lowQualScore                  :                                                                                           1111111111                                    
lowQualScore                  :              111   0 33333 1  44444444444 444444 9999999999999   0000 000 11 0  111   0   3333333333            00   11111 0000         
lowQualScore                  :              ...   . ..... .  ........... ...... .............   .... ... .. .  ...   .   ..........            ..   ..... ....         
lowQualScore                  :              222   4 55555 7  44444444444 555555 8888888888888   9999 777 00 8  111   8   7777777777            66   44444 9999         
consensus                     : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
Reference ( gi|43156 )        : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43158                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43160                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TGGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43161                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AG---GGC-TCT----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43157                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----C-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43163                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGG-TCT----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43162                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTGACACTA
gi|43165                      : CTCAGGAGACGCA---ATA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43167                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAAACATGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43172                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGT-TCC----A-----TAGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43171                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-C-----T-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43170                      : CTCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----TAC----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43175                      : CTCGGGAGATGCG---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCA----A-----CAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43180                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGCCGTGGA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43181                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-------A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--T-AA---GGC-TCC----A-----TAGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43164                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA---GAC-TCC----T-----TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43174                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43173                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43182                      : CTTGGGAGATGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGACATGCA--ATA-----T----GTTACACTA
gi|43169                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---TGC-TCC----C-----TAAAGACATGCA--ATA-----T----GTGGCACTA
gi|43166                      : CTCAGGAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA---GGC-TTC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43168                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA---CGC-TCC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43184                      : CTCGGAAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAAA-CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43176                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A------------------------------------TT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43177                      : CTCAGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TGGAGATGTGCA--GTA-----T----GCCGCACT
gi|43178                      : CTCGGGAGACGAA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AACAACTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43183                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------TTT----TAAAA--A-AA---GGC-TCT----------TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43192                      : CTCGAGAGAC-CA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTG----T---A--A-AA---GGC-ACC----A-----TAGAGACGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43190                      : CTCGGGAGATGAA---AAA-T-----A-AATT---------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGTACTA
gi|43194                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AATAAA-------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TC-----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCA
gi|43185                      : CTCGAGAGACACA---AAT-C-----A-AA-----------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA---GGT-TCC----T-----CAGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43187                      : CTTGGGAGACGCA---AGA-T-----A-AACAAAATATTTAA------A--------T----ATT----T---A--A-AA---GGC-TCA----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43186                      : CTCAGGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------CAAA-CTT----T---T--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGATGTGCA--ATT-----T----GTCGCACT
gi|43188                      : CTCAGGAAACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TTGAGACATGCA--ATA-----G----GTCACAC
gi|43198                      : CTCGGGAGACTCA---AAAAT-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAGATGTGCA--ATA-----TGTCCGTCGCACTA
gi|43189                      : CTCAGGAGAGGCAT--AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43191                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-A-----A-AA-----------A------AAAAAAATGT----C----------A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43193                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TATAGAAG-GCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43201                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----AAA----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAGAGATGTTCA--ATA-----T----GTAGTACTA
gi|43196                      : CTCGGGAAACACA---AAA-T-----A-AA-----------AAAAA--A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAAGAAC-TACA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43199                      : CTTGGGAGATGCA---AAT-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTT----T---A--G-AA---GGC-TCT----------TAGAGACATGCA--ATA-----T----GTTCAACTA
gi|43195                      : CTCCGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CAT----C---A--G-AA---GAC-TCC----T-----TAGAGATGTGCA----A-----T----GTCACACTA
gi|43197                      : CTCTAGAGACGCA---AAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CTT----C---AG-A-AA---GGC-TAT----T-----TAGAGACGTGTA--ATA-----T----GATGCACTA
gi|43200                      : CTTGAGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----GTC--------A--A-AA---GG--TCC----T-----TGGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43203                      : CTCAGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----ATT----T---A--A-AA---TAT-TTC----T-----TAAAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43202                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------ATAAAAAA--------T----CTT----T---G--A-AA---GGA-TCT----T-----TAGAAAC--GCAATATA-----T----GTCGTACTA
gi|43205                      : CTTGGGAGAAGTG---AAA-T-----GTGA-----------G------A--------T----CGT----C---A--A-AA---GGC-TTC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCATACTA
gi|43204                      : CTTGGGAGACGCA---TAA-T-----G-AA-----------T------A--------T----TTT----C---A--A-AA---AAC-TAC----T-----TAGAGAAGTGCA--ATA-----T----GTCACAC
gi|43206                      : CTTGGGA-----A---AGA-A-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TGGAGACTTGTA--ATA-----C----GTCGCACT
gi|43207                      : CTCAGAAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTTATTTT---A--ATAA---GGC-TGC----T-----TAGAGACGTACA--ATA-----T----GACGCGCTA
gi|43208                      : CTTGTGAGACACA---AA--C-----A-AA-----------A------T--------T----GTC----C---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACATGCA--AAA-----T----GTCACACTA
gi|43209                      : CTCGGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CCA----C---A--A-AA---TGC-TTC----T-----CAGAGACAT--A--ATA-----T----GTTGCGCTA
gi|43211                      : CTCAGGAGAGGCA---AAA-TGAAATA-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-AAAAAGTC-TTT----------TAGAGATGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43212                      : CTCCAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA---GGCTTTC----A------AGAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43210                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CTT----A---A--G-AA---GGC-TCT----T-----AAGAGTTGTGCA--ATA-----T----GCCAC
gi|43213                      : CTCTAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA---GGA-TTCTA--A-----TAAA---TTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43159                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------C--------------------GGC-TCC----A-----TAGAAAC-TAAG--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43179                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----AAG----C---A--A-AA---GGT-TCCTTTTA-----AAGAGACATGCA--AAA-----T----GCCACAGTA
gi|43218                      : CTCGAGGGAC--A---AAA-T-----A-AT-----------T------T--------T----GTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----TAGAAATGTGTA--ACA-----T----GTTACACCA
gi|43216                      : CTCCAAAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA---GGCTTTC----A------AGAAAT-TGCA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43214                      : CTCAGGAGACGTA---AAA-A-----A-AA-----------C------A--------A----CAT----C---A--ACAA---GGC-TCC----T-----TAAAGATGTGCA--ATA-----T-------GCACT
gi|43215                      : CTCGGGAGACGCT---AAA-T-----T-AA-----------A---------------------TT----A---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TGGAGATGTGAA--ATA-----T----AT
gi|43223                      :  TCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----------TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43222                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGACATGCA--ATAC----T----GTCACACTA
gi|43224                      :  TCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA---GAC-TTC----T-----TAAAGACATTCA--GTA-----T----GTTGCACT
gi|43228                      :  TCGGGAGACGTA---AAA-T-----A------------------------------TTTG-CTT----T---ATAA-AA---GGC-TCC----G-----TAGAGACGTGCA----C-----T----GTCACACTA
gi|43226                      :  TTGGAAGAGGCA---TAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CAT----T---A--T-AA---GGC-TCC----T-----TGGAGATGTACA--ATA-----T----ATCACACTA
gi|43227                      :  TTGGGAGATACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAA------G----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TTGAGACGTGCA--A
gi|43225                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T------------------------------------------------T---A--A-AA---GAC-TCC----C-----CGGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCATTA
gi|43229                      :  TTGGGAGGCGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAAA----T----C----------A--A-AA---GGC-TAC----T-----TGGAGAATTACA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43231                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CAT----T---A--A-AA---GGC-TCC----G-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43230                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCTCACTA
gi|43233                      :   CGGCATACGCA---AAA-T-----A-AA-----------C------A--------T----ATT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----CAGAGACTTGCG--ATA-----T----ATCGCACTA
gi|43232                      :   CAGGAGATATA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----C---A--A-AC---AGC-TCC----T-----CAGAAATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43234                      :   CGCGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------TAA--TCT----T---A--T-AA---AGC-TCC----T-----TTTAGACGTGCA--GTA-----T----GTCCAACTA
gi|43235                      :    GGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----AAT----T---A--A-AA---AGT-TCC----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43236                      :    GGGAGACACACAAAAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----TGT----C---A--A-AA---GGC-TCT----G-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43238                      :     GGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACT
gi|43239                      :      GAGACGCA---AAA-T-----A-AAC----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---AGC-TCC----T-----TAGAGACATGCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43240                      :      GAGACACA---AAA-T-----A-AAGA---------A------A--------T----CGT----T---A--A-AA---GAC-TCC----T-----TAGAGACCTGCA--GTA-----T----GTCGCAC
gi|43241                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---AGC-TCC----A-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCACTA
gi|43242                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-TA-----------A------A--------T----CTT----C---G--A-AA---GGC-TCC----A-----TAATGACTTGCA--ACA-----T----GTCGCACT
gi|43243                      :       AGATGCA---AA--T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----A---A--A-AA---GGC-TCCTT--AGATTCTAGAGACATGCC--AAA-----T----GTTGCACTA
gi|43244                      :        GACGCA---AAA-G-----A-AA-----------A------AAA------T----CTC----T---A--A-AA---GGC-TTT----T-----TAGAGATGTACA--ATA-----T----GTCGCAC
gi|43246                      :         ACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AAA--GGC-TCC----A-----TAGAGACGTGAA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43248                      :             A---AAA-T-----A-AA-----------A------T--------T----CTC----T---A--A-AA---GGC-ACC----A-----TACAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43247                      :             A---AAA-TCAA--A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GTC-TCC----T-----TAGAGATGTGCA--ATA-----C----GTCACAGTA
gi|43249                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-A----GGC-TTC----T-----TACAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43250                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------G----TGT----C---A--A-TA---GGT-TCT----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43251                      :              ---AAA-T-----ACAA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCT----T-----TGGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43252                      :              ---AAA-T-----A-AA-----------AT-----A--------T----CTT--------A--A-AA---AGC-TCC----T-----TAGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43253                      :                  AA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGT-TTT----------TAGAGACGTGCA----A-----T----GTCGCACTA
gi|43254                      :                  AA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CGT----C---A--A-AA---GGT-TCC----A-----TAAAGATGTGCA--ATA-----T----CTTGCACTA
gi|43255                      :                   A-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA---GGC-TCC----A-----AAGAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43256                      :                      -----A-AA-----------G------G--------T----CTT----T---G--A-AA---GGC-TTC----T-----TAGAGACATGCA--ATA-----T----GGCGCTCTA
gi|43257                      :                            -AA-----------A------A--------T----CAT----C---A--A-AA---GGC-TCC----T-----TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43258                      :                               -----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA---GGC-TTC----T-----TAGAGACATGCA--ATAATTATT----GTCACACTA
gi|43259                      :                                           ------A--------T----CTC--------A--G-AA---GGC-TTT----T-----TAGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43261                      :                                                                 T----C---A--A-AA---GAC-TCC----T-----TAGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|43217 ): CTCAGGAGATGTAAATTGAAAATCATCTAAAGGATCCTTAGAGATGTGCA






Alignments
lowQualScore                  :              111   0 33333 1  44444444444 444444 9999999999999   0000 000 11 0  0 00      1111111 0000           00   11111 0000         
lowQualScore                  :              ...   . ..... .  ........... ...... .............   .... ... .. .  . ..      ....... ....           ..   ..... ....         
lowQualScore                  :              222   4 44444 6  33333333333 444444 4444444444444   9999 777 00 8  4 66      3333333 9999           55   44444 9999         
consensus                     : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
Reference ( family-289 )      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43156                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43157                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCC-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43158                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43159                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------C------------------G--GCTCCA-------T----AGAAAC-TAAG--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43160                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----GGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43161                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AG-G--GCTCTA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43162                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTGACACTA
gi|43163                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GGTCTA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43164                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43165                      : CTCAGGAGACGCA---ATA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43166                      : CTCAGGAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43167                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAACATGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43168                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA-C--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43169                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-T--GCTCCC-------T----AAAGACATGCA--ATA-----T----GTGGCACTA
gi|43170                      : CTCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----TAC----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43171                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-C-----T-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43172                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GTTCCA-------T----AGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43173                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43174                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43175                      : CTCGGGAGATGCG---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCAA-------C----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43176                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A------------------------------------TT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43177                      : CTCAGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTGCA--GTA-----T----GCCGCACT
gi|43178                      : CTCGGGAGACGAA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AACAACTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43179                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----AAG----C---A--A-AA-G--GTTCCT-------TTTAAAGAGACATGCA--AAA-----T----GCCACAGTA
gi|43180                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGCCGTGGA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43181                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-------A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--T-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43182                      : CTTGGGAGATGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTACACTA
gi|43183                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------TTT----TAAAA--A-AA-G--GCT-CT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43184                      : CTCGGAAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAAA-CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43185                      : CTCGAGAGACACA---AAT-C-----A-AA-----------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA-G--GTTCCT-------C----AGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43186                      : CTCAGGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------CAAA-CTT----T---T--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATT-----T----GTCGCACT
gi|43187                      : CTTGGGAGACGCA---AGA-T-----A-AACAAAATATTTAA------A--------T----ATT----T---A--A-AA-G--GCTCAT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43188                      : CTCAGGAAACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----TGAGACATGCA--ATA-----G----GTCACAC
gi|43189                      : CTCAGGAGAGGCAT--AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43190                      : CTCGGGAGATGAA---AAA-T-----A-AATT---------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGTACTA
gi|43191                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-A-----A-AA-----------A------AAAAAAATGT----C----------A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43192                      : CTCGAGAGAC-CA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTG----T---A--A-AA-G--GCACCA-------T----AGAGACGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43193                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----ATAGAAG-GCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43194                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AATAAA-------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCAT------------AGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCA
gi|43195                      : CTCCGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CAT----C---A--G-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGATGTGCA----A-----T----GTCACACTA
gi|43196                      : CTCGGGAAACACA---AAA-T-----A-AA-----------AAAAA--A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------A----AGA-AC-TACA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43197                      : CTCTAGAGACGCA---AAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CTT----C---AG-A-AA-G--GCTATT-------T----AGAGACGTGTA--ATA-----T----GATGCACTA
gi|43198                      : CTCGGGAGACTCA---AAAAT-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----TGTCCGTCGCACTA
gi|43199                      : CTTGGGAGATGCA---AAT-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTT----T---A--G-AA-G--GCTC-T-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTCAACTA
gi|43200                      : CTTGAGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----GTC--------A--A-AA-G--G-TCCT-------T----GGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43201                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----AAA----T---A--A-AA-G--GCTCC--------T----AGAGATGTTCA--ATA-----T----GTAGTACTA
gi|43202                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------ATAAAAAA--------T----CTT----T---G--A-AA-G--GATCTT-------T----AGAAAC--GCAATATA-----T----GTCGTACTA
gi|43203                      : CTCAGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----ATT----T---A--A-AA-T--ATTTCT-------T----AAAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43204                      : CTTGGGAGACGCA---TAA-T-----G-AA-----------T------A--------T----TTT----C---A--A-AA-A--ACTACT-------T----AGAGAAGTGCA--ATA-----T----GTCACAC
gi|43205                      : CTTGGGAGAAGTG---AAA-T-----GTGA-----------G------A--------T----CGT----C---A--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCATACTA
gi|43206                      : CTTGGGA-----A---AGA-A-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGACTTGTA--ATA-----C----GTCGCACT
gi|43207                      : CTCAGAAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTTATTTT---A--ATAA-G--GCTGCT-------T----AGAGACGTACA--ATA-----T----GACGCGCTA
gi|43208                      : CTTGTGAGACACA---AA--C-----A-AA-----------A------T--------T----GTC----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--AAA-----T----GTCACACTA
gi|43209                      : CTCGGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CCA----C---A--A-AA-T--GCTTCT-------C----AGAGACAT--A--ATA-----T----GTTGCGCTA
gi|43210                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CTT----A---A--G-AA-G--GCTCTT-------A----AGAGTTGTGCA--ATA-----T----GCCAC
gi|43211                      : CTCAGGAGAGGCA---AAA-TGAAATA-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-AA-AAAGTCTTT-------T----AGAGATGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43212                      : CTCCAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GCTTTC-------A----AGAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43213                      : CTCTAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GATTCT-------A----ATAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43214                      : CTCAGGAGACGTA---AAA-A-----A-AA-----------C------A--------A----CAT----C---A--ACAA-G--GCTCCT-------T----AAAGATGTGCA--ATA-----T-------GCACT
gi|43215                      : CTCGGGAGACGCT---AAA-T-----T-AA-----------A---------------------TT----A---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTGAA--ATA-----T----AT
gi|43216                      : CTCCAAAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GCTTTC-------A----AGAAAT-TGCA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43217                      : CTCAGGAGATGTA---AAT-T-----G-AA-----------A------A--------T----CAT----C---T--A-AA-G--GATCCT-------T----AGAGATGTGCA--
gi|43218                      : CTCGAGGGAC--A---AAA-T-----A-AT-----------T------T--------T----GTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAATGTGTA--ACA-----T----GTTACACCA
gi|43222                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATAC----T----GTCACACTA
gi|43223                      :  TCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43224                      :  TCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA-G--ACTTCT-------T----AAAGACATTCA--GTA-----T----GTTGCACT
gi|43225                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T------------------------------------------------T---A--A-AA-G--ACTCCC-------C----GGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCATTA
gi|43226                      :  TTGGAAGAGGCA---TAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CAT----T---A--T-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTACA--ATA-----T----ATCACACTA
gi|43227                      :  TTGGGAGATACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAA------G----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----TGAGACGTGCA--A
gi|43228                      :  TCGGGAGACGTA---AAA-T-----A------------------------------TTTG-CTT----T---ATAA-AA-G--GCTCCG-------T----AGAGACGTGCA----C-----T----GTCACACTA
gi|43229                      :  TTGGGAGGCGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAAA----T----C----------A--A-AA-G--GCTACT-------T----GGAGAATTACA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43230                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCTCACTA
gi|43231                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CAT----T---A--A-AA-G--GCTCCG-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43232                      :   CAGGAGATATA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----C---A--A-AC-A--GCTCCT-------C----AGAAATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43233                      :   CGGCATACGCA---AAA-T-----A-AA-----------C------A--------T----ATT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------C----AGAGACTTGCG--ATA-----T----ATCGCACTA
gi|43234                      :   CGCGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------TAA--TCT----T---A--T-AA-A--GCTCCT-------T----TTAGACGTGCA--GTA-----T----GTCCAACTA
gi|43235                      :    GGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----AAT----T---A--A-AA-A--GTTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43236                      :    GGGAGACACACAAAAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCTG-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43238                      :     GGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACT
gi|43239                      :      GAGACGCA---AAA-T-----A-AAC----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-A--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43240                      :      GAGACACA---AAA-T-----A-AAGA---------A------A--------T----CGT----T---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGACCTGCA--GTA-----T----GTCGCAC
gi|43241                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-A--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCACTA
gi|43242                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-TA-----------A------A--------T----CTT----C---G--A-AA-G--GCTCCA-------T----AATGACTTGCA--ACA-----T----GTCGCACT
gi|43243                      :       AGATGCA---AA--T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----A---A--A-AA-G--GCTCCTTAGATTCT----AGAGACATGCC--AAA-----T----GTTGCACTA
gi|43244                      :        GACGCA---AAA-G-----A-AA-----------A------AAA------T----CTC----T---A--A-AA-G--GCTTTT-------T----AGAGATGTACA--ATA-----T----GTCGCAC
gi|43246                      :         ACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AAAG--GCTCCA-------T----AGAGACGTGAA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43247                      :             A---AAA-TCAA--A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--TCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----C----GTCACAGTA
gi|43248                      :             A---AAA-T-----A-AA-----------A------T--------T----CTC----T---A--A-AA-G--GCACCA-------T----ACAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43249                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-A--G--GCTTCT-------T----ACAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43250                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------G----TGT----C---A--A-TA-G--GTTCTT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43251                      :              ---AAA-T-----ACAA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCTT-------T----GGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43252                      :              ---AAA-T-----A-AA-----------AT-----A--------T----CTT--------A--A-AA-A--GCTCCT-------T----AGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43253                      :                  AA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GTTT-T-------T----AGAGACGTGCA----A-----T----GTCGCACTA
gi|43254                      :                  AA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CGT----C---A--A-AA-G--GTTCCA-------T----AAAGATGTGCA--ATA-----T----CTTGCACTA
gi|43255                      :                   A-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------A----AGAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43256                      :                      -----A-AA-----------G------G--------T----CTT----T---G--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GGCGCTCTA
gi|43257                      :                            -AA-----------A------A--------T----CAT----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43258                      :                               -----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACATGCA--ATAATTATT----GTCACACTA
gi|43259                      :                                           ------A--------T----CTC--------A--G-AA-G--GCTTTT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43261                      :                                                                 T----C---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA





Alignments
lowQualScore                  :              111   0 33333 1  44444444444 444444 9999999999999   0000 000 11 0  0 00      1111111 0000           00   11111 0000         
lowQualScore                  :              ...   . ..... .  ........... ...... .............   .... ... .. .  . ..      ....... ....           ..   ..... ....         
lowQualScore                  :              222   4 44444 6  33333333333 444444 4444444444444   9999 777 00 8  4 66      3333333 9999           55   44444 9999         
consensus                     : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
Reference ( family-289 )      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43156                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43157                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCC-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43158                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43159                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------C------------------G--GCTCCA-------T----AGAAAC-TAAG--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43160                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----GGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43161                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AG-G--GCTCTA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43162                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTGACACTA
gi|43163                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GGTCTA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43164                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43165                      : CTCAGGAGACGCA---ATA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43166                      : CTCAGGAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43167                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAACATGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43168                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA-C--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43169                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-T--GCTCCC-------T----AAAGACATGCA--ATA-----T----GTGGCACTA
gi|43170                      : CTCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----TAC----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43171                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-C-----T-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43172                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GTTCCA-------T----AGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43173                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43174                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43175                      : CTCGGGAGATGCG---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCAA-------C----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43176                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A------------------------------------TT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43177                      : CTCAGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTGCA--GTA-----T----GCCGCACT
gi|43178                      : CTCGGGAGACGAA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AACAACTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43179                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----AAG----C---A--A-AA-G--GTTCCT-------TTTAAAGAGACATGCA--AAA-----T----GCCACAGTA
gi|43180                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGCCGTGGA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43181                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-------A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--T-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43182                      : CTTGGGAGATGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTACACTA
gi|43183                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------TTT----TAAAA--A-AA-G--GCT-CT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43184                      : CTCGGAAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAAA-CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43185                      : CTCGAGAGACACA---AAT-C-----A-AA-----------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA-G--GTTCCT-------C----AGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43186                      : CTCAGGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------CAAA-CTT----T---T--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATT-----T----GTCGCACT
gi|43187                      : CTTGGGAGACGCA---AGA-T-----A-AACAAAATATTTAA------A--------T----ATT----T---A--A-AA-G--GCTCAT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43188                      : CTCAGGAAACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----TGAGACATGCA--ATA-----G----GTCACAC
gi|43189                      : CTCAGGAGAGGCAT--AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43190                      : CTCGGGAGATGAA---AAA-T-----A-AATT---------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGTACTA
gi|43191                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-A-----A-AA-----------A------AAAAAAATGT----C----------A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43192                      : CTCGAGAGAC-CA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTG----T---A--A-AA-G--GCACCA-------T----AGAGACGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43193                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----ATAGAAG-GCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43194                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AATAAA-------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCAT------------AGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCA
gi|43195                      : CTCCGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CAT----C---A--G-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGATGTGCA----A-----T----GTCACACTA
gi|43196                      : CTCGGGAAACACA---AAA-T-----A-AA-----------AAAAA--A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------A----AGA-AC-TACA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43197                      : CTCTAGAGACGCA---AAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CTT----C---AG-A-AA-G--GCTATT-------T----AGAGACGTGTA--ATA-----T----GATGCACTA
gi|43198                      : CTCGGGAGACTCA---AAAAT-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----TGTCCGTCGCACTA
gi|43199                      : CTTGGGAGATGCA---AAT-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTT----T---A--G-AA-G--GCTC-T-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTCAACTA
gi|43200                      : CTTGAGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----GTC--------A--A-AA-G--G-TCCT-------T----GGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43201                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----AAA----T---A--A-AA-G--GCTCC--------T----AGAGATGTTCA--ATA-----T----GTAGTACTA
gi|43202                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------ATAAAAAA--------T----CTT----T---G--A-AA-G--GATCTT-------T----AGAAAC--GCAATATA-----T----GTCGTACTA
gi|43203                      : CTCAGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----ATT----T---A--A-AA-T--ATTTCT-------T----AAAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43204                      : CTTGGGAGACGCA---TAA-T-----G-AA-----------T------A--------T----TTT----C---A--A-AA-A--ACTACT-------T----AGAGAAGTGCA--ATA-----T----GTCACAC
gi|43205                      : CTTGGGAGAAGTG---AAA-T-----GTGA-----------G------A--------T----CGT----C---A--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCATACTA
gi|43206                      : CTTGGGA-----A---AGA-A-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGACTTGTA--ATA-----C----GTCGCACT
gi|43207                      : CTCAGAAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTTATTTT---A--ATAA-G--GCTGCT-------T----AGAGACGTACA--ATA-----T----GACGCGCTA
gi|43208                      : CTTGTGAGACACA---AA--C-----A-AA-----------A------T--------T----GTC----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--AAA-----T----GTCACACTA
gi|43209                      : CTCGGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CCA----C---A--A-AA-T--GCTTCT-------C----AGAGACAT--A--ATA-----T----GTTGCGCTA
gi|43210                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CTT----A---A--G-AA-G--GCTCTT-------A----AGAGTTGTGCA--ATA-----T----GCCAC
gi|43211                      : CTCAGGAGAGGCA---AAA-TGAAATA-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-AA-AAAGTCTTT-------T----AGAGATGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43212                      : CTCCAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GCTTTC-------A----AGAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43213                      : CTCTAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GATTCT-------A----ATAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43214                      : CTCAGGAGACGTA---AAA-A-----A-AA-----------C------A--------A----CAT----C---A--ACAA-G--GCTCCT-------T----AAAGATGTGCA--ATA-----T-------GCACT
gi|43215                      : CTCGGGAGACGCT---AAA-T-----T-AA-----------A---------------------TT----A---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTGAA--ATA-----T----AT
gi|43216                      : CTCCAAAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GCTTTC-------A----AGAAAT-TGCA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43217                      : CTCAGGAGATGTA---AAT-T-----G-AA-----------A------A--------T----CAT----C---T--A-AA-G--GATCCT-------T----AGAGATGTGCA--
gi|43218                      : CTCGAGGGAC--A---AAA-T-----A-AT-----------T------T--------T----GTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAATGTGTA--ACA-----T----GTTACACCA
gi|43222                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATAC----T----GTCACACTA
gi|43223                      :  TCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43224                      :  TCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA-G--ACTTCT-------T----AAAGACATTCA--GTA-----T----GTTGCACT
gi|43225                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T------------------------------------------------T---A--A-AA-G--ACTCCC-------C----GGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCATTA
gi|43226                      :  TTGGAAGAGGCA---TAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CAT----T---A--T-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTACA--ATA-----T----ATCACACTA
gi|43227                      :  TTGGGAGATACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAA------G----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----TGAGACGTGCA--A
gi|43228                      :  TCGGGAGACGTA---AAA-T-----A------------------------------TTTG-CTT----T---ATAA-AA-G--GCTCCG-------T----AGAGACGTGCA----C-----T----GTCACACTA
gi|43229                      :  TTGGGAGGCGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAAA----T----C----------A--A-AA-G--GCTACT-------T----GGAGAATTACA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43230                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCTCACTA
gi|43231                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CAT----T---A--A-AA-G--GCTCCG-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43232                      :   CAGGAGATATA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----C---A--A-AC-A--GCTCCT-------C----AGAAATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43233                      :   CGGCATACGCA---AAA-T-----A-AA-----------C------A--------T----ATT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------C----AGAGACTTGCG--ATA-----T----ATCGCACTA
gi|43234                      :   CGCGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------TAA--TCT----T---A--T-AA-A--GCTCCT-------T----TTAGACGTGCA--GTA-----T----GTCCAACTA
gi|43235                      :    GGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----AAT----T---A--A-AA-A--GTTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43236                      :    GGGAGACACACAAAAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCTG-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43238                      :     GGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACT
gi|43239                      :      GAGACGCA---AAA-T-----A-AAC----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-A--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43240                      :      GAGACACA---AAA-T-----A-AAGA---------A------A--------T----CGT----T---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGACCTGCA--GTA-----T----GTCGCAC
gi|43241                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-A--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCACTA
gi|43242                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-TA-----------A------A--------T----CTT----C---G--A-AA-G--GCTCCA-------T----AATGACTTGCA--ACA-----T----GTCGCACT
gi|43243                      :       AGATGCA---AA--T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----A---A--A-AA-G--GCTCCTTAGATTCT----AGAGACATGCC--AAA-----T----GTTGCACTA
gi|43244                      :        GACGCA---AAA-G-----A-AA-----------A------AAA------T----CTC----T---A--A-AA-G--GCTTTT-------T----AGAGATGTACA--ATA-----T----GTCGCAC
gi|43246                      :         ACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AAAG--GCTCCA-------T----AGAGACGTGAA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43247                      :             A---AAA-TCAA--A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--TCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----C----GTCACAGTA
gi|43248                      :             A---AAA-T-----A-AA-----------A------T--------T----CTC----T---A--A-AA-G--GCACCA-------T----ACAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43249                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-A--G--GCTTCT-------T----ACAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43250                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------G----TGT----C---A--A-TA-G--GTTCTT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43251                      :              ---AAA-T-----ACAA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCTT-------T----GGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43252                      :              ---AAA-T-----A-AA-----------AT-----A--------T----CTT--------A--A-AA-A--GCTCCT-------T----AGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43253                      :                  AA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GTTT-T-------T----AGAGACGTGCA----A-----T----GTCGCACTA
gi|43254                      :                  AA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CGT----C---A--A-AA-G--GTTCCA-------T----AAAGATGTGCA--ATA-----T----CTTGCACTA
gi|43255                      :                   A-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------A----AGAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43256                      :                      -----A-AA-----------G------G--------T----CTT----T---G--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GGCGCTCTA
gi|43257                      :                            -AA-----------A------A--------T----CAT----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43258                      :                               -----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACATGCA--ATAATTATT----GTCACACTA
gi|43259                      :                                           ------A--------T----CTC--------A--G-AA-G--GCTTTT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43261                      :                                                                 T----C---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA


blockSeqs                     :              CAA     GAAAT T  CAAAATATTTA TAAAAA AAAAAATGT                                TAGATTC                     ATTAT
blockSeqs                     :              T       CAA   T  TAAA        AAAA   AACAA                                    .                           C    
blockSeqs                     :              .       A     T  TT          A      AAAAT                                    .                           .    
blockSeqs                     :              .       A     C  GA          A      AAAA                                     .                           .    
blockSeqs                     :              .       A     .  C           A      CAAA                                     .                           .    
blockSeqs                     :              .       A     .  .           A      AAAT                                     .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           A      TTTG                                     .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           T      AAAT                                     .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AAA                                      .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AAA                                      .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AAA                                      .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AAG                                      .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      TAA                                      .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AAT                                      .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      CT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      CT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      CT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      AT                                       .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      A                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      A                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      A                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      A                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      A                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      A                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      G                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :              .       .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :                      .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :                      .     .  .           .      T                                        .                           .    
blockSeqs                     :                      .     .  .           .      .                                        .                           .    
blockSeqs                     :                      .     .  .           .      .                                        .                           .    
blockSeqs                     :                            .  .           .      .                                        .                           .    
blockSeqs                     :                               .           .      .                                        .                           .    
blockSeqs                     :                                           .      .                                        .                                
blockSeqs                     :                                                                                           .                                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
finalCons                     : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA





Alignments
lowQualScore                  :              111   0 33333 1  44444444444 444444 9999999999999   0000 000 11 0  0 00      1111111 0000           00   11111 0000         
lowQualScore                  :              ...   . ..... .  ........... ...... .............   .... ... .. .  . ..      ....... ....           ..   ..... ....         
lowQualScore                  :              222   4 44444 6  33333333333 444444 4444444444444   9999 777 00 8  4 66      3333333 9999           55   44444 9999         
consensus                     : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
Reference ( family-289 )      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43156                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43157                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCC-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43158                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43159                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------C------------------G--GCTCCA-------T----AGAAAC-TAAG--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43160                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----GGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43161                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AG-G--GCTCTA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43162                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTGACACTA
gi|43163                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GGTCTA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43164                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43165                      : CTCAGGAGACGCA---ATA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43166                      : CTCAGGAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43167                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAACATGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43168                      : CTCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----A---A--A-AA-C--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43169                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-T--GCTCCC-------T----AAAGACATGCA--ATA-----T----GTGGCACTA
gi|43170                      : CTCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----TAC----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43171                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-C-----T-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43172                      : CTTGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GTTCCA-------T----AGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43173                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43174                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43175                      : CTCGGGAGATGCG---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCAA-------C----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43176                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A------------------------------------TT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43177                      : CTCAGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTGCA--GTA-----T----GCCGCACT
gi|43178                      : CTCGGGAGACGAA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AACAACTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43179                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----AAG----C---A--A-AA-G--GTTCCT-------TTTAAAGAGACATGCA--AAA-----T----GCCACAGTA
gi|43180                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGCCGTGGA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43181                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-------A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--T-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43182                      : CTTGGGAGATGCA---AAA-T-----A-AC-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTACACTA
gi|43183                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A--------------------TTT----TAAAA--A-AA-G--GCT-CT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43184                      : CTCGGAAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAAA-CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43185                      : CTCGAGAGACACA---AAT-C-----A-AA-----------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA-G--GTTCCT-------C----AGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43186                      : CTCAGGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------CAAA-CTT----T---T--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATT-----T----GTCGCACT
gi|43187                      : CTTGGGAGACGCA---AGA-T-----A-AACAAAATATTTAA------A--------T----ATT----T---A--A-AA-G--GCTCAT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43188                      : CTCAGGAAACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----TGAGACATGCA--ATA-----G----GTCACAC
gi|43189                      : CTCAGGAGAGGCAT--AAA-T-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43190                      : CTCGGGAGATGAA---AAA-T-----A-AATT---------A------A--------A----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGTACTA
gi|43191                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-A-----A-AA-----------A------AAAAAAATGT----C----------A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43192                      : CTCGAGAGAC-CA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTG----T---A--A-AA-G--GCACCA-------T----AGAGACGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43193                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----ATAGAAG-GCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43194                      : CTCGGCAGACGCA---AAA-T-----A-AATAAA-------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCAT------------AGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCA
gi|43195                      : CTCCGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CAT----C---A--G-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGATGTGCA----A-----T----GTCACACTA
gi|43196                      : CTCGGGAAACACA---AAA-T-----A-AA-----------AAAAA--A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------A----AGA-AC-TACA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43197                      : CTCTAGAGACGCA---AAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CTT----C---AG-A-AA-G--GCTATT-------T----AGAGACGTGTA--ATA-----T----GATGCACTA
gi|43198                      : CTCGGGAGACTCA---AAAAT-----A-AA-----------A------A--------A----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----TGTCCGTCGCACTA
gi|43199                      : CTTGGGAGATGCA---AAT-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTT----T---A--G-AA-G--GCTC-T-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTCAACTA
gi|43200                      : CTTGAGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----GTC--------A--A-AA-G--G-TCCT-------T----GGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43201                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----AAA----T---A--A-AA-G--GCTCC--------T----AGAGATGTTCA--ATA-----T----GTAGTACTA
gi|43202                      : CTCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------ATAAAAAA--------T----CTT----T---G--A-AA-G--GATCTT-------T----AGAAAC--GCAATATA-----T----GTCGTACTA
gi|43203                      : CTCAGCAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----ATT----T---A--A-AA-T--ATTTCT-------T----AAAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCATTA
gi|43204                      : CTTGGGAGACGCA---TAA-T-----G-AA-----------T------A--------T----TTT----C---A--A-AA-A--ACTACT-------T----AGAGAAGTGCA--ATA-----T----GTCACAC
gi|43205                      : CTTGGGAGAAGTG---AAA-T-----GTGA-----------G------A--------T----CGT----C---A--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCATACTA
gi|43206                      : CTTGGGA-----A---AGA-A-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGACTTGTA--ATA-----C----GTCGCACT
gi|43207                      : CTCAGAAAATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CTTATTTT---A--ATAA-G--GCTGCT-------T----AGAGACGTACA--ATA-----T----GACGCGCTA
gi|43208                      : CTTGTGAGACACA---AA--C-----A-AA-----------A------T--------T----GTC----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--AAA-----T----GTCACACTA
gi|43209                      : CTCGGAAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CCA----C---A--A-AA-T--GCTTCT-------C----AGAGACAT--A--ATA-----T----GTTGCGCTA
gi|43210                      : CTCAGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CTT----A---A--G-AA-G--GCTCTT-------A----AGAGTTGTGCA--ATA-----T----GCCAC
gi|43211                      : CTCAGGAGAGGCA---AAA-TGAAATA-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-AA-AAAGTCTTT-------T----AGAGATGTTCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43212                      : CTCCAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GCTTTC-------A----AGAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43213                      : CTCTAGAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GATTCT-------A----ATAAAT-TGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43214                      : CTCAGGAGACGTA---AAA-A-----A-AA-----------C------A--------A----CAT----C---A--ACAA-G--GCTCCT-------T----AAAGATGTGCA--ATA-----T-------GCACT
gi|43215                      : CTCGGGAGACGCT---AAA-T-----T-AA-----------A---------------------TT----A---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTGAA--ATA-----T----AT
gi|43216                      : CTCCAAAGAAGCA---AAA-TA----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--C-AA-G--GCTTTC-------A----AGAAAT-TGCA--AAA-----T----GTCGCACTA
gi|43217                      : CTCAGGAGATGTA---AAT-T-----G-AA-----------A------A--------T----CAT----C---T--A-AA-G--GATCCT-------T----AGAGATGTGCA--
gi|43218                      : CTCGAGGGAC--A---AAA-T-----A-AT-----------T------T--------T----GTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------T----AGAAATGTGTA--ACA-----T----GTTACACCA
gi|43222                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATAC----T----GTCACACTA
gi|43223                      :  TCGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------AAA--CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT------------AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43224                      :  TCGGGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----T---A--A-AA-G--ACTTCT-------T----AAAGACATTCA--GTA-----T----GTTGCACT
gi|43225                      :  TCAGGAGACGCA---AAA-T------------------------------------------------T---A--A-AA-G--ACTCCC-------C----GGAGACGTACA--AAA-----T----GTCGCATTA
gi|43226                      :  TTGGAAGAGGCA---TAA-T-----ATAA-----------A------A--------T----CAT----T---A--T-AA-G--GCTCCT-------T----GGAGATGTACA--ATA-----T----ATCACACTA
gi|43227                      :  TTGGGAGATACA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAA------G----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----TGAGACGTGCA--A
gi|43228                      :  TCGGGAGACGTA---AAA-T-----A------------------------------TTTG-CTT----T---ATAA-AA-G--GCTCCG-------T----AGAGACGTGCA----C-----T----GTCACACTA
gi|43229                      :  TTGGGAGGCGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAAA----T----C----------A--A-AA-G--GCTACT-------T----GGAGAATTACA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43230                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------AA-----A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCTCACTA
gi|43231                      :   CGGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------AAAA-----T----CAT----T---A--A-AA-G--GCTCCG-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43232                      :   CAGGAGATATA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----C---A--A-AC-A--GCTCCT-------C----AGAAATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43233                      :   CGGCATACGCA---AAA-T-----A-AA-----------C------A--------T----ATT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------C----AGAGACTTGCG--ATA-----T----ATCGCACTA
gi|43234                      :   CGCGAGATGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------TAA--TCT----T---A--T-AA-A--GCTCCT-------T----TTAGACGTGCA--GTA-----T----GTCCAACTA
gi|43235                      :    GGGAGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----AAT----T---A--A-AA-A--GTTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----CTCGCACTA
gi|43236                      :    GGGAGACACACAAAAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----TGT----C---A--A-AA-G--GCTCTG-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43238                      :     GGAGACACA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAAACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACT
gi|43239                      :      GAGACGCA---AAA-T-----A-AAC----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-A--GCTCCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GTTGCA
gi|43240                      :      GAGACACA---AAA-T-----A-AAGA---------A------A--------T----CGT----T---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGACCTGCA--GTA-----T----GTCGCAC
gi|43241                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-A--GCTCCA-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GCCGCACTA
gi|43242                      :       AGACGCA---AAA-T-----A-TA-----------A------A--------T----CTT----C---G--A-AA-G--GCTCCA-------T----AATGACTTGCA--ACA-----T----GTCGCACT
gi|43243                      :       AGATGCA---AA--T-----A-AA-----------A------AC-------T----CTT----A---A--A-AA-G--GCTCCTTAGATTCT----AGAGACATGCC--AAA-----T----GTTGCACTA
gi|43244                      :        GACGCA---AAA-G-----A-AA-----------A------AAA------T----CTC----T---A--A-AA-G--GCTTTT-------T----AGAGATGTACA--ATA-----T----GTCGCAC
gi|43246                      :         ACGCA---AAA-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AAAG--GCTCCA-------T----AGAGACGTGAA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43247                      :             A---AAA-TCAA--A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--TCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----C----GTCACAGTA
gi|43248                      :             A---AAA-T-----A-AA-----------A------T--------T----CTC----T---A--A-AA-G--GCACCA-------T----ACAGATGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43249                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------T----ATT----T---A--A-A--G--GCTTCT-------T----ACAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCAATA
gi|43250                      :             A---AAA-A-----A-AA-----------A------A--------G----TGT----C---A--A-TA-G--GTTCTT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43251                      :              ---AAA-T-----ACAA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCTT-------T----GGAGACGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43252                      :              ---AAA-T-----A-AA-----------AT-----A--------T----CTT--------A--A-AA-A--GCTCCT-------T----AGAGAGGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43253                      :                  AA-C-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GTTT-T-------T----AGAGACGTGCA----A-----T----GTCGCACTA
gi|43254                      :                  AA-T-----A-AA-----------A------AA-------T----CGT----C---A--A-AA-G--GTTCCA-------T----AAAGATGTGCA--ATA-----T----CTTGCACTA
gi|43255                      :                   A-T-----A-AA-----------A------A--------T----CTT----T---A--A-AA-G--GCTCCA-------A----AGAGACCTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA
gi|43256                      :                      -----A-AA-----------G------G--------T----CTT----T---G--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACATGCA--ATA-----T----GGCGCTCTA
gi|43257                      :                            -AA-----------A------A--------T----CAT----C---A--A-AA-G--GCTCCT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTTGCACTA
gi|43258                      :                               -----------A------A--------T----CTT----T---T--A-AA-G--GCTTCT-------T----AGAGACATGCA--ATAATTATT----GTCACACTA
gi|43259                      :                                           ------A--------T----CTC--------A--G-AA-G--GCTTTT-------T----AGAGATGTGCA--ATA-----T----GTCACACTA
gi|43261                      :                                                                 T----C---A--A-AA-G--ACTCCT-------T----AGAGACGTGCA--ATA-----T----GTCGCACTA