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gi|45325                      : AAGCGACTATTGCTCCGCCC--AC-T-----------------AGC---C-ACATGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45326                      : AAGCTACTAACGCTCCGCCC--AC-T-----------------GAC---C-ACGTGACGTTGTTTGTCGAAGT
gi|45327                      :  AGTGACTATCACTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCACTGTTTGTTCAAGTTA
gi|45328                      :  AGTGACTATCTCTCTGCCC--AC-T-----------------GAT---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45329                      :  AGTGAATATCACTCTGCCC--AC-T-----------------TGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45330                      :  AATTACTATAACTCCGCCC--AC-T-----------------TGT---C-TCGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45331                      :  AGTGACCATCGCTCCGCCC--AC-T-----------------GCC---C-ACGTGGTGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45332                      :  AGTGACTATCGCTCCGCCC--AC-T-----------------GTC---C-ACATGGCGTTATTTGTCCAAGT
gi|45333                      :  AGTGACTATCGCTCCAACC--AC-T-----------------GGC---C-ATGAGGCATTGTTTGTCAAAGT
gi|45334                      :  AATCACTATTGCTCCTCTC--AC-T-----------------GGC---C-ACATGG-ATTGGTTGTCCAAGT
gi|45335                      :  AGTGACTATTGTTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTATAAGT
gi|45336                      :  AGTGACTATTGCTCCATCA--AC-T-----------------GGC---C-ACTTGGCATTGTTTGTCCATGT
gi|45338                      :     TAATATCACTCCACCC--AC-T-----------------GGC---T-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45339                      :      ACTATCACTCCTTCC--GC-T-----------------GGC---C-AAGTGGCATTGATTGTCCAAGTTA
gi|45340                      :      ACTATCACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTAACATTGTTTGTCCAAGT
gi|45341                      :      ACTATCACTCCACCC--AC-T-----------------TGT---C-ATGTGGTGTTGATTGTCCAAGT
gi|45342                      :      ACTGTCGCTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACTTGGCATTGTTTGTCCAAG
gi|45343                      :      ACTATCACTCTGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCCTTGTTTGTCCAAGT
gi|45344                      :      ACTATCAATCCGCTC--AC-T-----------------GGC---C-ACATGTCATTGATTGTCCAAGT
gi|45345                      :      ACTATAACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGTATTGTCTGTCCAAGT
gi|45346                      :      ACTAGCGCTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACATAGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45347                      :      ACTATCGCTTCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCACTGTTTGTCCAAG
gi|45348                      :      ACTATCGCTCCGTCC--AC-T-----------------TGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45349                      :      ATTATCGCTTGACCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45350                      :      ACTATCTCTCTGCCC--A--T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGGTTGTCCAAGTCA
gi|45351                      :      ATTATCACTCAACCC--TC-T-----------------GGC---C-ACATGGCATTGTATGTCCAAGT
gi|45352                      :      ACTATCTATCTGCCC--GT-T-----------------GGC---T-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45353                      :      ATTATTGCTCCGCCT--AC-T-----------------GGC---C-ACATGGCATTGTTTGTCCAACTTA
gi|45354                      :      ACTTTCACTCCTCCC--GC-T-----------------GGC---C-AAGTGGCATGGTTTGTCTAAGT
gi|45355                      :      ACCATTGTTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCAAAGT
gi|45356                      :      ACTATTGCCCCGCCC--AC-A-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45357                      :      ACTATCGCCCCGCCT--AC-A-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45358                      :      ACTACCGCTTCGCCC--AC-T-----------------GAC---C-ACGTGACATTGTTTGTCCAAG
gi|45359                      :      ACTACCGCTTCGCCC--AC-T-----------------GAC---C-ACGTGACATTGTTTGTCCAAG
gi|45360                      :      ACTATCACTCTGCCCT-G--------------------GGT---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45361                      :      ACTATCACTTCACCC--AC-T-----------------GGC---CAATGTGGCATTGTTTGTACAA
gi|45362                      :      ACTTTCGCTCCACCC--AC-T-----------------GTC---C-ACGTGGCCCTGTTTGTCCAAGT
gi|45363                      :      ACTATCGCTTCGCCC--AC-T-----------------GGC---T-ACGTGGCGTTGTTTGT-CAAATTA
gi|45364                      :      ATTATCAATCTGCTA--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGTTA
gi|45365                      :      ACTATCGCTCTGCCA--AA-T-----------------GGC---C-ACGTGACATTGCTTGTCCAAGT
gi|45366                      :      ACTGTCGCTCCGCAC--AC-A-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45367                      :      ACTATCGCTCCGCCC--AA-T-----------------GGT---C-ACGTGGAATTGTTTGTTCAAGT
gi|45368                      :      ACTATCGCTACGCCT--AC-T-----------------GGT---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAG
gi|45374                      :       CTTTCACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45375                      :       CTATTGCTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCTAAGT
gi|45376                      :       CTATCACTCCGCCCCAG--T-----------------GGC---C-ACGTGACGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45377                      :       CTATCACTCCGCCCCAG--T-----------------GGC---C-ACGTGACGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45381                      :        TATCACTCCACCC--CCAT-----------------TGT---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45382                      :        TATTGCTCTACCC--AC-A-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45383                      :        TATCACTCCAACC--AC-T-----------------GGC---C-ACAGGGCATAGTTTGTCCAAGT
gi|45385                      :         ATCGCTCCGCCC--AC-T-----------------GGT---C-ACGTGGCATTGCTTGTACAAG
gi|45386                      :         ATCGCTCCGCCC--AC-T-----------------GGT---C-ACGTGGTATTGACCATCCAAGT
gi|45387                      :             CTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTTGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45389                      :              TCCACCC--AC-T-----------------GGC---T-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45390                      :                CACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTAGCATTGATTGTCCAAGTTA


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blockSeqs                     :            A        TG    .                                   A
blockSeqs                     :            A        G     .                                   A
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blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   G
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   A
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
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blockSeqs                     :            G        G     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   A
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            T        A     .                                   G
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            T        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        T     .                                   T
blockSeqs                     :            G        G     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        G     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   C
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        C     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   T
blockSeqs                     :            A        A     .                                   T
blockSeqs                     :            G        A     .                                   C
blockSeqs                     :            G        A     .                                   A
blockSeqs                     :                     A     .                                   T
blockSeqs                     :                     A     .                                   T
blockSeqs                     :                     A     .                                   A


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAGTTACTATCGCTCCGCCC--GC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGNTTGTCCAAGTTA
finalCons                     : AAGTTACTATCGCTCCGCCC--GC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGNTTGTCCAAGTTA





Alignments
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lowQualScore                  :            .        ... . .................   ... .           .            
lowQualScore                  :            5        555 4 88888888888888888   777 4           0            
consensus                     : AAGTTACTATCGCTCCGCCC--GC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGNTTGTCCAAGTTA
Reference ( family-276 )      : AAGTTACTATCGCTCCGCCC--GC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGNTTGTCCAAGTTA
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gi|45311                      : AAGTTACTATCACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGATTGTCAAAGCTA
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gi|45335                      :  AGTGACTATTGTTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTATAAGT
gi|45336                      :  AGTGACTATTGCTCCATCA--AC-T-----------------GGC---C-ACTTGGCATTGTTTGTCCATGT
gi|45338                      :     TAATATCACTCCACCC--AC-T-----------------GGC---T-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45339                      :      ACTATCACTCCTTCC--GC-T-----------------GGC---C-AAGTGGCATTGATTGTCCAAGTTA
gi|45340                      :      ACTATCACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTAACATTGTTTGTCCAAGT
gi|45341                      :      ACTATCACTCCACCC--AC-T-----------------TGT---C-ATGTGGTGTTGATTGTCCAAGT
gi|45342                      :      ACTGTCGCTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACTTGGCATTGTTTGTCCAAG
gi|45343                      :      ACTATCACTCTGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCCTTGTTTGTCCAAGT
gi|45344                      :      ACTATCAATCCGCTC--AC-T-----------------GGC---C-ACATGTCATTGATTGTCCAAGT
gi|45345                      :      ACTATAACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGTATTGTCTGTCCAAGT
gi|45346                      :      ACTAGCGCTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACATAGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45347                      :      ACTATCGCTTCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCACTGTTTGTCCAAG
gi|45348                      :      ACTATCGCTCCGTCC--AC-T-----------------TGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45349                      :      ATTATCGCTTGACCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45350                      :      ACTATCTCTCTGCCC--A--T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGGTTGTCCAAGTCA
gi|45351                      :      ATTATCACTCAACCC--TC-T-----------------GGC---C-ACATGGCATTGTATGTCCAAGT
gi|45352                      :      ACTATCTATCTGCCC--GT-T-----------------GGC---T-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45353                      :      ATTATTGCTCCGCCT--AC-T-----------------GGC---C-ACATGGCATTGTTTGTCCAACTTA
gi|45354                      :      ACTTTCACTCCTCCC--GC-T-----------------GGC---C-AAGTGGCATGGTTTGTCTAAGT
gi|45355                      :      ACCATTGTTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCAAAGT
gi|45356                      :      ACTATTGCCCCGCCC--AC-A-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45357                      :      ACTATCGCCCCGCCT--AC-A-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45358                      :      ACTACCGCTTCGCCC--AC-T-----------------GAC---C-ACGTGACATTGTTTGTCCAAG
gi|45359                      :      ACTACCGCTTCGCCC--AC-T-----------------GAC---C-ACGTGACATTGTTTGTCCAAG
gi|45360                      :      ACTATCACTCTGCCCT-G--------------------GGT---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45361                      :      ACTATCACTTCACCC--AC-T-----------------GGC---CAATGTGGCATTGTTTGTACAA
gi|45362                      :      ACTTTCGCTCCACCC--AC-T-----------------GTC---C-ACGTGGCCCTGTTTGTCCAAGT
gi|45363                      :      ACTATCGCTTCGCCC--AC-T-----------------GGC---T-ACGTGGCGTTGTTTGT-CAAATTA
gi|45364                      :      ATTATCAATCTGCTA--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGTTA
gi|45365                      :      ACTATCGCTCTGCCA--AA-T-----------------GGC---C-ACGTGACATTGCTTGTCCAAGT
gi|45366                      :      ACTGTCGCTCCGCAC--AC-A-----------------GGC---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45367                      :      ACTATCGCTCCGCCC--AA-T-----------------GGT---C-ACGTGGAATTGTTTGTTCAAGT
gi|45368                      :      ACTATCGCTACGCCT--AC-T-----------------GGT---C-ACGTGGCGTTGTTTGTCCAAG
gi|45374                      :       CTTTCACTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45375                      :       CTATTGCTCCACCC--AC-T-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCTAAGT
gi|45376                      :       CTATCACTCCGCCCCAG--T-----------------GGC---C-ACGTGACGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45377                      :       CTATCACTCCGCCCCAG--T-----------------GGC---C-ACGTGACGTTGTTTGTCCAAGT
gi|45381                      :        TATCACTCCACCC--CCAT-----------------TGT---C-ACGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45382                      :        TATTGCTCTACCC--AC-A-----------------GGC---C-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45383                      :        TATCACTCCAACC--AC-T-----------------GGC---C-ACAGGGCATAGTTTGTCCAAGT
gi|45385                      :         ATCGCTCCGCCC--AC-T-----------------GGT---C-ACGTGGCATTGCTTGTACAAG
gi|45386                      :         ATCGCTCCGCCC--AC-T-----------------GGT---C-ACGTGGTATTGACCATCCAAGT
gi|45387                      :             CTCCGCCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTTGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45389                      :              TCCACCC--AC-T-----------------GGC---T-ATGTGGCATTGTTTGTCCAAGT
gi|45390                      :                CACCC--AC-T-----------------GGC---C-ACGTAGCATTGATTGTCCAAGTTA