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lowQualScore                  :                                                 4 66 4       8888888888 00        2 8   4 8888  66   4 88888888888888888888           4  4 4 55   4         
consensus                     :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
Reference ( gi|46379 )        :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---CTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46377                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---CTG--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46375                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46376                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGAT-ATA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46386                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---CTG--AGA-A--------------------A-ACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTGTTATT
gi|46389                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-T---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46378                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---ATG--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46390                      :                                         TCTCCTGT-A--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AAA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-A--GTA-CCTTTTATT
gi|46385                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---ATG--AGA-C--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46395                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCT-TG-T-C--GTA-CCTTTTATT
gi|46381                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGAT-ATA-A---TTG--ATA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46397                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ATTCCATCTCC-TG-T-G--ATA-CCTTTTATT
gi|46382                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATAAT-GTA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46399                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCATT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TATTTTATT
gi|46387                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTT-CAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTTC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46388                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TTTCTTT----------T--GTTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATTTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46404                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---CTG--ATC-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46391                      :                                         TCTCTTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATAAT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46405                      :                                         TCTCCTGTTG--G-TACCTTT----------T--ATTTGATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46392                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TAC--AGA-A--------------------ACACTGTCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46408                      :                                         TCTCCTGT-A--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ATGCCATCTCT-TG-T-C--GTA-CCTTTTATT
gi|46407                      :                                         TCTCCTGT-A--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTGC-TG---G--GTA-TCTTTTATT
gi|46384                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---ATA--AGA-A--------------------ACACTATCTCA-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46406                      :                                         TCTCCTGT-G--A-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------GCGCCATCTCC-TG-T-G--ATA-CCTTTCA
gi|46410                      :                                         TCTCCTGT-G--C-TACCTTT----------T--ATTTCA-GTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------CCACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46398                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TAATTTT----------C--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACATCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46380                      :                                         TCTCCTGT-A--A-TATATTT----------T--ATATCATGAT-AAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46402                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCATG----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------TCACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
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gi|46436                      :                                         TCTTCTGT-G--G-TACCTTT-------------ATTTCATGTT-AAA-G---CTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTT
gi|46418                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--AGTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------AAAACATCTTC-TG-T-G--GGA-CCTTTTATT
gi|46394                      :                                         TTTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGAT-ATA-A---TTG--AGA-T--------------------ATACTTTCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46383                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATATCT----------T--ATTTTACGAT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTATCTCG-TG-C-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46419                      :                                         TCTTCTGT-G--G-TACCTTT-------------ATTTCATGTT-AAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACCATCTTT-TG-T-G--GTA-CATTTTATT
gi|46425                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTTATG-T-AAATA---TTG--AGA-A--------------------ACATCATCCCT-TG-T-G--GGA-CCTTTTATT
gi|46393                      :                                         TCTTCTGT-G--C-TATTTCT----------T--ATTTCATGAT-TAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46400                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCA-GAT-AAA-T---TTG--AGA-A--------------------TCATTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCATTTATT
gi|46432                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------A--ATTTTATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCAAC-TG-T-G--GTC-TCTTTTATT
gi|46431                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--GTTTAATGTT-AAA-G---TTG--AGA-A--------------------ATGTCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTT
gi|46401                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TAG--AGA-A--------------------ACACTATCCCC-TG-T-A--GGA-CCGTTTATT
gi|46396                      :                                         TCCCCTGT-A--G-TATATTT----------T--ATTTCATGTT-CAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTAATT
gi|46409                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCACGTT-AAA-----TTG--TGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-A--GTA-CCTTTTATT
gi|46414                      :                                         TTTCCTGT-G--G-TACGTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-T--T-GAAGTA-TCTTTTATT
gi|46416                      :                                         TTTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTG--TGA-GTT------------------ACACTCTGTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46411                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--GTTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCGTTTCC-TG-T-G--GTA-TATTTTCTT
gi|46422                      :                                         TCGCTTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAT-A---TCG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-ACTTTTA
gi|46430                      :                                         TCTCCTGT-G--A-TACCTTTCAGTTACTTTT--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCATATCC-TG-TGG--GTA-CCTTTTATT
gi|46439                      :                                         TCTCCTGT-T--A-TACCTTT-------------ATTACATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCA-TG-C-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46413                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATATTT----------T--ATTTCATGAT-CAA-A---CTG--AAA-A--------------------TCGCCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTCTTATT
gi|46403                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTCT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTG--ATA-A--------------------TAACTATCTCC-TG-T-T--GTA-CCTTTCATT
gi|46444                      :                                         TTTCTTGT-T--G-AACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46446                      :                                         TCTCGTGC-G--G-TACCTTT----------T--ATTGTTTGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATTTCC-TG-T-G--GTA--CTTTTATT
gi|46443                      :                                         TCTTCTGT-G--G-TACCTTT-------------ATTT-ATGTT-AAA-G---TTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTTC-TG-T-G--GTA-CC-TTTATT
gi|46480                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATT
gi|46420                      : tggtacattttattccattataaaattgtgagatacaccaTCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------TTTATTCCTTGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCT-TG-T-C--GTA-CCTTTTATT
gi|46412                      :                                         TCTCCT-T-GAAG-TATCTTT----------T--ATTTCATATT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-A--GTA-CCTTTTATT
gi|46429                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGACACNNNNNNNNNNAATTGAGACACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46428                      :                                         TCTCCTAT-G--T-TACGTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCGTCTCT-TA-T-C--GTA-CCTTTTA
gi|46449                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTTATGTT-CAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCT-TG-T-
gi|46435                      :                                         TCTACTGC-G--G-TATCTTG----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTT--AGA-A--------------------ATACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTGTT
gi|46451                      :                                         TCTCTTGT-C--G-TACCTTT----------T--ATTTTTTGTT-AAA-A---TTG--TGA-A--------------------ACGCCATCTTC-TG-T-G--GTA-CC-TTTATT
gi|46441                      :                                         TTTCCTGT-G--G-TAC-TTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ATGCCATCTCA-TG-T-G--GTA---TTTTA
gi|46427                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------A--ATTTCATGTT-CAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACGATCTCC-TG-C-G--AGA-CCTTTAATT
gi|46440                      :                                         TCTCTTAT-C--G-TACCTTT----------T--AATTTTTGTT-AAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46453                      :                                         TCTTCTGT-G--G-GACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--AAA-A--------------------ACACCATCACA-TG-T-G--GAA-CCTTCAATT
gi|46417                      :                                         TTTCCTGT-T--G-TATCTTT----------T--ATTTCATTTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACT-TTTCC-TG-T-G--GTA-CGTTTTATT
gi|46455                      :                                         TCTCCTGT-T--G-TACCTTT----------C--ATTTCAGGTT-CAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTCT-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46433                      :                                         TCTCTTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTC--ACA-A--------------------ACACCGAATAC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46442                      :                                         TCTGCTG--G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATATT-TAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TA-T-G--TTA-CGTTTTATT
gi|46423                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGAT-GTA-A---TTG--AGA-A--------------------ATTCTATATCC-TG-T-T--GTATCTTTTTATT
gi|46426                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-ATTTCTA--ATA------------------------ATTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTA
gi|46452                      :                                         TCTCTTGT-C--G-TACCTTT----------T--ATTTTATATT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACATAATCTCC-TG-T-T--ATA-CC-TTTATT
gi|46438                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTC--TGA-A--------------------ACATCGATTAC-TG-C-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46457                      :                                         TCTCCTGT-A--A-TACCTTC----------A--ATTTCATGTT-AAA-A---TTT--CGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCATGTATT
gi|46445                      :                                         TCTCATGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCG-GAT-AAA-T---TCG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTCTTATT
gi|46447                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTTATGTG-AAA-A---TTG--GGC-A--------------------ACATCATCCCT-TG-T-G--GGA-CCTTTAATT
gi|46448                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TACCTGT----------T--ATTTTATGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTAC-TT-C-A--ATA-TCTTTTATT
gi|46424                      :                                         TTTCCTGT-G--G-TATATTT----------T--CTTTCATGTT-GAA-A---TTG--AGA-A--------------------ATGCCATCTCC-TG-T-A--ATA-CCTTCAATT
gi|46437                      :                                         TCTTCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTCCA-GTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACAGTATTTCT-TG-T-T--GAA-CCTTTTATT
gi|46450                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TAACTTT----------T--AATTTA-GTT-AAA-A---TTG--AAA-A--------------------ACTTTATCTCC-TA-T-G--GTA-ACTTTTATT
gi|46434                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TATTTCT----------T--ATTTCAAGAT----------TG--AGA-A--------------------ACACTATCCCC-TG-T-A--GTA-TATTTTATT
gi|46421                      :                                         TCTCCTGT-G--G-TTTATTT----------T--ATTTCATGAT-TAT-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTATCAAT-TT-T-G--GTA-CATTTTATT
gi|46456                      :                                         TCTTTTGT-G--G-TACATTT----------T--ATTTCA--ATTAAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACCATTTCT-T-------GTA-CCTTTTATT
gi|46454                      :                                         TCTCTTGT-------AAATTT----------T---TTT--TGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTGTCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46466                      :                                          CCCTTGT-G--G-GACCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TGA--AGA-A--------------------ATACCATTTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46467                      :                                          CTCTTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTT-GAA-A---TGG--AGA-A--------------------ACGCCATCACT-TG-T-T--ATA-CCTTTTGTT
gi|46469                      :                                           TCCTTT-G--A-TACCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46471                      :                                           TCCTGT-G--G-GACCTAT----------T--ATTTCACGTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTAATT
gi|46472                      :                                           TCCTGT-G--GGTACCTTT----------T--ATTTCATCTT-AAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACACCAACTCT-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46470                      :                                           TCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTC--AGA-A--------------------ACACTTTTTCC-TG-T-T--GTA-TCTTTTATT
gi|46473                      :                                           TCCTGT-T--G-TATCTTT----------TT-ATTGTATGTT-AAA-A---CTG--AGA-A--------------------ACATCATCCCCTTG-T-G--GGA-CCTTTTATT
gi|46474                      :                                             CTGC-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCA-GGTAAAA-A---TTG--AGA-A--------------------ACATCATCTCT-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46475                      :                                             CTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATAAT-AGA-A---TTG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTTC-TG-T-G--CTA-TTTCTTATT
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gi|46477                      :                                              TGC-G--G-TATATTC----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACCATCTAC-TG-C-G--GTA-TCTTGTATT
gi|46479                      :                                               GT-G--G-TATCGTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---CTG--ATA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-ATTTTCATT
gi|46480                      :                                                T-G--G-TACATTT----------T--ATTCCATTAT-AAA-A---TTGTGAGA-T--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46482                      :                                                      -TATCTTT----------T--ATTTCATGTT-AAA-A---TTG--GGA-A--------------------ACACCATCTTC-TG-T-G--GTA-CC-TTTATT
gi|46483                      :                                                           TCT----------T--ATTTTTTGTT-AAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46485                      :                                                          taTT----------T--ATTTCATGAT-AAA-A---TTA--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTT-TCTTTTGTT
gi|46486                      :                                                            TT----------T--ATTTCATAAT-GAA-A---TAG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCGTTTATT
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Alignments
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lowQualScore                  :         . .. .       .......... ..                 ..   . ....................           .  . . ..   .         
lowQualScore                  :         4 66 4       8888888888 00                 66   4 88888888888888888888           4  4 4 66   4         
consensus                     : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
Reference ( family-277 )      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
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lowQualScore                  :         . .. .       .......... ..                 ..   . ....................           .  . . ..   .         
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gi|46403                      : TCTCCTGT-G--G-TATTTCT----------T--ATTTCATGATAAAATTG--ATA-A--------------------TAACTATCTCC-TG-T-T--GTA-CCTTTCATT
gi|46404                      : TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAACTG--ATC-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46405                      : TCTCCTGTTG--G-TACCTTT----------T--ATTTGATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46406                      : TCTCCTGT-G--A-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------GCGCCATCTCC-TG-T-G--ATA-CCTTTCA
gi|46407                      : TCTCCTGT-A--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTGC-TG---G--GTA-TCTTTTATT
gi|46408                      : TCTCCTGT-A--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ATGCCATCTCT-TG-T-C--GTA-CCTTTTATT
gi|46409                      : TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCACGTTAAA-TTG--TGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-A--GTA-CCTTTTATT
gi|46410                      : TCTCCTGT-G--C-TACCTTT----------T--ATTTCA-GTTAAAATTG--AGA-A--------------------CCACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46411                      : TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--GTTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCGTTTCC-TG-T-G--GTA-TATTTTCTT
gi|46412                      : TCTCCT-T-GAAG-TATCTTT----------T--ATTTCATATTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-A--GTA-CCTTTTATT
gi|46413                      : TCTCCTGT-G--G-TATATTT----------T--ATTTCATGATCAAACTG--AAA-A--------------------TCGCCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTCTTATT
gi|46414                      : TTTCCTGT-G--G-TACGTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-T--T-GAAGTA-TCTTTTATT
gi|46415                      : TCTCATGC-G--G-TACCTTT----------T--ATTTTACGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TGTT-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46416                      : TTTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGATAAAATTG--TGA-GTT------------------ACACTCTGTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46417                      : TTTCCTGT-T--G-TATCTTT----------T--ATTTCATTTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACT-TTTCC-TG-T-G--GTA-CGTTTTATT
gi|46418                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--AGTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------AAAACATCTTC-TG-T-G--GGA-CCTTTTATT
gi|46419                      : TCTTCTGT-G--G-TACCTTT-------------ATTTCATGTTAAAATTA--AGA-A--------------------ACACCATCTTT-TG-T-G--GTA-CATTTTATT
gi|46420                      : TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------TTTATTCCTTGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCT-TG-T-C--GTA-CCTTTTATT
gi|46421                      : TCTCCTGT-G--G-TTTATTT----------T--ATTTCATGATTATATTG--AGA-A--------------------ACACTATCAAT-TT-T-G--GTA-CATTTTATT
gi|46422                      : TCGCTTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTTAATATCG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-ACTTTTA
gi|46423                      : TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGATGTAATTG--AGA-A--------------------ATTCTATATCC-TG-T-T--GTATCTTTTTATT
gi|46424                      : TTTCCTGT-G--G-TATATTT----------T--CTTTCATGTTGAAATTG--AGA-A--------------------ATGCCATCTCC-TG-T-A--ATA-CCTTCAATT
gi|46425                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTTATGTAAATATTG--AGA-A--------------------ACATCATCCCT-TG-T-G--GGA-CCTTTTATT
gi|46426                      : TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTT--CTA-A--------------------TAATTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTA
gi|46427                      : TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------A--ATTTCATGTTCAAATTG--AGA-A--------------------ACACGATCTCC-TG-C-G--AGA-CCTTTAATT
gi|46428                      : TCTCCTAT-G--T-TACGTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCGTCTCT-TA-T-C--GTA-CCTTTTA
gi|46429                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGACACNNNNNNNNNNAATTGAGACACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46430                      : TCTCCTGT-G--A-TACCTTTCAGTTACTTTT--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCATATCC-TG-TGG--GTA-CCTTTTATT
gi|46431                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--GTTTAATGTTAAAGTTG--AGA-A--------------------ATGTCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTT
gi|46432                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------A--ATTTTATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCAAC-TG-T-G--GTC-TCTTTTATT
gi|46433                      : TCTCTTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCATGATAAAATTC--ACA-A--------------------ACACCGAATAC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46434                      : TCTCCTGT-G--G-TATTTCT----------T--ATTTCA-----AGATTG--AGA-A--------------------ACACTATCCCC-TG-T-A--GTA-TATTTTATT
gi|46435                      : TCTACTGC-G--G-TATCTTG----------T--ATTTCATGTTAAAATTT--AGA-A--------------------ATACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTGTT
gi|46436                      : TCTTCTGT-G--G-TACCTTT-------------ATTTCATGTTAAAGCTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTT
gi|46437                      : TCTTCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTCCA-GTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACAGTATTTCT-TG-T-T--GAA-CCTTTTATT
gi|46438                      : TCTCCTGT-G--G-TATTTTT----------T--ATTTCATGATAAAATTC--TGA-A--------------------ACATCGATTAC-TG-C-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46439                      : TCTCCTGT-T--A-TACCTTT-------------ATTACATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTCA-TG-C-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46440                      : TCTCTTAT-C--G-TACCTTT----------T--AATTTTTGTTAAAATTA--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46441                      : TTTCCTGT-G--G-TAC-TTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ATGCCATCTCA-TG-T-G--GTA---TTTTA
gi|46442                      : TCTGCTG--G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATATTTAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TA-T-G--TTA-CGTTTTATT
gi|46443                      : TCTTCTGT-G--G-TACCTTT-------------ATTT-ATGTTAAAGTTG--AGA-A--------------------ACGCCATCTTC-TG-T-G--GTA-CC-TTTATT
gi|46444                      : TTTCTTGT-T--G-AACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46445                      : TCTCATGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCG-GATAAATTCG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTCC-TG-T-G--GTA-TTTCTTATT
gi|46446                      : TCTCGTGC-G--G-TACCTTT----------T--ATTGTTTGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATTTCC-TG-T-G--GTA--CTTTTATT
gi|46447                      : TCTCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTTATGTGAAAATTG--GGC-A--------------------ACATCATCCCT-TG-T-G--GGA-CCTTTAATT
gi|46448                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTGT----------T--ATTTTATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTAC-TT-C-A--ATA-TCTTTTATT
gi|46449                      : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTTATGTTCAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCT-TG-T-
gi|46450                      : TCTCCTGT-G--G-TAACTTT----------T--AATTTA-GTTAAAATTG--AAA-A--------------------ACTTTATCTCC-TA-T-G--GTA-ACTTTTATT
gi|46451                      : TCTCTTGT-C--G-TACCTTT----------T--ATTTTTTGTTAAAATTG--TGA-A--------------------ACGCCATCTTC-TG-T-G--GTA-CC-TTTATT
gi|46452                      : TCTCTTGT-C--G-TACCTTT----------T--ATTTTATATTAAAATTG--AGA-A--------------------ACATAATCTCC-TG-T-T--ATA-CC-TTTATT
gi|46453                      : TCTTCTGT-G--G-GACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AAA-A--------------------ACACCATCACA-TG-T-G--GAA-CCTTCAATT
gi|46454                      : TCTCTTGT-------AAATTT----------T---TTT--TGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACTGTCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46455                      : TCTCCTGT-T--G-TACCTTT----------C--ATTTCAGGTTCAAATTG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTCT-TG-T-G--GTA-TTTTTTATT
gi|46456                      : TCTTTTGT-G--G-TACATTT----------T--ATTTCA-ATTAAAATTA--AGA-A--------------------ACACCATTTCT-T-------GTA-CCTTTTATT
gi|46457                      : TCTCCTGT-A--A-TACCTTC----------A--ATTTCATGTTAAAATTT--CGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCATGTATT
gi|46466                      :  CCCTTGT-G--G-GACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATGA--AGA-A--------------------ATACCATTTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46467                      :  CTCTTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTGAAATGG--AGA-A--------------------ACGCCATCACT-TG-T-T--ATA-CCTTTTGTT
gi|46469                      :   TCCTTT-G--A-TACCTTT----------T--ATTTCATGATAAAATTG--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46470                      :   TCCTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATGATAAAATTC--AGA-A--------------------ACACTTTTTCC-TG-T-T--GTA-TCTTTTATT
gi|46471                      :   TCCTGT-G--G-GACCTAT----------T--ATTTCACGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTAATT
gi|46472                      :   TCCTGT-G--GGTACCTTT----------T--ATTTCATCTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCAACTCT-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46473                      :   TCCTGT-T--G-TATCTTT----------TT-ATTGTATGTTAAAACTG--AGA-A--------------------ACATCATCCCCTTG-T-G--GGA-CCTTTTATT
gi|46474                      :     CTGC-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCAGGTAAAAATTG--AGA-A--------------------ACATCATCTCT-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46475                      :     CTGT-G--G-TATCTTT----------T--ATTTCATAATAGAATTG--AGA-A--------------------ACGCCTTCTTC-TG-T-G--CTA-TTTCTTATT
gi|46477                      :      TGC-G--G-TATATTC----------T--ATTTCATGTTAAAATTA--AGA-A--------------------ACACCATCTAC-TG-C-G--GTA-TCTTGTATT
gi|46478                      :      TGT-G--G-AACCTTC----------A--ATTTCATGTCAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCGCT-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46479                      :       GT-G--G-TATCGTT----------T--ATTTCATGTTAAAACTG--ATA-A--------------------ACGCCATCTCC-TG-T-G--GTA-ATTTTCATT
gi|46480                      :        T-G--G-TACATTT----------T--ATTCCATTATAAAATTGTGAGA-T--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
gi|46482                      :              -TATCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--GGA-A--------------------ACACCATCTTC-TG-T-G--GTA-CC-TTTATT
gi|46483                      :                   TCT----------T--ATTTTTTGTTAAAATTA--AGA-A--------------------ACACTTTCTCC-TG-T-G--GTA-TCTTTTATT
gi|46485                      :                  taTT----------T--ATTTCATGATAAAATTA--AGA-A--------------------ACACTATCTCC-TG-T-G--GTT-TCTTTTGTT
gi|46486                      :                    TT----------T--ATTTCATAATGAAATAG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-TCGTTTATT


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blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   
blockSeqs                     :                      .                                    .                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT
finalCons                     : TCTCCTGT-G--G-TACCTTT----------T--ATTTCATGTTAAAATTG--AGA-A--------------------ACACCATCTCC-TG-T-G--GTA-CCTTTTATT





Alignments
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