lowQualScore                  :                55555555555               1111                                                                                          
lowQualScore                  :                11111111111  11 222  00   1111    0 0  333 1     0   0  00  00           0  1    0   222 000   0         111111   0     
lowQualScore                  :                ...........  .. ...  ..   ....    . .  ... .     .   .  ..  ..           .  .    .   ... ...   .         ......   .     
lowQualScore                  :                77777777777  77 999  99   8888    6 6  777 6     5   5  77  77           5  0    5   666 999   5         444444   5     
consensus                     :      GGGGATGGGG----G-GGT-TGG--G---TA--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
Reference ( gi|5831 )         :      GGGGATGGGG-TTAG-GGTATGG--G---TA--GGG--T-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5832                       :      GGGGATGGGG---AG-GG-ATGG------TA--GGG--T-TGAG-G-GC---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5837                       :      GGGGATGGGG-GTGG-GGGATG-------TA--GTT--G-TGAG-G-AT---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5853                       :      GGGGATGG----TGG-GGTTTCG--G---TA--GGG--A-TGAG-G-GT---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TAAAA
gi|5850                       :      GGGGATGGG-----------TGGA-G---TA--GGG--G-TGAC-G-GT---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TA
gi|5846                       :     gGGGGGTGGGG-T--G-GGT-TG-------TA--GGG--G-TGAG-G-GT---G-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAAA
gi|5842                       :      GGGGATGGA----AG-GGT---G--G---TA--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTGGGAGTT-GG--TA--ACAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTATTTTTATTTA------ATA-CAAAA
gi|5851                       :      GGGGATGGGG------GGT------G---TA--GGG--G-TGAG-G-GTA--T-TTTGG-GTC-GG--CA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGGTTTG------ATA-CAAA
gi|5839                       :     gGGGCAGGGGG-T----GGT---G--A---TA--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGGG-CAC---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5840                       :      GGGGACGAGG----GCGGT------G---TA--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-AG--TA--TCAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTCATTTA------ATA-CAAAA
gi|5838                       :      GGGGGGGGGG-GCAG-GG---AG--G---TA--GGG--A-TGAG-G-GT---C-TTTGG-ATC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---TTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5833                       :     gGGGGGGGGGG----G-AGTGT--------TA--GTG--G-TGAG-G-GT---C-TTTGG-GTA-TG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5836                       : gggggGGGGGGGGGG----G-GG---GG--G---GA--GGG--T-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-GG--TA--TCAAGCTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTTATTTA------A-A-CAAAA
gi|5844                       :      GGGGGTTGGG---AG-GG---GG--GA--TA--GGG--G-TGAA-G-GT---C-TTTGG-GTT-GG--TA--ACAATGTTGAA-AC-TGGG-CAG---T---GTA-TTTGGTTTA------ATA-CAAAA
gi|5834                       :      GGGGGGGGGG----G-GG---GG--G---GG--GGG-----AAG-G-AT---C-TTGGG-GTCAGG--TA---CAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTG-TTTGATTTA------ATA-CGAAA
gi|5861                       :    ggGGGGATAGGG----G-GGT--GG--G-------GGG--T---GG-G-GT---T-T--GG-ATT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---TTA-TTTGATTGA------ATA-CAAAA
gi|5835                       :      GGGGATGGGG-GTGA-GG----G--G---TA--AAG--G-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTT-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-CGGG-CAG---A---GTA-
gi|5854                       :      GGGGAAGGGA-T----GG---GG--G---TA--GGG--A-TGTG-G-GT---C-TTAAG-GCT-GG--TT--ACAAAGATGAA-AT-GGG-------------TA-TTTGATTTACTGGTAATA-CAAAA
gi|5862                       :      gGGGATGGGG-------GT-TGG--G---TA--GGG--T-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-GG--TC--ACAAAGTTAAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5849                       :       GGGATGGGAATTAG-G------------TA--GGG--G-TGAA-G-GT---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5843                       :  gggtaGGGATGGG---TAG-GG---GG--T---TT--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGGA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAAA
gi|5863                       :       GGGATGGGG-------GT-TGG--G---TA--AGA--G-TGAG-G-TT---C-TTGGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5848                       :       GGGATGGGG-------GT-TGG--G---TA--G------TGAG--------C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5866                       :  gggcaGGGATGGGG-------GT-TAG--A---TA--GAG--G-TGAG-G-GT---C-TTGGA-GTC-GG--TA--ACAAAGTTAGT-AT-GGGA-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5864                       :       GGGATGGGG-------GT-TGG--G---TA--AGA--G-TGAC-G-GT---C-TTTAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTG------ATA-CAA
gi|5867                       :       GGGATGGGG-TT-------TGG--G---TA--AGA--G-TGAG-G-GT---C-TTGAG-GTC-GG--TA--AGAAAGTTGAC-AT-TAGG-CAG---A---ATG-TTTGATTTA------CTA-CAAAA
gi|5860                       :       GGGGTGGGG----G-GGT-TGG--G--------GG--T--GAG-G-GT---C-TTTGG--TC-GT--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------AGG-CCAAA
gi|5865                       :        GGA-GGGG----G-GG---GG--G---TA--GGGATT-TAAG-G-TT---C-TTGGG--TC-GG--TA--ATTAAACTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5852                       :        GGGTGGGG-ATGG-GG---GA--G---TA--GGA--G-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAATTTGAA-AT-GAGG-CAT---T---GTA-TTTGA---A------AAA-CAAAA
gi|5872                       :         GGTGGGG-TTAG-CGTTTGG--G---TG--GGG--T-------------C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAGAGTTGAA-AT-AGGA-CAG---A---GT--TTTAATCTA------AAA-CAAAA
gi|5847                       :            GGGG-AT-G-GGTGTGG--G---TA--GGT--G-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GCT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5845                       :            GGGG-CAGG-GATGGGG--G---TT--GGG--T--GAG-G-GT---C-TTTGG--TC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATATCAAAA
gi|5857                       :            GGGG-GTGG-GGT---G--C---TA--GAG--G-TGAC-G-AT---C-ATTGT-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5841                       :           gGGGG-TGGG-GGTGTGG--GGA-TA--GAG--G-TAAG-G-GT---C-ATTGG-GTT-GG--TA--ATATAATTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAA
gi|5859                       :           gGGGG-GTGG-GGGAT--------TA--GGG--G-TGAG-G-GT---A-ATTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGA-CAG---A---TTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5855                       :           gGGAG-TT-G-GATGTGG--G---T---------------G-GT---C-TCGAG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-CGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTG------ATA-AAAAA
gi|5868                       :  gggggtgaaggGGG-TGAGAGGTCTTG--G---TG--AG-----CGGG-A-GT---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-ATAAGGG-CAG---T---GTA-TTTAATTCA------AAA-CAAAA
gi|5870                       :                   AG-GGTCTTG--G---TG--GGG--G-TA-----GT---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGCA-ATGGGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5871                       :             gggcagAG-GGGATGG--G---C---GAA--T----G-G-GC---C-TTTGA-GTC-AG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGGACAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5879                       :                  ggG-GGTGTGGATG---TG--GGG--G-TG-----TT---C-TTGAG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CGA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5880                       :                    G-GATAGGG--G---AA--GGG-------G-T-GT---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-ATCGA-TTA------ATA-CAAAA
gi|5875                       :                  ggG-GGT-TAG--G---TA--AGG--G-AGAG-G-GT---T-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAATGTTGAA-AT-TGCG-C-----A---GTA-TT
gi|5858                       :                      gGTGTGG--GGTGTA--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-GT-TGGG-CAA---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5856                       :                       gggtGG--G---TA--GGG--T-TGAG-G-GT---C-TTGGG-GTC-GGGATA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5881                       :                gggagggggcgGG--G---TA--GGG--G-TGAG-G-GT---C-TTTGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5876                       :                          gGG--G---TA--GGG--G-TGGG-A-GT---C-T--GA-GTC-GA--TA--AAAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5877                       :                        gggGG--G---GG--GGG--C-T-AG-G-GT---C-T-AGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAT-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ACA-CAAAA
gi|5882                       :                         ggGG--G---TA--GGG--GATGGG-GTGT---C-TTGGG-ATC-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGACTGA------ATA-CAAAA
gi|5878                       :                          gGG--G---TG--GGG-----GAT-G-TC---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-GGAG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5891                       :                        gggGG--G---GA--GGG--T--------GT---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-GCTAATTCA------ATA-CA
gi|5896                       :                         agGG--G---TG--GGA--T------G-GT---CCTTGGG-ATT-GA--TG--ACAAA-TTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTGA--AA------ATA-CAAAA
gi|5890                       :                          gGG--G---GA--GGG--T--------GT---C-TTGGG-GTT-GG--TAACACAAAGCTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATGTA------AAA-AAAAA
gi|5869                       :                         agGG--G---TGTTGGG--G-TGGG-G-GT---C-TTTGG-GTT-GA--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAAAA---GTA-TTCAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5883                       :                       ggaggG--G---CA--GGG--G-TGGGTG-GT---C-TTGGG-TTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5886                       :                             --G---TA--GGG--T-TGAG-G-GT---C-TTGCG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CAG---A---GGT-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5874                       :                             --G---TA--GGA--C-TGAG-G-GT---C-TTGAT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-TAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5888                       :                          ggcggt---TG--GGG--A-TGGT-G-TC---C-TTGGT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-AT-AGGG-CAG---A---CTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5887                       :                                ---TG--GGG--A-TGAG-G-ATGTTC-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTAA------AAA-AAAAA
gi|5889                       :                                    A--GGG-----GAG-G-GTGT-C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGAA-CAG---T---GTA-TGTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5892                       :                                     --GGG--T-TGAG-G-GT---C-TTAGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CAAAA
gi|5873                       :                                     --GGG--T-TGAG-G-GT------TGGG---C-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-AGAG-CAG---A---GT--TTTCATTTA------TTA-CAAA
gi|5894                       :                                ggagg--GGG--G-TG-G-G-AT---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAG---AATCGTA-TTTAATTTG------AAA-CAAAA
gi|5897                       :                                        GG--G-TGAT-G-CT---C-TTATG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CTG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5900                       :                                             -TGAG-G-GT---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT--GGG-TAG---A---GTA-TTTGATATC------ATA-CAAAA
gi|5895                       :                                            g-TGGG-G-GT---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5901                       :                                           gaggGGG-G-GT---C-TTAAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5885                       :                                               GAG-G-GTGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5884                       :                                     gttggagtcgGAG-G-GTGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTTTA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTACTTCA------ATA-CAGAA
gi|5899                       :                                        ggaaggaGGG-G-GT---G-T-GGG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-ATGA-CAC---A---ATA-TTTAATTAC------ATA-CAAA
gi|5902                       :                                             ggaAG-G-AT---C-TTTAG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5903                       :                                                 G-G-GT---A-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CCG---A---GTA-TTTTATCTA------ATA-CAAA
gi|5898                       :                                                 G-G-GT---C-TTGGG--TC-AG--TA--ACAAAATTTATTAT-GGGG-CAG---A---GTT-TTTCATTTA------ATA-CAA
gi|5904                       :                                                ggtg-GT---C-TTTTA-GTC-GG--TG--ACTAAGTAGAA-AT-GTGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5905                       :                                                       ---C-TTGGC-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5906                       :                                                       ---C-TTGGG-ATC-GA--TA--ACAAAGTTGAT-A--GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5893                       :                                                       ---C-TTAGG-GTC-CG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGA-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAT-CAAAA
gi|5907                       :                                                   ggggggatgtcGGG-GTA-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GTGA-CAG---A---ATA-TTTAATCTA------AAG-CAAAA
gi|5908                       :                                                               GG-ATC-TG--TA--A-GAAGTTAAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAA
gi|5909                       :                                                               GG-GTC-GA--TA--AGAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---AAC-CTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5911                       :                                                                 -GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5910                       :                                                                 -GTT-GG--TA--ACAAAGATGTA-AT-GGGG-CTG---A---GAA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5912                       :                                                                   TT-GG--TA--ACAAAGCTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5913                       :                                                                                 AAGTTGAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                             111                                                                                                                         
lowQualScore                  :              11  222 333 22 222 0 22 55555 111     11 11  00 11 0 1111 333 1     0   0  00  00           0  1    0   222 000   0         111111   0     
lowQualScore                  :              ..  ... ... .. ... . .. ..... ...     .. ..  .. .. . .... ... .     .   .  ..  ..           .  .    .   ... ...   .         ......   .     
lowQualScore                  :              33  666 444 22 999 8 88 77777 222     44 55  88 33 5 1111 666 6     5   5  77  77           5  0    5   555 888   5         444444   5     
consensus                     :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
Reference ( family-348 )      :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5831                       :       GGGGATG--GG---GTTAG-GGTATG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5832                       :       GGGGATG--GG---GA--G-GGA-TG-G--------T---AGGGT--T--GA--G--G-G----C---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5833                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--GAGTGTT---AGTGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTA-TG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5834                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--G-----G---GGGGG--G--AA--G--G-A----T---C-TTGGG-GTCAGG--TA---CAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTG-TTTGATTTA------ATA-CGAAA
gi|5835                       :       GGGGATG--GG---G---G-TGA-GG-G--G-----T---AAAGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTT-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-CGGG-CAG---A---GTA-
gi|5836                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--G-----G---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--TCAAGCTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTTATTTA------A-A-CAAAA
gi|5837                       :       GGGGATG--GG---G---G-TGG-GG-GATG-----T---AGTTG--T--GA--G--G-A----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5838                       :       GGGG--G--GG---G---G-GGC-AG-G--GAGG--T---AGGGA--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-ATC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---TTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5839                       :      gGGGCAGG--GG---G---T-GGT----G--A-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGGG-CAC---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5840                       :       GGGGACG--AG---G---GCGGT-------G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--TCAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTCATTTA------ATA-CAAAA
gi|5841                       :       GGGGGTG--GG---G---G-TGT-GG-G--GA----T---AGAGG--T--AA--G--G-G----T---C-ATTGG-GTT-GG--TA--ATATAATTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAA
gi|5842                       :       GGGGATG--GA---A---G-GGT----G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGGAGTT-GG--TA--ACAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTATTTTTATTTA------ATA-CAAAA
gi|5843                       :        GGGATG--GGTAGG---G-GGT-T-----------T----GGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGGA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAAA
gi|5844                       :       GGGGTTG--GG---A---G-GG---G-G--GA----T---AGGGG--T--GA--A--G-G----T---C-TTTGG-GTT-GG--TA--ACAATGTTGAA-AC-TGGG-CAG---T---GTA-TTTGGTTTA------ATA-CAAAA
gi|5845                       :       gGGGATG--GG---G---G---T-TG-G--G-----T-------------GA--G--G-G----T---C-TTTGG--TC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATATCAAAA
gi|5846                       : ggggcaGGGGGTG--GG---GT--G-GGT-TG----------T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---G-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAAA
gi|5847                       :       GGGGATG--GG---T---G-----TG-G--G-----T---AGGTG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GCT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5848                       :        GGGATG--GG---G---G---T-TG-G--G-----T---AG-----T--GA--G-------------C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5849                       :   gggcaGGGATG--GG---A---A---T-TA-G--G-----T---AGGGG--T--GA--A--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5850                       :  gggtaGGGGATG--GG---T---G-GA--------G-----T---AGGGG--T--GA--C--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TA
gi|5851                       :      gGGGGATG--GG---G---G-G---TG----------T---AGGGG--T--GA--G--G-G----TA--T-TTTGG-GTC-GG--CA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGGTTTG------ATA-CAAA
gi|5852                       :      gGGGGATG--GG---G---G-AGT-----------------AGGAG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAATTTGAA-AT-GAGG-CAT---T---GTA-TTTGA---A------AAA-CAAAA
gi|5853                       :   gggtGGGGATG--GT---G---G-GGT-TTCG--G-----T---AGGGA--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TAAAA
gi|5854                       :       GGGGAAG--GG---A---T-GG---G-G--G-----T---AGGGA--T--GT--G--G-G----T---C-TTAAG-GCT-GG--TT--ACAAAGATGAA-AT-GGG-------------TA-TTTGATTTACTGGTAATA-CAAAA
gi|5855                       :      gGGGGGTGAAGG---G---G-AGT-TG-G--A-----T---GTGGG--T--G--------G----T---C-TCGAG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-CGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTG------ATA-AAAAA
gi|5856                       :             G--AG---G---G-GGC-GG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GGGATA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5857                       :            gg--GG---G---G-GGT-GG-G--G-----TGCTAGAGG--T--GA--C--G-A----T---C-ATTGT-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5858                       :         GGGTG--TGT--G---G-GGT-------G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-GT-TGGG-CAA---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5859                       :              --GG---G---G-GGT-GG-G--GGAT--T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---A-ATTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGA-CAG---A---TTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5860                       :        GGGGTG--GG---G---G-GGT-TG-G--G------------GG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG--TC-GT--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------AGG-CCAAA
gi|5861                       :       GGGGATA--GG---G---G-GGT----G--G----------GGGG--T--G---G--G-G----T---T-T--GG-ATT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---TTA-TTTGATTGA------ATA-CAAAA
gi|5862                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TC--ACAAAGTTAAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5863                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--G--G-T----T---C-TTGGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5864                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--C--G-G----T---C-TTTAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTG------ATA-CAA
gi|5865                       :         GGA-G--GG---G---G-GG---G-G--G-----T---AGGGA--TTTAA--G--G-T----T---C-TTGGG--TC-GG--TA--ATTAAACTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5866                       :        GGGATG--GG---G---G---T-TA-G--A-----T---AGAGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGA-GTC-GG--TA--ACAAAGTTAGT-AT-GGGA-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5867                       :        GGGATG--GG---G---T---T-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGAG-GTC-GG--TA--AGAAAGTTGAC-AT-TAGG-CAG---A---ATG-TTTGATTTA------CTA-CAAAA
gi|5868                       :         GGGTG--AG---A---G-GTC-TT-G--G-----T-----GAG--C--GG--G--A-G----T---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-ATAAGGG-CAG---T---GTA-TTTAATTCA------AAA-CAAAA
gi|5869                       :             G--AG---G---G-GGT-------G-----T---TGGGG--T--GG--G--G-G----T---C-TTTGG-GTT-GA--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAAAA---GTA-TTCAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5870                       :                gG---A---G-GGTCTT-G--G-----T---GGGGG--T--A--------G----T---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGCA-ATGGGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5871                       :                           gggcaG-G--G-----G---ATGGG--C--GAATG--G-G----C---C-TTTGA-GTC-AG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGGACAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5872                       :          ggaG--GT---G---G-GGT-TA-GC-G-----T---TTGGG--T--G---G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAGAGTTGAA-AT-AGGA-CAG---A---GT--TTTAATCTA------AAA-CAAAA
gi|5873                       :                                            ---AGGGGGTT--GA--G--G-G----T------TGGG---C-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-AGAG-CAG---A---GT--TTTCATTTA------TTA-CAAA
gi|5874                       :                                 gg--G-----T---AGGAC--T--GA--G--G-G----T---C-TTGAT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-TAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5875                       :            ggcggt---G---G-GGT-TA-G--G-----T---AAGGG--A--GA--G--G-G----T---T-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAATGTTGAA-AT-TGCG-C-----A---GTA-TT
gi|5876                       :                                G-G--G-----T---AGGGG--T--GG--G--A-G----T---C-T--GA-GTC-GA--TA--AAAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5877                       :                             gggG-G--G-----G---GGGGG--C--TA--G--G-G----T---C-T-AGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAT-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ACA-CAAAA
gi|5878                       :                                               gGGGG--T--GG--G--G-GATGTC---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-GGAG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5879                       :                    gg---G-GGTGTG-GATG-----T---GGGGG--T--G--------T----T---C-TTGAG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CGA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5880                       :       GGGGATA--GG---G---G-A-------------------AGGGG--T--G-------------T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-ATCGA-TTA------ATA-CAAAA
gi|5881                       :                                G-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5882                       :                               gG-G--G-----T---AGGGGA-T--GG--G--GTG----T---C-TTGGG-ATC-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGACTGA------ATA-CAAAA
gi|5883                       :                                g-G--G-----C---AGGGG--T--GG--GT-G-G----T---C-TTGGG-TTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5884                       :                                 -G--G-----A---AGGAG--A--GG--G--T-G----T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTTTA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTACTTCA------ATA-CAGAA
gi|5885                       :                                   --G-----T---TGGAG--TCGGA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5886                       :                                   --G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGCG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CAG---A---GGT-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5887                       :                                      -----T---GGGGA--T--GA--G--G-A----TGTTC-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTAA------AAA-AAAAA
gi|5888                       :                                      -----T---GGGGA--T--GG--T--G-T----C---C-TTGGT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-AT-AGGG-CAG---A---CTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5889                       :                                            ---AGGGG--A--GG--G--T-G----T---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGAA-CAG---T---GTA-TGTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5890                       :                                            ---AGGGG-----GA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TAACACAAAGCTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATGTA------AAA-AAAAA
gi|5891                       :                                            ---AGGGG-----GA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-GCTAATTCA------ATA-CA
gi|5892                       :                                                GGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTAGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CAAAA
gi|5893                       :                                                GGGG--G--GA--T--G-T----C---C-TTAGG-GTC-CG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGA-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAT-CAAAA
gi|5894                       :                                                GGGG--T--G---G--G-A----T---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAG---AATCGTA-TTTAATTTG------AAA-CAAAA
gi|5895                       :                                                GAGG--T--GG--G--G-G----T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5896                       :                                                GGGG--T--GG--GATG-G----T---CCTTGGG-ATT-GA--TG--ACAAA-TTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTGA--AA------ATA-CAAAA
gi|5897                       :                                                 GGG--T--GA--T--G-C----T---C-TTATG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CTG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5898                       :                                                  GG--T--G---G--G-G----T---C-TTGGG--TC-AG--TA--ACAAAATTTATTAT-GGGG-CAG---A---GTT-TTTCATTTA------ATA-CAA
gi|5899                       :                                                  GG--A--GG--G--G-G----T---G-T-GGG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-ATGA-CAC---A---ATA-TTTAATTAC------ATA-CAAA
gi|5900                       :                                                   G--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT--GGG-TAG---A---GTA-TTTGATATC------ATA-CAAAA
gi|5901                       :                                                       --GG--G--G-G----T---C-TTAAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5902                       :                                                          A--G--G-A----T---C-TTTAG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5903                       :                                                           --G--G-G----T---A-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CCG---A---GTA-TTTTATCTA------ATA-CAAA
gi|5904                       :                                                                 -G----T---C-TTTTA-GTC-GG--TG--ACTAAGTAGAA-AT-GTGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5905                       :                                                                        ---C-TTGGC-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5906                       :                                                                        ---C-TTGGG-ATC-GA--TA--ACAAAGTTGAT-A--GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5907                       :                                                                               GGG-GTA-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GTGA-CAG---A---ATA-TTTAATCTA------AAG-CAAAA
gi|5908                       :                                                                                GG-ATC-TG--TA--A-GAAGTTAAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAA
gi|5909                       :                                                                                GG-GTC-GA--TA--AGAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---AAC-CTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5910                       :                                                                                  -GTT-GG--TA--ACAAAGATGTA-AT-GGGG-CTG---A---GAA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5911                       :                                                                                  -GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5912                       :                                                                                    TT-GG--TA--ACAAAGCTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5913                       :                                                                                                  AAGTTGAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                             111                                                                                                                         
lowQualScore                  :              11  222 333 22 222 0 22 55555 111     11 11  00 11 0 1111 333 1     0   0  00  00           0  1    0   222 000   0         111111   0     
lowQualScore                  :              ..  ... ... .. ... . .. ..... ...     .. ..  .. .. . .... ... .     .   .  ..  ..           .  .    .   ... ...   .         ......   .     
lowQualScore                  :              33  666 444 22 999 8 88 77777 222     44 55  88 33 5 1111 666 6     5   5  77  77           5  0    5   555 888   5         444444   5     
consensus                     :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
Reference ( family-348 )      :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5831                       :       GGGGATG--GG---GTTAG-GGTATG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5832                       :       GGGGATG--GG---GA--G-GGA-TG-G--------T---AGGGT--T--GA--G--G-G----C---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5833                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--GAGTGTT---AGTGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTA-TG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5834                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--G-----G---GGGGG--G--AA--G--G-A----T---C-TTGGG-GTCAGG--TA---CAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTG-TTTGATTTA------ATA-CGAAA
gi|5835                       :       GGGGATG--GG---G---G-TGA-GG-G--G-----T---AAAGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTT-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-CGGG-CAG---A---GTA-
gi|5836                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--G-----G---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--TCAAGCTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTTATTTA------A-A-CAAAA
gi|5837                       :       GGGGATG--GG---G---G-TGG-GG-GATG-----T---AGTTG--T--GA--G--G-A----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5838                       :       GGGG--G--GG---G---G-GGC-AG-G--GAGG--T---AGGGA--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-ATC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---TTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5839                       :      gGGGCAGG--GG---G---T-GGT----G--A-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGGG-CAC---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5840                       :       GGGGACG--AG---G---GCGGT-------G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--TCAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTCATTTA------ATA-CAAAA
gi|5841                       :       GGGGGTG--GG---G---G-TGT-GG-G--GA----T---AGAGG--T--AA--G--G-G----T---C-ATTGG-GTT-GG--TA--ATATAATTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAA
gi|5842                       :       GGGGATG--GA---A---G-GGT----G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGGAGTT-GG--TA--ACAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTATTTTTATTTA------ATA-CAAAA
gi|5843                       :        GGGATG--GGTAGG---G-GGT-T-----------T----GGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGGA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAAA
gi|5844                       :       GGGGTTG--GG---A---G-GG---G-G--GA----T---AGGGG--T--GA--A--G-G----T---C-TTTGG-GTT-GG--TA--ACAATGTTGAA-AC-TGGG-CAG---T---GTA-TTTGGTTTA------ATA-CAAAA
gi|5845                       :       gGGGATG--GG---G---G---T-TG-G--G-----T-------------GA--G--G-G----T---C-TTTGG--TC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATATCAAAA
gi|5846                       : ggggcaGGGGGTG--GG---GT--G-GGT-TG----------T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---G-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAAA
gi|5847                       :       GGGGATG--GG---T---G-----TG-G--G-----T---AGGTG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GCT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5848                       :        GGGATG--GG---G---G---T-TG-G--G-----T---AG-----T--GA--G-------------C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5849                       :   gggcaGGGATG--GG---A---A---T-TA-G--G-----T---AGGGG--T--GA--A--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5850                       :  gggtaGGGGATG--GG---T---G-GA--------G-----T---AGGGG--T--GA--C--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TA
gi|5851                       :      gGGGGATG--GG---G---G-G---TG----------T---AGGGG--T--GA--G--G-G----TA--T-TTTGG-GTC-GG--CA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGGTTTG------ATA-CAAA
gi|5852                       :      gGGGGATG--GG---G---G-AGT-----------------AGGAG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAATTTGAA-AT-GAGG-CAT---T---GTA-TTTGA---A------AAA-CAAAA
gi|5853                       :   gggtGGGGATG--GT---G---G-GGT-TTCG--G-----T---AGGGA--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TAAAA
gi|5854                       :       GGGGAAG--GG---A---T-GG---G-G--G-----T---AGGGA--T--GT--G--G-G----T---C-TTAAG-GCT-GG--TT--ACAAAGATGAA-AT-GGG-------------TA-TTTGATTTACTGGTAATA-CAAAA
gi|5855                       :      gGGGGGTGAAGG---G---G-AGT-TG-G--A-----T---GTGGG--T--G--------G----T---C-TCGAG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-CGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTG------ATA-AAAAA
gi|5856                       :             G--AG---G---G-GGC-GG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GGGATA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5857                       :            gg--GG---G---G-GGT-GG-G--G-----TGCTAGAGG--T--GA--C--G-A----T---C-ATTGT-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5858                       :         GGGTG--TGT--G---G-GGT-------G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-GT-TGGG-CAA---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5859                       :              --GG---G---G-GGT-GG-G--GGAT--T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---A-ATTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGA-CAG---A---TTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5860                       :        GGGGTG--GG---G---G-GGT-TG-G--G------------GG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG--TC-GT--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------AGG-CCAAA
gi|5861                       :       GGGGATA--GG---G---G-GGT----G--G----------GGGG--T--G---G--G-G----T---T-T--GG-ATT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---TTA-TTTGATTGA------ATA-CAAAA
gi|5862                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TC--ACAAAGTTAAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5863                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--G--G-T----T---C-TTGGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5864                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--C--G-G----T---C-TTTAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTG------ATA-CAA
gi|5865                       :         GGA-G--GG---G---G-GG---G-G--G-----T---AGGGA--TTTAA--G--G-T----T---C-TTGGG--TC-GG--TA--ATTAAACTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5866                       :        GGGATG--GG---G---G---T-TA-G--A-----T---AGAGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGA-GTC-GG--TA--ACAAAGTTAGT-AT-GGGA-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5867                       :        GGGATG--GG---G---T---T-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGAG-GTC-GG--TA--AGAAAGTTGAC-AT-TAGG-CAG---A---ATG-TTTGATTTA------CTA-CAAAA
gi|5868                       :         GGGTG--AG---A---G-GTC-TT-G--G-----T-----GAG--C--GG--G--A-G----T---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-ATAAGGG-CAG---T---GTA-TTTAATTCA------AAA-CAAAA
gi|5869                       :             G--AG---G---G-GGT-------G-----T---TGGGG--T--GG--G--G-G----T---C-TTTGG-GTT-GA--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAAAA---GTA-TTCAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5870                       :                gG---A---G-GGTCTT-G--G-----T---GGGGG--T--A--------G----T---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGCA-ATGGGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5871                       :                           gggcaG-G--G-----G---ATGGG--C--GAATG--G-G----C---C-TTTGA-GTC-AG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGGACAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5872                       :          ggaG--GT---G---G-GGT-TA-GC-G-----T---TTGGG--T--G---G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAGAGTTGAA-AT-AGGA-CAG---A---GT--TTTAATCTA------AAA-CAAAA
gi|5873                       :                                            ---AGGGGGTT--GA--G--G-G----T------TGGG---C-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-AGAG-CAG---A---GT--TTTCATTTA------TTA-CAAA
gi|5874                       :                                 gg--G-----T---AGGAC--T--GA--G--G-G----T---C-TTGAT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-TAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5875                       :            ggcggt---G---G-GGT-TA-G--G-----T---AAGGG--A--GA--G--G-G----T---T-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAATGTTGAA-AT-TGCG-C-----A---GTA-TT
gi|5876                       :                                G-G--G-----T---AGGGG--T--GG--G--A-G----T---C-T--GA-GTC-GA--TA--AAAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5877                       :                             gggG-G--G-----G---GGGGG--C--TA--G--G-G----T---C-T-AGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAT-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ACA-CAAAA
gi|5878                       :                                               gGGGG--T--GG--G--G-GATGTC---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-GGAG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5879                       :                    gg---G-GGTGTG-GATG-----T---GGGGG--T--G--------T----T---C-TTGAG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CGA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5880                       :       GGGGATA--GG---G---G-A-------------------AGGGG--T--G-------------T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-ATCGA-TTA------ATA-CAAAA
gi|5881                       :                                G-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5882                       :                               gG-G--G-----T---AGGGGA-T--GG--G--GTG----T---C-TTGGG-ATC-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGACTGA------ATA-CAAAA
gi|5883                       :                                g-G--G-----C---AGGGG--T--GG--GT-G-G----T---C-TTGGG-TTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5884                       :                                 -G--G-----A---AGGAG--A--GG--G--T-G----T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTTTA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTACTTCA------ATA-CAGAA
gi|5885                       :                                   --G-----T---TGGAG--TCGGA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5886                       :                                   --G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGCG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CAG---A---GGT-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5887                       :                                      -----T---GGGGA--T--GA--G--G-A----TGTTC-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTAA------AAA-AAAAA
gi|5888                       :                                      -----T---GGGGA--T--GG--T--G-T----C---C-TTGGT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-AT-AGGG-CAG---A---CTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5889                       :                                            ---AGGGG--A--GG--G--T-G----T---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGAA-CAG---T---GTA-TGTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5890                       :                                            ---AGGGG-----GA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TAACACAAAGCTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATGTA------AAA-AAAAA
gi|5891                       :                                            ---AGGGG-----GA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-GCTAATTCA------ATA-CA
gi|5892                       :                                                GGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTAGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CAAAA
gi|5893                       :                                                GGGG--G--GA--T--G-T----C---C-TTAGG-GTC-CG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGA-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAT-CAAAA
gi|5894                       :                                                GGGG--T--G---G--G-A----T---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAG---AATCGTA-TTTAATTTG------AAA-CAAAA
gi|5895                       :                                                GAGG--T--GG--G--G-G----T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5896                       :                                                GGGG--T--GG--GATG-G----T---CCTTGGG-ATT-GA--TG--ACAAA-TTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTGA--AA------ATA-CAAAA
gi|5897                       :                                                 GGG--T--GA--T--G-C----T---C-TTATG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CTG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5898                       :                                                  GG--T--G---G--G-G----T---C-TTGGG--TC-AG--TA--ACAAAATTTATTAT-GGGG-CAG---A---GTT-TTTCATTTA------ATA-CAA
gi|5899                       :                                                  GG--A--GG--G--G-G----T---G-T-GGG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-ATGA-CAC---A---ATA-TTTAATTAC------ATA-CAAA
gi|5900                       :                                                   G--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT--GGG-TAG---A---GTA-TTTGATATC------ATA-CAAAA
gi|5901                       :                                                       --GG--G--G-G----T---C-TTAAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5902                       :                                                          A--G--G-A----T---C-TTTAG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5903                       :                                                           --G--G-G----T---A-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CCG---A---GTA-TTTTATCTA------ATA-CAAA
gi|5904                       :                                                                 -G----T---C-TTTTA-GTC-GG--TG--ACTAAGTAGAA-AT-GTGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5905                       :                                                                        ---C-TTGGC-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5906                       :                                                                        ---C-TTGGG-ATC-GA--TA--ACAAAGTTGAT-A--GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5907                       :                                                                               GGG-GTA-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GTGA-CAG---A---ATA-TTTAATCTA------AAG-CAAAA
gi|5908                       :                                                                                GG-ATC-TG--TA--A-GAAGTTAAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAA
gi|5909                       :                                                                                GG-GTC-GA--TA--AGAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---AAC-CTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5910                       :                                                                                  -GTT-GG--TA--ACAAAGATGTA-AT-GGGG-CTG---A---GAA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5911                       :                                                                                  -GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5912                       :                                                                                    TT-GG--TA--ACAAAGCTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5913                       :                                                                                                  AAGTTGAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA


blockSeqs                     :              AA  TAG A   CG TCT   AT AGTGT GCT     GT TT     AT   ATGT GTT C                                         AAA                 CTGGTA
blockSeqs                     :              .   T   T   G  TGT   AT AGG   .       A  CG     T    .    GT  C                                         AAT                 .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  AT    C  GAT   .       .  .      .    .    GT  C                                         AAT                 .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  AG    .  A     .       .  .      .    .    GT  .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   T  GG    .  A     .       .  .      .    .    A   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  CA    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   T  TG    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   T  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  CG    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TG    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   A  TG    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   A  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  CT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  TT    .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   G  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   A  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   .  T     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :              .   .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                  .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                  .   .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                      .   .  .     .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                   .  .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                      .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                      .     .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                            .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                            .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                            .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                            .       .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                    .  .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                       .      .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                              .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                              .    .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                                   .    .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                                        .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                                        .   .                                         .                   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                         
blockSeqs                     :                                                                                                                      .                         


blockSeqCons                  :                      ***    TT*
originalCons                  :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
finalCons                     :       GGGGATG--GG---G---G-GGTT-G-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA





Alignments
lowQualScore                  :                             111                                                                                                                         
lowQualScore                  :              11  222 333 22 222 0 22 55555 111     11 11  00 11 0 1111 333 1     0   0  00  00           0  1    0   222 000   0         111111   0     
lowQualScore                  :              ..  ... ... .. ... . .. ..... ...     .. ..  .. .. . .... ... .     .   .  ..  ..           .  .    .   ... ...   .         ......   .     
lowQualScore                  :              33  666 444 22 999 8 88 77777 222     44 55  88 33 5 1111 666 6     5   5  77  77           5  0    5   555 888   5         444444   5     
consensus                     :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
Reference ( family-348 )      :       GGGGATG--GG---G---G-GGT-TG-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5831                       :       GGGGATG--GG---GTTAG-GGTATG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5832                       :       GGGGATG--GG---GA--G-GGA-TG-G--------T---AGGGT--T--GA--G--G-G----C---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5833                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--GAGTGTT---AGTGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTA-TG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5834                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--G-----G---GGGGG--G--AA--G--G-A----T---C-TTGGG-GTCAGG--TA---CAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTG-TTTGATTTA------ATA-CGAAA
gi|5835                       :       GGGGATG--GG---G---G-TGA-GG-G--G-----T---AAAGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTT-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-CGGG-CAG---A---GTA-
gi|5836                       :       GGGGGGG--GG---G---G-GG---G-G--G-----G---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--TCAAGCTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTTATTTA------A-A-CAAAA
gi|5837                       :       GGGGATG--GG---G---G-TGG-GG-GATG-----T---AGTTG--T--GA--G--G-A----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5838                       :       GGGG--G--GG---G---G-GGC-AG-G--GAGG--T---AGGGA--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-ATC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---TTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5839                       :      gGGGCAGG--GG---G---T-GGT----G--A-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGGG-CAC---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5840                       :       GGGGACG--AG---G---GCGGT-------G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--TCAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTCATTTA------ATA-CAAAA
gi|5841                       :       GGGGGTG--GG---G---G-TGT-GG-G--GA----T---AGAGG--T--AA--G--G-G----T---C-ATTGG-GTT-GG--TA--ATATAATTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAA
gi|5842                       :       GGGGATG--GA---A---G-GGT----G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGGAGTT-GG--TA--ACAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTATTTTTATTTA------ATA-CAAAA
gi|5843                       :        GGGATG--GGTAGG---G-GGT-T-----------T----GGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGGA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTT------ATA-CAAAA
gi|5844                       :       GGGGTTG--GG---A---G-GG---G-G--GA----T---AGGGG--T--GA--A--G-G----T---C-TTTGG-GTT-GG--TA--ACAATGTTGAA-AC-TGGG-CAG---T---GTA-TTTGGTTTA------ATA-CAAAA
gi|5845                       :       gGGGATG--GG---G---G---T-TG-G--G-----T-------------GA--G--G-G----T---C-TTTGG--TC-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATATCAAAA
gi|5846                       : ggggcaGGGGGTG--GG---GT--G-GGT-TG----------T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---G-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAAA
gi|5847                       :       GGGGATG--GG---T---G-----TG-G--G-----T---AGGTG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GCT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5848                       :        GGGATG--GG---G---G---T-TG-G--G-----T---AG-----T--GA--G-------------C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5849                       :   gggcaGGGATG--GG---A---A---T-TA-G--G-----T---AGGGG--T--GA--A--G-G----T---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5850                       :  gggtaGGGGATG--GG---T---G-GA--------G-----T---AGGGG--T--GA--C--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TA
gi|5851                       :      gGGGGATG--GG---G---G-G---TG----------T---AGGGG--T--GA--G--G-G----TA--T-TTTGG-GTC-GG--CA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGGTTTG------ATA-CAAA
gi|5852                       :      gGGGGATG--GG---G---G-AGT-----------------AGGAG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAATTTGAA-AT-GAGG-CAT---T---GTA-TTTGA---A------AAA-CAAAA
gi|5853                       :   gggtGGGGATG--GT---G---G-GGT-TTCG--G-----T---AGGGA--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-TAAAA
gi|5854                       :       GGGGAAG--GG---A---T-GG---G-G--G-----T---AGGGA--T--GT--G--G-G----T---C-TTAAG-GCT-GG--TT--ACAAAGATGAA-AT-GGG-------------TA-TTTGATTTACTGGTAATA-CAAAA
gi|5855                       :      gGGGGGTGAAGG---G---G-AGT-TG-G--A-----T---GTGGG--T--G--------G----T---C-TCGAG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-CGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTG------ATA-AAAAA
gi|5856                       :             G--AG---G---G-GGC-GG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GGGATA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5857                       :            gg--GG---G---G-GGT-GG-G--G-----TGCTAGAGG--T--GA--C--G-A----T---C-ATTGT-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5858                       :         GGGTG--TGT--G---G-GGT-------G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-GT-TGGG-CAA---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5859                       :              --GG---G---G-GGT-GG-G--GGAT--T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---A-ATTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGA-CAG---A---TTA-TTTGATTAA------ATA-CCAAA
gi|5860                       :        GGGGTG--GG---G---G-GGT-TG-G--G------------GG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG--TC-GT--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------AGG-CCAAA
gi|5861                       :       GGGGATA--GG---G---G-GGT----G--G----------GGGG--T--G---G--G-G----T---T-T--GG-ATT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGAG-CAG---A---TTA-TTTGATTGA------ATA-CAAAA
gi|5862                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TC--ACAAAGTTAAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5863                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--G--G-T----T---C-TTGGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CAG---A---GTA-CTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5864                       :        GGGATG--GG---G------GT-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--C--G-G----T---C-TTTAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTG------ATA-CAA
gi|5865                       :         GGA-G--GG---G---G-GG---G-G--G-----T---AGGGA--TTTAA--G--G-T----T---C-TTGGG--TC-GG--TA--ATTAAACTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5866                       :        GGGATG--GG---G---G---T-TA-G--A-----T---AGAGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGGA-GTC-GG--TA--ACAAAGTTAGT-AT-GGGA-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5867                       :        GGGATG--GG---G---T---T-TG-G--G-----T---AAGAG--T--GA--G--G-G----T---C-TTGAG-GTC-GG--TA--AGAAAGTTGAC-AT-TAGG-CAG---A---ATG-TTTGATTTA------CTA-CAAAA
gi|5868                       :         GGGTG--AG---A---G-GTC-TT-G--G-----T-----GAG--C--GG--G--A-G----T---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-ATAAGGG-CAG---T---GTA-TTTAATTCA------AAA-CAAAA
gi|5869                       :             G--AG---G---G-GGT-------G-----T---TGGGG--T--GG--G--G-G----T---C-TTTGG-GTT-GA--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAAAA---GTA-TTCAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5870                       :                gG---A---G-GGTCTT-G--G-----T---GGGGG--T--A--------G----T---CCTTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGCA-ATGGGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5871                       :                           gggcaG-G--G-----G---ATGGG--C--GAATG--G-G----C---C-TTTGA-GTC-AG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGGACAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5872                       :          ggaG--GT---G---G-GGT-TA-GC-G-----T---TTGGG--T--G---G--G-G----T---C-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAGAGTTGAA-AT-AGGA-CAG---A---GT--TTTAATCTA------AAA-CAAAA
gi|5873                       :                                            ---AGGGGGTT--GA--G--G-G----T------TGGG---C-GG--TA--ATAAAGTTGAA-AT-AGAG-CAG---A---GT--TTTCATTTA------TTA-CAAA
gi|5874                       :                                 gg--G-----T---AGGAC--T--GA--G--G-G----T---C-TTGAT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-TAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5875                       :            ggcggt---G---G-GGT-TA-G--G-----T---AAGGG--A--GA--G--G-G----T---T-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAATGTTGAA-AT-TGCG-C-----A---GTA-TT
gi|5876                       :                                G-G--G-----T---AGGGG--T--GG--G--A-G----T---C-T--GA-GTC-GA--TA--AAAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5877                       :                             gggG-G--G-----G---GGGGG--C--TA--G--G-G----T---C-T-AGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAT-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ACA-CAAAA
gi|5878                       :                                               gGGGG--T--GG--G--G-GATGTC---C-TTGGG-GTC-AG--TA--ACACAGTTGAA-AT-GGAG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5879                       :                    gg---G-GGTGTG-GATG-----T---GGGGG--T--G--------T----T---C-TTGAG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGA-CGA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5880                       :       GGGGATA--GG---G---G-A-------------------AGGGG--T--G-------------T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-ATCGA-TTA------ATA-CAAAA
gi|5881                       :                                G-G--G-----T---AGGGG--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-TTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA
gi|5882                       :                               gG-G--G-----T---AGGGGA-T--GG--G--GTG----T---C-TTGGG-ATC-GG--TA--ACACATTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGACTGA------ATA-CAAAA
gi|5883                       :                                g-G--G-----C---AGGGG--T--GG--GT-G-G----T---C-TTGGG-TTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5884                       :                                 -G--G-----A---AGGAG--A--GG--G--T-G----T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTTTA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTACTTCA------ATA-CAGAA
gi|5885                       :                                   --G-----T---TGGAG--TCGGA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACACATTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5886                       :                                   --G-----T---AGGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTGCG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CAG---A---GGT-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5887                       :                                      -----T---GGGGA--T--GA--G--G-A----TGTTC-TTGGG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTAA------AAA-AAAAA
gi|5888                       :                                      -----T---GGGGA--T--GG--T--G-T----C---C-TTGGT-GTC-AG--TA--ACAAAGTTAAA-AT-AGGG-CAG---A---CTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5889                       :                                            ---AGGGG--A--GG--G--T-G----T---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-AGAA-CAG---T---GTA-TGTAATTCA------ATA-CAGAA
gi|5890                       :                                            ---AGGGG-----GA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TAACACAAAGCTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-TCTAATGTA------AAA-AAAAA
gi|5891                       :                                            ---AGGGG-----GA--G--G-G----TGT-C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AA-GGGA-CAG---T---GTA-GCTAATTCA------ATA-CA
gi|5892                       :                                                GGGT--T--GA--G--G-G----T---C-TTAGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GAGG-CAG---A---GTA-TTTGATTAA------ATA-CAAAA
gi|5893                       :                                                GGGG--G--GA--T--G-T----C---C-TTAGG-GTC-CG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-AGGA-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAT-CAAAA
gi|5894                       :                                                GGGG--T--G---G--G-A----T---C-TTAGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAG---AATCGTA-TTTAATTTG------AAA-CAAAA
gi|5895                       :                                                GAGG--T--GG--G--G-G----T---C-TTGGG-GTT-GG--TA--ACAAA----------GGGG-CAGAATA---GTA-TTAAATTTA------AAA-GAAAA
gi|5896                       :                                                GGGG--T--GG--GATG-G----T---CCTTGGG-ATT-GA--TG--ACAAA-TTGAA-AT-GGAG-CAG---A---GTA-TTTGA--AA------ATA-CAAAA
gi|5897                       :                                                 GGG--T--GA--T--G-C----T---C-TTATG-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CTG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5898                       :                                                  GG--T--G---G--G-G----T---C-TTGGG--TC-AG--TA--ACAAAATTTATTAT-GGGG-CAG---A---GTT-TTTCATTTA------ATA-CAA
gi|5899                       :                                                  GG--A--GG--G--G-G----T---G-T-GGG-GTC-GG--TA--CCAAAGTTGAA-AT-ATGA-CAC---A---ATA-TTTAATTAC------ATA-CAAA
gi|5900                       :                                                   G--T--GA--G--G-G----T---C-TTTGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT--GGG-TAG---A---GTA-TTTGATATC------ATA-CAAAA
gi|5901                       :                                                       --GG--G--G-G----T---C-TTAAG-GTT-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GCA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5902                       :                                                          A--G--G-A----T---C-TTTAG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTTAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5903                       :                                                           --G--G-G----T---A-TTGGG-GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGTG-CCG---A---GTA-TTTTATCTA------ATA-CAAA
gi|5904                       :                                                                 -G----T---C-TTTTA-GTC-GG--TG--ACTAAGTAGAA-AT-GTGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5905                       :                                                                        ---C-TTGGC-GTC-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5906                       :                                                                        ---C-TTGGG-ATC-GA--TA--ACAAAGTTGAT-A--GGGG-CAA---A---GTA-TTTAATTTA------AAA-CAAAA
gi|5907                       :                                                                               GGG-GTA-AG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-GTGA-CAG---A---ATA-TTTAATCTA------AAG-CAAAA
gi|5908                       :                                                                                GG-ATC-TG--TA--A-GAAGTTAAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTAATTTA------ATA-CAAA
gi|5909                       :                                                                                GG-GTC-GA--TA--AGAACGTTGAA-AT-GGGG-CAG---A---AAC-CTTGATTTA------ATA-CAAA
gi|5910                       :                                                                                  -GTT-GG--TA--ACAAAGATGTA-AT-GGGG-CTG---A---GAA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5911                       :                                                                                  -GTC-GG--TA--ACAAAGTTGAA-AT-TGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5912                       :                                                                                    TT-GG--TA--ACAAAGCTGAA-AT-GGGG-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATA-CAAAA
gi|5913                       :                                                                                                  AAGTTGAA-AT-GGGT-CAG---A---GTA-TTTGATTTA------ATG-CAAAA