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Reference ( gi|64548 ) : TTATA--TA--TGCATCGAAG-G-T-A-ATGAGA-AT--TC-G-CGAA-AATGTTTGTCAT--T----C----A---T-AAA---C------A----G-T----T-GTT----T--C----TTTC-T---T----TA-T-G--------AAA--A---AA----ATA--TCA------T---C----A-GA-T-A--C--GG-T-TA-------TGCCGC-TTTAA
gi|64559 : TTATA--TA--TACATCGAAG-G-T-T-ATGAGG-TT--TC-A-CGAA-AATGTTTGTTAT--T----C----A---T-AAA---CG-----A----C-T----T-GTA----T--C----TTTG-T---T----CA-T----------AAA--A---AA----ATA--ACT------T---C----A-AA-T-A--CT-GG-T-TA-------TGTTGC-TTTAA
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gi|64618 : CATGGAAG-G-C-G-AT-AGATAT--TC-A-CGAA-AAT-TTTGTTAT--T----C----A---T-AAAA--T------A----G-T----T-GTT----T--A----TTTC-T---T----TG-T-T--------AAA--A---TT----ATG--T--------T---T----A-GT-TAA--T--TG-T-TA-------TGACAA-TTTAA
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gi|64601 : TATAAATGCAT---C------GA-G-ACC-A-TGGCA-AT--TTACGAA-AA-TGT------AT--TC----C---T---AAA-T----AA---G-C----T-TTT-T--GT----TT----C-G---T--T--A---------T-A-------------------CC------A--T-A----------AGATA-CT-GGGTATGCTGC-TTTAA
gi|64602 : TATGAAACCAT---G------GGAG-GCT-G-TGAAA-GT--TCACGAA-AA-GGATCGTC-AT--TC----A---T---AAA-C----AT---G-T----T-GTT-G--GT----TT----C-T---T--T--A---------T-----T--AC---A--A-ACACC------G--T-T----------AGTTA-CT-GGTTATGCAAC-TTT
gi|64603 : ATAAATACAA---C------AAAG-GAC-A-TGGGA-AT--TTACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----A---T---AAA-C----AA---G-T----T-GTT-T--CT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AT---A--A-ATATA------T--T-C----------ATATA-CT-GGTTATGCCGC-TTTAA
gi|64604 : ATAAATACAA---C------AAAG-GAC-A-TGGGA-AT--TTACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----A---T---AAA-C----AA---G-T----T-GTT-T--CT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AT---A--A-ATATA------T--T-C----------ATATA-CT-GGTTATGCCGC-TTTAA
gi|64605 : ATATATGTAT---C------GA---------TGCAA-AT--TCACGAA-AA-TATGTGTC-AT--TT----A---T---AAA-CACA-A----G-T----T-GTT-T--AT----TT----C-T---T--T--A---------C----AA--AT---A--A-GCA--------T--T-G----------AGTTA-CT--GTTATGCCGC-TTT
gi|64606 : ATAAATGAAT---C------GAAG-GCC-A-TGAGA-AT--TCACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----
gi|64607 : ATAAATGCAT---G------GAAG-GTC-A-TCAGA-AT--TCCCAAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----A---TA--AAA-A----A----G-T----TCACT-T--TT----TT----C-T---T--C--ACTT------T-A--AA--
gi|64608 : TAAATCCAT---G------AAAG-GCA-T-TGA-A-TT--TCA-AAA-AA-TGTTTGTT-AT--TC----A---T---AAA-T----AT---G-T----T-GTT-C--AT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AAAACA--A-ACACC------T--T-C----------AGTTA-CT-GGCTtttctt
gi|64609 : TAAAAGCAT---C------GAGG-GCC-A-CAACA-AT--TAACGAA-A-----TTGT-----------------------------A----G-T----T-----T--CT----TT----C-T---A--C--A---------T-A--AA--AT---A--A-AAATC------T--T-A----------AGATA-CA-GGTTATGCCGT-TTTAA
gi|64610 : AAATTCAT---A------GAAG-GCC-A-TAAGA-AT--TCACAAA-AA-TGTTTGTC-AG--TC----A---T---AAA-CA---A----G-T----T-GTT-T--AT----TT----C-T---T--T--A---------TAA--AA--AA---A--A-ATACA------T--G-C----------AGATA-CT-GGTTATGTCGC-TTT
gi|64611 : AAATCAAC---C------GAAG-GCG-A-TGAAA-AT--TCTCGAA-AA-TGTTTGTA-AT--TC----A---T---GAA-T----AT---G-T----T-GTT-C--AT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AT---A--A-AAATC------T--T-T----------AGTTA-CT-GGTTATACTGC-ATTAA
gi|64612 : AAAT-CAC---T------GAAG-GTG-A-TGAAA-AT--TTACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----A---T---TAA-T----AT---C-T----T-GTT-C--AT----TT----C-C---T--T--A---------T-A--AATTA----A--A-ACATC------T--G-T----------AGTTA-CA-GGTTATTCTGC-TTTAA
gi|64613 : AAATCCAC---A------GAAG-GCG-A-TCAAA-GC--TCAAGAA-AA-TATTTGCC-AT--TC----A-------AAA---------------------------------TT----A-T---T--T--A---------T-C--AA--AT---T--A-ACATC------T--T-A----------AGTTA-CT-GGTCATGCTGT-TGTAA
gi|64614 : AATATAA---C------AAAG-GTG-A-TTAAA-AT--TCACGAA-CA-TCAGTGTCAAT--TA----A---A---AAA-T----A----G-C----T-GTT-T--AT----TA----A-T---T--T--A---------T-A--AA--A----A--G-CTATC------T--T-C----------AGTTA-CT-GGTTACGCCAG-TTTA
gi|64615 : ATGCAT---T------GAAATGCC-A-TGAGA-AT--TCACGAA-AA-TATTTGTC-ATATTC----A---T---AAG-C----AA---G-T----T-GTT-T--CT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AG---A--A-ATATC------G--T-C----------ATATA-CT-GATTATACCGT-TTT
gi|64616 : TACAT---T------GAAG-GCA-A-TGAGA-AT--TCAGGAA-AA-TGTTTGCC-AT--TC----A---T---AAA-CG---A----G-T----T-G------------TTAGAAC-T---T--T--A---------T-A--AT--AG---A--A-ATATC------C--T-C----------AGATA-CT-GGTTATTCCAC-TTTA
gi|64617 : GCAT---C------AGAG-GCC-A-TGAGA-AT--TCACAAA-AA-TGTTTGTT-AT--TC----A---T---AAA-C----AA---G-T----T-GTT-T--CT----TT----------------G---------T-A--AA--AG---G----------------------------------TA-CA-GGTTATGTCGC-TGTAA
gi|64618 : CAT---G------GAAG-GCG-A-T-AGATAT--TCACGAA-AA-T-TTTGTT-AT--TC----A---TA--AAA-T----A----G-T----T-GTT-T--AT----TT----C-T---T--T--G---------T-T--AA-------A--A-TTATG------T--T-T----------AGTTA-AT-TGTTATGACAA-TTTAA
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gi|64620 : atgaAAG-GCC-A-TGAGA-AT--TCGTGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TT----A---T---AAA-CA---A----G-T----T-GTT-T--CT----TT----C-C---T--T--A---------T-A--CA--AG---A--A-ATAGC------T--T-C----------AGATA-AT-GGTTA
gi|64621 : aAAG-GCG-A-TGAAA-AT--TCACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TT----A---T---AAA-TA---A----G-T----T-GTG-T--AT----TC----C-T---T--T--G---------T-A--A--------A--A-ATACA------T--T-T----------ATTTA-CT-GGCTATGCCAC-TTTAA
gi|64622 : AAG-ACC-A-C-AGA-AG--ACACGAA-AA-TGTTTGTA-AT--TC----A---T---AAA-T----A----ATT----T-GTT-T--AT----TT----C-T---T----------------------------------------------------------------TA-CT-GACTATGCCGC-TTTAA
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gi|64626 : AG-GCG-A-CAAAA-AT--TCATGAA-AA-TGTTTGTC-A-----------------AAA-T---------G-T----T-ATT-C--AT----TT----C-T---T--T--T---------T-A--AA--AT---G--A-ACAAT------T--T-C----------ACTTA-CT-GTTTATGTCAC-TTTAA
gi|64627 : C-A-TGGAA-GG--TAACAAA-AA-TGGTTGTC-AA--TC----A---T---AAA-T----AT---G-T----T-GTT-C--AT----TT----C-T---T--C--A---------T-A--AA--AT---A--A-ACATC------T--T-T----------AGTTA-CT-GGTTATGC
gi|64628 : -A-TGAAA-AA--TTAC-AA-AA-TGTTTGTC-AT--TCGTACA---T---AAA-T----AT---G-T----T-GTT-C--AT----AT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AT---A--A-ACATC------T--T-T----------AGTTA-CT-GGTTATGCTGC-TTT
gi|64629 : -TGAGA-AT--TCATGAA-AA-TGTTTCTT-AT--TC----G---T---AAT-C----AA---G-T----T-GTT-T--CT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--TA--AT---A--A-TTATC------T--T-C----------AGATA-CC-GGTTATGCCAC-TTTAA
gi|64630 : -TGAAA-AT--TCACAAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----A---T---TAA-----------G-T----T-GTT-T--CT----TTATTTC-T---T--T--A---------T-A--AA--AT---C--A-ATGTT------T--T-C----------AGTTA-CT-TGTTATACTAC-TTTAA
gi|64631 : GAGA-AT--TCACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TT----A---T---AAA-C----AA---G-T----T-GTT-T--CC----TT----C-A---T--T--A---------T-A--AT--TG---A--A-ATATC------T--A-C----------AGATA-CT-GGTTATGTCAC-TTTAA
gi|64632 : CGGA-AA-TCTCTGTC-AT--TC----A---C---AAA-T----AT---G-T----T-GTT-T--ATATATTT----A-T---T--T--A---------T-A--AA--AT---A--A-ACATTAACTTTT--T-T----------AAATA-CT-GATTATGCCGC-TT
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gi|64635 : --CT----TG----T-T---T--T--A---------T-A--AA--AG---A--A-ATATC------T--T-C----------CAATA-CT-GCTTATGTCGC-TTTAA
Alignments
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lowQualScore : . .......... . .. . . . .. . . . .. .... ... ... . ......... . .... . . ... .... .... . ... .. .. ......... . .. .. .... .. . ...... .. . .......... . . . .
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Reference ( family-339 ) : TTATAAATGCAT---C------GAAG-GCC-A-TGAGA-AT--TCACGAA-AA-TGTTTGTC-AT--TC----A---T---AAA-C----A----G-T----T-GTT-T--CT----TT----C-T---T--T--A---------T-A--AA--AG---A--A-ATATC------T--T-C----------AGATA-CT-GGTTATGCCGC-TTTAA
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gi|64583 : TTATAAATCCATGGCCTGG---GAGG-ACG-A-TGAAA-AT--ACATGAA-CA-TTTTTGTC-AT--TT----A---A---AAA-C----A----ATT----T-GTT-T--AT----TT----CTT---T--T--ATT-------T-A--AA--TG---------TATC------G--T-C----------AGTTA-TT-GGTTATGCCAC-TTT
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Reference ( family-339 ) : TTATAAATGCAT---C------GAAG-GCC-A-TGAGA-AT--TCACGAA-AA-TGTTTGTCAT--TC----A-----T---AA--A-C---AAGT----T------GTT----T-CTTT----CT---T--T--A---------T--A--AA--AG---A--A-ATA------TCT--TC----------AGATA-CT-GGTTATGCCGC-TTTAA
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gi|64585 : --A-ATA------TCT--TC----------GGAGA-CT-GGCTATGCCGC-TTTAAtatcttcggagactggctatgccgctttaa
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gi|64616 : TACAT---T------GAAG-GCA-A-TGAGA-AT--TCAGGAA-AA-TGTTTGCCAT--TC----A-----T---AA--A-C---GAGT----T------G----------TTAGAACT---T--T--A---------T--A--AT--AG---A--A-ATA------TCC--TC----------AGATA-CT-GGTTATTCCAC-TTTA
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gi|64619 : AAA-ACC-AATGAAA-AT--TCACGAA-AA-TGTTTGTCCT--TC----A-----T---AA--A-T---AGGT----TAAATAAG-----------------T---T--T--A---------T-----------------A-ATA------TCT--TT----------AGTTA-CT-CTTTACG
gi|64620 : atgaAAG-GCC-A-TGAGA-AT--TCGTGAA-AA-TGTTTGTCAT--TT----A-----T---AA--A-C---AAGT----T------GTT----T-CTTT----CC---T--T--A---------T--A--CA--AG---A--A-ATA------GCT--TC----------AGATA-AT-GGTTA
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gi|64627 : C-A-TGGAA-GG--TAACAAA-AA-TGGTTGTCAA--TC----A-----T---AA--A-T---ATGT----T------GTT----C-ATTT----CT---T--C--A---------T--A--AA--AT---A--A-ACA------TCT--TT----------AGTTA-CT-GGTTATGC
gi|64628 : -A-TGAAA-AA--TTAC-AA-AA-TGTTTGTCAT--TCGTACA-----T---AA--A-T---ATGT----T------GTT----C-ATAT----CT---T--T--A---------T--A--AA--AT---A--A-ACA------TCT--TT----------AGTTA-CT-GGTTATGCTGC-TTT
gi|64629 : -TGAGA-AT--TCATGAA-AA-TGTTTCTTAT--TC----G-----T---AA--T-C---AAGT----T------GTT----T-CTTT----CT---T--T--A---------T--A--TA--AT---A--A-TTA------TCT--TC----------AGATA-CC-GGTTATGCCAC-TTTAA
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