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Reference ( gi|139812 ) : TATTTCG-A---TTC-CAA-TCCGTAATA-----ATT-------T-A-----AATTC--A-GA-A-G-A-A-A-A----T-A---TT---A----A-------T-A-AT----TG----AT---AAT-TG-G-A-A-TTG--GTCATCA-TT--T-T-T----------ATCAGCTTTAC----TTTGGCACCAAAA-T---T---GT--T-----AA-ATTC-------AGAC----A---AAGA--T--T--C-GAAGA----G--TT-A--T--T--AT----AGAA--A-----------T-----A-C--------T---A-------------A--A----A-GT----------------G----------------C--C----------------G----------------T------G------G---A--------CA---T----------T--------A---------T-----A--T-TG-----------C-----T------AT--T------AG-CCT--GC----CA--A-TCTC--TG------TAATTAAGTCA-CTG-ATTTTATGTATA-ATTTTTATACTTGATCATAATTTA
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gi|139771 : aagtacactactgtttttgttaaaaaaataaatattttgtaaaaattacaacatTTTCA-T---TTT-CAA-CCCATAATT-----ATC-------T-A-----AATTC--A-GT-A-G-A-A-T-A----T-T---TT---ATA--A-------T-A-AT----TG----AT---AAT-TG-G-ATA-TAG--G-CAACA-TT--T--------------ATCAGCTTTAT----TT----------------------------------TTC-------AGAC----A---AAGA--T--T--C-AAGGA----G--AT-A--T--T--AA----AAAA--A-----------T-----A-C--------T---A-------------A--A----G-GA----------------G----------------C--C----------------ACC--------------T------G------A---A--------AT---T----------T--------AGCCG-----T-----A--TATA-----------C-----TGAAATGAT--TTA----AG-CCT--GC----CA--G-TCTC--TG------gtccctaaaatttcagtcgtctatattgtatcgatattaacacattatttctctcctgttat
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gi|139792 : acattaccttctttgttaaaacaaatcataaaaaatacaacatcttttat---TTT-CAA-CCCGTAATAG----ATC-------T-AGCTTTAATTC--T-GA-A-G-A-A-A-AA---T-A---TC---A----AA------T-A-AA----TG----ATT--AAT-TA-T-A-A-ATG--ATCAACA-TT--T-T-T----------AACAGCTT----------GTTACTAAAA-A---T---AT--T-----AA--TTC-------AGAC----A---AAGG--T--T--C-AAATA----A--TT-A--T--A--AA----AGAA--A-----------T-----A-C--------T---A-------------A--A----A--T----------------G----------------C--C----------------tcttcaatggt
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gi|139801 : tcgtgaaatttcaacaTTT--C-GTTTT-CAACC--CGTAATA-----ATT-------T-A-----AA-TC--A-AT-A-G-A-ACA-A----T-A---TTA--A----A-------T-A-AT----TGTTACATAT-AAACT---CA-AAT-A--GGCATAATTT--TTT----------ATCAGCTTTTC----T----TACCAAGA-----T---AT--TAAA
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gi|139807 : caattctaa-GTTTT-CAATC--CATAATAT----ATT-------T-G-----AATTCTTA-GC-A---A-A-A-A----T-A---TT---T----A-------T-A-AT----TT------TT-A-TTT---AA-ACT-T--GTCTACA-AT--TAT----------ATAAGTTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---AT------TTC-------ATA-----A---AA--------------------------TTA----A-T--AA-A----------GAA--A----T-----T-C--------T----A---GGGGT----------------G----------------CCACCCTAAATTTGAGCTG----------------T----------------G------TG--------CA---T------T--------G---------A-----A--TTG-----------TT----GT--T--AG-CCTTCTC----C-GG-TCTC--TG------
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gi|139818 : attttaa-GTTTT-CAATC--CATAATACATTAATT-------TTG-----AATTC--T-GA-GCG-A-A-A-A----T-G---TT---------------------T----T-------AT-AATT--------------------------TTT----------AT------TAC----TTTGGTAACATAA-T---T---AT--TAAATTC-------AGAC----A---TTAT--T--T--C-AAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---GGGGT----------------G----------------CCACCCTAAATTTGAGCTG----------------T----------------G------TG--------TA---T------T--------C---------A-----A--TTG-----------TT----GT--T--AG-CCT---CATT-C-GA-TCTC--TG------c
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gi|139831 : AGCTTTAC----TTCGGTACCAAAA-T---T---AT--TTAG-TC-------AGAC----A---AGTA--T--T--C-GAAG-A-----G--TT-----------A-A----------GAA--A----A-----A-C--------T----A---AAAGTGTCACCCGAAATTTCAG----------------CC----------------G----------------T----------------T------TA--------TT---T------T--------A---------C-----A--TTG-----------AT----AT--T--AG-CCT--GT----C-AG-TCTC--tctattgccttttgtaaattaacctttcagttgttaaa
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|139822 : c--A-GA-A-G-A-A-A-AA---T-A---TC---A----A-------------------------AT-AATTG---GA-AAT-A--GTCAACA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---AA-GG--T--T--C---AG-A-----G----A----T-C----------------GAA--A----TGTGCCA-C--------TCG--A---AA--GT-------TA---------------G----------------CT-------------------A----------------T----------------T-----TG----------TA--TTGAAA-TG-----------AT----A--TTAG-CCT--TC----C-AG-T
gi|139823 : tttgaagaagaTT-------T-A-----AAATC--A-TG-G-A-A-A-A-A----T-A---TTG--A----A-------T-A-AT----GG------AT-ATTTG---GA-AAT-A--ATTGACA-GT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTC-TTACCAAAA-T---G---ATAA--CATTC-------CGTC----A---AG-GG--T--T--C-AAAG-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAC--A----T-----G-C--------C----ATCCGA--AA-------TCCCA------------G----------------CC-------------------G----------------T----------------G-----AA----------TG--TCGAAT-TG-----------AT----
gi|139824 : -------AGAC----A---AA-GT--T--T--C-CGCG-G-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--T----T-----A-C--------T----A---AA--TG-------T----------------G----------------TC-------------------ACCAGAAACTTCAGC--C----------------G-----TA----------TA--TCGAAT-AT-----------AT----A--TTAG-CCT--GC----C-GA-TCTC--
gi|139825 : aagtaaggcacttagatgttgatgataattttttcactgttaacagtgtttcaacata-AGT-A--GTCAACA-TT--TT-----------ACCAGCTTTAC----TTACGTACCAAAA-T---T---AATA--AATTC-------AGAC----A---AA-GT--T--T--C-AAAG-A-----G--TTC----T-T--AA-T----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------A----------------CC-------------------ACCCAAAATTTCAGTCTT----------------G-----TA----------TA--TTGAAT-TG-----------AT----A--TTAG-CCT--GT----T-GA-TTTC--TG------
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gi|139827 : aAACA-AT--TAT----------ATAAGCTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---ATGA--AATTC-------AGAC----A---TT-AT--T--T--C-GAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCTAAATTTCAA---CC-------------------G----------------T----------------G-----TG----------TA--TTG-A--TG-----------TT----A--TTAG-CCTCCTC----C-GA-TCTC--TG------cgaaatttcagccgtgtgttagcctgtaattag
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gi|139829 : -------T-A-AT----TA------A--ACTTG---AC-AAT-A--ATTA----------T----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---ATTG--AAATC-------AGAC----A---TT-GT--T--C--C-GAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCTTAAATTTCAA--CC-------------------G----------------T----------------G-----TG----------TA--TTG-AT-TG-----------TT----G--TTAG-CCTCCTC----C-GA-TCTC--TG------ttctcgaaatgtcagccgt
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gi|139836 : AGCTTTAC----TTTGATACCAACA-A---T---ATTT--AATTC-------AAAC----ATGCAA-G---T--TAGT-GAAG-A-----A----A----T-TCGAA-A----------GAA--A----TC----A-C--------CCG--A---AA--TT-------TCA--------------G----------------TC-------------------G----------------T----------------G-----TA----------TA--TCGACT-TG-----------AT----A--TTAT-CCT--Gagtactttaaa
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gi|139840 : AAA-T---T---GTTC--AATTC-------AGAA----A---AA-GAGGT--T--A-AAAG-A-----A--TTG----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------C----A---AA--TG-------TGCCACCCGTATTTTCGG----------------CC-------------------G----------------T----------------G-----TA----------TG--TTTAAT-TG-----------GT----A--TTCG-CTT--G--------A-TCTC--TG------
gi|139841 : --C-AAAG-A-----C--TCA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------CCACCCGAAATTTCAGTC---G----------------T----------------G-----TA----------CA--TAATAT-TG-----------GT----A--TTAG-CCT--GC----A-AG-TCTC--TG------
gi|139842 : aaaAAG-A-----G--CTT----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------G----A---GA--GG-------T----------------G----------------CC-------------------
gi|139843 : gtta-A----------GAA--A----T-----G-T--------T----A---------------------------------G----------------CC-------------------G----------------T----------------G-----TA----------TC--TTGAAT-TG-----------AT----A--TTAG-CCT--GC----C-AG-TTTC--TG------acctgaaatttcagccatgcatgttgaattgat
gi|139844 : tcaagatgattggtactagagatatataaaatgccagcA-A----------TAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------CCACCAGAAATTTCAGCC---G----------------T----------------G-----TA----------TG--TTGAAT-TG-----------AT----A--TAAG-CCT--TC----C-AG-TCAC--TG------
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-323 ) : TATTT--C-GTTTT-CAACC--CGTAATA-----ATT-------T-A-----AATTC--A-GA-A-G-A-A-A-A----T-A---TT---A----A-------T-A-AT----TG------AT-AATTG---GA-AAT-A--GTCANCA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---AA-GA--T-T--C-GAAG-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TATTGNATTGNT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------TA-ATTANGTCA-CTG-AT-----TTTA-TGTAT-NG-TTTTTATACTTGATCATAATTTA
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gi|139811 : TATTT--C-GATTT-CAATC--CGTAATA-----ATT-------T-A-----AATTC--A-GA-A-G-AGA-A-A----T-A---TT---A----AA------T-A-AT----TG------AT-AATTG---GT-ATT-G--GTCATCA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTGGCACCAAAA-T---T---GTTA--AATTC-------AGAC----C---AA-GA--A-T--C-GAAG-A-----A--TTA----T-T--AT-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----A--A-----------------CATTATACTGTT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------TA-ATTATG-AA-CTG-AT-----TTTc
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gi|139818 : attttaa-GTTTT-CAATC--CATAATACATTAATT-------TTG-----AATTC--T-GA-GCG-A-A-A-A----T-G---TT---------------------------------------TT--------AT-A--------A-TT--TTT----------AT------TAC----TTTGGTAACATAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---TT-AT--T-T--C-AAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---GG--GG-------T----------------G----------------C----------------CACCCTAAATTTGAGCT---G----------------T----------------G-----T--G-----------------TATTCAATTGTT----GT-T-----AG-CCT---CATT-C-GA-TCTC--TG------c
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gi|139825 : aagtaaggcacttagatgttgatgataattttttcactgttaacagtgtttcaacata-AGT-A--GTCAACA-TT--TT-----------ACCAGCTTTAC----TTACGTACCAAAA-T---T---AATA--AATTC-------AGAC----A---AA-GT--T-T--C-AAAG-A-----G--TTC----T-T--AA-T----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------A----------------C----------------C-------------------ACCCAAAATTTCAGTCTT----------------G-----T--A-----------------TATTGAATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GT----T-GA-TTTC--TG------
gi|139826 : agaaatattatat---A----A-------T-G-AT----TG------AT-AATCGC--AA-AAA-A--GTCAACA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTG-TACCAAAA-T---T---ATTG--AATTC-------AGAT----A---AA-GT--T-T--C-AAAG-A-----A--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----T-C--------T----T---AA--GG-------TCGAAATTTCA------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------T
gi|139827 : aAACA-AT--TAT----------ATAAGCTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---ATGA--AATTC-------AGAC----A---TT-AT--T-T--C-GAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCTAAATTTCAA---C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------TATTGA--TGTT----AT-T-----AG-CCTCCTC----C-GA-TCTC--TG------tagcctgtaattag
gi|139828 : ------AT-AATTG---GA-AAT-G--GTCATCA-TT--TT-----------GTCAGCCTTAT----TCTGATACCAAAA-T---T---ATTA--AATT-----------------------------------AAG-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------
gi|139829 : -------T-A-AT----TA------A--ACTTG---AC-AAT-A--ATTA----------T----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---ATTG--AAATC-------AGAC----A---TT-GT--T-C--C-GAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCTTAAATTTCAA--C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------TATTG-ATTGTT----GT-T-----AG-CCTCCTC----C-GA-TCTC--TG------ttctcgaaatgtcagccgt
gi|139830 : T-AATTG---GA-ATT-G--GTCATCA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----CTTGGTACCAAAG-T---T---ATTT--GATTC-------AGGC----A---AA-TA--T-T--C-GAAG-A-----G--TTATT--T-T--AA-A----------GAA--C----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------A-----T--A-----------------CATAATATTGCT----AT-T-----AG--CT--GT----C-AG-TTTCAGTGTTAACATA-ATAAAGTCA-ATT-ATTTATGTTTA-TCTAT-TGCCTTTTGTA
gi|139831 : AGCTTTAC----TTCGGTACCAAAA-T---T---ATTT--AG-TC-------AGAC----A---AG-TA--T-T--C-GAAG-A-----G--TT-----------A-A----------GAA--A----A-----A-C--------T----A---AA--AG-------TGTCACCCGAAATTTCAG----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------T-----T--A-----------------TTTTACATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GT----C-AG-TCTC--aattaacctttcagttgttaaa
gi|139832 : AGCTTTAC----TTTGGCACCAAAA-T---T---GTTA--AATTC-------AGTC----C---AA-AA--T-T--C-GAAG-A-----G--TTA----T-T--AT-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----G--A-----------------CATTATATTGCT----AT-T-----AG-CCT--GC----T-AG-TCTC--TG------
gi|139833 : AGCTTTAC----TTTGGTACTATAA-T---T---ATTG--AATTC-------AGAC----A---TT-GT--T-T--C-GAAA-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCCTAAATTTCAA--C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------CATCG-ATTGTTGAACAT-T-----AG-CCT--
gi|139834 : AGCTTTAT----TTTGGTACCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A-------A--T-T--C---------------T------T-T--AA-A----------AAA--A----T-----G-T--------T----G---AA--GG-------T----------------A----------------C----------------C-------------------A----------------T----------------G-----C--AAAATTTTAAGCATCTTTTATTGATTTGAT----ATATGTATAAG-CCT--GT----A-GA-TCTC--TG------TA-AT
gi|139835 : AGCTTTAC----TTTGGCACC-AAA-T---T---GTCA--AATTC-------GGAC----C---AA-GA--T-T--C-GAAG-A-----G--TTA----CAT--GT-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----G--A-----------------CATTATATTGCT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------TT-ATTTAGTCA-CTG-AA-----TTTA-TGTAT-AA-TTTTTATACTTGATCATAActataaat
gi|139836 : AGCTTTAC----TTTGATACCAACA-A---T---ATTT--AATTC-------AAAC----ATGCAA-G---T-TAGT-GAAG-A-----A----A----T-TCGAA-A----------GAA--A----TC----A-C--------CCG--A---AA--TT-------TCA--------------G----------------T----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TATCGACTTGAT----AT-T-----AT-CCT--Gagtactttaaa
gi|139837 : TCAC----TTTAGTACCATTC-T---T----TTG--AATTC-------AGAC----A---AA-TA--T-T--C-AAAG-A-----G--TTT----T-T--AA-A----------GAA--AGC--G-----G-C--------T----A---AA--GG-------TACCATCCAAAATTGAAG----------------T----------------C-------------------G----------------T----------------A-----T--A-----------------TATAATATTGAT----AT-T-----AA-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------t
gi|139838 : actttgCTTTAC----TAT----CCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGA----------G-GA--TAT--C---------------TT-----T-T--AA-A----------GAA--A----A-----A-C--------T----A---A
gi|139839 : TACCATAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---AA-GG--T-T--C-AACG-A-----G--TTA----T-T--AA-G----------GTG--C----C-----A-C--------TCG--A---AA--AT-------TCA--------------G----------------T----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TGTTGAATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AA-TTTC--TG------ttcaatccgatatttcagtggtgtatatgttaca
gi|139840 : AAA-T---T---GTTC--AATTC-------AGAA----A---AA-GAGGT-T--A-AAAG-A-----A--TTG----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------C----A---AA--TG-------TGCCACCCGTATTTTCGG----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TGTTTAATTGGT----AT-T-----CG-CTT--G--------A-TCTC--TG------
gi|139841 : --C-AAAG-A-----C--TCA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------CCACCCGAAATTTCAGTC-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------CATAATATTGGT----AT-T-----AG-CCT--GC----A-AG-TCTC--TG------
gi|139842 : aaaAAG-A-----G--CTT----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------G----A---GA--GG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------
gi|139843 : gtta-A----------GAA--A----T-----G-T--------T----A---------------------------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TCTTGAATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TTTC--TG------acctgaaatttcagccatgcatgttgaattgat
gi|139844 : tcaagatgattggtactagagatatataaaatgccagcA-A----------TAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------CACCAGAAATTTCAGCC---G----------------T----------------G-----T--A-----------------TGTTGAATTGAT----AT-A-----AG-CCT--TC----C-AG-TCAC--TG------
gi|139845 : ----------------G----------------C----------------T-------------------G----------------C----------------G-----T--A-----------------TGTTGAATTGAT----AG-T-----AG-CAT--TC----C-AG-TATT--TG------
blockSeqs : TA T TA CATTA AAACAAT T GCTTT T G C T TATTAAATAGATCT AGGC TTACAT T ACT A TATT A TATATTTTTT AAAA CAACTTA TTTT AGG AG AA GAAAT TTAT TGTGCCACCC CT GATC GTGCC TTATTTTT TCCC AGCCACC GCCACCAGAAGTGCCATCAGATA CCGAAATTTCAACCAA AAATT AAATTTTAAGCATCTTT C A GAAC GTATA TC CATG TTAACA AT T C T C TTATG AG C ACG ATG T
blockSeqs : . A A CATTA CC T . T T C T AACATATTAAAT . . T C A A A . . . . G G A G ATC GGTGCCACCC TT GC CA . CG . GTCATCCGAAATTTCAGCCA CGA T AATTTGAGCTTTGAG C A . . CC ATT CCTT A T T . C . A C TGC ATA T
blockSeqs : . . . TA . . . C G C C TATTATAAAAT . . . . A A A . . . . G . A . TT TAT . . C . CG . GTCATCCGAAATTTCAGCCA CC . GCCGTTAG C A . . CC ATT CC A T C . C . A C TG AAA T
blockSeqs : . . . G . . . C . . C ATAAAATAAAT . . . . A A T . . . . G . A . A . . . . . CG . GTCATCCGAAATTTCAGCCA . . . C A . . CC G . A C C . C . A C TG ATA T
blockSeqs : . . . T . . . . . . . AAATATTAAA . . . . A A T . . . . A . A . . . . . . . . . GCCACCCGAAATTTCAATTG . . . T A . . . . . A C C . . . T A TG ATA T
blockSeqs : . . . C . . . . . . . ATATTAAAAT . . . . G A A . . . . A . A . . . . . . . . . GGTCCCTAAAATTTCAGTCG . . . T A . . . . . A A T . . . A G TG GTA T
blockSeqs : . . . C . . . . . . . AACATTGAAT . . . . A G A . . . . T . A . . . . . . . . . GCTACCCAAAATTTCAGCCC . . . A A . . . . . A A C . . . A G AA ATA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTGAAAT . . . . A A A . . . . G . A . . . . . . . . . GTCACCAGAAATTTCAGCCG . . . T A . . . . . A A C . . . A C AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TTTTATAAT . . . . A A A . . . . A . A . . . . . . . . . GCCACCTGAAATTCCAGCCA . . . A A . . . . . A A T . . . A G TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A A A . . . . G . A . . . . . . . . . GCAATCCGAAATTTCAGCCG . . . A A . . . . . A T A . . . A G AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A A A . . . . G . A . . . . . . . . . ACCACCAGAAATTTTAGCTG . . . C A . . . . . A A C . . . . G AT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A A G . . . . A . A . . . . . . . . . GTCATCCGAAATTTCAGCAA . . . A A . . . . . A T C . . . . G CG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TTATTAAAT . . . . T A A . . . . A . A . . . . . . . . . GTCGCCTGAAGTTTCAGTCG . . . A A . . . . . A A C . . . . G AA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAATTTTAT . . . . A A T . . . . G . A . . . . . . . . . GCCAACCAAAGTTTCAGCCA . . . A A . . . . . A T C . . . . C AA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAGAT . . . . T A A . . . . G . G . . . . . . . . . GCCGCCCAAAATTTTATTGG . . . T G . . . . . A A . . . . . G AA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATCAAAT . . . . T A T . . . . A . G . . . . . . . . . GCCACCCGAAATTTCAACCG . . . T A . . . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . T A T . . . . A . G . . . . . . . . . GCCACCCTAAATTTGAGCTG . . . T C . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAGT . . . . T A T . . . . A . G . . . . . . . . . GCCACCCTAAATTTGAGCTG . . . T C . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATCCAGT . . . . T G T . . . . A . G . . . . . . . . . GCCACCCTAAATTTGAGCTG . . . T C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTTAAT . . . . T A T . . . . A . G . . . . . . . . . GCCACCCTAAATTTGAGCTG . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A A T . . . . A . A . . . . . . . . . ACCACCCAAAATTTCAGTCT . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CTGTTTTAT . . . . A A T . . . . A . A . . . . . . . . . GTCACCCGAAATTTCAGCCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATTTTAAAT . . . . A A A . . . . A . A . . . . . . . . . ACCATCCAAAATTGAAGTCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A A T . . . . A . A . . . . . . . . . GCCACCCGTATTTTCGGCCG . . . A C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A A G . . . . T . A . . . . . . . . . GCCACCCGAAATTTCAGTCG . . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A T A . . . . G . A . . . . . . . . . GCCACCAGAAATTTCAGCCG . . . A G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAAAT . . . . A T A . . . . G . A . . . . . . . . . ATTGCTCGATTTCAGTCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CTGTTTTAT . . . . A A C . . . . A . A . . . . . . . . . GTCACCAGAAACTTCAGC . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAC . . . . A G G . . . . G . G . . . . . . . . . GACCTTAAATTTCAACCG . . . C A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . A G A . . . . G . A . . . . . . . . . GACCCTAAATTTCAACCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAATAGAT . . . . A A A . . . . G . A . . . . . . . . . GCCACTCAAAATTTCAG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TACTAATT . . . . A A C . . . . A . A . . . . . . . . . GACCTAAATTTCAACCG . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAC . . . . A A A . . . . G . A . . . . . . . . . CGAAATATCAGCCG . . . A C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . A A T . . . . G . A . . . . . . . . . CGAAATTTCAGCCG . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . T G A . . . . G . G . . . . . . . . . GAAATTTAGCCG . . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GATTAAAT . . . . A T T . . . . T . A . . . . . . . . . GCCACTCAGCCG . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . T G A . . . . A . G . . . . . . . . . CCCAGCCG . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . A A T . . . . G . G . . . . . . . . . TCAGACG . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . T A T . . . . G . A . . . . . . . . . TCAGCTG . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAAT . . . . A A T . . . . A . A . . . . . . . . . TCAGTCG . . . A C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTGAAT . . . . T A A . . . . A . A . . . . . . . . . GCCACC . . . A C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATTAA . . . . C A T . . . . A . A . . . . . . . . . CAGTCG . . . C T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTATT . . . . A T T . . . . A . G . . . . . . . . . CAGTCG . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATAAAT . . . . A T A . . . . G . G . . . . . . . . . ATCTG . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GCATTAA . . . . A T A . . . . A . G . . . . . . . . . GCCAC . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTTAT . . . . C T A . . . . T . G . . . . . . . . . AGCTA . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AATAAAT . . . . C G T . . . . T . G . . . . . . . . . GTCA . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TATTAAT . . . . T G T . . . . A . G . . . . . . . . . GCCG . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CTATTAA . . . . T G T . . . . A . G . . . . . . . . . GCTG . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATATCAA . . . . T G T . . . . A . G . . . . . . . . . GCTG . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAGTAA . . . . T G T . . . . A . A . . . . . . . . . GCCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TTAAAT . . . . T G T . . . . A . A . . . . . . . . . GTCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATTTAT . . . . T G T . . . . A . T . . . . . . . . . GCCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAGTAA . . . . T A T . . . . A . A . . . . . . . . . GCCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAAAT . . . . T A A . . . . A . A . . . . . . . . . GCCG . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGTT . . . . A T A . . . . T . C . . . . . . . . . GCCA . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGTT . . . . A A A . . . . T . A . . . . . . . . . GCTT . . . A C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAT . . . . C A A . . . . A . A . . . . . . . . . GCCG . . . A A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA . . . . A A A . . . . A . G . . . . . . . . . GCCA . . . T C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . . . A A A . . . . G . G . . . . . . . . . GCCG . . . C T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A A A . . . . G . G . . . . . . . . . GCCG . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A A A . . . . G . G . . . . . . . . . GCCG . . . A C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G G T . . . . T . G . . . . . . . . . GCCG . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A A T . . . . T . G . . . . . . . . . GCCG . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A G . . . . . T . G . . . . . . . . . GCTG . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . G . . . . . . . . . GCCG . . . A G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . A . . . . . . . . . GCCG . . . A G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . GCCG . . . T A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . GCCG . . . A A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . ACCA . . . A A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . GCCG . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GCCG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . GCTG . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . CCC . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ATATTAAAT********************* A* A* ATA
originalCons : TATTT--C-GTTTT-CAACC--CGTAATA-----ATT-------T-A-----AATTC--A-GA-A-G-A-A-A-A----T-A---TT---A----A-------T-A-AT----TG------AT-AATTG---GA-AAT-A--GTCANCA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---AA-GA--T-T--C-GAAG-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TATTGNATTGNT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------TA-ATTANGTCA-CTG-AT-----TTTA-TGTAT-NG-TTTTTATACTTGATCATAATTTA
finalCons : TATTT--C-GTTTT-CAACC--CGTAATA-----ATT-------T-A-----AATTC--A-GA-A-G-A-A-A-AATATTAAAT---------------------A-AT----TG------AT-AATTG---GA-AAT-A--GTCANCA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---AA-GA--T-T--C-GAAG-A-----G--TTA----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TATTGNATTGNT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------TA-ATTANGTCA-CTG-AT-----TTTA-TGTAT-NG-TTTTTATACTTGATCATAATTTA
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gi|139824 : -------AGAC----A---AA-GT--T-T--C-CGCG-G-----G--TT-A----T-T--AA-A----------GAA--T----T-----A-C--------T----A---AA--TG-------T----------------G----------------T----------------C-------------------ACCAGAAACTTCAGC--C----------------G-----T--A-----------------TATCGAATATAT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-GA-TCTC--
gi|139825 : aagtaaggcacttagatgttgatgataattttttcactgttaacagtgtttcaacataAGT-A--GTCAACA-TT--TT-----------ACCAGCTTTAC----TTACGTACCAAAA-T---T---AATA--AATTC-------AGAC----A---AA-GT--T-T--C-AAAG-A-----G--TT-C----T-T--AA-T----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------A----------------C----------------C-------------------ACCCAAAATTTCAGTCTT----------------G-----T--A-----------------TATTGAATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GT----T-GA-TTTC--TG------
gi|139826 : agaaatattatat-A-AA------TGAT----TG------AT-AATCGCAAAAA-A--GTCAACA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----TTTG-TACCAAAA-T---T---ATTG--AATTC-------AGAT----A---AA-GT--T-T--C-AAAG-A-----A--TT-A----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----T-C--------T----T---AA--GG-------TCGAAATTTCA------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------T
gi|139827 : AACA-AT--TAT----------ATAAGCTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---ATGA--AATTC-------AGAC----A---TT-AT--T-T--C-GAAA-A-----G--TT-A----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCTAAATTTCAA---C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------TATTGA--TGTT----AT-T-----AG-CCTCCTC----C-GA-TCTC--TG------tagcctgtaattag
gi|139828 : ------AT-AATTG-GAAAT-G--GTCATCA-TT--TT-----------GTCAGCCTTAT----TCTGATACCAAAA-T---T---ATTA--AATT-----------------------------------AAG-A-----G--TT-A----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------
gi|139829 : ------TAAT----TA------A--ACTTG-ACAAT-A--ATTA----------T----------ATCAGCTTTAC----TTTGGTACCATAA-T---T---ATTG--AAATC-------AGAC----A---TT-GT--T-C--C-GAAA-A-----G--TT-A----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCTTAAATTTCAA--C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------TATTG-ATTGTT----GT-T-----AG-CCTCCTC----C-GA-TCTC--TG------ttctcgaaatgtcagccgt
gi|139830 : T-AATTG-GAATT-G--GTCATCA-TT--TTT----------ATCAGCTTTAC----CTTGGTACCAAAG-T---T---ATTT--GATTC-------AGGC----A---AA-TA--T-T--C-GAAG-A-----G--TT-ATT--T-T--AA-A----------GAA--C----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------A-----T--A-----------------CATAATATTGCT----AT-T-----AG--CT--GT----C-AG-TTTCAGTGTTAACATA-ATAAAGTCA-ATT-ATTTATGTTTA-TCTAT-TGCCTTTTGTA
gi|139831 : AGCTTTAC----TTCGGTACCAAAA-T---T---ATTT--AG-TC-------AGAC----A---AG-TA--T-T--C-GAAG-A-----G--TT------------A-A----------GAA--A----A-----A-C--------T----A---AA--AG-------TGTCACCCGAAATTTCAG----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------T-----T--A-----------------TTTTACATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GT----C-AG-TCTC--aattaacctttcagttgttaaa
gi|139832 : AGCTTTAC----TTTGGCACCAAAA-T---T---GTTA--AATTC-------AGTC----C---AA-AA--T-T--C-GAAG-A-----G--TT-A----T-T--AT-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----G--A-----------------CATTATATTGCT----AT-T-----AG-CCT--GC----T-AG-TCTC--TG------
gi|139833 : AGCTTTAC----TTTGGTACTATAA-T---T---ATTG--AATTC-------AGAC----A---TT-GT--T-T--C-GAAA-A-----G--TT-A----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----G-C--------T----A---AG--TG-------T----------------GACCCTAAATTTCAA--C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--G-----------------CATCG-ATTGTTGAACAT-T-----AG-CCT--
gi|139834 : AGCTTTAT----TTTGGTACCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A-------A--T-T--C---------------T-------T-T--AA-A----------AAA--A----T-----G-T--------T----G---AA--GG-------T----------------A----------------C----------------C-------------------A----------------T----------------G-----C--AAAATTTTAAGCATCTTTTATTGATTTGAT----ATATGTATAAG-CCT--GT----A-GA-TCTC--TG------TA-AT
gi|139835 : AGCTTTAC----TTTGGCACC-AAA-T---T---GTCA--AATTC-------GGAC----C---AA-GA--T-T--C-GAAG-A-----G--TT-A----CAT--GT-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--AG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----G--A-----------------CATTATATTGCT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------TT-ATTTAGTCA-CTG-AA-----TTTA-TGTAT-AA-TTTTTATACTTGATCATAActataaat
gi|139836 : AGCTTTAC----TTTGATACCAACA-A---T---ATTT--AATTC-------AAAC----ATGCAA-G---T-TAGT-GAAG-A-----A-----A----T-TCGAA-A----------GAA--A----TC----A-C--------CCG--A---AA--TT-------TCA--------------G----------------T----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TATCGACTTGAT----AT-T-----AT-CCT--Gagtactttaaa
gi|139837 : TCAC----TTTAGTACCATTC-T---T----TTG--AATTC-------AGAC----A---AA-TA--T-T--C-AAAG-A-----G--TT-T----T-T--AA-A----------GAA--AGC--G-----G-C--------T----A---AA--GG-------TACCATCCAAAATTGAAG----------------T----------------C-------------------G----------------T----------------A-----T--A-----------------TATAATATTGAT----AT-T-----AA-CCT--GC----C-AG-TCTC--TG------t
gi|139838 : actttgCTTTAC----TAT----CCAAAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGA----------G-GA--TAT--C---------------TT------T-T--AA-A----------GAA--A----A-----A-C--------T----A---A
gi|139839 : TACCATAA-T---T---ATTA--AATTC-------AGAC----A---AA-GG--T-T--C-AACG-A-----G--TT-A----T-T--AA-G----------GTG--C----C-----A-C--------TCG--A---AA--AT-------TCA--------------G----------------T----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TGTTGAATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AA-TTTC--TG------ttcaatccgatatttcagtggtgtatatgttaca
gi|139840 : AAA-T---T---GTTC--AATTC-------AGAA----A---AA-GAGGT-T--A-AAAG-A-----A--TT-G----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------C----A---AA--TG-------TGCCACCCGTATTTTCGG----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TGTTTAATTGGT----AT-T-----CG-CTT--G--------A-TCTC--TG------
gi|139841 : --C-AAAG-A-----C--TC-A----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------CCACCCGAAATTTCAGTC-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------CATAATATTGGT----AT-T-----AG-CCT--GC----A-AG-TCTC--TG------
gi|139842 : aaaAAG-A-----G--CT-T----T-T--AA-A----------GAA--A----T-----A-C--------G----A---GA--GG-------T----------------G----------------C----------------C-------------------
gi|139843 : gtta-A----------GAA--A----T-----G-T--------T----A---------------------------------G----------------C----------------C-------------------G----------------T----------------G-----T--A-----------------TCTTGAATTGAT----AT-T-----AG-CCT--GC----C-AG-TTTC--TG------acctgaaatttcagccatgcatgttgaattgat
gi|139844 : tcaagatgattggtactagagatatataaaatgccagcA-A----------TAA--A----T-----A-C--------T----A---AA--GG-------T----------------G----------------C----------------CACCAGAAATTTCAGCC---G----------------T----------------G-----T--A-----------------TGTTGAATTGAT----AT-A-----AG-CCT--TC----C-AG-TCAC--TG------
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139846 ): TATGTTGCACTGATAAAGCATAATAGTCTCTGTCCATATATTGCATTTTTCTTTTTTTTTTCTACATAAAAAATTAAGTTTATAACTCAGTATTACTTTTATCATTATCATATATAA
Unaligned ( gi|139760 ): AACTACACAATACCGTTTTTGTTAAAATAAAACAATCGTAAAAAGCCAATTTTAT
Unaligned ( gi|139845 ): TACTAAAAGTGCTACCAGAAATTTCAGCTGCGTATGTTGAATTGATAGTAGCATTCCAGTATTTG