lowQualScore : 0 0 0 000 111111 6 00 0 0 2 11 111 0 11111
lowQualScore : . . . ... ...... . .. . . . .. ... . .....
lowQualScore : 7 4 4 777 555555 7 66 4 4 7 11 444 4 00000
consensus : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
Reference ( gi|7531 ) : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACCTT--T-GCT-CTTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7561 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CTACCTT--T-GCT-CTTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7544 : TTAACCT-GTATTAAACA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACCTT--T-GCT-CTTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7555 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCAATTT--T-ACT-CTTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7579 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-TA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCTCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7570 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CATTCCCTT--GAC---TGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7556 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AA---AAGA------CCACTTT--T-GCT-CTTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7548 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACTTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTG
gi|7581 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GTT-CCTTCCCTT--GAC---TGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7580 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GTT-CCTTCCCTT--GAC---TGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7576 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------TCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7566 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ATAACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACCTT--T-GTT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-AGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7530 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACTTT--A-GCT-CCTTCCCTT--GAT---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7542 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTACCTT-AA---AGGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7536 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCATT--AAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7537 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTA-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--AAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7585 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTA-AA---TAGG------CCAC-TT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7571 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTC--G-GCC-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TACTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7557 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---ACGG------CCACTTT--C-ACT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7541 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCAGTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GGC---TGGC-CGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7560 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTATT-AA---AAGG------CCTCTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7546 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCATCCCTT--TAC---TGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7547 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AGGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCGTT--AAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7538 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------TCACTTT--C-GTT-CATTCCTTT--GAC---CGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7529 : TTAACCT-GTACTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AA---AAGA------CCACTTT--T-GCT-TATTCCCTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7567 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AA---AACG------CCACTTT--T-GTT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7574 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GAT-CCATTCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTCTA
gi|7549 : TTAACCT-GAATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------TCACTTA--T-ACT-CATTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7551 : TTAACCT-ACATTCAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7552 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T---T-CCTTCCCTT--GAA---TGGC-TGCTTCAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7578 : TTAACCT-GTATTAGGCA-ACCATCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTTCCTT--AAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7545 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AATA------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGATTTG-----ACTGTA
gi|7540 : TTAACCT-GTATCAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACATA--T-GCT-CTTTCCCTT--GAC---TGAT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7534 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-ACT-CATTCCCTT--GAC---TGGT-TTCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7532 : TTAACCT-G-ATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CTTTCCATT--CAC---TGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7573 : TTAACCTAGTATTAAGCA-ACAATCTGTCT--AA---AAGG------CCACTTT--T-ACC-ATTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7577 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AA---ACGG------CCATTTT--TTGAT-ATTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7535 : TTAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AA---GAGG------TCATTTT--T-GCT-CTTTCCATT--GAA---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7558 : TTAACCT-TTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTTTGT-GCTGCCTTCCCTT--GAC---TGAT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7572 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACACTCTGTCTT-AA---GAGG------CCACTTT--T-GCT-CATTTCCTT--AAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7519 : TTAACCT-GTATGAAACA-GCAACCTGTCTT-AA---AAGG------TCACTTT--T-ATT-CTTTCCTTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACAAGTTTG-----GCTGTA
gi|7554 : tttttTTAACCT-GTATAAAGCA-ACAACCTGGCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-GCTTCCCTT--GAA---TGGT-CGCTTAAGACAGGTCAG-----ACTGTA
gi|7583 : TTAACCT-GGTTTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGA------CCAATTT--T-GTT-CCTTCCCTT--AAC---TGGT-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACCGTA
gi|7563 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ATAACCAGTCTT-AA---AAGG------CCATTTT--T--CG-CCTTCCCTT--AAC---TGGC-CATTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7518 : TCAACCT-GTATTAAGCA-GTCACCTGCCTT-AA---GAGG------TTGTTTT--T-GCT-ATTTCCCTT--GAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTGCCTACACTGTA
gi|7508 : tttctTCAACAT-GTATTAAGCA-GCCACCTGTCTT-AA---AGGG------TCAATTT--T-TGG-CTTTCCCTT--GAG---TGGCTTGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7511 : aattttagttttaaTCAACCA-GCATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AA---ATGG------CCAGGTT----GCT-ATTTCCCTT--GAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGCTTG-----ACTGTA
gi|7505 : aattttagttatacTCAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AA---GGAG------TCAGTTT--T-GCT-CATTCCCTT--TAG---TGGT-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7539 : aaattttagttataaTCAACCT-GCAATAAGCA-GCCACCTGCATT-AA---GGGA------TCAGTTT--T-GCT-CTTTCCATT--GAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7504 : TTAATCA-GTATTAAGCA-GCCACCTGCTTT-AA---CAGG------TC---TT--T---T-TTTTACATT--TAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7500 : aacatttttggttTTAACCC---AATAAGAG-ACCACCTGCCTT-AA---GAGA------CCACTTT--T-CAG-ATTTCCCTT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7655 : ggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcggtattttatcaacattgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaagaccaacaaatttttttTAACCT-ATATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGA------CCATTTT--T-GCT-CCTTCCCCT--GAC---TGGC-TGTTGAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7653 : TAACCT-GTATTAAGCT-ACAACCTACCTT-AA---GAGA------TCATTTT--T-GCT-CTTTCTCTT--CAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7583 : AACCT-GTATTAAGCA-ACCA---G--TT-AAGGGAAGGA-----ACAAAAT--T-GGT-CTT----TTAAGACAGGTTGT-TGCTTAAACCAGGTT
gi|7513 : ttAACCT-ATATGAAGCA-GCCACCTGTCTT-AG---AGGG------TCATTTT--T-GCA-CTTTCCCTT--GAG---TGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTAtgaccgta
gi|7505 : aatttttttagttttaataAACCT-GTTTTAAGCA-ACCAC------T-AA---AGGGAATGAGCAAAACT--G-ACT-C-----CTTAAGGCAGGTGGC-TGCTTAATACAGG-TTG-----ATTATA
gi|7693 : aaattttagtTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACCTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTAtgactgt
gi|7684 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACCTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7706 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AGGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7717 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCATT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7715 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------GCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7678 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCAATTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7704 : aTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACATT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7692 : TAAGCA-GCAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-CCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7711 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCAATTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7707 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---AGGA------CCACATT--T-GCT-CTTTCCCTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7718 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---A-GG------CCACCTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---CGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7699 : TAAGCA-ACTACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CATTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7710 : TAAGCA-ACAATCTATCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GTT-CCTTCCCTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7676 : TAAGCA-ACAACATATCTT-AA---GAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7689 : aaTAAGCA-ACAACTTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-AATTCCCTT--GAC---TGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7714 : TAAGCA-ACCACCTGTCTTTAA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTGCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7720 : TAAGCA-ATAACCTGTCTT-AA---AAGG------TCACTTT--T-GCT-TCATCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7682 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AA---GAGG------CCACTTC--T-GCC-CATTCCCTT--GAC---TGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7695 : TAAGAA-CCAACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-TCT-CATTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTCTG-----ACTGTA
gi|7712 : TAAGGA-ACAACCTGTCTT-AA---AATG------CCACTTT--T-GCC-ATTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7697 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACTTT--T-GCT-CCCTCCCTT--CAC---TGGC-TGTTTAAGACAGGTTAG-----ACTGTA
gi|7687 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGA------CCACTTT--T-GCT-CCTTATTTT--AGC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7696 : TAAGCA-ACAACCTGCCTT-AA---AGGG------TCAC-TT--T-GCC-CATTCCCTC--GAC---TGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7690 : TAAGCA-ACAACCTG-CTT-AA---AAGG------CCAATTT--T-GCT-CCTTCCCTT--TAG---TGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7698 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AA---GAGG------TCATTTT--C-GCT-CTCTCCCTT--GAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTATA
gi|7709 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AA---AAGG------CCTCTTT--T---T-TCTCCTCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7708 : TAAAAA-ACAACCTGTCTT-AA---AATG------CCACTTT--T-GCC-AAATCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7688 : TAAGCA-GCCACCTGCCTT-AA---GGGG------TCACCCT--T-GCT--TTTCCCTT--CAG---TGGC-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7691 : TAAGCA-GCCATCTGCCTT-AA---GAGG------TCATTTT--T-GCT---TTCTCTT--GGG---TGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7685 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AA---GGGG------TCATTTT--T-TTT-ATTTCCCTT--GAA---TGGT-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7686 : TAAGCAGACA-CCTGCCTA-AA---GAAA------TCATTTT--T-GCT--TTTCCCTT--TAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7491 : TAAGAG-ACCACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACTTT--T-CAG-ATTTCCCTT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7672 : aaaaatattaaacaggtttgatcagactttttgatcaggttaaatgggaaaattgagattggactgtgtgccatttgtttttatattttttttattatgattaaaacttataattacgtttgattatttgatcggctttttttagattaaattggaagctaaagacaagacagtttgtcattgttttcatggacgtttgaaagttttttacgacaaaaatgagtaaatgtaaaacaatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatatttaggtttcatactgctatattctatcaatgttgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacactagaacagcggatgaaagccctagaaatgatggaaacgtacatgcattatatcagacaaaaaaagaccaacaaaaaacattttaccccaaTAAGAG-GCCACCTGCCTT-AA---GAGA------CCACTTT--T-GAG-ATTTCCCTT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7694 : cccaaTAAGCA-GCCACTTGCCTT-AA---GAGA------TCAA-TT--T-GTT-ATTTCCCTT--AAG---TGGT-TGCTTAAGACAGTTTTT-----ACTGTA
gi|7489 : TAAGAG-ACCACCTGCCTT-AA---GAGA------CCACTTT--T-CAG-ATTTCCCTT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7680 : aaaaagattaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggactgtgtgtcgtttgtttttatttttttttattatgattaaaaattataattacgtttgattatttgatcggctttgtggttagattaaattggaaactaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttgaaagtttatacgacaaaaatgagtaaacgtaagacaatgaatatcaaggtttatttgactgggctttaatattgtggtttcatactgcgatattctatcaacattgccctattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaaagatcaacaaaatttttgtttaccccaaTGAGAG-ACCACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACTTT--T-CAG-ATTTCCATT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7490 : TAAGAG-ACCACCTGCCAT-AA---GAGA------CCACTTT--T-CAG-ATTTCCCTT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7787 : aaatatatcaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattagaaaattgagattggactgtgtgccgtttgtttttatatttttttattatgattaaaaattattattacgtttgattatttgatcagctttttgattagattaaattggaaactgaagacaagacagttattcattgttttcatggacggtttgaaagtttgtcacgacaaaaatgagtaaacgtaagataatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcaatattctatcaacgttgccatgtcttcagcagagaaaaagtctaacattagaacagtaagtgaaatccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataaaacaaaaagaagaccaagaaattttttttttaccccaa-ACAATCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAA---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7491 : AACCTGTCTT-AA---GAGA------CCAC
gi|7672 : aaaaatattaaacaggtttgatcagactttttgatcaggttaaatgggaaaattgagattggactgtgtgccatttgtttttatattttttttattatgattaaaacttataattacgtttgattatttgatcggctttttttagattaaattggaagctaaagacaagacagtttgtcattgttttcatggacgtttgaaagttttttacgacaaaaatgagtaaatgtaaaacaatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatatttaggtttcatactgctatattctatcaatgttgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacactagaacagcggatgaaagccctagaaatgatggaaacgtacatgcattatatcagacaaaaaaagaccaacaaaaaacattttaccccaataagagaccacctgtcttaagagaccacttttcagatttccctttaAACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACtgactgta
gi|7500 : cccaataagaggccacctgccttaagagaccacttttgagatttccctttaAACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACtgactgta
gi|7489 : ggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcggtattttatcaacattgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaagaccaacaaatttttttttaacccaataagagaccacctgccttaagagaccacttttcagatttccctttaAACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACtgactgta
gi|7680 : aaaaagattaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggactgtgtgtcgtttgtttttatttttttttattatgattaaaaattataattacgtttgattatttgatcggctttgtggttagattaaattggaaactaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttgaaagtttatacgacaaaaatgagtaaacgtaagacaatgaatatcaaggtttatttgactgggctttaatattgtggtttcatactgcgatattctatcaacattgccctattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaaagatcaacaaaatttttgtttaccccaataagagaccacctgccttaagagaccacttttcagatttccctttaAACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACtgactgta
gi|7490 : tgagagaccacctgtcttaagagaccacttttcagatttccatttaAACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACtgactgta
gi|7492 : aaatatatcaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattagaaaattgagattggactgtgtgccgtttgtttttatatttttttattatgattaaaaattattattacgtttgattatttgatcagctttttgattagattaaattggaaactgaagacaagacagttattcattgttttcatggacggtttgaaagtttgtcacgacaaaaatgagtaaacgtaagataatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcaatattctatcaacgttgccatgtcttcagcagagaaaaagtctaacattagaacagtaagtgaaatccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataaaacaaaaagaagaccaagaaattttttttttaccccaataagagaccacctgccataagagaccacttttcagatttccctttaAACCTGTCTT-AA---GAGA------CCACtgactgta
gi|7815 : aaaaatataaaataggtttgattggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggacagtgtgccgtttgtttttatattttttattatgattaaaaattataattaggtttgattatttgatcggcgttttgattagattaaattggaaacttaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttttaagacaaaaatgagtaaacataagacaatgaatatcaaagtttatttaactgggtttcaatattgtggttacatactgcgatattctatcaacgttgccatatcttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaattgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaatggaccaacaaaaaaacattttatcccaataagagaccacttttcagatttccctttaACCTGTCTT-AA---AAGG------CCACTTT--T-GCT-CCTTCCCTT--GAC---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTAtgactgta
gi|7802 : ACCTGCCTT-AA---GGGG------TCACCTT--T--CT-CTTTCCCTT--GAG---TGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7799 : cACCTGCCTT-AA---GAGG------TCAA-TT--T-GCT-CTTTCCCTT--GAG---TGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACT
gi|7492 : ccT-AA---GAGA------CCACTTT--T-CAG-ATTTCCCTT--TAG---TGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7535 : aaaaatataaaataggtttgattggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggacagtgtgccgtttgtttttatattttttattatgattaaaaattataattaggtttgattatttgatcggcgttttgattagattaaattggaaacttaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttttaagacaaaaatgagtaaacataagacaatgaatatcaaagtttatttaactgggtttcaatattgtggttacatactgcgatattctatcaacgttgccatatcttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaattgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaatggaccaacaaaaaaacattttatcccaa---TGGC-TGCTTAATACAGGTT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7493 ): AAAAATATTAAATAGGTTTGATCGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACTGTGTGCCGTTTGTTTATATATTTTTTTATTATGATTAAAAATTATTATTACTCTTGATTATTTGATCAGCTTTTTGGTTATATTAAAATGGAAACTAAAGACAAGACAGTTTGTCATTGTTTTCATGGACGGTTTGAATGTTTGTCAAGACAAAAATGAGTAAACGTAAGACACTGAATATCAAGGTTTATTTGACTGGGTTTCAATATTGTGGTTTCATACTGCGATATTCTATCAGCGTTGCCATGTCTTCAGCAAAGAGAAAA
Unaligned ( gi|7495 ): GTTTGATCATTGTTCGGGTAGAATAAATTGAAATGTGCTATTTGTTTTATTACGATTAAAGGATCGTCAATTACTTAAATAAAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTAGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATTTTCATACTGCGATATTCTATCAACGTTGCCATATTTTCAGCAAAGAGAAAATGTCTAACATTAGAACAGCGGATGAAAGCCCTAGAAATGATGGAATTATATGATGCATTATATAAGACAAAAAAAAGACCAACAAAAAAACATTTTACCCCAATAAGAGTCTTAATATGTCTTAA
Unaligned ( gi|7498 ): AAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTTGTTTGTTGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATAAAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACAGTGTGCCGTTTGTTTTTAT
Unaligned ( gi|7494 ): AAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATT
Alignments
lowQualScore : 0 0 0 00 44 0 0 0 11111
lowQualScore : . . . .. .. . . . .....
lowQualScore : 7 4 4 66 44 4 8 4 00000
consensus : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
Reference ( family-127 ) : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7489 : TAAGAG-ACCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7490 : aaaaagattaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggactgtgtgtcgtttgtttttatttttttttattatgattaaaaattataattacgtttgattatttgatcggctttgtggttagattaaattggaaactaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttgaaagtttatacgacaaaaatgagtaaacgtaagacaatgaatatcaaggtttatttgactgggctttaatattgtggtttcatactgcgatattctatcaacattgccctattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaaagatcaacaaaatttttgtttaccccaaTAAGAG-ACCACCTGCCAT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7491 : aaatatatcaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattagaaaattgagattggactgtgtgccgtttgtttttatatttttttattatgattaaaaattattattacgtttgattatttgatcagctttttgattagattaaattggaaactgaagacaagacagttattcattgttttcatggacggtttgaaagtttgtcacgacaaaaatgagtaaacgtaagataatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcaatattctatcaacgttgccatgtcttcagcagagaaaaagtctaacattagaacagtaagtgaaatccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataaaacaaaaagaagaccaagaaattttttttttaccccaaTAAGAG-ACCACCTGTCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7492 : aaaaatattaaacaggtttgatcagactttttgatcaggttaaatgggaaaattgagattggactgtgtgccatttgtttttatattttttttattatgattaaaacttataattacgtttgattatttgatcggctttttttagattaaattggaagctaaagacaagacagtttgtcattgttttcatggacgtttgaaagttttttacgacaaaaatgagtaaatgtaaaacaatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatatttaggtttcatactgctatattctatcaatgttgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacactagaacagcggatgaaagccctagaaatgatggaaacgtacatgcattatatcagacaaaaaaagaccaacaaaaaacattttaccccaaT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7500 : aaaaatataaaataggtttgattggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggacagtgtgccgtttgtttttatattttttattatgattaaaaattataattaggtttgattatttgatcggcgttttgattagattaaattggaaacttaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttttaagacaaaaatgagtaaacataagacaatgaatatcaaagtttatttaactgggtttcaatattgtggttacatactgcgatattctatcaacgttgccatatcttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaattgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaatggaccaacaaaaaaacattttatcccaaTTAACCC---AATAAGAG-ACCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7504 : ggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcggtattttatcaacattgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaagaccaacaaatttttttTTAATCA-GTATTAAGCA-GCCACCTGCTTT-AACAGGTCTTTTT--T--------TTACATTTAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7505 : aacatttttggttTCAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGGAGTCAGTTT--T--GCT-CATTCCCTTTAGTGGT-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7508 : aaattttagttataaTCAACAT-GTATTAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAAGGGTCAATTT--TTGGCT---TTCCCTTGAGTGGCTTGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7511 : aattttagttttaaTCAACCA-GCATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAATGGCCAGGTT-----GCT-ATTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGCTTG-----ACTGTA
gi|7513 : aattttagttatacAACCT-ATATGAAGCA-GCCACCTGTCTT-AGAGGGTCATTTT--T--GCA-CTTTCCCTTGAGTGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7518 : aatttttttagttttaataTCAACCT-GTATTAAGCA-GTCACCTGCCTT-AAGAGGTTGTTTT--T--GCT-ATTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTGCCTACACTGTA
gi|7519 : tttctTTAACCT-GTATGAAACA-GCAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--ATT-CTTTCCTTTGACTGGT-TGCTTAAGACAAGTTTG-----GCTGTA
gi|7529 : tttttTTAACCT-GTACTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-TATTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7530 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--A--GCT-CCTTCCCTTGATTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7531 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7532 : TTAACCT-G-ATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CTTTCCATTCACTGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7534 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--ACT-CATTCCCTTGACTGGT-TTCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7535 : TTAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGAGGTCATTTT--T--GCT-CTTTCCATTGAATGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7536 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCATTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7537 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTA-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7538 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--C--GTT-CATTCCTTTGACCGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7539 : TCAACCT-GCAATAAGCA-GCCACCTGCATT-AAGGGATCAGTTT--T--GCT-CTTTCCATTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7540 : TTAACCT-GTATCAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACATA--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGAT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7541 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAGTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGGCTGGC-CGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7542 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTACCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7544 : TTAACCT-GTATTAAACA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7545 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAATACCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGATTTG-----ACTGTA
gi|7546 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCATCCCTTTACTGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7547 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCGTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7548 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACTTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTG
gi|7549 : TTAACCT-GAATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTA--T--ACT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7551 : TTAACCT-ACATTCAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7552 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T----T-CCTTCCCTTGAATGGC-TGCTTCAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7554 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACAACCTGGCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-GCTTCCCTTGAATGGT-CGCTTAAGACAGGTCAG-----ACTGTA
gi|7555 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--ACT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7556 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7557 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAACGGCCACTTT--C--ACT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7558 : TTAACCT-TTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTTTGT--GCTGCCTTCCCTTGACTGAT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7560 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTATT-AAAAGGCCTCTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7561 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCTACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7563 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ATAACCAGTCTT-AAAAGGCCATTTT--T---CG-CCTTCCCTTAACTGGC-CATTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7566 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ATAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGC-AGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7567 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AAAACGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7570 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CATTCCCTTGACTGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7571 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTC--G--GCC-CCTTCCCTTGACTGGC-TACTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7572 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACACTCTGTCTT-AAGAGGCCACTTT--T--GCT-CATTTCCTTAAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7573 : TTAACCTAGTATTAAGCA-ACAATCTGTCT--AAAAGGCCACTTT--T--ACC-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7574 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GAT-CCATTCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTCTA
gi|7576 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7577 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AAACGGCCATTTT--TT-GAT-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7578 : TTAACCT-GTATTAGGCA-ACCATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTTCCTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7579 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-TAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCTCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7580 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7581 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7583 : TTAACCT-GGTTTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCAATTT--T--GTT-CCTTCCCTTAACTGGT-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACCGTA
gi|7585 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTA-AATAGGCCACTTT-----GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7653 : TAACCT-GTATTAAGCT-ACAACCTACCTT-AAGAGATCATTTT--T--GCT-CTTTCTCTTCAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7655 : TAACCT-ATATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCATTTT--T--GCT-CCTTCCCCTGACTGGC-TGTTGAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7672 : TAAGAG-GCCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--T--GAG-ATTTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7676 : cccaaTAAGCA-ACAACATATCTT-AAGAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7678 : aaTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7680 : aTGAGAG-ACCACCTGTCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCATTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7682 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AAGAGGCCACTTC--T--GCC-CATTCCCTTGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7684 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7685 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAGGGGTCATTTT--T--TTT-ATTTCCCTTGAATGGT-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7686 : TAAGCAGACA-CCTGCCTA-AAGAAATCATTTT--T--GCT-T-TTCCCTTTAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7687 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CCTTATTTTAGCTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7688 : TAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGGGGTCACCCT--T--GCT-T-TTCCCTTCAGTGGC-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7689 : TAAGCA-ACAACTTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-AATTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7690 : TAAGCA-ACAACCTG-CTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTTAGTGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7691 : TAAGCA-GCCATCTGCCTT-AAGAGGTCATTTT--T--GCT---TTCTCTTGGGTGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7692 : TAAGCA-GCAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--CCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7693 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7694 : TAAGCA-GCCACTTGCCTT-AAGAGATCAATTT-----GTT-ATTTCCCTTAAGTGGT-TGCTTAAGACAGTTTTT-----ACTGTA
gi|7695 : TAAGAA-CCAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--TCT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTCTG-----ACTGTA
gi|7696 : TAAGCA-ACAACCTGCCTT-AAAGGGTCACTTT-----GCC-CATTCCCTCGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7697 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CCCTCCCTTCACTGGC-TGTTTAAGACAGGTTAG-----ACTGTA
gi|7698 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAGAGGTCATTTT--C--GCT-CTCTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTATA
gi|7699 : TAAGCA-ACTACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7704 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACATT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7706 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7707 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAGGACCACATT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7708 : TAAAAA-ACAACCTGTCTT-AAAATGCCACTTT--T--GCC-AAATCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7709 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCTCTTT--T----T-TCTCCTCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7710 : TAAGCA-ACAATCTATCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7711 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7712 : TAAGGA-ACAACCTGTCTT-AAAATGCCACTTT--T--GCC-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7714 : TAAGCA-ACCACCTGTCTTTAAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTGCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7715 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGGCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7717 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCATTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7718 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAA-GGCCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACCGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7720 : TAAGCA-ATAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--GCT-TCATCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7787 : -ACAATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGAATGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7799 : ACCTGCCTT-AAGAGGTCAATTT-----GCT-CTTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACT
gi|7802 : ccACCTGCCTT-AAGGGGTCACCTT--T---CT-CTTTCCCTTGAGTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7815 : cACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7493 ): AAAAATATTAAATAGGTTTGATCGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACTGTGTGCCGTTTGTTTATATATTTTTTTATTATGATTAAAAATTATTATTACTCTTGATTATTTGATCAGCTTTTTGGTTATATTAAAATGGAAACTAAAGACAAGACAGTTTGTCATTGTTTTCATGGACGGTTTGAATGTTTGTCAAGACAAAAATGAGTAAACGTAAGACACTGAATATCAAGGTTTATTTGACTGGGTTTCAATATTGTGGTTTCATACTGCGATATTCTATCAGCGTTGCCATGTCTTCAGCAAAGAGAAAA
Unaligned ( gi|7495 ): GTTTGATCATTGTTCGGGTAGAATAAATTGAAATGTGCTATTTGTTTTATTACGATTAAAGGATCGTCAATTACTTAAATAAAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTAGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATTTTCATACTGCGATATTCTATCAACGTTGCCATATTTTCAGCAAAGAGAAAATGTCTAACATTAGAACAGCGGATGAAAGCCCTAGAAATGATGGAATTATATGATGCATTATATAAGACAAAAAAAAGACCAACAAAAAAACATTTTACCCCAATAAGAGTCTTAATATGTCTTAA
Unaligned ( gi|7498 ): AAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTTGTTTGTTGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATAAAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACAGTGTGCCGTTTGTTTTTAT
Unaligned ( gi|7494 ): AAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATT
Alignments
lowQualScore : 0 0 0 00 44 0 0 0 11111
lowQualScore : . . . .. .. . . . .....
lowQualScore : 7 4 4 66 44 4 8 4 00000
consensus : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
Reference ( family-127 ) : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7489 : TAAGAG-ACCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7490 : aaaaagattaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggactgtgtgtcgtttgtttttatttttttttattatgattaaaaattataattacgtttgattatttgatcggctttgtggttagattaaattggaaactaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttgaaagtttatacgacaaaaatgagtaaacgtaagacaatgaatatcaaggtttatttgactgggctttaatattgtggtttcatactgcgatattctatcaacattgccctattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaaagatcaacaaaatttttgtttaccccaaTAAGAG-ACCACCTGCCAT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7491 : aaatatatcaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattagaaaattgagattggactgtgtgccgtttgtttttatatttttttattatgattaaaaattattattacgtttgattatttgatcagctttttgattagattaaattggaaactgaagacaagacagttattcattgttttcatggacggtttgaaagtttgtcacgacaaaaatgagtaaacgtaagataatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcaatattctatcaacgttgccatgtcttcagcagagaaaaagtctaacattagaacagtaagtgaaatccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataaaacaaaaagaagaccaagaaattttttttttaccccaaTAAGAG-ACCACCTGTCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7492 : aaaaatattaaacaggtttgatcagactttttgatcaggttaaatgggaaaattgagattggactgtgtgccatttgtttttatattttttttattatgattaaaacttataattacgtttgattatttgatcggctttttttagattaaattggaagctaaagacaagacagtttgtcattgttttcatggacgtttgaaagttttttacgacaaaaatgagtaaatgtaaaacaatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatatttaggtttcatactgctatattctatcaatgttgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacactagaacagcggatgaaagccctagaaatgatggaaacgtacatgcattatatcagacaaaaaaagaccaacaaaaaacattttaccccaaT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7500 : aaaaatataaaataggtttgattggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggacagtgtgccgtttgtttttatattttttattatgattaaaaattataattaggtttgattatttgatcggcgttttgattagattaaattggaaacttaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttttaagacaaaaatgagtaaacataagacaatgaatatcaaagtttatttaactgggtttcaatattgtggttacatactgcgatattctatcaacgttgccatatcttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaattgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaatggaccaacaaaaaaacattttatcccaaTTAACCC---AATAAGAG-ACCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7504 : ggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcggtattttatcaacattgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaagaccaacaaatttttttTTAATCA-GTATTAAGCA-GCCACCTGCTTT-AACAGGTCTTTTT--T--------TTACATTTAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7505 : aacatttttggttTCAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGGAGTCAGTTT--T--GCT-CATTCCCTTTAGTGGT-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7508 : aaattttagttataaTCAACAT-GTATTAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAAGGGTCAATTT--TTGGCT---TTCCCTTGAGTGGCTTGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7511 : aattttagttttaaTCAACCA-GCATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAATGGCCAGGTT-----GCT-ATTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGCTTG-----ACTGTA
gi|7513 : aattttagttatacAACCT-ATATGAAGCA-GCCACCTGTCTT-AGAGGGTCATTTT--T--GCA-CTTTCCCTTGAGTGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7518 : aatttttttagttttaataTCAACCT-GTATTAAGCA-GTCACCTGCCTT-AAGAGGTTGTTTT--T--GCT-ATTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTGCCTACACTGTA
gi|7519 : tttctTTAACCT-GTATGAAACA-GCAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--ATT-CTTTCCTTTGACTGGT-TGCTTAAGACAAGTTTG-----GCTGTA
gi|7529 : tttttTTAACCT-GTACTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-TATTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7530 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--A--GCT-CCTTCCCTTGATTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7531 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7532 : TTAACCT-G-ATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CTTTCCATTCACTGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7534 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--ACT-CATTCCCTTGACTGGT-TTCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7535 : TTAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGAGGTCATTTT--T--GCT-CTTTCCATTGAATGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7536 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCATTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7537 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTA-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7538 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--C--GTT-CATTCCTTTGACCGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7539 : TCAACCT-GCAATAAGCA-GCCACCTGCATT-AAGGGATCAGTTT--T--GCT-CTTTCCATTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7540 : TTAACCT-GTATCAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACATA--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGAT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7541 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAGTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGGCTGGC-CGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7542 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTACCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7544 : TTAACCT-GTATTAAACA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7545 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAATACCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGATTTG-----ACTGTA
gi|7546 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCATCCCTTTACTGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7547 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCGTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7548 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACTTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTG
gi|7549 : TTAACCT-GAATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTA--T--ACT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7551 : TTAACCT-ACATTCAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7552 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T----T-CCTTCCCTTGAATGGC-TGCTTCAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7554 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACAACCTGGCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-GCTTCCCTTGAATGGT-CGCTTAAGACAGGTCAG-----ACTGTA
gi|7555 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--ACT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7556 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7557 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAACGGCCACTTT--C--ACT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7558 : TTAACCT-TTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTTTGT--GCTGCCTTCCCTTGACTGAT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7560 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTATT-AAAAGGCCTCTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7561 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCTACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7563 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ATAACCAGTCTT-AAAAGGCCATTTT--T---CG-CCTTCCCTTAACTGGC-CATTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7566 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ATAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGC-AGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7567 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AAAACGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7570 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CATTCCCTTGACTGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7571 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTC--G--GCC-CCTTCCCTTGACTGGC-TACTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7572 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACACTCTGTCTT-AAGAGGCCACTTT--T--GCT-CATTTCCTTAAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7573 : TTAACCTAGTATTAAGCA-ACAATCTGTCT--AAAAGGCCACTTT--T--ACC-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7574 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GAT-CCATTCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTCTA
gi|7576 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7577 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AAACGGCCATTTT--TT-GAT-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7578 : TTAACCT-GTATTAGGCA-ACCATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTTCCTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7579 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-TAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCTCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7580 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7581 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7583 : TTAACCT-GGTTTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCAATTT--T--GTT-CCTTCCCTTAACTGGT-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACCGTA
gi|7585 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTA-AATAGGCCACTTT-----GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7653 : TAACCT-GTATTAAGCT-ACAACCTACCTT-AAGAGATCATTTT--T--GCT-CTTTCTCTTCAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7655 : TAACCT-ATATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCATTTT--T--GCT-CCTTCCCCTGACTGGC-TGTTGAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7672 : TAAGAG-GCCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--T--GAG-ATTTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7676 : cccaaTAAGCA-ACAACATATCTT-AAGAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7678 : aaTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7680 : aTGAGAG-ACCACCTGTCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCATTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7682 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AAGAGGCCACTTC--T--GCC-CATTCCCTTGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7684 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7685 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAGGGGTCATTTT--T--TTT-ATTTCCCTTGAATGGT-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7686 : TAAGCAGACA-CCTGCCTA-AAGAAATCATTTT--T--GCT-T-TTCCCTTTAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7687 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CCTTATTTTAGCTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7688 : TAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGGGGTCACCCT--T--GCT-T-TTCCCTTCAGTGGC-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7689 : TAAGCA-ACAACTTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-AATTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7690 : TAAGCA-ACAACCTG-CTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTTAGTGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7691 : TAAGCA-GCCATCTGCCTT-AAGAGGTCATTTT--T--GCT---TTCTCTTGGGTGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7692 : TAAGCA-GCAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--CCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7693 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7694 : TAAGCA-GCCACTTGCCTT-AAGAGATCAATTT-----GTT-ATTTCCCTTAAGTGGT-TGCTTAAGACAGTTTTT-----ACTGTA
gi|7695 : TAAGAA-CCAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--TCT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTCTG-----ACTGTA
gi|7696 : TAAGCA-ACAACCTGCCTT-AAAGGGTCACTTT-----GCC-CATTCCCTCGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7697 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CCCTCCCTTCACTGGC-TGTTTAAGACAGGTTAG-----ACTGTA
gi|7698 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAGAGGTCATTTT--C--GCT-CTCTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTATA
gi|7699 : TAAGCA-ACTACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7704 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACATT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7706 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7707 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAGGACCACATT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7708 : TAAAAA-ACAACCTGTCTT-AAAATGCCACTTT--T--GCC-AAATCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7709 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCTCTTT--T----T-TCTCCTCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7710 : TAAGCA-ACAATCTATCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7711 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7712 : TAAGGA-ACAACCTGTCTT-AAAATGCCACTTT--T--GCC-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7714 : TAAGCA-ACCACCTGTCTTTAAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTGCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7715 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGGCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7717 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCATTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7718 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAA-GGCCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACCGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7720 : TAAGCA-ATAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--GCT-TCATCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7787 : -ACAATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGAATGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7799 : ACCTGCCTT-AAGAGGTCAATTT-----GCT-CTTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACT
gi|7802 : ccACCTGCCTT-AAGGGGTCACCTT--T---CT-CTTTCCCTTGAGTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7815 : cACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
blockSeqs : CA CCTAC
blockSeqs : CA .
blockSeqs : CA .
blockSeqs : CA .
blockSeqs : TG .
blockSeqs : CA .
blockSeqs : T .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **
originalCons : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
finalCons : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7493 ): AAAAATATTAAATAGGTTTGATCGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACTGTGTGCCGTTTGTTTATATATTTTTTTATTATGATTAAAAATTATTATTACTCTTGATTATTTGATCAGCTTTTTGGTTATATTAAAATGGAAACTAAAGACAAGACAGTTTGTCATTGTTTTCATGGACGGTTTGAATGTTTGTCAAGACAAAAATGAGTAAACGTAAGACACTGAATATCAAGGTTTATTTGACTGGGTTTCAATATTGTGGTTTCATACTGCGATATTCTATCAGCGTTGCCATGTCTTCAGCAAAGAGAAAA
Unaligned ( gi|7495 ): GTTTGATCATTGTTCGGGTAGAATAAATTGAAATGTGCTATTTGTTTTATTACGATTAAAGGATCGTCAATTACTTAAATAAAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTAGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATTTTCATACTGCGATATTCTATCAACGTTGCCATATTTTCAGCAAAGAGAAAATGTCTAACATTAGAACAGCGGATGAAAGCCCTAGAAATGATGGAATTATATGATGCATTATATAAGACAAAAAAAAGACCAACAAAAAAACATTTTACCCCAATAAGAGTCTTAATATGTCTTAA
Unaligned ( gi|7498 ): AAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTTGTTTGTTGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATAAAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACAGTGTGCCGTTTGTTTTTAT
Unaligned ( gi|7494 ): AAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATT
Alignments
lowQualScore : 0 0 0 00 44 0 0 0 11111
lowQualScore : . . . .. .. . . . .....
lowQualScore : 7 4 4 66 44 4 8 4 00000
consensus : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
Reference ( family-127 ) : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7489 : TAAGAG-ACCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7490 : aaaaagattaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggactgtgtgtcgtttgtttttatttttttttattatgattaaaaattataattacgtttgattatttgatcggctttgtggttagattaaattggaaactaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttgaaagtttatacgacaaaaatgagtaaacgtaagacaatgaatatcaaggtttatttgactgggctttaatattgtggtttcatactgcgatattctatcaacattgccctattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaaagatcaacaaaatttttgtttaccccaaTAAGAG-ACCACCTGCCAT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7491 : aaatatatcaaataggtttgatcggactttttgatcaggttaaattagaaaattgagattggactgtgtgccgtttgtttttatatttttttattatgattaaaaattattattacgtttgattatttgatcagctttttgattagattaaattggaaactgaagacaagacagttattcattgttttcatggacggtttgaaagtttgtcacgacaaaaatgagtaaacgtaagataatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcaatattctatcaacgttgccatgtcttcagcagagaaaaagtctaacattagaacagtaagtgaaatccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataaaacaaaaagaagaccaagaaattttttttttaccccaaTAAGAG-ACCACCTGTCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7492 : aaaaatattaaacaggtttgatcagactttttgatcaggttaaatgggaaaattgagattggactgtgtgccatttgtttttatattttttttattatgattaaaacttataattacgtttgattatttgatcggctttttttagattaaattggaagctaaagacaagacagtttgtcattgttttcatggacgtttgaaagttttttacgacaaaaatgagtaaatgtaaaacaatgaatatcaaggtttatttgactgggtttcaatatttaggtttcatactgctatattctatcaatgttgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacactagaacagcggatgaaagccctagaaatgatggaaacgtacatgcattatatcagacaaaaaaagaccaacaaaaaacattttaccccaaT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7500 : aaaaatataaaataggtttgattggactttttgatcaggttaaattggaaaattgagattggacagtgtgccgtttgtttttatattttttattatgattaaaaattataattaggtttgattatttgatcggcgttttgattagattaaattggaaacttaaagacaaaacagtttgtcattgttttcatggacggtttttaagacaaaaatgagtaaacataagacaatgaatatcaaagtttatttaactgggtttcaatattgtggttacatactgcgatattctatcaacgttgccatatcttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaattgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaatggaccaacaaaaaaacattttatcccaaTTAACCC---AATAAGAG-ACCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7504 : ggtttatttgactgggtttcaatattgtggtttcatactgcggtattttatcaacattgccatattttcagcaaagagaaaatgtctaacattagaacagcgggtgaaagccctaaaaatgatggaaacgtacatgcattatataagacaaaaaaaagaccaacaaatttttttTTAATCA-GTATTAAGCA-GCCACCTGCTTT-AACAGGTCTTTTT--T--------TTACATTTAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7505 : aacatttttggttTCAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGGAGTCAGTTT--T--GCT-CATTCCCTTTAGTGGT-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7508 : aaattttagttataaTCAACAT-GTATTAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAAGGGTCAATTT--TTGGCT---TTCCCTTGAGTGGCTTGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7511 : aattttagttttaaTCAACCA-GCATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAATGGCCAGGTT-----GCT-ATTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGCTTG-----ACTGTA
gi|7513 : aattttagttatacAACCT-ATATGAAGCA-GCCACCTGTCTT-AGAGGGTCATTTT--T--GCA-CTTTCCCTTGAGTGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7518 : aatttttttagttttaataTCAACCT-GTATTAAGCA-GTCACCTGCCTT-AAGAGGTTGTTTT--T--GCT-ATTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTGCCTACACTGTA
gi|7519 : tttctTTAACCT-GTATGAAACA-GCAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--ATT-CTTTCCTTTGACTGGT-TGCTTAAGACAAGTTTG-----GCTGTA
gi|7529 : tttttTTAACCT-GTACTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-TATTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7530 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--A--GCT-CCTTCCCTTGATTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7531 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7532 : TTAACCT-G-ATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CTTTCCATTCACTGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7534 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--ACT-CATTCCCTTGACTGGT-TTCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7535 : TTAACCT-GTATTAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGAGGTCATTTT--T--GCT-CTTTCCATTGAATGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7536 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCATTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7537 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTA-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7538 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--C--GTT-CATTCCTTTGACCGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7539 : TCAACCT-GCAATAAGCA-GCCACCTGCATT-AAGGGATCAGTTT--T--GCT-CTTTCCATTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7540 : TTAACCT-GTATCAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACATA--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGAT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7541 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAGTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGGCTGGC-CGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7542 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTACCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7544 : TTAACCT-GTATTAAACA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7545 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAATACCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGATTTG-----ACTGTA
gi|7546 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCATCCCTTTACTGGC-TGCTTTAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7547 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCGTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7548 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACTTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTG
gi|7549 : TTAACCT-GAATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTA--T--ACT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7551 : TTAACCT-ACATTCAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7552 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T----T-CCTTCCCTTGAATGGC-TGCTTCAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7554 : TTAACCT-GTATAAAGCA-ACAACCTGGCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-GCTTCCCTTGAATGGT-CGCTTAAGACAGGTCAG-----ACTGTA
gi|7555 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--ACT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7556 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7557 : TTAACCT-GCATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAACGGCCACTTT--C--ACT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7558 : TTAACCT-TTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTTTGT--GCTGCCTTCCCTTGACTGAT-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7560 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACCACCTGTATT-AAAAGGCCTCTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7561 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCTACCTT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7563 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ATAACCAGTCTT-AAAAGGCCATTTT--T---CG-CCTTCCCTTAACTGGC-CATTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7566 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ATAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGC-AGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7567 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTTTT-AAAACGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7570 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAGCCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CATTCCCTTGACTGAC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7571 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTC--G--GCC-CCTTCCCTTGACTGGC-TACTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7572 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACACTCTGTCTT-AAGAGGCCACTTT--T--GCT-CATTTCCTTAAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7573 : TTAACCTAGTATTAAGCA-ACAATCTGTCT--AAAAGGCCACTTT--T--ACC-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7574 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GAT-CCATTCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTCTA
gi|7576 : TTAACCT-ATATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----AATGTA
gi|7577 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAATCTGTCTT-AAACGGCCATTTT--TT-GAT-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7578 : TTAACCT-GTATTAGGCA-ACCATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTTCCTTAACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7579 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-TAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCTCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7580 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7581 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGAC-TGCTGAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7583 : TTAACCT-GGTTTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCAATTT--T--GTT-CCTTCCCTTAACTGGT-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACCGTA
gi|7585 : TTAACCT-GTATTAAGCA-ACAACCTGTCTA-AATAGGCCACTTT-----GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7653 : TAACCT-GTATTAAGCT-ACAACCTACCTT-AAGAGATCATTTT--T--GCT-CTTTCTCTTCAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7655 : TAACCT-ATATTAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCATTTT--T--GCT-CCTTCCCCTGACTGGC-TGTTGAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7672 : TAAGAG-GCCACCTGCCTT-AAGAGACCACTTT--T--GAG-ATTTCCCTTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7676 : cccaaTAAGCA-ACAACATATCTT-AAGAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7678 : aaTAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7680 : aTGAGAG-ACCACCTGTCTT-AAGAGACCACTTT--TCAGAT---TTCCATTTAGTGGT-CTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7682 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AAGAGGCCACTTC--T--GCC-CATTCCCTTGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7684 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7685 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAGGGGTCATTTT--T--TTT-ATTTCCCTTGAATGGT-TGCTTGAGACAGGTTTG-----ATTGTA
gi|7686 : TAAGCAGACA-CCTGCCTA-AAGAAATCATTTT--T--GCT-T-TTCCCTTTAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTT-----ACTGTA
gi|7687 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CCTTATTTTAGCTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7688 : TAAGCA-GCCACCTGCCTT-AAGGGGTCACCCT--T--GCT-T-TTCCCTTCAGTGGC-TGCTTAAAACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7689 : TAAGCA-ACAACTTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-AATTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7690 : TAAGCA-ACAACCTG-CTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTTAGTGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7691 : TAAGCA-GCCATCTGCCTT-AAGAGGTCATTTT--T--GCT---TTCTCTTGGGTGGC-TGCTTAAGATAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7692 : TAAGCA-GCAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--CCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7693 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7694 : TAAGCA-GCCACTTGCCTT-AAGAGATCAATTT-----GTT-ATTTCCCTTAAGTGGT-TGCTTAAGACAGTTTTT-----ACTGTA
gi|7695 : TAAGAA-CCAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--TCT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTCTG-----ACTGTA
gi|7696 : TAAGCA-ACAACCTGCCTT-AAAGGGTCACTTT-----GCC-CATTCCCTCGACTGGC-TTCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7697 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGACCACTTT--T--GCT-CCCTCCCTTCACTGGC-TGTTTAAGACAGGTTAG-----ACTGTA
gi|7698 : TAAGCA-GCCACCTGTCTT-AAGAGGTCATTTT--C--GCT-CTCTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTATA
gi|7699 : TAAGCA-ACTACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CATTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACATGTTTG-----ACTGTA
gi|7704 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGACCACATT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7706 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAGGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7707 : TGAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAGGACCACATT--T--GCT-CTTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7708 : TAAAAA-ACAACCTGTCTT-AAAATGCCACTTT--T--GCC-AAATCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----GCTGTA
gi|7709 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAAAGGCCTCTTT--T----T-TCTCCTCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7710 : TAAGCA-ACAATCTATCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GTT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7711 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCAATTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7712 : TAAGGA-ACAACCTGTCTT-AAAATGCCACTTT--T--GCC-ATTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAATACAGGTTTG-----ACTGT
gi|7714 : TAAGCA-ACCACCTGTCTTTAAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTGCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7715 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGGCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7717 : TAAGCA-ACAACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCATTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7718 : TAAGCA-ACCACCTGTCTT-AAA-GGCCACCTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACCGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7720 : TAAGCA-ATAACCTGTCTT-AAAAGGTCACTTT--T--GCT-TCATCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7787 : -ACAATCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGAATGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7799 : ACCTGCCTT-AAGAGGTCAATTT-----GCT-CTTTCCCTTGAGTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACT
gi|7802 : ccACCTGCCTT-AAGGGGTCACCTT--T---CT-CTTTCCCTTGAGTGGT-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
gi|7815 : cACCTGTCTT-AAAAGGCCACTTT--T--GCT-CCTTCCCTTGACTGGC-TGCTTAAGACAGGTTTG-----ACTGTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7493 ): AAAAATATTAAATAGGTTTGATCGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACTGTGTGCCGTTTGTTTATATATTTTTTTATTATGATTAAAAATTATTATTACTCTTGATTATTTGATCAGCTTTTTGGTTATATTAAAATGGAAACTAAAGACAAGACAGTTTGTCATTGTTTTCATGGACGGTTTGAATGTTTGTCAAGACAAAAATGAGTAAACGTAAGACACTGAATATCAAGGTTTATTTGACTGGGTTTCAATATTGTGGTTTCATACTGCGATATTCTATCAGCGTTGCCATGTCTTCAGCAAAGAGAAAA
Unaligned ( gi|7495 ): GTTTGATCATTGTTCGGGTAGAATAAATTGAAATGTGCTATTTGTTTTATTACGATTAAAGGATCGTCAATTACTTAAATAAAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTAGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATTTTCATACTGCGATATTCTATCAACGTTGCCATATTTTCAGCAAAGAGAAAATGTCTAACATTAGAACAGCGGATGAAAGCCCTAGAAATGATGGAATTATATGATGCATTATATAAGACAAAAAAAAGACCAACAAAAAAACATTTTACCCCAATAAGAGTCTTAATATGTCTTAA
Unaligned ( gi|7498 ): AAATTGGAATTAAAGATTGGACAGTTTGAGGTTTGTTTGTTGTTTGTTTTTATTACGACAAAAAATATAAAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATTGGAAAATTGAGATTGGACAGTGTGCCGTTTGTTTTTAT
Unaligned ( gi|7494 ): AAAAATATTCAATAGGTTTGATTGGACTTTTTGATCAGGTTAAATGGGACAATT