lowQualScore                  :                                 1111                                                             
lowQualScore                  :       0     0   0     0    11   1111       00 0 1 111111111 33333 0 555555555 11 0            5  
lowQualScore                  :       .     .   .     .    ..   ....       .. . . ......... ..... . ......... .. .            .  
lowQualScore                  :       5     4   4     4    00   7777       66 4 3 555555555 33333 4 666666666 22 4            0  
consensus                     :    AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACATCATAANAC
Reference ( gi|63402 )        :    AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63403                      :    AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63407                      :    AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63406                      :    AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63405                      :    AAC-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63409                      :    AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CTTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63413                      :    AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----T---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63416                      :    AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--T-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--T-GTCATATCATAATAC
gi|63411                      :    AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--T-T-T---C-----T---A-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63419                      :    AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---TCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-T-C------A--T--C-GTCATATAATAATAC
gi|63412                      :    AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC--CCAG---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--A--C-GTCATATCATAATAC
gi|63408                      :    AAC-CTTGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAA---CCCCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GCCATATCATAATAC
gi|63404                      :    AAC-CTGGC-TAA-CGGAT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAA
gi|63418                      :    AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----T---A-C-C------A--T--C-GCCATATCATAATAC
gi|63417                      :    AAC-CTGGT-TAA-TGGGT-GCAC--CCAT---CATCGCT--C-T-T---C-----T---A-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63414                      :    AAC-CTGGC-GAA-CGGAT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----T---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATAC
gi|63410                      :    AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC--CCAG---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCAT
gi|63420                      :    AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GTAC--CCAT---CCTCGCT--T-T-A---C-----C---G-C-C------A--T--C-ATCATATCATAATAC
gi|63415                      :    AAT-CTGGC-TAA-CAGGT-ACAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-ATCATATCATAATAC
gi|63293                      :    AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAA---CCGCGCC--C-T-T---T-----C---T-C-C------G--A--C-GTCATATCATAA
gi|63292                      :  taAAC-CTGGT-TAA-CGGCA-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----T---C-C-C------G--T--T-GTCACATCATAATACa
gi|63291                      :  taAAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCGC--CCAG---CCTCACT--C-T-T---C-----T---C-C-C------G--T--C-GTCACATCATAAga
gi|63294                      :  taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAT--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---T-C-C------G--A--C-GTCATATCATAAaaaga
gi|63300                      :  taAAC-CTGGT-GTA-CGGCT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---C-C-C------A--T--C-GTCACATCATagc
gi|63424                      :  taAAC-CTGGT-TAC-CGGGT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--A-T-T---C-----C---C-T-C------G--T--C-GTCATATTAT
gi|63303                      :    AAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCAC--CCAA---CATCGCT--C-T-T---A-----T---C-C-C------G--T--C-GCCATATTATAACAC
gi|63306                      :  taAAC-CTGGT-TAT-CAGGT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----A---C-T-C------A--T--C-GTCATATTATg
gi|63296                      :  taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---T-C-C------G--A--C-GTCATATC
gi|63318                      :  taAAC-ATGGC-TAA-CGAGT-CCAC--CCAA---CCTAGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-GTCATATCAT
gi|63423                      :  taAAC-CTAGT-TAA-CGGGT-GAAC--CCAA---CCTCGTT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--A-GTCATTTAATAAAAC
gi|63305                      :    AAC-CTGGT-TAT-CGGGG-GCAC--CCAA---CCTTGCT--C-T-T---T-----C---C-T-C------G--T--C-GTCATATTATga
gi|63304                      :  taAAC-CTGGT-TAT-CGGGT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----G---C-T-C------G--T--C-GTCATGTTAT
gi|63333                      :  taAAC-CTTGT-TGA-CGTGT-ACAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---G-----C---T-T-C------G--C--C-ATCATATCATAAGAC
gi|63334                      :  taAAC-ATGAT-TAA-CGGGT-GCAC--CCAC---TCTCGCC--C-T-T---C-----C---C-C-T------G--T--C-ATCACACCATGAaa
gi|63297                      :  taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-TCAC--TCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---T-C-CG-----A--CGAC-GTCATATCATAAga
gi|63299                      :  taAAC-CTGTT-GTA-CGGCT-TCAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACATCATAAAACa
gi|63295                      :  taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC--CTTA---CCTCGCT--CTT-T---C-----C---C-C-C------G--A--C-GTCAAATCTTAAGACga
gi|63427                      :  taAAC-CTGTT-TAA-CGATT--CAC--ACAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---A-T-C------G--T--C-GTCACATCATAAAACga
gi|63425                      :    AAC-CTGGT-TAT-TGGAT-GAAC--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---C-T-C------G--T--C-GTCATGTTATga
gi|63302                      :    AAT-CTGGT-TAA-CGGAT-GAAG--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----T---G-C-C------G--T--C-GTCACATCACAAGACtaaac
gi|63395                      :  taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-ACAC--GCAA---CCTCGCT--C-G-T---C-----C---C-C-C------G--C--C-ATCATAga
gi|63422                      :   aAAG-CTGGT-TAA-TGGAT-GCGC--TCAA---CCTCGCT--C-T-T---A-----C---C-C-C------G--G--C-GTCACATCATAAAAC
gi|63351                      :    AAC-CTGGT-AAA-CGAATTGCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---T-C-C------G--T--A-GTCAaa
gi|63314                      :  taAAC-CTGAT-TTA-CGGGT-GTAC--CCAA---CTTCGCT--T-T-T---C-----C---TCC-C------G--T--C-ATCAAATCACAcccctaacacg
gi|63358                      :  taAAC-ATGAC-TAA-CGGGT-GCAA--CTAT---CCTCGCC--C-T-T---T-----TCAGT-C-C---------T--C-GTCACATCATAACgaacga
gi|63307                      :  taAAC-CACGT-TAT-CGGGT-GCAC--CCAA---CCTCGCT--A-T-T---C-----C---C-C-T------G--T--C-GTCATAtga
gi|63384                      :  taAAC-ATAGT-TAA-TGGGT-GT-C--CCAT---CCTCGCT--C-T-T-------------T-C-CGA----G--T--C-GCCATATCAT
gi|63321                      :   aAAC-CTGAC-TTA-CGGAT-GCAC--CCAA---CCTTGTT--C-T-C---T-----T---T-C-C------G--T--C-GTCACATTATAtagacga
gi|63317                      :  taAAC-C-GAT-AAA-CGGGT-GCAA--CCGA---CCTCGCT--C-T-A---A-----C---C-C-C------A--T--T-GTCACATCATAAAACcaagcg
gi|63332                      : taaAAC-CTTGA-TAA-TGGAT-GCAC--CCAA---TCTCGCT--C-TCT---CCCCGGC---C-C-C------G--T--C-GTCACATCATAAga
gi|63298                      :  taAAC-CTGGT-GAA-CAGGT-TCAC--AAAA---CCTTGCT--C-T-T---T-----C---T-C-CG-----A--CGAC-GTCATATCATAAga
gi|63319                      :  taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC--CCAA---CCTTGTT--C-TCT---C-----C---T---T------G--T--C-GTCACATCATAa
gi|63343                      :  taAAC-CTGAT-TAA-CAGGT-GCGC----GA---CCTCACT--C-T-T---C-----C---C-T-C------G--T--C-ACCATAGCATAAAACcgacaa
gi|63379                      :  taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC--CCAA---CCTTGTT--C-T-C---T-----C---C-C-T------G--T--C-GTCACATTATAaa
gi|63320                      :   aAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC--CCAA---CCTTGTT--C-T-C---T-----C---C-C-T------G--T--C-GTCACATTATA
gi|63428                      :  taAAC-CTGAT-TAA-CATGT-GTAT--ACAA---TTTCGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-ATCATATCGTcgacaa
gi|63356                      :    AAC-CTGGT-TTA-CTAAT-GCAA--CCAA---CCTCGCT--C---T---C-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACATCtaaacaa
gi|63349                      :  tgAGC-CTGGT-TTA-CGTGT-GCAT--CCAG---CCTCACT--C-T-T---T-----T---C-C-C------A--G--C-GTCACATTA
gi|63347                      :  taAAC-CTGGT-TTA-CGGAT-ACACA-TTAT----CTCGCT--C-T-T---T-----C---C-C-C------T--T--G-GTTATATCATAaa
gi|63346                      :  taAAA-CTTGT-TAA-CAGGA-GCAT--TTAA---CCTCACT--C-T-T---T-----T---C-C-T------A--T--C-GTCACATCATAAtaacaa
gi|63324                      :   tAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GAAC--CAAA---CCTCGAT--C-T-C---T-----C---C-C-C------A--C--C-GTCACATTATAa
gi|63336                      :  taAAC-CAAGT-TTA-CGGTT-GCGC--CCAA---ACTCACA--C-T-T---T-----C---T-T-C------G--T--C-GTCACATCATAAAACcaa
gi|63335                      :  taAAC-CTGAT-AAA-CGGGT-GCAC--CCAA---TCTCGCC--C-T-T---------C---T-C-----------T--T-GTCATaa
gi|63313                      :  taAAC-CTCGT-TAA-CGGAT-GCAC--TTGA---CCTCGCT--C-T-C---T-----C---C-C-C------G--G--CTGTCACATAATAAAACcaattcatcagatga
gi|63426                      :  taAAC-CTGGT-TAA-CGGTT-ATAC--CTTA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C-----C-T------G--T--C-ATTGCATCATAAAAC
gi|63359                      :    AAC-CTGCT-GAA-CGGTT--CAA--CCAA---TCTCGCT--T-T-T---C-----C-----C-C------A--T--C-GTCATATAACAAGACga
gi|63315                      :  taAAC-ATGAT-TAA-CGTAT-GTAC--CTAA---CCTCGCT--C-T-T---G-----G---C-C-A------G--T--C-GTTACATCATAAAACga
gi|63429                      :  taAAC-CTTGT-TAA-CTGGT-GCAA--CCAA---TCTTACT--C-T-T---C-----C-----C-A------G--T--C-ATCAAATTATAAAACga
gi|63344                      :    AACTCTGGT-TAAACAGCT-TTA-----AA---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACATCAAAAGACg
gi|63308                      :  taAAC-CTGTT-TAT-CGGAT-GTAT--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----G---C-T-C------G--T--C-GTCAga
gi|63380                      :  taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC--CCAA---CCTTGTT--C-T-C---T-----C---C-C-T------G--T--C-GTCGCTTTATA
gi|63325                      :   aAAC-CTGGC-TTA-CAGAT-GTAC--CCAA---CCATGTT--C-T-C---T-----C---C-C-T------G--T--C-GTCACATTATAcaacaa
gi|63357                      :  taAAC-ATGGT-TAA-CGGGT-GCATAACAATAAGCCTTGTT--C-T-T---T-----C---C-T-C------G--T--C-GTTACATCGTcgacaa
gi|63350                      :  taAAC-CTGGT-TTA-CAGTT-GCAC--ATAA---TCTCACT--C-T-T---T-----A---C-C-G------G--T--C-ATCATATCATtaaaa
gi|63327                      :  taAAC-CTGGC-TTA-CCGAT-GTAC--TCAA---CCTTGTT--C-T-C---T-----C---C-C-T------G--T--C-GTCACATTAtaaaacg
gi|63354                      :  taAAC-CTGAT-AAA-CCGGT-GCTT--TCAA---CCTTGCT--C-T-TG--C-----C---T-C----------------G-CACATCATAAAAC
gi|63433                      :   taAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC--CCAA---CCTCGAT--C-T-T---C-----T---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAAga
gi|63322                      :     AC-CTGGC-TTA-CGGAG-GCAC--CCAA---ACTCGTT--C-T-C---T-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACATTATA
gi|63323                      :  tatAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GCAC--CAAA---ACTCGCT--C-T-C---T-----C---C-C-T------G--T--C-GTCACATTATAcgacaa
gi|63436                      :   tatC-CTG-T-TAA-CAGGT-GCAT--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACAAAATAAcgacaa
gi|63435                      :      C-CTAGT-TAA-TGGGT-CCAC--ACAA---CCTCGCT--C-TGT---C-----C---T---C------G--T--C-GTCACATCATAAaa
gi|63389                      :      C-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C--CCAA---CCTCGTT--C-T-T-------------T-C-C------GAGT--C-GTCATATCATaa
gi|63437                      :   aatC-CTGGT-TAT-CGGAT-GCAC--CCAA---CCTCGCTCAC-T-C---C-----C---T-T-G------G--T----GTTACATCATAtagacga
gi|63383                      :      C-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C--CCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---C-G-C------G--T--C-GCAATATCATtaacga
gi|63391                      :   aatC-CTAGT-TAA-CTGAT-GT-C--TCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---T-G-C------G--T--C-GCCATATCATtagacga
gi|63390                      :   aatC-CTGGT-TTA-TGGAT-GT-C--CCAA---TCTCGCT--C-T-T---T-----T---C-T-C------G--T--C-GCCATATCATtagacga
gi|63438                      :  aaatC-TTGGTGTA---GAGT-GTAC--CAAA---CCTCGCT--C-T-T---C-----T---C-C-T------G--T--C-AGCACATCATAAAACtagacga
gi|63440                      :       -CTGGC-TAA-TGGAT-GCAC--CCAT---CCTCGCT--C-T-T---C-----C---T-C-C------A--T--C-GTCATATCATAATACga
gi|63353                      :       -CTGAT-TTA-CGGGT-GGAA--CAAA---CCTCGTT--C-T-T---T-----C---C-C-CTTTCATG--T--T-GTCACACCATAAAAC
gi|63443                      :    taagtTGGT-TAG-CTGGT-ATAA--CCAA---CCTCGCC--T-T-T---T-----T---C-C-C------G--T--C-GTCATATCATAaa
gi|63326                      :          GGC-TTA-CGGAT-GCAC--CCAA---CCTTGTT--C-T-C---T-----C---C-C-C------A--T--C-GTC---TCATTATACggacaa
gi|63345                      :   taaacagGGT-TAA-CGG-T-GCAT--CAGA---CCTCACT--C-T-T---C-----C---C-CGT------G--T--T-GTGACATCATAAAACgacaa
gi|63396                      :    taaattgGT-TAA-CGA-T-GCAT--CTAA---CCTCGCT--C-T-CTTCC-----C---T-C-CC-----A--T--C-ATCACATCATAAAACga
gi|63446                      :      aaacgtT-TAA-CGGGT-GTAC--TTAA---CATCGCT--A-T-T---T-----T---C-C-T------G--T--T-GTCATATCATAAAACga
gi|63450                      :                    GGT-GC-T--TCAA---CCTCGCT--C-T-T---T-----C---C-C-C------G--T--C-GTCACATCATAAAACga
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|63337 ): TAAACCTAGTTAAGGGTATACTCAACCTTGTTCTTTCCCCGTAGCCATCTCATAAGACG
Unaligned ( gi|63338 ): TAAACCTAGTTAAGGGGTGTAGTCAACCACGTCCTTTCCCCGTCGCCATCTTATAAGACG
Unaligned ( gi|63348 ): TAAGCCGGGTTAAGGGATGTATCCAACCTCGCGCTTTCTTCGTCATCACATCAATAGACGA
Unaligned ( gi|63355 ): TAAACCTGACTTACTGGCGCACAGAGCCTTGCTCTTGTCCCGTCGTCACATCACAAAA
Unaligned ( gi|63339 ): TAAACCTCGTTAAGGGTGTACTCAGCCACGCCCTTTTCCCCGTCGCCATCTCACAAACCGA






Alignments
lowQualScore                  :           0     0   0     0    0    0000        0 11  11111 0 111 111 111111   0    000     0   1  
lowQualScore                  :           .     .   .     .    .    ....        . ..  ..... . ... ... ......   .    ...     .   .  
lowQualScore                  :           4     4   4     4    4    9999        8 00  44444 4 333 888 222222   4    777     9   0  
consensus                     :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
Reference ( family-214 )      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
gi|63291                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCGC-CCAG----CCTCACTC-T--TC-----T-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAA
gi|63292                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGCA-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-C---C---C------GTT-GTCA---CATCA-TAATACaga
gi|63293                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCGCGCCC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCA-TAAga
gi|63294                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCA-TAAAGCa
gi|63295                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CTTA----CCTCGCTCTT--TC-----C-C---C---C------GAC-GTCA---AATCT-TAAGAC
gi|63296                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCga
gi|63297                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-TCAC-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---CCGAC------GAC-GTCA---TATCA-TAA
gi|63298                      :      taAAC-CTGGT-GAA-CAGGT-TCAC-AAAA----CCTTGCTC-T--TT-----C-T---CCGAC------GAC-GTCA---TATCA-TAAa
gi|63299                      :      taAAC-CTGTT-GTA-CGGCT-TCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACa
gi|63300                      :      taAAC-CTGGT-GTA-CGGCT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------ATC-GTCA---CATCA-Tga
gi|63302                      :      taAAT-CTGGT-TAA-CGGAT-GAAG-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----T-G---C---C------GTC-GTCA---CATCA-CAAGAC
gi|63303                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CATCGCTC-T--TA-----T-C---C---C------GTC-GCCA---TATTA-TAACACga
gi|63304                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----G-C---T---C------GTC-GTCA---TGTTA-Tg
gi|63305                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CGGGG-GCAC-CCAA----CCTTGCTC-T--TT-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TATTA-T
gi|63306                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CAGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----A-C---T---C------ATC-GTCA---TATTA-T
gi|63307                      :      taAAC-CACGT-TAT-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTA-T--TC-----C-C---C---T------GTC-GTCA---TA
gi|63308                      :      taAAC-CTGTT-TAT-CGGAT-GTAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----G-C---T---C------GTC-GTCA---
gi|63313                      :      taAAC-CTCGT-TAA-CGGAT-GCAC-TTGA----CCTCGCTC-T--CT-----C-C---C---C------GGCTGTCA---CATAA-TAAAAC
gi|63314                      :      taAAC-CTGAT-TTA-CGGGT-GTAC-CCAA----CTTCGCTT-T--TC-----CTC---C---C------GTC-ATCA---AATCA-CAGAAC
gi|63315                      :      taAAC-ATGAT-TAA-CGTAT-GTAC-CTAA----CCTCGCTC-T--TG-----G-C---C---A------GTC-GTTA---CATCA-TAAAACga
gi|63317                      :      taAAC-C-GAT-AAA-CGGGT-GCAA-CCGA----CCTCGCTC-T--AA-----C-C---C---C------ATT-GTCA---CATCA-TAAAACga
gi|63318                      :     taaAAC-ATGGC-TAA-CGAGT-CCAC-CCAA----CCTAGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---TATCA-Tga
gi|63319                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---T---T------GTC-GTCA---CATCA-TACGAC
gi|63320                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACaa
gi|63321                      :      taAAC-CTGAC-TTA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----T-T---C---C------GTC-GTCA---CATTA-TAaa
gi|63322                      :       taAC-CTGGC-TTA-CGGAG-GCAC-CCAA----ACTCGTTC-T--CT-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATTA-TACGACcaagcg
gi|63323                      :      tatAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GCAC-CAAA----ACTCGCTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACaa
gi|63324                      :     tatAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GAAC-CAAA----CCTCGATC-T--CT-----C-C---C---C------ACC-GTCA---CATTA-TAaa
gi|63325                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CAGAT-GTAC-CCAA----CCATGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACcaa
gi|63326                      :            taGGC-TTA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---C------ATC-GTCT---CATTA-TACGACaa
gi|63327                      : taaacagAAC-CTGGC-TTA-CCGAT-GTAC-TCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-aa
gi|63332                      :      taAAC-CTTGA-TAA-TGGAT-GCAC-CCAA----TCTCGCTC-TC-TCCCCGGC-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAG
gi|63333                      :      taAAC-CTTGT-TGA-CGTGT-ACAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TG-----C-T---T---C------GCC-ATCA---TATCA-TAAGAC
gi|63334                      :      taAAC-ATGAT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAC----TCTCGCCC-T--TC-----C-C---C---T------GTC-ATCA---CACCA-TGAGaa
gi|63335                      :      taAAC-CTGAT-AAA-CGGGT-GCAC-CCAA----TCTCGCCC-T--TC-----T-C---T---T------GTC-ATCAATTCATCA-
gi|63336                      :      taAAC-CAAGT-TTA-CGGTT-GCGC-CCAA----ACTCACAC-T--TT-----C-T---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACgatga
gi|63337                      :      taAAC-CTAGT-TAA--GGGT-ATAC-TCAA----CCTTGTTC-T--TT-----C-C---C---C------GTA-GCCA---TCTCA-TAAGACaa
gi|63338                      :      taAAC-CTAGT-TAA-GGGGT-GTAG-TCAA----CCACGTCC-T--TT-----C-C---C---C------GTC-GCCA---TCTTA-TAAGACg
gi|63339                      :      taAAC-CTCGT-TAA--GGGT-GTAC-TCAG----CCACGCCC-T--TTT----C-C---C---C------GTC-GCCA---TCTCA-CAAg
gi|63343                      :      taAAC-CTGAT-TAA-CAGGT-GCGC---GA----CCTCACTC-T--TC-----C-C---T---C------GTC-ACCA---TAGCA-TAAAACaccga
gi|63344                      :      taAACTCTGGT-TAAACAGCT-TTA----AA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-AAAGACaa
gi|63345                      :            taGGT-TAA-CGG-T-GCAT-CAGA----CCTCACTC-T--TC-----C-C---CG--T------GTT-GTGA---CATCA-TAAAACga
gi|63346                      : taaattgAAA-CTTGT-TAA-CAGGA-GCAT-TTAA----CCTCACTC-T--TT-----T-C---C---T------ATC-GTCA---CATCA-TAAga
gi|63347                      :       tAAC-CTGGT-TTA-CGGAT-ACAC-ATTA----TCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------TTG-GTTA---TATCA-TATAACa
gi|63348                      :      taAGC-CGGGT-TAA-GGGAT-GTAT-CCAA----CCTCGCGC-T--TT-----C-T---T---C------GTC-ATCA---CATCA-aa
gi|63349                      :      taAGC-CTGGT-TTA-CGTGT-GCAT-CCAG----CCTCACTC-T--TT-----T-C---C---C------AGC-GTCA---CATTA-atagacga
gi|63350                      :      taAAC-CTGGT-TTA-CAGTT-GCAC-ATAA----TCTCACTC-T--TT-----A-C---C---G------GTC-ATCA---TATCATTAAAACaa
gi|63351                      :      taAAC-CTGGT-AAA-CGAATTGCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GTA-GTCA---C-CCC-TAACACg
gi|63353                      :         ta-CTGAT-TTA-CGGGT-GGAA-CAAA----CCTCGTTC-T--TT-----C-C---C---CTTTCATGTT-GTCA---CACCA-TAAAACg
gi|63354                      :   taagtAAC-CTGAT-AAA-CCGGT-GCTT-TCAA----CCTTGCTC-T--TG-----C-C---T---C------G-----CA---CATCA-TAAAACaa
gi|63355                      :      taAAC-CTGAC-TTA-CTGGC-GCAC-AGAG----CCTTGCTC-T--TG-----T-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-CAAAga
gi|63356                      :      taAAC-CTGGT-TTA-CTAAT-GCAA-CCAA----CCTCGCTC----TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATC
gi|63357                      :      tgAAC-ATGGT-TAA-CGGGT-GCATAACAATAAGCCTTGTTC-T--TT-----C-C---T---C------GTC-GTTA---CATCGTTAAA
gi|63358                      :      taAAC-ATGAC-TAA-CGGGT-GCAA-CTAT----CCTCGCCC-T--TT-----T-CAGTC---C-------TC-GTCA---CATCA-TAAC
gi|63379                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TAtga
gi|63380                      :       aAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCG---CTTTA-TACAAC
gi|63383                      :         aC-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---G---C------GTC-GCAA---TATCA-TTAGACaa
gi|63384                      :     aatAAC-ATAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---G---A------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63389                      :         aC-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAA----CCTCGTTC-T--TT-----C-C---G---A------GTC-GTCA---TATCA-TTAGACga
gi|63390                      :       aatC-CTGGT-TTA-TGGAT-GT-C-CCAA----TCTCGCTC-T--TT-----T-C---T---C------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63391                      :      aaatC-CTAGT-TAA-CTGAT-GT-C-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---G---C------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63395                      :     aatAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-ACAC-GCAA----CCTCGCTC-G--TC-----C-C---C---C------GCC-ATCA---TAga
gi|63396                      :              aGT-TAA-CGA-T-GCAT-CTAA----CCTCGCTC-TCTTC-----C-CTC-C---C------ATC-ATCA---CATCA-TAAAAC
gi|63402                      :  aaacgtAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATACga
gi|63403                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63404                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAA
gi|63405                      :        AAC-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63406                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63407                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63408                      :        AAC-CTTGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCCCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GCCA---TATCA-TAATAC
gi|63409                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CTTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63410                      :        AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC-CCAG----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-T
gi|63411                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTT-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63412                      :        AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC-CCAG----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------AAC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63413                      :        AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63414                      :        AAC-CTGGC-GAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63415                      :        AAT-CTGGC-TAA-CAGGT-ACAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-ATCA---TATCA-TAATAC
gi|63416                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTT-T--TC-----C-T---C---C------ATT-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63417                      :        AAC-CTGGT-TAA-TGGGT-GCAC-CCAT----CATCGCTC-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63418                      :        AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GCCA---TATCA-TAATAC
gi|63419                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----TCTCGCTC-T--TC-----C-T---T---C------ATC-GTCA---TATAA-TAATAC
gi|63420                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GTAC-CCAT----CCTCGCTT-T--AC-----C-G---C---C------ATC-ATCA---TATCA-TAATAC
gi|63422                      :        AAG-CTGGT-TAA-TGGAT-GCGC-TCAA----CCTCGCTC-T--TA-----C-C---C---C------GGC-GTCA---CATCA-TAAAAC
gi|63423                      :        AAC-CTAGT-TAA-CGGGT-GAAC-CCAA----CCTCGTTC-T--TC-----C-C---C---C------GTA-GTCA---TTTAA-TAAAACaa
gi|63424                      :        AAC-CTGGT-TAC-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTA-T--TC-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TATTA-Tga
gi|63425                      :        AAC-CTGGT-TAT-TGGAT-GAAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TGTTA-TTAAAC
gi|63426                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGTT-ATAC-CTTA----CCTCGCTC-T--T------T-C---C---T------GTC-ATTG---CATCA-TAAAAC
gi|63427                      :        AAC-CTGTT-TAA-CGATT--CAC-ACAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-A---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACga
gi|63428                      :        AAC-CTGAT-TAA-CATGT-GTAT-ACAA----TTTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-ATCA---TATCG-TTAAACga
gi|63429                      :        AAC-CTTGT-TAA-CTGGT-GCAA-CCAA----TCTTACTC-T--T------C-C---C---A------GTC-ATCA---AATTA-TAAAACaa
gi|63433                      :         AC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGATC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAAg
gi|63435                      :          C-CTAGT-TAA-TGGGT-CCAC-ACAA----CCTCGCTC-T--GT-----C-C---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAA
gi|63436                      :          C-CTG-T-TAA-CAGGT-GCAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CAAAA-TAAA
gi|63437                      :          C-CTGGT-TAT-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTCAC--TC-----C-C---T---T------GGT-GTTA---CATCA-TATAAC
gi|63438                      :          C-TTGGTGTA---GAGT-GTAC-CAAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-C---C---T------GTC-AGCA---CATCA-TAAAACga
gi|63440                      :           -CTGGC-TAA-TGGAT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATACga
gi|63443                      :             TGGT-TAG-CTGGT-ATAA-CCAA----CCTCGCCT-T--TT-----T-C---C---C------GTC-GTCA---TATCA-TAGGAC
gi|63446                      :                T-TAA-CGGGT-GTAC-TTAA----CATCGCTA-T--TT-----T-C---C---T------GTT-GTCA---TATCA-TAAAACaa
gi|63450                      :                        GGT-GC-T-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|63359 ): TAAACCTGCTGAACGGTTCAACCAATCTCGCTTTTCCCCATCGTCATATAACAAGACGA






Alignments
lowQualScore                  :           0     0   0     0    0    0000        0 11  11111 0 111 111 111111   0    000     0   1  
lowQualScore                  :           .     .   .     .    .    ....        . ..  ..... . ... ... ......   .    ...     .   .  
lowQualScore                  :           4     4   4     4    4    9999        8 00  44444 4 333 888 222222   4    777     9   0  
consensus                     :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
Reference ( family-214 )      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
gi|63291                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCGC-CCAG----CCTCACTC-T--TC-----T-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAA
gi|63292                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGCA-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-C---C---C------GTT-GTCA---CATCA-TAATACaga
gi|63293                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCGCGCCC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCA-TAAga
gi|63294                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCA-TAAAGCa
gi|63295                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CTTA----CCTCGCTCTT--TC-----C-C---C---C------GAC-GTCA---AATCT-TAAGAC
gi|63296                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCga
gi|63297                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-TCAC-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---CCGAC------GAC-GTCA---TATCA-TAA
gi|63298                      :      taAAC-CTGGT-GAA-CAGGT-TCAC-AAAA----CCTTGCTC-T--TT-----C-T---CCGAC------GAC-GTCA---TATCA-TAAa
gi|63299                      :      taAAC-CTGTT-GTA-CGGCT-TCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACa
gi|63300                      :      taAAC-CTGGT-GTA-CGGCT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------ATC-GTCA---CATCA-Tga
gi|63302                      :      taAAT-CTGGT-TAA-CGGAT-GAAG-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----T-G---C---C------GTC-GTCA---CATCA-CAAGAC
gi|63303                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CATCGCTC-T--TA-----T-C---C---C------GTC-GCCA---TATTA-TAACACga
gi|63304                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----G-C---T---C------GTC-GTCA---TGTTA-Tg
gi|63305                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CGGGG-GCAC-CCAA----CCTTGCTC-T--TT-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TATTA-T
gi|63306                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CAGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----A-C---T---C------ATC-GTCA---TATTA-T
gi|63307                      :      taAAC-CACGT-TAT-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTA-T--TC-----C-C---C---T------GTC-GTCA---TA
gi|63308                      :      taAAC-CTGTT-TAT-CGGAT-GTAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----G-C---T---C------GTC-GTCA---
gi|63313                      :      taAAC-CTCGT-TAA-CGGAT-GCAC-TTGA----CCTCGCTC-T--CT-----C-C---C---C------GGCTGTCA---CATAA-TAAAAC
gi|63314                      :      taAAC-CTGAT-TTA-CGGGT-GTAC-CCAA----CTTCGCTT-T--TC-----CTC---C---C------GTC-ATCA---AATCA-CAGAAC
gi|63315                      :      taAAC-ATGAT-TAA-CGTAT-GTAC-CTAA----CCTCGCTC-T--TG-----G-C---C---A------GTC-GTTA---CATCA-TAAAACga
gi|63317                      :      taAAC-C-GAT-AAA-CGGGT-GCAA-CCGA----CCTCGCTC-T--AA-----C-C---C---C------ATT-GTCA---CATCA-TAAAACga
gi|63318                      :     taaAAC-ATGGC-TAA-CGAGT-CCAC-CCAA----CCTAGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---TATCA-Tga
gi|63319                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---T---T------GTC-GTCA---CATCA-TACGAC
gi|63320                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACaa
gi|63321                      :      taAAC-CTGAC-TTA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----T-T---C---C------GTC-GTCA---CATTA-TAaa
gi|63322                      :       taAC-CTGGC-TTA-CGGAG-GCAC-CCAA----ACTCGTTC-T--CT-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATTA-TACGACcaagcg
gi|63323                      :      tatAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GCAC-CAAA----ACTCGCTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACaa
gi|63324                      :     tatAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GAAC-CAAA----CCTCGATC-T--CT-----C-C---C---C------ACC-GTCA---CATTA-TAaa
gi|63325                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CAGAT-GTAC-CCAA----CCATGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACcaa
gi|63326                      :            taGGC-TTA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---C------ATC-GTCT---CATTA-TACGACaa
gi|63327                      : taaacagAAC-CTGGC-TTA-CCGAT-GTAC-TCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-aa
gi|63332                      :      taAAC-CTTGA-TAA-TGGAT-GCAC-CCAA----TCTCGCTC-TC-TCCCCGGC-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAG
gi|63333                      :      taAAC-CTTGT-TGA-CGTGT-ACAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TG-----C-T---T---C------GCC-ATCA---TATCA-TAAGAC
gi|63334                      :      taAAC-ATGAT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAC----TCTCGCCC-T--TC-----C-C---C---T------GTC-ATCA---CACCA-TGAGaa
gi|63335                      :      taAAC-CTGAT-AAA-CGGGT-GCAC-CCAA----TCTCGCCC-T--TC-----T-C---T---T------GTC-ATCAATTCATCA-
gi|63336                      :      taAAC-CAAGT-TTA-CGGTT-GCGC-CCAA----ACTCACAC-T--TT-----C-T---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACgatga
gi|63337                      :      taAAC-CTAGT-TAA--GGGT-ATAC-TCAA----CCTTGTTC-T--TT-----C-C---C---C------GTA-GCCA---TCTCA-TAAGACaa
gi|63338                      :      taAAC-CTAGT-TAA-GGGGT-GTAG-TCAA----CCACGTCC-T--TT-----C-C---C---C------GTC-GCCA---TCTTA-TAAGACg
gi|63339                      :      taAAC-CTCGT-TAA--GGGT-GTAC-TCAG----CCACGCCC-T--TTT----C-C---C---C------GTC-GCCA---TCTCA-CAAg
gi|63343                      :      taAAC-CTGAT-TAA-CAGGT-GCGC---GA----CCTCACTC-T--TC-----C-C---T---C------GTC-ACCA---TAGCA-TAAAACaccga
gi|63344                      :      taAACTCTGGT-TAAACAGCT-TTA----AA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-AAAGACaa
gi|63345                      :            taGGT-TAA-CGG-T-GCAT-CAGA----CCTCACTC-T--TC-----C-C---CG--T------GTT-GTGA---CATCA-TAAAACga
gi|63346                      : taaattgAAA-CTTGT-TAA-CAGGA-GCAT-TTAA----CCTCACTC-T--TT-----T-C---C---T------ATC-GTCA---CATCA-TAAga
gi|63347                      :       tAAC-CTGGT-TTA-CGGAT-ACAC-ATTA----TCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------TTG-GTTA---TATCA-TATAACa
gi|63348                      :      taAGC-CGGGT-TAA-GGGAT-GTAT-CCAA----CCTCGCGC-T--TT-----C-T---T---C------GTC-ATCA---CATCA-aa
gi|63349                      :      taAGC-CTGGT-TTA-CGTGT-GCAT-CCAG----CCTCACTC-T--TT-----T-C---C---C------AGC-GTCA---CATTA-atagacga
gi|63350                      :      taAAC-CTGGT-TTA-CAGTT-GCAC-ATAA----TCTCACTC-T--TT-----A-C---C---G------GTC-ATCA---TATCATTAAAACaa
gi|63351                      :      taAAC-CTGGT-AAA-CGAATTGCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GTA-GTCA---C-CCC-TAACACg
gi|63353                      :         ta-CTGAT-TTA-CGGGT-GGAA-CAAA----CCTCGTTC-T--TT-----C-C---C---CTTTCATGTT-GTCA---CACCA-TAAAACg
gi|63354                      :   taagtAAC-CTGAT-AAA-CCGGT-GCTT-TCAA----CCTTGCTC-T--TG-----C-C---T---C------G-----CA---CATCA-TAAAACaa
gi|63355                      :      taAAC-CTGAC-TTA-CTGGC-GCAC-AGAG----CCTTGCTC-T--TG-----T-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-CAAAga
gi|63356                      :      taAAC-CTGGT-TTA-CTAAT-GCAA-CCAA----CCTCGCTC----TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATC
gi|63357                      :      tgAAC-ATGGT-TAA-CGGGT-GCATAACAATAAGCCTTGTTC-T--TT-----C-C---T---C------GTC-GTTA---CATCGTTAAA
gi|63358                      :      taAAC-ATGAC-TAA-CGGGT-GCAA-CTAT----CCTCGCCC-T--TT-----T-CAGTC---C-------TC-GTCA---CATCA-TAAC
gi|63379                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TAtga
gi|63380                      :       aAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCG---CTTTA-TACAAC
gi|63383                      :         aC-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---G---C------GTC-GCAA---TATCA-TTAGACaa
gi|63384                      :     aatAAC-ATAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---G---A------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63389                      :         aC-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAA----CCTCGTTC-T--TT-----C-C---G---A------GTC-GTCA---TATCA-TTAGACga
gi|63390                      :       aatC-CTGGT-TTA-TGGAT-GT-C-CCAA----TCTCGCTC-T--TT-----T-C---T---C------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63391                      :      aaatC-CTAGT-TAA-CTGAT-GT-C-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---G---C------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63395                      :     aatAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-ACAC-GCAA----CCTCGCTC-G--TC-----C-C---C---C------GCC-ATCA---TAga
gi|63396                      :              aGT-TAA-CGA-T-GCAT-CTAA----CCTCGCTC-TCTTC-----C-CTC-C---C------ATC-ATCA---CATCA-TAAAAC
gi|63402                      :  aaacgtAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATACga
gi|63403                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63404                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAA
gi|63405                      :        AAC-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63406                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63407                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63408                      :        AAC-CTTGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCCCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GCCA---TATCA-TAATAC
gi|63409                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CTTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63410                      :        AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC-CCAG----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-T
gi|63411                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTT-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63412                      :        AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC-CCAG----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------AAC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63413                      :        AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63414                      :        AAC-CTGGC-GAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63415                      :        AAT-CTGGC-TAA-CAGGT-ACAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-ATCA---TATCA-TAATAC
gi|63416                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTT-T--TC-----C-T---C---C------ATT-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63417                      :        AAC-CTGGT-TAA-TGGGT-GCAC-CCAT----CATCGCTC-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63418                      :        AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GCCA---TATCA-TAATAC
gi|63419                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----TCTCGCTC-T--TC-----C-T---T---C------ATC-GTCA---TATAA-TAATAC
gi|63420                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GTAC-CCAT----CCTCGCTT-T--AC-----C-G---C---C------ATC-ATCA---TATCA-TAATAC
gi|63422                      :        AAG-CTGGT-TAA-TGGAT-GCGC-TCAA----CCTCGCTC-T--TA-----C-C---C---C------GGC-GTCA---CATCA-TAAAAC
gi|63423                      :        AAC-CTAGT-TAA-CGGGT-GAAC-CCAA----CCTCGTTC-T--TC-----C-C---C---C------GTA-GTCA---TTTAA-TAAAACaa
gi|63424                      :        AAC-CTGGT-TAC-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTA-T--TC-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TATTA-Tga
gi|63425                      :        AAC-CTGGT-TAT-TGGAT-GAAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TGTTA-TTAAAC
gi|63426                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGTT-ATAC-CTTA----CCTCGCTC-T--T------T-C---C---T------GTC-ATTG---CATCA-TAAAAC
gi|63427                      :        AAC-CTGTT-TAA-CGATT--CAC-ACAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-A---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACga
gi|63428                      :        AAC-CTGAT-TAA-CATGT-GTAT-ACAA----TTTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-ATCA---TATCG-TTAAACga
gi|63429                      :        AAC-CTTGT-TAA-CTGGT-GCAA-CCAA----TCTTACTC-T--T------C-C---C---A------GTC-ATCA---AATTA-TAAAACaa
gi|63433                      :         AC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGATC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAAg
gi|63435                      :          C-CTAGT-TAA-TGGGT-CCAC-ACAA----CCTCGCTC-T--GT-----C-C---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAA
gi|63436                      :          C-CTG-T-TAA-CAGGT-GCAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CAAAA-TAAA
gi|63437                      :          C-CTGGT-TAT-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTCAC--TC-----C-C---T---T------GGT-GTTA---CATCA-TATAAC
gi|63438                      :          C-TTGGTGTA---GAGT-GTAC-CAAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-C---C---T------GTC-AGCA---CATCA-TAAAACga
gi|63440                      :           -CTGGC-TAA-TGGAT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATACga
gi|63443                      :             TGGT-TAG-CTGGT-ATAA-CCAA----CCTCGCCT-T--TT-----T-C---C---C------GTC-GTCA---TATCA-TAGGAC
gi|63446                      :                T-TAA-CGGGT-GTAC-TTAA----CATCGCTA-T--TT-----T-C---C---T------GTT-GTCA---TATCA-TAAAACaa
gi|63450                      :                        GGT-GC-T-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACga


blockSeqs                     :                                                       CCCGG   AGT CGA TTTCAT                    T
blockSeqs                     :                                                       T       TC  CGA .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   G   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         C
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         C
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         C
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         T
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         G
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                         A
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          
blockSeqs                     :                                                       .       .   .   .                          


blockSeqCons                  :        
originalCons                  :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
finalCons                     :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|63359 ): TAAACCTGCTGAACGGTTCAACCAATCTCGCTTTTCCCCATCGTCATATAACAAGACGA






Alignments
lowQualScore                  :           0     0   0     0    0    0000        0 11  11111 0 111 111 111111   0    000     0   1  
lowQualScore                  :           .     .   .     .    .    ....        . ..  ..... . ... ... ......   .    ...     .   .  
lowQualScore                  :           4     4   4     4    4    9999        8 00  44444 4 333 888 222222   4    777     9   0  
consensus                     :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
Reference ( family-214 )      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAANAC
gi|63291                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCGC-CCAG----CCTCACTC-T--TC-----T-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAA
gi|63292                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGCA-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-C---C---C------GTT-GTCA---CATCA-TAATACaga
gi|63293                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCGCGCCC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCA-TAAga
gi|63294                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCA-TAAAGCa
gi|63295                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CTTA----CCTCGCTCTT--TC-----C-C---C---C------GAC-GTCA---AATCT-TAAGAC
gi|63296                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GAC-GTCA---TATCga
gi|63297                      :      taAAG-CTGGT-TAA-CAGGT-TCAC-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---CCGAC------GAC-GTCA---TATCA-TAA
gi|63298                      :      taAAC-CTGGT-GAA-CAGGT-TCAC-AAAA----CCTTGCTC-T--TT-----C-T---CCGAC------GAC-GTCA---TATCA-TAAa
gi|63299                      :      taAAC-CTGTT-GTA-CGGCT-TCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACa
gi|63300                      :      taAAC-CTGGT-GTA-CGGCT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------ATC-GTCA---CATCA-Tga
gi|63302                      :      taAAT-CTGGT-TAA-CGGAT-GAAG-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----T-G---C---C------GTC-GTCA---CATCA-CAAGAC
gi|63303                      :      taAAC-CTGGT-TAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CATCGCTC-T--TA-----T-C---C---C------GTC-GCCA---TATTA-TAACACga
gi|63304                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----G-C---T---C------GTC-GTCA---TGTTA-Tg
gi|63305                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CGGGG-GCAC-CCAA----CCTTGCTC-T--TT-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TATTA-T
gi|63306                      :      taAAC-CTGGT-TAT-CAGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----A-C---T---C------ATC-GTCA---TATTA-T
gi|63307                      :      taAAC-CACGT-TAT-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTA-T--TC-----C-C---C---T------GTC-GTCA---TA
gi|63308                      :      taAAC-CTGTT-TAT-CGGAT-GTAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----G-C---T---C------GTC-GTCA---
gi|63313                      :      taAAC-CTCGT-TAA-CGGAT-GCAC-TTGA----CCTCGCTC-T--CT-----C-C---C---C------GGCTGTCA---CATAA-TAAAAC
gi|63314                      :      taAAC-CTGAT-TTA-CGGGT-GTAC-CCAA----CTTCGCTT-T--TC-----CTC---C---C------GTC-ATCA---AATCA-CAGAAC
gi|63315                      :      taAAC-ATGAT-TAA-CGTAT-GTAC-CTAA----CCTCGCTC-T--TG-----G-C---C---A------GTC-GTTA---CATCA-TAAAACga
gi|63317                      :      taAAC-C-GAT-AAA-CGGGT-GCAA-CCGA----CCTCGCTC-T--AA-----C-C---C---C------ATT-GTCA---CATCA-TAAAACga
gi|63318                      :     taaAAC-ATGGC-TAA-CGAGT-CCAC-CCAA----CCTAGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---TATCA-Tga
gi|63319                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---T---T------GTC-GTCA---CATCA-TACGAC
gi|63320                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACaa
gi|63321                      :      taAAC-CTGAC-TTA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----T-T---C---C------GTC-GTCA---CATTA-TAaa
gi|63322                      :       taAC-CTGGC-TTA-CGGAG-GCAC-CCAA----ACTCGTTC-T--CT-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATTA-TACGACcaagcg
gi|63323                      :      tatAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GCAC-CAAA----ACTCGCTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACaa
gi|63324                      :     tatAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GAAC-CAAA----CCTCGATC-T--CT-----C-C---C---C------ACC-GTCA---CATTA-TAaa
gi|63325                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CAGAT-GTAC-CCAA----CCATGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TACGACcaa
gi|63326                      :            taGGC-TTA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---C------ATC-GTCT---CATTA-TACGACaa
gi|63327                      : taaacagAAC-CTGGC-TTA-CCGAT-GTAC-TCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-aa
gi|63332                      :      taAAC-CTTGA-TAA-TGGAT-GCAC-CCAA----TCTCGCTC-TC-TCCCCGGC-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAG
gi|63333                      :      taAAC-CTTGT-TGA-CGTGT-ACAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TG-----C-T---T---C------GCC-ATCA---TATCA-TAAGAC
gi|63334                      :      taAAC-ATGAT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAC----TCTCGCCC-T--TC-----C-C---C---T------GTC-ATCA---CACCA-TGAGaa
gi|63335                      :      taAAC-CTGAT-AAA-CGGGT-GCAC-CCAA----TCTCGCCC-T--TC-----T-C---T---T------GTC-ATCAATTCATCA-
gi|63336                      :      taAAC-CAAGT-TTA-CGGTT-GCGC-CCAA----ACTCACAC-T--TT-----C-T---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACgatga
gi|63337                      :      taAAC-CTAGT-TAA--GGGT-ATAC-TCAA----CCTTGTTC-T--TT-----C-C---C---C------GTA-GCCA---TCTCA-TAAGACaa
gi|63338                      :      taAAC-CTAGT-TAA-GGGGT-GTAG-TCAA----CCACGTCC-T--TT-----C-C---C---C------GTC-GCCA---TCTTA-TAAGACg
gi|63339                      :      taAAC-CTCGT-TAA--GGGT-GTAC-TCAG----CCACGCCC-T--TTT----C-C---C---C------GTC-GCCA---TCTCA-CAAg
gi|63343                      :      taAAC-CTGAT-TAA-CAGGT-GCGC---GA----CCTCACTC-T--TC-----C-C---T---C------GTC-ACCA---TAGCA-TAAAACaccga
gi|63344                      :      taAACTCTGGT-TAAACAGCT-TTA----AA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-AAAGACaa
gi|63345                      :            taGGT-TAA-CGG-T-GCAT-CAGA----CCTCACTC-T--TC-----C-C---CG--T------GTT-GTGA---CATCA-TAAAACga
gi|63346                      : taaattgAAA-CTTGT-TAA-CAGGA-GCAT-TTAA----CCTCACTC-T--TT-----T-C---C---T------ATC-GTCA---CATCA-TAAga
gi|63347                      :       tAAC-CTGGT-TTA-CGGAT-ACAC-ATTA----TCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------TTG-GTTA---TATCA-TATAACa
gi|63348                      :      taAGC-CGGGT-TAA-GGGAT-GTAT-CCAA----CCTCGCGC-T--TT-----C-T---T---C------GTC-ATCA---CATCA-aa
gi|63349                      :      taAGC-CTGGT-TTA-CGTGT-GCAT-CCAG----CCTCACTC-T--TT-----T-C---C---C------AGC-GTCA---CATTA-atagacga
gi|63350                      :      taAAC-CTGGT-TTA-CAGTT-GCAC-ATAA----TCTCACTC-T--TT-----A-C---C---G------GTC-ATCA---TATCATTAAAACaa
gi|63351                      :      taAAC-CTGGT-AAA-CGAATTGCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---C---C------GTA-GTCA---C-CCC-TAACACg
gi|63353                      :         ta-CTGAT-TTA-CGGGT-GGAA-CAAA----CCTCGTTC-T--TT-----C-C---C---CTTTCATGTT-GTCA---CACCA-TAAAACg
gi|63354                      :   taagtAAC-CTGAT-AAA-CCGGT-GCTT-TCAA----CCTTGCTC-T--TG-----C-C---T---C------G-----CA---CATCA-TAAAACaa
gi|63355                      :      taAAC-CTGAC-TTA-CTGGC-GCAC-AGAG----CCTTGCTC-T--TG-----T-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-CAAAga
gi|63356                      :      taAAC-CTGGT-TTA-CTAAT-GCAA-CCAA----CCTCGCTC----TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATC
gi|63357                      :      tgAAC-ATGGT-TAA-CGGGT-GCATAACAATAAGCCTTGTTC-T--TT-----C-C---T---C------GTC-GTTA---CATCGTTAAA
gi|63358                      :      taAAC-ATGAC-TAA-CGGGT-GCAA-CTAT----CCTCGCCC-T--TT-----T-CAGTC---C-------TC-GTCA---CATCA-TAAC
gi|63379                      :      taAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCA---CATTA-TAtga
gi|63380                      :       aAAC-CTGGC-TTA-CGGAT-GTAC-CCAA----CCTTGTTC-T--CT-----C-C---C---T------GTC-GTCG---CTTTA-TACAAC
gi|63383                      :         aC-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---G---C------GTC-GCAA---TATCA-TTAGACaa
gi|63384                      :     aatAAC-ATAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAT----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---G---A------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63389                      :         aC-CTAGT-TAA-TGGGT-GT-C-CCAA----CCTCGTTC-T--TT-----C-C---G---A------GTC-GTCA---TATCA-TTAGACga
gi|63390                      :       aatC-CTGGT-TTA-TGGAT-GT-C-CCAA----TCTCGCTC-T--TT-----T-C---T---C------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63391                      :      aaatC-CTAGT-TAA-CTGAT-GT-C-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-T---G---C------GTC-GCCA---TATCA-TTAGACga
gi|63395                      :     aatAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-ACAC-GCAA----CCTCGCTC-G--TC-----C-C---C---C------GCC-ATCA---TAga
gi|63396                      :              aGT-TAA-CGA-T-GCAT-CTAA----CCTCGCTC-TCTTC-----C-CTC-C---C------ATC-ATCA---CATCA-TAAAAC
gi|63402                      :  aaacgtAAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATACga
gi|63403                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63404                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAA
gi|63405                      :        AAC-CTGGT-TAA-CAGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63406                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63407                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63408                      :        AAC-CTTGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCCCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GCCA---TATCA-TAATAC
gi|63409                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CTTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63410                      :        AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC-CCAG----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-T
gi|63411                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTT-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63412                      :        AAC-CTGGA-TAA-CGGGT-GCAC-CCAG----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------AAC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63413                      :        AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63414                      :        AAC-CTGGC-GAA-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63415                      :        AAT-CTGGC-TAA-CAGGT-ACAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-ATCA---TATCA-TAATAC
gi|63416                      :        AAT-CTGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTT-T--TC-----C-T---C---C------ATT-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63417                      :        AAC-CTGGT-TAA-TGGGT-GCAC-CCAT----CATCGCTC-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATAC
gi|63418                      :        AAC-CAGGT-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----T-A---C---C------ATC-GCCA---TATCA-TAATAC
gi|63419                      :        AAC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAT----TCTCGCTC-T--TC-----C-T---T---C------ATC-GTCA---TATAA-TAATAC
gi|63420                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGGT-GTAC-CCAT----CCTCGCTT-T--AC-----C-G---C---C------ATC-ATCA---TATCA-TAATAC
gi|63422                      :        AAG-CTGGT-TAA-TGGAT-GCGC-TCAA----CCTCGCTC-T--TA-----C-C---C---C------GGC-GTCA---CATCA-TAAAAC
gi|63423                      :        AAC-CTAGT-TAA-CGGGT-GAAC-CCAA----CCTCGTTC-T--TC-----C-C---C---C------GTA-GTCA---TTTAA-TAAAACaa
gi|63424                      :        AAC-CTGGT-TAC-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGCTA-T--TC-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TATTA-Tga
gi|63425                      :        AAC-CTGGT-TAT-TGGAT-GAAC-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---T---C------GTC-GTCA---TGTTA-TTAAAC
gi|63426                      :        AAC-CTGGT-TAA-CGGTT-ATAC-CTTA----CCTCGCTC-T--T------T-C---C---T------GTC-ATTG---CATCA-TAAAAC
gi|63427                      :        AAC-CTGTT-TAA-CGATT--CAC-ACAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-A---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACga
gi|63428                      :        AAC-CTGAT-TAA-CATGT-GTAT-ACAA----TTTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-ATCA---TATCG-TTAAACga
gi|63429                      :        AAC-CTTGT-TAA-CTGGT-GCAA-CCAA----TCTTACTC-T--T------C-C---C---A------GTC-ATCA---AATTA-TAAAACaa
gi|63433                      :         AC-CTGGC-TAA-CGGGT-GCAC-CCAA----CCTCGATC-T--TC-----T-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAAg
gi|63435                      :          C-CTAGT-TAA-TGGGT-CCAC-ACAA----CCTCGCTC-T--GT-----C-C---T---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAA
gi|63436                      :          C-CTG-T-TAA-CAGGT-GCAT-CCAA----CCTCGCTC-T--TC-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CAAAA-TAAA
gi|63437                      :          C-CTGGT-TAT-CGGAT-GCAC-CCAA----CCTCGCTCAC--TC-----C-C---T---T------GGT-GTTA---CATCA-TATAAC
gi|63438                      :          C-TTGGTGTA---GAGT-GTAC-CAAA----CCTCGCTC-T--TC-----T-C---C---T------GTC-AGCA---CATCA-TAAAACga
gi|63440                      :           -CTGGC-TAA-TGGAT-GCAC-CCAT----CCTCGCTC-T--TC-----C-T---C---C------ATC-GTCA---TATCA-TAATACga
gi|63443                      :             TGGT-TAG-CTGGT-ATAA-CCAA----CCTCGCCT-T--TT-----T-C---C---C------GTC-GTCA---TATCA-TAGGAC
gi|63446                      :                T-TAA-CGGGT-GTAC-TTAA----CATCGCTA-T--TT-----T-C---C---T------GTT-GTCA---TATCA-TAAAACaa
gi|63450                      :                        GGT-GC-T-TCAA----CCTCGCTC-T--TT-----C-C---C---C------GTC-GTCA---CATCA-TAAAACga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|63359 ): TAAACCTGCTGAACGGTTCAACCAATCTCGCTTTTCCCCATCGTCATATAACAAGACGA