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Reference ( gi|110018 )       :       TTTTT--TTTTT---T-TA--A-TT-TCA-ATC-A----C-----TGAA--A----A-----GTGA--T--CC-ATTTAATCAC------------CCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110019                     :       TTTTT--TTTGT---T-TA--A-TT-TCA-ATC-A----C-----TGAA--A----A-----GTGA--T--CC-ATTTAATCAC------------CCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|110012                     :      TTTTG--TTTTT---T-TA--G-CTACA-GT--------------A--A----G-----ATGG---C------------CC-GTTTA-TTACCCC-G--T----AATG-GGT-C-TG-C-AG---G--GGTCG----GGACAAT-C-TCGCT-TCAAACCAAACAA
gi|110013                     :       tTTT--TTTTT---T-C-----TTTTA-GCT-ACC-----GT--A--A----G-----GTTG---C------------CT-GTTTA-TTACCCT-G--T----AATG-GGT-G-TG-C-AG---G--GGCCAGGG----CCAT-C-CCGCT-GCAAACCGCACAA
gi|110014                     :          T--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----AA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCT-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCTGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCATACAA
gi|110015                     :        TTT--ATTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACC-----AA--A--A----T-----GAGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-CC---G--GGTCGGGATGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGAACAA
gi|110017                     :         TT--TTTTT---T-AA--A-TTTTA-ACC-ACC------------A----T-----CTGA---TGG----------CC-ATTTATTCACTCC-G--T----AATA-GGT-G-CA-A-GA---A--GGTCAAGGTGG---AT-C-CCTCA-ATGCACCTTACA
gi|110018                     :      TTTTT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110019                     :      TTTTT--TTTGT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110020                     :      TTTAT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110021                     :      TTTTT--TTTTT---TATA--A-CTTCA-ATC-ATT-----TA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCAGGATGCGCCAT-C-TC
gi|110022                     :        tTT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-G-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110023                     :         TT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CC
gi|110024                     :      TTTAT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----AA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCT-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCTGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCATACAA
gi|110025                     :          T--TATTT---T-TG----TTTGA-ACT-ACC-----AT--A--A----G-----GTTG---C------------CC-GTTTATTACCCCC-G--T----AATG-GGA-C-TG-G-AG---G--GGTCGGGGT----CAT-T-CCGCT-GCAAACCGCACA
gi|110026                     :         TT--ATTTT---T-TA--A-TTTCA-ACC-ACC-----AC--C--T----G-----GTAG---T------------CT-ATTTAGTGACTCC-G--T----AATA-GTTAC-CA---GA---A--GGTTAAGGTGGATCAC-C-CATCA-ATGCACCTTACAA
gi|110027                     :      TTTTT--TTTTT---T-AA--A-TTTCA-ATC-ACT-----AA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCT-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGAAGGGCCAT-C-CTTCA-ACAAACCGTACA
gi|110028                     :          T--TTTTT---T-CA--G-TTTCAGATT--CC---------A--A----A-----GTGAAG-T------------CCAATTTATTCTCCCC-G--T----CTCA-TGC-CGTA-T-GAG--G--GGTCGAGGAGGAACATCC-CCTCATACAG--CTTACAA
gi|110029                     :          T--TTTTT---T-CA--G-TTTCA-GAC-TCC---------A--A----A-----ATGAAG-T------------CCAATTTATTCTCTCC-GTCT----CAT--GCT-G-TA-T-GA---GA-GATCGAAGAGGAACAT-C-CC
gi|110030                     :          T--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ACC-ACC-----AA--A--A----G-----GTAG---T------------AC-ATTTGATCACCTC-G--T----AATA-GGT-G-TA-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCcttttacagcttacaa
gi|110031                     :          T--TTTTT---T-TA--A-ATTTA-ACC-ACC------------A----ATTTTTGTAG---T------------CC-ATTTAATCACCCCAG--T----TATG-GGT-G-CA-T-GA---A--GGTCGGGGTGGACAAT-C-CCTCA-AAACACTGTACAAtatacacttgcaa
gi|110032                     :          T--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACC-----AA--A--T----ACATG-GTGA---C------------CA-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TA-T-TA---G--GGTCGGGTGGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110033                     :          T--TGTTT---T-T-----TTCCA-GTT-ACC-----TA--T--T----G-----GTAA---C------------CC-ATTTATTCACCCC-G--TG---AACA-AGT-G-TATT-GT---T--GGTCGGGGTGGGACAT-C-CATCATAC--ACTTTACAA
gi|110034                     :         TT--ATTTT---T-CA--A-TTTCA-ACC-ACC-----AA--ATTA----ATG---GTGA---T------------CC-GTTTATTCACCCC-G--T----CATA-GGT-T-TG-T-GA---G--GGTC---------------CCTCC-ACAAACCTTACA
gi|110037                     :                            -TTTTA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-AGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGCACAA
gi|110038                     :        ttatttTTTT---T-T-----TTTCA-GTC-ACCCATTTGA--A--------------TGA---T------------CC-ATTTCTTCTCCTC-G--T----CCTA-GGT-G-TG-C-GG---G--GGTCGGGGAGGACCAC-C-CCCC
gi|110039                     :              TTTT---T-T-----TTTCA-GTT-ACC-----TA--T--T----G-----ATAA---C------------CC-ATTTATTCACCCC-A--T----GATT-AGT-G-TG-TTGT---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-G-CCACC-GCACACTTTACAActacacccctttcaa
gi|110040                     :         TT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-AAT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110041                     :              TTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCGAT-C-CCTCA-ACAAACTGTACA
gi|110042                     :         TT--ATTTT---T-CA--G-TT--A-ACT-ATT-----G-----------------GTAA---C------------CC-ATTTATTCACCCC-A--TG---AATA-AGT-G-TG-TTGT---G--GGTCAGGATGGGCCAT-C-TCACT-GCAGCCTTTACAA
gi|110043                     :         TT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----AA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-T-TG-T-GA---C--GGTCGGGTGGGGTCTT-C-CC
gi|110044                     :               TTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACC-----AA--ATTA----ATG---GTGA---T------------TC-ATTTTATCACCCA-G--T----CATA-GGT-T-TG-T-GA---T--GGTTGGGATGGACTCT-C-CCTCT-ACAAACCTTACA
gi|110046                     :          T--TTTTT---T-AA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---A--GGTCGGGGTGGGACAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110047                     :                            -TTTGA-GCT-ACC-----AT--A--A----G-----ATGG---C------------CC-GTTTA-TTACCCC-G--T----AATG-GGT-C-TA-C-AG---G--GGTCGGGAT----CAT-C-TCGCT-GCAAACC
gi|110048                     :           tttTTTT---T-TA--G-CTACA-GT--------------A--A----A-----ATGG---C------------CC-GTTTA-TTACCCC-G--T----AATG-GGT-C-TG-C-AG---G--GGTCGGGGT----CAT-C-CCGCT-GCAAACCGCACAA
gi|110051                     :                                                            -----GTGA---C------------TC-ATTTA-TCATCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GG---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCCCA-GCCAACCGTACAA
gi|110052                     :                                                                                         atatgTTACCCC-G--T----AATA-GGT-A-TG-T-AG---G--AGTCGGGGTGGGCAAT-C-CCCTA-ACATACCGTACA
gi|110053                     :                                              tttggtcaccaaat-----GTAA---T------------CC-ATTTCTTCAACC--G--T----CATA-TGT-T-TG-T-AA---G--GGTCGGGGTGGACCAT-C-CTTC--ACAAACCTTACAA


blockSeqs                     :                  AAA A AGCA              AAAAATATG                  TTG ACATTTAGTCAC  A     T         TC CCTG        AC   T T  CAG GA                C      AT
blockSeqs                     :                  .   A AAA               GAAAAGTGA                  GT  TC            A     T         TC G           CG   T T  G   GA                C      AT
blockSeqs                     :                  .   . AG                AAAAATATG                  AG  GG            .     T         TC C           G    T .  G   A                 .      AT
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAACCATG                  AG  .             .     T         .  C           G    . .  G   .                 .      AT
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAATATATG                  .   .             .     T         .  G           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAAATATG                  .   .             .     T         .  G           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAATACATG                  .   .             .     T         .  .           C    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAATTAATG                  .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AG                AAATTAATG                  .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                CATTTGGA                   .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                CATTTGGA                   .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                CATTTGAA                   .   .             .     T         .  .           T    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                CATTTGA                    .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      C 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AATTTTT                    .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                ATTTGA                     .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAATTT                     .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                TTCAG                      .   .             .     T         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                TGGCA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAATG                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AG                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AG                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      G 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GGAAA                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      C 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAAA                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GTAAG                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                TTACA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           A    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AG                TTACA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AG                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                ACAAA                      .   .             .     T         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GTAAG                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAAA                      .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                AAAAT                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AG                GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . AA                TAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     T         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AA                GAAAA                      .   .             .     G         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . AG                AAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . A                 ATAAG                      .   .             .     T         .  .           C    . .  .   .                 .      C 
blockSeqs                     :                  .   . G                 ACCTG                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . A                 AAAAA                      .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      C 
blockSeqs                     :                  .   . A                 AAAAG                      .   .             .     A         .  .           G    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . G                 TATTG                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . .                 GAAAA                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . .                 TATTG                      .   .             .     T         .  .           T    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . .                 GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . .                 GAAAA                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . .                 AAAAA                      .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      T 
blockSeqs                     :                  .   . .                 GAAAA                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . .                 ATAAG                      .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .      A 
blockSeqs                     :                  .   . .                 AAA                        .   .             .     T         .  .           G    . .  .   .                 .      . 
blockSeqs                     :                  .   . .                 AAG                        .   .             .     A         .  .           T    . .  .   .                 .      . 
blockSeqs                     :                  .   . .                 AAA                        .   .             .     A         .  .           T    . .  .   .                 .      . 
blockSeqs                     :                  .   . .                 AAA                        .   .             .     A         .  .           C    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                  .   . .                 AAA                        .   .             .     T         .  .           C    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                  .   . .                 AT                         .   .             .     .         .  .           C    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                  .   . .                 AT                         .   .             .     .         .  .           C    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                                          G                          .   .             .     .         .  .           A    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                                          .                          .   .             .     .         .  .           T    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                                                                     .   .             .     .         .  .           .    . .  .   .                 .        
blockSeqs                     :                                                                     .   .             .     .         .  .           .    . .  .   .                 .        
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gi|110032                     :          T--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACC-----AA--A--T----ACATG-GTGA---C------------CA-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TA-T-TA---G--GGTCGGGTGGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
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gi|110039                     :              TTTT---T-T-----TTTCA-GTT-ACC-----TA--T--T----G-----ATAA---C------------CC-ATTTATTCACCCC-A--T----GATT-AGT-G-TG-TTGT---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-G-CCACC-GCACACTTTACAActacacccctttcaa
gi|110040                     :         TT--TTTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-AAT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
gi|110041                     :              TTTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---G--GGTCGGGGTGGGCGAT-C-CCTCA-ACAAACTGTACA
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gi|110044                     :               TTT---T-TA--A-TTTCA-ATC-ACC-----AA--ATTA----ATG---GTGA---T------------TC-ATTTTATCACCCA-G--T----CATA-GGT-T-TG-T-GA---T--GGTTGGGATGGACTCT-C-CCTCT-ACAAACCTTACA
gi|110046                     :          T--TTTTT---T-AA--A-TTTCA-ATC-ACT-----GA--A--A----A-----GTGA---T------------CC-ATTTAATCACCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GA---A--GGTCGGGGTGGGACAT-C-CCTCA-ACAAACCGTACAA
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gi|110051                     :                                                            -----GTGA---C------------TC-ATTTA-TCATCCC-G--T----AATA-GGT-C-TG-T-GG---G--GGTCGGGGTGGGCCAT-C-CCCCA-GCCAACCGTACAA
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gi|110053                     :                                              tttggtcaccaaat-----GTAA---T------------CC-ATTTCTTCAACC--G--T----CATA-TGT-T-TG-T-AA---G--GGTCGGGGTGGACCAT-C-CTTC--ACAAACCTTACAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|110049 ): TTAAACTACCATTGAGTAGTCAATTTATTCTCCCCGTCACAGGTGTGAGGAAACAGAGGGGAACCACCCTCCTTCATACAGTACAA
Unaligned ( gi|110035 ): TTCTTTTTTTAACCACCACTGGATGGTCCATTTATTCTGGGGGGGGGAGGTGGGGAGGTGGTGGGGGGGACCACCCTCCTTCACACCACACAA
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Unaligned ( gi|110016 ): TCTTTTTTCTTTTTTTAATGACCCGATTATGTTCATCATCACATGGTGGGAAAAGGGTCGGGAACGATCATCCCCTAAAATACCTTACA