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gi|140692                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGATATAAGACATTGTGTCTCATTA------TC------ATTCTTCTCTCACCAC--TAATTTAAGT-GGGAAAGTTAT-----CAGTTACTTGCGGAGA--C-GGGGTGTGCTCCAGTACTGGTT----------AACCTTTCAGGA----------T----------C----------CCA-G-------A--------AACAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTTACCCTTGATGG---CATA-------AAAATG-TG--CTAAAT----ATTCAATC-A
gi|140624                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGATATACGACATCGCATCTCATTA------TC------ATTTGTCTCTCACTGC--TGATTCATCC-GAGAAAGTTAT-----CAGTTACTTGCCGAGA--T-GGGGTATGCTCGAGTACTGGTT----------AACCTTTCAGGA----------T----------C----------CCAGG-------A--------AACAGTGGCTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCTCTCGATGG---CATA-------AAAGTGATG--CTTAAT----ATCCAATC-AG-TCA--A-TCAA
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gi|140528                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGATATGAGACAATGTGTCTCATTA------TCAATATCATTCGTCTCTCACCGC--TGATTGATGT-GGGAAAGTTAT-----CAACTACTTTTAGAAA--T--GGGTGTACTCGAGTACAGGTT----------A----------AGC--------T----------T----------CCAGGATCCCGTA--------AAGAGTGGTTAGGCTAGCTGATCGTCCGTTTGGTCTCGATGG---CACG-------AAAATGATAT-CTATAT----ATTCAATC--A-TCA--A-TCAAtcagtc
gi|140527                     :  ttattaaatacatacatgttaaactttcaaagtcttgtgtgtgccattcagcgtctactgtacagaacattgcacttcttgcccgacaggaaaacgtggcttactctgtgtgttgacctgacagacctcaagacagtagagagccgacagtgaatcgctgtcttcagttaactggattactgaaatcaacatacacaacattctaactgcaatatattatatcttatatcattgtatctacatgtatataaaaacaattcttactacttgtttacattttagttttatgtattttgTTGATATGAGACAATGTGTCTCATTA------TCAATATCATTCGTCTCTTACCGC--TGATTGATGT-GGGAAAGTTAT-----CAACTACTTTTAGAAA--T--GGGTGTACTGGAGTACAGGTT----------A----------AGC--------T----------T----------CCAGGATCCCGTA--------AAGAGTGGTTAGGCTAGCTGATCGTCCGTTTGGTCTCGATGG---CACG-------AAAATGATATTCTATAT----ATTCAATC--A-TCA--A-TCAAagtatagcaaaaaaaa
gi|140526                     : ttattaaatacatacatgttaaactttcaaagtcttgtgtgtgccattcagcgtctactgcacagaacattgcacttcttgcccgacaggaaaacatggcttactctgtgtgttgaactgacagacctccagacagtagagagccgacagtgaatcgctgtcttcagtgtaactggattactgaaatcaacatacacaacattctaactgcaatatattatatcttatatcattgtatctacatgtatataaaaacaattcttactgcctgtttacattttagttttatgtattttgTTGATATGAAACAATGTGTCTCATTA------TCAATATCATTCGTCTCTTACCGC--TGATTGATGT-GGGAAAGTTAT-----CAACTACTTTTAGAAA--T--GGGTGTACTGGAGTACAGGTT----------A----------AGC--------T----------T----------CCAGGATCCCGTA--------AAGAGTGGTTAGGCTAGCTGATCGTCCGTTTGGTCTCGATGG---CACG-------AAAATGATATTCTATAT----ATTCAATC--A-TCA--A-TCAAagtctagcaaaaaaaa
gi|140531                     : ttattaaatacatacatgttaaactttcaaagtcttgtgtgtgccattcaacgtctactgcacagaacattgcacttcttgcccgacaggaaaacatggcttactctgtgtgttgacctgacagacctccagacagtagagagccgacagtgaatcgctgtcttcagtgtaactggattactgaaatcaacatacacaacattctaactgcaatatattatatcttatatcattgtatctacatgtatataaaaacaattcttactacctgtttacattttagttttatgtattttgTTGATATGTGACAATGTGTCTCATT------------------CGTATCTCATCGC--TGATTGATGT-GGGAAAGTTAT-----CAACTACTTTTAGAAA--T-GGA-TGTACTTGAGTACAGGTT----------A----------AGC--------T----------T----------CCAGG-------ATCCCGTA-AAGAGTGGTTAGACTAGCTGATCGTCCGTTTGGTCTCGATGG---CACG-------AAAATGATATTCTATAT----ATTCAATC--A-TCA--A-TCAAagtctagcaaaaaaaa
gi|140529                     :                                                                                                                                                          tcaatacaattgtcacgttaaaaacagcgtaaaattcaatgcaattaatcaattataatttattgtgtatcttgtatcattgtatctacatgtatataaaaacaattcttactacttgtttacattttagttttatgtattttgTTGATATGAGACAATGTGTCTCATTAGCAATATC------ATTCGTCTCTCACCGC--TTATTGATGT-GGGAAAGTTAT-----CAGCTACTTTTAGAAA--T--AGGTGTTTTCGAGTGCAGGTT----------A----------AGC--------T----------T----------CCAGGATCCCGTA--------AAGAGTGGTTAGGCTAGCATATCATCCATTTGGTCTCGATGG---CACG-------AAAATGATATTCTATAT----ATTCAATC--A-TCA--A-TCAAaatttagcaaaaaaaa
gi|140989                     :  ttattaaatacatacatgttaaactttcaaagtcttgtgtgtgccattcagcgtctgctgcacagaacattgcacttcttgcccgacaggaaaacgtggcttactctgtgtgttgacatgacagacctccagacagtagagagccgacagtgaatcactctcttcaatgtaactggattactgaaatcaacatacacaacattctaactgcaatatattatatcttatatcattgtaactacatgtatataaaaacaaatctgactacttgtttacattttagttttatgtattttgTGATATACGACATTGTGTCTCATTA------TC------ATTCGTCTCTCACCAC--TGATTAAAGT-GGGAAAGTTAT-----CAGTTACTTGTAAAGA--T-GGGGTGTGCTCGAGTACTGGTT----------A----------A----------T----------C----------CCAGG-------A--------AATAGTGGTTAGGTTAACTGATTGTCTTTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATTATG--CTGAAT----ATTCAATC-AA-TCA--A-TCAAagtctatcaaataaaa
gi|140980                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGATATACGACATTGTGTCTCATTA------TC------ATTCGTCTCTCACCAC--TGATTCAAGT-GGGAAAGTTAT-----CAGTTACTTGCGGAGA--T-TGGGTGTGCTCGAGTACTGGTT----------AACCTTTCAGCA----------T----------C----------CCTGG-------A--------AACAGTGCTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCCATCAATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----ATTCAATC-AA-TCA--ATTCAA
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Reference ( family-38 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGATATACGACATTGTGTCTCATTA------TC------ATTCGTCTCTCACCGC--TGATTCAAGT-GGGAAAGTTAT-----CAGTTACTTGCGGAGAT-G-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTT---------A---------G---------ATCCCAGG-------AAACAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----ATTCAATC-AA-TCA--A-TCAA
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gi|140726                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGATATACGGCATCGTGTCTCATTA------TCA------TTCTTCTCTCACCG-----ATTCAAGTGGGAA-AGTTAT-----CAGTTACTTGTGGAGAT-G-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA-CC-TTTC-A-GGATCCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AATATGACA--ATAAAT----AT----TCAA----TC-AA-TCA--A-TCAAtcaatcaaaacaaa
gi|140727                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGATATACGACATTGTGTCTCATTA------TCA------TTCGTCTCTCACCAC--TGATTCAAGAGGGAA-AGTTAT-----CAGTTACTTGAGGAGAT-G-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTA--------------ATTCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----AT----TCAA----TC-AA-TCA--A-TCAA
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gi|140981                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGATATATGACATTGTGTCTCATTA------TCA------TTCGTCTCTCACCGC--TGATTCAAGTGATAA-AGTTAT-----CAGTTACTTATGGAAAA-T-GGGTGGGCTCGAGTACTGGTTAA-CT-TT-C-A-GGATCTCAGGAAACAGTGGTTAGGTTAACTGATTATCTGGTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----AT----TCAA----TT-AA-TCA--A-TCAA
gi|140989                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGATATACGACATTGTGTCTCATTA------TCA------TTCGTCTCTCACCAC--TGATTAAAGTGGGAA-AGTTAT-----CAGTTACTTGTAAAGAT-G-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTA--------------ATCCCAGGAAATAGTGGTTAGGTTAACTGATTGTCTTTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATTATG--CTGAAT----AT----TCAA----TC-AA-TCA--A-TCAA
gi|141019                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GATATACGGCATTGTGTC-CATTA------TAA------TTCGTCTCTCACCAC--TGATTCAAGTGGGAA-AGTTAT-----CAGTTACTTTTGGAGAG-A-GGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAA-CC-TTTC-A-CGATCCCAGGAAACAGTGGTTAGATTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----AT----TCAA----TC-AT-TCA--A-TCGA
gi|141045                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATGACATTGTGTCTCATTA------TCA------TTCGTCTCTCATCGC--TGATTCAAGTGGGAA-CGTTTT-----CATTTACTTACGGAGAT-T-GGGTGGGCTCGAGTACTGGTTAA-CCTTT-C-A-GGATCCCAGGAAATAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTCAGCCCTCGATTG---CATA-------AAAATGACA--CTAAAT----AT----TCAA----TC-AG-TCA--A-TCAAtcgatgcaaaa
gi|141048                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgGACCTTGTGTCTCATTA------TCA------TTCATCTCTCACTGC--TGATTCATGTGGGAA-AGTTAT-----CAGTTACTTGCAGAGAT-A-GTGTGTGTTTGAGTACCGGTTAA-CC-TTCC-A-GGATCCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTAACTGATTGTCTGTTAGCTCTTGATGG---CATA-------TAAATGATG--CTAAAT----AT----TCAA----TC-AA-TCA--A-TCAaacct
gi|141050                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aGACATTGTGTCTCATTA------TCA------TTCGTGTCTCAGCGC--TGATTCAAGTGGGAA-AGTTAT-----CATTTACTTGCGAAGAA-A-GGGTGTTCTCTAGTACTGGTTAA-CC-TTTC-A-GGATCCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----AT----TCAA----TC-AA-TCA--A-TTAAga


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTAAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTAAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ATCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAAG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              AATTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACTTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTACAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACTTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ATCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCAAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTTAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              AACTTCCAAG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCCTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ATCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGC                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCACG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTCCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACCTTTCAGG                                                              .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              ACTTTCAGG                                                               .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              AG                                                                      .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              A                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .                                            .                                              .                                                                       .               .                     .   
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gi|141050                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aGACATTGTGTCTCATTA------TCA------TTCGTGTCTCAGCGC--TGATTCAAGTGGGAA-AGTTAT-----CATTTACTTGCGAAGAA-A-GGGTGTTCTCTAGTACTGGTTAA-CC-TTTC-A-GGATCCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGG---CATA-------AAAATGACG--CTAAAT----AT----TCAA----TC-AA-TCA--A-TTAAga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|140530 ): TTATTTAATACATACATGTTTAACTATTAAAGTCATGTGTGTGCCATTCAGCTTCTACTGCACAGATTATTGCGCTTCTTGTCCGACAGGGAAACTTGACTTACTCTGTGTGTTGACCTGACAGACCTCCAGACAGTAAAGAGCCCACGGTGA