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Reference ( gi|85994 )        : TTATAC-CCCC-GA-CA-AA--CAAAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATAT--T--GGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
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gi|85983                      : TTATTC-CCCC--A-GA-TA--CATGG----T-A-T-A-TGG-G-A--GC---T-ATAT--A--GGAGTC--AT---G----CT-------T------GTC-AGTCC----GTC-TTCTGT
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|86042 ): TATACACCCAGATACAAAGTATATGGGGGCTATATA
Unaligned ( gi|86046 ): TACAAAGTATATAAGAATATATAGGAGTTGCGTCAGTCGGTCGGTCAGTTGGTC






Alignments
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consensus                     :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
Reference ( family-343 )      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
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gi|86045                      : acacacccagatC-TCCT-G-G-CACAA--CG-TA-----T-A-T-G--GT-G-G--C----T-ATATAGGAGTT--GC---T----CT--C-----------GTC-CGTCT----GTTGGTCTGTC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :              5    2 5 5  1  77  5   2222 666 7 77  5 5 77 1111 5           22  999 1111  3333333333333    5     1111       6   
consensus                     :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
Reference ( family-343 )      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
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gi|85971                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-A--GC---T-ATATAGGAGTC--GC---A----CTCAC----C-----GGTT-GTTCC----GTCTGT
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gi|85973                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-GGG-G-G--GC---T-ATATGGGAGTC--ACGCTC----CT-------T-----GGTT-CGTCC----ATCCGTCtcatc
gi|85974                      :        TTATTC-CCCA-G-A-TA-----CA-AAG----T-A-T-A-TGA-G-G--GC---T-ATATAGGAGTC--AA---C----TC--G----TCCATCGGTC-AGTCT----GT
gi|85975                      :        TTATAC-CCCCAG-A-TACAA--C--ATA----T-C-T-G--GG-G-G--C----T-ATATAGGACTC--AC---G----C--------T-----CATC-AGTCC----GTCTGTCCGTC
gi|85976                      :        TTATAC-CCCCAG-A-TA-CA--TT-TAG----T-A-T-A-TGG-G-G--AA---T-ATATAGGAGTC--CC---G----CT--C-----------ATC-TGTCG----GTCGGTCTGTC
gi|85977                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGA-G-G--GC---T-ATATAGGAATC--AT---G----CT-------T-----------GTCT----GTC
gi|85978                      :        TTATAC-CCCT---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-GTG--C----T-ATATAGGAGTC--GC---A----CTC-G----TC----CGTT-GGTCT----GCCG
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gi|85982                      :        TTATAC-CCC-------A-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGT-G-G--AC---T-ATAAAGGAGTC--AC---G----CT--C-----------GTC-GGTCC----TTCCGTCCGTC
gi|85983                      :        TTATTC-CCCCAG-A-TA-CA--TG---G----T-A-T-A-TGG-G-A--GC---T-ATATAGGAGTC--AT---G----CT-------T------GTC-AGTCC----GTC-TTCTGT
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gi|86009                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTCggtctgtc
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gi|86021                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----A-----GGTC-G--------GTCGGTCTGTC
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gi|86034                      :        TTATAA-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86035                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--GC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86036                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--GC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTCtgtc
gi|86037                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--GC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTCtgtc
gi|86038                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--AC---C----CT--G----A-----GGTC-GGTCT----TTCGGTCTGTCtgtc
gi|86039                      :        TTATAC-CCCT-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86040                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--TC---C----CT--G----A-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGCC
gi|86041                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--AC---C----CT--G----A-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCCGTC
gi|86043                      :         TGTAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----A-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCGGTCggtctgtc
gi|86044                      :                            A--CA-AAG----T-A-T-ATAAG-G-G--T----T-ATGTAGGAGTC--AC---A----CA--G-----------GTC-CGTCC----GTCGGTCTGTC
gi|86045                      : acacacccagatC-TCCT-G-G-CACAA--CG-TA-----T-A-T-G--GT-G-G--C----T-ATATAGGAGTT--GC---T----CT--C-----------GTC-CGTCT----GTTGGTCTGTC


blockSeqs                     :                   T      C          AGTA ATA T            CGGC             GT      TCGT  GTCCATC                ATCG
blockSeqs                     :                   A      C          T    GT  T            C                G       .     GAGGTC                 .   
blockSeqs                     :                   A      .          C    GT  T            C                .       .     CACC                   .   
blockSeqs                     :                   A      .          .    A   T            C                .       .     CGTC                   .   
blockSeqs                     :                   A      .          .    A   T            C                .       .     CGTA                   .   
blockSeqs                     :                   C      .          .    A   T            C                .       .     GCT                    .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GCT                    .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   T            C                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     AT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            A                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    C   T            C                .       .     GC                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            C                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   A            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    G   T            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    C   T            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    A   T            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   T            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GT                     .   
blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     GA                     .   
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blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     T                      .   
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blockSeqs                     :                   .      .          .    T   .            .                .       .     C                      .   
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originalCons                  :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CT--G----T-----GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
finalCons                     :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--AC---C----CTGN-----------GGTC-GGTCT----GTCGGTCTGTC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|85984 ): TTATAACCCCAGATACAAAGTACATGGGGGCTATCAAGGAGTCACGCTTGTTGGTGGGTTGGTC
Unaligned ( gi|85985 ): TTATACCCCCAGATACAAGGGATGTGGTGGCTATATAGTAGTTGCGTTCATCGATCCGTCTGTCTG
Unaligned ( gi|85988 ): TTCTACCTCCAGATACAATGTATATGGGGCTATATACTAGGAGTCGTGCTTATTGGTCTGTCCGTCTGT
Unaligned ( gi|85990 ): TTATACCCCAAGATATATAGGGGCTTTATAGGAGTCATGCTCGTCCATCCGTTGTTCAGTCAGTCCGTC
Unaligned ( gi|86047 ): GTATATGGGGGCTTTATAGGAGTCACGCTCGTCTGTCGGTAGGTCCGTC
Unaligned ( gi|85992 ): TTATACCCCCAGATACAAGCATATGTGGCTATATAGGTTCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCTGT
Unaligned ( gi|85993 ): TTATATCCACAAACACAAAGTATATTTGGGGCTTTATATGTGTCGCACTCGTCCGTCGGTCATTTGGTCCGTC
Unaligned ( gi|86042 ): TATACACCCAGATACAAAGTATATGGGGGCTATATA
Unaligned ( gi|86046 ): TACAAAGTATATAAGAATATATAGGAGTTGCGTCAGTCGGTCGGTCAGTTGGTC






Alignments
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lowQualScore                  :              5    7 5 5  1  77  5   2222 6 5 1 5   5 5 77 3333 5           33     555555555         1111       7   
consensus                     :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----N-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
Reference ( family-343 )      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----N-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|85963                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-G--GC---T-ATAAAGGAGTC---------G----C-GCTCG-TCT----GTCAGTCCGTC
gi|85964                      :        TTATAC-CCTC---A-GA-TA--CA-AAG----TATAT-G-GGG-G-G--GCGGCT-ATATAGAGGTC--ACGCT--C-------GTCGGTCA----GTCAGTTTGTCtgt
gi|85965                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-G--GC---T-ATATAGGAGTCGTACTC-----------GTCGGTCG----GTCGGTC
gi|85966                      :        TTATTC-CCCA-G-A-TA-----CA-AAG----T-A-T-A-TGA-G-G--GC---T-ATATAGGAGTC--ACGCT---------CGTCCATCG----GTCAGTCTGTC
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gi|85968                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGA-G-G--AC---T-ATATAGGAGTC--ACGCT---------GGTCAGTCT----GTTGGTCGGTC
gi|85969                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
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gi|85971                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-A--GC---T-ATATAGGAGTC--GCACTCAC----C-GGTTGTTCC----GTCTGT
gi|85972                      :        TTATAC-CCC------CA-GATTCA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-G--GC---T-ATATAGGAGTC--ACGCT-----------T--GTCT----GTTGGTCCGT
gi|85973                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-GGG-G-G--GC---T-ATATGGGAGTC--ACGCT--C----C---TTGGTTC----GTCCATCCGTCtcatc
gi|85974                      :        TTATTC-CCCA-G-A-TA-----CA-AAG----T-A-T-A-TGA-G-G--GC---T-ATATAGGAGTCA-ACTC-----------GTCCATCG----GTCAGTCTGT
gi|85975                      :        TTATAC-CCCCAG-A-TACAA--C--ATA----T-C-T-G--GG-G-G--C----T-ATATAGGACTC--ACGCT--C----A---TCAGTCC----GTCTGTCCGTC
gi|85976                      :        TTATAC-CCCCAG-A-TA-CA--TT-TAG----T-A-T-A-TGG-G-G--AA---T-ATATAGGAGTC--CCGCT--C----A---TCTGTCG----GTCGGTCTGTC
gi|85977                      :        TTATAC-CCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGA-G-G--GC---T-ATATAGGAATC--ATGCT-----------T--GTCT----GTC
gi|85978                      :        TTATAC-CCCT---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-GTG--C----T-ATATAGGAGTC--GCAC------------TC-GTCC----GTTGGTCTGCC
gi|85979                      :        TTATAC-CCCC-A-A--A-TA--CA-AAT----T-A-T-A-TGGCG-G--A----T-ATATAGGAGTC--AAGCT---------CGTCCGTCC----GTCCGTCTATCgtc
gi|85980                      :        TTATAC-CCCCAG-ATCA-AA--AGTAAA----T--------GG-G-G--GC---T-ATATAGGAGT-----CTT--G----C---TT-GTCC----GTCAATCTGTC
gi|85981                      :        TTATGC-GCCC---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-G--G----TTATATAGGAGTC--ACATT----------GTCGGTTC----GTCCGTCTtgt
gi|85982                      :        TTATAC-CCC-------A-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGT-G-G--AC---T-ATAAAGGAGTC--ACGCT--C-------GTCGGTCC----TTCCGTCCGTC
gi|85986                      :        TTATAC-CTCT---A-GA-TA--CA-AAG----T-A-T-A-TGG-G-A--GC---T-TTATTGGAGTC--ATGCT-----------T--GTCT----GTCCGTCTGT
gi|85989                      :        TTATAC-CCC--A-A-GA-TA--CA-GAGAGTAT-C-T-G--GG-G-GTTG----T-ATAT--GAATC--ACGCTC-G----TAGGTCCGTCT----GTC
gi|85991                      :        TTATAC-CCCC-ATA-CA-A---TG-T-G----T-A-T-G-GGG-G-G--C----T-ATATAGGAGTC--A--TT--G----C---TC-ATCT----GTCTGT
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gi|85997                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-T-G-AAG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----C-TGTCCGTCT----GTCGGTCGGTC
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gi|86006                      :        TTATAC-CCCCCG-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGCC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|86007                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGCCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86008                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GATTGGTCT----GTCGGTCGGTCtgtc
gi|86009                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTCggtctgtc
gi|86010                      :        TTATAC-CCCA-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTggtctgtc
gi|86011                      :        TTGTAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|86012                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCCGTC
gi|86013                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-TGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86014                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86015                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----TGT-T-G-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCCGTC
gi|86016                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCCGT
gi|86017                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCTGT
gi|86018                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCTATCGGTCGGTCTGTC
gi|86019                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86020                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTCtgtctgtc
gi|86021                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCG--------GTCGGTCTGTC
gi|86022                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G-------T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86023                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86024                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86025                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTGGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|86026                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGT
gi|86027                      :        TTATACCCCCC-G-A--A-CA--CA-AAG----TGT-TAG-GGG-G-G--G----T-ATACTAGATTC--AGCTT----------GTCCGTCT----GTCTGTCTGT
gi|86028                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAGT---T-T-T-G-AGA-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--A--CT--G----T-GGTTGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|86029                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--TG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86030                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AAG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCC--GAGGTC-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|86031                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAGC---T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGTC
gi|86032                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCCGTC
gi|86033                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTC
gi|86034                      :        TTATAA-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86035                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--GCCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86036                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--GCCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTCtgtc
gi|86037                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-T-G-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--GCCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTCtgtc
gi|86038                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----TTCGGTCTGTCtgtc
gi|86039                      :        TTATAC-CCCT-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----T-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTC
gi|86040                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--TCCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCTGCC
gi|86041                      :        TTATAC-CCCC-G-A-CA-AA--CG-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATACTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCCGTC
gi|86043                      :         TGTAC-CCCC-G-A-CA-AA--CA-AAG----T-T-TTG-AGG-G-G--G----T-ATATTGGAGTC--ACCCT--G----A-GGTCGGTCT----GTCGGTCGGTCggtctgtc
gi|86044                      :                            A--CA-AAG----T-A-T-ATAAG-G-G--T----T-ATGTAGGAGTC--ACAC--------A-GGTCCGTCC----GTCGGTCTGTC
gi|86045                      : acacacccagatC-TCCT-G-G-CACAA--CG-TA-----T-A-T-G--GT-G-G--C----T-ATATAGGAGTT--GCTCT--C-------GTCCGTCT----GTTGGTCTGTC
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|85983 ): TTATTCCCCCAGATACATGGTATATGGGAGCTATATAGGAGTCATGCTTGTCAGTCCGTCTTCTGT
Unaligned ( gi|85984 ): TTATAACCCCAGATACAAAGTACATGGGGGCTATCAAGGAGTCACGCTTGTTGGTGGGTTGGTC
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Unaligned ( gi|85987 ): TTATACTCCCATATACAAAGTGTATGAGGACTATATAAAAGTCGAGCTCGTCTGTTATTTGGTCGGTCGGTCTATC
Unaligned ( gi|85988 ): TTCTACCTCCAGATACAATGTATATGGGGCTATATACTAGGAGTCGTGCTTATTGGTCTGTCCGTCTGT
Unaligned ( gi|85990 ): TTATACCCCAAGATATATAGGGGCTTTATAGGAGTCATGCTCGTCCATCCGTTGTTCAGTCAGTCCGTC
Unaligned ( gi|86047 ): GTATATGGGGGCTTTATAGGAGTCACGCTCGTCTGTCGGTAGGTCCGTC
Unaligned ( gi|85992 ): TTATACCCCCAGATACAAGCATATGTGGCTATATAGGTTCGTCCGTCCGTCCGTCCGTCTGT
Unaligned ( gi|85993 ): TTATATCCACAAACACAAAGTATATTTGGGGCTTTATATGTGTCGCACTCGTCCGTCGGTCATTTGGTCCGTC
Unaligned ( gi|86042 ): TATACACCCAGATACAAAGTATATGGGGGCTATATA
Unaligned ( gi|86046 ): TACAAAGTATATAAGAATATATAGGAGTTGCGTCAGTCGGTCGGTCAGTTGGTC