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lowQualScore                  :      . .. ...  .....   .  .   ..  ... . ....    ...     ....  ... ...  ..... .......      ....  ...... .    ....   ... ...    ...  .....      .  .    
lowQualScore                  :      7 33 000  77777   5  5   77  888 4 9999    999     3333  333 777  77777 3333333      3333  333333 4    9999   777 111    666  66666      5  5    
consensus                     :   AAA-A--A---ATC---GGGC-AT-ATTN-GT---T-T----CCGTN--AGTCG----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----NACCATG-AC-AAAT
Reference ( gi|17333 )        :   AAA-A--A---ATT---GGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-TGCCT------C-AAAA----TAA---CA--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17300                      :   AAA-A--A---ACA---GGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTT--AGTAA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TA----AACCATG-AC-AAAT
gi|17304                      :  aAAA-A--A---ATT---GTGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TC-------AT-----G-------ATGTAA-CATCT------C-GAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AATCATG-AC-AAAT
gi|17341                      :  aAAA-A--A---ATC---AGGC-AT-ATTT-GT---T-T----TCATA--CGTCA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-TGTCT------C-AAAA----TAA---TG--ACAT---TT----AACTATA-AC-AAAT
gi|17340                      :   AAA-A--A---ATC---GGGC-AT-ATT--GT---T-T----CCATG--AGTCT----TCA--T---TT-----G-------ACGTAA-CGTCA------C-AAAA----TAA---CG--TCAA---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17344                      :   AAA-A--A---ATTACCGGGC-AT-ATTTTGT---T-C----CCATG--AATCA----ACA--T---AT-----G-------ACGTTA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17298                      :   AAA-A--A---A-----GGGC-TT-ATTC-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-GGTCT------C-AAAG----TAA---CG--TCAT---TT----AATCATG-AA-AAAT
gi|17303                      :   AAA-A--A---ATC---AAGC-AT-ATTA-GT---T-T----CTTTG--AGTCA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TGA---CG--TTAT---TT----CACCATT-AC-AAAT
gi|17337                      :  aAAG-A--A---ATT---TGAC-AT-TTTA-GT---T-T----CCGTC--AGTTA----TTG--T---AT-----G-------ACGTAA-CATCT------C-AAAA----TAA---CA--TCAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17334                      :   AAA-A--A---ATT---GG-C-AT-ATTT-GT---T-T----CCTTC--ATTTA----TCG--T---AT-----G-------ACATAA-TGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TTAT---TT----GATTATG-AC-AAAT
gi|17310                      :   AAG-A--A---ATC---GGAC-AT-ATTT-AT---T-T----TTGTG--TGTCG----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-TATCT------C-AATA----TAA---AG--TCAT---TC----AACCATG-AC-AAAT
gi|17316                      :  aAAA-A--A---AGT---GGCC-AT-ATAT-GT---T-T----CTGTG--AGTCA----TAA--T---GC-----G-------ATGTAA-CATCT------C-AAAC----TAA---TG--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17331                      :   AAA-A--A---GCC---CGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTT--GTTCG----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTTT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TAACATG-AC-AAAT
gi|17308                      :   AAA-A--A---ATC---GAGC-AT-ATTG-GT---T-T----CCGTG--AGTAA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------A-AAAA----TGA---CG--TAAA---TT----AACC-TG--C-AAAT
gi|17332                      :  aAAA-A--A---ATC---TGGA-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTC--ATTCG----TAA--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-ATAA----TAA---CA--TCAT---TT----TACCATA-AA-AAAT
gi|17357                      :   AAC-A--A---ATC---GGGC-AT-ATTA-GT---T-G----ACGCG--AGTCA----TCT--T---AT-----G-------ATGAAA-TGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TTATAGAACCATA-AC-AAAT
gi|17305                      :   AAATA--A---ATC---GGCC-AT-ATTT-GTAGTT-T----CTGTC--AGTCT----TCA--T---AT-----G-------AAGTAA-TGCCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TG----TACCACG-GC-AAAT
gi|17314                      :  aAAC-A--A---ATC---ATGT-AT-ATGT-GT---T-A----CCATG--GGTAA----TCA--T---AT-----G-------ACATAA-CGCCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AACCATA-GC-AA
gi|17359                      :  aAAA-A--T---ATC---GGGC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTA--TGTTA----TCA--C---GT-----G-------ACGCAA-GGTCT------C-AAAA----TAA--------CAT---TT----AACCAAG-AC-AAAT
gi|17338                      :   AAA-A--A---AT----GGGC-AT-ATTA-GT---T-T----CTGTC--AGCCG----TCG--T---GT-----G-------ACGTAA-CATCT------T-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TCCCATG-GC-AAAT
gi|17350                      :   AAA-A--A---ATT---GCAC-AT-ATTA-GT---T-T----CCATC--AGTCA----TCG--C---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---C------T---TT-----ACCATG-ACTAAA
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gi|17362                      :   AAA-T--A---ATC---GGGC-AA-ATTA-GC---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--T---AC-----G-------ACGCAACTG-CT------C-AAAA----TAA---CG--ACAT---TT----AAC
gi|17346                      :   AAT-A--A---ATT---GGGC-AT-ATTA-GT---T-T----TGGTC--AGTCG----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-CGACT------C-ATAA----TAA---CG--CCAT---TT----TACCATT-AT-AAAT
gi|17323                      :   AAATA--A---ATC---GGGC-AA-ATTT-GT---T-T----CCATG--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-CATTT------C-CAAA----TAA---CT--TTAT---CT----GGCCATG-GC-ATAT
gi|17353                      :   AGA-A--A---ATC---GGGC-CT-------T---T-T-----------AGTCA----TCA--T---AT-----G-------ACATAA-TGTCT------T-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17307                      :   AAATA--A---ATC---GGAT-AT-ATTA-GT---T-T----TAGTC--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-AGTCT------C-AAAA----TAA---TG--TCAA---TT----TACCAAG-AC-AAAT
gi|17311                      :   AAA-A--A---CTC---AGGC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGCA--AGTCA----TCG--T---AA-----G-------ACATAA-CATCA------C-AAAA----TTA---CA--TCAT---TT----CACCACG-AA-AAAT
gi|17299                      :  aAAA-A--A---GTC---CGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTC--ATTCG----TCG--T---AT-----G-------ACATAA-CGCCT------C-AAA------AA---CA--TCGT---TT----
gi|17342                      :  aAAA-A--G---GTT---GGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CTGTC--ATTTG----CTG--T---AT-----G-------ACCTAA-CATCTAGATCTC-AAAA----TAA---CA--TCAT---TT----TACCATG-AC-At
gi|17343                      :   AAA-A--A---GTT---TGTC-AT-ATTT-TT---T-T----CTGTC--ATTCG----TCT--T---AT-----G-------ATGTAA-AGTCT------C-AAAA----TAA---CA--T--T---TT-----ACCATG-AC-AAGT
gi|17354                      :   AAT-A--A---ATC---GGAC-AT-ATTA-AT---T-T----CCATG--AGTCA----CCA--T---AT-----G-------ATGTAA-CATCT------C-AAAA----TAC---CG--TCTT---TT----GAC
gi|17351                      :   AAC-A--A---ATC---TGGC-AA-ATA--GT---T-T----CCGTT--AGTCA----TTG--T---AT-----G-------ATGCAA-CGCCT------A-AAAA----TAA---TG--TCAT---TT----TACCATT-AC-AAATa
gi|17319                      :   AAA-A--A---ATC---AGGC-AT-ATCT-GT---T-T----CCG----AGTCG----TCA--A---AT-----A-------ACATA-----------------------TAA---CA--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAGT
gi|17374                      :  aAAA-ATGA---ACC---GGCC-AA-ATTTAGT---T-T----CTGTC--AGTTA----TCG--T---AC-----G-------ATGTAG-CATCT------C-AAAA----TAT---CG--TCAT---TT----ATCCATG-AC-AAAT
gi|17356                      :  aAAT-A--A---ATA---GGGT-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTC--CGTCG----TCAAGTG--ATTAGAAG-------ATGTAA-CATCT------G-AAAA----TAA---CA--TCAT---TT----CACCATG-AC-AAAT
gi|17360                      :   AAA-T--A---ATC---GGTC-AT-ATTA-GT---T-T----CTGTG--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ACACAA-CGTCT------C-AAAA----T
gi|17339                      :   AAA-A--A---GTT---TGGC-AT-ATTT-GT---T-TTTTGCCAT-----TTG----CCA--T---AT-----G-------ACATAA-CATCT------C-AAAA----TGA---CA--TTAT---TT----CACACTG-AC-AAAT
gi|17336                      :   AAA-A--A---GTC---TGGC-AT-AATT-TT---T-T----CCTTC--ATTTG----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CTTCA------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TGCCATG-GC-AAAT
gi|17345                      :   AAT-A--A---ATC---TGCC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTC--AGT---------------AT-----G-------ACGTTA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCGT---TT----TACCATG-GC-AAA
gi|17306                      :   AAA-AT-A---ACC---CGGC-AT-ATTT-AT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--T---AT-----A-------ACGTAA-AATCTTTA---T-AAAA-----AA---CG--TCAT---T
gi|17321                      :   AAA-A--A---AC----GGAC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTA--AATCA----TCA--T---TT-----G-------ATTTAA-CGTGT------C--AAA----TAT---CG--TCAT---TT-----ATGATG-AC-AAAT
gi|17335                      : agAAA-A--A---ATC---CTGT-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTC--ATTTG----TTA--T---AG-----G-------ACATAA-CTTCT------C-AATT----TAA---CG--TCTT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17363                      :   AAT-A--A---ATC---GGAC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTC--AGTTG----TCG--TTTAAT-----GTACACTAATGTAA-CATTT------C-AAAA----TAA---CA--TCAT---TT-----ACCAAG-AC-ATAT
gi|17309                      :   AAA-A--A---AAC---ATGC-AA-ATTA-GT---T-T----CTGTC--AGTCA----TTG--T---AT-----G-------ACATAA-CATCT------G-TAAA----TAA---CG--TCAT---AT----TATCATA-AC-AAAT
gi|17348                      :  aAAA-A--A---ATC---CGGC-CT-ATTA-AT---T-T----CTATG--ATTTG----TTA--T---AT-----G-------ACGAAA-CATCT------C-AAAA----TAA---CC--TCCT---TT----TGCCAAT-AC-AAAT
gi|17355                      :   AAA-A--G---ATC---G--C-AA-ATTT-GT---T-T----CCGTC--AGTGG----TT--------T-----G-------ATGTAA-CATCT--------AAAA-----AA---CA--TCAT---TT----TATTATG-AC-AAAT
gi|17317                      :   AAA-C--A---ATT---TGAC-CTTATCA-AT---T-T----CAGTC--AGTCA----CTG--A---AT-----G-------ACATAA-CATTT------C-AAAA----TAA---TG--TCAT---TT----TAGCATG-GC-AAAT
gi|17361                      :  aAAA-A--A---GTC---ATGC-AT-ATTA-GT---T-T----CTGTG-----------TC-------------------------TAA-CATCT------C-AAAA----TAA---TG--CCAT---TC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17358                      :   AGA-A--A---GTC---CGAC-AT-ATTT-GT---T-A----CCTTC--ACTCG----TCG--T---GTTTT--G-------GCGTCA-T------------AAAA----TAA---AG--TCAT---CT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17352                      :   AAA-A--A---GCC---TGGC-AA-ATTT-GT---T------CCTTC--ATTTG----TTG--T---TT-----G-------ACAAAA-CGTCA------C-AAAA----TAA---AG--TCAA---TT----TACCATA-AC-TAAT
gi|17349                      :   AAA-A--A---GTC---CGGC-AT-ATCT-CT---C-A----CCATC--GTTCG----TAT--T---AT-----G-------ACATAA-CGTCT------C-AAAA----TGA---
gi|17372                      :    AA-A--A---ATC---GGAC-AT-ATTT-GA---T-T----CCGTA--AATAA----T----T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AATA----TAA---CA--TCAT---TT----ATCCATG-AT-AAATtgactgtaacgt
gi|17369                      :    AA-A--A---ATC---CGGC-AA-ATTT-AT---T-T----CCGTG--AGTGA----CCA--T---AT-----G-------ACGTAT-CGTCT------CAAAAA----TTA---CG--TCAT---TT----AACCGTG-GC-AAAT
gi|17371                      :    AA-A--A---ATC---GGGC-AT-ATAT-GT---T-T----GCGAG--AATCA----TCA--T---AT-----A-------ACGTTA-CGTCA------C-AAAA----TA----CAG-TCAT---TT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17373                      :    AA-A--A---ATT---GAGC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTG--TGTCA----TAA--T---AT-----G-------ATGTAA-CATCT------C-AAAC----TAA---TG--TCAT---TT----AATATTG-AC-AAA
gi|17315                      :    AA-A--ATATATC---AGGC-AT-ATTA-GT---T-T----TCATG--AATCG----CTA--T---AT-----G-------ACGTAA-CATCT------C-AAAA----AAAAACCA--TCAT---AT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17318                      :  agAA-A--A---ATC---TGGC-AT-ATTT-GT---T-G----GCGTG--AGTCT----TCA--T---AT-----G-------ACGCAA-CATCTA-----C-AAA------AA---TG--CCAC---GT----TACCACA-AC-AAAT
gi|17370                      :  agAA-A--A---A-------GC-AT-ATTT-TT---TAT----CCGAC--ATTCG----TTG--T---AT-----G-------AGGTAC-TGTCT------C-AAAA----TAA---TG--TCAT---TC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17312                      :    AA-A--A---GTC---CGTC-AT-ATTT-GT---T-T----CC------------------------T-------------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TATTATG-AC-AAAT
gi|17376                      :   agA-A--A---ATC---GGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--T---AT-----G-------GCGTAA-CGTCT------C-ATGA----TAA---CG--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17301                      :     A-A--A---ATC---GGAC--T-ATTT-GT---T-T----CTGTA--AGTCA----TCA--T---AT-----G-------ATGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17375                      : aaatA-A--A---ATC---AGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTA--AGTCG----TCA--T---AT-----A-------AC--AA-CGTCA------T-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17320                      :     A-A--A---ATC---GGGC-AT-ATTT-GT---T-T----CAGTG--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-CGTCT------C-A
gi|17377                      : aaatA-A--A---ATC---GCGC-GT-ATAA-AT---T-T----CCGTC--ATTCA----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-CATCT------G-AAAA----TAA---CG--TTAA---TT-----ATCATT-AC-AAAT
gi|17378                      :     A-A--A---ATC---GCAC-AT-ATAA-AT---T-T----CCGTC--AGTCG----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-CGTCT------G-AAAA----TAA---TG--TAATG--TT----A
gi|17381                      :      -A--A---ATC---CGGC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--T---AT-----A-------GCGTAG-CGTGT------C-CAAA----TAA---AA--CAAT---TA----AACCATG-AC-AAaat
gi|17383                      :      -A--A---ATC---GGGC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--TAC-AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-
gi|17380                      :      -A--A---ACC---GGTC-AT-ATTA-GC---T-T----CCGTC--AGTC-------------------------------GTAG-CGTCG------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17382                      :      -A--A---ATC---AGCC-GT-ATTG-GT---T-T----CCTTT--TGGTG----TTG--T---AT-----G-------ATATAA-CATGT------C-GAAA----TAA---CT--TAAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17384                      :        --A---ATC---AGGA-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCG--C---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAT----TAA---TG--TCA----TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17386                      :        --A---ATT---CGGCCAT-GTTA-GT---T-T----CCGTC--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ACGTGA-CGCCT------C-AAAA----TAA---C
gi|17388                      :               TC---GGGC-AT-ATTA-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCG--T---AA-----G-------ACGTAA-CGTCT------T-AAAA----TAA---CT--TCAA---TT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17390                      :                     GGC-AT-ATTT-GT---T-T----ACGTT--AGTCA----TCT--T---AT-----G-------ACGAAA-CATCT------C-ACTA----TAA---CG--CCAT---TT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17387                      :                     GGC-AT-ATTT-GT---T-T----CCGTC--ATTCG----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-TGTCA------C-AAAA-----AA----A--TCAT---TT----TATAATG-AC-AAAT
gi|17302                      :                 atctGGC-AT-GCTA-GT---T-T----CCGTT--A-TCAG---TCG--T---GT-----A-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TACCATG-AA-AAAT
gi|17391                      :     agaaaaatccggcatcGGC-GT-ATTA-TT---T-T----TCGTT--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------A-AAAACGTCTAA---AATGTCAT---TT----TAGCATG-AA-AAAT
gi|17385                      :                     GGT-AA-ATTT-GT---T-T------GTC--ATTCA----TGG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTA-------A-AAAA----GAA---CG--TCAT---TT----TACCGTA-AC-AAAT
gi|17392                      :                agtccGGC-AA-ATGT-GT---T-T----CTGGC--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ATAAAA-CGTTG------C-AAAA----TAA---CG--TCATA--TT----A--CAAG-TC-AAAT
gi|17393                      :                      GC-AT-AATA-GT---T-T----TCGCC--AATTG----CTG--T---AT-----A-------ATGTAA-TGTTT------C-AAAA----TAA---CA--TCAT---TT----TACCATA-AC-AA
gi|17394                      :                       C-AT-ATCA-GT---T-T----ACATC--AGTTG----TCA--T---AT-----A-------GTGTAA-CATCT------C-AAAA----TAG---CA--TCAT---TT----TACCATA-AT-AA
gi|17395                      :                        -AT-ATTT-GT---T-T----CCATG--ACTCA----TCG--T---AT-----G-------ATGTAA-TCTCT------C-AAAA----TAA---TA--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17396                      :                        -AT-ATTG-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCA--T---AT-----A-------ACGCAA-CGTCT------T-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AACCATT-AC-A
gi|17399                      :                          T-ATTT-GT---T-T----CCGTG--AGTCA----TCG--T---A--------------ACGTAA-CGTCT------C-GAAA----TAA---CG--TCAT---TC----GACCATG-AC-AAAT
gi|17389                      :                          T-ATCT-GT---T-T----CCATG--AGTTACCATTCA--T---GT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CA--TCAT---TC----AACCATG-AC-GAAT
gi|17398                      :                   tccgttgT-ATTT-GT---T-T----CCGTC--ATTCA----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-TTAA----TAA---CG--TCAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17401                      :                           -ATTT-GT---T-T----CTGTT--GATCA----TCA--T---AT-----G-------ACATAA-CGTCT----------GA----TAA---TA--TTGTAGGTT----TACCATG-AC-AA
gi|17400                      :                           -ATTT-GT---T-T----TC-TGCCATTCG----TCG--C---AT-----G-------ATGTTA-CGTCT------C-AAAA----TAG---CG--TCAA---TT----TACCATG-A
gi|17404                      :                             TTT-GT---T-T----CCTTA--AATCA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AATA----TAA---CA--TAAT---GT----AACCGTG-AC-AAAT
gi|17403                      :                             TTTAGC---T-T----TCGTC--TATCG----TCA--T---AT-----G-------ATGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAG---CG--TCAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17405                      :                                -GT---T-T----CCTTC--AGTCA----TTG--T---TT-----G-------ACGTAA-CCTCT------C-AAAA----TAA---CG--CCAT---TT----TATCATG-A
gi|17406                      :                                  T---T-T----CCGTC--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ATATAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---TG--TCA
gi|17408                      :                                       -T----CTGTG--AGTCA----TCA--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--CCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17407                      :                                       -T----CCGTC--ATTCG----TTG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----TACCATG-AC-ATAT
gi|17410                      :                                               GTT--AGTCA----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CATCT------C-AAAA----TAA---CG--TCAT---TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17412                      :                                                      TCG----TCG--T---AT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AAAA----TAA---CA--TAAT---TT----TACTATGAAC-AAAT
gi|17411                      :                                                         ----TCA--T---AT-----G-------TCGTCA-CGTCA------C-AAAA----TAA---CG--TTAT---TT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17409                      :                                                                ttatttgT-----G-------ACGTAA-CGTCT------C-AGAA----TAA---CG--TCAG---TT----TACCATG-AC-AAAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17322 ): AAAGAAATCGGACATATAAGCTTCGGTCAGCCGCCGTATGACTTAACGTCTCACAATGACGTAGTTTTACTAAGAGAAAT






Alignments
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lowQualScore                  :                  . .. ...  ...       ....  .. ..  ... .   .  .  ..  ......  ..  ...  ..... .......       ......    ... .     ......  ...        .....      .  .    
lowQualScore                  :                  6 33 999  999       9999  66 44  777 4   8  1  66  555555  66  777  00000 3333333       222222    111 4     222222  777        22222      4  5    
consensus                     :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT
Reference ( family-274 )      :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT
gi|17298                      :               AAA-A--A---A-----GGGCTT----AT--TC-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAG------GTCT---C-AAAGT------AA---CGTCATTT----AATCATG-AA-AAAT
gi|17299                      :               AAA-A--A---GT---CCGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACATAAC------GCCT---C-AAA--------AA---CATCGTTT----
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gi|17301                      :                aA-A--A---AT---CGGAC-T----AT--TT-GT---T-TCT-GTAAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
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gi|17305                      :              aAAATA--A---AT---CGGCCAT----AT--TT-GTAGTT-TCT-GTCAG--TC-T----TC--AT---AT-----G-------AAGTAAT------GCCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTG----TACCACG-GC-AAAT
gi|17306                      :              aAAA-AT-A---AC---CCGGCAT----AT--TT-AT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGTAAA------ATCTTTAT-AAAA-------AA---CGTCATT
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gi|17308                      :               AAA-A--A---AT---CGAGCAT----AT--TG-GT---T-TCC-GTGAG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---A-AAAAT------GA---CGTAAATT----AACC-TG--C-AAAT
gi|17309                      :              aAAA-A--A---AA---CATGCAA----AT--TA-GT---T-TCT-GTCAG--TC-A----TT--GT---AT-----G-------ACATAAC------ATCT---G-TAAAT------AA---CGTCATAT----TATCATA-AC-AAAT
gi|17310                      :              aAAG-A--A---AT---CGGACAT----AT--TT-AT---T-TTT-GTGTG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAT------ATCT---C-AATAT------AA---AGTCATTC----AACCATG-AC-AAAT
gi|17311                      :              aAAA-A--A---CT---CAGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GCAAG--TC-A----TC--GT---AA-----G-------ACATAAC------ATCA---C-AAAAT------TA---CATCATTT----CACCACG-AA-AAAT
gi|17312                      :               aAA-A--A---GT---CCGTCAT----AT--TT-GT---T-TCC--T-------------------------------------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TATTATG-AC-AAAT
gi|17313                      :             agAAA-A--A---AA---CAGACAT----AT--TT-GA---T-TCC-ACGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATAAAAC------ATCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATT-AC-AAA
gi|17314                      :               AAC-A--A---AT---CATGTAT----AT--GT-GT---T-ACC-ATGGG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAC------GCCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATA-GC-AA
gi|17315                      :               aAA-A--ATATAT---CAGGCAT----AT--TA-GT---T-TTC-ATGAA--TC-G----CT--AT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAA------AAAACCATCATAT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17316                      :             agAAA-A--A---AG---TGGCCAT----AT--AT-GT---T-TCT-GTGAG--TC-A----TA--AT---GC-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAACT------AA---TGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
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gi|17318                      : aaaacaatttgacctAA-A--A---AT---CTGGCAT----AT--TT-GT---T-GGC-GTGAG--TC-T----TC--AT---AT-----G-------ACGCAAC------ATCTA--C-AAA--------AA---TGCCACGT----TACCACA-AC-AAAT
gi|17319                      :             agAAA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--CT-GT---T-TCC-G--AG--TC-G----TC--AA---AT-----A-------ACATA---------------------T------AA---CATCATTT----AACCATG-AC-AAGT
gi|17320                      :                aA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCA-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-A
gi|17321                      :           aaatAAA-A--A---A----CGGACAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTAAA--TC-A----TC--AT---TT-----G-------ATTTAAC------GTGT---C--AAAT------AT---CGTCATTT-----ATGATG-AC-AAAT
gi|17322                      :             agAAG-A--A---AT---CGGACAT----AT--AA-GC---T-TCG-GTCAG--CC-G----CC--GT---AT-----G-------ACTTAAC------GTCT---C-ACAAT------GA---CGTAGTTT----TACTAAG-AG-AAAT
gi|17323                      :              aAAATA--A---AT---CGGGCAA----AT--TT-GT---T-TCC-ATGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------ATTT---C-CAAAT------AA---CTTTATCT----GGCCATG-GC-ATAT
gi|17331                      :               AAA-A--A---GC---CCGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTTGT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTTT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TAACATG-AC-AAAT
gi|17332                      :               AAA-A--A---AT---CTGGAAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TA--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-ATAAT------AA---CATCATTT----TACCATA-AA-AAAT
gi|17333                      :               AAA-A--A---AT---TGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAT------GCCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17334                      :               AAA-A--A---AT---TGG-CAT----AT--TT-GT---T-TCC-TTCAT--TT-A----TC--GT---AT-----G-------ACATAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTTATTT----GATTATG-AC-AAAT
gi|17335                      :               AAA-A--A---AT---CCTGTAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TT-G----TT--AT---AG-----G-------ACATAAC------TTCT---C-AATTT------AA---CGTCTTTT----TACCATG-AC-AAAT
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gi|17338                      :               AAA-A--A---AT----GGGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GTCAG--CC-G----TC--GT---GT-----G-------ACGTAAC------ATCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----TCCCATG-GC-AAAT
gi|17339                      :               AAA-A--A---GT---TTGGCAT----AT--TT-GT---T-TTTTGCCAT--TT-G----CC--AT---AT-----G-------ACATAAC------ATCT---C-AAAAT------GA---CATTATTT----CACACTG-AC-AAAT
gi|17340                      :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--T--GT---T-TCC-ATGAG--TC-T----TC--AT---TT-----G-------ACGTAAC------GTCA---C-AAAAT------AA---CGTCAATT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17341                      :               AAA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--TT-GT---T-TTC-ATACG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---TGACATTT----AACTATA-AC-AAAT
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gi|17343                      :               AAA-A--A---GT---TTGTCAT----AT--TT-TT---T-TCT-GTCAT--TC-G----TC--TT---AT-----G-------ATGTAAA------GTCT---C-AAAAT------AA------CATTT----TACCATG-AC-AAGT
gi|17344                      :               AAA-A--A---ATTACCGGGCAT----AT--TTTGT---T-CCC-ATGAA--TC-A----AC--AT---AT-----G-------ACGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17345                      :               AAT-A--A---AT---CTGCCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--T----------------AT-----G-------ACGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCGTTT----TACCATG-GC-AAA
gi|17346                      :               AAT-A--A---AT---TGGGCAT----AT--TA-GT---T-TTG-GTCAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GACT---C-ATAAT------AA---CGCCATTT----TACCATT-AT-AAAT
gi|17347                      :               AAA-A--C---AT---TGGCCAT----AT--TG-GC---T-TCT-GTCGG--TC-A----TT--AT---TT-----G-------ATGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAGT
gi|17348                      :               AAA-A--A---AT---CCGGCCT----AT--TA-AT---T-TCT-ATGAT--TT-G----TT--AT---AT-----G-------ACGAAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CCTCCTTT----TGCCAAT-AC-AAAT
gi|17349                      :               AAA-A--A---GT---CCGGCAT----AT--CT-CT---C-ACC-ATCGT--TC-G----TA--TT---AT-----G-------ACATAAC------GTCT---C-AAAAT------GA---TG
gi|17350                      :               AAA-A--A---AT---TGCACAT----AT--TA-GT---T-TCC-ATCAG--TC-A----TC--GC---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---C-----TT----TACCATG-ACTAAAactgtaacgt
gi|17351                      :               AAC-A--A---AT---CTGGCAA----AT---A-GT---T-TCC-GTTAG--TC-A----TT--GT---AT-----G-------ATGCAAC------GCCT---A-AAAAT------AA---TGTCATTT----TACCATT-AC-AAAT
gi|17352                      :               AAA-A--A---GC---CTGGCAA----AT--TT-GT---T--CC-TTCAT--TT-G----TT--GT---TT-----G-------ACAAAAC------GTCA---C-AAAAT------AA---AGTCAATT----TACCATA-AC-TAAT
gi|17353                      :               AGA-A--A---AT---CGGGCCT------------T---T-T------AG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAT------GTCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17354                      :               AAT-A--A---AT---CGGACAT----AT--TA-AT---T-TCC-ATGAG--TC-A----CC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AC---CGTCTTTT----GAC
gi|17355                      :               AAA-A--G---AT---CG--CAA----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAG--TG-G----TT--------T-----G-------ATGTAAC------ATCT-----AAAA-------AA---CATCATTT----TATTATG-AC-AAATa
gi|17356                      :               AAT-A--A---AT---AGGGTAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCCG--TC-G----TCAAGTG--ATTAGAAG-------ATGTAAC------ATCT---G-AAAAT------AA---CATCATTT----CACCATG-AC-AAAT
gi|17357                      :               AAC-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-GAC-GCGAG--TC-A----TC--TT---AT-----G-------ATGAAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTTATAGAACCATA-AC-AAAT
gi|17358                      :               AGA-A--A---GT---CCGACAT----AT--TT-GT---T-ACC-TTCAC--TC-G----TC--GT---GT--------------TTTGGC------GTCA---T-AAAAT------AA---AGTCATCT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17359                      :               AAA-A--T---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTATG--TT-A----TC--AC---GT-----G-------ACGCAAG------GTCT---C-AAAAT------AA------CATTT----AACCAAG-AC-AAAT
gi|17360                      :               AAA-T--A---AT---CGGTCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACACAAC------GTCT---C-AAAAT------
gi|17361                      :               AAA-A--A---GT---CATGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GT--G--TC---------------------------------TAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---TGCCATTC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17362                      :               AAA-T--A---AT---CGGGCAA----AT--TA-GC---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AC-----G-------ACGCAAC------TGCT---C-AAAAT------AA---CGACATTT----AAC
gi|17363                      :               AAT-A--A---AT---CGGACAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TT-G----TC--GTTTAAT-----GTACACTAATGTAAC------ATTT---C-AAAAT------AA---CATCATTT-----ACCAAG-AC-ATAT
gi|17369                      :                AA-A--A---AT---CCGGCAA----AT--TT-AT---T-TCC-GTGAG--TG-A----CC--AT---AT-----G-------ACGTATC------GTCT---CAAAAAT------TA---CGTCATTT----AACCGTG-GC-AAAT
gi|17370                      :                AA-A--A---A-------GCAT----AT--TT-TT---TATCC-GACAT--TC-G----TT--GT---AT-----G-------AGGTACT------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCATTC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17371                      :                AA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--AT-GT---T-TGC-GAGAA--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGTTAC------GTCA---C-AAAAT------AC---AGTCATTT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17372                      :                AA-A--A---AT---CGGACAT----AT--TT-GA---T-TCC-GTAAA--TA-A----T----T---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AATAT------AA---CATCATTT----ATCCATG-AT-AAAT
gi|17373                      :                AA-A--A---AT---TGAGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGTG--TC-A----TA--AT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAACT------AA---TGTCATTT----AATATTG-AC-AAA
gi|17374                      :               AAA-ATGA---AC---CGGCCAA----AT--TTAGT---T-TCT-GTCAG--TT-A----TC--GT---AC-----G-------ATGTAGC------ATCT---C-AAAAT------AT---CGTCATTT----ATCCATG-AC-AAAT
gi|17375                      :                aA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTAAG--TC-G----TC--AT---AT-----A-------AC--AAC------GTCA---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17376                      :                 A-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------GCGTAAC------GTCT---C-ATGAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17377                      :                 A-A--A---AT---CGCGCGT----AT--AA-AT---T-TCC-GTCAT--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---G-AAAAT------AA---CGTTAATT-----ATCATT-AC-AAAT
gi|17378                      :                 A-A--A---AT---CGCACAT----AT--AA-AT---T-TCC-GTCAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---G-AAAAT------AA---TGTAATGT----T
gi|17380                      :                  -A--A---AC---CGGTCAT----AT--TA-GC---T-TCC-GTCAG--TC-G----T---------------------------AGC------GTCG---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAATaaat
gi|17381                      :                  -A--A---AT---CCGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------GCGTAGC------GTGT---C-CAAAT------AA---AACAATTA----AACCATG-AC-AA
gi|17382                      :                  -A--A---AT---CAGCCGT----AT--TG-GT---T-TCC-TTTTG--GT-G----TT--GT---AT-----G-------ATATAAC------ATGT---C-GAAAT------AA---CTTAATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17383                      :                  -A--A---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--ATAC-AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-
gi|17384                      :                    --A---AT---CAGGAAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GC---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAATT------AA---TGTCA-TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17385                      :                    --A---GT---CCGGTAA----AT--TT-GT---T-T---GTCAT--TC-A----TG--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTA----A-AAAAG------AA---CGTCATTT----TACCGTA-AC-AAAT
gi|17386                      :                  -A--A---TT---CGGCCAT----GT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTGAC------GCCT---C-AAAAT------AA---C
gi|17387                      :                       ---AT---CTGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAT------GTCA---C-AAAAA------AA-----TCATTT----TATAATG-AC-AAAT
gi|17388                      :                           T---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---AA-----G-------ACGTAAC------GTCT---T-AAAAT------AA---CTTCAATT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17389                      :                                     T----AT--CT-GT---T-TCC-ATGAG--TT-ACCATTC--AT---GT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CATCATTC----AACCATG-AC-GAAT
gi|17390                      :                          tccgttgGGCAT----AT--TT-GT---T-TAC-GTTAG--TC-A----TC--TT---AT-----G-------ACGAAAC------ATCT---C-ACTAT------AA---CGCCATTT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17391                      :                                 GGCGT----AT--TA-TT---T-TTC-GTTAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---A-AAAACGTCTAAAA---TGTCATTT----TAGCATG-AA-AAAT
gi|17392                      :                                 GGCAA----AT--GT-GT---T-TCT-GGCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATAAAAC------GTTG---C-AAAAT------AA---CGTCATAT----TACAA-G-TC-AAAT
gi|17393                      :                                  GCAT----AA--TA-GT---T-TTC-GCCAA--TT-G----CT--GT---AT-----A-------ATGTAAT------GTTT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATA-AC-AA
gi|17394                      :                                   CAT----AT--CA-GT---T-TAC-ATCAG--TT-G----TC--AT---AT-----A-------GTGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AG---CATCATTT----TACCATA-AT-AA
gi|17395                      :                                    AT----AT--TT-GT---T-TCC-ATGAC--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAT------CTCT---C-AAAAT------AA---TATCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17396                      :                                    AT----AT--TG-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGCAAC------GTCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATT-AC-A
gi|17398                      :                                     T----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-TTAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17399                      :                                     T----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---A--------------ACGTAAC------GTCT---C-GAAAT------AA---CGTCATTC----GACCATG-AC-AAAT
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gi|17403                      :                                           T--TA-GC---T-TTC-GTCTA--TC-G----TC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AG---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
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gi|17407                      :                                                       -TCC-GTCAT--TC-G----TT--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-ATAT
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Alignments
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Reference ( family-274 )      :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT
gi|17298                      :               AAA-A--A---A-----GGGCTT----AT--TC-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAG------GTCT---C-AAAGT------AA---CGTCATTT----AATCATG-AA-AAAT
gi|17299                      :               AAA-A--A---GT---CCGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACATAAC------GCCT---C-AAA--------AA---CATCGTTT----
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gi|17306                      :              aAAA-AT-A---AC---CCGGCAT----AT--TT-AT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGTAAA------ATCTTTAT-AAAA-------AA---CGTCATT
gi|17307                      :               AAATA--A---AT---CGGATAT----AT--TA-GT---T-TTA-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAA------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCAATT----TACCAAG-AC-AAAT
gi|17308                      :               AAA-A--A---AT---CGAGCAT----AT--TG-GT---T-TCC-GTGAG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---A-AAAAT------GA---CGTAAATT----AACC-TG--C-AAAT
gi|17309                      :              aAAA-A--A---AA---CATGCAA----AT--TA-GT---T-TCT-GTCAG--TC-A----TT--GT---AT-----G-------ACATAAC------ATCT---G-TAAAT------AA---CGTCATAT----TATCATA-AC-AAAT
gi|17310                      :              aAAG-A--A---AT---CGGACAT----AT--TT-AT---T-TTT-GTGTG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAT------ATCT---C-AATAT------AA---AGTCATTC----AACCATG-AC-AAAT
gi|17311                      :              aAAA-A--A---CT---CAGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GCAAG--TC-A----TC--GT---AA-----G-------ACATAAC------ATCA---C-AAAAT------TA---CATCATTT----CACCACG-AA-AAAT
gi|17312                      :               aAA-A--A---GT---CCGTCAT----AT--TT-GT---T-TCC--T-------------------------------------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TATTATG-AC-AAAT
gi|17313                      :             agAAA-A--A---AA---CAGACAT----AT--TT-GA---T-TCC-ACGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATAAAAC------ATCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATT-AC-AAA
gi|17314                      :               AAC-A--A---AT---CATGTAT----AT--GT-GT---T-ACC-ATGGG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAC------GCCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATA-GC-AA
gi|17315                      :               aAA-A--ATATAT---CAGGCAT----AT--TA-GT---T-TTC-ATGAA--TC-G----CT--AT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAA------AAAACCATCATAT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17316                      :             agAAA-A--A---AG---TGGCCAT----AT--AT-GT---T-TCT-GTGAG--TC-A----TA--AT---GC-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAACT------AA---TGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17317                      :                                     T----AT--CA-AT---T-TCA-GTCAG--TC-A----CT--GA---AT-----G-------ACATAAC------ATTT---C-AAAAT------AA---TGTCATTT----TAGCATG-GC-AAAT
gi|17318                      : aaaacaatttgacctAA-A--A---AT---CTGGCAT----AT--TT-GT---T-GGC-GTGAG--TC-T----TC--AT---AT-----G-------ACGCAAC------ATCTA--C-AAA--------AA---TGCCACGT----TACCACA-AC-AAAT
gi|17319                      :             agAAA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--CT-GT---T-TCC-G--AG--TC-G----TC--AA---AT-----A-------ACATA---------------------T------AA---CATCATTT----AACCATG-AC-AAGT
gi|17320                      :                aA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCA-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-A
gi|17321                      :           aaatAAA-A--A---A----CGGACAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTAAA--TC-A----TC--AT---TT-----G-------ATTTAAC------GTGT---C--AAAT------AT---CGTCATTT-----ATGATG-AC-AAAT
gi|17322                      :             agAAG-A--A---AT---CGGACAT----AT--AA-GC---T-TCG-GTCAG--CC-G----CC--GT---AT-----G-------ACTTAAC------GTCT---C-ACAAT------GA---CGTAGTTT----TACTAAG-AG-AAAT
gi|17323                      :              aAAATA--A---AT---CGGGCAA----AT--TT-GT---T-TCC-ATGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------ATTT---C-CAAAT------AA---CTTTATCT----GGCCATG-GC-ATAT
gi|17331                      :               AAA-A--A---GC---CCGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTTGT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTTT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TAACATG-AC-AAAT
gi|17332                      :               AAA-A--A---AT---CTGGAAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TA--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-ATAAT------AA---CATCATTT----TACCATA-AA-AAAT
gi|17333                      :               AAA-A--A---AT---TGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAT------GCCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17334                      :               AAA-A--A---AT---TGG-CAT----AT--TT-GT---T-TCC-TTCAT--TT-A----TC--GT---AT-----G-------ACATAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTTATTT----GATTATG-AC-AAAT
gi|17335                      :               AAA-A--A---AT---CCTGTAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TT-G----TT--AT---AG-----G-------ACATAAC------TTCT---C-AATTT------AA---CGTCTTTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17336                      :               AAA-A--A---GT---CTGGCAT----AA--TT-TT---T-TCC-TTCAT--TT-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------TTCA---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TGCCATG-GC-AAAT
gi|17337                      :               AAG-A--A---AT---TTGACAT----TT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TT-A----TT--GT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17338                      :               AAA-A--A---AT----GGGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GTCAG--CC-G----TC--GT---GT-----G-------ACGTAAC------ATCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----TCCCATG-GC-AAAT
gi|17339                      :               AAA-A--A---GT---TTGGCAT----AT--TT-GT---T-TTTTGCCAT--TT-G----CC--AT---AT-----G-------ACATAAC------ATCT---C-AAAAT------GA---CATTATTT----CACACTG-AC-AAAT
gi|17340                      :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--T--GT---T-TCC-ATGAG--TC-T----TC--AT---TT-----G-------ACGTAAC------GTCA---C-AAAAT------AA---CGTCAATT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17341                      :               AAA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--TT-GT---T-TTC-ATACG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---TGACATTT----AACTATA-AC-AAAT
gi|17342                      :               AAA-A--G---GT---TGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCT-GTCAT--TT-G----CT--GT---AT-----G-------ACCTAACATCTAGATCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATG-AC-A
gi|17343                      :               AAA-A--A---GT---TTGTCAT----AT--TT-TT---T-TCT-GTCAT--TC-G----TC--TT---AT-----G-------ATGTAAA------GTCT---C-AAAAT------AA------CATTT----TACCATG-AC-AAGT
gi|17344                      :               AAA-A--A---ATTACCGGGCAT----AT--TTTGT---T-CCC-ATGAA--TC-A----AC--AT---AT-----G-------ACGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17345                      :               AAT-A--A---AT---CTGCCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--T----------------AT-----G-------ACGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCGTTT----TACCATG-GC-AAA
gi|17346                      :               AAT-A--A---AT---TGGGCAT----AT--TA-GT---T-TTG-GTCAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GACT---C-ATAAT------AA---CGCCATTT----TACCATT-AT-AAAT
gi|17347                      :               AAA-A--C---AT---TGGCCAT----AT--TG-GC---T-TCT-GTCGG--TC-A----TT--AT---TT-----G-------ATGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAGT
gi|17348                      :               AAA-A--A---AT---CCGGCCT----AT--TA-AT---T-TCT-ATGAT--TT-G----TT--AT---AT-----G-------ACGAAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CCTCCTTT----TGCCAAT-AC-AAAT
gi|17349                      :               AAA-A--A---GT---CCGGCAT----AT--CT-CT---C-ACC-ATCGT--TC-G----TA--TT---AT-----G-------ACATAAC------GTCT---C-AAAAT------GA---TG
gi|17350                      :               AAA-A--A---AT---TGCACAT----AT--TA-GT---T-TCC-ATCAG--TC-A----TC--GC---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---C-----TT----TACCATG-ACTAAAactgtaacgt
gi|17351                      :               AAC-A--A---AT---CTGGCAA----AT---A-GT---T-TCC-GTTAG--TC-A----TT--GT---AT-----G-------ATGCAAC------GCCT---A-AAAAT------AA---TGTCATTT----TACCATT-AC-AAAT
gi|17352                      :               AAA-A--A---GC---CTGGCAA----AT--TT-GT---T--CC-TTCAT--TT-G----TT--GT---TT-----G-------ACAAAAC------GTCA---C-AAAAT------AA---AGTCAATT----TACCATA-AC-TAAT
gi|17353                      :               AGA-A--A---AT---CGGGCCT------------T---T-T------AG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAT------GTCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17354                      :               AAT-A--A---AT---CGGACAT----AT--TA-AT---T-TCC-ATGAG--TC-A----CC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AC---CGTCTTTT----GAC
gi|17355                      :               AAA-A--G---AT---CG--CAA----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAG--TG-G----TT--------T-----G-------ATGTAAC------ATCT-----AAAA-------AA---CATCATTT----TATTATG-AC-AAATa
gi|17356                      :               AAT-A--A---AT---AGGGTAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCCG--TC-G----TCAAGTG--ATTAGAAG-------ATGTAAC------ATCT---G-AAAAT------AA---CATCATTT----CACCATG-AC-AAAT
gi|17357                      :               AAC-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-GAC-GCGAG--TC-A----TC--TT---AT-----G-------ATGAAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTTATAGAACCATA-AC-AAAT
gi|17358                      :               AGA-A--A---GT---CCGACAT----AT--TT-GT---T-ACC-TTCAC--TC-G----TC--GT---GT--------------TTTGGC------GTCA---T-AAAAT------AA---AGTCATCT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17359                      :               AAA-A--T---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTATG--TT-A----TC--AC---GT-----G-------ACGCAAG------GTCT---C-AAAAT------AA------CATTT----AACCAAG-AC-AAAT
gi|17360                      :               AAA-T--A---AT---CGGTCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACACAAC------GTCT---C-AAAAT------
gi|17361                      :               AAA-A--A---GT---CATGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GT--G--TC---------------------------------TAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---TGCCATTC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17362                      :               AAA-T--A---AT---CGGGCAA----AT--TA-GC---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AC-----G-------ACGCAAC------TGCT---C-AAAAT------AA---CGACATTT----AAC
gi|17363                      :               AAT-A--A---AT---CGGACAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TT-G----TC--GTTTAAT-----GTACACTAATGTAAC------ATTT---C-AAAAT------AA---CATCATTT-----ACCAAG-AC-ATAT
gi|17369                      :                AA-A--A---AT---CCGGCAA----AT--TT-AT---T-TCC-GTGAG--TG-A----CC--AT---AT-----G-------ACGTATC------GTCT---CAAAAAT------TA---CGTCATTT----AACCGTG-GC-AAAT
gi|17370                      :                AA-A--A---A-------GCAT----AT--TT-TT---TATCC-GACAT--TC-G----TT--GT---AT-----G-------AGGTACT------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCATTC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17371                      :                AA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--AT-GT---T-TGC-GAGAA--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGTTAC------GTCA---C-AAAAT------AC---AGTCATTT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17372                      :                AA-A--A---AT---CGGACAT----AT--TT-GA---T-TCC-GTAAA--TA-A----T----T---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AATAT------AA---CATCATTT----ATCCATG-AT-AAAT
gi|17373                      :                AA-A--A---AT---TGAGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGTG--TC-A----TA--AT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAACT------AA---TGTCATTT----AATATTG-AC-AAA
gi|17374                      :               AAA-ATGA---AC---CGGCCAA----AT--TTAGT---T-TCT-GTCAG--TT-A----TC--GT---AC-----G-------ATGTAGC------ATCT---C-AAAAT------AT---CGTCATTT----ATCCATG-AC-AAAT
gi|17375                      :                aA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTAAG--TC-G----TC--AT---AT-----A-------AC--AAC------GTCA---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17376                      :                 A-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------GCGTAAC------GTCT---C-ATGAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17377                      :                 A-A--A---AT---CGCGCGT----AT--AA-AT---T-TCC-GTCAT--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---G-AAAAT------AA---CGTTAATT-----ATCATT-AC-AAAT
gi|17378                      :                 A-A--A---AT---CGCACAT----AT--AA-AT---T-TCC-GTCAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---G-AAAAT------AA---TGTAATGT----T
gi|17380                      :                  -A--A---AC---CGGTCAT----AT--TA-GC---T-TCC-GTCAG--TC-G----T---------------------------AGC------GTCG---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAATaaat
gi|17381                      :                  -A--A---AT---CCGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------GCGTAGC------GTGT---C-CAAAT------AA---AACAATTA----AACCATG-AC-AA
gi|17382                      :                  -A--A---AT---CAGCCGT----AT--TG-GT---T-TCC-TTTTG--GT-G----TT--GT---AT-----G-------ATATAAC------ATGT---C-GAAAT------AA---CTTAATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17383                      :                  -A--A---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--ATAC-AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-
gi|17384                      :                    --A---AT---CAGGAAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GC---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAATT------AA---TGTCA-TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17385                      :                    --A---GT---CCGGTAA----AT--TT-GT---T-T---GTCAT--TC-A----TG--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTA----A-AAAAG------AA---CGTCATTT----TACCGTA-AC-AAAT
gi|17386                      :                  -A--A---TT---CGGCCAT----GT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTGAC------GCCT---C-AAAAT------AA---C
gi|17387                      :                       ---AT---CTGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAT------GTCA---C-AAAAA------AA-----TCATTT----TATAATG-AC-AAAT
gi|17388                      :                           T---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---AA-----G-------ACGTAAC------GTCT---T-AAAAT------AA---CTTCAATT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17389                      :                                     T----AT--CT-GT---T-TCC-ATGAG--TT-ACCATTC--AT---GT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CATCATTC----AACCATG-AC-GAAT
gi|17390                      :                          tccgttgGGCAT----AT--TT-GT---T-TAC-GTTAG--TC-A----TC--TT---AT-----G-------ACGAAAC------ATCT---C-ACTAT------AA---CGCCATTT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17391                      :                                 GGCGT----AT--TA-TT---T-TTC-GTTAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---A-AAAACGTCTAAAA---TGTCATTT----TAGCATG-AA-AAAT
gi|17392                      :                                 GGCAA----AT--GT-GT---T-TCT-GGCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATAAAAC------GTTG---C-AAAAT------AA---CGTCATAT----TACAA-G-TC-AAAT
gi|17393                      :                                  GCAT----AA--TA-GT---T-TTC-GCCAA--TT-G----CT--GT---AT-----A-------ATGTAAT------GTTT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATA-AC-AA
gi|17394                      :                                   CAT----AT--CA-GT---T-TAC-ATCAG--TT-G----TC--AT---AT-----A-------GTGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AG---CATCATTT----TACCATA-AT-AA
gi|17395                      :                                    AT----AT--TT-GT---T-TCC-ATGAC--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAT------CTCT---C-AAAAT------AA---TATCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17396                      :                                    AT----AT--TG-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGCAAC------GTCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATT-AC-A
gi|17398                      :                                     T----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-TTAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17399                      :                                     T----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---A--------------ACGTAAC------GTCT---C-GAAAT------AA---CGTCATTC----GACCATG-AC-AAAT
gi|17400                      :                                      ----AT--TT-GT---T-TTCTGCCAT--TC-G----TC--GC---AT-----G-------ATGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AG---CGTCAATT----TACCATG-A
gi|17401                      :                                      ----AT--TT-GT---T-TCT-GTTGA--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAC------GTCT---G-ATAAT------AT---TGTAGGTT----TACCATG-AC-AA
gi|17403                      :                                           T--TA-GC---T-TTC-GTCTA--TC-G----TC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AG---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17404                      :                                          tT--TT-GT---T-TCC-TTAAA--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AATAT------AA---CATAATGT----AACCGTG-AC-AAAT
gi|17405                      :                                                -GT---T-TCC-TTCAG--TC-A----TT--GT---TT-----G-------ACGTAAC------CTCT---C-AAAAT------AA---CGCCATTT----TATCATG-A
gi|17406                      :                                                  T---T-TCC-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATATAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCA
gi|17407                      :                                                       -TCC-GTCAT--TC-G----TT--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-ATAT
gi|17408                      :                                                       -TCT-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGCCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17409                      :                                                       -TCC-GCCAAATTC-T----TA--GT---TT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AGAAT------AA---CGTCAGTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17410                      :                                                           -GTTAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17411                      :                                                             TTAT--TT-G----TC--AT---AT-----G-------TCGTCAC------GTCA---C-AAAAT------AA---CGTTATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17412                      :                                                                 --TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CATAATTT----TACTATGAAC-AAAT


blockSeqs                     :                  T TG                         TT             C      ACCAT       TTA  TAGAA TACACTA       ATCTAG    TTA       GTCTAA             ATAGA
blockSeqs                     :                  T T                          TA             T      AG          AC   .     .             .         A         .                  A    
blockSeqs                     :                  T .                          T              A      G           G    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              T      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      A           .    .     .             .         .         .                  C    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      T           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          G              G      A           .    .     .             .         .         .                  C    
blockSeqs                     :                  . .                          A              A      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      T           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              A      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  G    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              T      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      G           .    .     .             .         .         .                  G    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      G           .    .     .             .         .         .                  C    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              A      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      T           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          G              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              T      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  G    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  C    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  G    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              A      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  G    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              A      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              A      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              T      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          G              G      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          A              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                  . .                          T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                    .                          A              G      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                    .                          T              G      G           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                                               A              T      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                                               T              T      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                                               T              C      A           .    .     .             .         .         .                  G    
blockSeqs                     :                                               A              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                                               T              C      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                                               A              G      G           .    .     .             .         .         .                  T    
blockSeqs                     :                                               A              G      A           .    .     .             .         .         .                  A    
blockSeqs                     :                                               T              C      A           .    .     .             .         .         .                  T    
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blockSeqs                     :                                               T              A      G           .    .     .             .         .         .                  T    
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blockSeqs                     :                                               T              C      A           .    .     .             .         .         .                  .    
blockSeqs                     :                                               .              C      A           .    .     .             .         .         .                  .    
blockSeqs                     :                                               .              G      G           .    .     .             .         .         .                  .    
blockSeqs                     :                                                              C      A           .    .     .             .         .         .                       
blockSeqs                     :                                                              T      T           .    .     .             .         .         .                       
blockSeqs                     :                                                              T      A           .    .     .             .         .         .                       
blockSeqs                     :                                                              .      G           .    .     .             .         .         .                       
blockSeqs                     :                                                              .      G           .    .     .             .         .         .                       
blockSeqs                     :                                                              .      .           .    .     .             .         .         .                       
blockSeqs                     :                                                              .      .           .    .     .             .         .                                 
blockSeqs                     :                                                                     .           .    .     .             .         .                                 


blockSeqCons                  :               
originalCons                  :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT
finalCons                     :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT





Alignments
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lowQualScore                  :                  . .. ...  ...       ....  .. ..  ... .   .  .  ..  ......  ..  ...  ..... .......       ......    ... .     ......  ...        .....      .  .    
lowQualScore                  :                  6 33 999  999       9999  66 44  777 4   8  1  66  555555  66  777  00000 3333333       222222    111 4     222222  777        22222      4  5    
consensus                     :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT
Reference ( family-274 )      :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TN-GT---T-TCC-GTNAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----NACCATG-AC-AAAT
gi|17298                      :               AAA-A--A---A-----GGGCTT----AT--TC-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAG------GTCT---C-AAAGT------AA---CGTCATTT----AATCATG-AA-AAAT
gi|17299                      :               AAA-A--A---GT---CCGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACATAAC------GCCT---C-AAA--------AA---CATCGTTT----
gi|17300                      :              aAAA-A--A---AC---AGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTTAG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTA----AACCATG-AC-AAATt
gi|17301                      :                aA-A--A---AT---CGGAC-T----AT--TT-GT---T-TCT-GTAAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17302                      :            aaatAA-A--A---AT---CCGGCATCGGCATGCTA-GT---T-TCC-GTTA---TCAG----TC--GT---GT-----A-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AA-AAAT
gi|17303                      :             agAAA-A--A---AT---CAAGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-TTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------GA---CGTTATTT----CACCATT-AC-AAAT
gi|17304                      :              aAAA-A--A---AT---TGTGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC-------AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-GAAAT------AA---CGTCATTT----AATCATG-AC-AAAT
gi|17305                      :              aAAATA--A---AT---CGGCCAT----AT--TT-GTAGTT-TCT-GTCAG--TC-T----TC--AT---AT-----G-------AAGTAAT------GCCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTG----TACCACG-GC-AAAT
gi|17306                      :              aAAA-AT-A---AC---CCGGCAT----AT--TT-AT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGTAAA------ATCTTTAT-AAAA-------AA---CGTCATT
gi|17307                      :               AAATA--A---AT---CGGATAT----AT--TA-GT---T-TTA-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAA------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCAATT----TACCAAG-AC-AAAT
gi|17308                      :               AAA-A--A---AT---CGAGCAT----AT--TG-GT---T-TCC-GTGAG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---A-AAAAT------GA---CGTAAATT----AACC-TG--C-AAAT
gi|17309                      :              aAAA-A--A---AA---CATGCAA----AT--TA-GT---T-TCT-GTCAG--TC-A----TT--GT---AT-----G-------ACATAAC------ATCT---G-TAAAT------AA---CGTCATAT----TATCATA-AC-AAAT
gi|17310                      :              aAAG-A--A---AT---CGGACAT----AT--TT-AT---T-TTT-GTGTG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAT------ATCT---C-AATAT------AA---AGTCATTC----AACCATG-AC-AAAT
gi|17311                      :              aAAA-A--A---CT---CAGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GCAAG--TC-A----TC--GT---AA-----G-------ACATAAC------ATCA---C-AAAAT------TA---CATCATTT----CACCACG-AA-AAAT
gi|17312                      :               aAA-A--A---GT---CCGTCAT----AT--TT-GT---T-TCC--T-------------------------------------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TATTATG-AC-AAAT
gi|17313                      :             agAAA-A--A---AA---CAGACAT----AT--TT-GA---T-TCC-ACGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATAAAAC------ATCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATT-AC-AAA
gi|17314                      :               AAC-A--A---AT---CATGTAT----AT--GT-GT---T-ACC-ATGGG--TA-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAC------GCCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATA-GC-AA
gi|17315                      :               aAA-A--ATATAT---CAGGCAT----AT--TA-GT---T-TTC-ATGAA--TC-G----CT--AT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAA------AAAACCATCATAT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17316                      :             agAAA-A--A---AG---TGGCCAT----AT--AT-GT---T-TCT-GTGAG--TC-A----TA--AT---GC-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAACT------AA---TGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17317                      :                                     T----AT--CA-AT---T-TCA-GTCAG--TC-A----CT--GA---AT-----G-------ACATAAC------ATTT---C-AAAAT------AA---TGTCATTT----TAGCATG-GC-AAAT
gi|17318                      : aaaacaatttgacctAA-A--A---AT---CTGGCAT----AT--TT-GT---T-GGC-GTGAG--TC-T----TC--AT---AT-----G-------ACGCAAC------ATCTA--C-AAA--------AA---TGCCACGT----TACCACA-AC-AAAT
gi|17319                      :             agAAA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--CT-GT---T-TCC-G--AG--TC-G----TC--AA---AT-----A-------ACATA---------------------T------AA---CATCATTT----AACCATG-AC-AAGT
gi|17320                      :                aA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCA-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-A
gi|17321                      :           aaatAAA-A--A---A----CGGACAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTAAA--TC-A----TC--AT---TT-----G-------ATTTAAC------GTGT---C--AAAT------AT---CGTCATTT-----ATGATG-AC-AAAT
gi|17322                      :             agAAG-A--A---AT---CGGACAT----AT--AA-GC---T-TCG-GTCAG--CC-G----CC--GT---AT-----G-------ACTTAAC------GTCT---C-ACAAT------GA---CGTAGTTT----TACTAAG-AG-AAAT
gi|17323                      :              aAAATA--A---AT---CGGGCAA----AT--TT-GT---T-TCC-ATGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------ATTT---C-CAAAT------AA---CTTTATCT----GGCCATG-GC-ATAT
gi|17331                      :               AAA-A--A---GC---CCGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTTGT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTTT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TAACATG-AC-AAAT
gi|17332                      :               AAA-A--A---AT---CTGGAAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TA--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-ATAAT------AA---CATCATTT----TACCATA-AA-AAAT
gi|17333                      :               AAA-A--A---AT---TGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAT------GCCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17334                      :               AAA-A--A---AT---TGG-CAT----AT--TT-GT---T-TCC-TTCAT--TT-A----TC--GT---AT-----G-------ACATAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTTATTT----GATTATG-AC-AAAT
gi|17335                      :               AAA-A--A---AT---CCTGTAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TT-G----TT--AT---AG-----G-------ACATAAC------TTCT---C-AATTT------AA---CGTCTTTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17336                      :               AAA-A--A---GT---CTGGCAT----AA--TT-TT---T-TCC-TTCAT--TT-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------TTCA---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TGCCATG-GC-AAAT
gi|17337                      :               AAG-A--A---AT---TTGACAT----TT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TT-A----TT--GT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17338                      :               AAA-A--A---AT----GGGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GTCAG--CC-G----TC--GT---GT-----G-------ACGTAAC------ATCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----TCCCATG-GC-AAAT
gi|17339                      :               AAA-A--A---GT---TTGGCAT----AT--TT-GT---T-TTTTGCCAT--TT-G----CC--AT---AT-----G-------ACATAAC------ATCT---C-AAAAT------GA---CATTATTT----CACACTG-AC-AAAT
gi|17340                      :               AAA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--T--GT---T-TCC-ATGAG--TC-T----TC--AT---TT-----G-------ACGTAAC------GTCA---C-AAAAT------AA---CGTCAATT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17341                      :               AAA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--TT-GT---T-TTC-ATACG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---TGACATTT----AACTATA-AC-AAAT
gi|17342                      :               AAA-A--G---GT---TGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCT-GTCAT--TT-G----CT--GT---AT-----G-------ACCTAACATCTAGATCT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATG-AC-A
gi|17343                      :               AAA-A--A---GT---TTGTCAT----AT--TT-TT---T-TCT-GTCAT--TC-G----TC--TT---AT-----G-------ATGTAAA------GTCT---C-AAAAT------AA------CATTT----TACCATG-AC-AAGT
gi|17344                      :               AAA-A--A---ATTACCGGGCAT----AT--TTTGT---T-CCC-ATGAA--TC-A----AC--AT---AT-----G-------ACGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17345                      :               AAT-A--A---AT---CTGCCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--T----------------AT-----G-------ACGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCGTTT----TACCATG-GC-AAA
gi|17346                      :               AAT-A--A---AT---TGGGCAT----AT--TA-GT---T-TTG-GTCAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GACT---C-ATAAT------AA---CGCCATTT----TACCATT-AT-AAAT
gi|17347                      :               AAA-A--C---AT---TGGCCAT----AT--TG-GC---T-TCT-GTCGG--TC-A----TT--AT---TT-----G-------ATGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAGT
gi|17348                      :               AAA-A--A---AT---CCGGCCT----AT--TA-AT---T-TCT-ATGAT--TT-G----TT--AT---AT-----G-------ACGAAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CCTCCTTT----TGCCAAT-AC-AAAT
gi|17349                      :               AAA-A--A---GT---CCGGCAT----AT--CT-CT---C-ACC-ATCGT--TC-G----TA--TT---AT-----G-------ACATAAC------GTCT---C-AAAAT------GA---TG
gi|17350                      :               AAA-A--A---AT---TGCACAT----AT--TA-GT---T-TCC-ATCAG--TC-A----TC--GC---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---C-----TT----TACCATG-ACTAAAactgtaacgt
gi|17351                      :               AAC-A--A---AT---CTGGCAA----AT---A-GT---T-TCC-GTTAG--TC-A----TT--GT---AT-----G-------ATGCAAC------GCCT---A-AAAAT------AA---TGTCATTT----TACCATT-AC-AAAT
gi|17352                      :               AAA-A--A---GC---CTGGCAA----AT--TT-GT---T--CC-TTCAT--TT-G----TT--GT---TT-----G-------ACAAAAC------GTCA---C-AAAAT------AA---AGTCAATT----TACCATA-AC-TAAT
gi|17353                      :               AGA-A--A---AT---CGGGCCT------------T---T-T------AG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAT------GTCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17354                      :               AAT-A--A---AT---CGGACAT----AT--TA-AT---T-TCC-ATGAG--TC-A----CC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AC---CGTCTTTT----GAC
gi|17355                      :               AAA-A--G---AT---CG--CAA----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAG--TG-G----TT--------T-----G-------ATGTAAC------ATCT-----AAAA-------AA---CATCATTT----TATTATG-AC-AAATa
gi|17356                      :               AAT-A--A---AT---AGGGTAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCCG--TC-G----TCAAGTG--ATTAGAAG-------ATGTAAC------ATCT---G-AAAAT------AA---CATCATTT----CACCATG-AC-AAAT
gi|17357                      :               AAC-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-GAC-GCGAG--TC-A----TC--TT---AT-----G-------ATGAAAT------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTTATAGAACCATA-AC-AAAT
gi|17358                      :               AGA-A--A---GT---CCGACAT----AT--TT-GT---T-ACC-TTCAC--TC-G----TC--GT---GT--------------TTTGGC------GTCA---T-AAAAT------AA---AGTCATCT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17359                      :               AAA-A--T---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTATG--TT-A----TC--AC---GT-----G-------ACGCAAG------GTCT---C-AAAAT------AA------CATTT----AACCAAG-AC-AAAT
gi|17360                      :               AAA-T--A---AT---CGGTCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GTGAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACACAAC------GTCT---C-AAAAT------
gi|17361                      :               AAA-A--A---GT---CATGCAT----AT--TA-GT---T-TCT-GT--G--TC---------------------------------TAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---TGCCATTC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17362                      :               AAA-T--A---AT---CGGGCAA----AT--TA-GC---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AC-----G-------ACGCAAC------TGCT---C-AAAAT------AA---CGACATTT----AAC
gi|17363                      :               AAT-A--A---AT---CGGACAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TT-G----TC--GTTTAAT-----GTACACTAATGTAAC------ATTT---C-AAAAT------AA---CATCATTT-----ACCAAG-AC-ATAT
gi|17369                      :                AA-A--A---AT---CCGGCAA----AT--TT-AT---T-TCC-GTGAG--TG-A----CC--AT---AT-----G-------ACGTATC------GTCT---CAAAAAT------TA---CGTCATTT----AACCGTG-GC-AAAT
gi|17370                      :                AA-A--A---A-------GCAT----AT--TT-TT---TATCC-GACAT--TC-G----TT--GT---AT-----G-------AGGTACT------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCATTC----TACCATG-AC-AAAT
gi|17371                      :                AA-A--A---AT---CGGGCAT----AT--AT-GT---T-TGC-GAGAA--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGTTAC------GTCA---C-AAAAT------AC---AGTCATTT----GACCATG-AC-AAAT
gi|17372                      :                AA-A--A---AT---CGGACAT----AT--TT-GA---T-TCC-GTAAA--TA-A----T----T---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AATAT------AA---CATCATTT----ATCCATG-AT-AAAT
gi|17373                      :                AA-A--A---AT---TGAGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGTG--TC-A----TA--AT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---C-AAACT------AA---TGTCATTT----AATATTG-AC-AAA
gi|17374                      :               AAA-ATGA---AC---CGGCCAA----AT--TTAGT---T-TCT-GTCAG--TT-A----TC--GT---AC-----G-------ATGTAGC------ATCT---C-AAAAT------AT---CGTCATTT----ATCCATG-AC-AAAT
gi|17375                      :                aA-A--A---AT---CAGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTAAG--TC-G----TC--AT---AT-----A-------AC--AAC------GTCA---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17376                      :                 A-A--A---AT---CGGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------GCGTAAC------GTCT---C-ATGAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17377                      :                 A-A--A---AT---CGCGCGT----AT--AA-AT---T-TCC-GTCAT--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------ATCT---G-AAAAT------AA---CGTTAATT-----ATCATT-AC-AAAT
gi|17378                      :                 A-A--A---AT---CGCACAT----AT--AA-AT---T-TCC-GTCAG--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---G-AAAAT------AA---TGTAATGT----T
gi|17380                      :                  -A--A---AC---CGGTCAT----AT--TA-GC---T-TCC-GTCAG--TC-G----T---------------------------AGC------GTCG---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAATaaat
gi|17381                      :                  -A--A---AT---CCGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------GCGTAGC------GTGT---C-CAAAT------AA---AACAATTA----AACCATG-AC-AA
gi|17382                      :                  -A--A---AT---CAGCCGT----AT--TG-GT---T-TCC-TTTTG--GT-G----TT--GT---AT-----G-------ATATAAC------ATGT---C-GAAAT------AA---CTTAATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17383                      :                  -A--A---AT---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--ATAC-AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-
gi|17384                      :                    --A---AT---CAGGAAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GC---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAATT------AA---TGTCA-TT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17385                      :                    --A---GT---CCGGTAA----AT--TT-GT---T-T---GTCAT--TC-A----TG--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTA----A-AAAAG------AA---CGTCATTT----TACCGTA-AC-AAAT
gi|17386                      :                  -A--A---TT---CGGCCAT----GT--TA-GT---T-TCC-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTGAC------GCCT---C-AAAAT------AA---C
gi|17387                      :                       ---AT---CTGGCAT----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAT------GTCA---C-AAAAA------AA-----TCATTT----TATAATG-AC-AAAT
gi|17388                      :                           T---CGGGCAT----AT--TA-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---AA-----G-------ACGTAAC------GTCT---T-AAAAT------AA---CTTCAATT----AACCATG-GC-AAAT
gi|17389                      :                                     T----AT--CT-GT---T-TCC-ATGAG--TT-ACCATTC--AT---GT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CATCATTC----AACCATG-AC-GAAT
gi|17390                      :                          tccgttgGGCAT----AT--TT-GT---T-TAC-GTTAG--TC-A----TC--TT---AT-----G-------ACGAAAC------ATCT---C-ACTAT------AA---CGCCATTT----AACTATG-AC-AAAT
gi|17391                      :                                 GGCGT----AT--TA-TT---T-TTC-GTTAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---A-AAAACGTCTAAAA---TGTCATTT----TAGCATG-AA-AAAT
gi|17392                      :                                 GGCAA----AT--GT-GT---T-TCT-GGCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATAAAAC------GTTG---C-AAAAT------AA---CGTCATAT----TACAA-G-TC-AAAT
gi|17393                      :                                  GCAT----AA--TA-GT---T-TTC-GCCAA--TT-G----CT--GT---AT-----A-------ATGTAAT------GTTT---C-AAAAT------AA---CATCATTT----TACCATA-AC-AA
gi|17394                      :                                   CAT----AT--CA-GT---T-TAC-ATCAG--TT-G----TC--AT---AT-----A-------GTGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AG---CATCATTT----TACCATA-AT-AA
gi|17395                      :                                    AT----AT--TT-GT---T-TCC-ATGAC--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATGTAAT------CTCT---C-AAAAT------AA---TATCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17396                      :                                    AT----AT--TG-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----A-------ACGCAAC------GTCT---T-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATT-AC-A
gi|17398                      :                                     T----AT--TT-GT---T-TCC-GTCAT--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-TTAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17399                      :                                     T----AT--TT-GT---T-TCC-GTGAG--TC-A----TC--GT---A--------------ACGTAAC------GTCT---C-GAAAT------AA---CGTCATTC----GACCATG-AC-AAAT
gi|17400                      :                                      ----AT--TT-GT---T-TTCTGCCAT--TC-G----TC--GC---AT-----G-------ATGTTAC------GTCT---C-AAAAT------AG---CGTCAATT----TACCATG-A
gi|17401                      :                                      ----AT--TT-GT---T-TCT-GTTGA--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACATAAC------GTCT---G-ATAAT------AT---TGTAGGTT----TACCATG-AC-AA
gi|17403                      :                                           T--TA-GC---T-TTC-GTCTA--TC-G----TC--AT---AT-----G-------ATGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AG---CGTCATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17404                      :                                          tT--TT-GT---T-TCC-TTAAA--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AATAT------AA---CATAATGT----AACCGTG-AC-AAAT
gi|17405                      :                                                -GT---T-TCC-TTCAG--TC-A----TT--GT---TT-----G-------ACGTAAC------CTCT---C-AAAAT------AA---CGCCATTT----TATCATG-A
gi|17406                      :                                                  T---T-TCC-GTCAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ATATAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---TGTCA
gi|17407                      :                                                       -TCC-GTCAT--TC-G----TT--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----TACCATG-AC-ATAT
gi|17408                      :                                                       -TCT-GTGAG--TC-A----TC--AT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CGCCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17409                      :                                                       -TCC-GCCAAATTC-T----TA--GT---TT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AGAAT------AA---CGTCAGTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17410                      :                                                           -GTTAG--TC-A----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------ATCT---C-AAAAT------AA---CGTCATTT----AACCATG-AC-AAAT
gi|17411                      :                                                             TTAT--TT-G----TC--AT---AT-----G-------TCGTCAC------GTCA---C-AAAAT------AA---CGTTATTT----TACCATG-AC-AAAT
gi|17412                      :                                                                 --TC-G----TC--GT---AT-----G-------ACGTAAC------GTCT---C-AAAAT------AA---CATAATTT----TACTATGAAC-AAAT