lowQualScore : 11 11111111
lowQualScore : 88 1 2 00 00 0 11 666 22 99 00 00 222 22222222 11 00 0 0 888
lowQualScore : .. . . .. .. . .. ... .. .. .. .. ... ........ .. .. . . ...
lowQualScore : 33 1 0 44 44 3 77 888 11 99 77 44 222 66666666 00 44 3 6 333
consensus : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGA
Reference ( gi|8662 ) : CTGG--CC-TAAATTCATCAACA-CTTT--GA-GTC--T---G--A--A--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--GTATTGA
gi|8661 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-CTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A-T-----TC--A--G-ACT-CAAA--GTGTTGA
gi|8660 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--G--G-ACT-CAA
gi|8664 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--AA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A-------TC--A--G-ACT-CAAA--tttgttaaaaatttcatattcaaataacat
gi|8708 : CTGGAATC-TTAATTTTTTGACA-TTTT--GA-TCC--C---G--A--G--TC-C---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAttgtaaaaaaagtcatattcaaataatgt
gi|8676 : gaatctcaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--TAA-G--A--A--TC-G---GA--------CTC--G--G-ACT-CAAA--tagtatcta
gi|8666 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTT--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--G--G-ACT-Ctcttacattttt
gi|8689 : CTGGA-CC-TAAATTCATTAACA-TTTT--GA-GTC--T---GC-G--A--TT-TAA-AA-A-T----TTA--G--G-ATT-CAAA--ggataatgttacatccaattt
gi|8674 : CTGGA-CC-TAAATACATCCATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------ATT--A--G-ACC-CAAA--taaaattgattgaactaacatat
gi|8675 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--ttgtcaaaatt
gi|8688 : CTGGA-CC-TAAAATCATCAACA-ATTT--GT-GTC--TAA-G--A--A--TC-G---GA--------CTC--G--G-ACT-CAAA--gtatataaaatttatatt
gi|8693 : CTGGA-CT-TAACTTCATAAAAC-CTTT--GA-GTT--T---A--A--A--AC-TT--AG-A-T-----TC--A--A-ACT-CAAA--Gtcttacatttttgtaaaa
gi|8691 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--tgcagattttgaaatt
gi|8679 : CTGG--ACGTAAACTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--aaaactttaggattcaagtaacattaattaaa
gi|8690 : CTGG--ACATAAACTCATCGAGA--TTT--AA-GTC--T---G--ATAA--TC-----AG-A-T-----TC--A--G-ACT-CAAA--gatt
gi|8695 : CTGGA-CT-TAAATCCA--AACA----------GT---T---G--A--G--TC-T---AA-A-A----CTC--A--G-ACT-CAacttaaa
gi|8684 : CTGGA-CC-TTAATTCATCAATA-ATTT--TA-GTCT-T---G--AG-G--TT-T---GG-A------CTC--T--G-GCT-CAAA--tactcagaatg
gi|8682 : TGG--CA-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--TC-G---GA--------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATCTTctgtaaaagaaaagataagatccagataatat
gi|8663 : ctTGA--TC-TAAATTCATCAATA-TTTT--CA-GTC--T---GA-A--A--TT-T---AG-A------CAC--G--G-ACT-CAAA--ATGTacattttgtaaaaccctgcaaacatacaaatat
gi|8685 : ctTGG--CC-TATATTCATCAATA-ACTT--GA-GTC--T---A--AG-A--TT-C---GG-A------CTT--A--G-GCT-CAAA--caaaaatttaagattcaa
gi|8668 : ctTGA--CA-TAAATTCATCAATA-TTT----A-GTC--A---G--AT-A--TT-C---AG-A------CTC--G--G-ACT-CAAA--
gi|8699 : ctTGG--CC-CTAATTCATCCATC-TCTT--AA-GTC--T---A--A--A--TT-T---TA-G-A----CTC--A--G-ACT-ttgtcaaaaatttcatattcaaataatatatat
gi|8686 : TGA--CC-TAATTTCAGCTATA--TTT--GA-GAG--T---G--AT-A--TA-T---AG-A------CTC--G--G-ACT-CAAA--ATGTtggaattcttgaattttaacattcacata
gi|8704 : ctGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CGC--A--G-ACT-CAAA--ATGTcaaaaatgtcagattcaattaacatctat
gi|8696 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTCT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-ACT-CAAA----ATTGcaaaaacttaagattctattaacatctat
gi|8677 : tgGG--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--TC-G---GA--------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATCTTtcacatatttaatattcaaattacat
gi|8706 : ctgGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AC-A------CTT--A--G-ACT-CAAA--acatttttgtaaaaccgtgtatatatat
gi|8665 : gGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT--AA-GTC--T---GATA--A--TC-G---GA--------CTC--A--G-ACT-TAAA--actgtcaaaaatttcagatttaaataacatctat
gi|8701 : ctgGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--TC-G---GA--------CTA--G--G-ACT-CAAA--A
gi|8680 : gGG--TC-TAAATTGATCAATA-CTTT--GT-GTC--T---G--A--AAAT--T---AG-A------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATcatacatttggtaaaactca
gi|8707 : ctgGA--CC-CAAATTCATCAATA-TTTT--TT-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-ACT-CAAA--Aaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8710 : gGG--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT--GA-GTC--T---G--A--G---------A---------CTT--A--G-ACT-CAAA--Agacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8702 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A--------C--AATG-ACT-CAAA--c
gi|8694 : gGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT--GA-GTC--T---G--A--ttgtcaaatatttaagattcaaataa
gi|8700 : ctgGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--TC-G---GA--------CTC--G--G-GCT-CAAA--ATCTTg
gi|8705 : gGG--CC-TAAATTCATCAATA-GCTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--TC-----AG-A------CTC--T--G-ACT-AAAA--ATAT
gi|8717 : gGG--CC-AATATTCATCAATA-GTTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--T--T---GG-A------CTC--A--G-ACT-CAAG--ATATagcattt
gi|8698 : gGA--CC-TAAATGCTTCAATA-TTTT--GA-GTC--TG--G--G--G--TT-T---AG-A------CCC--A--G-ACT-TTAA--ATGTaatattt
gi|8673 : tgGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATCT--GT-GTC--T---G--A------------AA-A-TTGGACTC--A--G-GCT-CAAA--ATCTTGaaaacaaataagattcaaataa
gi|8672 : ctgGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT--GA-GCC--T---G--AGAA--TC-G---GA--------CTC--A--G-ACT-CAAA--catttttctaaaactcggtatataactatata
gi|8670 : ctgGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT--GA-GCC--T---G--AGAA--TC-G---GA--------CTC--A--G-ACT-CAAA--
gi|8681 : ctgGG--CC-TAAATTCGCCAAAA-TTTT--AA-GTC--CTCGG--G--A--T--T---AA-A-A----TTC--A--G-ACT-CAAA--ATA
gi|8711 : ctgGG--CC-TACATTCATGAATA-TTTT--GA-GTA--T---A--A--AA-TT-T---AG-A------CTC--G--G-ACT-CAAA--ccaaaacctcgaaattcaaataacat
gi|8727 : gGA--CC-TAAATTTATCAATA-ATTT--GA-GTC--T---GAAA--A--TC-G---GA--------CTC--G--G-ACT-GAAT--ATATTttgtcaaatatttaa
gi|8692 : GG--CC-TAGATTCATCAATA-ATTT--GG-GTC--T---G--ATTA--TC-----AA-A------CTT--G--G-ACT-TGAA--ATCTTacatttttgtaaaa
gi|8703 : ctgGA--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--T---G--A--atattt
gi|8720 : gGA--CC-TAAGTTCATAAATA-ATTT--GA-GTC--TGC-G--A--A--TCGT---A---------CTC--A--G-ACT-AAAA--ATCTTgattcggaaacaaaatcttacattttgtaaaacccagtaaacataca
gi|8712 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GT-GTG--T---GT-G--A--TT-T---AG-A------CAC--A--G-ACT-CAAA--acatttttgtaaaactctgtaaacataaaattatat
gi|8721 : gGG--CC-TAGATTTATCAACA-ATTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--T--T---GG-A------CTC--C--G-GTT-CAAA--ttgtcaaaaatgtcattcaaataacatctat
gi|8724 : gGG--CT-TAAATTCATCAAAA-GCTT--CT-GTC--TGA-G--A--A--T--T---GA-A------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATCTTtcttacatttttgtaaaa
gi|8713 : GA--CC-TAAATTCATCAATA-TTT-----------T---G--A--A--TC-T---AAGA-T----TTC-----G-ACT-CGGA--Gatattttacaaatcc
gi|8726 : gGA--CC-CAAATCCATCTATA-ATTT--GA-GTC--TGA-G--A--A--TC-G---GA--------CTC--A--G-ATT-CAAA--catattttcaaacatttgaaattcgtataacgtctat
gi|8719 : GG--CC-TAAATTTACAAATA-ATTT--AA-GAC--T---G--AG-A--TA-T---AG-A------CTC--A--G-AC--CAAA--
gi|8704 : g--CT-TAAGTTT-TTGACA-TTTT--GA-GTC--T---G--C--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAaatgt
gi|8732 : ggacctaaattca--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--T---GAAA--A--TC-G---GA--------CTT--A--G-ACT-CAAA--ATATTattctattaacatctat
gi|8663 : --CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT--GA-GTC--C---G--T--G--TC-T---AA-A-T----TTC--A--G-ACT-GAAA--ATATTGA
gi|8733 : cttgatctaaattca--CC-TAAATTCATCTATA-TTTT--GA-GTCAGA---G--A--A--TC-T---AA--------TTC--A--G-ACT-CAAA--attcaa
gi|8735 : --CT-TAAACT-GTTGACA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----GTC--A--G-GGT-CAGA--CTATTGAttcttacatttttgtaaaa
gi|8716 : ttca--CT-TAAGTTT-TTGACA-ATTT--AA-GTA--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTA--A--G-ACT-CAAC--ATATTGAattcaattaat
gi|8731 : ggatctaattcg--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--T---G--A------------GA-A-TGGTACTT--G--G-ACT-CAAA--ATCTTatttgaataa
gi|8729 : --CT-TAAAT-CTTTGACA-ATTT--TC-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACA-CTAA--ATATTGAacattatgtaaagccctgttaacataca
gi|8729 : cctaaattca--CC-TAAATTCATCAATA-TTTA--GT-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-ACattcaaata
gi|8730 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT--GA-GTC--TCA-A--A--A--TC-G---AA--------CTCG-A--G-ACT-AAAA--TTGTTgaaaattgtcaaagatttaagattcaaata
gi|8718 : --CC-TAAATTCACCAAGC-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G---------AA-A-TGGA-CTC--A--A-ACT-CAAA--Aacattttgtaaaa
gi|8671 : ggc--CC-TAAATTCATCAATATTTTT--TA-GTT--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-GTT-GAAA--ATGTtcgattattt
gi|8669 : ctgaa--CC-TAAATTCATCAATATTTTT--TA-GTT--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-GTT-GAAA--ATGTcccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8709 : ctgaa--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT--GAGGTT--T---A--G--A--T--T---GA-G-C----CTT--A--A-ACT-CAAA--ATGTcccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8683 : gaa--CC-TAAATTGATTAATA-TCTT--GA-GTCA-T---A--G--A--TT-T---AC-A------CTA--A--G-ACT-TAAA--ATGTcaaaaatttcagattcaaat
gi|8714 : ctgaa--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT--GA-GTA--T---T--AAGA--TT-TAAAAA-A-T-----TA--A--G-ATT-CAAA--acaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8737 : gaa--CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TT-T---AG-G-T----C-C--A--G-Ataacatctattttatattcaaataata
gi|8708 : C-TCAATTCATCAATA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---GG-A------CTC--G--G-GAT-CAAA--ATGTattcaaataacatttat
gi|8687 : gaatC-TAAATTGTTCAGTA-TTTT--GA-GCC--T---G--AGAA--TC-----AT-A-T-----TC--A--G-ACT-CAAA--AT-TTGAcaaaaaattaagattccagtagtatcta
gi|8697 : ctgtatC-TGAATTCATCAATA-AATC--GA-ATC--T---G--AGAA--TC-G---GA--------CTC--A--G-ACT-CAAA--Aaaca
gi|8725 : tggacctaaat-TAAATTCATCAACA-TTTT--GA-GTT--T---G--G--G---------A---------CTC--A--G-ACT-CAAA--Actaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8723 : gacg-TAAATTCATCAATG-TTTT--CA-GAC--TTA-G--A--A--T--T---AG-A-T-----TC--A--G-ACT-CAAAACGTACTAAtataaaattattttaagatttaaattacatcta
gi|8660 : ggataAAATTT-TTAACA-AATT--GA-GTC--C---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAaaaaaatactattaaacaaaata
gi|8706 : ctggacctaaattcaAAATTT-TTGACAGTTTT--GA-GTC--T---A--A--G--TG-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAcatattcaaataacat
gi|8667 : ggacctaaattcaAAATTCATCAATG-TTTT--GC-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-ATT-CAAA--cagatttaaataacatctat
gi|8709 : ctgcacAAATTT-TTGACA-TTTT--GA-GTT--T---A--A--G--GC-T---CA-A-T----CTA--A--A-CCT-CAAA--ATATTGAttgtcaaacattaaatattcaaataacat
gi|8668 : gaacctaaattcaAAATTT-TTGACA-ATTT--GA-GTC--C---G--A--G--TC-T---GA-A-T----ATC--T--G-ACT---AA--ATATTGAcagattcaaat
gi|8736 : cttgacataaattcaAAATTT-TTGACA-ATTT--GA-GTC--T---G--A--G---C-T---GA-A-T----CTCA-A--A-ACT-CAcatattcaaataatatatat
gi|8734 : AATT-ATCATTA-TTTT--GA-GTC--T---G--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATcagattcaaataacatctat
gi|8674 : AATT--TTGACA-ATTT--GG-GTC--T---A--A--T--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATGGAcaaatattcaagattcagttaa
gi|8716 : ctggacctaaatacaAATTCGTCAATA-TGTT--GA-GTC--T---T--AG-A--TT-T---AG-A------CTC--A--T-ACT-TAAA--
gi|8735 : ggatctTTCATCAATA-GTCT--GA-CCC--T---G--AC-A--TT-T---AG-A------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATGTttgtcaaaaacttaagatttgaataa
gi|8718 : ATCGA-A-TTTT--GA-GTT--T---G--A--G--TC-C---AT-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--caacagtttaagattcaattaat
gi|8661 : ggccctaaattcaccaagctTCAACA-CTTT--GA-GTC--T---G--A--A--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--GTATTGAtattt
gi|8687 : ctggacctaaattcaTCAA-A-TTTT--GA-GTC--T---G--A--A--TA-T---GA-T-T----CTC--A--G-GCT-CAAA--ATACTGA
gi|8677 : ctgtatctaaattgtAAGA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAaaca
gi|8682 : ctgggcctaaattcaAAGA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAacatttttgtaaaaccgtgtatatatat
gi|8732 : cttggcataaattcaAATA-TTTT--GA-GTC--T---A--A--G--TC-C---GA-T-T----TTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAacattttgtaaaaccctgcaaacatacaaatat
gi|8666 : cctaaattcaAACA-TTATCCGA-GTC--C---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--A-ACT-CAAA--ATATTGA
gi|8700 : ctggacctaaattcaAAGA-TTTT--GA-GCC--C---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAacatccaattt
gi|8731 : gggtctaaattcaAAGA-TTTT--GA-GTC--C---A--A--G--TA-C---CA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGA
gi|8720 : cctaaattcaAAGA-TTTT--TA-GTC--T---G--A--G--TA-C---GA-T-T----CGC--A--G-ACT-CAAA--TTATTacattatgtaaagccctgttaacataca
gi|8730 : ggacctaagttcataAACA-ATTT--TA-GTC--TC--G--A--G--TT-C---GA-T-T----TTG--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAacatttttgtaaaactctgtaaacataaaattatat
gi|8724 : cctaaattcaAAGA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TT-C---AA-T-T----CTC--A--G-ACacattttgtaaaa
gi|8734 : ggcttaaattcatcaaaagcttctATA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATAATGAatattttacaaatcc
gi|8664 : aattaACA-ATTT--GA-GTC--T---G--A-----TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-TAAA--ATATTGAcaaatattcaagattcagttaa
gi|8680 : ctggacctaaattcaATA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-T-T----TTC--A--G-ACA-CAAA--GTATTGAaaaaaaagtcatattcaaataatgt
gi|8667 : ctgggtctaaattgaACA-ATTT--GA-ATC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACG-CAAA--ACATTGAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8702 : ctgcacaaattcaACA-ATTT--GA-GTCATT---G--------TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAcaaacattaaatattcaaataacat
gi|8705 : ggacctaaattcaATA-TTTT--TA-GTC--A---G--A--G--TC-T---GA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAG--CTATTGAcaaatatttaagattcaaataa
gi|8698 : gggcctaaattcaACA-TTTA--AA-GTC--T---G--G--G--TC-T---AA-A-C----CCC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAagcattt
gi|8711 : tggacctaaatgctACA-ATTT--GA-GTC--C---G--A--G--TC-T---AA-A-T----TTT--A--T-ACT-CAAA--ATATTaaaacaaataagattcaaataa
gi|8712 : gggcctacattcatgACA-ATTT--GA-GTC--T---G--T--G--TC-T---AA-A-T----CAC--A--C-ACA-CAAA--ATATTGAcaaatatttaa
gi|8723 : ggacctaaattcaACG-TTTT--GA-GTC--T---G--A--A--TC-T---AA-T-T----CTA--A--G-TCT-GAAA--ACATTGAcaaaaatgtcattcaaataacatctat
gi|8671 : ggatataaattcaACA-TTTT--CA-ACC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--A-ACTAAAAA--ATATTGAactaaaaaaaatactattaaacaaaata
gi|8669 : ctgaacctaaattcaACA-TTTT--CA-ACC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--A-ACTAAAAA--ATATTGAcccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8719 : ctgaacctaaattcaACA-TTTT--TG-GTC--T---G--A--G--TC-T---AT-A-T----CTC--A--G-TCT-TAAA--TTATTcccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8715 : gggcctaaatttacaACA-ATTT--GA-GTG--T---A--A--G--T-------A-A-T----CTC--A--G-ACT-CTAA--ATATTGA
gi|8683 : gaaccgaaatataACA-TTTT--AA-GTC--T---T--A--G--TG-T---AA-A-T----CTA--T--G-ACT-CAAG--ATATTAAcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8686 : ctgaacctaaattgaACA-TTTT--GA-GTC--C---G--A--G--TC-T---AT-A-T----ATC--A--C-TCT-CAAA---TATacaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8707 : cttgacctaatttcagctCA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACA-AAAA--ATATTGAcaaaaatgtcagattcaattaacatctat
gi|8695 : ggacccaaattcaCA-TTCT--GA-GTA--T---G--A--G--TC-T---GA-G-T----TTT--A--G-ACT-CAAacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8696 : ctggacttaaatccaaacagA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAGA--ATATTGA
gi|8701 : tggacctaaattcaA-TTTT--GA-GTC--C---T--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTGTTGAtgtcacatatttaatattcaaattacat
gi|8681 : gggcctaaattcaA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--A--TT-T---TA-A-T----CCCGAG--G-ACT-TAAA--ATTTTGcatacatttggtaaaactca
gi|8693 : ctgggcctaaattcgcA-CTTT--GA-GTT--T---G--A--A--TC-T---AA-G-T----TTT--A--A-ACT-CAAA--Gaccaaaacctcgaaattcaaataacat
gi|8725 : ctggacttaacttcataaaacA-TTTT--GA-GTC--T---G----------------A-G-T----CCC--A--A-ACT-CAAA--ATGTTGAtgcagattttgaaatt
gi|8697 : gacgtaaattcaA-TTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-ATT-CGAT--TTATTGAtataaaattattttaagatttaaattacatcta
gi|8665 : tggacctaaatctgaattcaTTT--AA-GTC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----ATC--A--G-ACT-TAAA--TTGTTGActaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8676 : ctgggcctaaattcaTTT--GA-GTC--C---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTT--A--G-ACT-CAAA--TTATTGA
gi|8689 : ctggacctaaattcaTTT--GA-ATCC-T---A--A--A--TT-TTT-AA-A-T----CGC--A--G-ACT-CAAA--ATGTTAAtcttacattttt
gi|8733 : ctggacctaaattcaTTT--GA-GTC--T---G--A--A--T--T---AG-ATT----CTC--T--G-ACT-CAAA--ATATAGAtaaaattgattgaactaacatat
gi|8672 : cctaaattcaTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-GCT-CAAA--TTATTGAttcttacatttttgtaaaa
gi|8670 : ctgggcccaaaatcaTTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-GCT-CAAA--TTATTGA
gi|8688 : ctgggcccaaaatcaTTT--GA-GTC--C---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTT--A--G-ACA-CAAA--TTGTTGA
gi|8721 : ctggacctaaaatcaTTT--GA-ACC--G---G--A--G--TC-C---AA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTGTTGAtcttacatttttgtaaaa
gi|8685 : gggcctagatttaTTT--GA-GCC--T---A--A--G--TC-C---GA-A-T----CTT--A--G-ACT-CAAG--TTATTGAtcttacatttttgtaaaa
gi|8726 : cttggcctatattcaTTT--GA-ATC--T---G--A--G--TC-C---GA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTATAGA
gi|8690 : gacccaaatccaTTT--GA-GTC--T---G--A--A--TC-T---GA-T-T----ATC--A--G-ACT-TAAA--
gi|8714 : ctggacataaactcatcgagaTTT--GA-ATC--T---T--A--A--TT-TTTTAA-A-T----CTT--A--ATACT-CAAA--CTATTGAacttaaa
gi|8717 : gaacctaaattcaTT--GA-GTC--T---G--A--G--TC-C---AA-T-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--CTATTGAtaacatctattttatattcaaataata
gi|8727 : gggccaatattcaTT--CA-GTC--C---G--A--G--TC-C---GA-T-T----TTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAgatataatattt
gi|8710 : gacctaaattta--GA-TTT--T---G--A--G--TC-T---AA-G-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--CTATTGAtatattacatttttgtaaaa
gi|8737 : gggcctaaattcaTC--T---G--G--A--CC-T---AA-A------CTC--A--G-ACT-CAAA--ATGT
gi|8675 : ---G--A--G--TC-T---AA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAcaaaaatttaagattcaaataacatttat
gi|8703 : ctggacctaaattca--TC-C---GA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--TTATTGAgtatataaaatttatatt
gi|8679 : ggacctaaattcaA-A-T----CTC--A--G-ACT-CAAA--ATATTGAaacaaaatcttacattttgtaaaacccagtaaacataca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8678 ): CTGGACCTATATTCATCAATATCTAGTCTCAGACTCAAAATGTCAAATATTTAAAATTCAAATAACTTACAT
Unaligned ( gi|8722 ): GGACCAAAGTTCATCTATACTTTCGAACCCGAGATCCGAACTCCAGATTCAAAATATAAAATATCTGAAATCCAATCAACAT
Unaligned ( gi|8728 ): GACCAAGATTCATCAAGATTTGAGATTTCTGGGATTTAGACTAAAATGTCAAAAGTTTAATAAGATTCAAATAATAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333
lowQualScore : 88 1 33 0 0 11 22 11 11 55555555555555555 0 11 00 00 11 000
lowQualScore : .. . .. . . .. .. .. .. ................. . .. .. .. .. ...
lowQualScore : 00 1 00 4 4 44 66 00 99 22222222222222222 9 00 66 66 22 888
consensus : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
Reference ( family-367 ) : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
gi|8660 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--
gi|8660 : AAATTT-TTAACA-AATT-GAGT-C--C--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAtttgttaaaaatttcatattcaaataacat
gi|8661 : ctggacctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-CTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGAT-----TC-A--G--ACTC--AA--A---GTGTTGAcatattcaaataacat
gi|8662 : CTGG--CC-TAAATTCATCAACA-CTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---GTATTGA
gi|8663 : TGA--TC-TAAATTCATCAATA-TTTT-CAGT-C--T--GA-A--A--TT-T---AGA-----CAC-G--G--ACTC--AA--A---ATGT
gi|8663 : ct--CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--C--G--T--G--TC-T---AAAT----TTC-A--G--ACTG--AA--A---ATATTGAcaaaaatttaagattcaa
gi|8664 : cttgatctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-AAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA------TC-A--G--ACTC--AA--A---attcaa
gi|8665 : GG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-AAGT-C--T--GATA--A--TC-G---GA------CTC-A--G--ACTT--AA--A---ttgtaaaaaaagtcatattcaaataatgt
gi|8666 : ctgCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTCGGAT--A---ATGTT
gi|8667 : TTT-GAAT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACGC--AA--A---ACATTGAacatccaattt
gi|8668 : ctgcacaaattcaTGA--CA-TAAATTCATCAATA-TTT---AGT-C--A--G--AT-A--TT-C---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---ttgtcaaacattaaatattcaaataacat
gi|8668 : ctAAATTT-TTGACA-ATTT-GAGT-C--C--G--A--G--TC-T---GAAT----ATC-T--G--ACT----A--A---ATATTGAttgtcaaaaatttcatattcaaataatatatat
gi|8669 : cttgacataaattca--CC-TAAATTCATCAATATTTTT-TAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--GTTG--AA--A---ATGTcatattcaaataatatatat
gi|8670 : ctgaaGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT-GAGC-C--T--G--A--GAATC-G---GA------CTC-A--G--ACTC--AA--A---cccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8671 : ctg--CC-TAAATTCATCAATATTTTT-TAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--GTTG--AA--A---ATGT
gi|8672 : ctgaaGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT-GAGC-C--T--G--A--GAATC-G---GA------CTC-A--G--ACTC--AA--A---cccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8673 : ctgGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATCT-GTGT-C--T--G--A------------AAATTGGACTC-A--G--GCTC--AA--A---ATCTTG
gi|8674 : ctgCTGGA-CC-TAAATACATCCATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----ATT-A--G--ACCC--AA--A---catttttctaaaactcggtatataactatata
gi|8674 : TTT-GGGT-C--T--A--A--T--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATGGAttgtcaaaatt
gi|8675 : ctggacctaaatacaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G-----------AT-----TT-A--G--ACTC--ttgtcaaaatt
gi|8675 : A-TTTT-ATAT-A--C--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAgtatataaaatttatatt
gi|8676 : ctggacctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--A--A--G----------AATCGGACTC-G--G--ACTC--AA--A---ttatatt
gi|8677 : GG--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTtcttacattttt
gi|8678 : ctgCTGGA-CC-TATATTCATCAATA-TCT---AGT-C--TCAG--A--C--TC-A---AAAT----GTC-A--AATATTT--AA--A---ATacatttttgtaaaaccgtgtatatatat
gi|8679 : CTGG--ACGTAAACTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--tcaaataacttacat
gi|8680 : GG--TC-TAAATTGATCAATA-CTTT-GTGT-C--T--G--A------------AAATTAGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATatt
gi|8680 : ctgATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AATT----TTC-A--G--ACAC--AA--A---GTATTGAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8681 : ctgggtctaaattgaGG--CC-TAAATTCGCCAAAA-TTTT-AAGT-CCTC--G--G--G--AT-T---AAAA----TTC-A--G--ACTC--AA--A---ATAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8682 : ctgTGG--CA-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTccaaaacctcgaaattcaaataacat
gi|8683 : ct--CC-TAAATTGATTAATA-TCTT-GAGT-CA-T--A--G--A--TT-T---ACA-----CTA-A--G--ACTT--AA--A---ATGTacattttgtaaaaccctgcaaacatacaaatat
gi|8683 : ctgaaACA-TTTT-AAGT-C--T--T--A--G--TG-T---AAAT----CTA-T--G--ACTC--AA--G---ATATTAAacaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8684 : ctgaacctaaattgaCTGGA-CC-TTAATTCATCAATA-ATTT-TAGT-CT-T--G--AG-G--TT-T---GGA-----CTC-T--G--GCTC--AA--A---acaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8685 : TGG--CC-TATATTCATCAATA-ACTT-GAGT-C--T--A--A--GATTC-G---GA------CTT-A--G--GCTC--AA--A---ctgtaaaagaaaagataagatccagataatat
gi|8686 : ctTGA--CC-TAATTTCAGCTATA-TTT--GAGA-G--T--G--AT-A--TA-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---ATGT
gi|8687 : ctTCAA-A-TTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TA-T---GATT----CTC-A--G--GCTC--AA--A---ATACTGAcaaaaatgtcagattcaattaacatctat
gi|8688 : ctgtatctaaattgtCTGGA-CC-TAAAATCATCAACA-ATTT-GTGT-C--T--A--A--GAATC-G---GA------CTC-G--G--ACTC--AA--A---aaca
gi|8689 : CTGGA-CC-TAAATTCATTAACA-TTTT-GAGT-C--T--G--C--GA-TT-TAA-AAAT----TTA-G--G--ATTC--AAATA---AAATTGAtcttacatttttgtaaaa
gi|8690 : CTGG--ACATAAACTCATCGAGA-TTT--AAGT-C--T--G--ATAA--TC-----AGAT-----TC-A--G--ACTC--AA--A---Attgaactaacatat
gi|8691 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--------A------------AAAC----TTT-AG-G--ATTC--AAGTA---ACATTAActtaaa
gi|8692 : GG--CC-TAGATTCATCAATA-ATTT-GGGT-C--T--G--A--T--TA-T---CAAA----CTT-G--G--ACTT--GA--A---ATCTTttaaa
gi|8693 : ctgA-CTTT-GAGT-T--T--G--A--A--TC-T---AAGT----TTT-A--A--ACTC--AA--A---atattt
gi|8694 : ctggacttaacttcataaaaccGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G--tgcagattttgaaatt
gi|8695 : ctgCTGGA-CT-TAAATCCA--AACA--------GT----T--G--A--G--TC-T---AAAA----CTC-A--G--ACTC--A
gi|8695 : A-TTCT-GAGT-A--T--G--A--G--TC-T---GAGT----TTT-A--G--ACTC--AA--tactcagaatg
gi|8696 : ctggacttaaatccaaacagGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTCT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATg
gi|8697 : tgC-TGAATTCATCAATA-AATC-GAAT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATtgtcacatatttaatattcaaattacat
gi|8697 : tggacctaaatA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-C---GATT----CTC-A--G--ATTC--GA--T---TTATTGActaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8698 : tggacctaaatctgaattcaGA--CC-TAAATGCTTCAATA-TTTT-GAGT-C--TG-G--G--G--TT-T---AGA-----CCC-A--G--ACTT--TA--A---ATGTctaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8698 : tgACA-TTTA-AAGT-C--T--G--G--G--TC-T---AAAC----CCC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAaaaacaaataagattcaaataa
gi|8699 : tggacctaaatgctTGG--CC-CTAATTCATCCATC-TCTT-AAGT-C--T--A--A--A--TT-T---TAGA----CTC-A--G--ACTT--GG--A---ATaaaacaaataagattcaaataa
gi|8699 : AAATTCA--AGAA-TTCC-AAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAA----TTT-A--G--ACTT--AA--G---AGATGGAtcttgaattttaacattcacata
gi|8700 : tggccctaattcaGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-G--G--GCTC--AA--A---ATCTTtaacattcacata
gi|8701 : gGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTA-G--G--ACTC--AA--A---AT
gi|8702 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-------C-AATG--ACTC--AA--A---catacatttggtaaaactca
gi|8703 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G-----------AT-----TC-G--G--AAAC--AA--A---ATCTTttgtcaaatatttaagattcaaataa
gi|8704 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CGC-A--G--ACTC--AA--A---ATGTacattttgtaaaacccagtaaacataca
gi|8704 : g--CT-TAAGTTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--C--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAcaaaaacttaagattctattaacatctat
gi|8705 : ggacctaaattcaGG--CC-TAAATTCATCAATA-GCTT-GAGT-C--T--G--A--GAATC-----AGA-----CTC-T--G--ACTA--AA--A---ATATattctattaacatctat
gi|8706 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---ACA-----CTT-A--G--ACTC--AA--A---Aagcattt
gi|8707 : gGA--CC-CAAATTCATCAATA-TTTT-TTGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATctgtcaaaaatttcagatttaaataacatctat
gi|8707 : gA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACAA--AA--A---ATATTGAgacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8708 : ggacccaaattcaCTGGAATC-TTAATTTTTTGACA-TTTT-GATC-C--C--G--A--G--TC-C---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAgacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8709 : gaatctcaattca--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGG-T--T--T--A--G--AT-T---GAGC----CTT-A--A--ACTC--AA--A---ATGTtagtatcta
gi|8710 : gaaGG--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT-GAGT-C--T--G--A--G---------A-------CTT-A--G--ACTC--AA--A---ATcaaaaatttcagattcaaat
gi|8711 : gGG--CC-TACATTCATGAATA-TTTT-GAGT-A--TA-A--A--A--TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---c
gi|8712 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GTGT-G--T--G--T--GA-TT-T---AGA-----CAC-A--G--ACTC--AA--A---ttgtcaaatatttaa
gi|8713 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAAT-C--T--A--A--G-----------AT----TTC----G--ACTC--GG--AGTCATATTttgtcaaaaatgtcattcaaataacatctat
gi|8714 : g--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT-GAGTAT--T--A--A--GA-TT-TAAAAAAT-----TA-A--G--ATTC--AA--A---ttcaaacatttgaaattcgtataacgtctat
gi|8715 : gaa--CC-GAAATATATCAATA-TTTA-GAGT-C--T--G--A--G--AT-T---A-------CTT-A--C--ACTC--AA--A---taacatctattttatattcaaataata
gi|8715 : gaaTTT-GAGT-G--T--A--A--G--T-------AAT----CTC-A--G--ACTC--TA--A---ATATTGAttgtcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8716 : gaaccgaaatata--CT-TAAGTTT-TTGACA-ATTT-AAGT-A--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTA-A--G--ACTC--AA--C---ATATTGAttgtcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8717 : ggatctaattcgGG--CC-AATATTCATCAATA-GTTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATTGGACTC-A--G--ACTC--AA--G---ATATatttgaataa
gi|8717 : gATA-TCTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-C---AATT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---CTATTGAaatattt
gi|8718 : gggccaatattca--CC-TAAATTCACCAAGC-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G---------AAATGGA-CTC-A--A--ACTC--AA--A---ATaatattt
gi|8719 : ggcGG--CC-TAAATTTACAAATA-ATTT-AAGA-C--T--G--A--GA-TA-T---AGA-----CTC-A--G--ACCA--AA--A---ATGTtcgattattt
gi|8720 : gGA--CC-TAAGTTCATAAATA-ATTT-GAGT-C--TGCG--A--A--TCGT---A-------CTC-A--G--ACTA--AA--A---ATCTT
gi|8721 : gGG--CC-TAGATTTATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATTGGACTC-C--G--GTTC--AA--A---acatttttgtaaaactctgtaaacataaaattatat
gi|8722 : gGA--CC-AAAGTTCATCTATA-CTTTCGAAC-C--C--G--A--GA-TC-C---GAAC----TCC-A--G--ATTC--AA--A---ATATtcttacatttttgtaaaa
gi|8723 : g-TTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TC-T---AATT----CTA-A--G--TCTG--AA--A---ACATTGAaaaatatctgaaatccaatcaacat
gi|8724 : ggatataaattcaGG--CT-TAAATTCATCAAAA-GCTT-CTGT-C--T--G--A--GAAT--T---GAA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTcgtactaaaaaaaatactattaaacaaaata
gi|8725 : -TAAATTCATCAACA-TTTT-GAGT-T--T--G--G--G---------A-------CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATatattttacaaatcc
gi|8726 : gacgGA--CC-CAAATCCATCTATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ATTC--AA--A---tataaaattattttaagatttaaattacatcta
gi|8726 : TTT-GAAT-C--T--G--A--G--TC-C---GATT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---TTATAGA
gi|8727 : gacccaaatccaGA--CC-TAAATTTATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A------------AAATCGGACTC-G--G--ACTG--AA--T---ATATT
gi|8729 : --CC-TAAATTCATCAATA-TTTA-GTGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--AC-G--AA--A---ATacatttttgtaaaa
gi|8729 : --CT-TAAAT-CTTTGACA-ATTT-TCGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACAC--TA--A---ATATTGAtgtcaaagatttaagattcaaata
gi|8730 : cctaaattca--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--TCAA--A--A--TC-G---AA------CTCGA--G--ACT---AA--A---ATattcaaata
gi|8731 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATGGTACTT-G--G--ACTC--AA--A---ATCTTtgttacattttgtaaaa
gi|8732 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A------------AAATCGGACTT-A--G--ACTC--AA--A---ATATTacattatgtaaagccctgttaacataca
gi|8733 : --CC-TAAATTCATCTATA-TTTT-GAGT-C--A--G--A--GAATC-T---AA------TTC-A--G--ACTC--AA--A---
gi|8734 : ATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATAATGAttcttacatttttgtaaaa
gi|8735 : aatta--CT-TAAACT-GTTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----GTC-A--G--GGTC--AG--A---CTATTGAcaaatattcaagattcagttaa
gi|8736 : ttcaAAATTT-TTGACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G---C-T---GAAT----CTCAA--A--ACTC--Aattcaattaat
gi|8737 : --CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TT-T---AGGT----C-C-A--G--Acagattcaaataacatctat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8728 ): GACCAAGATTCATCAAGATTTGAGATTTCTGGGATTTAGACTAAAATGTCAAAAGTTTAATAAGATTCAAATAATAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333
lowQualScore : 88 1 33 0 0 11 22 11 11 55555555555555555 0 11 00 00 11 000
lowQualScore : .. . .. . . .. .. .. .. ................. . .. .. .. .. ...
lowQualScore : 00 1 00 4 4 44 66 00 99 22222222222222222 9 00 66 66 22 888
consensus : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
Reference ( family-367 ) : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
gi|8660 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--
gi|8660 : AAATTT-TTAACA-AATT-GAGT-C--C--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAtttgttaaaaatttcatattcaaataacat
gi|8661 : ctggacctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-CTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGAT-----TC-A--G--ACTC--AA--A---GTGTTGAcatattcaaataacat
gi|8662 : CTGG--CC-TAAATTCATCAACA-CTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---GTATTGA
gi|8663 : TGA--TC-TAAATTCATCAATA-TTTT-CAGT-C--T--GA-A--A--TT-T---AGA-----CAC-G--G--ACTC--AA--A---ATGT
gi|8663 : ct--CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--C--G--T--G--TC-T---AAAT----TTC-A--G--ACTG--AA--A---ATATTGAcaaaaatttaagattcaa
gi|8664 : cttgatctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-AAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA------TC-A--G--ACTC--AA--A---attcaa
gi|8665 : GG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-AAGT-C--T--GATA--A--TC-G---GA------CTC-A--G--ACTT--AA--A---ttgtaaaaaaagtcatattcaaataatgt
gi|8666 : ctgCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTCGGAT--A---ATGTT
gi|8667 : TTT-GAAT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACGC--AA--A---ACATTGAacatccaattt
gi|8668 : ctgcacaaattcaTGA--CA-TAAATTCATCAATA-TTT---AGT-C--A--G--AT-A--TT-C---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---ttgtcaaacattaaatattcaaataacat
gi|8668 : ctAAATTT-TTGACA-ATTT-GAGT-C--C--G--A--G--TC-T---GAAT----ATC-T--G--ACT----A--A---ATATTGAttgtcaaaaatttcatattcaaataatatatat
gi|8669 : cttgacataaattca--CC-TAAATTCATCAATATTTTT-TAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--GTTG--AA--A---ATGTcatattcaaataatatatat
gi|8670 : ctgaaGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT-GAGC-C--T--G--A--GAATC-G---GA------CTC-A--G--ACTC--AA--A---cccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8671 : ctg--CC-TAAATTCATCAATATTTTT-TAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--GTTG--AA--A---ATGT
gi|8672 : ctgaaGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT-GAGC-C--T--G--A--GAATC-G---GA------CTC-A--G--ACTC--AA--A---cccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8673 : ctgGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATCT-GTGT-C--T--G--A------------AAATTGGACTC-A--G--GCTC--AA--A---ATCTTG
gi|8674 : ctgCTGGA-CC-TAAATACATCCATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----ATT-A--G--ACCC--AA--A---catttttctaaaactcggtatataactatata
gi|8674 : TTT-GGGT-C--T--A--A--T--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATGGAttgtcaaaatt
gi|8675 : ctggacctaaatacaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G-----------AT-----TT-A--G--ACTC--ttgtcaaaatt
gi|8675 : A-TTTT-ATAT-A--C--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAgtatataaaatttatatt
gi|8676 : ctggacctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--A--A--G----------AATCGGACTC-G--G--ACTC--AA--A---ttatatt
gi|8677 : GG--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTtcttacattttt
gi|8678 : ctgCTGGA-CC-TATATTCATCAATA-TCT---AGT-C--TCAG--A--C--TC-A---AAAT----GTC-A--AATATTT--AA--A---ATacatttttgtaaaaccgtgtatatatat
gi|8679 : CTGG--ACGTAAACTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--tcaaataacttacat
gi|8680 : GG--TC-TAAATTGATCAATA-CTTT-GTGT-C--T--G--A------------AAATTAGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATatt
gi|8680 : ctgATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AATT----TTC-A--G--ACAC--AA--A---GTATTGAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8681 : ctgggtctaaattgaGG--CC-TAAATTCGCCAAAA-TTTT-AAGT-CCTC--G--G--G--AT-T---AAAA----TTC-A--G--ACTC--AA--A---ATAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8682 : ctgTGG--CA-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTccaaaacctcgaaattcaaataacat
gi|8683 : ct--CC-TAAATTGATTAATA-TCTT-GAGT-CA-T--A--G--A--TT-T---ACA-----CTA-A--G--ACTT--AA--A---ATGTacattttgtaaaaccctgcaaacatacaaatat
gi|8683 : ctgaaACA-TTTT-AAGT-C--T--T--A--G--TG-T---AAAT----CTA-T--G--ACTC--AA--G---ATATTAAacaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8684 : ctgaacctaaattgaCTGGA-CC-TTAATTCATCAATA-ATTT-TAGT-CT-T--G--AG-G--TT-T---GGA-----CTC-T--G--GCTC--AA--A---acaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8685 : TGG--CC-TATATTCATCAATA-ACTT-GAGT-C--T--A--A--GATTC-G---GA------CTT-A--G--GCTC--AA--A---ctgtaaaagaaaagataagatccagataatat
gi|8686 : ctTGA--CC-TAATTTCAGCTATA-TTT--GAGA-G--T--G--AT-A--TA-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---ATGT
gi|8687 : ctTCAA-A-TTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TA-T---GATT----CTC-A--G--GCTC--AA--A---ATACTGAcaaaaatgtcagattcaattaacatctat
gi|8688 : ctgtatctaaattgtCTGGA-CC-TAAAATCATCAACA-ATTT-GTGT-C--T--A--A--GAATC-G---GA------CTC-G--G--ACTC--AA--A---aaca
gi|8689 : CTGGA-CC-TAAATTCATTAACA-TTTT-GAGT-C--T--G--C--GA-TT-TAA-AAAT----TTA-G--G--ATTC--AAATA---AAATTGAtcttacatttttgtaaaa
gi|8690 : CTGG--ACATAAACTCATCGAGA-TTT--AAGT-C--T--G--ATAA--TC-----AGAT-----TC-A--G--ACTC--AA--A---Attgaactaacatat
gi|8691 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--------A------------AAAC----TTT-AG-G--ATTC--AAGTA---ACATTAActtaaa
gi|8692 : GG--CC-TAGATTCATCAATA-ATTT-GGGT-C--T--G--A--T--TA-T---CAAA----CTT-G--G--ACTT--GA--A---ATCTTttaaa
gi|8693 : ctgA-CTTT-GAGT-T--T--G--A--A--TC-T---AAGT----TTT-A--A--ACTC--AA--A---atattt
gi|8694 : ctggacttaacttcataaaaccGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G--tgcagattttgaaatt
gi|8695 : ctgCTGGA-CT-TAAATCCA--AACA--------GT----T--G--A--G--TC-T---AAAA----CTC-A--G--ACTC--A
gi|8695 : A-TTCT-GAGT-A--T--G--A--G--TC-T---GAGT----TTT-A--G--ACTC--AA--tactcagaatg
gi|8696 : ctggacttaaatccaaacagGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTCT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATg
gi|8697 : tgC-TGAATTCATCAATA-AATC-GAAT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATtgtcacatatttaatattcaaattacat
gi|8697 : tggacctaaatA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-C---GATT----CTC-A--G--ATTC--GA--T---TTATTGActaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8698 : tggacctaaatctgaattcaGA--CC-TAAATGCTTCAATA-TTTT-GAGT-C--TG-G--G--G--TT-T---AGA-----CCC-A--G--ACTT--TA--A---ATGTctaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8698 : tgACA-TTTA-AAGT-C--T--G--G--G--TC-T---AAAC----CCC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAaaaacaaataagattcaaataa
gi|8699 : tggacctaaatgctTGG--CC-CTAATTCATCCATC-TCTT-AAGT-C--T--A--A--A--TT-T---TAGA----CTC-A--G--ACTT--GG--A---ATaaaacaaataagattcaaataa
gi|8699 : AAATTCA--AGAA-TTCC-AAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAA----TTT-A--G--ACTT--AA--G---AGATGGAtcttgaattttaacattcacata
gi|8700 : tggccctaattcaGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-G--G--GCTC--AA--A---ATCTTtaacattcacata
gi|8701 : gGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTA-G--G--ACTC--AA--A---AT
gi|8702 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-------C-AATG--ACTC--AA--A---catacatttggtaaaactca
gi|8703 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G-----------AT-----TC-G--G--AAAC--AA--A---ATCTTttgtcaaatatttaagattcaaataa
gi|8704 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CGC-A--G--ACTC--AA--A---ATGTacattttgtaaaacccagtaaacataca
gi|8704 : g--CT-TAAGTTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--C--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAcaaaaacttaagattctattaacatctat
gi|8705 : ggacctaaattcaGG--CC-TAAATTCATCAATA-GCTT-GAGT-C--T--G--A--GAATC-----AGA-----CTC-T--G--ACTA--AA--A---ATATattctattaacatctat
gi|8706 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---ACA-----CTT-A--G--ACTC--AA--A---Aagcattt
gi|8707 : gGA--CC-CAAATTCATCAATA-TTTT-TTGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATctgtcaaaaatttcagatttaaataacatctat
gi|8707 : gA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACAA--AA--A---ATATTGAgacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8708 : ggacccaaattcaCTGGAATC-TTAATTTTTTGACA-TTTT-GATC-C--C--G--A--G--TC-C---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAgacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8709 : gaatctcaattca--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGG-T--T--T--A--G--AT-T---GAGC----CTT-A--A--ACTC--AA--A---ATGTtagtatcta
gi|8710 : gaaGG--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT-GAGT-C--T--G--A--G---------A-------CTT-A--G--ACTC--AA--A---ATcaaaaatttcagattcaaat
gi|8711 : gGG--CC-TACATTCATGAATA-TTTT-GAGT-A--TA-A--A--A--TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---c
gi|8712 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GTGT-G--T--G--T--GA-TT-T---AGA-----CAC-A--G--ACTC--AA--A---ttgtcaaatatttaa
gi|8713 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAAT-C--T--A--A--G-----------AT----TTC----G--ACTC--GG--AGTCATATTttgtcaaaaatgtcattcaaataacatctat
gi|8714 : g--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT-GAGTAT--T--A--A--GA-TT-TAAAAAAT-----TA-A--G--ATTC--AA--A---ttcaaacatttgaaattcgtataacgtctat
gi|8715 : gaa--CC-GAAATATATCAATA-TTTA-GAGT-C--T--G--A--G--AT-T---A-------CTT-A--C--ACTC--AA--A---taacatctattttatattcaaataata
gi|8715 : gaaTTT-GAGT-G--T--A--A--G--T-------AAT----CTC-A--G--ACTC--TA--A---ATATTGAttgtcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8716 : gaaccgaaatata--CT-TAAGTTT-TTGACA-ATTT-AAGT-A--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTA-A--G--ACTC--AA--C---ATATTGAttgtcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8717 : ggatctaattcgGG--CC-AATATTCATCAATA-GTTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATTGGACTC-A--G--ACTC--AA--G---ATATatttgaataa
gi|8717 : gATA-TCTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-C---AATT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---CTATTGAaatattt
gi|8718 : gggccaatattca--CC-TAAATTCACCAAGC-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G---------AAATGGA-CTC-A--A--ACTC--AA--A---ATaatattt
gi|8719 : ggcGG--CC-TAAATTTACAAATA-ATTT-AAGA-C--T--G--A--GA-TA-T---AGA-----CTC-A--G--ACCA--AA--A---ATGTtcgattattt
gi|8720 : gGA--CC-TAAGTTCATAAATA-ATTT-GAGT-C--TGCG--A--A--TCGT---A-------CTC-A--G--ACTA--AA--A---ATCTT
gi|8721 : gGG--CC-TAGATTTATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATTGGACTC-C--G--GTTC--AA--A---acatttttgtaaaactctgtaaacataaaattatat
gi|8722 : gGA--CC-AAAGTTCATCTATA-CTTTCGAAC-C--C--G--A--GA-TC-C---GAAC----TCC-A--G--ATTC--AA--A---ATATtcttacatttttgtaaaa
gi|8723 : g-TTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TC-T---AATT----CTA-A--G--TCTG--AA--A---ACATTGAaaaatatctgaaatccaatcaacat
gi|8724 : ggatataaattcaGG--CT-TAAATTCATCAAAA-GCTT-CTGT-C--T--G--A--GAAT--T---GAA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTcgtactaaaaaaaatactattaaacaaaata
gi|8725 : -TAAATTCATCAACA-TTTT-GAGT-T--T--G--G--G---------A-------CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATatattttacaaatcc
gi|8726 : gacgGA--CC-CAAATCCATCTATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ATTC--AA--A---tataaaattattttaagatttaaattacatcta
gi|8726 : TTT-GAAT-C--T--G--A--G--TC-C---GATT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---TTATAGA
gi|8727 : gacccaaatccaGA--CC-TAAATTTATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A------------AAATCGGACTC-G--G--ACTG--AA--T---ATATT
gi|8729 : --CC-TAAATTCATCAATA-TTTA-GTGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--AC-G--AA--A---ATacatttttgtaaaa
gi|8729 : --CT-TAAAT-CTTTGACA-ATTT-TCGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACAC--TA--A---ATATTGAtgtcaaagatttaagattcaaata
gi|8730 : cctaaattca--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--TCAA--A--A--TC-G---AA------CTCGA--G--ACT---AA--A---ATattcaaata
gi|8731 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATGGTACTT-G--G--ACTC--AA--A---ATCTTtgttacattttgtaaaa
gi|8732 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A------------AAATCGGACTT-A--G--ACTC--AA--A---ATATTacattatgtaaagccctgttaacataca
gi|8733 : --CC-TAAATTCATCTATA-TTTT-GAGT-C--A--G--A--GAATC-T---AA------TTC-A--G--ACTC--AA--A---
gi|8734 : ATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATAATGAttcttacatttttgtaaaa
gi|8735 : aatta--CT-TAAACT-GTTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----GTC-A--G--GGTC--AG--A---CTATTGAcaaatattcaagattcagttaa
gi|8736 : ttcaAAATTT-TTGACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G---C-T---GAAT----CTCAA--A--ACTC--Aattcaattaat
gi|8737 : --CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TT-T---AGGT----C-C-A--G--Acagattcaaataacatctat
blockSeqs : AA G TT CT CA AT TA ATTTAAAAAAT AT AT
blockSeqs : A A TT A GC A T ATTTAAAAAT G GT
blockSeqs : A . A T CA . G ATTTAGAT . .
blockSeqs : A . C . G . T AAATTGGA . .
blockSeqs : A . C . A . . AAATTAGA . .
blockSeqs : A . T . . . . ATCCGAAC . .
blockSeqs : A . T . . . . AAATCGGA . .
blockSeqs : A . T . . . . AAATCGGA . .
blockSeqs : A . A . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : A . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : A . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : A . A . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : A . A . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTGAAT . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . A . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . A . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . C . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCAAAAT . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTAATT . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTAAAA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TGTAAAT . .
blockSeqs : . . A . . . . ATTCGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TATGATT . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TATCAAA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAGT . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTGAGT . .
blockSeqs : . . A . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . C . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TCCGATT . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAC . .
blockSeqs : . . T . . . . TTTTAGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTAAAA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . A . . . . AATCAGA . .
blockSeqs : . . A . . . . ATTTACA . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . T . . . . TCCAAAT . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTGAGC . .
blockSeqs : . . G . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . T . . . . AATTGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCCAATT . .
blockSeqs : . . T . . . . AAATGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . ATATAGA . .
blockSeqs : . . G . . . . AATTGGA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAATT . .
blockSeqs : . . T . . . . AATTGAA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCGGA . .
blockSeqs : . . G . . . . TCCGATT . .
blockSeqs : . . T . . . . ATTTAGA . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . G . . . . AATGGTA . .
blockSeqs : . . T . . . . AATCTAA . .
blockSeqs : . . T . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . A . . . . TCTAAAT . .
blockSeqs : . . A . . . . TTTAGGT . .
blockSeqs : . A . . . . TTTAGA . .
blockSeqs : . C . . . . TTCAGA . .
blockSeqs : T . . . . TTTACA . .
blockSeqs : G . . . . TTTGGA . .
blockSeqs : T . . . . TATAGA . .
blockSeqs : A . . . . TCAGAT . .
blockSeqs : A . . . . TTTAGA . .
blockSeqs : T . . . . TTTAGA . .
blockSeqs : A . . . . CTGAAT . .
blockSeqs : A . . . . TCGGA . .
blockSeqs : A . . . . TCGTA . .
blockSeqs : A . . . . TCGAA . .
blockSeqs : T . . . . AAAC . .
blockSeqs : T . . . . ATTA . .
blockSeqs : T . . . . TAAT . .
blockSeqs : A . . . . AT . .
blockSeqs : T . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . AT .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
finalCons : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8728 ): GACCAAGATTCATCAAGATTTGAGATTTCTGGGATTTAGACTAAAATGTCAAAAGTTTAATAAGATTCAAATAATAT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333
lowQualScore : 88 1 33 0 0 11 22 11 11 55555555555555555 0 11 00 00 11 000
lowQualScore : .. . .. . . .. .. .. .. ................. . .. .. .. .. ...
lowQualScore : 00 1 00 4 4 44 66 00 99 22222222222222222 9 00 66 66 22 888
consensus : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
Reference ( family-367 ) : CTGG--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGA
gi|8660 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--
gi|8660 : AAATTT-TTAACA-AATT-GAGT-C--C--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAtttgttaaaaatttcatattcaaataacat
gi|8661 : ctggacctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-CTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGAT-----TC-A--G--ACTC--AA--A---GTGTTGAcatattcaaataacat
gi|8662 : CTGG--CC-TAAATTCATCAACA-CTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---GTATTGA
gi|8663 : TGA--TC-TAAATTCATCAATA-TTTT-CAGT-C--T--GA-A--A--TT-T---AGA-----CAC-G--G--ACTC--AA--A---ATGT
gi|8663 : ct--CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--C--G--T--G--TC-T---AAAT----TTC-A--G--ACTG--AA--A---ATATTGAcaaaaatttaagattcaa
gi|8664 : cttgatctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-AAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA------TC-A--G--ACTC--AA--A---attcaa
gi|8665 : GG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-AAGT-C--T--GATA--A--TC-G---GA------CTC-A--G--ACTT--AA--A---ttgtaaaaaaagtcatattcaaataatgt
gi|8666 : ctgCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTCGGAT--A---ATGTT
gi|8667 : TTT-GAAT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACGC--AA--A---ACATTGAacatccaattt
gi|8668 : ctgcacaaattcaTGA--CA-TAAATTCATCAATA-TTT---AGT-C--A--G--AT-A--TT-C---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---ttgtcaaacattaaatattcaaataacat
gi|8668 : ctAAATTT-TTGACA-ATTT-GAGT-C--C--G--A--G--TC-T---GAAT----ATC-T--G--ACT----A--A---ATATTGAttgtcaaaaatttcatattcaaataatatatat
gi|8669 : cttgacataaattca--CC-TAAATTCATCAATATTTTT-TAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--GTTG--AA--A---ATGTcatattcaaataatatatat
gi|8670 : ctgaaGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT-GAGC-C--T--G--A--GAATC-G---GA------CTC-A--G--ACTC--AA--A---cccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8671 : ctg--CC-TAAATTCATCAATATTTTT-TAGT-T--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--GTTG--AA--A---ATGT
gi|8672 : ctgaaGG--CC-CAAAATCATCAATA-ATTT-GAGC-C--T--G--A--GAATC-G---GA------CTC-A--G--ACTC--AA--A---cccaaattcaagattcgaataacatctat
gi|8673 : ctgGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATCT-GTGT-C--T--G--A------------AAATTGGACTC-A--G--GCTC--AA--A---ATCTTG
gi|8674 : ctgCTGGA-CC-TAAATACATCCATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----ATT-A--G--ACCC--AA--A---catttttctaaaactcggtatataactatata
gi|8674 : TTT-GGGT-C--T--A--A--T--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATGGAttgtcaaaatt
gi|8675 : ctggacctaaatacaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G-----------AT-----TT-A--G--ACTC--ttgtcaaaatt
gi|8675 : A-TTTT-ATAT-A--C--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAgtatataaaatttatatt
gi|8676 : ctggacctaaattcaCTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--A--A--G----------AATCGGACTC-G--G--ACTC--AA--A---ttatatt
gi|8677 : GG--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTtcttacattttt
gi|8678 : ctgCTGGA-CC-TATATTCATCAATA-TCT---AGT-C--TCAG--A--C--TC-A---AAAT----GTC-A--AATATTT--AA--A---ATacatttttgtaaaaccgtgtatatatat
gi|8679 : CTGG--ACGTAAACTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--tcaaataacttacat
gi|8680 : GG--TC-TAAATTGATCAATA-CTTT-GTGT-C--T--G--A------------AAATTAGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATatt
gi|8680 : ctgATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AATT----TTC-A--G--ACAC--AA--A---GTATTGAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8681 : ctgggtctaaattgaGG--CC-TAAATTCGCCAAAA-TTTT-AAGT-CCTC--G--G--G--AT-T---AAAA----TTC-A--G--ACTC--AA--A---ATAaaaaaaaaattaatctattaaaaatttaataa
gi|8682 : ctgTGG--CA-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTccaaaacctcgaaattcaaataacat
gi|8683 : ct--CC-TAAATTGATTAATA-TCTT-GAGT-CA-T--A--G--A--TT-T---ACA-----CTA-A--G--ACTT--AA--A---ATGTacattttgtaaaaccctgcaaacatacaaatat
gi|8683 : ctgaaACA-TTTT-AAGT-C--T--T--A--G--TG-T---AAAT----CTA-T--G--ACTC--AA--G---ATATTAAacaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8684 : ctgaacctaaattgaCTGGA-CC-TTAATTCATCAATA-ATTT-TAGT-CT-T--G--AG-G--TT-T---GGA-----CTC-T--G--GCTC--AA--A---acaaaagataatattcaaatagcatcta
gi|8685 : TGG--CC-TATATTCATCAATA-ACTT-GAGT-C--T--A--A--GATTC-G---GA------CTT-A--G--GCTC--AA--A---ctgtaaaagaaaagataagatccagataatat
gi|8686 : ctTGA--CC-TAATTTCAGCTATA-TTT--GAGA-G--T--G--AT-A--TA-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---ATGT
gi|8687 : ctTCAA-A-TTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TA-T---GATT----CTC-A--G--GCTC--AA--A---ATACTGAcaaaaatgtcagattcaattaacatctat
gi|8688 : ctgtatctaaattgtCTGGA-CC-TAAAATCATCAACA-ATTT-GTGT-C--T--A--A--GAATC-G---GA------CTC-G--G--ACTC--AA--A---aaca
gi|8689 : CTGGA-CC-TAAATTCATTAACA-TTTT-GAGT-C--T--G--C--GA-TT-TAA-AAAT----TTA-G--G--ATTC--AAATA---AAATTGAtcttacatttttgtaaaa
gi|8690 : CTGG--ACATAAACTCATCGAGA-TTT--AAGT-C--T--G--ATAA--TC-----AGAT-----TC-A--G--ACTC--AA--A---Attgaactaacatat
gi|8691 : CTGGA-CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--------A------------AAAC----TTT-AG-G--ATTC--AAGTA---ACATTAActtaaa
gi|8692 : GG--CC-TAGATTCATCAATA-ATTT-GGGT-C--T--G--A--T--TA-T---CAAA----CTT-G--G--ACTT--GA--A---ATCTTttaaa
gi|8693 : ctgA-CTTT-GAGT-T--T--G--A--A--TC-T---AAGT----TTT-A--A--ACTC--AA--A---atattt
gi|8694 : ctggacttaacttcataaaaccGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G--tgcagattttgaaatt
gi|8695 : ctgCTGGA-CT-TAAATCCA--AACA--------GT----T--G--A--G--TC-T---AAAA----CTC-A--G--ACTC--A
gi|8695 : A-TTCT-GAGT-A--T--G--A--G--TC-T---GAGT----TTT-A--G--ACTC--AA--tactcagaatg
gi|8696 : ctggacttaaatccaaacagGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTCT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATg
gi|8697 : tgC-TGAATTCATCAATA-AATC-GAAT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ACTC--AA--A---ATtgtcacatatttaatattcaaattacat
gi|8697 : tggacctaaatA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-C---GATT----CTC-A--G--ATTC--GA--T---TTATTGActaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8698 : tggacctaaatctgaattcaGA--CC-TAAATGCTTCAATA-TTTT-GAGT-C--TG-G--G--G--TT-T---AGA-----CCC-A--G--ACTT--TA--A---ATGTctaacattttatcaaaccctgtaaatata
gi|8698 : tgACA-TTTA-AAGT-C--T--G--G--G--TC-T---AAAC----CCC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAaaaacaaataagattcaaataa
gi|8699 : tggacctaaatgctTGG--CC-CTAATTCATCCATC-TCTT-AAGT-C--T--A--A--A--TT-T---TAGA----CTC-A--G--ACTT--GG--A---ATaaaacaaataagattcaaataa
gi|8699 : AAATTCA--AGAA-TTCC-AAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAA----TTT-A--G--ACTT--AA--G---AGATGGAtcttgaattttaacattcacata
gi|8700 : tggccctaattcaGG--TC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-G--G--GCTC--AA--A---ATCTTtaacattcacata
gi|8701 : gGG--CC-TAAATTCATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTA-G--G--ACTC--AA--A---AT
gi|8702 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-------C-AATG--ACTC--AA--A---catacatttggtaaaactca
gi|8703 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G-----------AT-----TC-G--G--AAAC--AA--A---ATCTTttgtcaaatatttaagattcaaataa
gi|8704 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CGC-A--G--ACTC--AA--A---ATGTacattttgtaaaacccagtaaacataca
gi|8704 : g--CT-TAAGTTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--C--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAcaaaaacttaagattctattaacatctat
gi|8705 : ggacctaaattcaGG--CC-TAAATTCATCAATA-GCTT-GAGT-C--T--G--A--GAATC-----AGA-----CTC-T--G--ACTA--AA--A---ATATattctattaacatctat
gi|8706 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--GA-TT-T---ACA-----CTT-A--G--ACTC--AA--A---Aagcattt
gi|8707 : gGA--CC-CAAATTCATCAATA-TTTT-TTGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATctgtcaaaaatttcagatttaaataacatctat
gi|8707 : gA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACAA--AA--A---ATATTGAgacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8708 : ggacccaaattcaCTGGAATC-TTAATTTTTTGACA-TTTT-GATC-C--C--G--A--G--TC-C---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATATTGAgacaaaattttaagatccaaataacatgtat
gi|8709 : gaatctcaattca--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAGG-T--T--T--A--G--AT-T---GAGC----CTT-A--A--ACTC--AA--A---ATGTtagtatcta
gi|8710 : gaaGG--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT-GAGT-C--T--G--A--G---------A-------CTT-A--G--ACTC--AA--A---ATcaaaaatttcagattcaaat
gi|8711 : gGG--CC-TACATTCATGAATA-TTTT-GAGT-A--TA-A--A--A--TT-T---AGA-----CTC-G--G--ACTC--AA--A---c
gi|8712 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GTGT-G--T--G--T--GA-TT-T---AGA-----CAC-A--G--ACTC--AA--A---ttgtcaaatatttaa
gi|8713 : gGA--CC-TAAATTCATCAATA-TTTT-GAAT-C--T--A--A--G-----------AT----TTC----G--ACTC--GG--AGTCATATTttgtcaaaaatgtcattcaaataacatctat
gi|8714 : g--CC-TAAATTCATCAATA-GTTT-GAGTAT--T--A--A--GA-TT-TAAAAAAT-----TA-A--G--ATTC--AA--A---ttcaaacatttgaaattcgtataacgtctat
gi|8715 : gaa--CC-GAAATATATCAATA-TTTA-GAGT-C--T--G--A--G--AT-T---A-------CTT-A--C--ACTC--AA--A---taacatctattttatattcaaataata
gi|8715 : gaaTTT-GAGT-G--T--A--A--G--T-------AAT----CTC-A--G--ACTC--TA--A---ATATTGAttgtcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8716 : gaaccgaaatata--CT-TAAGTTT-TTGACA-ATTT-AAGT-A--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTA-A--G--ACTC--AA--C---ATATTGAttgtcaaatatttaagattcaaatattatctat
gi|8717 : ggatctaattcgGG--CC-AATATTCATCAATA-GTTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATTGGACTC-A--G--ACTC--AA--G---ATATatttgaataa
gi|8717 : gATA-TCTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-C---AATT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---CTATTGAaatattt
gi|8718 : gggccaatattca--CC-TAAATTCACCAAGC-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G---------AAATGGA-CTC-A--A--ACTC--AA--A---ATaatattt
gi|8719 : ggcGG--CC-TAAATTTACAAATA-ATTT-AAGA-C--T--G--A--GA-TA-T---AGA-----CTC-A--G--ACCA--AA--A---ATGTtcgattattt
gi|8720 : gGA--CC-TAAGTTCATAAATA-ATTT-GAGT-C--TGCG--A--A--TCGT---A-------CTC-A--G--ACTA--AA--A---ATCTT
gi|8721 : gGG--CC-TAGATTTATCAACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATTGGACTC-C--G--GTTC--AA--A---acatttttgtaaaactctgtaaacataaaattatat
gi|8722 : gGA--CC-AAAGTTCATCTATA-CTTTCGAAC-C--C--G--A--GA-TC-C---GAAC----TCC-A--G--ATTC--AA--A---ATATtcttacatttttgtaaaa
gi|8723 : g-TTTT-GAGT-C--T--G--A--A--TC-T---AATT----CTA-A--G--TCTG--AA--A---ACATTGAaaaatatctgaaatccaatcaacat
gi|8724 : ggatataaattcaGG--CT-TAAATTCATCAAAA-GCTT-CTGT-C--T--G--A--GAAT--T---GAA-----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATCTTcgtactaaaaaaaatactattaaacaaaata
gi|8725 : -TAAATTCATCAACA-TTTT-GAGT-T--T--G--G--G---------A-------CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATatattttacaaatcc
gi|8726 : gacgGA--CC-CAAATCCATCTATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATCGGACTC-A--G--ATTC--AA--A---tataaaattattttaagatttaaattacatcta
gi|8726 : TTT-GAAT-C--T--G--A--G--TC-C---GATT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---TTATAGA
gi|8727 : gacccaaatccaGA--CC-TAAATTTATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A------------AAATCGGACTC-G--G--ACTG--AA--T---ATATT
gi|8729 : --CC-TAAATTCATCAATA-TTTA-GTGT-C--T--G--A--GA-TT-T---AGA-----CTC-A--G--AC-G--AA--A---ATacatttttgtaaaa
gi|8729 : --CT-TAAAT-CTTTGACA-ATTT-TCGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACAC--TA--A---ATATTGAtgtcaaagatttaagattcaaata
gi|8730 : cctaaattca--CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--TCAA--A--A--TC-G---AA------CTCGA--G--ACT---AA--A---ATattcaaata
gi|8731 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G----------AATGGTACTT-G--G--ACTC--AA--A---ATCTTtgttacattttgtaaaa
gi|8732 : --CC-TAAATTCATCAATA-ATTT-GAGT-C--T--G--A------------AAATCGGACTT-A--G--ACTC--AA--A---ATATTacattatgtaaagccctgttaacataca
gi|8733 : --CC-TAAATTCATCTATA-TTTT-GAGT-C--A--G--A--GAATC-T---AA------TTC-A--G--ACTC--AA--A---
gi|8734 : ATA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----CTC-A--G--ACTC--AA--A---ATAATGAttcttacatttttgtaaaa
gi|8735 : aatta--CT-TAAACT-GTTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TC-T---AAAT----GTC-A--G--GGTC--AG--A---CTATTGAcaaatattcaagattcagttaa
gi|8736 : ttcaAAATTT-TTGACA-ATTT-GAGT-C--T--G--A--G---C-T---GAAT----CTCAA--A--ACTC--Aattcaattaat
gi|8737 : --CT-TAAATTT-TTGACA-TTTT-GAGT-C--T--G--A--G--TT-T---AGGT----C-C-A--G--Acagattcaaataacatctat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8728 ): GACCAAGATTCATCAAGATTTGAGATTTCTGGGATTTAGACTAAAATGTCAAAAGTTTAATAAGATTCAAATAATAT