lowQualScore : 000 11111 0 11 1 1 1111 000 11 000 00 111111 0 11 99 00
lowQualScore : ... ..... . .. . . .... ... .. ... .. ...... . .. .. ..
lowQualScore : 777 66666 4 44 2 2 6666 777 00 888 66 333333 5 77 99 88
consensus : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
Reference ( gi|125817 ) : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125823 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGA--AGAA--GAAA
gi|125824 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-A--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125836 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAA
gi|125834 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAA
gi|125832 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAA
gi|125819 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTCGAC---AA--G------T-T--TTGC--AGAA--GAAA
gi|125838 : TAGTTTTAATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125827 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125843 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-CAAATAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125844 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------G-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125845 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAT--GAAA
gi|125851 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTTA--TTTT-CT-AAAAGACTTGTAA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125841 : TAGTCTTGAGCA---TGTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ACAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGT--AGAA--AAAA
gi|125860 : TAGTCTTGATCA---TGTAC-----AACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CCTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125858 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CATCTTAGC---TA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125864 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CATGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCGTGAC----A--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125846 : TAGGCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AATTGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
gi|125853 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--GTTT-CT-TAAACAC----AA---A--CGTCTTGAC---CA--G------T-T--GTGC--AAAA--GAAA
gi|125826 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125850 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AATG-CTTGC--TTTT-CT-AACAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--aat
gi|125831 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GATG-CTTGC--TTTA-CT-AAATAAC----AA---A--CGCCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125822 : TAGCCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-TCGGTCG--AGAA--AAAA
gi|125821 : TAGTCTTGATCA---TATAC-----GACG-CTTGC--TTTT-CTAAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--TGGC--AG-A--GAAaaatt
gi|125867 : TAATCTTGATCA---TATGCGATGCGACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------A-T--GTGC--AGAA--GAAAtaataat
gi|125828 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125825 : TAGTCTAGATCA---TATGC-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCG-AGAA--TAAAcggtcgaaaataaaat
gi|125830 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----CA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--AAAAaa
gi|125870 : TAGTATTGATCA---TCAGC-----GACG-CTTG---TTTT-CT-AAAAGAT----TA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaaa
gi|125848 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGACTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125857 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGT--TTTT-TT-TTAAAAA----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAAcggccgattaaaaa
gi|125852 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------C-T--
gi|125840 : TAGTCTTGATCA---TAGGC-----GACG-CCTGC--TTTC-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--TGAA--AAcggccgcgaataaaat
gi|125849 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--AG-A--GAAtaaaaat
gi|125872 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GACC-CTT-C--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGAT---AA--G------T-T--GCCC--AGAA--GAAAtaaa
gi|125874 : TAATCTTTATGA---CGTGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-GAGAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AT--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125820 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125856 : TAGTCTTGTTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTCAC---AA--G------T-CCGGTCG--AGAA--TAAAc
gi|125847 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GACC-CTTGA--TTTT-CT-GAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CCGCCGAGAA--TAAAaat
gi|125854 : TAGTGTCGAGCA---TATGC-----GACG-CTCGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGCCGAGAA--TAAAaat
gi|125855 : TAGTCTTGGTCA---GATGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CTGAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAA--AAatt
gi|125818 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGCTTTTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-T--taaaaat
gi|125875 : TAATCTTGATCA---TCTGT-----GATG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAG-----------A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGCA--GAAcggttgggaataaaat
gi|125866 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACC-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGACAAA-AA---A--CGTCATAAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAAgaaaat
gi|125865 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----AACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--T------T-T--a
gi|125868 : TAGTCTTAATCA---TCGGC-----GACG-CTTGC--TTTT-GT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------cttctttgaaaaaaaa
gi|125879 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACGGCTTTT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--ACGC--GGTA--GAAAatccacagga
gi|125829 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----A--------------------A--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125882 : TATTCTTGATCA---TATAC-----GAAG-GTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAA---AA--G------T-A--GTGCG-ACAA--GAAA
gi|125877 : TAGTCCAGATCA---TCTGC-----GATG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125861 : TAGTCTTGATTA---TATAC-----GACG-CTTGC--T-------------------A---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--GAAA
gi|125873 : TAGTCTTGATCA---TATGA-----GACA-CTTGC--ATTT-CTGAAAAAAC----AA---A--CATCTTAAC---AA--G------T-T---TGA--ACGA--GAA
gi|125876 : TGGTCTTGATCT---TCTGC-----AACA-CCGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--taaaa
gi|125891 : TAGTCATGATAA---ACTGC-----GAAG-CTTAC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--C------T-T--GTGT--AGAc
gi|125880 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACA-CTTAT--TTTT-CT-GAAAGAC----CA---A--CATCTTGA----AA--GATTCGAC-T--GTGA--AGAA--AAA
gi|125837 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125835 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAAaat
gi|125833 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAAaat
gi|125897 : TAATCTTGATCA---TCGCC-----GGCG-CTAGC--TATA-TA-AAAAGAC----AA---A--CGTATTGAC---AA--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125884 : TAGTCTAGATCA---TCGAC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGCCTTGAA---AG--G------T-T--a
gi|125869 : TAGTCTTGATCA---TCTGT-----GGCG-CTAAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---C--AGTCTTGA----AA--C------TAT--GTGA--AGAA--AAAAtgatcaggaattaaaat
gi|125886 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CT-AAAAGAT----GA---CT-CGTCTTGAC---Att
gi|125887 : TAGTCTTGATCA---CATGC-----AACG-TTTGT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGA
gi|125839 : TAGTCTTGATCAAATTATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TCAAGGC----AA---A--CATCTTGA
gi|125889 : TAGTTTTAATCA---TTTGC-----G-CG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGT-TCGAC---AT--G------T-
gi|125883 : TAGTTTCCATTA---TCTTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAT---AA--T------T-T--
gi|125842 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CG-AAAAGAC----AA---cttctttgaaaaa
gi|125859 : TAATCTTAGTAA---TCTGC-----AACG-CTTGT--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAgttcggccgagaataaaaat
gi|125885 : TAGTCTTGGTCA---TCTTC-----GACA-CTTAC--TTTT-CT-AACA-AC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--CTTC--AG
gi|125892 : TAGTCTTGATCA---TCTCC-----CACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAACAC----AA---A--CATCTTTACATAAA--G------T-T--ATtgaaa
gi|125895 : TAGCCTTGATCA---TCTGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---ttggtcaataaaaaaaa
gi|125894 : TAGTCTTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-TT-AAAAGAA----AA---A--CAGCTTGAC---A
gi|125890 : TAGTCTTGATCA---TCGTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CA-AAATAAC----AA---A--CGTC-TGCC---AA--G------T-T--ttttcttctttgaaaaattaaaa
gi|125899 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAct
gi|125898 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAA
gi|125888 : TAGTCTTGATAA---GCTTC-----AACG-CTTGC--TTTT-TT-GAAAGAC----AA---ACGCGTCTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125862 : TAGTCTTGATCA---------------------GC--TTTT-CT-AAAAGGC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-TC-GTCCG-AGAA--TAAActcctttgaaaaaaa
gi|125881 : TAGTCTTATTCA---TCTGCTG---GAC---TTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAA---AG--G------T-T--at
gi|125871 : TAGTCTGGATCA---TCTGC-----GACA-CTTA----TTT-CT-AAACGAC----AA---G--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--tgactgggaataaaaat
gi|125931 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--GGAA--GAAAccactgtgaacaaaaat
gi|125936 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AAAG-CTTGC--TTTT-AT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AAAA--CAAA
gi|125934 : AGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGG--TGTC-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTTT--AGAA--GAAA
gi|125932 : AGTCTTGATCA---TATGT-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTGTTGAC---TA--G------T-T--
gi|125937 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--AGTTTTGAC---AA--G------T-T--CGAC--A-AA--GAAcggttgggaataaaat
gi|125933 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGA--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--GGTCTTGAC---AATGG------T-T--ATGtaaaa
gi|125935 : AGTCTTGATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTACTGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAAttaaaatacaatt
gi|125939 : AGTCTGGATCA---TGTTT-----GAAG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----GA---G--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGT--AGAA--AAAAaat
gi|125938 : AGTGTAGATCA---TCGGT-----GACG-CTTTC--TTTT-CT-AAATGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAAATGAAA
gi|125947 : GTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGA--TTTT-TT-AAAAGAC----AA---A--CGTC-TGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125949 : GTTTTGATCA---TATGC-----GGAG-CTTGC--TTCT-CT-AAAATAC----CG---A--TGTTTTGAC---AA--G------T-T--GTGaat
gi|125951 : TCTTGATCA---TATGC-----GACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AAGTTA--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125952 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAT----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AA
gi|125953 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAA----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAA
gi|125959 : TGATCA---TATAC-----GAGG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGTC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125958 : TGATCA---TATTC-----GACG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAAAC----AA---A--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125960 : TGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ATAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125963 : GATCA---TATGC-----GACG-CTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--acgttc
gi|125966 : TGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT--AAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125967 : GC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------A-T--TCAC--AGAA--AAAtgattggaaataaaaat
gi|125968 : -----GACG-TTTGC--TTTT-CT-AGAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
Alignments
lowQualScore : 000 11111 0 11 1 1 1111 000 11 000 00 111111 0 11 99 00
lowQualScore : ... ..... . .. . . .... ... .. ... .. ...... . .. .. ..
lowQualScore : 777 66666 4 33 2 2 6666 777 00 888 66 333333 4 77 77 88
consensus : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
Reference ( family-223 ) : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125817 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125818 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGCTTTTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125819 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTCGAC---AA--G------T-T--TTGC--AGAA--GAAAcggttgggaataaaat
gi|125820 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125821 : TAGTCTTGATCA---TATAC-----GACG-CTTGC--TTTT-CTAAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--TGGC--AG-A--GAAc
gi|125822 : TAGCCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-TCGGTCG--AGAA--AAAAtaataat
gi|125823 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGA--AGAA--GAAAaaatt
gi|125824 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-A--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125825 : TAGTCTAGATCA---TATGC-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCG-AGAA--TAAA
gi|125826 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAAaa
gi|125827 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125828 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125829 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----A--------------------A--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAcggtcgaaaataaaat
gi|125830 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----CA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--AAAA
gi|125831 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GATG-CTTGC--TTTA-CT-AAATAAC----AA---A--CGCCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaaa
gi|125832 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAA
gi|125833 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125834 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAaat
gi|125835 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125836 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAaat
gi|125837 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125838 : TAGTTTTAATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125839 : TAGTCTTGATCAAATTATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TCAAGGC----AA---A--CATCTTGA
gi|125840 : TAGTCTTGATCA---TAGGC-----GACG-CCTGC--TTTC-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--TGAA--AA
gi|125841 : TAGTCTTGAGCA---TGTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ACAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGT--AGAA--AAAAtaaaaat
gi|125842 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CG-AAAAGAC----AA---
gi|125843 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-CAAATAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAgttcggccgagaataaaaat
gi|125844 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------G-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125845 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAT--GAAA
gi|125846 : TAGGCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AATTGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
gi|125847 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GACC-CTTGA--TTTT-CT-GAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CCGCCGAGAA--TAAA
gi|125848 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGACTTGAC---AA--G------T-T--aat
gi|125849 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--AG-A--GAAcggccgattaaaaa
gi|125850 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AATG-CTTGC--TTTT-CT-AACAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--taaa
gi|125851 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTTA--TTTT-CT-AAAAGACTTGTAA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125852 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------C-T--
gi|125853 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--GTTT-CT-TAAACAC----AA---A--CGTCTTGAC---CA--G------T-T--GTGC--AAAA--GAAAcggccgcgaataaaat
gi|125854 : TAGTGTCGAGCA---TATGC-----GACG-CTCGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125855 : TAGTCTTGGTCA---GATGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CTGAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAA--AAatt
gi|125856 : TAGTCTTGTTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTCAC---AA--G------T-CCGGTCG--AGAA--TAAAtaaaaat
gi|125857 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGT--TTTT-TT-TTAAAAA----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125858 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CATCTTAGC---TA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125859 : TAATCTTAGTAA---TCTGC-----AACG-CTTGT--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125860 : TAGTCTTGATCA---TGTAC-----AACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CCTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125861 : TAGTCTTGATTA---TATAC-----GACG-CTTGC--T-------------------A---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--GAAA
gi|125862 : TAGTCTTGATCA---------------------GC--TTTT-CT-AAAAGGC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-TC-GTCCG-AGAA--TAAA
gi|125864 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CATGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCGTGAC----A--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAAat
gi|125865 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----AACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125866 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACC-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGACAAA-AA---A--CGTCATAAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAActtctttgaaaaaaaa
gi|125867 : TAATCTTGATCA---TATGCGATGCGACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------A-T--GTGC--AGAA--GAAAa
gi|125868 : TAGTCTTAATCA---TCGGC-----GACG-CTTGC--TTTT-GT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------
gi|125869 : TAGTCTTGATCA---TCTGT-----GGCG-CTAAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---C--AGTCTTGA----AA--C------TAT--GTGA--AGAA--AAAAatccacagga
gi|125870 : TAGTATTGATCA---TCAGC-----GACG-CTTG---TTTT-CT-AAAAGAT----TA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAtt
gi|125871 : TAGTCTGGATCA---TCTGC-----GACA-CTTA----TTT-CT-AAACGAC----AA---G--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125872 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GACC-CTT-C--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGAT---AA--G------T-T--GCCC--AGAA--GAAAccactgtgaacaaaaat
gi|125873 : TAGTCTTGATCA---TATGA-----GACA-CTTGC--ATTT-CTGAAAAAAC----AA---A--CATCTTAAC---AA--G------T-T---TGA--ACGA--GAA
gi|125874 : TAATCTTTATGA---CGTGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-GAGAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AT--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAtaaaa
gi|125875 : TAATCTTGATCA---TCTGT-----GATG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAG-----------A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGCA--GAA
gi|125876 : TGGTCTTGATCT---TCTGC-----AACA-CCGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--gaaaat
gi|125877 : TAGTCCAGATCA---TCTGC-----GATG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--c
gi|125879 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACGGCTTTT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--ACGC--GGTA--GAAA
gi|125880 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACA-CTTAT--TTTT-CT-GAAAGAC----CA---A--CATCTTGA----AA--GATTCGAC-T--GTGA--AGAA--AAA
gi|125881 : TAGTCTTATTCA---TCTGCTG---GAC---TTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125882 : TATTCTTGATCA---TATAC-----GAAG-GTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAA---AA--G------T-A--GTGCG-ACAA--GAAAtgactgggaataaaaat
gi|125883 : TAGTTTCCATTA---TCTTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAT---AA--T------T-T--
gi|125884 : TAGTCTAGATCA---TCGAC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGCCTTGAA---AG--G------T-T--cttctttgaaaaa
gi|125885 : TAGTCTTGGTCA---TCTTC-----GACA-CTTAC--TTTT-CT-AACA-AC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--CTTC--AGtgatcaggaattaaaat
gi|125886 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CT-AAAAGAT----GA---CT-CGTCTTGAC---Atgaaa
gi|125887 : TAGTCTTGATCA---CATGC-----AACG-TTTGT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGA
gi|125888 : TAGTCTTGATAA---GCTTC-----AACG-CTTGC--TTTT-TT-GAAAGAC----AA---ACGCGTCTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125889 : TAGTTTTAATCA---TTTGC-----G-CG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGT-TCGAC---AT--G------T-ctcctttgaaaaaaa
gi|125890 : TAGTCTTGATCA---TCGTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CA-AAATAAC----AA---A--CGTC-TGCC---AA--G------T-T--
gi|125891 : TAGTCATGATAA---ACTGC-----GAAG-CTTAC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--C------T-T--GTGT--AGAct
gi|125892 : TAGTCTTGATCA---TCTCC-----CACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAACAC----AA---A--CATCTTTACATAAA--G------T-T--AT
gi|125894 : TAGTCTTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-TT-AAAAGAA----AA---A--CAGCTTGAC---Attggtcaataaaaaaaa
gi|125895 : TAGCCTTGATCA---TCTGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---ttttcttctttgaaaaattaaaa
gi|125897 : TAATCTTGATCA---TCGCC-----GGCG-CTAGC--TATA-TA-AAAAGAC----AA---A--CGTATTGAC---AA--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125898 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAa
gi|125899 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAA
gi|125931 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--GGAA--GAAA
gi|125932 : AGTCTTGATCA---TATGT-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTGTTGAC---TA--G------T-T--
gi|125933 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGA--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--GGTCTTGAC---AATGG------T-T--ATGcggttgggaataaaat
gi|125934 : AGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGG--TGTC-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTTT--AGAA--GAAAttaaaatacaatt
gi|125935 : AGTCTTGATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTACTGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125936 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AAAG-CTTGC--TTTT-AT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AAAA--CAAAaat
gi|125937 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--AGTTTTGAC---AA--G------T-T--CGAC--A-AA--GAA
gi|125938 : AGTGTAGATCA---TCGGT-----GACG-CTTTC--TTTT-CT-AAATGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAAATGAAAtaaaa
gi|125939 : AGTCTGGATCA---TGTTT-----GAAG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----GA---G--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGT--AGAA--AAAA
gi|125947 : GTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGA--TTTT-TT-AAAAGAC----AA---A--CGTC-TGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125949 : GTTTTGATCA---TATGC-----GGAG-CTTGC--TTCT-CT-AAAATAC----CG---A--TGTTTTGAC---AA--G------T-T--GTGaat
gi|125951 : TCTTGATCA---TATGC-----GACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AAGTTA--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125952 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAT----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AA
gi|125953 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAA----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAA
gi|125958 : TGATCA---TATTC-----GACG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAAAC----AA---A--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125959 : TGATCA---TATAC-----GAGG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGTC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125960 : TGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ATAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125963 : GATCA---TATGC-----GACG-CTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--acgttc
gi|125966 : TGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT--AAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125967 : GC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------A-T--TCAC--AGAA--AAAtgattggaaataaaaat
gi|125968 : -----GACG-TTTGC--TTTT-CT-AGAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
Alignments
lowQualScore : 000 11111 0 11 1 1 1111 000 11 000 00 111111 0 11 99 00
lowQualScore : ... ..... . .. . . .... ... .. ... .. ...... . .. .. ..
lowQualScore : 777 66666 4 33 2 2 6666 777 00 888 66 333333 4 77 77 88
consensus : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
Reference ( family-223 ) : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125817 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125818 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGCTTTTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125819 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTCGAC---AA--G------T-T--TTGC--AGAA--GAAAcggttgggaataaaat
gi|125820 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125821 : TAGTCTTGATCA---TATAC-----GACG-CTTGC--TTTT-CTAAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--TGGC--AG-A--GAAc
gi|125822 : TAGCCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-TCGGTCG--AGAA--AAAAtaataat
gi|125823 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGA--AGAA--GAAAaaatt
gi|125824 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-A--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125825 : TAGTCTAGATCA---TATGC-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCG-AGAA--TAAA
gi|125826 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAAaa
gi|125827 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125828 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125829 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----A--------------------A--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAcggtcgaaaataaaat
gi|125830 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----CA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--AAAA
gi|125831 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GATG-CTTGC--TTTA-CT-AAATAAC----AA---A--CGCCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaaa
gi|125832 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAA
gi|125833 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125834 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAaat
gi|125835 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125836 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAaat
gi|125837 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125838 : TAGTTTTAATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125839 : TAGTCTTGATCAAATTATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TCAAGGC----AA---A--CATCTTGA
gi|125840 : TAGTCTTGATCA---TAGGC-----GACG-CCTGC--TTTC-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--TGAA--AA
gi|125841 : TAGTCTTGAGCA---TGTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ACAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGT--AGAA--AAAAtaaaaat
gi|125842 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CG-AAAAGAC----AA---
gi|125843 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-CAAATAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAgttcggccgagaataaaaat
gi|125844 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------G-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125845 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAT--GAAA
gi|125846 : TAGGCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AATTGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
gi|125847 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GACC-CTTGA--TTTT-CT-GAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CCGCCGAGAA--TAAA
gi|125848 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGACTTGAC---AA--G------T-T--aat
gi|125849 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--AG-A--GAAcggccgattaaaaa
gi|125850 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AATG-CTTGC--TTTT-CT-AACAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--taaa
gi|125851 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTTA--TTTT-CT-AAAAGACTTGTAA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125852 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------C-T--
gi|125853 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--GTTT-CT-TAAACAC----AA---A--CGTCTTGAC---CA--G------T-T--GTGC--AAAA--GAAAcggccgcgaataaaat
gi|125854 : TAGTGTCGAGCA---TATGC-----GACG-CTCGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125855 : TAGTCTTGGTCA---GATGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CTGAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAA--AAatt
gi|125856 : TAGTCTTGTTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTCAC---AA--G------T-CCGGTCG--AGAA--TAAAtaaaaat
gi|125857 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGT--TTTT-TT-TTAAAAA----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125858 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CATCTTAGC---TA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125859 : TAATCTTAGTAA---TCTGC-----AACG-CTTGT--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125860 : TAGTCTTGATCA---TGTAC-----AACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CCTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125861 : TAGTCTTGATTA---TATAC-----GACG-CTTGC--T-------------------A---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--GAAA
gi|125862 : TAGTCTTGATCA---------------------GC--TTTT-CT-AAAAGGC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-TC-GTCCG-AGAA--TAAA
gi|125864 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CATGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCGTGAC----A--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAAat
gi|125865 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----AACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125866 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACC-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGACAAA-AA---A--CGTCATAAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAActtctttgaaaaaaaa
gi|125867 : TAATCTTGATCA---TATGCGATGCGACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------A-T--GTGC--AGAA--GAAAa
gi|125868 : TAGTCTTAATCA---TCGGC-----GACG-CTTGC--TTTT-GT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------
gi|125869 : TAGTCTTGATCA---TCTGT-----GGCG-CTAAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---C--AGTCTTGA----AA--C------TAT--GTGA--AGAA--AAAAatccacagga
gi|125870 : TAGTATTGATCA---TCAGC-----GACG-CTTG---TTTT-CT-AAAAGAT----TA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAtt
gi|125871 : TAGTCTGGATCA---TCTGC-----GACA-CTTA----TTT-CT-AAACGAC----AA---G--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125872 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GACC-CTT-C--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGAT---AA--G------T-T--GCCC--AGAA--GAAAccactgtgaacaaaaat
gi|125873 : TAGTCTTGATCA---TATGA-----GACA-CTTGC--ATTT-CTGAAAAAAC----AA---A--CATCTTAAC---AA--G------T-T---TGA--ACGA--GAA
gi|125874 : TAATCTTTATGA---CGTGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-GAGAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AT--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAtaaaa
gi|125875 : TAATCTTGATCA---TCTGT-----GATG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAG-----------A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGCA--GAA
gi|125876 : TGGTCTTGATCT---TCTGC-----AACA-CCGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--gaaaat
gi|125877 : TAGTCCAGATCA---TCTGC-----GATG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--c
gi|125879 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACGGCTTTT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--ACGC--GGTA--GAAA
gi|125880 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACA-CTTAT--TTTT-CT-GAAAGAC----CA---A--CATCTTGA----AA--GATTCGAC-T--GTGA--AGAA--AAA
gi|125881 : TAGTCTTATTCA---TCTGCTG---GAC---TTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125882 : TATTCTTGATCA---TATAC-----GAAG-GTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAA---AA--G------T-A--GTGCG-ACAA--GAAAtgactgggaataaaaat
gi|125883 : TAGTTTCCATTA---TCTTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAT---AA--T------T-T--
gi|125884 : TAGTCTAGATCA---TCGAC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGCCTTGAA---AG--G------T-T--cttctttgaaaaa
gi|125885 : TAGTCTTGGTCA---TCTTC-----GACA-CTTAC--TTTT-CT-AACA-AC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--CTTC--AGtgatcaggaattaaaat
gi|125886 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CT-AAAAGAT----GA---CT-CGTCTTGAC---Atgaaa
gi|125887 : TAGTCTTGATCA---CATGC-----AACG-TTTGT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGA
gi|125888 : TAGTCTTGATAA---GCTTC-----AACG-CTTGC--TTTT-TT-GAAAGAC----AA---ACGCGTCTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125889 : TAGTTTTAATCA---TTTGC-----G-CG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGT-TCGAC---AT--G------T-ctcctttgaaaaaaa
gi|125890 : TAGTCTTGATCA---TCGTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CA-AAATAAC----AA---A--CGTC-TGCC---AA--G------T-T--
gi|125891 : TAGTCATGATAA---ACTGC-----GAAG-CTTAC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--C------T-T--GTGT--AGAct
gi|125892 : TAGTCTTGATCA---TCTCC-----CACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAACAC----AA---A--CATCTTTACATAAA--G------T-T--AT
gi|125894 : TAGTCTTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-TT-AAAAGAA----AA---A--CAGCTTGAC---Attggtcaataaaaaaaa
gi|125895 : TAGCCTTGATCA---TCTGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---ttttcttctttgaaaaattaaaa
gi|125897 : TAATCTTGATCA---TCGCC-----GGCG-CTAGC--TATA-TA-AAAAGAC----AA---A--CGTATTGAC---AA--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125898 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAa
gi|125899 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAA
gi|125931 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--GGAA--GAAA
gi|125932 : AGTCTTGATCA---TATGT-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTGTTGAC---TA--G------T-T--
gi|125933 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGA--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--GGTCTTGAC---AATGG------T-T--ATGcggttgggaataaaat
gi|125934 : AGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGG--TGTC-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTTT--AGAA--GAAAttaaaatacaatt
gi|125935 : AGTCTTGATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTACTGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125936 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AAAG-CTTGC--TTTT-AT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AAAA--CAAAaat
gi|125937 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--AGTTTTGAC---AA--G------T-T--CGAC--A-AA--GAA
gi|125938 : AGTGTAGATCA---TCGGT-----GACG-CTTTC--TTTT-CT-AAATGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAAATGAAAtaaaa
gi|125939 : AGTCTGGATCA---TGTTT-----GAAG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----GA---G--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGT--AGAA--AAAA
gi|125947 : GTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGA--TTTT-TT-AAAAGAC----AA---A--CGTC-TGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125949 : GTTTTGATCA---TATGC-----GGAG-CTTGC--TTCT-CT-AAAATAC----CG---A--TGTTTTGAC---AA--G------T-T--GTGaat
gi|125951 : TCTTGATCA---TATGC-----GACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AAGTTA--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125952 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAT----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AA
gi|125953 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAA----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAA
gi|125958 : TGATCA---TATTC-----GACG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAAAC----AA---A--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125959 : TGATCA---TATAC-----GAGG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGTC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125960 : TGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ATAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125963 : GATCA---TATGC-----GACG-CTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--acgttc
gi|125966 : TGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT--AAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125967 : GC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------A-T--TCAC--AGAA--AAAtgattggaaataaaaat
gi|125968 : -----GACG-TTTGC--TTTT-CT-AGAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
blockSeqs : GATGC TT T A TTGT ATTCGA CG CG
blockSeqs : TG T T G AAA . CG CG
blockSeqs : . T T G . . C CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
finalCons : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
Alignments
lowQualScore : 000 11111 0 11 1 1 1111 000 11 000 00 111111 0 11 99 00
lowQualScore : ... ..... . .. . . .... ... .. ... .. ...... . .. .. ..
lowQualScore : 777 66666 4 33 2 2 6666 777 00 888 66 333333 4 77 77 88
consensus : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
Reference ( family-223 ) : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125817 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125818 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGCTTTTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125819 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTCGAC---AA--G------T-T--TTGC--AGAA--GAAAcggttgggaataaaat
gi|125820 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125821 : TAGTCTTGATCA---TATAC-----GACG-CTTGC--TTTT-CTAAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--TGGC--AG-A--GAAc
gi|125822 : TAGCCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--G------T-TCGGTCG--AGAA--AAAAtaataat
gi|125823 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGA--AGAA--GAAAaaatt
gi|125824 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-A--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125825 : TAGTCTAGATCA---TATGC-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCG-AGAA--TAAA
gi|125826 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAAaa
gi|125827 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125828 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--
gi|125829 : TAGTCTTGGTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CC-AAAAGAC----A--------------------A--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAcggtcgaaaataaaat
gi|125830 : TAGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----CA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--AAAA
gi|125831 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GATG-CTTGC--TTTA-CT-AAATAAC----AA---A--CGCCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaaa
gi|125832 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAA
gi|125833 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125834 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAaat
gi|125835 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125836 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAaat
gi|125837 : TAGTCTTCATCA---AATGC-----CACA-CTTGC--TTTTTCT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTCGAC---AA--A------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125838 : TAGTTTTAATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125839 : TAGTCTTGATCAAATTATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TCAAGGC----AA---A--CATCTTGA
gi|125840 : TAGTCTTGATCA---TAGGC-----GACG-CCTGC--TTTC-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--TGAA--AA
gi|125841 : TAGTCTTGAGCA---TGTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ACAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGT--AGAA--AAAAtaaaaat
gi|125842 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CG-AAAAGAC----AA---
gi|125843 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-CAAATAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAgttcggccgagaataaaaat
gi|125844 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------G-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125845 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAT--GAAA
gi|125846 : TAGGCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AATTGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--AAAA
gi|125847 : TAGTCTTGATCA---TATGG-----GACC-CTTGA--TTTT-CT-GAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CCGCCGAGAA--TAAA
gi|125848 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGACTTGAC---AA--G------T-T--aat
gi|125849 : TAGTCTTGATCC---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--G------T-T--CGGC--AG-A--GAAcggccgattaaaaa
gi|125850 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AATG-CTTGC--TTTT-CT-AACAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--taaa
gi|125851 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTTA--TTTT-CT-AAAAGACTTGTAA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125852 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------C-T--
gi|125853 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--GTTT-CT-TAAACAC----AA---A--CGTCTTGAC---CA--G------T-T--GTGC--AAAA--GAAAcggccgcgaataaaat
gi|125854 : TAGTGTCGAGCA---TATGC-----GACG-CTCGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGCCGAGAA--TAAA
gi|125855 : TAGTCTTGGTCA---GATGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CTGAAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAA--AAatt
gi|125856 : TAGTCTTGTTCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTCAC---AA--G------T-CCGGTCG--AGAA--TAAAtaaaaat
gi|125857 : TAATCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGT--TTTT-TT-TTAAAAA----AA---A--CGTCTTGAC---AA--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAAaat
gi|125858 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AC---A--CATCTTAGC---TA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125859 : TAATCTTAGTAA---TCTGC-----AACG-CTTGT--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125860 : TAGTCTTGATCA---TGTAC-----AACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CCTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125861 : TAGTCTTGATTA---TATAC-----GACG-CTTGC--T-------------------A---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--ATGC--AGAA--GAAA
gi|125862 : TAGTCTTGATCA---------------------GC--TTTT-CT-AAAAGGC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-TC-GTCCG-AGAA--TAAA
gi|125864 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CATGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCGTGAC----A--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAAat
gi|125865 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----AACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125866 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACC-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGACAAA-AA---A--CGTCATAAC---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAActtctttgaaaaaaaa
gi|125867 : TAATCTTGATCA---TATGCGATGCGACG-CTTGC--TTTT-CT-AAACGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AA--G------A-T--GTGC--AGAA--GAAAa
gi|125868 : TAGTCTTAATCA---TCGGC-----GACG-CTTGC--TTTT-GT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------
gi|125869 : TAGTCTTGATCA---TCTGT-----GGCG-CTAAC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---C--AGTCTTGA----AA--C------TAT--GTGA--AGAA--AAAAatccacagga
gi|125870 : TAGTATTGATCA---TCAGC-----GACG-CTTG---TTTT-CT-AAAAGAT----TA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAtt
gi|125871 : TAGTCTGGATCA---TCTGC-----GACA-CTTA----TTT-CT-AAACGAC----AA---G--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125872 : TAGTCTTGATCA---TATGT-----GACC-CTT-C--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGAT---AA--G------T-T--GCCC--AGAA--GAAAccactgtgaacaaaaat
gi|125873 : TAGTCTTGATCA---TATGA-----GACA-CTTGC--ATTT-CTGAAAAAAC----AA---A--CATCTTAAC---AA--G------T-T---TGA--ACGA--GAA
gi|125874 : TAATCTTTATGA---CGTGC-----AACG-CTTGC--TTTT-CT-GAGAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AT--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAAtaaaa
gi|125875 : TAATCTTGATCA---TCTGT-----GATG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAG-----------A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGCA--GAA
gi|125876 : TGGTCTTGATCT---TCTGC-----AACA-CCGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAC---AA--G------T-T--gaaaat
gi|125877 : TAGTCCAGATCA---TCTGC-----GATG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--c
gi|125879 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACGGCTTTT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--ACGC--GGTA--GAAA
gi|125880 : TAGTCTTGATTA---TATGC-----GACA-CTTAT--TTTT-CT-GAAAGAC----CA---A--CATCTTGA----AA--GATTCGAC-T--GTGA--AGAA--AAA
gi|125881 : TAGTCTTATTCA---TCTGCTG---GAC---TTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CATCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125882 : TATTCTTGATCA---TATAC-----GAAG-GTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAA---AA--G------T-A--GTGCG-ACAA--GAAAtgactgggaataaaaat
gi|125883 : TAGTTTCCATTA---TCTTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAT---AA--T------T-T--
gi|125884 : TAGTCTAGATCA---TCGAC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGCCTTGAA---AG--G------T-T--cttctttgaaaaa
gi|125885 : TAGTCTTGGTCA---TCTTC-----GACA-CTTAC--TTTT-CT-AACA-AC----AA---A--CTTCTTGAC---AA--A------T-T--CTTC--AGtgatcaggaattaaaat
gi|125886 : TAGTCTTGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGCT-TTTT-CT-AAAAGAT----GA---CT-CGTCTTGAC---Atgaaa
gi|125887 : TAGTCTTGATCA---CATGC-----AACG-TTTGT--TTTT-CC-AAAAGAC----AA---A--TGTTTTGA
gi|125888 : TAGTCTTGATAA---GCTTC-----AACG-CTTGC--TTTT-TT-GAAAGAC----AA---ACGCGTCTTGAC---AA--T------T-T--
gi|125889 : TAGTTTTAATCA---TTTGC-----G-CG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGT-TCGAC---AT--G------T-ctcctttgaaaaaaa
gi|125890 : TAGTCTTGATCA---TCGTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CA-AAATAAC----AA---A--CGTC-TGCC---AA--G------T-T--
gi|125891 : TAGTCATGATAA---ACTGC-----GAAG-CTTAC--TTTT-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTTTTGAC---AA--C------T-T--GTGT--AGAct
gi|125892 : TAGTCTTGATCA---TCTCC-----CACA-CTTGC--TTTT-CT-AAAACAC----AA---A--CATCTTTACATAAA--G------T-T--AT
gi|125894 : TAGTCTTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-TT-AAAAGAA----AA---A--CAGCTTGAC---Attggtcaataaaaaaaa
gi|125895 : TAGCCTTGATCA---TCTGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---ttttcttctttgaaaaattaaaa
gi|125897 : TAATCTTGATCA---TCGCC-----GGCG-CTAGC--TATA-TA-AAAAGAC----AA---A--CGTATTGAC---AA--T------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125898 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAa
gi|125899 : TAGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAA
gi|125931 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--GGAA--GAAA
gi|125932 : AGTCTTGATCA---TATGT-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTGTTGAC---TA--G------T-T--
gi|125933 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AACG-CTTGA--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--GGTCTTGAC---AATGG------T-T--ATGcggttgggaataaaat
gi|125934 : AGTTTTGATCA---TATGC-----GACG-CTTGG--TGTC-CT-TAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTTT--AGAA--GAAAttaaaatacaatt
gi|125935 : AGTCTTGATCA---TATTC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTACTGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125936 : AGTCTTGATCA---TATGC-----AAAG-CTTGC--TTTT-AT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AAAA--CAAAaat
gi|125937 : AGTCTTGATCA---TATGC-----GATG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---T--AGTTTTGAC---AA--G------T-T--CGAC--A-AA--GAA
gi|125938 : AGTGTAGATCA---TCGGT-----GACG-CTTTC--TTTT-CT-AAATGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--CAGC--CGAAATGAAAtaaaa
gi|125939 : AGTCTGGATCA---TGTTT-----GAAG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----GA---G--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGT--AGAA--AAAA
gi|125947 : GTCTTGATTA---TATGC-----GACG-CTTGA--TTTT-TT-AAAAGAC----AA---A--CGTC-TGAA---AA--G------T-T--CGGCCGAGAA--TAAA
gi|125949 : GTTTTGATCA---TATGC-----GGAG-CTTGC--TTCT-CT-AAAATAC----CG---A--TGTTTTGAC---AA--G------T-T--GTGaat
gi|125951 : TCTTGATCA---TATGC-----GACG-ATTGC--TTTT-CT-AAAATAC----AAGTTA--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125952 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAT----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AA
gi|125953 : TCGTGATCA---TCTTT-----GACG-CTTAC--TTTT-CT-AAAAGAA----AA---A--CGCCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAA
gi|125958 : TGATCA---TATTC-----GACG-CTAGC--TTTT-CT-AAAAAAC----AA---A--CGTCTTAAC---AC--A------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125959 : TGATCA---TATAC-----GAGG-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGTC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--GAAA
gi|125960 : TGATCA---TCTGC-----GACG-CTTGC--TTTT-CT-ATAAGAC----AA---A--CGTCTTGA
gi|125963 : GATCA---TATGC-----GACG-CTGGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--CGTCTTGAC---AA--G------T-T--GTGC--AGAA--acgttc
gi|125966 : TGC-----GACA-CTTGC--TTTT-CT--AAAGAC----AA---A--CGTCTTGAA---AG--G------T-T--
gi|125967 : GC-----GACT-CTTGC--TTTT-CT-AAAAGAC----AA---A--TGTCTTGAC---AA--G------A-T--TCAC--AGAA--AAAtgattggaaataaaaat
gi|125968 : -----GACG-TTTGC--TTTT-CT-AGAAGTC----AA---A--CGTCTTGAC---AC--T------T-T--GTGC--AGAA--AAAA