G---GT-T-ATTCT-ACTGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGACGAC-----AGTAACGC-A-TT-TAAA
gi|77194 : T-AAAT-CAA--T-T-A--T---GA-T-TTTCT-AAGGAT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TATCAGTGAT-----AATATTGA-G-TA-TAA
gi|77195 : -AAAT-CAT--T-T-A--C---GC-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGA-T-CTAATTTAGA-TATCGGCAAA-----AATAGAGA-G-TT-TA
gi|77196 : -AACT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-TTGGGT-T---ATG-T-CTTGTTCAAA-TATTGGTAAT-----AATAGGGA-G-TT-TAAA
gi|77197 : -AAAA-CAT--T-T-A--C---GC-T-ATTCC-ATGGGG-C---AGG-G-TCAATTAAAA-TA--GGCAAT-----AAAAGGGA-G-TT-TAAA
gi|77198 : AAC-CAG--T-TGA--C---GT-T-ATTCC-ATGTTT-T---AGA-T-CTCACCAAAA-TGTCGGCGTT-----AATAGCGA-A-TT-AAAA
gi|77199 : T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGAGT-C---AGG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----GACAGTGA-G-TT-TGAA
gi|77200 : -A--C---GT-T-ATTCC-TCAGGT-C---AGA-T-CTAATTAAAA-TATAGGCGAT-----AATA
gi|77201 : ---GT-T-ATTCC-ATGGGTTC---AGG-T-CTAATTCAAG-TATCATTGAT-----AAGAGCGA-G-TT-GAAA
gi|77202 : ---GT-T-ATTCC-ACTGGT-C---TGG-T-CTAATT-AAA-GA-CAG-GGT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77203 : TTCC-ACGGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TATTGGCGAT-----AAAACCGA-G-TT-TAA
gi|77204 : GGGC-A---AGG-T-CTAATACAAA-TATCGGCAAT-----AATAACGA-G-TT-TAAA
blockSeqs : T AC G TGC TAAAA
blockSeqs : G AC G TGC .
blockSeqs : . G . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
finalCons : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
Alignments
lowQualScore : 1 0 00 0 0 22 111 1 0 0 0 0 111 0 0 0 11111 0 0 0
lowQualScore : . . .. . . .. ... . . . . . ... . . . ..... . . .
lowQualScore : 2 6 88 6 6 22 000 1 6 6 1 6 999 6 6 6 55555 6 6 6
consensus : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
Reference ( family-382 ) : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77133 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GG-T-ATTCC-ACAGGT-T---AGA-T-CTAAGTCAAA-TATCGGCGAC-----AATAGCGA-G-TT-TA
gi|77134 : aacTAAT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-AGTCC-ATAGGT-C---AGG-G-CTAATTCAGA-TATCAACAAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77135 : aacTACT-GAAT-AAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGGGTT-C---AGG-T-CTAATTCATA-TATCTGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77136 : aacTACT-GAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGAGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCACCGAT-----AATTGAGA-G-TT-TAAA
gi|77137 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTGC-ACGGGT-A---AGA-T-CTTATTTAAA-TTTCCGCAAC-----AATAGCAA-G-TT-TTAA
gi|77138 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGCGT-C---AAG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----AAAAATGC-G-TTATAAA
gi|77139 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AACAGT-A---AGG-T-TTAATTCAAA-TATCGGCAAC-----AATGAAGA-A-TT-TA
gi|77140 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AC-T-ATTCC-ACAAGT-C---TGG-T-CTAATTCAAC-TGTCAGTGAT-----AAAAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77141 : aatTACT-AAAT-CAC--T-T-G-----------ATTCC-ACAGGT-A---AGG-T-CTGATTCTAA-TATCGGCGAT-----ACTAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77142 : aacTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-A-AGTCC-ACGGGT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TGTCGATGGA-----AATCGCCA-G-TT-CA
gi|77143 : aacTAC--AAAT--AT--T-T-A--T---GT-A-ATTCC-ATGAGT-C---TGG-T-ATAATGTGAA-TATCGGCAAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77144 : aacTACG-AAAT-AAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ATGGGT-T---AG-------ATTCAAA-TGTGAGCAGT-----GACAGCAA-G-TT-GAAA
gi|77145 : aacTACT-TAAT-C------T-G--C---GTGT-AT-CC-AGGGGT-CTGCAGG-T-CTAGTTCAAA-TATTGGTGAT-----AATAGCAA-G-TT-TGA
gi|77146 : aacTACA-AAAT-TAT--T-T-A--C---GT-T-TATCC-ACGGTT-C---AGG-T-CTAATT-----TAT----GAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77147 : aatTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATCCC-ACGGGT-C---
gi|77148 : aacTACT-ATAT-TAT--T-T-A--C---GT-T-TTTCCGACCA-T-C---AGG-T-CTAATTCAAATTAT-AGTGAT-----AATATCGT-G-TT-TAAA
gi|77149 : aacTACT-TAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ACAGGT-C---TGC-T-CTATTTTAAA-TA
gi|77150 : aacTACT-AAAC-C------T-G--T---GTGT-ATGC--AGGGGT-CTGCAGA-T-CTAGTTCAAA-TATTGGCAAT-----AATAGTG
gi|77151 : aatTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATATC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TT-TAAA
gi|77152 : acTACT-AA-T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATATC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAACTTAAA-TATTGGCGAT-----AATGGCGA-G-TT-TAAA
gi|77153 : acTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-AGGGAT-C---AGG-T-CTACTTCAAA-TATCGGTAATTAAAAAAAAACGA-G-TT-TAAA
gi|77154 : acTACT-AAAT-CAG--T-T-A--C---GT-T-ATCCC-AAGGAT-C---ATG-T-CTAGTCGAAA-TATCGGCGAT-----AATACCGA-G-TT-TAAA
gi|77155 : atTACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---TAA-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TT-TAA
gi|77156 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AATAGCGA-G-TT-CAAA
gi|77157 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-AGGTGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77158 : TACT-AAAT-GAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAA-----AATAACGA-G-TT-TAGA
gi|77159 : TACTTAAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGGT-T---GTG-T-CTAATTCAAA-TATCGACTAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77160 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-T-ACTCA-ATGGGT-C---AGG-T-TTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AATAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77161 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GC-T-ACTCA-ACGGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TGTTAGAGAT-----AATAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77162 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-G-ACTCA-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAA-G-TT-TAAA
gi|77163 : TACT-AAAT-CATAATGT-A--C---GT-T-ATTCC-AAGGAT-C---AGG-T-CTGATTCAAA-TATCAGCGAT-----AGTATCGA-T-TT-TAA
gi|77164 : TACT-AAAC-TAC--T-T-A--C---GT-T-ATTTC-GCGGGT-A---AAAAT-CTAGTTCGAC-TATCGGCGAT-----AATAGCGA-T-TT-TAA
gi|77165 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-G-ACTCA-ACGGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TGTTGGAGAT-----AAAAGCAC-G-TT-TAAA
gi|77166 : TACT-AAAT-CAT--A-T-A--C---AT-A-ATTCC-ACGGAT-T---AGG-T-CTAATTCAAA-TATAGACGAT-----ACAAGCGA-G-TT-TTAA
gi|77167 : TACT-AAAT-CAT--A-A-A--C---AT-T-ATTTC-ACAGAT-C---AAG-TATTAATTCAAA-TATCGGTGAT-----AATAGCGA-G-T
gi|77168 : TGCT-GAAT-CAA--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-ACGGAT-A---AGG-T-TCAATTTAAA-T-TCGGCGAT-----AATAAAGA-G-TT-TAAA
gi|77169 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-TTATACT-ATGGGT-G---AGG-T-TTACTTTAAA-TATCAGCCCT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77170 : TACT-TAAC-CAT--T-G-G--T---AT-T-ATTCC-ACGCGT-C---AGA-T-CTGATCCAAA--ATCGGAGAT-----AACAGCGA-G-TT-TCAA
gi|77171 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATCTC-ACGGAT-C---TAA-T-CTAATTGCAT-TATCAGCGAT-----GAAAGCTA-G-AT-TAAA
gi|77172 : TATT-AAAT-CAT--T-T-A--C---TT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-T-CTTGTT------------GAT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77173 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT---ATTCA-TAGGGT-C---AGG-T-CTATTGCAGA-TATCCGTAAT-----ATGAGCGA-GTTT-TAAA
gi|77174 : TGCT-AAAT-CAT--T-G-A--T---AC-T-ATTCC-ACTGGT-C---AAG-T-CTAATGCATA-TATCGGCGA
gi|77175 : TGCT-AAAT-CAT--T-T-A--ATAGGT-T-ATTGC-ATTAGT-C---AGG-T-CTAATTTAAA-TATTGAAGAT-----AAAAATGG-G-TT-GAAA
gi|77176 : TACT-AAAT-CAT--T-T-A--T---GT-T-ATTCC-ATGGGT-T---AG
gi|77177 : ACTGAAATATAT--T-T-A--A---AT-T-ATTCC-ATGGTT-C---AGG-T-CTAACTCAAA-TATCCGCGAT-----AATAGTGA-G-TT-TAAa
gi|77178 : ATT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTTT-AAGGGT-----AGG-T-CTTAGTAAAA-TATTGGCCAT-----AATAGTGA-G-TT-TAA
gi|77179 : ACT-AAAG-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCT-ACAGGC-G---ATA-T-CTTATTCAAA-TGTCAGCGCT-----AATA
gi|77180 : ACT-AAAC-CAT--T-G-A--C---GT-T-ATTAC-ACGTGT-C---ATG-G-CTTATCTAGA-TACAGGCCAC-----AATGGCAA-A-TT-TAAA
gi|77181 : CT-CAGC-CAT--T-G-A--C---GT-T-GTTCC-A-GGGT-C---AGG-T-CTAATTTGAA-TATCAGCGAT-----AACAGCGA-G-TT-TA
gi|77182 : CC-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGGTT-C---TGG-T-CAAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AAAAGCGATG-TT-TA
gi|77183 : CT-AAAC-CAT--T-G-A--C---GT-T-ATTCA-TTGGGA-C---GGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----AACAGCGA-G-TT-TGAA
gi|77184 : CT-AAAT-CAC--A-T-A--C---GT-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGG-C-CTAATTAAAA-TATCGGGAAT-----AATAGAGA---TT-TA
gi|77185 : CT-AAAC-CAT--T-T-GG-C---GT-T-ACTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCGAT-----AACATCGA-G-TT-GAAA
gi|77186 : CT-AAAT-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCA-ACGGGT-T---AGG-T-GTAATTGAAA-TGTTTACGAC-----AATAGCGA-A-TT-TAAA
gi|77187 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC---AA-T-ATTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77188 : CT-AAAT-CAT--G-G-AACC---AA-T-ATTCC-ATGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCAATGAT-----AACAGTGA-G-TT-TAAA
gi|77189 : CT-AAAC-CAA--T-G-A--C---GT-T-ACTCC-GCGGAC-C---TGG-T-CTAATTCAAA-TATCGGCAAT-----
gi|77190 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T---GT-T-ATTTC-AATGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TT-TAA
gi|77191 : CT-AGGC-CAA--T-A-A--T---GT-T-ATTTC-AATGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TACCTGATAT-----AATACCGA-G-TT-TAA
gi|77192 : T-AAAT-CTT--T-A-A--C---GT-T-ATTAC-ACGGGC-C---ATG-T-CTAATTCAAA-TATCTGCGAT-----AGCGGTAA-G-TT-CA
gi|77193 : T-GAAC-CAT--T-G-A--G---GT-T-ATTCT-ACTGGT-C---AGG-T-CTAATTCAAA-TATCGACGAC-----AGTAACGC-A-TT-TAAA
gi|77194 : T-AAAT-CAA--T-T-A--T---GA-T-TTTCT-AAGGAT-T---AGG-T-CTAATTTAAA-TATCAGTGAT-----AATATTGA-G-TA-TAA
gi|77195 : -AAAT-CAT--T-T-A--C---GC-T-ATTCC-ATGGGT-C---AGA-T-CTAATTTAGA-TATCGGCAAA-----AATAGAGA-G-TT-TA
gi|77196 : -AACT-CAT--T-T-A--C---AT-T-ATTCC-TTGGGT-T---ATG-T-CTTGTTCAAA-TATTGGTAAT-----AATAGGGA-G-TT-TAAA
gi|77197 : -AAAA-CAT--T-T-A--C---GC-T-ATTCC-ATGGGG-C---AGG-G-TCAATTAAAA-TA--GGCAAT-----AAAAGGGA-G-TT-TAAA
gi|77198 : AAC-CAG--T-TGA--C---GT-T-ATTCC-ATGTTT-T---AGA-T-CTCACCAAAA-TGTCGGCGTT-----AATAGCGA-A-TT-AAAA
gi|77199 : T-CAT--T-T-A--C---GT-T-ATTCC-ACGAGT-C---AGG-T-CTTATTCAAA-TATCGGCGAT-----GACAGTGA-G-TT-TGAA
gi|77200 : -A--C---GT-T-ATTCC-TCAGGT-C---AGA-T-CTAATTAAAA-TATAGGCGAT-----AATA
gi|77201 : ---GT-T-ATTCC-ATGGGTTC---AGG-T-CTAATTCAAG-TATCATTGAT-----AAGAGCGA-G-TT-GAAA
gi|77202 : ---GT-T-ATTCC-ACTGGT-C---TGG-T-CTAATT-AAA-GA-CAG-GGT-----AATAGCGA-G-TT-TAAA
gi|77203 : TTCC-ACGGGT-C---AAG-T-CTAATTCAAA-TATTGGCGAT-----AAAACCGA-G-TT-TAA
gi|77204 : GGGC-A---AGG-T-CTAATACAAA-TATCGGCAAT-----AATAACGA-G-TT-TAAA