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lowQualScore                  :      000                       8                   222222  9  9 0   0000 4     7         5555555  888    4 1  1     2 999 4 777777 33 2 2 5555555 333          3    11111      0  88  4          88        88 3        4 5 11 3   3  5 111111 1 3333  444444  2    000000000 1  44  66 1            77777777777777777   33                                0  
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Reference ( gi|99389 )        : ACTTT--GGAGATTCGAACCCACGGCCCCTGGGGCGTCAGCGCCTAGCACA------TT-AA-T-GAC----GCCGTCTTTACCGACTG------CGC---CACCAC-AA-CAACG-C---C-A------A--A-A-A---C-A-T---TGCGCAAATA-GCGC-----ATATAT-TG--GCATCGCCATTAA--TGTACACA--G-GACATAGGCG-G--G-TAT-TA-TA-----A-T----AT---T--TACATTCA---A----TATT--TT--G-TATTATTCCTAC-----------------TTTAAATGACTCAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTTTT
gi|99390                      : ACTTT--GGAGATTCAAACCCACGGCCCCTGCGGCGTCAGCGCCTAGCACA------TT-AA-T-GAC----GACGTCTCTATCGACTG------CGC---CACCGC-AA-CAACG-C---CTA------A--A-A-A---C-A-T---TACGCAAATA-GCGC-----ATAAAT-TG--GCGTCGCAATTAA--TGTACACA--G-GACACAGGCG-G--G-TAT-TA-TA-----A-C----AT---T--TACATTCA---A----TATT--CT--G-TATTATTCCTAC-----------------TTTAAATGACTCAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99392                      : ACTTT--GGAGATTCGAACCCACGGCCCATGCGGCGTCAGCGCCTAGCACA------TA-AA-T-GAC----GTCGTCTCTATAGACTG------CGC---CACCGC-AA-CAACG-C---C-AT-----A--A-A-A---C-G-T---TGCGCAAATA-GCGC-----ATATAT-TG--GCGTCGCCATTAA--TGTACACA--G-AACATAGGCG-G--G-TAT-TA-TT-----A-T----GT---A--TACATTCT---A----TATT--TT--G-TATTATTCCTACTTTAAATGACTCAGTGGTTTAAATGACTCAGTGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
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gi|99423                      :   TTT--GGATATTCGAACTCACGGCCCCTGCCGTGTCAGCGCCTAGCACA------TT-AA-T-GAC----GACGTCTCTACCAACGG------CGC---CACAAC-AA-CAACG-C---A-A------A--A-A-AAACC-G-T---TGCGCAAATA-GTGC-----ATATAT-TG--GTGTTTCCATTAA--TGTACACA--G-GACATACGCT-G--G-TAT-TA-TT-----A-T----AT---C--TACATTCA---A----TATT--TT--G-TATTATTCCTAC-----------------TTTAAATGACCCAATGGAAAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99425                      :   TTC--GGA-ATTCGAACCCAAGGTCCTTTCGGCGTCAGCGCTAAGCACA------AT-AA-C-GAC----AACGTCTCTACCAATTG------CGC---CACCA
gi|99424                      :   TTT--GGAGATTCGAACCCACGGCCCCTGCGGCGTCAGCGCCTA
gi|99426                      :    TT--CGATATTCGAACCCACATCCCCTACGGCGTCAGCGCCTAGCACA------TT-AA-T-GAC----GACGTTTCTACCGACTGCGCCACCGC---CACCGC-AA-CAGCG-C---CTA------A--A-A-A---T-A-T---TGGGCAAATA-ACGC-----ATATAT-TG--GCGTCGCAATAAT--TGTACACA--A-GACATAGGCG-G--G-TAT-TA-T--------T----A----T--TATATTAA---A-----ATT--
gi|99427                      :         GAGATTCGAACCCACGGCCCCTGCGGTGTCAGCGCCTAGCACA------TA-AA-T-GAC----GACGTTTCTACCGACTA------CGC---CACCGC-AA-CAACG-T---CAA------A--A-A-A---C-A-T---TGCGCAAATA-GCGC-----ATATAC-TG--GCATCGCTATTAA--TGTACACA--G-GACATAGGCG-G--G-TAT-TA-TT-----A-T----AT---T--T-CATTCA---A----TATT--TT--G-TATTATTCCTAC-----------------TTTAAATGACTGAATCGAGAGGAGTGACACATGTCTTATTc
gi|99428                      :         GGGATTTGAACCAACCACCCCTATGGCATCGGTGTCTTGCACA------TT-AA-T-GACAATTATAATCTCTACCAACTG------TGC---TACCAC-AA-CAACA-A---C-A------AC-A-G-A---C-A-T---TACACAA-------------GTATAT-TG--ACATTGAC-TTAA--AGTA
gi|99429                      :          AGTTTCGGACCCACGGCCCCTGCAGCGTCAGCGCCTAGCACA------TT-AA-T-GAC----GACGTCTCTACTGACTG------CGC---CACCGC-AA-CAACG-C---C-A------A--A-A-A---
gi|99430                      :           GATTCGAACCCACGGCCCCTGCGTCATCAGCCCCTAGCAAA------TT-TA-C-GAT----GACATCacttt
gi|99431                      :              TTGAACCTAACACCCATGCGGCGCCAGCGAATAGCGCA------CTGAA-T-T-C----GAAGTGTCCACCAACTG------CCC---TATCAC-AGGTAACG-T---------------A-A-A---C-A-TCTTTGTG-AAATGTGTGA-----ATACAT-TG--GCACTAACA-TAAGCTGTACA-A--GTGTCATAGG-G-G--T-TAC-TATTA-----T-T----AT---T--TG---TCA---AT---TGTT--TT--GCTATAATT
gi|99432                      :                   CCCACGGCCCCTGCGACGTTGGCGCATGGCACA------TT-AA-T-GAC----GACGTCTCTATCGACTG------TAC---CACTGC-AA-CAACG-C---C-A------A--A-A-AAAGC-A-T---TGCACTAATA-GCAT-----ATATAT-
gi|99433                      :                       CGGTCCCTGTGGTGTCAGC--TTA--ACG------TT-AC-T-AGT----GACGTCTC-ACCGACTG------CGC---TACCAC-CT-TAACG-C---C-A------A--A-A-
gi|99436                      :                                    GTCAGCGCCAGGCACACCAACTTT-AA-T-----------GTCTCTAGCAAATG-------AT---TACTGC-AA-CAATG-C---C-A------A--T-A-A---CTG-T---TGTACAAACG-GCAG-----TTATAT-TA--AAATCACAATTAC--TGTAGATG--A-AGTATAGGGA-GTTG-TAT-T
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gi|99439                      :                                                                                                                                    --A-A-A---C-C-T---TGCGCAAATA---------------T-TG--GCGTCGCCATTAA--TGTACACA--G-GACCTAGGCG-G--G-TAT-TA-T--------T----AT---A--TATGTTT---------TTTT--TT--G-CGTTGTT
gi|99440                      :                                                                                                                                                                     -----ATATATATG--ACGTTTTCATTGA--TTTACACA--G-GGCATAGG-G-A--G-TAT-TA-TC-----ATT----AT---A--TATAT
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Reference ( family-377 )      : ACTTT--GGAGATTCGAACCCACGGCCCCTGC-GGCGTCAGCGCCTAGCACATT-AA-T-GACGAC----GTCTCTACCGACTG------CGCCACCGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-A---C-GTTGCGCAAATA-GCGC-----ATATAT-TG--GCGTCGCCATTAA--TGTACACA--G-GACATAGGCG-G--G-TAT-T---A------TN-A-T----AT---T--TACATTCA---A----TATT--TT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
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gi|99424                      :   TTT--GGAGATTCGAACCCACGGCCCCTGC-GGCGTCAGCGCCTA
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gi|99426                      :    TT--CGATATTCGAACCCACATCCCCTAC-GGCGTCAGCGCCTAGCACATT-AA-T-GACGAC----GTTTCTACCGACTGCGCCACCGCCACCGC-A-ACAGCG-C---CTA------A--A-A-A---T-ATTGGGCAAATA-ACGC-----ATATAT-TG--GCGTCGCAATAAT--TGTACACA--A-GACATAGGCG-G--G-TAT-T---A------TT-A-----------T--TATATTAA---A-----ATT--a
gi|99427                      :         GAGATTCGAACCCACGGCCCCTGC-GGTGTCAGCGCCTAGCACATA-AA-T-GACGAC----GTTTCTACCGACTA------CGCCACCGC-A-ACAACG-T---CAA------A--A-A-A---C-ATTGCGCAAATA-GCGC-----ATATAC-TG--GCATCGCTATTAA--TGTACACA--G-GACATAGGCG-G--G-TAT-T---A------TT-A-T----AT---T--T-CATTCA---A----TATT--TT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------GAATCGAGAGGAGTGACACATGTCTTATTc
gi|99428                      :         GGGATTTGAACCAACCACCCCTAT-GGCATCGGTGTCTTGCACATT-AA-T-GACAATTATAATCTCTACCAACTG------TGCTACCAC-A-ACAACA-A---C-A------AC-A-G-A---C-ATTACACAA-------------GTATAT-TG--ACATTGAC-TTAA--AGTA
gi|99429                      :          AGTTTCGGACCCACGGCCCCTGC-AGCGTCAGCGCCTAGCACATT-AA-T-GACGAC----GTCTCTACTGACTG------CGCCACCGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-A---
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gi|99431                      :              TTGAACCTAACACCCATGC-GGCGCCAGCGAATAGCGCACTGAA-T-T-CGAA----GTGTCCACCAACTG------CCCTATCAC-AGGTAACG-T---A-A------A--C-A-T---C-TTTGTG-AAATGTGTGA-----ATACAT-TG--GCACTAACA-TAAGCTGTACA-A--GTGTCATAGG-G-G--T-TAC-T---A------TT-ATT----AT---T--TG---TCA---AT---TGTT--TT--GCTATAATT
gi|99432                      :                   CCCACGGCCCCTGC-GACGTTGGCGCATGGCACATT-AA-T-GACGAC----GTCTCTATCGACTG------TACCACTGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-AAAGC-ATTGCACTAATA-GCAT-----ATATAT-
gi|99433                      :                       CGGTCCCTGT-GGTGTCAGC--TTA--ACGTT-AC-T-AGTGAC----GTCTC-ACCGACTG------CGCTACCAC-C-TTAACG-C---C-A------A--A-A-
gi|99434                      :                            CCTGC-AG--TCAGCGCCAGGCACACC-AA-C-TTTAAT----GTCTCTAGCAAATG-------ATTACTGC-A-ACAATG-C---C-A------A--T-A-A---CTGTTGTACAAACG-GCAG-----TTATAT-TA--AAATCACAATTAC--TGTAGATG--A-AGTATAGGGA-GTTG-TAT-T---
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gi|99436                      :                            CCTGC-AG--TCAGCGCCAGGCACACC-AA-C-TTTAAT----GTCTCTAGCAAATG-------ATTACTGC-A-ACAATG-C---C-A------A--T-A-A---CTGTTGTACAAACG-GCAG-----TTATAT-TA--AAATCACAATTAC--TGTAGATG--A-AGTATAGGGA-GTTG-TAT-T---
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gi|99438                      :                                                                                 ACTG------CGCCACCGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-A---C-GTTGCACAAATA-GCGC-----AAATAT-TT--GCGTCGCCATTAA--TGTATACACTG-GACA-AGGCG-G--G-TAT-T---A------TT-A-TTGTAAT---T--AGTTTTC---------TTTT--TT--G-TATTATTCCTTC-TTTCTTTGACT-----------------CAATGGAGAGGAGT---ATATGTGTT
gi|99439                      :                                                                                                                            --A-A-A---C-CTTGCGCAA---------------ATAT-TG--GCGTCGCCATTAA--TGTACACA--G-GACCTAGGCG-G--G-TAT-T---A------TT-A-T----A-------TATGTTT---------TTTT--TT--G-CGTTGTT
gi|99440                      :                                                                                                                                                         -----ATATATATG--ACGTTTTCATTGA--TTTACACA--G-GGCATAGG-G-A--G-TAT-T---A------TC-ATT----AT---A--TATAT
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Reference ( family-377 )      : ACTTT--GGAGATTCGAACCCACGGCCCCTGC-GGCGTCAGCGCCTAGCACATT-AA-T-GACGAC----GTCTCTACCGACTG------CGCCACCGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-A---C-GTTGCGCAAATA-GCGC-----ATATAT-TG--GCGTCGCCATTAA--TGTACACA--G-GACATAGGCG-G--G-TAT-T---A------T-TA-T----ATT--T-ACATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
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gi|99426                      :    TT--CGATATTCGAACCCACATCCCCTAC-GGCGTCAGCGCCTAGCACATT-AA-T-GACGAC----GTTTCTACCGACTGCGCCACCGCCACCGC-A-ACAGCG-C---CTA------A--A-A-A---T-ATTGGGCAAATA-ACGC-----ATATAT-TG--GCGTCGCAATAAT--TGTACACA--A-GACATAGGCG-G--G-TAT-T---A------T-TA--------T--T-ATATTAA---A-----ATTa
gi|99427                      :         GAGATTCGAACCCACGGCCCCTGC-GGTGTCAGCGCCTAGCACATA-AA-T-GACGAC----GTTTCTACCGACTA------CGCCACCGC-A-ACAACG-T---CAA------A--A-A-A---C-ATTGCGCAAATA-GCGC-----ATATAC-TG--GCATCGCTATTAA--TGTACACA--G-GACATAGGCG-G--G-TAT-T---A------T-TA-T----ATT--T--CATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------GAATCGAGAGGAGTGACACATGTCTTATTc
gi|99428                      :         GGGATTTGAACCAACCACCCCTAT-GGCATCGGTGTCTTGCACATT-AA-T-GACAATTATAATCTCTACCAACTG------TGCTACCAC-A-ACAACA-A---C-A------AC-A-G-A---C-ATTACACAA-------------GTATAT-TG--ACATTGAC-TTAA--AGTA
gi|99429                      :          AGTTTCGGACCCACGGCCCCTGC-AGCGTCAGCGCCTAGCACATT-AA-T-GACGAC----GTCTCTACTGACTG------CGCCACCGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-A---
gi|99430                      :           GATTCGAACCCACGGCCCCTGC-GTCATCAGCCCCTAGCAAATT-TA-C-GATGAC----ATCacttt
gi|99431                      :              TTGAACCTAACACCCATGC-GGCGCCAGCGAATAGCGCACTGAA-T-T-CGAA----GTGTCCACCAACTG------CCCTATCAC-AGGTAACG-T---A-A------A--C-A-T---C-TTTGTG-AAATGTGTGA-----ATACAT-TG--GCACTAACA-TAAGCTGTACA-A--GTGTCATAGG-G-G--T-TAC-T---A------T-TATT----ATT--T-G---TCA---AT---TGTTTT--GCTATAATT
gi|99432                      :                   CCCACGGCCCCTGC-GACGTTGGCGCATGGCACATT-AA-T-GACGAC----GTCTCTATCGACTG------TACCACTGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-AAAGC-ATTGCACTAATA-GCAT-----ATATAT-
gi|99433                      :                       CGGTCCCTGT-GGTGTCAGC--TTA--ACGTT-AC-T-AGTGAC----GTCTC-ACCGACTG------CGCTACCAC-C-TTAACG-C---C-A------A--A-A-
gi|99434                      :                            CCTGC-AG--TCAGCGCCAGGCACACC-AA-C-TTTAAT----GTCTCTAGCAAATG-------ATTACTGC-A-ACAATG-C---C-A------A--T-A-A---CTGTTGTACAAACG-GCAG-----TTATAT-TA--AAATCACAATTAC--TGTAGATG--A-AGTATAGGGA-GTTG-TAT-T---
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gi|99437                      :                                                                GAT----GTCTGTACCGACTG------AGCCACTGC-A-ACAACG-C---A-T------A--A-A-A---A-GTTGCGCAAATA-GCAC-----ATA----------ATCACCATTTA--TGTACACA--G-GA
gi|99438                      :                                                                                 ACTG------CGCCACCGC-A-ACAACG-C---C-A------A--A-A-A---C-GTTGCACAAATA-GCGC-----AAATAT-TT--GCGTCGCCATTAA--TGTATACACTG-GACA-AGGCG-G--G-TAT-T---A------T-TA-TTGTAATT--A-GTTTTC---------TTTTTT--G-TATTATTCCTTC-TTTCTTTGACT-----------------CAATGGAGAGGAGT---ATATGTGTT
gi|99439                      :                                                                                                                            --A-A-A---C-CTTGCGCAA---------------ATAT-TG--GCGTCGCCATTAA--TGTACACA--G-GACCTAGGCG-G--G-TAT-T---A------T-TA-T----A----T-ATGTTT---------TTTTTT--G-CGTTGTT
gi|99440                      :                                                                                                                                                         -----ATATATATG--ACGTTTTCATTGA--TTTACACA--G-GGCATAGG-G-A--G-TAT-T---A------T-CATT----ATA--T-ATAT
gi|99441                      :                                                                                                                                                         -----ATATACATG--GCGTGTTCATTGA--TTTACACA--G-GGCATA-GTG-A--G-TAT-T---A------T-TA-T----
gi|99442                      :                                                                                                                                                         -----ATATATGTG--ACGTGTTCATTTA--TTTACACA--G-GGCATAGGT--A--G-TAT-T---A------T-TATT----ATA--T-ATATtataaacat
gi|99443                      :                                                                                                                                                                    -TG--ACGTGTTCATTGA--TTTACACA--G-GGCATA-GTG-A--G-TAT-T---A------T-TATT----ATA--T-ACAT
gi|99444                      :                                                                                                                                                                                    AA--TG-ACGCA--G-GATACTGGTG-G--AATTT-T---A------T-TA-T----ATT--T-AACTTC---------TAGTTT--G--GTTATTGCAACGTTTA--TGCTT-----------------CAATGGAGAGCAACGACACATGTCTTATT
gi|99445                      :                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTA--TGACT-----------------CAATGAAGAGGAGTGACACATGTCTT
gi|99446                      :                                                                                                                                                                                          tactatacataaataaattctattt-TATAT---A------TATA-T----ATT--T-ACATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTTAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGCGACACATGTCTTATT
gi|99447                      :                                                                                                                                                                                                                   -TAT-A---A------T-TA-T----ATTGTT-ATTTTCT---A----TTTTTTT-G-TATTATTCCTAC-TTTATATGACT-----------------CAATGGAAAGGAGTGACACAT
gi|99448                      :                                                                                                                                                                                                                                       -T----ATT--A-ACATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTTAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGCGACACATGTCTTATT
gi|99449                      :                                                                                                                                                                                                                    atT-T---A------TATA-T----ATA--T-ATATATAT--A----TATATT--G-TATTGTTCCTAC-TTTGAATGACT-----------------CAATGCAGAGG-GTG
gi|99450                      :                                                                                                                                                                                                                                    -TA-T----ATT--T-ACATTCT---A----TATTTT--G-TACTATTCCTA--TTTAAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99451                      :                                                                                                                                                                                                                 ttgtca-T---A------A-TA-T----ATT--TTAAATTCT---A----T-TTTT--G-TATTATTCCTAC-TATTTATTCCT-----------------CAATCAAGAAGATTAACACATGTCTTATT
gi|99452                      :                                                                                                                                                                                                                            a------T-TA-T----ATT--T-AAATTCT---A----TTTTTT--G-TCTTATTCCTAC-TTTTAATGACT-----------------CAATGGAAAGGAGTGACACATATCTTATT
gi|99453                      :                                                                                                                                                                                                                                    -TA-T----ATA--T-ATATTCA---T----TATTTT--G-CATTATTTCTAC-TTTATATGGCT-----------------CAATGGAGAGAAGTGACACATGTAATATT
gi|99454                      :                                                                                                                                                                                                                                    -TA-T----ATA--T-ATATTCA---T----TATTTT--G-CATTATTTCTAC-TTTATATGGCT-----------------CAATGGAGAGAAGTGACACATGTAATATT
gi|99455                      :                                                                                                                                                                                                                                      A-T----ATA--T-ATATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCTTA-------ATGACT-----------------CAATGGGGAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99456                      :                                                                                                                                                                                                                                      A-T----ATA--T-ACATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTGAATGACT-----------------CAATGGAG
gi|99457                      :                                                                                                                                                                                                                                                --T-ACATTCT---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAATGACCCATGTCTTATT
gi|99458                      :                                                                                                                                                                                                                                  tgtaA-T----AT------CATTCA---T----TGTTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99459                      :                                                                                                                                                                                                                                                --T-ACATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTCAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99460                      :                                                                                                                                                                                                                                                --T-AAATTCA---A----TATTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTTAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGCGACACATGTCTTATT
gi|99461                      :                                                                                                                                                                                                                                                       TTCT---A----TTTTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTTTATGCCT-----------------CAGTTGGAAGGAGTGACACATGTCTTATT
gi|99462                      :                                                                                                                                                                                                                                                           ---A----TTTTTT--G-TGTTATTCCGAC-TTTTTATACCT-----------------CAATGGAGAGGACTGACACTTGTCTTATT
gi|99463                      :                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTT--G-TATTATTCCTAC-TTTAAATGACT-----------------CAATGGAGAGGAGTGACACATGTCTTATT