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Reference ( gi|46054 )        :   ATAGAGA--ATACCTTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
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gi|46017                      :       AGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTCCAG-CAC-C--A----A--A--A-A-A--A-A---a
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Alignments
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consensus                     :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
Reference ( family-266 )      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
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gi|46092                      :           TAGAGA--ATACCATGTTAGTATCTGATA---T------TACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AAT-C--C-A---TG-A----CGAGGCT
gi|46093                      :           TAGATA--ATACCATTTTAGTGTCTGATA---T------AATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46095                      :            AGAGA--ATACCATGTTAGTATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C------A----GA-A--A-A-A--A-A---C--A-A---GG-A----a
gi|46096                      :            AGAGA--ATGCCATTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-CGTCAGGT
gi|46097                      :            AGAGA--ATACCATGTTATTTTCCCATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-T--G----A--A--A-A-A--A-A--------A---GG-A----
gi|46098                      :            AGAGA--ATATCATGATAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCATGT
gi|46099                      :            AGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46100                      :            AGTGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-T--G----G--A--A-A-A--AGA---C--C-A---GA-A----TGAGGCTCT
gi|46101                      :            AGAGA--ATACCGTTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---CA-C-A---G
gi|46102                      :            AGAGA--ATACCATGGTAGTGTCTAATA---T------CATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----T--AC---G--A--A-A-A--A-
gi|46103                      :            AGAGA--ATACCATGTCAGTGCCTGATAGT-C------TATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-G--A----G--A--A-A-A--G-A---gaaaca
gi|46104                      :            AGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-T--A----A--A--A-A-A--A-a
gi|46106                      :            AGAGA--ACACCATGTTAGTATCTGGTA---T------TATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---CCAC-A---AG-A----TGAGGCTTT
gi|46108                      :            AGAGA--ATATCATGCTTGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATAAGGT-------T-T--AGCACG--A--A-A-A--A-A---
gi|46109                      :            AGAGA--AC-CCATGTTAGTGTCTTACA---T------TTTCAACTT-CATCAGGTTCAG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---aaacaag
gi|46110                      :            AGAGA--ACACCATGTAAGTGTCTAAGA---T------TATCAACTT-TGTCAGGTTCAA-C------A----C--A--A-ATA--A-A---C--A-A---GG-A----aaaaaaggac
gi|46112                      :             GAGA--ATATCATGTTAGTGTCTATTA---C------TATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---A--C-A---AG-
gi|46113                      :              AGA--ATACCATGTAGATATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46115                      :              AGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-C--A----A--A--A-A-A--A-A---agag
gi|46116                      :              AGA--ATACCTTGTAAGTGTCTAATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----a
gi|46117                      :              AGA--ATACCATGTTAATTTCTAATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-C-A--A-A---C--A-A---GG-A----
gi|46118                      :              AGA--ATACAATATAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-CAT-G--A----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----CTGGGC
gi|46119                      :              AGA--ATACCATGTAAGCATTTAATA---T------TTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----
gi|46120                      :              AGA--ATACCATGTTGGTGCCTGAAA---G------TCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-T--C----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46121                      :               GA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-T---GG-A----a
gi|46122                      :               GA--ATACCATGTTAGTGCCTGATAGAGT------TAT---CTT-TATCAGGTGAGG-----T--A----G--GGTG-A-A--A-A---A--T-A---GACA----CGAGCCT
gi|46123                      :                    TACTTTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-C-A--A--------C-A---AG-A----
gi|46124                      :                       CATGTTAGTGTTTGATA---T------TATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-C---C--C-A---GG-A----CGAGTCTgg
gi|46125                      :                                GTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----GAAA--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGTCT
gi|46126                      :                                GTCTGATA---T------TATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AC--C--C-A---GG-A----CAAGTCTC
gi|46127                      :                                      TA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--AC-A-ATA--A-AT--C--C-A---AG-A----CGAGGCTCT





Alignments
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lowQualScore                  :                 ..                     ... ......         .            . . . .. .... .. .. . . .. . ...... . ...  . ....         
lowQualScore                  :                 66                     333 222222         4            4 3 4 66 9999 77 22 5 0 77 0 999999 7 222  7 5555         
consensus                     :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
Reference ( family-266 )      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
gi|46010                      :              AGA--ATACCATGTAAGGGTCTAATA---T------AATCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-C--A----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46011                      :      aaatATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-TATCAGGTTAGG-C-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---CA-C-A---GG-A----CGAGGCTCTa
gi|46012                      :        aaATAGATA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---A--C-A---GG-A----CGAGACTC
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gi|46063                      :          ATAGATA--ATACCATGTTATTGTCTGATA---T------TATCAACGT-TATCAGGTGAGG-C-T-A--G----G--A--A-A-A--A-A---T--C-A---AG-A----CGAAGCTCT
gi|46064                      :          ATAATGA--ATACCATATTAGTGTCTGACA---T------TATCAACTT-CATCAGGTGAAG-A-T-T--A----GAAA--A-A-A--A-A---A--C-A---AG-A----CGAGACTCT
gi|46065                      :          ATAGAGA--TTGCAATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGTGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AAACC--C-A---GG-A----CGATGCACT
gi|46066                      :          ACAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46067                      :          ATAGAGA--ATACAATA--AGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCGGGTGAGG-C-T-T--a
gi|46068                      :          ATAGAGATGATAA-ATGTAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-G-C--A----A--A--A-A-A--A-A---T--CAA---GG-A----
gi|46070                      :          ATACAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-T-A-T--A----G--AAGA-A-A--A-A---C--C-A---AG-T----TGAGGCT
gi|46071                      :          ACAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAAGTT-TATCAGGTGAGG-C-T-G--A----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46072                      :          ATAGAGA--AAACCATGTTAGTGCCTGATA---T------TACCAAATT-TATCAGTTGAGG-C-T-G--A----G--A--A-A-AACA-A---A--C-A---AG-A----CGAGGATCTagtcgagtcttt
gi|46073                      :          ACAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46074                      :          ATAGAGA--ATACCATGTAAACGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAAGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-AT-A-A---C--C-A---GA-T----CGAACCTCTa
gi|46075                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCACTTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46076                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGACA---A------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----
gi|46077                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TACCA---------------A----A--A--A-A-A--A-A---C--T-----TG-A----CGAGGCTCT
gi|46078                      :          ATAAAGA--ATACCCTGTTATTGTCTAATA---T------TATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-T-T-T--A----G--A--A-A-A--A-
gi|46079                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTG-TATCAGGAGAGA-C-T-T--gaaaaaacga
gi|46080                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAATAT-TATCAGATGAG
gi|46081                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTATTGTCTGATA----------TA--AACTT-TATCAGGCGAG
gi|46082                      :          ATAGAAA--ATACCATGTAAGTACCTGATA---G------TCTTAACTT-TATCAGGTGAGG-A------A----G--A--G-A-A--A-A---
gi|46083                      :          ATAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCAGGTA---A------TCTAAACTT-TATCAGGCGA-G-C-TGG--A----G--T--A-A-A--A-A---
gi|46084                      :          ATAGAGA--ATACAATGTTAGTGTCTGA------------TATCAACTT-TATC
gi|46090                      :           TAGAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-T--A----G--A--A-A-AT-A-A---A--C-A---GG-A----CAAGGCTCT
gi|46091                      :           TAGAGA--ATAC-ATGTTATTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CAAGGCTCT
gi|46092                      :           TAGAGA--ATACCATGTTAGTATCTGATA---T------TACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AAT-C--C-A---TG-A----CGAGGCT
gi|46093                      :           TAGATA--ATACCATTTTAGTGTCTGATA---T------AATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46095                      :            AGAGA--ATACCATGTTAGTATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C------A----GA-A--A-A-A--A-A---C--A-A---GG-A----a
gi|46096                      :            AGAGA--ATGCCATTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-CGTCAGGT
gi|46097                      :            AGAGA--ATACCATGTTATTTTCCCATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-T--G----A--A--A-A-A--A-A--------A---GG-A----
gi|46098                      :            AGAGA--ATATCATGATAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCATGT
gi|46099                      :            AGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46100                      :            AGTGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-T--G----G--A--A-A-A--AGA---C--C-A---GA-A----TGAGGCTCT
gi|46101                      :            AGAGA--ATACCGTTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---CA-C-A---G
gi|46102                      :            AGAGA--ATACCATGGTAGTGTCTAATA---T------CATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----T--AC---G--A--A-A-A--A-
gi|46103                      :            AGAGA--ATACCATGTCAGTGCCTGATAGT-C------TATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-G--A----G--A--A-A-A--G-A---gaaaca
gi|46104                      :            AGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-T--A----A--A--A-A-A--A-a
gi|46106                      :            AGAGA--ACACCATGTTAGTATCTGGTA---T------TATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---CCAC-A---AG-A----TGAGGCTTT
gi|46108                      :            AGAGA--ATATCATGCTTGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATAAGGT-------T-T--AGCACG--A--A-A-A--A-A---
gi|46109                      :            AGAGA--AC-CCATGTTAGTGTCTTACA---T------TTTCAACTT-CATCAGGTTCAG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---aaacaag
gi|46110                      :            AGAGA--ACACCATGTAAGTGTCTAAGA---T------TATCAACTT-TGTCAGGTTCAA-C------A----C--A--A-ATA--A-A---C--A-A---GG-A----aaaaaaggac
gi|46112                      :             GAGA--ATATCATGTTAGTGTCTATTA---C------TATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---A--C-A---AG-
gi|46113                      :              AGA--ATACCATGTAGATATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46115                      :              AGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-C--A----A--A--A-A-A--A-A---agag
gi|46116                      :              AGA--ATACCTTGTAAGTGTCTAATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----a
gi|46117                      :              AGA--ATACCATGTTAATTTCTAATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-C-A--A-A---C--A-A---GG-A----
gi|46118                      :              AGA--ATACAATATAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-CAT-G--A----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----CTGGGC
gi|46119                      :              AGA--ATACCATGTAAGCATTTAATA---T------TTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----
gi|46120                      :              AGA--ATACCATGTTGGTGCCTGAAA---G------TCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-T--C----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46121                      :               GA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-T---GG-A----a
gi|46122                      :               GA--ATACCATGTTAGTGCCTGATAGAGT------TAT---CTT-TATCAGGTGAGG-----T--A----G--GGTG-A-A--A-A---A--T-A---GACA----CGAGCCT
gi|46123                      :                    TACTTTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-C-A--A--------C-A---AG-A----
gi|46124                      :                       CATGTTAGTGTTTGATA---T------TATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-C---C--C-A---GG-A----CGAGTCTgg
gi|46125                      :                                GTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----GAAA--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGTCT
gi|46126                      :                                GTCTGATA---T------TATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AC--C--C-A---GG-A----CAAGTCTC
gi|46127                      :                                      TA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--AC-A-ATA--A-AT--C--C-A---AG-A----CGAGGCTCT


blockSeqs                     :                                        GAG AATAAT                        A      GCAC AA AG     TC   AACC     AAC    TGAT
blockSeqs                     :                                        GT  .                             A      C    AA GT     AC   CCC      .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             A      C    AA T      T    ATC      .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  C      T    CCA      .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      T    CC       .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      T    CA       .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      T    CC       .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      .    TC       .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    A  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    G        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    T        .      .   
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blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    T        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    T        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    T        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    A        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    C        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .        .      .   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .        .          
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .        .          
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .        .          
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .                   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .    .                   
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
blockSeqs                     :                                        .   .                             .      .    .  .      .                        
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blockSeqCons                  :                                                                                                     C*****
originalCons                  :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
finalCons                     :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AC-----C-A---GG-A----CGAGGCTCT





Alignments
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lowQualScore                  :                 ..                     ... ......         .            . . . .. .... .. .. . . .. . ...... . ...  . ....         
lowQualScore                  :                 66                     333 222222         4            4 3 4 66 9999 77 22 5 0 77 0 999999 7 222  7 5555         
consensus                     :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
Reference ( family-266 )      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
gi|46010                      :              AGA--ATACCATGTAAGGGTCTAATA---T------AATCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-C--A----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46011                      :      aaatATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-TATCAGGTTAGG-C-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---CA-C-A---GG-A----CGAGGCTCTa
gi|46012                      :        aaATAGATA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---A--C-A---GG-A----CGAGACTC
gi|46014                      :            aaAGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---G------TATCAACTT-TATCAGGTTCGG-CAC-C--A----A--A--C-A-A--A-A---C--
gi|46015                      :      aaatATAGAGA--ATATCATGTAAGTGTCTGATA---T------TAGCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-T-C--A----G--A--A-A-A--A-A---A--C-A---GG-A----CGAGGCTCTa
gi|46016                      :            aaAGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--G-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----
gi|46017                      :          aaatAGA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTCCAG-CAC-C--A----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46018                      :          aaatAGA--ACATCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAAGTTAGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---aaca
gi|46019                      :        aaatAGAGA--ATACTATGTTGATGTCTGATA---T------TATCAAATT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A-------A--A-A-A--A-A---G--C-A---GG-A----CGAGGCTCTaaaagg
gi|46021                      :      aaagATATAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---G------TATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-T--A----G--A--A-A-C--A-ACC-C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
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gi|46023                      :        aaATGGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGAAG---T------TATCAATTT-TATCAGAGGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCT
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gi|46029                      :            aaAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATAAACCT-TATCAAGTGAGG-C-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---A--T-A---GG-A----CAATGCTCT
gi|46030                      :      aaatATACAGA--ATAGCATGTTAGTAGCTGATA---T------TCTCAACTT-TATCAGGTGAGG-A-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A------C-A---TG-A----CGAGACTCT
gi|46031                      :        aaATAGAGA--ATACCATGCTAGTGTCTGATA---T------TATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--
gi|46033                      :        aaATAGATA--ATACCATGCTAGTGTCTGATA---A------TATCTACTT-TATCAAGTGAGGTT-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---A--C-A---GG-A----AAAGTCTTT
gi|46034                      :            aaAGA--CTACCATGTAAAAGTCTGATA---T------AATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----A--A--A-A-A--A----------A---GG-A----CGAGACTTT
gi|46036                      :          aaatAAA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGT
gi|46037                      :          aaatAGA--ATACCATGTAAATGTCTGATA---TAATAATTATCAACTT-TATCAGGTTCGG-C------AC---G--A--A-A-A--A-A---A--C-A---AG-A----
gi|46038                      :      aaatATGAAAA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T---------CAACTT-TATCAGGTGAGG-T-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---A--T-AAACAA-A----CGAGGATCT
gi|46039                      :        aaACAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATCAGCTT-GATCAGGTGAAG-C-T-T--A----G--A--ATA-A--A-A---C--
gi|46040                      :        aaATAGAAA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGTTGATG-C-T-T--A----G--A--A-T-A--A--------C-A---GT-A----
gi|46041                      :        aaATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGG
gi|46042                      :        aaATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCTG--A---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-
gi|46043                      :        aaATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCCAATA---T------TATCAACTT-TTTCAGGTGAAG-C-T-
gi|46044                      :        aaATAGA-A--GT-TCATGTTAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTACGG-C-
gi|46045                      :        aaATAGAGA--ATACAATGTAAG----------------------CAACTT-TATGAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---A--A-A---GG-ATGATCGAGGCTCTacgaaaa
gi|46046                      :            aaAAA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---A------TATCAAATT-TAACAGGCACGG---T-T--A----A--A--A-A-A--A-A---A--C-A---
gi|46047                      :      aaatATAGAGA--ATAT-ATGTTAGTGTCTGATA---T------TATC-TCTT-TATTTCGTGAGA-C-T-T--A----G--A--A-A-A--
gi|46048                      :        aaACAGAGA--ATACCTTCTTGGTGTCTGTTG---T------TAAAAAATT-TACCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--caagag
gi|46051                      :        aaATAAAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--
gi|46052                      :              aGA--A-ACCATGTTAGTGTCTAATT---T------TATCAACTT-CATCAGATTCAG-C------A----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46053                      : aataaagtgATAAAGA--ATATCATGTTAGTGTCGGATA---T------TATCAACTT-TATAAGGTGACG-C-T-T--G----T--A--A-A-A--A-aaaaacaacaagg
gi|46054                      :         aATAGAGA--ATACCTTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTCT
gi|46055                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--AT-A-T-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGGCTTT
gi|46056                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATCAACTA-TATCAGGTGAGG-C-T-A--A----GA-A--A-A-A--A-A---A--C-A---GG-A----CGAGGCTTT
gi|46057                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGCTA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAAG-C-T-TACA----A--A--A-A-A--A-A---C--C-T---GG-A----CGAGGCTCT
gi|46058                      :          ATAGAGA--ATACCATGCTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-T--A----T--A--A-A-A--A--------C-A---GG-A----CGAGGTCCT
gi|46059                      :          ATAGAGA--ATGCCGTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--C--A-A-A--A-A------C-A---TG-A----CGAGGCT
gi|46061                      :          ATAGAGA--ATATCATATTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGATGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AC--C--C-A---GG-A----CGAGTCT
gi|46062                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTATTGTCTGATA---T------TATCGAATT-GATCAGGTAAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---A--A-T---GG-A----CAAGGCTCT
gi|46063                      :          ATAGATA--ATACCATGTTATTGTCTGATA---T------TATCAACGT-TATCAGGTGAGG-C-T-A--G----G--A--A-A-A--A-A---T--C-A---AG-A----CGAAGCTCT
gi|46064                      :          ATAATGA--ATACCATATTAGTGTCTGACA---T------TATCAACTT-CATCAGGTGAAG-A-T-T--A----GAAA--A-A-A--A-A---A--C-A---AG-A----CGAGACTCT
gi|46065                      :          ATAGAGA--TTGCAATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGTGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AAACC--C-A---GG-A----CGATGCACT
gi|46066                      :          ACAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46067                      :          ATAGAGA--ATACAATA--AGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCGGGTGAGG-C-T-T--a
gi|46068                      :          ATAGAGATGATAA-ATGTAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTAGG-C-G-C--A----A--A--A-A-A--A-A---T--CAA---GG-A----
gi|46070                      :          ATACAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-T-A-T--A----G--AAGA-A-A--A-A---C--C-A---AG-T----TGAGGCT
gi|46071                      :          ACAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAAGTT-TATCAGGTGAGG-C-T-G--A----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46072                      :          ATAGAGA--AAACCATGTTAGTGCCTGATA---T------TACCAAATT-TATCAGTTGAGG-C-T-G--A----G--A--A-A-AACA-A---A--C-A---AG-A----CGAGGATCTagtcgagtcttt
gi|46073                      :          ACAGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46074                      :          ATAGAGA--ATACCATGTAAACGTCTAATA---T------TATCAACTT-TATCAAGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-AT-A-A---C--C-A---GA-T----CGAACCTCTa
gi|46075                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAATGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCACTTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46076                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGACA---A------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----
gi|46077                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TACCA---------------A----A--A--A-A-A--A-A---C--T-----TG-A----CGAGGCTCT
gi|46078                      :          ATAAAGA--ATACCCTGTTATTGTCTAATA---T------TATCAGCTT-TATCAGGTGAGG-T-T-T--A----G--A--A-A-A--A-
gi|46079                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTG-TATCAGGAGAGA-C-T-T--gaaaaaacga
gi|46080                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAATAT-TATCAGATGAG
gi|46081                      :          ATAGAGA--ATACCATGTTATTGTCTGATA----------TA--AACTT-TATCAGGCGAG
gi|46082                      :          ATAGAAA--ATACCATGTAAGTACCTGATA---G------TCTTAACTT-TATCAGGTGAGG-A------A----G--A--G-A-A--A-A---
gi|46083                      :          ATAGAGA--ACACCATGTTAGTGTCAGGTA---A------TCTAAACTT-TATCAGGCGA-G-C-TGG--A----G--T--A-A-A--A-A---
gi|46084                      :          ATAGAGA--ATACAATGTTAGTGTCTGA------------TATCAACTT-TATC
gi|46090                      :           TAGAGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTAACTT-TATCAGGTGAGA-C-T-T--A----G--A--A-A-AT-A-A---A--C-A---GG-A----CAAGGCTCT
gi|46091                      :           TAGAGA--ATAC-ATGTTATTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CAAGGCTCT
gi|46092                      :           TAGAGA--ATACCATGTTAGTATCTGATA---T------TACCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AAT-C--C-A---TG-A----CGAGGCT
gi|46093                      :           TAGATA--ATACCATTTTAGTGTCTGATA---T------AATCAACTT-T-TCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46095                      :            AGAGA--ATACCATGTTAGTATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C------A----GA-A--A-A-A--A-A---C--A-A---GG-A----a
gi|46096                      :            AGAGA--ATGCCATTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACAT-CGTCAGGT
gi|46097                      :            AGAGA--ATACCATGTTATTTTCCCATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTTGT-C-A-T--G----A--A--A-A-A--A-A--------A---GG-A----
gi|46098                      :            AGAGA--ATATCATGATAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCATGT
gi|46099                      :            AGAGA--ATATCATGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46100                      :            AGTGA--ATACCATGTTAGTGTCTGATA---T------CATCAAATT-TATCATGTGAGG-C-T-T--G----G--A--A-A-A--AGA---C--C-A---GA-A----TGAGGCTCT
gi|46101                      :            AGAGA--ATACCGTTTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTTCCATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---CA-C-A---G
gi|46102                      :            AGAGA--ATACCATGGTAGTGTCTAATA---T------CATCAACTT-CATCAGGTTCGG-----T--AC---G--A--A-A-A--A-
gi|46103                      :            AGAGA--ATACCATGTCAGTGCCTGATAGT-C------TATGAAATG-TATCAGGTGAAG-T-T-G--A----G--A--A-A-A--G-A---gaaaca
gi|46104                      :            AGAGA--ACACCATGTTAGTGTCTTATA---T------TATCAATTT-CAGCAGGTTCGG-C-A-T--A----A--A--A-A-A--A-a
gi|46106                      :            AGAGA--ACACCATGTTAGTATCTGGTA---T------TATCTATTT-TATAAGGTGAAG-A-T-T--A----GA-A--A-A-A--A-A---CCAC-A---AG-A----TGAGGCTTT
gi|46108                      :            AGAGA--ATATCATGCTTGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATAAGGT-------T-T--AGCACG--A--A-A-A--A-A---
gi|46109                      :            AGAGA--AC-CCATGTTAGTGTCTTACA---T------TTTCAACTT-CATCAGGTTCAG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---aaacaag
gi|46110                      :            AGAGA--ACACCATGTAAGTGTCTAAGA---T------TATCAACTT-TGTCAGGTTCAA-C------A----C--A--A-ATA--A-A---C--A-A---GG-A----aaaaaaggac
gi|46112                      :             GAGA--ATATCATGTTAGTGTCTATTA---C------TATCAACGT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---A--C-A---AG-
gi|46113                      :              AGA--ATACCATGTAGATATCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---
gi|46115                      :              AGA--ATACCATGTAAGTGTCTGATA---T------TATTGACTT-GATCAGGTTAGG-C-A-C--A----A--A--A-A-A--A-A---agag
gi|46116                      :              AGA--ATACCTTGTAAGTGTCTAATA---T------TATAAACTT-TATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----a
gi|46117                      :              AGA--ATACCATGTTAATTTCTAATA---T------TATTAACTT-CATCAGGTTCGG-C-A-C--G----A--A--A-C-A--A-A---C--A-A---GG-A----
gi|46118                      :              AGA--ATACAATATAAGTGTCTAATA---T------TGTCAACTT-TATCAGGTTCGG-CAT-G--A----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----CTGGGC
gi|46119                      :              AGA--ATACCATGTAAGCATTTAATA---T------TTTCAACTT-TATCAGGTTCAG-C-A-T--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-A---AG-A----
gi|46120                      :              AGA--ATACCATGTTGGTGCCTGAAA---G------TCTAAATTT-TATCAGGTTAGG---T-T--C----G--A--A-A-A--A-A---
gi|46121                      :               GA--ATACCATGTAAGTGTCTAATA---T------TATCAACTT-CATCAGGTTTGG-C-A-C--G----A--A--A-A-A--A-A---C--A-T---GG-A----a
gi|46122                      :               GA--ATACCATGTTAGTGCCTGATAGAGT------TAT---CTT-TATCAGGTGAGG-----T--A----G--GGTG-A-A--A-A---A--T-A---GACA----CGAGCCT
gi|46123                      :                    TACTTTGTTAGTGTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCCCGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-C-A--A--------C-A---AG-A----
gi|46124                      :                       CATGTTAGTGTTTGATA---T------TATCAATTT-TATCAGATGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-C---C--C-A---GG-A----CGAGTCTgg
gi|46125                      :                                GTCTGATA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----GAAA--A-A-A--A-A---C--C-A---GG-A----CGAGTCT
gi|46126                      :                                GTCTGATA---T------TATCAACTT-AATCCGGTGAGG-C-T-T--A----G--A--A-A-A--A-AC--C--C-A---GG-A----CAAGTCTC
gi|46127                      :                                      TA---T------TATCAACTT-TATCAGGTGAGG-C-T-T--A----G--AC-A-ATA--A-AT--C--C-A---AG-A----CGAGGCTCT