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Reference ( gi|32670 )        :                                                                         TTAAACGC----TTAC--TAA-TCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTCA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-AAAAC--CCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32629                      :                                                                         TTACACGCCAAATAAC--TAG-TCTGTAGAG--CGGTCC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAA-CTAGAA-A-TG------G-G------------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTG
gi|32630                      :    ctatcagtatcagaaaaaatggcgtcttcagcatcagtcacgtcgcagttatataaacgtagtactacaTTACACGCCAAATAAC--TAG-TCTGCAGAG--CGGACC--CATCTATC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAA-CTAGGA-A-TG------G-G------------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTGaatgacgt
gi|32631                      :    ctatcagtatcaggaaaaatggcgtctccagcatcagtcaagtcgcagttatgtaaacgtattactacaTTACACGCCAAATAAC--TAG-TATGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTC-----C--CAAA-TTGGGTCCGTAAA-CTAGGA-A-T----T-TG--------------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTGaatgacgt
gi|32635                      :    ctatcagtaccaagaaaaatggcgtcttcagcatcagtcatgtcgcagttatacaaacgcattactataTTACACGCCAAATAAC--TAG-TCTGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATaatgacat
gi|32632                      :     tatcagtatcaggaaaaatggtgtcttcagcatcagtcacgtcccggttatacaaacgtattactacaTTACACGCCAAATAAC--TAG-T-TGTAGAG--CGGGCC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAA-CTAAGA-A-TG------G-G------------ATTT-GACCACTTCGATTGGTCATTTGaaactagga
gi|32678                      : ctaccagtatcaggaattatgtcgtcttcagcatcagtcacgtcgcagttactacttattacgtattactacgTAACCAT----CTAG--TAAGTCTGTAGAA--CAAATC--CAACTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCATTAC-ATGGCA--------T-TG------------AGATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGCTaatgacgt
gi|32700                      :                                                                     acatgcAAAC-------TAT--TAG-TCTGCAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--A-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-G-T--------------------ACATTT-GAGCACATTGATTGGTCAATTG
gi|32699                      :                                                                                C----TAAC--TAG-TCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGCCCGTTAA-AGAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCATATTT-GAGCACGCTTATTGGTCAGTTG
gi|32715                      :                                                                               aa----TTAT--TAA-TCTGTATAA--CGGACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAT--CCATATTT-GAGCACGTTGGTTGGTCAGTTG
gi|32650                      :                                                                               aa----TCAC--TAG-CCTGTAGTA--CGGCCC--CAGGTCTC-----T--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ACTGCA-A-TG---T-TC-G-GAGTT--CTACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTTG
gi|32692                      :                                                      aaatgaattaacaacacttatattgaa----TTACCTTAG-TCTGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGATCTGTTAA-CTAGCA-ATTG---T--------AAC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32675                      :                                                                           caaata----TTAT--TAG-TCTGTAAAA--CAAATC--CAGATTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-CTAGCA----G---T-TG-G-------------TTT-GAGCACGCTGGTTAGTCAGTTG
gi|32718                      :                                                                        tacacgataacaagTAT--TAG-TCTGTGGTA--TGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGC--A-TG---T-TG-G-GTAAG--TCACATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32728                      :                                                                                    aaTAC--TAG-TCTGTGGAA--CGGACG--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG------G-----------CGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32732                      :                                                                                   ataTAA--TAG-TCTGTAGAA--CGAGCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCA-ACAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32691                      :                                                                                      aAC--TAG-TCTGTAGCA--CGGACC--TTGCTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCACATTT-GAGCATGTTGATTGGTCA
gi|32776                      :                                                                                 caaagaAC--TAG-TCTGTAGTG--TGGACC--AAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCATATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32777                      :                                                                                       AC--TAG-TCTGTAGAA--TGGACC--GAGCTCGC-----C--C-GA-TTGGGACCCTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAGAG--TCACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32730                      :                                                                                       AC--TAA-TCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTCTCGATT--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGAA-G-TG---T-TG-G-GAAAC--T----TTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32778                      :                                                                                    ataAC--TAG-TCTGTAGTA--CGGTCC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCTGTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCCCATTT-GAGCTCATTGATTGGTCAGTTG
gi|32734                      :                                                                                       AC--TAG-TCTGCAGAA--CGAGCC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCA-ATAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAATTG
gi|32656                      :                                                                                    ataAC--TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAA-ATAGCA-ATTG---T--------AAC-----------GAGCACAATGATTGGTCAGTTG
gi|32775                      :                                                                      tgttacacattactataAT--TAG-TCTGTAGAC--CGGACC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGATCCGTGAA-GCAGCA-A---------------------CACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32780                      :                                                                                       AT--TAG-TCTGTAGAA--CGAACT--CGGCTCTC-----C--C-GA-TTTTGTCCG-TCACATAGCA-A-TGACAT-TT-A-AG------CACTTTT-GTGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32782                      :                                                                                  aaataAC--TAG-TCTATGGAA--CGGACC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATTGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTAGCCAGTTG
gi|32747                      :                                                                                       AT--TAG-TCTGTAGAA--CAATCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCATGCTGATTGGTCATTTG
gi|32756                      :                                                                                     taAC--CAA-TCTATAGAA--TGGGCC--CAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTGC-ATAGCA-A------T-TG-A------------ATTT-GACAACGATGGTTGGTCAGTTG
gi|32800                      :                                                                                       aC--TAG-TCTGTAATA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGCTCCATTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-AAAAG--CCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTGtttcgattaaatgacgt
gi|32643                      :                                                                                        C--TAG-TCTGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-CTGGGTCCGTTCA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCGCATTT-GAGCACGTTAATTGGTCA
gi|32690                      :                                           gtcgaatggttataacatatgtgccatgatataaccatatgtcatC--TAG-TCTGTAAAG--CTGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-CTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCACATTT-GAGCACGATGATTGGTCAGTTG
gi|32796                      :                                                                                   caagtC--TAG-TCTGTAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAA-TTAGCA-A-TG---T-TA-G-GAAAA--CAGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32697                      :                                                                                        C--TAG-TCTGTAGTA--CGGACC--CATTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TT-A-AAAAG--CCACAATT-GAGCAAATTGATTGGTCAGTTG
gi|32792                      :                                                                                 cacatatC--CAG-CCTGTAGAA--CGGACC--CAGATCTT-----C--C-GA-TTAAGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAATG--CCGCATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32803                      :                                                                                        C--TAG-TTTTGAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-GTAGCA-A-TG---C-TG-G-GAAAG--TCCCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32799                      :                                                                                        C--TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCA-ATAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTGGTTAGTTGcat
gi|32642                      :                                                                                        C--TAG-TGTGTAGAA--CGGATCTCCAGCTCTC-----C--C-GG-TTGGATCCGTTAA-ACAGCA-A-TG---A-TG-A-ACAAA--ATATTTTT-GAGCACGTTAATTGGTCAGTTG
gi|32639                      :                                                 agtcatgcggttattctgcatactatacattactccagcC--TAG-TGTGTAGTT--CGGTCC--CAACTTTC-----C--C-GA-TTGCGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TA---AGAGCG-CCACATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGT
gi|32807                      :                                            agcataagtcctcacgtcgtctagccatgtactaccgacataagC--TAA-TCTGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTTCA-ATAGCA-ATTG---T--------AAC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAG
gi|32795                      :                                                                                        C--TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-CTAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTGgttaaagtttgaatgacgt
gi|32798                      :                                                                                        C--TAG-TCTGCAATA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTAC-ATAGCA-A-T---------G-A----------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTT
gi|32805                      :                                                                                        C--TAG-TCTGGAGAA--CAAACC--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ACAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32793                      :                                                                                        C--TAA-ACTGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----T--C-GC-TTGGGTCCGTT----------A-CA---T-TG-T-AA-----TCAGATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTT
gi|32674                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCTCATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGCTG
gi|32837                      :                                                                         tacataacatacaacg--TAG-TCTGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTAA-ATAGCA-A-AG---T-TG-G-GAAAG--CCACACTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGATG
gi|32835                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-AAG----CCACATTT-GAGCAAGTTAATTGGCCAGTTG
gi|32830                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ACAGCA-A-TG---A-TGAG-ATAGC--CC-CATTT-GAGCTCGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32695                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAAAA--CGGACC--AAGCTATC-----C--C-GA-ATGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-GAAAAAG--TCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGCTG
gi|32761                      :                                                                                 catataga--TAG-TCTGTAGAA--CGAACA--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGATCCATTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAATC--CC-CATTT-GAGCACGTTGATTGTTCAGTT
gi|32689                      :                                                                                     aaca--TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCAGTTAA-ATAA-A-A-TA---C-TG-G-GAAAG--CCACATTT-GAGCACGTTGACTGGTCAGTTG
gi|32839                      :                                                                                 cagacaaa--TAG-TTTACAGAA--CGGACC--CAGCTTTC-----C--C-GG-TTGGGTTCGTTAG-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCGCATTT-GAGCACGTTGGTTGGTCAGTTG
gi|32842                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAT--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCGGTTAA-ATAGCA-A-TT---T-TG-G-GAAAG--CCACATTT-GAGCACGTTAATTGGTCACTTGaa
gi|32846                      :                                                                                         --TAG-TTTGGAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTTA-ATTGCA-A-TG---T-TG-G-GATAG--CAACATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32716                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C----GA-TTGGGTCCGTTAA-AAAGCA-A-TA---T-TG-G-GAAAG--TCACATTT-GAGTATGTTGATTGGTCAATTGcttcaaatgac
gi|32831                      :                                                                                     aata--TAG-TCTGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-ATGGGTCCATTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-----------CA-ATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32832                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTAAA-ATAGTA-A-TG---TGTA-G-AAAGC--C-GCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32848                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGTA--CGGACC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATA--A-T-TG---T-TG-G-GAAAG--CCGCAATT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32829                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGCCCGTTAA-AT-TCA-A-GG---T-------AAACAAGCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32825                      :                                                                                         --TAG-TCTGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCA-ATAGCA-A------T-TG-A------------ATTT-GAGCACGCTGATTGGTCAGTT
gi|32760                      :                                                                                         --TAA-TATGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GATTTGGATCCGTTAA-ATAATA-A-TG---T-TG-A-ATAAC--T----TTT-GAGTATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32823                      :                                                                                     aact--TAG-TCTGTAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGCTAA-ATAGCA-G---------------------CACATTT-GAGCACGTTGATAGGTCAGTTG
gi|32745                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCA-ATAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32847                      :                                                                                    taaca--TAG-TCTGTAGAA--CGAACT--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TT-G-GAAAG--CCACATTT-GA
gi|32838                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--AGGACC--CGGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCTGTTAA-ATAGCA-G---------------------CACATTT-GAGGACGTTGATTGGTCAGTTttggcaagt
gi|32849                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTCA-ACAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32843                      :                                                                                         --TAG-TATGTAGAA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-G-T--------------------ACACGT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32834                      :                                                                                         --TAA-TCTGTAGAG--TGAACC--TAGCTCTC-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAA-ATAGCA-G---------------------CACATTT-AAGCACGTTGATAGGTCAGATG
gi|32696                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTCA-ATTGCATT-TG---T-T-------AC-----------GAGCACTCTGATTGGTCAGTaatgacgt
gi|32679                      :                                                                                 cagagaaa--TAT-TCTGTTGAA--CGAACC--CGGATCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32844                      :                                                                           acacgaaatgcaaa--TAG-TCTGTAAAA--CGAACC--CTGCTTTA-----T--C-GA-TTGGGTCCG-TCACATAGCA-A-T-----------AA---------GTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32743                      :                                                                                         --TAG-TCTGTAGAT--CGCACT--CAACTCTC-----C--A-GA-TTGGGTGCGTTAT-GTAGCA-A-TG-----TG--------------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32664                      :                                                                                     taag--TAG-TCTGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTTCATTAA-ATAGCA-A--------------------------------CACATTGATTGGTCAGT
gi|32693                      :                                                                     ctgcaatacttcatataccg--TAA-CCTTTAGAC--CGGATC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TAGTGTCCGTGAC-ATAGCA-G-TG-------------------ATATTC-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32759                      :                                                                                     caaa--TAG-TCTGTAGAA--GGAAAC--CAGCTCAT-----C--C-GA-TCGGGTCCGTGAA-CTAGCA-ATTG---T-T-------AC-----------GAGCACTCTGATTGGTCATTTG
gi|32657                      :                                                                                        aacaAG-TCTGTAAAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATGGCA-T-TG---T-TG-G-GAAAG--CCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32746                      :                                                                 attacatatcttaatgttcaagaattgAG-TCTGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAA-ATGGCA-A-TG---T-TG-G-GAAA---CCACATTTGGAGCACGTTGATTGGTCAtat
gi|32717                      :                                                                                     tgactcgAG-TCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTAA-ATAGCA-A-TG---G-TG-G-GAAAG--TCCGATTT-GAGCATGTGGATTGGTC
gi|32912                      :                                                                                     aatgatcAG-TCTGTAGAA--TGGACC--CCGCACTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAA-ATAGCA------------------------ACGTTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32910                      :                                                                                            AG-TCTGTAAAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-CTAGCA-ATTG---T-T-------AC--T---------AGCACGCTGAGTGGTCAGTTG
gi|32914                      :                                                                                            AG-TCGGTAGAA--TTGGCC--TAGCTCTC-----C--C-TA-TTTGGTCCGTTAC-ATAACA-A-TG-----CG--------------ATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32925                      :                                                                                              -TTTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGCTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32927                      :                                                                                             g-TTTGTAGAA--TGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CAACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32801                      :                                                                                             g-TCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--A-AA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GAAAG--CCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32694                      :                                                                                          cttg-TCTGTAGTA--CGAACT--CAGCTCTC-----C--G-GA-TTGGGTCCGTTAA-ATAGCA-A-TG---T-TG-G-GGAAG--TTACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGT
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|32633 ): CTATCAGCATCAGGAAAAATGGCGTCTCCAGCATCAGTCACGTTGCAGTTATACAAAAGTATTACTACATTACACGCCGTAAACTAGGAATGGGATTTGAACCCCTTGATAGGTCAGTTGAATGACGT
Unaligned ( gi|32634 ): CTATCAGTATCAGGAAAATGGCGTCTTCAGCATTAGACACGTCGCAGTTATACAAACGTATTAC






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Reference ( family-128 )      :                                                                                               TTACACGC---CAA-ATN--A-C--T--A-GTCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32635                      : ctatcagcatcaggaaaaatggcgtctccagcatcagtcacgttgcagttatacaaaagtattactacattacacgccgtaaactaggaatgggTTACACGC---CAA-ATA--A-C--T--A-GTCTGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATAAACTAGaatgacgt
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gi|32691                      :                                                                                                       ---CAA-AGA--A-C--T--A-GTCTGTAGCA--CGGACC--TTGCTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCATGTTGATTGGTCA
gi|32692                      :                                                                                                             -ATT--A-CCTT--A-GTCTGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGATCTGTTAACTAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32693                      :                                                                                                  caaat---CAA-ATA--A-C---------CTTTAGAC--CGGATC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TAGTGTCCGTGACATAGCA-G-TG-----------------ATATTC-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32694                      :                                                                                                       ---CAA-GTA--A-T--C--ATGTCTGTAGTA--CGAACT--CAGCTCTC-----C--G-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GGA-AGTTACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGT
gi|32695                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAAAA--CGGACC--AAGCTATC-----C--C-GA-ATGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGGAAAA-AGTCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGCTG
gi|32696                      :                                                                                                              catataga--T--A-GTCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTCAATTGCATT-TG----TT-----------AC-----GAGCACTCTGATTGGTCAGT
gi|32697                      :                                                                                               cagagaaa---CAC-ATA--T-C--T--A-GTCTGTAGTA--CGGACC--CATTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTTA-AAA-AGCCACAATT-GAGCAAATTGATTGGTCAGTTG
gi|32699                      :                                                                                                           AA-CTA--A-C--T--A-GTCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGCCCGTTAAAGAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAGCACGCTTATTGGTCAGTTG
gi|32700                      :                                                                                                           AA-ACT--A-T--T--A-GTCTGCAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--A-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-G-T------------------ACATTT-GAGCACATTGATTGGTCAATTG
gi|32701                      :                                                                                                           AA-ATA--A-T--T--A-GTCTGTTGAA--CGGGCC--CAGCTGTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-GAATGTGTTGATTGGTCAGTT
gi|32702                      :                                                                                                                         --A-GCTTGTAGTAGTCGGACC--CAGCTTTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTTG-GAA-AGCCACTTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32716                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C----GA-TTGGGTCCGTTAAAAAGCA-A-TA----TTGG-GAA-AGTCACATTT-GAGTATGTTGATTGGTCAATTG
gi|32717                      :                                                                                                        aataA-ATG--A-T--C--A-GTCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----GTGG-GAA-AGTCCGATTT-GAGCATGTGGATTGGTC
gi|32718                      :                                                                                                            A-AT---A-T--T--A-GTCTGTGGTA--TGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGC--A-TG----TTGG-GTA-AGTCACATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32728                      :                                                                                                                 --A-C--T--A-GTCTGTGGAA--CGGACG--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-A-TG------G---------CGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32732                      :                                                                                                         atac-ATA--A----T--A-GTCTGTAGAA--CGAGCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32733                      :                                                                                                             -ATA--A-T--T--A-GTCGGTAGAA--CAAACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
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gi|32743                      :                                                                                                               TA--A-G--T--A-GTCTGTAGAT--CGCACT--CAACTCTC-----C--A-GA-TTGGGTGCGTTATGTAGCA-A-TG-----TG------------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32745                      :                                                                                                               TA--A-CA-T--A-GTCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32746                      :                                                                                                               TG--A-C--TCGA-GTCTGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATGGCA-A-TG----TTGG-GAA-A-CCACATTTGGAGCACGTTGATTGGTCA
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gi|32756                      :                                                                                                                 --A-C--C--A-ATCTATAGAA--TGGGCC--CAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTGCATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GACAACGATGGTTGGTCAGTTG
gi|32759                      :                                                                                                                     a--T--A-GTCTGTAGAA--GGAAAC--CAGCTCAT-----C--C-GA-TCGGGTCCGTGAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACTCTGATTGGTCATTTGtttcgattaaatgacgt
gi|32760                      :                                                                                                                  aaca--T--A-ATATGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GATTTGGATCCGTTAAATAATA-A-TG----TTG------AATAACTTTT-GAGTATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32761                      :                                                                                                                  aact--T--A-GTCTGTAGAA--CGAACA--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGATCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-G-A-ATCCCCATTT-GAGCACGTTGATTGTTCAGTT
gi|32775                      :                                                                                                             aaca--A-T--T--A-GTCTGTAGAC--CGGACC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGATCCGTGAAGCAGCA-A-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32776                      :                                                                                                                 --A-C--T--A-GTCTGTAGTG--TGGACC--AAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32777                      :                                                                                                                 --A-C--T--A-GTCTGTAGAA--TGGACC--GAGCTCGC-----C--C-GA-TTGGGACCCTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAG-AGTCACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
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gi|32782                      :                                                                                                                 --A-C--T--A-GTCTATGGAA--CGGACC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATTGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTAGCCAGTTG
gi|32792                      :                                                                                                                    -C--C--A-GCCTGTAGAA--CGGACC--CAGATCTT-----C--C-GA-TTAAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-TGCCGCATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32793                      :                                                                                                                    -C--T--A-AACTGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----T--C-GC-TTGGGTCCGTTACATTGTA-A-T-----------------CAGATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTT
gi|32795                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32796                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTCTGTAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAATTAGCA-A-TG----TTAG-GAA-AACAGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32798                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTCTGCAATA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTACATAGCA-A-T----------GA--------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTT
gi|32799                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTTAGTTG
gi|32800                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTCTGTAATA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGCTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-AAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32801                      :                                                                                                                    -C--T--C-GTCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--A-AA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32802                      :                                                                                                                    -C--T--T-GTCTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AG-TTGGATCCGTTAAGTAGCA-A-CG----CTAG-GAA-AGCTGCCGTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32803                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTTTTGAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAGTAGCA-A-TG----CTGG-GAA-AGTCCCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32805                      :                                                                                                                    -C--T--A-GTCTGGAGAA--CAAACC--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTGcat
gi|32806                      :                                                                                                                    -C--T--T-GTCTGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GT-TTGAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-TAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAATTG
gi|32807                      :                                                                                                                    -C--T--A-ATCTGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACGCTGATTGGTCAG
gi|32823                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGCTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATAGGTCAGTTGgttaaagtttgaatgacgt
gi|32825                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GAGCACGCTGATTGGTCAGTT
gi|32829                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGCCCGTTAAAT-TCA-A--G----GTAA-ACA-AG-CACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32832                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTAAAATAGTA-A-TG----TGTA-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32834                      :                                                                                                                      --T--A-ATCTGTAGAG--TGAACC--TAGCTCTC-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-AAGCACGTTGATAGGTCAGATG
gi|32835                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG---A-AGCCACATTT-GAGCAAGTTAATTGGCCAGTTGaatgacgt
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gi|32839                      :                                                                                                                      --T--A-GTTTACAGAA--CGGACC--CAGCTTTC-----C--C-GG-TTGGGTTCGTTAGATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGGTTGGTCAGTTG
gi|32842                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGAT--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCGGTTAAATAGCA-A-TT----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTAATTGGTCACTTGaa
gi|32843                      :                                                                                                                      --T--A-GTATGTAGAA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-G-T------------------ACACGT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32844                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAAAA--CGAACC--CTGCTTTA-----T--C-GA-TTGGGTCCGTCACATAGCA-A-T------------A-AG-----TTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32845                      :                                                                                                                      --T--A-GACTGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTA-----C--C-GC-TTTGGTCC-TTGCATGGCA-A-TG------GG-----------ATTT-GAGCACGTTGATTGGTCATTTG
gi|32846                      :                                                                                                                      --T--A-GTTTGGAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTTAATTGCA-A-TG----TTGG-GAT-AGCAACATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32848                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGTA--CGGACC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATA--A-T-TG----TTGG-GAA-AGCCGCAATT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTGttggcaagt
gi|32849                      :                                                                                                                      --T--A-GTCTGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTCAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
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gi|32914                      :                                                                                                                         --A-GTCGGTAGAA--TTGGCC--TAGCTCTC-----C--C-TA-TTTGGTCCGTTACATAACA-A-TG-----CG------------ATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32925                      :                                                                                                                            -GTTTGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGCTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32926                      :                                                                                                                            -GTCTGTAGTA--CGGTCT--CAGATCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGATAAATAGGA-A-T--------G-GAATAAACATATCT-GAGAACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32927                      :                                                                                                                            -GTTTGTAGAA--TGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCAACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32928                      :                                                                                                                            -GCCTGTATAA--GGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-CTGGGTCCGTTAAACAGCA-A-TG----TTGG-GAT-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32938                      :                                                                                                                               CTGTAGAA--CGGACC--CAGCTTCC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTTACATAGCA-A-TG-------------AG-----TTT-GAGCACGGTGATTGGTCAGCTG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32634 ): CTATCAGTATCAGGAAAATGGCGTCTTCAGCATTAGACACGTCGCAGTTATACAAACGTATTAC






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gi|32700                      :                                                                                                           AA-AC--T--A-T--T--A-GT----C-------TGCAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--A-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-G-T------------------ACATTT-GAGCACATTGATTGGTCAATTG
gi|32701                      :                                                                                                           AA-AT--A--A-T--T--A-GT----C-------TGTTGAA--CGGGCC--CAGCTGTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-GAATGTGTTGATTGGTCAGTT
gi|32702                      :                                                                                                           AA-GT--A--A-------A-GC----T-------TGTAGTAGTCGGACC--CAGCTTTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTTG-GAA-AGCCACTTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32715                      :                                                                                                            A-AT--T--A-T--T--A-AT----C-------TGTATAA--CGGACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-ATCCATATTT-GAGCACGTTGGTTGGTCAGTTG
gi|32716                      :                                                                                                            A-AT--A-------T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C----GA-TTGGGTCCGTTAAAAAGCA-A-TA----TTGG-GAA-AGTCACATTT-GAGTATGTTGATTGGTCAATTG
gi|32717                      :                                                                                                            A-AT--G--A-T--C--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----GTGG-GAA-AGTCCGATTT-GAGCATGTGGATTGGTC
gi|32718                      :                                                                                                            A-AT--A----T--T--A-GT----C-------TGTGGTA--TGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGC--A-TG----TTGG-GTA-AGTCACATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32728                      :                                                                                                             -AT--AT-A-C--T--A-GT----C-------TGTGGAA--CGGACG--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-A-TG------G---------CGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32730                      :                                                                                                             -AT--AC-A-C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTCTCGATT--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGAA-G-TG----TTGG-GAA-----ACTTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32732                      :                                                                                                             -AT--A--A----T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAGCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32733                      :                                                                                                             -AT--A--A-T--T--A-GT----C-------GGTAGAA--CAAACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32734                      :                                                                                                             -AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGCAGAA--CGAGCC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAATTG
gi|32743                      :                                                                                                               T--A--A-G--T--A-GT----C-------TGTAGAT--CGCACT--CAACTCTC-----C--A-GA-TTGGGTGCGTTATGTAGCA-A-TG-----TG------------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32745                      :                                                                                                               T--A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32746                      :                                                                                                               T--G--A-C--TCGA-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATGGCA-A-TG----TTGG-GAA-A-CCACATTTGGAGCACGTTGATTGGTCA
gi|32747                      :                                                                                                               T--A--A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CAATCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCATGCTGATTGGTCATTTG
gi|32756                      :                                                                                                                --A--A-C--C--A-AT----C-------TATAGAA--TGGGCC--CAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTGCATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GACAACGATGGTTGGTCAGTTG
gi|32759                      :                                                                                                                --A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--GGAAAC--CAGCTCAT-----C--C-GA-TCGGGTCCGTGAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACTCTGATTGGTCATTTGtttcgattaaatgacgt
gi|32760                      :                                                                                                                --A--A-C--TT-A-AT----A-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GATTTGGATCCGTTAAATAATA-A-TG----TTG------AATAACTTTT-GAGTATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32761                      :                                                                                                                --A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACA--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGATCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-G-A-ATCCCCATTT-GAGCACGTTGATTGTTCAGTT
gi|32775                      :                                                                                                                   --A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAC--CGGACC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGATCCGTGAAGCAGCA-A-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32776                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGTG--TGGACC--AAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32777                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--TGGACC--GAGCTCGC-----C--C-GA-TTGGGACCCTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAG-AGTCACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32778                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGTCC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCTGTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATTT-GAGCTCATTGATTGGTCAGTTG
gi|32780                      :                                                                                                                   --A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACT--CGGCTCTC-----C--C-GA-TTTTGTCCGTCACATAGCA-A-TGACATTT-----A-AG-CACTTTT-GTGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32781                      :                                                                                                                   --A-C--A--A-GT------------TGTAGTT--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTAAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAGCACGTTGATTCGTTAATTG
gi|32782                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TATGGAA--CGGACC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATTGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTAGCCAGTTG
gi|32792                      :                                                                                                                      -C--C--A-GC----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGATCTT-----C--C-GA-TTAAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-TGCCGCATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32793                      :                                                                                                                      -C--T--A-AA----C-------TGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----T--C-GC-TTGGGTCCGTTACATTGTA-A-T-----------------CAGATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTT
gi|32795                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32796                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAATTAGCA-A-TG----TTAG-GAA-AACAGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32799                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTTAGTTG
gi|32800                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAATA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGCTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-AAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32801                      :                                                                                                                      -C--T--C-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--A-AA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32802                      :                                                                                                                      -C--T--T-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AG-TTGGATCCGTTAAGTAGCA-A-CG----CTAG-GAA-AGCTGCCGTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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Unaligned ( gi|32634 ): CTATCAGTATCAGGAAAATGGCGTCTTCAGCATTAGACACGTCGCAGTTATACAAACGTATTAC






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Reference ( family-128 )      :                                                                                               TTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32630                      :                          ctatcagtatcagaaaaaatggcgtcttcagcatcagtcacgtcgcagttatataaacgtagtactacaTTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGCAGAG--CGGACC--CATCTATC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAACTAGGA-A-TG------GG-----------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTGaatgacgt
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gi|32633                      :                                                                                                                                                     ctaccagtatcaggaattatgtcgtcttcagcatcagtcacgtcgcagttactacttattacgtattactacgATTT-GAACCCCTTGATAGGTCAGTTGaatgacgt
gi|32635                      : ctatcagcatcaggaaaaatggcgtctccagcatcagtcacgttgcagttatacaaaagtattactacattacacgccgtaaactaggaatgggTTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATAAACTAGaatgacgt
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gi|32642                      :                                                                               agcataagtcctcacgtcgtctagccatgtactaccgac-C--T--A-GT----G-------TGTAGAA--CGGATCTCCAGCTCTC-----C--C-GG-TTGGATCCGTTAAACAGCA-A-TG----ATGA-ACA-AAATATTTTT-GAGCACGTTAATTGGTCAGTTG
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gi|32656                      :                                                                      aaatgaattaacaacacttatattgTTACACAT---TACTAT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAAATAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACAATGATTGGTCAGTTG
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gi|32664                      :                                                                                                  attactccttttacattagata--T--A-GT----C-------TGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTTCATTAAATAGCA-A------------------------------CACATTGATTGGTCAGT
gi|32670                      :                                                                           ctgcaatacttcatataccgTTAAACGC--------T--T--A-C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTCAATAGCA-A-TG----TTGG-AAA-ACCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32718                      :                                                                                                            A-AT--A----T--T--A-GT----C-------TGTGGTA--TGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGC--A-TG----TTGG-GTA-AGTCACATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32728                      :                                                                                                             -AT--AT-A-C--T--A-GT----C-------TGTGGAA--CGGACG--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-A-TG------G---------CGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32730                      :                                                                                                             -AT--AC-A-C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTCTCGATT--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGAA-G-TG----TTGG-GAA-----ACTTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32732                      :                                                                                                             -AT--A--A----T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAGCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32733                      :                                                                                                             -AT--A--A-T--T--A-GT----C-------GGTAGAA--CAAACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32734                      :                                                                                                             -AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGCAGAA--CGAGCC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAATTG
gi|32743                      :                                                                                                               T--A--A-G--T--A-GT----C-------TGTAGAT--CGCACT--CAACTCTC-----C--A-GA-TTGGGTGCGTTATGTAGCA-A-TG-----TG------------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32745                      :                                                                                                               T--A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32746                      :                                                                                                               T--G--A-C--TCGA-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATGGCA-A-TG----TTGG-GAA-A-CCACATTTGGAGCACGTTGATTGGTCA
gi|32747                      :                                                                                                               T--A--A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CAATCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCATGCTGATTGGTCATTTG
gi|32756                      :                                                                                                                --A--A-C--C--A-AT----C-------TATAGAA--TGGGCC--CAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTGCATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GACAACGATGGTTGGTCAGTTG
gi|32759                      :                                                                                                                --A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--GGAAAC--CAGCTCAT-----C--C-GA-TCGGGTCCGTGAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACTCTGATTGGTCATTTGtttcgattaaatgacgt
gi|32760                      :                                                                                                                --A--A-C--TT-A-AT----A-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GATTTGGATCCGTTAAATAATA-A-TG----TTG------AATAACTTTT-GAGTATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32761                      :                                                                                                                --A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACA--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGATCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-G-A-ATCCCCATTT-GAGCACGTTGATTGTTCAGTT
gi|32775                      :                                                                                                                   --A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAC--CGGACC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGATCCGTGAAGCAGCA-A-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32776                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGTG--TGGACC--AAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32777                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--TGGACC--GAGCTCGC-----C--C-GA-TTGGGACCCTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAG-AGTCACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32778                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGTCC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCTGTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATTT-GAGCTCATTGATTGGTCAGTTG
gi|32780                      :                                                                                                                   --A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACT--CGGCTCTC-----C--C-GA-TTTTGTCCGTCACATAGCA-A-TGACATTT-----A-AG-CACTTTT-GTGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32781                      :                                                                                                                   --A-C--A--A-GT------------TGTAGTT--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTAAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAGCACGTTGATTCGTTAATTG
gi|32782                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TATGGAA--CGGACC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATTGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTAGCCAGTTG
gi|32792                      :                                                                                                                      -C--C--A-GC----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGATCTT-----C--C-GA-TTAAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-TGCCGCATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32793                      :                                                                                                                      -C--T--A-AA----C-------TGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----T--C-GC-TTGGGTCCGTTACATTGTA-A-T-----------------CAGATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTT
gi|32795                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32796                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAATTAGCA-A-TG----TTAG-GAA-AACAGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32798                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGCAATA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTACATAGCA-A-T----------GA--------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTT
gi|32799                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTTAGTTG
gi|32800                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAATA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGCTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-AAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32801                      :                                                                                                                      -C--T--C-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--A-AA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32802                      :                                                                                                                      -C--T--T-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AG-TTGGATCCGTTAAGTAGCA-A-CG----CTAG-GAA-AGCTGCCGTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32803                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----T-------TTGAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAGTAGCA-A-TG----CTGG-GAA-AGTCCCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32805                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGGAGAA--CAAACC--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTGcat
gi|32806                      :                                                                                                                      -C--T--T-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GT-TTGAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-TAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAATTG
gi|32807                      :                                                                                                                      -C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACGCTGATTGGTCAG
gi|32823                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGCTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATAGGTCAGTTGgttaaagtttgaatgacgt
gi|32825                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GAGCACGCTGATTGGTCAGTT
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gi|32830                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAACAGCA-A-TG----ATGA-GAT-AGCCCCATTT-GAGCTCGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32831                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-ATGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTG---------CA-ATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32832                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTAAAATAGTA-A-TG----TGTA-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32834                      :                                                                                                                        --T--A-AT----C-------TGTAGAG--TGAACC--TAGCTCTC-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-AAGCACGTTGATAGGTCAGATG
gi|32835                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG---A-AGCCACATTT-GAGCAAGTTAATTGGCCAGTTGaatgacgt
gi|32837                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-AG----TTGG-GAA-AGCCACACTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGATG
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gi|32843                      :                                                                                                                        --T--A-GT----A-------TGTAGAA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-G-T------------------ACACGT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32844                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAAAA--CGAACC--CTGCTTTA-----T--C-GA-TTGGGTCCGTCACATAGCA-A-T------------A-AG-----TTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32845                      :                                                                                                                        --T--A-GA----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTA-----C--C-GC-TTTGGTCC-TTGCATGGCA-A-TG------GG-----------ATTT-GAGCACGTTGATTGGTCATTTG
gi|32846                      :                                                                                                                        --T--A-GT----T-------TGGAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTTAATTGCA-A-TG----TTGG-GAT-AGCAACATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32848                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGACC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATA--A-T-TG----TTGG-GAA-AGCCGCAATT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTGttggcaagt
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gi|32928                      :                                                                                                                              -GC----C-------TGTATAA--GGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-CTGGGTCCGTTAAACAGCA-A-TG----TTGG-GAT-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32930                      :                                                                                                                              -GT----C-------TGTAGAA--CAAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTTTGTTAACTAGCA-ATTG----TT-----------ACA-----AGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32938                      :                                                                                                                                 ----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTTCC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTTACATAGCA-A-TG-------------AG-----TTT-GAGCACGGTGATTGGTCAGCTG
gi|32942                      :                                                                                                                                      -------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGA-AAA-AA-CACATTT-GAACACATTGATTGGTCAATTG


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blockSeqs                     :                                                                                                      C      .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                      A      .  .  .    .  .          .                               .                                 T  CTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                      .      .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTGGGGAAGTT      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTTAAAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 T  TTTGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAATCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGTC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  GTGGGAAAGTC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGTAAGTC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAGAGTC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAATGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTAGGAAAACA      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGAAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  CTAGGAAAGCT      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  CTGGGAAAGTC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGTAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  ATGAGATAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TGTAGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                             .  .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGATAGCA      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTTGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAAGCA      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGATAGCC      
blockSeqs                     :                                                                                                                .  .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAAACC       
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAATCC       
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  ACATTTAAGC       
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  GTAAACAAGC       
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  TTGAAAAAAC       
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  TTGGAAGCC        
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  GGAATAAAC        
blockSeqs                     :                                                                                                                   .    .  .          .                               .                                 .  TTGGGAA          
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TTGAATA          
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TTGAG            
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TAAC             
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TTGG             
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TAAC             
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TAAC             
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TTGC             
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TTG              
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  GGA              
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TGA              
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TGA              
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  AAG              
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  GG               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  GG               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  GC               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TG               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .          .                               .                                 .  TT               
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32634 ): CTATCAGTATCAGGAAAATGGCGTCTTCAGCATTAGACACGTCGCAGTTATACAAACGTATTAC






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Reference ( family-128 )      :                                                                                               TTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32629                      :                                                                                               TTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAG--CGGTCC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAACTAGAA-A-TG------GG-----------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTG
gi|32630                      :                          ctatcagtatcagaaaaaatggcgtcttcagcatcagtcacgtcgcagttatataaacgtagtactacaTTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGCAGAG--CGGACC--CATCTATC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAACTAGGA-A-TG------GG-----------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTGaatgacgt
gi|32631                      :                          ctatcagtatcaggaaaaatggcgtctccagcatcagtcaagtcgcagttatgtaaacgtattactacaTTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----A-------TGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTC-----C--CAAA-TTGGGTCCGTAAACTAGGA-A-T-----TTG------------ATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTTGaatgacgt
gi|32632                      :                          ctatcagtaccaagaaaaatggcgtcttcagcatcagtcatgtcgcagttatacaaacgcattactataTTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT------------TGTAGAG--CGGGCC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTAAACTAAGA-A-TG------GG-----------ATTT-GACCACTTCGATTGGTCATTTGaatgacat
gi|32633                      :                                                                                                                                                     ctaccagtatcaggaattatgtcgtcttcagcatcagtcacgtcgcagttactacttattacgtattactacgATTT-GAACCCCTTGATAGGTCAGTTGaatgacgt
gi|32635                      : ctatcagcatcaggaaaaatggcgtctccagcatcagtcacgttgcagttatacaaaagtattactacattacacgccgtaaactaggaatgggTTACACGC---CAA-AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATAAACTAGaatgacgt
gi|32639                      :                                         tatcagtatcaggaaaaatggtgtcttcagcatcagtcacgtcccggttatacaaacgtattactaca-AT--A--AGC--T--A-GT----G-------TGTAGTT--CGGTCC--CAACTTTC-----C--C-GA-TTGCGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTAA-GAG-CGCCACATTT-GAGCACTTTGATTGGTCAGTga
gi|32642                      :                                                                               agcataagtcctcacgtcgtctagccatgtactaccgac-C--T--A-GT----G-------TGTAGAA--CGGATCTCCAGCTCTC-----C--C-GG-TTGGATCCGTTAAACAGCA-A-TG----ATGA-ACA-AAATATTTTT-GAGCACGTTAATTGGTCAGTTG
gi|32643                      :                                                                               agtcatgcggttattctgcatactatacattactccagc-C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-CTGGGTCCGTTCAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTAATTGGTCA
gi|32650                      :                                                               gtcgaatggttataacatatgtgccatgatataaccatatgtcatA-AT--C--A-C--T--A-GC----C-------TGTAGTA--CGGCCC--CAGGTCTC-----T--C-GA-TTGGGTCCGTTAAACTGCA-A-TG----TTCG-GAG-TTCTACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTTG
gi|32656                      :                                                                      aaatgaattaacaacacttatattgTTACACAT---TACTAT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAAATAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACAATGATTGGTCAGTTG
gi|32657                      :                                                                                                                         tg--A-GT----C-------TGTAAAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATGGCA-T-TG----TTGG-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32658                      :                                                                                     attacatatcttaatgttcaagaattg--A--A-C--T--A-GT----CATTAGATTGTAGAA--CGGAAC--CAGCTCCC-----CGCC-GC-TTGGATCCGTTA--TAGCA-G-TG-------G-GA---------TTT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTtat
gi|32664                      :                                                                                                  attactccttttacattagata--T--A-GT----C-------TGTAGAG--CGGACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTTCATTAAATAGCA-A------------------------------CACATTGATTGGTCAGT
gi|32670                      :                                                                           ctgcaatacttcatataccgTTAAACGC--------T--T--A-C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTCAATAGCA-A-TG----TTGG-AAA-ACCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32674                      :                                                                                                TACATAA---CAT-AC--A--A-CG-T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCTCATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGCTG
gi|32675                      :                                                                                                TACACGATAACAA-GT--T--A-T--T--A-GT----C-------TGTAAAA--CAAATC--CAGATTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAACTAGCA----G----TTGG------------TTT-GAGCACGCTGGTTAGTCAGTTG
gi|32678                      :                                                                                                 ACATGC---TAA-CC--A--T-C--T--A-GTAAGTC-------TGTAGAA--CAAATC--CAACTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCATTACATGGCA---------TTGA-G---------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGCT
gi|32679                      :                                                                                                 ACACG-----AA-ATGCA--A-A--T--A-TT----C-------TGTTGAA--CGAACC--CGGATCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32684                      :                                                                                                   ACGA---CAC-AG--A--A-T--T--A-GT----C-------TG----------ACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGAGTCCGTAAAATAGCG-A-TG----TTGG-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32689                      :                                                                                                       ---CAG-AC--A--A-A--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCAGTTAAATAA-A-A-TA----CTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTGACTGGTCAGTTG
gi|32690                      :                                                                                                       ---CAA-GT-------C--T--A-GT----C-------TGTAAAG--CTGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-CTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGATGATTGGTCAGTTG
gi|32691                      :                                                                                                       ---CAA-AG--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGCA--CGGACC--TTGCTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCATGTTGATTGGTCA
gi|32692                      :                                                                                                       ---CAA-AT--ATTA-CCTT--A-GT----C-------TGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGATCTGTTAACTAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32693                      :                                                                                                       ---CAA-AT--A--A-C-------------C-------TTTAGAC--CGGATC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TAGTGTCCGTGACATAGCA-G-TG-----------------ATATTC-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32694                      :                                                                                                       ---CAA-GT--A--A-T--C--ATGT----C-------TGTAGTA--CGAACT--CAGCTCTC-----C--G-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GGA-AGTTACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGT
gi|32695                      :                                                                                                       ---CAT-AT--A--G-A--T--A-GT----C-------TGTAAAA--CGGACC--AAGCTATC-----C--C-GA-ATGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGGAAAA-AGTCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGCTG
gi|32696                      :                                                                                                       ---CAG-AG--A--A-A--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTCAATTGCATT-TG----TT-----------AC-----GAGCACTCTGATTGGTCAGT
gi|32697                      :                                                                                                       ---CAC-AT--A--T-C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGACC--CATTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTTA-AAA-AGCCACAATT-GAGCAAATTGATTGGTCAGTTG
gi|32699                      :                                                                                                           AA-CT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGCCCGTTAAAGAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAGCACGCTTATTGGTCAGTTG
gi|32700                      :                                                                                                           AA-AC--T--A-T--T--A-GT----C-------TGCAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--A-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-G-T------------------ACATTT-GAGCACATTGATTGGTCAATTG
gi|32701                      :                                                                                                           AA-AT--A--A-T--T--A-GT----C-------TGTTGAA--CGGGCC--CAGCTGTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-GAATGTGTTGATTGGTCAGTT
gi|32702                      :                                                                                                           AA-GT--A--A-------A-GC----T-------TGTAGTAGTCGGACC--CAGCTTTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTTG-GAA-AGCCACTTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32715                      :                                                                                                            A-AT--T--A-T--T--A-AT----C-------TGTATAA--CGGACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-ATCCATATTT-GAGCACGTTGGTTGGTCAGTTG
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gi|32717                      :                                                                                                            A-AT--G--A-T--C--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----GTGG-GAA-AGTCCGATTT-GAGCATGTGGATTGGTC
gi|32718                      :                                                                                                            A-AT--A----T--T--A-GT----C-------TGTGGTA--TGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGC--A-TG----TTGG-GTA-AGTCACATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32728                      :                                                                                                             -AT--AT-A-C--T--A-GT----C-------TGTGGAA--CGGACG--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-A-TG------G---------CGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32730                      :                                                                                                             -AT--AC-A-C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTCTCGATT--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGAA-G-TG----TTGG-GAA-----ACTTTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32732                      :                                                                                                             -AT--A--A----T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAGCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32733                      :                                                                                                             -AT--A--A-T--T--A-GT----C-------GGTAGAA--CAAACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAA-TAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32734                      :                                                                                                             -AT--A--A-C--T--A-GT----C-------TGCAGAA--CGAGCC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAATTG
gi|32743                      :                                                                                                               T--A--A-G--T--A-GT----C-------TGTAGAT--CGCACT--CAACTCTC-----C--A-GA-TTGGGTGCGTTATGTAGCA-A-TG-----TG------------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32745                      :                                                                                                               T--A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32746                      :                                                                                                               T--G--A-C--TCGA-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATGGCA-A-TG----TTGG-GAA-A-CCACATTTGGAGCACGTTGATTGGTCA
gi|32747                      :                                                                                                               T--A--A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CAATCC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCATGCTGATTGGTCATTTG
gi|32756                      :                                                                                                                --A--A-C--C--A-AT----C-------TATAGAA--TGGGCC--CAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTGCATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GACAACGATGGTTGGTCAGTTG
gi|32759                      :                                                                                                                --A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--GGAAAC--CAGCTCAT-----C--C-GA-TCGGGTCCGTGAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACTCTGATTGGTCATTTGtttcgattaaatgacgt
gi|32760                      :                                                                                                                --A--A-C--TT-A-AT----A-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GATTTGGATCCGTTAAATAATA-A-TG----TTG------AATAACTTTT-GAGTATGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32761                      :                                                                                                                --A--A-CA-T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACA--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGATCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-G-A-ATCCCCATTT-GAGCACGTTGATTGTTCAGTT
gi|32775                      :                                                                                                                   --A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAC--CGGACC--CAGCTCTA-----C--C-GA-TTGGATCCGTGAAGCAGCA-A-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32776                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGTG--TGGACC--AAGCTTTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32777                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--TGGACC--GAGCTCGC-----C--C-GA-TTGGGACCCTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAG-AGTCACATTT-GAGCACGTTGATTAGTCAGTTG
gi|32778                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGTCC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCTGTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCCCATTT-GAGCTCATTGATTGGTCAGTTG
gi|32780                      :                                                                                                                   --A-T--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACT--CGGCTCTC-----C--C-GA-TTTTGTCCGTCACATAGCA-A-TGACATTT-----A-AG-CACTTTT-GTGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32781                      :                                                                                                                   --A-C--A--A-GT------------TGTAGTT--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AA-TTGGGTCCGTAAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCATATTT-GAGCACGTTGATTCGTTAATTG
gi|32782                      :                                                                                                                   --A-C--T--A-GT----C-------TATGGAA--CGGACC--CTGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATTGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTAGCCAGTTG
gi|32792                      :                                                                                                                      -C--C--A-GC----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGATCTT-----C--C-GA-TTAAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-TGCCGCATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32793                      :                                                                                                                      -C--T--A-AA----C-------TGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----T--C-GC-TTGGGTCCGTTACATTGTA-A-T-----------------CAGATTT-GAGCACGTTGATTGGTCACTT
gi|32795                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTT-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAACTAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTG
gi|32796                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTTGGTCCGTTAATTAGCA-A-TG----TTAG-GAA-AACAGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32798                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGCAATA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGGTCCATTACATAGCA-A-T----------GA--------ATTT-GAGCATGTTGATTGGTCAGTT
gi|32799                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTTAGTTG
gi|32800                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGTAATA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGCTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-AAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32801                      :                                                                                                                      -C--T--C-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--A-AA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32802                      :                                                                                                                      -C--T--T-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-AG-TTGGATCCGTTAAGTAGCA-A-CG----CTAG-GAA-AGCTGCCGTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32803                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----T-------TTGAGTA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAGTAGCA-A-TG----CTGG-GAA-AGTCCCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTCG
gi|32805                      :                                                                                                                      -C--T--A-GT----C-------TGGAGAA--CAAACC--CAGCTCAC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAGCACGCTGATTGGTCAGTTGcat
gi|32806                      :                                                                                                                      -C--T--T-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GT-TTGAGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-TAA-AGCCACATTT-GAGAACGTTGATTGGTCAATTG
gi|32807                      :                                                                                                                      -C--T--A-AT----C-------TGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTTCAATAGCA-ATTG----T--------AAC--------GAGCACGCTGATTGGTCAG
gi|32823                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGCTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-GAGCACGTTGATAGGTCAGTTGgttaaagtttgaatgacgt
gi|32825                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTGGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTCAATAGCA-A-T------TGA-----------ATTT-GAGCACGCTGATTGGTCAGTT
gi|32829                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGCCCGTTAAAT-TCA-A--G----GTAA-ACA-AG-CACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32830                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAACAGCA-A-TG----ATGA-GAT-AGCCCCATTT-GAGCTCGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32831                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--TGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-ATGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTG---------CA-ATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32832                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTTGGTCCGTAAAATAGTA-A-TG----TGTA-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32834                      :                                                                                                                        --T--A-AT----C-------TGTAGAG--TGAACC--TAGCTCTC-----C--C-GA-TTGTGTCCGTTAAATAGCA-G-------------------CACATTT-AAGCACGTTGATAGGTCAGATG
gi|32835                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGGACC---AGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG---A-AGCCACATTT-GAGCAAGTTAATTGGCCAGTTGaatgacgt
gi|32837                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGGA--CGGACA--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-AG----TTGG-GAA-AGCCACACTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGATG
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gi|32839                      :                                                                                                                        --T--A-GT----T-------TACAGAA--CGGACC--CAGCTTTC-----C--C-GG-TTGGGTTCGTTAGATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCGCATTT-GAGCACGTTGGTTGGTCAGTTG
gi|32842                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAT--CGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCGGTTAAATAGCA-A-TT----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTAATTGGTCACTTGaa
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gi|32844                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAAAA--CGAACC--CTGCTTTA-----T--C-GA-TTGGGTCCGTCACATAGCA-A-T------------A-AG-----TTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32845                      :                                                                                                                        --T--A-GA----C-------TGTAGAA--CGAACC--CAGCTCTA-----C--C-GC-TTTGGTCC-TTGCATGGCA-A-TG------GG-----------ATTT-GAGCACGTTGATTGGTCATTTG
gi|32846                      :                                                                                                                        --T--A-GT----T-------TGGAGAA--CAGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTTAATTGCA-A-TG----TTGG-GAT-AGCAACATAT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32847                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGAACT--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTTG-GAA-AGCCACATTT-GActtcaaatgac
gi|32848                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGTA--CGGACC--AAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATA--A-T-TG----TTGG-GAA-AGCCGCAATT-CAGCACGTTGATTGGTCAGTTGttggcaagt
gi|32849                      :                                                                                                                        --T--A-GT----C-------TGTAGAA--CGTACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTCAACAGCA-ATTG----TT-----------AC-----GAACACGCTGATTGGTCAGTTG
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gi|32912                      :                                                                                                                           --A-GT----C-------TGTAGAA--TGGACC--CCGCACTC-----C--C-GA-TTAGGTCCGTTAAATAGCA----------------------ACGTTT-GAACACGTTGATTGGTCAGTTG
gi|32914                      :                                                                                                                           --A-GT----C-------GGTAGAA--TTGGCC--TAGCTCTC-----C--C-TA-TTTGGTCCGTTACATAACA-A-TG-----CG------------ATTT-GAGCACATTGATTGGTCAGTTG
gi|32925                      :                                                                                                                              -GT----T-------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--T-GA-TTGGCTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCCACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32927                      :                                                                                                                              -GT----T-------TGTAGAA--TGGACC--CAGTTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCATTAAATAGCA-A-TG----TTGG-GAA-AGCAACATTT-GAGCACGTTGATTGGTCAGTTG
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gi|32930                      :                                                                                                                              -GT----C-------TGTAGAA--CAAACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTTTGTTAACTAGCA-ATTG----TT-----------ACA-----AGCACGCTGATTGGTCAGTTG
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gi|32942                      :                                                                                                                                      -------TGTAGAA--CGGACC--CAGCTCTC-----C--C-GA-TTGGGTCCGTTAAATAGCA-A-TG----TTGA-AAA-AA-CACATTT-GAACACATTGATTGGTCAATTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32634 ): CTATCAGTATCAGGAAAATGGCGTCTTCAGCATTAGACACGTCGCAGTTATACAAACGTATTAC