lowQualScore                  :                                                                                           11111111111111111111111                            
lowQualScore                  :                     0        11111 7777777 11111  0 11  00  555     3333333333333333 2 11 11111111111111111111111    11 4 2              1   
lowQualScore                  :                     .        ..... ....... .....  . ..  ..  ...     ................ . .. .......................    .. . .              .   
lowQualScore                  :                     9        22222 3333333 22222  4 33  66  333     8888888888888888 6 55 44444444444444444444444    11 0 8              5   
consensus                     :                   AACGCCGACGC-----C------NG-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TNCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
Reference ( gi|140444 )       :                   AATGCCGACGC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCAAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140421                     :                   AACGCCGACGC-----C------CG-----AGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCAAATAGTCGAGCT
gi|140439                     :            aataccgAACGCCGACGC-----C------CA-----GGTG--AG--CA--GAATAA----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCTTGTAGTCAAGCTAA-AA
gi|140388                     :                 ccAATGCCGACGC-----C------AG-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------C-CC-C---CC-----------------TATTC--TACGAATAATCGAGCTAA-AAA
gi|140390                     :            aaaaaccAATGCCAATGC-----C------GG-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------CCCT-C---CT------------------ATTC--TAAGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140440                     :            aaaaatcAACACCGATGC-----C------TA-----CATG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C----T-----------------TATTCTATTCAAATAGTCTAGCAAA-AAA
gi|140429                     :                 ccAGTGCTGATGC-----T------CA-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CCCT-C---CA-----------------TATTC--TTTGAATTATCGAGCTAA-AAA
gi|140395                     :               agccAACGTCGACGC-----C-------G-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------CCCC-C---T-------------------ATTC--TTCAAATAGTTAAGCT
gi|140389                     :            aaaaaccAACGCCGATGC-----C------GG-----GGCA--AG--TA--CAATAG----------------CCC--C---AC-----------------TATTC--TATGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140398                     :            aaaaaccAATGCTTATGC-----C------AG-----GGTG--AG--TA--CAATAG----------------C-CC-C---CC-----------------TATTC--TTTGAATAGTCAAGCTAA-TAA
gi|140433                     :            aaaaaacAACGCCGAAGC-----C------GG-----GGCA--AG--TA--CAATAG----------------CCCC-C---CT------------------ATTC--TACGAAAAGTTGAGCTAA-AAA
gi|140391                     :                 ccAAGGCCGACGC-----C------AG-----GGCA--AG--CA--CAATAG----------------C-CC-C---CC-----------------TATTC--TACGAATAATCGATCTAA-AAA
gi|140399                     :            aaaaaccAACGCCGACGC-----C------CG-----GACG--AG--GT--CAATAG----------------CCC--C---TC-----------------TAATC--TACAAATAGTTGGGCTAA-AA
gi|140409                     :            aaaaaccAACGCCAATGC------------TG-----GGCA--AG--TA--GAATAA----------------CCCC-C---CT-----------------T-TCC--TATAAATAGTCAAGCTAA-
gi|140419                     :            aaaaaacAACGCCAAAGC-------------A-----GATGCAAG--TA--CAATAG----------------CTCC-C---TT------------------ATTC--GCCGAATAATCGAGCTAA-AAA
gi|140394                     :             aaaaccAACGCCGACGC-----C------AG-----GTCG--AG--TA--CAATAG----------------C---------------------------CATTC--TACGAATAGTCGAGATAA-AAA
gi|140418                     :            aaaaaccAATTCCGACGC-----C------AG-----TGAG--AA--TA--CAAAAG----------------CACC-C---TT------------------ATTC--TATAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140401                     :             aaaaccAACGCTGACAC-----T------GG-----AGTG--AG--TA--TAATAG----------------CCCTAC----------------------TATTC--TACAAATAGTCAAGGCAA-AGA
gi|140415                     :            aaaaaccAACGCCGACGC-----C------GG-----GGCA--AA--TA--CAATAG----------------C-CA-C---CC-----------------TATTC--TACGAATATTCAAACTGA-AAA
gi|140417                     :             aaaaccAACGCTGACGC-----T------GG-----GGCA--AG--TA--CAATAG----------------CCCC-C---CT------------------ATTCA-TC----TAGTCGAGCTAA-AA
gi|140400                     :             aaaaacAATGTTGACGC----------------------G--AG--TA--CAATAG----------------CCCC-C---CT------------------ATTC--AACGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140396                     :            aaaaaccAATGCTGACGC-----CA-----TG-----GG-G--AT--TA--CAATAG----------------CCC--C---AC-----------------TATTC--TATGAACAATCAAGCTAA-AAA
gi|140416                     :            aaaaaccAACGCCAACAC-----C------GA-----GGCC--AG--TA--CAATAG----------------C-CA-C---CC-----------------TATTC--TACAAATAGTCCAGCTAA-TAA
gi|140405                     :             aaaaccAACGCCGACGC-----C------AG-----GGCG--AG--TA--CAATAGCACCCCCCCCCCCACCCTCT-CG--CT-----------------TATTT--AATAAATAGTCAAGCTAA-AA
gi|140422                     :            aaaaaccAATGCCGACGT-----C------AG-----GGCG--AG--TA--TAATAG----------------CCCC-C-----------------------A--------AAAAAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140438                     :             aaaatcAATCCCGATGC-----T------GG-----GGCG--AG--TA--TAAAAA----------------CTC--C---AC-----------------TATTC--ATAGAATAGTCGAGTTAA-AAA
gi|140406                     :                 ccAACACCGACAT-----C------AG-----GACA--AG--TA--CAATAA----------------ACCT-------------------------ATTC--TACAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140407                     :            aaaaaacAACGCCGACGC-----C------GG-----ATTG--AG--TA--CAATAG----------------C-CC-C---AC-----------------TATT------AAA-AGTCGAGCTAATAAA
gi|140424                     :            aaaaaccAACGTCGACGC-----C------AT-----GGCG--A---TA--CAATAG----------------ACCC-C---TT------------------ATTC--TATGAAAAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140408                     :              aaaccAATGCTGACGC-----T------GA-----GGCA--AG--TA--CAATAG----------------TCCC-G---CT-----------------TA-------CGGATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140403                     :            aaaaaacAACGCCAATG-------------TG-----GGAG--AGAGTA--CAATAG----------------CACC-C---CT------------------ATTC--TACGA-TAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140404                     :              aaaaaAACGACGACGC-----C------GG-----GGCA--AC--TA--CAACAG----------------C-CA-C---CT-----------------TGTTC--TATGAAGAGTCGAGTTAA-GAA
gi|140423                     :            aaaaaccAATGCCAACGCAAATGC------TGAACAGGGTG--AG--TA--CAATCA----------------CCCC-C---CCCCCCCCCCCCCCCC---TATT---TACAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140411                     :             aaaaccAATGCTGACAC-----A------GG-----GG-GCCAG--TA--CAATAT----------------CCC--C---AA-----------------TAGTC--TACGAATATTCGAGCTAA-
gi|140441                     :            aaaaaccAACGTTGATGA-----A------TG-----GGCA--AT--TA--CAAAAG----------------CTCA-C---CT------------------ATTC--ATAGAATAGTCAAGCTAATAAA
gi|140432                     :                  ccATACCGACGC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140458                     :                accgATGCCAACGC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCAAATACTCGAGCTAA-AAA
gi|140447                     :                    ACGCCGATGC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140435                     :                    ACGCCGACGC-----C------TT-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140452                     :                 ccgACGCCGACGC-----C------TG-----TGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAAAAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140451                     :                    ACGCCGACGC-----C------CG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTA--TCCGAATAGTCGAGCTAA-CAA
gi|140437                     :                    ACGCCGACGC-----T------TG-----TGTT--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140448                     :                 ccgACGCCAACCC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--AAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140462                     :                    ATGCTGACAC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCCAATATTCAAGCTAA-AAA
gi|140467                     :                    ATGCTGACGC-----C------CA-----GGTG--AG--TA--GATTAG----------------CTCT-C---TT-----------------TTTTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140466                     :                    ATGCTGACGC-----C------CA-----GGTG--AG--TA--GATTAG----------------CTCT-C---TT-----------------TTTTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140459                     :                    ACGCCGACAT-----C------TG-----GGTG--AG--CA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCGAAAAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140465                     :                    ATGCCGATGC-----C------CG-----AGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140454                     :                    ACGCCGACGC-----CCACTCTTG-----GATG--AG--TA--CAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------CATTC--TCCGAATAGTCGAGCTGA-AAA
gi|140457                     :                    ATGCCAACGC-----C------CG-----TGTG--AG--TA--GAATAA----------------CTCT-C----T-----------------TATTC--CTCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140446                     :                    ACGCTGACGC-----C------TG-----GTTG--AG--TA--GAATAC----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTTGATTAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140461                     :                    ACGCCGATGC-----C------CG-----AGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140431                     :                    ATATCGACGC-----T------TA-----GGTG--AG--TA--CAATAG----------------CTCA-C---TT-----------------TATTC--TCTTAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140445                     :                accgACGCCCACAC-----C------GG-----GGTG--AG--TA--GAATAGAG--------------CTCT-C---TT-----------------TATTT--TCCGAATAGTCAAGCAAA-AAA
gi|140450                     :                    ACGCCGATGC-----C------CG-----AGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTA--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140397                     :                    ATGCCGACGC-----C------AG-----GGTG--AG--TA--CAATAG----------------CCCA-C----T-----------------TATTT--TACAAAAAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140463                     :      aaaaaccaacggcgACGCTGTCGC-----C------TG-----GGCG--AG--TA--GAATAG----------------ATCT------T-----------------TATTA--TTCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140468                     :                    ACGCCGATGC-----C------CG-----AGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTTC-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGT
gi|140455                     :                    ACGCCAATGC-----C------TG-----GGCA--AG--TA--TAACAC----------------CTCT-C---TC-----------------TATTG--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAAaaaaaaaa
gi|140392                     :                    ACGCCGACGC-----C------GG-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------CCCC-C---CCCCCCCCCCCACACCCCGTATTC--CACGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140469                     :            aaaaaccgACGCTAACGC-----T------TG-----GGTG--AC--TA--GAATAG----------------ACCC-C----------------------TATTC--TTTGAATAGTCAAGATAA-CAA
gi|140434                     :                    ACGCCGACGC-----C------GT-----GGCG--AG--AA--CAACAA----------------CCCT-C----C-----------------TATTC--TATGAATAGTCAAACTAA-
gi|140464                     :                 cctACGCCGACGC-----C------GG-----GGCG--GG--TACTGAA-AA----------------CGTT-C----C-----------------TATTC--ATAGAATATTCGAGTTAA-AAA
gi|140412                     :                     TGCAGACAC-----C------GG-----GGCA--AG--AA--CAATAG----------------C-CT-C---TC-----------------TATTT--TTTTAATAGCCGTGCTAA-AAA
gi|140426                     : aaaaaccaacactgacggccgGCCGACGC-----C------TG-----GGCG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-T---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140436                     :        aaccaaggtgtgccGCCGACGC-----T------TG-----GGTG--AG--TA--CAATAG----------------CTCA-C---TT-----------------TATTA--TCCGAATAGTCGAGCCAA-AAA
gi|140471                     :                 ccgaaGCCGATGC-----C------AG-----GGTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C----T-----------------TATTC--TCCGAAAAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140472                     :                      GCCGACAC-----T------CG-----GG-G--AG--TA--GAATAG----------------ACCT-C---CT-----------------TTTTC--TTCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140470                     :                      GCCGACGC------------TC-----GGTG--AG--CA--AAATAG----------------C-CT-C---CT-----------------TATTC--TTTGATTAGTCAAGCTAA-
gi|140449                     :                      cCCAACGC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--GAATAA----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140456                     :                    acaCCGATGC-----C------TG-----GGCG--AG--TA--GAGTAG----------------CTGT-C---TT-----------------TATTC--TCTGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140453                     :                    acaCCGAAGC-----C------CG-----TGTG--AG--TA--AAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140442                     :                    acaCCGACGC-----C------CG-----GACA--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C----T-----------------TATTC--TTCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140402                     :                  cgacaCCG-CGC-----C------CG-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------CTCT-CCTGTT-----------------TATTC--TACGAATAGTCGAGCTCA-AAA
gi|140393                     :     aaaaaccaaagccgacacCCGACGC-----T------GG-----GGCG--AG--TA--CAATAG-----------------TCC-C---AC-----------------TATTC--TACGAATAGTCGAGTTAA-TAA
gi|140427                     :            aaaaacctacaCCGACGA-----C------TG-----GGCG--AG--TA--CAATAG----------------CCCC-C---AA------------------ATTA--TACGAATAGTTGAGCTAATAAA
gi|140428                     :                aactgacaCGATGC-----C------TG-----GTTG--AG--TA--GAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTTGAGCTAA-AAA
gi|140474                     :              aaccaaggtgCAACGC-----T------GG-----GGCG--AG--TA--GAACAG----------------CCCT-A---TT------------------ATTC--TACAAATATTCGAGCTAA-AAA
gi|140473                     :                        CGACGC-----C------GG-----GGCG--AG--TA--CAACAG----------------CCCC-C---CT------------------ATTC--TACGAATAGTCGAGCTA
gi|140475                     :                        CGATGC-----C------AG-----AGCG--AG--TA--CAAACA----------------CTCA-C---CT------------------ATTC--ATAGAATAGTCAAGTTAA-AAA
gi|140460                     :                         GACGC-----C------AG-----GGTG--AG-------AATAG----------------CTCT-C---CT-----------------TATTC--TTTGAACAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140476                     :                    acattGACCC-----C------CG-----GACG--AG--TA--CAATTA----------------CCCT-C---CT-----------------TATTC--TTCCAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140477                     :                         GACGC-----C------GA-----AGCA--AG--TA--CAAAAA----------------CTCC-C---AA------------------ATTC--ATAGAATAGTCGAGTTAA-AAA
gi|140443                     :                            GC-----C------TG-----GGTG--AG--TA--CAATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TGTTC--TCCTAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140478                     :                                  cgacgccttt-----GGCG--AG--TA--CATTAA----------------CCCC-C---CT------------------ATTC--TATGAATAGTCAAGTTAG-AAA
gi|140410                     :                                                    G--AG--TA--CAACAG----------------CCCC-C---CCCCCCC------------TATTC--TACAAATAGTCGAGCTAA-AAA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|140430 ): ACCAATGCTGACGCACGGACGAGTACAATAGCCCCTCTATTCTATGAATAGACGAGCAAAAAA
Unaligned ( gi|140420 ): AAAACTAACGCTGCCATTGGGGCGTGTACAATAGCCACCCTATTCTATGAATAGTCA
Unaligned ( gi|140425 ): AAACCTGAAAAGCTGACACCGGGGCAATACAATAGCCCTATTCTACAGATAGTCAAACTA
Unaligned ( gi|140413 ): AAAAATCAATGTCGACACCAGAGCAAGTACAATACCCGCCCTATTCTTCAAAAATTCAATAGCAAAA
Unaligned ( gi|140414 ): AAAAACCAACGCCGACGCCGGGGCGAGCACAGTA






Alignments
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lowQualScore                  :                                    0000 8888888   4      777     6666666666666666 9 44 4444444444444444444444     66 3                4   
consensus                     :                         AACGCCGACGC----CN------GGG-CGAGTAC--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TNCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
Reference ( family-333 )      :                         AACGCCGACGC----CN------GGG-CGAGTAC--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TNCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
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gi|140442                     :                        ccACACCGACGC----CC------GGA-CAAGTAG--AATAG----------------CTCT-C----T-----------------TATTC--TTCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
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gi|140455                     :                          ACGCCAATGC----CT------GGG-CAAGTAT--AACAC----------------CTCT-C---TC-----------------TATTG--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140456                     :                          ACACCGATGC----CT------GGG-CGAGTAG--AGTAG----------------CTGT-C---TT-----------------TATTC--TCTGAATAGTCGAGCTAA-AAA
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gi|140459                     :                          ACGCCGACAT----CT------GGG-TGAGCAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCGAAAAGTCGAGCTAA-AAA
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gi|140462                     :                          ATGCTGACAC----CT------GGG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCCAATATTCAAGCTAA-AAA
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gi|140473                     :                              CGACGC----CG------GGG-CGAGTAC--AACAG----------------C-CC-C---CC-----------------TATTC--TACGAATAGTCGAGCTA
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Alignments
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lowQualScore                  :                                    0000 8888888   4      777     6666666666666666 9 44 4444444444444444444444     66 3                4   
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Reference ( family-333 )      :                         AACGCCGACGC----CN------GGG-CGAGTAC--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TNCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
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gi|140452                     :                          ACGCCGACGC----CT------GTG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAAAAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140453                     :                          ACACCGAAGC----CC------GTG-TGAGTAA--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140454                     :                          ACGCCGACGC----CCACTCTTGGA-TGAGTAC--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------CATTC--TCCGAATAGTCGAGCTGA-AAA
gi|140455                     :                          ACGCCAATGC----CT------GGG-CAAGTAT--AACAC----------------CTCT-C---TC-----------------TATTG--TCCGAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140456                     :                          ACACCGATGC----CT------GGG-CGAGTAG--AGTAG----------------CTGT-C---TT-----------------TATTC--TCTGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140457                     :                          ATGCCAACGC----CC------GTG-TGAGTAG--AATAA----------------CTCT-C---TT------------------ATTC--CTCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140458                     :                          ATGCCAACGC----CT------GGG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCAAATACTCGAGCTAA-AAA
gi|140459                     :                          ACGCCGACAT----CT------GGG-TGAGCAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCGAAAAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140460                     :                          ACATTGACGC----CA------GGG-TGAG-----AATAG----------------CTCT-C---CT-----------------TATTC--TTTGAACAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140461                     :                          ACGCCGATGC----CC------GAG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140462                     :                          ATGCTGACAC----CT------GGG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCCAATATTCAAGCTAA-AAA
gi|140463                     :                          ACGCTGTCGC----CT------GGG-CGAGTAG--AATAG----------------ATCT------T-----------------TATTA--TTCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140464                     :                          ACGCCGACGC----CG------GGG-CGGGTACTGAA-AA----------------CGTT-C----C-----------------TATTC--ATAGAATATTCGAGTTAA-AAA
gi|140465                     :                          ATGCCGATGC----CC------GAG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140466                     :                          ATGCTGACGC----CC------AGG-TGAGTAG--ATTAG----------------CTCT-C---TT-----------------TTTTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140467                     :                          ATGCTGACGC----CC------AGG-TGAGTAG--ATTAG----------------CTCT-C---TT-----------------TTTTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140468                     :                          ACGCCGATGC----CC------GAG-TGAGTAG--AATAG----------------CTTC-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGT
gi|140469                     :                          ACGCTAACGC----TT------GGG-TGACTAG--AATAG----------------ACCC-C---T-------------------ATTC--TTTGAATAGTCAAGATAA-CAAaaaaaaaa
gi|140470                     :                           CGCCGACGC----TC------GG--TGAGCAA--AATAG----------------C-CT-C---CT-----------------TATTC--TTTGATTAGTCAAGCTAA-
gi|140471                     :                            GCCGATGC----CA------GGG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C----T-----------------TATTC--TCCGAAAAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140472                     :                            GCCGACAC----TC------GGG--GAGTAG--AATAG----------------ACCT-C---CT-----------------TTTTC--TTCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140473                     :                              CGACGC----CG------GGG-CGAGTAC--AACAG----------------C-CC-C---CC-----------------TATTC--TACGAATAGTCGAGCTA
gi|140474                     :                              CAACGC----TG------GGG-CGAGTAG--AACAG----------------CCCT-A---TT------------------ATTC--TACAAATATTCGAGCTAA-AAA
gi|140475                     :                              CGATGC----CA------GAG-CGAGTAC--AAACA----------------CTCA-C----C-----------------TATTC--ATAGAATAGTCAAGTTAA-AAA
gi|140476                     :                               GACCC----CC------GGA-CGAGTAC--AATTA----------------CCCT-C---CT-----------------TATTC--TTCCAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140477                     :                               GACGC----CG------AAG-CAAGTAC--AAAAA----------------CTCC-C---AA------------------ATTC--ATAGAATAGTCGAGTTAA-AAA
gi|140478                     :                                                 GG-CGAGTAC--ATTAA----------------CCCC-C---CT------------------ATTC--TATGAATAGTCAAGTTAG-AAA


blockSeqs                     :                                         CACTCTT          CTG     CACCCCCCCCCCCACC C TA CCCCCCCCCCCACACCCCG           A                T
blockSeqs                     :                                         G                C       AG               C C  CCCCCCCCCCCCCCCC              A                T
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T T  CCCCCCC                       A                T
blockSeqs                     :                                         A                C       .                C C  CTGTT                         A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                C C  GCT                           A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                C C  AC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                C C  CC                            T                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                T C  AC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                A A  AC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                T C  CC                            T                .
blockSeqs                     :                                         C                C       .                C C  TC                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T C  CT                            A                .
blockSeqs                     :                                         C                C       .                C T  CC                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                T       .                C A  CT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                C T  AC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                C T  GC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                A C  CT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T C  AA                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T C  TC                            A                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                C C  CC                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                C T  CC                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                G       .                C G  CC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                C A  CC                            T                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T A  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T C  TT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                C C  CC                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T C  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                T A  TT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                C T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T C  CA                            A                .
blockSeqs                     :                                         C                C       .                T C  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                T C  CA                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                C       .                T T  TC                            A                .
blockSeqs                     :                                         A                G       .                T C  TT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                T       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T T  CC                            A                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T C  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T A  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                T T  TT                            A                .
blockSeqs                     :                                         C                C       .                T C  AC                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  CT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T A  TT                            A                .
blockSeqs                     :                                         G                C       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T A  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         G                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         C                C       .                T T  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         T                T       .                T T  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         G                G       .                T T  TC                            T                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                G T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                T T  CT                            C                .
blockSeqs                     :                                         C                A       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                C T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         C                A       .                C T  TT                            T                .
blockSeqs                     :                                         T                C       .                C T  CT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                T       .                T T  CT                            T                .
blockSeqs                     :                                         A                G       .                C T  CC                            T                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                T T  TT                            C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                C T  CT                            T                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                . T  AA                            T                .
blockSeqs                     :                                         G                G       .                . T  CT                            T                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                . C  C                             C                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                . C  T                             C                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                . T  T                             C                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                . T  C                             C                .
blockSeqs                     :                                         T                G       .                . T  T                             T                .
blockSeqs                     :                                         C                G       .                . C  T                             T                .
blockSeqs                     :                                         A                G       .                . T  T                             C                .
blockSeqs                     :                                         C                A       .                . A  C                             T                .
blockSeqs                     :                                         G                G       .                . T  T                             A                .
blockSeqs                     :                                         G                G       .                . C  T                             A                 
blockSeqs                     :                                         A                C       .                . C  C                             T                 
blockSeqs                     :                                         C                G       .                . .  .                             T                 
blockSeqs                     :                                         G                C       .                . .  .                             T                 
blockSeqs                     :                                         .                C       .                . .  .                             A                 
blockSeqs                     :                                                          C       .                . .  .                             .                 
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Reference ( family-333 )      :                         AACGCCGACGC----CN------GGG-CGAGTAC--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TNCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
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gi|140459                     :                          ACGCCGACAT----CT------GGG-TGAGCAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCGAAAAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140460                     :                          ACATTGACGC----CA------GGG-TGAG-----AATAG----------------CTCT-C---CT-----------------TATTC--TTTGAACAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140461                     :                          ACGCCGATGC----CC------GAG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140462                     :                          ATGCTGACAC----CT------GGG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TTCCAATATTCAAGCTAA-AAA
gi|140463                     :                          ACGCTGTCGC----CT------GGG-CGAGTAG--AATAG----------------ATCT------T-----------------TATTA--TTCGAATAGTCGAGCTAA-AAA
gi|140464                     :                          ACGCCGACGC----CG------GGG-CGGGTACTGAA-AA----------------CGTT-C----C-----------------TATTC--ATAGAATATTCGAGTTAA-AAA
gi|140465                     :                          ATGCCGATGC----CC------GAG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGTCAA---AA-AAA
gi|140466                     :                          ATGCTGACGC----CC------AGG-TGAGTAG--ATTAG----------------CTCT-C---TT-----------------TTTTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140467                     :                          ATGCTGACGC----CC------AGG-TGAGTAG--ATTAG----------------CTCT-C---TT-----------------TTTTC--TCCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140468                     :                          ACGCCGATGC----CC------GAG-TGAGTAG--AATAG----------------CTTC-C---TT-----------------TATTC--TCCGAATAGT
gi|140469                     :                          ACGCTAACGC----TT------GGG-TGACTAG--AATAG----------------ACCC-C---T-------------------ATTC--TTTGAATAGTCAAGATAA-CAAaaaaaaaa
gi|140470                     :                           CGCCGACGC----TC------GG--TGAGCAA--AATAG----------------C-CT-C---CT-----------------TATTC--TTTGATTAGTCAAGCTAA-
gi|140471                     :                            GCCGATGC----CA------GGG-TGAGTAG--AATAG----------------CTCT-C----T-----------------TATTC--TCCGAAAAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140472                     :                            GCCGACAC----TC------GGG--GAGTAG--AATAG----------------ACCT-C---CT-----------------TTTTC--TTCAAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140473                     :                              CGACGC----CG------GGG-CGAGTAC--AACAG----------------C-CC-C---CC-----------------TATTC--TACGAATAGTCGAGCTA
gi|140474                     :                              CAACGC----TG------GGG-CGAGTAG--AACAG----------------CCCT-A---TT------------------ATTC--TACAAATATTCGAGCTAA-AAA
gi|140475                     :                              CGATGC----CA------GAG-CGAGTAC--AAACA----------------CTCA-C----C-----------------TATTC--ATAGAATAGTCAAGTTAA-AAA
gi|140476                     :                               GACCC----CC------GGA-CGAGTAC--AATTA----------------CCCT-C---CT-----------------TATTC--TTCCAATAGTCAAGCTAA-AAA
gi|140477                     :                               GACGC----CG------AAG-CAAGTAC--AAAAA----------------CTCC-C---AA------------------ATTC--ATAGAATAGTCGAGTTAA-AAA
gi|140478                     :                                                 GG-CGAGTAC--ATTAA----------------CCCC-C---CT------------------ATTC--TATGAATAGTCAAGTTAG-AAA