lowQualScore : 4 1 5 1 2 00 2 00 5 0 44444 11
lowQualScore : . . . . . .. . .. . . ..... ..
lowQualScore : 4 1 0 1 8 88 2 88 5 6 00000 55
consensus : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
Reference ( gi|22102 ) : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC----ACA--TCTAGGTAA
gi|22104 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC----ACA--TCTAGGTAA
gi|22142 : GGCCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCGC----ACA--TCTAGGTAA
gi|22136 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT----GCA--TCTAGGTAA
gi|22135 : GACCACGCATCTTGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----ACA--TCTAGGTAA
gi|22105 : GGCCACGCACCTAGGTAAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCTGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22139 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22106 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22101 : GACCACGCATCTAGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT----GCA--TCTAGGTAA
gi|22144 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCTG----GCA--TCTAGGTAA
gi|22137 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22103 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGACCAC----GCA--TCTAAGTAA
gi|22166 : GGCCACGCATCTAGGTGA
gi|22163 : acgcatctacgtaaatggtaagtggtctcgtcacaggccctcgacctctcGGCCACGCATCTAGGTGA
gi|22145 : acgcatctacgtaaatggtaagtggtctcgtcacaggccctcgacctctcGGCCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGGCCTC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22138 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22141 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTTGGCCAC----GCA--TCTAAGTAA
gi|22108 : GGCCATGCATCTAGTTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT----GCA--TCTAGGTAA
gi|22143 : GGCCTCGCATCTAGGTAA-TGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22113 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22140 : GGCCGCACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--T-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22110 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--G-TC--GACCT-CTCGACCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22107 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAT----GCA--TCTAGTTAA
gi|22147 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GA-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22170 : GGCCACGCATCTAGGTAA
gi|22114 : catctaggtaaatggtaagtgatctcgtcacaggtcctctacctctcGGCCATGCATCTAGGTAAACCGTAATTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGT
gi|22109 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGCGGTCTCGTCAC-A-GT-C-C--C-TC--TACCT-CTCGGCAAC----GCA--TCTACGTAA
gi|22173 : GGCCACGCATCTAGGTAA
gi|22117 : ctaggtcaatggtaagtggtttcgtcacaggccctcgacctctcGGCCACGCATCTAGGTTAATGGTTAGTGGTTTCGACAC-A-AG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22116 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCGACAAC----ACG--TTTAGGTAA
gi|22120 : GGCCACGCAATTAGGTCAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCAGCCTG----GCA--TCTAGGTAA
gi|22146 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22112 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22172 : GGCCACGCATCTAGGTAA
gi|22148 : ctaggtcaatggtaagtggtttcgtcacaggcccttgacctctcGGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTNNNNNNNNNN----GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22149 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-T-C--G-TC--AACCT-CTCGACCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22119 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGG--TCGACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCAGCCAC----GCA--TCTA
gi|22118 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGTGGTCTTG--AC-A-GG-C-C--T-TC--GACCT-CTAGGCAAC----GCA--TCTAAATAAcat
gi|22111 : GACCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--
gi|22171 : GGCCACGCATCTAGGTAA
gi|22150 : catctaggtaaatattaagtgatctcgtcacaggtcctctacctttcGGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC----ACA--TTTGGTTAA
gi|22164 : GGCCACGCATCTAGATAA
gi|22122 : acgcatctaaataaacggtaagtggtctcgttatatggccctcgacctatcGGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGG--TCGACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT----GCA--TCTA
gi|22131 : GGCCATGCATCTAAGTAAATCGTAAGCGATC--AACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----AAA--TCTAAGTAA
gi|22127 : GGCCATGCATCTAGGTAAATGGTTAGCAGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22129 : GGCCACAAATCTAAGTAAATGGAAAGCGGGGTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TT--GAT-T-CTCGGCCAC----GCA--CCTAGGTAA
gi|22130 : GACCGAGCGTCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-ATTGACCAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22125 : GACCACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCGA----GCG--TCTAGGTAA
gi|22153 : GGCCATGCATCTAGGTAAATAGTTAGCGG--TCGACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC----GCA--TCTTGGTAA
gi|22115 : GACCACACGTATAGGTAAATGGTAAATGGACTCGACAG-G-GG-C-C--CTTC--GACCT-CTCGGCCAC----GTT--TATAGATAA
gi|22155 : GACCAAGCGTCTAGGTAAATGATAAGTGTTCTCGACAC-G-GG-G-C--C-TTTAGACAT-ATTGACCAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22132 : GGCCACGTTTATAGATAAATGGCTGGTAATTTCAACAC-A-GG-C-C--C-TA--GACCT-CACGGCCAC----GCA--TCTAGATAA
gi|22133 : GGCCACGCATCTAGGTGAATGGAAAATGGTCTCGTCTA-A-GG-C-T--C-TC--GACCTCCTAGGTCA
gi|22128 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGGT--TTGATATCGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--
gi|22154 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGAT--TTGATAACGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--aaatataa
gi|22158 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAAaaatataa
gi|22159 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22161 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--AACCT-CTCAGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22160 : CCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCAGCCTC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22162 : CCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGG--TCGACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT----GCA--TCTA
gi|22156 : CCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCAA----GCG--TCTAGGTAA
gi|22166 : aACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTGA
gi|22163 : ACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTGA
gi|22164 : ACGCATCTAAATAAACGGTAAGTGGTCTCGTTAT-ATGG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC----GCA--TCTAGATAA
gi|22123 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22167 : gacaACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22124 : ACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC----ACG--TCTAGGTAA
gi|22121 : gacaACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC----ACA--TTTAGTTAA
gi|22151 : gacaACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22126 : gacaACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22152 : gacaACACATTTGGTTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCAACAAC----ACG--TTTAGGTAA
gi|22157 : gacaACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-A-GG-T-CACT-TC--GGCCT-CTTGGCAAC----ACA--TTTAGGTAA
gi|22134 : acaACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-AGGG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC----ACA--TTTAGGTAA
gi|22170 : gacaCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22171 : CATCTAGGTAAATATTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-TTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22169 : CATGTAGGTAAATTGAAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TC--GACCT-CTCGGCCAT----GCA--TCTAAGTAA
gi|22173 : aCTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22172 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TT--GACCT-CTCGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22165 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCGACCAC----ACA--TTTAGGTAA
gi|22168 : acatgtaTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCCACCAC----ACA--TCTAGGTAA
gi|22119 : acatgtaGGCCAC----GCA--TCTAGGTAA
gi|22122 : GGCCAC----GCA--TCTAGGTAAatggtaagcggtcgacacaggtcctcgacctctcagccacgcatctacat
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 1 2 00 2 00 0 11 2222
lowQualScore : . . . . . .. . .. . .. ....
lowQualScore : 5 1 9 1 7 88 2 88 5 55 4444
consensus : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
Reference ( family-379 ) : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22101 : GACCACGCATCTAGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22102 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22103 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAAGTAA
gi|22104 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22105 : GGCCACGCACCTAGGTAAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCTGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22106 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22107 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAGTTAA
gi|22108 : GGCCATGCATCTAGTTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22109 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGCGGTCTCGTCAC-A-GT-C-C--C-TC--TACCT-CTCGGCAAC--GCA----TCTACGTAA
gi|22110 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--G-TC--GACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22111 : GACCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22112 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22113 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22114 : GGCCATGCATCTAGGTAAACCGTAATTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGT
gi|22115 : GACCACACGTATAGGTAAATGGTAAATGGACTCGACAG-G-GG-C-C--CTTC--GACCT-CTCGGCCAC--GTT----TATAGATAA
gi|22116 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TTTAGGTAA
gi|22117 : GGCCACGCATCTAGGTTAATGGTTAGTGGTTTCGACAC-A-AG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22118 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGTGGTCTTG--AC-A-GG-C-C--T-TC--GACCT-CTAGGCAAC--GCA----TCTAAATAA
gi|22119 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGGTC--GACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCAGCCAC--GCA----TCTA
gi|22120 : GGCCACGCAATTAGGTCAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCAGCCTG--GCA----TCTAGGTAAcat
gi|22121 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTAGTTAA
gi|22122 : gacaGGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGG--TCGACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTA
gi|22123 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22124 : gacaACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22125 : gacaGACCACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCGA--GCG----TCTAGGTAA
gi|22126 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22127 : gacaGGCCATGCATCTAGGTAAATGGTTAGCAGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22128 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGGT--TTGATATCGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22129 : GGCCACAAATCTAAGTAAATGGAAAGCGGGGTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TT--GA-TT-CTCGGCCAC--GCA----CCTAGGTAAaaatataa
gi|22130 : GACCGAGCGTCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-ATTGACCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22131 : GGCCATGCATCTAAGTAAATCGTAAGCGATC--AACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--AAA----TCTAAGTAA
gi|22132 : GGCCACGTTTATAGATAAATGGCTGGTAATTTCAACAC-A-GG-C-C--C-TA--GACCT-CACGGCCAC--GCA----TCTAGATAA
gi|22133 : GGCCACGCATCTAGGTGAATGGAAAATGGTCTCGTCTA-A-GG-C-T--C-TC--GACCTCCTAGGTCA
gi|22134 : ACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-AGGG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22135 : gacaGACCACGCATCTTGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22136 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22137 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22138 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22139 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22140 : GGCCGCACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--T-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22141 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTTGGCCAC--GCA----TCTAAGTAA
gi|22142 : GGCCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCGC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22143 : GGCCTCGCATCTAGGTAA-TGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22144 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCTG--GCA----TCTAGGTAA
gi|22145 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGGCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22146 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22147 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GA-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22148 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTNNNNNNNNNN----GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22149 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-T-C--G-TC--AACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22150 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTGGTTAA
gi|22151 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22152 : gacaACACATTTGGTTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCAACAAC--ACG----TTTAGGTAA
gi|22153 : gacaGGCCATGCATCTAGGTAAATAGTTAGCGGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC--GCA----TCTTGGTAA
gi|22154 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGAT--TTGATAACGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22155 : GACCAAGCGTCTAGGTAAATGATAAGTGTTCTCGACAC-G-GG-G-C--C-TTTAGACAT-ATTGACCAC--ACG----TCTAGGTAAaaatataa
gi|22156 : CCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCAA--GCG----TCTAGGTAA
gi|22157 : aACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-A-GG-T-CACT-TC--GGCCT-CTTGGCAAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22158 : acaCCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22159 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22160 : CCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCAGCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22161 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--AACCT-CTCAGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22162 : CCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGGTC--GACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTA
gi|22163 : ACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTGA
gi|22164 : ACGCATCTAAATAAACGGTAAGTGGTCTCGTTAT-ATGG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC--GCA----TCTAGATAA
gi|22165 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCGACCAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22166 : acatgtaACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTGA
gi|22167 : ACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22168 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCCACCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22169 : acatgtaCATGTAGGTAAATTGAAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAAGTAA
gi|22170 : aCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22171 : CATCTAGGTAAATATTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-TTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22172 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TT--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22173 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 1 2 00 2 00 0 11 2222
lowQualScore : . . . . . .. . .. . .. ....
lowQualScore : 5 1 9 1 7 88 2 88 5 55 4444
consensus : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
Reference ( family-379 ) : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22101 : GACCACGCATCTAGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22102 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22103 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAAGTAA
gi|22104 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22105 : GGCCACGCACCTAGGTAAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCTGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22106 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22107 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAGTTAA
gi|22108 : GGCCATGCATCTAGTTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22109 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGCGGTCTCGTCAC-A-GT-C-C--C-TC--TACCT-CTCGGCAAC--GCA----TCTACGTAA
gi|22110 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--G-TC--GACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22111 : GACCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22112 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22113 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22114 : GGCCATGCATCTAGGTAAACCGTAATTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGT
gi|22115 : GACCACACGTATAGGTAAATGGTAAATGGACTCGACAG-G-GG-C-C--CTTC--GACCT-CTCGGCCAC--GTT----TATAGATAA
gi|22116 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TTTAGGTAA
gi|22117 : GGCCACGCATCTAGGTTAATGGTTAGTGGTTTCGACAC-A-AG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22118 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGTGGTCTTG--AC-A-GG-C-C--T-TC--GACCT-CTAGGCAAC--GCA----TCTAAATAA
gi|22119 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGGTC--GACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCAGCCAC--GCA----TCTA
gi|22120 : GGCCACGCAATTAGGTCAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCAGCCTG--GCA----TCTAGGTAAcat
gi|22121 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTAGTTAA
gi|22122 : gacaGGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGG--TCGACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTA
gi|22123 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22124 : gacaACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22125 : gacaGACCACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCGA--GCG----TCTAGGTAA
gi|22126 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22127 : gacaGGCCATGCATCTAGGTAAATGGTTAGCAGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22128 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGGT--TTGATATCGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22129 : GGCCACAAATCTAAGTAAATGGAAAGCGGGGTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TT--GA-TT-CTCGGCCAC--GCA----CCTAGGTAAaaatataa
gi|22130 : GACCGAGCGTCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-ATTGACCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22131 : GGCCATGCATCTAAGTAAATCGTAAGCGATC--AACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--AAA----TCTAAGTAA
gi|22132 : GGCCACGTTTATAGATAAATGGCTGGTAATTTCAACAC-A-GG-C-C--C-TA--GACCT-CACGGCCAC--GCA----TCTAGATAA
gi|22133 : GGCCACGCATCTAGGTGAATGGAAAATGGTCTCGTCTA-A-GG-C-T--C-TC--GACCTCCTAGGTCA
gi|22134 : ACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-AGGG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22135 : gacaGACCACGCATCTTGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22136 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22137 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22138 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22139 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22140 : GGCCGCACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--T-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22141 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTTGGCCAC--GCA----TCTAAGTAA
gi|22142 : GGCCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCGC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22143 : GGCCTCGCATCTAGGTAA-TGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22144 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCTG--GCA----TCTAGGTAA
gi|22145 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGGCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22146 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22147 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GA-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22148 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTNNNNNNNNNN----GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22149 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-T-C--G-TC--AACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22150 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTGGTTAA
gi|22151 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22152 : gacaACACATTTGGTTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCAACAAC--ACG----TTTAGGTAA
gi|22153 : gacaGGCCATGCATCTAGGTAAATAGTTAGCGGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC--GCA----TCTTGGTAA
gi|22154 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGAT--TTGATAACGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22155 : GACCAAGCGTCTAGGTAAATGATAAGTGTTCTCGACAC-G-GG-G-C--C-TTTAGACAT-ATTGACCAC--ACG----TCTAGGTAAaaatataa
gi|22156 : CCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCAA--GCG----TCTAGGTAA
gi|22157 : aACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-A-GG-T-CACT-TC--GGCCT-CTTGGCAAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22158 : acaCCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22159 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22160 : CCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCAGCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22161 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--AACCT-CTCAGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22162 : CCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGGTC--GACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTA
gi|22163 : ACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTGA
gi|22164 : ACGCATCTAAATAAACGGTAAGTGGTCTCGTTAT-ATGG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC--GCA----TCTAGATAA
gi|22165 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCGACCAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22166 : acatgtaACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTGA
gi|22167 : ACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22168 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCCACCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22169 : acatgtaCATGTAGGTAAATTGAAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAAGTAA
gi|22170 : aCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22171 : CATCTAGGTAAATATTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-TTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22172 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TT--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22173 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
blockSeqs : T A G C A T AA CATG
blockSeqs : T A G C A T AA CATG
blockSeqs : A . G . A T . .
blockSeqs : T . G . A T . .
blockSeqs : T . G . A . . .
blockSeqs : T . G . . . . .
blockSeqs : T . G . . . . .
blockSeqs : T . G . . . . .
blockSeqs : T . T . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : N . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
finalCons : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 1 2 00 2 00 0 11 2222
lowQualScore : . . . . . .. . .. . .. ....
lowQualScore : 5 1 9 1 7 88 2 88 5 55 4444
consensus : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
Reference ( family-379 ) : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGNCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22101 : GACCACGCATCTAGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22102 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22103 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAAGTAA
gi|22104 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22105 : GGCCACGCACCTAGGTAAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCTGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22106 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22107 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAGTTAA
gi|22108 : GGCCATGCATCTAGTTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22109 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGCGGTCTCGTCAC-A-GT-C-C--C-TC--TACCT-CTCGGCAAC--GCA----TCTACGTAA
gi|22110 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--G-TC--GACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22111 : GACCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22112 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22113 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22114 : GGCCATGCATCTAGGTAAACCGTAATTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGT
gi|22115 : GACCACACGTATAGGTAAATGGTAAATGGACTCGACAG-G-GG-C-C--CTTC--GACCT-CTCGGCCAC--GTT----TATAGATAA
gi|22116 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TTTAGGTAA
gi|22117 : GGCCACGCATCTAGGTTAATGGTTAGTGGTTTCGACAC-A-AG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22118 : GGCCACGCATCTAGATAAATGGTAAGTGGTCTTG--AC-A-GG-C-C--T-TC--GACCT-CTAGGCAAC--GCA----TCTAAATAA
gi|22119 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGGTC--GACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCAGCCAC--GCA----TCTA
gi|22120 : GGCCACGCAATTAGGTCAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCAGCCTG--GCA----TCTAGGTAAcat
gi|22121 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTAGTTAA
gi|22122 : gacaGGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGG--TCGACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTA
gi|22123 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22124 : gacaACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22125 : gacaGACCACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCGA--GCG----TCTAGGTAA
gi|22126 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22127 : gacaGGCCATGCATCTAGGTAAATGGTTAGCAGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22128 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGGT--TTGATATCGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22129 : GGCCACAAATCTAAGTAAATGGAAAGCGGGGTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TT--GA-TT-CTCGGCCAC--GCA----CCTAGGTAAaaatataa
gi|22130 : GACCGAGCGTCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-ATTGACCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22131 : GGCCATGCATCTAAGTAAATCGTAAGCGATC--AACAC-A-GG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--AAA----TCTAAGTAA
gi|22132 : GGCCACGTTTATAGATAAATGGCTGGTAATTTCAACAC-A-GG-C-C--C-TA--GACCT-CACGGCCAC--GCA----TCTAGATAA
gi|22133 : GGCCACGCATCTAGGTGAATGGAAAATGGTCTCGTCTA-A-GG-C-T--C-TC--GACCTCCTAGGTCA
gi|22134 : ACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-AGGG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22135 : gacaGACCACGCATCTTGGTAAATGTTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22136 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-TTCGGCCAT--GCA----TCTAGGTAA
gi|22137 : GGCCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22138 : GACCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22139 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22140 : GGCCGCACATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--T-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22141 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTTGGCCAC--GCA----TCTAAGTAA
gi|22142 : GGCCACGCATCTAAGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCGC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22143 : GGCCTCGCATCTAGGTAA-TGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22144 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-C-C--C-TC--GATCT-CTCGGCCTG--GCA----TCTAGGTAA
gi|22145 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGGCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22146 : GACCACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACTT-CTTGGCCAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22147 : GGCCACGCATCTAGGTAAATAGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GA-C-C--C-TC--GAGCT-CTCGTCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22148 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTNNNNNNNNNN----GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22149 : GGCCATGCATCTACCTAAATGGTAAGTGGTCTTGTCAC-A-GG-T-C--G-TC--AACCT-CTCGACCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22150 : GGCCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-A-GG-CAC--T-TC--GGCCT-CTTGACAAC--ACA----TTTGGTTAA
gi|22151 : ACACGTCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCACAAGTACATGTATAGGTAA
gi|22152 : gacaACACATTTGGTTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GGCC-C--C-TC--AACTT-CTCAACAAC--ACG----TTTAGGTAA
gi|22153 : gacaGGCCATGCATCTAGGTAAATAGTTAGCGGTC--GACAC-T-GG-T-C--C-TC--GACCT-GTCGACCAC--GCA----TCTTGGTAA
gi|22154 : GACCACAGGTCTTGGTAAATGAT--TTGATAACGGCCC-A-GT-CAC--T-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----
gi|22155 : GACCAAGCGTCTAGGTAAATGATAAGTGTTCTCGACAC-G-GG-G-C--C-TTTAGACAT-ATTGACCAC--ACG----TCTAGGTAAaaatataa
gi|22156 : CCACACATCTAGGTAAATGGTAAGTGTTCTCGACAC-AGGG-C-C--T-TC--GACAT-CTTGACCAA--GCG----TCTAGGTAA
gi|22157 : aACACGTTTAGGTAAATGGTATTTGGGATCGACAC-A-GG-T-CACT-TC--GGCCT-CTTGGCAAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22158 : acaCCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22159 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22160 : CCACGCATCTAGGTAAATGGAAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GAGCT-CTCAGCCTC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22161 : CCTCGCATCTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-T--C-TC--AACCT-CTCAGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22162 : CCACGCATCTAGGTAAATGGTAAGCGGTC--GACAC-A-TG-T-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTA
gi|22163 : ACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTGA
gi|22164 : ACGCATCTAAATAAACGGTAAGTGGTCTCGTTAT-ATGG-C-C--C-TC--GACCT-ATCGGCCAC--GCA----TCTAGATAA
gi|22165 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCGACCAC--ACA----TTTAGGTAA
gi|22166 : acatgtaACGCATCTACGTAAATGGTAAGTGGTCTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTGA
gi|22167 : ACACATTTAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACAA-A-GG-C-C--CTTC--AACTT-CTCGACAAC--ACG----TCTAGGTAA
gi|22168 : TAGGTAAATGGTAAGTGGTCTCGACACAA-GG-C-A--T-TC--GACTT-CTCCACCAC--ACA----TCTAGGTAA
gi|22169 : acatgtaCATGTAGGTAAATTGAAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-C-G--T-TC--GACCT-CTCGGCCAT--GCA----TCTAAGTAA
gi|22170 : aCATCTAGGTAAATGGTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22171 : CATCTAGGTAAATATTAAGTGATCTCGTCAC-A-GG-T-C--C-TC--TACCT-TTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22172 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TT--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA
gi|22173 : CTAGGTCAATGGTAAGTGGTTTCGTCAC-A-GG-C-C--C-TC--GACCT-CTCGGCCAC--GCA----TCTAGGTAA