lowQualScore                  :         0 1   1        0 77777  0  000      2      00 0000     555555555 0  444 2222   1  0        1111111  0 0 0 22222 3  3333333 0    222      111 777777  111      1   00  11    11         0       0 111 4   3   2222 1  1      
lowQualScore                  :         . .   .        . .....  .  ...      .      .. ....     ......... .  ... ....   .  .        .......  . . . ..... .  ....... .    ...      ... ......  ...      .   ..  ..    ..         .       . ... .   .   .... .  .      
lowQualScore                  :         5 0   4        5 88888  5  888      3      66 9999     555555555 5  222 2222   0  5        7777777  5 5 5 77777 8  8888888 6    000      111 666666  111      3   99  66    77         7       8 333 4   9   0000 8  9      
consensus                     :      TAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-CAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CNAAATTGA----C-AA-AATTGA
Reference ( gi|36052 )        :      TAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----AGA-GG---GACAGCACGCTCG--A----CTATT---T--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--G---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAACTGA----C-AA-AATTGA
gi|36042                      :      TAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG----ACAGCGTGCTCG--G----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGATT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AATTGA
gi|36023                      :     aTGA-A-A-A-AGAGCTGT-T----GGA-GG---GACAGCGCGCTCA--A----CTATT---T--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAATTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AACTGAgta
gi|36043                      :    aaTAT-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCATGCGCG--A----CTTTT---C--G--G-AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CAA--AG--CAAG-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AATTGAgta
gi|36053                      :     aTAT-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAGAG-------TA-G-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---GCAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAATTAT-ATAATTT-T---CAAAATTGA----C-AA-AATTGAgta
gi|36054                      :      TAA-A-A-A-AGTACTGT-C----GGA-GG---GACAGCAAGCTCA--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TT--GT-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGAAT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AACTGAgta
gi|36024                      :      TAA-T-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GA---GACAATGCGCTCG--A----CTATT---C--A--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC---GAAACT---G--A---CA---ACAAAT-CAA--AG--CAAA-TAAGGGTTAT-CTAACTA-T---CAAGATTGA----CAAA-AATTGAgta
gi|36027                      :    agTAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACATGACGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TAT-GT-CACAAAAG-------TT-T-A-G-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---A--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--TAAA-C-AGAGTTAA-CTAACTT-A---CTAAATTGA----gta
gi|36055                      :    aaTAATA-ACA-AGAGC---------GGA-AA---GACAGCACGCTCG--A----CT-CT---C--A--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-CT-------T-GATT---TAGATC---G--A---TA---ACAAAT-CCT--AG--CAAA-CAAGAATTAT-CTAACTT-A---TTAAATTGA----
gi|36029                      :      TGA-A-ACA-AGAGCAGT-C----C---------ACAGCGCACTCA--A----CTATT---T--G--A-ATC--A----TTT-GT-TACAAAAG-------TA-G-A-A-----ACTT-------T-GATT---GAGATT---G--A---TG---ACCAAT-CTA--AG--TAAA-TAAGAGTTGT-CTCTCTT-A---CTAAATTAAACTGC-AA-AA
gi|36047                      :    aaTAT-A-ACA-AGAGCAAT-CT---ATA-GG---AA-AGCATGCTCA--A----CTATT---C--A--A-ATC--A----T---GT-CATGAAAG-------TA-C-ATA-----C-TT-------T-GATT---GAGACT---A--A---TG---ATCAAT-T----------AC-CAAGAGTTAT-CTCACCT-A---CTAAATTGA----
gi|36056                      :     aTAA-A-ACA-TGAGCTGT-C----AGA-GG---GACAGCGTGCTCG--A----CTATT---T--C--A-AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TT-------T-
gi|36057                      :      TAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-AG---GACAGCGCGCTCA--A----CTATT---T--C--G-AT---G-----CT-GT-TTTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TTTTTCACCT-GATCAA-AAGACTTAAA--C---TG---AAAAAT--TA--AGTCCAAA--AAGAATTA---TAACTT-----------TGC----C-AA-AATttcaggaaaaaagtaccaaatggaagacaat
gi|36034                      :      TAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCACTCA--A----CTATT---T--
gi|36038                      :    aaTAA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCACGCCCG--A----CT-TT---T--cgatgctgttctaaaacaatagctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaagtaaaa
gi|36035                      :    aaTAG-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCATGCTCG--A----CAATT---T--C--A-AT---ccgatgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccaaaatggaagacaaataaaa
gi|36049                      :    aaTAA-ATACA-AGAGCAGT-C----GGA-GG---GACTGCGCGCTCG--A----CTATT---T--
gi|36048                      :     aTAA-A-ATA-AGAGCTGT-T----GAA-AG---GACGGCACGCTCG--A----CAATT---T--GCAA-AT---A----
gi|36059                      :     aTAC-A-ACA-TGAGCTGT-T----GGA-GG---CACAGTGCGCTCA--A----CTGTT---T--C--A-AT---G----TTC-TT-C-TAAAAA-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-
gi|36058                      :      TAA-A-AGA-AG--CTGT-C----GGA-AG---GACAGCGCTCTCG--A----TTATT---CTAA--A-AT---A----TTT-------AAAA---------A-C-A-A-----G-TG-------T-Gttcaggaaataagtaccaaatggaatgaatgaatgaa
gi|36060                      :       AA-G-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCAAGCTCG--A----CTTTT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT---AAGACT---G--A---TG---ATAAAT-CAA--AG--CAAA-TAAGATTTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AATTGA
gi|36061                      :       AA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGAGCACTTG--A----CTATT---T--G--A-AT---A----TTT-GT-CGTAGAAG-------TA-C-A-A-----A-------------ATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CAA--TG--TAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-T---CAAAACTGA----C-AA-AATTGAgta
gi|36062                      :       AA-A-ACA-AGAGCTGA-C----ACA-AG---GACAGCTCGCTCG--A----CTATT---C--A--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAT-------TA-T-A-A-----A-TT-------T-GATT---GGGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCT--AG--TAAA-CACGAGTTAT-CTTTCTT-----TAATACT---------A-AATTGAgta
gi|36030                      :       AA-G-ACA-AGAGCTGT-C---------------CATAA-----G--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CATGAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---GCAAAT-CCA--AG--CAAA-CAAGAGTTAT-CTAACTT-A---GTAAATTGA----
gi|36031                      :   aatcAG-A-ACG-AGAGCTGT-C----AGT-AA---GACAGGACACCAG--G----CTGTT---T--A--A-AT---T----TAT-GT-CACAAGAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---AGAAAT-CCA--AA--CAAA-CAAGAGTTAT-CTTACT
gi|36063                      :    aacAA-A-ACA-AGAGCTTT-C-----GA-AG---GACAGCGCGCTCG--A----TTTTT---T--A--A-A----G----CTT-GT-CTCAAAAT-------AA-T-A-G-----A-TTTCAGG--T-GATT---GAGAAT---G--aagttg
gi|36065                      :       AA-A-ACA-AGAGCTGT-T----GGA-GG---AACAGTATGCTTG--A----CTATT---T--a
gi|36064                      :       AA-A-ACA-AGACATGT-C----CGT-AA---GACAGCGCGCTGG--A----CTATT---T--G--C-AC---AGC--TTT-GT-CA-ATAAG-------TA-CTA-A-----A-T
gi|36026                      :       AA-ATACA-AGAGCTGT-C----GGA-CG---GACAGCACGCTCGATA----CTGTT---
gi|36066                      :     aaaA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGTGCACTCC--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTTAA-CTAACTT-A---CAAAATCAA----C-AA-AACTGA
gi|36025                      :        A-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAA-G-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT---TAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-CAAGAGTTTT-CTAACTT-A---CAAAAgta
gi|36068                      :     aatA-A-ACA-AGAGCTGT-C----TTA-GG---GACAGCGTGCTCG--A----CTATCGAAT--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CTAA-CAAAAGTTAT-CTTACTT-A---CTAAATTGA----t
gi|36067                      :        A-A-ACA-AGAGCTGT-C----AGA-GG---GACAGTGCGCTCA--C----CTATT---C--G--A-AT---A----CTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT---GAGACT---G--A---TA---ACACAT-CCA--TG--CAAA-TAAGAG----------TT-A---CAAAATTGA----C-AA-AATTGA
gi|36070                      :        A-A-GCA-AGAGCTGT-A----GGA-GG---GACAGCACGCTCG--A----CTATT---C--G--T-AT---A----TGT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GCTT---AAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--C-----AAGAGTTAT-CTAACTA-A---CTCAATTGA----C-gta
gi|36069                      :        A-A-ACA-AGAACTGT-T----GAT-AA---GACAACGCGCTCA--A----CTATT---C--C--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGAAT---G--A---TG---ACAAAT-CAG--AG--CAAA-CAAGAGTTAT-CTAACGT-A---CTAAA
gi|36071                      :        A-A-CCA-AGAGCTGT-C----GGA-AG---GACAGCGCGCTAG--A----CTGTT---C--T--A-AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---A--A---TG---AC---T-CCA--AG--CTTA-CACGATTTAT-CTAACTT-A---CTAAATTGA----t
gi|36028                      :        A-A-GCA-AAAGCTAT-C----GGA-GG---AATAGCGCGCTCG--CTCTTCTATT---C--C--A-AT---A----TTT-GT-CATAAA-G-------AA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT---TAGATT---A--A---TG---ACAAAT-CTA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAA
gi|36072                      :     aatA-A-ACA-AGAGCTG--C----TGATAA---GACTGTGCACTCA--A----CTATT---T--G--A-AT---A----TGT-TT-CACAAAAG-------T--T-A-A-----A-TT-------T-TATT---GAGGCT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--TAAA-GAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CTAAATCGA----
gi|36073                      :        A-A-ACA-AGAGCTGT-T-------------------------G--A-----TATT---T--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGATT---G--A---TG---AAAAAT-CCA--AG--CAAA-CAAGAGTAAT-CTAATTT-A---CTAAATTGA----
gi|36036                      :        A-A-ACA-AGAGCAGTTC----ATA-AA---AA-AACATGCTCA--A----CTAGT---C--G--A-ATC--A----TTT-GT-CACAATAA-------TA-C-A-G-----A-CT-------TCGATT---GAGACT---T--A---TG---ACCAAT-CTA--GC--TAAA-CAAAAGTTAT-CTCACTT-
gi|36046                      :   aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-TT---GACAGTGTGCTTG--A----ATATT---C--G--A-AT---A----TTT-GC-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GAT
gi|36037                      :     atcA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GGGACGACAGCGTGCTCG--A----CTATT---T--C--A-AT---G----TT
gi|36075                      :    aattA-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCATGCTCA--A----CTATT---T--C--G-AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T---TT---CA-------G--G---AA---ATAAATACCA--AA--CAGA-AGACAATTAgttttgaaacaacagctttttttcaggaaataaataccaaatggaagacaattaaaact
gi|36074                      :        A-A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--G----C-ATT-----------AT---A----TTC-AT--GCAAGAG-------Taagt
gi|36040                      :        A-A-ACA-AGAGCTGT-C----AGA--G---GACAGGACGCTCA--A----CTTTT---T--T--A-A----G----CTT-GT-CTCAGA----------A-C-A-A-----G-TT-------T-CAT
gi|36039                      :   aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-T----GGA-GG---GACAGTGTGCTCA--A----CTATT---T--C--A-AT---G----CTG-TT-CCTAAAA
gi|36041                      : aatatttA-A-ACA-AGAGCTGT-C----AGA-GG---GACAGCATGCT---------CTAT----------A-AT---A----T
gi|36076                      :      aat-A-ACA-AGAGCTGT-C----AGA-GG---GACAGCGTGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------AA-C-C-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAATTAA----C-AA-AATTGAcgatgctgttctaaaacaacatctatttcaggaaataagaactaaatgaaagacacttaatataaaaattaataact
gi|36045                      :         -A-ACT-AGAGCTGT-T----GGA-GG---GACAGCGAGCTCG--A----CTATT---C--A--A-AA---A----TTT-GT-AAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TC-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-TTAACTT-A---CAAAATTGA----gta
gi|36081                      :  ataagtt-A-ACA-AGAGCTGT-C----AAA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----TTATT---C--A--A-AT---A-------------CA-----------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TA---GCAAAT-CCA--AC--CAAA-TAAGAGTTAT-TTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AATTGA
gi|36080                      :         -A-ACATAGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGTGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---A--A---TG---ACAACT-CCA--AG--CTTA-CACGATTTAT-CTTACTT-A---CTAAATTGA----gta
gi|36078                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GGCAGTGCGCTTG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAAAA--A---TAA----A---CAAAATTGA----
gi|36079                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACGGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG----------------G--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTTGA---CAAATTTGA----A-AA-
gi|36082                      :         -A-ACATAGAGCTGT-T----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-AATT---GAGACT---A--A---TG---ACAACT-CCA--AG--CTTA-CACGATTTAT-CTTACTT-A---CTAAATTGA----
gi|36085                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GAT-AA---GACAGCGCGCTCA--C----CTATT---C--G--A-TT---A----TTT-GT-CACTTAGG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCG--AG--CAAA-CAAGAGTTAT-CTTACTT-A---CTAAACTGA----
gi|36083                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-T----GGA-AT---GACAGCATGCTCG--A----CTATT---C--C--A-AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAA
gi|36084                      :         -A-ACATAGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-TT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT---GAGACT---A--A---CG---ACAACT-CCA--AG--CTTA-CACGATTTAT-CTTAATT-A---CTAAATTGA----
gi|36087                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GATA---CATTAG--A----CTATT---C--C--A-AT---G----TTT-GT-CACAAAAA-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC---GAAACT---G--G---TG---ACCAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAGTT
gi|36033                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-T-------------GATAA-------G--A----CTATT---C--T--A-AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GTGACT---G--A---TG---ACAATT-ACA--AG--CAAA-CAAGAGTTAT-----CTT-A---CTAAATTGA----gcaaaaattgagaagat
gi|36086                      :    aacat-A-ACA-AGAACAGT-C----CAT-AA---GACAGCGCGCTCT--G----CTATT---C--G--A-ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT---GAGAAT---G--A---AG---ACCAAT-CGA--AG--TAAA-TAATAACTGT-CTCAATT-A---CTAAATTGA----
gi|36090                      :         -A-AAA-AAAGCTGT-C----GGA-GG---GATAGCACACTGA--A----CTATT---T--G---------------TT-GT-C-----------------C-A-G-------TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CAA--AG--CTAA-TAAG----AT-CTAACTA-A---CAAAATTG
gi|36092                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-CC---ATA-AG---------ACGCTTG--A----CTATT---C--A--T-ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TAAC-A-A-----C-TT-------T-GATT---AAGACT---G--A---TG---ACCAAT-CCA--GG--TAAA-GAAAAGTCAT-CT
gi|36091                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----TGA-GG---GACAGCACACTGG--A----CT------C--G--A-AT---A----TAT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT---GAGACT---G--A---Tttctaaattga
gi|36088                      :         -A-ACA-AGAGCAGT-CCATAAGA-TG---G-C-GTGCACTCA--A----CTATT---C--A--A-AT---AA---TTT-AC-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-CTA------T-GATT---TAGACC---A--A---TG---ACCCAT-CCA--AG--TAAACT--GAGTTGT-CTCACTT-A---CTAAACTGA----
gi|36095                      :         -A-ACA-AGAGCTCT-T----GAT-AA---GACAGCATGCTGG--A----CTTTT---C--A--A-AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-A-A-A-----A--------------------AAA------------TG---ACATAT-CCA--AC--CAAA-CAAGAGTTAT-CTAACTT-T---C-TAACTTA----C-TA-AACTGA
gi|36099                      :         -A-ACA-AGAGCAGT-C----CGT-AA---GACAGAGCACTTG--A----CAATT---C--A--A-ATC--A----GTT-GC-AATAAAAA-------TG-C-A-A-----AGTT-------T-GATC---GAGACT---G--A---TG---GCCAAT-TCA--AG--GATA-CAAGAGATTT-CTCACTT-A---gta
gi|36094                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCACGCTCG--A----CTATT---T--ttcaattaatt
gi|36093                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-T----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---T--
gi|36098                      :         -A-GCA-AGAGCTAT-C----GGA-GG---GACAGCACGCTTG--A----CTATT---T--C--A-AT---
gi|36077                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GAA-AG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---T--C--G-AT---G-----TT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-
gi|36089                      :         -A-ACA-AGAGCAGT-C----GGA-AG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATT---T--C--A-AT---ttcaggaaataagtaccaaaaggaagacaattaaaatt
gi|36102                      :         -A-ACA-TGAGCTGT-C----GGT-GG---GACAGCACGCTCG--A----CCATT---T--gctgtaaaacaaacgttttcatgaattaagtaccaattggaagacaattaatatagaactca
gi|36100                      :         -A-ACA-CGAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCACTGA--A----CTATT---T--C--G-AT---ACTGTTTT-AA-AACAAAAG-------
gi|36097                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GCA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----CTATA---T--C--G-AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T---TTCAGGAAATA---C--G---TG---CCAAAT-GGA--AGA-CAAT-TAAAActttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaattaaaacta
gi|36104                      :         -A-ACA-AGAACTGT-C----GGA-GG---TATGGCGCGCTCG--A----CTATT---T--ct
gi|36103                      :         -A-ACA-AGAGCTGC-C----AG--TA---GACAGCGCGCTCG--A----CTATTC--T--C--A-GT---G----CTT-G---ACAA----------TA-C-A-AT----A-TT-------cgatgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccagacggaagacaattaaaact
gi|36096                      :         -A-ACA-AGCGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCACTCG--G----CTATT---T--A--G-AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-T-A-G-----C-TT-------T---TT---CA-------G--G---AA---ATAAGTACCA--AA--TAGA-AAAAAATTA---AAACTT-AGGGTAAAACT
gi|36101                      :         -A-ATA-ACAGCTGT-C----GGA-GG---GACAGCGCGCTCG--A----TTAAT---T--ta
gi|36050                      :         -A-ACA-AGAGCTGT-C----GGA--G---GATAGTGTGCTCG--A----CT-TC---T--GA-A-AT---A-----TT-GT-C
gi|36105                      :     ataaac-ACA-AGAGCTGT-C----GGA-AG---GACAGCACGCTTG--A----CTATT---C--A--A-AT---A----TTT-GT-CACATAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT---GAGACT---G--A---TG---ATAAAT-CCA--AG--CAAC-CAATAGTTAT-CTAACTT-A---CTAAATTGA----
gi|36106                      :           -ACA-AGAGCAGT-C----CCA-AA---GACAGCATGTTCA--A----CTATA---C--A--A-ATC--A----TTT-GT-CACAGATG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACCAAT-CCA--AG--TAAA-CAAGAGTTAT-CTCACTT-A---CTAAATTGA----
gi|36107                      :           -ACA-ATAACTGT-C----AAT-AA---GTCAGC----TCG--A----CAATT---C--A--A-AT---A----TTT-GT-CTCATAAT-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---GAAG---TG-----AAAT-CCA--AA--CAAA-CAAGACTGAT-CTAACTT-A---CTAAACTGA----
gi|36108                      :           -ACA-AGAGTTTT-C----GGA-AG---GATATTGTGCTCG--A----CTATTC--T--A--AGAT---A----TTT-ATAAACAAGAG-------TG-C-A-AAC---A-TT-------T-GAT
gi|36051                      :               -AAAGTTGT-C----AGA-GG---AA-AGCGCGCTCG--A----C-ATT---T--T--G-AT---G----CTT-GT-CATAAA----------A-C-A-ATAGCTA-TT-------T-AAT------GACT---G--GACATG---GAAAAT-TAT--AA--AAAA-TAAGAAGCATGCTA---T-A---CAA
gi|36044                      :         ataaacttGAGCAGT-C----GGA-TG---AACAGCGCGCTCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TA---ACAAAT-CCA--AG--CAAA-TAAGAATTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-ATTTGAttatac
gi|36032                      :         atgaaaatGAGCTGT-C----GAT-AA---AACAGCGCACTCG--A----ATATT---C--G--A-AT---A----TTT-GT-C------G-------CA-C---------A-TT-------T-GACT---GCGACT---G--A---TT---ACATAT-CCA--AG--CAAA-TA--AGTTAT-CTAATTT-A---CTAAATTGA----gta
gi|36109                      :            aatataacCTGT-C----GGA-GG---GAAAGCACGTTTG--A----CTATT---C--T--T-AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------TG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--
gi|36110                      :                                    ---GACAGCGTATTTG--G----CTTTT---A--G--A-AT---C----TTTTAT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----GCTT-------T-GATT---GAAACT---G--A---TA---ACAAAT-CCA--AT--TAAA-CA--AGTTAT-CTCACTT-A---CAGAATTGA----G-AA-aatcgtataaaaaatatat
gi|36111                      :                                          AGC-CGTTCG--A----CTATT---C--T--A-AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------CG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--AAT-TGAATAAAAAT-ATATTAG--TAAAGTAAAACTTAT-
gi|36112                      :                                               GCCCG--G----CT--T---T--G--A-TT---A----TTC-G--AATAAAAG-------TA-C-A-A-------TT-------T-GATT---GAGATT---G--A---TG---ATAAAT-CAA--AT--AAAA-CAAGAGTTAT-TTAACTT-A---
gi|36113                      :                                                 TCG--A----CTATT---C--G--A-AT---A----TTTTGT-CATAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-TCA--AG-----G-TAAGTGTTAT-----CTT-A---CAAG---GG----C-AATAATTaattaa
gi|36114                      :                                                 TTG--A----CTACT---G--G--A-ATCATA----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT---AAGACT---T--A---TG---AC
gi|36115                      :                                                       ----CTATT-----------AT--------TTT-TT-TACAAGAGCTGTCAATA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT---GGGACT---G--A---TG---ATAATT-AAA--AG--CAAA-TAAGAGTTAT-CTAACTT-A---CAAAATTGA----C-AA-AACTGA
gi|36116                      :                                                                          -AT---A----TTT-GT-CACAAAAC-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT---GAGACT---G--A---TG---ACAAAT-CCA--AG--CAGA-AAAGAGTTCT-TTAACCT-A---CTAAAgta





Alignments
lowQualScore                  :            0 1   1        0   0   000          00   00 0000   0 0 111 222 00  444 2222   1  0        1111111  0 0 0 22222 3  3333333 0    00       111 111        1     00    0              0 1111 0  1       1111 1        
lowQualScore                  :            . .   .        .   .   ...          ..   .. ....   . . ... ... ..  ... ....   .  .        .......  . . . ..... .  ....... .    ..       ... ...        .     ..    .              . .... .  .       .... .        
lowQualScore                  :            5 0   4        5   5   888          66   66 9999   9 4 444 333 66  222 2222   0  5        7777777  5 5 5 77777 8  8888888 6    99       111 111        4     99    3              7 5555 7  5       8888 9        
consensus                     :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
Reference ( family-325 )      :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36023                      :         TGA-A-A-A-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGA
gi|36024                      :       aaTAA-T-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGA---GACAATGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAAACTG---A---CAACAAAT-CAAAG--CAAATAAGGGTTATCTAAC-T----A-TCAAGATTGA----CAAAAATTGAgta
gi|36025                      :         agA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAA-G-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--TAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTTTCTAAC-T----T-ACAAAATgta
gi|36026                      :       aatAA-ATACA-AGAGCTGT-CGG-ACG---GACAGCACGC--TCGATA----CTG-T-T---
gi|36027                      :      aaaTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACATGACGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TAT-GT-CACAAAAG-------TT-T-A-G-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGACAAAT-CCAAG--TAAAC-AGAGTTAACTAAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36028                      :         aaA-A-GCA-AAAGCTAT-CGG-AGG---AATAGCGCGC--TCG--CTCTTCTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CATAAA-G-------AA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--TAGATTA---A---TGACAAAT-CTAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAA
gi|36029                      :      aatTGA-A-ACA-AGAGCAGT-CC---------ACAGCGCAC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--ATC--A----TTT-GT-TACAAAAG-------TA-G-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGACCAAT-CTAAG--TAAATAAGAGTTGTCTCTC-T----T-ACTAAATTAAACTGC-AAAA
gi|36030                      :        aaAA-G-ACA-AGAGCTGT-CC---------ATAA---------G--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CATGAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGGCAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-AGTAAATTGA----
gi|36031                      :      aatcAG-A-ACG-AGAGCTGT-CAG-TAA---GACAGGACAC--CAG--G----CTG-T-T---T--AA--AT---T----TAT-GT-CACAAGAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGAGAAAT-CCAAA--CAAACAAGAGTTAT----C-T----T-ACTAAGTTG
gi|36032                      :                 aacGAGCTGT-CGA-TAA---AACAGCGCAC--TCG--A----ATA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-C------G-------CA-C---------A-TT-------T-GACT--GCGACTG---A---TTACATAT-CCAAG--CAAATA--AGTTATCTAAT-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36033                      :    aatataac-A-ACA-AGAGCTGT-TG---------ATAA---------G--A----CTA-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GTGACTG---A---TGACAATT-ACAAG--CAAACAAGAGTTAT----C-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36034                      :    aacatTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TCA--A----CTATT-T---C--GA--
gi|36035                      :       aaTAG-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--TCG--A----CAA-T-T---T--CA--AT---tgctgttctaaaacaatagctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaagtaaaa
gi|36036                      :         aaA-A-ACA-AGAGCAGTTCAT-AAA---AA-AACATGC--TCA--A----CTA-G-T---C--GA--ATC--A----TTT-GT-CACAATAA-------TA-C-A-G-----A-CT-------TCGATT--GAGACTT---A---TGACCAAT-CTAGC--TAAACAAAAGTTATCTCAC-T----T-
gi|36037                      :      aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGGGACGACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G----TT
gi|36038                      :     aattTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCACGC--CCG--A----CTT-T-T---C--gttttgaaacaacagctttttttcaggaaataaataccaaatggaagacaattaaaact
gi|36039                      :         aaA-A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGTGTGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G----CTG-TT-CCTAAAAcgatgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccaaaatggaagacaaataaaa
gi|36040                      :    aatatttA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-A-G---GACAGGACGC--TCA--A----CTT-T-T---T--TA--A----G----CTT-GT-CTCAGA----------A-C-A-A-----G-TT-------T-CAT
gi|36041                      :      aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCATGC--T---------CTA-T---------A--AT---A----T
gi|36042                      :      aatTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG----ACAGCGTGC--TCG--G----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAcgatgctgttctaaaacaacatctatttcaggaaataagaactaaatgaaagacacttaatataaaaattaataact
gi|36043                      :        aTAT-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--GCG--A----CTT-T-T---C--GG--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAAAG--CAAGTAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36044                      :                   aGAGCAGT-CGG-ATG---AACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TAACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAATTTGAgta
gi|36045                      :    atgaaaat-A-ACT-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGAGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AA---A----TTT-GT-AAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TC-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATTTAAC-T----T-ACAAAATTGA----gta
gi|36046                      :    ataagttA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-ATT---GACAGTGTGC--TTG--A----ATA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GC-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GAT
gi|36047                      :      atcTAT-A-ACA-AGAGCAAT-CTA-TAG---GAAAGCATGC--TCA--A----CTA-T-T---C--AA--ATC--A----T---GT-CATGAAAG-------TA-C-ATA-----C-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGATCAAT-T--------ACCAAGAGTTATCTCAC-C----T-ACTAAATTGA----
gi|36048                      :        aTAA-A-ATA-AGAGCTGT-TGA-AAG---GACGGCACGC--TCG--A----CAA-T-TTG-C--AA--AT---A----
gi|36049                      :        aTAA-ATACA-AGAGCAGT-CGG-AGG---GACTGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---
gi|36050                      :           a-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-A-G---GATAGTGTGC--TCG--A----CTT-C-T---G--AA--AT---A-----TT-GT-Ct
gi|36051                      :            ataaac-AAAGTTGT-CAG-AGG---AA-AGCGCGC--TCG--A----C-A-T-T---T--TG--AT---G----CTT-GT-CATAAA----------A-C-A-ATAGCTA-TT-------T-AAT-----GACTGGACA---TGGAAAAT-TATAA--AAAATAAGA
gi|36052                      : ataaacttTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---G---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAACTGA----C-AAAATTGAagcatgctatacaattatac
gi|36053                      :         TAT-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAGAG-------TA-G-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGGCAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATATAAT-T----T-TCAAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36054                      :         TAA-A-A-A-AGTACTGT-CGG-AGG---GACAGCAAGC--TCA--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TT--GT-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGAATG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGAgta
gi|36055                      :         TAATA-ACA-AGAGC-----GG-AAA---GACAGCACGC--TCG--A----CT--C-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-CT-------T-GATT--TAGATCG---A---TAACAAAT-CCTAG--CAAACAAGAATTATCTAAC-T----T-ATTAAATTGA----gta
gi|36056                      :         TAA-A-ACA-TGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TT-------T-
gi|36057                      :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----CT-GT-TTTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TTTTTCACCT-GATCAAAAGACTT---AAACTGAAAAAT--TAAGTCCAAA-AAGAATTA--TAACTT----T-GCCAAAttcaggaaaaaagtaccaaatggaagacaat
gi|36058                      :         TAA-A-AGA-AG--CTGT-CGG-AAG---GACAGCGCTC--TCG--A----TTA-T-T---CTAAA--AT---A----TTT-------AAAA---------A-C-A-A-----G-TG-------T-Gat
gi|36059                      :         TAC-A-ACA-TGAGCTGT-TGG-AGG---CACAGTGCGC--TCA--A----CTG-T-T---T--CA--AT---G----TTC-TT-C-TAAAAA-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-
gi|36060                      :          AA-G-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCAAGC--TCG--A----CTT-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--AAGACTG---A---TGATAAAT-CAAAG--CAAATAAGATTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAttcaggaaataagtaccaaatggaatgaatgaatgaa
gi|36061                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGAGCAC--TTG--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CGTAGAAG-------TA-C-A-A-----A-------------ATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAATG--TAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-TCAAAACTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36062                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGA-CAC-AAG---GACAGCTCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAT-------TA-T-A-A-----A-TT-------T-GATT--GGGACTG---A---TGACAAAT-CCTAG--TAAACACGAGTTATCTTTC-TTTAAT-ACTAAATTGA----gta
gi|36063                      :          AA-A-ACA-AGAGCTTT-CGA-AGG----ACAGCGCGC--TCG--A----TTT-T-T---T--AA--A----G----CTT-GT-CTCAAAAT-------AA-T-A-G-----A-TTTCAGG--T-GATT--GAGAATG---A---
gi|36064                      :          AA-A-ACA-AGACATGT-CCG-TAA---GACAGCGCGC--TGG--A----CTA-T-T---T--GC--AC---AGC--TTT-GT-CA-ATAAG-------TA-CTA-A-----A-T
gi|36065                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---AACAGTATGC--TTG--A----CTA-T-T---
gi|36066                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGTGCAC--TCC--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTAACTAAC-T----T-ACAAAATCAA----C-AAAACTGAt
gi|36067                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGTGCGC--TCA--C----CTA-T-T---C--GA--AT---A----CTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGACTG---A---TAACACAT-CCATG--CAAATAAGAG----------T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36068                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CTT-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-CGAAT--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CTAACAAAAGTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----gta
gi|36069                      :           A-A-ACA-AGAACTGT-TGA-TAA---GACAACGCGC--TCA--A----CTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGAATG---A---TGACAAAT-CAGAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-G----T-ACTAAAT
gi|36070                      :           A-A-GCA-AGAGCTGT-AGG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GT--AT---A----TGT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GCTT--AAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG------CAAGAGTTATCTAAC-T----A-ACTCAATTGA----C-
gi|36071                      :           A-A-CCA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TAG--A----CTG-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGAC---T-CCAAG--CTTACACGATTTATCTAAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36072                      :           A-A-ACA-AGAGCTGC-TGA-TAA---GACTGTGCAC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TGT-TT-CACAAAAG-------T--T-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGGCTG---A---TGACAAAT-CCAAG--TAAAGAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACTAAATCGA----
gi|36073                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-TGA------------------------------TA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGAAAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTAATCTAAT-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36074                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--G----C-A-T-T----------AT---A----TTC-AT--GCAAGAG-------T
gi|36075                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T---TT--CAG---G---A----AATAAATACCAAA--CAGAAGACAATTA
gi|36076                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------AA-C-C-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTAA----C-AAAATTGAaagt
gi|36077                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGA-AAG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----TT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-gta
gi|36078                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GGCAGTGCGC--TTG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAAAA--A--TAA---------ACAAAATTGA----ttcaggaaataagtaccaaaaggaagacaattaaaatt
gi|36079                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACGGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--GAGACTG---A---TG-----------G--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----TGACAAATTTGA----A-AA
gi|36080                      :            -A-ACATAGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36081                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CAA-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----TTA-T-T---C--AA--AT---A-------------CA-----------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TAGCAAAT-CCAAC--CAAATAAGAGTTATTTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36082                      :            -A-ACATAGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-AATT--GAGACTA---A---TGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----gta
gi|36083                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AAT---GACAGCATGC--TCG--A----CTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAA
gi|36084                      :            -A-ACATAGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-TT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT--GAGACTA---A---CGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAA-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36085                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGA-TAA---GACAGCGCGC--TCA--C----CTA-T-T---C--GA--TT---A----TTT-GT-CACTTAGG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCGAG--CAAACAAGAGTTATCTTAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36086                      :            -A-ACA-AGAACAGT-CCA-TAA---GACAGCGCGC--TCT--G----CTA-T-T---C--GA--ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGAATG---A---AGACCAAT-CGAAG--TAAATAATAACTGTCTCAA-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36087                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GATA---CAT--TAG--A----CTA-T-T---C--CA--AT---G----TTT-GT-CACAAAAA-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAAACTG---G---TGACCAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTG--CAA------------AAATTGA----G-AAGAT
gi|36088                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CCA-TAA---GATGGCGTGCACTCA--A----CTA-T-T---C--AA--AT---AA---TTT-AC-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-CTA------T-GATT--TAGACCA---A---TGACCCAT-CCAAG--TAAAC-TGAGTTGTCTCAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36089                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---
gi|36090                      :            -A-AAA-AAAGCTGT-CGG-AGG---GATAGCACAC--TGA--A----CTA-T-T---T--G--------------TT-GT-C-----------------C-A-G-------TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAAAG--CTAATAAG----ATCTAAC-T----A-ACAAAATTGgctgtaaaacaaacgttttcatgaattaagtaccaattggaagacaattaatatagaactca
gi|36091                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CTG-AGG---GACAGCACAC--TGG--A----CT--------C--GA--AT---A----TAT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--GAGACTG---A---T
gi|36092                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CC---------ATAAGACGC--TTG--A----CTA-T-T---C--AT--ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TAAC-A-A-----C-TT-------T-GATT--AAGACTG---A---TGACCAAT-CCAGG--TAAAGAAAAGTCATCT----T----T--CTAAATTGA----
gi|36093                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---
gi|36094                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---t
gi|36095                      :            -A-ACA-AGAGCTCT-TGA-TAA---GACAGCATGC--TGG--A----CTT-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA---A-A-----A-------------------AAA------A---TGACATAT-CCAAC--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-TCTAACTT-A----C-TAAACTGAt
gi|36096                      :            -A-ACA-AGCGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TCG--G----CTA-T-T---T--AG--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-T-A-G-----C-TT-------T---TT--CAG---G---A----AATAAGTACCAAA--TAGAAAAAAATTA--AAAC-T----T-Agta
gi|36097                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGC-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-TAT---C--GA--gggtaaaactta
gi|36098                      :            -A-GCA-AGAGCTAT-CGG-AGG---GACAGCACGC--TTG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---tgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaatacgtgccaaatggaagacaattaaaact
gi|36099                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CCG-TAA---GACAGAGCAC--TTG--A----CAA-T-T---C--AA--ATC--A----GTT-GC-AATAAAAA-------TG-C-A-A-----AGTT-------T-GATC--GAGACTG---A---TGGCCAAT-TCAAG--GATACAAGAGATTTCTCAC-T----T-ATTCAATTAA----
gi|36100                      :            -A-ACA-CGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TGA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---ACTGTTTT-AA-AACAAAAG-------tt
gi|36101                      :            -A-ATA-ACAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----TTA-ctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaattaaaacta
gi|36102                      :            -A-ACA-TGAGCTGT-CGG-TGG---GACAGCACGC--TCG--A----CCA-T-T---att
gi|36103                      :            -A-ACA-AGAGCTGC-CAGTAG-----ACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---CT-CA--GT---G----CTT-G---ACAA----------TA-C-A-AT----A-TT-------t
gi|36104                      :            -A-ACA-AGAACTGT-CGG-AGG---TATGGCGCGC--TCG--A----CTATT-T---C--GA--
gi|36105                      :              -ACA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCACGC--TTG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACATAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT--GAGACTG---A---TGATAAAT-CCAAG--CAACCAATAGTTATCTAAC-T----T-ACTAAATTGA----tgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccagacggaagacaattaaaact
gi|36106                      :              -ACA-AGAGCAGT-CCC-AAA---GACAGCATGT--TCA--A----CTA-T-A---C--AA--ATC--A----TTT-GT-CACAGATG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACCAAT-CCAAG--TAAACAAGAGTTATCTCAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36107                      :              -ACA-ATAACTGT-CAA-TAA---GTCAGC------TCG--A----CAA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CTCATAAT-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---AGTGAAAT-CCAAA--CAAACAAGACTGATCTAAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36108                      :              -ACA-AGAGTTTT-CGG-AAG---GATATTGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--TAAGAT---A----TTT-ATAAACAAGAG-------TG-C-A-AAC---A-TT-------T-GAT
gi|36109                      :                       CTGT-CGG-AGG---GAAAGCACGT--TTG--A----CTA-T-T---C--TT--AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------TG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---
gi|36110                      :                                   ---GACAGCGTAT--TTG--G----CTT-T-T---A--GA--AT---C----TTTTAT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----GCTT-------T-GATT--GAAACTG---A---TAACAAAT-CCAAT--TAAACA--AGTTATCTCAC-T----T-ACAGAATTGA----G-AAatcgtataaaaaatatat
gi|36111                      :                                         AGC-CGT--TCG--A----CTA-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------CG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---
gi|36112                      :                                                --TTG--A----TTA-T-T---C--GA--AT---A---------------AAAG-------TA-C-A-A-------TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGATAAAT-CAAAT--AAAACAAGAGTTATTTAAC-T----T----AAATTAA----attgaataaaaatatattagtaaagtaaaacttat
gi|36113                      :                                        gcccggct--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTTTGT-CATAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-TCAAG-----GTAAGTGTTATCTTAC-
gi|36114                      :                                                --TTG--A----CTA-C-T---G--GA--ATCATA----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--AAGACTT---A---TGACaagggcaataatt
gi|36115                      :                                                        ----CTA-T-T----------AT--------TTT-TT-TACAAGAGCTGTCAATA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GGGACTG---A---TGATAATT-AAAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGA
gi|36116                      :                                                                           --AT---A----TTT-GT-CACAAAAC-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAGAAAAGAGTTCTTTAAC-C----T-ACTAAATgta





Alignments
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lowQualScore                  :            . .   .        .   .   ...          ..   .. ....   . . ... ... ..  ... ....   .  .        .......  . . . ..... .  ....... .    ..       ... ...        .     ..    .              . .... .  .       .... .        
lowQualScore                  :            5 0   4        5   5   888          66   66 9999   9 4 444 333 66  222 2222   0  5        7777777  5 5 5 77777 8  8888888 6    99       111 111        4     99    3              7 5555 7  5       8888 9        
consensus                     :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
Reference ( family-325 )      :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36023                      :         TGA-A-A-A-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGA
gi|36024                      :       aaTAA-T-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGA---GACAATGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAAACTG---A---CAACAAAT-CAAAG--CAAATAAGGGTTATCTAAC-T----A-TCAAGATTGA----CAAAAATTGAgta
gi|36025                      :         agA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAA-G-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--TAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTTTCTAAC-T----T-ACAAAATgta
gi|36026                      :       aatAA-ATACA-AGAGCTGT-CGG-ACG---GACAGCACGC--TCGATA----CTG-T-T---
gi|36027                      :      aaaTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACATGACGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TAT-GT-CACAAAAG-------TT-T-A-G-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGACAAAT-CCAAG--TAAAC-AGAGTTAACTAAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36028                      :         aaA-A-GCA-AAAGCTAT-CGG-AGG---AATAGCGCGC--TCG--CTCTTCTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CATAAA-G-------AA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--TAGATTA---A---TGACAAAT-CTAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAA
gi|36029                      :      aatTGA-A-ACA-AGAGCAGT-CC---------ACAGCGCAC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--ATC--A----TTT-GT-TACAAAAG-------TA-G-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGACCAAT-CTAAG--TAAATAAGAGTTGTCTCTC-T----T-ACTAAATTAAACTGC-AAAA
gi|36030                      :        aaAA-G-ACA-AGAGCTGT-CC---------ATAA---------G--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CATGAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGGCAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-AGTAAATTGA----
gi|36031                      :      aatcAG-A-ACG-AGAGCTGT-CAG-TAA---GACAGGACAC--CAG--G----CTG-T-T---T--AA--AT---T----TAT-GT-CACAAGAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGAGAAAT-CCAAA--CAAACAAGAGTTAT----C-T----T-ACTAAGTTG
gi|36032                      :                 aacGAGCTGT-CGA-TAA---AACAGCGCAC--TCG--A----ATA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-C------G-------CA-C---------A-TT-------T-GACT--GCGACTG---A---TTACATAT-CCAAG--CAAATA--AGTTATCTAAT-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36033                      :    aatataac-A-ACA-AGAGCTGT-TG---------ATAA---------G--A----CTA-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GTGACTG---A---TGACAATT-ACAAG--CAAACAAGAGTTAT----C-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36034                      :    aacatTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TCA--A----CTATT-T---C--GA--
gi|36035                      :       aaTAG-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--TCG--A----CAA-T-T---T--CA--AT---tgctgttctaaaacaatagctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaagtaaaa
gi|36036                      :         aaA-A-ACA-AGAGCAGTTCAT-AAA---AA-AACATGC--TCA--A----CTA-G-T---C--GA--ATC--A----TTT-GT-CACAATAA-------TA-C-A-G-----A-CT-------TCGATT--GAGACTT---A---TGACCAAT-CTAGC--TAAACAAAAGTTATCTCAC-T----T-
gi|36037                      :      aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGGGACGACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G----TT
gi|36038                      :     aattTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCACGC--CCG--A----CTT-T-T---C--gttttgaaacaacagctttttttcaggaaataaataccaaatggaagacaattaaaact
gi|36039                      :         aaA-A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGTGTGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G----CTG-TT-CCTAAAAcgatgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccaaaatggaagacaaataaaa
gi|36040                      :    aatatttA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-A-G---GACAGGACGC--TCA--A----CTT-T-T---T--TA--A----G----CTT-GT-CTCAGA----------A-C-A-A-----G-TT-------T-CAT
gi|36041                      :      aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCATGC--T---------CTA-T---------A--AT---A----T
gi|36042                      :      aatTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG----ACAGCGTGC--TCG--G----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAcgatgctgttctaaaacaacatctatttcaggaaataagaactaaatgaaagacacttaatataaaaattaataact
gi|36043                      :        aTAT-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--GCG--A----CTT-T-T---C--GG--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAAAG--CAAGTAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36044                      :                   aGAGCAGT-CGG-ATG---AACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TAACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAATTTGAgta
gi|36045                      :    atgaaaat-A-ACT-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGAGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AA---A----TTT-GT-AAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TC-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATTTAAC-T----T-ACAAAATTGA----gta
gi|36046                      :    ataagttA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-ATT---GACAGTGTGC--TTG--A----ATA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GC-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GAT
gi|36047                      :      atcTAT-A-ACA-AGAGCAAT-CTA-TAG---GAAAGCATGC--TCA--A----CTA-T-T---C--AA--ATC--A----T---GT-CATGAAAG-------TA-C-ATA-----C-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGATCAAT-T--------ACCAAGAGTTATCTCAC-C----T-ACTAAATTGA----
gi|36048                      :        aTAA-A-ATA-AGAGCTGT-TGA-AAG---GACGGCACGC--TCG--A----CAA-T-TTG-C--AA--AT---A----
gi|36049                      :        aTAA-ATACA-AGAGCAGT-CGG-AGG---GACTGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---
gi|36050                      :           a-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-A-G---GATAGTGTGC--TCG--A----CTT-C-T---G--AA--AT---A-----TT-GT-Ct
gi|36051                      :            ataaac-AAAGTTGT-CAG-AGG---AA-AGCGCGC--TCG--A----C-A-T-T---T--TG--AT---G----CTT-GT-CATAAA----------A-C-A-ATAGCTA-TT-------T-AAT-----GACTGGACA---TGGAAAAT-TATAA--AAAATAAGA
gi|36052                      : ataaacttTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---G---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAACTGA----C-AAAATTGAagcatgctatacaattatac
gi|36053                      :         TAT-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAGAG-------TA-G-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGGCAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATATAAT-T----T-TCAAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36054                      :         TAA-A-A-A-AGTACTGT-CGG-AGG---GACAGCAAGC--TCA--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TT--GT-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGAATG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGAgta
gi|36055                      :         TAATA-ACA-AGAGC-----GG-AAA---GACAGCACGC--TCG--A----CT--C-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-CT-------T-GATT--TAGATCG---A---TAACAAAT-CCTAG--CAAACAAGAATTATCTAAC-T----T-ATTAAATTGA----gta
gi|36056                      :         TAA-A-ACA-TGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TT-------T-
gi|36057                      :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----CT-GT-TTTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TTTTTCACCT-GATCAAAAGACTT---AAACTGAAAAAT--TAAGTCCAAA-AAGAATTA--TAACTT----T-GCCAAAttcaggaaaaaagtaccaaatggaagacaat
gi|36058                      :         TAA-A-AGA-AG--CTGT-CGG-AAG---GACAGCGCTC--TCG--A----TTA-T-T---CTAAA--AT---A----TTT-------AAAA---------A-C-A-A-----G-TG-------T-Gat
gi|36059                      :         TAC-A-ACA-TGAGCTGT-TGG-AGG---CACAGTGCGC--TCA--A----CTG-T-T---T--CA--AT---G----TTC-TT-C-TAAAAA-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-
gi|36060                      :          AA-G-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCAAGC--TCG--A----CTT-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--AAGACTG---A---TGATAAAT-CAAAG--CAAATAAGATTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAttcaggaaataagtaccaaatggaatgaatgaatgaa
gi|36061                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGAGCAC--TTG--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CGTAGAAG-------TA-C-A-A-----A-------------ATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAATG--TAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-TCAAAACTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36062                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGA-CAC-AAG---GACAGCTCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAT-------TA-T-A-A-----A-TT-------T-GATT--GGGACTG---A---TGACAAAT-CCTAG--TAAACACGAGTTATCTTTC-TTTAAT-ACTAAATTGA----gta
gi|36063                      :          AA-A-ACA-AGAGCTTT-CGA-AGG----ACAGCGCGC--TCG--A----TTT-T-T---T--AA--A----G----CTT-GT-CTCAAAAT-------AA-T-A-G-----A-TTTCAGG--T-GATT--GAGAATG---A---
gi|36064                      :          AA-A-ACA-AGACATGT-CCG-TAA---GACAGCGCGC--TGG--A----CTA-T-T---T--GC--AC---AGC--TTT-GT-CA-ATAAG-------TA-CTA-A-----A-T
gi|36065                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---AACAGTATGC--TTG--A----CTA-T-T---
gi|36066                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGTGCAC--TCC--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTAACTAAC-T----T-ACAAAATCAA----C-AAAACTGAt
gi|36067                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGTGCGC--TCA--C----CTA-T-T---C--GA--AT---A----CTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGACTG---A---TAACACAT-CCATG--CAAATAAGAG----------T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36068                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CTT-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-CGAAT--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CTAACAAAAGTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----gta
gi|36069                      :           A-A-ACA-AGAACTGT-TGA-TAA---GACAACGCGC--TCA--A----CTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGAATG---A---TGACAAAT-CAGAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-G----T-ACTAAAT
gi|36070                      :           A-A-GCA-AGAGCTGT-AGG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GT--AT---A----TGT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GCTT--AAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG------CAAGAGTTATCTAAC-T----A-ACTCAATTGA----C-
gi|36071                      :           A-A-CCA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TAG--A----CTG-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGAC---T-CCAAG--CTTACACGATTTATCTAAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36072                      :           A-A-ACA-AGAGCTGC-TGA-TAA---GACTGTGCAC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TGT-TT-CACAAAAG-------T--T-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGGCTG---A---TGACAAAT-CCAAG--TAAAGAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACTAAATCGA----
gi|36073                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-TGA------------------------------TA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGAAAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTAATCTAAT-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36074                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--G----C-A-T-T----------AT---A----TTC-AT--GCAAGAG-------T
gi|36075                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T---TT--CAG---G---A----AATAAATACCAAA--CAGAAGACAATTA
gi|36076                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------AA-C-C-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTAA----C-AAAATTGAaagt
gi|36077                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGA-AAG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----TT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-gta
gi|36078                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GGCAGTGCGC--TTG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAAAA--A--TAA---------ACAAAATTGA----ttcaggaaataagtaccaaaaggaagacaattaaaatt
gi|36079                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACGGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--GAGACTG---A---TG-----------G--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----TGACAAATTTGA----A-AA
gi|36080                      :            -A-ACATAGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36081                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CAA-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----TTA-T-T---C--AA--AT---A-------------CA-----------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TAGCAAAT-CCAAC--CAAATAAGAGTTATTTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36082                      :            -A-ACATAGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-AATT--GAGACTA---A---TGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----gta
gi|36083                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AAT---GACAGCATGC--TCG--A----CTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAA
gi|36084                      :            -A-ACATAGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-TT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT--GAGACTA---A---CGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAA-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36085                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGA-TAA---GACAGCGCGC--TCA--C----CTA-T-T---C--GA--TT---A----TTT-GT-CACTTAGG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCGAG--CAAACAAGAGTTATCTTAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36086                      :            -A-ACA-AGAACAGT-CCA-TAA---GACAGCGCGC--TCT--G----CTA-T-T---C--GA--ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGAATG---A---AGACCAAT-CGAAG--TAAATAATAACTGTCTCAA-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36087                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GATA---CAT--TAG--A----CTA-T-T---C--CA--AT---G----TTT-GT-CACAAAAA-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAAACTG---G---TGACCAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTG--CAA------------AAATTGA----G-AAGAT
gi|36088                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CCA-TAA---GATGGCGTGCACTCA--A----CTA-T-T---C--AA--AT---AA---TTT-AC-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-CTA------T-GATT--TAGACCA---A---TGACCCAT-CCAAG--TAAAC-TGAGTTGTCTCAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36089                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---
gi|36090                      :            -A-AAA-AAAGCTGT-CGG-AGG---GATAGCACAC--TGA--A----CTA-T-T---T--G--------------TT-GT-C-----------------C-A-G-------TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAAAG--CTAATAAG----ATCTAAC-T----A-ACAAAATTGgctgtaaaacaaacgttttcatgaattaagtaccaattggaagacaattaatatagaactca
gi|36091                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CTG-AGG---GACAGCACAC--TGG--A----CT--------C--GA--AT---A----TAT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--GAGACTG---A---T
gi|36092                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CC---------ATAAGACGC--TTG--A----CTA-T-T---C--AT--ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TAAC-A-A-----C-TT-------T-GATT--AAGACTG---A---TGACCAAT-CCAGG--TAAAGAAAAGTCATCT----T----T--CTAAATTGA----
gi|36093                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---
gi|36094                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---t
gi|36095                      :            -A-ACA-AGAGCTCT-TGA-TAA---GACAGCATGC--TGG--A----CTT-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA---A-A-----A-------------------AAA------A---TGACATAT-CCAAC--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-TCTAACTT-A----C-TAAACTGAt
gi|36096                      :            -A-ACA-AGCGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TCG--G----CTA-T-T---T--AG--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-T-A-G-----C-TT-------T---TT--CAG---G---A----AATAAGTACCAAA--TAGAAAAAAATTA--AAAC-T----T-Agta
gi|36097                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGC-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-TAT---C--GA--gggtaaaactta
gi|36098                      :            -A-GCA-AGAGCTAT-CGG-AGG---GACAGCACGC--TTG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---tgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaatacgtgccaaatggaagacaattaaaact
gi|36099                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CCG-TAA---GACAGAGCAC--TTG--A----CAA-T-T---C--AA--ATC--A----GTT-GC-AATAAAAA-------TG-C-A-A-----AGTT-------T-GATC--GAGACTG---A---TGGCCAAT-TCAAG--GATACAAGAGATTTCTCAC-T----T-ATTCAATTAA----
gi|36100                      :            -A-ACA-CGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TGA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---ACTGTTTT-AA-AACAAAAG-------tt
gi|36101                      :            -A-ATA-ACAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----TTA-ctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaattaaaacta
gi|36102                      :            -A-ACA-TGAGCTGT-CGG-TGG---GACAGCACGC--TCG--A----CCA-T-T---att
gi|36103                      :            -A-ACA-AGAGCTGC-CAGTAG-----ACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---CT-CA--GT---G----CTT-G---ACAA----------TA-C-A-AT----A-TT-------t
gi|36104                      :            -A-ACA-AGAACTGT-CGG-AGG---TATGGCGCGC--TCG--A----CTATT-T---C--GA--
gi|36105                      :              -ACA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCACGC--TTG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACATAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT--GAGACTG---A---TGATAAAT-CCAAG--CAACCAATAGTTATCTAAC-T----T-ACTAAATTGA----tgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccagacggaagacaattaaaact
gi|36106                      :              -ACA-AGAGCAGT-CCC-AAA---GACAGCATGT--TCA--A----CTA-T-A---C--AA--ATC--A----TTT-GT-CACAGATG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACCAAT-CCAAG--TAAACAAGAGTTATCTCAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36107                      :              -ACA-ATAACTGT-CAA-TAA---GTCAGC------TCG--A----CAA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CTCATAAT-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---AGTGAAAT-CCAAA--CAAACAAGACTGATCTAAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36108                      :              -ACA-AGAGTTTT-CGG-AAG---GATATTGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--TAAGAT---A----TTT-ATAAACAAGAG-------TG-C-A-AAC---A-TT-------T-GAT
gi|36109                      :                       CTGT-CGG-AGG---GAAAGCACGT--TTG--A----CTA-T-T---C--TT--AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------TG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---
gi|36110                      :                                   ---GACAGCGTAT--TTG--G----CTT-T-T---A--GA--AT---C----TTTTAT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----GCTT-------T-GATT--GAAACTG---A---TAACAAAT-CCAAT--TAAACA--AGTTATCTCAC-T----T-ACAGAATTGA----G-AAatcgtataaaaaatatat
gi|36111                      :                                         AGC-CGT--TCG--A----CTA-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------CG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---
gi|36112                      :                                                --TTG--A----TTA-T-T---C--GA--AT---A---------------AAAG-------TA-C-A-A-------TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGATAAAT-CAAAT--AAAACAAGAGTTATTTAAC-T----T----AAATTAA----attgaataaaaatatattagtaaagtaaaacttat
gi|36113                      :                                        gcccggct--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTTTGT-CATAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-TCAAG-----GTAAGTGTTATCTTAC-
gi|36114                      :                                                --TTG--A----CTA-C-T---G--GA--ATCATA----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--AAGACTT---A---TGACaagggcaataatt
gi|36115                      :                                                        ----CTA-T-T----------AT--------TTT-TT-TACAAGAGCTGTCAATA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GGGACTG---A---TGATAATT-AAAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGA
gi|36116                      :                                                                           --AT---A----TTT-GT-CACAAAAC-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAGAAAAGAGTTCTTTAAC-C----T-ACTAAATgta


blockSeqs                     :                  T                                                GAA TAA     CAT CTGT   T           CTGTCAA        TAGCT C  TTTCACC               GAC AAC        A                            TTAA    A       ACTG A
blockSeqs                     :                  T                                                TG  TC      C   GC     T           .              AC    C  TCAGG                 .   .          A                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  T                                                .   A       C   A      .           .              T     C  A                     .   .          .                            .       T       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       C   .      .           .              .     G  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       C   .      .           .              .     C  .                     .   .          .                            .       T       .    .
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blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   T       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       C       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .    .
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   T       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   T       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T       .     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T             
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T             
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A             
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       A             
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       T             
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       .             
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .       .             
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .                     
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                            .                     
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .          .                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .                                                             
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                     .   .                                                             
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                     .   .                                                             
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .                                                             
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                     .   .                                                             
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   C       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .      .           .              .     .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .              .     .                                                                                          
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .                                                                                                               
blockSeqs                     :                  .                                                .   A       .   .      .           .                                                                                                               
blockSeqs                     :                  .                                                .   T       .   .      .                                                                                                                           
blockSeqs                     :                  .                                                .   T       .   .      .                                                                                                                           
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   T       .   .                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .   .                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                  .                                                .   G       .                                                                                                                                      
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blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
finalCons                     :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA





Alignments
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lowQualScore                  :            . .   .        .   .   ...          ..   .. ....   . . ... ... ..  ... ....   .  .        .......  . . . ..... .  ....... .    ..       ... ...        .     ..    .              . .... .  .       .... .        
lowQualScore                  :            5 0   4        5   5   888          66   66 9999   9 4 444 333 66  222 2222   0  5        7777777  5 5 5 77777 8  8888888 6    99       111 111        4     99    3              7 5555 7  5       8888 9        
consensus                     :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
Reference ( family-325 )      :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACNAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36023                      :         TGA-A-A-A-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGA
gi|36024                      :       aaTAA-T-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGA---GACAATGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAAACTG---A---CAACAAAT-CAAAG--CAAATAAGGGTTATCTAAC-T----A-TCAAGATTGA----CAAAAATTGAgta
gi|36025                      :         agA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAA-G-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--TAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTTTCTAAC-T----T-ACAAAATgta
gi|36026                      :       aatAA-ATACA-AGAGCTGT-CGG-ACG---GACAGCACGC--TCGATA----CTG-T-T---
gi|36027                      :      aaaTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACATGACGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TAT-GT-CACAAAAG-------TT-T-A-G-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGACAAAT-CCAAG--TAAAC-AGAGTTAACTAAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36028                      :         aaA-A-GCA-AAAGCTAT-CGG-AGG---AATAGCGCGC--TCG--CTCTTCTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CATAAA-G-------AA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--TAGATTA---A---TGACAAAT-CTAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAA
gi|36029                      :      aatTGA-A-ACA-AGAGCAGT-CC---------ACAGCGCAC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--ATC--A----TTT-GT-TACAAAAG-------TA-G-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGACCAAT-CTAAG--TAAATAAGAGTTGTCTCTC-T----T-ACTAAATTAAACTGC-AAAA
gi|36030                      :        aaAA-G-ACA-AGAGCTGT-CC---------ATAA---------G--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CATGAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGGCAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-AGTAAATTGA----
gi|36031                      :      aatcAG-A-ACG-AGAGCTGT-CAG-TAA---GACAGGACAC--CAG--G----CTG-T-T---T--AA--AT---T----TAT-GT-CACAAGAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGAGAAAT-CCAAA--CAAACAAGAGTTAT----C-T----T-ACTAAGTTG
gi|36032                      :                 aacGAGCTGT-CGA-TAA---AACAGCGCAC--TCG--A----ATA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-C------G-------CA-C---------A-TT-------T-GACT--GCGACTG---A---TTACATAT-CCAAG--CAAATA--AGTTATCTAAT-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36033                      :    aatataac-A-ACA-AGAGCTGT-TG---------ATAA---------G--A----CTA-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GTGACTG---A---TGACAATT-ACAAG--CAAACAAGAGTTAT----C-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36034                      :    aacatTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TCA--A----CTATT-T---C--GA--
gi|36035                      :       aaTAG-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--TCG--A----CAA-T-T---T--CA--AT---tgctgttctaaaacaatagctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaagtaaaa
gi|36036                      :         aaA-A-ACA-AGAGCAGTTCAT-AAA---AA-AACATGC--TCA--A----CTA-G-T---C--GA--ATC--A----TTT-GT-CACAATAA-------TA-C-A-G-----A-CT-------TCGATT--GAGACTT---A---TGACCAAT-CTAGC--TAAACAAAAGTTATCTCAC-T----T-
gi|36037                      :      aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGGGACGACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G----TT
gi|36038                      :     aattTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCACGC--CCG--A----CTT-T-T---C--gttttgaaacaacagctttttttcaggaaataaataccaaatggaagacaattaaaact
gi|36039                      :         aaA-A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGTGTGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G----CTG-TT-CCTAAAAcgatgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccaaaatggaagacaaataaaa
gi|36040                      :    aatatttA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-A-G---GACAGGACGC--TCA--A----CTT-T-T---T--TA--A----G----CTT-GT-CTCAGA----------A-C-A-A-----G-TT-------T-CAT
gi|36041                      :      aatatA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCATGC--T---------CTA-T---------A--AT---A----T
gi|36042                      :      aatTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG----ACAGCGTGC--TCG--G----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAcgatgctgttctaaaacaacatctatttcaggaaataagaactaaatgaaagacacttaatataaaaattaataact
gi|36043                      :        aTAT-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--GCG--A----CTT-T-T---C--GG--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAAAG--CAAGTAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36044                      :                   aGAGCAGT-CGG-ATG---AACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TAACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAATTTGAgta
gi|36045                      :    atgaaaat-A-ACT-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGAGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AA---A----TTT-GT-AAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TC-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATTTAAC-T----T-ACAAAATTGA----gta
gi|36046                      :    ataagttA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-ATT---GACAGTGTGC--TTG--A----ATA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GC-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GAT
gi|36047                      :      atcTAT-A-ACA-AGAGCAAT-CTA-TAG---GAAAGCATGC--TCA--A----CTA-T-T---C--AA--ATC--A----T---GT-CATGAAAG-------TA-C-ATA-----C-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGATCAAT-T--------ACCAAGAGTTATCTCAC-C----T-ACTAAATTGA----
gi|36048                      :        aTAA-A-ATA-AGAGCTGT-TGA-AAG---GACGGCACGC--TCG--A----CAA-T-TTG-C--AA--AT---A----
gi|36049                      :        aTAA-ATACA-AGAGCAGT-CGG-AGG---GACTGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---
gi|36050                      :           a-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-A-G---GATAGTGTGC--TCG--A----CTT-C-T---G--AA--AT---A-----TT-GT-Ct
gi|36051                      :            ataaac-AAAGTTGT-CAG-AGG---AA-AGCGCGC--TCG--A----C-A-T-T---T--TG--AT---G----CTT-GT-CATAAA----------A-C-A-ATAGCTA-TT-------T-AAT-----GACTGGACA---TGGAAAAT-TATAA--AAAATAAGA
gi|36052                      : ataaacttTAA-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---G---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAACTGA----C-AAAATTGAagcatgctatacaattatac
gi|36053                      :         TAT-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAGAG-------TA-G-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGGCAAAT-CCAAG--CAAATAAGAATTATATAAT-T----T-TCAAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36054                      :         TAA-A-A-A-AGTACTGT-CGG-AGG---GACAGCAAGC--TCA--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TT--GT-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGAATG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGAgta
gi|36055                      :         TAATA-ACA-AGAGC-----GG-AAA---GACAGCACGC--TCG--A----CT--C-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-CT-------T-GATT--TAGATCG---A---TAACAAAT-CCTAG--CAAACAAGAATTATCTAAC-T----T-ATTAAATTGA----gta
gi|36056                      :         TAA-A-ACA-TGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TT-------T-
gi|36057                      :         TAA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----CT-GT-TTTAAAAC-------AA-C-A-A-----C-TTTTTCACCT-GATCAAAAGACTT---AAACTGAAAAAT--TAAGTCCAAA-AAGAATTA--TAACTT----T-GCCAAAttcaggaaaaaagtaccaaatggaagacaat
gi|36058                      :         TAA-A-AGA-AG--CTGT-CGG-AAG---GACAGCGCTC--TCG--A----TTA-T-T---CTAAA--AT---A----TTT-------AAAA---------A-C-A-A-----G-TG-------T-Gat
gi|36059                      :         TAC-A-ACA-TGAGCTGT-TGG-AGG---CACAGTGCGC--TCA--A----CTG-T-T---T--CA--AT---G----TTC-TT-C-TAAAAA-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-
gi|36060                      :          AA-G-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCAAGC--TCG--A----CTT-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--AAGACTG---A---TGATAAAT-CAAAG--CAAATAAGATTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAttcaggaaataagtaccaaatggaatgaatgaatgaa
gi|36061                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGAGCAC--TTG--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CGTAGAAG-------TA-C-A-A-----A-------------ATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAATG--TAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-TCAAAACTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36062                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGA-CAC-AAG---GACAGCTCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAT-------TA-T-A-A-----A-TT-------T-GATT--GGGACTG---A---TGACAAAT-CCTAG--TAAACACGAGTTATCTTTC-TTTAAT-ACTAAATTGA----gta
gi|36063                      :          AA-A-ACA-AGAGCTTT-CGA-AGG----ACAGCGCGC--TCG--A----TTT-T-T---T--AA--A----G----CTT-GT-CTCAAAAT-------AA-T-A-G-----A-TTTCAGG--T-GATT--GAGAATG---A---
gi|36064                      :          AA-A-ACA-AGACATGT-CCG-TAA---GACAGCGCGC--TGG--A----CTA-T-T---T--GC--AC---AGC--TTT-GT-CA-ATAAG-------TA-CTA-A-----A-T
gi|36065                      :          AA-A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---AACAGTATGC--TTG--A----CTA-T-T---
gi|36066                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGTGCAC--TCC--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTAACTAAC-T----T-ACAAAATCAA----C-AAAACTGAt
gi|36067                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGTGCGC--TCA--C----CTA-T-T---C--GA--AT---A----CTT-GT-CACAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGACTG---A---TAACACAT-CCATG--CAAATAAGAG----------T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGAgta
gi|36068                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CTT-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-CGAAT--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CTAACAAAAGTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----gta
gi|36069                      :           A-A-ACA-AGAACTGT-TGA-TAA---GACAACGCGC--TCA--A----CTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGAATG---A---TGACAAAT-CAGAG--CAAACAAGAGTTATCTAAC-G----T-ACTAAAT
gi|36070                      :           A-A-GCA-AGAGCTGT-AGG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GT--AT---A----TGT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GCTT--AAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG------CAAGAGTTATCTAAC-T----A-ACTCAATTGA----C-
gi|36071                      :           A-A-CCA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TAG--A----CTG-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGAC---T-CCAAG--CTTACACGATTTATCTAAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36072                      :           A-A-ACA-AGAGCTGC-TGA-TAA---GACTGTGCAC--TCA--A----CTA-T-T---T--GA--AT---A----TGT-TT-CACAAAAG-------T--T-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGGCTG---A---TGACAAAT-CCAAG--TAAAGAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACTAAATCGA----
gi|36073                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-TGA------------------------------TA-T-T---T--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGAAAAAT-CCAAG--CAAACAAGAGTAATCTAAT-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36074                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--G----C-A-T-T----------AT---A----TTC-AT--GCAAGAG-------T
gi|36075                      :           A-A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCATGC--TCA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T---TT--CAG---G---A----AATAAATACCAAA--CAGAAGACAATTA
gi|36076                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CAG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAGAAG-------AA-C-C-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTAA----C-AAAATTGAaagt
gi|36077                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGA-AAG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CG--AT---G-----TT-GT-TCTAAAAC-------AA-C-A-G-----C-TT-------T-gta
gi|36078                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GGCAGTGCGC--TTG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAAAAA--A--TAA---------ACAAAATTGA----ttcaggaaataagtaccaaaaggaagacaattaaaatt
gi|36079                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACGGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--GAGACTG---A---TG-----------G--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----TGACAAATTTGA----A-AA
gi|36080                      :            -A-ACATAGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTA---A---TGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36081                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CAA-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----TTA-T-T---C--AA--AT---A-------------CA-----------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TAGCAAAT-CCAAC--CAAATAAGAGTTATTTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAATTGA
gi|36082                      :            -A-ACATAGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-AATT--GAGACTA---A---TGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAC-T----T-ACTAAATTGA----gta
gi|36083                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AAT---GACAGCATGC--TCG--A----CTA-T-T---C--CA--AT---A----TTT-GT-CATAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------C-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAAATAA
gi|36084                      :            -A-ACATAGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTT-TT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT--GAGACTA---A---CGACAACT-CCAAG--CTTACACGATTTATCTTAA-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36085                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGA-TAA---GACAGCGCGC--TCA--C----CTA-T-T---C--GA--TT---A----TTT-GT-CACTTAGG-------TA-C-A-C-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCGAG--CAAACAAGAGTTATCTTAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36086                      :            -A-ACA-AGAACAGT-CCA-TAA---GACAGCGCGC--TCT--G----CTA-T-T---C--GA--ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGAATG---A---AGACCAAT-CGAAG--TAAATAATAACTGTCTCAA-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36087                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GATA---CAT--TAG--A----CTA-T-T---C--CA--AT---G----TTT-GT-CACAAAAA-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATC--GAAACTG---G---TGACCAAT-CCAAG--CAAATAAGAGTTG--CAA------------AAATTGA----G-AAGAT
gi|36088                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CCA-TAA---GATGGCGTGCACTCA--A----CTA-T-T---C--AA--AT---AA---TTT-AC-CACAAAAG-------AA-C-A-A-----A-CTA------T-GATT--TAGACCA---A---TGACCCAT-CCAAG--TAAAC-TGAGTTGTCTCAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36089                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CGG-AAG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---
gi|36090                      :            -A-AAA-AAAGCTGT-CGG-AGG---GATAGCACAC--TGA--A----CTA-T-T---T--G--------------TT-GT-C-----------------C-A-G-------TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CAAAG--CTAATAAG----ATCTAAC-T----A-ACAAAATTGgctgtaaaacaaacgttttcatgaattaagtaccaattggaagacaattaatatagaactca
gi|36091                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CTG-AGG---GACAGCACAC--TGG--A----CT--------C--GA--AT---A----TAT-GT-CAAAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TA-------T-GATT--GAGACTG---A---T
gi|36092                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CC---------ATAAGACGC--TTG--A----CTA-T-T---C--AT--ATC--A----TTT-GT-CACAAAAG-------TAAC-A-A-----C-TT-------T-GATT--AAGACTG---A---TGACCAAT-CCAGG--TAAAGAAAAGTCATCT----T----T--CTAAATTGA----
gi|36093                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-TGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---
gi|36094                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCACGC--TCG--A----CTA-T-T---t
gi|36095                      :            -A-ACA-AGAGCTCT-TGA-TAA---GACAGCATGC--TGG--A----CTT-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACAAAAG-------TA---A-A-----A-------------------AAA------A---TGACATAT-CCAAC--CAAACAAGAGTTATCTAAC-T----T-TCTAACTT-A----C-TAAACTGAt
gi|36096                      :            -A-ACA-AGCGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TCG--G----CTA-T-T---T--AG--AT---G-----CT-GT-TCTAAAAC-------AA-T-A-G-----C-TT-------T---TT--CAG---G---A----AATAAGTACCAAA--TAGAAAAAAATTA--AAAC-T----T-Agta
gi|36097                      :            -A-ACA-AGAGCTGT-CGC-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----CTA-TAT---C--GA--gggtaaaactta
gi|36098                      :            -A-GCA-AGAGCTAT-CGG-AGG---GACAGCACGC--TTG--A----CTA-T-T---T--CA--AT---tgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaatacgtgccaaatggaagacaattaaaact
gi|36099                      :            -A-ACA-AGAGCAGT-CCG-TAA---GACAGAGCAC--TTG--A----CAA-T-T---C--AA--ATC--A----GTT-GC-AATAAAAA-------TG-C-A-A-----AGTT-------T-GATC--GAGACTG---A---TGGCCAAT-TCAAG--GATACAAGAGATTTCTCAC-T----T-ATTCAATTAA----
gi|36100                      :            -A-ACA-CGAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCAC--TGA--A----CTA-T-T---T--CG--AT---ACTGTTTT-AA-AACAAAAG-------tt
gi|36101                      :            -A-ATA-ACAGCTGT-CGG-AGG---GACAGCGCGC--TCG--A----TTA-ctttttcaggaaataagtaccaaatggaagacaattaaaacta
gi|36102                      :            -A-ACA-TGAGCTGT-CGG-TGG---GACAGCACGC--TCG--A----CCA-T-T---att
gi|36103                      :            -A-ACA-AGAGCTGC-CAGTAG-----ACAGCGCGC--TCG--A----CTA-T-T---CT-CA--GT---G----CTT-G---ACAA----------TA-C-A-AT----A-TT-------t
gi|36104                      :            -A-ACA-AGAACTGT-CGG-AGG---TATGGCGCGC--TCG--A----CTATT-T---C--GA--
gi|36105                      :              -ACA-AGAGCTGT-CGG-AAG---GACAGCACGC--TTG--A----CTA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CACATAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GAAT--GAGACTG---A---TGATAAAT-CCAAG--CAACCAATAGTTATCTAAC-T----T-ACTAAATTGA----tgctgttctaaaacaacagctttttcaggaaataagtaccagacggaagacaattaaaact
gi|36106                      :              -ACA-AGAGCAGT-CCC-AAA---GACAGCATGT--TCA--A----CTA-T-A---C--AA--ATC--A----TTT-GT-CACAGATG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACCAAT-CCAAG--TAAACAAGAGTTATCTCAC-T----T-ACTAAATTGA----
gi|36107                      :              -ACA-ATAACTGT-CAA-TAA---GTCAGC------TCG--A----CAA-T-T---C--AA--AT---A----TTT-GT-CTCATAAT-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---AGTGAAAT-CCAAA--CAAACAAGACTGATCTAAC-T----T-ACTAAACTGA----
gi|36108                      :              -ACA-AGAGTTTT-CGG-AAG---GATATTGTGC--TCG--A----CTA-T-T---C--TAAGAT---A----TTT-ATAAACAAGAG-------TG-C-A-AAC---A-TT-------T-GAT
gi|36109                      :                       CTGT-CGG-AGG---GAAAGCACGT--TTG--A----CTA-T-T---C--TT--AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------TG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---
gi|36110                      :                                   ---GACAGCGTAT--TTG--G----CTT-T-T---A--GA--AT---C----TTTTAT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----GCTT-------T-GATT--GAAACTG---A---TAACAAAT-CCAAT--TAAACA--AGTTATCTCAC-T----T-ACAGAATTGA----G-AAatcgtataaaaaatatat
gi|36111                      :                                         AGC-CGT--TCG--A----CTA-T-T---C--TA--AT---A----TTT-GT-CTCAAACG-------CG-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---
gi|36112                      :                                                --TTG--A----TTA-T-T---C--GA--AT---A---------------AAAG-------TA-C-A-A-------TT-------T-GATT--GAGATTG---A---TGATAAAT-CAAAT--AAAACAAGAGTTATTTAAC-T----T----AAATTAA----attgaataaaaatatattagtaaagtaaaacttat
gi|36113                      :                                        gcccggct--TCG--A----CTA-T-T---C--GA--AT---A----TTTTGT-CATAGAAG-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-TCAAG-----GTAAGTGTTATCTTAC-
gi|36114                      :                                                --TTG--A----CTA-C-T---G--GA--ATCATA----TTT-GT-CACAAAAG-------TA-C-A-A-----ACTT-------T-GATT--AAGACTT---A---TGACaagggcaataatt
gi|36115                      :                                                        ----CTA-T-T----------AT--------TTT-TT-TACAAGAGCTGTCAATA-C-A-A-----A-TT-------T-GATT--GGGACTG---A---TGATAATT-AAAAG--CAAATAAGAGTTATCTAAC-T----T-ACAAAATTGA----C-AAAACTGA
gi|36116                      :                                                                           --AT---A----TTT-GT-CACAAAAC-------TA-C-A-A-----A-TT-------T-TATT--GAGACTG---A---TGACAAAT-CCAAG--CAGAAAAGAGTTCTTTAAC-C----T-ACTAAATgta