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Reference ( gi|36318 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTCTCAC-TACACAGTTGAATTTTGTTCTTT----GTTCTATATAA---AATAAGG------TCTAGGATTT-C-AC-TG-GT-AAAA---A---------A------A---------GAAT------T--T-----C-A-C---A--------T---------A--------------G----------------TA-----------T------T----------------T--------------T-----------T-------------T-----------T-------------T--------------T-------------T--------------CATA-----GCAGG-AA-TG----T-------ATA--C---A--CACATA-AAAA-TGCACAATAACTGG-TA--G-GTCG-ACC-A---------C---GC-T-G--A-----G-T-T-T--T---T---T----------A----AA----GAG-G-GTGCAG-TGACA-CCCT--GA-----G--CT---T-TTTT-G--T---A-A-A-A--A-----GAA-GTCCTC--AAATGCTCATAAATA----CATGC---AT---A-------T-------GTT-A-AAATCCTAT-AAAAG----TCAC--ATTTT-T--AA--CACCAGTGATGTCTTATT----GCAGTATATGCTATG-ACAA-CTTTTGCTCTACTCATCTGCAGCAAGAAA-TCAC----AGCCACTATGAACCA-TT-TT-G-AAAATA-TTT-C-ATAACCAA----A----G-TACA---TAGG-CC--T--A---T-TTTT--T------A--AGA--GT---AAGAATC---TTA-----------CTACCG-T-G--G---------G-T--A-A--A--A--G-GG-G-CGTAACTGT----GTA--GTGAGACGT
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gi|36260                      : ggtctcacttcacagttgaattttgttctttgttctatataaaataagatataggatttccaaagtaaaaacaaactttccacttagaaccttttttaaagtattgttttcatagcaagaatgtatctttacataaaaatgcatagtaacttgtaggttgacaattttttttttttttgagacattgcagtgacaacccaagatttttttaaaatagaagtcctcagatgctcataaatacatgcatctgttaaaatcttatacagatcacttttttgacgacagtggtgtcttattatagtataaactatgccagcttttgctgtactcattttcagcaagaaatcacagcccctatgaaccattttgaaaatatttcaaatcaaatttaatacatagaaattgttttcaagtgcaagaatcatgctaccatgacagaaaaagtggcaTCTCAA-TACACAGTTGAATTT-GTTCTTT----GTTCTATATAA---AATAAGA------TTAAGGATTTTC-A--TG-GT-AAAA---A---------A----------------GAAT------T--C-----C-A-C---A--------T---------C--------------GAATT------------TA-----------T------T----------------T--------------TAAAGTAT----T-------------T-----------T-------------TG-------------T-------------T--------------CATA-----GCAAG-AA-AG----C-------ATA--C---C--CACATA-AAAA-TGCACAATAACTGG-TA--G-GTTG-ACC-A-------------GC-T-T--------G-T-T-T--T---T---TTTTA------A----AA----GA-----TGCTG-TGACA-CCCT--GA-----G--AT---T-TTTT----T---A-A-ATA--A-----GAA-GTCTTA--AAATGCTCATATATA----CAAGC---AT---A-------T-------GTT-G-AAATCCTAT-AAAA-----TCAC--TTTTT-T--AA--CACCAGTGATATATTATT----GCAGTATATGCTATG-CCAA-CTTTTGCTCTACTCATTTGCGGCAAGAAA-TCAC----AACCACTATGAACCA-TT-TT-A-GAAATA-TTT-C-AAACCCAA----A----T-TTAA---TAGG-CA--C--C---T-TTTT--T------A--AGT--GT---AAGAATC---ATG-----------TTACTG-T-G--G---------G-GA-A-A--A--A--G-GG-G-CGTAACTGT----GAA--GTGAGAGGT
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Reference ( family-101 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTCTCAC-TACACAGTTGAATTTTGTTCTTT----GTTCTATATAA---AATAAGG------TCTAGGATTTC-CA-TGG-T-AAAA-AA---A---------GAATT-----CC--A-CA--T---------A-G------A----------------A---------T----------T----------------T-------------T------------T--------------T-----------T---------------T-------------T-------------T------------CATA-----GCAGG-AA-TG----T-------AT-----A-CC---CACATAAAAA-TGCACAATAACTGGTA--G-GTTG-ACC-A---------C---G---TT--G-------T-T--TT--T--T--T--------T-----AAA----GAG-GGTGCAG-TGACACCC-TGA--G----A--T----T-T--TTT---G-----A--AA-A-AA--GAAGTCCTC--AAATGCTCATAAATA----CA---TGCAT---A-------T-------GTTG-AAATCCTAT-AAAA-G----TCA-C--TT-TT-T-T--AA--CACCAGTGATGTCTTATT----GCAGTATATGCTATGCCAA-CTTTTGCTCTACTCATCTGCAGCAAGAAA-TCAC----AACCACTATGAACCA-TT-TT-G-AAAATA-TTT-C-AAAACC-AAAT----TACA---TAGG-C--C---T-T--T-TT-T---T-------A--AGCGT---AAGAATCATG-----------T---TACCG-T--G--G---------G--A-A-A-A--A--G-GG-G-CGTAACTGT----GTA--GTGAGACGT
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Reference ( family-101 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTCTCAC-TACACAGTTGAATTTTGTTCTTT----GTTCTATATAA---AATAAGG------TCTAGGATTTC-CA-TGG-T-AAAA-AA---A---------GAATT-----CC--A-CA--T---------A-G------A----------------A---------T----------T----------------T-------------T------------T--------------T-----------T---------------T-------------T-------------T------------CATA-----GCAGG-AA-TG----T-------AT-----A-CC---CACATAAAAA-TGCACAATAACTGGTA--G-GTTG-ACC-A---------C---G---TT--G-------T-T--TT--T--T--T--------T-----AAA----GAG-GGTGCAG-TGACACCC-TGA--G----A--T----T-T--TTT---G-----A--AA-A-AA--GAAGTCCTC--AAATGCTCATAAATA----CA---TGCAT---A-------T-------GTTG-AAATCCTAT-AAAA-G----TCA-C--TT-TT-T-T--AA--CACCAGTGATGTCTTATT----GCAGTATATGCTATGCCAA-CTTTTGCTCTACTCATCTGCAGCAAGAAA-TCAC----AACCACTATGAACCA-TT-TT-G-AAAATA-TTT-C-AAAACC-AAAT----TACA---TAGG-C--C---T-T--T-TT-T---T-------A--AGCGT---AAGAATCATG-----------T---TACCG-T--G--G---------G--A-A-A-A--A--G-GG-G-CGTAACTGT----GTA--GTGAGACGT
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                        .                              .  .   G             .            .  .           .      AGTTGTTTTT                                                                                                                   T                           .               .                    .       T                      .                              CC                 .  .         .   .        T                .                              T       .           G                  .                                         .   .       .          .                .        C                                  .                                                                                                             .              .    TT            .   .                           .                   . .  .  .         .  .   . .  .     .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                        .                              .  .   G             .            .  .           .      GGTATTTTT                                                                                                                    T                           .               .                    .       T                      .                              GG                 .  .         .   .        A                .                              A       .           G                  .                                         .   .       .          .                .        C                                  .                                                                                                             .              .    TT            .   .                           .                   . .  .  .         .  .   . .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                        .                              .  .   G             .            .  .           .      GTATTTTTT                                                                                                                    T                           .               .                    .       T                      .                              GG                 .  .         .   .        T                .                              A       .           G                  .                                         .   .       .          .                .        T                                  .                                                                                                             .              .    TT            .   .                           .                   . .  .  .         .  .   . .  .     .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                        .                              .  .   A             .            .  .           .      ATTTTGTT                                                                                                                     T                           .               .                    .       A                      .                              CG                 .  .         .   .        T                .                              T       .           G                  .                                         .   .       .          .                .        T                                  .                                                                                                             .              .    TT            .   .                           .                   . .  .  .         .  .   . .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                        .                              .  .   G             .            .  .           .      ATTTTTTT                                                                                                                     T                           .               .                    .       T                      .                              CG                 .  .         .   .        T                .                              A       .           T                  .                                         .   .       .          .                .        T                                  .                                                                                                             .              .    TT            .   .                           .                   . .  .  .         .  .   . .  .     .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .                        .                              .  .   A             .            .  .           .      ATATATTT                                                                                                                     T                           .               .                    .       T                      .                              CG                 .  .         .   .        G                .                              A       .           G                  .                                         .   .       .          .                .        T                                  .                                                                                                             .              .    TT            .   .                           .                   . .  .  .         .  .   . .  .     .
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Reference ( family-101 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTCTCAC-TACACAGTTGAATTTTGTTCTTT----GTTCTATATAA---AATAAGG------TCTAGGATTTC-CA-TGG-T-AAAA-AA---A---------GAATT-----CC--A-CA--T---------A-G------A----------------A---------T----------T----------------T-------------T------------T--------------T-----------T---------------T-------------T-------------T------------CATA-----GCAGG-AA-TG----T-------AT-----A-CC---CACATAAAAA-TGCACAATAACTGGTA--G-GTTG-ACC-A---------C---G---TT--G-------T-T--TT--T--T--T--------T-----AAA----GAG-GGTGCAG-TGACACCC-TGA--G----A--T----T-T--TTT---G-----A--AA-A-AA--GAAGTCCTC--AAATGCTCATAAATA----CA---TGCAT---A-------T-------GTTG-AAATCCTAT-AAAA-G----TCA-C--TT-TT-T-T--AA--CACCAGTGATGTCTTATT----GCAGTATATGCTATGCCAA-CTTTTGCTCTACTCATCTGCAGCAAGAAA-TCAC----AACCACTATGAACCA-TT-TT-G-AAAATA-TTT-C-AAAACC-AAAT----TACA---TAGG-C--C---T-T--T-TT-T---T-------A--AGCGT---AAGAATCATG-----------T---TACCG-T--G--G---------G--A-A-A-A--A--G-GG-G-CGTAACTGT----GTA--GTGAGACGT
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