lowQualScore                  :                                                                                  111111111            222        
lowQualScore                  :      111    0 0    2  5 111 0 222222 00 1111      0  00 000   0  1111  33 111 1  777777777 0   0 0 1  999        
lowQualScore                  :      ...    . .    .  . ... . ...... .. ....      .  .. ...   .  ....  .. ... .  ......... .   . . .  ...        
lowQualScore                  :      000    5 5    1  4 444 5 444444 77 6666      5  77 999   5  1111  88 444 0  888888888 5   5 5 1  666        
consensus                     : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACT
Reference ( gi|66106 )        : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----C---A-TAT-T-G-AAC-CTGAAAACT
gi|66111                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AA--A---A-AA-----C---A-TAT-T-G-AAC-CTGAAAACT
gi|66118                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-AC----AGA-A---A-AA-----T---A-TAT-T-G-AAA-TTTAAAACT
gi|66108                      : AATTT---TATA-A-TATT-GGCC---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAC-T-G-AAC-ATGAAAACT
gi|66113                      : AATTT---AGTA-A-TCTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GAA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-CTGGAAACT
gi|66131                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----C---A-AAT-T-T-AA
gi|66107                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-GAC-T-G-AAA-ATGAAAACacattaaa
gi|66110                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------C--T----GTTTCC-AT--G---ATT-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAA
gi|66112                      : AATTC---TGTA-A-TGTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-AC----AGA-A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66128                      : AATTT---TATA-T-TTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----T---A-TAT-T-GAAAA-TTGAAATCT
gi|66136                      : AATTT---AGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-AC----AA--A---A-AA-----T---A-TAT-T-T-AA--ATGAAAACT
gi|66126                      : AATTT---AGTG-A-TTTT-GGTC---G-T------T--T----GCTTCT-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-CAT-T-G-AGA-ATGAAAACT
gi|66132                      : AATTT---CGTA-A-TTTG-GGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----TG--A---A-CA-----T---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAATT
gi|66140                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGAT---A-T------T--T----GTTACC-AT--G---GTA-AC----AG------A-AA-----C---A-TAT-TAG-AA
gi|66114                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------A--T----GTTTCA-AT--T---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATGAGAATTatagaact
gi|66121                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-GA---------A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66119                      : AATTT---TGTA-T-TTTTTAGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AA----AG--A---A-GA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATTAAAACT
gi|66120                      : AATTT---CGTA-A-CTTT-TGAT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----TG--A---A-CA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66138                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-G--------T------C--T----GTTTCC-AT--G---GAA-AC----AGA-A---A-AA-----A---A-TAT-G-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66122                      : AATTT---CATG-ACTTTT-TGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-CA-----A---G-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66123                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---G-T------T--T----GTTTCC-CT--T---GTA-GC----AGA-A---A-AA-----A---A-TAT-T-A-ATA-ATGAAAATT
gi|66142                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--C---GTA-AC----AA--A---A-AA-----A---A--A----G-AA----GAAAACT
gi|66133                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T-----TTTTC-AT--G---GTA-AC----AGAAA---A-AA-----A---A-TGT-T-G-ACA-ATAAAAACT
gi|66109                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----TTTTCT---------GTA-TC----AG--A---A-AG-----T---A-TAT-T-A-AAA-ATGAAAACT
gi|66124                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCG---T-T------T--T----GTGTCC-AT--G---GTA-AC----AGA-A---A-AA-----A---A-TAT-T-T-AAA-ATAAAATCT
gi|66115                      : AATTT---TGTT-A-TTAT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-AC----AG--T---A-AA---------A-TGT-T-G-AAA-ATTAAAACT
gi|66151                      : AATTT---TATACA-TTTT-G-TT---A-T------T--T----GTTTCC-ACAAG---GTA-AC----AGA-A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AA--GTAAAAACT
gi|66145                      : AATTT---CTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-AA----AT--A---T-AA-----T---A-TAT-T-G-AAA-ATAAAAAC
gi|66148                      : AAATT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-AC----AG--A---A-AA-----C---A-TAT-T-G-AA
gi|66135                      : AATTT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-AC----AG--T---A-AA-----C---A-TAT-T-G-AAaattaa
gi|66139                      : AATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTCCA-AT--A---GTA-AC----AG--A---A-AC-----A---A-TAT-T-G-GAaattaa
gi|66141                      : AATTT---CATA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAA-T-G-AAA-ATGAAAACaa
gi|66116                      : AATTT---T-TA-A-TTTT-G--T---A-T------T--T----ATTTCC-CT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TTT-T-G-AAA-AT-AAAACT
gi|66129                      : AATTT---TGTA-A-TTAA-GGCT---A-T------T--T----TTTTCCCAT--G---GTA-AC----AG--A---A-TA-----A---A-TAT-T-G-AA
gi|66137                      : AATTC---TTTA-A-TATT-TGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-GC----AG--A---A-AC-----A---A-TAT-T-G-AA--ATGACAACTaatg
gi|66144                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAA-T-G-AAA-ATGAAAAC
gi|66143                      : AATTTGTATGTA-A-TTTT-GACC---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAC-T-G-A
gi|66117                      : AATTT---AGTA-A-TTAT-GGTT---A-T------C--TAAATGTTTCC-AT--G---GAA-AC----AG--A---T-GA-----A---G-TAT-T-G-AAA-ATGAAAGCTcaataaaact
gi|66134                      : AATCT---TATG-A-CTGT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----
gi|66146                      : AATCT---CGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AC--G---ATA-AC----AA--A---A-AAATAATA---A-TAT-T-G-AAaa
gi|66130                      : AAATT---AGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------T--A----GTTTCC-AT--G---GC--AC----AG--A---A-AA-----A---G-TAT-T-T-AAA-ATGGAAACT
gi|66149                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-AT----AG--A---A-AA---------A-TAA-T-G-AAA-ATGAAAAC
gi|66152                      : AATTA---CATA-A-ATTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTTA-AA--G---GTA-AA----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-GAAAA-CTGAAGACT
gi|66147                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---ATT------T--T----TTTTTC-AT--A---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-AATGT-T-AACAATCAAAACT
gi|66127                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GTTTTC-GT--G---ATA-GC----AT--A---A-AA-----TTTGA-TAT-T-G-
gi|66150                      : AATAT---TGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GGGTCC-AT--G---GAA-AC----AG--AAGGA-AA-----A---A-AAA-A-G-AAA-ATGAAAACTtaaatgaa
gi|66125                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----CTTTAC-AT--T---TTA-AC----AG--A---A-AA-----
gi|66153                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-CCCTTCCA-T------T--T----GTATCC-AT--A---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAaaaaataaaaattaaatct
gi|66154                      : AATTT---AATA-A-ATTT-AGCT---A-T------T--T----GTTATC-AT--G---AC--AC----AG--AG--A-AA-----A---A-TAT-T-A-AAA-ATAAAAACTaaaataacaact
gi|66157                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCA---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAT-T-G-AAA-ACGAAAACT
gi|66158                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AT--A---A-AA-----T---A-TAT-T-A-AA
gi|66160                      :  ATTT---GGTT-A-TTTT-CACT---A-TAAA---T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----C---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAattaaatct
gi|66161                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-CAAT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG------A-AA-----C---GTTAT-T-G-TAA-TTGCAAACT
gi|66159                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-G-CT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-AA----G-AA----GAAAACT
gi|66162                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--TT---GATTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----
gi|66156                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-AC----AT--A---A-CA---------A-TAT-T-G-AAA-GTGAATACa
gi|66155                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-AC----AT--A---A-CA---------A-TAT-T-G-AAA-GTGAATAC
gi|66163                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACATTAAA--A---A-AA-----TGA-A-TAT-T-G-AA
gi|66164                      :   TTT---CATA-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAT-T-T-AAA-ATGAAAACT
gi|66165                      :   TTT---TGTA-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TGT-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66166                      :   TTT---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-TAAGTATT--T----GTTTAC-AG--A---GTA-AC----AG--A---T-AA-----T---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAATCT
gi|66167                      :    TT---TGTA-A-CTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----TG--A---A-AA-----A---A-AAA-T-G-AAA-ATAAAAA
gi|66169                      :    TT---TGTT-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---ACA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-TTGAAAACT
gi|66168                      :    TT---TATA-A-CTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--G---GTA-AC----TC--A---A-A----------A-TAT-T-G-AAA-ATGAAACCT
gi|66170                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T--------------GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---ATAA-----A---A-TAT-T-
gi|66171                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T------A--T----GTTCCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---ATAA-----A---A-TAT-T-cataaggaaaggaaagct
gi|66172                      :    TT---TGTT---TTTT-GACT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--CATTGTG-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAcataaggaaaggaaagct
gi|66174                      :     T---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---ACA-AC----AG--A---A-AA-----T---A-TAT-T-A-AAA-ATGAAAATTaatg
gi|66173                      :     T---TGTA-A-TTTT-GGGTA--A-T------TAAT----GTTCCC-AT--A---GAA-AT----AA--A---A-AA-----A---A-T-T-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66175                      :          GCA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCC-CT--G---GTA-AA----AG--A---A-AA-----A---A-TAG-T-A-AAA-ATGAAAACT
gi|66176                      :            A-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----C---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAA
gi|66177                      :            A-A-TTTT-AAT----A-T------T--T----GTTTCC-AT--T---GTTTAC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATAAAAACT
gi|66179                      :             -A-TTT---GCC---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-AT----GG--A---A-AA-----C---A-TAC-T-G-AAA-ATGAAAAC
gi|66178                      :             -A-TTTT-GCCT---A-A------C--T----GTTTCC-AT--G---GCA-CC----AG--A---A-CA-----A---A-TAT-A-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66180                      :               -TTTT-GTCT---A-C------T--T----CTTTCC-AC--G---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAT-T-T-AAA-ATGAAAACT
gi|66182                      :                  TT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----T---A-TAT-C-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66181                      :                  TT-GGCT---A-C------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA---------A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACT
gi|66184                      :                        T---A-A------T--T----GTTTCC-AT--A---GTA-AC----AG--A---A-CA-----A---A-TAC-T-G-AA
gi|66183                      :                            c-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AC----AG--A---A-AA-----A---A-TAT-T-G-AAA-ATGAAAACTaatga





Alignments
lowQualScore                  :      111    0 0    2    000 1 222222 00 1111      0  00 000   0   00 555555 1  33333 0     22222    0 1        
lowQualScore                  :      ...    . .    .    ... . ...... .. ....      .  .. ...   .   .. ...... .  ..... .     .....    . .        
lowQualScore                  :      000    5 5    1    999 0 333333 77 6666      5  77 999   5   77 777777 0  22222 5     66666    5 1        
consensus                     : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
Reference ( family-360 )      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66106                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAC-C-TGAAAACT
gi|66107                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-AGACT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66108                      : AATTT---TATA-A-TATT-GGCC---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATACT-----GAAC-A-TGAAAACT
gi|66109                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----TTTTCT---------GTA-TCA--G--A---A-AG-----T-ATATT-----AAAA-A-TGAAAACT
gi|66110                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------C--T----GTTTCC-AT--G---ATT-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAA
gi|66111                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--A--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAC-C-TGAAAACT
gi|66112                      : AATTC---TGTA-A-TGTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66113                      : AATTT---AGTA-A-TCTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GAA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-C-TGGAAACT
gi|66114                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------A--T----GTTTCA-AT--T---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAGAATT
gi|66115                      : AATTT---TGTT-A-TTAT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G------T-AA-----A-ATGTT-----GAAA-A-TTAAAACT
gi|66116                      : AATTT---T-TA-A-TTTT-G--T---A-T------T--T----ATTTCC-CT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATTTT-----GAAA-A-T-AAAACT
gi|66117                      : AATTT---AGTA-A-TTAT-GGTT---A-T------C--TAAATGTTTCC-AT--G---GAA-ACA--G--A---T-GA-----A-GTATT-----GAAA-A-TGAAAGCT
gi|66118                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----ATATATT-----GAAA-T-TTAAAACT
gi|66119                      : AATTT---TGTA-T-TTTTTAGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AAA--G--A---A-GA-----A-ATATT-----GAAA-A-TTAAAACT
gi|66120                      : AATTT---CGTA-A-CTTT-TGAT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-CA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66121                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ACA--G------A-AG-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66122                      : AATTT---CATG-ACTTTT-TGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-CA-----A-GTATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66123                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---G-T------T--T----GTTTCC-CT--T---GTA-GCA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----AATA-A-TGAAAATT
gi|66124                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCG---T-T------T--T----GTGTCC-AT--G---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TAAAATCT
gi|66125                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----CTTTAC-AT--T---TTA-ACA--G--A---A-AA-----A-AAAAT-----AAAA-A-TTAAATCT
gi|66126                      : AATTT---AGTG-A-TTTT-GGTC---G-T------T--T----GCTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ACATT-----GAGA-A-TGAAAACT
gi|66127                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GTTTTC-GT--G---ATA-GCA--T--A---A-AATTT--G-ATATT-----GTAA-A-TGAA
gi|66128                      : AATTT---TATA-T-TTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATT-----GAAA-ATTGAAATCT
gi|66129                      : AATTT---TGTA-A-TTAA-GGCT---A-T------T--T----TTTTCCCAT--G---GTA-ACA--G--A---A-TA-----A-ATATT-----GAAA-A-TG
gi|66130                      : AAATT---AGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------T--A----GTTTCC-AT--G---GC--ACA--G--A---A-AA-----A-GTATT-----TAAA-A-TGGAAACT
gi|66131                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-AAATT-----TAAACA-TTAAA
gi|66132                      : AATTT---CGTA-A-TTTG-GGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-CA-----T-ATATT-----GAAA-A-TGAAAATT
gi|66133                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T-----TTTTC-AT--G---GTA-ACA--GAAA---A-AA-----A-ATGTT-----GACA-A-TAAAAACT
gi|66134                      : AATCT---TATG-A-CTGT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-A
gi|66135                      : AATTT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-ACA--G--T---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TTAA
gi|66136                      : AATTT---AGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-ACA--A--A---A-AA-----T-ATATT-----T-AA-A-TGAAAACT
gi|66137                      : AATTC---TTTA-A-TATT-TGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-GCA--G--A---A-AC-----A-ATATT-----G-AA-A-TGACAACT
gi|66138                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-G--------T------C--T----GTTTCC-AT--G---GAA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATG-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66139                      : AATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTCCA-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AC-----A-ATATT-----GGAA-A-
gi|66140                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGAT---A-T------T--T----GTTACC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----C-ATATT-----AGAA-A-T-AGAACT
gi|66141                      : AATTT---CATA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66142                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--C---GTA-ACA--A--A---A-AA-----A-A----------AGA-A--GAAAACT
gi|66143                      : AATTTGTATGTA-A-TTTT-GACC---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATACT-----GACA-A-T-AAAACT
gi|66144                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66145                      : AATTT---CTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-AAA--T--A---T-AA-----T-ATATT-----GAAA-A-TAAAAAC
gi|66146                      : AATCT---CGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AC--G---ATA-ACA--A--A---A-AAATAATA-ATATT-----GAA
gi|66147                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---ATT------T--T----TTTTTC-AT--A---GTA-ACA--GAAA---A-AA-----A-ATGTT-----AACA-A-TCAAAACT
gi|66148                      : AAATT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TTAA
gi|66149                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ATA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66150                      : AATAT---TGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GGGTCC-AT--G---GAA-ACA--G--AAGGA-AA-----A-AAAAA-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66151                      : AATTT---TATACA-TTTT-G-TT---A-T------T--T----GTTTCC-ACAAG---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----G-AA-G-TAAAAACT
gi|66152                      : AATTA---CATA-A-ATTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTTA-AA--G---GTA-AAA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-ACTGAAGACT
gi|66153                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-CCCTTCCA-T------T--T----GTATCC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATA--------AAA-A-TAACAACT
gi|66154                      : AATTT---AATA-A-ATTT-AGCT---A-T------T--T----GTTATC-AT--G---AC--ACA--G--AG--A-AA-----A-ATATT-----AAAA-A-TAAAAACT
gi|66155                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACA--T------A-AC-----A-ATATT-----GAAA-G-TGAATAC
gi|66156                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACA--T------A-AC-----A-ATATT-----GAAA-G-TGAATAC
gi|66157                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCA---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-CGAAAACT
gi|66158                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--T--A---A-AA-----T-ATATT------AAA-A-TTAAATCT
gi|66159                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-G-CT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-A----------AAG-A-AGAAAACT
gi|66160                      :  ATTT---GGTT-A-TTTT-CACT---A-TAAA---T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TGAAA
gi|66161                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-CAAT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AC-----G-TTATT-----GTAA-T-TGCAAACT
gi|66162                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--TT---GATTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-
gi|66163                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACATTA--A---A-AAAATG-A-ATATT-----GAA
gi|66164                      :   TTT---CATA-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TGAAAACT
gi|66165                      :   TTT---TGTA-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATGTT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66166                      :   TTT---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-TAAGTATT--T----GTTTAC-AG--A---GTA-ACA--G--A---T-AA-----T-ATATT-----GAAA-A-TGAAATCT
gi|66167                      :    TT---TGTA-A-CTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-AA-----A-AAAAT-----GAAA-A-TAAAAA
gi|66168                      :    TT---TATA-A-CTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--G---GTA-AC------T---C-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAACCT
gi|66169                      :    TT---TGTT-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---ACA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-T-TGAAAACT
gi|66170                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T--------------GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---ATAA-----A-ATATTCATAAGGAA-A-GGAAAGCT
gi|66171                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T------A--T----GTTCCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---ATAA-----A-ATATTCATAAGGAA-A-GGAAAGCT
gi|66172                      :    TT---TGTT---TTTT-GACT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--CATTGTG-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TG
gi|66173                      :     T---TGTA-A-TTTT-GGGT---AAT------TAAT----GTTCCC-AT--A---GAA-ATA--A--A---A-AA-----A-AT-TT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66174                      :     T---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---ACA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATT-----AAAA-A-TGAAAATT
gi|66175                      :          GCA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCC-CT--G---GTA-AAA--G--A---A-AA-----A-ATAGT-----AAAA-A-TGAAAACT
gi|66176                      :            A-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TGAAAA
gi|66177                      :            A-A-TTTT-AA-T---A-T------T--T----GTTTCC-AT--T---GTTTACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TAAAAACT
gi|66178                      :             -A-TTTT-GCCT---A-A------C--T----GTTTCC-AT--G---GCA-CCA--G--A---A-CA-----A-ATATA-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66179                      :             -A-TTT---GCC---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ATG--G--A---A-AA-----C-ATACT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66180                      :               -TTTT-GTCT---A-C------T--T----CTTTCC-AC--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TGAAAACT
gi|66181                      :                  TT-GGCT---A-C------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66182                      :                  TT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATC-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66183                      :                      GCT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66184                      :                       CT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-CA-----A-ATACT-----GAAA-A-TGA





Alignments
lowQualScore                  :      111    0 0    2    000 1 222222 00 1111      0  00 000   0   00 555555 1  33333 0     22222    0 1        
lowQualScore                  :      ...    . .    .    ... . ...... .. ....      .  .. ...   .   .. ...... .  ..... .     .....    . .        
lowQualScore                  :      000    5 5    1    999 0 333333 77 6666      5  77 999   5   77 777777 0  22222 5     66666    5 1        
consensus                     : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
Reference ( family-360 )      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66106                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAC-C-TGAAAACT
gi|66107                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-AGACT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66108                      : AATTT---TATA-A-TATT-GGCC---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATACT-----GAAC-A-TGAAAACT
gi|66109                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----TTTTCT---------GTA-TCA--G--A---A-AG-----T-ATATT-----AAAA-A-TGAAAACT
gi|66110                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------C--T----GTTTCC-AT--G---ATT-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAA
gi|66111                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--A--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAC-C-TGAAAACT
gi|66112                      : AATTC---TGTA-A-TGTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66113                      : AATTT---AGTA-A-TCTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GAA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-C-TGGAAACT
gi|66114                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------A--T----GTTTCA-AT--T---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAGAATT
gi|66115                      : AATTT---TGTT-A-TTAT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G------T-AA-----A-ATGTT-----GAAA-A-TTAAAACT
gi|66116                      : AATTT---T-TA-A-TTTT-G--T---A-T------T--T----ATTTCC-CT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATTTT-----GAAA-A-T-AAAACT
gi|66117                      : AATTT---AGTA-A-TTAT-GGTT---A-T------C--TAAATGTTTCC-AT--G---GAA-ACA--G--A---T-GA-----A-GTATT-----GAAA-A-TGAAAGCT
gi|66118                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----ATATATT-----GAAA-T-TTAAAACT
gi|66119                      : AATTT---TGTA-T-TTTTTAGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AAA--G--A---A-GA-----A-ATATT-----GAAA-A-TTAAAACT
gi|66120                      : AATTT---CGTA-A-CTTT-TGAT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-CA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66121                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ACA--G------A-AG-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66122                      : AATTT---CATG-ACTTTT-TGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-CA-----A-GTATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66123                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---G-T------T--T----GTTTCC-CT--T---GTA-GCA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----AATA-A-TGAAAATT
gi|66124                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCG---T-T------T--T----GTGTCC-AT--G---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TAAAATCT
gi|66125                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----CTTTAC-AT--T---TTA-ACA--G--A---A-AA-----A-AAAAT-----AAAA-A-TTAAATCT
gi|66126                      : AATTT---AGTG-A-TTTT-GGTC---G-T------T--T----GCTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ACATT-----GAGA-A-TGAAAACT
gi|66127                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GTTTTC-GT--G---ATA-GCA--T--A---A-AATTT--G-ATATT-----GTAA-A-TGAA
gi|66128                      : AATTT---TATA-T-TTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATT-----GAAA-ATTGAAATCT
gi|66129                      : AATTT---TGTA-A-TTAA-GGCT---A-T------T--T----TTTTCCCAT--G---GTA-ACA--G--A---A-TA-----A-ATATT-----GAAA-A-TG
gi|66130                      : AAATT---AGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------T--A----GTTTCC-AT--G---GC--ACA--G--A---A-AA-----A-GTATT-----TAAA-A-TGGAAACT
gi|66131                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-AAATT-----TAAACA-TTAAA
gi|66132                      : AATTT---CGTA-A-TTTG-GGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-CA-----T-ATATT-----GAAA-A-TGAAAATT
gi|66133                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T-----TTTTC-AT--G---GTA-ACA--GAAA---A-AA-----A-ATGTT-----GACA-A-TAAAAACT
gi|66134                      : AATCT---TATG-A-CTGT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-A
gi|66135                      : AATTT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-ACA--G--T---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TTAA
gi|66136                      : AATTT---AGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-ACA--A--A---A-AA-----T-ATATT-----T-AA-A-TGAAAACT
gi|66137                      : AATTC---TTTA-A-TATT-TGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-GCA--G--A---A-AC-----A-ATATT-----G-AA-A-TGACAACT
gi|66138                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-G--------T------C--T----GTTTCC-AT--G---GAA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATG-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66139                      : AATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTCCA-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AC-----A-ATATT-----GGAA-A-
gi|66140                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGAT---A-T------T--T----GTTACC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----C-ATATT-----AGAA-A-T-AGAACT
gi|66141                      : AATTT---CATA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66142                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--C---GTA-ACA--A--A---A-AA-----A-A----------AGA-A--GAAAACT
gi|66143                      : AATTTGTATGTA-A-TTTT-GACC---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATACT-----GACA-A-T-AAAACT
gi|66144                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66145                      : AATTT---CTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-AAA--T--A---T-AA-----T-ATATT-----GAAA-A-TAAAAAC
gi|66146                      : AATCT---CGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AC--G---ATA-ACA--A--A---A-AAATAATA-ATATT-----GAA
gi|66147                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---ATT------T--T----TTTTTC-AT--A---GTA-ACA--GAAA---A-AA-----A-ATGTT-----AACA-A-TCAAAACT
gi|66148                      : AAATT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TTAA
gi|66149                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ATA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66150                      : AATAT---TGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GGGTCC-AT--G---GAA-ACA--G--AAGGA-AA-----A-AAAAA-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66151                      : AATTT---TATACA-TTTT-G-TT---A-T------T--T----GTTTCC-ACAAG---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----G-AA-G-TAAAAACT
gi|66152                      : AATTA---CATA-A-ATTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTTA-AA--G---GTA-AAA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-ACTGAAGACT
gi|66153                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-CCCTTCCA-T------T--T----GTATCC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATA--------AAA-A-TAACAACT
gi|66154                      : AATTT---AATA-A-ATTT-AGCT---A-T------T--T----GTTATC-AT--G---AC--ACA--G--AG--A-AA-----A-ATATT-----AAAA-A-TAAAAACT
gi|66155                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACA--T------A-AC-----A-ATATT-----GAAA-G-TGAATAC
gi|66156                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACA--T------A-AC-----A-ATATT-----GAAA-G-TGAATAC
gi|66157                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCA---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-CGAAAACT
gi|66158                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--T--A---A-AA-----T-ATATT------AAA-A-TTAAATCT
gi|66159                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-G-CT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-A----------AAG-A-AGAAAACT
gi|66160                      :  ATTT---GGTT-A-TTTT-CACT---A-TAAA---T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TGAAA
gi|66161                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-CAAT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AC-----G-TTATT-----GTAA-T-TGCAAACT
gi|66162                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--TT---GATTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-
gi|66163                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACATTA--A---A-AAAATG-A-ATATT-----GAA
gi|66164                      :   TTT---CATA-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TGAAAACT
gi|66165                      :   TTT---TGTA-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATGTT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66166                      :   TTT---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-TAAGTATT--T----GTTTAC-AG--A---GTA-ACA--G--A---T-AA-----T-ATATT-----GAAA-A-TGAAATCT
gi|66167                      :    TT---TGTA-A-CTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-AA-----A-AAAAT-----GAAA-A-TAAAAA
gi|66168                      :    TT---TATA-A-CTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--G---GTA-AC------T---C-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAACCT
gi|66169                      :    TT---TGTT-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---ACA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-T-TGAAAACT
gi|66170                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T--------------GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---ATAA-----A-ATATTCATAAGGAA-A-GGAAAGCT
gi|66171                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T------A--T----GTTCCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---ATAA-----A-ATATTCATAAGGAA-A-GGAAAGCT
gi|66172                      :    TT---TGTT---TTTT-GACT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--CATTGTG-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TG
gi|66173                      :     T---TGTA-A-TTTT-GGGT---AAT------TAAT----GTTCCC-AT--A---GAA-ATA--A--A---A-AA-----A-AT-TT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66174                      :     T---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---ACA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATT-----AAAA-A-TGAAAATT
gi|66175                      :          GCA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCC-CT--G---GTA-AAA--G--A---A-AA-----A-ATAGT-----AAAA-A-TGAAAACT
gi|66176                      :            A-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TGAAAA
gi|66177                      :            A-A-TTTT-AA-T---A-T------T--T----GTTTCC-AT--T---GTTTACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TAAAAACT
gi|66178                      :             -A-TTTT-GCCT---A-A------C--T----GTTTCC-AT--G---GCA-CCA--G--A---A-CA-----A-ATATA-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66179                      :             -A-TTT---GCC---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ATG--G--A---A-AA-----C-ATACT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66180                      :               -TTTT-GTCT---A-C------T--T----CTTTCC-AC--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TGAAAACT
gi|66181                      :                  TT-GGCT---A-C------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66182                      :                  TT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATC-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66183                      :                      GCT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66184                      :                       CT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-CA-----A-ATACT-----GAAA-A-TGA


blockSeqs                     :      GTA           T        T AAGTAT    AAAT                         AAGG   T  ATAAT       CATAA      T
blockSeqs                     :      .             T        A AAA       T                            AAA    T  AATG        CATAA      C
blockSeqs                     :      .             T        . .         .                            AAA    .  TTT         .          .
blockSeqs                     :      .             T        . .         .                            AA     .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            AA     .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            AA     .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            AA     .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            AA     .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            AG     .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            T      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            T      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            A      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :      .             .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .          .
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .           
blockSeqs                     :                    .        . .         .                            .      .  .           .           
blockSeqs                     :                             . .         .                            .      .  .                       
blockSeqs                     :                             . .         .                            .      .  .                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
finalCons                     : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT





Alignments
lowQualScore                  :      111    0 0    2    000 1 222222 00 1111      0  00 000   0   00 555555 1  33333 0     22222    0 1        
lowQualScore                  :      ...    . .    .    ... . ...... .. ....      .  .. ...   .   .. ...... .  ..... .     .....    . .        
lowQualScore                  :      000    5 5    1    999 0 333333 77 6666      5  77 999   5   77 777777 0  22222 5     66666    5 1        
consensus                     : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
Reference ( family-360 )      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66106                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAC-C-TGAAAACT
gi|66107                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-AGACT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66108                      : AATTT---TATA-A-TATT-GGCC---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATACT-----GAAC-A-TGAAAACT
gi|66109                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----TTTTCT---------GTA-TCA--G--A---A-AG-----T-ATATT-----AAAA-A-TGAAAACT
gi|66110                      : AATTC---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------C--T----GTTTCC-AT--G---ATT-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAA
gi|66111                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--A--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAC-C-TGAAAACT
gi|66112                      : AATTC---TGTA-A-TGTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66113                      : AATTT---AGTA-A-TCTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GAA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-C-TGGAAACT
gi|66114                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------A--T----GTTTCA-AT--T---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAGAATT
gi|66115                      : AATTT---TGTT-A-TTAT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G------T-AA-----A-ATGTT-----GAAA-A-TTAAAACT
gi|66116                      : AATTT---T-TA-A-TTTT-G--T---A-T------T--T----ATTTCC-CT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATTTT-----GAAA-A-T-AAAACT
gi|66117                      : AATTT---AGTA-A-TTAT-GGTT---A-T------C--TAAATGTTTCC-AT--G---GAA-ACA--G--A---T-GA-----A-GTATT-----GAAA-A-TGAAAGCT
gi|66118                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGTT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----ATATATT-----GAAA-T-TTAAAACT
gi|66119                      : AATTT---TGTA-T-TTTTTAGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-AAA--G--A---A-GA-----A-ATATT-----GAAA-A-TTAAAACT
gi|66120                      : AATTT---CGTA-A-CTTT-TGAT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-CA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66121                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ACA--G------A-AG-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66122                      : AATTT---CATG-ACTTTT-TGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-CA-----A-GTATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66123                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---G-T------T--T----GTTTCC-CT--T---GTA-GCA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----AATA-A-TGAAAATT
gi|66124                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCG---T-T------T--T----GTGTCC-AT--G---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TAAAATCT
gi|66125                      : AATTT---TGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----CTTTAC-AT--T---TTA-ACA--G--A---A-AA-----A-AAAAT-----AAAA-A-TTAAATCT
gi|66126                      : AATTT---AGTG-A-TTTT-GGTC---G-T------T--T----GCTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ACATT-----GAGA-A-TGAAAACT
gi|66127                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GTTTTC-GT--G---ATA-GCA--T--A---A-AATTT--G-ATATT-----GTAA-A-TGAA
gi|66128                      : AATTT---TATA-T-TTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATT-----GAAA-ATTGAAATCT
gi|66129                      : AATTT---TGTA-A-TTAA-GGCT---A-T------T--T----TTTTCCCAT--G---GTA-ACA--G--A---A-TA-----A-ATATT-----GAAA-A-TG
gi|66130                      : AAATT---AGTA-A-TTTT-AGCT---A-T------T--A----GTTTCC-AT--G---GC--ACA--G--A---A-AA-----A-GTATT-----TAAA-A-TGGAAACT
gi|66131                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-AAATT-----TAAACA-TTAAA
gi|66132                      : AATTT---CGTA-A-TTTG-GGCT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-CA-----T-ATATT-----GAAA-A-TGAAAATT
gi|66133                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T-----TTTTC-AT--G---GTA-ACA--GAAA---A-AA-----A-ATGTT-----GACA-A-TAAAAACT
gi|66134                      : AATCT---TATG-A-CTGT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-A
gi|66135                      : AATTT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-ACA--G--T---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TTAA
gi|66136                      : AATTT---AGTT-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AT--G---GTA-ACA--A--A---A-AA-----T-ATATT-----T-AA-A-TGAAAACT
gi|66137                      : AATTC---TTTA-A-TATT-TGCT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-GCA--G--A---A-AC-----A-ATATT-----G-AA-A-TGACAACT
gi|66138                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-G--------T------C--T----GTTTCC-AT--G---GAA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATG-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66139                      : AATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTCCA-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AC-----A-ATATT-----GGAA-A-
gi|66140                      : AATTT---TGTA-A-TTTT-GGAT---A-T------T--T----GTTACC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----C-ATATT-----AGAA-A-T-AGAACT
gi|66141                      : AATTT---CATA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66142                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--C---GTA-ACA--A--A---A-AA-----A-A----------AGA-A--GAAAACT
gi|66143                      : AATTTGTATGTA-A-TTTT-GACC---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATACT-----GACA-A-T-AAAACT
gi|66144                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66145                      : AATTT---CTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCT-AT--G---GTA-AAA--T--A---T-AA-----T-ATATT-----GAAA-A-TAAAAAC
gi|66146                      : AATCT---CGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTCC-AC--G---ATA-ACA--A--A---A-AAATAATA-ATATT-----GAA
gi|66147                      : AATTT---TGTC-A-TTTT-GGCT---ATT------T--T----TTTTTC-AT--A---GTA-ACA--GAAA---A-AA-----A-ATGTT-----AACA-A-TCAAAACT
gi|66148                      : AAATT---TGCA-A-TTT--GGCA---A-T------T--T----GTTTTC-AT--A---GCA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TTAA
gi|66149                      : AATTT---CTTA-A-TTTTTGGCA---A-T------T--T----GTTTCC-AG--T---GTA-ATA--G------A-AA-----A-ATAAT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66150                      : AATAT---TGTA-A-TTTT-GGCC---A-T------T--T----GGGTCC-AT--G---GAA-ACA--G--AAGGA-AA-----A-AAAAA-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66151                      : AATTT---TATACA-TTTT-G-TT---A-T------T--T----GTTTCC-ACAAG---GTA-ACA--GA-A---A-AA-----A-ATATT-----G-AA-G-TAAAAACT
gi|66152                      : AATTA---CATA-A-ATTT-GGCT---A-T------T--T----ATTTTA-AA--G---GTA-AAA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-ACTGAAGACT
gi|66153                      : AATTT---CGTA-A-TTTT-CCCTTCCA-T------T--T----GTATCC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATA--------AAA-A-TAACAACT
gi|66154                      : AATTT---AATA-A-ATTT-AGCT---A-T------T--T----GTTATC-AT--G---AC--ACA--G--AG--A-AA-----A-ATATT-----AAAA-A-TAAAAACT
gi|66155                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACA--T------A-AC-----A-ATATT-----GAAA-G-TGAATAC
gi|66156                      :  ATTT---AGTA---TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACA--T------A-AC-----A-ATATT-----GAAA-G-TGAATAC
gi|66157                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCA---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-CGAAAACT
gi|66158                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--T--A---A-AA-----T-ATATT------AAA-A-TTAAATCT
gi|66159                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-G-CT---A-T------T--T----GTTTCT-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-A----------AAG-A-AGAAAACT
gi|66160                      :  ATTT---GGTT-A-TTTT-CACT---A-TAAA---T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TGAAA
gi|66161                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-CAAT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AC-----G-TTATT-----GTAA-T-TGCAAACT
gi|66162                      :  ATTT---TGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--TT---GATTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-
gi|66163                      :  ATTT---AGTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GCA-ACATTA--A---A-AAAATG-A-ATATT-----GAA
gi|66164                      :   TTT---CATA-A-TTTT-CACT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TGAAAACT
gi|66165                      :   TTT---TGTA-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATGTT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66166                      :   TTT---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-TAAGTATT--T----GTTTAC-AG--A---GTA-ACA--G--A---T-AA-----T-ATATT-----GAAA-A-TGAAATCT
gi|66167                      :    TT---TGTA-A-CTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACT--G--A---A-AA-----A-AAAAT-----GAAA-A-TAAAAA
gi|66168                      :    TT---TATA-A-CTTT-AGCT---A-T------T--T----GTTTTC-AT--G---GTA-AC------T---C-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAACCT
gi|66169                      :    TT---TGTT-A-TTTT-CACT---T-T------T--T----GTTTCG-AT--G---ACA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-T-TGAAAACT
gi|66170                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T--------------GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---ATAA-----A-ATATTCATAAGGAA-A-GGAAAGCT
gi|66171                      :    TT---TGGA-A-TTTT-AACT---A-T------A--T----GTTCCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---ATAA-----A-ATATTCATAAGGAA-A-GGAAAGCT
gi|66172                      :    TT---TGTT---TTTT-GACT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--CATTGTG-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TG
gi|66173                      :     T---TGTA-A-TTTT-GGGT---AAT------TAAT----GTTCCC-AT--A---GAA-ATA--A--A---A-AA-----A-AT-TT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66174                      :     T---TTTA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---ACA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATT-----AAAA-A-TGAAAATT
gi|66175                      :          GCA-A-TTTT-GGCT---A-T------T--A----GTTTCC-CT--G---GTA-AAA--G--A---A-AA-----A-ATAGT-----AAAA-A-TGAAAACT
gi|66176                      :            A-A-TTTT-GACT---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----C-ATATT-----GAAA-A-TGAAAA
gi|66177                      :            A-A-TTTT-AA-T---A-T------T--T----GTTTCC-AT--T---GTTTACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TAAAAACT
gi|66178                      :             -A-TTTT-GCCT---A-A------C--T----GTTTCC-AT--G---GCA-CCA--G--A---A-CA-----A-ATATA-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66179                      :             -A-TTT---GCC---A-T------T--T----GTTTCA-AT--G---GTA-ATG--G--A---A-AA-----C-ATACT-----GAAA-A-TGAAAAC
gi|66180                      :               -TTTT-GTCT---A-C------T--T----CTTTCC-AC--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----TAAA-A-TGAAAACT
gi|66181                      :                  TT-GGCT---A-C------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G------A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66182                      :                  TT-GGTT---A-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----T-ATATC-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66183                      :                      GCT---T-T------T--T----GTTTCC-AT--G---GTA-ACA--G--A---A-AA-----A-ATATT-----GAAA-A-TGAAAACT
gi|66184                      :                       CT---A-A------T--T----GTTTCC-AT--A---GTA-ACA--G--A---A-CA-----A-ATACT-----GAAA-A-TGA